LAPORAN P E N E L I T I A N Penelitian Pembinaan dan Pengembangan Kelompok Bidang Kajian (PPKBK)
Karakterisasi Gen Ketosintase sebagai Penanda Biosintesis Antibiotik dari Bakteri Endofit Vetiveria zizanioides L .
DR. A N Y F I T R I A N I , M.Si A N Y A R Y A N I , S.Si, M.Si.
Dibiayai Oleh Dana Bantuan Operasional Perguruan Tinggi Negeri ( B O P T N ) Tahun Anggaran 2013 dengan S K Rektor Nomor : 2607/UN40/PL/2013, Tanggal 03 Mei 2013
JURUSAN PENDIDIKAN B I O L O G I F A K U L T A S PENDIDIKAN M A T E M A T I K A DAN IPA UNIVERSITAS PENDIDIKAN
INDONESIA
J l Dr. Setiabudhi 229 Bandung 40154 N O V E M B E R , 2013
Lembar Pengesahan Laporan Penelitian Penelitian Pembinaan dan Pengembangan Kelompok Bidang Keilmuan : Karakterisasi Gen Ketosintase sebagai Penanda Biosintesis Antibiotik dari Bakteri Endofit Vetiveria zizanioides L . : Dr. Any Fitriani, M . S i . Nama Ketua Penelitian :196502021991032001 NIP : Pembina/IVa/Lektor Kepala Pangkat/Gol/Jabatan Program Studi : Biologi Jurusan/Fakultas : Pendidikan Biologi/FPMIPA Alamat Rumah : Nata Endah C-44 Kopo Bandung Telepon/HP/Faksimili/e-mail :22-5416205/08122380657/22-5416205/ anyfitidani(a)upi.edu;anvfitrianira)yahoo.com Nama Anggota Peneliti Judul Penelitian
No 1
Nama dan Gelar A n y Aryani, S.Si.M.Si.
Jangka Waktu Penelitian Total Biaya yang dibutuhkan
Bidang Keilmuan Genetika Molekuler
Instansi Jur/Fak/Asal PT Pend Bio/PMIPA/UPI
lObulan Rp.52,000,000 (lima puluh dua juta rupiah)
Mengetahui,
Bandung, 15 November 2013
PMIPA UPI
Ketua Peneliti,
Kadarohman, M . S i . 1^Ip-T95f55091987031002
Menyetujui,
Dr. A n y Fitriani, M . S i . NIP 196502021991032001
Karakterisasi Gen Ketosintase sebagai Penanda Biosintesis Antibiotik dari Bakteri Endofit Vetiveria zizanioides L . Any Fitriani*', A n y Aryani Program Studi Biologi, FPMIPA, Universitas Pendidikan Indonesia Jl. Dr. Setiabudhi 229 Banding 40154 *)
[email protected]
ABSTRAK
Beragam bakteri endofit hidup di dalam jaringan tumbuhan, diantaranya di dalam jaringan akar. Bakteri endofit berkembang biak di dalam jaringan tanpa mengganggu dan merusak jaringan itu sendiri bahkan banyak yang bermanfaat sebagai penghasil hormon yang membantu pertumbuhan inangnya, selain itu penghasil senyawa antibakteri. Kemampuan antibakteri menunjukkan potensi antibiotik. Biosintesis antibiotic melibatkan gen ketosintase sebagai penyandi enzim ketosintase yang berperan dalam kondensasi ikatan poliketida dalam sintesis antibiotik. Vetiveria zizanioides adalah salah satu tumbuhan obat yang banyak dimanfaatkan sebagai antibakteri karena mengandung senyawa golongan terpenoid dan flavonoid. Tujuan penelitian adalah mengisolasi gen ketosintase dengan primer D K dan H G L , mengkarakterisasi gen ketosintase untuk mendapatkan pohon filogenetika sehingga diperoleh informasi kekerabatannya. D N A dari tujuh belas isolat bakteri endofit akar V. zizanioides akan diisolasi dan gen ketosintase diamplifikasi dengan primer D K dan H G L . Diperoleh lima isolat yang positif dengan primer D K atau H G L . Melalui studi filogenetik, bakteri H , M , dan O merupakan kelompok bakteri yang kekerabatannya dekat dengan kelompok bakteri yang memiliki gen ketosynthase tipe I , sedangkan bakteri A dan K termasuk ke dalam kelompok bakteri yang dapat menghasilkan ketosynthase tipe I I . Adanya pemishan pada cabang pohon kekerabatan bakteri tersebut menunjukkan bahwa adanya evolusi gen ketosynthase pada bakteri-bakteri itu sendiri.
Kata kunci : gen ketosintase, antibiotik, bakteri endofit, Vetiveria
zizanioides
Characterization o f ketosynthase gene as antibiotic biosynthesis marker from endophytic bacteria Vetiveria zizanioides L .
Any Fitriani**, Any Aryani Program Study Biologi, FPMIPA, Universitas Pendidikan Indonesia Jl. Dr. Setiabudhi 229 Banding 40154 *) anvfitriani(q)yahoo.com ABSTRACT Endophytic bacteria live and proliferated in tissue o f organism, such as in the root plant without damaging its tissue. They synthesized growth hormones or antibacterial agent. Antibacterial capability showed as antibiotic. Vetiveria zizanioides is medicinal plant that use as antibacterial because has secondary metabolites as terpenoid and flavonoid. The aim o f the research is to isolate ketosynthase gene employing D K and H G L primer and to characterize the gene to form phyllogenetic. D N A from seventeen isolates were isolated and the D N A was amplified. Five isolates positively have ketosynthase gene. Based on phyllogenetic study, bacteri H , M , and O include to ketosynthase type I , whereas bacteri A and K include to ketosynthase type I I . Phyllogenetic showed separation o f groups dependent to evolution process o f ketosynthase gene i n bacteria.
Keywords : ketosynthase gene, antibiotics, endophyte bacteria, Vetiveria
zizanioides
KATA PENGANTAR Puji syukur kehadirat Allah yang maha kuasa yang telah memberi kesempatan untuk menyelesaikan penelitian i n i . Penelitian ini merupakan penelitian lanjutan dari penelitian sebelumnya dengan roadmap yang sudah jelas. Penelitian ini didanai BOPTN D I K T I tahun 2013. Pada kesempatan i n i , kami haturkan terima kasih kepada beberapa pihak yang telah membantu : 1. Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia yang telah memberikan dana penelitian 2. Rektor Universitas Pendidikan Indonesia yang telah memberikan kesempatan untuk melakukan penelitian 3. Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian Pada Masyarakat Universitas Pendidikan Indonesia yang telah membantu penyelenggaraan penelitian 4. Dekan Faktultas Pendidikan Matematika dan I l m u Pengetahuan A l a m yang telah membantu fasilitas dalam pelaksanaan penelitian Semoga penelitian ini bermanfaat bagi mahasiswa bimbingan khususnya dan peneliti umumnya.
Bandung, 15 November 2013
Ketua Peneliti
D A F T A R ISI
ABSTRAK
J
«
ABSTRACT
i "
K A T A PENGANTAR
iv
DAFTAR TABEL
v
DAFTAR GAMBAR
vi
PENDAHULUAN
1
TINJAUAN PUSTAKA
2
METODE PENELITIAN
8
HASIL PENELITIAN
9
KESIMPULAN
14
DAFTAR PUSTAKA
15
DAFTAR T A B E L TABEL 4.1
•
I
JUDUL Hasil Spektrofotometer D N A Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides
HAL 10
DAFTAR GAMBAR
GAMBAR
JUDUL
HAL
2.1
Contoh Sintesis Poliketida aromatik, Dimana Ketosynthase (KS)
5
2.2
Roadmap Penelitian (Fitriani, 2010-2015)
7
3.1
Diagram fishbone
9
4.1
Hasil Elektroforesis Amplikon Gen ketosynthase Primer Degenerate Oligonucleotide Isolat Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides L. ... 12
4.2
Hasil Elektroforesis Amplikon Gen ketosynthase Primer Heterocyst Glycolipid Isolat Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides L
4.3
4.4
dari penelitian yang akan dilakukan
Pohon Filogenetik ketosynthase Tipe I pada Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides Menggunakan Primer Degenerate Oligonucleotide Pohon Filogenetik Diversitas ketosynthase pada Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides Menggunakan Primer Heterocyst Glycolipid ...
13
15
16
I.
PENDAHULUAN
1. L a t a r Belakang Masalah Tumbuhan genus Vetiveria merupakan salah satu tanaman penghasil minyak atsiri (Champagnant et al. 2008). Menurut Leupin (2001), minyak atsiri yang dihasilkan oleh Vetiveria zizanioides
memiliki banyak variasi metabolit sekunder diantaranya
a-vetivone
dan P-vetivone yang dominan memberi aroma khas dari akar wangi, selain itu ada juga vetiverol, vetivenols, dan khusimol. Penelitian pada V. zizanioides bahwa senyawa yang terkandung dalam akar V. zizanioides
di India menunjukkan
memiliki sifat biologis yang
dapat diaplikasikan sebagai antijamur, antioksidan, dan antibakteri. Minyak atsiri V zizanioides
bersifat aktif sebagai insektisida nyamuk dan serangga lainnya seperti rayap,
kecoa, dan semut merah (Rahmawati 2010). Menurut Long (2003), aktivitas bakteri patogen dapat dihambat oleh bakteri yang hidup di dalam jaringan tumbuhan yang umum dikenal dengan sebutan bakteri endofit. Beberapa tahun terakhir ini penggalian sumber daya mikroba yang terdapat di dalam jaringan tanaman mulai banyak mendapat perhatian. Mikroba tersebut mulai dipelajari untuk berbagai tujuan. Dari sekitar 300.000 jenis tanaman yang tersebar di muka bumi ini, masing-masing tanaman mengandung satu atau iebih mikroba endofit. Bakteri endofit merupakan mikroorganisme yang selama siklus hidupnya berada dalam jaringan tanaman dan dapat membentuk koloni tanpa menimbulkan kerusakan pada tanaman tersebut. Bakteri endofit biasanya terdapat dalam suatu sistem jaringan seperti daun, ranting, dan akar tumbuhan (Strobel & Daisy 2003). Mikroba endofit memiliki simbiosis mutualisme dengan tumbuhan inangnya. Pada situasi ini mikroba endofit memperoleh nutrisi dari tanaman (Rosenblueth & Romero 2006). Tanaman mendapatkan manfaat dengan kehadiran mikroba endofit seperti memacu pertumbuhan
tanaman dan
meningkatkan
resistensi tanaman dari berbagai
macam
patogen. M i k r o b a i n i dapat menginfeksi tumbuhan sehat pada jaringan tertentu dan mampu menghasilkan senyawa-senyawa seperti mikotoksin, enzim, antibiotik, dan senyawa yang bermanfaat bagi pertumbuhan dan perkembangan tanaman (Strobel & Daisy 2003). Selama beberapa tahun
terkini, Ketosynthase
diketahui
sebagai salah satu
superfamily dari enzim kompleks biosintetik yang berasosiasi dengan prokariotik, fungi dan tumbuhan. Salah satu jenis Polyketide synthase tipe I ini telah banyak diketahui dapat memproduksi berbagai produk seperti antibiotik maupun produk lainnya yang diperlukan untuk keperluan medis dan industri dalam skala yang besar. Dikarenakan enzim ini sangat
berpotensi untuk penemuan obat-obatan beserta antibiotik masa depan, maka penting sekali
diperlukan
kajian
dan
penelitian
secara terus
ketersediaan dan diversitas dari enzim ketosynthase
menerus
untuk
mengetahui
tersebut di lingkungan (Moffit dan
Neilan, 2003). Berdasarkan sejumlah penelitian yang pernah dilakukan, diketahui bahwa superfamily
enzim Ketosynthase
ini ditemukan pada beberapa jenis
umumnya pada bakteri Streptomyces.
bakteri, yaitu
Selain itu, enzim i n i pun dapat di sintesis oleh
sejumlah bakteri endofit, khususnya bakteri endofit pada jaringan tumbuhan. Berkaitan dengan hal di atas, telah dilakukan isolasi dan karakterisasi isolat-isolat endofit akar V. zizanioides.
