Externe kwaliteitsevaluatie in Microbiologie 2009 Gevoeligheidsbepaling van Mycobacterium tuberculosis complex isoniazide (INH), rifampicine (RMP), ethambutol (EMB) en facultatief pyrazinamide (PZA). Identificatie van atypische Mycobacteriën Rapport opgesteld door Maryse FAUVILLE-DUFAUX, Bernard CHINA en Kris VERNELEN, Wetenschappelijk Instituut voor Volksgezondheid
1. Deelnemers Onze-Lieve-Vrouw Ziekenhuis, AALST ZNA, Campus Stuivenberg, ANTWERPEN Instituut voor Tropische Geneeskunde, ANTWERPEN UZ-VUB, BRUSSEL Laboratoire de la Porte de Hal, BRUXELLES CHU Erasme, ULB, BRUXELLES Cliniques Universitaires Saint-Luc, UCL, BRUXELLES Hôpital St Jean, BRUXELLES Tuberculose & Mycobacteriën, DG Overdraagbare en besmettelijke ziekten – vroeger Pasteur Instituut, BRUSSEL CHU de Charleroi, CHARLEROI Ch Jolimont-Lobbes, site Jolimont, HAINE-SAINT-PAUL UZ Gasthuisberg, LEUVEN CHR de la Citadelle, LIEGE CHU Sart-Tilman, LIEGE Institut Malvoz, LIEGE Laboratoire Nationale de Santé, LUXEMBOURG, Grand Duché de Luxembourg Cliniques UCL de Mont-Godinne, YVOIR
2. Stalen Pakketten van 5 tubes, genummerd van 1 tot en met 5, werden naar de deelnemers verstuurd op 14 september 2009. Het betrof culturen van 3 verschillende stammen van het Mycobacterium tuberculosis complex, die gevoelig of resistent waren aan de te testen antibiotica en 2 atypische Mycobacteriën (M. avium complex en M. chelonae-abscessus). Eén laboratorium nam enkel deel aan de bepaling van het antibiogram en ontving dan ook enkel de 3 stammen van het Mycobacterium tuberculosis complex (die A t.e.m. C genummerd waren, overeenkomend met respectievelijk nummers 1, 3 en 4). Alle stammen werden verstuurd in MGIT 7H9 milieu. De stalen werden voorbereid door het laboratorium Tuberculose en Mycobacteriën – vroeger Pasteur Instituut (Mevr. Maryse Fauville-Dufaux) (selectie van de stammen, kweek, verdeling in Rapport EKE Mycobacteriën 2009
1
tubes) en vervolgens naar de deelnemers verzonden door de afdeling Klinische Biologie van het WIV (Dr. Vernelen). Kenmerken van de stammen Stam
1
Mycobacterium tuberculosis
09MY0668
Resistentie profiel
Mut. INH
Mut. RMP (Lipa)
R-R-R-R
S315T gen katG
H526L gen rpoB
We dienen op te merken dat de resistentie van deze stam geëvolueerd is in de tijd (cfr. infra)
2
Mycobacterium chelonaeabscessus
09MY0832
3
Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium avium
09MY0744
Identificatie via rDNA 16S sequencing en vervolgens met de Hain GenoType Mycobacterium kit R-S-S-S
09MY0851
S-S-S-S
09MY0811
Id. via PCR specifieke + rDNA 16S sequencing
4 5
Rapport EKE Mycobacteriën 2009
dit komt overeen met S4 in InnoLipa Rif TB
S315T in katG
2
3. Resultaten Aantal deelnemers: 17 Aantal laboratoria die de identificatie bepaald hebben: 16 Aantal uitgevoerde testen voor AB: 18 (1 laboratorium heeft de stalen met 2 verschillende technieken geanalyseerd) Eerste resultaat ontvangen na 23 dagen. Laatste resultaat ontvangen na 84 dagen. Gebruikte methoden voor identificatie: - 11 laboratoria gebruikten enkel moleculaire technieken (5 laboratoria vermeldden 1 techniek, 4 vermeldden 2 technieken en 2 vermeldden 3 technieken) - 4 laboratoria gebruikten een combinatie van moleculaire en biochemische technieken (2 gebruikten 1 moleculaire techniek, 1 gebruikte 2 moleculaire technieken en 1 laboratorium 3 moleculaire technieken) - 1 laboratorium gebruikte enkel biochemische technieken en GLC (MIDI) Moleculaire methoden: - GenProbe Sonde: 7 deelnemers - Inno-Lipa Mycobacteria: 5 deelnemers - Sequencing (target 16S DNA): 4 deelnemers - Sequencing (target HSP 65): 1 deelnemer - In house PCR (target 16S DNA): 3 deelnemers - In house PCR (target 23S ribosomaal gen): 1 deelnemer - In house PCR (target el. IS6110): 1 deelnemer - Cobas Taq Man MTB Test: 1 deelnemer - Inno-Lipa-Rif-TB: 1 deelnemer - GenoType Mycobacterium (Hain): 1 deelnemer - Pathofinder RT-PCR: 1 deelnemer NB: 1 laboratorium vermeldde de Inno-Lipa Mycobacteria gebruikt te hebben voor de atypische Mycobacteriën en de Pathofinder RT-PCR voor M. tuberculosis complex. De