PROPOSAL PROGRAM RISET DESENTRALISASI DIKTI 2013

PROPOSAL PROGRAM RISET DESENTRALISASI DIKTI 2013

KLONING DAN EKSPRESI GEN PENGKODE KITOSANASE DALAM RANGKA PRODUKSI KITOOLIGOSAKARIDA UNTUK KEPERLUAN MEDIS

Ketua Tim Peneliti: Dessy Natalia, Ph.D

KK Fakultas

: Biokimia : MIPA

INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG Maret, 2012

DAFTAR ISI Halaman 1

RINGKASAN PROPOSAL ..................................................................................................2

2

PENDAHULUAN .................................................................................................................2

3

METODOLOGI ....................................................................................................................3

4

DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................................4

5

INDIKATOR KEBERHASILAN (TARGET CAPAIAN) .........................................................4

6

JADWAL PELAKSANAAN ..................................................................................................5

7

PETA JALAN (ROAD MAP) RISET ....................................................................................5

8

USULAN BIAYA RISET ......................................................................................................6 8.1

Belanja pegawai ........................................................................................................6

8.2

Belanja barang ..........................................................................................................6

8.3

Belanja jasa ...............................................................................................................6

9

CV TIM PENELITI CV TIM PENELITI/INOVASI .................................................................7

10

LAMPIRAN BUKTI CAPAIAN OUTPUT TAHUN 2010-1012 .......................................... 13

1

RINGKASAN PROPOSAL

Kitosanase yang menghidrolisis kitosan (kitin yang telah mengalami deasetilasi) merupakan enzim penting dalam daur ulang limbah kitin yang berasal dari kulit udang. Kitooligosakarida hasil degradasi kitosan mempunyai sifat antimikroba, antitumor, dan juga dapat menurunkan kadar kolesterol, dan juga dapat menstimulasi sistem imum. Kelompok Penelitian kami mempunyai bakteri laut B. amiloliquefaciens ABBD yang dapat mendegradasi kitosan dan kami juga telah berhasil mengisolasi gen pengkode kitosanase.

Tujuan jangka panjang penelitian ini adalah produksi enzim kitosanase rekombinan bakteri

laut B. amiloliquefaciens ABBD serta produksi kitooligosakarida.

2

PENDAHULUAN

Kitosan adalah polimer D-glukosamin yang berasal dari deasetilasi sempurna atau parsial kitin (poli-β-1,4D-N-asetilglukosamin). Setiap tahun dihasilkan sekitar 150 juta ton limbah kitin dari kulit krustakea yang umumnya dibuang ke laut sehingga menimbulkan masalah lingkungan. Oleh karena itu perlu langkah pembuangan dan penanganan terhadap limbah tersebut.

Hidrolisis sempurna kitosan menghasilkan glukosamin, sedangkan hidrolisis parsial akan menghasilkan kitooligosakarida. Kitooligosakarida mempunyai fungsi sebagai antitumor, antimikroba, penstimulasi sistem imun, penurun kolesterol sehingga banyak digunakan dalam industri makanan dan farmasi (Kobayashi et al. 2011). Kitosan dapat dihidrolisis menggunakan enzim yang spesifik dan non-spesifik. Hidrolisis kitosan dengan enzim pesin atau pronase dapat menghasilkan kitooligosakarida dimer sebanyak 10-15% (Kumar and Tharanathan, 2004). Kitosanase belum dapat digunakan dalam skala besar dan relatif lebih mahal (Lin et al., 2009).

Kitosanase (E.C.3.2.1.132) dihasilkan oleh bakteri, jamur dan tanaman sebagai enzim ekstraselular atau intraseluler. Kitosanase dihasilkan sebagai enzim konstitutif atau induktif. Bacillus megaterium P1, B.

licheniformis UTK, Mucor rouxii, Cucumis sativus dan beberapa dari spesies tanaman menghasilkan kitosanase dengan beberapa massa molekul (Somashekar and Joseph, 1996). Kitosanase dari masingmasing organisme menghasilkan pola hidrolisis yang berbeda, yang tergantung pada tingkat asetilasi substrat. B. thuringensis subspesies menghasilkan kitosanase yang termasuk kedalam keluarga 8. Produk degradasi yang dihasilkan adalah kitotriosa dan kitotetraosa (Lee et al., 2007). B galur JAM-GG01 menhasilkan produk hidrolisis kitobiosa, kitotriosa dan kitotetraosa (Kobayashi et al, 2011). Endokitosanase dari Bacillus sp P16 menghasilkan kitopentaosea (Jo et al., 2003). Bacillus sp. galur KCTC0377BP menghasilkan kitosanase yang dapat menghidrolisis kitosan menjadi kitotriosa sampai kitooktaosa (Choi et al., 2004).

