No title

Mycobacteriën

Referentielaboratorium - Antwerpen

Coördinaten van het Referentielaboratorium Dr. F. PORTAELS Tel. : 03/247.63.17

I.T.G. - Mycobacteriologie Fax : 03/247.63.33

Nationalestraat, 155 2000 Antwerpen E-mail : [email protected]

Onderstaande gegevens tonen het activiteitenverslag van het referentielaboratorium in Antwerpen (I.T.G - Antwerpen).

Inleiding De volgende analyses werden uitgevoerd : ¾ op klinische monsters : • • • • • ¾

microscopisch onderzoek kweek op vaste voedingsbodems (Löwenstein-Jensen, Ogawa en Stonebrink) identificatie van de gedetecteerde mycobacteriën tot op species niveau met behulp van moleculaire identificatie (sequentiebepaling 16S rRNA gen) PCR-analyses : deze analyses laten toe de aanwezigheid van mycobacteriën vast te stellen, en het Mycobacterium tuberculosis complex te identificeren op basis van het 16S rRNA gen eventueel gevoeligheidsbepaling aan rifampicine van de gedetecteerde mycobacteriën met behulp van PCR en sequencing van het rpoB gen.

op positieve kweken : • •

identificatie van de gedetecteerde mycobacteriën tot op species niveau met behulp van moleculaire identificatie (sequentiebepaling 16S rRNA gen) eventueel gevoeligheidsbepaling van de gedetecteerde mycobacteriën. Dit gebeurde • via de MGIT-SIRE kit in het BACTEC-MGIT960 toestel voor de eerstelijns middelen (streptomycine, isoniazide, rifampicine en ethambutol). • via de proportiemethode op 7H11 agar voor volgende tweedelijns middelen (enkel voor MDR-TB) : ofloxacine (4 µg/ml), kanamycine (6 µg/ml), ethionamide (10 µg/ml) en capreomycine (10 µg/ml).

Totaal aantal monsters ontvangen voor analyse Tabel 1 : Mycobacteriën : totaal aantal monsters ontvangen voor analyse (N; 2002-2005, 2007) 2002

2003

2004

2005

2007

klinische monsters kweken

217 122

454 891

466 103

382 187

326 81

Totaal

339

1345

569

569

407 myco_a_t1

Geografische oorsprong: Het merendeel van de klinisch monsters was afkomstig van consultaties binnen het Instituut voor Tropische Geneeskunde, terwijl de positieve culturen voornamelijk werden toegestuurd vanuit 21 verschillende laboratoria verspreid over Vlaanderen. Ongeveer de helft hiervan was afkomstig van 4 laboratoria (AZ Zottegem; Damiaan Oostende; H. Hart Eeklo; UZA). Een aantal monsters werden gestuurd voor DNA typering, terwijl de meerderheid gestuurd werd voor een eerste analyse (diagnose of gevoeligheidsbepaling en identificatie). Voor sommige patiënten werd meer dan één monster ontvangen. In tabellen 2-6 wordt een verdeling weergegeven van het totaal aantal monsters volgens de aard van de analyse en het bekomen resultaat. Tabel 2 : Mycobacteriën : totaal aantal stalen voor analyse verstuurd naar Instituut voor Tropische Geneeskunde, Antwerpen in 2002 gerangschikt volgens de aard van de analyse en het bekomen resultaat 2002

Totaal

Kweken

Klinische monsters

M. tuberculosis NTM Negatief Uitgezonderd Kwaliteitscontrole DNA-fingerprinting

43 29 206 10 46 5

38 25 0 8 46 5

5 4 206 2 0 0

Totaal

339

122

217 myco_a_t2

Mycobacteriën

1

Mycobacteriën


Tabel 3 : Mycobacteriën : totaal aantal stalen voor analyse verstuurd naar Instituut voor Tropische Geneeskunde, Antwerpen in 2003 gerangschikt volgens de aard van de analyse en het bekomen resultaat 2003 Eerste analyse

Confirmatie

Totaal

Kweken

Klinische monsters

M. tuberculosis NTM Negatief Uitgezonderd

43 15 289 23

39 12 0 7

4 3 289 16

Subtotaal

370

58

312

56 4

56 4

0 0

430

118

312

Kwaliteitscontrole DNA-fingerprinting

Totaal

myco_a_t3

Tabel 4 : Mycobacteriën : totaal aantal stalen voor analyse verstuurd naar Instituut voor Tropische Geneeskunde, Antwerpen in 2004 gerangschikt volgens de aard van de analyse en het bekomen resultaat 2004 Eerste analyse

