PERANCANGAN PEPTIDA SIKLIS SEBAGAI INHIBITOR ENZIM NS5 METILTRANSFERASE VIRUS DENGUE SKRIPSI AHMAD ARDILLA ZUBAIDI

UNIVERSITAS INDONESIA

PERANCANGAN PEPTIDA SIKLIS SEBAGAI INHIBITOR ENZIM NS5 METILTRANSFERASE VIRUS DENGUE

SKRIPSI Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar sarjana

AHMAD ARDILLA ZUBAIDI 0706262975

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM PROGRAM STUDI KIMIA DEPOK JANUARI 2012

Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

UNIVERSITAS INDONESIA

PERANCANGAN PEPTIDA SIKLIS SEBAGAI INHIBITOR ENZIM NS5 METILTRANSFERASE VIRUS DENGUE

SKRIPSI Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar sarjana

AHMAD ARDILLA ZUBAIDI 0706262975

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM PROGRAM STUDI KIMIA DEPOK JANUARI 2012


HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS

Skripsi ini adalah hasil karya saya sendiri, dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk telah saya nyatakan dengan benar.

Nama : Ahmad Ardilla Zubaidi NPM : 0706262975 Tanda Tangan :

Tanggal : 9 Januari 20129 Januari 2011

ii Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

HALAMAN PENGESAHAN

Skripsi ini diajukan oleh Nama NPM Program Studi Judul Skripsi

: : Ahmad Ardilla Zubaidi : 0706262975 : Kimia : Perancangan Peptida Siklis Sebagai Inhibitor Enzim NS5 Metiltransferase Virus Dengue

Telah berhasil dipertahankan di hadapan Dewan Penguji dan diterima sebagai bagian persyaratan yang diperlukan untuk memperoleh gelar Sarjana Sains pada Program Studi Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia

DEWAN PENGUJI

Pembimbing

: Prof. Dr. Usman Sumo F T

( ................................... )

Penguji

: Dr. Herry Cahyana

(

.......................... )

Penguji

: Dr. Endang Saepudin

(

.......................... )

Penguji

: Prof. Dr. Maksum Radji

(

.......................... )

Ditetapkan di Tanggal

: Depok : 9 Januari 2012

iii Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

KATA PENGANTAR

Alhamdulillah, segala puji hanya milik Allah Rabb semesta alam yang telah memberikan kekuatan dan rahmat-Nya sehingga penelitian dan penulisan skripsi ini dapat terselesaikan. Skripsi ini disusun sebagai bagian dari syarat untuk mencapai gelar Sarjana Sains pada jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Indonesia. Keberhasilan penulis menyelesaikan penelitian dan penulisan skripsi ini tak lepas dari bantuan berbagai pihak. Hambatan dan rintangan yang dihadapi tidak lain adalah proses pembelajaran yang merupakan pengalaman berharga bagi penulis. Dari lubuk hati yang terdalam, penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada setiap pihak yang telah membantu proses penelitian dan penulisan skripsi ini. Setiap bantuan dan dukungan serta doa yang diberikan, semoga Allah membalas dengan kebaikan yang berlimpah. Terima kasih terutama kepada : 1. Prof. Usman Sumo Friend Tambunan selaku pembimbing penelitian yang telah memberikan banyak nasihat dan pelajaran berharga yang sangat bermanfaat bagi penulis, serta rasa kekeluargaan yang ditanamkan selama berada pada ruangan penelitian. 2. Ayah tercinta atas segala contoh baik yang ditunjukkan, Ibu tersayang yang telah lebih dulu mendapatkan gelar sarjananya dan menjadi motivasi bagi penulis, juga Nabila dengan candanya yang cerdas. 3. Dr. Ridla Bakri selaku ketua Departemen Kimia FMIPA UI, atas nasihat-nasihatnya. 4. Dr. Ivandini Tribidasari Anggraningrum selaku pembimbing akademis dengan diskusi, nasihat dan pengarahan yang telah diberikan. 5. Prof. Sumi Hudiyono PWS selaku Ketua KBI Biokimia atas ilmu yang diberikan, Ir. Widyastuti Samadi selaku Koordinator Pendidikan atas diskusi-diskusinya yang seru, Dra. Tresye Utari selaku Koordinator Penelitian serta seluruh dosen di Departemen Kimia FMIPA UI atas pengajaran dan diskusi yang sangat menyenangkan. 6. Kak Firman, Kak Hanum dan Adi atas waktu dan perjuangan yang telah dilewati bersama, berbagi canda dan ketegangan mahasiswa tingkat akhir. Pak Idrus, Kak Arli (Johnkecops) atas masukan yang diberikan, Kak Randy dengan diskusi-diskusi ilmu bioinformatik yang seru, juga Kak William Chua atas diskusi kita yang sering berakhir dengan debat.

iv Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

7. Kimia angkatan 2007, Prita Belinda, Tyas, Iki, Johannes atas dukungan dan masukannya. Adit, Wahyu, Rafi, Ari, Tyo, Yomi, Widi, Rifan, Muchtar, Tegar, Widya, Sabil, Fitriana, Rani, Savitri, Sisil, Ikor, Nisa, Mita atas kebersamaan, keceriaan dan cerita seru angkatan kita yang tak lekang dimakan waktu. Kakak dan adik rekanrekan kimia angkatan 2006, 2008, 2009, 2010 dan 2011 yang memberikan kesan yang mendalam selama penulis menjalani kehidupan sebagai mahasiswa. 8. Keluarga HMD Kimia 2009, Evi yang rajin, Ika N yang cerewet, Zetry yang galak, Atur yang suka ngelawak tanpa sebab yang telah meminjamkan laptopnya untuk penulis, Ari, Awe, Riri, Niar, Gisha dan seluruh pengurus lainnya atas kontribusi besarnya. Keluarga MII dan Bem MIPA serta Ikahimki, Yosi dari UNPAK, Arman dan Rika UIN, Wangsa dan Nida UNPAD, Fazri ITB, Arya dan Abdul UPI atas semangat dan keceriaan yang diberikan. 9. Seluruh karyawan Departemen Kimia, Pak Tris PerpusKim, Pak Sukiri, Pak Hedi, Pak Mardji dan Pak Hadi, juga Pak Yaya fotokopi. 10.Dan semua pihak yang tak bisa saya sebutkan satu persatu atas segala kontribusi, kebaikan dan pelajaran yang telah diberikan sehingga membentuk kematangan diri penulis. Semoga Allah SWT membalas budi dan jasa semua pihak yang telah membantu terwujudnya penulisan Tugas Akhir ini. Penulis menyadari masih banyak kekurangan sehubungan dengan terbatasnya waktu, kemampuan, dan pengetahuan yang penulis miliki. Oleh karena itu, penulis mengharapkan adanya saran dan kritik yang bersifat membangun demi perbaikan di masa yang akan datang. Akhir kata besar harapan semoga penulisan ini bermanfaat bagi banyak orang.

Jakarta, Januari 2012

Penulis

v Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

HALAMAN PERNYATAAN PERSETUJUAN PUBLIKASI TUGAS AKHIR UNTUK KEPENTINGAN AKADEMIS

Sebagai sivitas akademik Universitas Indonesia, saya yang bertanda tangan dibawah ini : Nama

: Ahmad Ardilla Zubaidi

NPM

: 0706262975

Departemen

: Kimia

Fakultas

: Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Jenis Karya

: Skripsi

demi pengembangan ilmu pengetahuan, menyetujui untuk memberikan kepada Universitas Indonesia Hak Bebas Royalti Noneksklusif (Non-exclusive RoyaltyFree Right) atas karya ilmiah saya yang berjudul : PERANCANGAN PEPTIDA SIKLIS SEBAGAI INHIBITOR ENZIM NS5 METILTRANSFERASE VIRUS DENGUE beserta perangkat yang ada (jika diperlukan). Dengan Hak Bebas Royalti Noneksklusif ini Universitas Indonesia berhak menyimpan, mengalihmedia/formatkan, mengelola dalam bentuk pangkalan data (database), merawat, dan memublikasikan tugas akhir saya selama tetap mencantumkan nama saya sebagai penulis/pencipta dan sebagai pemilik Hak Cipta. Demikian Pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya. Dibuat di : Depok Pada Tanggal : 9 Januari 2012 Yang menyatakan

(Ahmad Ardilla Zubaidi)

vi Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

ABSTRAK Nama Program Studi Judul

: Ahmad Ardilla Zubaidi : Kimia : Perancangan Peptida Siklis Sebagai Inhibitor Enzim NS5 Metiltransferase Virus Dengue

Penyakit demam berdarah merupakan ancaman serius bagi permasalahan kesehatan dunia. Sekitar 100 negara merupakan wilayah endemik bagi demam berdarah dengue dan sekitar 2,5 milyar penduduk dunia memiliki resiko terjangkit penyakit ini. Hingga saat ini masih belum ada pengobatan yang efektif untuk penyakit ini. Pada penelitian ini dilakukan perancangan ligan peptida siklis sebagai inhibitor enzim NS5 metiltransferase virus dengue secara in silico. Dilakukan penyejajaran terhadap sekuen NS5 metiltransferase yang terdapat pada NCBI dan diperoleh struktur tiga dimensi enzim dari Protein Data Bank dengan kode 2P41. Perancangan ligan menghasilkan sebanyak 1635 ligan peptida siklis untuk target sisi ikatan SAM dan 736 ligan peptida siklis untuk target sisi ikatan RNA-cap. Docking oleh ligan dan standar untuk masing-masing sisi ikatan dilakukan terhadap enzim NS5 metiltransferase. Didapatkan sebanyak delapan ligan terbaik dengan empat ligan untuk masing-masing target sisi ikatan SAM dan RNA-cap. Delapan ligan ini memiliki afinitas ikatan dan potensi inhibisi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Berdasarkan prediksi toksisitas dan drug scan, kedelapan ligan peptida siklis memiliki sifat farmakologi yang lebih baik daripada ligan standar.

Kata Kunci : Dengue, NS5 Metiltransferase, Molecular Docking xiv+153 halaman : 19 gambar; 8 tabel Daftar Pustaka : 60 (1990-2011)

vii Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

ABSTRACT Name Study Program Topic

: Ahmad Ardilla Zubaidi : Chemistry : Designing Cyclic Peptide Inhibitor of Enzyme NS5 Methyltransferase Dengue Virus

Dengue is a dangerous disease facing the world. About 100 countries are endemic for dengue fever anad about 2.5 billion people at risk of contracting this disease. To date, there is currently no effective treatment for this disease. This study conducted designing of cyclic peptide ligands as enzyme inhibitors of dengue virus NS5 methyltransferase by in silico. Multiple sequence alignment is performed on the NS5 methyltransferase collected from NCBI and three dimensional structure of the enzyme obtained from the Protein Data Bank with the code 2P41. The design produce 1635 cyclic peptide ligand of SAM binding site and 736 ligand of RNA-cap binding site. Docking by the ligand and standards for each binding site performed to the NS5 methyltransferase enzyme. It is obtained eight best ligand, four ligand for each binding site of SAM and RNA-cap. All of eight ligand have a better binding affinity and inhibitory potency. Based on prediction of toxicity and drug scans, eight cyclic peptide ligands have better pharmacological properties than standard ligands.

Keyword : Dengue, NS5 Methyltransferase, Molecular Docking xiv+153 pages : 19 pictures; 8 tables Bibliography : 60 (1990-2011)

viii Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

DAFTAR ISI HALAMAN JUDUL ............................................................................................ i HALAMAN PERNYATAAN ORISINALITAS .................................................. ii LEMBAR PENGESAHAN ................................................................................. iii KATA PENGANTAR ........................................................................................ iv LEMBAR PERSETUJUAN PUBLIKASI KARYA ILMIAH ............................. vi ABSTRAK ……………………………………………………………………. vii DAFTAR ISI ...................................................................................................... ix DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... xii DAFTAR TABEL ............................................................................................ xiii DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... xiv

1. PENDAHULUAN .......................................................................................... 1 1.1 Latar Belakang ......................................................................................... 1 1.2 Tujuan Penelitian ..................................................................................... 3

2. TINJAUAN PUSTAKA ................................................................................. 4 2.1 Demam Berdarah ..................................................................................... 4 2.2 Virus Dengue ........................................................................................... 4 2.2.1 Pemetaan Genom Virus ................................................................... 5 2.2.2 Replikasi Virus Dengue ................................................................... 7 2.3 Protein NS5 .............................................................................................. 8 2.3.1 Enzim NS5 Metiltransferase ............................................................ 9 2.4 Drug Discovery & Drug Design ............................................................. 10 2.4.1 Drug Discovery ............................................................................. 10 2.4.2 Drug Design .................................................................................. 10 2.5 Peptida Sebagai Drug ............................................................................. 11 2.6 Bioinformatika ....................................................................................... 12 2.6.1 Definisi ........................................................................................... 12 2.6.2 Database ......................................................................................... 12 2.6.3 Multiple Sequence Alignment .......................................................... 13 2.6.4 Protein Data Bank ........................................................................... 13 2.6.5 Molecular Modelling ....................................................................... 14 2.6.6 Molecular Docking ......................................................................... 14 2.7 Prediksi Toksisitas Secara In Silico ........................................................ 15 ix Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

3. METODE PENELITIAN ............................................................................ 16 3.1 Preparasi Enzim NS5 Metiltransferase Virus Dengue ............................ 16 3.1.1. Pencarian Sekuen Enzim NS5 Metiltransferase Virus .................... 16 3.1.2 Multiple Sequence Alignment ........................................................ 16 3.1.3 Pencarian Data PDB Struktur 3D Enzim NS5 Metiltransferase ...... 16 3.1.4 Optimasi Geometri dan Minimasi Energi Enzim NS5 Metiltransferase 16 3.2 Preparasi Peptida Siklis ........................................................................ 17 3.2.1 Perancangan Struktur 3D Ligan Peptida Siklis............................... 17 3.2.2 Optimasi Geometri dan Minimasi Energi Ligan Peptida Siklis ...... 17 3.3 Docking antara Ligan Dengan Enzim NS Metiltransferase...................... 17 3.4 Analisis Hasil Docking ......................................................................... 17 3.4.1 Energi Ikatan dan Konstanta Inhibisi ............................................... 17 3.4.2 Ikatan Hidrogen .............................................................................. 18 3.4.3 Kontak Residu................................................................................. 18 3.5 Prediksi Toksisitas................................................................................. 18

4. HASIL DAN PEMBAHASAN ..................................................................... 19 4.1 Preparasi Enzim Metiltransferase ........................................................... 19 4.1.1 Pencarian Sekuen Enzim NS5 Metiltransferase ............................ 19 4.1.2 Multiple Sequence Alignment ....................................................... 19 4.1.3 Pencarian Data PDB Struktur 3D Enzim NS5 Metiltransferase ..... 19 4.1.4 Visualisasi Sisi Ikatan Enzim NS5 Metiltransferase ...................... 20 4.1.5 Optimasi Geometri dan Minimisasi Energi Enzim NS5 Metiltransferase ............................................................................ 22 4.2 Preparasi Ligan Peptida Siklis ................................................................ 23 4.2.1 Pemilihan Asam Amino Ligan Peptida Siklis Sisi Ikatan SAM ..... 23 4.2.2 Pemilihan Asam Amino Ligan Peptida Siklis Sisi Ikatan RNA-cap .. 23 4.2.3 Perancangan Struktur 3D Ligan Peptida Siklis .............................. 23 4.2.4 Optimasi Geometri dan Minimisasi Energi Ligan Peptida Siklis ... 24 4.3 Docking antara Ligan Peptida Siklis Dengan Enzim NS Metiltransferase .. 25 4.4 Analisis Hasil Docking .......................................................................... 26 4.4.1 Energi Bebas Ikatan (ΔGbinding) dan Konstanta Inhibisi .................... 28 4.4.2 Ikatan Hidrogen dan Kontak Residu ................................................ 30 4.5 Prediksi Toksisitas.................................................................................. 40

x Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

5. KESIMPULAN DAN SARAN ..................................................................... 44 5.1 Kesimpulan ............................................................................................ 44 5.2 Saran ...................................................................................................... 44

DAFTAR REFERENSI ................................................................................... 45

LAMPIRAN. .................................................................................................... 52

xi Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 Partikel virus dengue ........................................................................ 5 Gambar 2.2 Pemetaaan genom virus dengue ........................................................ 6 Gambar 2.3 Replikasi virus dengue ...................................................................... 8 Gambar 2.4 Proses transfer gugus metil oleh enzim NS5 metiltransferase ............ 9 Gambar 2.5 Tahapan drug development ............................................................. 10 Gambar 4.1 Struktur kristal tiga dimensi NS5 metiltransferase............................ 20 Gambar 4.2 Visualisasi sisi ikatan enzim NS5 metiltransferase .......................... 21 Gambar 4.3 Susunan rancangan peptida siklis .................................................... 24 Gambar 4.4 Visualisasi interaksi ligan TWY dengan sisi ikatan SAM ................ 33 Gambar 4.5 Visualisasi interaksi ligan YWH dengan sisi ikatan SAM ............... 33 Gambar 4.6 Visualisasi interaksi ligan YDH dengan sisi ikatan SAM ................ 34 Gambar 4.7 Visualisasi interaksi ligan TRY dengan sisi ikatan SAM ................. 34 Gambar 4.8 Visualisasi interaksi ligan standar SAM dengan sisi ikatan SAM .... 15 Gambar 4.9 Visualisasi interaksi ligan standar SAH dengan sisi ikatan SAM ..... 35 Gambar 4.10 Visualisasi interaksi ligan YEF dengan sisi ikatan RNA-cap ......... 37 Gambar 4.11 Visualisasi interaksi ligan YDH dengan sisi ikatan RNA-cap ........ 38 Gambar 4.12 Visualisasi interaksi ligan YQN dengan sisi ikatan RNA-cap ........ 38 Gambar 4.13 Visualisasi interaksi ligan TNY dengan sisi ikatan RNA-cap ........ 39 Gambar 4.14 Visualisasi interaksi ligan standar RTP dengan sisi ikatan RNA-cap 39

xii Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

DAFTAR TABEL

Tabel 4.1 Data energi bebas ikatan dan kontanta inhibisi sisi ikatan SAM .......... 29 Tabel 4.2 Data energi bebas ikatan dan kontanta inhibisi sisi ikatan RNA-cap ... 29 Tabel 4.3 Interaksi ligan dengan enzim NS5 metiltransferase sisi ikatan SAM ... 31 Tabel 4.4 Interaksi ligan dengan enzim NS5 metiltransferase s isi ikatan RNA-cap . 36 Tabel 4.5 Hasil prediksi toksisitas ligan sisi ikatan SAM dengan Toxtree ........... 41 Tabel 4.6 Hasil prediksi toksisitas ligan sisi ikatan RNA-cap dengan Toxtree .... 41 Tabel 4.7 Hasil prediksi toksisitas ligan sisi ikatan SAM dengan Osiris Property Explorer......................................................................................... 42 Tabel 4.8 Hasil prediksi toksisitas ligan sisi ikatan RNA-cap dengan Osiris Property Explorer .......................................................................... 42

xiii Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Bagan kerja penelitian .................................................................... 52 Lampiran 2 Hasil pencarian sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue .. 53 Lampiran 3 Multiple alignment dengan clustalW2 ............................................ 54 Lampiran 4 Hasil multiple sequence alignment enzim NS5 metiltransferase ...... 55 Lampiran 5 Data sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue ................... 58 Lampiran 6 Data screening 1635 ligan target sisi ikatan SAM........................... 59 Lampiran 7 Data screening 736 ligan target sisi ikatan RNA-cap ...................... 98 Lampiran 8 Data screening 164 ligan target sisi ikatan SAM .......................... 116 Lampiran 9 Data screening 74 ligan target sisi ikatan RNA-cap ...................... 120 Lampiran 10 Data screening 15 ligan dan standar target sisi ikatan SAM ........ 122 Lampiran 11 Data screening 15 ligan dan standar target sisi ikatan RNA-cap . 123 Lampiran 12 Ligan standar S-Adenosil-Metionin (SAM), S-AdenosilHomosistein (SAH) dan ribavirin triposfat (RTP) ........................ 124 Lampiran 13 Interaksi 15 ligan terbaik target sisi ikatan SAM......................... 125 Lampiran 14 Interaksi 15 ligan terbaik target sisi ikatan RNA-cap .................. 128 Lampiran 15 Data interaksi ligan TWY dengan sisi ikatan SAM ..................... 131 Lampiran 16 Data interaksi ligan YWH dengan sisi ikatan SAM .................... 133 Lampiran 17 Data interaksi ligan YDH dengan sisi ikatan SAM ..................... 135 Lampiran 18 Data interaksi ligan TRY dengan sisi ikatan SAM ...................... 137 Lampiran 19 Data interaksi ligan standar SAM dengan sisi ikatan SAM ......... 140 Lampiran 20 Data interaksi ligan standar SAH dengan sisi ikatan SAM .......... 142 Lampiran 21 Data interaksi ligan YEF dengan sisi ikatan RNA-cap ................ 144 Lampiran 22 Data interaksi ligan YDF dengan sisi ikatan RNA-cap ............... 146 Lampiran 23 Data interaksi ligan YQN dengan sisi ikatan RNA-cap ............... 148 Lampiran 24 Data interaksi ligan TNY dengan sisi ikatan RNA-cap ............... 150 Lampiran 25 Data interaksi ligan standar RTP dengan sisi ikatan RNA-cap .... 152

xiv Perancangan peptida..., Ahmad Ardilla Zubaidi, FMIPA UI, 2012

BAB 1 PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang Penyakit demam berdarah merupakan ancaman serius bagi permasalahan kesehatan dunia. Distribusi geografis penyakit ini telah mengalami perluasan yang sangat besar selama 30 tahun terakhir. Hal ini terjadi karena meningkatnya kondisi yang potensial bagi perkembangan populasi Aedes aegypti, spesies nyamuk yang merupakan pembawa virus dengue penyebab penyakit demam berdarah (WHO, 2007). Sebagian infeksi virus dengue menunjukkan gejala demam ringan yang dikenal juga sebagai dengue fever (DF), sedangkan beberapa pasien menunjukkan tingkat keparahan yang lebih lanjut, yang secara potensial dapat membahayakan kesehatan. Tingkat selanjutnya ini disebut dengan dengue hemorrhagic fever (DHF) yang dicirikan dengan pecahnya pembuluh kapiler darah dan thrombocytopenia. Pada kasus yang lebih parah lagi, pasien dapat mengalami shock hipovolemia yang biasa disebut dengan dengue shock syndrome (DSS) dengan tingkat kematian 5-10 % per kasus (Tomlinson et al., 2009). Sekitar 100 negara merupakan wilayah endemik bagi demam berdarah dengue dan 40% dari populasi dunia atau sekitar 2,5 milyar penduduk dunia pada daerah tropis dan sub-tropis memiliki resiko terjangkit penyakit ini. Lebih dari 50 juta infeksi demam ringan dengan 400.000 kasus demam berdarah dengue dilaporkan tiap tahunnya dimana penyakit ini telah menyebabkan banyak kasus kematian pada anak-anak di beberapa negara di benua asia (Guglani and Kabra., 2005). Indonesia sendiri merupakan salah satu negara yang keseluruhan daerahnya merupakan daerah dengan epidemi dengue (Raekiansyah et al., 2004). Departemen Kesehatan menunjukkan jumlah pasien demam berdarah dengue pada tahun 2007 mencapai 156.767 orang dengan jumlah yang meninggal 1.570 orang. Dalam dua bulan pertama tahun 2008, jumlah penderita demam berdarah dengue di Indonesia mencapai 12.266 orang, dan yang meninggal 97 orang; di DKI

1

Universitas Indonesia


2

Jakarta tercatat 5.093 penderita demam berdarah dengue dan di Jawa Tengah 2.557 orang (litbang.deptan.go.id, 2008). Virus dengue memiliki empat serotipe yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Klasifikasi tersebut didasarkan pada jenis antibodi yang dihasilkan di dalam tubuh manusia setelah terinfeksi. Keempat serotipe ini memiliki morfologi dan genom yang sama tetapi menunjukkan antigen yang berbeda sehingga seseorang bisa terinfeksi virus ini lebih dari satu kali karena tidak adanya proteksi silang yang lengkap (Lindenbach., 2007). Sejauh ini terdapat beberapa vaksin untuk demam berdarah dengue yang sedang memasuki tahapan uji klinis. namun pengobatan yang efektif terhadap infeksi virus dengue masih belum tersedia (Sanchez et al., 2009). Pengembangan vaksin virus dengue cukup sulit karena patogenitas virus dengue, oleh karena itu dibutuhkan suatu pengobatan baru yang bersifat antiviral yang dapat menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh (Geiss et al., 2009). Penemuan obat merupakan sebuah proses yang melibatkan banyak disiplin ilmu. Sebelumnya, para peneliti melakukan metode trial dan error secara in vitro untuk menemukan senyawa yang dapat berperan sebagai inhibitor yang dalam perjalanannya membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang sangat besar. Saat ini dengan adanya bantuan komputer, perancangan obat dapat menjadi lebih efisien (Kirsten, 2008). Salah satu metode yang dapat digunakan adalah molecular docking. Metode ini digunakan untuk memprediksikan orientasi ikatan antara inhibitor dengan enzim target sehingga dapat diketahui afinitas dari rancangan inhibitor tersebut. Untuk melakukan molecular docking, dibutuhkan struktur tiga dimensi dari inhibitor dan enzim target yang dapat diperoleh dari database maupun melalui teknik molecular modelling (Lucientes, 2004). Enzim nonstruktural (NS) seperti NS3 protease dengan kofaktor NS2B, NS3 helikase/nukleosida triposfatase (NTPase)/ RNA 5’ triposfatase (RTPase), NS5 metiltransferase (Mtase), dan NS5 RNA-dependen RNA polimerase (RdRp) diketahui memiliki peran yang penting pada replikasi virus dengue (Khan et al., 2008). Saat ini, protein NS3 dan NS5 merupakan enzim dari virus dengue yang



3

paling dipahami mekanismenya, menjadikan enzim ini sebagai target yang ideal untuk pembuatan antiviral virus dengue (Noble et al., 2010). Beberapa penelitian terkait inhibisi enzim yang merupakan target potensial pada virus dengue telah dilakukan sebelumnya. Pada tahun 2009, Karimah melakukan perancangan peptida siklis sebagai inhibitor bagi enzim NS5 RNAdependen RNA polimerase dan menghasilkan ligan CDEEC sebagai ligan terbaik. Tambunan et al., (2010) melakukan perancangan peptida siklis KRK sebagai inhibitor potensial enzim NS2B-NS3 protease. Tambunan et al., (2011) juga merancang sebanyak 49 peptida siklis berdasar pada asam amino yang dapat dikenali oleh sisi aktif NS2-NS3 protease dan menghasilkan ligan terbaik RKR Pada tahun 2010, Podvinec et al, menggunakan S-Adenosil-Homosistein (SAH), ribavirin triposfat dan sinefungin sebagai inhibitor analog bagi enzim NS5 metiltransferase, tetapi kemudian diketahui bahwa SAH memiliki permasalahan kestabilan dan menunjukan sifat toksisitas, ribavirin memiliki aktivitas yang rendah, sedangkan sinefungin memiliki spesifitas yang rendah dan permasalahan nefrotoksisitas. Seiring dengan banyaknya pencarian senyawa baru untuk dapat digunakan sebagai inhibitor, peptida menjadi salah satu pilihan yang banyak dikembangkan dalam drug design. Peptida dapat disintesis dari produk alami maupun disintesis secara kimia. Walaupun molekul peptida memiliki kestabilan yang rendah tetapi peptida lebih disukai karena peptida memiliki aktivitas dan spesifitas yang tinggi (Sehgal, 2006). Saat ini, penelitian mengenai peptida untuk perancangan dan penemuan obat merupakan bidang yang paling menjanjikan dalam pengembangan obat baru. Lebih dari 140 peptida digunakan sebagai obat dan lebih dari 400 peptida memasuki fase praklinis dunia dengan rerata pertumbuhan dalam setahun lebih dari 15% (Hutcher & Dietrich, 2007). 1.2 Tujuan Penelitian Tujuan penelitian ini adalah untuk merancang peptida siklis bagi dua binding pocket enzim NS5 metiltransferase virus dengue berdasarkan sisi aktifnya sehingga dapat digunakan sebagai inhibitor dari NS5 metiltransferase virus dengue melalui studi in silico menggunakan metode molecular docking. Universitas Indonesia


BAB 2 TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Demam Berdarah Demam berdarah merupakan salah satu penyakit menular yang disebabkan oleh infeksi virus dengue. Penyakit ini sering menimbulkan wabah dan menyebabkan kematian terutama pada anak, khususnya di daerah tropis dan subtropis. Vektor pembantu penyebaran virus dengue adalah nyamuk Aedes aegypti dan Aedes albopictus, kedua jenis nyamuk ini terdapat hampir diseluruh pelosok Indonesia, kecuali ditempat-tempat yang mempunyai ketinggian lebih dari 1000 meter diatas permukaan laut (Hiswani, 2003). Demam berdarah telah berkembang sejak lama di dunia, pertama kali dikenali pada tahun 1779 di Kairo. Wabah demam berdarah dengue di Indonesia yang menyebabkan banyak kematian terjadi untuk pertama kalinya pada tahun 1968 di kota Jakarta dan Surabaya, akan tetapi konfirmasi virologisnya baru didapatkan pada tahun 1972. Sejak saat itu penyakit ini menyebar ke berbagai daerah, sehingga sampai tahun 1980 penyebarannya mencakup seluruh propinsi di Indonesia kecuali Timor-Timur dan menimbulkan kejadian luar biasa (KLB) (Suroso 2003). 2.2 Virus Dengue Virus dengue merupakan virus RNA untai tunggal positif yang termasuk dalam genus flavivirus keluarga Flaviviridae (Zhang et al., 2003). Virus ini adalah anggota dari group arbovirus yaitu suatu kelompok besar virus yang memiliki siklus biologis yang melibatkan arthropoda dan vertebrata sebagai inang untuk mereplikasikan diri (Vazquez et al., 2009). Virus dengue tersusun atas tiga protein struktural serta tujuh protein non struktural (Khan et al., 2008). Pada resolusi 2,4 Å struktur tersebut menunjukan bentuk ikosahedral simetris yang terdiri dari 90 dimer protein E (envelope) membentuk lapisan protein halus yang menutupi secara sempurna membran virus (Kuhn et al., 2002).

4



5

Gambar 2.1 Partikel virus dengue [Sumber: Kuhn et al., 2002]

Virus dengue memiliki empat serotipe yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Klasifikasi tersebut didasarkan pada jenis antibodi yang dihasilkan di dalam tubuh manusia setelah terinfeksi. Keempat serotipe ini memiliki morfologi dan genom yang sama tetapi menunjukkan antigen yang berbeda sehingga seseorang bisa terinfeksi virus ini lebih dari satu kali karena tidak adanya proteksi silang yang lengkap (Lindenbach, 2007). Infeksi oleh salah satu serotipe dapat meningkatkan patogenitas dari infeksi selanjutnya oleh ketiga serotipe lainnya (Lescar et al., 2008). 2.2.1 Pemetaan Genom Virus Genom virus dengue merupakan open reading frame (ORF) dari sebuah ribonucleic acid (RNA) positif untai tunggal (Umareddy et al., 2007). Open reading frame ini mengandung 10.723 nukleotida dan mengkode satu poliprotein yang tediri dari 3.391 residu asam amino yang terbagi atas tiga protein struktural, C (capsid), prM (premembrane), dan E (envelope) serta tujuh protein nonstruktural NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, dan NS5 ( Zuo et al., 2008) (Gambar 2.2). Protein struktural merupakan protein yang berperan dalam bentuk dan morfologi virus, sedangkan protein non-struktural merupakan enzim-enzim yang berperan dalam proses replikasi virus. Pada ujung-ujung ORF terdapat Universitas Indonesia


6 kode 5’UTR dan 3’UTR yang berperan penting dalam proses inisiasi dan regulasi pada proses translasi, transkripsi dan replikasi virus (Chiu et al., 2005). Virion virus terdiri dari protein E (envelope) yang berperan dalam penempelan virus ke reseptor inang, dan protein prM (premembrane) yang merupakan glikoprotein struktural. Sedangkan protein C (capsid) membentuk struktur ikosahedral dan mengikat genom RNA virus (Melino et al., 2007). Ketujuh protein non-struktural memiliki peran yang penting dalam siklus replikasi virus. Glikoprotein NS1 terbentuk di permukaan sel inang saat infeksi terjadi dan berperan juga dalam replikasi RNA virus. NS2A, NS4A dan NS4B merupakan protein hidrofobik yang membantu proses replikasi di retikulum endoplasma (RE). Sintesis RNA virus dibantu oleh enzim RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) yang terdapat pada protein NS5. Pemotongan unit-unit fungsional dari untaian poliprotein hasil translasi dikatalisis oleh serin protease yang terdapat pada protein NS3 yang pada prosesnya dibantu oleh NS2B sebagai kofaktor (Zuo et al., 2008).

Gambar 2.2 Pemetaan genom virus dengue



7

2.2.2 Replikasi Virus Dengue Proses infeksi virus dengue dimulai ketika terjadi interaksi antara protein envelope (E) virus dengan reseptor permukaan sel inang. Partikel virus kemudian masuk ke dalam sel dengan cara endositosis. Ketika gelembung endositosis memiliki kadar asam yang sesuai melalui proses acidification, nukleokapsid akan masuk ke dalam sitoplasma dimana genom virus kemudian akan dilepaskan. Virus dengue yang merupakan RNA untai tunggal positif kemudian dapat langsung mengalami translasi menjadi suatu poliprotein tunggal. Proses cotranslation dan post translation terjadi dengan menggunakan organel-organel sel inang untuk memproduksi komponen-komponen virus yang penting untuk replikasi (Tomlinson et al., 2009). Komponen virus yang telah diproduksi kemudian dibawa ke retikulum endoplasma dan kemudian terjadi perakitan partikel virus baru menghasilkan satu untaian poliprotein yang akan diproses menjadi unit-unit protein fungsional bagi virus. Pemotongan pada sisi NS1-NS2A langsung terjadi setelah poliprotein terbentuk oleh protease yang belum teridentifikasi yang terdapat pada RE. Selanjutnya terjadi pemotongan pada konjugasi C-prM, prM-E, E-NS1 dan NS4A-NS4B oleh peptidase retikulum endoplasma inang, dan pemotongan pada NS2A-NS2B, NS2B-NS3, NS3-NS4A dan NS4B-NS5 oleh protease virus (Zuo et al., 2008) Setelah unit protein fungsional terbentuk, RNA virus akan mengalami replikasi dan mensintesis RNA untai negatif sebagai cetakan untuk pembentukan RNA untai positif virus. Kemudian RNA ini akan berasosiasi dengan protein capsid (C) hasil translasi awal dan membentuk virion immature di permukaan RE. Virion ini ditransportasikan menuju badan golgi untuk proses pematangan dalam jumlah besar yang kemudian akan menyebabkan sel inang mengalami lisis dan virion mature keluar dari sel inang melalui eksositosis (Zuo et al., 2008)



8

Gambar 2.3 Replikasi virus dengue [Sumber: Tomlinson et al., 2009]

2.3 Protein NS5 Protein NS5 merupakan protein virus dengue terbesar dengan massa molekul 104 kDa (Yap et al., 2007). Protein ini juga merupakan protein paling dipertahankan pada virus dengue karena terdapat paling tidak 67% sekuen asam amino yang sama yang terdapat pada keempat serotipe virus dengue (Moren et al., 2008).

NS5 mengandung RNA metiltransferase (Mtase) pada ujung N dan RNA dependen-RNA polimerase (RdRp) pada ujung C. Bagian C-terminal NS5 pada posisi residu 420-900 yang merupakan RNA-dependen RNA polimerase (RdRp) bertanggung jawab untuk sintesis dari template RNA intermediet untuk replikasi selanjutnya dari genom RNA untai positif (Qi. et al, 2008). NS5 metiltransferase Universitas Indonesia


9

yang berada pada ujung N berfungsi dalam proses capping RNA yang baru terbentuk (Noble et al., 2010). 2.3.1 Enzim NS5 Metiltransferase Enzim NS5 metiltransferase merupakan enzim yang berperan dalam proses capping RNA yang baru saja terbentuk. Enzim ini berperan dalam proses capping mRNA dengan cara melakukan transfer gugus metil dari kofaktor Sadenosl-l-metionin (SAM/AdoMet) kepada atom N7 dari basa guanin RNA dan kepada gugus 2’OH dari ribosa RNA (Zhou et al., 2007).

+

(by product)

Gambar 2.5 Transfer gugus metil oleh enzim NS5 metiltransferase Enzim NS5 metiltransferase memiliki dua sisi ikatan yang terhubung oleh celah Y-shaped. Sisi ikatan pertama adalah sisi ikatan SAM (donor gugus metil) dan yang kedua adalah sisi ikatan RNA-cap yang cenderung dangkal dan lebih kecil ukurannya (Lim et al., 2008) Enzim ini memiliki dua proses metilasi yaitu penyerahan gugus metil kepada sisi ikatan SAM dan kemudian transfer gugus metil tersebut kepada basa guanin RNA. Walaupun enzim NS5 metiltransferase ini memiliki dua proses metilasi namun proses tersebut terjadi pada tempat yang sama (Courageot et al.,



10

2000). Substrat RNA diperkirakan mengalami perubahan posisi untuk dapat menerima gugus metil pada daerah sisi ikatan SAM (Lim et al., 2008).

2.4 Drug Discovery dan Drug Design 2.4.1 Drug Discovery Drug discovery dan drug development memerlukan biaya yang sangat mahal dan waktu proses yang panjang. Proses tersebut biasanya memakan waktu rata-rata 12-15 tahun. Secara konvensional, yang dilakukan adalah mensintesis turunan dan analog suatu senyawa dan diujikan langsung pada enzim sampai ditemukan beberapa senyawa yang sangat potensial untuk dikembangkan sebagai obat (Apriyanti, 2010).

Keterangan : telah diolah kembali

Gambar 2 Tahapan drug development [Sumber: Nash, 2008]

2.4.2 Drug Design Drug design adalah suatu metode perancangan obat yang didasarkan pada analisis biologis dan fisik dari targetnya. Targetnya merupakan molekul-molekul atau bagian dari makromolekul yang berperan vital dalam proses metabolik dari kondisi patologis seseorang akibat penyakit yang disebabkan oleh mikroba patogen. Umumnya obat dirancang untuk menginhibisi atau menghentikan aktivitas makromolekul tersebut dengan cara membentuk ikatan terhadap sisi Universitas Indonesia


11

katalitik dari molekul-molekul tersebut sehingga molekul obat berperan sebagai inhibitor. Hal yang harus dipertimbangkan dalam merancang inhibitor sebagai drug, antara lain adalah spesifitas dan potensi inhibisinya. Spesifitas dan potensi inhibisi yang tinggi akan mengurangi efek samping dan tingkat toksisitasnya (Gubernator, 1998). Saat ini telah banyak dilakukan pengembangan drug design dengan menggunakan metode komputasi yang lebih rasional dan efisien yang disebut computer-aided drug design. Metode ini digunakan untuk menemukan, memperbaiki atau mempelajari obat-obatan dan molekul aktif biologis yang terkait secara in silico. Tujuan mendasar dari metode ini adalah memprediksi apakah molekul tersebut mengikat target dan seberapa kuat molekul tersebut mengikatnya. Hal tersebut akan memberikan informasi pada desain ligan molekul kecil yang akan memblokir atau mengaktifkan fungsi normal target dan dapat dikembangkan sebagai obat (Singh et al., 2006). 2.5 Peptida Sebagai Drug Peptida merupakan gabungan dari dua atau lebih molekul asam amino yang dapat berikatan secara kovalen melalui ikatan amina (ikatan peptida). Ikatan peptida ini terjadi akibat reaksi kondensasi hilangnya molekul air yang berasal dari gugus karboksil satu asam amino dan gugus asam amino lain (Lehninger 2004). Obat-obatan yang berbasis peptida mempunyai keunggulan dimana, aktivitasnya lebih tinggi dan bekerja dengan lebih spesifik. Interaksi antara obat dengan obat lainnya juga lebih minim dan tingkat toksisitasnya rendah karena tidak terakumulasi dalam jaringan tubuh (Ayoub M. & Scheidegger D., 2006). Penelitian mengenai peptida untuk perancangan dan penemuan obat merupakan bidang yang paling menjanjikan dalam pengembangan obat baru. Lebih dari 140 peptida digunakan saat ini dan lebih dari 400 peptida memasuki fase praklinis dunia dengan rata-rata pertumbuhan dalam setahun lebih dari 15% (Hutcher & Dietrich, 2007).



12

2.6 Bioinformatika 2.6.1 Definisi Bioinformatika berasal dari kata bio dan informatika yang merupakan gabungan dari ilmu biologi dan teknik informasi, teknologi bioinformatika ini bertujuan untuk mengaplikasikan data dari alat komputasi melalui suatu analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan data-data biologis yang terkandung dibalik sistem nyata yang ada di setiap makhluk hidup. Bioinformatika digolongkan sebagai disiplin ilmu baru yang mencakup tak hanya ilmu komputer dan biologi sebagai dasar dunia kedokteran, namun juga matematika dan fisika yang secara bersama-sama diintegrasikan pada suatu aplikasi dalam membuka aspek-aspek yang belum terjelaskan dalam ilmu terapi konvensional. Rujukan terbesar bioinformatika merupakan bentuk terkecil dari makhluk hidup yang dikenal sebagai gen, yang meliputi DNA dan RNA sebagai protein yang membentuk sel makhluk hidup itu sendiri (Ahmadi, 2009). Pesatnya perkembangan teknologi informasi dan peningkatan ilmu komputer khususnya pada bidang biologi molekuler, menjadikan bioinformatika sebagai ilmu yang membuka sudut pandang baru dalam menyelesaikan persoalan biologi molekuler (Baxevanis dan Oullette, 2005). Dalam hubungannya dengan drug design, bioinformatika berperan besar untuk mereduksi jumlah senyawa yang diusulkan secara rasional dan diharapkan lebih efektif serta membantu memahami interaksi drug dengan targetnya (Geldenhuys, 2006). 2.6.2 Database Database adalah kumpulan data yang diatur sedemikian rupa untuk memudahkan penggunanya. Pada database bioinformatika, data yang diatur merupakan data sekuen DNA atau protein yang didapat melalui percobaan laboratorium yang biasanya disimpan dalam file komputer. Setiap file dari suatu sekuen berisi informasi mengenai asal organisme, nama sekuen, dan juga nomor akses yang digunakan untuk mengidentifikasi sekuen tersebut (Mount, 2004). Dalam analisis bioinformatika, keberadaan database merupakan syarat utama. Database DNA yang utama adalah GenBank di Amerika Serikat, sedangkan database untuk protein dapat ditemukan di SWISS-PROT, Protein



13

Information Resource (PIR) dan Protein Data Bank (PDB) (Baxevanis dan Ouellette, 2005). 2.6.3 Multiple Sequence Alignment Pencarian database umumnya berdasar hasil sequence alignment, baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/ protein yang belum diketahui fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan fungsi dari sekuen tersebut. Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural Network, Genetic Algorithm dan lain lain telah dipakai dengan sukses untuk pencarian database ini. Salah satu software pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) (Woodsmall and Benson, 1993). Software ini telah diadaptasi untuk melakukan alignment terhadap berbagai sekuen seperti DNA (blastn), protein (blastp). Baru-baru versi yang fleksibel untuk dapat beradaptasi dengan database yang lebih variatif telah dikembangkan dan disebut Gapped BLAST serta PSI (Position Specific Iterated) (Altschul, 1990). Sementara itu software yang digunakan untuk melakukan alignment terhadap sekuen terbatas di antaranya yang lazim digunakan adalah clustalX dan clustalW dengan menggunakan algoritma HMM (Hidden Markov Model) (Altschul, 1997). 2.6.4 Protein Data Bank Sumber utama untuk data struktur protein adalah Protein Data Bank (PDB) yang tersedia pada situs http://www.pdb.org/. Situs ini adalah arsip data struktural tunggal tingkat dunia yang dibuat oleh Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB).), di Universitas New Jersey di Rutgers (Westhead et al., 2001). PDB merupakan data yang berisi koleksi struktur tiga dimensi protein, DNA dan molekul kompleks lainnya yang telah dipublikasikan dan ditentukan secara eksperimen dengan menggunakan X-ray crystallography atau NMR spectroscopy. Pada X-ray crystallography, sinar-X dipancarkan kepada kristal Universitas Indonesia


14

yang mengandung jutaan salinan suatu molekul. Sinar-X kemudian akan didifraksikan oleh kristal dan membentuk suatu pola yang bila dianalisis secara matematis akan menunjukkan posisi tiap atom dalam molekul. NMR spectroscopy menggunakan molekul dalam larutan dan akan memperlihatkan orientasi atom dalam medan magnetik (Baxevanis dan Ouellette, 2005). Format PDB merupakan format yang dapat dimengerti baik oleh komputer maupun manusia (machine-human-readable), dimana di dalam format ini ditampilkan informasi tentang sumber, sekuens, struktur sekunder dan juga koordinat tiga dimensi protein (Baxevanis dan Ouellette, 2005). 2.6.5 Molecular Modelling Molecular modelling merupakan suatu metode untuk merancang dan menganalisis struktur dan sifat-sifat molekul tertentu dengan mengunakan teknik kimia komputasional dan teknik visualisasi grafis yang bertujuan untuk menyediakan struktur geometri tiga dimensi yang sesuai dengan parameter kondisi yang telah ditentukan. Molecular modelling merupakan gabungan dari data empiris dan teknik komputasional untuk menirukan dan memodelkan perilaku molekul sehingga dapat digunakan untuk mempelajari sistem molekular tertentu (Leach, 2001). Salah satu kunci utama dari molecular modelling adalah penghitungan energi konformasi dan interaksi. Energi ini dapat dihitung dengan berbagai metode mulai dari penghitungan mekanika kuantum hingga fungsi empiris energi (Teodoro et al., 2001). Energi total molekul tersebut berhubungan dengan energi internal sistem atau energi potensial. Molekul berada dalam keadaan atau konformasi paling stabil ketika energi potensialnya mencapai nilai paling minimum. Keadaan ini mempengaruhi karakter molekul dalam peranannya pada proses kimia dan biologi (Leach, 2001). 2.6.6 Molecular Docking Molecular docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang disukai dari suatu molekul ke molekul lain saat berikatan satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil (Achsanuddin, 2008). Molecular docking banyak dimanfaatkan dalam mencari ligan yang dapat terikat dengan baik secara Universitas Indonesia


15

geometris dan energisitas terhadap binding site dari sebuah protein (Teodoro et al., 2001). Saat ini molecular docking banyak diaplikasikan di dalam drug design untuk memprediksikan orientasi ikatan antara kandidat molekul drug dengan protein target sehingga dapat diketahui afinitas dari molekul drug tersebut. Untuk melakukan molecular docking, hal pertama yang dibutuhkan adalah struktur tiga dimensi dari ligan (drug) dan protein target.Struktur tiga dimensi ligan dapat dimodelkan dengan menggunakan teknik molecular modeling sedangkan struktur tiga dimensi protein target dapat ditentukan secara empiris dengan menggunakan teknik NMR spectroscopy dan x-ray crytallography yang terdapat pada database Protein Data Bank dan secara in silico dengan teknik homology modelling (Lucientes, 2004). 2.7 Prediksi Toksisitas Secara In Silico Banyak penelitian kemoinformatika memusatkan perhatian pada analisis dan prediksi senyawa yang berpotensi dalam hal karakteristik ADME-Tox (Wulandari, 2010). Analisa terhadap sifat karsinogenisitas dan mutagenisitas perlu dilakukan utuk menghindari sintesis senyawa yang memiliki efek buruk bagi sistem tubuh. Terdapat banyak software yang dikembangkan untuk membantu prediksi toksisitas suatu senyawa dan kemiripannya sebagai obat. Kalkulasi nilai Drug-likeness atau kemiripan suatu senyawa terhadap obat dan toksisitas suatu senyawa oleh software biasanya mengacu pada kemiripan senyawa tersebut dengan gugus fungsi yang diketahui sifatnya maupun obat yang sudah tersedia dipasaran. Software Toxtree dan Osiris Property Explorer merupakan perangkat yang dapat digunakan untuk membantu prediksi toksisitas suatu senyawa.



BAB 3 METODE PENELITIAN

3.1 Preparasi Enzim NS5 Metiltransferase Virus Dengue 3.1.1 Pencarian Sekuen Enzim NS5 Metiltransferase Pencarian data sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue dilakukan melalui database pada situs National Center for Biotechnology Information (NCBI). Halaman NCBI ini dapat diakses pada alamat http://ncbi.nlm.nih.gov.

Sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue di simpan dalam format FASTA. 3.1.2 Multiple Sequence Alignment Seluruh sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue yang didapat dari database dimasukkan sebagai input ke dalam server clustalW2 pada situs European Bioinformatics Institute (EBI). Halaman clustalW2 ini dapat diakses pada alamat http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2. Pada server ini dilakukan penyejajaran antara setiap enzim NS5 metiltransferase virus dengue. Sekuen enzim NS5 metiltransferase dengan nilai kesamaan tertinggi akan digunakan untuk memperoleh struktur tiga dimensinya. 3.1.3 Pencarian Data PDB Struktur 3D Enzim NS5 Metiltransferase Struktur tiga dimensi enzim NS5 metiltransferase dapat diunduh dari database PDB yang terdapat pada Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank melalui alamat http://www.rscb.org/pdb.

3.1.4 Optimasi Geometri dan Minimasi Energi Enzim NS5 Metiltransferase Optimasi geometri dan minimasi energy enzim NS5 metiltransferase dilakukan dengan menggunakan software Molecular Operating Environtment (MOE).

16

Uniersitas Indonesia


17

3.2 Preparasi Ligan Peptida Siklis 3.2.1 Perancangan Struktur 3D Ligan Peptida siklis Ligan peptida yang akan digunakan sebagai inhibitor enzim NS5 metiltransferase digambar dengan menggunakan ChemSketch ACDLabs. Peptida dibuat dari kombinasi asam amino yang masing-masing ujungnya terikat dengan asam amino sistein untuk membentuk jembatan disulfida. Ligan yang digambar kemudian diubah ke dalam bentuk tiga dimensinya. 3.2.2 Optimasi Geometri dan Minimasi Energi Ligan Peptida Siklis Optimasi geometri dan struktur ligan dilakukan dengan menggunakan software MOE dengan menggunakan algoritma conjugate gradient Polak-Ribiere dengan batas konvergensi gradient RMS 0,001 kcal/A dan parameter kalkulasi forc field MMFF94x. 3.3 Docking Antara Ligan Dengan Enzim NS5 Metiltransferase Proses docking dimulai dengan preparasi file docking dengan menggunakan bagian Dock yang terdapat dalam software MOE. Ligan dan enzim yang akan digunakan ditambahkan hidrogen dan muatan forcefield. Kalkulasi docking dijalankan dengan parameter algoritma Lamarckian Genetic Algorithm (LGA). Proses docking kemudian dijalankan dengan menggunakan software MOE. 3.4 Analisis Hasil Docking Hasil kalkulasi docking dilihat pada output dalam format .mdb. Hasil yang didapatkan kemudian dianalisa dengan beberapa parameter seperti Gbinding , ikatan

hidrogen, dan kontak residu. 3.4.1 Energi Ikatan dan Konstanta Inhibisi (Ki) Energi ikatan dan konstanta inhibisi hasil docking dilihat pada output dalam format notepad. Kompleks enzim-ligan yang dipilih adalah kompleks yang memiliki nilai energi ikatan dan konstanta inhibisi terkecil untuk kemudian dilakukan analisis lebih lanjut.