Penelitian pendahuluan telah dilakukan penapisan bakteri laut yang terdapat di Lab Biokimia, ITB dan telah diperoleh satu bakteri, yaitu Bacillus amyloliquifaciens ABBD, yang menghasilkan enzim yang dapat 2

mendegradasi kitosan. Bakteri B. amyloliquifaciens ABBD merupakan bakteri yang berasosiasi dengan karang keras Acropora sp. yang hidup di Perairan Bandengan, Jepara. Kelompok penelitian kami juga telah berhasil mengisolasi gen pengkode kitosanase dari B. amyloliquifaciens ABBD (chnA) melalui pendekatan PCR menggunakan primer yang dirancang berdasarkan urutan nukleotida gen pengkode kitosanase yang terdapat di GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). Gen chnA terdiri dari 837 pb yang mengkode 279 residu asam amino. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi gen pengode kitosanase B.

amyloliquifaciens ABBD dan mengekspresikan gen pengode kitosanase pada sel inang Escherichia coli. Disamping itu juga akan dilakukan produksi kitooligosakarida menggunakan kitosanase rekombinan. Salah seorang anggota peneliti kami juga telah dapat mengolah limbah kulit udang menjadi kitin dan kemudian mengolah kitin secara kimia menjadi kitosan. Limbah kulit udang yang diolah tiap bulannya mencapai 5 ton dan mengandung 10% kitosan. Sebagai tambahan, sebuah perusahaan farmasi telah bersedia memanfaatkan kitooligosakarida yang akan dihasilkan dalam penelitian ini.

3

METODOLOGI

Isolasi dan perbanyakan gen pengode kitosanase. Gen kitosanase Bacillus amyloliquifaciens ABBD diisolasi dan diperbanyak dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Primer yang digunakan untuk keperluan ini dirancang sesuai dengan urutan nukleotida gen kitosanase chnA yang telah diperoleh pada penelitian terdahulu dan akan diberi tambahan urutan sisi pengenalan enzim restriksi yang diperlukan untuk subkloning ke dalam vektor ekspresi. Keberhasilan PCR akan dikonfirmasi dengan menentukan urutan nukleotida (sekuensing) produk PCR dan dianalisis dengan perangkat NCBI blast (Altschul et al., 1990).

Konstruksi vektor ekspresi rekombinan. Vektor pGEM-T-chnA yang mengandung gen pengkode kitosanase B. amyloliquifaciens ABBD selanjutnya dipotong dengan enzim restriksi. Fragmen hasil pemotongan yang mengandung gen α-amilase selanjutnya diligasikan ke dalam vektor ekspresi pET-20 menggunakan T4 ligase

(Promega). Vektor

ekspresi

rekombinan

kemudian digunakan untuk

mentransformasi sel E. coli TOP10 kompeten. Keberhasilan konstruksi vektor ekspresi rekombinan dimonitor dengan analisis restriksi dan sekuensing DNA sisipannya. Overekspresi gen α-amilase rekombinan. Sebelum dilakukan overekspresi, vektor ekspresi rekombinan dalam E. coli TOP10 diperbanyak dan diisolasi. Vektor ekspresi rekombinan tersebut selanjutnya digunakan untuk mentransformasi E. coli BL21(DE3). Overekspresi gen kitosanase dilakukan dengan penambahan IPTG sebagai penginduksi. Keberhasilan ekspresi gen dimonitor dengan SDS-PAGE.

Uji kemampuan kitosanase rekombinan untuk mendegradasi kitosan. Uji kemampuan kitosanase rekombinan untuk mendegradasi kitosan dilakukan dengan metode asam dinitrosalisilat. Degradasi kitosan ditentukan berdasarkan kenaikan jumlah gula pereduksi dari hasil reaksi. Produk degradasi kitosan akan dianalisis dengan kromatografi lapis tipis dan spektrofotometer massa.

3

Produksi kitooligosakarida terlarut. Produksi kitooligosakarida terlarut dilakukan dengan hidrolisis enzimatis menggunakan kitosanase yang telah dihasilkan. Larutan kitosan (1-3%) dalam asam asetat 2% ditambah dengan kitosanase kemudian direaksikan selama 4-24 jam pada suhu optimal kerja kitosanase. Kitosan terdegradasi (kitooligosakarida) kemudian diisolasi dengan pengendapan melalui penambahan KOH atau NaOH. Kitooligosakarida (bagian yang mengendap) selanjutnya disaring, kemudian dinetralisasi dengan penambahan asam. Kitoolisosakarida terlarut kemudian dikeringkan untuk pengujian selanjutnya. Karakter kitooligosakarida yang analisa adalah merat molekul dibandingkan dengan standar kitosan (substrat) dan standar kitooligosakarida (Li et al., 2005).

