DNA BARCODING DAN REKONSTRUKSI FILOGENETIK SPESIES HIU YANG DIDARATKAN DI PELABUHAN PERIKANAN PANTAI MUNCAR, BANYUWANGI, JAWA TIMUR
PREHADI
DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA* Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul DNA Barcoding dan Rekonstruksi Filogenetik Spesies Hiu yang Didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar, Banyuwangi, Jawa Timur adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir disertasi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, April 2014 Prehadi NIM C54100051
ABSTRAK PREHADI. DNA Barcoding dan Rekonstruksi Filogenetik Spesies Hiu yang Didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar, Banyuwangi, Jawa Timur. Dibimbing oleh HAWIS MADDUPPA dan BEGINER SUBHAN. Ikan hiu merupakan komoditas perikanan yang dieksploitasi secara besarbesaran karena nilai ekonominya yang sangat tinggi. Dalam hal mengidentifikasi hiu sangat sulit dilakukan karena antar spesies memiliki kesamaan morfologi dan sebagian besar bagian tubuhnya telah hilang. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan meninjau status spesies hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Muncar dan melihat trend tangkapan di tahun 2012 dengan 2013, serta merekonstruksi terhadap spesies hiu yang didaratkan di pelabuhan perikanan selatan Jawa menggunakan pendekatan molekuler. Amplifikasi DNA menggunakan marka mitokondria lokus Cytochrome oxydase I. Hasil menunjukkan terdapat 7 spesies yang teridentifikasi diantaranya Alopias pelagicus, Carcharhinus falciformis, C. sorrah, C. amblyrhynchos, Galeocardo cuvier, Atelomycterus marmoratus, dan Spyrna lewini. Keanekaragaman tangkapan hiu di PPP Muncar selama 2 tahun terakhir mengalami penurunan. Terdapat sekitar 18% jenis hiu di wilayah penelitian ini terhadap seluruh jenis yang ditemukan di Indonesia. Hasil penelitian ini diharapkan dapat membantu pemerintah dalam pengelolaan perikanan hiu Indonesia. Kata kunci : Hiu, DNA barcoding, Filogenetik, PPP Muncar
ABSTRACT PREHADI. DNA Barcoding and Phylogenetic Construction of Shark Species Landed in Muncar Fisheries Landing Site, Banyuwangi, East Java. Supervised by HAWIS MADDUPPA and BEGINER SUBHAN. Sharks are one of a fisheries commodity that are exploited on a large scale because of their very high economic value. The identification of sharks is very problematic, because specimens has similarity in morphology and mostly have had key diagnostic features removed. This study aimed to identify and to review the status of sharks landed in Muncar Fisheries Landing Site and see the trend of catches in 2012 to 2013, and also to reconstruct the shark species that were landed at South Java fishing port using molecular approaches. The DNA amplification was using Cytochrome Oxidase I locus mitochondrial. A total of 7 species was identified including Alopias pelagicus, Carcharhinus falciformis, C. sorrah, C. amblyrhynchos, Galeocardo Cuvier, Atelomycterus marmoratus, and Spyrna lewini. The diversity of shark species that landed in Muncar during the last 2 years has been decreased. The identified sharks species in this study sites were about 18% of all Indonesian sharks. The result of this study is expected help the Government to manage shark fisheries in Indonesia. Keywords: Sharks, DNA barcoding, Phylogenetic, Conservation, Muncar
DNA BARCODING KONSTRUKSI FILOGENETIK SPESIES HIU YANG DIDARATKAN DI PELABUHAN PERIKANAN PANTAI MUNCAR, BANYUWANGI, JAWA TIMUR
PREHADI
Skripsi sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Ilmu Kelautan pada Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan
DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014
Judul Skripsi : DNA Barcoding dan Rekonstruksi Filogenetik Spesies Hiu yang Didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar, Banyuwangi, Jawa Timur Nama : Prehadi NIM : C54100051
Disetujui oleh
Dr Hawis Madduppa SPi, MSi Pembimbing I
Beginer Subhan SPi, MSi Pembimbing II
Diketahui oleh
Dr Ir I Wayan Nurjaya MSc Ketua Departemen
Tanggal Lulus: 12 Mei 2014
PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karuniaNya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Juli 2013 ini adalah genetika hiu dengan judul DNA Barcoding dan Rekonstruksi Filogenetik Spesies Hiu yang Didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar, Banyuwangi, Jawa Timur. Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Hawis Madduppa SPi, MSi dan Bapak Beginer Subhan SPi, MSi selaku pembimbing, serta Bapak Prof Dr Drh G Ngurah Mahardika yang telah mendukung penelitian ini. Di samping itu, penghargaan penulis sampaikan kepada Laboratorium Indonesian Biodiversity Research Center, Bali beserta seluruh penelitinya yang telah banyak memberi saran dan membantu dalam pelaksanaan penelitian ini. Ungkapan terima kasih juga disampaikan angkatan Ilmu dan Teknologi Kelautan tahun 2010 atas dukungannya dan kepada ayah, ibu, seluruh keluarga dan saudari Miranti Arum Putri atas segala doa dan kasih sayangnya. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, April 2014 Prehadi
DAFTAR ISI DAFTAR TABEL ............................................................................................ viii DAFTAR GAMBAR ........................................................................................ viii DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... viii PENDAHULUAN ............................................................................................... 1 Latar Belakang ................................................................................................. 1 Tujuan Penelitian ............................................................................................. 2 METODE ............................................................................................................ 3 Waktu dan Tempat ........................................................................................... 3 Alat .................................................................................................................. 3 Bahan ............................................................................................................... 3 Koleksi Sampel ................................................................................................ 3 Ekstraksi dan Amplifikasi PCR ........................................................................ 3 Elektroforesis ................................................................................................... 4 Sekuensing DNA .............................................................................................. 4 Prosedur Analisis Data ..................................................................................... 5 Identifikasi Spesies, Status Konservasi, dan Status Perdagangan ...................... 5 Rekonstruksi Filogenetik .................................................................................. 5 Spesies Hiu Tangkapan PPP Muncar Tahun 2012 dan Tahun 2013 ................... 6 HASIL DAN PEMBAHASAN ............................................................................ 6 DNA Barcoding, Status Konservasi, dan Status Perdagangan ........................... 6 Spesies Hiu Tangkapan PPP Muncar Tahun 2012 dan Tahun 2013 ................... 9 Rekonstruksi Filogenetik ................................................................................ 11 KESIMPULAN DAN SARAN .......................................................................... 12 Kesimpulan .................................................................................................... 12 Saran .............................................................................................................. 13 DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 13 LAMPIRAN
16
RIWAYAT HIDUP
24
DAFTAR TABEL Tabel
Halaman
1. Hasil identifikasi spesies hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Muncar menggunakan BLAST dan status konservasi serta perdagangan................................................................................................ 6 2. Spesies hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar pada tahun 2012 dan 2013 melalui DNA barcoding .................................. 10
