IDENTIFIKASI SPESIES BAKTERI STAFILOKOKUS PADA IKAN KERAPU DI KARANGASEM DENGAN ANALISIS SEKUENS 16S rRNA
SKRIPSI
Oleh Ketut Wella Mellisandy NIM. 0909005030
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS UDAYANA 2013
IDENTIFIKASI SPESIES BAKTERI STAFILOKOKUS PADA IKAN KERAPU DI KARANGASEM DENGAN ANALISIS SEKUENS 16S rRNA
SKRIPSI
Diajukan untuk Melengkapi Tugas-Tugas dan Memenuhi Persyaratan Untuk Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Oleh Ketut Wella Mellisandy NIM. 0909005030
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS UDAYANA 2013
Setelah mempelajari dan menguji dengan sungguh-sungguh kami berpendapat bahwa tulisan ini baik ruang lingkup maupun kualitasnya dapat diajukan sebagai skripsi untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Ditetapkan di Denpasar tanggal ……………........ Panitia Penguji :
Dr. drh. I Nengah Kerta Besung, M.Si Ketua
Prof. Dr. I Gusti Ngurah Kade Mahardika Sekretaris
Dr. drh.I Wayan Suardana, M.Si Anggota
Drh. Tjokorda Sari Nindhia, M.Biomed Anggota
Drh. I Gede Soma, M Kes. Anggota
RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Singaraja pada tanggal 20 Januari 1991. Penulis adalah putri keempat dari empat bersaudara pasangan Bapak Ketut Widiadnya, S.Pd dan Ibu Nyoman Gariani. Penulis menyelesaikan sekolah dasar di SDN 1 Bebetin, lulus pada tahun 2003. Pendidikan lanjutan tingkat pertama di SMP Negeri 1 Sawan, lulus pada tahun 2006. Pendidikan lanjutan tingkat atas di SMA Negeri 1 Singaraja, lulus pada tahun 2009. Penulis melanjutkan pendidikan di Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana pada tahun 2009. Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan (SKH.), penulis menyelesaikan skripsi dengan judul Identifikasi Spesies Bakteri Stafilokokus Pada Ikan Kerapu Di Karangasem Dengan Analisis Sekuens 16S rRNA
Denpasar, Juni 2013 Penulis
i
RINGKASAN Ikan kerapu merupakan produk perikanan laut yang bernilai ekonomi tinggi. Bakteri yang ada dalam ikan ini dapat berdampak pada kesehatan hewan dan kesehatan masyarakat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri stafilokokus pada ikan kerapu di Karangasem. Sampel feses ikan dikumpulkan dari lokasi tersebut. Bakteri ditumbuhkan pada media Blood Agar dan diidentifikasi dengan pewarnaan Gram. Kultur bakteri yang diduga stafilokokus, dimasukkan dalam media Chelex 10%. Fragmen gen 16S rRNA diamplifikasi dari DNA yang diisolasi tersebut dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer spesifik stafilokokus. Produk PCR disekuensing di Barkley Sequencing Facility di Amerika Serikat. Hasil sekuensing diedit dan dirunutkan dengan MEGA5.0. Sekuen akhir dari setiap isolat disepadankan dengan database di GenBank dengan fitur BLAST. Beberapa sekuens standar diunduh untuk mengkontruksi pohon filogenetik. Spesies yang dapat dikonfirmasi adalah Staphylococcus warneri dengan nilai homologi 100% dengan data di GenBank. Dua isolat stafilokokus belum dapat dikonfirmasi. Penelitian lanjutan diperlukan untuk mengetahui dampak bakteri ini pada kerapu, hewan ternak, dan manusia, serta untuk mengkonfirmasi spesies yang belum dapat ditentukan.
ii
UCAPAN TERIMAKASIH
Puji syukur penulis panjatkan kehadapan Ida Sang HyangWidhi Wasa / Tuhan Yang Maha Esa, yang telah memberikan segala nikmat, rahmat dan sayang-Nya sehingga penulisan skripsi ini dapat diselesaikan. Skripsi yang berjudul : “Identifikasi Spesies Bakteri Stafilokokus pada Ikan Kerapu di Karangasem dengan Analisis Sekuens 16s rRNA” disusun berdasarkan hasil penelitian sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan di Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana. Melalui kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih yang setulus-tulusnya kepada: 1. Bapak Prof. Dr. Drh. I Made Damriyasa, MS. selaku Dekan Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana beserta staf. 2. Bapak Prof. Dr. Drh I Nyoman Suarsana, M.Si. selaku Pembimbing Akademik yang telah memberi motivasi dan dukungan moril. 3. Bapak Dr. Drh. I Nengah Kerta Besung, M.Si. selaku pembimbing I yang telah memberikan waktu, sumbangan ilmu serta tenaga selama penelitian hingga akhir penulisan skripsi ini. 4. Bapak Prof. Dr. Drh. I Gusti Ngurah Kade Mahardika. selaku pembimbing II, yang telah memberikan bimbingan, arahan dan sumbangsih ilmu selama penelitian dan kesabaran dalam membimbing hingga penyusunan skripsi ini. 5. Bapak-bapak tim penguji Dr. Drh. I Wayan Suardana, M.Si., Drh. Tjokordia Sari Nindhia, MP., dan Drh. I Gusti Ketut Suarjana, MP. atas saran dan masukan yang telah diberikan.