uitgevoerde biochemische testen bestonden uit: productie van niacine, nitraatreductie, hydrolyse van Tween 80, gebruik van Na-citraat, groei op NaCl 5%, Iron uptake, pikrine, gebruik van mannitol en inositol, productie van urease op ureum-indol milieu, katalase op 45 °C, arylsufatase, reductie van telluriet, groei op 42°C, groei op Polyvitex (aantal en aard van de gebruikte technieken verschillen naargelang de laboratoria). Gebruikte methoden voor bepaling van antibiogram: 5 types van methoden - 4 methoden die gebruik maken van een vloeibaar medium: Bactec MGIT, Bactec radiometrisch, MB/BacT, BBL MGIT met manuele aflezing - proportionele methode van Canetti op vaste bodem (7H10 aangerijkt met OADC) Acht laboratoria hebben de gevoeligheid voor pyrazinamide bepaald; ze hebben 3 types van methoden gebruikt: - 2 methoden die gebruik maken van een vloeibaar medium: Bactec MGIT, Bactec radiometrisch - proportionele methode van Canetti op vaste bodem (met name 7H10 aangerijkt met OADC) Rapport EKE Mycobacteriën 2009
3
Gedetailleerde bespreking van de resultaten: 1) Identificaties (N = 16) We moeten opmerken dat stam 5, Mycobacterium avium, bij verschillende laboratoria moeilijkheden vertoonde om te groeien. Een andere identieke stam werd opgestuurd aan de laboratoria die dit wensten. De resultaten van de laboratoria die geen groei bekwamen, worden echter als “niet beoordeelbaar” beschouwd (wij beschouwen deze antwoorden NIET als incorrect). Stam 2, Mycobacterium abscessus, was licht besmet, wat geen problemen stelde voor de identificatie via moleculaire biologie, maar wel voor identificatie via biochemische technieken. Een andere identieke, zuivere, stam werd opgestuurd aan de laboratoria die dit wensten. Tabel 4 geeft de identificatietechnieken, gebruikt door de laboratoria, en de geantwoorde identificaties weer. Alle identificaties waren correct of aanvaardbaar. Desalniettemin ontbeert het antwoord M.chelonae nauwkeurigheid en dit kan als incorrect beschouwd worden. Men zou het moeten preciseren als ten minste M.chelonae complex (zie « bespreking »). ANTWOORDEN
De correcte of aanvaardbare resultaten zijn onderlijnd. Staal 1: M. tuberculosis M. tuberculosis M. tuberculosis complex M. tuberculosis hominis
10 (62.5%) 5 (31.25%) 1 (6.25%)
Staal 2: M. chelonae-abscessus M. chelonae-abscessus complex M. chelonae complex M. chelonae-abscessus M. chelonae complex (gr. III, M. abcessus) M. chelonae M. abscessus Noch M. avium complex, noch gordonae M. non-tuberculosis Mycobacterium species M. massiliense
1 (6.25%) 1 (6.25%) 1 (6.25%) 2 (12.5%) 5 (31.25%) 2 (12.5%) 1 (6.25%) 1 (6.25%) 1 (6.25%) 1 (6.25%)
Staal 3: M. tuberculosis M. tuberculosis M. tuberculosis complex M. tuberculosis hominis
Rapport EKE Mycobacteriën 2009
10 (62.5%) 5 (31.25%) 1 (6.25%)
4
Staal 4: M. tuberculosis M. tuberculosis M. tuberculosis complex M. tuberculosis hominis
10 (62.5%) 5 (31.25%) 1 (6.25%)
Staal 5: M. avium M. avium 9 (56.25%) M. avium complex 2 (12.5%) M. avium complex 1 (6.25%) (M. avium, M. paratuberculosis, M. silvaticus) M. avium- intracellulare complex 1 (6.25%) Mycobacterium species 1 (6.25%) Geen groei 2
Rapport EKE Mycobacteriën 2009
5
2) Antibiogrammen Probleem met stam 1. Deze multiresistente stam vertoonde een variabele resistente tegen rifampicine en ethambutol. a) Tabel 1 geeft het aantal uitgevoerde testen weer per methode, evenals het aantal testen dat volledig overeenstemmende resultaten opleverde met de resultaten van het laboratorium, dat de stammen selecteerde (Tuberculose & Mycobacteriën, DG Overdraagbare en besmettelijke ziekten – vroeger Pasteur Instituut- van het WIV). We stellen vast dat 89% van de testen uitgevoerd werden met een geautomatiseerde of semiautomatische methode in een vloeibaar medium. Aangezien stam 1 slechts een beperkte resistentie tegen rifampicine en ethambutol vertoonde (wat nog niet gekend was op het ogenblik dat de stammen geselecteerd werden voor de EKE), werden de resultaten voor deze 2 antibiotica voor deze stam werden dan ook niet in rekening gebracht in de evaluatie (cfr. ook tabellen 2 en 3). 