DAFTAR GAMBAR Gambar
Halaman
1. Rekonstruksi filogenetik berdasarkan DNA Barcoding hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Muncar Banyuwangi Jawa Timur ..... 11
DAFTAR LAMPIRAN Lampiran
Halaman
1. Prosedur Kerja PCR.................................................................................. 16 2. Komposisi Master Mix (MM) pada PCR .................................................. 16 3. Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) pada sampel ikan hiu yang didaratkan di PPP Muncar Banyuwangi Jawa Timur melalui BLAST ..................................................................................................... 17 4. Spesies hiu yang terindentifikasi di PPP Muncar, Banyuwangi Jawa Timur ........................................................................................................ 22
PENDAHULUAN Latar Belakang Ikan hiu mengalami eksploitasi secara besar-besaran di berbagai negara, termasuk Indonesia yang menempati urutan pertama dari 20 negara penangkap hiu terbanyak di dunia diatas India, Spanyol, Taiwan, dan Argentina pada tahun 20022011 (Mundy dan Crook 2013). Pada periode tersebut, Indonesia telah mengekspor sirip hiu sebesar 10.762 ton atau 13% dari total sirip seluruh negara pengekspor sirip hiu (Mundy dan Crook 2013). Sirip hiu yang dimanfaatkan tidak hanya berasal dari satu spesies hiu saja, melainkan berasal dari berbagai spesies hiu. Di wilayah perairan Indonesia dapat ditemukan 78 spesies hiu yang terbagi dalam 8 ordo dan 25 famili yang banyak dieksploitasi baik bagian sirip, daging, kulit, minyak maupun gigi hiu (White et al. 2006). Secara alami, ikan hiu sangat lambat dalam mencapai usia matang (8-13 tahun), dan tingkat reproduksi yang sangat rendah (Musick et al. 2000), sehingga jumlah populasi alami tergolong rendah. Akibat dari eksploitasi ikan hiu, populasi hiu di alam telah mengalami penurunan yang sangat drastis yang dibuktikan oleh beberapa penelitian di barat laut Atlantic, tenggara Australia, Teluk Mexico, Afrika Selatan, dan Australian Great Barrier Reef (Holden 1973; Casey dan Myers 1998; Graham et al. 2001; Baum dan Myers 2004; Baum et al. 2005; Dudley dan Simpfendorfer 2006; Robbins et al. 2006; Burgess et al. 2005). Penurunan populasi terjadi sebagai dampak dari adanya usaha perikanan hiu yang dilakukan secara intensif tetapi tidak adanya pengawasan ataupun peraturan yang mengatur jumlah tangkapan ataupun ukuran layak tangkap (Fahmi dan Dharmadi 2005). Akibat penurunan populasi tersebut spesies hiu yang berada di Indonesia telah masuk dalam datar merah IUCN (International Union for Conservation of Nature) yaitu dari 78 spesies hiu terdapat 1 spesies hiu yang termasuk dalam kategori Critically Endangered, 28 spesies kategori Near Threatened, 10 spesies kategori Vulnerable, 9 spesies kategori Data Deficient dan Least Concern, serta 23 spesies yang termasuk kategori Not Evaluated (White et al. 2006). Penangkapan ikan hiu di Indonesia dapat dipantau melalui pelabuhan perikanan. Namun, masalah utama pelabuhan perikanan di Indonesia adalah data hiu yang didaratkan hanya berupa jumlah volume total produksi tangkapan tanpa menyebutkan spesies hiu dan jumlah individu yang tertangkap. Sebagai contoh, Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Muncar hanya mencatat hasil tangkapan tahun 2012 yang mencapai 213.345 kg (UPPPP Muncar 2013). Hal tersebut dikarenakan kurangnya pengetahuan nelayan mengenai jenis hiu dan tidak adanya tenaga ahli yang mampu dalam pemantauan jenis hiu sehingga menjadi kendala. PPP Muncar merupakan salah satu pelabuhan di selatan Jawa yang berperan besar dalam penangkapan hiu selain Pelabuhan Perikanan Samudra (PPS) Cilacap Jawa Tengah, dan Pelabuhan Perikanan Nusantara (PPN) Palabuhanratu Jawa Barat (White et al 2006). Data spesies hiu yang didaratkan di pelabuhan perikanan sangat diperlukan sebagai upaya pemantauan aktivitas penangkapan dan keberadaannya di alam. Data penangkapan hiu dapat dijadikan sebagai acuan untuk pengelolaan
2 penangkapan dan perdagangan hiu. Masalah lain dalam aktivitas penangkapan hiu dari nelayan komersial adalah kemungkinan kesalahan identifikasi spesies hiu oleh pengamat karena beberapa spesies hiu secara morfologis sulit untuk dibedakan, dan penafsiran perbedaan nama lokal, serta tubuh hiu banyak yang ditemukan tidak utuh (Burgess et al. 2005). Selama beberapa tahun terakhir ini, teknik molekuler mampu memberikan solusi dalam melakukan identifikasi spesies hiu, terutama dalam kasus ketika metode taksonomi konvensional sulit dilakukan karena tidak tercukupinya informasi morfologi seperti yang telah diterapkan pada sirip hiu dan fillet (Smith dan Benson 2001). Hebert et al (2003) memperkenalkan teknik DNA barcoding penanda mitokondria untuk semua spesies hewan bahwa satu urutan gen akan cukup untuk membedakan jenis satu dengan yang lainnya. Teknik DNA barcoding menggunakan primer dalam proses PCR (Polymerase Chain Reaction) untuk mengamplifikasi DNA hingga sekitar 600-700 bp pada wilayah mitokondria lokus cytochrome c oxidase I (COI). Teknik DNA barcoding telah dilakukan untuk mengidentifikasi 207 spesies ikan yang terdapat di Australia yang meliputi 143 spesies teleosti, 61 spesies hiu dan pari, dan 3 spesies chimaerid (Ward et al. 2008). Penangkapan hiu di Indonesia mencapai 35 jenis berdasarkan DNA barcoding (Sembiring et al. 2014). Ditemukan 10 spesies hiu di PPS Cilacap (Kurniasih 2013) dan 6 spesies hiu di PPN Palabuhanratu melalui teknik DNA barcoding (Sembiring et al. 2014). DNA mitokondria (mtDNA) mampu mengidentifikasi dengan baik dan akurat karena mampu mendiskriminasi spesies berdasarkan struktur dan komposisi penyusun dasar makhluk hidup pada tingkat DNA. Keuntungan mengidentifikasi spesies melalui DNA Barcoding COI adalah hasil barcoding dapat dibandingkan dan disimpan pada sistem bank data DNA yang berkembang pesat (Ratnasingham dan Hebert 2007). Keuntungan lain adalah DNA mampu memberikan informasi kedekatan spesies satu dengan yang yang lainnya melalui filogenetik yang didasarkan pada perhitungan statistik urutan basa yang ada. Selain itu hasil filogenetik DNA mitokondria COI mampu membedakan individu dalam spesies (inter-spesies) dan antar spesies (intra-spesies) (Zhao et al. 2013). Penelitian ini mencakup identifikasi spesies melalui struktur genetik ikan hiu yang didaratkan di PPP Muncar Banyuwangi Jawa Timur pada tahun 2013, dan mengonstruksi filogenetiknya untuk melihat clade atau kelompok dendogram yang terbentuk. Selain itu, Penelitian ini juga melihat perbedaan keanekaragaman spesies hiu yang didaratkan pada tahun 2013 dengan tahun 2012.
Tujuan Penelitian 1.
2.
Mengidentifikasi spesies ikan hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar Banyuwangi Jawa Timur melalui pendekatan molekuler dan meninjau status konservasinya berdasarkan daftar merah IUCN (International Union for Conservation of Nature), dan status perdagangannya dalam CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora). Merekonstruksi filogenetik spesies ikan hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar, Banyuwangi Jawa Timur
3 3.
Membandingkan hasil identifikasi spesies hiu berdasarkan tahun 2012 dengan tahun 2013.
METODE Waktu dan Tempat Pengambilan sampel hiu dilakukan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar Jawa Timur pada tanggal 30-31 Juli 2012 (Data sekunder) dan 1-30 Juli 2013 (Data primer). Pengolahan data sampel hiu dilakukan pada Bulan Februari 2014 di Laboratorium Biologi Molekuler, Indonesian Biodiversity Research Center, Bali dan Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Alat Alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain tube (2 ml, 0.6 ml, 0.3 ml, dan 0.2 ml), cutter, alat tulis, bunsen, cawan petri, tissue, gloves, tray, forceps, vortex, microcentrifuge, heating block, pippettemen (10, 20, 200 μL), pippet tips, thermo cyler, kalkulator, timbangan, tabung erlemenyer, gelas ukur, parafilm, microwave, mesin elektroforesis, mesin UV, komputer, serta Perangkat Lunak Mega 5.2. Bahan Bahan yang digunakan dalam penelitian antara lain sampel daging hiu, etanol, chelex 10%, ddH2O, larutan buffer, dNTP, enzim taq polymerase, MgCl2, primer, agarosa, EtBr, loading dye, serta low mass ladder.