iii
6. Untuk Ayah saya Ketut Widiadnya, S.Pd, Ibu saya Nyoman Gariani dan kakak-kakak saya Luh Putu Sri Windari, Made Yoni Reliasih, Komang Tridadi Saputra, S.T. tercinta yang telah banyak berjasa dalam memberikan doa serta dorongan baik moril dan materil serta doa sehingga penulisan skripsi ini dapat selesai dengan tepat waktu. 7. Staf Lab. Biomedik (Drh. Ni Made Ritha Krisna Dewi, M.Si, Drh. I Gusti Ngurah Narendra Putra, M.Si, dan Drh. Ni Luh Astria Yusmalinda, M.Si) dan Staf Lab. IBRC (Ni Putu Dian Pertiwi, Ni Kadek Dita Cahyani, Aji Wahyu Anggoro, Andrianus Sembiring, Angka Mahardini, dan Rizqi Wulandari) yang telah banyak mambantu dan memberi arahan dalam penelitian yang telah dilakukan. 8. Bapak/Ibu dosen Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana yang telah memberikan dorongan yang sangat berguna dalam penyelesaian skripsi ini. 9. Bapak/Ibu pegawai tata usaha Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana yang telah membantu proses beasiswa untuk membantu mendanai kuliah dan memperlancar administrasi untuk penyelesaian skripsi ini. 10. Tim Penelitian (litha, eka, dedek, mei, steven), Kadek Bayu Diandra Putra, Genjack, dan korti ‘Elyda’ 2009 A yang selalu memberi semangat, bantuan sarana, dan doa. 11. Teman-teman angkatan 2009 dan pihak-pihak lainnya yang tidak dapat penulis sebutkan satu-persatu.
iv
Penulis menyadari bahwa skripsi ini jauh dari sempurna, untuk itu penulis mengharapkan kritik dan saran demi kesempurnaan tulisan ini. Akhir kata semoga skripsi ini bermanfaat bagi kita semua.
Denpasar, Juni 2013 Penulis
v
DAFTAR ISI
RIWAYAT HIDUP ............................................................................................. i RINGKASAN ..................................................................................................... ii UCAPAN TERIMAKASIH ..............................................................................iii DAFTAR ISI ..................................................................................................... vi DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... viii DAFTAR TABEL ............................................................................................. ix BAB I PENDAHULUAN 1.1 Latar Belakang .......................................................................................... 1 1.2 Rumusan Masalah ..................................................................................... 3 1.3 Tujuan Penelitian ....................................................................................... 3 1.4 Manfaat Penelitian ..................................................................................... 3 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1 Ikan Kerapu ................................................................................................ 4 2.2 Penyakit Pada Ikan Kerapu . ....................................................................... 7 2.3 Bakteri Stafilokokus ................................................................................... 8 2.4 Metode Identifikasi Bakteri...................................................................... 10 2.5 Bioinformatika ......................................................................................... 15 2.6 Kerangka Konsep .................................................................................... 16 BAB III MATERI DAN METODE 3.1 Bahan – bahan yang digunakan ................................................................. 18 3.2 Peralatan yang digunakan ......................................................................... 18 3.3 Rancangan Penelitian................................................................................ 19 3.4 Variabel Penelitian ................................................................................... 20 3.4.1 Variabel Bebas ...................................................................................... 20 3.4.2 Variabel Tergantung ............................................................................. 20 3.5 Cara Pengumpulan Data ........................................................................... 20 3.6 Prosedur Penelitian ................................................................................... 20 3.6.1 Pengambilan Feses Ikan ....................................................................... 21
vi
3.6.2 Isolasi Bakteri Stafilokokus................................................................... 21 3.6.3 Polymerase Chain Reaction (PCR) ........................................................ 21 3.7 Analisis Data ............................................................................................ 23 3.8 Lokasi dan Waktu Penelitian .................................................................... 23 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1 Hasil ........................................................................................................ 25 4.2 Pembahasan ............................................................................................. 38 BAB V SIMPULAN DAN SARAN 5.1 Simpulan .................................................................................................. 43 5.2 Saran ........................................................................................................ 43 DAFTAR PUSTAKA .................................................................................. 44 LAMPIRAN
vii
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1 Anatomi External Ikan ..................................................................... 5 Gambar 2 Prosedur Penelitian ........................................................................ 20 Gambar 3 Isolasi Bakteri ................................................................................ 25 Gambar 4 Elektroforesis produk PCR ............................................................. 26 Gambar 5 Pohon Filogenetik .......................................................................... 36
viii
DAFTAR TABEL
Tabel 1 Spesies Dan Sub Spesies Bakteri Stafilokokus ..................................... 9 Tabel 2 Alignment Susunan Nukleotida .......................................................... 27 Tabel 3 Rangkuman Hasil .............................................................................. 35 Tabel 4 Jarak Genetik ..................................................................................... 37
ix