18

3.4.2 Ikatan Hidrogen Ikatan hidrogen yang terjadi pada kompleks enzim-ligan terbaik hasil docking diidentifikasi dengan menggunakan software MOE dengan file input dalam format .mdb. Ikatan hidrogen dilihat dengan menggunakan menu report pada bagian ligand interaction. 3.4.3 Kontak Residu Kontak residu kompleks enzim-ligan hasil docking diidentifikasi dengan menggunakan software MOE dengan memperhatikan ligan yang memiliki interaksi yang paling baik terhadap sisi aktif. Kontak residu dilihat dengan menggunakan menu report pada bagian ligand interaction.

3.5 Prediksi Toksisitas Analisa terhadap toksisitas dari ligan dilakukan terhadap ligan terbaik. Parameter yang akan dilihat dari ligan adalah sifat karsinogenisitas dan mutagenisitas. Analisis ini dilakukan dengan menggunakan software ToxTree dan Osiris Property Explorer.



BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Preparasi Enzim NS5 Metiltransferase 4.1.1 Pencarian Sekuen Enzim NS5 Metiltransferase Virus Dengue Seluruh sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue yang akan dijadikan sebagai target dicari pada database pada situs resmi National Center for Biotechnology Information (NCBI) pada alamat http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ dengan kata kunci “dengue methyltransferase" pada sekuen protein. Dari pencarian ini didapatkan 12 sekuen enzim NS5 metiltransferase chain A virus dengue (Lampiran 2). Seluruh sekuen yang didapatkan telah memiliki struktur tiga dimensi, ditandai dengan adanya kode PDB pada masing-masing enzim. 4.1.2 Multiple Sequence Alignment Seluruh sekuen enzim NS5 metiltansferase yang didapatkan dari situs NCBI dilakukan pensejajaran untuk kemudian ditentukan satu sekuen yang paling mewakili keseluruhan sekuen lainnya. Sekuen yang terpilih akan digunakan sebagai target pada penelitian ini. Pensejajaran sekuen dilakukan dengan menggunakan software online clustalW2 dari situs resmi EBI dengan melihat nilai kesamaan dari setiap perbandingan antar sekuen dengan nilai tertinggi adalah 100 (Lampiran 3). Sekuen yang dipilih adalah sekuen dengan nilai kesamaan tertinggi paling banyak diantara yang lainnya. Dari penentuan ini tujuh sekuen memiliki nilai kesamaan yang sama tinggi yaitu sekuen dengan kode gi|158429299|pdb|2P41| , gi|158429298|pdb|2P40|, gi|158429295|pdb|2P3Q|, gi|158429294|pdb|2P3O|, gi|158429292|pdb|2P3L|, gi|145580412|pdb|2P1D|, gi|29726395|pdb|1L9K| (Lampiran 4). 4.1.3 Pencarian Data PDB Struktur 3D Enzim NS5 Metiltransferase Dari hasil pensejajaran, tujuh sekuen memiliki nilai kesamaan yang sama besar. Untuk menentukan sekuen yang akan dijadikan target pada penelitian ini kode PDB dari ketujuh sekuen tersebut kemudian digunakan sebagai input pada RSCB Protein Data Bank pada alamat http://www.pdb.org untuk melihat struktur 19



20

tiga dimensinya. Sekuen dengan kode pada NCBI gi|158429299|pdb|2P41 dan kode pada PDB 2P41 dipilih karena memiliki resolusi yang paling baik yaitu 1.80 Å. Sekuen tersebut tersusun atas 305 residu asam amino dan struktur kristalnya didapat dari DENV-2 dengan metode x-ray diffraction oleh Egloff et al pada tahun 2007 (Lampiran 5).

Gambar 4.1 Struktur kristal tiga dimensi enzim NS5 metiltransferase [Sumber: http://www.pdb.org/pdb/images/2p41_bio_r_500.jpg, diakses November 2011]

4.1.4 Visualisasi Sisi Ikatan Enzim NS5 Metiltransferase Enzim NS5 metiltransferase virus dengue memiliki dua sisi ikatan yang berperan dalam proses penyerahan gugus metil dari S-Adenosil-Metionin (SAM) dan metilasi RNA virus dengue. Sisi ikatan enzim NS5 metiltransferase kemudian divisualisasikan dengan struktur yang didapatkan dari RSCB Protein Data Bank menggunakan software Molecular Operating Environtment (MOE) dengan menu Surface and Maps pada bagian Compute. Tipe visualisasi permukaan enzim yang dipilih adalah Conolly (analytic) dengan pemilihan pewarnaan residu berdasarkan lipofilisitas pada bagian lipophilicity. Residu yang berwarna biru merupakan residu yang bersifat hidrofilik, residu yang berwarna hijau merupakan residu hidrofobik dan residu yang ditandai dengan warna putih merupakan residu netral (Gambar 4.2).



21

RNA-cap site SAM site

Gambar 4.2 Visualisasi sisi ikatan enzim NS5 metiltransferase Podvinec et al (2010), dalam publikasinya menggambarkan sisi ikatan bagi S-adenosil metionin (SAM) dan RNA-cap. Residu yang berada pada sisi ikatan bagi SAM adalah Ser 56, Lys 61, Cys 82, Gly 86, Trp 87, Thr 104, Lys 105, Asp 131, Val 132, Phe 133, Asp 146, Ile 147, Lys 181 dan Glu 217 sedangkan untuk RNA-cap adalah Lys 14, Leu 17, Asn 18, Leu 20, Lys 22, Phe 25, Lys 29, Ser 150 dan Ser 151. Residu Lys 61, Asp 146, Lys 181 dan Glu 217 diketahui merupakan empat residu yang memiliki peran penting pada daerah sisi aktif SAM, selain itu keempat residu tersebut merupakan motif yang terdapat pada flavivirus lainnya. Benarroch et al, (2004) yang melakukan studi terhadap RNA-cap dari dengue metiltransferase menyatakan residu yang memiliki peran signifikan pada sisi ikatan RNA-cap yaitu Lys 14, Leu 17, Asn 18, Leu 20, Phe 25, Lys 29, Ser 150 dan Ser 151.



22

4.1.5 Optimasi Geometri dan Minimasi Energi Enzim NS5 Metiltransferase Optimasi geometri dan minimasi energi enzim NS5 metiltransferase dilakukan dengan menggunakan software Molecular Operating Environment MOE. Tahapan pertama adalah dengan melakukan protonasi terhadap enzim menggunakan menu protonate 3D. Protonasi dengan protonate 3D akan mengubah enzim dalam tingkat ionisasi sekaligus menampilkan posisi atom hidrogen pada struktur kristal. Hal ini dilakukan karena pada struktur yang terdapat pada database tidak memuat atom hidrogen. Setelah dilakukan protonasi terhadap enzim, selanjutnya dilakukan penambahan muatan (partial charge) dengan metode yang digunakan adalah current forcefield. Hydrogen fix diaplikasikan untuk memperbaiki enzim apabila terdapat hidrogen yang hilang. Kemudian penambahan muatan parsial dilakukan dengan tujuan untuk memastikan bahwa muatan protein telah terprotonasi dengan tepat sesuai dengan kondisi alaminya Tahapan selanjutnya adalah melakukan minimisasi energi (Energy Minimize) pada enzim. Solvasi dipilih dengan disesuaikan terhadap kebutuhan untuk melakukan docking. Jenis solvasi yang dipilih yaitu gas phase, karena pada tahapan molecular docking enzim dibuat dalam keadaan rigid maka perlu dilakukan penghilangan energi solvasi. Selanjutnya minimisasi energi dilakukan dengan pengaturan pada aplikasi potential setup dengan parameter yang digunakan adalah forcefield. Forcefield yang digunakan adalah MMFF94x (Merk Molecular Force Field 94x) yang dikembangkan oleh Halgren yang sesuai untuk peptida, protein, DNA dan drug-like molecule. Forcefield MMFF94x saat ini banyak digunakan dalam computational biology karena penggunaanya yang lebih luas dibandingkan forcefield lain, selain itu memiliki keakuratan dalam penempatan posisi atom hidrogen (Panigrahi & Desiraju, 2007). Koordinat awal suatu molekul umumnya diperoleh dari hasil kristalografi sinar-x atau pemodelan struktur tiga dimesnsi yang jarak antara satu atom dengan yang lainnya sangat dekat ataupun sengat jauh dari posisi kesetimbangan. Adanya ketidaksesuaian geometri tersebut menyebabkan terjadinya interaksi yang tidak disukai maupun efek-efek sterik berenergi tinggi yang dapat mengakibatkan system yang disimulasikan menjadi tidak stabil. Maka setelah parameter simulasi disesuaikan Universitas Indonesia


23

hingga mendekati keadaan nyata, dilakukan proses minimasi sehingga posisi geometri atom yang tidak sesuai dapat dikembalikan sehingga dihasilkan energi potensial terendah bagi sistem (Nurbaiti 2009). Minimisasi energi pada enzim dilakukan dengan menggunakan nilai gradien RMS yang sesuai untuk protein yaitu 0.05 kkal/Å.

4.2 Preparasi Ligan Peptida Siklis 4.2.1 Pemilihan Asam Amino Ligan Peptida Siklis Sisi Ikatan SAM Residu yang berada pada sisi aktif SAM terdiri dari asam amino bermuatan positif dan negatif, asam amino polar tak bermuatan serta asam amino non polar. Residu tersebut adalah serin, lisin, sistein, glisin, triptofan, treonin, asam aspartat, valin, fenilalanin, isoleusin dan asam glutamat. Asam amino polar, polar bermuatan dan asam amino non polar digunakan untuk dikombinasikan sebagai peptida siklis. 4.2.2 Pemilihan Asam Amino Ligan Peptida Siklis Sisi Ikatan RNA-cap Residu yang berada pada daerah pocket RNA-cap terdiri dari lisin, leusin, asparagin dan fenilalanin. Residu tersebut merupakan asam amino non polar (leusin dan fenilalanin), polar tak bermuatan (asparagin), serta asam amino bermuatan positif (lisin). Asam amino polar, polar bermuatan negatif dan asam amino non polar digunakan untuk dikombinasikan sebagai peptida siklis. 4.2.3 Perancangan Struktur Tiga Dimensi Peptida Siklis Sebagai Inhibitor Peptida siklis yang dipilih adalah peptida dengan lima asam amino penyusun (pentapeptida) dengan ikatan disulfida yang terbentuk dari asam amino sistein pada bagian ujungn. Pemilihan pentapeptida dilakukan karena inhibitor dalam bentuk dipeptida dan tripeptida menunjukkan aktivitas mikromolar yang rendah (Yin et al, 2005). Tetrapeptida siklis juga tidak digunakan karena memiliki faktor sterik yang dapat menyebabkannya menjadi tidak stabil dan dapat mengalami kristalisasi pada saat di sintesis (Binghe et al, 2005). Alasan digunakannya ikatan disulfida pada peptida siklis karena ikatan ini dapat menstabilkan protein hingga diatas temperatur 100°C dengan menurunkan efek entropi (Nurbaiti, 2009). Universitas Indonesia


24

Rancangan inhibitor pentapeptida siklis ini akan terdiri dari dua sistein pada bagian ujung dan tiga asam amino lain yang dikombinasikan pada bagian tengah (Gambar 4.3).

Gambar 4.3 Susunan rancangan peptida siklis

Dari hasil kombinasi, peptida siklis yang akan digunakan sebagai inhibitor pada sisi SAM adalah 1635 buah ligan sedangkan untuk sisi RNA-cap didapatkan sebanyak 736 buah ligan yang akan digunakan sebagai inhibitor. Desain struktur tiga dimensi pentapeptida siklis yang akan digunakan sebagai inhibitor dalam molecular docking dilakukan dengan menggunakan software Chemsketch ACDLabs. Peptida dimodelkan dalam bentuk zwitter ion karena gugus karboksilat dan amina di dalam darah dan jaringan lain di dalam tubuh akan mengalami ionisasi (Murray, et al). Pemodelan dalam bentuk zwitter ion juga bertujuan agar gugus-gugus peptida dapat berinteraksi dengan asam amino dari enzim (Wuriyani, 2009). Kandidat ligan digambarkan secara dua dimensi kemudian diubah menjadi struktur tiga dimensi dengan menggunakan menu 3D Structure Optimization. Hasil desain ligan disimpan dalam format MDLmolfile dan kemudian dikonversi kedalam format MDLmol dengan menggunakan software Vega ZZ. Perlakuan tersebut dilakukan dengan tujuan agar nama dari rancangan ligan dapat dikenali oleh software MOE pada proses molecular docking.

4.2.4 Optimasi Geometri dan Minimisasi Energi Ligan Peptida Siklis Ligan yang telah dibuat kemudian dibuka dengan software MOE dengan menampilkannya dalam database viewer. Tahapan pertama dalam optimasi geometri ligan adalah dengan melakukan wash dengan tujuan untuk memperbaiki struktur ligan dan mengoreksi posisi atom hidrogen yang kurang tepat. Selanjutnya, ligan di optimasi dengan menggunakan forcefield yang sama dengan Universitas Indonesia


25

enzim yaitu MMFF94x. Kemudian partial charge dilakukan untuk pengaturan muatan parsial ligan dengan forcefield MMFF94x yang sesuai untuk peptida. Tahapan selanjutnya adalah melakukan minimisasi energi untuk menghilangkan adanya interaksi-interaksi yang tidak diinginkan pada struktur ligan. Minimisasi ini dilakukan dengan nilai RMS gradien 0,001 kkal/Å (Singh et al., 2007).

4.3 Docking Antara Ligan Peptida Siklis Dengan Enzim NS5 Metiltransferase Enzim NS5 metiltransferase dan ligan yang telah di optimasi dipersiapkan untuk molecular docking. Proses ini dilakukan dengan menggunakan aplikasi dock pada software MOE. Molecular docking dilakukan untuk memprediksi orientasi ikatan ligan atau molekul kecil dengan target proteinnya serta mengetahui afinitas dan aktivitas molekul kecil (Wulandari., 2010). Proses docking juga dimanfatkan untuk menyaring sejumlah kandidat inhibitor sehingga diperoleh inhibitor terbaik (Teodore et al., 2001). Proses docking dilakukan antara enzim NS5 metiltransferase virus dengue dengan ligan yang telah dibuat. Docking ini dilakukan terhadap dua target yang merupakan pocket dari substrat alami dari NS5 metiltransferase virus dengue. Target pertama adalah daerah sisi ikatan S-Adenosil Metionin (SAM), dengan target residu yang dipilih pada sequence editor adalah Ser 56, Lys 61, Cys 82, Gly 86, Trp 87, Thr 104, Lys 105, Asp 131, Val 132, Phe 133, Asp 146, Ile 147, Lys 181 dan Glu 217. Target kedua adalah daerah sisi aktif RNA-cap dengan residu yang akan dijadikan target adalah Lys14, Leu17, Asn18, Leu20, Lys22, Phe25, Lys29, Ser 150, dan Ser 151. Dalam proses docking ini enzim NS5 metiltransferase virus dengue dibuat dalam keadaan rigid sedangkan ligan dalam keadaan fleksibel sehingga dapat bebas bergerak maupun berotasi (Rachmania, 2010). Parameter yang diatur dalam proses docking meliputi pengaturan fungsi meliputi pengaturan fungsi scoring menggunakan London dG. Fungsi scoring akan mengukur aktifitas biologi berdasarkan ikatan dan interaksi yang terjadi antara ligan dengan target protein. Fungsi scoring pada MOE adalah perhitungan berbasis forcefield yang biasanya menghitung dua energi, yaitu energi interaksi ligan reseptor dan energi internal ligan (Nylander., 2007). Fungsi scoring London Universitas Indonesia


26

dG dilakukan dengan menggunakan pengaturan retain (tampilan) sebesar 100 tanpa duplikasi (Mazur et al., 2009). Retain berfungsi untuk mengatur jumlah konformasi terbaik ligan yang diinginkan (Harganingtyas., 2010). London dG mengukur besarnya energi bebas ikatan (ΔGbinding) dari tiap pose ligan terhadap enzim dengan perhitungan:

dengan c adalah rerata entropi rotasi dan translasi yang didapat atau dilepaskan, Eflex = energi yang menyatakan berkurangnya fleksibilitas dari ligan, cHB = energi dari ikatan hidrogen ideal, fHB = ukuran ketidaksempurnaan geometri dari ikatan hidrogen, cM = energi dari ideal metal ligation, fM = ukuran ketidaksempurnaan geometri dari metal ligations, dan Di = energi desolvasi atom ke-i (MOE tutorial, 2008). Parameter lain yang dilakukan pada MOE adalah triangle matcher. Triangle matcher merupakan placement method yang merupakan pengaturan default pada software MOE 2008. Metode ini digunakan untuk menunjukkan gerak acak ligan dalam sisi aktif enzim untuk menghasilkan orientasi ikatan yang paling baik berdasarkan charge group dan spatial fit (Cook et al., 2009). Triangle matcher diatur dengan banyaknya jumlah pose default dari program MOE yaitu 1000 (Feher & William, 2009). Tahapan refinement juga disertakan untuk melakukan perbaikan lebih lanjut. Refinement dilakukan dengan menggunakan forcefield dengan alasan hasil yang diperoleh akan lebih akurat dibandingkan dengan GridMIn yang menggunakan kalkulasi elektrostatik pada proses minimisasi (MOE, 2008). Pengaturan dari refinement forcefield menggunakan default dari software dengan pocket cut off 6Å, yaitu jarak reseptor yang diikutsertakan pada proses docking (Feher et al., 2009). Setelah itu, retain (tampilan) terakhir hasil refinement diatur dengan jumlah satu sehingga hanya diperoleh satu konformasi yang paling baik dari tiap ligan (Rachmania, 2010).

4.4 Analisis Hasil Docking Proses docking dapat menghasilkan tiga hal, pertama yaitu orientasi dan posisi yang dihasilkan suatu ligan sebagai inhibitor terhadap enzim. Kemudian Universitas Indonesia


27

yang kedua adalah identifikasi senyawa yang memiliki afinitas terhadap protein dari database senyawa yang tersedia serta yang ketiga adalah prediksi afinitas suatu molekul terhadap enzim yang dijadikan target (Rachmania, 2010). Dalam proses docking ligan terhadap NS5 metiltransferase dilakukan sejumlah tahapan screening untuk menyaring kandidat ligan terbaik. Screening pertama dilakukan terhadap 1635 ligan peptida siklis untuk target sisi ikatan SAM dan 736 ligan peptida siklis untuk target sisi ikatan RNA-cap (Lampiran 6 , 7). Dari data yang dihasilkan kemudian dipilih 10% ligan terbaik berdasarkan pada parameter nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding). Ligan dengan target sisi ikatan SAM diperoleh 164 ligan sedangkan ligan dengan target sisi ikatan RNA-cap diambil sebanyak 74 ligan. Ligan hasil screening pertama kemudian di docking ulang terhadap NS5 metiltransferase sesuai dengan targetnya masing-masing, 164 ligan untuk sisi aktif SAM dan 74 ligan untuk sisi aktif RNA-cap (Lampiran 8, 9). Data yang dihasilkan kemudian dianalisa dan ditentukan 15 ligan terbaik untuk sisi ikatan SAM dan 15 ligan terbaik untuk sisi aktif RNA-cap berdasarkan pada parameter energi bebas ikatan (ΔGbinding) dan interaksi yang baik dengan reseptor (Lampiran 13, 14). Ligan terbaik yang dihasilkan kemudian di docking ulang dengan menyertakan standar (Lampiran 10, 11). Standar yang digunakan untuk sisi ikatan SAM adalah SAM (S-Adenosil-Metionin) yaitu substrat alami sisi ikatan ini dan SAH (S-Adenosil-Homosistein) yang merupakan by product dari SAM sekaligus senyawa analog yang digunakan Podvinec et al (2010) sebagai inhibitor sisi ikatan ini. Untuk sisi ikatan RNA-cap, standar yang digunakan yaitu RTP (Ribavirin Triposfat) yang merupakan senyawa analog yang juga digunakan oleh Podvinec et al (2010) (Lampiran 12). Data hasil screening yang diperoleh kemudian dianalisa dengan parameter yang sama yaitu energi ikatan (ΔGbinding), interaksi dengan reseptor dan logaritma konstanta inhibisi yang paling tinggi. Ligan terbaik berdasarkan parameter yang telah ditentukan tersebut diambil sebanyak 4 buah ligan untuk masing-masing sisi ikatan SAM maupun RNA-cap. Ligan ini kemudian di docking satu persatu terhadap enzim target.



28

4.4.1 Energi Bebas Ikatan dan Konstanta Inhibisi (Ki) Energi bebas ikatan (ΔGbinding) yang dihasilkan pada proses docking merupakan nilai dari afinitas ligan terhadap enzim dalam keadaan kesetimbangan saat keduanya membentuk kompleks protein-ligan. Afinitas yang tinggi dari suatu ligan terhadap protein dihasilkan dari gaya intermolekular yang besar antara ligan dan protein sedangkan afinitas yang rendah muncul ketika hanya ada gaya intermolekular yang kecil antara ligan dan protein (Harganingtyas, 2010). Nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding) terkuantifikasi oleh konstanta aktivitas biologis KA dengan asumsi dalam keadaan kondisi termodinamika yang setimbang untuk formasi kompleks protein-ligan [EI] (Kitchen et al., 2004). Hubungan antara nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding) dengan konstanta inhibisi (Ki) dinyatakan dengan persamaan termodinamika berikut: ΔG° = - RT ln KA

KA = Ki-1 =

Dengan R dan T berturut-turut adalah tetapan gas ideal dan suhu dalam Kelvin, E adalah enzim, L adalah ligan dan EL adalah kompleks enzim-ligan yang terbentuk. Persamaan termodinamika diatas menggambarkan bahwa semakin kuat ikatan pada kompleks protein-ligan yang terbentuk maka akan semakin rendah harga energi bebas ikatan (ΔGbinding). Hal ini juga menandakan bahwa konformasi ligan yang terbentuk pada kompleks tersebut berada pada konformasi yang paling disukai. Nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding) pada software MOE dilambangkan dengan S yang menunjukkan jumlah akhir perhitungan dari tahapan docking. Nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding) ini memiliki nilai yang sama dengan E_refine yang merupakan energy total dari ikatan kompleks docking. Komples protein-ligan dapat dikatakan memiliki afinitas ikatan yang baik apabila memiliki nilai Ki yang berada pada skala mikromolar. Pada software MOE nilai Ki ditampilkan sebagai nilai pKi dengan skala mikromolar. Semakin besar nilai pKi yang dimiliki ligan terhadap enzim menunjukkan nilai Ki yang semain kecil. Semakin kecil nilai Ki yang dimiliki oleh ligan menggambarkan kesetimbangan reaksi yang cenderung kearah pembentukan kompleks enzim-ligan. Nilai pKi dapat digunakan untuk mengetahui tingkat kestabilan dalam pembentukan kompleks enzim dan ligan. Universitas Indonesia


29

Secara tidak langsung, nilai pKi berkaitan pula dengan banyaknya ikatan hidrogen yang terbentuk dengan residu, semakin banyak dan kuat ikatan hidrogen yang terbentuk antara ligan dengan enzim maka nilai pKi akan semakin besar. Data hasil docking empat buah ligan terbaik untuk masing-masing sisi ikatan ditampilkan pada Tabel 4.1 dan Tabel 4.2 Tabel 4.1 Data energi bebas ikatan dan konstanta inhibisi sisi ikatan SAM ΔGbinding (kkal/mol)

pKi

TWY

-30,7216

13,687

YWH

-29,9735

13,972

YDH

-24,9373

15,175

TRY

-22,1155

11,787

Standar SAM*

-17,8521

11,298

Standar SAH *

-15,1564

11,102

Ligan

Keterangan: * standar

Tabel diatas menampilkan data energi bebas ikatan (ΔGbinding) dan pKi empat ligan terbaik untuk sisi ikatan SAM hasil screening sebelumnya. Keempat ligan tersebut memiliki energi bebas ikatan (ΔGbinding) yang lebih negatif dari standar. Untuk ligan standar sendiri, SAM yang merupakan substrat alami diketahui memiliki energi bebas ikatan (ΔGbinding) dan afinitas yang lebih baik dibandingkan dengan by product nya yaitu SAH. SAM memiliki nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding) sebesar -17,8521 dan nilai pKi sebesar 11,298 sedangkan SAH memiliki nilai ΔGbinding sebesar -15,1564 dan pKi sebesar 11,102. Hal ini menunjukkan bahwa SAM berinteraksi lebih baik daripada SAH yang merupakan by product dan SAH dapat dikatakan memiliki daya inhibisi yang lebih lemah daripada substrat alaminya. Untuk ligan peptida, diketahui ligan YDH memiliki nilai pKi yang paling besar diantara ligan lainnya yaitu sebesar 15,175. Nilai ini menunjukkan bahwa diantara ligan peptida lainnya yang memiliki nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding) yang lebih rendah daripada ligan standar , ligan YDH memiliki afinitas yang lebih baiki dan berinteraksi lebih kuat dalam membentuk kompleks dengan enzim NS5 metiltransferase. Universitas Indonesia


30

Tabel 4.2 Data energi bebas ikatan dan konstanta inhibisi sisi ikatan RNA-cap ΔGbinding (kkal/mol)

pKi

YEF

-22,8976

13,385

YDF

-22,5276

11,667

YQN

-20,9224

11,176

TNY

-18,4686

9,361

Standar RTP*

-14,4011

14,343

Ligan

Keterangan: * standar

Tabel diatas menampilkan data empat ligan terbaik sisi ikatan RNA-cap hasil screening sebelumnya yang memiliki energi bebas ikatan (ΔGbinding) yang lebih negatif dari ligan standar. Dari tabel diatas terlihat bahwa semua ligan peptida ternyata memiliki nilai konstanta inhibisi yang lebih rendah daripada standar. Hal ini menandakan bahwa ligan standar memiliki afinitas yang lebih kuat terhadap ligan daripada ligan peptida siklis. 4.4.2 Ikatan Hidrogen dan Kontak Residu Selain nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding) dan konstanta inhibisi (Ki), parameter yang dapat dilihat dalam proses docking yaitu interaksi antara protein dan ligan yang terbentuk. Salah satu interaksinya yaitu ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen didefinisikan sebagai gaya intermolekul atau intramolekul yang terjadi antara atom yang memiliki keelektronegatifan tinggi dengan atom hidrogen yang terikat secara kovalen pada suatu atom elektronegatif (Nurbaiti, 2009). Interaksi yang terjadi antara ligan dan enzim diamati dengan menggunakan menu ligand interaction pada software MOE. Interaksi yang dapat diamati pada software adalah sesuai dengan pengaturan pocket cut off yaitu interaksi pada rentang jarak reseptor sebesar 6Å. Ikatan hidrogen sendiri terjadi dengan kriteria jarak antara hidrogen dengan atom elektronegatif berada dalam rentang 2,5 – 3,5 Å. Ikatan hidrogen memberikan kontribusi terhadap afinitas ligan dengan enzim, karena terjadinya interaksi elektrostatik antara atom oksigen atau nitrogen milik ligan dengan atom hidrogen residu asam amino enzim atau sebaliknya (Rachmania 2010). Ikatan hidrogen yang terjadi ditampilkan pada Tabel 4.3 dan Tabel 4.4. Universitas Indonesia


31

Tabel 4.3 Interaksi ligan dengan enzim NS5 metiltransferase sisi ikatan SAM

Ligan

TWY

Ikatan Hidrogen

Kontak residu dengan

dengan enzim NS5

enzim NS5

metiltransferase

metiltransferase

Ser 56, Glu 111, Ser 150,

Ser 56, Arg 57, Lys 61,

Ser 56, Arg 57, Lys 61,

Lys 105, His 110, Glu

Ser 150, Lys 181

111, Asp 146, Gly 148, Glu 149, Ser 150, Lys 181

YWH

Thr 104, Glu 111, Glu

Arg 57, Lys 61, Gly 81,

149, Arg 57, Arg 57, Lys

Gly 83, Arg 84, Thr 104,

61, Lys 181

Lys 105, Glu 111, Gly 148, Glu 149, Lys 181, Glu 217

YDH

Asp 146, Glu 217, Ser

Lys 42, Ser 56, Arg 57,

56, Arg 57, Arg 57, Arg

Gly 58, Lys 61, Arg 84,

57, Lys 61, Lys 181, Arg

Glu 111, Asp 146, Lys

212

181, Ser 211, Arg 212, Thr 215, Glu 217

TRY

Gly 109, Asp 146, Glu

Lys 81, Trp 87, Gly 109,

149, Glu 217, His 110,

His 110, Glu 111, Asp

Lys 181

146, Gly 148, Glu 149, Gly 181, Thr 215, Glu 217

Asp 146, Arg 57, Arg 57,

Arg 57, Lys 61, Gly 81,

Lys 61, His 110,

Thr 104, Lys 105, His

Standar SAM*

110, Glu 111, Asp 146, Ile 147, Glu 149

Standar SAH *

Asp 146, Arg 57, Arg 57,

Arg 57, Lys 61, Gly 81,

Lys 61, His 110,

Gly 83, Thr 104, Lys 105, His 110

Ket: * standar ; residu yang dicetak merah merupakan residu katalitik Universitas Indonesia


32

Dari tabel diatas dapat terlihat interaksi yang terjadi antara ligan dan sisi ikatan SAM. Ligan TWY, YWH, YDH dan TRY membentuk masing-masing 8, 7, 6 dan 5 ikatan hidrogen dengan residu enzim NS5 metiltransferase, sedangkan standar SAM dan SAH hanya membentuk 5 ikatan hidrogen dengan residu yang sama. Dari interaksi tersebut, keempat ligan tersebut membentuk ikatan hidrogen dengan katalitik tetrad (Lys 61, Lys 181, Asp 146, dan Glu 217) masing-masing sebanyak 2, 3, 4, 3 ikatan hidrogen. Dari keempat ligan, ligan YDH memiliki ikatan hidrogen yang lebih banyak daripada ligan lainnya, selain itu ikatan hidrogen terjadi tepat pada empat residu katalitik enzim. Motif katalitik tetrad ini juga diketahui terdapat pada kebanyakan flavivirus dan memiliki peran dalam membantu proses metilasi oleh enzim NS5 metiltransferase (Zhou et al., 2007). Selain interaksi ikatan hidrogen, analisis hasil docking juga dapat dilihat dari kontak residu antara protein dengan ligan. Interaksi non-kovalen atau nonikatan (non-bonded interaction) yang terjadi antara protein dan ligan dapat meningkatkan afinitas ligan terhadap protein. Interaksi non-ikatan merepresentasikan interaksi fleksibel di antara pasangan atom dan partikel. Dua jenis interaksi non-ikatan paling umum yang dapat mengakibatkan perubahan energi potensial adalah interaksi elektrostatik dan interaksi van der Waals (Harganingtyas, 2010). Ligan TWY, YWH, YDH dan TRY masing-masing memiliki kontak residu sebanyak 11, 12, 13 dan 11 buah Dari kontak residu tersebut,semua ligan memiliki tiga atau lebih interaksi dengan residu yang merupakan residu katalitik. Ligan standar SAM memiliki kontak residu sebanyak 10 buah termasuk 2 didalamnya merupakan residu katalitik sedangkan SAH hanya memiliki kontak dengan 7 residu dan hanya terdapat 1 residu katalitik didalamnya, keempat ligan TWY, YWH, YDH dan TRY dapat dinyatakan memiliki interaksi yang lebih baik (Lampiran 15-20). Berikut ini adalah visualisasi interaksi antara ligan dengan enzim NS5 metiltransferase virus dengue.



33

Gambar 4.4 Visualisasi interaksi ligan TWY dengan sisi ikatan SAM

Gambar 4.5 Visualisasi interaksi ligan YWH dengan sisi ikatan SAM



34

Gambar 4.6 Visualisasi interaksi ligan YDH dengan sisi ikatan SAM

Gambar 4.7 Visualisasi interaksi ligan TRY dengan sisi ikatan SAM



35

Gambar 4.8 Visualisasi interaksi ligan standar SAM dengan sisi ikatan SAM

Gambar 4.9 Visualisasi interaksi ligan standar SAH dengan sisi ikatan SAM



36

Tabel 4.4 Interaksi ligan dengan enzim NS5 metiltransferase sisi ikatan RNAcap Ikatan Hidrogen dengan

Kontak residu dengan

enzim NS5

enzim NS5

metiltransferase

metiltransferase

Ligan

Leu 20, Lys 29, Lys 29,

Leu 20, Lys 22, Phe 25,

Ser 150

Lys 29, Glu 149, Ser 150,

YEF

Ser 151, Pro 152, Asn 153, Val 156 Asn 18, Lys 14, Lys 22,

Lys 14, Leu 17, Asn 18,

Gln 26, Lys 29

Lys 22, Phe 25, Gln 26,

YDF

Lys 29, Ser 150, Ser 151, Pro 152, Ser 214

YQN

Asn 18, Leu 20, Lys 22,

Leu 17, Asn 18, Leu 20,

Lys 29, Ser 151

Phe 25, Lys 29, Ser 150, Ser 151, Pro 152, Ser 214

TNY

Leu 20, Glu 149, Ser 150,

Leu 20, Gly 21, Lys 22,

Lys 22, Lys 29

Phe 25, Lys 29, Glu 149, Ser 150, Ser 151, Pro 152,

Ser 214, Lys 29, Lys 29,

Lys 29, Arg 57, Lys 61, Ser

Arg 57, Arg 57, Lys 61, Lys 150, Lys 181, Ser 211, Arg Standar RTP*

61, Lys 181, Arg 212, Arg

212, Ser 214, Thr 215, Glu

212, Ser 214

217

Ket: * standar residu yang dicetak merah merupakan residu penting

Dari tabel interaksi ligan dengan enzim metiltransferase sisi ikatan RNAcap diatas dapat dilihat bahwa semua ligan peptida memiliki ikatan hidrogen dengan sisi ikatan RNA-cap, selain itu semua ligan juga memiliki ikatan hidrogen dengan residu yang memiliki peran penting. Ligan YEF, YDF, YQN dan TNY masing-masing memiliki ikatan hidrogen dengan residu penting sebanyak 4, 3, 4, 3 ikatan. Jumlah ikatan hidrogen yang lebih sedikit pada ligan peptida dibandingkan ligan standar kemungkinan besar karena pocket dari sisi ikatan RNA-cap memiliki ukuran yang lebih kecil daripada pocket SAM, selain itu Universitas Indonesia


37

bentuk pocket RNA-cap juga cenderung datar sehingga tidak banyak interaksi terjadi antara peptida siklis dengan residu disekitar sisi ikatan enzim. Jumlah ikatan hidrogen dengan residu penting antara ligan peptida dengan enzim NS5 metiltransferase diketahui lebih banyak daripada ikatan yang dimiliki ligan standar RTP. Ligan standar RTP hanya memiliki sebanyak 2 ikatan hidrogen dengan residu penting yaitu dua ikatan hidrogen dengan Lys 29. Ligan standar RTP cenderung membentuk ikatan hidrogen dengan banyak residu lainnya diluar residu penting, yaitu sebanyak 9 ikatan hidrogen. Keempat ligan TWY, YDF, YQN dan TNY memiliki kontak residu sebanyak masing-masing 11, 10, 9 dan 10 buah kontak dengan residu, sedangkan ligan standar RTP memiliki 10 kontak residu. Kontak residu yang terjadi antara ligan dengan enzim NS5 metiltransferase hampir sama jumlahnya dengan kontak residu oleh ligan standar SAH, namun ligan TWY, YDF, YQN dan TNY memiliki kontak dengan residu-residu penting sebanyak 5 buah atau lebih, jumlah ini lebih banyak dibandingkan ligan standar SAH yang hanya memiliki 2 buah kontak dengan residu penting (Lampiran 21-25). Visualisasi interaksi antara ligan dengan target sisi ikatan RNA-cap ditampilkan pada gambar berikut.

Gambar 4.10 Visualisasi interaksi ligan YEF dengan sisi ikatan RNA-cap



38

Gambar 4.11 Visualisasi interaksi ligan YDF dengan sisi ikatan RNA-cap

Gambar 4.12 Visualisasi interaksi ligan YQN dengan sisi ikatan RNA-cap



39

Gambar 4.13 Visualisasi interaksi ligan TNY dengan sisi ikatan RNA-cap

Gambar 4.14 Visualisasi interaksi ligan standar RTP dengan sisi ikatan RNA-cap



40

4.5 Prediksi Toksisitas Dalam desain suatu obat, penentuan sifat toksikologi dalam suatu desain obat perlu dilakukan. Hal ini bertujuan untuk memprediksi efek yang merugikan bagi suatu spesies makhluk hidup. Studi dengan menggunakan hewan memiliki banyak keterbatasan seperti misalnya waktu dan dana yang dibutuhkan terlalu besar, terbatasnya laboratorium yang memadai dan mampu untuk melakukan studi tersebut serta adanya masalah tentang etika dalam penggunaan hewan sebagai bahan uji (Antonio et al., 2009). Untuk membantu keterbatasan tersebut telah dikembangkan metode penentuan sifat toksikologi dengan menggunakan software. Penentuan sifat toksikologi ini menggunakan metode yang disebut dengan Qualitative or Quantitative Structure-Activity-Relationship atau dapat disebut QSARs. Penggunaan software ini dapat membantu penentuan sifat toksikologi secara lebih cepat dan murah walaupun tidak menjamin kelengkapan dari seluruh data toksikologi yang dibutuhkan. Ligan terbaik hasil akhir screening dan docking dianalisa sifat toksikologinya dengan menggunakan software Toxtree v2.1.0 dan Osiris Property Explorer. Software Toxtree melakukan analisa toksikologi berdasarkan aturan Benigni/Bossa rulebase untuk carcinogenicity dan mutagenicity yang dikembangkan oleh Romualdo Benigni dan Cecilia Bossa dari Instituto Superiore di Sanita, Rome, Italy dan disetujui oleh European Chemical Bureau, Institute for Health and Consumers Protection, European Commision-Joint Research Centre (JRC) pada tahun 2008. Toxtree memperhatikan hal terkait sifat toksikologi antara lain dengan pertimbangan ada atau tidaknya suatu structural alerts (SAs) yang bersifat genotoxic maupun nongenotoxic dan penentuan secara QSARs (Harganingtyas, 2010). Aturan Benigni dan Bossa ini melihat toksisitasnya berdasarkan keberadaan gugus-gugus yang berpotensi mengandung sifat mutagenik dan karsinogenik dalam senyawa uji tersebut (Nindyapati, 2010).



41

Tabel 4.5 Hasil prediksi toksisitas ligan sisi ikatan SAM menggunakan Toxtree SAM* SAH* TWY YWH YDH

TRY

Structural alert for genotoxic carcinogenicity

Yes

Yes

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Structural alert for nongenotoxic carcinogenicity Potential carcinogen based on QSAR Potential S.typhimurium TA100 mutagen based on QSAR Negative for genotoxic carcinogenicity Negative for nongenotoxic carcinogenicity Keterangan: * ligan standar

Tabel 4.6 Hasil prediksi toksisitas ligan sisi ikatan RNA-cap menggunakan Toxtree RTP*

YEF

YDF

YQN

TNY

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

No

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Yes

Structural alert for genotoxic carcinogenicity Structural alert for nongenotoxic carcinogenicity Potential carcinogen based on QSAR Potential S.typhimurium TA100 mutagen based on QSAR Negative for genotoxic carcinogenicity Negative for nongenotoxic carcinogenicity Keterangan: *ligan standar Universitas Indonesia


42

Dari hasil toxicological prediction menggunakan software Toxtree terlihat semua ligan peptida baik target SAM maupun RNA-cap tidak memiliki structural alerts (SAs) yang bersifat genotoxic maupun nongenotoxic dan juga dengan pendekatan QSARs, semua ligan tidak bersifat mutagenik maupun karsinogenik. Hal yang sama juga terjadi pada ligan standar untuk target RNA-cap yaitu RTP. RTP tidak memiliki structural alerts (SAs) yang bersifat genotoxic maupun nongenotoxic sedangkan ligan standar untuk target SAM yaitu SAH diketahui memiliki structural alerts (SAs) yang bersifat nongenotoxic dan memiliki potensi sebagai senyawa karsinogen. Analisa toksisitas berikutnya dilakukan dengan menggunakan Osiris Property Explorer. Prediksi dengan menggunakan Osiris Property Explorer, ditunjukan dengan kode warna. Hasil analisa toksisitas dan drug property dari ligan target SAM dan target RNA-cap ditunjukan pada tabel berikut.

Tabel 4.7 Hasil prediksi toksisitas ligan sisi ikatan SAM menggunakan Osiris Property Explorer SAM* Mutagenic

SAH*

TWY

YWH

YDH

TRY

Kuning Kuning

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Tumorigenic

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Irritant

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Reproductive effective

Kuning Kuning

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Druglikeness

-13,82

-13,57

-0,70

-0,09

-0,74

-0,77

0,25

0,27

0,38

0,40

0,38

0,38

Drug Score Keterangan: * ligan standar

Tabel 4.8 Hasil prediksi toksisitas ligan sisi ikatan RNA-cap menggunakan Osiris Property Explorer Mutagenic

RTP* Hijau

YEF Hijau

YDF Hijau

YQN Hijau

TNY Hijau

Tumorigenic

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Irritant

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Reproductive effective

Kuning

Hijau

Hijau

Hijau

Hijau

Druglikeness

-27,98

0,20

0,31

-1,22

1,46

0,32

0,47

0,45

0,36

0,56

Drug Score Keterangan: * ligan standar



43

Warna hijau menunjukkan kecenderungan yang tinggi untuk parameter mutagenic, tumorigenic, irritant dan reproductive effective, sedangkan warna merah menunjukkan kecenderungan yang tinggi. Ligan standar SAM dan SAH memiliki kecenderungan yang lebih tinggi terhadap sifat mutagenic dan reproductive effective sedangkan ligan standar RTP tidak memiliki permasalahan baik pada sifat mutagenic maupun tumorigenic, namun memiliki permasalahan pada reproductive effective. Semua ligan peptida, baik untuk target sisi ikatan SAM ataupun RNA-cap tidak memiliki kecenderungan terhadap sifat toksisitas. Untuk parameter drugscore, penentuannya adalah berdasarkan kalkulasi dari aturan-aturan seperti Lipinsky rule of five dan Veber’s rule. Untuk parameter druglikeness pada software Osiris Property Explorer, nilai yang dihasilkan ditentukan dengan melihat kemiripan suatu senyawa baru berdasarkan pada fragmen dari senyawa-senyawa yang sudah ada yang telah dipasarkan sebagai obat. Pada parameter druglikeness dan drug score, diketahui semua ligan peptida baik untuk target SAM maupun RNA-cap memiliki nilai yang lebih baik daripada ligan standar.



BAB 5 KESIMPULAN DAN SARAN

5.1

Kesimpulan Pada penelitian ini dilakukan perancangan peptida siklis dilakukan untuk

mencari inhibitor potensial untuk enzim NS5 metiltransferase virus dengue. Perancangan peptide siklis menghasilkan 1635 ligan untuk sisi aktif SAM dan 736 ligan untuk sisi aktif RNA-cap. Screening dilakukan sebanyak dengan menggunakan proses docking sampai didapatkan 4 kandidat ligan terbaik dibandingkan dengan ligan standar. Kandidat ligan terbaik ini dilakukan analisis dengan membandingkan nilai Gbinding, untuk melihat kestabilan kompleks yang terbentuk antara ligan dengan enzim. Ligan TWY, YWH, YDH dan TRY merupakan ligan terbaik yang didapatkan untuk sisi aktif SAM berdasarkan parameter Gbinding, interaksi dengan residu serta nilai konstanta inhibisi. Untuk sisi aktif RNA-cap diketahui empat ligan terbaik yaitu YEF, YDF, YQN, TNY memiliki nilai inhibisi yang lebih rendah namun memiliki Gbinding dan interaksi dengan residu penting yang lebih baik dibandingkan dengan ligan standar RTP. Sifat toksikologi semua ligan secara keseluruhan diprediksi tidak memiliki toksisitas yang membahayakan. 5.2

Saran Perlu dilakukan molecular dynamic simulation terhadap kandidat ligan

terbaik untuk melihat pengaruh dari pelarut dan suhu pada interaksi ligan dengan enzim NS5 metiltransferase. Selain itu dapat pula dibuat rancangan peptida baru yang diharapkan dapat menginhibisi sisi aktif RNA-cap dengan lebih baik.

44



DAFTAR REFERENSI

Achsanuddin.(2008). Introduction to molecular docking: A very brief and general overview Ahmadi, Maftuhatul Jannah. (2009). Peran Bioinformatika Dalam Kedokteran.Malang Apriyanti, Nissia. (2010). Karya utama sarjana Kimia UI. Simulasi dinamika molekul kompleks nS3-NS2B protease virus dengue dengan inhibitor potensial peptide siklis disulfida. Departemen Kimia FMIPA-UI. Ayoub M, Scheidegger D. (2006). Peptide Drug,Overcoming The Challenges, Growing Business. Chem Today 24: 46-48. Altschul, S.F. (1990). Basic Local Alignment Search Tool. Journal of Molecular Biology. 215:403-410. Altschul, S.F. (1997). Gapped-BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acid Research. 25: 33893402 Baxevanis, A.D., and Oulette, B.F.F. (2005). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Prootein 2nd Edition. Willey InterScience. USA. Benarroch D, et al. (2004) A structural basis for the inhibition of the NS5 dengue virus mRNA 2’-Omethyltransferase domain by ribavirin 5’-triphosphate. J Biol Chem 2004,279(34):35638-35643 Chiu WW, Kinney RM & Dreher TW .(2005). Control of Translation by the 5and 3-Terminal Regions of the Dengue Virus Genome. J. Virol. 79, 8303–8315.

45



46

Cook, I.T et al. (2009). Structural rearrangement of SULT2A1: effects on dehydroepiandrosterone and raloxifene sulfation. Horm Mol Biol Clin Invest 2010;1;(2):81-87 Feher, M. & William, C. I. (2009). Effect of input differences on the result of docking calculations. J. Chem. Model., 49, 1704 – 1714 Funkhouser, T. (2007). Lecture: Protein-ligand docking methods. Princeton University. Geisss, B.J., et al. (2011). A High-throughput Screening Assay For The Identification of Flavivirus NS5 Capping Enzyme GTP-binding Inhibitors: Implications For Sntiviral Drug Development. J Biomol Screen. 2011 Sep;16(8):852-61. Geldenhuys, W,J., et al. (2006). Optimizing the Use of Open-Source Software Applications in Drug Discovery. Drug Discovery Today (3/4): 127-132 Gubernator, J. (1998). Modification of The Captured Volume and TheSstability of Liposomes As Drug Carriers by Resorcinolic Lipids and Their Derivatives. PhD Thesis, Department of Lipids and Liposomes, University of Wroclaw, Wroclaw. Guglani, L. and S.K Kabra.(2005). T-cell imunopathogenesis of dengue virus infection. Dengue Bull., 29: 58-69 Harganingtyas, Rahayu. (2010). Karya utama sarjana Kimia UI : Modifikasi (1R,2R,3R,5S)-(-)-Isopinocampheylamine sebagai Inhibitor M2 Proton Channel pada Virus Influenza A Subtipe H1N1 secara in silico. Departemen Kimia FMIPA-UI. Hiswani. (2003). Pencegahan dan Pemberantasan Demam Berdarah Dengue. USU Digital Library Huther, A dan Dietrich, U. (2007). The Emerge of Pepide as Therapeutic Drug for The Inhibiton of HIV-1. AIDS: Rev. 2007;9:208-17 Universitas Indonesia


47

Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J. 2004. Docking and Scoring in Virtual Screening for Drug Discovery: Methods and Applications. Nature Reviews :Drug discovery 3 (11): 935–49 Kirsten, Guido. (2008(. Concept of Pharmacophores and Their Application in Computer Aided Drug Design. ICS UNIDO Workshop.Trieste, Italy Kuhn R.J., et al. (2002). Structure of dengue virus: implications for ﬂavivirus organization, maturation, and fusion. Cell 2002;108:717–725. Leach, A.R. (2001) Molecular Modelling: Principles and Applications, ISBN 0582-38210-6. Lehninger. (2004). Biochemistry (4th edition). New York: W.H Freeman and Company. Lescar, J., Luo, D., et al.(2008). Towards the design of antiviral inhibitors against ﬂaviviruses: The case for the multifunctional NS3 protein from Dengue virus as a target. Antiviral Research 80: 94-101 Lim S.P., et al. (2008). A scintillation proximity assay for dengue virus NS5 2’-Omethyltransferase-kinetic and inhibition analyses. Antiviral Res 2008, 80(3):360-369. Lindenbach BD & Rice CM . (2007(. Flaviviridae: The Viruses and Their Replication: In Fundamental Virology (Knipe DM & Howley PM, eds), pp. 991 1041. Lippincott Lucientes, Maria Teresa Gil. (2004). Protein Docking and Interactions Modeling Melino, Sonia & Paci, Maurizio. (2007). Progress for Dengue Virus Diseases Towards The NS2B–NS3pro Inhibition for A Therapeutic-Based Approach. FEBS Jour.,: 2986-3002 MOE tutorial. 2008. Quebec. Canada



48

Morens, D. M., Fauci, A. S.(2008). Dengue and hemorrhagic fever: A Potential threat to public health in the United States. JAMA, J. Am. Med. Assoc. 2008, 299 (2), 214–216. Mount, D.W.(2004). Bioinformatics: Sequence and genome analysis. Edisi kedua. New York: CSHL Press. Murray, Robert K., Daryl K. Granner, MD., Joe C. Peter A. 2003. Harper’s Illustrated Biochemistry. McGraw-Hill Companies, Inc. United States of America Nash, David B. (2008) Pharmaceutical Research and Manufacturers of America’s (PhRMA’s) annual review. Nindyapati, Bramantya. (2010). Modifikasi Suberoylanilide hydroxamic acid (SAHA) sebagai inhibitor potensial Histone Deacetylase (HDAC) Kelas II secara in silico. Departemen Kimia FMIPA UI. Depok Noble, et al.(2010). Strategies for Development of Dengue Virus Inhibitors. Antiviral Research 85 (2010) 450-462 Nurbaiti, Santi. (2009). The Role of Interface Domain Interactions on Thermal Stability of DNA polymerase I ITB-1. The Open Structural Journal Biology; Nylander, Eva. (2007). Dock Control: a New Integrated Software for Design of Experiments and Molecular Docking: Application to HIV-Protease Inhibitors. Sweden Panigrahi S.K., Desiraju G.R, (2007). Strong and Weak Hydrogen Bonds in the Protein-ligan Interface. School of Chemistry, University of Hyderabad, Hyderabad 500 046, India Podvinec, et al.(2010). Novel Inhibitors of Dengue Methyltransferase: Discovery by in Vitro-Driven Virtual Screening on a Computer Desktop Grid. J Med Chem Universitas Indonesia


49

Qi,Rui-Feng, Ling Zhang, Cheng Wu Chi. (2007). Biological Characteristics of Dengue Virus and Potential Targets for Drug Design. Acta Biochimica et Biophysica Sinica.2008; 40: 91-101 Rachmania, R. A.(2010). Tesis: Modifikasi Oseltamivir sebagai Penghambat Neuraminidase Virus Influenza A Subtipe H1N1 melalui Docking dan Simulasi Dinamika Molekul. Depok: Departemen Kimia-FMIPA UI. Raekiansyah, M, T.Mirawati Sudiro.(2004). Genetic Variation Among Dengue Virus that Correlate with Pathogenesis. Medical Journal of Indonesia;13:190-4 Sanchez-Vargas., Irma, et al. (2009). Dengue Virus Type 2 infection of Aedes aegypti Are Modulated by the Mosquito’s RNA Interference Pathway. BMC Microbiol Sehgal, Anil. (2006). New Applications in Discovery, Manufacturing, and Therapeutics. Tracy Beaudoin Singh, S, et al.(2006) . Molecular Drug Targets and Strukture Based Drug Design: A Holistic Approach. Biomedical Informatics Publishing Group. Suroso, Thomas, Hadinegoro, Wuryadi, S. (2003). Pencegahan dan Penanggulangan Penyakit Demam Berdarah Dengue. Depkes RI, Jakarta. Tambunan, U.S.F., et al. (2009). In Silico Analysis of Envelope Dengue Virus-2 and Envelope Dengue Virus-3 Protein as the Backbone of Dengue Virus Tetravalent Vaccine by Using Homology Modeling Method. OnLine Journal of Biological Sciences 9 (1): 6-16, 2009 Tambunan, U.S.F., et al. (2010). Designing Cylic Peptide Inhibitors of NS3-NS2B protease dengue virus.