Koleksi Sampel Koleksi sampel merupakan tahapan awal dalam analisis DNA barcoding dengan cara memotong sedikit jaringan hiu di bagian sekitar sirip. Jaringan yang telah didapatkan disimpan dalam microtube berukuran 0,5 ml yang berisi ethanol 96% dan diberi label untuk identitas sampel. Sampel yang didapatkan pada tahun 2012 sebanyak 31 sampel sedangkan pada tahun 2013 sebanyak 64 sampel.
Ekstraksi dan Amplifikasi PCR Ekstraksi DNA bertujuan untuk melisis jaringan dan mendapatkan DNA sampel. Metode Chelex merupakan metode ekstraksi DNA yang menggunakan larutan chelex 10% yang dibuat dari pencampuran “resin-chelat” (BioRad) dan
4 larutan H2O (Walsh et al 1991). Pengekstraksian dilakukan dengan cara pemanasan 95°C selama 45 menit. Amplifikasi DNA menggunakan mesin PCR (thermo cycler) dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Hotstart yaitu suatu reaksi untuk memperbanyak (replikasi) DNA secara enzimatik pada suhu 80°C dan PCR Gold yang mampu mempertahankan reaksi enzim sampai suhu reaksi. Komponen utama dalam PCR adalah DNA template, dNTPs (PROMEGA Madison WI USA 100 mM), 10X PCR Buffer II dan 10X PCR Gold Buffer (Applied Biosystems), MgCl2 (Applied Biosystems), primer, dan enzim polymerase (Applied Biosystems). Jenis primer yang digunakan pada penelitian ini primer modifikasi yang dipakai menggunakan "Matt Craig, Pers. Comm" untuk lokus COI Fish BCH: 5'-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3' atau Fish BCL: 5'-TCA ACY AAT CAY AAA GAT ATY GGC AC3' (Baldwin et al. 2009). Proses PCR dilakukan sebanyak 38 siklus yang setiap siklusnya terdiri dari proses pemisahan DNA utas ganda (denaturation) pada suhu 94°C selama 30 detik, penempelan primer (annealling) pada suhu 50°C selama 30 detik dan pemanjangan segmen DNA (extention) pada suhu 72°C selama 45 detik. Proses PCR tersebut mampu menghasilkan menghasilkan panjang basa sebesar 600-700 bp yang dapat diketahui setelah proses elektroforesis.
Elektroforesis Elektroforesis adalah teknik untuk memisahkan molekul bermuatan, bertujuan untuk mengetahui kualitas DNA dari produk PCR. Tahap awal adalah dengan pembuatan gel agarosa 1% dengan pewarna DNA Etidium Bromida yang digunakan sebagai media elektroforesis. Hasil PCR yang telah dicampur dengan loading dye (Kalgen), disisipkan dalam sumuran agarosa. Elektroforesis menggunakan mesin elektroforesis tegangan 220 V dan arus 400 mA dengan waktu 30 menit. Low DNA mass leader (invitrogen) digunakan untuk mengetahui panjang untaian DNA yang dihasilkan PCR. Hasil elektroforesis dapat dilihat pita-pita dengan ultarviolet 365 nm.
Sekuensing DNA Sekuensing DNA adalah metode untuk menentukan urutan basa nukleotida dalam DNA. Urutan DNA mampu memberikan informasi genetik turunan baik berasal dari nukleus (inti), plasmid, mitokondria, maupun kloroplas jaringan makhluk hidup (Randi dan Lucchini 1998). Produk PCR berupa DNA positif dikirim ke Sequencing Facility UC Berkeley, California USA untuk pengurutan nukleotida. Metode sekuen yang digunakan adalah metode Sanger dengan prinsip penggunaan Dideoxynucleotides sebagai penghenti rantai DNA.
5 Prosedur Analisis Data Identifikasi Spesies, Status Konservasi, dan Status Perdagangan Identifikasi spesies dan status konservasi dilakukan pada hasil tangkapam PPP Muncar tahun 2013. Hasil pembacaan urutan basa nukleotida diolah menggunakan program MEGA 5.2 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis) (Tamura et al 2011). Program MEGA memiliki tools yang mampu bekerja dalam pembacaan urutan DNA, analisis statistik DNA baik Urutan basa nukleotida maupun protein, dan penjajaran urutan satu sampel dengan sampel lainnya menggunakan ClustalW (Kumar et al. 2008). Untuk menentukan spesies hiu dari informasi urutan basa nukleotida tersebut, dilakukan proses BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yaitu membandingkan dengan database sekuens DNA pada GeneBank (http://blast.ncbi.nlm.nih.-gov). Hasil pengolahan dari GeneBank berupa nama spesies dari data DNA dan akan dilakukan pengkajian mengenai status konservasi dalam IUCN (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources) serta status perdagangannya dalam CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Faunaand Flora). IUCN merupakan organisasi internasional yang didedikasikan untuk konservasi sumber daya alam dengan mengkategorikan status sumberdaya alam ke dalam beberapa kategori diantaranya punah (extinct), punah di alam (extinct in the wild), sangat terancam (critically endangered), terancam (endangered), rawan (vulnerable), hampir terancam (near threatened), tidak mengkhawatirkan (least concern), minim informasi (data deficient) dan belum di evaluasi (not evaluated) (Mardiastuti 2008). CITES merupakan suatu konvensi internasional mengenai perdagangan hidupan liar yang dibentuk dengan tujuan utama sebagai alat kontrol terhadap perdagangan hidupan liar pada tingkatan global. CITES mengatur spesies yang diperbolehkan atau dilarang diperdagangkan secara komersial dengan sistem yang disebut Apendiks I (perdagangan dilarang) dan Apendiks II (perdagangan diperbolehkan dengan pengaturan yang kuat) (Mardiastuti 2008). Rekonstruksi Filogenetik Filogenetik merupakan gambaran hubungan kekerabatan berdasarkan komposisi sekuens DNA atau protein yang digambarkan menyerupai pohon bertujuan untuk memperkirakan evolusi yang terjadi pada masa lampau (Baldauf 2003). Rekonstruksi filogenetik mampu menganalisa jarak gen melalui variasi DNA dengan metode Neighbor Joining tree yang mampu memperhitungkan jarak kedekatan yang ditunjukkan dengan nilai Bootstrap. Nilai bootstrap yang digunakan pada analisis sebesar 1000 yang artinya besarnya kemungkinan dalam pembuatan pohon dengan pengulangan 1000 kali (Ward et al. 2008) Spesimen outgroup mampu memberikan jarak yang berbeda nyata dalam pembuatan filogenetik sehingga mampu menilai keakuratan hasil.
6 Spesies Hiu Tangkapan PPP Muncar Tahun 2012 dan Tahun 2013 Spesies hiu tangkapan PPP Muncar tahun 2013 yang telah teridentifikasi dibandingkan dengan hasil identifikasi hiu tangkapan tahun 2012. Data spesies tahun 2012 didapatkan dari Indonesian Biodiversity Research Center (IBRC) yang belum dipublikasikan. Perbandingan spesies hiu dilakukan untuk menganalisa spesies hiu yang tertangkap pada tahun 2012 dan 2013 serta menghitung presentase spesies dalam jangka 2 tahun yang ditemui di PPP Muncar terhadap spesies yang ada di Indonesia.
