Laboratorní cvičení č. 7 Kvantitativní PCR (qPCR) pro detekci patogenních organismů v potravinách Teoretický úvod Patogeny způsobují vážné snížení kvality i kvantity produkovaných potravin [1]. Plísně rodů Aspergillus a Penicillium jsou nebezpečné produkcí velkého množství mykotoxinů jako jsou aflatoxiny, patulin, ochratoxin A či citrinin [2]. Tyto patogeny byly detekovány v širokém spektru potravin: ve fících [3], kávě [4], víně [5,6] atd. Jejich identifikace byla prováděna kultivací a následnou identifikací na základě morfologických a fyziologických znaků, ale tento postup je časově náročný a často vedl ke špatné či neúplné identifikaci [7]. PCR (polymerase chain reaction; řetězová reakce DNA polymerasy) je významným nástrojem molekulární biologie, za jehož objev byla v roce 1993 udělena i Nobelova cena za chemii. Jedná se o metodu, při které dochází ke zmnožení specifického úseku nukleové kyseliny (viz cvičení č. 2). V současnosti existuje mnoho variant PCR, jednou z nich je tzv. real-time PCR, kdy se sleduje přírůstek množství DNA v reakční směsi v reálném čase. Toho se může dosáhnout dvěma způsoby. Buď se použije interkalační barvivo typu SYBRgreen nebo tzv. TaqMan sonda, což je oligonukleotid obsahující na jednom konci fluorescenční barvu a na druhém konci zhášeč, který pohlcuje fluorescenci. Při degradaci sondy DNA polymerasou se uvolní fluorescenční barvivo a zvýší se intenzita fluorescence. Zatímco první mechanismus je nespecifický a indikuje jakékoli zvýšení množství DNA (např. při nespecifické vazbě primerů), použití TaqMan sondy je díky použití tří oligonukleotidů specifičtější a při použití fluorescenčních barviv o rozdílných excitačních vlnových délkách umožňuje i sledování exprese více genů zároveň. V daném experimentu bude detekována kontaminace hroznového vína plísněmi. Pro zajištění detekce širokého spektra patogenů byly navrženy primery pro 18S rRNA (viz Tabulka č. 1). Ta je vysoce konzervovaná u všech živých organismů, přesto lze v její sekvenci najít rozdíly u jednotlivých říší, aby bylo možné diskriminovat mezi 18S rRNA révy vinné a plísňových patogenů při zachování detekce širokého spektra plísní.
1
Tabulka č. 1: Sekvence primerů pro detekci plísňových patogenů pomocí real-time PCR
název orientace sekvence fungi01 forward 5'-TTGCGCCGGCGATGGT-3' reverse 5'-TACCCGTTGCCACCATGGTA-3' fungi02 forward 5'-GGGCCGCTGGCTTCTTA-3' reverse 5'-TGTTATTGCCGCGCACTTC-3' fungi03 forward 5'-GCAGGCCTTTGCTCGAATAC-3' reverse 5'-CAAGAATTTCACCTCTGACAGCTG-3' vitis01 forward 5'-TCCTAGTAAGCGCGAGTCATCA-3' reverse 5'-AACACTTCACCGGACCATTCA-3' vitis02 forward 5'-CTTCGGGATCGGAGTAATGATT-3' reverse 5'-CACCTCTGACTATGAAATACGAATGC-3'
Materiál a chemikálie •
Trace Element Solution (0.4 g CuSO4 · 5H2O; 0.04 g Na2B4O7 · 10H2O; 0.8 g FeSO4 · 7H2O; 0.8 g MnSO4 · 2H2O; 0.8 g Na2MoO4 · 2H2O; 8.0 g ZnSO4 · 7H2O v 1 litru)
•
Mineral Mix (26 g KCl; 26 g MgSO4 · 7H2O; 76 g KH2PO4; 50 ml Trace Element Solution v 1 litru)
•
1M NaNO3
•
20% Glukosa
•
Petriho misky s pevným minimálním médiem (20 ml Mineral Mix; 10 ml 1M NaNO3; 50 ml 20% glukosy; 20 g agaru v 1 litru)
•
500 ml Erlenmayerovy baňky s minimálním médiem (4 ml Mineral Mix; 2 ml 1M NaNO3; 10 ml 20% glukosy ve 200 ml)
•
Sterilní skleněné hokejky
•
Extrakční pufr (1M Tris/HCl; pH 8.0; 1.4M NaCl; 20mM EDTA; 3% CTAB)
•
β-merkaptoethanol
•
Mikrozkumavky 1.5 ml a 2 ml
•
Inkubovaná třepačka 30°C, laboratorní chlazená mikrocentrifuga
•
Směs fenol:chloroform:isoamylalkohol 25:24:1; pH 8.0
•
Směs chloroform:isoamylalkohol 24:1
•
Chloroform
•
3M octan sodný
•
Isopropanol; 70% ethanol (-20°C)
•
10% CTAB (cetyl(trimethyl)amonium bromid)
•
Real-time thermocycler StepOnePlus a počítač se softwarem StepOne™ Software v2.0
•
Desky a stripy pro real-time PCR
2
• •
2×SYBRgreen reakční směs: 1mL Immomixu (*); 0,05mL 25μM ROX (5-karboxy-Xrhodamin, succinimidyl ester); 0,032mL SybrGreen I (10.000x ředěný); 0,918mL DNase-free voda Primery pro real-time PCR
(*) Immomix je PCR reakční směs obsahující optimalizovanou koncentraci všech komponent kromě primerů a templátu, včetně DNA polymerasy vhodné pro kvantitativní PCR.