Karakterisasi yang dilakukan adalah pengamatan morfologi
koloni, fisiologi dan biokimia serta identifikasi isolat potensi penghasil antibiotik dan metabolit lainnya. Kesepuluh isolat memiliki karakteristik yang berbeda, dan hasil penapisan menunjukkan ada 4 isolat yang mampu menghambat pertumbuhan
koloni
Streptococcus
pyogenes,
koloni
Staphylococcus
aureus, dan 4 isolat mampu menghambat koloni Pseudomonas
4
isolat
mampu
menghambat
pertumbuhan
aeruginosa
(Fitriani et al. Reviewed). Berdasarkan penghasil
latar belakang tentang potensi kesepuluh bakteri endofit sebagai
antibiotik, maka perlu dilakukan penelitian yang mengarah pada deteksi
biosintesis metabolit sekunder melalui gen ketosintase. Hal ini sangat penting dilakukan untuk mempelajari keberadaan secara pasti metabolit sekunder yang dihasilkan, yang berperan sebagai antibiotik. 2.
Rumusan dan Tujuan Penelitian Rumusan
dari penelitian ini adalah Bagaimana
karakterisasi
gen ketosintase
sebagai penanda biosintesis antibiotik dari bakteri endofit Vetiveria zizanioides
L. Tujuan
dari penelitian ini adalah (1) mengisolasi gen ketosintase dari isolat-isolat yang potensi penghasil antibiotik ekstraseluler (10 isolat); (2) menyusun
filogenetik
antar isolat; (3)
karakterisasi gen ketosintase. 3.
Urgensi dan L u a r a n Penelitian Penelitian ini sebagai pilot untuk penelitian serupa terutama dalam hal eksplorasi
bakteri penghasil antibiotik. Hasil karakterisasi gen ketosintase akan menjadi bahan untuk perancangan primer gen ketosintase yang khas untuk bakteri endofit. Hasil diaplikasikan Lembaga
yang
diperoleh
berupa
pada instansi-instansi
Penelitian
atau
Perguruan
Pengabdian Pada Masyarakat.
primer
deteksi
terkait seperti Tinggi.
penghasil
antibiotik
perusahaan obat,
Kegiatan
tersebut
Rumah
berkaitan
dapat Sakit, dengan
Hasil penelitian ini juga sangat berpotensi diajukan pada Hak Kekayaan Intelektual ( H K I ) , seperti primer deteksi ketosintase untuk bakteri.
II T I N J A U A N P U S T A K A Mikroorganisme endofit didefinisikan sebagai mikroorganisme
yang selama
siklus hidupnya berada dalam jaringan tumbuhan dan dapat membentuk koloni tanpa menimbulkan kerusakan pada tumbuhan tersebut (Strobel & Daisy, 2003). Mikroba endofit yang umum ditemukan adalah berupa bakteri dan fungi, namun fungi lebih sering diisolasikan. Bakteri endofit dapat didefinisikan sebagai bakteri yang hidup pada jaringan internal tumbuhan
yang tidak menimbulkan
efek
negatif pada tumbuhan
tersebut
(Rosenblueth & Martinez-Romero, 2006). Tumbuhan
tingkat tinggi dapat mengandung beberapa bakteri endofit yang
mampu menghasilkan
senyawa biologi atau metabolit sekunder yang diduga sebagai
akibat koevolusi atau transfer genetik (genetic recombination)
dari tumbuhan inangnya ke
dalam bakteri endofit sepanjang waktu evolusinya (Tan & Zhou, 2001). Banyak penelitian yang mempelajari tentang kemampuan mikroba endofit berada di dalam tumbuhan dan hubungannya dengan inang. Endofit di dalam tumbuhan berada di ruang antar sel. Endofit awalnya ada di luar tubuh tumbuhan yang kemudian masuk j i k a terjadi luka pada tumbuhan. Jika sudah berada dalam tumbuhan. endofit akan menetap. Endofit berkembang biak di dalam tumbuhan tanpa menyebabkan penyakit bagi tumbuhan inangnya (Strobel & Daisy, 2003). Potensi-potensi yang d i m i l i k i mikroba endofit telah dikaji untuk berbagai tujuan, salah satunya adalah untuk memproduksi
senyawa b i o a k t i f sebagai agen
proteksi tumbuhan yang biasanya terdapat dalam suatu sistem jaringan seperti daun, batang, atau akar tumbuhan (Strobel & Daisy, 2003). Bakteri endofit dapat bermanfaat bagi inangnya dengan memproduksi sejumlah produk
alami
yang
dapat dimanfaatkan
untuk
kepentingan-kepentingan
di
bidang
pengobatan. pertanian, atau industri. Selain itu, bakteri endofit juga menunjukkan bahwa mikroorganisme tersebut memiliki potensi untuk menghilangkan
kontaminan-kontaminan
pada tanah dengan mempertinggi fitoremediasi dan ikut serta dalam proses fertilitas tanah seperti fiksasi nitrogen (Ryan et al., 2007). Mekanisme peningkatan pertumbuhan tanaman oleh bakteri endofit dapat terjadi melalui beberapa cara diantaranya melarutkan senyawa fosfat, fiksasi nitrogen, merangsang pertumbuhan akar lateral, dan menghasilkan hormon pertumbuhan (Rosenblueth & Martinez-Romero. 2006).
Penelitian endofit V. zizanioides
telah dilakukan beberapa tahun terakhir di
Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Pendidikan Biologi. Hasil penelitian menunjukkan isolat endofit yang diperoleh dari akar, diperoleh 10 isolat berbeda. Warna isolat bervariasi seperti putih (dominan), kuning dan transparan. Bentuk koloni seperti menyebar, bundar (dominan), tombol, ikal dan konsentris.
Elevasi koloni didominasi elevasi
timbul,
sedangkan lainnya datar, dan tombol. Bentuk sel basil (dominan), dan kokus, pewarnaan didominasi Gram negative, sedangkan Gram positif hanya sedikit. Kesepuluh isolat menunjukkan hanya 5 yang mampu menghidrolisis pati, 7 isolat mampu menghidrolisis lipid, 7 isolat mampu menghidrolisis kasein. Hanya 2 isolat yang mampu memfermentasi laktosa, 8 isolat yang mampu memfermentasi sukrosa, dan 5 isolat yang mampu memfermentasi dekstrosa, 8 isolat mampu menghasilkan katalase, dan tidak ada yang mampu menghasilkan
urease. Hasil penapisan menunjukkan
semua isolat
mampu menghasilkan antibiotik terbukti dari kemampuannya menghambat pertumbuhan bakteri Streptococcus
pyogenes,
Staphylococcus
aureus, dan Pseudomonas
aeruginosa.
Dua isolat terbaik yang mempunyai daya hambat terbesar terhadap ketiga bakteri patogen, diidentifikasi secara molekuler melalui analisis sekuen gen 16S rRNA.
Hasil analisis
menunjukkan isolat tersebut Burkholderia sp. SK080331dan Pseudomonas sp. IBUN S1407 (Permatasari 2011). Polyketide
Synthase
(PKSs) merupakan jenis enzim multifungsional yang terlibat
dalam biosintesis senyawa poliketida dalam skala besar (Hopwood dan Sherman, 1990). Banyak sekali macam-macam poliketida yang disintesis dari bakteri dan fungi serta memiliki kemampuan antibiotik atau mycotoksik (seperti erythromycin, rifamycin dan aktinorhodin). Senyawa Poliketida juga bisa disintesis dari tumbuhan, dimana enzim ini memiliki berbagai macam fungsi termasuk perannya dalam pigmentasi bunga, pertahanan terhadap organisme pathogen (phytoalexins),
respons menerima cahaya tampak dan U V ,
dan perannya dalam interaksi antara tumbuhan simbiotik dengan organisme
pathogen).
Keragaman atau diversitas aktifitas biologis dari poliketida ini dapat membentuk sejumlah metabolit sekunder dan protein PKS dapat mensintesisnya, sehingga penting sekali untuk melakukan penelitian biofarmasi ini. PKSs dan asam lemak/ Fatty acid synthases (FASs) memiliki protein domain yang mirip dan secara umum jalur biosintesisnya memiliki beberapa ciri-ciri khusus. Secara struktural dan fungsional. Polyketide
synthase
(PKSs)
berhubungan erat dengan Fatty acid synthase (FAS's). dimana kedua kelas enzim tersebut dapat mengkatalisis kondensasi metabolit primer aktif (asetil-CoA dan malonyl CoA)
untuk membentuk polimer P-ketoacyl yang dihubungkan dengan enzim oleh ikatan thioester (Castoe et al. 2006). PKSs terbagi ke dalam tiga kelompok besar sub klas enzim, yaitu synthase
Polyketide
tipe I , tipe I I , dan tipe I I I . PKSs fungsional paling sederhana terdiri dari
acyltransferase ( A T ) , Ketosynthase (KS), dan A c y l Carrier Protein (ACP) yang semuanya berasal dari Polyketide
synthase
type I yang bertanggung jawab dalam
poliketida.
synthase
type
Polyketide
I
merupakan
kelompok
biosintesis
enzim
kompleks
multifungsional terbesar dengan enzim kompleks tunggal yang bertanggung jawab dalam biosintesis poliketida (Gambar 2.1). Contoh biosintesis Polyketide synthase type I adalah erythromycin A dan rapamycin yang disintesis oleh bakteri PKSs tipe 1. merupakan superfamily dari enzim Polyketide molekuler
terkini
memberikan
kemajuan
synthase
untuk
Ketosynthase
type I . Perkembangan biologi
penelitian
enzim
tersebut. Enzim
Ketosynthase (KS) kurang lebih memiliki ukuran 700 bp (Moffit dan Neilan, 2003). Amplifikasi fragmen gen KS diketahui dapat digunakan untuk penyelidikan homologi hibridisasi yang secara signifikan dapat memfasilitasi kloning biosintesis antibiotik. Selain itu, analisis filogenetik bakteri berdasarkan fragmen KS dapat menunjukkan evolusi species bakteri yang mensintesis Ketosynthase tersebut atau hanya evolusi molekuler dari gen biosintesis antibiotik saja. Filogenetik yang tidak sama menunjukkan bahwa itu merupakan evolusi tersendiri dari poliketida aromatik (Metsa"-Ketela et al. 2002).
Gambar 2.1. Contoh Sintesis Poliketida aromatik. Dimana Ketosynthase (KS) Berperan Sebagai Unit Katalitik atau Pemanjangan pada Proses Kondensasi Poliketida (a) Pemanjangan Rantai oleh
Domain Ksp ; (b) Gugus Acetyl Lepas dari ACP Menuju Active Site Cysteine pada Ksa (Hoopwood dan Sherman 1990) Penelitian yang akan dilaksanakan adalah mengisolasi gen ketosintase dari 10 isolat endofit yang diperoleh dari organ akar menggunakan metode PCR (Moffit dan Neilan 2002). A m p l i k o n akan disekuen untuk mengetahui urutan nukleotidanya dan akan dianalisis bioinformatika untuk mengetahui
karakteristik dari setiap gen ketosintase.