HASIL DAN PEMBAHASAN DNA Barcoding, Status Konservasi, dan Status Perdagangan Hasil sekuens berupa urutan basa dengan panjang 600-700 basepair dianalisis dengan program Basic Local Alignment and Search Tool (BLAST) yang terhubung database pada genbank. Program BLAST mampu menunjukkan tingkat homologi antara urutan basa sampel dengan urutan basa yang telah terinput di genbank dan hasil dengan tingkat homologi 100% merupakan spesies yang identik dan dapat diidentifikasi sebagai spesies tersebut. Sampel ikan hiu yang dianalisis berjumlah 64 sampel, terdapat 59 sampel yang teramplifikasi dengan baik, 4 sampel kurang baik, dan 1 sampel teridentifikasi sebagai crustacea. Hal ini disebabkan karena kurang sempurnanya proses ampilifikasi DNA pada proses PCR atau kurang teliti pada saat pengambilan sampel. Tabel 1 Hasil identifikasi spesies hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Muncar menggunakan BLAST dan status konservasi serta perdagangan Famili
Alopiidae Carcharhinidae
Scyliorhinidae Sphyrnidae
Analisis BLAST
Alopias pelagicus Carcharhinus falciformis Carcharhinus amblyrhynchos Carcharhinus sorrah Galeocerdo cuvier Atelomycterus marmoratus Sphyrna lewini
Nama umum
Pelagic Thresher Silky Shark
Jumlah (ekor)
Status konservasi (IUCN 2014)
1
Rawan
41
Hampir terancam Hampir terancam Hampir terancam Hampir terancam Hampir terancam Terancam
Grey Reef Shark Spot-tail Shark Tiger shark
1
Coral catshark Scalloped Hammerhead
1
2 2
11
Status perdagangan (CITES 2014) Belum dievaluasi Belum dievaluasi Belum dievaluasi Belum dievaluasi Belum dievaluasi Belum dievaluasi Apendiks II
Tabel 1 merupakan hasil BLAST spesies hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar. Hasil menunjukkan terdapat 7 spesies hiu yang teridentifikasi dan spesies-spesies tersebut tergolong dalam 4 famili berbeda
7 diantaranya Alopiidae, Carcharhinidae, Scyliorhinidae, dan Sphyrnidae. Famili terbanyak yang ditemukan di PPP Muncar tahun 2013 adalah Carcharhinidae sebanyak 4 spesies berbeda. Hiu yang ditemukan di PPP Muncar, seluruhnya telah tergolong dalam daftar merah IUCN, 1 spesies tergolong terancam yaitu Sphyrna lewini, 5 spesies tergolong spesies hampir terancam (near threatened) antara lain Carcharhinus falciformis, C. amblyrhynchos, C. sorrah, Galeocerdo cuvier, dan Atelomycterus marmoratus serta 1 spesies tergolong spesies rawan (vulnerable) yaitu Alopias pelagicus. Spesies hampir terancam merupakan kategori yang diberikan kepada spesies yang diyakini akan terancam keberadaannya di masa mendatang, apabila tidak ada usaha pengelolaan terhadap jenis tersebut (IUCN-SSC 2001). Spesies rawan merupakan kategori spesies yang dikhawatirkan memiliki resiko tinggi terhadap kepunahan di alam (IUCN-SSC 2001). Status perdagangan hiu yang ditemukan di PPP Muncar dalam CITES, hanya 1 spesies yang terdaftar dalam Apendiks II yaitu spesies Sphyrna lewini dan 6 spesies lainnya belum dievaluasi atau belum tergolong dalam kategori appendiks. Apendiks II merupakan daftar yang memuat spesies yang masih dapat diperdagangkan secara komersial, melalui pengaturan kuota. Status perdagangan yang dipredikatkan kepada spesies hiu tersebut belum sesuai dengan status IUCN yang rata-rata setiap spesiesnya tergolong hampir terancam. Ketidaksesuaian tersebut dapat mengakibatkan terancamnya keberlangsungan hidup setiap spesies hiu karena tidak adanya pengelolaan perikanan dan perdagangan untuk mengaturnya. Famili Alopiidae yang ditemukan di PPP Muncar melalui analisis DNA barcoding berjumlah 1 individu yaitu tergolong spesies Alopias pelagicus (Pelagic Thresher) dengan tingkat kemiripin mencapai 100% dengan database GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/). Spesies ini dikenal oleh nelayan Muncar sebagai hiu lancur. A. pelagicus memiliki ciri yang khas yaitu ekor bagian atas sepanjang ukuran tubuhnya, ukuran tubuhnya dapat mencapai ukuran panjang 365 cm, saat lahir ukuran panjang total 130-160 cm, hiu jantan mencapai dewasa pada ukuran ~240 cm, dan betina ~260 cm (White et al. 2006). A. pelagicus tersebar sangat luas terdapat di perairan tropis dan subtropis di Samudra Hindia dan Pasifik wilayah permukaan laut hingga kedalaman 152 m (White et al. 2006). Status IUCN spesies A. Pelagicus pada tahun 2014 tergolong sebagai spesies hampir terancam yang sebelumnya pada tahun 2006 statusnya masih belum dievaluasi (White et al. 2006). Walaupun telah tergolong dalam daftar merah IUCN, status A. Pelagicus dalam CITES masih belum dievaluasi sehingga hiu ini bebas untuk diperdagangkan tanpa adanya pengelolaan. Hal tersebut dapat mengakibatkan eksploitasi bahkan kepunahan terhadap spesies A. Pelagicus. Famili Carcharhinidae yang ditemukan di PPP Muncar melalui DNA barcoding berjumlah 46 individu diantaranya spesies Cacharhinus falciformis (Silky Shark) sebanyak 41 individu, C. amblyrhynchos (Grey Reef Shark) sebanyak 1 individu, C. sorrah (Spot-tail Shark) sebanyak 2 individu, dan Galeocerdo cuvier (Tiger shark) sebanyak 2 individu dengan tingkat kesamaan mencapai 100%. Famili Carcharhinidae banyak ditangkap dikarenakan habitatnya tersebar di wilayah perairan tropis dan subtropis, tergolong spesies oseanik dan pelagis, serta banyak ditemukan di lepas pantai dekat daratan dan permukaan laut. Famili Carcharhinidae biasanya mampu melahirkan 1-16 anak dalam satu periode
8 kehamilan (White et al. 2006). Status IUCN semua spesies dalam famili Carcharhinidae yang ditemukan di PPP Muncar telah tergolong dalam daftar merah sebagai spesies yang hampir terancam punah, akan tetapi statusnya dalam CITES belum dievaluasi. Spesies C. falciformis atau hiu mungsing merupakan spesies terbanyak yang ditemukan di PPP Muncar. Hal tersebut dikarenakan habitatnya berada dekat permukaan laut, lepas pantai dekat daratan sehingga hiu ini sering tertangkap oleh rawai dan jaring nelayan. Spesies C. falciformis memiliki ciri morfologi moncong agak panjang dan bulat menyempit, letak pangkal sirip punggung pertama berada di belakang sirip dada, dan tidak ada gurat di antara sirip punggungnya (White et al. 2006). Status konservasi dalam daftar merah IUCN, spesies ini mengalami peningkatan status yang awalnya pada tahun 2006 kurang mengkhawatirkan menjadi hampir terancam di tahun 2014. Hal ini menunjukkan bahwa spesies ini telah mengalami eksploitasi yang sangat tinggi dalam kurun waktu 8 tahun terakhir dan diperlukan pengelolaan yang mampu mengatur pemanfaatan spesies ini. Tanpa adanya pengelolaan penangkapan yang serius terhadap spesies ini akan mengakibatkan kelangkaan bahkan kepunahan dalam beberapa tahun ke depan. Famili Scyliorhinidae yang ditemukan di PPP Muncar berjumlah 1 individu yaitu spesies Atelomycterus marmoratus atau biasa dikenal sebagai hiu tokek oleh nelayan Muncar ini berdasarkan hasil BLAST memiliki tingkat kemiripan 100%. Hiu tokek memiliki ciri khas yaitu kepala, tubuh dan siripnya dipenuhi oleh bintik berwarna abu-abu muda dan putih. Selain itu ciri lain secara morfologi yang dapat dilihat adalah terdapat belang berwarna putih di bagian insang, memiliki tutup lubang hidung pada bagian depan dengan bentuk membesar hingga bagian mulut dan umumnya di jumpai di perairan Indo-Pasifik di celah-celah batu karang hal ini sesuai dengan informasi nelayan Muncar bahwa hiu ini biasanya tertangkap menggunakan rawai pancing yang beroperasi disekitar wilayah terumbu karang. Hiu tokek ini ditemukan di tempat pengolahan ikan asin dengan panjang tubuh 41 cm, yang berarti belum dewasa untuk dimanfaatkan karena hiu tokek dewasa biasanya berukuran 47-49 cm (White et al. 2006). Pemanfataan yang tidak diatur dalam ukuran tangkapan dapat mengancam keberadaan dari spesies hiu ini. Hiu tokek terdaftar dalam daftar merah IUCN sebagai spesies hampir terancam (IUCN 2014) akan tetapi belum mendapatkan status perdagangan dalam CITES (CITES 2014). Famili Sphyrnidae yang ditemukan di PPP Muncar berjumlah 11 individu yang semuanya teridentifikasi sebagai spesies Sphyrna lewini (Scalloped hammerhead) dengan tingkat kesamaan sebesar 100% dar hasil BLAST. S. lewini biasa dikenal oleh nelayan Muncar sebagai hiu martil. Hiu martil telah masuk dalam daftar merah IUCN sebagai spesies hampir terancam dan spesies Apendiks II dalam CITES. Hiu martil dijumpai dari lapisan permukaan hingga kedalaman 275 m dan jumlah anak yang dilahirkan 12-41 ekor dengan masa kandungan 9-10 bulan (White et al.2006). Hiu jenis memiliki ciri yang unik yaitu kepala melebar ke samping dengan lekukan dangkal di bagian tengah kepala. Habitat hiu martil paling umum di jumpai di wilayah perairan tropis dari lapisan permukaan hingga kedalaman 275 meter. Sirip hiu martil dewasa memiliki potensi ekonomi yang sangat tinggi, sehingga banyak diburu untuk diekspor.