Experimentální postupy Izolace genomické DNA z plísní (provede vedoucí cvičení) 1. DEN a) Přeočkování plísní na pevná média Pracujeme ve flowboxu. Z misky, na které jsou narostlé plísně s vytvořenými sporami odebereme párátkem spory, nejlépe pod mikroskopem, teoreticky stačí jediná spora, čím méně, tím lépe. Takto odebrané spory poté přeneseme na nové misky s tuhým minimálním médiem. Misky kultivujeme při 30°C. 5. DEN b) Naočkování tekutých médií Pracujeme ve flowboxu. Do 500 ml Erlenmeyerových baněk dáme po 4 ml mineral mixu, 2 ml 1M dusičnanu sodného a 10 ml 20% glukosy a doplníme do 200 ml sterilní vodou. Po autoklávování a zchladnutí odebereme cca 5 ml a dáme na misky s dobře narostlými kulturami a vytvořenými sporami. Jemně setřeme spory sterilní skleněnou hokejkou, tak aby došlo k jejich uvolnění, ale nebyly porušeny hyfy. Médium se sporami poté přepipetujeme do Erlenmeyerových baněk, které zaděláme alobalem a dáme kultivovat při 30°C a 150 rpm. 7. DEN c) Odebrání narostlých hyf z média Až jsou plísně dostatečně narostlé, přefiltrujeme je přes jemně porézní textilii (Mira cloth), po odstranění nadbytečné vody je dáme do sterilních mikrozkumavek, přibližně po značku 0.5 ml. Pamatujte, že velkou část hmotnosti mycelií tvoří voda. Odebraná mycelia lze zamrazit na -80°C a dlouhodobě je takto uchovávat. d) Isolace genomické DNA Do každé mikrozkumavky s mycelii plísní přidáme 750 μl extrakčního pufru, pořádně je promícháme a dáme inkubovat při 65°C přibližně na 30 min. Všechna následující práce by měla být udělána v digestoři! • Přidáme 750 μl směsi fenol:chloroform:isoamylalkohol 25:24:1; pH 8.0 (pamatujte na vodní převrstvující vrstvu ve směsi). Důkladně promícháme. • Centrifugujeme 5 min při 10000g • Vodní (horní) fázi přeneseme do nové 2 ml mikrozkumavky ve dvou krocích, abychom minimalizovali kontaminaci. 3
• • • • • • • • •
Přidáme 750 μl chloroformu a důkladně promícháme. Centrifugujeme 5 min při 10000g Vodní (horní) fázi přeneseme opatrně do nové 1.5 ml mikrozkumavky, přidáme 75 μl 3M octanu sodného a mírně promícháme. Opatrně převrstvíme 540 μl isopropanolu. Jemně promícháme. Centrifugujeme 30 min při 10000g; pokud není vidět pelet DNA, lze přidat další octan sodný a/nebo prodloužit centrifugaci. Opatrně odebereme tekutinu, je třeba dávat pozor, aby se neuvolnil pelet, případně nebyl nasán pipetou. Proto je dobré si na velkou špičku nasadit nejmenší špičku. Pelet promyjeme 200 μl 70% ethanolu. Nerozesuspendovávat! Centrifugujeme 3 min při 10000g a odlijeme ethanol. Vzorky krátce zcentrifugujeme a odstraníme pipetou zbytky ethanolu. Pelet necháme vysušit v digestoři (5-10 min; dokud jsou vidět kapičky ethanolu). Rozpustíme pelet DNA v přiměřeném množství vody (10-50 μl).