15 van de 18 bepalingen (83.3%) leverden resultaten op die volledig in overeenstemming waren met deze van het referentiecentrum. De Bactec MGIT techniek wordt het meest gebruikt door de Belgische laboratoria (12 testen op 18) en gaf 83 % (10/12) resultaten die volledig in overeenstemming waren met deze van het referentiecentrum. Voor pyrazinamide (rechter deel van de tabel): werden 87.5 % van de testen uitgevoerd met een geautomatiseerde of semi-automatische methode in een vloeibaar medium. Voor dit antibioticum waren, op 1 laboratorium na, alle resultaten in overeenstemming met deze van het referentiecentrum (Tuberculose & Mycobacteriën – vroeger Pasteur Instituut). b) Tabel 2a geeft de gedetailleerde resultaten weer per laboratorium (aangeduid door een letter). De gebruikte methode, de eindconcentratie van elk antibioticum per ml milieu et het volume van het inoculum worden eveneens weergegeven. Voor elk laboratorium werd voor elk antibioticum het percentage resultaten in overeenstemming met deze van het referentiecentrum berekend. Slechts 3 laboratoria bekwamen geen 100% concordantie met deze van het referentiecentrum voor isoniazide: 2 laboratoria die voor stam 1 geen resultaten bekwamen en 1 laboratorium dat S antwoordde in plaats van R. Voor rifampicine en ethambutol waren de concordanties met het referentiecentrum 100%, al moeten we hierbij dus wel rekening houden met het feit dat enkel de resultaten van stammen 2 en 3 in rekening gebracht werden. Tabel 2b geeft dezelfde gegevens weer voor pyrazinamide. De gevoeligheidstesten voor pyrazinamide zijn allen concordant, op het resultaat van 1 labo na voor stam 4. Commentaar Drie van de 12 gebruikers van de Bactec MGIT techniek, hebben niet vermeld welke antibioticadoses zij gebruikt hebben. Van de 9 anderen, gebruiken er 7 (voor INH) en 8 (voor RMP en EMB) de concentraties die BD voorschrijft, 2 labo’s gebruiken de 2 voorgeschreven dosissen van isoniazide en 1 onder hen eveneens de 2 dosissen die BD voorschrijft voor ethambutol (wat nog beter is). Laboratorium G vermeldt, net zoals vorig jaar, dat het 0,1 µg/ml RMP gebruikt; wij raden hem aan te controleren of het geen overschrijffout betreft aangezien de RMP dosis die men moet gebruiken 1,0 µg/ml bedraagt. Rapport EKE Mycobacteriën 2009
6
Wij stellen eveneens vast dat de 2 laboratoria die de proportiemethode van Canetti op 7H10 bodem gebruiken, noch hetzelfde inoculum, noch dezelfde antibioticadoses gebruikt hebben voor de 3 antibiotica. Het betreft met andere woorden « in house » methoden Voor de gevoeligheidsbepaling aan pyrazinamide, hebben 4 van de 6 gebruikers van het Bactec MGIT de door BD voorgeschreven dosissen gebruikt; de 2 overigen hebben de dosis niet vermeld. c) Tabel 3 geeft de samenvatting weer van de evalueerbare resultaten van de testen, die op elk der 3 stalen uitgevoerd werden. Het aantal evalueerbare resultaten verschilde naargelang het geteste antibiotica (54 voor isoniazide, 36 voor rifampicine en ethambutol en 24 voor pyrazinamide). Het percentage correcte resultaten (in vergelijking met deze van het referentiecentrum (Tuberculose & Mycobacteriën – vroeger Pasteur Instituut) voor het geheel der testen, per antibioticum bedraagt 94.4 % voor isoniazide, 100 % voor rifampicine, 100 % voor ethambutol en 95.8% voor pyrazinamide. Deze resultaten zijn uiteraard gebiasd door het feit dat de resultaten van de resistente stam voor rifampicine en ethambutol, geschrapt dienden te worden. De evalueerbare resultaten zijn echter uitstekend. Voor elk antibioticum werd eveneens de gevoeligheid en de specificiteit van een resultaat voor resistentie berekend (ten opzichte van het resultaat van het referentiecentrum), en de positief en negatief predictieve waarde van een resistent resultaat bekomen door een Belgisch laboratorium (wederom: omwille van het schrappen van de resultaten van de resistente stam voor rifampicine en ethambutol is het voor deze antibiotica niet mogelijk sensitiviteit en PPW te bepalen).
