Enlighten Your Research3 de winnaars
Take your e-Infrastructure to the next level Met gepaste trots presenteren we de w innaars van Enlighten Your Research 3. Het thema van de wedstrijd was ‘Take your e-Infrastructure to the next level’. De vier winnende voorstellen onderscheiden zich door een vernieuwende toepassing van de mogelijkheden van de aangeboden e -Infrastructuur: gecentraliseerde opslag- en rekenfaciliteiten, grid- en HPCcloudinfrastructuur, en hoogwaardige connectiviteit via lichtpaden. De winnaars mogen gratis gebruikmaken van de gewenste diensten, ontvangen gratis ondersteuning bij de implemen tatie daarvan en winnen bovendien een geldprijs van maximaal 20.000 euro.
Meer informatie over Enlighten Your Research: www.surfnet.nl/eyr
Enlighten Your Research 3 reikt ook een speciale duurzaamheidsprijs uit, om het belang van groene ICT in onderwijs en onderzoek te benadrukken. Partners Enlighten Your Research: SURFnet, SARA, BiG Grid en NWO
e
1
Next generation networking for next generation sequencing ‘Gedegen aanpak, indrukwekkend netwerk zowel nationaal als internationaal.’ ‘Daadwerkelijk next generation, met een grote impact op zowel wetenschap als industrie.’ / juryrapport
Jan Bot (TU Delft) / genetica
De complete DNA-structuur van een persoon ontrafelen, dat kan met Next Generation Sequencing. Verschillende instituten in binnen- en buitenland werken hierin samen aan het genereren en analyseren van data. Het gaat om enorme hoeveelheden gegevens, daarom is een nieuwe infrastructuur nodig om de deelnemende instituten met elkaar te verbinden. Zo wordt het mogelijk dat bijvoorbeeld TU Delft direct en veilig toegang heeft tot de data verkregen bij Erasmus MC. Het gesleep met harde schijven is verleden tijd.
Om deze infrastructuur te realiseren, zijn er naast het bestaande netwerk vijf nationale en twee internationale dynamische lichtpaden nodig. Daarnaast wordt rekenkracht op het Life Science Grid Cluster (onderdeel van de BiG Grid infrastructuur) en 20 TB opslagruimte bij SARA aangevraagd. Die opslag dient als buffer voor het transport van de grote datasets.
Implementation of a Centralized Image Processing Unit to facilitate Large-Scale Population Imaging Studies ‘Aansprekend onderwerp, waarbij het beschikbaar stellen van informatie en hoogwaardige data via de cloud als dienstverlening voorop staat.’ ‘Dit project bevordert de samenwerking tussen de academische ziekenhuizen.’ / juryrapport
Henri Vrooman (Erasmus MC) / medische wetenschappen
Met moderne beeldvormingstechnieken in bevolkingsonderzoek (population imaging) krijgen onderzoekers steeds beter inzicht in de ontwikkeling van ziektes. Zo kunnen medici ziektevorming in een vroeger stadium diagnosticeren of zelfs voorspellen. Met een geavanceerde infrastructuur benutten onderzoekers de met population imaging verkregen informatie optimaal. Via de infrastructuur kunnen de beeldgegevens (MRI- en CT-scans) op verschillende locaties verzameld, geanalyseerd en geraadpleegd worden.
Een belangrijk onderdeel van het voorstel is de Centralized Image Processing Unit (CIPU). De CIPU zal worden geïmplementeerd op SARA HPC Cloud als onderdeel van de BiG Grid infrastructuur. Gegevens verzameld in Leiden en Rotterdam worden daar via vaste, beveiligde lichtpaden naartoe gestuurd. Via een dynamisch lichtpad maakt TU Delft interactieve analyse mogelijk op gegevens die de CIPU verwerkt heeft.
2e
e
3
ld
ee
d ge
Stream in the Netherlands: an E-Infrastructure for Distributed Visual Analysis of Flooding Scenarios ‘Goede combinatie van beschikbare infrastructuurcomponenten.’ ‘Groot maatschappelijk belang vanwege de potentie tot realtime assistentie bij calamiteiten.’ / juryrapport
Gerwin de Haan (TU Delft) / watermanagement
Klimaatveranderingen zorgen in Nederland onder andere voor stijging van de zeespiegel en meer regen. Dat biedt uitdagingen voor beleidsmakers. Het Actueel Hoogtebestand Nederland (AHN2), een zeer gedetailleerde digitale hoogtekaart, biedt hierbij ondersteuning. Het blijkt dat de huidige tools om de data van AHN2 (ongeveer 8 terabytes) te verwerken, niet toereikend zijn. AHN2 wordt daardoor weinig gebruikt. Een nieuwe e-Infrastructuur moet hierin ver-
betering brengen. Het voorstel wil gebruik maken van centrale opslag voor ruwe AHN2data, rekenkracht bij BiG Grid om de ruwe data te verwerken tot bruikbare datastructuren en lichtpaden om de data op afstand (bij aangesloten instituten of via internet) te visualiseren. Op deze manier kunnen beleidsmakers en wetenschappers de AHN2-data veel effectiever gebruiken en kunnen ze ook makkelijk online samen aan deze data werken.