Confirmatie

Totaal

Kweken

Klinische monsters


51 31 444 15

39 25 5 6

12 6 439 9

Subtotaal

541

75

466

28 0

28 0

0 0

569

103

466


Totaal

myco_a_t4

Tabel 5 : Mycobacteriën : totaal aantal stalen voor analyse verstuurd naar Instituut voor Tropische Geneeskunde, Antwerpen in 2005 gerangschikt volgens de aard van de analyse en het bekomen resultaat Totaal 2005 Eerste analyse

Confirmatie

Kweken Totaal Verschillende patiënten

Klinische monsters Totaal Verschillende patiënten


58 44 375 48

55 41 19 28

52 37 16 27

3 3 356 20

3 3 0 0

Subtotaal

525

143

132

382

315

44 0

44 0

0 0

569

187

382


Totaal

myco_a_t5

Tabel 6 : Mycobacteriën : totaal aantal stalen voor analyse verstuurd naar Instituut voor Tropische Geneeskunde, Antwerpen in 2007 gerangschikt volgens de aard van de analyse en het bekomen resultaat Totaal 2007 Eerste analyse

Confirmatie Totaal

Kweken Totaal Verschillende patiënten

Klinische monsters Totaal Verschillende patiënten


53 30 320 25

50 24 23 5

37 20 21 3

3 6 297 20

3 6 270 18

Subtotaal

428

102

81

326

297

0 3

0 3

0 0

431

105

326


myco_a_t6

•

•

2

De 326 klinische monsters waren afkomstig van 297 verschillende patiënten; 9 monsters (van 9 verschillende patiënten) werden positief in cultuur (3 M. tuberculsos-complex of MTBc en 3 M. marinum, 2 M. intracellulare en 1 M. chelonae) Van de 102 toegestuurde isolaten waren er 93 bedoeld voor een eerste diagnose. Deze laatste waren afkomstig van 81 verschillende patiënten. Van deze laatste werden 57 isolaten geïdentificeerd als mycobacteriën (37 MTBc en 20 niet-tuberculeuze mycobacteriën of NTM). Het aandeel gecontamineerde kweken of kweken waarin geen

Mycobacteriën

Mycobacteriën


mycobacteriën werden teruggevonden, die werden toegestuurd nam toe tegenover de voorbije jaren: 5,8% (6/103) in 2004, 14,9% (28/187) in 2005, 15 % (14/93) in 2006 en 20% in 2007 (20/102).

Identificatie van de positieve monsters in 2007 In tabel 7 wordt een overzicht gegeven van de geïdentificeerde monsters. Het gaat hier enkel om Mycobacterium species isolaten voor een eerste identificatie die werden toegestuurd uit perifere laboratoria of geïsoleerd werden uit klinische monsters in het referentielaboratorium. Isolaten toegestuurd voor kwaliteitscontrole van de identificatie werden niet meegerekend. Per patiënt werd slechts 1 isolaat in meegeteld. Het merendeel (61%) van de gekarakteriseerde isolaten behoren tot het MTBc, gevolgd door M. avium (8/81 of 9,8%) en M. marinum (4/81 of 4,9%). Tabel 7 : Mycobacteriën geïdentificeerd in klinische monsters en toegestuurde kweken in 2007, gerangschikt per oorsprong en identificatie. Monsters voor kwaliteitscontrole en DNA-fingerprinting werden niet ingesloten. Per patiënt werd slechts één monster meegerekend.

37

8

40

8

2

1 165 1 32 2 2 36 54 7

2 12 180 2 35 2 40 6 60 7

3 297

20 326

1 3 1 2

1

1 1

Totaal aantal patiënten

Subtotaal

1

Niet-mycobacterien

2

1

Negatief

2 3 16

1

M marinum

1

Bronchiale aspiratie Expectoratie Huidbiopt Orgaanbiopt Pleuravocht Urine Andere Onbepaalde oorsrong