50

Teodoro, Miguel L., Phillips, G.N. & Kavraki, L.E. (2001). Molecular docking: A problem with thousands of degrees of freedom. IEEE International Conference on Robotics and Automation.

Tomlinson, S. M., Malmstorm, R. D. & Watowich, S. J. (2009). New Approaches to Structure-Based Discovery of Dengue Protease Inhibitors. Infection Disorders-Drug Targets: 000-000.

Tomlinson, S.M. Watowich, S.J. (2010). Anthracene-based Inhibitors of Dengue Virus NS2B-NS3 Protease. Elsevier Antiviral Reseach

Umareddy, I., et al.(2007). Dengue Virus Serotype Infection Specifies the Activation of the Unfolded Protein Response. Virology Journal. Doi:10.1186/1743-422X-4-91.

Vazquez et al. (2009). Monoclonal Antibody to Dengue Capsid Protein. Its Application in Dengue Studies. Departement of virology; PAHO/WHO Collaborating Center for the study of Dengue and its Vector; “Pedro Kouri” Tropical Medicine Institute; Habana, Cuba.

WHO. (2007). SEARO WHO report Wulandari, Evi Kristin. (2010). Karya Pascasarjana Kimia : Analisis Interaksi Histone Deacetylase (HDAC) Kelas II Homo Sapiens Dengan Suberoyllanilide Hydroxamic Acids (SAHA) dan Trichostantin A (TSA). Depok: Departemen Kimia FMIPA UI. Yin, J et al. (2005). Genetically Encoded Short Peptide Tag for Versatille Protein Labeling by Sfp Phosphopantehteinyl Transferase. Proc. Natl. Acad. Sci. U SA .102, 15815-20.



51

Zhang W, et al. (2003). Visualization of Membrane Protein Domains by CryoElectron Micros-copy of Dengue Virus. Nat Struct Biol. Nov. Epub 2003 Oct 5. 2003; 10(11):907–912. Zhou, Y., et al. (2007). Structure and Function of Flavivirus NS5 methyltransferase. J Virol 81, 3891–3903. Zuo, Z., et al. (2008). Mechanism of NS2B-Mediated Activation of NS3pro in Dengue Virus: Molecular Dynamics Simulation and Bioassays. Centre for Biomedical & Life Sciences, Singapore Polytechnic.

.



52

Lampiran 1. Bagan Kerja Penelitian

Pencarian sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue

Pensejajaran sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue

Pengambilan struktur tiga dimensi enzim NS5 metiltransferase virus dengue pada RSCB Protein Data Bank

Perancangan ligan peptida siklis

Optimasi geometri dan minimisasi energi enzim NS5 metiltransferase virus dengue

Optimasi geometri dan minimisasi energi ligan peptida siklis

Docking sisi ikatan RNA cap

Docking sisi ikatan SAM

Analisa hasil docking

Prediksi toksisitas


53

Lampiran 2. Hasil pencarian sekuen enzim NS5 metiltransferase virus dengue


54

Lampiran 3. Multiple sequence alignment dengan clustalW2


55

Lampiran 4. Hasil multiple sequence alignment enzim NS5 metiltransferase

SeqA

Name

Length

SeqB

Name

Length

Score

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

99.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

99.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

99.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

99.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

99.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

99.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

99.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

76.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

74.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

74.0

1

gi|55669630|pdb|1R6A|A

295

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

93.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

100.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

100.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

100.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

100.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

100.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

100.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

75.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

74.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

74.0

2

gi|158429299|pdb|2P41|A

305

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

93.0

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

100.0

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

100.0

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

100.0

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

100.0

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

100.0

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

75.0

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

74.0

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

74.0


56

(lanjutan)

3

gi|158429298|pdb|2P40|A

305

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

93.0

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

100.0

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

100.0

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

100.0

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

100.0

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

75.0

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

74.0

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

74.0

4

gi|158429295|pdb|2P3Q|A

305

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

93.0

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

100.0

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

100.0

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

100.0

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

75.0

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

74.0

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

74.0

5

gi|158429294|pdb|2P3O|A

305

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

93.0

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

100.0

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

100.0

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

75.0

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

74.0

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

74.0

6

gi|158429292|pdb|2P3L|A

305

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

93.0

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

100.0

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

75.0

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

74.0

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

74.0

7

gi|145580412|pdb|2P1D|A

305

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

93.0

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

75.0

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

74.0


57

(lanjutan)

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

74.0

8

gi|29726395|pdb|1L9K|A

305

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

93.0

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

99.0

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

99.0

9

gi|307776287|pdb|2XBM|A

263

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

77.0

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

100.0

10

gi|313754536|pdb|3P97|A

267

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

76.0

11

gi|313754534|pdb|3P8Z|A

267

12

gi|219689243|pdb|3EVG|A

275

76.0


58

Lampiran 5. Data sekuen NS5 metiltransferase virus dengue


59

Lampiran 6. Data screening 1635 ligan target sisi ikatan SAM mol 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42

TVR.mol YYN.mol NWH.mol KKV.mol GRY.mol HHW.mol YWR.mol YDN.mol YDY.mol TKY.mol YFN.mol YFR.mol TAR.mol ERA.mol RNH.mol ERE.mol YWN.mol TWY.mol YKE.mol YKK.mol YGK.mol YDD.mol QQH.mol YYY.mol YVN.mol NHR.mol SEW.mol YLH.mol QRW.mol SRW.mol THF.mol NQH.mol GER.mol QQA.mol YKV.mol HRW.mol TQY.mol KDI.mol DWD.mol QNW.mol DRI.mol YEA.mol

mseq 1,543 249 819 575 371 437 229 1,586 1,591 1,452 1,610 1,612 1,363 272 1,063 273 225 1,554 21 29 1,617 1,579 931 259 209 715 1,167 49 950 1,287 1,417 762 318 927 39 479 1,491 523 169 926 125 1,592

S -35.5281 -32.4998 -32.4695 -31.8404 -31.6744 -31.1007 -30.7982 -30.1763 -29.9271 -29.8660 -29.7097 -29.6613 -29.5288 -29.5155 -29.4922 -29.0217 -28.9677 -28.9429 -28.8602 -28.4096 -28.3633 -28.3114 -28.2724 -28.2405 -28.1238 -28.0339 -27.7464 -27.6932 -27.6493 -27.5661 -27.4486 -27.3889 -27.3525 -27.3174 -27.2295 -27.2091 -27.1513 -27.1215 -27.0570 -27.0385 -27.0210 -27.0066

E_conf

E_place

E_score

E_refine

3.5293 0.5744 1.2000 3.4001 3.8000 4.0143 4.5494 1.8000 1.5705 1.8010 3.3141 3.4131 3.2559 4.0127 3.2000 3.8001 3.3075 1.5820 3.5693 2.8081 1.2003 2.4616 4.0000 4.2092 2.0043 2.0980 2.1503 1.0586 2.6000 3.4000 1.6000 1.8000 3.6001 1.6000 2.3075 3.7575 2.9102 2.1973 4.0053 2.7443 3.0086 3.2000

-64.7520 -63.0487 -47.3949 -19.6032 -74.4211 -53.4565 -50.8001 -63.1732 -90.9334 40.3472 -67.0643 -48.6750 17.1718 -31.6398 -49.9342 -61.3128 -52.5864 -53.7675 -61.9136 -48.4666 0.0528 15.2107 -71.2946 -49.4159 -39.3837 -84.1861 9.5992 -15.5689 21.0898 -82.1761 -105.029 -49.0800 -49.9367 -61.4035 -8.5331 -55.6756 -119.788 -36.2459 -6.2857 -66.2430 7.1156 -33.2719

-14.1742 -12.6784 -16.6633 -15.8229 -15.4201 -14.5267 -12.5481 -15.8261 -16.8836 -17.7016 -14.1068 -14.9642 -14.2267 -16.4599 -13.6185 -18.6380 -12.9061 -14.3526 -15.3994 -17.3133 -15.1054 -16.8194 -13.6368 -12.6620 -12.2096 -13.9788 -16.9250 -12.7616 -19.4391 -17.0695 -13.1547 -13.5110 -15.2535 -14.2893 -13.7854 -13.1167 -17.1244 -16.1675 -17.3003 -16.4506 -14.9499 -15.9102

-35.5281 -32.4998 -32.4695 -31.8404 -31.6744 -31.1007 -30.7982 -30.1763 -29.9271 -29.8660 -29.7097 -29.6613 -29.5288 -29.5155 -29.4922 -29.0217 -28.9677 -28.9429 -28.8602 -28.4096 -28.3633 -28.3114 -28.2724 -28.2405 -28.1238 -28.0339 -27.7464 -27.6932 -27.6493 -27.5661 -27.4486 -27.3889 -27.3525 -27.3174 -27.2295 -27.2091 -27.1513 -27.1215 -27.0570 -27.0385 -27.0210 -27.0066


60

(lanjutan)

43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84

mol HSF.mol HTW.mol YKH.mol KWK.mol YQL.mol RRV.mol SHF.mol HTF.mol SYT.mol RYD.mol QWD.mol YYW.mol SFR.mol YYF.mol ETE.mol HFD.mol YKA.mol HQD.mol YTK.mol TRI.mol GYY.mol GDH.mol QRQ.mol YHE.mol YVY.mol KDH.mol DYI.mol GRK.mol YRL.mol EKF.mol YRQ.mol YKY.mol YKL.mol NLH.mol NTN.mol SRY.mol NRA.mol NWE.mol YHN.mol YDH.mol YSY.mol NFQ.mol

mseq 483 497 25 645 103 1,087 1,192 492 1,353 1,118 981 257 1,175 239 287 423 17 463 185 1,497 401 304 947 1,624 215 522 181 365 131 243 135 43 31 740 805 1,288 771 818 1,630 1,582 171 696

S -26.9778 -26.8776 -26.7335 -26.7194 -26.6877 -26.6214 -26.6130 -26.5387 -26.5343 -26.4971 -26.4798 -26.4338 -26.3635 -26.3576 -26.2892 -26.2744 -26.2112 -26.1924 -26.1753 -26.1446 -26.1184 -26.0547 -25.9867 -25.9334 -25.8991 -25.8392 -25.8349 -25.8075 -25.7760 -25.7299 -25.7121 -25.6140 -25.5870 -25.5824 -25.5715 -25.5385 -25.4933 -25.4602 -25.4065 -25.4024 -25.3644 -25.3643

E_conf 1.1975 2.2000 3.8866 3.8000 1.8000 3.4068 2.0958 0.6270 1.5956 4.0118 3.6000 2.2000 2.0000 1.1339 2.0000 3.4943 1.9164 2.8818 2.9974 2.7508 3.0000 3.2004 2.8152 2.0000 1.7981 4.5615 0.4000 2.6000 1.2012 3.3343 3.2000 4.4926 4.7305 1.7999 1.1805 3.0000 2.0000 3.0195 4.1775 3.1766 3.3243 3.0014

E_place -7.0769 -89.3616 57.3358 -21.8397 -44.2094 -25.9818 -88.9213 -78.5737 -48.3280 -56.0802 -3.0814 -49.9928 -34.0682 -36.3243 30.6554 -32.5685 -59.6351 -73.6877 -65.0558 -8.4128 -71.2704 -30.1865 -32.8096 -43.7527 -66.7686 -79.0503 -18.9704 -34.5635 -46.0757 -78.4187 -125.530 -15.2718 -26.4122 -47.4513 -72.2530 -63.7754 -20.6097 -89.1478 -50.7497 -24.0746 -32.0170 -37.2944

E_score -14.5843 -13.0160 -13.5189 -14.1070 -12.3066 -14.1233 -13.9000 -14.1097 -16.2639 -16.4494 -17.1982 -13.0867 -14.3911 -12.4725 -20.1200 -15.1318 -18.2865 -16.6174 -13.6982 -14.1370 -16.9532 -14.7983 -14.2934 -14.9200 -13.1794 -15.8269 -21.6644 -15.9781 -14.7584 -17.5464 -14.0822 -14.3844 -18.2095 -13.7449 -14.5936 -14.8878 -14.5923 -13.9868 -14.4605 -15.5425 -14.6019 -15.3623


E_refine -26.9778 -26.8776 -26.7335 -26.7194 -26.6877 -26.6214 -26.6130 -26.5387 -26.5343 -26.4971 -26.4798 -26.4338 -26.3635 -26.3576 -26.2892 -26.2744 -26.2112 -26.1924 -26.1753 -26.1446 -26.1184 -26.0547 -25.9867 -25.9334 -25.8991 -25.8392 -25.8349 -25.8075 -25.7760 -25.7299 -25.7121 -25.6140 -25.5870 -25.5824 -25.5715 -25.5385 -25.4933 -25.4602 -25.4065 -25.4024 -25.3644 -25.3643

61

(lanjutan)

85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126

mol YSF.mol YAQ.mol QSV.mol QEH.mol KQD.mol RKF.mol HAH.mol YEI.mol HSV.mol YNI.mol HRD.mol TRY.mol TEL.mol NRV.mol HVE.mol TYF.mol THL.mol YQW.mol YRF.mol ETF.mol KNE.mol RKH.mol YYL.mol YKW.mol YLE.mol YDQ.mol YSQ.mol HKL.mol YNY.mol TRV.mol KSW.mol SIY.mol RVD.mol NRW.mol HSL.mol RWD.mol YTH.mol RTW.mol TNL.mol SWR.mol YSL.mol YNL.mol

mseq 151 1,575 961 859 594 1,048 404 1,597 487 71 472 1,506 1,388 782 499 1,558 1,421 113 123 288 584 1,049 247 41 47 1,587 163 447 87 1,504 625 1,214 1,109 783 486 1,113 182 1,108 1,469 1,337 159 75

S -25.3240 -25.3183 -25.3075 -25.2842 -25.2766 -25.2723 -25.2448 -25.2409 -25.2309 -25.2219 -25.2160 -25.2105 -25.1956 -25.1851 -25.1751 -25.1667 -25.1183 -25.0720 -25.0718 -25.0636 -25.0558 -25.0053 -24.9946 -24.9862 -24.8974 -24.8677 -24.8102 -24.7884 -24.7875 -24.7852 -24.7174 -24.6937 -24.6657 -24.6637 -24.6458 -24.6421 -24.6381 -24.6156 -24.5991 -24.5734 -24.5730 -24.5702

E_conf 1.2731 3.2271 1.6000 4.7989 2.7997 4.7905 3.0000 2.0529 2.7976 1.1738 2.1443 3.5158 0.8000 2.7997 2.8031 4.4428 1.4232 1.8151 3.3974 3.0456 3.4000 2.8850 1.2000 4.5841 3.7425 3.8030 0.6000 2.6834 2.8633 1.4894 3.5621 2.7052 2.5159 2.6290 2.8000 3.3952 1.3224 2.6000 2.0018 2.0000 3.9669 2.9691

E_place -48.7422 -8.4268 -43.8781 -53.6759 -72.7023 -55.7330 -79.6184 -56.0668 13.6018 -40.7384 -65.0907 -64.6358 -55.0008 -97.5226 111.9393 9.7087 -81.2121 -54.2602 -52.9937 -48.0723 -88.7101 -46.4409 -83.0419 -46.9092 -66.6033 -66.7276 -71.8616 -95.7111 -68.6873 -28.5835 -17.4234 -84.8107 -60.9501 -74.9694 -67.5590 -56.6775 -79.3592 -26.8636 -54.2858 -49.1400 -52.4650 -47.9353

E_score -12.7967 -14.1601 -15.5825 -15.5412 -15.6660 -15.4657 -12.7691 -17.9510 -13.6375 -12.6946 -16.1357 -14.4779 -14.8509 -15.4683 -15.0955 -15.2350 -13.1643 -13.2520 -14.0530 -15.5188 -15.6222 -16.1045 -16.3403 -15.0669 -14.9446 -15.5939 -13.3684 -14.1774 -12.6564 -15.6083 -14.1101 -14.1277 -15.2381 -13.6544 -13.5053 -16.8005 -13.7510 -13.4567 -16.5075 -13.4945 -12.9344 -15.7857


E_refine -25.3240 -25.3183 -25.3075 -25.2842 -25.2766 -25.2723 -25.2448 -25.2409 -25.2309 -25.2219 -25.2160 -25.2105 -25.1956 -25.1851 -25.1751 -25.1667 -25.1183 -25.0720 -25.0718 -25.0636 -25.0558 -25.0053 -24.9946 -24.9862 -24.8974 -24.8677 -24.8102 -24.7884 -24.7875 -24.7852 -24.7174 -24.6937 -24.6657 -24.6637 -24.6458 -24.6421 -24.6381 -24.6156 -24.5991 -24.5734 -24.5730 -24.5702

62

(lanjutan)

127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168

mol YTY.mol YRK.mol HNF.mol HSH.mol GRD.mol NRR.mol YWH.mol SHL.mol YLD.mol EHE.mol DSF.mol KNH.mol SQK.mol DQW.mol TNW.mol YDL.mol HYF.mol HHA.mol SIK.mol QEW.mol KGR.mol KKF.mol RTI.mol SYH.mol RQV.mol YTF.mol HHD.mol YQV.mol HHE.mol DHE.mol YAY.mol KRH.mol SQW.mol RKW.mol YDW.mol QNA.mol NGN.mol YTV.mol RER.mol NKI.mol YWY.mol THQ.mol

mseq 199 129 456 484 362 781 221 1,196 45 226 139 586 1,263 115 1,475 1,585 507 429 1,208 866 549 569 1,104 1,345 1,077 179 430 111 431 50 1,577 608 1,271 1,054 1,590 915 702 195 1,020 730 231 1,423

S -24.5486 -24.5428 -24.5425 -24.5355 -24.5320 -24.4824 -24.4770 -24.4703 -24.4575 -24.4435 -24.4027 -24.3999 -24.3978 -24.3952 -24.3882 -24.3860 -24.3814 -24.3778 -24.3724 -24.3618 -24.3536 -24.3463 -24.3439 -24.3379 -24.3378 -24.3254 -24.3197 -24.3180 -24.3094 -24.2863 -24.2701 -24.2634 -24.2048 -24.1721 -24.1379 -24.1331 -24.1001 -24.0737 -23.9965 -23.9941 -23.9931 -23.9716

E_conf 3.1063 3.2362 2.7979 1.1990 3.3998 3.2808 2.4065 3.4823 2.0324 4.9713 3.7297 3.5888 3.0000 3.7301 2.8692 2.6869 1.3244 0.6000 0.9153 2.5935 3.1953 3.8000 2.1993 2.2320 2.0289 2.3770 3.7403 1.0257 3.4215 1.8000 3.4245 3.0000 1.1906 2.2830 1.6020 2.2000 1.8789 1.3884 3.8000 1.2000 1.6291 3.5619

E_place -37.8985 -47.6013 -30.1121 -69.2958 -32.7543 -53.6132 -51.5941 -57.2890 -52.8712 24.9363 -58.6271 -108.467 -29.9398 -61.2505 -44.2508 -65.3134 -57.0724 -73.9712 9.8929 -86.1687 -82.2687 -38.1026 -36.7247 -76.9129 5.2118 -38.0392 -76.8001 -72.0068 -87.4009 -55.6281 -68.6888 -13.7833 -63.9491 -114.273 -66.5387 -48.1972 -57.5574 -81.2297 -79.4155 -22.7740 -65.8682 -72.3221

E_score -12.2528 -14.7895 -14.9451 -15.5550 -16.6110 -16.4648 -12.0629 -13.6292 -15.2517 -18.7784 -16.7547 -14.5706 -14.8981 -17.2210 -13.0765 -15.1213 -13.8517 -13.4087 -16.0654 -17.7012 -14.3826 -15.4011 -14.8589 -14.5508 -14.5326 -14.4669 -15.2662 -13.5460 -17.6768 -19.0799 -14.3801 -13.4569 -13.2758 -17.0890 -15.0681 -14.6392 -13.8520 -16.4861 -16.1499 -14.2092 -13.6860 -13.7195


E_refine -24.5486 -24.5428 -24.5425 -24.5355 -24.5320 -24.4824 -24.4770 -24.4703 -24.4575 -24.4435 -24.4027 -24.3999 -24.3978 -24.3952 -24.3882 -24.3860 -24.3814 -24.3778 -24.3724 -24.3618 -24.3536 -24.3463 -24.3439 -24.3379 -24.3378 -24.3254 -24.3197 -24.3180 -24.3094 -24.2863 -24.2701 -24.2634 -24.2048 -24.1721 -24.1379 -24.1331 -24.1001 -24.0737 -23.9965 -23.9941 -23.9931 -23.9716

63

(lanjutan)

169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210

mol RHW.mol RTR.mol YKQ.mol KEW.mol QTL.mol SEL.mol SGK.mol KHI.mol QWR.mol THH.mol YNF.mol REV.mol HDW.mol TYW.mol QTV.mol SDF.mol KEV.mol HSW.mol KWD.mol YLY.mol YKD.mol HWD.mol QYR.mol SYL.mol YAR.mol TQR.mol SYI.mol DNW.mol NVE.mol RNL.mol YHY.mol SEH.mol RDW.mol GRR.mol QWH.mol YIN.mol KIK.mol SYF.mol KHR.mol RTL.mol QIQ.mol TDF.mol

mseq 1,040 1,106 35 539 970 1,160 1,182 555 986 1,418 67 1,021 413 1,568 973 1,140 538 488 642 59 19 501 996 1,348 1,576 1,487 1,346 99 811 1,065 1,635 1,157 1,012 368 983 9 564 1,344 558 1,105 895 1,369

S -23.9599 -23.9520 -23.9478 -23.9375 -23.9242 -23.9204 -23.9144 -23.9052 -23.9014 -23.9003 -23.8973 -23.8896 -23.8690 -23.8646 -23.8539 -23.8380 -23.8358 -23.8348 -23.8258 -23.8161 -23.8157 -23.7995 -23.7989 -23.7819 -23.7712 -23.7691 -23.7459 -23.7448 -23.7411 -23.7236 -23.7040 -23.6935 -23.6876 -23.6807 -23.6511 -23.6496 -23.6486 -23.6438 -23.6415 -23.6347 -23.6270 -23.6154

E_conf 1.8147 2.8040 4.4804 3.5501 2.2099 2.6000 1.4000 2.3954 3.8000 2.3684 2.8000 2.2000 3.6969 2.8000 1.6000 2.6063 3.9544 1.9730 1.0000 3.0962 3.1893 2.2000 3.2010 3.7508 1.8530 2.4223 2.3533 4.0788 2.4092 2.9404 3.9312 3.5555 2.2279 2.6000 1.2000 1.7778 3.3996 2.2000 4.0000 2.4787 0.6000 3.3717

E_place -84.6317 -35.6296 -73.4588 -70.9965 -43.5231 26.5394 30.2631 -70.0678 -58.3910 -68.3480 -78.5910 -63.9069 -39.5802 -105.345 -56.2903 -69.5121 -10.9655 -51.7726 -42.0540 8.6786 65.4135 -11.5051 -50.6915 -74.0000 -53.2220 -69.6390 -50.9784 -70.0233 -69.4556 -26.1794 -6.3110 22.3349 -45.8730 -29.3990 -17.1804 -71.8013 -82.3925 -34.3586 -43.8628 -65.6822 14.2183 -55.6322

E_score -14.2009 -14.3588 -15.5510 -15.6989 -13.7856 -15.7812 -15.2138 -16.0354 -16.9982 -13.6460 -12.5769 -14.8792 -14.5006 -17.0656 -14.5242 -14.2821 -15.4762 -14.2590 -15.9816 -12.8868 -15.8260 -15.7757 -14.4341 -15.0714 -15.1872 -14.6072 -13.4825 -14.3654 -17.1423 -13.4449 -16.2879 -14.7945 -14.1448 -14.1962 -13.2761 -14.6966 -15.4915 -14.7582 -15.1734 -14.4341 -13.8468 -15.0359


E_refine -23.9599 -23.9520 -23.9478 -23.9375 -23.9242 -23.9204 -23.9144 -23.9052 -23.9014 -23.9003 -23.8973 -23.8896 -23.8690 -23.8646 -23.8539 -23.8380 -23.8358 -23.8348 -23.8258 -23.8161 -23.8157 -23.7995 -23.7989 -23.7819 -23.7712 -23.7691 -23.7459 -23.7448 -23.7411 -23.7236 -23.7040 -23.6935 -23.6876 -23.6807 -23.6511 -23.6496 -23.6486 -23.6438 -23.6415 -23.6347 -23.6270 -23.6154

64

(lanjutan)

211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252

mol KWE.mol YNH.mol DEF.mol YGD.mol HNE.mol NQW.mol QEI.mol GTY.mol SDS.mol YQN.mol NHQ.mol YAE.mol YKF.mol TKV.mol QEQ.mol KYH.mol HRI.mol YYD.mol QHE.mol YYK.mol KFR.mol TER.mol REL.mol HHL.mol RYI.mol YHW.mol EQW.mol YSK.mol GYQ.mol DEW.mol YWE.mol SAK.mol GKH.mol SRR.mol SKF.mol EHL.mol NEE.mol YHL.mol KEE.mol DDW.mol SGY.mol YTN.mol

mseq 643 69 27 1,614 455 770 860 391 1,148 105 714 1,571 23 1,450 863 651 476 235 881 245 544 1,391 1,019 435 1,122 1,634 271 157 397 36 219 1,130 334 1,283 1,218 232 680 1,629 531 20 1,188 189

S -23.5946 -23.5875 -23.5777 -23.5715 -23.5566 -23.5515 -23.5467 -23.5373 -23.5339 -23.5222 -23.5221 -23.5193 -23.5026 -23.5020 -23.4930 -23.4853 -23.4823 -23.4746 -23.4705 -23.4689 -23.4650 -23.4595 -23.4573 -23.4523 -23.4516 -23.4312 -23.4281 -23.4203 -23.4178 -23.4035 -23.3939 -23.3880 -23.3824 -23.3816 -23.3798 -23.3758 -23.3718 -23.3702 -23.3670 -23.3643 -23.3593 -23.3442

E_conf 2.6668 3.2104 2.4947 3.2000 3.1999 2.9187 2.5251 0.6035 2.4076 1.2691 3.3882 3.1600 2.5187 1.8004 2.2000 2.0000 2.0771 3.6024 4.8317 3.2565 3.6047 2.8012 3.2173 3.0211 2.1940 4.0048 3.5621 2.5959 3.4378 2.6015 3.2149 3.2000 1.2000 2.4000 3.6244 3.4352 2.4000 2.1933 3.2000 4.2924 2.3931 2.2913

E_place -59.5232 -105.926 1.9299 -42.6817 -53.8627 -61.6183 -25.0060 -53.7380 -62.0995 -49.6242 -62.0215 -47.7063 -51.7329 -77.8226 -46.7263 -58.3512 -67.8579 13.3368 -38.5200 20.5364 -49.8066 -52.6481 -45.3840 -79.1148 -51.3347 -47.0637 -47.5872 -35.1745 -73.8597 -58.2055 -73.6161 -84.1212 45.7909 -11.0139 -27.7972 -23.1701 -86.7840 -91.9976 -51.5763 -77.4735 -62.6744 -61.8060

E_score -16.7157 -12.9425 -18.3991 -16.5595 -14.7458 -14.1881 -14.3728 -15.7749 -17.5849 -18.3620 -14.9936 -16.3383 -16.1046 -16.5922 -14.7887 -13.6286 -17.2768 -16.4657 -14.7196 -14.6865 -15.4490 -16.6492 -15.4504 -13.8557 -15.1461 -17.4442 -14.7589 -13.7342 -14.6679 -16.2400 -14.3865 -15.2139 -17.6988 -16.3736 -16.6804 -16.9907 -16.2541 -14.2399 -16.8536 -16.9086 -16.2340 -14.7333


E_refine -23.5946 -23.5875 -23.5777 -23.5715 -23.5566 -23.5515 -23.5467 -23.5373 -23.5339 -23.5222 -23.5221 -23.5193 -23.5026 -23.5020 -23.4930 -23.4853 -23.4823 -23.4746 -23.4705 -23.4689 -23.4650 -23.4595 -23.4573 -23.4523 -23.4516 -23.4312 -23.4281 -23.4203 -23.4178 -23.4035 -23.3939 -23.3880 -23.3824 -23.3816 -23.3798 -23.3758 -23.3718 -23.3702 -23.3670 -23.3643 -23.3593 -23.3442

65

(lanjutan)

253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294

mol TKL.mol SQY.mol YRN.mol HYI.mol EHF.mol YNN.mol KHA.mol SAS.mol SHK.mol NQL.mol KYR.mol QKA.mol RFH.mol HEL.mol HLE.mol QQF.mol YQA.mol ENL.mol QFQ.mol TWK.mol SVQ.mol TEN.mol HLD.mol NHN.mol YFK.mol QLR.mol HKH.mol RHL.mol TNH.mol SKW.mol SWY.mol HNV.mol ETW.mol YNR.mol TRD.mol HSD.mol YAN.mol YHQ.mol DKW.mol RDR.mol SYW.mol SFE.mol

mseq 1,445 1,272 133 509 227 77 550 1,134 1,195 765 655 897 1,025 420 451 930 89 262 871 1,549 1,326 1,389 450 713 1,609 914 445 1,037 1,466 1,229 1,340 460 292 81 1,493 481 1,574 1,631 79 1,010 1,355 1,170

S -23.3302 -23.3209 -23.3181 -23.3111 -23.2961 -23.2753 -23.2700 -23.2624 -23.2444 -23.2437 -23.2433 -23.2382 -23.2378 -23.2262 -23.2236 -23.2147 -23.2125 -23.2072 -23.2068 -23.1992 -23.1954 -23.1761 -23.1731 -23.1421 -23.1353 -23.1323 -23.1221 -23.0868 -23.0669 -23.0586 -23.0584 -23.0552 -23.0531 -23.0480 -23.0463 -23.0339 -23.0219 -23.0185 -23.0131 -22.9912 -22.9904 -22.9860

E_conf 2.8121 2.4722 3.6000 2.2000 3.4108 1.7445 3.4000 1.2000 2.3660 2.0644 3.8000 2.6000 2.5033 3.9973 2.2000 2.8528 3.1302 3.0954 2.9256 3.9275 1.6013 3.2049 1.4000 1.8652 3.2096 4.8462 3.2548 1.2056 1.8308 3.3976 4.0249 3.3967 3.1128 2.5896 2.9650 1.0541 2.3576 3.3959 2.6000 3.3468 3.4000 1.2129

E_place -35.6072 -60.7747 6.2735 -71.1898 -42.6302 -75.3247 -51.7807 -14.5021 -25.6509 -85.9805 35.1058 -5.1023 -45.0262 -71.0854 -85.7430 -52.0952 -94.2842 -50.3585 -73.9945 -24.0225 -83.2406 -20.3540 -51.4947 -65.0480 -4.8640 -36.1369 -111.714 -57.8928 -49.8102 13.9227 -30.1284 -53.5438 -71.3546 -10.3844 -41.8950 -87.8220 -84.2300 -62.3686 -55.3329 39.0183 -59.9233 -64.1784

E_score -13.3057 -18.3647 -13.2147 -15.3047 -15.5708 -13.6943 -16.2634 -13.5228 -14.9881 -15.2969 -14.0411 -15.9135 -13.2198 -15.4107 -17.3497 -15.6597 -13.4561 -14.3677 -14.0538 -14.5364 -13.8766 -15.8171 -15.8846 -13.5986 -16.8279 -15.9193 -15.0996 -13.5585 -13.2479 -15.0344 -13.8168 -14.1720 -15.0587 -13.0143 -16.2824 -15.9301 -17.5965 -15.2883 -16.1197 -17.1809 -13.3482 -18.2697


E_refine -23.3302 -23.3209 -23.3181 -23.3111 -23.2961 -23.2753 -23.2700 -23.2624 -23.2444 -23.2437 -23.2433 -23.2382 -23.2378 -23.2262 -23.2236 -23.2147 -23.2125 -23.2072 -23.2068 -23.1992 -23.1954 -23.1761 -23.1731 -23.1421 -23.1353 -23.1323 -23.1221 -23.0868 -23.0669 -23.0586 -23.0584 -23.0552 -23.0531 -23.0480 -23.0463 -23.0339 -23.0219 -23.0185 -23.0131 -22.9912 -22.9904 -22.9860

66

(lanjutan)

295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336

mol YYE.mol QRR.mol SIQ.mol SFH.mol QID.mol DYW.mol EQF.mol SRV.mol SDH.mol QRE.mol TYV.mol HDL.mol YSV.mol KIH.mol GYT.mol DHW.mol TFT.mol YRA.mol KKE.mol YIR.mol QHR.mol RDV.mol YLR.mol YEW.mol TSR.mol TFR.mol THV.mol HTV.mol NFH.mol YLK.mol EHW.mol TYN.mol ELE.mol HRV.mol NRQ.mol YTL.mol GNR.mol SHW.mol RKD.mol SYQ.mol SKL.mol QFE.mol

mseq 237 948 1,210 1,171 891 187 267 1,286 1,141 941 1,567 411 167 563 400 60 1,403 117 568 13 888 1,011 57 1,604 1,517 1,402 1,426 496 693 51 236 1,563 253 478 780 188 348 1,203 1,046 1,350 1,222 868

S -22.9751 -22.9679 -22.9673 -22.9610 -22.9445 -22.9385 -22.9334 -22.9172 -22.9048 -22.9022 -22.8969 -22.8927 -22.8917 -22.8906 -22.8715 -22.8591 -22.8578 -22.8349 -22.8326 -22.8291 -22.8029 -22.7942 -22.7640 -22.7616 -22.7597 -22.7538 -22.7477 -22.7308 -22.7222 -22.7009 -22.6997 -22.6926 -22.6771 -22.6641 -22.6561 -22.6522 -22.6511 -22.6335 -22.6300 -22.6134 -22.6061 -22.6046

E_conf 4.4602 3.0000 1.0001 4.2799 3.4000 2.7999 3.7741 3.0000 3.0000 3.8000 1.9717 2.7741 2.2059 3.3401 2.0567 3.6753 2.0159 3.0576 3.7163 3.1871 3.2665 2.3671 3.0416 2.5342 3.8000 2.2035 3.3867 2.7217 3.0096 3.5682 3.0691 3.0677 3.8000 1.2932 1.2000 2.0827 3.2018 2.3526 1.9997 2.0286 2.2000 2.3993

E_place -75.2867 -60.8621 -57.2773 12.5995 11.0847 -63.1473 -13.3443 -35.7890 -54.1430 -66.5890 -76.9536 -60.5586 -48.8732 -57.1723 -98.2675 -78.4566 -34.6145 -47.9849 -63.6142 -108.097 -53.0673 -3.7297 -61.0434 -26.3537 -0.6534 -94.0790 -71.6672 -56.5016 -58.9896 -21.1148 18.9315 -32.4097 -26.6661 -94.1965 -67.7876 -67.2613 -65.7350 -68.8885 -14.9371 -82.1189 -50.0070 -62.0256

E_score -14.5527 -14.1430 -13.8866 -14.7707 -17.4149 -15.6506 -15.8324 -15.3634 -16.1999 -16.8400 -14.8961 -17.0654 -12.9457 -13.2381 -16.3137 -15.4407 -14.9947 -15.3476 -16.4968 -13.1646 -14.0720 -17.1312 -12.9048 -14.8728 -13.7860 -13.7349 -13.8485 -14.9065 -12.4749 -18.4871 -14.1358 -13.8405 -16.4825 -15.3792 -14.3159 -13.2410 -14.6904 -13.0929 -18.2036 -15.0871 -13.8862 -15.8329


E_refine -22.9751 -22.9679 -22.9673 -22.9610 -22.9445 -22.9385 -22.9334 -22.9172 -22.9048 -22.9022 -22.8969 -22.8927 -22.8917 -22.8906 -22.8715 -22.8591 -22.8578 -22.8349 -22.8326 -22.8291 -22.8029 -22.7942 -22.7640 -22.7616 -22.7597 -22.7538 -22.7477 -22.7308 -22.7222 -22.7009 -22.6997 -22.6926 -22.6771 -22.6641 -22.6561 -22.6522 -22.6511 -22.6335 -22.6300 -22.6134 -22.6061 -22.6046

67

(lanjutan)

337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378

mol HQV.mol SRL.mol RYL.mol KND.mol DIE.mol SHH.mol GYE.mol HLH.mol YKI.mol TYE.mol QYV.mol NTH.mol NKW.mol TQW.mol RNV.mol YEF.mol RNW.mol RAH.mol SWQ.mol HYW.mol KSD.mol QAR.mol QIE.mol SYV.mol YSW.mol YTQ.mol TNN.mol EEF.mol HTI.mol SWH.mol ESW.mol SYA.mol QVE.mol YYI.mol RDF.mol HTH.mol HTE.mol QTE.mol NHK.mol HYV.mol RTE.mol KYK.mol

mseq 469 1,280 1,123 583 63 1,193 393 452 28 1,557 997 801 737 1,490 1,067 1,595 1,068 1,001 1,336 512 616 842 892 1,354 170 191 1,470 207 494 1,333 285 1,341 976 244 1,006 493 491 965 711 511 1,101 653

S -22.6031 -22.5992 -22.5951 -22.5875 -22.5832 -22.5720 -22.5389 -22.5331 -22.5196 -22.5170 -22.5154 -22.5144 -22.5005 -22.5003 -22.4910 -22.4900 -22.4533 -22.4478 -22.4440 -22.4366 -22.4324 -22.4251 -22.4078 -22.3894 -22.3704 -22.3513 -22.3511 -22.3505 -22.3420 -22.3411 -22.3250 -22.3225 -22.3212 -22.3082 -22.2976 -22.2906 -22.2788 -22.2752 -22.2732 -22.2619 -22.2576 -22.2333

E_conf 1.2016 4.0117 2.2870 3.0970 3.4000 2.8243 2.6000 2.8425 2.3937 1.8975 2.5709 2.1720 1.8010 2.0584 2.0049 3.9685 1.2000 3.2000 1.2000 2.4000 3.0000 4.0881 3.4000 2.8999 3.7998 0.5982 1.7117 3.8990 3.2078 3.4355 1.6000 1.6348 3.2000 2.7878 1.4133 2.7809 2.9093 4.1390 4.2554 2.9122 2.1998 3.8412

E_place -53.9253 -54.2167 40.4621 -65.9799 -2.7547 16.9435 -50.4379 -64.1790 -20.9978 -74.2871 -72.6121 -97.3431 -55.3106 -25.9796 -34.4839 -48.1569 -64.9379 -28.5020 -65.0165 -102.839 57.9034 -60.9112 -70.9203 -69.1297 -6.9915 -91.2371 -71.3476 -82.6736 -76.5688 -68.6951 -29.9774 -19.2158 -31.1052 -4.7285 -71.6994 -47.8238 -40.1527 -54.3014 -91.7012 -52.5658 -20.5914 -53.1414

E_score -14.1826 -17.0188 -15.7352 -17.0597 -17.5132 -13.5342 -16.6523 -12.7433 -14.6936 -15.4898 -15.2979 -13.9708 -14.5759 -13.4452 -13.8586 -15.7635 -13.7753 -18.7139 -14.4973 -13.1281 -17.0280 -15.8044 -15.4733 -14.0767 -13.1176 -13.9786 -15.2321 -16.3050 -13.6323 -13.9664 -17.8576 -14.0467 -15.8193 -17.8813 -15.1624 -15.0326 -16.2808 -17.4680 -15.1087 -14.2379 -15.1795 -15.7471


E_refine -22.6031 -22.5992 -22.5951 -22.5875 -22.5832 -22.5720 -22.5389 -22.5331 -22.5196 -22.5170 -22.5154 -22.5144 -22.5005 -22.5003 -22.4910 -22.4900 -22.4533 -22.4478 -22.4440 -22.4366 -22.4324 -22.4251 -22.4078 -22.3894 -22.3704 -22.3513 -22.3511 -22.3505 -22.3420 -22.3411 -22.3250 -22.3225 -22.3212 -22.3082 -22.2976 -22.2906 -22.2788 -22.2752 -22.2732 -22.2619 -22.2576 -22.2333

68

(lanjutan)

379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420

mol HND.mol GSR.mol YEE.mol HQL.mol TYL.mol HFE.mol YYQ.mol QWK.mol NDR.mol NSH.mol GSQ.mol RDD.mol NVH.mol NYW.mol NYR.mol RQR.mol NFK.mol HRL.mol HYE.mol QLE.mol RWE.mol ETL.mol KQV.mol QRH.mol NQN.mol KQK.mol EDI.mol GYH.mol SKI.mol TFQ.mol YRR.mol TFE.mol SRI.mol SLK.mol GNQ.mol HRF.mol DLD.mol TQE.mol YYR.mol RNF.mol NNW.mol DVE.mol

mseq 454 378 1,594 468 1,562 424 251 984 675 788 377 1,004 812 836 834 1,076 694 477 506 910 1,114 290 602 943 766 599 197 394 1,220 1,401 137 1,397 1,278 1,234 347 474 82 1,479 254 1,062 757 168

S -22.2330 -22.2269 -22.2266 -22.2226 -22.2215 -22.2200 -22.2167 -22.2025 -22.1957 -22.1818 -22.1777 -22.1602 -22.1465 -22.1413 -22.1292 -22.1266 -22.1181 -22.1178 -22.1131 -22.1033 -22.1027 -22.1013 -22.0992 -22.0861 -22.0827 -22.0801 -22.0698 -22.0650 -22.0622 -22.0507 -22.0456 -22.0370 -22.0345 -22.0276 -22.0191 -22.0119 -22.0112 -22.0106 -22.0105 -22.0078 -21.9967 -21.9823

E_conf 3.7149 4.0102 3.8000 3.5352 3.4495 3.4000 2.4777 3.5967 3.8290 0.6000 3.2607 3.0506 0.6000 3.4094 2.8000 3.6267 3.8079 2.6233 3.6572 3.6000 2.6533 2.4152 3.3998 1.7806 1.2687 2.8000 3.0304 3.9898 2.6027 1.0789 2.6793 3.6000 2.6003 3.6000 2.2000 2.6909 3.8171 1.4160 2.7844 3.1999 1.7842 3.0030

E_place -119.167 -6.8172 -45.8105 -55.5815 -40.1417 -28.1426 -82.6009 -63.6135 -82.0829 -70.8759 -11.4931 -15.4020 -75.1311 -77.4890 -61.4456 -0.3029 -80.1595 22.1895 -46.1925 -64.4492 -45.8468 -13.6379 -48.7388 -51.4587 -78.7504 -64.2778 -49.6944 -90.4351 -44.1659 -25.9540 -62.0777 -31.3560 -98.6082 -27.4317 -37.2735 -67.5917 -63.3365 -52.7974 -75.8664 -43.9190 -88.3884 -30.8649

E_score -15.7774 -14.2020 -17.6402 -14.0219 -14.6097 -14.9493 -12.2759 -14.0003 -19.2472 -13.5125 -16.2925 -19.1603 -15.3945 -14.2371 -14.2808 -14.7311 -15.3848 -13.3580 -17.9101 -15.5324 -14.8929 -15.7003 -14.3584 -12.9551 -14.1515 -16.2658 -16.9579 -14.3168 -14.6023 -13.5653 -13.2586 -14.3726 -14.6571 -17.5091 -13.9917 -13.2084 -19.5425 -14.6357 -13.7762 -15.1229 -14.1414 -18.2178


E_refine -22.2330 -22.2269 -22.2266 -22.2226 -22.2215 -22.2200 -22.2167 -22.2025 -22.1957 -22.1818 -22.1777 -22.1602 -22.1465 -22.1413 -22.1292 -22.1266 -22.1181 -22.1178 -22.1131 -22.1033 -22.1027 -22.1013 -22.0992 -22.0861 -22.0827 -22.0801 -22.0698 -22.0650 -22.0622 -22.0507 -22.0456 -22.0370 -22.0345 -22.0276 -22.0191 -22.0119 -22.0112 -22.0106 -22.0105 -22.0078 -21.9967 -21.9823

69

(lanjutan)

421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462

mol TQT.mol YYA.mol YGN.mol KEI.mol NTE.mol RGE.mol YDR.mol NLE.mol THW.mol RHV.mol QYL.mol DSW.mol SRH.mol DSE.mol STW.mol YDF.mol YTI.mol SRT.mol THY.mol SFN.mol TRR.mol NYI.mol SLY.mol TEY.mol NYH.mol QDF.mol NDF.mol HAE.mol YND.mol EYI.mol EHV.mol GQD.mol YHD.mol KRV.mol STL.mol KTL.mol SVY.mol EFE.mol QTW.mol HDD.mol SKH.mol TRL.mol

mseq 1,488 233 1,618 534 799 1,028 1,588 739 1,427 1,039 994 147 1,277 138 1,319 1,581 183 1,285 1,428 1,173 1,502 829 1,240 1,395 828 846 668 403 64 298 234 352 1,623 613 1,312 633 1,330 220 974 406 1,219 1,499

S -21.9702 -21.9662 -21.9632 -21.9563 -21.9517 -21.9419 -21.9328 -21.9133 -21.9125 -21.9107 -21.8970 -21.8960 -21.8937 -21.8925 -21.8909 -21.8894 -21.8888 -21.8839 -21.8759 -21.8732 -21.8729 -21.8690 -21.8651 -21.8497 -21.8322 -21.8211 -21.8101 -21.8024 -21.7960 -21.7958 -21.7868 -21.7760 -21.7471 -21.7413 -21.7369 -21.7360 -21.7293 -21.7263 -21.7234 -21.7162 -21.6831 -21.6812

E_conf 1.5989 0.5802 2.3998 3.2241 1.2000 2.4000 1.6000 2.0000 1.2000 2.5686 2.3947 2.6000 3.6937 2.8000 1.6114 3.5026 1.5606 3.1685 3.0323 3.3817 1.4058 1.8039 1.6000 2.2002 2.0643 2.4000 1.2000 2.5526 0.4000 2.3203 1.2488 1.5580 2.7999 2.5390 2.2047 2.2000 1.0000 3.3870 1.6180 3.5931 1.8000 1.8384

E_place -77.7530 -84.1108 -61.7371 -11.7407 -83.0673 -49.8121 -67.8081 -63.6589 -38.7198 -67.1251 -57.6376 -46.4360 -40.6026 -61.0536 -53.3528 -51.7464 -46.9593 -75.4522 -61.2540 -98.4495 -8.5571 44.1768 -66.9552 -84.1128 2.0502 25.0246 -15.0303 -55.0454 -82.0980 -16.2686 -45.9028 -52.7497 -87.9565 -41.8572 -72.1808 -10.0893 -41.1608 -60.3701 -121.951 12.9089 -68.6112 -12.9875

E_score -13.7793 -14.1167 -15.9157 -15.4247 -17.4916 -15.7945 -14.8164 -15.5231 -14.1414 -14.2643 -13.3433 -14.6747 -14.5373 -17.7221 -12.8934 -14.9035 -12.7967 -15.2744 -14.6246 -14.4363 -14.2893 -14.3347 -14.7883 -17.6662 -13.7080 -15.9704 -12.8748 -16.0069 -14.9652 -16.5001 -17.5544 -16.9154 -18.9486 -14.6492 -14.7865 -14.6143 -13.9322 -15.8673 -16.9960 -17.8817 -15.3517 -14.2929


E_refine -21.9702 -21.9662 -21.9632 -21.9563 -21.9517 -21.9419 -21.9328 -21.9133 -21.9125 -21.9107 -21.8970 -21.8960 -21.8937 -21.8925 -21.8909 -21.8894 -21.8888 -21.8839 -21.8759 -21.8732 -21.8729 -21.8690 -21.8651 -21.8497 -21.8322 -21.8211 -21.8101 -21.8024 -21.7960 -21.7958 -21.7868 -21.7760 -21.7471 -21.7413 -21.7369 -21.7360 -21.7293 -21.7263 -21.7234 -21.7162 -21.6831 -21.6812

70

(lanjutan)

463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504

mol RSW.mol HQW.mol QYF.mol QHI.mol GNK.mol TSE.mol SNQ.mol GSK.mol TQK.mol TYD.mol TNV.mol TSV.mol HYA.mol HKI.mol TIK.mol SQN.mol HFH.mol DEE.mol THI.mol RVH.mol YQY.mol TGR.mol QHL.mol RLH.mol KED.mol QNF.mol SWK.mol YNW.mol YSI.mol REE.mol REF.mol QNI.mol YEK.mol QRI.mol YFY.mol SYY.mol SHI.mol SYR.mol KWH.mol HSI.mol SQF.mol NNR.mol

mseq 1,098 470 990 884 345 1,509 1,250 375 1,483 1,556 1,474 1,519 504 446 1,432 1,265 425 26 1,419 1,111 116 1,411 886 1,057 530 918 1,334 85 155 1,015 1,016 920 1,598 944 1,613 1,356 1,194 1,351 644 485 1,260 755