Izolace genomické DNA z vína a detekce patogenů pomocí real-time PCR e) Isolace genomické DNA z vína Připravíme si několik různých vzorků vína (Vitis vinifera): • •
vybereme plody, které již nesou známky plísně, z těchto odebereme hlavně napadenou pokožku plody, které dosud nenesou známky plesnivosti vysterilizujeme ponořením do roztoku chlornanu sodného na 5 min, poté je opláchneme 3x sterilní vodou
Plody vína rozdrtíme pomocí tloučku a třecí misky v tekutém dusíku. Vzniklý prášek odebereme do 2 ml mikrozkumavky po 0.3 g a chladíme tekutým dusíkem. Takto je lze uchovávat při -80°C. Přidáme 1.5 ml extrakčního pufru a 15 μl β-merkaptoethanolu a inkubujeme cca 90 min při 65°C. Všechna následující práce by měla být udělána v digestoři! • Centrifugujeme 5 min při 6500g při teplotě 4°C. • Supernatant přeneseme do nové 2 ml mikrozkumavky a přidáme jeden objem směsi chloroform:isoamylalkohol 24:1 (pamatujte na vodní převrstvující vrstvu ve směsi). • Centrifugujeme 20 min při 6500g při teplotě 4°C. • Horní vodní fázi přeneseme do nové 2 ml mikrozkumavky. Přidáme desetinu objemu 10% CTAB a jeden objem směsi chloroform:isoamylalkohol 24:1 (pamatujte na vodní převrstvující vrstvu ve směsi). • Centrifugujeme 20 min při 6500g při teplotě 4°C. • Horní vodnou fázi přeneseme do čisté 1.5 ml mikrozkumavky. Přidáme desetinu objemu vychlazeného isopropanolu a dáme na hodinu na -80°C. • Centrifugujeme 30 min při 13000g při 4°C. • Pelet vysušíme v digestoři a poté rozpustíme v malém objemu vody. f) Real-time PCR Naplánujeme si experiment v programu StepOne™ Software v2.0 (předvede vedoucí cvičení). V horním menu vybereme New Experiment/Design Wizard. Zde vyplníme následující: 4
• • •
Experiment Name (nejlépe začátek ve tvaru RRMMDD_) User Name Comments (nejlépe popis experimentu obsahující použitou DNA a primery, příp. jiné detaily experimentu) • typ přístroje: StepOnePlus™ Instrument • typ experimentu: Quantitation • typ kvantifikačního experimentu: Comparative CT (∆∆CT) • chemismus: SYBR® Green Reagents • rychlost experimentu: Standard (~2 hours to complete a run) • typ templátu: gDNA (genomic DNA) • nastavení primerů (targets): nejdříve nastavíme počet zkoušených primerů a poté vypíšeme jejich názvy • nastavení vzorků (samples): nastavíme počet vzorků (různých typů DNA), počet replikátů (stejná DNA a stejné primery) a počet negativních kontrol (čistá voda místo DNA, stačí 1 pro každý pár primerů (nastavit 1), vyšší číslo jsou replikáty negativních kontrol), vyplníme jména jednotlivých vzorků. Je možné nastavit všechny kombinace primerů a vzorků (All Sample/Target Reactions) nebo jen některé kombinace (Specify Sample/Target Reactions) • nastavení vlastního programu: Nastavíme objem reakce na 10 μl! 1. počáteční denaturace 95°C 10 min 2. denaturace 95°C 15 s 3. annealing a elongace 60°C 1 min 4. opakování kroků 2. a 3. 40× 5. závěrečná denaturace 95°C 15 s 6. závěrečný annealing a elongace 60°C 1 min 7. měření denaturační křivky +0.3°C/min Nezapomeňte nastavit sbírání dat (odečítání fluorescence) v bodě 3. a 7.!!! • nyní můžeme upravit rozmístění vzorků na desce (Edit Plate Layout) nebo uložit a spustit analýzu (Start Run for This Experiment) Připravíme si desku pro real-time PCR nebo příslušný počet stripů. Podle naplánování experimentu v programu si napipetujeme do každé jamky 5 μl 2×SYBRgreen reakční směsi, 2.5 μl směsi primerů a 2.5 μl gDNA naředěné na příslušnou koncentraci. Po napipetování přelepíme desku fólií nebo jednotlivé stripy zakryjeme víčky, tak abychom je nezašpinili. Po krátkém centrifugování vložíme desku do přístroje tak, aby jamka 1A (zkosený roh) byla vlevo nahoře. Nyní můžeme zapnout analýzu (nastavení již během nastavení experimentu). Po celou dobu přípravy PCR pracujeme v rukavicích a dbáme na to abychom plast do kterého pipetujeme reakci neznečistili (bude přes něj odečítaná fluorescence).