4

DAFTAR PUSTAKA

Altschul, S.F., Gish,W., Miller W., Myers, E.W., dan Lipman, D.J. (1990) : Basic local alignment search tool, Journal of Molecular Biology, 215, 403-410. Choi, Y. J., Kim, E. J., Piao, Z., Yun, Y. C., Shin, Y. C. (2004) : Purification and characterization of chitosanase from Bacillus sp. strain KCTC 0377BP and its application for the production of chitosan oligosaccharides, Bioschi. Biotechnol. Biochem., 70, 4522-4531. Jo, Y. Y., Jo, K. J., Jin, Y. L., Kim, K. Y., Shim, J. H., Kim, Y. W., Park, R. D. (2003): Characterization and kinetics of 45 kDa chitosanase from Bacillus sp. P 16, Bioschi. Biotechnol. Biochem, 67, 18751882. Kobayasi, T., Koide, O., Deguchi, S., Horikoshi, K. (2011): Characterization of chitosanase of a deep biosphere Bacillus strain, Bioschi. Biotechnol. Biochem, 75, 669-673. Kumar ABV, Tharanathan RN. (2004) : Comparative study on depolymerization of chitosan by proteolytic enzymes. Carbohydr Polym 58: 275–283. Lee, H. S., Jang, J. S., Choi, S. K., Lee, D. W., Kim, E. J., Jung, H. C., and Pan, J. G. (2007): Identification and expression of GH-8 family chitosanases from several Bacillus thuringiensis subspecies, FEMS Microbiol Letter, 277, 133-141. Li J, Du Y, Yang J, Feng T, Li A, Chen P. (2005) Preparation and characterization of low molecular weight chitosan and chito-oligomers by a commercial enzyme. J. Polym Degradation And Stability 87 :441-448. Lin SB, Lin YC, Chen HH. (2009): Low molecular weight chitosan prepared with the aid of cellulase, lysozyme and chitinase: Characterisation and antibacterial activity. Food Chem 116: 47–53. Somashekar, D., and Joseph, R. (1996) : Chitosanase-Properties and application: A Review, Bioresource Technology, 55, 35-45.

5

INDIKATOR KEBERHASILAN (TARGET CAPAIAN) No.

Indikator Keberhasilan

Deskripsi

1.

Keluaran (output) Hasil Riset Mohon mengacu kepada ketentuan target keluaran untuk masing-masing kategori riset Desentralisasi DIKTI 2013.

Satu publikasi di Jurnal Internasional Satu publikasi di Proceeding International Terindex

2.

Dampak (outcome) Hasil Riset

Penanganan limbah kulit udang Pengembangan industri kitooligosakarida

3. 4. 5.

Keterlibatan Mahasiswa S1, S2, S3

Satu orang mahasiswa S2 Satu orang mahasiswa S1

Pembinaan peer Networking nasional dan internasional

Dr. Linawati Hardjito dari Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor 4

6

JADWAL PELAKSANAAN Kegiatan 1

2

3

4

Bulan ke5 6

7

8

9

10

Penelusuran literatur Amplifikasi gen kitosanase dan subkloning ke vektor pGEMT Konstruksi vektor ekspresi rekombinan Overekspresi gen kitosanase rekombinan Produksi kitooligosakarida Penulisan paper

7

PETA JALAN (ROAD MAP) RISET

Peta jalan penelitian kitosanase B. amyloliquifaciens ABBD rekombinan (Gambar 2) sejalan dengan misi riset KK Biokimia untuk melakukan penelitian dibidang penggunaan mikroorganisme lokal sebagai sumber enzim atau sumber gen, serta kitin limbah kulit udang sebagai bahan baku kitosan. Kitosanase B.

amyloliquifaciens ABBD rekombinan yang diusulkan dalam penelitian ini merupakan kandidat enzim yang dapat memperbaiki efisiensi proses konversi kitosan untuk memproduksi kitosan oligosakarida yang merupakan produk biomolekul bernilai ekonomi tinggi yang sangat diperlukan dalam bidang medis.

Gambar 2

Peta jalan penelitian kitosanase

5

8

USULAN BIAYA RISET 8.1 Belanja pegawai No.