9 Spesies hiu yang didaratkan di PPP Muncar pada umumnya tertangkap oleh rawai hiu, rawai tuna, dan jaring tuna permukaan dengan cakupan wilayah Selat Bali, Laut Jawa, Kalimantan, maupun Sulawesi. Bagian tubuh yang dapat dimanfaatkan adalah sirip, daging, kulit, dan gigi. Bagian sirip merupakan komoditas untuk diekspor, daging untuk olahan produk ikan, kulit dimanfaatkan sebagai bahan baku kerupuk, serta gigi dimanfaatkan untuk perhiasan atau kerajinan tangan. Pendaratan ikan hiu di pelabuhan perikanan pada awalnya merupakan hasil tangkapan sampingan para nelayan, namun para nelayan masih memanfaatkannya. Kenyataan di lapangan terutama di PPP Muncar, ada beberapa kapal yang diinvestasi oleh penampung tangkapan ikan hiu untuk melakukan penangkapan hiu sebagai target utama tangkapannya. Kapal yang telah menerima investasi wajib menjual hasil tangkapannya ke investor. Nelayan mendapatkan keuntungan dari hasil penjualan bobot ikan hiu termasuk sirip hiu tersebut. Nelayan menjual ikan hiu kepada para investor seharga Rp. 15.000 per kg tanpa membedakan daging dan siripnya. Pihak investor akan menangani ikan hiu tersebut dengan memisahkan antara sirip dan daging. Daging dijual kepada pengolah dengan harga Rp. 13.000 per kg, sedangkan sirip hiu dijual dengan harga Rp 100.000 per satu sirip. Melihat kenyataan tersebut telah terbukti bahwa ikan hiu merupakan komoditas perikanan yang sangat tinggi. Investasi secara besar-besaran akan berdampak penangkapan ikan hiu secara besar-besaran sehingga menyebabkan beberapa spesies hiu mengalami penurunan jumlah populasi bahkan kepunahan sehingga dapat berpengaruh pada sistem ekologi terutama rantai makanan. Hiu merupakan spesies kunci sebagai predator dalam ekosistem laut dimana hiu berperan penting terhadap kelangsungan hidup produsen laut, ikan herbivora, dan ikan karnivora lainnya (Griffin et al. 2008).
Spesies Hiu Tangkapan PPP Muncar Tahun 2012 dan Tahun 2013 Identifikasi hiu melalui DNA barcoding di wilayah PPP Muncar ini merupakan sampel yang diambil pada tahun 2013. Data yang telah di peroleh dibandingkan dengan data hasil identifikasi tangkapan tahun 2012 (Sembiring et al. 2014) pada bulan dan musim yang sama. Perbandingan ini bertujuan untuk melihat trend tangkapan spesies hiu dalam kurun waktu 2 tahun. Pada tahun 2012, sampling dilakukan selama 2 hari yang mencakup wilayah gudang penyimpanan kios hiu yang berada di PPP Muncar, sedangkan pada tahun 2013 pengambilan sampel dilakukan selama 30 hari pada saat aktivitas pembongkaran tangkapan hiu dari palka kapal. Berikut Tabel 2 merupakan data spesies hiu yang didaratkan di PPP Muncar selama 2 tahun terakhir yang diidentifikasi melalui DNA barcoding :
10
Tabel 2 Spesies hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar pada tahun 2012 dan 2013 melalui DNA barcoding Tahun No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
Nama Spesies Carcharhinus falciformis Carcharhinus brevipinna Carcharhinus limbatus Carcharhinus sorrah Galeocerdo cuvier Hemitriakis indroyonoi Mustelus lenticulatus Alopias pelagicus Alopias superciliosus Isurus oxirynchus Prionace glauca Carcharhinus amblyrhynchos Sphyrna lewini Atelomycterus marmoratus
2012 (Individu) 6 5 1 2 1 4 6 3 1 1 1 -
2013 (Individu) 41 2 2 1 1 11 1
Tabel 2 menunjukkan bahwa teridentifikasi sebanyak 11 spesies tangkapan hiu pada tahun 2012 sedangkan pada tahun 2013 hanya 7 spesies. Hal tersebut dapat dihubungkan dengan lama waktu pengoleksian sampel. Pada tahun 2012 yang hanya dilakukan 2 hari dapat ditemui 11 spesies akan tetapi pada tahun 2013 yang dilakukan selama 30 hari hanya ditemukan 7 spesies. Hal tersebut mengindikasikan bahwa keanekaragaman spesies hiu di alam semakin menurun seiring dengan penangkapan hiu yang dilakukan secara intensif. Pada tahun 2013 terdapat 7 spesies yang tidak teridentifikasi kembali yaitu Carcharhinus brevipinna, C. limbatus, Hemitriakis indroyonoi, Mustelus lenticulatus, Alopias superciliosus, Isurus oxirynchus, dan Prionace glauca. Banyak faktor yang mempengaruhi tidak ditemuinya kembali spesies hiu tersebut baik di tahun 2012 ataupun tahun 2013. Sphyrna lewini tidak ditemukan di tahun 2012 akan tetapi dapat ditemukan di tahun 2013, karena berdasarkan informasi lapang bahwa spesies ini memiliki nilai ekonomi yang sangat tinggi, sehingga banyak diburu oleh para pengolah dan tidak ada yang tersisa di gudang penyimpanan baik sirip, maupun dagingnya.Trend tangkapan selama 2 tahun terakhir adalah spesies Carcharhinus falciformis, dimana spesies ini ditemukan paling banyak di dua tahun terakhir. Berdasarkan Tabel 2 jumlah spesies hiu yang tereksploitasi di PPP Muncar mencapai 14 spesies atau sekitar 18 % dari spesies hiu yang ditemukan di Indonesia (White et al. 2006). Nilai tersebut tergolong besar dalam eksploitasi berbagai spesies hiu, karena diketahui bahwa spesies hiu tidak seragam dalam pencapaian usia matang, dan jumlah anak yang dilahirkan (Castro dan Mejuto
11 1995). Berdasarkan hal tersebut diperlukan perhatian khusus dalam pengaturan dan pengelolaan penangkapan hiu di PPP Muncar Banyuwangi Jawa Timur.