S -21.6738 -21.6713 -21.6582 -21.6531 -21.6367 -21.6317 -21.6048 -21.6027 -21.6005 -21.5933 -21.5692 -21.5668 -21.5614 -21.5590 -21.5509 -21.5508 -21.5457 -21.5280 -21.5247 -21.5161 -21.5151 -21.5142 -21.5138 -21.5021 -21.4910 -21.4868 -21.4743 -21.4729 -21.4704 -21.4685 -21.4632 -21.4542 -21.4400 -21.4390 -21.4354 -21.4301 -21.4140 -21.4068 -21.4003 -21.3971 -21.3856 -21.3767

E_conf 2.2000 1.9342 4.0057 2.4819 3.0000 1.4000 1.2000 3.2449 1.3998 2.6000 2.6624 1.2000 2.8000 3.0007 2.0000 1.7902 3.4086 4.0201 1.2340 2.6006 3.9981 4.0000 2.2181 3.9920 4.3085 2.3435 2.4000 2.8000 2.6130 1.6000 4.1946 2.2067 3.6641 4.0033 4.0945 3.7279 3.8018 2.8103 2.8030 2.9713 0.6000 3.2788

E_place -105.672 -79.3256 -69.1149 -22.1433 -65.3747 -0.5466 -60.2389 -18.7514 -70.1018 -82.4423 -51.3772 -19.8780 -72.6789 -41.8526 22.6649 -82.7096 -28.8034 -49.5832 -88.5644 -73.7696 -18.6866 -67.5760 -42.4643 -4.8630 -23.7023 19.2291 26.2487 -51.6780 -79.8693 -26.5472 -58.0145 -68.6768 -55.3961 -19.6248 -20.7112 -96.1894 -34.8818 -83.1428 -43.0023 -21.4078 -16.2908 -70.5968

E_score -14.9972 -12.8746 -14.4244 -14.1902 -15.9308 -15.4147 -14.3937 -15.1563 -15.4235 -15.6356 -12.4977 -13.9026 -14.4826 -13.5837 -13.6045 -14.6523 -12.5056 -19.1463 -13.1478 -15.7028 -13.4265 -14.6584 -13.5107 -14.3844 -17.2963 -14.4706 -16.2505 -14.4771 -12.7741 -16.2953 -14.8502 -14.2171 -17.1011 -13.8290 -13.8210 -16.5310 -13.1161 -15.5899 -17.8107 -13.1877 -15.3768 -14.2906


E_refine -21.6738 -21.6713 -21.6582 -21.6531 -21.6367 -21.6317 -21.6048 -21.6027 -21.6005 -21.5933 -21.5692 -21.5668 -21.5614 -21.5590 -21.5509 -21.5508 -21.5457 -21.5280 -21.5247 -21.5161 -21.5151 -21.5142 -21.5138 -21.5021 -21.4910 -21.4868 -21.4743 -21.4729 -21.4704 -21.4685 -21.4632 -21.4542 -21.4400 -21.4390 -21.4354 -21.4301 -21.4140 -21.4068 -21.4003 -21.3971 -21.3856 -21.3767

71

(lanjutan)

505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531

mol SLE.mol YSH.mol QDA.mol NYN.mol STH.mol SWT.mol TTV.mol SSN.mol YIY.mol HAD.mol GHQ.mol YEY.mol NYE.mol QYA.mol QYK.mol DYV.mol QVR.mol GNH.mol TKH.mol GEY.mol TWR.mol HIH.mol GQK.mol YNQ.mol YWQ.mol RHD.mol EYL.mol

mseq 1,232 153 843 832 1,309 1,339 1,534 1,297 15 402 327 1,605 826 987 993 186 980 344 1,442 321 1,552 440 355 80 228 1,032 299

S -21.3722 -21.3682 -21.3590 -21.3484 -21.3482 -21.3414 -21.3158 -21.3131 -21.2955 -21.2937 -21.2933 -21.2929 -21.2919 -21.2911 -21.2839 -21.2704 -21.2668 -21.2617 -21.2542 -21.2411 -21.2386 -21.2161 -21.2036 -21.1930 -21.1909 -21.1824 -21.1735

E_conf 3.2377 2.3348 2.2000 1.7994 2.7144 0.0000 2.0000 1.2000 2.4281 3.6000 2.9900 2.1408 2.4220 4.0215 1.6811 3.1497 4.4175 1.8000 3.0000 4.0378 2.0900 2.6000 2.8415 0.6000 1.8000 3.2001 3.1483

E_place -56.3699 -60.1765 -84.9664 -74.2632 -63.6339 -56.1596 -37.1534 -40.4876 24.6070 -20.3704 -46.0717 -71.6708 -39.8117 36.0872 -81.1379 19.9568 8.8659 -2.3847 -16.0110 -29.3484 -13.9152 -58.2907 -62.5030 -59.5890 -90.4122 -26.6144 -33.7786

E_score -15.4325 -12.8922 -15.2286 -13.9594 -13.6014 -14.3333 -12.3313 -16.2955 -12.4480 -16.1311 -15.8245 -19.1220 -15.1859 -13.9302 -16.6729 -18.7711 -15.1971 -15.8189 -14.6212 -16.2955 -15.7953 -13.6831 -14.2043 -14.1580 -12.0388 -17.4805 -16.0759

E_refine -21.3722 -21.3682 -21.3590 -21.3484 -21.3482 -21.3414 -21.3158 -21.3131 -21.2955 -21.2937 -21.2933 -21.2929 -21.2919 -21.2911 -21.2839 -21.2704 -21.2668 -21.2617 -21.2542 -21.2411 -21.2386 -21.2161 -21.2036 -21.1930 -21.1909 -21.1824 -21.1735

532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546

QDE.mol NDW.mol TRA.mol EYW.mol HDF.mol SKV.mol QVD.mol DDF.mol KHK.mol GYD.mol TYQ.mol KRK.mol TVQ.mol HYL.mol TIN.mol

845 677 1,492 301 408 1,228 975 11 556 392 1,564 610 1,542 510 1,433

-21.1601 -21.1546 -21.1525 -21.1490 -21.1479 -21.1417 -21.1401 -21.1397 -21.1396 -21.1312 -21.1245 -21.1117 -21.1115 -21.1109 -21.1047

3.2278 1.7861 2.0042 3.7829 1.4689 3.2315 3.4045 1.4000 3.6105 3.9287 1.2102 3.4000 2.5764 2.7517 1.5170

27.1103 -38.9486 -80.1032 -47.9410 -60.8049 -44.6661 -53.1211 -61.3598 -71.9720 -56.4366 -80.9404 -66.4588 -46.5566 -41.4760 -69.7109

-18.7791 -15.5788 -16.0211 -15.1800 -14.5170 -15.5819 -16.0355 -15.8483 -14.1923 -14.9429 -13.9722 -17.7373 -12.0235 -12.5708 -13.3066

-21.1601 -21.1546 -21.1525 -21.1490 -21.1479 -21.1417 -21.1401 -21.1397 -21.1396 -21.1312 -21.1245 -21.1117 -21.1115 -21.1109 -21.1047


72

(lanjutan)

547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588

mol TGY.mol HQI.mol DND.mol HEW.mol TYY.mol SFQ.mol QIR.mol TRF.mol QRV.mol HRA.mol YWK.mol YIK.mol YQI.mol TVH.mol TWH.mol HKE.mol SRA.mol NSV.mol NLD.mol YVR.mol GYR.mol DRF.mol SNY.mol QNL.mol RRR.mol NHW.mol QGE.mol YYH.mol TEI.mol KTR.mol RYF.mol NNA.mol KYL.mol SGE.mol ESE.mol NED.mol HHH.mol KRF.mol QQD.mol QGK.mol SKN.mol NRK.mol

mseq 1,413 467 88 422 1,569 1,174 896 1,495 949 471 223 7 100 1,539 1,548 443 1,273 795 738 213 398 124 1,256 922 1,086 717 874 241 1,386 634 1,120 745 654 1,180 280 679 433 607 928 876 1,223 777

S -21.1038 -21.1020 -21.0980 -21.0941 -21.0909 -21.0751 -21.0726 -21.0721 -21.0720 -21.0662 -21.0593 -21.0564 -21.0431 -21.0190 -21.0128 -21.0080 -21.0025 -21.0017 -20.9937 -20.9809 -20.9778 -20.9707 -20.9673 -20.9612 -20.9606 -20.9468 -20.9467 -20.9367 -20.9355 -20.9341 -20.9210 -20.9001 -20.8906 -20.8879 -20.8844 -20.8801 -20.8546 -20.8506 -20.8497 -20.8495 -20.8482 -20.8470

E_conf 3.1209 3.0491 3.2017 1.9894 4.3075 3.5504 2.4002 4.1794 2.0000 2.6557 3.7991 3.2942 0.7179 1.6017 1.6000 3.8335 1.2000 1.2000 2.8057 3.5938 1.8565 2.6471 2.4002 2.7418 3.3923 2.1872 2.8000 3.6064 2.0000 2.0461 3.2994 0.6027 3.0000 3.9238 3.2000 1.5711 3.0702 3.2000 1.1999 3.2000 2.9794 3.2000

E_place -76.6672 -45.2273 -63.0427 -60.8411 3.9721 -89.7865 -77.9444 -50.2321 23.7131 -47.2499 14.7209 -65.0234 -62.7827 -37.1348 -67.5967 -74.6542 6.9491 -86.1318 -31.8321 -27.9516 -28.5749 -80.9200 -88.9041 -57.8510 -40.8337 -80.6913 -74.8712 -89.2759 -45.9425 -24.6061 -43.7027 29.0222 -0.1183 37.0369 -36.7287 -50.5843 10.9613 -5.2060 -64.5736 -41.9467 6.4146 15.9002

E_score -15.8930 -13.3822 -17.3321 -14.3939 -15.0674 -13.3530 -14.6654 -13.5285 -13.8372 -14.3525 -13.5910 -14.8321 -12.6700 -13.3574 -12.8351 -16.0064 -14.6349 -14.2265 -16.6274 -14.2450 -14.5719 -17.2008 -16.2487 -15.3560 -14.6830 -13.2402 -15.5713 -15.0673 -15.2287 -15.7667 -15.1178 -15.3859 -14.2757 -16.9733 -17.8233 -16.7417 -14.1468 -14.1371 -16.5838 -14.8912 -16.8886 -14.7291


E_refine -21.1038 -21.1020 -21.0980 -21.0941 -21.0909 -21.0751 -21.0726 -21.0721 -21.0720 -21.0662 -21.0593 -21.0564 -21.0431 -21.0190 -21.0128 -21.0080 -21.0025 -21.0017 -20.9937 -20.9809 -20.9778 -20.9707 -20.9673 -20.9612 -20.9606 -20.9468 -20.9467 -20.9367 -20.9355 -20.9341 -20.9210 -20.9001 -20.8906 -20.8879 -20.8844 -20.8801 -20.8546 -20.8506 -20.8497 -20.8495 -20.8482 -20.8470

73

(lanjutan)

589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630

mol NWK.mol KDE.mol SHT.mol DSV.mol RNA.mol TWT.mol TTT.mol RHF.mol EKW.mol KKL.mol TLN.mol NIN.mol KHV.mol QND.mol SFT.mol KYW.mol RQW.mol TYA.mol QKF.mol KDF.mol THD.mol YRH.mol SSV.mol TTY.mol HSE.mol KHE.mol RHE.mol SNA.mol SSF.mol SNW.mol NRE.mol GTR.mol TLY.mol KDR.mol KYI.mol SKY.mol KSV.mol HQF.mol NKK.mol NKL.mol HEI.mol YVE.mol

mseq 820 520 1,201 145 1,059 1,553 1,533 1,034 252 573 1,457 722 559 916 1,177 657 1,078 1,555 900 521 1,415 126 1,302 1,536 482 552 1,033 1,241 1,292 1,255 773 388 1,461 526 652 1,230 624 465 731 732 419 203

S -20.8287 -20.8280 -20.8195 -20.8191 -20.8142 -20.8133 -20.7951 -20.7807 -20.7755 -20.7725 -20.7653 -20.7626 -20.7570 -20.7553 -20.7495 -20.7414 -20.7413 -20.7409 -20.7393 -20.7323 -20.7213 -20.7190 -20.7117 -20.7081 -20.7061 -20.7007 -20.6966 -20.6943 -20.6750 -20.6644 -20.6578 -20.6555 -20.6539 -20.6482 -20.6477 -20.6423 -20.6337 -20.6278 -20.6203 -20.6191 -20.6106 -20.6033

E_conf 3.6000 2.8000 2.1370 3.4136 3.1303 1.0000 1.4000 2.5249 4.0102 4.0000 1.2035 1.9999 3.3424 1.1987 1.1997 4.5063 3.4018 3.0011 3.2475 3.2355 2.0001 2.0190 0.6000 2.2000 3.7996 2.0011 1.4000 2.2000 3.0000 2.5322 3.1760 2.7520 1.6000 1.8000 1.1839 3.5447 3.4000 1.8835 2.3511 3.7248 2.4001 3.5466

E_place 77.1361 -28.0423 -72.5592 -38.1529 -34.4742 -3.3084 -34.1058 -74.6959 13.7388 -12.1348 -63.5881 -76.6208 -13.4887 -87.4846 -66.7597 -47.4560 -38.9966 -42.4601 -77.4407 -49.8710 -16.5137 -61.3239 -2.6115 -76.4920 24.3364 10.0103 -63.6607 -53.4396 -44.4212 -31.7978 -53.1115 23.2579 -59.1243 -60.1248 9.6179 -17.9609 -55.1559 -60.2197 -3.6122 -90.8586 -43.7709 -77.8747

E_score -17.5336 -17.4511 -13.1523 -14.8514 -14.6107 -13.2910 -15.1512 -13.1018 -17.6274 -17.7179 -15.8403 -14.1690 -14.3856 -15.7083 -16.1153 -13.0722 -15.4895 -13.7473 -14.6273 -16.0430 -15.9824 -13.0756 -14.9761 -14.4866 -14.7395 -18.2500 -16.4019 -15.0598 -15.1709 -15.3953 -15.7855 -13.4159 -15.1891 -18.9529 -15.3442 -14.6607 -14.7332 -14.1544 -16.1592 -14.2280 -14.7307 -16.6735


E_refine -20.8287 -20.8280 -20.8195 -20.8191 -20.8142 -20.8133 -20.7951 -20.7807 -20.7755 -20.7725 -20.7653 -20.7626 -20.7570 -20.7553 -20.7495 -20.7414 -20.7413 -20.7409 -20.7393 -20.7323 -20.7213 -20.7190 -20.7117 -20.7081 -20.7061 -20.7007 -20.6966 -20.6943 -20.6750 -20.6644 -20.6578 -20.6555 -20.6539 -20.6482 -20.6477 -20.6423 -20.6337 -20.6278 -20.6203 -20.6191 -20.6106 -20.6033

74

(lanjutan) mol 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672

SNI.mol GRE.mol GHK.mol GNY.mol QHF.mol SWS.mol RSF.mol KSL.mol HHI.mol SSY.mol TTH.mol HEF.mol EQE.mol RRF.mol SHQ.mol NGH.mol RVE.mol KYF.mol TST.mol TDV.mol SQE.mol QHK.mol TRE.mol HEA.mol NAK.mol HNI.mol SSA.mol RRI.mol GHE.mol SEY.mol GEQ.mol QSW.mol SRN.mol TYI.mol RYW.mol HNL.mol SFK.mol TRQ.mol GDT.mol SQL.mol GQY.mol ENE.mol

mseq 1,246 363 325 351 882 1,338 1,092 622 434 1,304 1,526 417 266 1,082 1,198 700 1,110 650 1,518 1,378 1,259 885 1,494 414 661 458 1,289 1,084 323 1,168 317 962 1,281 1,560 1,126 459 1,172 1,501 310 1,264 361 258

S

E_conf

E_place

E_score

E_refine

-20.5936 -20.5927 -20.5880 -20.5855 -20.5838 -20.5819 -20.5703 -20.5659 -20.5589 -20.5575 -20.5572 -20.5559 -20.5502 -20.5442 -20.5434 -20.5421 -20.5405 -20.5383 -20.5371 -20.5249 -20.5228 -20.5148 -20.5113 -20.5044 -20.5021 -20.4924 -20.4915 -20.4831 -20.4796 -20.4704 -20.4697 -20.4688 -20.4673 -20.4646 -20.4533 -20.4514 -20.4509 -20.4490 -20.4445 -20.4421 -20.4354 -20.4334

2.3499 3.3284 3.6000 3.5230 3.4027 3.4594 3.3896 0.4000 1.5951 1.6511 3.2009 2.0991 3.4000 2.9449 1.1997 2.4000 2.8307 4.1537 2.0000 2.0678 2.3273 4.6168 3.7574 2.5856 2.8999 1.8004 0.6000 2.4000 2.2354 2.3993 1.8001 1.8134 2.7974 1.8004 3.0546 1.2018 2.7054 2.6029 2.6000 2.8032 1.2000 1.3812

-60.8807 -56.4887 -49.4572 -30.5423 -73.8642 -29.4640 -104.136 -46.3180 -63.7081 -2.3078 -78.8882 -14.8442 -59.9774 -50.6209 -92.8266 -46.4936 -69.9762 28.1420 -14.8182 -0.1237 -27.9426 -23.1905 -19.4370 -48.5030 -45.0477 -77.8856 -23.5500 -92.4352 -129.530 -60.5905 -62.6429 -73.5534 -97.9338 -81.4743 -69.9737 -66.3881 -41.6176 -50.9533 -42.8140 -36.3549 8.3290 -64.6280

-13.3973 -16.1543 -14.2207 -15.9680 -13.4825 -14.5128 -14.5556 -14.8612 -14.2077 -13.7399 -13.4034 -14.9765 -16.7093 -14.6727 -13.9785 -13.8690 -13.9290 -14.0640 -13.9579 -16.3116 -17.0467 -14.1431 -15.6732 -14.5182 -14.6816 -14.4656 -14.9514 -14.7399 -16.2558 -17.5620 -15.1781 -14.0191 -14.6980 -16.4626 -15.6784 -13.6693 -14.4102 -13.9656 -14.4811 -13.9191 -19.5843 -18.5549

-20.5936 -20.5927 -20.5880 -20.5855 -20.5838 -20.5819 -20.5703 -20.5659 -20.5589 -20.5575 -20.5572 -20.5559 -20.5502 -20.5442 -20.5434 -20.5421 -20.5405 -20.5383 -20.5371 -20.5249 -20.5228 -20.5148 -20.5113 -20.5044 -20.5021 -20.4924 -20.4915 -20.4831 -20.4796 -20.4704 -20.4697 -20.4688 -20.4673 -20.4646 -20.4533 -20.4514 -20.4509 -20.4490 -20.4445 -20.4421 -20.4354 -20.4334


75

(lanjutan)

673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714

mol YHF.mol QLQ.mol QKE.mol GRT.mol REW.mol SKK.mol NYF.mol THA.mol YEL.mol SYE.mol THN.mol YTW.mol RVR.mol TGQ.mol DQF.mol TDY.mol TFY.mol TGH.mol ETA.mol TQQ.mol QHW.mol SQI.mol SDI.mol HGH.mol TEW.mol NFN.mol TRK.mol HNW.mol SLS.mol DFE.mol ERI.mol QYQ.mol HYH.mol TIR.mol QTK.mol NRF.mol QWQ.mol YER.mol RSV.mol YNE.mol RHH.mol QQR.mol

mseq 1,625 913 899 370 1,022 1,221 827 1,414 1,599 1,343 1,422 198 1,112 1,410 107 1,380 1,404 1,407 286 1,486 890 1,262 1,142 428 1,394 695 1,498 461 1,238 40 275 995 508 1,435 969 774 985 1,602 1,097 65 1,035 936

S -20.4169 -20.3893 -20.3881 -20.3835 -20.3798 -20.3702 -20.3649 -20.3637 -20.3611 -20.3561 -20.3495 -20.3313 -20.3214 -20.3198 -20.3088 -20.3031 -20.2930 -20.2798 -20.2763 -20.2763 -20.2679 -20.2659 -20.2536 -20.2489 -20.2448 -20.2431 -20.2425 -20.2413 -20.2328 -20.2308 -20.2296 -20.2292 -20.2252 -20.2210 -20.2091 -20.2090 -20.1905 -20.1900 -20.1791 -20.1769 -20.1687 -20.1660

E_conf 2.9953 1.2000 4.0000 1.8000 4.0994 3.4000 2.3947 0.6283 2.9257 4.0257 1.7938 2.7406 4.1007 0.6016 3.2994 2.3901 2.2848 3.0000 1.8000 1.6061 4.1374 2.6043 2.7779 2.7977 2.0004 2.4018 2.4026 3.0069 1.2000 2.4096 3.6000 1.8000 0.5973 1.8008 2.2957 2.0052 2.6211 2.5518 2.2697 2.1760 2.6484 2.2002

E_place -74.5481 -58.2411 1.8664 -57.8554 -52.6980 -3.7124 -67.1703 -40.3132 -44.9390 -63.1841 -54.4469 -67.0373 -82.3389 -34.9324 -73.4053 -45.0225 -34.7023 -62.4400 -37.6678 -97.7746 -44.0300 -46.7236 -52.6930 3.2402 -54.4330 -49.6953 -58.8466 -74.8366 -38.5368 -25.8086 -20.3184 -82.3208 -55.6015 -60.0071 -71.4269 -73.9549 -62.3446 35.7729 -55.3831 -54.1856 -84.2447 -42.4730

E_score -13.9316 -12.9796 -15.1890 -14.0392 -15.7320 -15.1648 -13.4351 -12.7410 -15.3491 -16.5955 -13.8422 -13.9523 -14.0810 -13.4407 -16.1106 -15.8730 -12.9728 -14.6095 -15.0911 -15.0649 -14.9803 -13.9771 -14.2221 -13.3698 -14.7386 -13.1448 -15.4490 -14.4931 -13.5655 -16.2207 -16.0538 -13.9842 -16.3842 -14.5151 -15.7349 -14.7927 -13.2535 -16.9588 -15.8876 -14.4428 -15.3415 -13.6962


E_refine -20.4169 -20.3893 -20.3881 -20.3835 -20.3798 -20.3702 -20.3649 -20.3637 -20.3611 -20.3561 -20.3495 -20.3313 -20.3214 -20.3198 -20.3088 -20.3031 -20.2930 -20.2798 -20.2763 -20.2763 -20.2679 -20.2659 -20.2536 -20.2489 -20.2448 -20.2431 -20.2425 -20.2413 -20.2328 -20.2308 -20.2296 -20.2292 -20.2252 -20.2210 -20.2091 -20.2090 -20.1905 -20.1900 -20.1791 -20.1769 -20.1687 -20.1660

76

(lanjutan)

715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726

mol YLN.mol YAH.mol TNF.mol NNN.mol QIH.mol NYL.mol GDE.mol KRL.mol QIK.mol KQF.mol QDK.mol EGE.mol

mseq 53 1,572 1,465 753 893 831 303 611 894 596 849 222

S -20.1585 -20.1569 -20.1558 -20.1549 -20.1394 -20.1238 -20.1211 -20.1063 -20.0993 -20.0972 -20.0962 -20.0748

E_conf 3.6720 4.0057 3.6000 1.8672 2.6203 3.8000 3.9631 1.8000 2.6530 1.7757 4.0000 4.0000

E_place -38.4450 -98.3835 -74.1834 -75.0214 -23.2000 -46.5283 -39.1367 11.4479 -40.8508 -1.2401 -69.5839 -38.2769

E_score -12.0856 -15.8525 -13.4099 -14.4664 -14.6141 -13.3812 -16.0037 -15.1659 -16.1664 -13.9123 -15.8087 -16.7880

E_refine -20.1585 -20.1569 -20.1558 -20.1549 -20.1394 -20.1238 -20.1211 -20.1063 -20.0993 -20.0972 -20.0962 -20.0748

727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738

YFQ.mol GTD.mol KRI.mol QSD.mol DQD.mol YVH.mol RKI.mol KER.mol TKF.mol TSW.mol QEF.mol RQD.mol

1,611 382 609 952 104 205 1,050 537 1,441 1,520 858 1,070

-20.0677 -20.0668 -20.0616 -20.0541 -20.0535 -20.0459 -20.0280 -20.0255 -20.0239 -20.0210 -20.0120 -20.0059

4.0809 2.6000 4.2662 3.6000 4.0008 0.0000 2.8000 1.8281 1.5914 1.3279 3.6314 2.5814

-42.3117 26.6814 -67.8867 22.6302 -84.8558 -74.2353 -73.4109 -57.3817 -45.8165 -6.0130 -23.5857 -98.1603

-17.3033 -14.7900 -16.1747 -16.4207 -17.0976 -12.6729 -14.8998 -15.9731 -14.9293 -13.0422 -16.8264 -17.5265

-20.0677 -20.0668 -20.0616 -20.0541 -20.0535 -20.0459 -20.0280 -20.0255 -20.0239 -20.0210 -20.0120 -20.0059

739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750

QYE.mol SFY.mol EYF.mol GSE.mol NHD.mol RYE.mol YHR.mol TQH.mol NKE.mol GRS.mol GQS.mol HRH.mol

989 1,178 297 373 706 1,119 1,632 1,481 727 369 359 475

-19.9920 -19.9868 -19.9839 -19.9835 -19.9709 -19.9679 -19.9632 -19.9603 -19.9489 -19.9436 -19.9330 -19.9307

2.2243 3.5852 2.4000 3.0000 2.7932 3.7130 3.9941 1.8000 2.1173 2.6000 1.7167 3.8883

-77.9698 -48.1488 -65.8706 -62.8558 -59.5371 -62.7719 -29.4071 -103.879 22.8625 3.4923 -17.3682 -43.9509

-15.4568 -13.7449 -16.8256 -15.7269 -17.0974 -20.3388 -17.8052 -13.5358 -19.5940 -14.6792 -14.2275 -14.3772

-19.9920 -19.9868 -19.9839 -19.9835 -19.9709 -19.9679 -19.9632 -19.9603 -19.9489 -19.9436 -19.9330 -19.9307

751 752 753 754 755 756

QFR.mol HQH.mol RFE.mol DYF.mol GEH.mol KKA.mol

872 466 1,024 180 314 566

-19.9241 -19.9228 -19.9198 -19.9129 -19.9106 -19.9084

3.5372 1.2020 1.2000 3.9891 2.4000 2.8000

-45.1038 -56.7723 3.0367 -35.1526 -83.9457 13.7822

-16.2194 -13.8056 -16.5607 -14.6015 -16.8731 -15.7433

-19.9241 -19.9228 -19.9198 -19.9129 -19.9106 -19.9084


77

(lanjutan) mol 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798

SYN.mol TKE.mol GYK.mol TNY.mol YGR.mol TTI.mol YHA.mol NYA.mol NEK.mol YIE.mol RRH.mol RQI.mol GHY.mol NSW.mol NGD.mol TFK.mol ESA.mol KLE.mol TGE.mol QKV.mol KTE.mol HIE.mol HGD.mol TLQ.mol YRD.mol TNK.mol TWD.mol SKQ.mol TWQ.mol QWE.mol KEA.mol NKH.mol QYD.mol NVQ.mol YNA.mol QTQ.mol STN.mol HQA.mol NRL.mol HKD.mol KEH.mol KRA.mol

mseq 1,349 1,440 395 1,476 1,620 1,527 1,622 824 684 3 1,083 1,074 331 796 698 1,399 279 578 1,406 907 628 439 426 1,458 119 1,468 1,546 1,224 1,551 982 529 729 988 815 61 971 1,313 462 778 442 533 604

S

E_conf

E_place

E_score

E_refine

-19.9043 -19.9006 -19.8862 -19.8844 -19.8731 -19.8469 -19.8427 -19.8419 -19.8312 -19.8298 -19.8218 -19.8202 -19.8199 -19.8157 -19.8115 -19.8107 -19.8079 -19.7942 -19.7901 -19.7867 -19.7865 -19.7854 -19.7828 -19.7733 -19.7729 -19.7669 -19.7652 -19.7602 -19.7437 -19.7435 -19.7368 -19.7281 -19.7222 -19.7210 -19.7191 -19.7038 -19.6917 -19.6889 -19.6745 -19.6719 -19.6573 -19.6552

3.2121 2.9982 1.7948 2.6334 0.0000 0.6009 1.8319 2.7991 4.3401 3.5960 3.6763 4.2567 1.8527 2.8679 1.8540 2.5570 4.0911 3.8010 1.6007 1.8000 5.6977 3.8469 3.5569 2.2132 4.0106 1.2046 4.0000 2.4075 0.7115 3.6131 1.6000 3.2197 2.8000 1.6000 3.3659 1.2220 1.2000 2.2405 2.0749 3.6576 2.5396 1.8000

-65.0247 23.7772 -63.6163 -45.1176 -84.4448 -72.0312 46.9298 -72.8361 -5.0184 -67.0419 -39.6540 -69.2057 -5.6769 -31.0750 -66.8110 -15.4476 -95.0195 -32.5699 -51.4763 -32.3313 -36.2041 24.3060 -52.3954 -21.0760 -52.9302 -50.6970 -32.7521 -35.4193 -60.0128 -59.8416 -20.5821 -110.429 -54.1574 -36.3464 -92.9240 -19.1087 -47.8897 -66.2858 -35.5191 -57.0544 -35.2767 -57.4880

-14.3016 -19.1951 -17.1783 -12.9586 -16.4325 -14.8980 -14.1124 -14.2332 -15.6533 -15.5037 -13.9223 -14.1755 -13.2606 -13.5955 -16.7933 -15.1255 -16.1254 -15.5931 -15.8881 -14.5687 -15.7229 -16.3750 -15.8655 -14.5882 -15.1052 -13.6950 -14.3694 -14.4309 -13.4390 -15.5700 -17.9172 -14.2909 -14.9203 -14.4312 -12.6216 -12.8079 -14.0358 -15.3903 -14.2501 -15.8958 -16.5150 -17.8572

-19.9043 -19.9006 -19.8862 -19.8844 -19.8731 -19.8469 -19.8427 -19.8419 -19.8312 -19.8298 -19.8218 -19.8202 -19.8199 -19.8157 -19.8115 -19.8107 -19.8079 -19.7942 -19.7901 -19.7867 -19.7865 -19.7854 -19.7828 -19.7733 -19.7729 -19.7669 -19.7652 -19.7602 -19.7437 -19.7435 -19.7368 -19.7281 -19.7222 -19.7210 -19.7191 -19.7038 -19.6917 -19.6889 -19.6745 -19.6719 -19.6573 -19.6552


78

(lanjutan) mol

mseq

S

E_conf

E_place

E_score

E_refine

799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839

NTF.mol KFE.mol RDL.mol REI.mol QYH.mol KLH.mol TQF.mol GDR.mol TAQ.mol NFE.mol SNS.mol KTD.mol SEN.mol YTA.mol SQR.mol YTD.mol TYR.mol NDH.mol RAE.mol HQE.mol KHL.mol SHS.mol QAH.mol KIE.mol TQL.mol SVR.mol SYK.mol ETI.mol NHI.mol QQL.mol SVK.mol GYN.mol YRV.mol QED.mol HKW.mol YLQ.mol KRD.mol ERF.mol NVN.mol TEH.mol YIH.mol

800 541 1,009 1,018 991 579 1,480 308 1,362 692 1,252 627 1,161 173 1,267 175 1,565 669 1,000 464 557 1,200 839 562 1,484 1,327 1,347 289 710 934 1,324 396 140 856 449 55 605 274 814 1,385 5

-19.6503 -19.6398 -19.6267 -19.6171 -19.6150 -19.6086 -19.6036 -19.6001 -19.5986 -19.5860 -19.5801 -19.5793 -19.5697 -19.5660 -19.5596 -19.5500 -19.5496 -19.5439 -19.5218 -19.5217 -19.5216 -19.5113 -19.5065 -19.5027 -19.5016 -19.4891 -19.4828 -19.4764 -19.4728 -19.4672 -19.4606 -19.4554 -19.4546 -19.4422 -19.4258 -19.4204 -19.4139 -19.4128 -19.3987 -19.3862 -19.3731

3.6003 2.2000 3.1715 3.6048 1.8000 2.8002 3.7550 2.3634 3.2118 2.6378 0.6052 2.8518 2.5919 3.4093 3.2002 2.1039 3.3462 4.0484 2.4000 1.8003 3.0000 1.8960 2.4000 2.4101 2.9968 3.4200 0.6000 0.0000 1.8777 1.6000 1.8000 1.2000 1.9263 3.3162 4.0423 4.1984 2.4384 3.2054 1.4758 1.8000 1.8000

-21.0945 -24.0314 -41.8880 -52.6923 -47.1160 39.9066 -59.9747 -62.4453 -55.5259 -50.4375 -25.4110 -8.5028 -66.3729 -41.0362 -59.2356 -23.9160 -55.3565 -124.413 26.7928 -68.9852 -47.6455 -17.8125 -10.8697 -27.6808 -52.1545 -37.9420 -52.2513 -63.7078 -42.3600 -20.5907 -47.0471 -41.2301 -54.8930 -64.4291 -79.6081 -69.2549 62.9397 -23.8175 -47.7201 -33.0260 -36.5241

-14.1488 -15.0029 -17.6989 -16.6177 -13.5748 -15.3001 -12.8784 -15.4272 -15.6446 -14.9643 -17.0819 -16.1721 -16.0933 -13.5361 -17.0304 -13.7258 -14.6339 -15.6264 -15.9169 -18.1202 -13.7666 -15.4899 -15.2125 -15.9445 -12.8563 -14.3154 -15.3753 -17.9591 -13.3200 -13.4064 -17.7096 -14.6787 -14.4232 -17.9531 -13.6502 -12.5891 -16.9305 -17.6824 -13.3286 -14.7794 -12.5041

-19.6503 -19.6398 -19.6267 -79.6171 -19.6150 -19.6086 -19.6036 -19.6001 -19.5986 -19.5860 -19.5801 -19.5793 -19.5697 -19.5660 -19.5596 -19.5500 -19.5496 -19.5439 -19.5218 -19.5217 -19.5216 -19.5113 -19.5065 -19.5027 -19.5016 -19.4891 -19.4828 -19.4764 -19.4728 -19.4672 -19.4606 -19.4554 -19.4546 -19.4422 -19.4258 -19.4204 -19.4139 -19.4128 -19.3987 -19.3862 -19.3731

840

QSE.mol

953

-19.3703

1.9933

-22.0577

-14.8967

-19.3703


79

(lanjutan)

841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882

mol STF.mol YQH.mol NIQ.mol NHV.mol QSK.mol QLH.mol SHR.mol TIT.mol EHA.mol ERW.mol TSN.mol YVQ.mol QFD.mol NSL.mol RRL.mol NVR.mol SWN.mol RHR.mol SHV.mol QNH.mol TSH.mol SQD.mol NSF.mol DRL.mol TNI.mol HDV.mol HDE.mol GKD.mol SSW.mol NSA.mol NLN.mol SIR.mol EQL.mol QTH.mol GTT.mol SSK.mol GKN.mol TQV.mol YAD.mol RID.mol GRH.mol NLQ.mol

mseq 1,308 97 723 716 957 911 1,199 1,436 224 278 1,515 211 867 791 1,085 816 1,335 1,038 1,202 919 1,511 1,258 787 127 1,467 412 407 332 1,303 784 742 1,211 269 967 390 1,295 336 1,489 1,570 1,041 364 743

S -19.3702 -19.3701 -19.3678 -19.3654 -19.3631 -19.3620 -19.3519 -19.3477 -19.3476 -19.3461 -19.3399 -19.3391 -19.3386 -19.3371 -19.3342 -19.3331 -19.3326 -19.3300 -19.3257 -19.3246 -19.3245 -19.3174 -19.3159 -19.3144 -19.3132 -19.3040 -19.3026 -19.3020 -19.3010 -19.3003 -19.3001 -19.2975 -19.2910 -19.2886 -19.2852 -19.2634 -19.2580 -19.2564 -19.2389 -19.2203 -19.2181 -19.2047

E_conf 1.6834 3.9313 3.7996 0.6580 1.4000 1.1902 2.3621 1.4000 2.6009 3.8000 1.8011 2.5635 3.6932 1.3027 2.0000 3.6733 2.2649 4.4533 1.7961 2.0489 2.1885 3.1372 0.9981 2.6000 1.4000 2.1738 3.0584 2.9700 3.4000 0.0000 0.6000 2.4000 2.0000 2.2000 1.0000 2.8000 2.4000 4.2206 2.4173 3.0000 3.2269 2.2015

E_place -46.1139 -27.3930 -62.5240 -19.0386 28.5591 -83.9323 -69.5847 -62.2261 -38.0244 82.2524 20.8725 4.7105 -57.1645 -6.1735 -50.0255 -28.6635 -71.9521 -28.6447 -75.0412 -45.6234 -79.2456 -75.9746 -34.9183 21.6491 -6.0112 -51.1422 -67.7470 9.8026 -33.7804 -50.8173 -45.8634 -39.6432 -43.8601 -89.3373 33.4954 -41.5930 -29.5656 -39.6808 -76.5830 -47.1873 -50.9824 -53.9541

E_score -13.0545 -13.6027 -13.8346 -14.9763 -20.2559 -13.3167 -16.4593 -12.7047 -15.6048 -14.8257 -12.8945 -13.7332 -15.6312 -12.7994 -14.0662 -13.6388 -13.1709 -14.7817 -13.5657 -13.2263 -13.5879 -17.4569 -13.4722 -17.0116 -16.3765 -15.8026 -17.0436 -16.8820 -13.3991 -13.7786 -12.8464 -14.0526 -15.0836 -14.3181 -13.6918 -15.1795 -18.4901 -13.6691 -16.2519 -15.7350 -14.7475 -12.8184


E_refine -19.3702 -19.3701 -19.3678 -19.3654 -19.3631 -19.3620 -19.3519 -19.3477 -19.3476 -19.3461 -19.3399 -19.3391 -19.3386 -19.3371 -19.3342 -19.3331 -19.3326 -19.3300 -19.3257 -19.3246 -19.3245 -19.3174 -19.3159 -19.3144 -19.3132 -19.3040 -19.3026 -19.3020 -19.3010 -19.3003 -19.3001 -19.2975 -19.2910 -19.2886 -19.2852 -19.2634 -19.2580 -19.2564 -19.2389 -19.2203 -19.2181 -19.2047

80

(lanjutan)

883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 912 913 914 915 916 917 918 919 920 921 922 923 924

mol TLD.mol NQQ.mol KNI.mol HKF.mol THE.mol TGK.mol DKE.mol KNR.mol NEL.mol HDI.mol YRI.mol QHH.mol TAH.mol NTW.mol YQF.mol QTI.mol HDH.mol YQE.mol SHA.mol YEV.mol RTF.mol YTR.mol NNK.mol DHF.mol QGQ.mol ESV.mol TDQ.mol SSL.mol TTQ.mol SHE.mol REH.mol QNV.mol HHV.mol TLR.mol NSI.mol STD.mol QGH.mol RFD.mol SFD.mol SFS.mol SGS.mol SES.mol

mseq 1,453 767 587 444 1,416 1,408 70 590 685 410 128 883 1,359 809 95 968 409 93 1,189 1,603 1,102 193 751 52 877 284 1,375 1,296 1,531 1,191 1,017 925 436 1,459 789 1,306 875 1,023 1,169 1,176 1,186 1,164

S -19.2037 -19.2020 -19.2017 -19.2010 -19.1950 -19.1889 -19.1818 -19.1665 -19.1638 -19.1529 -19.1459 -19.1433 -19.1415 -19.1376 -19.1365 -19.1315 -19.1062 -19.1038 -19.1008 -19.0960 -19.0952 -19.0743 -19.0717 -19.0703 -19.0701 -19.0535 -19.0523 -19.0506 -19.0360 -19.0352 -19.0326 -19.0262 -19.0244 -19.0122 -19.0105 -18.9994 -18.9988 -18.9956 -18.9953 -18.9808 -18.9800 -18.9785

E_conf 3.7541 2.8000 3.4000 4.0478 2.3110 3.4045 4.1282 3.8686 1.6060 2.0834 2.0013 2.4353 1.8000 3.1228 3.3933 1.6000 1.5860 3.5572 3.7937 1.0000 3.9158 3.9967 2.0025 3.9100 2.2474 2.5735 3.0078 0.6000 2.7570 1.0000 3.3461 2.2838 1.7825 2.4000 1.6917 2.2000 1.7997 3.5718 4.0580 2.5747 1.2000 3.2000

E_place -32.3759 18.3817 -17.2989 -75.2364 -19.9797 -27.3201 -40.3614 29.6876 -13.1574 -44.2122 -37.9211 -65.4959 23.3262 -41.1111 -28.3506 -75.8740 -111.614 -64.0828 -46.4546 -41.6306 -48.6529 -53.4975 -36.2226 4.7995 -45.8315 -47.5426 36.6231 -60.1866 -66.9459 -22.5484 -57.2031 -64.2211 -2.9880 -41.3818 -24.4139 -44.3992 60.7221 94.5761 -73.2762 -54.9913 4.9199 -46.9878

E_score -17.4075 -16.0211 -15.3337 -16.1590 -16.7976 -13.7592 -18.9099 -14.3956 -16.3238 -15.0129 -16.8041 -13.2220 -14.8033 -14.3236 -14.9609 -13.1019 -16.9597 -15.3595 -13.8598 -15.3853 -14.1538 -14.5630 -17.5025 -14.8708 -13.5942 -16.2827 -16.3900 -13.0461 -13.1650 -16.1947 -16.2141 -15.3378 -15.3420 -14.2573 -13.1682 -15.6810 -13.8566 -15.4599 -15.8138 -13.7711 -13.1078 -15.7267


E_refine -19.2037 -19.2020 -19.2017 -19.2010 -19.1950 -19.1889 -19.1818 -19.1665 -19.1638 -19.1529 -19.1459 -19.1433 -19.1415 -19.1376 -19.1365 -19.1315 -19.1062 -19.1038 -19.1008 -19.0960 -19.0952 -19.0743 -19.0717 -19.0703 -19.0701 -19.0535 -19.0523 -19.0506 -19.0360 -19.0352 -19.0326 -19.0262 -19.0244 -19.0122 -19.0105 -18.9994 -18.9988 -18.9956 -18.9953 -18.9808 -18.9800 -18.9785

81

(lanjutan) mol 925 926 927 928 929 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 952 953 954 955 956 957 958 959 960 961 962 963 964 965 966

SAH.mol KQH.mol YYV.mol NNL.mol QQQ.mol ENV.mol GQQ.mol NYV.mol SYD.mol SLT.mol NIR.mol RWH.mol QRD.mol HID.mol NSE.mol YNK.mol HSA.mol EVE.mol HHF.mol KEF.mol QDW.mol TNE.mol EYV.mol ENA.mol YHI.mol TSF.mol SKE.mol NWQ.mol SQT.mol SNF.mol DDL.mol SQS.mol RTH.mol NFR.mol EHI.mol GYS.mol DSL.mol DRV.mol KWR.mol RWR.mol DNA.mol SEQ.mol

mseq 1,129 597 255 752 935 263 357 835 1,342 1,239 724 1,115 940 438 786 73 480 293 432 532 854 1,464 300 256 1,627 1,510 1,217 822 1,269 1,244 16 1,268 1,103 697 230 399 143 130 646 1,116 86 1,162

S

E_conf

E_place

E_score

E_refine

-18.9777 -18.9735 -18.9624 -18.9562 -18.9505 -18.9476 -18.9375 -18.9296 -18.9223 -18.9134 -18.9034 -18.8873 -18.8869 -18.8828 -18.8819 -18.8803 -18.8777 -18.8749 -18.8691 -18.8610 -18.8513 -18.8397 -18.8385 -18.8357 -18.8349 -18.8318 -18.8282 -18.8184 -18.8065 -18.7940 -18.7910 -18.7885 -18.7866 -18.7839 -18.7747 -18.7700 -18.7668 -18.7656 -18.7607 -18.7593 -18.7510 -18.7485

3.4000 2.2000 3.7977 1.9432 3.4002 2.4000 1.8000 1.1991 3.7919 1.6118 2.8024 3.6484 2.4935 1.6000 2.4006 1.3506 2.2000 1.8000 4.2693 3.5095 1.4000 3.3967 1.3986 2.8696 3.7566 2.8000 3.8000 2.7257 1.6000 1.9277 3.8001 2.8008 2.6245 2.6018 2.2939 1.7844 4.0000 2.4000 3.1627 2.8231 2.0009 1.8776

-32.5085 -2.6641 -64.5192 -98.9031 -85.9825 -70.0061 -52.9969 -43.6054 -104.222 -39.1562 -46.3344 -77.3631 39.9599 -45.7048 -26.9983 -31.9108 -42.1542 -28.0469 24.9607 -4.0030 -53.7313 -91.6052 -25.3398 -6.2886 69.7416 -54.5027 -45.5037 -75.4861 -30.6721 -43.3040 -33.4945 -0.4981 -105.840 22.5382 -94.6519 -51.3902 -39.0557 -29.7828 10.0108 -4.0459 -27.4729 -9.1228

-14.8620 -16.3501 -15.0897 -14.1314 -12.9070 -16.1988 -13.1854 -13.6697 -18.6915 -13.3734 -14.1140 -13.9769 -17.6331 -14.7021 -16.4403 -13.1709 -16.7204 -16.6784 -12.9709 -15.7598 -17.8661 -15.5325 -16.0276 -14.9924 -13.4197 -13.2745 -20.6338 -12.7009 -14.8178 -13.4856 -16.8169 -13.8579 -14.6350 -15.2780 -15.7377 -14.0228 -16.0465 -16.6563 -15.2544 -13.1211 -14.8333 -18.0597

-18.9777 -18.9735 -18.9624 -18.9562 -18.9505 -18.9476 -18.9375 -18.9296 -18.9223 -18.9134 -18.9034 -18.8873 -18.8869 -18.8828 -18.8819 -18.8803 -18.8777 -18.8749 -18.8691 -18.8610 -18.8513 -18.8397 -18.8385 -18.8357 -18.8349 -18.8318 -18.8282 -18.8184 -18.8065 -18.7940 -18.7910 -18.7885 -18.7866 -18.7839 -18.7747 -18.7700 -18.7668 -18.7656 -18.7607 -18.7593 -18.7510 -18.7485


82

(lanjutan)

967 968 969 970 971 972 973 974 975 976 977 978 979 980 981 982 983 984 985 986 987 988 989 990 991 992 993 994 995 996 997 998 999 1,000 1,001 1,002 1,003 1,004 1,005 1,006 1,007 1,008 1,009 1,010

mol NTI.mol RNR.mol QLK.mol KKW.mol ESF.mol DAD.mol TKR.mol YNV.mol HNH.mol GRQ.mol RHA.mol QVK.mol YEQ.mol TET.mol THR.mol SLN.mol QHA.mol KQA.mol KSF.mol TDK.mol SNT.mol KQW.mol YQR.mol RNE.mol TKT.mol RAD.mol KAD.mol HYD.mol REA.mol SNV.mol HED.mol EEW.mol SLH.mol NEN.mol GKY.mol DQI.mol YQD.mol KDW.mol NEV.mol TAD.mol NKD.mol QHV.mol TRN.mol QHQ.mol

mseq 802 1,066 912 576 281 1 1,448 83 457 367 1,031 978 1,601 1,392 1,424 1,235 879 593 618 1,372 1,253 603 109 1,061 1,449 999 513 505 1,013 1,254 415 217 1,233 686 341 110 91 528 689 1,357 726 889 1,500 887

S -18.7455 -18.7439 -18.7311 -18.7200 -18.7178 -18.7170 -18.7168 -18.7113 -18.7072 -18.7038 -18.7030 -18.6918 -18.6910 -18.6833 -18.6819 -18.6760 -18.6678 -18.6674 -18.6572 -18.6472 -18.6469 -18.6396 -18.6349 -18.6264 -18.6201 -18.6158 -18.6121 -18.5922 -18.5902 -18.5873 -18.5848 -18.5692 -18.5690 -18.5668 -18.5642 -18.5541 -18.5531 -18.5513 -18.5512 -18.5490 -18.5475 -18.5463 -18.5460 -18.5376

E_conf 0.6482 4.0000 3.8563 2.0000 2.6000 3.2000 2.4000 1.7697 2.3009 1.6000 3.6580 2.8000 0.9691 2.3980 2.9761 1.2348 2.2000 2.0000 4.0042 3.6000 3.2000 3.0000 3.8142 4.3084 2.7564 1.6000 3.0640 3.1949 3.8173 1.6000 2.6560 3.1795 0.6207 3.2589 3.0000 3.3198 3.9685 3.2240 1.6000 1.4000 1.6070 1.7260 1.8011 2.2095

E_place 4.9037 6.1802 -8.9354 -31.8641 26.0644 46.0802 -71.4062 -51.3604 -64.9192 10.9231 -50.5028 -22.3852 -64.9308 0.1126 -27.2326 37.9792 -74.3192 -42.9190 9.2777 48.9393 -59.1893 -84.5462 -66.2818 -17.2617 -46.0746 -51.5179 -57.7923 -89.5641 5.4403 -53.6172 -103.098 -57.6728 -40.5238 12.0870 -27.3411 -36.8262 -46.6699 -45.5097 -52.1300 -4.1314 -51.2039 -1.9849 -79.9105 -65.2965

E_score -12.8579 -14.7090 -13.2262 -13.9004 -14.9835 -16.2056 -15.3830 -12.8073 -16.0057 -16.9371 -14.1043 -18.0852 -16.7769 -17.9886 -13.9478 -16.0096 -15.6791 -17.4307 -13.5591 -16.6370 -14.0783 -16.7737 -12.1964 -16.1122 -15.4383 -16.6939 -17.0131 -15.5450 -15.5479 -15.2593 -16.9798 -17.1058 -13.7369 -17.5737 -16.0373 -16.3100 -13.6163 -17.7985 -18.0243 -15.3805 -16.7136 -16.5920 -13.8151 -13.1855


E_refine -18.7455 -18.7439 -18.7311 -18.7200 -18.7178 -18.7170 -18.7168 -18.7113 -18.7072 -18.7038 -18.7030 -18.6918 -18.6910 -18.6833 -18.6819 -18.6760 -18.6678 -18.6674 -18.6572 -18.6472 -18.6469 -18.6396 -18.6349 -18.6264 -18.6201 -18.6158 -18.6121 -18.5922 -18.5902 -18.5873 -18.5848 -18.5692 -18.5690 -18.5668 -18.5642 -18.5541 -18.5531 -18.5513 -18.5512 -18.5490 -18.5475 -18.5463 -18.5460 -18.5376

83

(lanjutan)