1

M. kansasii

3 12

M. intracellulare

3

M. gordonae

Subtotaal

M. fortuitum

Totaal

1 2

M. chelonae

Kweken

Bronchiale aspiratie Expectoratie Etter Faeces Huidbiopt Urine Andere

M. avium

M. tuberculosis

Klinische monsters

1

1 11

2

1

1

3 3 2 1

1

5 30 1 3 3 7 7 25

21

3

81

1 1 2

1

2

3

3

1

2

1

3

3

3

3

2

4 318

23 407 myco_a_t7

Mycobacteriën

3

4

Mycobacteriën

3

M. chimerae

1

3

3

5

1

200

2001

1

Totaal

Totaal

M. xenopi

M. tuberculosis

M. terrae

M. szulgai

2000

Totaal

50 M. xenopi

NTM

M. tuberculosis

M. terrae

M. species

M. smegmatis 4

M. xenopi

M. species

M. tuberculosis-complex

M. tuberculosis

6

M. terrae

2 M. szulgai

6

M. szulgai

2

M. smegmatis

M. simiae

M. scrofulaceum

M. peregrinum

M. parascrofulaceum

M. palastre

M. nonchromogenicum

M. necaurum

M. nebraski

M. mucogenicum

1

M. species

M. simiae

M. scrofulaceum 2

M. smegmatis

M. simiae

M. peregrinum

M. parascrofulaceum

M. palastre

M. nonchromogenicum

M. necaurum 1

M. scrofulaceum

M. peregrinum

M. parascrofulaceum

M. palastre

M. nonchromogenicum

100

M. necaurum

43% M. nebraski

28%

M. nebraski

57% 4

M. mucogenicum

72% 7

M. kansasii

0 M. marinum

7

M. mucogenicum

3

M. marinum

M. interjectum M. intracellulare

59%

M. marinum

3

M. kansasii

M. gordonae M. hassiacum

41%

M. kansasii

1

M. intracellulare

M. interjectum

5

M. intracellulare

150

M. interjectum

2

M. hassiacum

150

M. gordonae

M. fortuitum M. frederiksbergense

3

M. hassiacum


M. chimerae M. engbaekii

150

M. gordonae

2

M. frederiksbergense


M. celatum M. chelonae 9

M. fortuitum

M. engbaekii

4

M. celatum

1

M. chelonae

0

M. chelonae

100 M. bovis

M. avium complex

50

M. bovis

M. avium complex

100

M. celatum

5

M. bovis

0

M. avium complex

Mycobacteriën Referentielaboratorium - Antwerpen

In figuren 1-8 wordt een evolutie weergegeven van het totaal aantal geïdentificeerde mycobacteriën van Belgische oorsprong in het referentielaboratorium over de laatste 8 jaar. Daarbij zien we dat de verhouding van NTM tegenover M. tuberculosiscomplex vrij constant blijft.