Rekonstruksi Filogenetik Rekonstruksi filogenetik merupakan cara untuk mengetahui hubungan kekerabatan yang dapat ditampilkan melalui dendogram berdasarkan data sekuens mitokondria yang didapatkan. Rekonstruksi filogenetik didukung oleh data sekuens dari genebank yang didapatkan dari hasil BLAST data sekuens yang akan dianalisis spesiesnya. Metode yang digunakan dalam merekonstruksi filogenetik ini adalah Neighbor-Joining (Ward et al. 2008) dengan nilai bootstrap sebesar 1000 karena metode ini efektif untuk melakukan perhitungan tingkat kesamaan dalam mengidentifikasi spesies melalui kekerabatan.
Gambar 1 Rekonstruksi filogenetik berdasarkan DNA Barcoding hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Muncar Banyuwangi Jawa Timur
12 Gambar 1 menggambarkan hubungan kekerabatan spesies hiu yang didaratkan di PPP Muncar tahun 2013 yang digunakan untuk mengidentifikasi spesies. Sekuens hiu dapat diketahui spesiesnya melalui percabangan kladogram yang membentuk kelompok dan terdapat nilai bootstrap skala 1-100% dari nilai pengulangan 1000 kali untuk mengetahui tingkat akurasi percabangan filogeni. Semakin tinggi nilai bootstrap (nilai maksimal 100%), maka tingkat akurasi dan ketetapan posisi dari percabangan pohon filogeni yang terbentuk semakin tinggi. Nilai bootstrap dari hasil rekonstruksi spesies hiu pada setiap percabangannya didapatkan nilai 100 yang berarti percabangan setiap kelompok sangat kuat. Dalam mengonstruksi filogenetik, diperlukan spesies outgroup yang diperoleh dari gene bank dengan taksa yang tidak terlalu jauh atau dekat. Spesies outgroup difungsikan sebagai pembanding dalam menentukan spesies yang berada dalam ingroup sehingga filogenetik yang terbentuk jelas dan kuat untuk mengklasifikasikan suatu kekerabatan antar individu dan spesies. Pada filogenetik yang terbentuk terdapat skala 0.02 yang menunjukkan bahwa dari 100 urutan nukleotida ada 2 basa yang berbeda di setiap percabangan. Gambar 1 menggambarkan 7 kelompok besar dengan nilai bootstrap 100 yang berarti menunjukkan kedekatan antar individu. Kelompok besar yang terbentuk menunjukkan spesies hiu antara lain kelompok Carcharhinus falciformis, C. sorrah, C. amblyrhynchos, Galeocardo cuvier, Alopias pelagicus, Sphyrna lewini, dan Atelomycterus marmoratus. Kladogram dapat menunjukkan bahwa spesies yang tergolong dalam satu famili terletak dalam klade yang saling berdekatan. Hal ini menunjukkan bahwa studi mengenai famili suatu spesies dapat dijelaskan dengan rekonstruksi filogenetik (Zuazo dan Agnarson 2010). Kelompok dalam kladogram tidak hanya menunjukkan kelompok besar, melainkan terdapat kelompok kecil yang terpisah, akan tetapi masih dalam satu spesies yang sama. Hal tersebut terjadi dikarenakan adanya perbedaan yang sangat kecil dalam urutan basa individu tersebut. Perbedaan genetik dalam spesies dapat terjadi karena adanya proses mutasi, transversi, delesi, atau inversi dalam pengkodean genetik pada sel. Proses tersebut disebabkan oleh beberapa faktor, yang salah satunya sebagai akibat adaptasi dari perubahan iklim dunia yang terjadi sekarang atau bahkan faktor dari perbedaan populasi.
KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan DNA barcoding mitokondria target lokus COI mampu mendiskriminasi spesies dengan baik dan akurat spesies hiu yang didaratkan di PPP Muncar Banyuwangi Jawa Timur. Rekonstruksi filogenik mampu mengelompokkan berdasarkan hubungan kekerababatan sehingga dapat diketahui spesies hiu yang dianalisis. Spesies hiu yang ditemukan di PPP Muncar, seluruhnya telah tergolong dalam daftar merah IUCN, 1 spesies tergolong terancam yaitu Sphyrna lewini, 5 spesies tergolong spesies hampir terancam (near threatened) antara lain Carcharhinus falciformis, C. amblyrhynchos, C. sorrah, Galeocerdo cuvier, dan Atelomycterus marmoratus serta 1 spesies tergolong spesies rawan (vulnerable) yaitu Alopias pelagicus. Spesies C. falciformis mengalami peningkatan status dari
13 belum dievaluasi menjadi hampir terancam dalam kurun waktu 8 tahun (20062014).Status perdagangan hiu dalam CITES hanya Sphyrna lewini spesies yang tergolong sebagai spesies Apendix II. Keanekaragaman tangkapan hiu di PPP Muncar semakin menurun dilihat tangkapan tahun 2012 mencapai 11 jenis hiu akan tetapi pada tahun 2013 hanya 7 jenis yang dapat diidentifikasi sehingga mengindikasi keanekaragaman spesies hiu di Indonesia semakin menurun. Dalam kurun waktu 2 tahun, jenis hasil tangkapan hiu mencapai 18% jenis dari seluruh jenis yang ada di Indonesia. Saran Perlu dilakukan penelitian lebih jauh mengenai genetika populasi hiu dan lokasi agregasi spesies hiu. Genetika populasi hiu mampu menjelaskan jumlah kelompok populasi hiu yang ada di Indonesia. Lokasi agregrasi spesies hiu dapat diketahui dengan survei lapang dan bekerjasama dengan disiplin ilmu lainnya. Penelitian hiu harus dikembangkan secara cepat melihat spesies hiu dalam waktu dekat ini akan terancam keberadaannya. Diperlukan kerjasama yang baik dengan pemerintahan, nelayan, dan masyarakat untuk mengembangkan penelitian ini untuk melestarikan spesies hiu yang ada di Indonesia.