Melalui tahap ini akan diketahui isolat-isolat yang memiliki gen ini dan dikaitkan dengan kemampuan biokimia dan fisiologi dari isolat.
Bakteri Hidrolitik; Filosfer, rhizosfer (20122013)
Karakterisasi Bakteri Hidrolitik (2013)
Analisis Kandungan Senyawa; GC-MS : fenolik, terpenoid, alkaloid (20102011)
'rimer spesifik, deteksi Isolasi dan karakterisasi bakteri endofit (morfologi, biokimia, gen ketosintase) (2011-2012)
Vetiveria zizanioidess L
metabolit sekunder pada bakteri endofit (2013-2014)
U j i aktivitas senyawa; Anti
Staphylococcus
aureus, anti
Streptococcus
pyogenes, anti Pseudomonas (2010-2011)
aeruginosa, Agen Elisitor;
Bioteknologi Sintesis
(2014-2015)
Senyawa Obat (2015)
Gambar 2.2
Roadmap Penelitian (Fitriani, 2010-2015)
Ill METODE PENELITIAN 1.
Waktu dan Tempat Penelitian Penelitian akan dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi, Jurusan Pendidikan Biologi, FPMIPA U P I . Penelitian ini diajukan untuk 10 bulan pelaksanaan.
2. Isolasi gen Ketosintase a. Isolasi D N A D N A dari isolat yang positif menghasilkan antibiotik akan diisolasi merunut pada Sambrook dan Russel (2001). b. Amplifikasi gen Ketosintase Komposisi mix PCR untuk mengamplifikasi D N A adalah buffer enzim (NEB U.S.A) lOx sebanyak 2,5 pi hingga konsentrasi akhir 2,5 m M , dNTPs (mix) sebanyak 0,5
pi dengan konsentrasi
akhir 0,2
Taqpolimerase
( N E B U.S.A) dengan konsentrasi akhir 1-2,5 U / p l . (Sambrook
dan Russel, 2001). Amplifikasi Ketosynthase primer degenerate
oligonucleotide,,
serta pasangan primer Heterocyst H G L R (reverse)
m M tiap dNTP,
enzim
(KS) ini menggunakan pasangan
yaitu D K F (forward) Glycolipid,
dan D K R (reverse)
yaitu H G L F (forward)
dan
dengan konsentrasi masing-masing 0,1 p i . Sebanyak 0,1 pi
D N A bakteri sebagai D N A template dan menambahkan Aqua
bidestilata
(ddHbO) steril hingga 25 pi. Tabung PCR dimasukkan ke dalam mesin PCR (Perkin Elmer Thermal Cycler) yang diprogram untuk melaksanakan beberapa kondisi. yaitu pre denaturasi
awal pada suhu 94°C selama 2 menit,
pada suhu 94°C selama 5 detik, annealing
denaturasi
pada suhu 55°C untuk pasangan
primer D K F / D K R dan 50°C untuk pasangan primer H G L F / H G L R selama 10 detik, extension
pada suhu 72°C selama 1 menit, tahap extension
akhir pada
suhu 72°C selama 7 menit dan tahap inkubasi pada suhu 4°C tanpa batas waktu. Reaksi amplifikasi pada mesin PCR dilakukan selama 30 siklus. Amplikon dielektroforesisi pada gel agarose 0,8% dalam buffer T A E I X untuk melihat kualitas hasil amplifikasi (Moffit dan Neilan, 2003). 3.
Filogenetik berdasarkan gen Ketosintase a. Sekuensing Amplikon Setiap amplikon yang diperoleh akan disekuen di Macrogen (Korea Selatan). b. Analisis Filogenetik
Alignment
Sekuens protein PKS (Polyketide synthase) menggunakan program
PILEUP dari GCG dan tool multiple-sequence X (Thompson et al.
alignment
dari software Clustal
1994 dalam Moffit dan Neilan, 2003) dan
software
P H Y L I P (version 3.5c) untuk menganalisis filogenetik bakteri endofit tersebut. 4.
Karakterisasi gen ketosintase Karakterisasi dilakukan dengan bioinformatika untuk melihat sekuen yang lestari.
Gambar 3.1. Diagram fishbone
dari penelitian yang akan dilakukan
IV HASIL P E N E L I T I A N YANG T E L A H DICAPAI
A.
Hasil Isolasi dan Kuantifikasi DNA Telah berhasil dilakukan isolasi D N A total genom pada 17 bakteri endofit akar
Vetiveria zizanioides
L . dengan menggunakan protokol standar dari kit Fermentas yang
telah mengalami beberapa modifikasi. Selanjutnya dilakukan pengukuran kuantitas atau konsentrasi D N A dari setiap hasil isolasi D N A bakteri tersebut. Setiap isolat D N A diambil 1 pi kemudian diencerkan hingga lima ratus kali pengenceran. selanjutnya
dianalisis
kuantitas dan kemurniannya melalui spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm
dan 280 nm. Hasil spektrofotometer tersebut selanjutnya dihitung untuk menentukan konsentrasi D N A yang diperoleh. Konsentrasi D N A yang baik digunakan sebagai template dalam proses amplifikasi adalah sekitar l p g - l p g (Sambrook & Russel, 2001), maka semua sampel isolat D N A yang akan diamplifikasi harus diencerkan hingga masing-masing sampel mencapai konsentrasi yang sama, yaitu pada penelitian ini adalah 100 ng/pl. Konsentrasi D N A dari setiap sampel disamakan dengan tujuan agar kualitas produk amplifikasi yang dihasilkan bersifat homogen. Spektrofotometer dan kuantifikasi hasil isolasi D N A bakteri endofit akar
Vetiveria
zizanioides L . dapat dilihat pada Tabel 4.1.
Tabel 4.1 Hasil Spektrofotometer D N A Bakteri Endofit Akar Vetiveria Sampel Isolat A Isolat B Isolat C Isolat D Isolat E Isolat F Isolat G Isolat H Isolat I Isolat J Isolat K Isolat L Isolat M Isolat N Isolat O Isolat P Isolat Q
Panjang gelombang cahaya k260 k280 0.027 0.024 0.026 0.195 0.009 0.011 0.022 0.027 0.026 0.195 0.034 0.045 0.022 0.026 0.016 0.009 0.020 0.015 0.025 0.020 0.027 0.022 0.022 0.013 0.050 0.040 0.017 0.019 0.057 0.066 0.045 0.057 0.021 0.028
k 260/ k 280 1.27 1.29 1.5 1.25 1.33 1.32 1.174 1.778 1.33 1.25 1.22 1.32 1.25 1.28 1.29 1.27 1.33
zizanioides
Konsentrasi DNA (ng/pl) 675 650 275 675 650 1125 650 400 400 625 675 550 1250 475 1650 1425 700
Dengan menggunakan rumus perhitungan konsentrasi D N A , maka dapat diketahui bahwa konsentrasi D N A yang diperoleh sekitar 275-1650 ng/pl. Hal ini menunjukkan bahwa seluruh sampel isolat D N A tersebut memiliki konsentrasi D N A yang cukup banyak untuk dilakukan proses amplifikasi. Selain itu, telah dihitung juga rasio
absorbansi
260/280 nm untuk mengetahui kemurnian D N A . Dari data yang dihasilkan, dapat dilihat bahwa rentang rasio kemurnian D N A yang didapatkan dari hasil isolasi D N A tersebut cukup baik, yaitu 1.2-1.7. Berdasarkan Held (2001). kemurnian D N A yang baik itu
memiliki rentang rasio antara 1.2-2, jika kurang atau lebih dari angka rasio tersebut, artinya banyak kontaminan seperti adanya protein atau R N A . B.
Hasil Amplifikasi dan Elektroforesis
1.
Gen Domain ketosynthase Amplifikasi
fragmen
(KS) gen
KS diketahui dapat digunakan
untuk
penyelidikan
homologi hibridisasi yang secara signifikan dapat memfasilitasi kloning biosintesis antibiotik.
Selain
itu, analisis
filogenetik
bakteri
berdasarkan
fragmen
menunjukkan evolusi species bakteri yang mensintesis ketosynthase
KS dapat
tersebut atau hanya
evolusi molekuler dari gen biosintesis antibiotik saja. Filogenetik yang tidak sama menunjukkan bahwa itu merupakan evolusi tersendiri dari poliketida aromatik (MetsaKetela et al, 2002). Ketosynthase
(KS) merupakan salah satu domain PKSs yang berupa
superfamili enzim kompleks biosintesis yang berasosiasi dan biasanya ditemukan pada fungi, bakteri dan tumbuhan.
Perkembangan biologi molekuler terkini
kemajuan untuk penelitian enzim tersebut. Domain enzim ketosynthase
memberikan
(KS) kurang lebih
memiliki ukuran 700 pb (Moffit & Neilan, 2002). Dalam penelitian ini telah berhasil dilakukan amplifikasi gen domain terhadap
17 isolat bakteri
endofit
akar
Vetiveria
zizanioides
ketosynthase
L . , namun
hasilnya
menunjukkan bahwa hanya sebanyak lima dari 17 isolat bakteri saja yang terdeteksi memiliki gen ketosynthase.
Pada proses amplifikasi gen tersebut dipakai dua pasang
primer, yaitu pasangan primer degenerate oligonucleotide primer heterocyst
glycolipid
( H G L F dan HGLR). Perbedaan aplikasi penggunaan kedua
pasangan primer ini adalah tujuan degenerate
oligonucleotide
( D K F dan D K R ) serta pasangan
amplifikasi dari gen itu sendiri. Pasangan primer
digunakan untuk mendeteksi gen polyketide
tipe I , khususnya domain ketosynthase
synthase
(PKS)
dari suatu organisme. sehingga fungsi utama dari
penggunaan primer ini adalah hanya untuk mengetahui distribusi gen ketosynthase pada suatu organisme secara umum. domain ketosynthase
dan Mycobacteria
Pasangan primer degenerate
(Moffit & Neilan, 2002).
oligonucleotide
pada 17 isolat D N A bakteri endofit
digunakan dalam amplifikasi gen Vetiveria
amplifikasi pada sejumlah bakteri tersebut menunjukkan
endofit akar Vetiveria zizanioides terdeteksi
memiliki
gen
zizanioides
L . Produk
bahwa hanya sebanyak tiga
sampel saja yang teramplifikasi. Hal ini dapat menjelaskan
yang
alignment
pada klaster gen PKS yang telah diketahui sebelumnya dari sejumlah
bakteri, termasuk Cyanobacteria
ketosynthase
Desain primer ini diambil dari hasil
tipe I
bahwa diantara 17 bakteri
L. yang telah teridentifikasi, hanya tiga jenis bakteri saja ketosynthase.
Produk
dari
proses
amplifikasi
gen
ketosynthase
i n i dapat divisualisasikan dengan menggunakan
alat elektroforesis. Hasil
elektroforesis D N A isolat bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides
L. dapat dilihat pada
Gambar 4.1.
A
M
50 bp
B
C
D E F
G
H
I
J
K
L
IU1NO
P Q "
50 bp
700 bn * AOO
bp
250 bP «
ioo bp •* 50 bp «
ftc^Mfel-;*—-wniu,
,
*
. - . . . . ..