1,011 1,012 1,013 1,014 1,015 1,016 1,017 1,018 1,019 1,020 1,021 1,022 1,023 1,024 1,025 1,026 1,027 1,028 1,029 1,030 1,031 1,032 1,033 1,034 1,035 1,036 1,037 1,038 1,039 1,040 1,041 1,042 1,043 1,044 1,045 1,046 1,047 1,048 1,049 1,050 1,051 1,052

mol SET.mol NAN.mol TNQ.mol YTE.mol TSD.mol QTR.mol NWN.mol DHV.mol QKD.mol QTA.mol DKV.mol DYL.mol KNA.mol TKW.mol YFD.mol NDQ.mol DKL.mol RDE.mol TKI.mol RIR.mol RYR.mol SQV.mol RQF.mol KQR.mol DEV.mol NHH.mol YGY.mol DSA.mol EYA.mol KNK.mol TAK.mol YQK.mol YKN.mol HGE.mol NRI.mol RRD.mol KDV.mol SAD.mol SGR.mol TTF.mol QVH.mol GQN.mol

mseq 1,165 662 1,471 177 1,508 972 821 58 898 963 78 184 582 1,451 1,606 674 76 1,005 1,443 1,044 1,124 1,270 1,072 601 33 709 1,621 134 295 588 1,360 101 34 427 776 1,080 527 1,127 1,185 1,525 977 356

S -18.5371 -18.5275 -18.5243 -18.5175 -18.5101 -18.5092 -18.5048 -18.5041 -18.5041 -18.5041 -18.5029 -18.4991 -18.4970 -18.4962 -18.4697 -18.4629 -18.4597 -18.4434 -18.4418 -18.4337 -18.4199 -18.4198 -18.4179 -18.4175 -18.4160 -18.3977 -18.3851 -18.3836 -18.3773 -18.3624 -18.3587 -18.3545 -18.3478 -18.3436 -18.3408 -18.3240 -18.3237 -18.3157 -18.3114 -18.3077 -18.3019 -18.2965

E_conf 2.4000 0.6000 1.2533 3.5705 1.2000 2.8776 2.8000 2.6011 2.6111 2.2000 2.8013 3.3452 2.4649 2.3883 1.3316 3.8790 4.0240 4.0398 2.6199 3.4162 3.0216 2.0324 3.5718 4.0000 1.8000 1.8331 1.6063 1.6000 2.1925 3.1992 2.6659 3.4000 3.8869 3.1125 2.0002 3.4010 1.8000 2.0000 4.5562 1.9470 1.1999 2.2000

E_place -28.7093 -49.7925 34.6615 -51.4261 -47.3356 -40.4637 -52.8710 -21.5712 -45.4011 -62.8341 -78.8569 -22.2058 -46.9120 -51.8530 -64.7402 -87.7882 -46.8856 -48.3144 -33.6618 -59.3275 -58.0781 -55.1161 -18.9497 -36.9922 -23.6454 -22.7632 -99.0089 -85.5102 -27.5086 24.4398 16.7412 -43.4949 -72.7819 -66.1023 -65.9170 -50.6945 -15.5456 -28.8504 -10.7294 -38.8212 -91.6490 -58.3230

E_score -14.0369 -13.4833 -13.8673 -15.5231 -17.9489 -12.5994 -13.6792 -15.8409 -17.3189 -13.5605 -18.3895 -17.9690 -16.2157 -15.0979 -16.0050 -15.2333 -16.1190 -17.3184 -14.3790 -14.1077 -15.0825 -13.6572 -13.6248 -17.0097 -17.0591 -13.1648 -14.2365 -16.9342 -16.7631 -15.0932 -14.4579 -13.7461 -14.2274 -16.1352 -15.7365 -17.7600 -18.5080 -15.5780 -14.7390 -14.1181 -14.8007 -16.2609


E_refine -18.5371 -18.5275 -18.5243 -18.5175 -18.5101 -18.5092 -18.5048 -18.5041 -18.5041 -18.5041 -18.5029 -18.4991 -18.4970 -18.4962 -18.4697 -18.4629 -18.4597 -18.4434 -18.4418 -18.4337 -18.4199 -18.4198 -18.4179 -18.4175 -18.4160 -18.3977 -18.3851 -18.3836 -18.3773 -18.3624 -18.3587 -18.3545 -18.3478 -18.3436 -18.3408 -18.3240 -18.3237 -18.3157 -18.3114 -18.3077 -18.3019 -18.2965

84

(lanjutan)

1,053 1,054 1,055 1,056 1,057 1,058 1,059 1,060 1,061 1,062 1,063 1,064 1,065 1,066 1,067 1,068 1,069 1,070 1,071 1,072 1,073 1,074 1,075 1,076 1,077 1,078 1,079 1,080 1,081 1,082 1,083 1,084 1,085 1,086 1,087 1,088 1,089 1,090 1,091 1,092 1,093 1,094

mol TTD.mol QFH.mol DED.mol TSY.mol EES.mol RNI.mol QDR.mol RSD.mol SAN.mol RLD.mol SRF.mol KTW.mol ENF.mol KTA.mol YDV.mol QQW.mol TTN.mol SDV.mol NLR.mol NGR.mol TLE.mol EWE.mol KTF.mol HRE.mol SNH.mol NAH.mol SSS.mol NSK.mol DLE.mol QSA.mol TSL.mol TVD.mol TEV.mol NYK.mol EYE.mol QSL.mol SHN.mol RHI.mol NRH.mol RED.mol YHH.mol GKR.mol

mseq 1,523 869 24 1,521 214 1,064 852 1,090 1,131 1,055 1,276 636 260 626 1,589 938 1,530 1,150 744 704 1,454 294 629 473 1,245 660 1,300 790 84 951 1,514 1,537 1,393 830 296 958 1,197 1,036 775 1,014 1,626 338

S -18.2964 -18.2941 -18.2860 -18.2848 -18.2773 -18.2626 -18.2568 -18.2528 -18.2527 -18.2453 -18.2385 -18.2319 -18.2246 -18.2100 -18.2099 -18.2080 -18.2062 -18.2027 -18.1941 -18.1930 -18.1804 -18.1767 -18.1731 -18.1538 -18.1522 -18.1449 -18.1325 -18.1210 -18.1068 -18.1028 -18.0765 -18.0751 -18.0584 -18.0569 -18.0520 -18.0460 -18.0377 -18.0316 -18.0200 -18.0179 -18.0126 -18.0091

E_conf 2.8065 2.9348 3.2004 4.0063 3.8000 2.2000 3.0000 3.6050 0.6000 3.8777 3.2221 3.2195 2.2000 3.0000 2.7868 1.8048 2.2030 2.0000 3.1204 3.4289 1.8000 4.4157 2.7755 3.2150 3.4000 2.7175 2.8000 3.1579 1.8458 2.2000 1.2803 1.0000 3.8025 1.8000 3.0969 2.6000 1.8060 2.8495 4.5916 3.4000 3.5717 4.0851

E_place -64.9996 25.5337 -29.3654 -23.2649 -43.2737 -86.3876 -25.5266 -8.2900 -70.5429 -47.8327 -75.6655 12.1700 -36.4322 -62.2320 69.6370 -17.9680 -23.3298 -59.3391 -61.5655 -54.7230 -58.1432 -44.8574 -46.8466 -94.4959 -70.7674 -71.6983 -68.0612 22.4883 -5.3598 -27.8138 -42.5283 -10.9491 -58.3035 -0.0434 -59.4289 -27.2805 34.8959 -58.3791 -88.5459 -41.2137 -31.4423 -40.4394

E_score -14.6971 -12.8762 -18.0075 -14.0466 -17.3970 -13.6538 -16.3716 -16.3816 -14.4944 -15.9251 -15.3604 -14.4904 -15.2594 -15.0590 -16.3905 -14.2281 -13.3366 -17.0620 -15.0422 -13.7403 -14.4413 -16.0829 -17.9677 -15.5346 -14.7691 -13.1171 -13.8986 -14.5712 -16.7074 -17.1450 -12.4128 -14.9458 -14.5647 -14.5507 -17.1129 -13.8953 -15.9202 -14.9256 -13.9722 -18.6097 -13.7115 -14.4422


E_refine -18.2964 -18.2941 -18.2860 -18.2848 -18.2773 -18.2626 -18.2568 -18.2528 -18.2527 -18.2453 -18.2385 -18.2319 -18.2246 -18.2100 -18.2099 -18.2080 -18.2062 -18.2027 -18.1941 -18.1930 -18.1804 -18.1767 -18.1731 -18.1538 -18.1522 -18.1449 -18.1325 -18.1210 -18.1068 -18.1028 -18.0765 -18.0751 -18.0584 -18.0569 -18.0520 -18.0460 -18.0377 -18.0316 -18.0200 -18.0179 -18.0126 -18.0091

85

(lanjutan)

1,095 1,096 1,097 1,098 1,099 1,100 1,101 1,102 1,103 1,104 1,105 1,106 1,107 1,108 1,109 1,110 1,111 1,112 1,113 1,114 1,115 1,116 1,117 1,118 1,119 1,120 1,121 1,122 1,123 1,124 1,125 1,126 1,127 1,128 1,129 1,130 1,131 1,132 1,133 1,134 1,135 1,136

mol GSD.mol SWE.mol KVK.mol TYH.mol SNR.mol NTD.mol NAD.mol QKI.mol SNN.mol TYT.mol KGE.mol GEN.mol HTL.mol RRA.mol QQI.mol NTK.mol NEF.mol KGH.mol NDA.mol SSH.mol KGK.mol GTE.mol EEL.mol TDE.mol GHT.mol SNE.mol SVH.mol RSR.mol DDV.mol TIH.mol QAE.mol EEV.mol YSA.mol QGR.mol DTA.mol RIE.mol RKE.mol DKF.mol HWE.mol NNV.mol QKQ.mol YHK.mol

mseq 372 1,332 640 1,559 1,251 798 658 902 1,249 1,566 546 316 495 1,079 932 803 681 547 665 1,293 548 383 212 1,368 330 1,243 1,323 1,096 18 1,431 838 216 146 878 149 1,042 1,047 72 502 756 905 1,628

S -18.0030 -18.0001 -17.9990 -17.9988 -17.9979 -17.9960 -17.9936 -17.9882 -17.9877 -17.9850 -17.9806 -17.9712 -17.9705 -17.9656 -17.9513 -17.9412 -17.9369 -17.9258 -17.9221 -17.9160 -17.9147 -17.9134 -17.9112 -17.8770 -17.8754 -17.8731 -17.8708 -17.8661 -17.8602 -17.8512 -17.8398 -17.8383 -17.8302 -17.8232 -17.8226 -17.8217 -17.8211 -17.8187 -17.8117 -17.7976 -17.7846 -17.7797

E_conf 1.7556 3.1032 3.6021 2.2000 2.4681 2.6000 2.0006 1.0000 1.8000 2.7982 3.9887 3.6000 1.4001 4.0556 3.1018 3.2053 3.1914 2.9789 1.6000 2.7749 3.0034 2.4000 4.0000 2.2000 2.2000 1.8263 1.7914 3.4000 3.9657 2.0015 3.2000 3.4452 3.4000 1.4000 2.4000 2.0000 3.7221 4.0202 2.4608 1.2000 2.4542 2.9939

E_place -47.6045 -90.9523 -26.1002 25.6602 -82.6040 -74.0936 -104.105 -79.1025 -63.3742 6.4810 -33.6786 -50.9741 -49.1808 -25.3408 -46.9392 10.5406 23.4725 -39.4636 -75.9998 -65.6339 -58.7771 -53.4543 -43.5156 -83.7862 -32.2832 -74.2984 -28.5783 -42.7397 3.7955 -105.146 -29.7399 -61.3424 -84.4224 -98.8798 -59.1245 -14.4947 -37.5029 -68.6335 -26.3470 11.4737 -12.7869 -62.6841

E_score -17.8035 -17.1575 -14.9242 -15.2743 -14.2373 -16.3094 -15.9568 -20.3197 -15.1410 -13.6417 -16.3827 -14.8551 -12.6283 -14.6034 -14.5136 -14.7194 -18.9163 -14.8563 -15.8735 -13.5659 -17.0087 -17.8896 -16.9843 -17.5380 -13.1315 -17.3784 -14.3365 -15.1995 -17.6509 -13.6367 -16.7111 -19.7003 -13.4498 -14.7867 -15.4069 -16.2676 -16.8334 -15.9132 -14.1700 -15.5847 -15.0346 -15.9826


E_refine -18.0030 -18.0001 -17.9990 -17.9988 -17.9979 -17.9960 -17.9936 -17.9882 -17.9877 -17.9850 -17.9806 -17.9712 -17.9705 -17.9656 -17.9513 -17.9412 -17.9369 -17.9258 -17.9221 -17.9160 -17.9147 -17.9134 -17.9112 -17.8770 -17.8754 -17.8731 -17.8708 -17.8661 -17.8602 -17.8512 -17.8398 -17.8383 -17.8302 -17.8232 -17.8226 -17.8217 -17.8211 -17.8187 -17.8117 -17.7976 -17.7846 -17.7797

86

(lanjutan)

1,137 1,138 1,139 1,140 1,141 1,142 1,143 1,144 1,145 1,146 1,147 1,148 1,149 1,150 1,151 1,152 1,153 1,154 1,155 1,156 1,157 1,158 1,159 1,160 1,161 1,162 1,163 1,164 1,165 1,166 1,167 1,168 1,169 1,170 1,171 1,172 1,173 1,174 1,175 1,176 1,177 1,178

mol KTH.mol DHA.mol ENI.mol YHV.mol NNI.mol TVY.mol KEL.mol SYS.mol YFH.mol SVS.mol RAR.mol YGE.mol DTV.mol DNV.mol SHD.mol GSS.mol NVK.mol YIQ.mol NDN.mol STY.mol GKQ.mol GEK.mol YFE.mol EQA.mol YRY.mol QQV.mol TTL.mol DYE.mol HEV.mol GTH.mol SED.mol KQL.mol YVK.mol EQV.mol KNF.mol YED.mol DVD.mol SKA.mol TVN.mol NTL.mol YQQ.mol KYA.mol

mseq 630 46 261 1,633 750 1,545 536 1,352 1,608 1,328 1,002 1,615 161 98 1,190 379 813 12 673 1,320 337 315 1,607 265 144 937 1,529 178 421 384 1,154 600 208 270 585 1,593 165 1,215 1,541 804 108 647

S -17.7794 -17.7711 -17.7695 -17.7670 -17.7632 -17.7619 -17.7613 -17.7597 -17.7529 -17.7177 -17.7125 -17.7042 -17.7014 -17.7003 -17.6677 -17.6665 -17.6639 -17.6538 -17.6535 -17.6477 -17.6462 -17.6389 -17.6317 -17.6211 -17.5916 -17.5876 -17.5838 -17.5755 -17.5702 -17.5686 -17.5665 -17.5649 -17.5569 -17.5505 -17.5454 -17.5429 -17.5409 -17.5376 -17.5324 -17.5311 -17.5277 -17.5274

E_conf 1.8000 2.0002 2.8283 3.9736 3.4763 1.0000 3.2000 1.7816 1.4215 2.2000 3.4000 2.8000 1.0000 3.4000 3.8029 1.2000 1.4642 1.6000 2.8000 0.5990 1.2000 3.2516 1.0742 2.2207 3.2942 1.1760 1.4094 2.6611 3.0340 2.2000 1.2000 3.4519 3.3794 1.4000 2.3998 2.4632 3.4000 2.0000 0.6016 2.6000 3.8980 3.6414

E_place -40.4807 -67.3529 -55.2367 -56.3442 -27.9664 -44.3004 -38.1225 -34.0675 -29.5388 41.0610 -76.0765 -87.1861 68.7403 -70.0451 -59.4290 -82.7044 0.6049 -35.8703 -48.1843 -20.8144 -23.7110 -51.7920 -46.5981 -14.0008 -5.3441 -18.9007 -71.1328 -103.523 -18.7894 11.6284 -43.4960 -56.5611 -78.1680 -18.3975 -30.1213 -67.3497 -50.4273 -22.8546 -65.1835 -69.6484 -56.6946 0.8420

E_score -19.2456 -15.9761 -15.9705 -13.2465 -14.5735 -15.1353 -16.7457 -14.5838 -16.0038 -13.7857 -16.3044 -15.3720 -14.9645 -15.0329 -16.3101 -15.0512 -19.3634 -11.6757 -15.4147 -14.3866 -14.7176 -16.3285 -16.0244 -18.5818 -14.3570 -14.1036 -14.6097 -18.9149 -14.8993 -18.3419 -17.4840 -14.1011 -12.3941 -15.5648 -16.9530 -17.4407 -16.5983 -16.5957 -12.3304 -15.4528 -12.0020 -14.7264


E_refine -17.7794 -17.7711 -17.7695 -17.7670 -17.7632 -17.7619 -17.7613 -17.7597 -17.7529 -17.7177 -17.7125 -17.7042 -17.7014 -17.7003 -17.6677 -17.6665 -17.6639 -17.6538 -17.6535 -17.6477 -17.6462 -17.6389 -17.6317 -17.6211 -17.5916 -17.5876 -17.5838 -17.5755 -17.5702 -17.5686 -17.5665 -17.5649 -17.5569 -17.5505 -17.5454 -17.5429 -17.5409 -17.5376 -17.5324 -17.5311 -17.5277 -17.5274

87

(lanjutan)

1,179 1,180 1,181 1,182 1,183 1,184 1,185 1,186 1,187 1,188 1,189 1,190 1,191 1,192 1,193 1,194 1,195 1,196 1,197 1,198 1,199 1,200 1,201 1,202 1,203 1,204 1,205 1,206 1,207 1,208 1,209 1,210 1,211 1,212 1,213 1,214 1,215 1,216 1,217 1,218 1,219 1,220

mol YRW.mol RSE.mol RDH.mol GKE.mol YKR.mol QGD.mol SQH.mol NWD.mol SEI.mol QEL.mol QSI.mol QSF.mol KTI.mol ERL.mol SVT.mol QHD.mol GHR.mol SLQ.mol KHH.mol QEV.mol NTQ.mol SIS.mol DRA.mol KHD.mol RSL.mol STV.mol GKS.mol NQE.mol QDQ.mol GNT.mol QTF.mol NIH.mol GHN.mol NRN.mol GNE.mol SEV.mol TQN.mol RTA.mol NFD.mol GNN.mol GSH.mol TTW.mol

mseq 141 1,091 1,007 333 37 873 1,261 817 1,158 862 956 954 631 276 1,329 880 328 1,236 554 865 806 1,212 118 551 1,095 1,318 339 760 851 350 966 720 326 779 343 1,166 1,485 1,099 691 346 374 1,535

S -17.5273 -17.5185 -17.5144 -17.5102 -17.5011 -17.4945 -17.4778 -17.4529 -17.4471 -17.4319 -17.4305 -17.4247 -17.3980 -17.3966 -17.3925 -17.3596 -17.3592 -17.3588 -17.3570 -17.3486 -17.3453 -17.3443 -17.3441 -17.3411 -17.3171 -17.3099 -17.3032 -17.2989 -17.2939 -17.2914 -17.2891 -17.2838 -17.2783 -17.2636 -17.2627 -17.2585 -17.2577 -17.2504 -17.2231 -17.2209 -17.2089 -17.2036

E_conf 2.7725 3.0000 3.2092 2.4000 2.3992 2.1165 2.3974 2.4000 2.4000 2.1494 2.0000 1.8015 1.4000 1.8000 2.5999 3.5926 2.6000 2.9483 2.6155 3.6294 2.8139 2.6618 3.6000 2.6000 2.2916 0.6000 0.8000 2.7997 2.6000 0.6000 2.2348 1.0074 2.8000 2.6000 3.6000 2.6000 3.2000 2.2097 1.8116 1.2182 0.6000 3.4948

E_place 12.5272 -58.1251 -46.5417 -63.4809 -56.4766 -84.0276 -51.5090 -25.7062 -52.9789 -65.5639 -19.5663 -38.5895 -72.8589 -31.0611 -26.2517 -75.7417 -47.3177 -19.9300 -102.065 -60.8549 -61.0337 -93.5821 -92.5582 12.1865 -16.8533 -45.7777 -49.8934 -48.2938 3.5090 -67.4756 -91.4653 -88.1163 -35.7012 -56.5673 -57.0398 -65.9979 -5.0121 -81.8271 -55.6914 -42.7112 -74.6361 -23.4966

E_score -13.8702 -15.9423 -16.4061 -16.6199 -15.9786 -16.2922 -14.3015 -17.4430 -15.3986 -15.2970 -14.2725 -13.5766 -14.6651 -16.1467 -13.7660 -15.8866 -13.8952 -14.2365 -13.5815 -15.2885 -15.3438 -13.7997 -15.8189 -16.7959 -14.5249 -13.9218 -13.8873 -17.2570 -19.5561 -13.6721 -13.3203 -15.6377 -14.6764 -14.0150 -17.3083 -15.0765 -12.8978 -17.2800 -16.6283 -15.2264 -13.5213 -14.1082


E_refine -17.5273 -17.5185 -17.5144 -17.5102 -17.5011 -17.4945 -17.4778 -17.4529 -17.4471 -17.4319 -17.4305 -17.4247 -17.3980 -17.3966 -17.3925 -17.3596 -17.3592 -17.3588 -17.3570 -17.3486 -17.3453 -17.3443 -17.3441 -17.3411 -17.3171 -17.3099 -17.3032 -17.2989 -17.2939 -17.2914 -17.2891 -17.2838 -17.2783 -17.2636 -17.2627 -17.2585 -17.2577 -17.2504 -17.2231 -17.2209 -17.2089 -17.2036

88

(lanjutan)

1,221 1,222 1,223 1,224 1,225 1,226 1,227 1,228 1,229 1,230 1,231 1,232 1,233 1,234 1,235 1,236 1,237 1,238 1,239 1,240 1,241 1,242 1,243 1,244 1,245 1,246 1,247 1,248 1,249 1,250 1,251 1,252 1,253 1,254 1,255 1,256 1,257 1,258 1,259 1,260 1,261 1,262

mol KAE.mol SQQ.mol QFK.mol HWH.mol QDL.mol GET.mol RYA.mol GNS.mol GTS.mol EKI.mol GED.mol TTR.mol TEF.mol SLR.mol TSI.mol NYQ.mol EEI.mol RKL.mol KTV.mol GTK.mol QER.mol NHL.mol YDE.mol KLR.mol NDI.mol TRH.mol KYE.mol TKN.mol EDW.mol KLD.mol NEA.mol NTV.mol RGD.mol RND.mol TDW.mol EDV.mol NEW.mol QAK.mol TNT.mol TSK.mol GDS.mol HVH.mol

mseq 514 1,266 870 503 850 320 1,117 349 389 246 312 1,532 1,384 1,237 1,512 833 210 1,051 635 385 864 712 1,580 581 670 1,496 649 1,446 204 577 678 808 1,027 1,060 1,379 201 690 840 1,473 1,513 309 500

S -17.2026 -17.1871 -17.1846 -17.1627 -17.1447 -17.1282 -17.1233 -17.0783 -17.0618 -17.0578 -17.0511 -17.0451 -17.0382 -17.0371 -17.0362 -17.0298 -17.0283 -17.0267 -17.0204 -17.0164 -17.0114 -17.0044 -16.9989 -16.9922 -16.9889 -16.9706 -16.9656 -16.9625 -16.9520 -16.9506 -16.9497 -16.9492 -16.9433 -16.9416 -16.9396 -16.9381 -16.9311 -16.9265 -16.9173 -16.9148 -16.9066 -16.9019

E_conf 3.4000 2.4000 1.8000 1.1091 2.5883 3.0000 3.4410 1.2000 1.6000 0.2025 2.6005 1.2000 4.3645 3.0035 1.4005 3.4186 2.9980 2.8000 0.8000 2.6000 2.2000 3.4561 4.2141 4.0053 3.0000 1.5978 1.4000 1.7971 2.6000 3.0134 4.5302 2.2042 1.8257 3.2000 3.7155 4.0000 2.6054 2.3693 2.0032 2.3968 2.4000 3.0000

E_place -81.0837 -51.1329 -45.5127 -69.8366 -58.7929 -12.0441 -70.3877 -18.9481 -37.9651 -73.3464 -60.7008 -49.2128 -40.7570 -32.3918 -52.2642 -34.0370 52.3294 96.4167 -3.2230 -69.5733 -27.4393 -24.8137 -76.1300 54.1979 2.8516 -80.7640 -68.1523 -101.677 34.0009 -58.9716 -63.2820 -44.8562 -73.5617 11.3228 -51.0631 -86.4954 -60.6028 -53.1726 -67.0603 6.8551 33.1342 -76.1915

E_score -17.4333 -13.5773 -13.7766 -14.6798 -14.8609 -16.2429 -15.6443 -13.7665 -13.4090 -16.8460 -16.9944 -13.7224 -14.7710 -13.7192 -13.8153 -14.2689 -19.3781 -14.2580 -15.3034 -14.6619 -15.5621 -14.2684 -17.5771 -14.5657 -14.5959 -15.2612 -15.4084 -15.8711 -16.2296 -18.1668 -14.3790 -13.2365 -15.6721 -17.6410 -14.7433 -17.1289 -14.3113 -15.5853 -13.4336 -14.5487 -15.0147 -14.5512


E_refine -17.2026 -17.1871 -17.1846 -17.1627 -17.1447 -17.1282 -17.1233 -17.0783 -17.0618 -17.0578 -17.0511 -17.0451 -17.0382 -17.0371 -17.0362 -17.0298 -17.0283 -17.0267 -17.0204 -17.0164 -17.0114 -17.0044 -16.9989 -16.9922 -16.9889 -16.9706 -16.9656 -16.9625 -16.9520 -16.9506 -16.9497 -16.9492 -16.9433 -16.9416 -16.9396 -16.9381 -16.9311 -16.9265 -16.9173 -16.9148 -16.9066 -16.9019

89

(lanjutan)

1,263 1,264 1,265 1,266 1,267 1,268 1,269 1,270 1,271 1,272 1,273 1,274 1,275 1,276 1,277 1,278 1,279 1,280 1,281 1,282 1,283 1,284 1,285 1,286 1,287 1,288 1,289 1,290 1,291 1,292 1,293 1,294 1,295 1,296 1,297 1,298 1,299 1,300 1,301 1,302 1,303 1,304

mol KSA.mol DID.mol QNQ.mol QRA.mol SRS.mol KFK.mol TAN.mol HTD.mol QYI.mol QAD.mol NGE.mol TQA.mol YEN.mol SSE.mol RDA.mol NYD.mol NKN.mol DSI.mol TLK.mol RYH.mol HTA.mol TDR.mol STA.mol GSY.mol DNI.mol EKV.mol TFH.mol GQR.mol GES.mol EDA.mol SNL.mol RRW.mol NDL.mol YRE.mol STI.mol RQH.mol RSI.mol SRD.mol SEF.mol SDQ.mol QEA.mol YAK.mol

mseq 615 62 923 939 1,284 543 1,361 490 992 837 699 1,477 1,600 1,291 1,003 825 733 142 1,456 1,121 489 1,376 1,305 381 94 250 1,398 358 319 192 1,248 1,088 672 121 1,310 1,073 1,094 1,274 1,156 1,146 855 1,573

S -16.9010 -16.9004 -16.8963 -16.8790 -16.8790 -16.8788 -16.8777 -16.8731 -16.8714 -16.8713 -16.8662 -16.8543 -16.8528 -16.8502 -16.8494 -16.8430 -16.8378 -16.8344 -16.8293 -16.8144 -16.8035 -16.8032 -16.7851 -16.7658 -16.7650 -16.7475 -16.7422 -16.7388 -16.7378 -16.7336 -16.7323 -16.7271 -16.7231 -16.7230 -16.7068 -16.6665 -16.6641 -16.6535 -16.6530 -16.6517 -16.6482 -16.6087

E_conf 3.0000 1.8000 3.3332 1.8000 2.5988 2.2441 1.0000 1.7871 1.8000 3.8219 2.7339 1.0503 3.5921 2.9465 2.6288 4.0050 2.9617 3.5185 2.5675 3.4397 3.5471 1.8000 0.6000 2.9933 3.0035 3.4000 3.8843 3.4474 2.4000 3.2000 3.0088 0.8015 2.2670 3.4000 2.0000 3.1246 2.6000 2.5987 2.7581 3.0000 3.0093 3.3874

E_place -36.9826 16.8284 -73.6788 -43.6035 -89.9180 -24.9912 -77.0187 -68.7169 23.5120 -69.3986 -52.6661 -59.3408 49.8442 18.9619 -27.1926 -26.3484 -81.8935 -16.8975 -3.0063 -34.7743 29.9271 -52.7071 -41.7343 -67.7454 -1.9672 -13.8620 23.1384 -77.4813 -94.7873 -27.9422 -49.6641 -27.3626 -57.4223 -19.5925 -74.7154 16.6863 -26.1298 -31.6708 -78.8777 2.5285 7.9697 -69.4849

E_score -14.7909 -16.7052 -13.9296 -15.1364 -15.0700 -15.1513 -13.0979 -16.0776 -15.1154 -17.1426 -15.9356 -14.0181 -17.0807 -15.3701 -15.6939 -16.3728 -15.7588 -15.1696 -14.8325 -15.0785 -14.0107 -15.6997 -14.8618 -14.1586 -19.1500 -15.8001 -13.9585 -14.7127 -14.7397 -15.9393 -13.1496 -17.1330 -15.6080 -16.4418 -13.3158 -13.7113 -14.6959 -16.1244 -15.2326 -15.8120 -16.2073 -15.9250


E_refine -16.9010 -16.9004 -16.8963 -16.8790 -16.8790 -16.8788 -16.8777 -16.8731 -16.8714 -16.8713 -16.8662 -16.8543 -16.8528 -16.8502 -16.8494 -16.8430 -16.8378 -16.8344 -16.8293 -16.8144 -16.8035 -16.8032 -16.7851 -16.7658 -16.7650 -16.7475 -16.7422 -16.7388 -16.7378 -16.7336 -16.7323 -16.7271 -16.7231 -16.7230 -16.7068 -16.6665 -16.6641 -16.6535 -16.6530 -16.6517 -16.6482 -16.6087

90

(lanjutan)

1,305 1,306 1,307 1,308 1,309 1,310 1,311 1,312 1,313 1,314 1,315 1,316 1,317 1,318 1,319 1,320 1,321 1,322 1,323 1,324 1,325 1,326 1,327 1,328 1,329 1,330 1,331 1,332 1,333 1,334 1,335 1,336 1,337 1,338 1,339 1,340 1,341 1,342 1,343 1,344 1,345 1,346

mol KHW.mol TDL.mol SIH.mol RGH.mol GQH.mol QYW.mol STS.mol DTF.mol KSK.mol SIN.mol TKA.mol KKH.mol NNF.mol YDI.mol DDI.mol SEK.mol QKR.mol QAQ.mol NAR.mol QRK.mol TTK.mol TTA.mol RQE.mol SVN.mol QRF.mol NQF.mol HDA.mol GEE.mol NNH.mol TIE.mol ETV.mol YDK.mol KNV.mol SVE.mol THT.mol KDK.mol YSR.mol QVQ.mol NWR.mol TYK.mol TNA.mol KRR.mol

mseq 560 1,373 1,207 1,029 354 998 1,316 156 621 1,209 1,438 570 748 1,583 14 1,159 906 841 664 945 1,528 1,522 1,071 1,325 942 761 405 313 749 1,430 291 1,584 591 1,322 1,425 524 166 979 823 1,561 1,462 612

S -16.5882 -16.5739 -16.5711 -16.5621 -16.5573 -16.5397 -16.5307 -16.5214 -16.5150 -16.4991 -16.4884 -16.4862 -16.4811 -16.4774 -16.4761 -16.4649 -16.4613 -16.4570 -16.4558 -16.4517 -16.4443 -16.4285 -16.4152 -16.4146 -16.3879 -16.3865 -16.3810 -16.3754 -16.3726 -16.3576 -16.3238 -16.3228 -16.3203 -16.3112 -16.3089 -16.3003 -16.2918 -16.2745 -16.2741 -16.2688 -16.2434 -16.2423

E_conf 3.3858 1.4000 1.6000 3.3924 2.8000 1.6138 2.7999 1.9865 1.6000 2.6179 3.2000 4.2085 0.5945 0.5943 1.8173 3.7974 4.5063 1.9937 1.8000 2.2000 3.3855 0.0000 1.2000 2.1745 3.8758 3.4048 4.1085 4.2381 0.0000 3.2000 2.0000 3.3103 1.8726 2.2030 3.2000 4.1147 2.8983 1.6225 4.0847 3.8010 2.2000 3.8000

E_place -65.6368 -60.7922 -8.5356 -36.7134 -70.5819 -12.5739 -56.4190 -15.9469 -53.9236 -63.1371 36.1266 20.8472 -31.0819 -54.5832 10.3904 30.3616 -122.383 -74.6538 -11.6767 -58.9554 -34.9108 -37.6434 -62.6615 -52.5724 -56.8838 -48.5920 0.1694 31.9250 -70.3497 -10.6503 -19.8412 -45.8494 -55.0961 30.0296 -60.4808 -37.8143 -5.2117 -68.9103 -36.6946 -72.2227 9.1279 -26.2322

E_score -14.3943 -15.4957 -14.0212 -14.1424 -14.6519 -13.3078 -12.9654 -15.2838 -15.5887 -13.3550 -16.6605 -16.6766 -14.9621 -16.3183 -15.9874 -16.4079 -17.1834 -14.1230 -14.0007 -14.2362 -15.3331 -12.8825 -16.6077 -13.4478 -13.1321 -13.6509 -15.2289 -18.8674 -15.2374 -14.0460 -16.8238 -18.7885 -14.9798 -14.1583 -13.5952 -18.3249 -14.2900 -12.5659 -13.5772 -15.0379 -14.3882 -14.7743


E_refine -16.5882 -16.5739 -16.5711 -16.5621 -16.5573 -16.5397 -16.5307 -16.5214 -16.5150 -16.4991 -16.4884 -16.4862 -16.4811 -16.4774 -16.4761 -16.4649 -16.4613 -16.4570 -16.4558 -16.4517 -16.4443 -16.4285 -16.4152 -16.4146 -16.3879 -16.3865 -16.3810 -16.3754 -16.3726 -16.3576 -16.3238 -16.3228 -16.3203 -16.3112 -16.3089 -16.3003 -16.2918 -16.2745 -16.2741 -16.2688 -16.2434 -16.2423

91

(lanjutan)

1,347 1,348 1,349 1,350 1,351 1,352 1,353 1,354 1,355 1,356 1,357 1,358 1,359 1,360 1,361 1,362 1,363 1,364 1,365 1,366 1,367 1,368 1,369 1,370 1,371 1,372 1,373 1,374 1,375 1,376 1,377 1,378 1,379 1,380 1,381 1,382 1,383 1,384 1,385 1,386 1,387 1,388

mol DNE.mol KVE.mol ENW.mol NEQ.mol NDD.mol DRW.mol NQI.mol SWD.mol EIE.mol DWE.mol TQD.mol DTL.mol QNR.mol KHF.mol KDL.mol NDV.mol DQL.mol TRW.mol QKH.mol DHL.mol RSH.mol DYA.mol GHD.mol RLR.mol NAQ.mol QDV.mol HKV.mol RLE.mol KFH.mol RDI.mol NHA.mol SRE.mol HEH.mol YGQ.mol NKV.mol TDI.mol NGQ.mol SSR.mol GND.mol DTW.mol STE.mol YVD.mol

mseq 90 638 264 687 666 132 763 1,331 238 172 1,478 160 924 553 525 676 112 1,505 901 56 1,093 174 322 1,058 663 853 448 1,056 542 1,008 705 1,275 418 1,619 736 1,371 703 1,299 342 164 1,307 202

S -16.2333 -16.2303 -16.2289 -16.2261 -16.2119 -16.1785 -16.1660 -16.1397 -16.1252 -16.1110 -16.1064 -16.0942 -16.0875 -16.0866 -16.0776 -16.0728 -16.0644 -16.0617 -16.0576 -16.0371 -16.0281 -16.0242 -16.0203 -16.0162 -16.0119 -16.0047 -15.9908 -15.9906 -15.9867 -15.9825 -15.9813 -15.9786 -15.9720 -15.9619 -15.9579 -15.9473 -15.9136 -15.9131 -15.9062 -15.8852 -15.8769 -15.8656

E_conf 4.2452 1.6000 2.8744 1.8204 2.2794 2.9402 1.0816 1.4000 4.3485 3.6226 2.1863 1.0000 2.1001 3.6000 2.6112 3.4000 1.0052 3.6270 3.7201 3.4538 3.7137 3.7888 2.4319 2.7998 1.8000 2.2000 3.1674 4.1052 2.4000 2.8000 1.2968 4.0000 2.8377 4.3535 2.4703 2.4005 1.6566 2.8030 2.8000 1.2000 2.4001 3.0319

E_place 5.8127 -34.5712 -25.9822 -58.7700 -36.9675 -75.7575 -19.4862 -36.4295 -76.7734 -71.4596 -76.4432 29.4118 1.7754 -25.4898 -28.8743 -0.1442 -63.6998 -37.3609 -61.3043 -17.1169 -32.3351 -23.6106 -103.757 36.8296 -51.3405 -58.0220 -80.0567 -30.6133 -17.2455 -56.2850 -26.7120 18.2506 -27.8391 -57.1166 -10.3962 -50.3445 -42.4092 -26.8941 -63.1126 -8.7731 -43.0777 -17.0131

E_score -20.4974 -15.5927 -15.2022 -16.9361 -17.5209 -15.1783 -13.8111 -16.7895 -16.3936 -17.0376 -15.2923 -15.2297 -14.9981 -14.4990 -15.8602 -15.0394 -14.8609 -14.5723 -15.4799 -15.2420 -13.5470 -18.5461 -14.3068 -13.8321 -13.0839 -15.4983 -17.1417 -15.7156 -15.9166 -16.1204 -15.4394 -16.1455 -16.1667 -14.3007 -14.2543 -15.4372 -13.6615 -14.8575 -15.2189 -14.4285 -15.6278 -15.7842


E_refine -16.2333 -16.2303 -16.2289 -16.2261 -16.2119 -16.1785 -16.1660 -16.1397 -16.1252 -16.1110 -16.1064 -16.0942 -16.0875 -16.0866 -16.0776 -16.0728 -16.0644 -16.0617 -16.0576 -16.0371 -16.0281 -16.0242 -16.0203 -16.0162 -16.0119 -16.0047 -15.9908 -15.9906 -15.9867 -15.9825 -15.9813 -15.9786 -15.9720 -15.9619 -15.9579 -15.9473 -15.9136 -15.9131 -15.9062 -15.8852 -15.8769 -15.8656

92

(lanjutan)

1,389 1,390 1,391 1,392 1,393 1,394 1,395 1,396 1,397 1,398 1,399 1,400 1,401 1,402 1,403 1,404 1,405 1,406 1,407 1,408 1,409 1,410 1,411 1,412 1,413 1,414 1,415 1,416 1,417 1,418 1,419 1,420 1,421 1,422 1,423 1,424 1,425 1,426 1,427 1,428 1,429 1,430

mol KKR.mol SER.mol HEE.mol NVD.mol QRL.mol SHY.mol QKW.mol KSE.mol SND.mol NNQ.mol KNL.mol YSE.mol SAQ.mol SAT.mol TRT.mol GSN.mol SDA.mol DRE.mol QSQ.mol KKI.mol SID.mol TLT.mol YWD.mol GHH.mol SNK.mol GQT.mol SKS.mol TFN.mol TVE.mol YEH.mol NSN.mol NKQ.mol DQV.mol NER.mol NKR.mol RKR.mol SKR.mol KVR.mol TFD.mol SDN.mol RIH.mol TIQ.mol

mseq 574 1,163 416 810 946 1,204 908 617 1,242 754 589 150 1,132 1,135 1,503 376 1,137 122 959 571 1,205 1,460 218 324 1,247 360 1,226 1,400 1,538 1,596 792 734 114 688 735 1,052 1,225 641 1,396 1,145 1,043 1,434

S -15.8644 -15.8579 -15.8383 -15.8342 -15.8246 -15.8183 -15.8008 -15.7976 -15.7857 -15.7856 -15.7848 -15.7816 -15.7792 -15.7673 -15.7628 -15.7584 -15.7465 -15.7396 -15.7363 -15.7208 -15.7138 -15.6884 -15.6841 -15.6793 -15.6480 -15.6419 -15.5478 -15.5459 -15.5414 -15.5391 -15.5321 -15.5309 -15.5218 -15.4877 -15.4676 -15.4594 -15.4572 -15.4545 -15.4359 -15.4248 -15.4225 -15.4056

E_conf 2.9742 2.2112 3.2221 3.2023 2.6076 1.5543 3.8910 2.8415 2.9981 2.9507 1.0006 3.5703 2.2000 1.0062 2.2019 2.8000 0.8000 3.6100 3.8101 2.8000 1.6006 1.5773 1.7599 1.7946 1.5964 1.6340 1.8171 2.1996 3.0000 2.4068 2.3999 3.2337 3.0082 1.8000 3.7811 4.2000 2.6000 3.0000 3.8844 2.8210 3.7367 2.0012

E_place -23.6045 -12.1014 -44.1889 -46.2366 -59.1978 -63.1868 19.4332 -82.0184 -35.0119 -70.5928 -75.2304 -109.172 -57.8923 -51.9150 -49.6616 -34.7953 -59.6246 -100.006 -31.5715 0.7902 19.5785 -8.5838 -48.5839 38.7160 -29.9791 -25.1082 -24.1771 -46.8076 -80.1287 -67.4832 -30.4360 -40.1840 -1.4932 -68.5345 -66.1901 -58.1439 6.2579 -62.6516 -55.1269 -60.0049 -71.0501 -49.4613

E_score -17.4471 -15.7043 -19.2033 -15.7405 -13.7579 -14.1175 -13.7619 -16.6147 -16.1462 -16.8672 -13.9093 -15.7259 -13.7383 -13.2611 -14.1853 -15.2552 -15.9069 -16.8973 -13.5258 -16.8496 -14.9348 -12.9233 -13.2378 -13.7115 -15.2878 -13.4363 -14.6665 -13.0681 -17.1694 -16.4720 -13.3577 -14.9565 -16.2285 -14.6389 -17.5940 -16.7254 -17.8776 -15.3188 -15.4246 -16.6950 -14.5200 -14.1714


E_refine -15.8644 -15.8579 -15.8383 -15.8342 -15.8246 -15.8183 -15.8008 -15.7976 -15.7857 -15.7856 -15.7848 -15.7816 -15.7792 -15.7673 -15.7628 -15.7584 -15.7465 -15.7396 -15.7363 -15.7208 -15.7138 -15.6884 -15.6841 -15.6793 -15.6480 -15.6419 -15.5478 -15.5459 -15.5414 -15.5391 -15.5321 -15.5309 -15.5218 -15.4877 -15.4676 -15.4594 -15.4572 -15.4545 -15.4359 -15.4248 -15.4225 -15.4056

93

(lanjutan)

1,431 1,432 1,433 1,434 1,435 1,436 1,437 1,438 1,439 1,440 1,441 1,442 1,443 1,444 1,445 1,446 1,447 1,448 1,449 1,450 1,451 1,452 1,453 1,454 1,455 1,456 1,457 1,458 1,459 1,460 1,461 1,462 1,463 1,464 1,465 1,466 1,467 1,468 1,469 1,470 1,471 1,472

mol TSA.mol KRE.mol YGH.mol SDK.mol QNE.mol GQE.mol DKI.mol TGD.mol QKK.mol SGN.mol KVH.mol TGN.mol TTE.mol GDK.mol KIR.mol KVD.mol YSN.mol DSD.mol EQI.mol TKK.mol KFD.mol RYV.mol RSA.mol EKL.mol RKV.mol GHS.mol TWE.mol NHE.mol RQL.mol DKA.mol RQA.mol SGT.mol DTE.mol HNA.mol DQA.mol TQI.mol SQA.mol NDK.mol NEI.mol DEI.mol KRW.mol TID.mol

mseq 1,507 606 1,616 1,143 917 353 74 1,405 903 1,183 639 1,409 1,524 305 565 637 162 136 268 1,444 540 1,125 1,089 248 1,053 329 1,547 707 1,075 66 1,069 1,187 154 453 102 1,482 1,257 671 683 30 614 1,429

S -15.3904 -15.3739 -15.3579 -15.3558 -15.3489 -15.3033 -15.2560 -15.2504 -15.2461 -15.2399 -15.2336 -15.2220 -15.1977 -15.1822 -15.1779 -15.1651 -15.1587 -15.1554 -15.1262 -15.1178 -15.1171 -15.1146 -15.1014 -15.0797 -15.0705 -15.0558 -15.0380 -15.0358 -15.0246 -15.0166 -15.0051 -14.9704 -14.9679 -14.9649 -14.9558 -14.9548 -14.9527 -14.8759 -14.8696 -14.8598 -14.8344 -14.8064

E_conf 1.2010 3.8000 3.3968 2.4013 2.9321 2.0034 3.2060 0.6000 4.7910 1.2000 1.2000 0.4001 1.8075 1.6000 3.4129 3.6619 1.1458 3.0000 3.9112 3.5976 3.5135 4.0462 3.0530 1.8330 2.9248 3.7931 2.0000 2.2510 2.6000 4.0088 2.7361 0.6000 4.0000 2.7901 2.9010 1.0005 0.6000 4.0352 2.3822 2.2667 3.1989 2.9352

E_place -11.5616 -18.1089 -74.0944 2.0378 -9.3143 -37.7232 -44.9774 -18.1491 56.5983 -67.2621 -25.2233 -55.5449 -31.4652 -63.1601 -67.5015 -50.4419 -20.2627 -10.3970 9.3194 -40.7125 -10.3191 -44.2399 -19.7910 -68.3028 -72.1076 -50.8048 -9.6059 -87.7502 -76.6458 -53.0302 -59.7780 -65.4256 -33.1263 -81.6609 -63.0191 -25.0183 -37.2228 -73.5113 -28.4880 -44.2557 -3.9981 -34.3811

E_score -13.4669 -16.3672 -18.7878 -21.6579 -15.4210 -15.9930 -16.6062 -15.2490 -14.7938 -12.9180 -14.1499 -12.4485 -15.3981 -15.6836 -14.3769 -16.0532 -13.1010 -17.2990 -15.2859 -15.1782 -15.4162 -13.5606 -14.4468 -19.2434 -15.9751 -14.4231 -15.3543 -15.7197 -13.7282 -15.8484 -14.2007 -13.1771 -17.0893 -15.3217 -18.7611 -13.4312 -13.7243 -16.8349 -14.6328 -17.5718 -14.4572 -15.9469


E_refine -15.3904 -15.3739 -15.3579 -15.3558 -15.3489 -15.3033 -15.2560 -15.2504 -15.2461 -15.2399 -15.2336 -15.2220 -15.1977 -15.1822 -15.1779 -15.1651 -15.1587 -15.1554 -15.1262 -15.1178 -15.1171 -15.1146 -15.1014 -15.0797 -15.0705 -15.0558 -15.0380 -15.0358 -15.0246 -15.0166 -15.0051 -14.9704 -14.9679 -14.9649 -14.9558 -14.9548 -14.9527 -14.8759 -14.8696 -14.8598 -14.8344 -14.8064

94

(lanjutan)

1,473 1,474 1,475 1,476 1,477 1,478 1,479 1,480 1,481 1,482 1,483 1,484 1,485 1,486 1,487 1,488 1,489 1,490 1,491 1,492 1,493 1,494 1,495 1,496 1,497 1,498 1,499 1,500 1,501 1,502 1,503 1,504 1,505 1,506 1,507 1,508 1,509 1,510 1,511 1,512 1,513 1,514

mol KDA.mol ERV.mol KYV.mol DHI.mol TAT.mol SRK.mol DGD.mol KAR.mol KQI.mol KNW.mol NLK.mol DNF.mol DHD.mol SGQ.mol TVT.mol SSI.mol NQD.mol YSD.mol SEE.mol NQR.mol KEK.mol QDH.mol SAY.mol SDR.mol GDY.mol SST.mol TND.mol QQK.mol NTA.mol KSR.mol NND.mol NGK.mol KKD.mol SIE.mol TEA.mol TGT.mol EDL.mol STT.mol KLK.mol STK.mol SLD.mol SDL.mol

mseq 518 277 656 54 1,364 1,279 42 517 598 592 741 92 48 1,184 1,544 1,294 759 148 1,155 768 535 847 1,136 1,147 311 1,301 1,463 933 797 623 746 701 567 1,206 1,381 1,412 200 1,317 580 1,311 1,231 1,144

S -14.8017 -14.7690 -14.7644 -14.7642 -14.7604 -14.7317 -14.7306 -14.7153 -14.7021 -14.7009 -14.6868 -14.6777 -14.6609 -14.6581 -14.5936 -14.5914 -14.5857 -14.5710 -14.5393 -14.5293 -14.5271 -14.5159 -14.5095 -14.4555 -14.4291 -14.4118 -14.4102 -14.4030 -14.4027 -14.4007 -14.3577 -14.3546 -14.3302 -14.3261 -14.2746 -14.2513 -14.2489 -14.2342 -14.2332 -14.2281 -14.2273 -14.2101

E_conf 4.0000 3.4000 2.0000 2.8000 0.0000 3.4125 1.8000 3.6000 2.3611 2.6516 3.2064 3.4000 1.6000 1.6003 1.0000 0.0000 3.8523 3.3675 2.3999 3.8000 1.9994 1.7999 2.1987 2.5982 3.5797 1.0000 2.6080 2.8000 1.0119 4.4000 1.2203 0.6000 4.0000 3.2289 2.4000 0.6049 2.2506 0.0000 1.8000 2.8767 2.7885 3.0293

E_place -35.3449 -17.7711 -38.9634 -31.9866 -28.2635 5.5241 -46.6209 -51.6131 -29.7770 25.9299 -34.1255 -43.6521 -97.8816 -80.4280 -57.5926 -87.1270 -64.1618 -33.0085 -79.1032 -36.4027 4.7858 14.6262 -72.5166 -14.3567 -67.1258 -63.7908 -91.7943 -77.9342 -71.3047 -47.3399 -100.506 -20.8419 -16.3373 -57.6032 13.2548 -82.5822 77.9508 -53.7517 -2.5907 21.7099 -13.8853 -72.6087

E_score -17.1125 -14.9227 -15.8985 -15.0807 -13.4632 -16.2237 -16.9207 -14.8245 -15.8209 -15.5750 -15.0298 -15.0558 -17.3195 -13.4482 -13.1351 -15.9617 -15.6672 -15.5556 -16.6211 -14.5291 -17.0260 -15.1625 -14.1182 -17.6325 -15.1096 -14.2978 -19.6043 -15.9294 -14.2426 -15.4343 -15.7323 -16.4952 -17.5556 -16.2399 -16.1515 -13.0855 -19.1053 -13.3444 -15.0477 -14.9979 -18.0765 -14.9063


