perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ANALISIS MOLEKULER SEBAGIAN GEN HBsAg VIRUS HEPATITIS B YANG MENGINFEKSI PASIEN HIV DI RUMAH SAKIT UMUM DAERAH Dr. MOEWARDI DI SURAKARTA
TESIS Disusun untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan Mencapai Derajat Magister Program Studi Biosain
oleh
Maria Magdalena Riyaniarti Estri Wuryandari S901 308 004
PROGRAM PASCASARJANA BIOSAIN UNIVERSITAS SEBELAS MARET SURAKARTA 2014
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
ii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
iii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS
Saya menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa: 1.
Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B yang menginfeksi Pasien HIV Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta ini adalah karya penelitian saya sendiri dan tidak terdapat karya ilmiah yang pernah diajukan orang lain untuk memperoleh gelar akademik serta tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan orang lain, kecuali yang tertulis dengan acuan yang disebutkan sumbernya, baik dalam naskah karangan dan daftar pustaka. Apabila ternyata di dalam naskah tesis ini dapat dibuktikan terdapat unsur plagiasi, maka saya bersedia menerima sanksi, baik tesis beserta gelar magister saya dibatalkan serta diproses sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku ( UU No 20 Tahun 2003, pasal 25 ayat 2, dan pasal 70).
2. Tesis ini merupakan hak milik Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS. Publikasi sebagian atau keseluruhan isi tesis pada jurnal atau forum ilmiah lain harus seijin Ketua Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS. Publikasi sebagian atau keseluruhan isi tesis di jurnal atau forum ilmiah harus menyertakan tim pembimbing sebagai author dan Prodi Biosain Program Pascasarjana UNS sebagai institusinya. Apabila saya melakukan pelanggaran dari ketentuan publikasi ini, maka saya bersedia mendapatkan sanksi akademik yang berlaku.
Surakarta, 14 Desember 2014 Mahasiswa,
Maria Magdalena Riyaniarti Estri Wuryandari S901308004
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
MOTTO
.
iv
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
PERSEMBAHAN
Karya ini kupersembahkan kepada: Ibunda tercinta Christina Katarina Sutinah, M.Pd., Serta suami, dan anak-anakku tercinta Yesi, Rexy, dan Dio, Terimakasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan.
Kakakku Sutarno, S.Si., Apt., M.M., Walau sangat jauh di sana, Mas adalah motivasi terbesarku, Terima kasih atas segala dukungan, semangat, dan doanya selama ini.
v
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur Penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas berkat limpahan nikmat, rahmat, serta kuasa-Nya, Penulis dapat menyelesaikan tesis yang berjudul Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B yang Menginfeksi Pasien HIV di Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta . Dalam melakukan penelitian maupun penyusunan tesis ini, Penulis mendapatkan banyak masukan, bantuan, dan bimbingan dari berbagai pihak yang bermanfaat baik secara langsung maupun tidak langsung. Oleh karena itu, Penulis mengucapkan terima kasih kepada: 1. Prof. Dr. Ravik Karsidi, M. S. selaku Rektor Universitas Sebelas Maret. 2. Prof. Dr. Ir. Ahmad Yunus, M.S. selaku Direktur Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret. 3. Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si. selaku Ketua Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret yang telah memberikan arahan dalam proses pembelajaran di Program Studi Biosain. 4. Dr. Ari Susilowati, M. Si. selaku Sekretaris Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret. 5. Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D. selaku pembimbing tesis yang telah memberikan saran dan arahan. 6. Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. selaku pembimbing tesis yang telah memberikan saran, kritikan, arahan, dan motivasinya. 7. Laboran, staf administrasi, dan asisten Laboratorium Biomedik Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret. 8. Staf administrasi Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret atas bantuan dan kerja samanya. 9. Orang tua, suami, dan anak-anak atas doa, dukungan, dan semangat yang selalu dicurahkan. 10. Teman Program Studi Biosain Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret angkatan 2013 atas semangat dan dukungannya. 11. Semua pihak yang tidak dapat Penulis sebutkan satu persatu atas segala bantuannya dalam penelitian dan penyusunan tesis ini. vi
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Penulis menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu Penulis mengharapkan kritik dan saran untuk perbaikan dan pembelajaran selanjutnya. Akhir kata, Penulis mengharapkan agar tesis ini dapat memberikan manfaat bagi semua pihak.
Surakarta, Desember 2014
Penulis
vii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Maria Magdalena Riyaniarti Estri W. 2014. Analisis Molekuler Sebagian Gen HBsAg Virus Hepatitis B yang Menginfeksi pasien HIV di Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta. TESIS. Pembimbing I: Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D., II: Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. Program Studi Biosain, Program Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret, Surakarta. ABSTRAK Pendahuluan: Koinfeksi HBV sering ditemukan pada penderita HIV dan meningkatkan mortalitas dan morbiditas pasien, namun belum ada data terkait status koinfeksi HBV pada komunitas pasien HIV di Rumah Sakit Umum Dr. Moewardi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui status koinfeksi HBV pada pasien HIV di Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta. Metodologi: Lima puluh satu sampel plasma yang diperoleh dari 51 pasien HIV di VCT (Voluntary Counseling and Testing) Rumah Sakit Umum Daerah Dr. Moewardi di Surakarta diperiksa secara molekuler untuk HBV dengan PCR nested. Sebagian gen HBsAg diamplifikasi. Produk PCR disekuensing dan dianalisis secara molekuler. Hasil: DNA HBV terdeteksi dalam 3.9% (2/51) sampel. Semua isolat HBV diidentifikasi sebagai genotipe B3 dan subtipe adw2. Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan pentingnya pemeriksaan rutin HBV pada pasien HIV.