.
Z^*.
Gambar 4.1 Hasil Elektroforesis Amplikon Gen ketosynthase Primer Degenerate Oligonucleotide Isolat Bakteri Endofit Akar I eliveria zizanioides L . M 50 bp = D N A Marker 50 pb Gen Roller (Fermentas) Hasil elektroforesis tersebut menunjukkan bahwa hanya amplikon sampel H , M , dan O saja yang berhasil teramplifikasi. Hal ini berarti bahwa diantara 17 bakteri endofit akar Vetiveria
zizanioides
ketosynthase,
hanya
tiga isolat bakteri saja
yang
terdeteksi
memiliki
gen
yaitu isolat H , M , dan O. Adapun yang terlihat dari basil visualisasi tersebut
adalah bahwa ukuran gen dari masing-masing amplikon rata-rata kecil, yaitu sekitar 400 pb pada isolat H dan 700 pb untuk isolat M dan O. Hal ini berkorelasi dengan penelitian sebelumnya yang telah dilakukan oleh Moffit & Neilan (2002). bahwa gen
ketosynthase
memiliki ukuran sekitar 700 pb. Perbedaan ukuran gen dari ketiga amplikon tersebut menunjukkan bahwa domain atau tipe ketosynthase Pasangan primer heterocyst amplifikasi gen ketosynthase oligonucleotide,
dengan
ketosynthase
(HGLF & H G L R ) juga digunakan dalam
pada penelitian ini. Berbeda dengan primer
degenerate
tujuan dari penggunaan pasangan primer ini adalah untuk mengetahui
tingkat diversitas jenis ketosynthase gen
glycolipid
yang dimilikinya pun berbeda.
menggunakan
dari setiap organisme, sehingga basil dari amplifikasi
primer
pada setiap organisme
amplifikasi gen ketosynthase
ini dapat
menunjukkan
yang dianalisis (Moffit
keanekaragaman jenis & Neilan. 2002). Hasil
dengan menggunakan primer ini hampir sama dengan produk
PCR dari penggunaan primer degenerate oligonucleotide,
bahwa hanya tiga dari 17 isolat
bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides ketosynthase
yang berhasil teramplifikasi. Hasil amplikasi gen
dengan menggunakan primer tersebut dapat dilihat dalam visualisasi D N A
melalui elektroforesis pada Gambar 4.2.
M A SO bp
B
C
D
E
F
G
H
J
1
K
L
M
N
O
P O M 50 bp
700 bp - * 400 bp 250 bp 100 bp < 50 bp <
Gambar 4.2 Hasil Elektroforesis Amplikon Gen ketosynthase Primer Heterocyst Glycolipid Isolat Bakteri Endofit Akar J etiveria zizunloUie. 1.. M 50 bp = D N A Marker 50 pb Gen liuller (Fermemas) 2.
Filogenetik antar Isolat Gen ketosynthase
dianalisis
yang sudah diamplifikasi pada setiap bakteri endofit yang akan
harus melewati
ketosynthase
tahap sequencing
terlebib dahulu.
dilakukan dari satu arah ujung forward
(Degenerate oligonucleotide)
dan H G L F (Heterocyst
Analisis sekuens gen
dengan menggunakan primer D K F glycolipid).
Pendeteksian gen PKS tipe I ataupun Ketosynthase tipe I dapat dilakukan dengan menggunakan primer degenerate
oligonucleotide
kelika proses amplifikasi (Moffit &
Neilan, 2002). Primer tersebut digunakan untuk memaslikan tersebut memiliki gen ketosynthase bakteri
endofit
akar
Vetiveria.
bakteri yang dianalisis
tipe I . Dari basil amplifikasi gen ketosynthase diketahui
bahwa
diantara
17
bakteri
yang
pada telah
diidentifikasi terdapat lima jenis bakteri yang terdeieksi memiliki gen ketosynthase. Adapun
gen
oliguncleotide
ketosynthase
yang
teramplifikasi
menggunakan
primer
degenerate
terdapat pada tiga jenis isolat bakteri. yaitu isolat H . isolat M . dan isolat O.
Untuk memastikan adanya gen ketosynthase
pada setiap bakteri sang teridentifikasi,
dilakukan studi filogenetik dengan membandingkan setiap bakteri tersebut dengan bakteri yang sudah jelas memiliki (hydrolase)
sebagai outgroup.
gen ketosynthase
dan
bakteri yang
memiliki gen
lain
Dari pohon
filogenetik
yang dihasilkan, dapat dilihat bahwa tiga bakteri yang
terdeteksi memiliki gen ketosynthase
oleh primer degenerate oligonucleotide
( D K ) masuk
ke dalam kelompok bakteri yang telah diketahui jelas memiliki gen ketosynthase
tipe I .
Hal ini diperkuat dengan terpisahnya kelompok bakteri yang memiliki gen lain (hydrolase) sebagai outgroup
dengan kelompok bakteri yang memiliki gen ketosynthase
tersebut.
Dalam pohon filogenetik tersebut, dapat dilihat bahw a bakteri Isolat H memiliki cabang kekerabatan
yang
dekat
dengan
bakteri
Streptomyces
coelicolor
yang
diketahui
sebelumnya memiliki gen ketosynthase tipe I . Hal tersebut dapat disimpulkan bahwa Isolat bakteri H memiliki
gen ketosynthase
yang mirip dengan
Streptomyces
coelicolor.
Sedangkan dua bakteri lainnya, yaitu isolat bakteri M dan isolat bakteri O terpisah dengan isolat H , membentuk satu cabang kekerabatan baru yang dekat. Hal tersebut menunjukkan bahwa kedua bakteri tersebut mengalami evolusi pada gen ketosynthase namun masih merupakan gen ketosynthase
yang dimilikinya,
tipe I . Dari basil analisis filogenetik tersebut
menunjukkan bahwa tiga jenis bakteri yang telah terdeteksi sebelumnya memiliki gen ketosynthase ketosynthase
oleh
primer
degenerate
khususnya ketosynthase
oligonucleotide,
memiliki
gen
tipe I . Adapun pohon filogenetik untuk kelompok
bakteri endofit yang terdeteksi memiliki gen ketosynthase 4.3.
dipastikan
tipe 1 ditunjukkan pada Gambar
55 r
— Nocardia testacea —
Streptomyces sp. CNS-177 PL04
• Nocardia lusca — Streptomyces sp. 112-208
97
l Streptomyces sp. 18-44
55
99 1 Streptomyces sp. HVG22 — Nocardia sp. CNS-044 PL04
95
- Salinispora arenicola Gordoma sp CNJ-863 PL04
54
Mycobacterium sp. CNJ-859
99
Fischerella sp. CENA161 — Micromonospora sp. CNJ-878 PLO
7*2
Bacillus sp. WPhG3
Type I ketosynthase
Berenices ampulliformis
55
• Nostoc sp. FSN E 35
Pseudovibrio sp. Pv118
!i3
Aspergillus
32 L _
ochraceus
Pseudoalteromonas sp. QD1-2
97
— Microcystis aeruginosa NPCD-1 Serinicoccus marinus
96
• Streptomyces sp. SPB78 •
2!
Pantoeasp.
(IS0LA1H)
Streptomyces coelicolor A3 2
76
• Humicola fuscoatra
95
lalaromyces •
25
flavus
Acinetobactvr
4 Pseudomonas aeruginosa
99
sp.
(ISOLA1M) (IS0LA10)
• Micromonospora sp. 1G62 Salinispora arenicola CNS-205
56
RhoJoocccus • Bacillus cereus 6 9 8 4 2
56
55
opacus PD630
Outgroup (Hydrolase)
— Listeria monocytogenes 30161 Staphylococcus
57
aureus
- Enterococcus faecalis 18
9S
• Clostridium sp. M62/1
84
62 Gambar 4.3 Pohon Filogenetik ketosynthase Tipe I pada Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides Menggunakan Primer Degenerate Oligonucleotide
Adapun
proses
amplifikasi
gen
menggunakan primer heterocyst glycolipid
ketosynthase
>ang
kedua
adalah
dengan
(HGL). Tujuan digunakannya primer tersebut
adalah untuk mengetahui distribusi jenis ketosynthase yang dimiliki oleh setiap bakteri yang diidentifikasi. Hasil amplifikasi yang dilakukan menunjukkan bahwa hanya tiga bakteri dari 17 isolat saja yang teramplifikasi. yaitu Isolat A , K . dan O. Pohon filogenetik untuk hasil analisis yang kedua ini ditunjukkan pada Gambar 4.4.
441
Salinispora arenicola —
Nocardia sp. CNS-044 PL04 Streptomyces sp. CNS-177 PL04 Streptomyces sp. HVG22 Micromonospora sp CNJ-878 PLO • Sehnicoccus marinus
Type I ketosynthase
• Micmcystis aeruginosa NPCD-1
78
-Nostocsp. FSNE Mycobacterium sp. CNJ-859 Pseudoalteromonas sp. QD1-2 - Aspergillus ochraceus • Pseudomonas aeiuginosa (Isolat Oj - • Bacillus sp. (Isolat Kj • Lysinibacillus sp. (Isolat A) 35 r Streptomyces sp. 630 ' Streptomyces sp. D03f
Type II
— I Sfropfomyces sp. HVG80
ketosynthase
Streptomyces sp. HVGN4 —
Micromonospora sp. 1G62
I Streptomyces sp. 66 J 7 83l Streptomyces sp. 668
02
Gambar 4.4 Pohon Filogenetik Diversitas ketosynthase pada Bakteri Endofit Akar Vetiveria zizanioides Menggunakan Primer Heterocyst Glycolipid Menunjukkan Diversitas dari Domain ketosynthase yang D i m i l i k i Setiap Bakteri
Pohon filogenetik yang ditunjukkan pada Gambar 4.6 menunjukkan bahwa isolat bakteri O memiliki cabang yang terpisah dengan isolat bakteri A dan K. Isolat bakteri O termasuk ke dalam kelompok bakteri yang memiliki gen ketosynthase
tipe I sedangkan
bakteri K dan isolat bakteri A termasuk ke dalam kelompok bakteri dengan gen ketosynthase
tipe
I I . Perbedaan cabang kekerabatan
ini berkorelasi
amplifikasi gen yang telah dilakukan. bahwa gen ketosynthase
dengan hasil
yang diamplifikasi dari
sampel A dan K menujukkan ukuran gen sekitar 400 pb. sedangkan gen ketosynthase yang diamplifikasi dari isolat bakteri O berukuran 700 pb. Berdasarkan Moffit & Neilan (2002), gen ketosynthase
berukuran sekitar 700 pb.
Namun pada penelitian yang telah dilakukan L i u el al. (2012). hasilnya menunjukkan bahwa gen ketosynthase
tipe I I pada umumnya memiliki ukuran yang lebih kecil, yaitu
sekitar 470 pb. Hal tersebut sesuai dengan hasil amplifikasi gen ketosynthase
yang
menggunakan primer heterocyst
glycolipid
dengan pohon filogenetik yang dihasilkan,
bahwa sampel bakteri yang memiliki gen ketosynthase
dengan ukuran sekitar 400 pb
termasuk ke dalam golongan ketosynthase tipe I I . Selain itu, pohon filogenetik tersebut juga menunjukkan bahwa setiap bakteri yang telah teridentifikasi terpisah dengan kelompok bakteri yang lain. Berdasarkan Keteela et al, (2002), fragmen ketosynthase
Metsa-
dapat menunjukkan evolusi species bakteri
yang mensintesis ketosynthase tersebut, sehingga filogenetik yang tidak sama atau terpisah menunjukkan bahwa itu merupakan evolusi tersendiri dari poliketida aromatik yang d i m i l i k i oleh setiap bakteri. Hal tersebut memberikan penjelasan
bahwa
terpisahnya
kelompok bakteri yang teridentifikasi pada pohon filogenetik tersebut menunjukkan terjadinya evolusi gen masing-masing jenis ketosynthase pada bakteri itu sendiri.