Figuur 1 : Mycobacteriën geïdentificeerd in 2000 N

200 155

NTM 92

25 3

Figuur 2 : Mycobacteriën geïdentificeerd in 2001

N

182

131


50 19

2


N

200

2002

NTM


79

45

2

12

2

1

4

6

6

1

M. tuberculosis-complex Totaal

M. xenopi

50 M. szulgai M. terrae

Totaal

M. xenopi

M. tuberculosis

M. species

M. smegmatis

M. simiae

M. scrofulaceum

M. peregrinum

M. parascrofulaceum

M. palastre

M. nonchromogenicum


Totaal

M. nebraski M. necaurum

1

M. tuberculosis

M. marinum

1

M. xenopi

M. terrae

M. szulgai

M. species

M. smegmatis

M. simiae

M. scrofulaceum

M. peregrinum

M. parascrofulaceum

M. palastre

M. kansasii

7

M. tuberculosis

M. terrae

2

M. szulgai

1

M. species

M. smegmatis

3

M. simiae

M. scrofulaceum

M. peregrinum

M. nebraski M. necaurum M. nonchromogenicum

1

M. parascrofulaceum

100 1

M. palastre

43% 1

M. nonchromogenicum

57% 2

M. necaurum

33%

M. mucogenicum

1 M. mucogenicum

1

M. nebraski

67%

M. marinum

1

M. intracellulare

100

M. kansasii

M. hassiacum M. interjectum

27%

M. mucogenicum

2

M. interjectum

1

M. intracellulare


73%

M. marinum

2

M. kansasii

150

M. intracellulare

0 M. hassiacum

1

M. hassiacum

150

M. interjectum

1

M. gordonae

5

M. gordonae


150

M. gordonae


5



M. celatum M. chelonae 1

M. fortuitum

M. engbaekii

M. celatum

6

M. chelonae

1

M. chimerae

1

M. celatum

0

M. chelonae

100 M. bovis

M. avium complex 9

M. bovis

M. avium complex

0

M. bovis

M. avium complex


Mycobacteriën


200 N

2003

NTM 77 106

50


N

200

2004

NTM

M. tuberculosis-complex 42 63

1


N

200

2005

NTM

96

50

55

Mycobacteriën

5

6

Mycobacteriën

M. celatum

3

M. hassiacum

3 2

Totaal

50

M. xenopi

M. nebraski

Totaal

M. xenopi

M. tuberculosis

M. terrae

M. szulgai

M. species

M. smegmatis

M. simiae

M. scrofulaceum

M. peregrinum

M. palastre M. parascrofulaceum

M. nonchromogenicum

M. necaurum

50

M. tuberculosis

M. terrae

M. szulgai

M. species

M. smegmatis

M. simiae

M. marinum M. mucogenicum

1

M. scrofulaceum

M. kansasii

1

M. peregrinum

M. parascrofulaceum

61%

M. palastre

39%

M. nonchromogenicum

1

M. nebraski

3

M. intracellulare

100

M. necaurum

2

M. interjectum

44%

M. mucogenicum

1

M. hassiacum

5

M. gordonae

56%

M. marinum

3

M. kansasii

0 M. intracellulare

150

M. interjectum


2

M. chimerae

150

M. gordonae

3

M. fortuitum

1


1

M. engbaekii

3

M. chimerae

0

M. engbaekii

8 M. chelonae

M. celatum

M. bovis

M. avium complex 10

M. chelonae

100

M. bovis

M. avium complex

Mycobacteriën Referentielaboratorium - Antwerpen


200 N

2006

NTM

M. tuberculosis-complex 79

44

4


N

200

2007

NTM

M. tuberculosis-complex 40 66

4

Mycobacteriën


Gevoeligheidstest 1.

M. tuberculosis

In 2007 werd M. tuberculosis-complex geïdentificeerd bij 37 verschillende patiënten. Een volledige gevoeligheidstest werd uitgevoerd voor 36 isolaten, terwijl voor 1 cultuur enkel de snelle moleculaire test voor de detectie van resistentie aan rifampicine werd uitgevoerd. Aantal patiënten • gevoelig voor H (isoniazide), R (rifampicine) en E (ethambutol) en S (streptomycine) : 24 • mono-resistent tegen H : 1 • mono-resistent tegen S: 6 • resistant tegen H en S : 3 • Multi-resistent (MDRTB, tegen minstens R en H) : 2 Eén MDRTB patiënt bleek gevoelig aan alle geteste tweedelijns middelen, terwijl de andere resistentie vertoonde aan kanamycine en capreomycine. Tabel 8 : Mycobacteriën : evolutie van de gevoeligheid (N; 2002-2007)

gevoelig voor H, R, E en S H, R en E mono-resistent tegen E H S resistant tegen H en S H, E en S multi-resistent HR HS HRE HRES MDRTB, tegen minstens R en H Totaal isolaten

2002

2003

35

34

1

1

1

1

2

3

2004

2005

2007

39

44

24

1

1 2 3 1 2

1 1 1 2 39

39

42

54

36 myco_a_t8

H (isoniazide), R (rifampicine), E (ethambutol), S (streptomycine)

2.

1 6 3

Atypische of niet-tuberculeuze mycobacteriën (NTM)

Er werden geen gevoeligheidsbepalingen voor NTM uitgevoerd in 2007.

Diagnose per moleculaire biologie op klinische monsters In 2007 zagen we een stabilisatie van de aanvragen voor opsporing van mycobacteriën of M. tuberculosis-complex door PCR in klinische monsters. Vijfendertig procent (6/17) van de onderzochte monsters was positief. Details staan weergegeven in tabel 9. Tabel 9 : Mycobacteriën : detectie van mycobacterieel DNA in klinische monsters ontvangen (N; 2007) PCR (16S rDNA gen)1 Monster

1

Aantal

Negatief

MTBc

Rifampicine resistentie bepaling (rpoB gen) met sequencing NTM

Sputum Biopsie Etter Pleuraocht Andere

6 6 2 2 1

4 4 0 2 1

1 1

1 2 1

Totaal

17

11

2

4

Niet-gecommercialiseerde testen vervaardigd in het Laboratorium van Mycobacteriologie van het ITG

0 myco_a_t8

Mycobacteriën

7

Mycobacteriën

Referentielaboratorium - Brussel

Gegevens van het referentielaboratorium Dr. Ap. M. DUFAUX Tel. : 02/373.32.10

WIV - Dpt Pasteur – Mycobacteriën Fax : 02/373.32.81

Engelandstraat 642 1180 Brussel E-mail : [email protected]

Onderstaande gegevens zijn afkomstig van het referentielaboratorium van het WIV-Dpt Pasteur, Dienst Tuberculose en Mycobacteriën.