Pelaksana Kegiatan

1. Peneliti Utama 2. Anggota Peneliti 3. Asisten Peneliti 4. Teknisi Jumlah total biaya honor (Rp)

Jumlah Orang 1 1

Honor per Jam 52.500 52.500

Jumlah Jam/Bulan 12 12

Jumlah Bulan/Tahun 10 10

Jumlah Biaya (Rp) 6.300.000 6.300.000

13.600.000

8.2 Belanja barang No.

Peralatan/Bahan

1. Agaros 2. Bakto agar 3. Glisin 4. Glukosamin 5. Kit isolasi DNA genom 6. Kitobiosa 7. Kitotriosa 8. NaCl 9. Pelat KLT 10. Pepton 11. SDS 12. Syringe filter 13. Tabung 1,5 mL 14. Tabung PCR 15. Taq DNA polymerase 16. Tetrasiklin 17. Tip 1 mL 18. Tip 10 uL 19. Tip 100 uL 20. Tripton 21. Tris base 22. Yeast extract Jumlah total biaya barang (Rp)

Volume

Satuan

1 (100 g) 1 (500 g) 1 (1 kg) 1 (100 g) 1 (50 reaksi) 1 (10 mg) 1 (10 mg) 1 (500 g) 1 (20 buah) 1 (500 g) 1 (500 g) 2 (50 buah) 10 (500 buah) 2 (1000 buah) 1 (2500 U) 1 (25 g) 6 (1000 buah) 6 (1000 buah) 10 (1000 buah) 1 (500 g) 2 (500 g) 1 (500 g)

pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak pak

Biaya Satuan (Rp) 1.200.000 1.100.000 2.000.000 2.000.000 2.000.000 5.000.000 5.000.000 600.000 3.000.000 1.000.000 1.000.000 1.000.000 200.000 800.000 2.500.000 700.000 200.000 200.000 200.000 1.000.000 2.000.000 1.400.000

Jumlah Biaya (Rp) 1.200.000 1.100.000 2.000.000 2.000.000 2.000.000 5.000.000 5.000.000 600.000 3.000.000 1.000.000 1.000.000 2.000.000 2.000.000 1.600.000 2.500.000 700.000 1.200.000 1.200.000 2.000.000 1.000.000 4.000.000 1.400.000 42.500.000

8.3 Belanja jasa a. Honor pihak ketiga non PNS ITB dan Jumlah No. Pelaksana Kegiatan Orang 1. Anggota Peneliti 1 2. Mahasiswa 2 3. Tenaga penunjang

ITB-BHMN atau asisten mahasiswa Honor per Jumlah Jumlah Jam Jam/Bulan Bulan/Tahun 50.000 20 10 15.000 20 10

Jumlah Biaya (Rp) 10.000.000 6.000.000

Jumlah total biaya honor (Rp)

16.000.000

6

b. Perjalanan No.

Tujuan

Volume

1. Seminar 2. 3. Jumlah total biaya perjalanan (Rp)

Biaya Satuan (Rp)

1

2.000.000

Jumlah Biaya (Rp) 2.000.000

2.000.000

c. Sewa Alat, Jasa Layanan dan Lain-lain

9

50.000 200.000

Jumlah Biaya (Rp) 500.000 400.000

Jumlah total biaya sewa alat, jasa layanan, dll. (Rp)

900.000

No.

Nama Alat/Jasa Layanan

Volume

1. 2. 3.

Sekuensing Pembuatan primer

10 4

Biaya Satuan (Rp)

CV TIM PENELITI CV TIM PENELITI/INOVASI

1. Peneliti Utama Nama Tempat/tanggal lahir Alamat No telpon/HP Faksimili e-mail

: :

Dessy Natalia, Ph.D. Padang, 19 Agustus 1967

: : : :

Gedung Kimia, Jl. Ganesa 10 Bandung 40132 022 2502103/08156120145 022 2504154 [email protected]

Riwayat Pendidikan S1 S3

Sarjana (Dra) Kimia – Jurusan Kimia, ITB, Bandung, 1989

Doctor of Philosophy (Ph.D) Biokimia – University of Kent at Canterbury, UK, 1995

Pengalaman Kerja (Akademik) Jabatan saat ini (tahun 2012) Ketua Pusat Ilmu Hayati ITB

Riwayat Penelitian • • • • • • •

(Anggota Tim Peneliti Mitra), Urutan nukleotida ATPase6 mt DNA manusia sebagai factor yang dapat meningkatkan daya pisah antar individu, Hibah Pekerti, 2007. (Peneliti Utama) Biochemical Characterization of raw starch degrading α-amylase from Indonesian isolates, International Research Grant ITB, 2007. (Anggota Peneliti) Produksi dan aplikasi α-amilase termostabil rekombinan, Riset Unggulan ITB, 2007. (Anggota Peneliti) Produksi α-amilase untuk industri tekstil, Riset Andalan Perguruan Tinggi dan Industri, 2007-2009. (Peneliti Utama) Kloning dan Ekspresi Gen Pengkode Glukoamilase pada Pichia pastoris. Riset Unggulan ITB 2008. (Peneliti Utama) Produksi α-Amilase Hipertermostabil Pyrococcus furiosus pada Pichia pastoris. RU ITB 2010. (Peneliti Utama) Produksi Pati Termodifikasi dari Ganyong (Canna edulis) dengan α-Amilase RekombinanTermostabil Pyrococcus furiosus. Riset Ikatan Alumni ITB 2011. 7