V
KESIMPULAN Berdasarkan studi filogenetik, bakteri H , M , dan O merupakan kelompok bakteri
yang kekerabatannya dekat dengan kelompok bakteri yang memiliki gen ketosynthase tipe I , sedangkan bakteri A dan bakteri K termasuk menghasilkan ketosynthase
ke dalam kelompok bakteri yang
tipe I I . Adanya pemisahan pada cabang kekerabatan bakteri
tersebut menunjukkan bahwa adanya evolusi gen ketosynthase
pada bakteri-bakteri itu
sendiri.
VI D A F T A R PUSTAKA Champagnat, et al (2006). "Essential O i l Composition o f Vetiveria nigritana from M a l i " . [Online]. Tersedia: http://www.bojensen.net/EssentialOilsEng [19 Januari 2011]. Castoe T . A et al. 2006. A novel group o f type I polyketide synthases (PKS) in animals and the complex phylogenomics o f PKSs, ScieticeDirect. Gene 392 (2007) 47-58. Fitriani A , Kusnadi, Permatasari Y. Hanifati FN. Potency antibiotic - and diversity endophyte bacteria from Vetiveria zizanioides L. Biodiversitas.
Reviewed.
Hopwood, D.A., Sherman. D . H . 1990. Molecular genetics o f polyketides and its comparison to fatty acid biosynthesis. Annu. Rev. Genet. 24. 37-66.
Leupin, R. E. (2001). Vetiveria zizanioides: an approach to obtain essential oil variants via tissue culture. Diss. ETH, No. 14182. [Online]. Tersedia: http://ecollection.ethbib.ethz.ch/eserv/eth:24212/eth-24212-02.pdf [8 Januari 2011]. L i u , Q., L i u , C , Y u , J., Yan,J., & Q i , X . (2012). "Analysis o f the Ketosynthase Genes i n Streptomyces and its implicatiions for preventing Reinvestigation o f Polyketides with Bioactivities". Journal of Agricultural Science. 4 (7). Long, H . H . , Furuya, N . , Kurose, D., Takeshita, M . , & Takanami, Y. (2003). "Isolation o f Endophytic Bacteria from Solanum sp. and Their Antibacterial Activity against Plant Pathogenic Bacteria". Journal. Fac. Agr.} Kyushu Univ. 48, (1-2). Metsa'-Ketela, M . et al. 2002. Molecular Evolution o f Aromatic Polyketides and Comparative Sequence Analysis o f Polyketide Ketosynthase and 16S Ribosomal D N A Genes from Various Streptomyces Species. Journal of Applied and Environmental Microbiology, Vol.68, No.9. Moffitt, M . C . , Neilan, B.A. 2002. Evolutionary Affiliation Within the Superfamily o f Ketosynthases Reflect Complex Pathway Associations. Journal of molecular evolution, 56:446-457. D O I : 10.1007/s00239-002-2415-0. Permatasari, Y. 2012. Karakterisasi dan identifikasi molekuler bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides L . Skripsi. Jurusan Pendidikan Biologi. Universitas Pendidikan Indonesia. Tidak diterbitkan. Rahmawati, N . (2010). Pemanfaatan Minyak Atsiri Akar Wangi (Vetiveria zizanioides) dari Famili Poaceae Sebagai Senyawa Antimikroba dan Insektisida Alami. [Online]. Tersedia: http://digilib.its.ac.id/public/ITS-Undergraduate-13308Paper.pdf [20 Januari 2011]. Rosenblueth, M . , & Martinez-Romero, M . (2006). ""Bacterial Endophytes and Their Interactions with Hosts". MPMI. 19, (8), 827 837. Ryan, R.P., Geermaine, K., Franks, A . . Ryan, D.J., & Dowling. D . N . (2007). "Bacterial endophytes: recent developments and applications". FEMS Microbiol Lett. 278,(2008) 1-9 Sambrook, J., Russel. 2001. Molecular Cloning-A Harbor Laboratory Press, New York.
Laboratory
Manual.
Cold Spring
Strobel, G., Daisy, B. 2003. Bioprospecting for Microbial Endophytes and Their Natural Products. Microbiology and Molecular Biology Reviews, p. 491-502. Tan, R.X., & Zou, W . X . (2001). •"Endophytes: a rich source o f functional metabolites". Natural Product Reports. 18. 448-459.
D A F T A R R I W A Y A T HIDUP
Nama
Dr. Any Fitriani, MSi.
Tempat/tanggal lahir
Bandung, 2 Februari 1965
Jenis kelamin
Perempuan
Alamat
Komplek Nata Endah C-44, Kopo Bandung
Instansi
Prodi Biologi, FPMIPA, Universitas Pendidikan Indonesia
Alamat Instansi
Pendidikan
Jl. Dr. Setiabudhi 229, Bandung 40154
:
Ph.D, Biologi, PS. Biologi, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Magister Sains, Biologi, Program Pascasarjana, Institut Teknologi Bandung (CumLaude). Sarjana-1, Biologi, FMIPA, Institut Teknologi Bandung. Workshop, Training, Kursus : Workshop Bacterial Quorum Sensing, IBS, Universiti Putra Malaysia, Kuala Lumpur Malaysia (10-11 April 2013) Research Collaboration, Molecular Genetic Laboratory, National Institute o f Education, Nanyang Technological University, Singapore (5-11 September 2011) Research Collaboration, Molecular Genetic Laboratory, National Institute o f Education, Nanyang Technological University, Singapore (1-11 October 2010) Polymerase Chain Reaction, Eppendorf Training Center Asia Pacific, Kuala Lumpur, Malaysia (27-28 June 2010) Bridging University to High School : in Real Modern Biology, Departemen Biologi, FMIPA Intitut Pertanian Bogor (16-20 November 2009) Workshop on Article Writing for International Publication. Fakultas Bioteknologi, U N I K A A T M A J A Y A , Jakarta (10 November 2008) Rekayasa Genetik dan Bioteknologi, Departemen Kimia. Universitas Andalas (23-28 Juli 2001). Biologi Molekuler,' D I K T I dan Departemen Biologi, I P B (12-20 Februari 1999)
Penelitian: Tahun 2013
2013 2012 ZU1 1
on ZU i1i 1
on ZO i1i 1
on ZU i1nU
on n ZU i1U
2010
2010
2010
2009
2009
2009 2009
r iUn 11 JTUuU
Karakterisasi gen ketosintase sebagai penanda antibiotik pada bakteri endofit dari Vetiveria zizanioides L. Pembelajaran berbasis praktikum virtual untuk meningkatkan karakter bangsa pembelajar Pembelajaran berbasis praktikum virtual untuk meningkatkan karakter bangsa pembelajar Production o f red and white variegated leaf o f Aglaonema for domestic and export purpose Isolasi dan filogeni molekuler berdasarkan gen 16S rRNA dari strain elit simbion rhizosfer pada tumbuhan obat Ageratum conyzoides L. Aktivitas dan karakterisasi senyawa antimikroba dari tumbuhan Ageratum conyzoides L. Production o f red and white variegated leaf of Aglaonema for domestic and export purpose Aktivitas dan karakterisasi senyawa antimikroba dari tumbuhan Ageratum conyzoides L. Keragaman mikroba endofit akar pada tumbuhan Akar Wangi (Vetiveria zizanioides (L.) Nash ) Isolasi dan filogeni molekuler berdasarkan gen loo rKiNA aan strain eiu simoion rnizosier pada tumbuhan obat Ageratum conyzoides L. Identifikasi isolat pendegradasi amilum dan kitin dari filosfer pada tumbuhan obat Ageratum conyzoides L. melalui analisis urutan gen 16S rRNA Filogeni molekuler berdasarkan gen 16S rrciNA uan strain eiu simoion iiiusier pdua tumbuhan obat Ageratum conyzoides L. Optimasi medium dan kandungan alkaloid pada kultur kalus Pasak Bumi (Eutycoma longifolia) Identifikasi isolat bakteri AFE1 dan BLS1 antagonis Fusarium sp. dengan analisis urutan Aktivitas antibakteri dan karakterisasi senyawa dari tumbuhan Ageratum conyzoides
oumuer udiia Hibah Penelitian Pengembangan Kelompok Diaang rvajian ( D w r i i N j (Ketua) Hibah Pasca UPI Tahun \t
71 /A
11/1
/
A
r\
/~¥ / I A I O
I
iveaua (Anggotaj Hibah Pasca UPI Tahun Pertama (Anggota) Hibah Kerjasama Internasional D I K T I Tahun kedua (Anggota) Hioan fundamental D l r v l l , Tahun kedua (Ketua) Hibah Bersaing Tahun Ketiga D I K T I (Anggota) Hibah Kerjasama Internasional DIKTI (Anggota) Hibah Bersaing Tahun Kedua D I K T I (Anggota) Kerjasama Biologi UPI l M 11 d (is.eiuaj
-
Hibah Fundamental D I K T I (rveiuaj Mandiri
Strategi Nasional nTk"TI L v l i S . 1 1 lAnoontal lAIlg^OlaJ
Batch 1
Kerjasama SITH PHK-B I T B - B i o l o g i UPI (Ketua) Mandiri Hibah Bersaing D I K T I (Ketua)
2008
2007 2005
2004
1999
1997
1995 1994 1991 1989
1988
L. Aktivitas senyawa antimikrob food borne dari tumbuhan Rosemary dan manggis secara in vitro Potensi antagonis bakteri filosfer dan rhizosfer terhadap Fusarium sp. Penelitian Program Doktor, Analisis gen penyandi protein terikat membran, impX, yang terlibat patogenisitas padaXanthomonas axonopodis pv. glycines. Topik Khusus Program Doktor, Kandidat D N A yang terlibat patogenisitas pada Xanthomonas axonopodis pv. glycines, Studi awal inisiasi kalus Catharanthus roseus (L.) G. Don yang berpotensi organogenesis dan sintesis metabolit sekunder. Penelitian Magister, ITB. Pengaruh elisitor dari Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp. terhadap kandungan ajmalisin pada kultur kalus Catharanthus roseus (L.) G. Don. Multiplikasi tunas Acacia auriculiformis secara in vitro. Respons eksplan Acacia auriculiformis pada medium Murashige dan Skoog. Multiplikasi beberapa tanaman hias secara in vitro Kandungan senyawa sterol pada kalus dan multiplikasi tunas Ageratum conyzoides L. Tesis-Sl Penyerapan P pada Capsicum annuum L. yang diinokulasi Pseudomonas solanacearum E.F. Smith. Laporan Kerja Praktek
Mandiri
Mandiri RCMD, BPPS
SEAMEO BIOTROP
Dana Rutin UPI
TMPD DIKTI
Dana Rutin UPI Dana Rutin UPI PAU-Hayati ITB PAU-Hayati ITB
B A T A N - Dept Biologi ITB
Pengabdian Kepada Masyarakat Tahun 2013
2012 2011
Judul Diseminasi teknologi Low External Input and Sustainable Agriculture (LEISA) terhadap petani di desa Nyampai Kecamatan Lembang Kabupaten Bandung Barat dalam rangka meningkatkan produksi hasil panen cabai organik dan perbaikan kualitas lingkungan Pola hidup masyarakat dalam konservasi energi, SD Kartika Kecamatan Parompong Sosialisasi bidang energi baru. terbarukan, dan konservasi energi pada guru-guru sekolah
Sumber dana PKM berbasis penelitian, BOPTN
LPPM UPI LPPM UPI
hasil
2011
2010 2009
dasar di lingkungan dinas pendidikan Jawa Barat Sosialisasi bidang energi baru, terbarukan, dan konservasi energi pada guru-guru SMA di lingkungan dinas pendidikan Jawa Barat Pelatihan kultur jaringan bagi guru-guru SMA se jawa barat Pelatihan biologi molekuler bagi guru-guru SMA di Bandung
LPPM UPI
LPPM UPI LPPM UPI
Artikel Jurnal / Laporan Penelitian/ Paper :
Fitriani A . , Aryani A., Yusuf H., Permatasari Y. 2013. The Exploration o f Ketosynthase gene on endophytic bacteria root o f Vetiveria zizanioides L. International Journal of Basic & Applied Sciences IJBAS-IJENS 13(4): 112-119. Fitriani A . , Hamdiyati Y, Engriyani R. 2012. Aktivitas antifungi ekstrak etanol daun salam (Syzigium polyanthum (Wright) Walp.) terhadap pertumbuhan jamur Candida albicans secara in vitro. Biosfera 29(2) : 71-79. Fitriani A., Rohman I, Rustaman N . Microbial Literacy Improvement for Prospective Biology Teachers Using Social Media for Socioscientific Issues Discussion. J Microb and Biol Educ. USA. Reviewed. Fitriani A, Kusnadi, Permatasari Y, Hanifati FN. Potency antibiotics and diversity endophyte bacteria from Vetiveria zizanioides L. Biodiversitas. Reviewed. Fitriani A., Supriyanti T F M . , Heryanto TE. Penentuan aktivitas amilase kasar termofd Baccillus subtilis isolat Gunung Darajat Garut Jawa Barat. Bionatura. Reviewed. Sudargo F., Ratnawulan A., Fitriani A . 2012. Penerapan praktikum virtual untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis dan kreatif pada matakuliah struktur hewan. Laporan Penelitian. LPPM. UPI. Tidak dipublikasikan. Mariani TS. Fitriani A , Wicaksono A, Chia TF. 2011. NMU-induced mutation in Aglaonema by particle bombardment. International Journal of Basic and Applied Sciences. Vol 1 1 (3):59-67. Mariani TS, Fitriani A , Wicaksono A, Puspita T, Widaningsih, Chia TF. 2010. Micropropagation o f Aglaonema using axillary shoot. International Journal of Basic and Applied Sciences. Vol 11 (3).