Inleiding De volgende analysen werden uitgevoerd : op DNA-extract identificatie opsporing van genmutaties geassocieerd met antibioticaresistentie op positieve culturen

identificatie, door moleculaire biologie (specifieke PCR van verschillende mycobacteriële species, amplificatie van een fragment van het gen coderend voor 16S rRNA of voor hsp65, gevolgd door een sequentieanalyse, Inno-LipaMycobacteriatest, PCR aan de hand waarvan het M. tuberculosiscomplex kan worden ontleed)

gevoeligheidstest voor M. tuberculosis -

in Bactec MGIT 960 of in Bactec 460TB (vloeibare voedingsbodems) voor de eerstelijnstuberculostatica, met name isoniazide (I), rifampicine (R), ethambutol (E). Pyrazinamide (PZA) werd niet getest omdat het resultaat van de invitrotest niet overeenstemt met de activiteit van de in-vivo-PZA

-

door de methode Bactec 460TB voor bepaalde tweedelijnsantituberculostatica

-

door de test Inno-Lipa-Rif-TB of door een sequentieanalyse van een regio van 81 pb van het gen rpoB om de resistentie tegen rifampicine na te gaan

-

door PCR om de mutatie S315T in het gen katG en de mutatie C-15T op te sporen in de regio die bevorderlijk is voor gen inhA om de resistentie tegen isoniazide na te gaan

gevoeligheidstests op atypische mycobacteriën, alleen wanneer het klinische geval dit rechtvaardigt (proportiemethode van Canetti in vaste voedingsbodem)

genotypering van M. tuberculosis, in geval van resistentie tegen eerstelijnstuberculostatica, in geval van een vermoeden van een epidemie of laboratoriumbesmetting of op uitdrukkelijk verzoek (technieken : spoligotyping, MIRU-VNTR op 12 of 22 loci en RFLP op IS6110)

Stalen ontvangen voor analyse in 2007 Aantal : 1502

1265 31 28 135 30 13

culturen voor identificatie culturen voor kwaliteitscontrole culturen voor genotypering DNA-extracten van klinische stalen DNA-extracten van runderen (CERVA) voor genotypering door MIRU-VNTR klinische stalen, per vergissing (worden niet meer voor analyse aanvaard sinds maart 2006)

Geografische oorsprong : zij waren afkomstig van 110 verschillende laboratoria, verspreid over Brussel, Wallonië en Vlaanderen Tabel 1 : Mycobacteriën : stalen ontvangen voor analyse (N; 2000-2007) 2000

2001

2002

2003

2004

2005

2006

klinische monsters kweken

409 1084

350 934

352 1001

454 891

682 1002

778 1148

276 * 148 1319 1354

Totaal

1493

1284

1353

1345

1684

1926

1595

* niet meer aangevaard voor analyse sinds maart 2006

2007

1502 myco_b_t1

Mycobacteriën

1

Mycobacteriën


Geïdentificeerde mycobacteriën van klinische oorsprong Aantal : 1025 [427 (41,7%) M. tuberculosiscomplexen en 598 (58,3%) atypische mycobacteriën of NTM].

De verschillende mycobacteriën geïdentificeerd in klinische monsters en kweken worden in tabel 3 vermeld. Het detail van de identificaties per type klinisch staal wordt in de tabellen 4 en 5 weergegeven. In tabel 6 staan de verschillende mycobacteriële species die sinds 1998 jaarlijks worden geïdentificeerd. Opmerkelijk is het feit dat 240 (19%) van de 1265 culturen opgestuurd ter identificatie geen mycobacteriën bevatten.

Gevoeligheidstests 1. M. tuberculosis In 2007 werd M. tuberculosis (M. tuberculosiscomplex) geïdentificeerd in 427 klinische stalen van 412 verschillende patiënten. De gevoeligheidstest is uitgevoerd voor 376 patiënten (op 1 klinisch isolaat voor 332 patiënten en op 2 of 3 isolaten voor 44 van hen). Het antibiogram is niet uitgevoerd op de stammen verstuurd voor genotypering, noch op besmette culturen, noch wanneer de stam was geïsoleerd in een laboratorium dat zelf de gevoeligheidstests uitvoerde (tabel 2). Tabel 2 : Mycobacteriën : gevoeligheidstests (N, %; 2001-2007) 2001

2002

2003

2004

2005

2006

2007

N

%

N

%

N

%

N

%

N

%

N

%

N

%

gevoelig voor I, R en E alleen resistent tegen E alleen resistent tegen I alleen resistent tegen R resistent tegen I + E multiresistent (I+R) multiresistent (I+R+E)