DAFTAR PUSTAKA Baldauf SL. 2003. Phylogeny for the faint of heart : a tutorial.Department of Biology, University of York. Elsevier, Volume XIX. Baldwin CC, Mounts JH, Smith DG, Weigt LA. 2009. Genetic identification and color descriptions of early life-history stages of Belizean Phaeoptyx and Astrapogon (Teleostei: Apogonidae) with comments on identification of adult Phaeoptyx. Zootaxa 2008: 1–22. Baum JK, Myers RA. 2004. Shifting baselines and the decline of pelagic sharks in the Gulf of Mexico. Ecology Letters 7, 135–145. Baum, JK, Kehler D, Myers RA. 2005. Robust estimates of decline for pelagic shark populations in the northwest Atlantic and Gulf of Mexico. Fisheries 30(10), 27–29. Burgess GH, Beerkircher LR, Cailliet GM, Carlson JK, Cortes E, Goldman KJ, Grubbs R.D, Musick JA, Musyl M, Simpfendorfer CA. 2005. Is the collapse of shark populations in the Northwest Atlantic Ocean and Gulf of Mexico real?. Fisheries 30(10), 19–26. Casey JM, Myers, RA. 1998. Near extinction of a large, widely distributed fish. Science 281, 690–692. doi:10.1126/SCIENCE.281. 5377.690 Castro JA, Mejuto J. 1995. Reproductive parameter of blue shark, Prionaceglauca, and other sharks in the Gulf of Guinea. Marine and Freshwater Research 46:967-973. Dudley SFJ, Simpfendorfer CA. 2006. Population status of 14 shark species caught in the protective gillnets off KwaZulu-Natal beaches, South Africa, 1978–2003. Marine and Freshwater Research 57, 225–240. Dharmadi,Fahmi. 2005. Status perikanan hiu dan aspek pengelolaannya. Oseana, Volume XXX :1-8
14 Graham KJ, Andrew NL, and Hodgson KE. 2001. Changes in relative abundance of sharks and rays on Australian South East Fishery trawl grounds after twenty years of fishing. Marine and Freshwater Research 52, 549–561. Grifin E, Miller KL, Freitas B, Hirshfield M. 2008. Predators as Prey: Why Healthy Oceans Need Shark. Oceana: Washington DC, USA. Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, de Waard JR. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences 270, 313–322. Holden MJ. 1973. Are long-term sustainable fisheries for elasmobranchs possible? In „Fish stocks and recruitment‟. (Ed B.B. Parish). Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K. 2008. MEGA: a biologistcentric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. Brief Bioinform. 9:299–306. Kurniasih EM. 2013. DNA barcoding dan analisis filogenetik ikan hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap [Skripsi]. Bogor (ID) : Institut Pertanian Bogor. Mardiastuti A, Soehartono T, Kusrini MD, Mulyani YA, Manullang S. 2008. Kebijakan dan arahan strategis konservasi spesies nasional 2008-2018. Ministry of Forestry. Jakarta Mundy TV,Crook V. 2013. Into the deep: Implementing CITES measures for commercially-valuable sharks and manta rays. Report prepared for the European Commission. Rahmad. 2013. Taksonomi molekuler „DNA barcoding‟ dan analisis filogenetik ikan hiu di Pelabuhan Perikanan Palabuhanratu berdasarkan marka mitokondria [Skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. Randi E, Lucchini V. 1998. Organization and evolution of the mitochondrial DNA control region in the avian genus Alectoris. Journal of Molecular Evolution 47, 449-462 Ratnasingham S, Hebert PDN. 2007. BOLD: the Barcode of Life Data System (www.barcodinglife.org). Molecular Ecology Notes 7, 355–364. Robbins WD, Hisano M, Connolly SR, Choat JH. 2006. Ongoing collapse of coral-reef shark populations. Current Biology 16, 2314–2319. Sembiring A, Pertiwi NPD, Mahardini A, Wulandari R, Cahyani NKD, Anggoro AW, Wibowo AA, Kuncoro AW, Ulfa M, Madduppa HH, Subhan B, Kurniasih EM, Carpenter KE, Barber PH, Mahardika GN. 2014. Species diversity in the Indonesian shark fishery. Submitted to Nature. Smith P, Benson P. 2001. Biochemical identification of shark fins and fillets from the coastal fisheries off New Zealand. Fishery Bull. 99, 351–355. Stevens JD, Bonfil, R, Dulvy, Walker PA. 2000. The effects of fishing on sharks, rays and chiemaeras (chondrinhtyans), and the implications formarineecosistem. ICES Journal of Marine Science. Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. 2011. Mega 5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using maximum likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Mol Biol Evol.24:1596-1599. Unit Pengelola PPP MUNCAR. 2013. Profil unit Pengelola Pelabuhan Perikanan Pantai-Muncar 2013. Banyuwangi
15 Walsh PS, Mezger DA, Higuchi R. 1991. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material. Biotecniques. 1991 Apr 10(4):506. Ward RD, Holmes BH, White WT, Last PR. 2008. DNA barcoding Australasian chondrichthyans: results and possible uses in conservation. Mar. Freshwater Res. 59, 57–71. White WT, Last PR, Stevens JD, Yearsley GK, Fahmi, Dharmadi. 2006. Economically important sharks and rays of Indonesia. Canberra (AU) : Australian Centre for International Agricultural Research Zuazo XV, Agnarson I. 2010. Shark tales: A molecular species-level phylogeny of sharks (Selachimorpha, Chondrichthyes).Department of Biology, University of Puerto Rico. Elsevier, 58, 207-217. Zhao Y, Gentekaki E, Yi Z, LinX. 2013. Genetic differentiation of the mitochondrial cytochrome oxidase c subunit I gene in genus paramecium (Protista,Ciliophora) PloSONE8 (10):e77044.doi:10.1371 /journal. pone. 0077044
16 Lampiran 1 Prosedur Kerja PCR 1. Gunakan Gloves (sarung tangan), siapkan wadah tube,kemudian sediakan reagen: ddH2O, dNTP, buffer PCR, MgCl2, Primer 1 dan Primer 2 dari tempat penyimpanannya dan kemudian lakukan pencairan dengan cara towing. 2. Isi lembar kerja PCR berdasarkan tanggal, jumlah sampel, tipe ekstraksi dan catatan lainnya. 3. Beri ID pada tabung untuk proses ektraksi chelex. 4. Setelah bahan cair, jentikkan setiap tabung dengan jari untuk mencampur, kocok isi hingga dasar tabung. 5. Buat campuran MM1, gunakan pipet “NO DNA”, tambahkan bahan sesuai dengan volume yang telah dihitung dalam daftar di lembar PCR di tabung 1,5mL. Gunakan tip berbeda untuk setiap penambahan reagen. Pipet naik turun untuk mencampur reagen sepenuhnya. 6. Gunakan pipet ”NO DNA”, buat MM2 dalam tabung 1,5mL terpisah, tanpa pencampuran taq enzim.Gunakan tip berbeda untuk setiap penambahan reagen. Lakukan gerakan pipeting naik turun untuk menghomogenkan reagen sepenuhnya. 7. Gunakan pipet NO DNA, ambil 14 μL MM1 ke dalam setiap tabung PCR. 8. Ambil DNA template hasil ekstraksi 1 μL DNA 9. Ambil taq sesuai yang di inginkan dari freezer kemudian tambahkan kedalam MM2 dan pipet naik turun untuk mencampur. 10. Pilih dan mulai program hot-stat PCR. Biarkan penutup panas dan tahan sebentar sampai suhu mencapai 800 C. Kemudian tempatkan strip tabung ke dalam mesin PCR. 11. Atur hingga 10μL pipetman, pipet naik turun MM2 untuk mencampur, kemudian tambahkan MM2 ke dalam masing-masing tabung dan ganti tip untuk setiap sampel. 12. Tahan program dan lihat pada layar mesin PCR untuk menjamin bahwa mesin PCR sedang bekerja. 13. Bersihkan tempat kerja, letakkan reagen ke dalam freezer dan produk ekstrak DNA ke dalam lemari pendingin. Lampiran 2 Komposisi Master Mix (MM) pada PCR Master mix ..... tabung STANDAR PROTOCOL ( 1μL DNA template) MM 1
MM 2
ddH2O 10x Buffer PCR (PE-II) dNTPs (8 mM) MgCl2 (25 mM) Primer 1 (10 mM) Primer 2 (10 mM) Amplitaq polymerase ( 5 unit/ µL) Total
9 1 .... .... .... .... 0,125 10,125
5,5 1,5 2,5 2 1,25 1,25 ..... 14
17 Lampiran 3 Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) pada sampel ikan hiu yang didaratkan di PPP Muncar Banyuwangi Jawa Timur melalui BLAST #IBRC0125901 GGCACCCTATACTTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTTGGAACAGCTCTAAGTCTGCTAAT CCGTGCAGAACTTGGTCAACCTGGTTCACTCCTGGGGGATGATCAGATTTACAATGTGATCGTA ACTGCTCACGCCTTCGTAATAATCTTCTTTATGGT-------------------------------------------------------------#IBRC0126001 GGCACCCTTTACCTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTCCTAAT TCGAGCTGAACTTGGGCAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACTGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATACCAATTATAATTGGTGG------------------#IBRC0126301 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGT----------------------#IBRC0126601 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT---------------#IBRC0127201 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACCGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTT-------------#IBRC0127401 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTGGGA-#IBRC0127601 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTG--------------------------#IBRC0127801 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGG------------------#IBRC0127901 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGT-----------------#IBRC0128701 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT---------------#IBRC0128801 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGG-------------------#IBRC0128901 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT----------------