Vyhodnocení výsledků 1) Porovnejte CT hodnoty jednotlivých vzorků (s odpovídajícími primery). 2) Porovnejte CT hodnoty u vzorků, kde byly použity stejné primery s různou koncentrací totožné DNA. 3) Jak se stanovuje CT hodnota? Kolikrát musí být v jednom vzorku více DNA než ve druhém, aby se CT hodnota lišila o 5? O kolik se bude lišit CT hodnota, pokud bude ve vzorcích stejné množství DNA, ale v jednom případě budou použity primery s procesivitou 1.9 a v druhém případě primery s procesivitou 2.1? Jak může být procesivita primerů vyšší než 2? 5
4) Jak je možné použít genomickou DNA, pokud použijete primery pro 18S rRNA? Proč je to vhodnější? 5) Které geny by šlo použít, mimo 18S rRNA, abyste byli schopni rozlišit DNA vína a plísňových patogenů a přesto s nimi detekovat velké množství patogenů? Literatura [1] Jelinek CF (1987) Joint FAO/WHO/UNEP Int. Conf. Mycotoxins, 2nd, Bangkok, Thailand [2] Richard JL a Thurston JR (1986) Diagnosis of Mycotoxicoses, Martinus Nijhoff, Boston [3] Färber P, Geisen R a Holzapfel WH (1997) Detection of aflatoxinogenic fungi in figs by a PCR reaction, Int. J. Food Microbiol. 36, 215-220 [4] Schmidt H, Banner M, Vogel RF a Niessen L (2004) Detection and quantification of Aspergillus ochraceus in green coffee by PCR, Letters in Applied Microbiol. 38, 464-469 [5] Mulè G, Susca A, Logrieco A, Stea G a Visconti A (2006) Development of a quantitative real-time PCR essay for the detection of Aspergillus carbonarius in grapes, Int. J. Food Microbiol. 111, S28-S34 [6] Stoji A, Mathieu F a Lebrihi A (2007) Targeting a polyketide synthese gene for Aspergillus carbonarius quantification and ochratoxin A assessment in grapes using real-time PCR, Int. J. Food Microbiol. 115, 313-318 [7] Bialek R, Konrad F, Kern J, Aepinus C, Cecenas L, Gonzales GM, Just-Nübling G, Willinger B, Presterl E, Lass-Flörl C a Rickerts V (2005) PCR based identification and discrimination of agent sof mucormycosis and aspergillosis in parafin wax embedded tissue, J. Clin. Pathol. 58, 1180-1184
6
Obrázek č. 1: Srovnání vybraných sekvencí 18S rRNA. Pozadí na pozicích se 100% identitou je vyznačeno černě. Druh a GenBank ID sekvencí: Asp1 – Aspergillus sp. FJ610441; Afu1 – Aspergillus fumigatus FJ560718; Afl2 – Aspergillus flavus AF548060; Aso1 – Aspergillus sojae D63700; Apa1 – Aspergillus parasiticus D63699; Aspergillus tamarii AB106338; Ate1 – Aspergillus terreus AB008409; Ani3 – Aspergillus niger FJ610445; Ani2 – Aspergillus niger AF548064; Ani1 – Aspergillus niger FJ262990; Aoch1 – Aspergillus ochraceus AF548065; Ffl1 – Fennellia flavipes AB008400; Eru1 - Eurotium rubrik U00970; Bni1 – Byssochlamys nivea M83256; Acl1 – Aspergillus clavatus AB002070; Aca1 – Aspergillus candidus EU883597; Pde1 – Penicillium decumbens FJ458446; Afl1 – Aspergillus flavus X78537; Psp1 – Penicillium sp. DQ810191; Vsp1 – Vitis sp. AF321260; Vbexri1 – kultivar Vitis berlandieri x Vitis riparia AF321265; Vbexru1 – kultivar Vitis berlandieri x Vitis rupestris AF321269; Vbexru2 – kultivar Vitis berlandieri x Vitis rupestris AF321256; Vsp2 – Vitis sp. AF207053. F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1 -----------------------------------------------------------------------------TACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 23 --------------------------------------AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAC-TTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 61 --------------------------------------AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAC-TTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 61 --------------CCCGTGTAGTCAAATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAC-TTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 85 --------------------------------------AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAC-TTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 61 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1 -----------------------------------------------------------------------------TACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 23 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1 -----------------------------------------------------------------------------TACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 23 --------------------------------------AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAC-TTTATACCGTGAAACTGCGAATGGCTC 61 -------------------------------------------------CATGCATGTCTAAGTATAAGCAC-TTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 50 --------------------------------------------------ATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TCTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTC 49 -------------------GTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TTTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTC 80 ---------GATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTTTAAGCGA-TT-AAACGGTGAAACTGCGAATGGCTC 89 -------------------GTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAC-TTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 80 -----------------------------------------------------------TAAGTATAAGCAC-TTTATACTGTGAAACTG-GAATGGCTC 39 ---------------------GGGGAAGGGCTAGTCTCAA-GATTACGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAC-TTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 77 1 -----------------------------------------------------------------------------GACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 23 -----------------------------------------------------------------------------GACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 23 -----------------------------------------------------------------------------GACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 23 -----------------------------------------------------------------------------GACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 23 -----------------------TCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTATGAACTAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTC 77
1 1 24 62 62 86 62 1 24 1 24 62 51 50 81 90 81 40 78 1 24 24 24 24 78
110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| ---------------------------------------------------------------------------------------------GAAGGGG 7 ----------------------------------------------------------------------------------------ATT-GGAAGGGG 11 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 122 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 160 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 160 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 184 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTC-GGAAGGGG 160 --------------------------------------------------------------------------------------------GGAAGGGG 8 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 122 --------------------------------------------------------------------------------------------GGAAGGGG 8 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCCCAACTTC-GGAAGGGG 122 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTC-GGAAGGGG 160 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 149 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTGCTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 148 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 179 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAACCCCAACTTC-GGAAGGGG 188 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTCAGGAAGGGG 180 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGG 138 ATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACATGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTC-GGAAGGGG 176 1 ATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATCT-GCTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTCTGGAAGGGA 122 ATTAAATGAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATTTT-CTGCTTGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAACAAACCTCGACTTCTAGAAGGGA 122 ATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATCT-GCTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTCTGGAAGGGA 122 ATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATCT-GCTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTCTGGAAGGGA 122 ATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTATCT-GCTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTCTGGAAGGGA 176
7
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
8 12 123 161 161 185 161 9 123 9 123 161 150 149 180 189 181 139 177 1 123 123 123 123 177