284 1 9 1

93,1 0,3 3,0 0,3

275 1 35

84,4 0,3 10,7

219

86,9

285

87,4

311

90,7

280

82,8

323

85,9

22 2

8,7 0,8

26 1

8,0 0,3

21 0

6,1 0,0

1 9

0,3 3,0

3 12

0,9 3,7

2 7

0,8 2,8

14

4,3

11

3,2

32 2 4 7 13

9,5 0,6 1,2 2,1 3,8

23 1 7 4 18

6,1 0,3 1,9 1,1 4,8

Totaal

305

100,0

326

100,0

252

100,0

326

100,0

343

100,0

338

100,0

376

I : isoniazide, R : rifampicine, E : ethambutol

100,0 myco_b_t2

Onder de multiresistente stammen stellen we 1 M. bovis vast (patiënt in 2006 al bekend als monoresistent tegen isoniazide) en 12 stammen (55%) behorend tot de familie Beijing. Een mutatie in rpoB is aangetroffen in alle isolaten resistent tegen rifampicine (mutatie S531L in 73% van de gevallen). Een mutatie in katG of inhA is aangetroffen in 91% van de MDRisolaten (katG in 73%; katG + inhA in 18%; alleen inhA in 4,5% = 1 stam). Onder de isolaten monoresistent tegen isoniazide (of resistent tegen isoniazide en ethambutol) is de mutatie S315T in katG aangetroffen in 67% van de isolaten, de mutatie -C15T in inhA in 7% van de isolaten. De resterende 27% isolaten hadden de gezochte mutatie in deze 2 genen niet.

2. Atypische mycobacteriën of NTM De gevoeligheidstest werd uitgevoerd voor 165 patiënten (171 isolaten) besmet met de volgende mycobacteriën : 87 M. avium-intracellulare, 30 M. xenopi, 24 M. kansasii, 7 M. malmoense, 5 M. marinum, 3 M. interjectum, 2 M. szulgai en 7 andere atypische mycobacteriën.

Analyse van DNA geëxtraheerd uit klinische stalen Wij hebben 135 DNA (geëxtraheerd in het laboratorium dat het staal had gekregen) ontvangen ter identificatie en/of opsporing van mutatie in het gen rpoB. De opsporing van een mutatie in het gen rpoB van DNA van het M. tuberculosiscomplex is een sneltest voor de opsporing van de resistentie van de stam tegen rifampicine, wat multiresistentie (resistentie tegen rifampicine + isoniazide) suggereert. Van de 135 DNA zijn er 118 afkomstig van een laboratorium voor anatoompathologie, 123 waren geëxtraheerd uit een biopsie of klieren en 12 uit respiratoire stalen (tabel 5). Van de 12 extracten van respiratoire oorsprong bevatten er 3 DNA van M. tuberculosis (met mutatie in rpoB) en 6 bevatten DNA van een atypische mycobacterie. Onder de extracten van extrarespiratoire stalen bevatte 94% geen mycobacterieel DNA en slechts 1 is geïdentificeerd als M. tuberculosiscomplex (tabel 5).

2

Mycobacteriën


Mycobacteriën

Genotypering van de tuberculosebacillen In ons laboratorium worden drie genotyperingstechnieken op basis van verschillende merkers gebruikt om de genetische afdruk van de tuberculosebacillen te bepalen : spoligotyping, MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit Variable Number Tandem Repeat) en zo nodig IS6110-RFLP om clusters van stammen met een identiek profiel bij de twee andere technieken te kunnen onderscheiden. Genotypering biedt de gelegenheid om de overdrachtswegen van de tuberculose na te gaan (bevestiging van intrafamiliale besmetting of besmetting onder buren, micro-epidemies, opsporing van kruisbesmettingen in laboratoria tussen twee stalen die tezelfdertijd worden behandeld). Dankzij de techniek kan ook humane tuberculose ten gevolge van M. bovis worden onderscheiden van klassieke tuberculose ten gevolge van M. tuberculosis. Genotypering wordt toegepast op alle klinische isolaten resistent tegen isoniazide, op alle multiresistente isolaten en op verzoek ook in geval van een vermoeden van een epidemie of besmetting. Genotypering heeft ons onder meer in de gelegenheid gesteld om personen die aanvankelijk werden beschouwd als patiënten lijdend aan multiresistente tuberculose uit te sluiten van de behandeling omdat het eigenlijk om een kruisbesmetting in een laboratorium ging. In 2007 heeft Caroline Allix, die de techniek MIRU-VNTR in ons laboratorium heeft ontwikkeld, haar doctoraalscriptie ‘Génotypage et phylogénie du complexe M. tuberculosis’ verdedigd en verschillende wetenschappelijke artikelen gepubliceerd over de techniek en de moleculaire epidemiologie van tuberculose in Brussel.

Opmerkingen ¾

De nationale gegevens over het aantal gevallen van tuberculose in België en het aantal multiresistente patiënten worden verzameld en verspreid door FARES-VRGT.