Fitriani A. Maemunah. 2010. Diversity of endophyte bacteria from medicinal plant Ageratum conyzoides L . International Seminar on Biotechnology for Enhancement the Tropical Biodiversity. Research and Community Service Institute Research Center of Biotechnology. Universitas Padjadjaran. 18-20 October 2010. Bandung, Indonesia. Paper. Fitriani A. Kristiyani S. D. 2010. Bacteria Diversity and Bacteria Identification as Elicitor Candidate from Phyllosphere o f Medicinal Plant Ageratum conyzoides L. International Seminar on Indonesian Society for Microbiology. Harnesing the power of microbes for better food, agro-industry, health, and environment. 4-7 October 2010, Bogor, Indonesia. Paper. Fitriani A, Setiadi H. 2010. Screening and Molecular Identifying o f Bacteria Antagonistic Against Fusarium sp that Isolated from Rhizosphere o f Allium fistulosum L. Proceedings 16 th Asian Agriculture Symposium and 1 st International Seminar on Agricultural Technology : Sufficiency Agriculture, August 25-27, 2010. Faculty of Agricultural Technology, K M I T L , Bangkok, Thailand. Bewiska A , Kusnadi, Fitriani A. 2009. Antibacterial activity o f mangosteen (Garcinia mangostana L.) extract against growth o f Pseudomonas aeruginosa. Biosainstifika 2(1). Fitriani A, Rosantika S, Pramitha A . 2009. In vitro activity methanol extract o f Ageratum conyzoides L . against Streptococcus pyogenes and Pseudomonas aeruginosa. Journal of Agriculture Science and Technology. Submitted. Fitriani A, Suwanto A . Tjahjono B, Wahyudi A T . 2009. Characterization o f the gene, impX, from Xanthomonas axonopodis pv. glycines employing Bioinformatics analysis. Microbiol Indones. In press. Fitriani A, Kusnadi, Hernawati. 2009. Aktivitas dan karakterisasi senyawa antimikroba dari tumbuhan Ageratum conyzoides L. Laporan Penelitian Tahun I Hibah Bersaing D I K T I . Tidak dipublikasi. Diana S, Fitriani A, Kusnadi, Aryani A. 2009. Filogeni molekuler berdasarkan gen 16S rRNA dari strain elit simbion filosfer pada tumbuhan obat Ageratum conyzoides L. (Bandotan). Laporan Penelitian Strategi Nasional Bathch I D I K T I . Tidak dipublikasi. Fitriani A. Rianasari A . 2009. Penghambatan pertumbuhan Fusarium sp. isolat Kalimantan asal bawang daun oleh Trichoderma spp. secara in vitro. Biosainstifika 1(2): 147-156. Fitriani A, Suwanto A , Tri Wahyudi A, Tjahjono B. 2008. Characterization o f the gene, impX. from Xanthomonas axonopodis pv glycines employing bioinformatics study. International Microbial Biotechnology Conference, Atmajaya Catholic University, Jakarta, 11-12 November 2008. Short Paper.
Fitriani A, Kusnadi, Anisah ES. 2008. Potency antagonism in vitro o f AFE1 and BLS1 isolates to growth o f Fusarium oxysporum. Proceeding of National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Purwokerto, 22-23 August 2008, Indonesia. Fitriani A, Suwanto A, Tjahjono B, Wahyudi A T . 2008. Cloning and over expression of a gene encoding impX from Xanthomonas axonopodis pv. glycines in Escherichia coli. st Proceeding of The 1 International Symposium on Molecular Pathogenesis. School of Pharmacy, Bandung Institute of Technology. Bandung, Indonesia. Fitriani A, Suwanto A . Tjahjono B, Wahyudi A T . 2007. Evidence for a Link Between Pathogenicity and the Role o f Imp Bacterial Transport Effector Proteins in Soybean Infection by Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Microbiol Indones, 12(2):59-61. Fitriani A, Suwanto A . Tjahjono B, Wahyudi A T . 2006. Analysis o f A Gene Involved in Pathogenicity o f Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Proceeding of National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Surakarta, Indonesia. Fitriani A, Siregar A H , Esyanti RR. 2000. Ajmalicine content o f Catharanthus roseus (L.) G. Don callus cultures after elicitor treatment from Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp. Proceeding of National Symposium and Congress of Biology, Bandung Institute of Technology, Indonesia. Fitriani A, Siregar A H , Esyanti RR. 1999. The Effect o f Elicitor Derived from Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp. on Ajmalicine Content o f Catharanthus roseus (L.) G. Don Callus Cultures. Hayati (6):3:65-69. Fitriani A. 1998. The Effect o f Elicitor Derived from Pythium aphanidermatum (Edson) Fitzp. on Ajmalicine Content o f Catharanthus roseus (L.) G. Don Callus Cultures. MSc. Thesis. Bandung Institute o f Technology. Fitriani A. 1989. Sterol compound content in callus culture and apical shoot multiplication of Ageratum conyzoides L. Undergraduate. Bandung Institute o f Technology. Diseminasi : Fitriani A., Pratiwi D., Hamdiyati Y., Yusuf H, Permatasari Y. 2013. Metabolit sekunder potensial sebagai antibacteri dari akar Vetiveria zizanioides. International Seminar on Mathemathics, Science, and Computer Science Education. Faculty o f Mathematics and Science Education UPI. 19 Oktober 2013. Presenter. Fitriani A., Ihsan F., Hamdiyati Y . 2013. 2-amino-3-quinolinecarbonitrile dan 2,2dimethyl-endo-3-(2-hydroxy-pentyl)-norbonane sebagai senyawa potensial antibakteri dari endorhhizosper Ageratum conyzoides L. Seminar Nasional Pendidikan dan Penelitian Biologi. Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI. 28 Juni 2013. Presenter.
Fitriani A., Supriyanti T F M . , Heryanto TE. 2012.The determination o f thermophylic amylase activities from Bacillus subtilis isolates Darajat mountain Garut, West Java.. Sudigdo-Gruber Lecture. Departement o f Chemistry. I T B . 10-11 Oktober 2012. Presenter. Fitriani A. 2012. International Seminar on Advances in Molecular Genetics and Biotechnology for Public Education. Atma Jaya Catholic University o f Indonesia, Jakarta, 6 th - 8 th June 2012. Participant. Utari IB, Fitriani A, Hamdiyanti Y. 2011. Identifikasi bakteri termofilik amilolitik dari mata air panas Gunung Darajat Garut. Seminar Nasional dan Temu Alumni I I I . Inovasi Biologi dan Pembelajaran Biologi untuk Membangun Karakter Bangsa. Bandung, 1-2 Juli 2011. Presenter. Fitriani A. Maemunah. 2011. Diversity o f endophyte bacteria from medicinal plant Ageratum conyzoides L. 6 t h Asia-Pacific Biotechnology Congress and 40 t h Annual Convention of te Philippine Society for Microbiology, Inc. (PSM): Microbiology and Biotechnology : Rising to the Challenge of the Times. Manila, May 11-14, 2011. Presenter. Fitriani A. Maemunah. 2010. Diversity o f endophyte bacteria from medicinal plant Ageratum conyzoides L . International Seminar on Biotechnology for Enhancement the Tropical Biodiversity. Research and Community Service Institute Research Center of Biotechnology. Universitas Padjadjaran. 18-20 October 2010. Bandung, Indonesia. Participant. Fitriani A. Kristiyani S. D. 2010. Bacteria Diversity and Bacteria Identification as Elicitor Candidate from Phyllosphere o f Medicinal Plant Ageratum conyzoides L. International Seminar of Indonesian Society for Microbiology. Harnesing the power of microbes for better food, agro-industry, health, and environment. 4-7 October 2010, Bogor, Indonesia. Presenter.. Fitriani A, Setiadi H. 2010. Screening and Molecular Identifying o f Bacteria Antagonistic Against Fusarium sp that Isolated from Rhizosphere o f Allium fistulosum L. 16 th Asian Agriculture Symposium and l s l International Seminar on Agricultural Technology : Sufficiency Agriculture, August 25-27, 2010. Faculty of Agricultural Technology, K M I T L , Bangkok, Thailand. Presenter. Fitriani A, Rosantika S, Pramita A. 2009. In vitro activity methanol extract of Ageratum conyzoides L . against Streptococcus pyogenes and Pseudomonas aeruginosa. International Conference and Exhibition on Science and Technology in Biomass Production ( I C E B P ) . School of Life Sciences and Technology, Bandung Institute of Technology. 25-26 November 2009. Presenter.