210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 102 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 106 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 217 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 255 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 255 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 279 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 255 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTTTCGGGGCTCC-TTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 104 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 217 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTTTCGGGGCTCC-TTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 104 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTC-CGGGGCTCC-TTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 217 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CCT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 255 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGAATCATAATAACTAAGCGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 244 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 243 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 274 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 283 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 275 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 233 TGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCC--CTT-CGGGGCTCC-TTGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCA 271 1 TGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGTGCTTTGCCCGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCACGGCCATCGTGCCGGCGACGCATCA 222 TGCATTTATTAGATAAAATGTCAACGCGGGCTT-TGCGGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTCAACGGATCGCACGGCCATCGTGCAGGCGATGTATCA 221 TGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTT-TGCCGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCACGGCCATCGTGCCGGCGACGCATCA 221 TGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTTTGCCCGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCACGGCCATCGTGCCGGCGACGCATCA 222 TGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTTTGCCCGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCACGGCCATCGTGCCGGCGACGCATCA 276
103 107 218 256 256 280 256 105 218 105 218 256 245 244 275 284 276 234 272 1 223 222 222 223 277
310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 202 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 206 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 317 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 355 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 355 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 379 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 355 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 204 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 317 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 204 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 317 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 355 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 344 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 343 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 374 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 383 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 375 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 333 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 371 1 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACTATGGTATTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 322 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACTATGGTATTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 321 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACTATGGTATTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 321 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACTATGGTATTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 322 TTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACTATGGTATTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCT 376
203 207 318 356 356 380 356 205 318 205 318 356 345 344 375 384 376 334 372 1 323 322 322 323 377
410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 302 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 306 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 417 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 455 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 455 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 479 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTC 455 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 304 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 417 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 304 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 417 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 455 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 444 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTT 443 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 474 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTC 483 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 475 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTT 433 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTC 471 1 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTT- 421 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTT- 420 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTT- 420 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTT- 421 GAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTT- 475
8
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
303 307 418 456 456 480 456 305 418 305 418 456 445 444 475 484 476 434 472 1 422 421 421 422 476
510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 402 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 406 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 517 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 555 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 555 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 579 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 555 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 404 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 517 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 404 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 517 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 555 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 544 GGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 543 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 574 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAACCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 583 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGAACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 575 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAAGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 533 GGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 571 1 GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 521 GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 520 GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 520 GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 521 GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG 575
403 407 518 556 556 580 556 405 518 405 518 556 545 544 575 584 576 534 572 1 522 521 521 522 576
610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 502 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 506 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 617 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 655 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 655 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 679 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 655 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 504 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 617 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 504 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGACCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 617 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 655 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 644 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 643 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 674 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGTCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 683 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTG-TCCGGCTGGACCTTTCC 674 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 633 CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGTCCGGCTGGACCTTTCC 671 1 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGTCGACCGGTCCGCCTCGCGGTGTGCACCTGTC-GCCTCGTCCCT-TC 619 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGTCGACCGGTCCGCCTCGCGGTGTGCACCTGTC-GCCTCGTCCCT-TC 618 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGTCGACCGGTCCGCCTCGCGGTGTGCACCTGTC-GCCTCGTCCCT-TC 618 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGTCGACCGGTCCGCCTCGCGGTGTGCACCTGTC-GCCTCGTCCCT-TC 619 CGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCTTGGGATGGGTCGACCGGTCCGCCTCGCGGTGTGCACCTGTC-GCCTCGTCCCT-TC 673