¾

Het aantal gevallen van tuberculose resistent tegen isoniazide en van multiresistente tuberculose geregistreerd in ons laboratorium is vergelijkbaar met de percentages vastgesteld in 2006.

¾

Van de 1265 kweken verstuurd voor identificatie bevatten er 240 (19%) geen mycobacteriën (besmette culturen of vals positieven), 199 (83%) ervan waren afkomstig van de MB/BacT kweekautomaat gebruikt door bepaalde laboratoria. Net zoals in 2006 heeft het toestel heel wat vals positieven afgeleverd. Deze situatie heeft tot veel nodeloos werk geleid omdat de identificatie van een negatieve cultuur meer werk vergt (om er zeker van te zijn dat zij echt geen mycobacteriën bevat) dan de identificatie van een zuiver mycobacteriële kweek.

¾

De meest geïsoleerde species van NTM waren net zoals voorgaande jaren M. xenopi en M. gordonae (niet pathogeen). Wij stellen een aanzienlijke toename vast van het aantal M.avium en M. intracellulare (32% van de atypische mycobacteriën geïdentificeerd in 2007, 22% in 2006) (tabel 6).

¾

Wat de NTM betreft weten wij niet hoeveel onder hen werkelijk aan de oorsprong liggen van een ziekte omdat wij niet over klinische gegevens van de patiënten beschikken.

Mycobacteriën

3

Mycobacteriën


Tabel 3 : Mycobacteriën : identificatie van culturen uit klinische monsters (N; 2007) TUBCPX

Pathogeen

NTM

M. tuberculosis BK

5

M. bovis

3

M. BCG

3

Totaal TUBCPX

427

M. avium

117

M. bohemicum

2

M. celatum

3

Cpx M. chelonae-abscessus

21

Cpx M. fortuitum- peregrinum

17

M. genavense M. gordonae

Potentieel pathogeen

Niet pathogeen

416

2 121

M. haemophilum

2

M. heckeshornense

2

M. interjectum

5

M. intermedium

2

M. intracellulare

74

M. kansasii

32

M. lentiflavum

11

M. malmoense

9

M. marinum

8

M. paraffinicum (scrofulacium)

8

M. simiae

4

M. szulgai

6

M. xenopi

126

M. agri

1

M. holsaticum

1

M. nonchromogenicum

6

Cpx terrae Andere mycobacteriën Totaal NTM Totaal Mycobacteriën Negatieve

7 11 598 1025 240

Culturen voor kwaliteitscontrole

31

Culturen voor genotypering

28

DNA-extracten van klinische stalen

135

DNA-extracten van runderen (CERVA) voor genotypering door RFLP

30

Klinische monsters

13

Totaal

1502 myco_b_t3

4

Mycobacteriën

1265

Mycobacteriën


Totaal

9 3 1

53 40 16 2

1 1 39 10 1 1 15 13 1 1 6 3

3

5 3 2 1 1 1 1

2 1 2 6 1 1

74 1 1 3 4 29 1 1 10 1 1

7 113 2 26 18 1 3 10

1 3 5 4 2 1 3 11

3 1 1 1

3 2 1 2

1

3 2

1 1

3 3

2 1 3 1 1 5 1

1 4 1

3 2 5

1

5 1

5

1

1 2

1

1 2

5

1

Cultures négatives (faux positifs) ou contaminées

Autres bactéries

M. agri M. holsaticum M. nonchromogenicum Cpx terrae

M. xenopi

M. malmoense M. marinum M. paraffinicum (scrofulacium) M. scrofulaceum M. simiae M. szulgai

M. lentiflavum

M. kansasii

M. intracellulare

M. haemophilum M. heckeshornense M. interjectum M. intermedium

M. gordonae

M. genavense

9 2 2

Cpx M. fortuitum-peregrinum

Cpx M. chelonae-abscessus

59 2 2 17 9

M. avium

BK BCG M. bovis

587 179 1 217 59 2 111 42 1 18 10 24 9 2 2 7 3 4 2 25 14 11 2 35 23 30 10 13 4 1 52 10 3 43 9 1 86 38 2

M. bohemicum M. celatum

Sputum Bronchiale aspiraties Broncho-alv. vocht Maagvocht Pleuraalvocht Peric. periton. vocht Cerebrospinaal vocht Gewrichtsvocht Biopsieën organen Huidbiopsieën of pees Klierbiopsieën Etter Abces Urine Anderen Onbepaald

Cpx Tuberculosis

Totaal

Kweken

Tabel 4 : Mycobacteriën : species geïdentificeerd vertrekkende van kweekbodems (N; 2007)