Karya Publikasi dalam 5 tahun terakhir : Publikasi dalam jurnal Internasional 1. Vidilaseris, K., Hidayat, K., Retnoningrum, D., Noer, A. S., Nurachman, Z., and Natalia, D. Biochemical characterization of a raw starch degrading α-amylase from the Indonesian marine bacterium Bacillus sp. ALSHL3. Biologia (Bratislava), 64, 1047-1052 . 2009 2. Fuad A. M., Retnoningrum, D. R., Gusnidar, G., and Natalia, D. 2008. Construction of an EPO (Human Erythropeietin) synthetic gene through a recursive PCR method. Annales Bogoriensis 12, 36-62., 2008. 3. Natalia, D., Vidilaseris, K., Satrimafitrah, P., Ismaya, W.T., Purkan, Permentier, H., Fibriansah, G., Puspasari, F., Nurachman, Z., Dijkstra, dan B., Soemitro, S. Properties of a glucoamylase from Saccharomycopsis fibuligera R64, Biologia, 66, 27-32, 2011. 4. Puspasari, F, Noer, AS, Nurachman, Z, van der Maarel, M.J.E.C., Radjasa, O.K., Natalia, D. Characteristic of raw starch degrading α-amylase from Bacillus aquimaris MKSC 6.2 associated with soft coral Sinularia sp., Starch/Staerk, 63, 2011. Publikasi dalam jurnal Nasional Terakreditasi 1. Purkan, Salvalas, T. L., Sindumarta, M., and Natalia, D. The b and x region of protein disulphide isomerase is not essential for yeast growth at 30 C, Microbiology Indonesia, 3, 21-26. Microbiology Indonesia, 3, 27-32, 2009. 2. Pudjiraharti, S., Tjandrawati M., Priatni, S., Natalia, D., Asano, K.. Cloning of Bacillus licheniformis α-amylase Gene in Escherichia coli. Jurnal Teknologi Indonesia, 2008 3. Nofiani, R., Sindumarta, M., and Natalia, D. Konstruksi perpustakaan genom mini bakteri termofilik Bacillus acidocaldarius RP1. Jurnal Natur Indonesia, 9, 73-77, 2007. 4. Natalia, D., Muharsini, S., Masduki, F. F., Wardhana, A. H., Wardani, S. E., Maria, E., and van den Heuvel, J. J., 2007, Production of recombinant vaccine Cb peritrophin-42 of Screwworm fly (Chrysomya bezziana) in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae. Microbiology Indonesia, Vol.1., No. 3, 105-108., 2007

Publikasi dalam konferensi internasional ber-referee 1. Natalia, D, 2008, α-Amylases and their importance in biotechnology, The 4th International Conference on Biotechnology, Konsorsium Bioteknologi Indonesia, Bogor. (Invited Speaker). 2. Fuad, A., Gusnidar, T., Retnoningrum, D. S., Natalia, D., Santoso, A., Yuliawati, Fitria, D., and Aminah, Recombinant human erythropoietin (hEPO) expression in Pichia pastoris using an EPOsynthetic gene having yeast codon, International Seminar on Pharmaceutics, School of Pharmacy, Institut Teknologi Bandung, Bandung. 3. Natalia, D., Purnawan, C., Prawira, I., Pudjiraharti, S., Octaviani, N. A., Riany, A., Hertadi, R., Amran, A., Nurachman, Z., and Hadi, S., 2007, Properties of thermostable recombinant αamylase of Bacillus licheniformis SITH, The Third Symposium on Amylase Family, Slovakia. 4. Natalia, D., Sanawati, A., Puspasari, F., Hasan, K., Subroto, T., Nurachman, Z., Dijkstra, B. W., Dijkhuizen, L., and Soemitro, S., 2007, Improving thermal stabilization of Saccharomycopsis fibuligera α-amylase by introduction of new disulphide bond between A and C domains, The Third Symposium on Amylase Family, Slovakia. 5. Natalia, D., Puspasari, F., Vidilaseris, V., Nurachman, Z., Radjasa, O. K., Retnoningrum, D., S., Noer, A., S., van der Maarel, M., and Dijkhuizen, L., 2007, Raw starch degrading α-amylases from Indonesian marine microorganisms, The Third Symposium on Amylase Family, Slovakia. 8