Kata kunci: HIV, HBV, HBsAg, Surakarta.
viii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
Maria Magdalena Riyaniarti Estri W. 2014. Molecular analysis of part of HBsAg gene of HBV (hepatitis B virus) infecting HIV patients in Dr. Moewardi General Hospital in Surakarta. First supervisor: Prof. Drs. Sutarno, M.Sc., Ph.D. Second supervisor: Afiono Agung Prasetyo dr., Ph.D. Thesis. Biosain Postgraduate Program. Sebelas Maret University, Surakarta. ABSTRACT Introduction: Co-infection with HBV (hepatitis B virus) is common among the HIV infected individuals and increases the mortality and morbidity rate of the patients; however, there are no data of the HBV co-infection status in the Dr. Moewardi General Hospital HIV patient community. The aim of the present study was to investigate HBV co-infection status in HIV patients in Dr. Moewardi General Hospital in Surakarta. Methodology: Fifty-one plasma samples obtained from 51 HIV patients in VCT (voluntary counseling and testing) in Moewardi General Hospital in Surakarta were subjected for molecular detection of HBV by nested PCR. A portion of the HBsAg gene was amplified. The amplicons were sequenced and molecular analyzed. Results: HBV DNA was detected in 3.9% (2/51) samples. All HBV isolates were identified as genotype B3 subtype adw2. Conclusion: This study highlights the need to perform routine detection of HBV infection in HIV patients. Keywords: HIV, HBV, HBsAg, Surakarta.
ix
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR ISI
HALAMAN JUDUL
i
HALAMAN PENGESAHAN
ii
HALAMAN PERSETUJUAN
iii
PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI ISI TESIS
iv
MOTTO
v
PERSEMBAHAN
vi
KATA PENGANTAR
vii
ABSTRAK
ix
ABSTRACT
x
DAFTAR ISI
xi
DAFTAR GAMBAR
xiii
DAFTAR TABEL
xiv
DAFTAR LAMPIRAN
xv
BAB I. PENDAHULUAN
1
A. Latar Belakang
1
B. Rumusan Masalah
2
C. Tujuan Penelitian
2
D. Manfaat Penelitian
3
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA
4
A. Kajian Teori
4
1. Virus Hepatitis B (HBV)
4
2. Hepatitis B Surface Antigen (HBsAg)
6
3. Koinfeksi HBV pada pasien HIV/ AIDS
6
B. Kerangka Pemikiran
8
BAB III METODE PENELITIAN
9
A. Waktu dan Tempat Penelitian
9
B. Alat dan Bahan
9
1. Alat
9
2. Bahan
9 x
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
C. Cara Kerja
10
1. Preparasi sampel
10
2. Ekstraksi DNA
10
3. Amplifikasi sebagian gen HBsAg
11
4. Elektroforesis
12
5. Sekuensing produk positif PCR nested
13
D. Analisis Data
13
E. Alur Penelitian
14
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
15
A. DNA HBV dalam Sampel Pasien HIV
15
B. Sekuensing dan Analisis Molekuler Isolat HBV
16
BAB V SIMPULAN DAN SARAN
22
A. Simpulan
22
B. Saran
22
DAFTAR PUSTAKA
23
xi
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR GAMBAR
Gambar 1 (A). Virion HBV (Liang, 2009).
5
Gambar 1 (B). Genom HBV (Yang et al., 2014).
5
Gambar 2.
Kerangka pemikiran.
8
Gambar 3.
Alur penelitian.
14
Gambar 4.
Visualisasi hasil elektroforesis produk PCR nested sebagian regio HBsAg.
Gambar 5.
15
Pohon filogenetik berdasarkan sekuens nukleotida sebagian gen HBsAg isolat uji yang dibandingkan dengan isolat rujukan dari masing-masing genotipe HBV A hingga H.
Gambar 6.
19
Penyejajaran asam amino posisi 122-177 Regio S an subtipe HBV.
20
xii
commit to user
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR TABEL
Tabel 1.
Komposisi reaksi PCR.
11
Tabel 2.
Kondisi PCR untuk siklus I dan II.
12
Tabel 3.
Homologi sekuen nukleotida isolat uji dengan seluruh isolat di database GenBank berdasarkan analisis BLASTN.
Tabel 4.
17
Daftar isolat rujukan HBV genotipe A-H yang digunakan dalam analisis regio S (Liu et al., 2012).
xiii
commit to user
18
perpustakaan.uns.ac.id
digilib.uns.ac.id
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1.
Penyejajaran sebagian sekuen HBsAg D6-15 dengan 09IDSKAB-9.
Lampiran 2.
28
Penyejajaran sebagian sekuen HBsAg HBV D6-37 dengan CJ43.
29
Lampiran 3.
GenBank isolat CJ43.
30
Lampiran 4.
GenBank isolat 09IDSKAB-9.
32
Lampiran 5.
Hasil BLAST dari isolat HBV 09IDSKAB-9 (Diakses 5 Oktober 2014).
Lampiran 6.
34
Hasil BLAST dari isolat HBV CJ43 (Diakses 5 Oktober 2014).
35
xiv
commit to user