503 507 618 656 656 680 656 505 618 505 618 656 645 644 675 684 675 634 672 1 620 619 619 620 674
710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 598 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 602 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 713 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 751 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 751 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 775 TTCTGGGGAATC--CCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 751 TTCTGGGGAATC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 600 TTCTGGGGAATC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 713 TTCTGGGGAATC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 600 TTCTGGGGAACC--CCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 713 TTCTGGGGAATC--CCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 751 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 740 TTCTGGGGAACC--CCATGGCCTTCACTGGCCGTGGCGGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 740 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 770 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 779 TTCTGGGGAACC--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 770 TTCTGGGGAA-C--TCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTAGAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 728 TTCTGGGGAATC--CCATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATA 767 1 TACCGGCGATGCGCTCCTGGCCTTAACCGGCCGGGTCGTGCCTCCGGTGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATA 719 TACCGGCGATGCGCTCCTGGCCTTAACTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGTGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATA 718 TACCGGCGATGCGCTCCTGGCCTTAACTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGTGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATA 718 TACCGGCGATGCGCTCCTGGCCTTAACTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGTGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATA 719 TACCGGCGATGCGCTCCTGGCCTTAACTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGTGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATA 773
9
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
599 603 714 752 752 776 752 601 714 601 714 752 741 741 771 780 771 729 768 1 720 719 719 720 774
810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 698 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 702 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 813 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 851 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 851 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 875 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 851 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 700 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 813 CATTAACATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAATATTCA 700 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 813 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 851 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 840 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 840 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGATCTAATTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 870 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 879 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 870 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 828 CATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCA 867 1 CATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTC 818 CATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTC 817 CATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGG-CTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTC 816 CATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGG-CTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTC 817 CATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTC 872
699 703 814 852 852 876 852 701 814 701 814 852 841 841 871 880 871 829 868 1 819 818 817 818 873
910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 798 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 802 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 913 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 951 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 951 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 975 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 951 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 800 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 913 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 800 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 913 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 951 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 940 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 940 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 970 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 979 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 970 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 928 GCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATC 967 1 ATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAG-AACGAAAGTTGGGGGCTC 917 ATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGCTTTCATTAATCAAG-AACGAAAGTTGGGGGCTC 916 ATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAG-AACGAAAGTTGGGGGCTC 915 ATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAG-AACGAAAGTTGGGGGCTC 916 ATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAG-AACGAAAGTTGGGGGCTC 971
799 803 914 952 952 976 952 801 914 801 914 952 941 941 971 980 971 929 968 1 918 917 916 917 972
1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 898 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 902 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1013 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1051 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1051 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1075 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1051 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAA-CTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTTCTATTATGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATC 899 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTTCTATTATGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATC 1013 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTTCTATTATGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATC 900 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATTATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1013 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1051 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATAATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1040 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTG-TTCTATGATGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATC 1039 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1070 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTTCTATTATGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATC 1079 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGG-GATTCTATGATGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATC 1069 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1028 GAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGATGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATC 1067 1 GAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATC 1017 GAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATC 1016 GAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATC 1015 GAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATC 1016 GAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTTTAGGACTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATC 1071
10
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
899 903 1014 1052 1052 1076 1052 900 1014 901 1014 1052 1041 1040 1071 1080 1070 1029 1068 1 1018 1017 1016 1017 1072
1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 997 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1001 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1112 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1150 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1150 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1174 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1150 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 998 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1112 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 999 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1112 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1150 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1139 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1138 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1169 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1178 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1168 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1128 AAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1166 1 AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTA---------------------------------------------------- 1064 AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTA---------------------------------------------------- 1063 AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTA---------------------------------------------------- 1062 AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTA---------------------------------------------------- 1063 AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCG-CAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGA 1170