6. Harjito, L., and Natalia, D., 2007, Marine derived polysaccharide and its bioprocessing, International Meeting of the Second Symposium and Workshop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok, May 2007. 7. Sanawati, A., Puspasari, F., Hertadi, R., Nurachman, Z., Soemitro, S., and Natalia, D. Optimization of recombinant Saccharomycopsis fibuligera α-amylase production in Pichia pastoris. International Meeting of the Second Symposium and Workshop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok, May 2007. 8. Christhie, F. L., Natalia, D., and Nurachman, Z. Partial purification of raw starch degrading αamylase from Perionyx excavatus. International Meeting of the Second Symposium and Workshop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok, May 2007. 9. Riany, A., Oktaviani, N. A., Sunjaya, F. D., Puspasari, F., Pudjiraharti, S., Nurachman, Z., and Natalia, D. In silico study of the amino acid substitution of recombinant Bacillus licheniformis αamylase. International Meeting of the Second Symposium and Workshop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok, May 2007. 10. Puspasari, F., Noer, A. S., Nurachman, Z., Radjasa, O. K., van der Maarel, M., Dijkhuizen, L., Natalia, D. A novel raw starch degrading α-amylase from Bacilllus aquimaris. International Meeting of the Second Symposium and Workshop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok, May 2007. 11. Vidilaseris, K., Hidayat, K., Retnoningrum, D., Nurachman, Z., van der Maarel, M., Dijkhuizen, L., Natalia, D, Properties of the raw starch degrading amylase of marine Bacillus subtilis ALSHL3. International Meeting of the Second Symposium and Worksop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok, May 2007.

Publikasi dalam konferensi Nasional ber-referee 1. Natalia, D. 2009. Arah Pengembangan α-Amilase di Masa Depan. Seminar Nasional Bioteknologi Enzim: Tren Masa Kini dan Masa Depan. Universitas Atmajaya. (Pembicara Tamu). 2. Natalia, D., Vidilaseris, K., Sanawati, A., and Riani, A., α-Amilase: Struktur, Fungsi dan Aplikasi. Prosiding Seminar Nasional Biokimia 2008, Universitas Indonesia, Depok. 3. Mahatmanto, T., Rohsadi, T. D., Radjasa, O. K., Nurachman, Z. and Natalia, D., 2008, Isolation and characterization of amylase from marine Vibrio sp. SFNB3, The Gruber Soedigdo Lecture 2008, Institut Teknologi Bandung, Bandung.

2. Peneliti Pembantu Nama Tempat/tanggal lahir Alamat

: : :

No telpon/HP Faksimili e-mail

: : :

Linawati Hadjito, Ph.D. 28 Mei 1962 Departemen Teknologi Produk Akuatik, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor 62-251-8622915 62-251-8622916 [email protected]

9

Riwayat Pendidikan S1

Sarjana (Ir) Teknik Agroindustri – IPB, Bogor, 1984

S2

Magister (MSc) Studi Sains – University of Queensland, Australia, 1989

Doctor of Philosophy (Ph.D) Bioteknologi – University of Queensland, Australia,

S3

1992

Karya Publikasi dalam 5 tahun terakhir Hardjito, L. (2008) Antimicrobial and Topoisomerase-I Inhibitor of The Coastal Ethnomedicinal Plant Terong Pungo (Solanum sp). Indonesian Journal of microbiology, Hardjito, L (2008) Industri Bioteknologi Berbasis Masyarakat : Sebuah Pengalaman Entreprenuership Bioteknologi Hasil Perairan Untuk Pengembangan Ekonomi Pesisir. (Community based biotechnological industry development). Konferensi Nasional IV. Pengelolaan Sumberdaya Pesisir dan Lautan, Manado, Sulawesi Utara, 26-29 Agustus 2008 Noor, E. and Hardjito, L. (2008) The Influence of Oil Concentration, Nitrogen and Phosphorus Composition on Crude Oil Biodegradation by Epyzim and Mixed Cultures of Pseudomonas aeruginosa and Arthrobacter simplex. Microbiol Indones., 2(3) : 146-149. Hardjito, L. (2007) Antibacterial, antioxidant and topoisomerase-I inhibitor activities of the coastal ethnomedicinal plant Pemphis acidula. Biotropia, 14,2,43-51 ISSN : 0216-5023 Hardjito, L., Doharni, W.H. (2006) Kajian biodesinfektan dari ekstrak sentigi Pemphis acidula sebagai alternatif pengganti klorin dalam industri pengolahan udang (Pemphis acidula as biodesinfectant) Jurnal Pasca Panen dan Bioteknologi Kelautan dan Perikanan, DKP, 1,2, 149156. ISSN: 1907-9133 Hardjito, L. (2006) Chitosan sebagai bahan pengawet penggati formalin (Chitosan as food additive). Majalah Pangan, 46, 80-84. ISSN : 0852-0607 Linawati Hardjito (2005) An Overview of the Current Status of Biodiversity Conservation in Indonesia. Proceedings of the Conference-Workshop Towards a Regional Cooperation on Biodiversity Research for Development 28-29 November 2005, Manila, Philippines.