Setiadi H, Fitriani A. 2009. Identification and characterization o f antagonistic bacteria against Fusarium sp employing 16S rRNA gene sequence analysis. International Conference of Indonesia Society for Microbiology ( I C I S M I ) . Surabaya, 20-21 November 2009. Presenter. Fitriani A, Hardikasari F, D w i Hapsakti E. 2009. In vitro activity Ageratum conyzoides L. extract against Candida albicans and Trichophyton mentagrophytes. International Conference of Indonesia Society for Microbiology ( I C I S M I ) . Surabaya, 20-21 November 2009. Presenter. Fitriani A. 2009. P C R : A mainstay of any biological research. Biology Department. Bogor Agricultural University. 16 November 2009. Participant. Bewiska A, Fitriani A. 2009. Antibacterial activity o f Mangosteen (Garcinia mangostana L.) extract against growth o f Pseudomonas aeruginosa. National Symposium of Biology and Biology Education. Department o f Biology Education. Indonesia University o f Education. Bandung, 15-16 July 2009. Presenter. Fitriani A, Suwanto A , Tri Wahyudi A, Tjahjono B. 2008. Characterization o f the gene, impX, from Xanthomonas axonopodis pv glycines employing bioinformatics study. International Microbial Biotechnology Conference, Atmajaya Catholic University, Jakarta, 11-12 November 2008. Presenter. Fitriani A, Kusnadi, Anisah ES. 2008. Potency antagonism in vitro o f AFE1 and BLS1 isolates to growth of Fusarium oxysporum. National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Purwokerto, 22-23 August 2008, Indonesia. The Best Poster on Agriculture. Fitriani A, Suwanto A, Tjahjono B, Wahyudi A T . 2008. Cloning and over expression of a gene encoding impX from Xanthomonas axonopodis pv. glycines in Escherichia coli. The 1 st International Symposium on Molecular Pathogenesis. School of Pharmacy, Bandung Institute of Technology. Bandung, Indonesia. Presenter. Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi A T . 2007. Bioinformatics study of impX from Xanthomonas axonopodis pv. glycines. National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Banjarmasin, Indonesia. Oral Presentation. Fitriani A, Suwanto A, Tjahjono B, Wahyudi A T . 2007. From Bioinformatics to Bioassay case Soybean Bacterial Pathogen. Submit to website Bioinformatics. Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi A T . 2007. Analysis o f Gene Encoding Transmembrane Protein, impX, on Xanthomonas axonopodis pv. glycines. National Symposium on Biology and Biology Education for Professionalism. Department of Biology Education, Indonesia University of Education. Presenter.
Fitriani A, Suwanto A. Tjahjono B, Wahyudi A T . 2007. Analysis o f a Gene Encoding Transmembrane Protein, impX, involved in Pathogenicity in Xanthomonas axonopodis pv. glycines. Ph.D Thesis. Bogor Agricultural University, Bogor. Fitriani A, Suwanto A . Tjahjono B, Wahyudi A T . 2006. Analysis o f A Gene Involved in Pathogenicity of Xanthomonas axonopodis pv. glycines. National Symposium on Indonesian Society for Microbiology. Surakarta, Indonesia. Presenter. Pengalaman professional Pengajar Program Sarjana dan Pascasarjana : September 1991-Januari 1995. Sekolah Tinggi Seni dan Desain Indonesia. Pengetahuan Lingkungan. 1991-2002. Jurusan Pendidikan Biologi. UPI. Biologi Molekuler, Kultur Jaringan Tumbuhan, Biokimia, Biologi Umum, Pengetahuan Lingkungan, Seminar Biologi, Fisiologi Tumbuhan. 2004-2007. Semester Genap. Program Studi Bioteknologi, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Rekayasa Genetika. November 2005. Departemen Biologi. IPB. Prinsip-prinsip Bioteknologi. Bioteknologi Mikroba. November 2006. Program Pascasarjana, Program Studi Bioteknologi. 1TB. Kapita Selekta Bioteknologi. Agustus 2007-sekarang. Jurusan Pendidikan Biologi, UPI. Biologi Molekuler, Kultur Jaringan Tumbuhan, Biokimia, Mikrobiologi, Metodologi Penelitian Biologi. Agustus 2008-sekarang. Sekolah Pasca Sarjana. UPI. Biologi Fungsi. September 2013-sekarang. Sekolah Pasca Sarjana Universitas Kuningan. Bioteknologi. Reviewer Jurnal Nasional: Indonesia Bioscience Journal, Hayati, 2007-sekarang Reviewer Journal o f Biosciencetific. Prodi Biologi, FPMIPA, UPI. 2008-sekarang Biojati Journal. 2012-sekarang Program Studi
*'
Juli 2007-2011. Ketua Program Studi Biologi. Jurusan Pendidikan Biologi. FPMIPA. UPI. Mei 2009. Ketua Program Studi Berprestasi Tingkat Fakultas. FPMIPA. UPI. Juli 2009. Peserta Pemilihan Ketua Program Studi Berprestasi Tingkat Nasional. D I K T I . Jakarta. Januari 2010. Ranking pertama Ketua Program Studi Tingkat Universitas. UPI. PROFESSIONAL MEMBERSHIP 2004 to present. The Indonesian Society for Microbiology. 1998 to present. International Association Plant Tissue Culture and Biotechnology (IAPTC&B). 1996 to present. The Indonesian Society for Biology. Lain-lain : 2007 - sekarang. Asesor Sertifikasi Guru SMK Jawa Barat. No Induk Asesor : 07128552002 8 April 2008 - 12 April 2008. Instruktur Pelatihan Guru Pelajaran SMP Kepulauan Riau. Batam. 2008-sekarang, PFPG, Guru SMA, Bioteknologi. Tim penilai Akademisi Berprestasi Tingkat Universitas (Kaprodi Berprestasi), Universitas Pendidikan Indonesia Tahun 2010. Tim penyusun Akreditasi Program Studi Pendidikan 1PA, Sekolah Pasca Sarjana, Universitas Pendidikan Indonesia Tahun 2010-sekarang. Tim penyusun Proposal Hibah Kompetisi Institusi (Tema B) Universitas Pendidikan Indonesia Tahun 2010-2013.
Dr. Any Fftriani, M S i . NIP. 196502021991032001
R I W A Y A T HIDUP A N G G O T A P E N E L I T I
Nama
: A n y Aryani, S.Si., M.Si.
NIP
:197105302001122001
Pangkat/Jabatan/Golongan
: Penata Tingkat I / Lektor / I l l / d
Tempat, tanggal lahir
: Bandung, 30 M e i 1971
Jenis Kelamin
: Perempuan
Instansi
: Universitas Pendidikan Indonesia
Alamat Instansi
: Jl. Dr. Setiabudi No.229 Bandung 40154
Alamat Rumah
: Jl. M o h . Toha No.62/201B Bandung 40243
No. Telp./HP
: (022) 5209239 / 08122228242
Riwayat Pendidikan : No. 1. 2.
Universitas S I : IPB S2: IPB
Kota/Negara Bogor/Indonesia Bogor/Indonesia
Tahun Lulus 1996 2001
Jurusan Biologi Biologi
Riwayat Pekerjaan : •
Feb 2002-sekarang
•
Okt 1996-Sep 2001
: Dosen Biologi di Jurusan Pendidikan Biologi, FPMIPA U P I : Asisten dosen/peneliti di Laboratorium Zoologi, Jurusan Biologi, F M I P A IPB
Pelatihan : •
•
Pelatihan Singkat Teknik Biologi Molekuler: Eksplorasi Sumberdaya Genetik dengan Menggunakan Marka molekuler. Bogor, 12-17 Desember 2005. Kerjasama Pusat Studi Ilmu Hayati LPPM IPB dengan Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional Pelatihan Pemanfaatan Penanda Molekuler untuk Pemuliaan Tanaman. Bogor, 1 -6 Juni 2004. Kerjasama Pusat Penelitian Bioteknologi IPB dengan Wageningen Univesitiet Researchcentrum, The Nederlands.
Pengalaman Penelitian : No
1
Nama Proyek Hibah Fundamental (2 tahun)
Pemberi Dana DIKTI
Judul Penelitian Isolasi dan Filogeni Molekuler Berdasarkan
Jabatan (Ketua/ Anggota) Anggota
Besar Dana
Tahun
(Rp) 67.250.000
20102011
Gen 16S r R N A dan strain c m Sibion Rhizofer pada Tumbuhan Obat Ageratum conyzoides L . 2
Hibah Kompetisi Program Unggulan
D I P A UPI
Meningkatkan Kuaiitas Mutu Mahasiswa Program Studi Biologi Melalui Bioentrepreneurship
Anggota
20.000.000
2009
3
Hibah Bersaing
D I P A UPI
Pengembangan Penanda D N A Spesifik dengan RAPD untuk Menunjang Usaha Seleksi Kuaiitas Burung Berkicau (Familia Columbidae)
Ketua
42.500.000
2009
4
Hibah Kompetitif
Dana Masyarakat (Eks DIKs) Tabungan Universitas TA.2008
Pengembangan Penanda RAPD dalam Analisis Keragaman Genetik untuk Menunjang Usaha Seleksi dan Pelestarian Burung-burung Familia Columbidae
Ketua
15.000.000
2008
5
Hibah Pembinaan
Dana DIPA UPI
Analisis Kemampuan Interpretasi Mahasiswa pada
Ketua
3.300.000
2007
Anggota
40.000.000
2007
r Clivalllalall
Preparat Histologi Struktur Hewan 6
Hibah
DIKTI
Potensi Tepung
d i n t Piocir\fT IVUlll r i s a n g
persuing
Sebagai Pakan Alternatif pada Ransum Ternak Unggas 7
Hibah Bersaing (3 Tahun)
DIKTI
Pengembangan, Karakterisasi dan Analisis Perbandingan Lokus Mikrosatelit dan ISSR pada Populasi Ikan Gurame yang I? ctfPTI P»CT
Anggota
134.000.000
20072009
Anggota
149.572.500
2004
HQTI
rvesisicn uaii
Sensitif Terhadap Aeromonas hydrophila 8
Hibah Pekerti
DIKTI
Pengembangan Penanda D N A Spesifik dengan Metode SCARs untuk Mengidentifikasi Gen Ketahanan Terhadap Aeromonas hvArnnhiln tun iiytAi
dalam Program Perbaikan Mutu Genetik Ikan Gurame
Publikasi Ilmiah : Nama-nama No. Penulis Aryani, A., D . 1 Kusumawaty, R. Nurtikasari & A . A . Pertiwi
Judul Tulisan Analysis o f Genetic Diversity i n Columbidae Birds with Random Amplified
Nama Seminar/Jurnal The International Conference and Exhibition on Science and Technology i n Biomass
Kota Bandung
Bulan/Tahun 25-26 November 2009
n
Przvri 1 iz*fi r\x\
L) f\ 1 \7xn f~\ T*t"\ 1 7* r oiymorpiiic
1 IUU.ULUUI1
9009 FTR
LV1 N A
Z
Kusumawaty, TT A Qafrini ,. xu., T/4\O.X ;sXaQiVnI n iiT INi . oaoiuan, niaaydi oc J \ .