998 1002 1113 1151 1151 1175 1151 999 1113 1000 1113 1151 1140 1139 1170 1179 1169 1129 1167 1 1064 1063 1062 1063 1171
1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1097 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1101 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1212 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1250 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1250 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1274 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1250 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1098 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1212 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1099 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1212 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1250 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1239 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1238 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1269 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1278 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1268 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1228 CTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1266 1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1064 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1062 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 CTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGT 1270
1098 1102 1213 1251 1251 1275 1251 1099 1213 1100 1213 1251 1240 1239 1270 1279 1269 1229 1267 1 1064 1063 1062 1063 1271
1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCGTTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1194 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1198 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCGTTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1309 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCGTTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1347 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCGTTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1347 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCGTTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1371 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1347 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1195 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1309 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1196 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTCGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1309 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1347 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGG-CCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1335 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCGTTTGCGG-CCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1334 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGAAAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1366 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1375 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1365 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCGTTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1325 TGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTCGGCCC-TTAAATAGCCCGGTCC--GCATTTGCGGGCCGCTGGCTTCTTAGGGGG 1363 1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1064 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1062 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 TGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTATGTGAAGGTGAGCCTCCGCAGCCAGCTTCTTAGAGGG 1370
11
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
1195 1199 1310 1348 1348 1372 1348 1196 1310 1197 1310 1348 1336 1335 1367 1376 1366 1326 1364 1 1064 1063 1062 1063 1371
1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAACG 1292 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1296 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1407 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1445 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1445 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1469 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1445 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1293 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1407 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1294 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1407 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGTCAGCG 1445 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1433 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1432 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1464 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1473 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1463 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1423 ACTATCG--GCTCAAGCCGATGGAAGTGCGCGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGGGCCAGCG 1461 1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1064 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1062 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ACTATGGCCGCTTAGGCCAA-GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACG 1469
1293 1297 1408 1446 1446 1470 1446 1294 1408 1295 1408 1446 1434 1433 1465 1474 1464 1424 1462 1 1064 1063 1062 1063 1470
1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| AGTTCTTTCCCTTGGCC-GGAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1391 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1395 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1506 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1544 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1544 AGTACATCACCTTGACC-GAGAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1568 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1544 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1392 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1506 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1393 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1506 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1544 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1532 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1531 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1563 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1572 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1562 AGTACATCACCTTGGCCCGAGAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1523 AGTACATCACCTTGGCC-GAGAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTA 1560 1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1064 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1062 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 AGTCTATAGCCTTGGCC-GACAGGCCCGGGTAATCTT-TGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTA 1567
1392 1396 1507 1545 1545 1569 1545 1393 1507 1394 1507 1545 1533 1532 1564 1573 1563 1524 1561 1 1064 1063 1062 1063 1568
1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| GTAAGCGCGTGTCATCAGCACGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACT 1491 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1495 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1606 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1644 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1644 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1668 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1644 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1492 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1606 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1493 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1606 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTCCGGACT 1644 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1632 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACT 1631 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1663 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTCCGGACT 1672 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACT 1662 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1623 GTAGGCACGAGTCATCAGCTCGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCGGTGAGGCCTTCGGACT 1660 1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1064 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1062 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 GTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTCCGGTGAAGTGTTCGGATC 1667