1. 2.

3.

4. 5.

6. 7.

Paten Judul paten

No.

Ekstrak, Proses Pembuatan dan Penggunaan mangrove Xylocarpus sp sebagai bahan aktif tabir surya

P00200500738

Metode Terintegrasi Produksi Karagenan dari Rumput Laut dan Pemanfaatan Limbahnya serta Formulasi dan Aplikasi Karagenan untuk Pangan dan Kosmetik

P00200900531

Ekstrak, Proses Pembuatan dan Penggunaan Pandan laut (Pandanus tectorius) Sebagai Bahan Pewarna alami, Antioksidan dan Antikanker

P00200900532

3. Peneliti Pembantu Nama Tempat/tanggal lahir Alamat No telpon/HP Faksimili e-mail

: : : : : :

Dr. Fernita Puspasari Bogor, 1 Pebruari 1972 Gedung Kimia, Jl. Ganesa 10 Bandung 40132 022 2502103/08157157347 022 2504154 [email protected]

10

Riwayat Pendidikan S1 S2 S3

Sarjana (S.Si.) Kimia – Jurusan Kimia, ITB, Bandung, 1996 Magister (M.Si.) Kimia – Jurusan Kimia, ITB, Bandung, 1998 Doktor (Dr.) Kimia- Program Studi Kimia ITB, Bandung, 2011

Pengalaman Penelitian No Judul Penelitian 1. Kloning dan Overekpresi Gen α-Amilase Baru dari Bacillus aquimaris MKSC 6.2 2. Kloning dan Ekspresi Gen Pengkode Glukoamilase pada Pichia pastoris, Riset Unggulan ITB 3. Peningkatan sekresi amilase melalui modifikasi signal peptida dan efisiensi pelipatan peptida 4. Biochemical Characterization of Raw Starch Degrading α-Amylase from Indonesian Isolates

Tahun 2011

Posisi Asisten peneliti

2008

Asisten peneliti

2007

Asisten peneliti

2007

Mahasiswa

Daftar publikasi dalam jurnal internasional 1. Natalia, D., Vidilaseris, K., Satrimafitrah, P., Ismaya, W.T., Purkan, Permentier, H., Fibriansah, G., Puspasari, F., Nurachman, Z., Dijkstra, dan B., Soemitro, S. (2011) : Properties of a glucoamylase from Saccharomycopsis fibuligera R64, Biologia, 66, 27-32. 2. Puspasari, F, Noer, AS, Nurachman, Z, van der Maarel, M.J.E.C., Radjasa, O.K., Natalia, D (2011), Characteristic of raw starch degrading α-amylase from Bacillus aquimaris MKSC 6.2 associated with soft coral Sinularia sp., Starch/Staerk, 63.

Daftar seminar dan konferensi yang diikuti 1. Puspasari, F., Noer, A. S., Nurachman, Z., Radjasa, O. K., van der Maarel, M., Dijkhuizen, L., Natalia, D., (2007): A novel raw starch-degrading α-amylase from Bacillus aquimaris,

International Meeting of the Second Symposium and Workshop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok. 2. Sanawati, A., Puspasari, F., Hertadi, R., Nurachman, Z., Soemitro, S., dan Natalia, D., (2007): Optimization of recombinant Saccharomycopsis fibuligera α-amylase production in Pichia pastoris,

International Meeting of the Second Symposium and Workshop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok. 3. Riany, A., Oktaviani, N. A., Sunjaya, F. D., Puspasari, F., Pudjiraharti, S., Nurachman, Z., and Natalia, D., (2007): In silico study of the amino acid substitution of recombinant Bacillus licheniformis α-amylase, International Meeting of the Second Symposium and Workshop on Carbohydrates and Carbohydrate Acting Enzymes Bioengineering, Depok. 4. Natalia, D., Sanawati, A., Puspasari, F., Hasan, K., Subroto, T., Nurachman, Z., Dijkstra, B. W., Dijkhuizen, L., and Soemitro, S., (2007): Improving thermal stabilization of Saccharomycopsis fibuligera α-amylase by introduction of new disulphide bond between A and C domains, The Third Symposium on Amylase Family, Slovakia. 5. Natalia, D., Puspasari, F., Vidilaseris, V., Nurachman, Z., Radjasa, O. K., Retnoningrum, D., S., Noer, A., S., van der Maarel, M., and Dijkhuizen, L., (2007): Raw starch degrading α-amylases from Indonesian marine microorganisms, The Third Symposium on Amylase Family, Slovakia 6. Puspasari, F., Noer, A. S., Nurachman, Z., Radjasa, O. K., van der Maarel, M., Dijkhuizen, L., Natalia, D., (2007): Karakter α-amilase pendegradasi butir pati Bacillus aquimaris yang berasosiasi dengan koral lunak Sinularia sp., Seminar Kimia Bersama ITB-UKM VII, Bandung.