e
3
ld
ee
d ge
CONCLUDE: Connecting climate model data for scientific users and decision makers ‘Interessante casus voor dynamische lichtpaden.’ ‘Internationale voorbeeldfunctie vanwege het lichtpad naar de UK.’ / juryrapport
Wilco Hazeleger (Wageningen Universiteit) / klimaatonderzoek
Watermanagement, energie, landbouw: in al deze gebieden vormt klimaatonderzoek een belangrijke bron voor het maken van beleid. Met numerieke klimaatmodellen kunnen toe komstige klimaatveranderingen voorspeld worden. Op dit moment gebruiken veel instituten over de hele wereld hun eigen klimaatmodel. De kracht van deze modellen is veel groter als ze gecombineerd worden. CMIP5 (Coupled Model Intercomparison Project) combineert minstens 36 klimaat modellen verspreid over twintig landen, zodat scenario’s gebouwd kunnen worden op basis van al deze modellen. Bij het British
Atmospheric Data Centre (BADC) worden deze modellen samengebracht. Op dit moment zijn de klimaatmodellen al online beschikbaar, maar ze zijn te groot om makkelijk op afstand te kunnen gebruiken. Daardoor moeten steeds harde schijven heen en weer gestuurd worden. Door de in dit voorstel aangevraagde lichtpaden naar het BADC, het KNMI en de Wageningen Universiteit, hebben Nederlandse wetenschappers beschikking over de gecombineerde modellen van CMIP5. Andere instituten sluiten mogelijk later aan.
High-Performance Distributed Multi-Model / Multi-Kernel Simulations ‘Dit voorstel onderscheidt zich van de andere voorstellen omdat het lichtpad onderdeel is van het simulatie-instrument zelf.’ ‘Dit voorstel verdient de duurzaamheidsprijs vanwege de inzet van slimme software die efficiënt omgaat met de architectuur en de resources.’ / juryrapport
Frank Seinstra (Vrije Universiteit) / computer science
Veel wetenschappelijke problemen zijn zo complex dat je ze alleen met een groot arsenaal aan computerinfrastructuren te lijf kunt gaan. Het gelijktijdig gebruik van onder andere clusters, grids en clouds wordt jungle computing genoemd. Het Ibis eScience software framework is hier een voorbeeld van. Met de in dit voorstel aangevraagde infrastructuur wordt Ibis ingezet om een oplossing te vinden voor een sterrenkundig probleem in Leiden en een klimaatmodelprobleem in Utrecht. Om dat te kunnen doen zijn twee
vaste lichtpaden tussen de Universiteit Leiden en SARA en tussen Universiteit Utrecht en SARA nodig. Bij SARA zal gebruik gemaakt worden van rekenkracht op BiG Grid en de supercomputer Huygens, en van 20 TB opslagruimte. Ibis kiest voor elk probleem de beste toepassing van de infrastructuur. Ook energieverbruik speelt hierin een grote rol als optimalisatieparameter. Omdat duurzaamheid zo stevig verankerd is in de oplossing zelf, wint dit voorstel de Duurzaamheidsprijs.
Enlighten Your Research 3 wordt mogelijk gemaakt door: SURFnet SURFnet zorgt dat onderzoekers, docenten en studenten eenvoudig en krachtig samen kunnen werken met behulp van ICT. SURFnet richt zich daartoe op het stimuleren, ontwikkelen en exploiteren van een vertrouwde en verbindende ICT infrastructuur, waarmee de mogelijkheden die ICT biedt, optimaal kunnen worden benut.
SARA SARA ondersteunt onderzoekers in Nederland en werkt intensief samen met de academische gemeenschap en het bedrijfsleven. SARA stelt een geïntegreerde ICT-onderzoeksinfrastructuur beschikbaar en levert diensten en ondersteuning op het gebied van computing, dataopslag, visualisatie, netwerk, cloud en e-Science.
BiG Grid Het BiG Grid-project is een samenwerkingsverband van NCF, Nikhef en NBIC en beoogt een grid-infrastructuur op te zetten voor wetenschappelijk onder zoek. Deze onderzoeksinfrastructuur omvat rekenclusters en dataopslag, gecombineerd met specifieke middleware en software om onderzoek mogelijk te maken dat behoefte heeft aan meer dan pure rekenkracht of dataopslag.
NWO NWO, de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek, is wetenschappelijke onderzoek in Nederland te laten excelleren via nationale competitie. Jaarlijks geeft NWO ruim 500 miljoen euro uit aan subsidies voor toponderzoek en toponderzoekers, vernieuwende instrumenten en apparatuur, en aan instituten waar toponderzoek wordt bedreven.
December 2011
de onafhankelijke nationale wetenschapsfinancier en heeft tot taak het