(XJW 1 9 H
A
91
H
1 1 91 /Y
joanQung
If, Z J-ZO 1R
lNovemuer
! i t . i
mierosaienue r n m e r
lur
/A
/A
dllU
1 f*r*rir\r\tr\cr\r 1 c u m u i u g y U 1 /-\9H O O P
VJCI1CUL/ \ / A 9*1 A r M l l T l f
P V n l Nl f" 1 n n IZtXinDlLlUIl Oil OLdCIlvC
/AIldiyMIlg U l
Aryani
l—•
1
)U-
1 A t * / Y n o t o l
LAN/A
\ www• • i i i i
ne inicmdiioridi
Application ot
/-\ t
v anaDiiixy o i Gouramy population
in HI
Diomass Production 2009, I T B
[Osphronemus rrr~l llffl m~\} T Q P 1 guuruiiiy L/dcj
were lmecieu oy
Aerornonus t/l 1 tZT 1**/1 9 1 i l nyuroprlliu 3
m' o n i
A A r y a n i ,
A 1 1 A . , L J .
Kusumawaty, r c m w i
R. Nurtikasari
oc
/ ZI
OntiinQei Tczrlooi ISOldM wpUIIldM F T NT
A A PtPr+iriri Rr A . A .
1
A
/-] or-I
IT
aan 111
D
0 T-OTA
aran /T uan D U I U paua Burung-burung Columbidae. JJINA /H 1 9 1 •—c 1
1
9*1 A
A
v. 7*m incr
a an
oeiiuiidr
Nasional Rirxlrtrri Y Y Han pioiogi A A aan Kongres
\ A 1 n IVldldng
94 9^ tnli Z t - Z J
ZUU9
J Ull
Perhimpunan Biologi 1 91
/A /A
9 1 ."4 A
1 A
IT
1 \ /
inaonesia A I r\cxx V, JInriicon U I U o d l l FA D 1l c\\ UlUgl U TFNT l i N X/foiilono IVldUldlld N/fsUiL' TKr^Viim IvicUAlv imdlulll Nyf Q 1 Q n cr IVTcUdllg,
Aryani, n
A . ,L / .
Rr
R
u . ooiinin oc i x . Widjajakusuma
A It
P»T*Q n Q t T l Q x l
rverdgdllldll
Genetik Daerah A
/xxxixi
U-lOOp
[AXI
A
DIN A
Mitokondria Ayam Hutan OlJdU
n c n IT i r\ 1 n rr i V"V /Hon
N z*m 1 0 v oclllllidl NT i N 0d M 1Or\I l d0l 1
TXQMC1C
AlldllSlS
KKjllllUS
\ '/7i*!i/r 1 Vt/7 (WO ^
K licitm piwot\i K.. T. Hidayat, B. Supriatno, A . Sumarna & A . Aryani
94 9<> Z t - Z J
TH 1 i J Ull
Kongres Perhimpunan Biologi I n r\ / i n P C I O
TL I \ I
inuonesia A I V , TiiniQfin Rinlooi F N I I\yfi)nl^nfi KJT11N VldUldlld AAQ Iz Tnrctnim I V l d l11 liV lUIdlillll \A 1 rr IVldldllg A
IvUSUIIldW d i y ,
Nyt I V la d l1danfi llg
A
91
/AlldllSlS
OCUlllldl
Morfometrik Ikan Gurame dari Kota Sukabumi dan Tasikmalaya
Nasional dan Temu A l u m n i Jurusan Pendidikan Biologi
R an H11 rr 10 d l tU 111nliC
Tub
15-16 1 J - 1VJ J U l l
2009
FPMIPA UPI 6
7
8
Safrini, A & A . Aryani
Optimasi Suhu Annealing Penanda D N A Mikrosatelit pada Ikan Gurame
Seminar Nasional dan
Bandung
15-16 Juli 2009
A r y a n i , A . , T. Hidayat & D . Kusumawaty
Kajian A w a l Analisis Amplifikasi D N A Gurame (Usphronemus gouramy Lac.) dengan Menggunakan Primer ISSR
Biosainstifika 1:179-187
Bandung
M e i 2009
A r y a n i , A . , T. Hidayat & D. Kusumawaty
Kajian Awal Analisis Amplifikasi D N A Gurame (Uspnronemus gouramy Lac.) dengan Menggunakan Primer ISSR
Seminar Nasional Tahunan V Hasil Penelitian Perikanan dan Kelautan Fakultas Pertanian U G M
Yogyakarta
26 Juli 2008
Kusumawaty, D., D. Rochintaniawati, D. Holipah, M.R. Moeis, A . Pancoro & A . Aryani
Keberhasilan Penanda RAPD dalam Membedakan Populasi Gurame (Osphronemus gouramy Lac.) yang Sensitit dan Resisten terhadap Aeromonas hydrophila
Seminar Nasional Tahunan V Hasil Penelitian Perikanan dan Kelautan Fakultas Pertanian U G M
Yogyakarta
26 Juli 2008
A
1
*
Temu A l u m n i Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA U P I
9
Kusumawaty, D., G. Eka, T. Hidayat, M . M . Margrita, A . Pancoro & A . Aryani
Berbagai Tipe Mikrosatelit yang Ditemukan pada Genom Gurame (Osphronemus gouramy Lac.)
Seminar Nasional Tahunan V Hasil Penelitian Perikanan dan Kelautan Fakultas Pertanian U G M
Yogyakarta
26 Juli 2008
10
Hernawati & A . Aryani
Kajian Sifat Fisik dan Kimia Tepung K u l i t Pisang Hasil Pengeringan Oven dan Jemur
Biosainstifika 1:1-12
Bandung
November 2008
11
Kusumawaty, D., E. Lia, A . Aryani, & A. Rahmat.
Analisis Keanekaragaman Genetik Ikan Gurame (Osphronemus gouramy Lac.) Varietas Blusafir dengan Menggunakan Metode RAPD
Seminar Nasional dan Temu Alumni Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI
Bandung
25-26 Mei 2007
12
Kusumawaty, D., D . Holipah, A . A r y a n i , D. Rochintaniawati & A . Rahmat
Analisis Variasi Genetik Osphronemus gouramy Lac. yang Terinfeksi oleh Bakteri Aeromonas hydrophila dengan Penanda RAPD
Seminar Nasional dan Temu Alumni Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI
Bandung
25-26 M e i 2007
13
Kusumawaty, D., G. Eka, T. Hidayat, Kusdianti & A . Aryani
Characterization o f Partially Genom Library o f Gouramy (Osphronemus gouramy: Labantidae) Which is Rich o f Microsatellite loci: Preliminary
Seminar Nasional dan Temu Alumni Jurusan Pendidikan Biologi FPMIPA UPI
Bandung
25-26 Mei 2007
study 14
15
Aryani, A., Y.H. Adisendjaja & Y. Nuderman
Kusumawaty, D., E. Lia, M . M . Margrita & A . Aryani
Jenis-jenis dan Zonasi Makroalga pada Zona Intertidal di Pantai Sancang Garut Jawa Barat
Seminar Nasional dan Temu A l u m n i Jurusan Pendidikan Biologi
Analisis Struktur Genetik Populasi Ikan Gurame (Osphronemus gouramy) Blusafir dengan Menggunakan Metode Random Amplified Polymorphic
Seminar Nasional Pemaparan Hasil Penelitian Dasar Tahun 2005, Departemen
T~VV
T A
/ T"»
A
r»T1\
D N A (RAPD)
P H X
A"TT* A
T
Bandung
25-26 M e i 2007
Jakarta
18-20 M e i 2006
JTkl
FPMIPA UPI
T-X
1*1*1
Pendidikan Nasional D I K T I dan Direktoral Penelitian dan 1
T~X
J *
Pengabdian Kepada Masyarakat 1
/A
16
A
•
A
rx
Aryani, A., D . Duryadi, 1 .S. Prawasti & M . Kaomini
Analisis Genom Mitokondna Beberapa Ras Ulat Sutera dengan Random Amplified Polymorphic DNA
JET
A
• C
/ 1
\. n
Hay at i 5 (1):91j
Bogor
X
A
*
1
A D O
Maret 1998
Bandung, 10 November 2013
Any Aryani, S.Si., M.Si.
LAPORAN KEUANGAN PENELITIAN 1. Honor/Upah No.
Pelaksana
1 2
Ketua Tim Anggota
2. No.
Jumlah Jumlah Pelaksana Jam/Minggu 1 10 1 6 Jumlah Biaya
Jumlah Bulan 10 10
Honor/Bulan
Biaya
(RP.)
(RP.)
80,000 36,000
8,000,000 3,600,000 11,600,000
Bahan habis pakai Nama Bahan
Penggunaan
Volume
Harga Satuan (RP.)
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
KH2P04 K2HP04 Agar-agar ddH20 Yeast extract Tripton Tris EDTA Lisozyme SDS Proteinase K NaCl Phenol Chloroform Isoamil alkohol Isopropanol Ethanol Taq polimerase Primer dNTPs Agarosa Loading dye Marker DNA Etidium bromid RNAse Tabung mikro Tips biru Tips kuning Tips putih Sequensing DNA
Medium Medium Medium Medium Medium Medium Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA Isolasi DNA PCR PCR PCR Elektroforesis Elektroforesis Elektroforesis PewarnaDNA Isolasi DNA kultur Alat ukur vol Alat ukur vol Alat ukur vol Urut basa Jumlah Biaya
250 g 250 g 250 g 1L 250 g 250 g 250 g 250 g 100 g 50 g 50 g 250 g 250 ml 250 ml 250 ml 250 ml 250 ml 1500U 100 basa 100 uL 100 g 50 ml 50 ug 5 ml 5 mg 1 box 1000 bh 1000 bh 1000 bh 10
300,000/500g 500,000/500g 2,000,000/500g 20,000/100 ml l,500,000/500g l,000,000/500g 2,000,000/500g l,200,000/500g l,000,000/200g 1,500,000/1 OOg 1,000,000/1 OOg 300,000/500g l,500,000/500ml 5O0,OOO/5OOml l,000,000/500ml l,500,000/500ml 2,000,000/500ml 1,500,000/500U 10,000/basa l,000,000/50uL 2,800,000/1 OOg 1,000,000/100ml l,000,000/50ug 500,000/5ml 1,500,000/5 mg 550,000/box 400,000/lOOObh 500,000/1000bh 500,000/1 OOObh 500,000/sampel
Jumlah (Rp.) 200,000 250,000 1,000,000 200,000 750,000 500,000 1,000,000 600,000 500,000 500,000 500,000 150,000 750,000 250,000 500,000 750,000 1,000,000 4,500,000 1,000,000 2,000,000 2,800,000 500,000 1,000,000 500,000 1,500,000 550,000 400,000 500,000 500.000 2,000,000 27,400,000
3. No 1
Anggaran untuk perjalanan/kirim barang Kota/Tempat Tujuan Seoul
Jumlah Pelaksana
Volume 2 paket
Biaya Satuan (Rp.) 500,000
Jumlah Biaya
4. No
Jumlah (Rp.) 1,000,000 1,000,000
Lain-lain (Pemeliharaan, Penggandaan, Pelaporan) Uraian Kegiatan
Volume
Biaya Satuan
Jumlah (Rp.)
(RP.)
1 2 3 6
Pemotretan 1 paket Penggandaan laporan 1 paket Pemeliharaan 1 paket Penelusuran Literatur 1 paket Jumlah Biaya
1,000,000 1,000,000 1,000,000 1,200,000
1,000,000 1,000,000 1,000,000 1,000,000 4,200,000
Pajak Penghasilan ( 1 5 % ) : Rp. 7.800.000,-
Bandung, 15 November 2013 Mengetahui Ketua L P P M
Ketua Peneliti,
Prof. Dr. Sumarto, M S I E
Dr. A n y Fitriani, M.Si.