11

7. Puspasari, F., Noer, A. S., Nurachman, Z., Radjasa, O. K., Natalia, D., (2009): Properties of αamylase and partial genomic library construction of Bacillus aquimaris, International Conference on Biotechnology, Bandung. 8. Puspasari, F., Nurachman, Z., Noer, A. S., Natalia, D., (2009): Bacillus aquimaris MKSC 6.2 αamylase partial gene obtained by PCR technique using degenerate primers, International Conference and Exhibition on Science and Technology in Biomass and Production, Bandung. 9. Satrimafitrah, P., Nurachman, Z., Purkan, Puspasari, F., Natalia, D., (2009): Clonning of gene encoding glucoamylase Saccharomycopsis fibuligera R64 in pGEM-T vector, International Conference and Exhibition on Science and Technology in Biomass and Production, Bandung. 10. Jumadila, O., Puspasari, F., Natalia, D., (2009): Clonning and expression of Bacillus aquimaris MKSC 6.2 F subunit and C subunit of alkyl hydroperoxide reductase genes, International Conference and Exhibition on Science and Technology in Biomass and Production, Bandung. 11. Puspasari, F., Noer, A. S., Nurachman, Z., Radjasa, O. K., Natalia, D., (2010): Raw Starch Degrading α-Amylase from Bacillus aquimaris MKSC 6.2, Symposium on Networking and Technology Transfer, Bangkok-Thailand. 12. Puspasari, F., Noer, A. S., Nurachman, Z., Natalia, D., (2010): Isolation of α-amylase gene of Bacillus aquimaris MKSC 6.2, The Gruber-Soedigdo Lecture, Bandung. 13. Puspasari, F., Noer, A. S., Nurachman, Z., Natalia, D., (2010): In Silico Analysis of α-Amylase Gene of Bacillus aquimaris MKSC 6.2, International Seminar of Indonesian Society for Microbiology, Bogor.

12

10 LAMPIRAN BUKTI CAPAIAN OUTPUT TAHUN 2010-1012 2010 Sumber Dana

RU Internasional ITB 2007

2011 Sumber Dana

Capaian F. Puspasari, A. S. Noer, Z. Nurachman, O. K. Radjasa, D. Natalia, Raw Starch Degrading α-Amylase from Bacillus aquimaris MKSC 6.2, Symposium on Networking and Technology Transfer, Bangkok, 7-12 Juni 2010. F. Puspasari, A. S. Noer, Z. Nurachman, D. Natalia, Isolation of α-amylase gene of Bacillus aquimaris MKSC 6.2, The Gruber-Soedigdo Lecture, Bandung, 27 Juli 2010. F. Puspasari, A. S. Noer, Z. Nurachman, D. Natalia, In Silico Analysis of αAmylase Gene of Bacillus aquimaris MKSC 6.2, International Seminar of Indonesian Society for Microbiology, Bogor, 4-7 Oktober 2010.

Capaian

RU ITB 2008

Natalia, D., Vidilaseris, K., Satrimafitrah, P., Ismaya, W.T., Purkan, Permentier, H., Fibriansah, G., Puspasari, F., Nurachman, Z., Dijkstra, dan B., Soemitro, S. (2011) : Properties of a glucoamylase from Saccharomycopsis fibuligera R64, Biologia, 66, 27-32.

RU Internasional ITB 2007

Puspasari, F, Noer, AS, Nurachman, Z, van der Maarel, M.J.E.C., Radjasa, O.K., Natalia, D (2011), Characteristic of raw starch degrading α-amylase from Bacillus aquimaris MKSC 6.2 associated with soft coral Sinularia sp., Starch/Staerk, 63.

Asahi 2010

Sarian, F.D., van der Kaaij, R., Nurachman, Z., Radjasa, O. K., van der Maarel, M. J. E. C., Dijkhuizen, L., Natalia, D. (2011), A novel raw starch-degrading amylase from Kakaban Landlocked Marine Lake bacterium, Bacillus Megaterium NL 3, International Seminar on Chemistry, Bandung, 2011.

RU ITB 2010

Ibrahim, E., Sarian, F. D., Puspasari, F., Natalia, D. (2011) Expression of the synthetic of hyperthermostable a-amylase Pyrococcus furiosus in yeast Pichia pastoris, International Seminar on Chemistry, Bandung, 2011.

13