18 #IBRC0129001 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATT---------------------------#IBRC0129201 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTT-------------#IBRC0129301 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTCG---------#IBRC0129401 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTC-----------#IBRC0129501 GGCACCCTCTACCTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTCCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCTGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTAA CCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTCTTCATGGTTATACCAATTATGATTGGTGGTTTC-------------#IBRC0129601 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTG---------#IBRC0129701 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTT-----------#IBRC0129801 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTT-----------#IBRC0129901 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTCG---------#IBRC0130001 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTG---------#IBRC0130201 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTT-------------#IBRC0130301 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTT-------------#IBRC0130401 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTCGG--------
19 #IBRC0130501 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGG-------------------#IBRC0130601 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTGG-------#IBRC0130701 GGCACCCTCTACCTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTCCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCTGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTAA CCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTCTTCATGGTTATACCAATTATGATTGGTGGTTTCGG---------#IBRC0130801 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGT-----------------#IBRC0130901 CCTTTATCTTATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCTCTAAGTCTTCTAATTCGAG CTGAACTCGGACAACCAGGATCACTCTTAGGGGACGATCAAATCTATAATGTAATCGTAACTGC CCATGCTTTCGTAATAATCTTTTTTATAGTTATACCAATCATAATTGGTGGCTTCGGAA----------#IBRC0131001 GGCACCCTATATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTGGGAACAGCCCTAAGCCTCTTAA TTCGAGCCGAATTAGGACAGCCAGGATCACTTCTAGGAGATGATCAAATCTATAATGTTATTGT AACCGCCCATGCATTCGTAATAATCTTCTTTATAGTTATACCCGTGATAATTGGCGG--------------#IBRC0131101 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT-------------#IBRC0131201 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT---------------#IBRC0131301 GGCACCCTTTATCTTATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCTCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTCGGACAACCAGGATCACTCTTAGGGGACGATCAAATCTATAATGTAATCGTA ACTGCCCATGCTTTCGTAATAATCTTTTTTATAGTTATACCAATCATAATTGGTG--------------------#IBRC0131401 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTT-------------#IBRC0131601 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGT-----------------#IBRC0131701 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTC-----------#IBRC0131801 CTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAATTCGAGCTGAGCT TGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTAACCGCCCACGCTT TTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTCGGAAATTGACT----------------
20 #IBRC0131901 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTG--------------------#IBRC0132001 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT---------------#IBRC0132101 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGG------------------#IBRC0132201 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGT-----------------#IBRC0126201 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGT---------------------#IBRC0126401 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT---------------#IBRC0126501 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGG-------------------#IBRC0126701 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTT-------------#IBRC0126801 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGT----------------#IBRC0126901 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGG-----------------#IBRC0127001 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGT-----------------#IBRC0127301 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT-------------#IBRC0128001 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT----------------
21 #IBRC0128101 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT---------------#IBRC0128201 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTT---------------#IBRC0128301 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTC----------#IBRC0128401 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTCG---------#IBRC0128501 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTA ACTGCCCACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTT-----------#IBRC0128601 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTT-----------#IBRC0131501 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTCG---------#IBRC0126101 GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAAT TCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTA ACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTCG---------#Atelomycterus marmoratus_gi166836803_MC TTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTTGGAACAGCTCTAAGTCTGCTAATCCGTGCAGAACTTGGTC AACCTGGTTCACTCCTGGGGGATGATCAGATTTACAATGTGATTGTAACTGCTCACGCCTTCGTA ATAATCTTCTTTATGGTTATACCAATAATGATTGGTGGCTTTGGGAATTGATTAGTACC------------#Sphyrna lewini_gi556910934_MC CTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAATTCGAGC TGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTAACTGCCC ACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTG-----------------------#Alopias pelagicus_gi556911222_MC CTATATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTGGGAACAGCCCTAAGCCTCTTAATTCGAG CCGAATTAGGACAGCCAGGATCACTTCTAGGAGATGATCAAATCTATAATGTTATTGTAACCGC CCATGCATTCGTAATAATCTTCTTTATAGTTATACCCGTGATAATTGGCGGATTTG------------------#Sphyrna lewini gi556911122_MC CTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGAATAATTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAATTCGAGC TGAACTTGGACAACCAGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATTGTAACCGCCC ACGCTTTCGTAATAATCTTTTTCATAGTTATGCCAATTATAATTGGTGGTTTTGGGAATT-----------#Galeocerdo cuvier gi556910964_MC CTTTATCTTATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCTCTAAGTCTTCTAATTCGAGC TGAACTCGGACAACCAGGATCACTCTTAGGGGACGATCAAATCTATAATGTAATCGTAACTGCC CATGCTTTCGTAATAATCTTTTTTATAGTTATACCAATCATAATTGGTGGCTTCGGAAATT----------
22 # Carcharhinus sorrah gi556911130_MC CTCTACCTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTCCTAATTCGAGC TGAACTTGGACAACCTGGATCTCTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTAACCGCCC ACGCTTTTGTAATAATCTTCTTCATGGTTATACCAATTATGATTGGTGGTTTCGGAAATT-----------#Carcharhinus amblyrhynchos gi556910998_MC CTTTACCTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTCCTAATTCGAGC TGAACTTGGGCAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTAACTGCCC ACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATACCAATTATAATTGGTGGTTTCGGAAAT-------------#Carcharhinus falciformis gi556910958_MC CTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAATTCGAGC TGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTAACCGCC CACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTTGGAAA-------------#Carcharhinus falciformis gi166836883_MC CCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTAATTCGAG CTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTAATCGTAACCGC CCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATGCCAATCATAATTGGTGGTTTCGGAA-------------#Rhinobatus_penggali AAAGATATTGGCACCCTATACTTGATCTTTGGTGCTTGAGCAGGGATAGTTGGTACTGGCCTTAG TCTGCTTATTCGAACAGAACTTAGTCAACCAGGCTCACTCATAGGGGATGACCAAATCTACAAT GTCATCGTAACAGCTCATGCCTTTGTAATAATCTTTTTTATGGTTATACCAATCATGATT------------
Lampiran 4 Spesies hiu yang terindentifikasi di PPP Muncar, Banyuwangi Jawa Timur
Alopias pelagicus
Atelomycterus marmoratus
Carcharhinus falciformis
Galeocardo cuvier
23
Carcharhinus amblyrhynchos
Carcharhinus sorrah
Sphyrna lewini
24
RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Grobogan pada tanggal 22 Februari 1992 sebagai anak ketiga dari tiga bersaudara dari orang tua bernama Supar dan Dami. Penulis lulus dari Sekolah Menengah Pertama Negeri 169 Jakarta pada tahun 2007, dan Sekolah Menengah Atas Negeri 33 Jakarta tahun 2010. Pada tahun 2010, penulis diterima sebagai mahasiswa Institut Pertanian Bogor, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI) dan memperoleh beasiswa Bidik Misi tahun 2010. Selama kuliah di Institut Pertanian Bogor penulis pernah menjadi asisten mata kuliah Oseanografi Umum periode 2012-2013, dan kordinator asisten Biologi Laut periode 2012-2013. Penulis juga pernah mengikuti Program Kreatifitas Mahasiswa Penelitian yang didanai oleh DIKTI tahun 2014 dengan judul Identifikasi Spesies Hiu di Tempat Kuliner. Penulis aktif dalam organisasi Himpunan Mahasiswa Ilmu dan Teknologi Kelautan (HIMITEKA-IPB) sebagai anggota divisi PSDM periode 2011-2012, dan anggota divisi keilmuan periode 2012-2013. Penulis bergabung di laboratorium Biodiversitas dan Biosistematik dengan fokus DNA forensik. Di luar bidang akademik penulis berprestasi dalam kegiatan kompetisi di bidang olahraga dan seni seperti aerobik (TPB-ITK-FPIK), basket (ITK-FPIK), pencak silat (Persaudaraan Setia Hati Terate), dan perkusi (eXplorasi percussion). Selain itu penulis merupakan Ketua Angkatan Mahasiswa Ilmu dan Teknologi Kelautan tahun 2010. Untuk masa depan, penulis memiliki keinginan untuk menjadi peneliti hiu Indonesia. Dalam rangka penyelesaian studi di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, penulis melaksanakan penelitian dengan judul “DNA Barcoding dan Rekonstruksi Filogenetik Spesies Hiu yang Didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar, Banyuwangi, Jawa Timur”.