E_refine -14.8017 -14.7690 -14.7644 -14.7642 -14.7604 -14.7317 -14.7306 -14.7153 -14.7021 -14.7009 -14.6868 -14.6777 -14.6609 -14.6581 -14.5936 -14.5914 -14.5857 -14.5710 -14.5393 -14.5293 -14.5271 -14.5159 -14.5095 -14.4555 -14.4291 -14.4118 -14.4102 -14.4030 -14.4027 -14.4007 -14.3577 -14.3546 -14.3302 -14.3261 -14.2746 -14.2513 -14.2489 -14.2342 -14.2332 -14.2281 -14.2273 -14.2101

95

(lanjutan)

1,515 1,516 1,517 1,518 1,519 1,520 1,521 1,522 1,523 1,524 1,525 1,526 1,527 1,528 1,529 1,530 1,531 1,532 1,533 1,534 1,535 1,536 1,537 1,538 1,539 1,540 1,541 1,542 1,543 1,544 1,545 1,546 1,547 1,548 1,549 1,550 1,551 1,552 1,553 1,554 1,555 1,556

mol TNR.mol TIY.mol RRE.mol SSD.mol SDW.mol GTN.mol YID.mol SEA.mol EEE.mol NHF.mol QDD.mol KKK.mol TVK.mol TEK.mol ESL.mol SAR.mol NID.mol QLD.mol NKA.mol QTD.mol GKT.mol RTV.mol KQE.mol TDH.mol RFR.mol SSQ.mol TAE.mol GDQ.mol THK.mol TWN.mol HVD.mol SIT.mol NTR.mol EKA.mol GST.mol DDE.mol GRN.mol SAE.mol SGH.mol SDT.mol GTQ.mol NIK.mol

mseq 1,472 1,437 1,081 1,290 1,151 386 2 1,153 206 708 844 572 1,540 1,387 283 1,133 718 909 725 964 340 1,107 595 1,370 1,026 1,298 1,358 307 1,420 1,550 498 1,213 807 240 380 10 366 1,128 1,181 1,149 387 721

S -14.2029 -14.2017 -14.1787 -14.1632 -14.1550 -14.1525 -14.1335 -14.1327 -14.1278 -14.1267 -14.1242 -14.0999 -14.0714 -14.0597 -14.0594 -14.0450 -14.0381 -14.0237 -14.0182 -14.0154 -14.0041 -13.9750 -13.9733 -13.9661 -13.9623 -13.9316 -13.9259 -13.9252 -13.8957 -13.8476 -13.8405 -13.8094 -13.7934 -13.7841 -13.7773 -13.7351 -13.6846 -13.6707 -13.6151 -13.5620 -13.4618 -13.4579

E_conf 1.4000 2.0000 2.8000 1.8000 3.2590 2.6000 3.8391 3.0000 2.2000 4.1456 2.8307 3.0684 2.4520 2.6000 1.0000 2.8272 1.2008 1.8586 2.4000 2.6425 1.6000 3.2441 4.2014 2.1937 3.6108 2.2010 2.8000 3.2000 3.7573 1.6006 2.1989 0.0000 1.8000 4.1370 0.0000 3.4000 2.5988 3.4000 1.6000 2.4000 2.1574 3.1329

E_place -16.5862 -24.9116 -44.7624 -26.2629 80.8031 -38.4299 -76.4953 -33.4666 5.3566 -46.6084 -16.0453 73.3627 -47.1295 -68.9122 -13.4457 -33.6296 -78.0500 -80.5835 -36.8948 -71.7402 -1.6848 -22.7211 -20.1413 -84.6213 -55.7222 -51.4030 -62.5723 -22.6088 -23.3152 48.0456 -27.9904 -9.9686 -5.5072 -50.4592 -51.2605 -58.0689 39.7892 8.6291 -62.4418 -67.2704 -58.1312 -14.9307

E_score -16.2784 -14.4395 -16.1733 -15.8297 -14.7757 -13.6991 -14.1360 -16.3718 -17.3472 -14.1590 -18.0296 -15.8453 -14.0892 -16.1518 -16.2238 -14.1533 -16.4600 -18.4298 -14.2114 -18.8203 -15.5136 -15.3880 -15.5331 -15.1493 -15.4511 -14.0610 -17.0771 -17.9055 -15.1632 -13.9615 -19.0175 -13.7702 -13.9362 -17.1461 -13.8729 -18.2649 -14.0325 -15.5833 -15.8915 -16.1825 -12.9170 -13.9021


E_refine -14.2029 -14.2017 -14.1787 -14.1632 -14.1550 -14.1525 -14.1335 -14.1327 -14.1278 -14.1267 -14.1242 -14.0999 -14.0714 -14.0597 -14.0594 -14.0450 -14.0381 -14.0237 -14.0182 -14.0154 -14.0041 -13.9750 -13.9733 -13.9661 -13.9623 -13.9316 -13.9259 -13.9252 -13.8957 -13.8476 -13.8405 -13.8094 -13.7934 -13.7841 -13.7773 -13.7351 -13.6846 -13.6707 -13.6151 -13.5620 -13.4618 -13.4579

96

(lanjutan)

1,557 1,558 1,559 1,560 1,561 1,562 1,563 1,564 1,565 1,566 1,567 1,568 1,569 1,570 1,571 1,572 1,573 1,574 1,575 1,576 1,577 1,578 1,579 1,580 1,581 1,582 1,583 1,584 1,585 1,586 1,587 1,588 1,589 1,590 1,591 1,592 1,593 1,594 1,595 1,596 1,597 1,598

mol NSD.mol KGD.mol DKD.mol QDI.mol QSR.mol YDA.mol STQ.mol QSH.mol DEL.mol DFD.mol DYD.mol EKE.mol NEH.mol SDY.mol QEK.mol EDF.mol SKT.mol NSR.mol TEQ.mol TKQ.mol STR.mol DTI.mol TDT.mol TLH.mol TKD.mol NQA.mol KAH.mol NAE.mol KDD.mol EAE.mol SVD.mol DNL.mol GDD.mol RGR.mol NIE.mol DQE.mol EDE.mol TDN.mol TAY.mol GKK.mol HKA.mol NKF.mol

mseq 785 545 68 848 960 1,578 1,314 955 32 38 176 242 682 1,152 861 196 1,227 794 1,390 1,447 1,315 158 1,377 1,455 1,439 758 515 659 519 190 1,321 96 302 1,030 719 106 194 1,374 1,365 335 441 728

S -13.4351 -13.4311 -13.4308 -13.4113 -13.3947 -13.3925 -13.3811 -13.3241 -13.2896 -13.2335 -13.2159 -13.2144 -13.1632 -13.1437 -13.0908 -13.0540 -13.0503 -13.0426 -13.0413 -12.9468 -12.9308 -12.9189 -12.8697 -12.8666 -12.8162 -12.8110 -12.8088 -12.7293 -12.6327 -12.5859 -12.5842 -12.5342 -12.4892 -12.4714 -12.3854 -12.3450 -12.2988 -12.2791 -12.2577 -12.1993 -12.1164 -12.0763

E_conf 2.4000 3.0000 3.6028 1.9996 1.4200 2.9987 0.9999 2.4269 2.6002 2.7657 2.8228 1.8000 3.3984 3.9241 3.2560 3.3985 1.8000 4.1323 1.4000 3.3983 2.6000 3.0000 2.4000 3.1907 2.6061 2.8464 4.0000 3.1607 1.9873 3.6018 2.4000 2.8331 2.8002 4.0022 3.1999 3.2178 2.8026 1.4215 1.2798 2.6024 1.7955 3.9993

E_place -0.5547 44.8644 -34.5546 -88.4528 -44.2437 -37.8852 -56.4116 -52.2717 -51.7159 -31.8648 -72.4768 -58.9404 -20.9856 16.6618 -82.4166 -15.5702 28.6269 -57.6056 -61.5135 -16.3012 17.0032 -72.5987 40.2439 -77.1875 -58.7198 -0.2436 -58.2659 -81.4806 -42.9050 -44.5048 -44.6203 5.4370 40.6601 -59.7859 -39.5869 -84.6340 -52.6704 -87.9793 -23.0623 20.2920 -65.6621 -22.4967

E_score -15.3590 -17.9955 -17.7962 -16.0543 -14.3687 -15.4555 -12.7909 -13.9496 -15.7017 -17.0831 -18.2341 -19.6137 -15.4716 -16.3907 -17.8094 -17.6994 -16.7081 -15.0650 -15.1133 -16.1156 -13.8261 -15.5103 -14.3904 -14.6779 -18.9974 -13.2430 -15.0663 -15.5834 -18.3788 -19.5312 -17.1879 -14.6951 -17.1483 -15.7321 -15.9810 -17.1148 -18.2046 -15.0565 -17.6355 -14.8665 -14.4691 -14.8355


E_refine -13.4351 -13.4311 -13.4308 -13.4113 -13.3947 -13.3925 -13.3811 -13.3241 -13.2896 -13.2335 -13.2159 -13.2144 -13.1632 -13.1437 -13.0908 -13.0540 -13.0503 -13.0426 -13.0413 -12.9468 -12.9308 -12.9189 -12.8697 -12.8666 -12.8162 -12.8110 -12.8088 -12.7293 -12.6327 -12.5859 -12.5842 -12.5342 -12.4892 -12.4714 -12.3854 -12.3450 -12.2988 -12.2791 -12.2577 -12.1993 -12.1164 -12.0763

97

(lanjutan)

1,599 1,600 1,601 1,602 1,603 1,604 1,605 1,606 1,607 1,608 1,609 1,610 1,611 1,612 1,613 1,614 1,615 1,616 1,617 1,618 1,619 1,620 1,621 1,622 1,623 1,624 1,625 1,626 1,627 1,628 1,629 1,630 1,631 1,632 1,633 1,634 1,635

mol NDE.mol SDE.mol GDN.mol KSH.mol SDD.mol TSQ.mol NQV.mol DRD.mol TED.mol DTD.mol DAE.mol SRQ.mol NNE.mol TDD.mol

mseq 667 1,139 306 619 1,138 1,516 769 120 1,382 152 4 1,282 747 1,367

S -12.0360 -12.0229 -11.8773 -11.7211 -11.6884 -11.6526 -11.6093 -11.5592 -11.4860 -11.2429 -11.2082 -11.1442 -11.0797 -11.0516

E_conf 2.8806 1.6003 1.8024 2.6158 3.8041 2.0000 3.2359 2.3918 3.2000 1.4924 2.6000 1.8000 2.2832 1.3442

E_place -56.5281 -67.5106 -67.1850 -20.9808 -76.5532 -42.6171 -44.5723 -82.9445 57.9074 -32.5844 -42.7229 -64.7914 -32.8190 -51.7254

E_score -16.1646 -18.1390 -15.8553 -15.5737 -17.2019 -13.2493 -14.3013 -17.8549 -17.6634 -16.5956 -18.3434 -15.8654 -14.9046 -17.4433

E_refine -12.0360 -12.0229 -11.8773 -11.7211 -11.6884 -11.6526 -11.6093 -11.5592 -11.4860 -11.2429 -11.2082 -11.1442 -11.0797 -11.0516

RKA.mol NQK.mol QQE.mol KSI.mol ESI.mol NRD.mol QNK.mol SGD.mol TEE.mol DDD.mol SKD.mol TDA.mol QKL.mol NSQ.mol DDA.mol RTD.mol KYD.mol KID.mol DEA.mol QEE.mol DGE.mol KAK.mol KTK.mol

1,045 764 929 620 282 772 921 1,179 1,383 8 1,216 1,366 904 793 6 1,100 648 561 22 857 44 516 632

-11.0052 -10.9905 -10.9788 -10.9424 -10.8848 -10.7765 -10.7567 -10.6435 -10.5964 -10.5843 -10.4739 -10.3484 -10.2465 -10.1983 -10.1373 -10.1104 -9.7884 -9.4287 -9.4022 -9.2113 -9.1261 -8.3482 -8.2751

3.0000 3.0000 2.0000 3.4000 2.4000 2.4000 2.6000 2.0000 4.3201 3.2027 2.6000 0.8000 2.2271 1.2000 1.8285 2.2000 3.2010 2.5952 2.4000 1.6615 3.0231 2.8127 2.3615

-41.3272 -37.7719 -72.7738 11.4416 -107.892 -29.2607 -65.6621 -9.2350 6.5583 -8.8705 23.9988 -65.5468 -22.1999 -28.8917 -48.4472 18.0845 -83.8241 46.8608 -34.0333 -12.1183 -54.5322 -25.9227 5.4654

-14.6619 -14.3639 -16.0429 -15.0934 -15.3047 -19.0298 -14.5200 -19.0464 -16.4744 -18.0815 -17.8688 -14.6631 -15.3203 -13.3906 -17.2356 -20.3717 -16.0751 -17.2184 -18.5819 -17.7778 -17.4120 -14.8397 -17.8012

-11.0052 -10.9905 -10.9788 -10.9424 -10.8848 -10.7765 -10.7567 -10.6435 -10.5964 -10.5843 -10.4739 -10.3484 -10.2465 -10.1983 -10.1373 -10.1104 -9.7884 -9.4287 -9.4022 -9.2113 -9.1261 -8.3482 -8.2751


98

Lampiran 7. Data screening 736 ligan target sisi ikatan RNA-cap

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42

mol YGE.mol EYF.mol YWE.mol DDF.mol GQQ.mol GYD.mol YWN.mol YFY.mol QFQ.mol TYQ.mol SYW.mol TYN.mol YIN.mol YAN.mol NWE.mol SSW.mol YLD.mol DVE.mol YDE.mol YEF.mol DWE.mol YEY.mol DYE.mol TQF.mol SSL.mol YDD.mol EYA.mol YYY.mol TNY.mol GYY.mol YDF.mol SSV.mol SDS.mol GQY.mol GYT.mol SFD.mol YAY.mol GND.mol YYA.mol GYQ.mol YQN.mol YAQ.mol

mseq 658 122 722 6 151 169 723 656 297 620 497 619 664 627 261 456 667 60 632 644 62 651 65 568 450 631 120 736 564 175 633 455 373 154 174 391 629 141 726 172 689 628

S -26.9550 -25.2365 -23.9088 -23.4917 -23.4916 -23.4311 -23.2742 -22.9939 -22.7353 -22.7272 -22.6513 -22.5516 -22.4480 -22.3899 -22.3548 -22.3423 -22.1935 -22.1562 -22.0156 -22.0037 -21.8896 -21.8723 -21.8461 -21.8091 -21.7583 -21.7249 -21.6747 -21.6536 -21.6332 -21.5578 -21.5513 -21.5230 -21.4876 -21.4503 -21.4354 -21.4169 -21.3791 -21.3767 -21.3137 -21.2675 -21.0486 -21.0383

E_conf 3.7124 2.2282 3.4000 2.6866 1.2003 3.1277 2.2646 3.4931 2.6490 3.2000 3.8000 0.9988 0.9848 3.7853 2.0330 3.8000 1.9813 4.0000 3.8000 3.5270 3.4178 4.2079 3.5960 1.8615 1.2879 2.6000 3.5500 2.3208 1.8291 3.6000 3.2431 1.8000 4.0073 2.2553 3.0206 3.3757 2.7990 3.0282 2.3759 3.8160 3.4734 3.3957

E_place 29.3038 -22.6550 16.6604 -27.3128 -11.3985 -17.8031 -90.3001 -22.8011 45.9026 -49.7574 -31.1763 -75.9242 29.1832 -5.8603 -46.5948 -65.2529 -54.4065 23.0692 6.4163 18.6273 -27.9410 -32.0896 -64.1518 -50.3151 -8.0083 -28.1567 28.9461 -68.1021 -15.2086 4.7331 -6.2885 -3.7599 63.6458 82.5992 48.8286 -12.7300 -13.0362 -39.9132 -48.8120 0.0620 -44.1219 -40.1189

E_score -10.2285 -9.3241 -9.4245 -12.3873 -12.3585 -9.2278 -10.9102 -12.1194 -9.3550 -11.9362 -11.3807 -10.8290 -10.0585 -10.8692 -10.2556 -9.8157 -9.9154 -11.3378 -14.1537 -9.3220 -11.0010 -9.6717 -12.5735 -8.6378 -9.0858 -13.9585 -11.7625 -10.5377 -8.7357 -13.2110 -8.6701 -10.6062 -13.1627 -8.5849 -9.1996 -9.0596 -9.1271 -11.5188 -9.4380 -11.1292 -9.2287 -9.3032


E_refine -26.9550 -25.2365 -23.9088 -23.4917 -23.4916 -23.4311 -23.2742 -22.9939 -22.7353 -22.7272 -22.6513 -22.5516 -22.4480 -22.3899 -22.3548 -22.3423 -22.1935 -22.1562 -22.0156 -22.0037 -21.8896 -21.8723 -21.8461 -21.8091 -21.7583 -21.7249 -21.6747 -21.6536 -21.6332 -21.5578 -21.5513 -21.5230 -21.4876 -21.4503 -21.4354 -21.4169 -21.3791 -21.3767 -21.3137 -21.2675 -21.0486 -21.0383

99

(lanjutan)

43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84

mol GQT.mol EGE.mol YIY.mol SYF.mol SNE.mol YTY.mol NYE.mol SAE.mol TFT.mol TTY.mol DTE.mol DEE.mol YEW.mol TVE.mol ENE.mol SLN.mol TAE.mol YDI.mol YNQ.mol SYS.mol YWY.mol SYY.mol NTD.mol TTE.mol YSE.mol DSW.mol DID.mol TDF.mol NYW.mol QNE.mol YEE.mol NYI.mol NQW.mol QYE.mol NFE.mol YEL.mol SSY.mol SGY.mol TYF.mol QTF.mol QEW.mol DYI.mol

mseq 153 87 666 489 421 715 266 359 533 600 53 13 650 602 91 414 500 634 679 494 725 498 247 591 696 50 23 508 273 309 643 268 235 351 201 646 457 404 616 337 294 67

S -21.0083 -20.9841 -20.9499 -20.8105 -20.7372 -20.7235 -20.7155 -20.7065 -20.7043 -20.6763 -20.6611 -20.6264 -20.6131 -20.5986 -20.5894 -20.5873 -20.5507 -20.5409 -20.4967 -20.4786 -20.4683 -20.4628 -20.4559 -20.4489 -20.4093 -20.4004 -20.3888 -20.3699 -20.3398 -20.3273 -20.2853 -20.2845 -20.2323 -20.2321 -20.2296 -20.2176 -20.1891 -20.1651 -20.1343 -20.1182 -20.0915 -20.0595

E_conf 1.0000 3.8000 1.8067 2.9683 1.6000 3.2584 1.4228 2.4000 2.9984 1.8000 3.4000 4.5392 3.5943 3.6000 2.4000 3.2305 4.0000 1.8054 2.0545 3.4034 2.0656 3.2373 2.6099 2.2008 3.7304 3.8307 2.0000 2.0000 1.8000 2.6000 2.7446 2.1857 1.2000 3.6240 3.2212 3.3247 3.4000 0.0000 2.1095 2.8633 3.1855 1.0000

E_place -59.5201 -23.7072 -42.0056 -24.8682 -54.9965 12.2996 -50.4933 -60.1973 -68.3256 -65.4731 -12.8485 -20.2105 -43.1508 -36.4815 8.4622 -45.0106 -46.2184 0.5453 -80.5249 -52.2668 -75.6223 -2.1742 4.0018 -14.1492 -11.2003 -18.4459 5.6647 112.0049 -75.4095 11.0120 -11.7021 -65.7172 48.1077 -21.6703 -9.8943 -36.1127 -25.8448 76.5755 -46.7467 13.8108 55.9905 -30.0635

E_score -9.9338 -12.1467 -9.3392 -9.7756 -9.5718 -11.8696 -15.3657 -11.8960 -9.4389 -9.2450 -10.5584 -14.5406 -9.8492 -9.0000 -12.2840 -10.2179 -11.1050 -10.9586 -11.8304 -12.9791 -9.3225 -8.4669 -9.3398 -11.9713 -13.8690 -10.0146 -11.7119 -11.8674 -9.1289 -9.6100 -10.6433 -9.9309 -7.9475 -9.9675 -10.8438 -8.8964 -9.5148 -8.8215 -8.3924 -7.5375 -9.2135 -9.1120


E_refine -21.0083 -20.9841 -20.9499 -20.8105 -20.7372 -20.7235 -20.7155 -20.7065 -20.7043 -20.6763 -20.6611 -20.6264 -20.6131 -20.5986 -20.5894 -20.5873 -20.5507 -20.5409 -20.4967 -20.4786 -20.4683 -20.4628 -20.4559 -20.4489 -20.4093 -20.4004 -20.3888 -20.3699 -20.3398 -20.3273 -20.2853 -20.2845 -20.2323 -20.2321 -20.2296 -20.2176 -20.1891 -20.1651 -20.1343 -20.1182 -20.0915 -20.0595

100

(lanjutan)

85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126

mol EFE.mol QYI.mol NNW.mol TEQ.mol TFE.mol YYL.mol NSD.mol NWD.mol NFQ.mol YSL.mol EYW.mol SDW.mol QID.mol GYE.mol TYE.mol QND.mol QYD.mol QYL.mol NDF.mol ESL.mol TSV.mol DQW.mol QFD.mol QQE.mol EQL.mol NQV.mol YSQ.mol YVE.mol QAD.mol YQI.mol EYE.mol EQE.mol SVE.mol ENW.mol QAE.mol DYL.mol YNN.mol QDF.mol NYQ.mol SQW.mol QDI.mol SQF.mol

mseq 86 353 225 524 530 731 237 260 203 699 126 376 301 170 615 308 350 354 183 108 586 42 295 318 101 234 701 717 274 687 121 98 472 96 275 68 678 280 271 443 281 435

S -20.0364 -19.9896 -19.9826 -19.9719 -19.9648 -19.9386 -19.9226 -19.9155 -19.9060 -19.8470 -19.8307 -19.8241 -19.8141 -19.8122 -19.8111 -19.7783 -19.7638 -19.7302 -19.7258 -19.7229 -19.6851 -19.6743 -19.6291 -19.6245 -19.5879 -19.5827 -19.5593 -19.5263 -19.5197 -19.5159 -19.5043 -19.4902 -19.4820 -19.4721 -19.4602 -19.4249 -19.4163 -19.3628 -19.3402 -19.3376 -19.3261 -19.3229

E_conf 3.0000 2.8000 1.6442 3.7054 2.4002 1.8000 1.2000 2.0110 1.2002 2.8000 4.5817 2.6905 0.6000 2.8004 2.4114 3.1790 3.6103 3.1310 2.8950 3.0039 0.6000 2.8177 1.8007 2.6000 3.4597 1.2000 1.8000 3.3436 2.6000 2.2050 3.1889 2.0000 0.4000 3.3784 1.4000 2.0223 1.8709 3.2811 2.7997 1.7903 1.4000 1.2000

E_place 37.7103 -39.7778 -42.4277 -13.3778 -3.5032 -59.5807 -17.0554 105.1445 -41.5097 5.2895 -57.3236 0.4997 4.8962 -75.9775 -5.6163 -27.1492 -23.1793 -61.2400 -15.1522 -36.5351 -48.6101 -44.3954 -24.3523 -23.3894 -55.6905 -70.8762 -63.5924 -25.9000 8.2665 -78.4484 -18.2393 -7.8315 15.0980 -44.6294 72.1693 -12.6661 -36.4251 -38.0765 -59.9787 -84.8756 -18.5980 -14.3111

E_score -11.8682 -9.7699 -8.9893 -9.2450 -9.0915 -10.1930 -11.1199 -9.3513 -9.5582 -10.4606 -9.1536 -9.8867 -11.6194 -10.5722 -9.7029 -11.3082 -10.3742 -9.0388 -8.9773 -10.5910 -8.8823 -10.0511 -10.7778 -11.5611 -9.3521 -8.9919 -10.0596 -9.6220 -11.0727 -8.6225 -10.0421 -11.0275 -9.0607 -10.9203 -9.2421 -9.5475 -9.5716 -10.5012 -8.8401 -8.3473 -8.3416 -8.8166


E_refine -20.0364 -19.9896 -19.9826 -19.9719 -19.9648 -19.9386 -19.9226 -19.9155 -19.9060 -19.8470 -19.8307 -19.8241 -19.8141 -19.8122 -19.8111 -19.7783 -19.7638 -19.7302 -19.7258 -19.7229 -19.6851 -19.6743 -19.6291 -19.6245 -19.5879 -19.5827 -19.5593 -19.5263 -19.5197 -19.5159 -19.5043 -19.4902 -19.4820 -19.4721 -19.4602 -19.4249 -19.4163 -19.3628 -19.3402 -19.3376 -19.3261 -19.3229

101

(lanjutan)

127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168

mol GDT.mol QYA.mol QTV.mol TQY.mol YFE.mol SID.mol YFN.mol NTE.mol NGN.mol QNL.mol SIN.mol EDE.mol YDW.mol DQF.mol YEI.mol QYW.mol YWQ.mol SQV.mol DNV.mol GYN.mol EVE.mol QWE.mol YVN.mol QEF.mol TND.mol TLN.mol DYV.mol SEY.mol DLD.mol ESF.mol ELE.mol SWS.mol SST.mol NDV.mol TYY.mol SSE.mol YNE.mol NDQ.mol NLD.mol TID.mol GTY.mol DAD.mol

mseq 132 349 341 576 653 405 654 248 206 312 407 73 639 38 645 357 724 442 33 171 118 347 718 289 554 549 69 390 25 106 89 483 454 188 624 447 674 187 212 541 168 1

S -19.3162 -19.2711 -19.2663 -19.2451 -19.2424 -19.2256 -19.2248 -19.1900 -19.1360 -19.1339 -19.1222 -19.1120 -19.0764 -19.0713 -19.0634 -19.0500 -19.0444 -19.0190 -19.0134 -19.0028 -18.9819 -18.9575 -18.9545 -18.9231 -18.9164 -18.8988 -18.8867 -18.8538 -18.8424 -18.8409 -18.8201 -18.8026 -18.7920 -18.7907 -18.7619 -18.7601 -18.7595 -18.7270 -18.7199 -18.7030 -18.6787 -18.6736

E_conf 2.8000 3.1841 4.0024 1.8000 1.8910 3.0029 2.9269 2.1160 0.6000 1.4136 1.5902 3.0000 2.9216 3.2628 3.5679 3.5998 2.4138 1.0000 2.0088 3.4000 3.2006 1.4000 2.7855 4.0302 1.6001 1.3121 3.1498 3.4249 3.6000 3.2956 2.4000 1.6000 2.0000 2.6680 4.0000 3.0000 2.7684 1.0000 3.2000 2.4000 0.8286 1.8000

E_place -6.5691 -37.0961 -56.9244 -58.1972 -16.9907 -86.2029 -16.6432 -28.5704 -72.4600 6.0054 -53.3772 -13.7672 -37.0289 -51.1280 -33.9566 -25.3609 -47.3696 -38.1574 -54.3220 -49.6401 -31.3895 -6.1011 -95.5780 -10.2980 -51.6442 -36.7864 -18.0717 -32.3635 -39.1787 -8.2952 44.2985 -35.2265 -38.5922 -53.8858 10.6940 -35.0851 -35.8831 -9.0209 5.3252 -6.8630 -57.2527 -5.6861

E_score -10.3897 -9.9811 -9.9274 -9.2513 -9.2803 -11.0770 -8.2885 -11.3845 -9.4834 -9.9739 -11.8524 -10.2173 -10.7498 -9.6822 -12.8235 -9.2523 -8.9126 -8.3169 -9.6864 -11.9734 -12.5064 -9.6472 -9.3942 -10.8358 -10.1909 -7.6254 -8.7155 -14.3711 -10.8555 -9.3782 -11.4557 -11.4475 -10.4029 -9.0149 -9.4960 -9.8239 -12.7620 -11.4236 -9.1106 -8.6329 -10.8687 -10.7340


E_refine -19.3162 -19.2711 -19.2663 -19.2451 -19.2424 -19.2256 -19.2248 -19.1900 -19.1360 -19.1339 -19.1222 -19.1120 -19.0764 -19.0713 -19.0634 -19.0500 -19.0444 -19.0190 -19.0134 -19.0028 -18.9819 -18.9575 -18.9545 -18.9231 -18.9164 -18.8988 -18.8867 -18.8538 -18.8424 -18.8409 -18.8201 -18.8026 -18.7920 -18.7907 -18.7619 -18.7601 -18.7595 -18.7270 -18.7199 -18.7030 -18.6787 -18.6736

102

(lanjutan)

169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210

mol YND.mol NNQ.mol QDW.mol NSW.mol YFQ.mol SQT.mol STE.mol NYN.mol YAD.mol SWY.mol NVN.mol GEE.mol SEW.mol NTN.mol ETA.mol SQN.mol TEY.mol TTT.mol YYE.mol EDW.mol TSL.mol NYD.mol SDF.mol GTN.mol SQY.mol NEW.mol YEQ.mol SSQ.mol STQ.mol SIQ.mol DDE.mol YSI.mol QSF.mol TYW.mol NFN.mol YTN.mol YEV.mol TWD.mol EDV.mol QSW.mol SFS.mol YEA.mol

mseq 673 223 285 245 655 441 460 270 625 485 258 135 389 252 111 438 528 597 728 78 582 265 368 164 444 199 648 452 465 408 5 698 328 623 202 711 649 607 77 333 395 641

S -18.6575 -18.6549 -18.6540 -18.6481 -18.6384 -18.6042 -18.5835 -18.5784 -18.5689 -18.5460 -18.5457 -18.5452 -18.5317 -18.5268 -18.5205 -18.5162 -18.5160 -18.5072 -18.4835 -18.4596 -18.4381 -18.4354 -18.4331 -18.4070 -18.4021 -18.3984 -18.3948 -18.3818 -18.3754 -18.3532 -18.3197 -18.3045 -18.3040 -18.3011 -18.3009 -18.3006 -18.2974 -18.2903 -18.2854 -18.2816 -18.2775 -18.2661

E_conf 1.2395 1.2038 1.2000 3.6357 3.3943 2.0000 2.6000 1.8027 3.8358 2.8000 2.1874 1.4000 3.8773 1.1588 2.4000 2.3375 2.9951 0.8000 2.3363 1.4000 2.2791 3.0000 2.2000 1.2000 2.4000 3.4217 4.6846 2.2105 0.6000 1.2000 3.6000 1.8860 1.8128 2.8112 1.8079 1.0916 2.1130 2.8943 3.4000 0.6000 2.9694 2.8000

E_place -32.3016 -52.7872 -16.8147 15.5547 -17.8885 -30.6869 -50.6886 -51.4092 -7.4291 -74.6320 25.8875 -19.1310 -22.3742 -26.1804 -5.8780 -15.2349 -46.3627 -20.8825 -64.1705 -20.9730 43.6715 -52.8615 28.1264 -1.5138 -68.8869 -44.1620 -8.5604 -3.4267 -15.3515 -24.7026 -43.2730 -22.2482 -18.1664 -68.2521 -37.2512 -40.2156 64.1271 -51.0925 -26.9102 -45.6844 9.5035 -5.2910

E_score -13.0046 -10.0369 -11.0496 -10.1664 -8.5459 -8.4395 -11.4945 -8.2057 -12.1920 -8.3961 -10.5051 -11.3934 -9.1702 -10.2390 -10.0785 -9.9004 -12.7582 -10.9421 -9.8639 -11.0271 -10.6838 -10.6971 -9.1537 -9.3084 -10.0796 -10.4822 -8.6019 -8.8848 -8.4363 -8.2845 -12.9903 -11.0298 -8.8907 -9.8733 -10.3714 -9.4918 -8.9734 -8.8918 -11.5699 -10.5417 -12.8025 -9.1675


E_refine -18.6575 -18.6549 -18.6540 -18.6481 -18.6384 -18.6042 -18.5835 -18.5784 -18.5689 -18.5460 -18.5457 -18.5452 -18.5317 -18.5268 -18.5205 -18.5162 -18.5160 -18.5072 -18.4835 -18.4596 -18.4381 -18.4354 -18.4331 -18.4070 -18.4021 -18.3984 -18.3948 -18.3818 -18.3754 -18.3532 -18.3197 -18.3045 -18.3040 -18.3011 -18.3009 -18.3006 -18.2974 -18.2903 -18.2854 -18.2816 -18.2775 -18.2661

103

(lanjutan)

211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252

mol YQY.mol TTQ.mol SDD.mol GEN.mol TEV.mol YDQ.mol TDD.mol QDD.mol QEV.mol QDV.mol QIE.mol EDL.mol YDL.mol QDQ.mol YLN.mol YNY.mol SDN.mol QLE.mol TDE.mol NNF.mol NYF.mol QWQ.mol QEE.mol QFE.mol YTE.mol NVD.mol YQL.mol NWN.mol SAY.mol STL.mol ESW.mol QSL.mol NFD.mol NQN.mol QNF.mol NVE.mol DYA.mol NTL.mol YSW.mol ESV.mol QEA.mol NSQ.mol

mseq 693 596 366 136 526 637 506 278 293 284 302 76 635 283 669 682 371 305 507 219 267 348 288 296 707 256 688 262 364 463 110 330 200 232 310 257 63 251 703 109 286 243

S -18.2632 -18.2502 -18.2491 -18.2471 -18.2410 -18.2244 -18.2021 -18.1920 -18.1769 -18.1756 -18.1675 -18.1404 -18.1372 -18.1168 -18.1075 -18.1042 -18.1033 -18.1024 -18.1007 -18.0887 -18.0878 -18.0742 -18.0618 -18.0612 -18.0536 -18.0423 -18.0366 -18.0310 -18.0222 -18.0197 -17.9943 -17.9706 -17.9682 -17.9673 -17.9643 -17.9269 -17.9196 -17.9175 -17.9168 -17.9159 -17.9077 -17.8874

E_conf 3.9982 1.7054 1.8000 3.0000 1.0003 3.8860 3.4278 2.0000 4.5611 2.6392 2.0781 3.6008 2.2037 3.2000 0.8723 4.1394 0.5963 1.8018 2.2000 2.4232 3.0900 3.6245 2.2000 3.1997 2.8399 2.0000 2.8000 3.5171 2.8008 1.0000 2.6407 2.0000 2.2968 2.0483 1.6014 2.0025 2.8000 2.2092 3.0009 1.8000 3.8413 2.2000

E_place -4.0826 -55.7100 -39.8670 38.0849 28.5649 -25.4776 -37.5674 -51.2210 -59.9265 -5.4256 14.0651 64.7153 -66.4793 -48.7903 -87.8372 -71.3512 -6.3874 -1.9902 0.5896 -51.3169 -18.2416 -30.5952 -36.2387 -1.9017 -65.2209 0.3156 -64.6194 -63.3306 -25.1132 -30.6829 -52.5648 -21.0628 -32.7376 -24.5705 -55.1452 14.6511 -76.3197 -60.7849 -1.9082 3.4056 -30.4121 -19.4552

E_score -9.6268 -8.4503 -10.1726 -12.4363 -9.5305 -10.6344 -11.1582 -10.9198 -8.7316 -11.9514 -10.6637 -11.7825 -9.9036 -11.9109 -10.8929 -10.1555 -11.1277 -11.1594 -10.5846 -9.0984 -10.0880 -8.6733 -11.1561 -8.7706 -10.9581 -9.3537 -9.0883 -9.3037 -8.8435 -8.6277 -10.0163 -9.0086 -10.4398 -9.4698 -9.0643 -10.3738 -9.6344 -8.0316 -8.9170 -10.1113 -9.7211 -7.9531


E_refine -18.2632 -18.2502 -18.2491 -18.2471 -18.2410 -18.2244 -18.2021 -18.1920 -18.1769 -18.1756 -18.1675 -18.1404 -18.1372 -18.1168 -18.1075 -18.1042 -18.1033 -18.1024 -18.1007 -18.0887 -18.0878 -18.0742 -18.0618 -18.0612 -18.0536 -18.0423 -18.0366 -18.0310 -18.0222 -18.0197 -17.9943 -17.9706 -17.9682 -17.9673 -17.9643 -17.9269 -17.9196 -17.9175 -17.9168 -17.9159 -17.9077 -17.8874

104

(lanjutan)

253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294

mol YSY.mol YGN.mol YNI.mol DIE.mol YDY.mol NTW.mol QYF.mol QGQ.mol DTL.mol YQQ.mol NNI.mol GQS.mol DNF.mol TNL.mol ENI.mol NDA.mol NQF.mol SEL.mol SEV.mol QTD.mol QAQ.mol YTD.mol SNL.mol TWY.mol TYA.mol DNI.mol DSV.mol YQV.mol TQT.mol YVY.mol EYV.mol YVD.mol SEE.mol YYF.mol TTI.mol NQQ.mol YQA.mol EEL.mol SYV.mol EWE.mol TST.mol EQI.mol

mseq 704 659 676 24 640 255 352 300 56 690 220 152 30 558 93 180 229 383 388 335 276 706 424 612 613 31 49 691 573 720 125 716 380 729 593 233 683 82 496 119 585 100

S -17.8856 -17.8603 -17.8571 -17.8521 -17.8291 -17.8142 -17.7954 -17.7925 -17.7902 -17.7630 -17.7556 -17.7545 -17.7445 -17.7284 -17.7250 -17.7247 -17.7063 -17.6970 -17.6947 -17.6910 -17.6848 -17.6554 -17.6425 -17.6421 -17.6362 -17.6320 -17.6156 -17.6072 -17.6057 -17.5960 -17.5947 -17.5603 -17.5602 -17.5519 -17.5200 -17.5185 -17.5165 -17.5157 -17.5131 -17.5113 -17.5067 -17.5066

E_conf 4.8378 1.7998 2.5742 3.4026 3.6582 4.1232 3.4058 1.2000 3.0000 3.4453 0.8000 2.2055 3.3420 1.2014 2.4000 1.4000 1.5831 3.0000 3.6000 1.0009 4.1917 2.8029 1.6000 3.7786 1.7999 2.0035 1.8000 2.0226 2.5998 2.4111 1.8011 3.0156 2.8263 2.7169 2.4009 1.8048 1.3288 3.4000 2.6944 3.8014 2.0000 2.9107

E_place -44.0439 -81.7631 -71.6215 31.6205 -74.6409 42.1458 -36.4774 -27.3645 -31.5676 8.3630 36.2050 12.3973 -37.9018 -44.7989 -19.9134 9.3510 -67.4376 -49.8220 -34.2498 12.7163 -42.9868 -76.6187 37.9938 -18.0470 -50.8030 -67.9421 -6.2579 -60.5214 -33.0941 -43.6560 -36.5384 -40.6060 3.1162 -68.6127 -26.3962 16.7193 -37.6396 -13.3876 -30.1933 -34.3180 -32.2639 -39.1433

E_score -10.2549 -8.8726 -10.6805 -9.6150 -10.7541 -8.6737 -8.5987 -9.2003 -9.4048 -8.5945 -12.0364 -8.9732 -10.1341 -8.2532 -13.0266 -9.8272 -9.1480 -9.4851 -8.9745 -11.3541 -10.6681 -9.5396 -8.5774 -9.1143 -9.9823 -10.8797 -9.2250 -9.0104 -9.5650 -9.7605 -9.7751 -11.6039 -14.5353 -9.5976 -9.6837 -8.2734 -9.4156 -15.4938 -8.1737 -11.9328 -8.8843 -11.5733


E_refine -17.8856 -17.8603 -17.8571 -17.8521 -17.8291 -17.8142 -17.7954 -17.7925 -17.7902 -17.7630 -17.7556 -17.7545 -17.7445 -17.7284 -17.7250 -17.7247 -17.7063 -17.6970 -17.6947 -17.6910 -17.6848 -17.6554 -17.6425 -17.6421 -17.6362 -17.6320 -17.6156 -17.6072 -17.6057 -17.5960 -17.5947 -17.5603 -17.5602 -17.5519 -17.5200 -17.5185 -17.5165 -17.5157 -17.5131 -17.5113 -17.5067 -17.5066

105

(lanjutan)

295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336

mol DFD.mol YQF.mol SQD.mol GDE.mol YDV.mol SYL.mol SFT.mol TEI.mol YYQ.mol GDY.mol GEY.mol QTE.mol SVH.mol TSE.mol SSD.mol TFD.mol TIE.mol NGD.mol YIE.mol SAD.mol NDI.mol QQQ.mol GNN.mol DYD.mol NLE.mol NTI.mol TWQ.mol SYQ.mol QVE.mol QDL.mol NDE.mol TFY.mol NNL.mol DSL.mol QYQ.mol SLQ.mol QSQ.mol SEQ.mol NAD.mol SIY.mol TGD.mol TNT.mol

mseq 19 686 433 128 638 491 396 521 733 133 140 336 473 579 446 529 542 204 663 358 184 322 143 64 213 250 610 493 344 282 182 534 221 48 355 415 331 385 176 411 535 561

S -17.5013 -17.4930 -17.4872 -17.4842 -17.4815 -17.4752 -17.4689 -17.4640 -17.4570 -17.4554 -17.4464 -17.4301 -17.4290 -17.4259 -17.4207 -17.4130 -17.3935 -17.3796 -17.3511 -17.3494 -17.3487 -17.3475 -17.3384 -17.3295 -17.3147 -17.3035 -17.2886 -17.2828 -17.2823 -17.2703 -17.2654 -17.2606 -17.2517 -17.2197 -17.2083 -17.2070 -17.1966 -17.1930 -17.1915 -17.1908 -17.1862 -17.1839

E_conf 2.1891 1.8407 1.8000 2.0016 3.7872 3.5051 3.7997 3.2409 2.3757 2.7624 4.0227 2.6498 0.6029 3.4010 1.0000 2.4464 1.0000 2.0547 1.7779 2.6000 1.0000 2.2321 3.1230 3.2034 2.6000 3.0000 3.2000 2.4091 3.4000 3.0829 1.2000 3.5524 1.7994 3.0000 1.8000 1.6000 0.6000 1.8000 3.0062 2.4023 0.0000 1.0000

E_place 12.0204 9.9424 -53.8555 -43.8917 -7.9244 -22.1859 -32.1217 -14.5583 -76.0098 9.9312 -34.4260 21.5598 -84.0800 -58.6215 -42.1815 -8.7847 58.8532 -35.6895 -48.3360 -31.7379 7.1088 -20.8755 -44.2410 -45.0335 -60.2012 -64.4839 -19.4878 -58.2568 -56.2609 -33.4984 -5.5972 -17.9000 -40.9137 -49.3675 -51.8328 -59.7411 44.5057 9.3111 -37.7053 -15.3927 -34.9176 -26.1475

E_score -9.9893 -8.7831 -9.4885 -11.4195 -11.0183 -9.4449 -8.1217 -8.6266 -10.2750 -10.0018 -9.4156 -9.3014 -9.1449 -10.5025 -13.3411 -9.7260 -10.1408 -10.1629 -10.1218 -8.5338 -12.1857 -10.1904 -8.9188 -12.3980 -8.6977 -9.1803 -8.8209 -8.5154 -8.6959 -11.0881 -10.6866 -9.2650 -8.7920 -11.0315 -10.2332 -9.5639 -8.6444 -9.0773 -11.9147 -8.9767 -10.0263 -8.1410


E_refine -17.5013 -17.4930 -17.4872 -17.4842 -17.4815 -17.4752 -17.4689 -17.4640 -17.4570 -17.4554 -17.4464 -17.4301 -17.4290 -17.4259 -17.4207 -17.4130 -17.3935 -17.3796 -17.3511 -17.3494 -17.3487 -17.3475 -17.3384 -17.3295 -17.3147 -17.3035 -17.2886 -17.2828 -17.2823 -17.2703 -17.2654 -17.2606 -17.2517 -17.2197 -17.2083 -17.2070 -17.1966 -17.1930 -17.1915 -17.1908 -17.1862 -17.1839

106

(lanjutan)

337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378

mol QSD.mol TTA.mol YLE.mol DYW.mol QED.mol ENF.mol SQQ.mol TDL.mol SWQ.mol TEL.mol SLY.mol TSN.mol SNI.mol TTL.mol QQI.mol QVQ.mol NVQ.mol SFN.mol TTF.mol DEF.mol EQW.mol SGD.mol STV.mol SEN.mol SDE.mol NEL.mol DQE.mol SET.mol NIN.mol YSN.mol DEA.mol QLQ.mol EYL.mol DTF.mol STY.mol GTS.mol SWD.mol QVD.mol QNI.mol SQE.mol QEI.mol NYA.mol

mseq 326 589 668 70 287 92 439 510 482 522 418 583 423 594 320 345 259 393 592 14 103 398 468 384 367 195 37 387 210 700 11 306 124 54 470 166 479 343 311 434 290 264

S -17.1825 -17.1718 -17.1684 -17.1647 -17.1643 -17.1556 -17.1522 -17.1393 -17.1285 -17.1266 -17.1248 -17.1224 -17.1195 -17.1147 -17.1034 -17.0762 -17.0673 -17.0588 -17.0568 -17.0488 -17.0321 -17.0304 -17.0248 -17.0214 -17.0086 -17.0063 -17.0025 -16.9991 -16.9799 -16.9715 -16.9712 -16.9702 -16.9700 -16.9688 -16.9662 -16.9357 -16.9281 -16.9280 -16.9232 -16.9194 -16.9191 -16.9114

E_conf 2.2000 1.0000 3.9646 2.6034 2.0000 3.2000 1.6012 2.2883 1.8000 2.4246 3.5270 1.2000 1.0000 2.6093 2.6097 2.6726 2.2000 1.7893 1.7932 3.8225 3.4475 1.2000 0.6004 2.5920 3.2347 2.0000 3.4000 2.5999 2.6001 3.6063 3.6001 3.4000 4.0208 2.9516 2.7991 1.6000 1.6000 3.4303 2.1896 1.6000 1.6000 1.8167

E_place 42.6056 -5.8186 -73.9192 -53.6622 -60.6529 -45.3483 -44.9132 -36.9283 -50.7845 -43.9381 -42.8745 -55.5969 -35.1186 1.7406 -36.6455 -20.0645 -30.3489 -6.4660 -51.7013 -51.5708 -24.4593 -15.5592 -46.7471 -10.9576 -54.7186 -70.9912 -62.8209 -18.4863 -21.8839 -4.9254 -68.7920 -63.5864 13.1660 -72.4978 -22.1502 -86.6732 -28.0312 8.1345 -31.3582 -63.7562 -28.3009 -35.8755

E_score -10.3044 -8.2531 -9.5422 -8.7774 -11.6365 -9.3080 -8.4603 -8.4800 -8.8383 -9.3503 -11.7829 -7.7560 -8.5900 -11.1075 -10.4697 -9.5456 -9.2311 -7.8559 -10.0247 -10.3188 -10.3757 -9.8116 -9.1295 -11.8747 -11.4085 -13.1181 -10.0808 -12.8862 -8.9025 -9.9014 -10.0555 -11.0527 -10.8549 -9.4833 -9.5041 -9.3436 -9.7717 -9.9528 -8.5940 -13.8723 -10.9615 -11.2919


E_refine -17.1825 -17.1718 -17.1684 -17.1647 -17.1643 -17.1556 -17.1522 -17.1393 -17.1285 -17.1266 -17.1248 -17.1224 -17.1195 -17.1147 -17.1034 -17.0762 -17.0673 -17.0588 -17.0568 -17.0488 -17.0321 -17.0304 -17.0248 -17.0214 -17.0086 -17.0063 -17.0025 -16.9991 -16.9799 -16.9715 -16.9712 -16.9702 -16.9700 -16.9688 -16.9662 -16.9357 -16.9281 -16.9280 -16.9232 -16.9194 -16.9191 -16.9114

107

(lanjutan)

379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420

mol TAD.mol QTL.mol EQF.mol GQE.mol TLT.mol SLD.mol TYL.mol TSD.mol SSF.mol SNW.mol SNV.mol STD.mol NEQ.mol STW.mol SVY.mol NDN.mol GET.mol TYD.mol DND.mol SNF.mol SIT.mol YQD.mol EAE.mol EDI.mol SLT.mol TSY.mol YSF.mol SDY.mol TVQ.mol STF.mol YTI.mol DGD.mol GQN.mol DSA.mol YWD.mol YQW.mol EYI.mol TSI.mol DEV.mol GES.mol SSS.mol GEQ.mol

mseq 499 339 99 149 551 412 618 578 448 430 429 459 197 469 478 186 139 614 28 422 410 684 71 75 417 588 697 377 604 461 709 21 150 43 721 692 123 581 17 138 453 137

S -16.8884 -16.8873 -16.8871 -16.8871 -16.8870 -16.8793 -16.8661 -16.8624 -16.8540 -16.8499 -16.8457 -16.8334 -16.8319 -16.8315 -16.8308 -16.8155 -16.8057 -16.7997 -16.7905 -16.7890 -16.7844 -16.7788 -16.7731 -16.7534 -16.7530 -16.7499 -16.7401 -16.7379 -16.7318 -16.7197 -16.7176 -16.7122 -16.7107 -16.7019 -16.6956 -16.6875 -16.6868 -16.6825 -16.6795 -16.6749 -16.6584 -16.6531

E_conf 1.0000 2.6015 2.7573 1.0000 2.5869 1.7163 2.0346 3.0000 2.8000 1.2206 1.6000 2.6000 2.6691 0.7018 2.4000 3.2000 2.0000 4.0077 3.0498 0.8509 0.6000 3.1973 2.4046 3.4000 1.2000 0.6151 1.8000 2.0018 2.8887 0.9368 3.7847 3.0000 1.8000 1.9224 2.7945 3.6965 1.8000 1.4000 3.0532 1.0000 0.6000 2.0001

E_place -21.2717 -31.8618 -45.9347 -42.2656 -39.2526 -57.6620 -60.6062 -35.2375 -17.2763 -74.5719 -10.7814 -9.3816 -42.4586 -59.2633 -30.5523 48.3984 -8.1723 -38.1805 -28.5127 -45.9089 -26.9327 -37.0102 -15.8529 -7.1527 -59.5430 -34.3317 -0.1796 -31.1683 -13.8299 -14.1905 -30.6378 -65.9778 -42.8239 -12.4644 -30.5645 -71.3178 -33.6051 23.2952 2.6695 -66.9880 -10.4047 -52.9766

E_score -10.5640 -9.4320 -10.2097 -10.0696 -9.5770 -11.5631 -8.2693 -9.9772 -8.5281 -7.9278 -10.7769 -8.8495 -9.4954 -8.0329 -8.8726 -10.5681 -9.5775 -9.1791 -11.6726 -12.9254 -12.0375 -10.2693 -10.5051 -9.9960 -10.0875 -8.4604 -10.7108 -10.9036 -9.1171 -9.2301 -11.1507 -11.3023 -9.2315 -9.2728 -10.0841 -10.4562 -9.9162 -7.8532 -10.1831 -10.0566 -11.3770 -10.0265


E_refine -16.8884 -16.8873 -16.8871 -16.8871 -16.8870 -16.8793 -16.8661 -16.8624 -16.8540 -16.8499 -16.8457 -16.8334 -16.8319 -16.8315 -16.8308 -16.8155 -16.8057 -16.7997 -16.7905 -16.7890 -16.7844 -16.7788 -16.7731 -16.7534 -16.7530 -16.7499 -16.7401 -16.7379 -16.7318 -16.7197 -16.7176 -16.7122 -16.7107 -16.7019 -16.6956 -16.6875 -16.6868 -16.6825 -16.6795 -16.6749 -16.6584 -16.6531