4 1 2 2 4 5 4 23 19 6

1265 416 5 3 3 117 2 3 21 17 2 121 2 2 5 2 74 32 11 9 8 4 4 4 6 126 1 1 6 7 11 240 myco_b_t4

Tabel 5 : Mycobacteriën : DNA voor analyse verstuurd : 135 waarvan 118 afkomstig van een laboratorium voor anatoompathologie (N, %; 2007) Aanwezigheid van DNA van het M. tuberculosiscomplex N % Respiratoire Biopsie/klier

3 * 1

25,0 0,8

Aanwezigheid van DNA van mycobacteriën N % 6 6

50,0 4,9

Negatief

Totaal

N

%

N

3 116

25,0 94,3

12 123

* De 3 DNA vertoonden een mutatie in het gen rpoB, wat resistentie tegen rifampicine suggereert. Uit de cultuur van deze stalen bleek achteraf dat het multiresistente stalen waren.

% 100,0 100,0 myco_b_t5

Mycobacteriën

5

Mycobacteriën


Tabel 6 : Mycobacteriën : mycobacteriële species van klinische oorsprong (N; 1998-2007)

Cpx M. tuberculosis

Opportunistische atypische Mycobacteriën

Niet of zeer zelden pathogeen

Andere bacteriën Totaal

2007

2006

2005

2004

2003

2002

2001

2000

1999

1998

Cpx M. tuberculosis M. tuberculosis Mengeling M. tub. M. avium Mengeling M. tub. M. fort. Mengeling M. tub. M. gordonae Mengeling M. tub. M. intracellulare Mengeling M. tub. M. kansasii Mengeling M. tub. M. lentiflavum Mengeling M. tub. M. xenopi Mengeling M. tub. + atypique M. africanum M. bovis M. bovis BCG Mengeling M. bovis BCG + M. gordonae

415 5

451 12

462 1

437

421

422

438

521

492

413

3 1

2

M. avium M. Intracellulare M. bohemicum M. celatum Cpx abscessus-chelonae-fortuitum Cpx M. chelonae-abscessus Cpx M. fortuitum-peregrinum M. genavense M. haemophilum M. heckeshornense M. immunogen M. interjectum M. intermedium M. kansasii Mengeling M. kans. M. avium Mengeling M. kans. M. gord. M. lentiflavum M. malmoense M. marinum M. mucogenicum M. novocastrense M. paraffinicum M. peregrinum M. scrofulaceum Mengeling M. scrof. M. gord. M. senegalense M. shimoidei M. simiae M. smegmatis M. szulgaï M. xenopi Mengeling M. xen. M. gord. M. species

117 74 2 3

M. agri M. alvei M. anthracenicum M. branderi M. duvalli M. elephantis M. gadium M. gilvum M. gordonae M. hiberniae M. holsaticum M. negraskense M. neoaurum M. nonchromogenicum M. phlei M. ratisbonense M. sphagni M. terrae Cpx terrae-mucogenicum-ratisbonense M. triplex M. triviale

2

6 1

1 2

1

1 1

1 3 3

1 6 79 55 2

1 1 3 2 1 93 49 2

1 4 77 47 2 37

21 17 2 2 2

23 17

32 21

1

2

5 2 32

7

2 2 1 56 32 1 1 42

4

1

3 1

5 3

1

57 65 1 1 56

71 25 1 2 15

1 2

2 5

2

36 1

32

29

17

1 7 8 15

20 2

2

3 2 70 30 1 38

62 29 2 36

41 11

3

1 1 2

31

1 5 1 25

20

11 9 8

5 11 11 3

7 4 8 2

4 4 4 2

4

5

4

2

4

1

6 126

3

3 115

6 2 4 149

4

6

1 4

23 2

1

2

14

1

1 1 18

1 2 1 35

14 3 3

4 6 7

5 3 1

7 1

4

5 4 16 2 8 4 2 1

6 123

1 1 1 111

2 108

6 2 3 94

3

6

13

10

1 1 3

1 4

2

2

7 1 1 4

100 2 10

1

4 3 1 4 3 83

49

6

1

1 1 121

145

143

1

161

142 1

1 1 201

166 1

198 4

133 1

4 2 3

4

2

1 1 2

4

82

1 1

6

1 3 1

3 1

1 3 1

1

1

1

3 1 1

5 2 7

2

4

3 1

1

11

15

2

1025

1025

5

1

1068

967

886

973

953

5

3

7

1122

922

627 myco_b_t6

6

Mycobacteriën

No title

Recommend Documents