12
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
F|Asp1 F|Afu1 F|Afl2 F|Aso1 F|Apa1 F|Ata1 F|Ate1 F|Ani3 F|Ani2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Ffl1 F|Eru1 F|Bni1 F|Acl1 F|Aca1 F|Pde1 F|Afl1 F|Psp1 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2
1492 1496 1607 1645 1645 1669 1645 1493 1607 1494 1607 1645 1633 1632 1664 1673 1663 1624 1661 1 1064 1063 1062 1063 1668
1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| G-GCTCGAGGAGGTTGGCAACGACCACCTCAAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACTTGGTCATTTAGAGG-------------------------------- 1556 G-GCTCAGGGGAGTTGGCAACGACTCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACTTGGTCATTTAGAGGAAT----------------------------- 1563 G-GCCCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGGGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGT----------- 1692 G-GCCCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGGGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTC-------- 1733 G-GCCCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGGGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTC-------- 1733 G-GCCCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGGGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTA 1765 G-GCTCCAGGGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTC-------- 1733 G-GCTCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACTTGGTCATTTAGAGGA------------------------------- 1558 G-GCTCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGT----------- 1692 G-GCTCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACTTGGTCATTTAGAGGAA------------------------------ 1560 G-GCTCAGGGGAGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGT----------- 1692 G-GCTCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GCTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTC-------- 1733 G-GCTCCAGGGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTG 1729 G-GCTCAGGGGGGTTGGCAACGACCGCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTG 1728 G-GCTCAGGGGAGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTG 1760 G-GCTCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GCTGGTCAA-ACCCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTG 1769 G-GCTCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGAAA-GTTGGTCAA-ACTCGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTG 1759 G-GCCCAGGAGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGGCGGAAA-GTTGGTCA--AACCCG------------------------------------------- 1676 G-GCTCCAGGGGGTTGGCAACGACCCCCCAGAGCCGGTAACAATCCTCGGTACCCCGCTTTC-------------------------------------- 1721 1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1064 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1062 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 GCGGCGACGTGGGCGGTCCGCCGCCCGCGACGTCGCGAGAAGTCCACTGA-ACCTTATCATTTAGAGGAAGG---------------------------- 1738
1556 1563 1692 1733 1733 1766 1733 1558 1692 1560 1692 1733 1730 1729 1761 1770 1760 1676 1721 1 1064 1063 1062 1063 1738
1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 ....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....| ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1556 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1563 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1692 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1733 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1733 CCCCTTGCGGGA---------------------------------------------------------------------------------------- 1777 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1733 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1558 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1692 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1560 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1692 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1733 AACCTGCGG------------------------------------------------------------------------------------------- 1738 AA-------------------------------------------------------------------------------------------------- 1730 AACCTGCGAAGGATCA------------------------------------------------------------------------------------ 1776 AACCTGCGGAAGGATCATTACCGAGTGAGGGTTTCTCTGAAGCCCAACCTCCCACCCGTGTATACCGTACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCCGCCTCACGGC 1869 AACCTGCGGA------------------------------------------------------------------------------------------ 1769 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1676 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1721 1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1064 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1062 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1063 ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 1738
13
Obrázek č. 2: Ukázka komplementarity primerů fungi03 a vitis02 k vybraným 18S rRNA sekvencím (detaily viz Obrázek č. 1). F|Asp1 F|Afl2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Psp1 fungi_03 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2 vitis_02
F|Asp1 F|Afl2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Psp1 fungi_03 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2 vitis_02
699 741 701 741 741 150 150 747 746 746 747 747 150
798 840 800 840 840 169 150 846 845 844 845 846 152
750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 |....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|.... TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAACATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT ------------------------------GCAGGCCTTT-GCTCGAATAC-------------------------------------------------
TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCT TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCT TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGG-CT TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGG-CT TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCT --------------------------------------------------------------------------------------------------CT
850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 |....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|.... CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAATATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA ------------------------------------------------CAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTG----------------------------
TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATT-----------------GCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTG-------------------------------------
946 988 948 988 988 318 298 994 993 992 993 994 300
1046 1088 1048 1088 1088 342 298 1094 1093 1092 1093 1094 346
14
F|Asp1 F|Afl2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Psp1 18S_fungi_03 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2 18S_vitis_02
F|Asp1 F|Afl2 F|Ani1 F|Aoch1 F|Psp1 18S_fungi_03 V|Vsp1 V|Vbexri1 V|Vbexru1 V|Vbexru2 V|Vsp2 18S_vitis_02
699 741 701 741 741 150 150 747 746 746 747 747 150
798 840 800 840 840 169 150 846 845 844 845 846 152
750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 |....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|.... TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAACATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTT ------------------------------GCAGGCCTTT-GCTCGAATAC-------------------------------------------------
TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCT TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCT TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGG-CT TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGG-CT TGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGAT-TTCGGTCCTATTCTGTTGGCCT --------------------------------------------------------------------------------------------------CT
850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 |....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|.... CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAATATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA CTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAA ------------------------------------------------CAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTG----------------------------
TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAA TCGGGATCGGAGTAATGATT-----------------GCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTG-------------------------------------
946 988 948 988 988 318 298 994 993 992 993 994 300
1046 1088 1048 1088 1088 342 298 1094 1093 1092 1093 1094 346
15