108

(lanjutan)

421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462

mol NEI.mol EEW.mol TFN.mol SVD.mol QQW.mol QTI.mol SDQ.mol TGE.mol TSW.mol DTW.mol NYL.mol YGQ.mol SNN.mol QTW.mol TLY.mol YTF.mol DYF.mol YTV.mol SFE.mol TSF.mol SFQ.mol YNL.mol QDE.mol DEW.mol SIS.mol GNY.mol QTA.mol YNV.mol DGE.mol STI.mol QWD.mol SYA.mol DFE.mol TDW.mol GST.mol NGE.mol YGY.mol GQD.mol TYI.mol TGN.mol YNA.mol YYV.mol

mseq 194 85 531 471 324 338 372 536 587 58 269 660 425 342 552 708 66 713 392 580 394 677 279 18 409 147 334 680 22 462 346 486 20 515 160 205 661 148 617 537 672 734

S -16.6178 -16.6148 -16.6141 -16.6130 -16.6101 -16.6096 -16.5881 -16.5823 -16.5638 -16.5595 -16.5436 -16.5380 -16.5318 -16.5316 -16.5296 -16.5227 -16.5206 -16.5176 -16.5164 -16.5100 -16.5016 -16.4836 -16.4831 -16.4816 -16.4789 -16.4740 -16.4679 -16.4504 -16.4457 -16.4428 -16.4302 -16.4231 -16.3920 -16.3880 -16.3789 -16.3754 -16.3658 -16.3617 -16.3369 -16.3332 -16.3321 -16.3262

E_conf 3.7997 2.6393 1.5994 2.6000 2.1544 1.1692 2.4071 2.2000 3.2429 2.0034 3.4307 2.7873 1.2000 1.0000 2.8000 3.5063 2.9753 2.3968 2.3951 3.4000 3.5495 2.3324 3.6000 2.6589 2.8000 2.4818 2.6000 2.9615 3.8000 1.2000 1.4000 2.2000 2.8000 2.0685 0.6000 2.4000 2.9284 1.6000 2.5982 0.6041 1.8456 2.7665

E_place -3.9301 -25.7925 -27.5615 -53.0674 -41.3073 -64.0062 -58.4590 -43.7120 -16.6931 -42.0278 -80.7303 -66.7934 -56.2052 -42.0074 -21.5578 -53.7908 -83.2792 -52.7499 -58.8445 34.7341 -30.2386 -56.7518 2.8717 -83.1740 -17.9011 -45.0668 -3.1470 -40.0954 9.6907 -59.5962 -8.7168 20.8496 33.6795 22.9008 -28.4072 -33.2964 -23.6102 -70.4550 -42.9630 -25.5496 -28.1089 -51.1107

E_score -9.0466 -11.5079 -12.4901 -9.7831 -8.1098 -9.9583 -9.5122 -9.9909 -8.5749 -9.8237 -8.5467 -11.0116 -8.3844 -8.3306 -8.6821 -8.7752 -10.4918 -10.3108 -8.6774 -8.5692 -8.1029 -10.0017 -11.1079 -11.0323 -9.5483 -9.3282 -8.7277 -9.3177 -14.0597 -9.2761 -9.2034 -9.0260 -10.8096 -8.7776 -9.1540 -11.0856 -10.7737 -12.6851 -8.1932 -7.9837 -9.2874 -9.2675


E_refine -16.6178 -16.6148 -16.6141 -16.6130 -16.6101 -16.6096 -16.5881 -16.5823 -16.5638 -16.5595 -16.5436 -16.5380 -16.5318 -16.5316 -16.5296 -16.5227 -16.5206 -16.5176 -16.5164 -16.5100 -16.5016 -16.4836 -16.4831 -16.4816 -16.4789 -16.4740 -16.4679 -16.4504 -16.4457 -16.4428 -16.4302 -16.4231 -16.3920 -16.3880 -16.3789 -16.3754 -16.3658 -16.3617 -16.3369 -16.3332 -16.3321 -16.3262

109

(lanjutan)

463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504

mol DLE.mol TDY.mol TGQ.mol YDA.mol EEF.mol TEA.mol GTE.mol TYV.mol YNW.mol YLQ.mol QLD.mol YVQ.mol GSY.mol TNQ.mol QSA.mol SWN.mol TNE.mol NDD.mol YAE.mol NNN.mol SVT.mol EQV.mol TDN.mol QEL.mol DTA.mol SSN.mol TAY.mol TQV.mol SYN.mol YLY.mol NSL.mol YTQ.mol SGE.mol YTL.mol NQL.mol GSS.mol TNI.mol YIQ.mol TQA.mol SQL.mol SYI.mol NNA.mol

mseq 26 516 538 630 80 517 163 622 681 670 304 719 161 560 325 481 555 181 626 222 477 102 511 291 51 451 504 574 492 671 241 712 399 710 231 159 557 665 565 437 490 216

S -16.3176 -16.2855 -16.2847 -16.2665 -16.2292 -16.2232 -16.2021 -16.1978 -16.1878 -16.1756 -16.1717 -16.1633 -16.1612 -16.1535 -16.1519 -16.1484 -16.1446 -16.1295 -16.1062 -16.1054 -16.0861 -16.0770 -16.0764 -16.0726 -16.0723 -16.0634 -16.0586 -16.0571 -16.0487 -16.0349 -16.0059 -15.9817 -15.9770 -15.9747 -15.9684 -15.9653 -15.9647 -15.9600 -15.9514 -15.9394 -15.9286 -15.9159

E_conf 4.0000 3.7878 1.0000 2.6000 3.2758 3.0000 1.7193 3.1716 0.6000 4.0023 2.8149 2.1632 3.5935 1.2045 1.2000 2.2000 3.6342 2.8729 2.5599 1.3614 1.0007 3.1533 3.6090 4.7981 1.8000 1.8000 1.5898 1.0001 1.2000 1.7010 2.2000 0.6000 1.8000 1.9768 2.6069 1.2000 3.0000 1.7804 2.2000 1.8033 2.8682 1.2027

E_place -21.6555 -57.4086 -39.7301 -24.4585 -40.4573 -30.3511 -40.9042 -29.9610 -70.0472 -27.3160 -35.6342 -25.3867 -59.0110 -21.7755 -23.5635 5.4052 -0.8815 22.6057 27.1054 -76.3435 -21.2867 -23.6265 -33.3750 -27.1568 13.6099 -13.6838 -11.3646 14.4545 -72.4685 -46.3078 -44.9720 -42.5578 -39.6047 -13.6652 -6.2894 -2.4053 59.2834 -70.5173 -61.7198 -52.0533 -9.6388 -11.9076

E_score -10.2247 -11.7330 -10.0635 -9.5145 -10.7645 -9.8970 -9.6610 -8.2586 -9.3317 -9.3816 -9.5547 -10.0653 -9.2978 -8.6731 -8.8795 -8.2660 -9.3477 -12.1357 -11.1012 -11.3412 -8.3437 -9.5309 -9.3043 -11.2655 -9.0681 -8.5049 -9.1068 -8.1184 -9.6995 -9.3989 -9.0250 -9.5340 -9.1041 -10.0896 -8.6478 -9.3147 -9.7182 -9.4692 -10.0362 -9.2458 -8.4840 -8.6001


E_refine -16.3176 -16.2855 -16.2847 -16.2665 -16.2292 -16.2232 -16.2021 -16.1978 -16.1878 -16.1756 -16.1717 -16.1633 -16.1612 -16.1535 -16.1519 -16.1484 -16.1446 -16.1295 -16.1062 -16.1054 -16.0861 -16.0770 -16.0764 -16.0726 -16.0723 -16.0634 -16.0586 -16.0571 -16.0487 -16.0349 -16.0059 -15.9817 -15.9770 -15.9747 -15.9684 -15.9653 -15.9647 -15.9600 -15.9514 -15.9394 -15.9286 -15.9159

110

(lanjutan)

505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546

mol DDI.mol SWE.mol TNV.mol QQF.mol NSF.mol TLE.mol TYT.mol YED.mol TSA.mol QYV.mol GSD.mol QNQ.mol NTV.mol NEN.mol NSI.mol DEL.mol DWD.mol DQL.mol GED.mol YFD.mol TIN.mol DSI.mol ETI.mol TQI.mol NDW.mol QSE.mol SFY.mol NSN.mol EEE.mol NWQ.mol QTQ.mol STS.mol SVN.mol NLQ.mol YEN.mol SSI.mol SLE.mol DQV.mol GNQ.mol GTQ.mol TAQ.mol TVY.mol

mseq 7 480 562 319 239 548 621 642 577 356 155 313 254 196 240 16 61 40 134 652 543 47 114 569 189 327 397 242 79 263 340 466 474 215 647 449 413 41 144 165 502 606

S -15.9030 -15.9002 -15.8948 -15.8864 -15.8844 -15.8815 -15.8806 -15.8771 -15.8632 -15.8580 -15.8465 -15.8314 -15.8110 -15.7978 -15.7879 -15.7863 -15.7773 -15.7754 -15.7741 -15.7666 -15.7599 -15.7514 -15.7339 -15.7234 -15.7093 -15.7044 -15.6960 -15.6768 -15.6502 -15.6388 -15.6321 -15.6285 -15.6230 -15.6225 -15.6168 -15.6155 -15.6048 -15.6045 -15.5874 -15.5830 -15.5830 -15.5672

E_conf 2.0129 3.5510 1.0770 3.3345 2.2112 2.6313 3.7991 4.1978 1.0000 1.9594 3.1558 1.8000 2.6066 3.8163 1.7167 3.6064 2.4000 2.4735 2.3864 2.2921 1.6125 0.8000 3.2000 2.0022 0.6127 2.2289 2.6226 1.8302 3.2606 0.6000 1.2000 1.8148 1.2108 2.4809 3.6573 3.0000 2.1844 2.0000 1.6394 1.2000 1.6000 3.4665

E_place -17.1518 -18.7390 -60.3054 -57.5298 -6.6149 -62.8128 -63.4458 -34.7487 -6.2148 -47.4956 -11.8319 -50.6935 -10.8305 -43.8197 -55.4854 -22.1988 -36.8125 -49.3378 -11.0855 36.9829 -26.7114 12.3211 -38.8061 -53.4556 -72.3504 64.2776 -32.4761 -61.5041 -39.0774 -42.5023 -26.8705 -29.1137 -39.5267 -27.8338 -23.1841 -70.5958 -13.6284 -72.8002 -64.3347 67.7383 16.0366 -92.3899

E_score -10.5995 -9.2083 -8.0179 -9.1877 -9.0678 -7.9613 -10.0183 -12.9106 -7.8623 -8.8932 -8.7951 -8.4030 -8.8638 -12.3031 -8.5232 -14.1907 -10.6734 -9.2340 -11.3129 -10.4206 -8.3781 -11.1652 -10.8479 -7.8768 -10.6085 -12.8090 -8.4338 -9.2883 -12.1050 -8.3506 -8.4966 -8.2766 -9.0247 -8.4031 -10.7106 -8.5168 -10.3984 -10.6255 -8.2181 -8.8624 -8.4496 -9.5676


E_refine -15.9030 -15.9002 -15.8948 -15.8864 -15.8844 -15.8815 -15.8806 -15.8771 -15.8632 -15.8580 -15.8465 -15.8314 -15.8110 -15.7978 -15.7879 -15.7863 -15.7773 -15.7754 -15.7741 -15.7666 -15.7599 -15.7514 -15.7339 -15.7234 -15.7093 -15.7044 -15.6960 -15.6768 -15.6502 -15.6388 -15.6321 -15.6285 -15.6230 -15.6225 -15.6168 -15.6155 -15.6048 -15.6045 -15.5874 -15.5830 -15.5830 -15.5672

111

(lanjutan)

547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588

mol NSE.mol ESA.mol YID.mol QNA.mol SIE.mol GNT.mol NAN.mol TTW.mol NYV.mol TNN.mol NEE.mol QGD.mol TWN.mol TNW.mol YYI.mol SYE.mol TNA.mol DQD.mol TED.mol YSV.mol GYS.mol EEI.mol DAE.mol TQL.mol TSQ.mol TVT.mol SQS.mol TTN.mol SED.mol GNE.mol NQI.mol SEF.mol TDV.mol TGY.mol DSF.mol GTT.mol QNV.mol NED.mol TDA.mol YDN.mol QSV.mol SDA.mol

mseq 238 104 662 307 406 146 178 599 272 559 192 298 609 563 730 488 553 36 518 702 173 81 2 570 584 605 440 595 379 142 230 381 514 540 46 167 314 191 505 636 332 365

S -15.5588 -15.5478 -15.5285 -15.5131 -15.5116 -15.5047 -15.4958 -15.4954 -15.4747 -15.4728 -15.4656 -15.4640 -15.4606 -15.4596 -15.4562 -15.4373 -15.4302 -15.4210 -15.4132 -15.3844 -15.3827 -15.3779 -15.3766 -15.3765 -15.3243 -15.3157 -15.2960 -15.2758 -15.2699 -15.2687 -15.2639 -15.2485 -15.2140 -15.2085 -15.2041 -15.2000 -15.1708 -15.1521 -15.1376 -15.1375 -15.1267 -15.1199

E_conf 1.5996 4.0000 3.4016 2.8002 1.3938 0.6000 1.8000 2.2000 2.9990 1.6264 2.5530 3.0536 1.4014 3.7999 3.8791 3.2629 2.6203 4.8430 1.8000 2.5989 1.7844 3.4000 2.8000 2.2000 0.0000 2.0460 2.2660 1.2027 3.4000 4.0904 1.0000 2.5588 2.4358 2.1998 2.8041 2.4000 1.8000 1.6891 0.4000 3.2759 2.2000 1.0000

E_place -50.8366 28.0551 -52.0725 -46.7903 -35.8791 -21.6265 -11.3309 56.7042 -11.6908 -30.8467 -13.2214 20.9609 -54.4022 -36.1588 -65.4946 -30.0627 4.7764 -46.7058 17.5953 -12.3578 -15.9290 -24.6558 10.4064 -57.2000 0.8958 -33.4025 -49.9258 -72.9200 65.7959 -29.6409 -29.5031 36.1420 -13.1605 -56.4952 -60.4273 -48.1855 -45.7783 -63.0178 3.7257 -3.6010 -4.3702 -61.2235

E_score -10.0146 -10.3949 -11.0040 -8.9034 -8.2844 -8.6731 -9.5382 -7.9928 -10.9825 -8.3666 -12.1062 -12.7777 -7.9307 -6.9352 -9.3392 -13.9556 -14.1121 -10.2593 -11.0017 -9.6202 -9.7530 -10.7530 -11.5970 -10.1556 -8.6406 -7.5978 -9.0867 -9.8394 -10.4895 -10.6658 -9.3563 -9.6622 -9.9644 -9.1958 -9.4559 -8.9648 -8.2614 -11.0025 -9.4627 -10.1611 -9.1662 -11.1056


E_refine -15.5588 -15.5478 -15.5285 -15.5131 -15.5116 -15.5047 -15.4958 -15.4954 -15.4747 -15.4728 -15.4656 -15.4640 -15.4606 -15.4596 -15.4562 -15.4373 -15.4302 -15.4210 -15.4132 -15.3844 -15.3827 -15.3779 -15.3766 -15.3765 -15.3243 -15.3157 -15.2960 -15.2758 -15.2699 -15.2687 -15.2639 -15.2485 -15.2140 -15.2085 -15.2041 -15.2000 -15.1708 -15.1521 -15.1376 -15.1375 -15.1267 -15.1199

112

(lanjutan)

589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630

mol GSQ.mol QIQ.mol ETW.mol TWE.mol SYD.mol NTF.mol YYN.mol NTQ.mol YQE.mol SEA.mol EQA.mol DSD.mol ENL.mol TEW.mol QQV.mol NLN.mol SNT.mol NQD.mol YTA.mol TWT.mol QNW.mol NQE.mol SDL.mol TLQ.mol YGD.mol NIE.mol DNA.mol YSA.mol QDA.mol DDA.mol DDV.mol NAE.mol EDF.mol DEI.mol ETE.mol STN.mol STA.mol ETF.mol DDW.mol ENV.mol NID.mol TDQ.mol

mseq 158 303 117 608 487 249 732 253 685 378 97 44 94 527 323 214 428 227 705 611 315 228 370 550 657 209 27 694 277 3 9 177 74 15 112 464 458 113 10 95 208 512

S -15.1107 -15.0973 -15.0945 -15.0828 -15.0813 -15.0772 -15.0747 -15.0602 -15.0452 -15.0429 -15.0404 -15.0212 -15.0105 -15.0088 -14.9902 -14.9604 -14.9341 -14.9195 -14.9132 -14.9068 -14.8988 -14.8898 -14.8776 -14.8738 -14.8623 -14.8460 -14.8312 -14.8282 -14.8206 -14.8178 -14.8102 -14.8014 -14.7720 -14.7616 -14.7335 -14.7236 -14.7198 -14.7167 -14.7059 -14.6971 -14.6953 -14.6840

E_conf 1.6536 2.5964 2.4189 2.2154 1.3922 2.6050 2.3828 1.5998 1.7966 3.4000 2.2000 3.0000 3.3752 2.6828 3.7767 1.8006 1.0001 1.6000 2.7988 2.7239 2.4007 3.4002 2.0047 1.8000 3.6000 3.2179 1.4000 0.6000 2.9609 2.7283 3.8000 4.0678 2.2000 3.9940 4.1562 2.8000 1.0000 0.8000 2.4000 1.8000 2.6042 3.6517

E_place -37.3774 -19.0924 -59.0297 12.1800 -4.0801 -40.5272 5.8121 -16.0843 2.1429 -27.9284 -27.2947 -13.4582 -11.8695 -55.9468 -44.8655 -63.4314 -34.6564 8.2207 -3.4263 -57.4520 -75.2139 -25.0774 -43.7368 18.5688 49.1922 -27.5642 -37.1600 -12.8555 63.7304 -42.1150 11.7866 -19.3551 -36.7402 24.0164 -55.0633 -59.8593 -33.8810 10.3058 -51.7247 19.4313 -60.3594 -72.3000

E_score -9.2630 -9.3157 -10.0669 -9.0226 -10.2459 -8.0942 -9.7580 -9.2242 -12.0084 -13.3720 -10.2515 -12.1028 -8.3044 -9.8628 -9.3896 -9.5451 -8.7266 -12.0288 -10.1133 -8.3825 -8.3535 -9.5992 -9.5465 -10.1680 -10.7973 -9.3481 -10.0009 -9.0463 -11.7610 -13.9645 -10.4302 -8.7102 -11.2458 -10.2243 -11.0445 -8.5200 -8.8982 -10.1413 -12.0490 -9.4519 -9.7942 -9.9378


E_refine -15.1107 -15.0973 -15.0945 -15.0828 -15.0813 -15.0772 -15.0747 -15.0602 -15.0452 -15.0429 -15.0404 -15.0212 -15.0105 -15.0088 -14.9902 -14.9604 -14.9341 -14.9195 -14.9132 -14.9068 -14.8988 -14.8898 -14.8776 -14.8738 -14.8623 -14.8460 -14.8312 -14.8282 -14.8206 -14.8178 -14.8102 -14.8014 -14.7720 -14.7616 -14.7335 -14.7236 -14.7198 -14.7167 -14.7059 -14.6971 -14.6953 -14.6840

113

(lanjutan)

631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672

mol YSD.mol QQA.mol TTD.mol NND.mol DTD.mol SNQ.mol SGN.mol TFQ.mol TQD.mol NIQ.mol SVS.mol SES.mol YTW.mol SGQ.mol SDT.mol DDD.mol SSA.mol SWT.mol TIY.mol SAQ.mol TAN.mol DTV.mol NDL.mol DTI.mol TIT.mol YYW.mol NSV.mol SAN.mol NTA.mol TNF.mol ETL.mol SNY.mol TQW.mol EDA.mol TQQ.mol NNV.mol DNW.mol TDT.mol DSE.mol TIQ.mol ESE.mol TLD.mol

mseq 695 316 590 217 52 426 400 532 566 211 476 386 714 401 374 4 445 484 546 361 501 57 185 55 545 735 244 360 246 556 115 431 575 72 572 224 34 513 45 544 105 547

S -14.6803 -14.6609 -14.6575 -14.6184 -14.6037 -14.5980 -14.5918 -14.5859 -14.5848 -14.5722 -14.5628 -14.5431 -14.5287 -14.5283 -14.5255 -14.5090 -14.5074 -14.4966 -14.4903 -14.4702 -14.4332 -14.4183 -14.3845 -14.3843 -14.3760 -14.3736 -14.3694 -14.3604 -14.3531 -14.3431 -14.3236 -14.3037 -14.3012 -14.2908 -14.2878 -14.2781 -14.2536 -14.2457 -14.2437 -14.2412 -14.2193 -14.2193

E_conf 3.2960 2.2025 2.8000 2.7326 2.4022 2.2059 2.2000 0.0030 3.3322 1.6016 0.6000 3.0330 3.3995 2.8000 0.8000 3.2002 0.6000 2.8166 4.1501 2.2000 2.2018 2.0000 0.6000 2.4851 0.8000 1.8004 2.2000 1.8000 1.2311 3.8955 1.2000 1.2000 2.5420 1.8000 2.3651 1.2027 3.2723 1.6078 3.0005 2.2000 2.6371 3.4000

E_place -19.2801 10.5137 -10.5951 -40.3836 -10.8603 -78.4199 -52.5942 -48.7558 4.0047 -46.1708 -33.7240 -10.5765 -56.0296 -69.3441 -30.1250 -45.0108 -43.3523 8.8102 -45.1612 -63.2714 -45.5391 -5.6394 -35.5722 -63.5928 -52.1851 -19.7188 -33.0208 -63.1226 28.1350 -61.2839 -34.2824 -18.2522 -52.1611 -41.9364 -17.8678 -8.9781 14.5738 -24.8917 -8.2014 -11.5844 63.4144 -5.5777

E_score -10.5011 -8.8932 -9.0188 -9.7204 -10.0147 -9.3148 -8.2157 -8.6153 -9.9129 -8.4356 -8.0343 -10.7243 -12.0516 -8.2496 -9.1232 -12.5030 -9.6922 -8.3070 -8.9689 -9.1330 -8.2558 -10.1611 -10.7286 -9.7810 -7.4243 -8.9041 -8.7805 -9.0656 -11.0985 -8.3173 -9.7977 -9.4740 -8.1138 -12.8888 -9.5811 -8.2774 -8.7360 -9.7680 -10.5455 -9.3186 -11.2502 -9.7443


E_refine -14.6803 -14.6609 -14.6575 -14.6184 -14.6037 -14.5980 -14.5918 -14.5859 -14.5848 -14.5722 -14.5628 -14.5431 -14.5287 -14.5283 -14.5255 -14.5090 -14.5074 -14.4966 -14.4903 -14.4702 -14.4332 -14.4183 -14.3845 -14.3843 -14.3760 -14.3736 -14.3694 -14.3604 -14.3531 -14.3431 -14.3236 -14.3037 -14.3012 -14.2908 -14.2878 -14.2781 -14.2536 -14.2457 -14.2437 -14.2412 -14.2193 -14.2193

114

(lanjutan)

673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714

mol DVD.mol GNS.mol SYT.mol DNL.mol QSI.mol TEF.mol GDD.mol TEN.mol NEF.mol STT.mol SNS.mol QEQ.mol NSA.mol TAT.mol TQN.mol ESI.mol NEV.mol SNA.mol TTV.mol DED.mol SEI.mol SDV.mol NQA.mol TGT.mol QQL.mol GTD.mol SLS.mol SDI.mol DQA.mol SQI.mol NGQ.mol SQA.mol YNF.mol TVN.mol SAS.mol SGT.mol ENA.mol EES.mol EEV.mol TQE.mol NAQ.mol GSE.mol

mseq 59 145 495 32 329 520 127 523 193 467 427 292 236 503 571 107 198 419 598 12 382 375 226 539 321 162 416 369 35 436 207 432 675 603 362 403 90 83 84 567 179 156

S -14.1970 -14.1820 -14.1789 -14.1454 -14.1296 -14.0716 -14.0667 -14.0547 -14.0457 -14.0332 -14.0237 -14.0070 -14.0019 -13.9979 -13.9684 -13.9670 -13.9523 -13.8952 -13.8895 -13.8671 -13.8243 -13.8177 -13.8123 -13.7484 -13.7354 -13.6367 -13.6225 -13.5630 -13.5524 -13.5049 -13.4980 -13.4664 -13.4636 -13.4250 -13.3831 -13.3293 -13.2334 -13.1900 -13.0721 -13.0621 -12.9897 -12.9604

E_conf 3.0030 1.2000 3.0113 1.4327 2.0000 3.2648 3.3003 1.0002 3.0000 2.6823 0.6334 2.2000 0.1084 0.6000 3.8000 3.2006 3.0096 1.2000 1.0000 4.2033 2.4147 2.0000 2.2375 0.4051 2.8000 3.0000 0.6132 2.4012 3.0014 0.0000 1.8260 0.0000 2.3746 2.5994 1.2000 1.0000 4.5834 1.0000 3.2009 1.6001 2.2077 2.4000

E_place -18.0663 -1.8727 -51.7323 73.5338 -53.4960 -38.4360 -6.4176 -60.9654 -63.7549 -56.8896 -14.7724 13.5518 -31.1594 61.9483 -19.4899 -2.1640 -45.4585 -3.4138 -29.1806 -10.2799 -14.1867 -63.0719 -62.0347 -65.0204 -84.5491 -30.9473 -36.8606 -77.7679 -26.5859 -19.7871 -68.8723 -60.6990 -69.4812 -62.2285 2.6471 -54.7183 -31.3817 -33.2136 -24.7276 7.9783 -43.7062 -21.4320

E_score -10.6866 -8.7524 -9.3620 -10.7966 -8.3183 -9.2466 -11.0023 -9.4332 -9.7024 -8.7985 -9.3274 -8.8834 -9.3063 -9.0496 -9.0800 -10.1015 -10.1045 -7.9673 -9.1443 -16.5548 -11.3476 -11.0470 -8.4630 -9.6169 -10.4556 -10.7992 -10.1687 -9.1071 -8.7814 -8.3004 -10.1186 -8.5097 -9.2036 -8.0671 -8.6706 -8.9999 -9.8999 -16.8037 -10.1997 -8.5835 -10.0168 -10.7246


E_refine -14.1970 -14.1820 -14.1789 -14.1454 -14.1296 -14.0716 -14.0667 -14.0547 -14.0457 -14.0332 -14.0237 -14.0070 -14.0019 -13.9979 -13.9684 -13.9670 -13.9523 -13.8952 -13.8895 -13.8671 -13.8243 -13.8177 -13.8123 -13.7484 -13.7354 -13.6367 -13.6225 -13.5630 -13.5524 -13.5049 -13.4980 -13.4664 -13.4636 -13.4250 -13.3831 -13.3293 -13.2334 -13.1900 -13.0721 -13.0621 -12.9897 -12.9604

115

(lanjutan)

715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736

mol ETV.mol QQD.mol DDL.mol NNE.mol DQI.mol QGE.mol SVQ.mol GSN.mol GDQ.mol SAT.mol SGS.mol TVD.mol TET.mol GDS.mol EIE.mol TDI.mol NEA.mol SND.mol TEE.mol DNE.mol GDN.mol YYD.mol

mseq 116 317 8 218 39 299 475 157 130 363 402 601 525 131 88 509 190 420 519 29 129 727

S -12.9543 -12.9273 -12.8990 -12.8559 -12.8430 -12.8371 -12.7782 -12.7699 -12.7240 -12.6053 -12.5608 -12.5605 -12.5444 -12.4659 -12.4120 -12.3765 -12.2467 -12.1788 -11.8491 -11.6864 -11.2401 -11.0307

E_conf 0.6000 3.5766 2.6493 3.8718 3.5793 2.6000 3.6000 2.2000 1.4000 0.6060 1.6000 1.6001 2.1061 1.4124 2.8000 2.4000 2.2903 2.9981 2.2000 1.8441 1.9091 3.4483

E_place 17.3358 -23.6815 -69.6184 -26.6296 -22.0365 -45.3313 12.6429 -26.9251 -56.1231 1.3982 -28.8017 -39.5957 -52.7085 -10.3424 -25.9951 -20.1531 29.1463 -7.4792 -49.1623 -37.5323 31.4670 -62.7477

E_score -10.8437 -9.0759 -12.0820 -11.7508 -9.5225 -9.5317 -9.2736 -8.4963 -8.6956 -9.0588 -8.7857 -8.9981 -10.0368 -9.5614 -9.0057 -10.3285 -9.4438 -9.3852 -10.3972 -10.3894 -9.4107 -10.0121


E_refine -12.9543 -12.9273 -12.8990 -12.8559 -12.8430 -12.8371 -12.7782 -12.7699 -12.7240 -12.6053 -12.5608 -12.5605 -12.5444 -12.4659 -12.4120 -12.3765 -12.2467 -12.1788 -11.8491 -11.6864 -11.2401 -11.0307

116

Lampiran 8. Data screening 164 ligan target sisi ikatan SAM

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42

mol TRY.mol HHD.mol DYI.mol KKF.mol YDY.mol KGR.mol YTY.mol YWH.mol YYY.mol TWY.mol HNF.mol GRY.mol YNY.mol YKV.mol HSH.mol YWR.mol YYW.mol YDH.mol YQV.mol SIK.mol YTK.mol RKH.mol YYL.mol TQY.mol YDD.mol YKY.mol YEA.mol YRK.mol KQD.mol DQW.mol YDQ.mol YLH.mol HYF.mol YHE.mol YGK.mol YRF.mol NRR.mol HHW.mol YLD.mol YYF.mol TYF.mol YKK.mol

mseq 107 22 6 41 119 40 154 157 164 109 26 17 139 131 31 159 163 114 141 88 153 74 161 104 113 133 120 144 45 2 117 136 37 125 124 143 56 24 134 160 110 129

S -29.7939 -28.2397 -28.0576 -27.7677 -27.6843 -27.5002 -26.9914 -26.9854 -26.8857 -26.8704 -26.5684 -26.5606 -26.4991 -26.4934 -26.4559 -26.4373 -26.4148 -26.4076 -26.3029 -26.2378 -26.1827 -26.1485 -26.0410 -25.9735 -25.9343 -25.8573 -25.6239 -25.4836 -25.4699 -25.2089 -25.1331 -25.1316 -25.0316 -25.0189 -24.9936 -24.8153 -24.6317 -24.6122 -24.3426 -24.3135 -24.3115 -24.0468

E_conf 1.3263 4.2659 3.4062 1.8000 3.8233 3.7378 3.7999 1.8032 1.1547 2.9823 2.8090 2.4000 0.0000 2.8367 1.1990 2.0000 1.2000 2.9793 3.4204 2.7160 3.2100 2.2000 3.0000 1.8000 2.7988 3.5760 3.4372 3.6016 2.3999 2.8000 3.2000 2.0081 3.5459 3.9957 3.2089 4.2298 1.4002 2.9377 3.0542 3.5275 1.1086 3.3706

E_place -38.6701 -59.5130 -40.8373 -42.4343 29.8549 -7.0071 -29.8901 -80.1544 -10.2146 -49.0000 -70.8287 -26.0328 12.4780 -94.7719 -19.9042 11.5788 -51.5416 19.8547 -39.7120 -43.6499 -18.1869 -45.8764 -58.8952 122.945 -37.9789 -10.9265 -37.7135 -50.1611 -68.0649 -56.1329 -76.4155 -76.8541 -34.7040 -68.7693 31.1516 -5.4625 -11.2588 -55.5148 -90.1105 -57.0494 -51.4882 -71.4615

E_score -12.2701 -13.4826 -17.1737 -12.8234 -14.4346 -13.8129 -13.1511 -16.1310 -12.7548 -10.5464 -11.2983 -14.2712 -12.9865 -12.5204 -12.9751 -11.6641 -10.9368 -13.6541 -11.7270 -12.4432 -14.5335 -12.4135 -13.0589 -14.9868 -15.2624 -12.5354 -14.9497 -13.9140 -13.0845 -13.1342 -14.2782 -11.8255 -12.9232 -13.3874 -14.2969 -12.3840 -12.0094 -12.4954 -14.2114 -11.5751 -10.7945 -13.8442


E_refine -29.7939 -28.2397 -28.0576 -27.7677 -27.6843 -27.5002 -26.9914 -26.9854 -26.8857 -26.8704 -26.5684 -26.5606 -23.4991 -26.4934 -26.4559 -26.4373 -26.4148 -26.4076 -26.3029 -26.2378 -26.1827 -26.1485 -26.0410 -25.9735 -25.9343 -25.8573 -25.6239 -25.4836 -25.4699 -25.2089 -25.1331 -25.1316 -25.0316 -25.0189 -24.9936 -24.8153 -24.6317 -24.6122 -24.3426 -24.3135 -24.3115 -24.0468

117

(lanjutan)

43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84

mol ETF.mol DWD.mol DHE.mol KSW.mol NWH.mol YVY.mol SQW.mol YDN.mol YQW.mol YKE.mol TNW.mol YRL.mol YWN.mol GRD.mol QEH.mol SHF.mol YRQ.mol RQV.mol SFR.mol YTH.mol YKL.mol ERE.mol YSL.mol NWE.mol HFD.mol YKW.mol QQH.mol HQD.mol YNL.mol YSF.mol SEW.mol RYD.mol NLH.mol YTF.mol QEW.mol DRI.mol KRH.mol YYN.mol SYH.mol GER.mol YNI.mol KNH.mol

mseq 12 5 1 47 61 156 91 116 142 127 103 145 158 15 62 86 146 77 85 152 130 10 148 60 20 132 67 27 138 147 84 83 52 151 63 3 46 162 95 14 137 44

S -24.0360 -24.0164 -23.9925 -23.9705 -23.8830 -23.8495 -23.8109 -23.7442 -23.6477 -23.5739 -23.5174 -23.4930 -23.4657 -23.4245 -23.3431 -23.3168 -23.3143 -23.3052 -23.3040 -23.1849 -23.1126 -23.0802 -23.0261 -23.0148 -22.9801 -22.9721 -22.8620 -22.8164 -22.7770 -22.6203 -22.5958 -22.3550 -22.2964 -22.2222 -22.2150 -22.1973 -22.1920 -22.0227 -22.0109 -21.9794 -21.9636 -21.9599

E_conf 2.6536 2.4000 4.1437 1.2001 2.6781 2.4058 2.2182 2.4023 2.3965 2.2543 2.2004 3.0012 1.7825 3.8341 2.4000 1.1620 2.6000 3.0065 1.4265 1.0000 4.0155 2.8000 2.9384 2.0000 3.0009 3.2548 2.8000 2.1999 3.0000 2.8966 3.9791 2.4190 3.3999 2.3735 3.7600 2.9749 2.2190 4.2002 3.6937 2.6000 1.7737 3.7821

E_place -65.5674 -72.1489 -24.9640 -70.7697 11.7129 -84.5603 21.6814 -50.8326 -43.6102 -53.0674 -59.5580 -39.8611 -10.8472 -49.8643 7.7194 -52.1657 -72.9637 -73.5890 -74.0695 -9.3743 3.1601 -53.7635 -71.8418 -39.2985 -79.4971 -12.0675 -46.4689 -44.2573 -6.6650 -67.2540 -49.4822 -40.3113 -23.0973 -18.4076 -69.8617 -48.4373 -21.7178 -13.4852 -98.8462 -34.6062 -73.3197 -37.5335

E_score -13.5484 -15.2054 -15.6967 -12.2858 -10.8173 -11.9634 -11.6228 -16.6399 -10.6665 -13.9727 -13.1024 -11.6873 -12.0282 -13.6840 -13.8573 -12.1583 -13.4385 -13.6195 -13.1168 -12.3367 -14.3351 -15.7322 -11.7364 -12.4961 -13.2493 -11.2551 -13.5153 -15.5981 -12.7277 -10.9113 -16.7238 -14.6059 -11.2385 -14.1888 -14.3176 -12.8672 -15.1557 -13.7126 -11.8185 -15.4541 -12.1433 -12.5034


E_refine -24.0360 -24.0164 -23.9925 -23.9705 -23.8830 -23.8495 -23.8109 -23.7442 -23.6477 -23.5739 -23.5174 -23.4930 -23.4657 -23.4245 -23.3431 -23.3168 -23.3143 -23.3052 -23.3040 -23.1849 -23.1126 -23.0802 -23.0261 -23.0148 -22.9801 -22.9721 -22.8620 -22.8164 -22.7770 -22.6203 -22.5958 -22.3550 -22.2964 -22.2222 -22.2150 -22.1973 -22.1920 -22.0227 -22.0109 -21.9794 -21.9636 -21.9599

118

(lanjutan)

85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126

mol YFN.mol SRW.mol NGN.mol YLE.mol YQL.mol QNW.mol SQK.mol HTW.mol HSL.mol DSF.mol TEL.mol YEI.mol QQA.mol YDL.mol REI.mol GYY.mol THF.mol YSY.mol HVE.mol HSF.mol KDI.mol GDH.mol EKF.mol SHL.mol ERA.mol HHA.mol SYT.mol ETE.mol YSQ.mol RWD.mol HTF.mol RVD.mol RTW.mol RKF.mol QWD.mol RTI.mol YDW.mol QNA.mol EHE.mol YAY.mol QRQ.mol NRW.mol

mseq 122 92 50 135 140 65 90 35 32 4 98 121 66 115 72 18 99 150 36 30 39 13 8 87 9 21 96 11 149 82 34 81 80 73 71 79 118 64 7 112 68 58

S -21.7130 -21.6357 -21.5450 -21.4857 -21.4406 -21.3982 -21.3109 -21.2413 -21.2305 -21.1681 -21.0273 -20.7345 -20.7288 -20.7216 -20.6285 -20.6101 -20.5974 -20.4055 -20.4016 -20.3225 -20.3189 -20.2018 -20.1665 -20.1344 -20.1201 -20.1161 -20.1159 -20.1018 -20.0784 -20.0543 -19.9566 -19.9402 -19.8338 -19.7836 -19.7718 -19.7172 -19.7023 -19.6896 -19.6199 -19.4828 -19.3143 -19.2990

E_conf 2.0557 2.0000 0.7348 1.4000 2.2359 2.2000 2.6000 0.6338 3.0119 3.6215 2.2695 2.2501 2.9189 3.8078 2.9969 4.0014 3.8176 3.8544 3.2007 2.3922 3.1986 3.2005 2.3361 3.0658 2.8000 1.8133 1.2000 1.6000 2.2000 2.4151 3.8295 3.2162 1.9999 3.9785 3.3659 1.7993 3.7991 0.6000 4.2000 3.4848 3.8424 2.2886

E_place -35.1326 5.6438 -6.6656 7.3552 -79.3268 -49.8992 -33.2766 -85.2794 -62.0744 -57.6065 -17.6471 -40.5492 -41.4828 -61.9822 -86.6210 -39.3881 7.5307 -39.3965 -49.1148 -48.6377 -22.5482 22.5831 -22.4787 -89.3754 -89.4881 -52.9025 -84.0343 -70.6314 -54.3044 -52.4576 15.1848 -69.8178 113.6150 -74.8259 -17.4924 -29.4009 -55.7658 -74.1218 -25.4131 37.9445 -62.6131 -91.1487

E_score -13.2035 -12.3436 -17.0439 -13.8512 -11.0954 -11.5839 -13.4633 -11.6304 -11.3875 -12.6105 -12.2504 -15.4079 -12.4177 -14.4474 -11.9660 -11.7597 -13.2244 -12.4040 -16.8740 -12.5687 -13.0711 -15.3110 -14.0609 -11.9560 -15.8297 -11.3954 -11.8700 -14.6184 -11.5415 -13.0421 -11.3780 -13.5910 -12.9096 -16.4214 -12.3779 -12.5849 -12.0206 -11.9007 -15.0710 -11.8888 -13.0536 -11.6359


E_refine -21.7130 -31.6357 -21.5450 -21.4857 -21.4406 -21.3982 -21.3109 -21.2413 -21.2305 -21.1681 -21.0273 -20.7345 -20.7288 -20.7216 -20.6285 -20.6101 -20.5974 -20.4055 -20.4016 -20.3225 -20.3189 -20.2018 -20.1665 -20.1344 -20.1201 -20.1161 -20.1159 -20.1018 -20.0784 -20.0543 -19.9566 -19.9402 -19.8338 -29.7836 -19.7718 -19.7172 -19.7023 -19.6896 -19.6199 -19.4828 -19.3143 -19.2990

119

(lanjutan)

127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164

mol HRD.mol NFQ.mol KDH.mol YFR.mol TRV.mol QRW.mol HRW.mol YAQ.mol KWK.mol SRY.mol TRI.mol RKW.mol YKH.mol TNL.mol KNE.mol RRV.mol YVN.mol TVR.mol NQH.mol HSV.mol RNH.mol YKA.mol HHE.mol NRV.mol GRK.mol HAH.mol SWR.mol HKL.mol NTN.mol NQA.mol THL.mol TKY.mol SIY.mol QSV.mol TAR.mol NHR.mol KKV.mol NRA.mol

mseq 28 49 38 123 106 69 29 111 48 93 105 75 128 102 43 78 155 108 54 33 76 126 23 57 16 19 94 25 59 53 100 101 89 70 97 51 42 55

S -19.2596 -19.1690 -19.1682 -18.9384 -18.8913 -18.7514 -18.7364 -18.6824 -18.6683 -18.3626 -18.3369 -18.3321 -18.2544 -18.0285 -17.9671 -17.9339 -17.9189 -17.8116 -17.7867 -17.7843 -17.7352 -17.7166 -17.4312 -17.2939 -17.2899 -17.1411 -17.1134 -17.0206 -16.9235 -16.8942 -16.6195 -16.5032 -16.1726 -15.9098 -14.8152 -13.6436 -13.1788 -12.8546

E_conf 2.5948 1.8000 2.7774 3.8648 2.8542 4.0328 3.5999 2.2066 3.0000 1.8003 2.4853 4.2522 4.1767 2.2058 3.7656 1.2761 3.6029 2.8000 2.8027 3.1977 3.8000 3.7181 2.9338 3.8062 3.8000 2.4190 2.6000 3.3290 2.3045 2.8014 2.3909 2.6000 2.0960 3.6826 2.6000 4.1351 4.0000 3.4599

E_place -66.5535 -60.4695 -103.320 -40.6637 -59.9881 -14.9833 12.3552 -30.9302 -31.7150 -76.0885 -83.3133 -66.7322 -78.0712 -72.9776 -20.2437 -97.5068 -67.4171 -43.5652 -63.7139 -78.6059 -68.1855 -70.3104 -113.382 -12.6011 6.1526 -55.4205 -53.9983 -62.0319 -31.0831 -8.5650 -60.1555 -116.889 -43.9607 -59.3839 -35.9456 -71.2786 7.4406 -56.1638

E_score -15.5387 -12.0576 -16.0446 -11.7541 -13.2261 -14.3710 -14.0335 -12.4493 -14.5130 -12.9337 -13.0454 -13.1431 -12.5455 -13.4142 -15.5437 -13.7504 -11.4997 -12.3802 -10.5698 -12.1609 -12.4278 -13.8013 -18.8144 -11.2284 -15.1265 -11.0829 -15.4363 -13.6266 -16.3677 -11.2271 -11.5153 -15.5144 -11.9929 -11.9090 -12.3677 -12.8597 -13.3251 -12.2131


E_refine -19.2596 -19.1690 -19.1682 -18.9384 -18.8913 -18.7514 -18.7364 -18.6824 -18.6683 -18.3626 -18.3369 -18.3321 -18.2544 -18.0285 -17.9671 -17.9339 -17.9189 -17.8116 -17.7867 -17.7843 -17.7352 -17.7166 -17.4312 -17.2939 -17.2899 -17.1411 -17.1134 -17.0206 -16.9235 -16.8942 -16.6195 -16.5032 -16.1726 -15.9098 -14.8152 -13.6436 -13.1788 -12.8546

120

Lampiran 9. Data screening 74 ligan target sisi ikatan RNA-cap

1 3 4 5 6 7 2 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42

mol SYY.mol YEF.mol YWY.mol YDI.mol YQN.mol SYS.mol EYA.mol YIN.mol YNQ.mol YYY.mol YAY.mol QFQ.mol DWE.mol YWN.mol DEE.mol DDF.mol YFY.mol SFD.mol GYQ.mol TYN.mol YDF.mol YAN.mol YTY.mol GYY.mol SYW.mol SSV.mol YYA.mol NTD.mol NYE.mol NYW.mol TTE.mol YDD.mol GYD.mol YIY.mol SSL.mol DYE.mol YLD.mol YSE.mol TDF.mol GQQ.mol YDE.mol TTY.mol

mseq 39 58 72 56 67 37 11 63 66 74 52 26 7 71 2 1 61 30 18 48 55 50 69 20 38 34 73 21 23 25 45 53 17 64 33 8 65 68 41 14 54 46

S -22.0441 -20.6697 -20.2323 -19.5276 -19.4995 -19.4032 -19.2919 -19.1855 -19.1079 -19.0824 -19.0689 -18.9298 -18.9210 -18.4888 -18.4262 -18.4160 -18.2825 -18.0387 -17.7502 -17.6083 -17.4450 -17.2464 -16.9497 -16.7229 -16.6861 -16.6352 -16.6003 -16.4245 -16.3988 -16.2349 -16.1390 -16.1025 -16.0779 -16.0489 -15.8696 -15.7742 -15.7636 -15.6047 -15.5991 -15.5264 -15.3903 -15.3211

E_conf 3.1836 2.5895 2.3813 1.8281 2.3878 3.7823 3.7505 1.9676 1.7522 2.7024 3.3989 2.9187 1.2000 1.7151 1.8000 2.5827 3.9621 2.5750 4.5100 1.6543 3.2693 3.3575 3.7984 3.4000 3.8093 1.0000 1.9426 2.4000 3.6981 2.4000 2.2684 3.5167 1.0256 3.9235 1.6000 4.2687 3.2753 2.5711 3.4006 1.8003 4.6383 3.2000

E_place -73.6615 1.9400 -37.8493 -53.3816 -34.7501 -56.6255 -56.7882 -40.5032 -16.8562 -64.3208 -41.8838 -48.8777 -91.4318 18.9453 -13.7716 7.7693 -46.6609 -59.5574 -51.7387 -66.2424 -70.0049 -37.9925 -75.5071 -59.3585 -54.6820 -49.4200 -41.7339 -51.3781 -15.9938 -35.1197 -15.1599 67.5745 -39.0198 -59.6155 -60.3098 -50.1009 -59.7953 -32.8845 -72.4981 -50.8371 -0.0037 -47.2433

E_score -9.7127 -11.0360 -9.0383 -11.9800 -10.1135 -10.1677 -10.7145 -8.4603 -9.5091 -9.2042 -10.8953 -8.1447 -14.0165 -9.6442 -13.1613 -10.2881 -8.4564 -10.7362 -12.6061 -10.0599 -11.9144 -9.8456 -10.0732 -12.1476 -9.1040 -9.8494 -10.7423 -11.8532 -10.4025 -8.4073 -11.4674 -14.9255 -10.2052 -11.2732 -8.8173 -12.7844 -9.4556 -12.5518 -10.3449 -9.2249 -11.1697 -9.4625


E_refine -22.0441 -20.6697 -20.2323 -19.5276 -19.4995 -19.4032 -19.2919 -19.1855 -19.1079 -19.0824 -19.0689 -18.9298 -18.9210 -14.4888 -18.4262 -18.4160 -18.2825 -18.0387 -17.7502 -17.6083 -17.4450 -17.2464 -16.9497 -16.7229 -16.6861 -16.6352 -16.6003 -16.4245 -16.3988 -16.2349 -16.1390 -16.1025 -16.0779 -16.0489 -15.8696 -15.7742 -15.7636 -15.6047 -15.5991 -15.5264 -15.3903 -15.3211

121

(lanjutan)

43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74

mol YGE.mol SSW.mol YEY.mol SYF.mol YWE.mol GYT.mol YEW.mol NWE.mol SNE.mol TNY.mol YAQ.mol EYF.mol TQF.mol DVE.mol SAE.mol TFT.mol TAE.mol GQY.mol YEE.mol ENE.mol SDS.mol DTE.mol DSW.mol SLN.mol NYI.mol GQT.mol DID.mol GND.mol EGE.mol TVE.mol QNE.mol

mseq 62 35 60 36 70 19 59 22 32 43 51 12 44 6 28 42 40 16 57 10 29 5 4 31 24 15 3 13 9 47 27

S -15.2917 -15.2817 -15.2379 -15.1564 -15.0827 -15.0694 -14.8872 -14.8747 -14.8743 -14.7697 -14.5947 -14.5181 -14.2082 -13.8155 -13.7307 -13.6779 -13.5023 -13.4969 -13.4262 -13.3772 -13.2370 -13.0181 -12.8492 -12.1717 -11.8705 -11.8580 -11.4238 -11.3687 -11.3127 -11.2033 -10.2062

E_conf 2.6137 0.6007 3.8032 3.6217 2.1994 2.3860 1.8477 1.8000 2.4161 3.6350 3.5922 2.4009 1.2627 2.8000 1.4000 3.2061 2.0000 3.2922 2.9435 3.4001 1.6000 2.0000 3.4009 2.2755 1.0198 1.0000 2.4000 1.0499 4.4000 2.6000 3.9018

E_place -26.8623 -79.9586 -51.7050 -1.7874 -16.2215 -63.3135 -33.7386 -52.3129 13.2057 -50.0907 -44.2384 -52.4227 -46.0750 -39.5364 -54.5501 -25.2017 -23.0163 -24.3329 -52.3457 -12.6892 -39.1993 -47.8127 -1.4485 -59.0507 -45.5298 -63.3745 -51.1088 -33.0903 -28.4443 -38.1866 -33.5029

E_score -9.6906 -9.8340 -9.3702 -8.8947 -9.6924 -9.6820 -9.0208 -10.4142 -9.8972 -9.1191 -10.1719 -10.9614 -8.9120 -10.6797 -10.6973 -11.9585 -10.3625 -9.6355 -11.8738 -12.6712 -10.3887 -10.5857 -9.7201 -11.6838 -8.9466 -9.2204 -10.9113 -11.4250 -11.1805 -8.8593 -9.9142


E_refine -15.2917 -15.2817 -15.2379 -15.1564 -15.0827 -15.0694 -14.8872 -14.8747 -14.8743 -14.7697 -14.5947 -14.5181 -14.2082 -13.8155 -13.7307 -13.6779 -13.5023 -13.4969 -13.4262 -13.3772 -13.2370 -13.0181 -12.8492 -12.1717 -11.8705 -11.8580 -11.4238 -11.3687 -11.3127 -11.2033 -10.2062

122

Lampiran 10. Data screening 15 ligan dan standar target sisi ikatan SAM

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

mol YWH.mol TWY.mol TRY.mol YDH.mol YYW.mol YNY.mol YTY.mol HHD.mol HSH.mol HNF.mol YKV.mol DYI.mol YWR.mol KKF.mol standar SAH.mol KGR.mol

mseq q13 15 12 8 9 11 7 2 4 3 10 1 14 6 16 5

S -29.2978 -27.4054 -26.9385 -26.6169 -26.2817 -26.1229 -24.7259 -24.0006 -23.7000 -23.6085 -22.9521 -22.8299 -22.4453 -22.1132 -15.4053 -14.1259

E_conf 2.4030 4.0351 3.1984 2.4865 4.2924 3.9943 4.0802 3.5628 0.6000 1.8554 1.5075 2.5433 1.7944 2.3149 1.6000 3.9825

E_place -67.7995 -49.6330 -85.3812 -5.4737 -74.5180 -37.6073 -84.9291 -61.9250 -49.3271 -83.5919 -12.6781 -72.5464 -25.6735 -56.4670 -75.5960 -78.1411

E_score -13.7504 -13.0964 -12.6403 -12.2504 -13.7555 -15.4544 -13.5656 -15.6940 -15.9079 -11.4822 -12.8337 -13.1294 -11.8096 -13.1669 -12.7994 -13.5515


E_refine -29.2978 -27.4054 -26.9385 -26.6169 -26.2817 -26.1229 -24.7259 -24.0006 -23.7000 -23.6085 -22.9521 -22.8299 -22.4453 -22.1132 -15.4053 -14.1259

123

Lampiran 11. Data screening 15 ligan dan standar target sisi ikatan RNA-cap

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

mol YEF.mol YDF.mol TNY.mol YIN.mol YQN.mol YWY.mol NYW.mol SYS.mol SFD.mol YAY.mol SYY.mol YWN.mol DEE.mol TTE.mol DDF.mol standar RTP.mol

mseq q 11 10 7 12 13 15 3 5 4 9 6 14 2 8 1 16

S -22.8976 -22.5276 -21.4686 -21.2955 -20.9224 -20.8638 -20.4447 -18.2475 -18.1968 -17.2963 -16.9041 -16.2189 -16.1039 -14.9962 -13.7663 -12.4885

E_conf 2.5297 2.6178 0.7132 1.1890 2.9874 3.2858 3.4022 2.7962 2.3760 3.6537 3.2430 1.6776 1.4000 1.4000 3.7829 3.0426

E_place -70.2918 -48.0382 -5.6039 -49.2118 -9.9307 -2.2886 -63.0221 -28.2011 -42.4033 -19.7870 -39.8459 -29.8562 -21.2996 -42.4035 -26.9249 -68.5037

E_score -10.2127 -11.7123 -9.3585 -10.7137 -11.0504 -9.1513 -9.3187 -10.7720 -11.1496 -9.8575 -9.5708 -11.0411 -11.7938 -11.5084 -11.0330 -12.7960


E_refine -22.8976 -22.5276 -21.4686 -21.2955 -20.9224 -20.8638 -20.4447 -18.2475 -18.1968 -17.2963 -16.9041 -16.2189 -16.1039 -14.9962 -13.7663 -12.4885

124

Lampiran 12. Ligan standar S-Adenosil-Metionin (SAM), S-AdenosilHomosistein (SAH) dan ribavirin triposfat (RTP)

CH3

S-Adenosil-Metionin (SAM)


125

Lampiran 13. Interaksi 15 ligan terbaik target sisi ikatan SAM

TWY

YWH

TRY

YYW

YDH

KGR


126

(lanjutan) YTY

YNY

HHD

HSH

HNF

YKV


127

(lanjutan)

DYI

YWR

KKF


128

Lampiran 14. Interaksi 15 ligan terbaik target sisi ikatan RNA-cap

YEF

YQN

YDF

TNY

DEE

DDF


129

(lanjutan) SYS

SFD

SYY

TTE

YAY


YIN

130

(lanjutan) YQN

YWN

NYW


131

Lampiran 15.Data interaksi ligan TWY dengan sisi ikatan SAM Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 46, receptor = 2027 ligand --------O 4059 H 4105 H 4140 O 4059 O 4081 O 4082 O 4082 O 4088 O 4068 O 4059 C 4063 C 4065 C 4079 O 4081 O 4081 O 4082 O 4082 C 4083 C 4083 C 4083 C 4084 O 4068 C 4069 N 4080 O 4082 O 4082 C 4083 C 4083 C 4084 C 4103 C 4103 C 4104 C 4072 C 4072 C 4102 C 4102 C 4103 C 4103 C 4103 C 4103 C 4103 C 4103 C 4104 C 4104 C 4104 O 4059 C 4061 C 4061 C 4063 C 4062 C 4064 C 4066

receptor --------OG 813 OE 1656 OG 2259 OG 813 NH 833 NH 836 NZ 885 N 2250 NZ 2748 CB 810 OG 813 OG 813 NH 833 NH 836 CZ 832 NH 833 CZ 832 NH 836 NH 833 CZ 832 NH 833 NZ 885 NZ 885 NZ 885 CE 882 CD 879 NZ 885 CE 882 NZ 885 CG 1577 CB 1574 CB 1574 CE 1639 ND 1635 CE 1639 ND 1635 NE 1641 CE 1639 CD 1637 ND 1635 CG 1634 CB 1631 ND 1635 CG 1634 CB 1631 CD 1655 OE 1656 CD 1655 OE 1656 OD 2208 OD 2208 OD 2208

residue chain type score distance ------------ ------- ------ ------ -------SER 56 2P41 1 H-don 35.1% 2.90 GLU 111 2P41 1 H-don 23.8% 1.52 SER 150 2P41 1 H-don 10.9% 2.55 SER 56 2P41 1 H-acc 35.1% 2.90 ARG 57 2P41 1 H-acc 27.4% 2.52 ARG 57 2P41 1 H-acc 36.7% 2.78 LYS 61 2P41 1 H-acc 70.5% 2.62 SER 150 2P41 1 H-acc 33.4% 2.92 LYS 181 2P41 1 H-acc 38.7% 2.58 SER 56 2P41 1 weak 0.0% 3.47 SER 56 2P41 1 weak 0.0% 3.76 SER 56 2P41 1 weak 0.0% 3.83 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 4.26 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 3.11 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 3.22 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 3.52 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 3.57 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 3.28 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 3.19 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 3.69 ARG 57 2P41 1 weak 0.0% 4.20 LYS 61 2P41 1 weak 0.0% 4.42 LYS 61 2P41 1 weak 0.0% 4.32 LYS 61 2P41 1 weak 0.0% 3.81 LYS 61 2P41 1 weak 0.0% 3.37 LYS 61 2P41 1 weak 0.0% 3.94 LYS 61 2P41 1 weak 0.0% 3.57 LYS 61 2P41 1 weak 0.0% 4.50 LYS 61 2P41 1 weak 0.0% 3.86 LYS 105 2P41 1 weak 0.0% 3.90 LYS 105 2P41 1 weak 0.0% 3.70 LYS 105 2P41 1 weak 0.0% 3.91 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.95 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.82 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.89 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.76 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 4.26 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.64 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 4.30 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.15 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.67 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 4.20 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.64 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 3.99 HIS 110 2P41 1 weak 0.0% 4.02 GLU 111 2P41 1 weak 0.0% 3.75 GLU 111 2P41 1 weak 0.0% 3.33 GLU 111 2P41 1 weak 0.0% 4.11 GLU 111 2P41 1 weak 0.0% 3.32 ASP 146 2P41 1 weak 0.0% 3.94 ASP 146 2P41 1 weak 0.0% 3.49 ASP 146 2P41 1 weak 0.0% 3.33


132

(lanjutan) C C C C N O O N O C C N C C O C C O O O O C C N N N N C C C N N O O O C C C C C C N O O C C O O O O S O C C C C

4066 4066 4066 4066 4067 4068 4068 4087 4088 4097 4097 4098 4099 4099 4100 4101 4077 4088 4088 4088 4088 4089 4091 4098 4098 4098 4098 4099 4099 4102 4087 4087 4088 4088 4088 4089 4089 4089 4090 4090 4090 4067 4068 4068 4069 4101 4081 4068 4068 4068 4078 4082 4083 4084 4084 4084

OD CG CB O O O O O O O N O O C O O CG CG CB C CA CA OE OE CG CB CA CB CA OE CB N OG CB CA OG CB N OG CB N NZ CE CD NZ NZ NH OE OE CD OE OE OE OE OE CD

2207 2206 2203 2202 2202 2202 2234 2234 2234 2234 2228 2234 2234 2233 2234 2234 2244 2244 2241 2239 2237 2237 2249 2249 2244 2241 2237 2241 2237 2249 2256 2250 2259 2256 2252 2259 2256 2250 2259 2256 2250 2748 2745 2742 2748 2748 3247 3324 3323 3322 3323 3324 3324 3324 3323 3322

ASP ASP ASP ASP ASP ASP GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER LYS LYS LYS LYS LYS ARG GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU

146 146 146 146 146 146 148 148 148 148 148 148 148 148 148 148 149 149 149 149 149 149 149 149 149 149 149 149 149 149 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 181 181 181 181 181 212 217 217 217 217 217 217 217 217 217

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

4.42 3.85 4.50 4.28 3.99 4.17 4.20 4.09 4.48 4.15 4.30 4.07 3.44 4.20 4.05 3.87 4.36 3.55 3.89 3.65 3.37 4.49 3.54 4.38 3.97 3.94 4.07 4.45 4.41 3.86 4.34 4.45 3.54 3.81 3.95 3.91 4.36 4.01 3.32 4.10 4.48 3.98 3.81 4.26 3.65 4.21 3.46 4.47 3.77 4.43 4.21 3.76 4.00 3.96 3.90 4.31


133

Lampiran 16.Data interaksi ligan YWH dengan sisi ikatan SAM Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 49, receptor = 2027 ligand --------H 4135 H 4138 H 4109 O 4084 O 4085 O 4091 O 4084 O 4066 C 4070 C 4070 C 4070 C 4071 N 4077 C 4080 O 4084 O 4084 O 4085 O 4085 O 4085 C 4086 C 4086 C 4086 S 4088 C 4089 O 4091 O 4091 C 4092 C 4093 O 4084 O 4084 C 4086 C 4087 C 4096 C 4098 C 4098 C 4098 N 4099 C 4106 C 4107 C 4107 C 4107 O 4078 C 4095 C 4097 C 4097 C 4097 C 4097 N 4099 N 4099 N 4099 N 4099 C 4072 C 4072

receptor --------OG 1562 OE 1657 OE 2249 NH 836 NH 833 NH 833 NZ 885 NZ 2748 NH 833 NE 830 CG 824 NE 830 NH 833 NH 833 NH 833 CZ 832 NH 836 CZ 832 NE 830 NH 836 NH 833 CZ 832 NH 833 NH 833 CZ 832 NE 830 NH 833 NH 833 CE 882 CD 879 NZ 885 NZ 885 O 1221 O 1221 C 1220 CA 1217 O 1221 CA 1217 O 1221 C 1220 CA 1217 CA 1235 CA 1235 O 1239 C 1238 CA 1235 N 1233 O 1239 C 1238 CA 1235 N 1233 NH 1261 CZ 1257

residue ------------THR 104 GLU 111 GLU 149 ARG 57 ARG 57 ARG 57 LYS 61 LYS 181 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 83 GLY 83 GLY 83 GLY 83 GLY 83 GLY 83 GLY 83 GLY 83 GLY 83 GLY 83 ARG 84 ARG 84

chain ------2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1 2P41 1

type -----H-don H-don H-don H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

score -----20.3% 49.7% 51.4% 45.9% 37.9% 25.1% 64.6% 38.3% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.86 1.67 1.79 2.90 2.44 2.52 2.59 2.65 4.45 4.15 4.27 4.22 4.24 4.24 3.70 3.75 3.16 3.18 4.44 3.38 3.33 3.82 3.45 4.20 3.63 3.97 3.44 4.30 3.38 3.75 3.52 3.82 4.44 4.08 4.41 4.38 4.36 4.04 4.15 4.20 3.69 4.17 4.25 3.73 3.97 3.63 4.20 3.70 4.20 3.93 4.07 3.80 4.21


134

(lanjutan) C C C C C C C C C N C C C C C C C N O C C C C C N C C C C C C C C N N N C C C O C C C C C O C C C N N N C C C C O C C C C O C

4074 4074 4075 4076 4076 4076 4097 4098 4107 4099 4106 4107 4107 4107 4072 4072 4072 4077 4078 4079 4079 4079 4080 4080 4090 4092 4095 4097 4097 4097 4097 4100 4100 4101 4101 4101 4102 4102 4102 4103 4104 4062 4063 4064 4064 4066 4068 4060 4060 4061 4061 4061 4062 4062 4063 4063 4066 4067 4082 4082 4082 4084 4087

NH CZ NH NH CZ NE OG OG OG N CG CG CB N OE OE CD CD OE OE CD CG OE CD OE OE CG CG CB O N CD CG OE CD CG OE CD CG OE OE O O O C O O OE CG CD CG CB OE CA CG CB CE NZ OE OE CD OE OE

1261 1257 1261 1261 1257 1255 1562 1562 1562 1568 1577 1577 1574 1568 1657 1656 1655 1655 1657 1657 1655 1652 1657 1655 1657 1657 1652 1652 1649 1648 1643 1655 1652 1656 1655 1652 1657 1655 1652 1657 1657 2234 2234 2234 2233 2234 2234 2249 2244 2247 2244 2241 2249 2237 2244 2241 2745 2748 3324 3323 3322 3324 3323

ARG ARG ARG ARG ARG ARG THR THR THR LYS LYS LYS LYS LYS GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU LYS LYS GLU GLU GLU GLU GLU

84 84 84 84 84 84 104 104 104 105 105 105 105 105 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 148 148 148 148 148 148 149 149 149 149 149 149 149 149 149 181 181 217 217 217 217 217

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

3.34 4.17 3.84 4.14 4.30 4.34 3.86 3.76 4.01 4.26 3.98 3.72 4.02 4.04 4.05 4.24 4.43 4.31 4.49 3.44 4.05 4.34 3.48 4.22 4.23 4.38 4.09 3.66 4.09 4.44 4.09 4.32 3.73 4.43 3.41 3.51 3.75 4.42 4.12 4.12 4.43 3.52 3.60 2.98 4.17 3.77 4.27 3.84 4.36 3.52 3.46 4.01 3.39 4.09 4.49 4.49 3.82 3.53 4.19 3.52 4.22 3.99 4.12


135

Lampiran 17.Data interaksi ligan YDH dengan sisi ikatan SAM Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 43, receptor = 2027 ligand --------H 4109 H 4125 O 4069 O 4084 O 4089 N 4092 O 4062 O 4063 O 4085 O 4085 O 4072 O 4072 O 4069 C 4070 C 4073 C 4075 C 4079 C 4079 C 4073 O 4084 O 4084 O 4084 O 4084 O 4085 O 4085 O 4085 C 4086 C 4086 C 4086 N 4088 O 4089 O 4089 C 4090 N 4092 N 4092 C 4093 C 4096 C 4097 O 4069 O 4069 O 4062 O 4063 C 4064 C 4093 N 4094 C 4076 C 4077 C 4077 C 4077 C 4078 C 4078 C 4077 C 4077

receptor --------OD 2208 OE 3323 OG 813 NE 830 NH 833 NH 833 NZ 885 NZ 2748 NH 3250 NH 3247 NZ 603 CE 600 CB 810 OG 813 CB 810 CB 810 OG 813 CB 810 N 815 NH 833 CZ 832 CD 827 CG 824 NH 833 CZ 832 NE 830 NH 833 CZ 832 NE 830 NE 830 CZ 832 NE 830 NH 833 NH 836 CZ 832 NH 833 NH 833 NH 833 CA 841 N 839 CE 882 NZ 885 NZ 885 NZ 885 NZ 885 NH 1261 NH 1261 CZ 1257 NE 1255 NH 1261 CZ 1257 OE 1657 OE 1656

residue ------------ASP 146 GLU 217 SER 56 ARG 57 ARG 57 ARG 57 LYS 61 LYS 181 ARG 212 ARG 212 LYS 42 LYS 42 SER 56 SER 56 SER 56 SER 56 SER 56 SER 56 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 GLY 58 GLY 58 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 ARG 84 ARG 84 ARG 84 ARG 84 ARG 84 ARG 84 GLU 111 GLU 111


type -----H-don H-don H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

score -----29.4% 22.8% 13.2% 51.8% 28.3% 22.9% 67.2% 35.4% 46.9% 34.4% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.38 1.98 2.84 2.48 2.67 2.84 2.66 2.44 2.76 2.49 3.14 3.78 3.55 4.07 3.85 4.08 4.36 3.88 4.45 3.24 3.26 3.41 4.14 3.60 4.05 3.88 3.60 3.95 3.49 4.40 3.75 4.01 3.77 4.48 4.06 3.49 3.91 4.31 3.52 3.53 3.75 3.35 3.35 4.30 4.30 4.32 3.65 4.11 4.26 3.56 4.26 3.99 3.55


136

(lanjutan) C O O O O S C C N N C C C O O C C C O O O O O C C C O C N N N N N N N C C C C C N C C O O O O O C C C C C C N N C

4077 4063 4063 4063 4063 4066 4067 4067 4068 4068 4071 4071 4060 4063 4063 4064 4093 4093 4084 4084 4084 4085 4085 4086 4086 4086 4089 4090 4092 4092 4092 4092 4092 4092 4092 4093 4093 4096 4097 4093 4094 4095 4095 4062 4062 4063 4063 4063 4064 4064 4064 4093 4093 4093 4094 4094 4095

CD OD OD CG O OD OD CG CG CB OD CG NZ CE CD NZ OG CA NH NH CZ CZ NE NH NH CZ NH NH NH CZ NE CD CG CB N CD N NH NH CG CG CG CB OE OE OE OE CD OE OE CD OE OE CD OE CD OE

1655 2208 2207 2206 2202 2208 2208 2206 2206 2203 2208 2206 2748 2745 2742 2748 3227 3220 3250 3247 3246 3246 3244 3250 3247 3246 3247 3247 3247 3246 3244 3241 3238 3235 3229 3241 3229 3247 3247 3288 3288 3288 3284 3324 3323 3324 3323 3322 3324 3323 3322 3324 3323 3322 3324 3322 3323

GLU ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP LYS LYS LYS LYS SER SER ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG THR THR THR THR GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU

111 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 181 181 181 181 211 211 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 215 215 215 215 217 217 217 217 217 217 217 217 217 217 217 217 217 217

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

3.80 4.46 4.06 4.39 3.96 3.94 3.22 4.17 3.67 4.29 3.11 4.33 4.13 3.49 3.69 3.65 4.06 3.99 3.98 4.05 4.37 3.03 4.35 3.71 3.50 4.04 3.87 4.35 3.34 4.26 4.45 3.83 4.31 4.45 4.24 4.46 4.01 3.86 3.61 4.17 3.45 3.64 4.14 3.95 4.34 4.11 3.93 4.27 4.22 4.06 4.49 3.94 4.08 4.32 3.47 3.49 3.70


137

Lampiran 18.Data interaksi ligan TRY dengan sisi ikatan SAM Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 43, receptor = 1323 ligand --------H 4130 H 4121 H 4139 H 4111 O 4063 O 4072 S 4059 C 4060 C 4060 C 4060 N 4079 N 4079 N 4080 N 4080 C 4081 N 4080 N 4080 N 4080 N 4080 N 4080 N 4080 N 4080 N 4080 N 4082 O 4090 C 4094 C 4096 O 4062 O 4062 O 4063 O 4063 O 4063 O 4063 O 4063 C 4064 C 4064 C 4064 O 4090 O 4090 O 4090 O 4090 C 4094 C 4094 C 4096 C 4096 N 4061 O 4063 O 4063 O 4063 C 4064 C 4065 C 4093 C 4095

receptor --------O 1624 OD 2207 OE 2249 OE 3323 ND 1635 NZ 2748 O 1221 O 1221 C 1220 CA 1217 O 1221 C 1220 O 1221 C 1220 O 1221 CZ 1298 CZ 1296 CE 1294 CE 1293 NE 1291 CD 1290 CD 1288 CG 1287 NE 1291 C 1623 O 1624 O 1624 CE 1639 ND 1635 CE 1639 CG 1634 CB 1631 C 1629 CA 1627 CE 1639 ND 1635 CG 1634 NE 1641 CE 1639 ND 1635 CG 1634 CE 1639 ND 1635 C 1629 CA 1627 CG 1652 CB 1649 CA 1645 N 1643 N 1643 CB 1649 CG 1652 CG 1652

residue ------------GLY 109 ASP 146 GLU 149 GLU 217 HIS 110 LYS 181 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 TRP 87 TRP 87 TRP 87 TRP 87 TRP 87 TRP 87 TRP 87 TRP 87 TRP 87 GLY 109 GLY 109 GLY 109 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 GLU 111 GLU 111 GLU 111 GLU 111 GLU 111 GLU 111 GLU 111 GLU 111


type -----H-don H-don H-don H-don H-acc H-acc weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

score -----16.3% 16.9% 43.7% 29.0% 88.7% 28.7% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.82 1.65 1.44 1.81 2.51 2.58 4.05 3.87 4.40 4.49 2.62 3.85 3.20 4.22 3.32 4.43 4.39 3.86 3.78 4.07 3.54 4.04 3.82 4.35 4.01 3.52 3.38 3.59 3.36 3.53 3.36 3.41 4.03 3.61 3.96 3.29 4.39 4.30 3.66 3.84 4.49 4.43 4.31 4.42 3.99 4.16 4.38 4.40 3.34 4.41 4.38 4.19 3.56


138

(lanjutan) C C C C C C O O O C C C C C C C S S S C N N N N N C C C N N N C C C C C C C C N C C C C C C O O C C N N C O C C C N N O O C C

4095 4096 4096 4097 4097 4097 4099 4099 4099 4100 4100 4100 4100 4101 4101 4101 4059 4066 4066 4067 4079 4080 4080 4080 4080 4081 4081 4081 4082 4082 4082 4083 4083 4084 4084 4084 4085 4085 4085 4086 4089 4067 4067 4067 4070 4071 4072 4072 4074 4074 4075 4075 4078 4062 4067 4067 4067 4068 4068 4069 4069 4070 4070

N CG N OE CD CG OE CG CB OE CD CG CB OE CD CG O O C O CB OD CG CB CA OD CG CB OD CG CB OD CG OD OD CG OD OD CG OD OD O C N O O O C O C O C O OE OE CD CB CD CG OE CG OE CD

1643 1652 1643 1657 1655 1652 1657 1652 1649 1657 1655 1652 1649 1657 1655 1652 2202 2202 2201 2202 2203 2207 2206 2203 2199 2207 2206 2203 2208 2206 2203 2207 2206 2208 2207 2206 2208 2207 2206 2208 2208 2234 2233 2228 2234 2234 2234 2233 2234 2233 2234 2233 2234 2249 2249 2247 2241 2247 2244 2249 2244 2249 2247

GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLY GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU

111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 111 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 148 148 148 148 148 148 148 148 148 148 148 148 149 149 149 149 149 149 149 149 149 149


1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1


0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

4.43 4.45 4.36 4.25 4.36 3.99 3.93 4.05 4.27 4.07 4.45 3.80 4.32 3.95 4.41 4.10 3.95 3.83 4.48 3.84 4.43 3.42 3.72 3.16 4.45 3.38 3.70 3.53 4.04 3.23 3.63 3.56 4.11 4.15 3.42 3.99 3.31 3.50 3.59 4.39 4.49 3.49 4.25 4.32 3.98 4.29 3.07 4.04 3.56 4.49 3.09 4.21 3.93 4.49 3.62 4.49 4.41 3.66 4.16 3.95 4.16 3.80 4.48


139

(lanjutan) C C C C C N N O C N O C C C O C C

4070 4071 4071 4071 4074 4075 4075 4072 4074 4086 4072 4074 4073 4073 4072 4073 4074

CG OE CD CG CA CG CA CE NZ NZ CD CD OG CB CD OE OE

2244 2249 2247 2244 2237 2244 2237 2745 2748 2748 2779 2779 3286 3284 3322 3323 3323

GLU GLU GLU GLU GLU GLU GLU LYS LYS LYS LEU LEU THR THR GLU GLU GLU

149 149 149 149 149 149 149 181 181 181 183 183 215 215 217 217 217

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

4.07 3.38 4.37 4.43 4.48 4.42 4.25 3.66 3.98 3.93 3.48 3.73 3.85 3.82 3.90 3.80 3.78


140

Lampiran 19. Data interaksi standar SAM dengan sisi ikatan SAM Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 27, receptor = 2027 ligand --------H 4090 O 4065 O 4065 O 4068 O 4060 O 4065 O 4065 C 4067 C 4067 C 4067 O 4068 C 4069 O 4065 C 4067 C 4067 C 4067 O 4068 O 4068 N 4059 C 4083 N 4084 N 4084 N 4084 N 4084 C 4085 C 4085 C 4085 N 4084 N 4084 C 4085 N 4059 N 4059 N 4059 N 4079 N 4079 C 4080 C 4080 C 4081 N 4082 C 4083 C 4083 C 4083 C 4083 N 4084 N 4084 N 4084 N 4084 C 4085 C 4085 C 4085 O 4060 O 4060 O 4060

receptor --------OD 2208 NH 836 NH 833 NZ 885 ND 1635 CZ 832 NE 830 NH 836 NH 833 CZ 832 NH 836 NH 833 NZ 885 NZ 885 CE 882 CD 879 CE 882 CD 879 CA 1217 CA 1217 O 1221 C 1220 CA 1217 N 1215 O 1221 C 1220 CA 1217 OG 1562 CA 1556 OG 1562 CE 1583 CD 1580 CG 1577 CE 1583 CG 1577 CE 1583 CG 1577 CG 1577 CG 1577 CE 1583 CD 1580 CG 1577 CB 1574 CG 1577 CB 1574 CA 1570 N 1568 CG 1577 CB 1574 N 1568 CE 1639 CG 1634 CB 1631

residue ------------ASP 146 ARG 57 ARG 57 LYS 61 HIS 110 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 THR 104 THR 104 THR 104 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 HIS 110 HIS 110 HIS 110


type -----H-don H-acc H-acc H-acc H-acc weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

score -----39.9% 22.3% 13.6% 43.1% 87.5% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.41 2.58 2.53 2.51 2.62 2.94 4.24 3.69 3.76 4.19 4.36 4.43 4.25 3.61 4.29 4.25 3.47 3.72 4.11 3.93 4.41 4.16 3.34 4.39 4.18 4.21 3.87 3.93 4.17 3.44 3.91 4.40 3.70 4.40 4.47 4.44 3.81 4.24 4.37 4.26 4.47 3.40 4.37 3.46 4.00 4.37 3.61 3.94 4.09 3.80 3.35 3.75 4.15


141 O O O C C C O O N N N N C C O O O N N N C N C

4060 4061 4061 4075 4075 4075 4061 4061 4063 4063 4063 4063 4066 4067 4068 4068 4068 4059 4059 4079 4076 4077 4078

CA CB CA CE ND CG CG N OD CG CB O OD OD OD OD CG CD CG CG OE OE OE

1627 1631 1627 1639 1635 1634 1652 1643 2207 2206 2203 2202 2208 2208 2208 2207 2206 2224 2217 2220 2249 2249 2249

HIS HIS HIS HIS HIS HIS GLU GLU ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ILE ILE ILE GLU GLU GLU

110 110 110 110 110 110 111 111 146 146 146 146 146 146 146 146 146 147 147 147 149 149 149

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

4.29 4.47 4.26 4.41 3.53 4.44 3.82 3.70 3.84 3.26 4.20 3.97 3.52 4.16 3.84 4.29 4.44 3.46 3.84 4.00 3.99 4.02 3.35


142

Lampiran 20. Data interaksi standar SAH dengan sisi ikatan SAM Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 26, receptor = 1184 ligand --------H 4104 O 4064 O 4064 O 4067 O 4061 O 4064 O 4064 C 4066 C 4066 C 4066 O 4067 C 4066 C 4066 O 4067 O 4067 C 4075 C 4080 N 4081 C 4084 O 4060 O 4060 N 4059 N 4081 N 4081 C 4082 C 4082 N 4083 N 4083 N 4083 C 4084 C 4084 C 4084 O 4060 O 4060 O 4060 O 4061 O 4061 O 4061 O 4061 C 4073 C 4073 C 4073 C 4073 C 4074 C 4074 C 4074 C 4074 O 4060 O 4060 O 4060 O 4060 O 4060 O 4060

receptor --------OD 2208 NH 836 NH 833 NZ 885 ND 1635 CZ 832 NE 830 NH 836 NH 833 CZ 832 NH 836 NZ 885 CD 879 CE 882 CD 879 O 1221 CA 1217 CA 1217 CA 1217 CA 1235 OG 1562 CE 1583 CG 1577 N 1568 CE 1583 CG 1577 CE 1583 CD 1580 CG 1577 CE 1583 CG 1577 N 1568 CB 1631 C 1629 CA 1627 CE 1639 CG 1634 CB 1631 CA 1627 ND 1635 CG 1634 CB 1631 CA 1627 ND 1635 CG 1634 CB 1631 CA 1627 CG 1652 CB 1649 O 1648 C 1647 CA 1645 N 1643

residue ------------ASP 146 ARG 57 ARG 57 LYS 61 HIS 110 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 81 GLY 83 THR 104 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 LYS 105 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 HIS 110 GLU 111 GLU 111 GLU 111 GLU 111 GLU 111 GLU 111



score -----32.5% 35.6% 10.6% 25.8% 68.9% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.45 2.60 2.54 2.47 2.66 2.97 4.30 3.60 3.79 4.19 4.02 3.70 4.37 3.42 3.56 4.00 4.21 3.50 3.83 3.56 3.32 3.79 4.05 4.21 3.88 4.23 3.57 4.20 3.59 4.35 3.52 4.07 4.16 4.36 4.39 3.49 3.69 4.00 4.13 3.62 4.29 4.09 4.05 3.91 4.44 4.11 4.49 4.28 3.82 3.80 4.37 4.03 3.34


143

(lanjutan) C C C C N N N N N C C C O O C C N N N N N C C C C N C C C N N C C

4071 4071 4073 4074 4063 4063 4063 4063 4063 4065 4065 4066 4067 4067 4068 4069 4059 4059 4059 4078 4078 4079 4079 4079 4080 4081 4082 4082 4082 4083 4083 4084 4084

CG CB N N OD CG CB O C OD CG OD OD OD OD OD CD CG CG CG CA CG CG CB CG CG CD CG CG CD CG CD CG

1652 1649 1643 1643 2207 2206 2203 2202 2201 2208 2206 2208 2208 2207 2208 2208 2224 2220 2217 2220 2211 2220 2217 2215 2217 2217 2224 2220 2217 2224 2217 2224 2217

GLU GLU GLU GLU ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ASP ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE ILE

111 111 111 111 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 146 147 147 147 147 147 147 147 147 147 147 147 147 147 147 147 147 147

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

3.68 4.37 4.10 4.18 3.24 2.99 4.09 3.32 4.34 3.54 4.35 4.20 4.04 4.30 3.68 4.38 4.30 3.53 4.50 3.89 4.49 3.92 4.06 4.45 4.29 4.50 3.99 3.79 4.03 3.80 4.17 4.14 4.32


144

Lampiran 21. Data interaksi ligan YEF dengan sisi ikatan RNA-cap Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 45, receptor = 2049 ligand --------H 4165 O 4142 O 4143 O 4115 O 4124 C 4128 C 4130 O 4121 O 4124 O 4124 O 4124 O 4124 O 4124 O 4124 C 4125 C 4126 C 4126 C 4126 C 4128 C 4128 C 4128 C 4129 C 4130 C 4125 C 4125 C 4125 C 4125 C 4125 C 4125 C 4126 C 4126 C 4126 C 4126 C 4126 C 4127 O 4142 O 4142 C 4141 O 4142 O 4142 O 4143 C 4144 C 4144 C 4145 O 4138 O 4138 N 4113 N 4113 N 4113 O 4114 O 4115 O 4115 C 4116

receptor --------O 224 NZ 388 NZ 388 OG 2262 C 223 O 224 O 224 NZ 263 NZ 263 CE 260 CD 257 CG 254 CA 247 N 245 NZ 263 NZ 263 CD 257 CG 254 NZ 263 CE 260 CG 254 NZ 263 NZ 263 CZ 311 CE 309 CE 307 CD 305 CD 303 CG 302 CE 307 CD 305 CD 303 CG 302 CB 299 CE 307 CZ 311 CE 309 NZ 388 CE 385 CD 382 CE 385 NZ 388 CE 385 OE 2240 O 2247 C 2246 OG 2262 CB 2259 CA 2255 OG 2262 CB 2259 CA 2255 OG 2262

residue ------------LEU 20 LYS 29 LYS 29 SER 151 LEU 20 LEU 20 LEU 20 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 GLU 149 SER 150 SER 150 SER 151 SER 151 SER 151 SER 151 SER 151 SER 151 SER 151


type -----H-don H-acc H-acc H-acc weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

score -----37.7% 40.3% 43.6% 45.7% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.63 2.54 2.50 2.55 3.73 3.43 3.92 4.43 3.06 4.12 4.30 3.46 4.30 3.97 4.10 3.39 4.49 4.07 3.16 4.47 4.19 4.39 3.74 3.92 4.18 3.87 4.38 4.09 4.34 4.18 4.36 3.92 4.01 4.42 4.39 3.93 3.55 4.31 3.55 4.22 3.56 2.85 3.99 3.68 3.43 3.85 3.09 4.17 4.45 4.37 3.24 4.29 3.41


145

(lanjutan) C C O O C C C C C C C N N O O O O O O O O C C C C C C C N O O C C C O O O O O C C O O

4116 4117 4138 4138 4145 4146 4147 4148 4151 4154 4155 4113 4113 4114 4114 4114 4114 4114 4114 4115 4115 4116 4116 4116 4116 4117 4117 4131 4132 4153 4153 4154 4154 4155 4114 4114 4114 4115 4115 4116 4116 4115 4115

CB OG CA N OG OG OG OG OG OG OG CD CG CD CG CB C CA N CD N CD CG CB N CD CG CG CG CD CG CD CG CD CB CA N CB N CB N CG CB

2259 2262 2255 2253 2262 2262 2262 2262 2262 2262 2262 2275 2272 2275 2272 2269 2267 2265 2264 2275 2264 2275 2272 2269 2264 2275 2272 2272 2272 2275 2272 2275 2272 2275 2284 2280 2278 2284 2278 2284 2278 2332 2326

SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO ASN ASN ASN ASN ASN ASN ASN VAL VAL

151 151 151 151 151 151 151 151 151 151 151 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 153 153 153 153 153 153 153 156 156

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

4.01 3.83 4.07 4.12 3.42 3.64 3.90 4.28 4.45 3.86 3.81 3.46 4.27 3.68 3.89 3.64 4.21 4.21 4.08 4.01 4.34 3.57 4.15 4.29 4.15 3.57 4.02 4.21 4.46 3.76 4.01 3.59 4.28 4.32 3.34 4.00 3.36 4.08 4.16 4.07 4.02 3.79 4.06


146

Lampiran 22. Data interaksi ligan YDF dengan sisi ikatan RNA-cap Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 44, receptor = 2049 ligand --------H 4164 O 4136 O 4121 O 4114 O 4115 O 4136 C 4138 O 4136 O 4124 O 4124 O 4124 C 4128 C 4128 C 4128 C 4130 C 4130 C 4130 O 4121 O 4121 C 4122 C 4131 O 4133 O 4114 N 4120 N 4120 N 4120 O 4133 O 4133 O 4133 O 4133 C 4134 C 4134 O 4137 O 4137 N 4140 N 4140 O 4141 O 4141 O 4141 C 4142 C 4143 O 4114 O 4114 O 4115 O 4115 C 4116 N 4120 N 4113 O 4114 O 4115 O 4115 C 4116 C 4116

receptor --------O 200 NZ 137 NZ 263 NE 326 NZ 388 CE 134 NZ 137 CD 191 CB 201 C 199 CA 197 O 200 C 199 CA 197 O 200 C 199 CA 197 CE 260 CD 257 NZ 263 NZ 263 NZ 263 CE 309 CZ 311 CE 309 CD 305 CZ 311 CE 309 CE 307 CD 303 CZ 311 CE 307 CZ 311 CE 307 CZ 311 CE 307 CZ 311 CE 309 CE 307 CZ 311 CZ 311 OE 329 CD 325 OE 329 NE 326 NE 326 NE 326 NZ 388 NZ 388 CE 385 CD 382 NZ 388 CE 385

residue ------------ASN 18 LYS 14 LYS 22 GLN 26 LYS 29 LYS 14 LYS 14 LEU 17 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 GLN 26 GLN 26 GLN 26 GLN 26 GLN 26 GLN 26 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29



score -----71.8% 17.1% 20.5% 26.3% 31.6% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.73 2.57 2.68 3.01 2.43 3.57 3.82 3.67 4.01 3.71 4.08 3.37 4.26 4.49 3.22 3.90 4.19 3.57 3.99 3.89 3.78 4.10 4.10 4.12 3.63 4.25 4.03 4.48 3.82 4.11 4.30 4.27 3.57 3.92 3.64 3.74 3.45 3.82 4.44 4.00 4.35 4.32 4.08 4.11 3.86 3.76 4.13 3.72 3.97 3.51 3.80 3.22 4.48


147

(lanjutan) C C C C C C C C C C C C O O O O O O O O C C C C C C C C C C C C C C C N N N C C O O O O C C C C C C O C C C C C O O C C O C C

4117 4144 4144 4145 4145 4146 4147 4147 4148 4149 4153 4154 4136 4136 4136 4136 4136 4137 4137 4137 4138 4138 4138 4138 4139 4139 4142 4143 4144 4145 4146 4150 4150 4150 4150 4151 4151 4151 4154 4154 4136 4136 4136 4136 4138 4138 4138 4139 4139 4139 4124 4125 4126 4127 4128 4128 4136 4136 4139 4139 4137 4138 4145

NZ NZ CE NZ CE NZ NZ CE NZ NZ NZ NZ OG CB O C CA OG CB O OG CB O C O C O O OG OG OG OG C CA N OG O C OG O O C CA N C CA N C CA N CB CB CB CG CG CB CA N CG CA C O OG

388 388 385 388 385 388 388 385 388 388 388 388 2251 2248 2247 2246 2244 2251 2248 2247 2251 2248 2247 2246 2247 2246 2247 2247 2251 2251 2251 2251 2246 2244 2242 2251 2247 2246 2251 2247 2258 2257 2255 2253 2257 2255 2253 2257 2255 2253 2269 2269 2269 2272 2272 2269 2265 2264 2272 2265 3267 3268 3272

LYS LYS LYS LYS LYS LYS LYS LYS LYS LYS LYS LYS SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO SER SER SER

29 29 29 29 29 29 29 29 29 29 29 29 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 151 151 151 151 151 151 151 151 151 151 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 214 214 214


1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1


0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

3.74 3.73 4.10 3.75 3.74 4.04 4.07 4.16 4.33 4.35 4.16 4.17 3.53 3.55 3.88 3.65 4.22 3.49 4.33 4.24 3.65 4.09 3.76 3.93 3.72 4.15 4.38 4.47 3.35 4.37 3.81 3.55 4.23 4.50 4.15 4.47 3.35 4.39 4.40 3.92 3.68 3.68 4.04 3.58 4.31 4.45 4.15 3.90 4.00 4.19 4.50 4.43 4.01 4.28 4.38 4.27 4.42 4.12 4.05 4.34 4.38 4.14 4.17


148

Lampiran 23. Data interaksi ligan YQN dengan sisi ikatan RNA-cap Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 42, receptor = 2049 ligand --------H 4185 H 4160 O 4114 O 4124 O 4137 N 4120 O 4121 S 4118 C 4119 C 4119 N 4120 N 4120 C 4123 N 4120 N 4120 N 4120 C 4123 O 4114 O 4115 C 4116 O 4121 O 4121 O 4121 C 4122 C 4125 C 4126 C 4127 C 4127 C 4128 C 4129 C 4129 C 4130 C 4130 C 4131 C 4131 C 4135 C 4135 O 4124 C 4126 C 4128 C 4130 O 4124 O 4124 O 4124 C 4125 C 4126 C 4126 C 4127 C 4128 C 4128 C 4128 C 4129 C 4129

receptor --------O 200 O 224 NZ 263 NZ 388 OG 2262 O 181 O 181 O 200 O 200 C 199 C 199 CA 197 O 200 C 223 CA 221 N 219 O 224 CE 260 NZ 263 NZ 263 CZ 311 CE 307 CD 303 CE 307 CZ 311 CZ 311 CZ 311 CE 307 CZ 311 CZ 311 CE 307 CZ 311 CE 307 CZ 311 CE 307 CZ 311 CE 307 CE 385 NZ 388 NZ 388 NZ 388 OG 2251 CB 2248 O 2247 O 2247 OG 2251 O 2247 O 2247 OG 2251 CB 2248 O 2247 OG 2251 O 2247

residue ------------ASN 18 LEU 20 LYS 22 LYS 29 SER 151 LEU 17 LEU 17 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 ASN 18 LEU 20 LEU 20 LEU 20 LEU 20 LYS 22 LYS 22 LYS 22 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150 SER 150


type -----H-don H-don H-acc H-acc H-acc weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

score -----43.3% 64.3% 55.8% 32.8% 54.7% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.66 1.62 2.39 2.86 2.80 3.23 3.76 3.38 3.22 4.30 3.39 4.00 3.51 3.68 4.14 3.68 3.70 3.36 3.83 3.40 4.19 3.40 3.68 4.33 3.94 4.16 3.64 3.97 4.10 3.62 3.71 3.85 4.17 4.22 4.25 4.19 4.36 3.61 3.55 3.27 4.13 2.86 4.22 4.37 4.22 4.18 4.09 4.07 3.17 4.34 3.77 4.25 3.69


149

(lanjutan) C C C N O O C C N N O O O C C C C C N O O O C C C

4130 4130 4130 4136 4137 4137 4138 4131 4136 4136 4137 4137 4137 4138 4138 4139 4140 4140 4141 4142 4142 4142 4143 4144 4130

OG CB O OG CB CA OG CG CD CG CD CG N CD CG CD CD CG CG CD CG CB CG CG O

2251 2248 2247 2262 2259 2255 2262 2272 2275 2272 2275 2272 2264 2275 2272 2275 2275 2272 2272 2275 2272 2269 2272 2272 3268

SER SER SER SER SER SER SER PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO PRO SER

150 150 150 151 151 151 151 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 152 214

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

3.19 3.99 3.56 3.88 3.70 3.83 3.69 4.34 3.93 4.40 3.43 4.41 4.49 3.70 4.31 4.47 3.94 3.86 4.14 4.43 3.38 4.47 4.17 4.35 3.60


150

Lampiran 24. Data interaksi ligan TNY dengan sisi ikatan RNA-cap Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 40, receptor = 2049 ligand --------H 4173 H 4160 H 4167 O 4114 O 4132 O 4139 C 4141 C 4143 O 4139 O 4139 N 4113 O 4114 O 4115 C 4116 C 4116 O 4139 O 4139 O 4139 O 4139 O 4139 O 4139 O 4139 C 4140 C 4141 C 4143 C 4143 C 4144 C 4145 C 4145 O 4136 O 4136 C 4142 C 4142 C 4143 C 4144 C 4144 C 4144 C 4144 C 4144 C 4144 C 4145 C 4145 C 4145 C 4145 C 4145 C 4145 C 4145 C 4146 O 4132 C 4133 O 4124 O 4124 O 4124

receptor --------O 224 OE 2240 OG 2251 NZ 263 NZ 388 C 223 O 224 O 224 C 243 CA 240 NZ 263 CE 260 NZ 263 NZ 263 CE 260 NZ 263 CE 260 CD 257 CG 254 CB 251 CA 247 N 245 NZ 263 NZ 263 NZ 263 CG 254 NZ 263 NZ 263 CG 254 CZ 311 CE 309 CZ 311 CE 307 CD 303 CZ 311 CE 309 CE 307 CD 305 CD 303 CG 302 CZ 311 CE 309 CE 307 CD 305 CD 303 CG 302 CB 299 CZ 311 CE 385 NZ 388 OE 2241 CD 2239 CG 2236

residue ------------LEU 20 GLU 149 SER 150 LYS 22 LYS 29 LEU 20 LEU 20 LEU 20 GLY 21 GLY 21 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 LYS 22 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 PHE 25 LYS 29 LYS 29 GLU 149 GLU 149 GLU 149


type -----H-don H-don H-don H-acc H-acc weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

score -----50.3% 51.7% 11.5% 31.3% 24.5% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------1.60 1.73 2.42 2.38 2.57 3.60 3.62 3.36 3.52 3.74 4.41 3.39 4.31 3.60 4.39 3.41 4.37 4.40 3.36 4.24 3.85 3.52 4.45 3.88 3.35 4.06 4.13 3.51 4.02 3.96 4.04 4.37 4.27 4.48 3.78 3.93 3.83 4.12 4.02 4.16 4.42 4.35 4.20 4.08 3.91 3.83 4.20 4.47 3.52 3.77 4.43 3.31 3.32


151

(lanjutan) C C C C C O O O C C C N N N C C N C N O O O C C C C C C C N O O O

4125 4125 4126 4126 4130 4124 4128 4128 4129 4129 4130 4131 4131 4131 4133 4133 4135 4138 4127 4128 4128 4128 4129 4129 4130 4130 4130 4119 4119 4127 4128 4128 4128

OE CD OE CD OE O O C O C O CB O C OG O O O OG OG C CA OG CA OG CB CA CD CG CD CD CG N

2240 2239 2240 2239 2240 2247 2247 2246 2247 2246 2247 2248 2247 2246 2251 2247 2247 2247 2262 2262 2257 2255 2262 2255 2262 2259 2255 2275 2272 2275 2275 2272 2264

GLU GLU GLU GLU GLU SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER SER PRO PRO PRO PRO PRO PRO

149 149 149 149 149 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 150 151 151 151 151 151 151 151 151 151 152 152 152 152 152 152

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

3.45 4.35 3.57 4.42 4.20 4.38 3.46 4.37 3.57 4.47 4.29 4.31 3.50 4.44 4.25 4.46 3.92 3.98 3.72 4.34 4.11 3.74 4.48 4.13 3.70 4.45 4.12 4.27 4.02 4.22 3.46 3.84 3.99


152

Lampiran 25. Data interaksi standar RTP dengan sisi ikatan RNA-cap Interaction Data ---------------Ligand: : Receptor: 2P41: VIRAL PROTEIN,TRANSFERASE Heavy atoms: ligand = 29, receptor = 2027 ligand --------O 4064 N 4085 O 4087 O 4069 O 4070 O 4068 O 4070 O 4068 O 4066 O 4067 O 4064 N 4062 N 4062 N 4062 O 4063 O 4063 O 4064 C 4082 C 4083 C 4084 C 4084 C 4084 N 4085 N 4085 C 4086 C 4086 O 4087 O 4087 O 4066 O 4066 O 4066 O 4069 O 4069 O 4069 O 4070 O 4070 P 4071 P 4071 P 4071 O 4072 O 4072 P 4073 O 4068 O 4068 O 4070 O 4070 P 4071 P 4071 O 4072 O 4076 O 4076 C 4078 O 4068

receptor --------OG 3276 NZ 395 NZ 395 NH 833 NH 836 NZ 885 NZ 885 NZ 2748 NH 3247 N 3229 OG 3276 NZ 395 CE 392 CD 389 CD 389 CG 386 CD 389 CD 389 CD 389 NZ 395 CE 392 CD 389 CE 392 CD 389 NZ 395 CE 392 CE 392 CD 389 NH 836 NH 833 CZ 832 NH 836 CZ 832 NE 830 NH 833 CZ 832 NH 836 NH 833 CZ 832 NH 836 NH 833 NH 833 CE 882 CD 879 CE 882 CD 879 NZ 885 CE 882 NZ 885 OG 2259 CB 2256 OG 2259 CE 2745

residue ------------SER 214 LYS 29 LYS 29 ARG 57 ARG 57 LYS 61 LYS 61 LYS 181 ARG 212 ARG 212 SER 214 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 LYS 29 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 ARG 57 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 LYS 61 SER 150 SER 150 SER 150 LYS 181


type -----H-don H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc H-acc weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

score -----22.3% 46.9% 94.6% 67.4% 94.3% 83.3% 12.5% 46.6% 46.9% 37.4% 22.3% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

distance -------3.01 2.94 2.67 2.37 2.45 2.45 3.11 2.54 2.62 2.64 3.01 4.16 4.49 3.98 3.47 3.51 4.28 3.84 4.18 3.62 4.21 4.43 3.48 3.39 3.48 4.20 3.45 4.46 4.26 3.49 4.09 3.21 3.15 4.42 3.48 3.36 3.41 3.43 3.86 4.33 4.04 4.31 3.57 4.09 3.28 3.84 3.34 4.07 4.21 3.20 3.94 4.01 3.51


153

(lanjutan) O O O O O O P N C N O O O O O O O O O O O O O O O O O P P P C O O O O P O O O P P O O O O O

4067 4067 4067 4070 4070 4072 4073 4060 4061 4062 4063 4063 4063 4063 4063 4063 4066 4066 4066 4066 4067 4067 4067 4067 4067 4067 4067 4073 4073 4073 4083 4064 4067 4067 4072 4073 4074 4074 4074 4075 4075 4076 4076 4076 4068 4072

CB C CA CB CA CB CB NH NH NH NH CZ NE CD CG CB CZ NE CD CG NH CD CG CB O C CA NH CD N NH CB CG CB CG CG CG OG CB CG CB CG OG CB OE OE

3224 3222 3220 3224 3220 3224 3224 3247 3247 3247 3247 3246 3244 3241 3238 3235 3246 3244 3241 3238 3247 3241 3238 3235 3234 3233 3231 3247 3241 3229 3247 3273 3288 3284 3288 3288 3288 3286 3284 3288 3284 3288 3286 3284 3323 3323

SER SER SER SER SER SER SER ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG ARG SER THR THR THR THR THR THR THR THR THR THR THR THR GLU GLU

211 211 211 211 211 211 211 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 212 214 215 215 215 215 215 215 215 215 215 215 215 215 217 217

2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41 2P41

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak weak

0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0% 0.0%

3.20 3.46 3.31 3.61 3.87 4.20 4.30 4.20 3.99 4.37 3.61 4.27 4.44 3.98 3.27 3.37 3.76 4.19 3.77 4.26 4.35 3.55 3.97 3.54 4.12 4.30 3.60 4.00 4.30 4.12 4.13 3.85 3.03 4.37 4.29 3.73 3.20 4.43 3.73 4.23 4.24 4.19 4.25 3.70 3.39 3.94


PERANCANGAN PEPTIDA SIKLIS SEBAGAI INHIBITOR ENZIM NS5 METILTRANSFERASE VIRUS DENGUE SKRIPSI AHMAD ARDILLA ZUBAIDI

Recommend Documents