4. Bespreking A. Identificatie van Mycobacteriën Sommige identificaties die als correct of aanvaardbaar beschouwd werden, misten desalniettemin nauwkeurigheid. Ze zijn in het geel gehighlighted in tabel 4. De precieze identificatie is afhankelijk van de gebruikte identificatietechniek. Mycobacterium tuberculosis complex. GenProbe Sonde, sequencing hsp65 of rDNA 16S, Inno-Lipa Rif TB, Inno-Lipa Mycobacteria, PCR op IS6110 of op DNA 16S of 23S, Cobas Taq Man MTB Test identificeren het COMPLEX Mycobacterium tuberculosis, zonder onderscheid tussen de samenstellende leden van het complex (M.bovis, M.africanum, M.microti, M.pinnipedii). Het correcte precieze antwoord dat met exclusief gebruik van deze technieken kan gegeven worden is dus Mycobacterium tuberculosis complex. Enkel biochemische technieken (of andere moleculaire technieken die voor de huidige EKE niet gebruikt werden) kunnen aanleiding geven tot het antwoord Mycobacterium tuberculosis. Mycobacterium abscessus Dit is een atypische mycobacterie met snelle groei. Het merendeel van de moleculaire technieken laten geen onderscheid toe tussen de leden van het complex Mycobacterium chelonae-abscessus. Dit is zo voor de rDNA 16S sequencing, de Inno-Lipa Mycobacteria test die gebruikt maakt van de ruimte 16S-23S. Enkel de Hain GenoType Mycobacterium kit (waarvan de sonden zich bevinden op rDNA 23S) kan M.abscessus onderscheiden van M.chelonae. De identificaties via moleculaire biologie (andere Rapport EKE Mycobacteriën 2009
7
dan de Hain test) lieten dus enkel toe om het complex te identificeren zonder onderscheid tussen M.chelonae en M.abscessus. Enkele biochemische testen maken het onderscheid tussen deze 2 species als Mycobacterium chelonae subspecies chelonae en Mycobacterium chelonae subspecies abscessus. Eén van de deelnemers maakte gebruik van de sequencing van het hsp65 gen. Deze methode laat toe om Mycobacterium massiliense te identificeren, een nieuwe atypische mycobacterie die zou verschillen van Mycobacterium abscessus (Simmon et al, JCM 2007, 45, 1978). Het antwoord van deze deelnemer moet dan ook als correct beschouwd worden. Mycobacterium massiliense werd geïsoleerd bij een nosocomiale infectie van 18 patiënten in Brazilië, na arthroscopie of laparoscopie.
Mycobacterium avium Zowel de GenProbe sonde « avium » als de GenProbe sonde « avium complex » bestaan. Deze laatste maakt geen onderscheid tussen M.avium en M.intracellulare. De sequencing van het rDNA 16S laat toe om M.avium te onderscheiden van M.intracellulare. Hetzelfde geldt voor de Inno-Lipa mycobacteria en Hain GenoType Mycobacterium testen. B. Variabele resistentie (zonder twijfel borderline) van stam 1 tegen rifampicine en ethambutol Deze multiresistente stam vertoonde een variabele resistentie tegen rifampicine en ethambutol. Het betrof een klinisch isolaat van mei 2009, dat in radiometrische Bactec resistent was tegen INH, RMP, EMB en PZA (resultaat van juni 2009). •
• •
• •
Om dit isolaat te kunnen gebruiken voor kwaliteitscontroles, zowel intern in het referentiecentrum van het vroegere Pasteur instituut als extern (Belgische EKE), werd het isolaat hergeënt in het MGIT medium op 28/5/2009; het vertoonde, in juli, in ons laboratorium, in MGIT resistentie tegen INH, RMP en PZA, maar gevoeligheid voor EMB. Bij hertesting op radiometrische Bactec in september, vertoonde de stam die vanuit de MGIT afgenomen werd, resistentie tegen de 4 antibiotica (zoals in juni). De herenting op MGIT die gebruikt werd voor de Belgische EKE, werd na verdeling opnieuw getest in het referentielaboratorium en was nu gevoelig aan EMB en RMP (Bactec MGIT). Dit resultaat werd bekomen nadat de stammen naar de deelnemers aan de EKE verstuurd werden. Tijdens de EKE varieerden de resultaten van de deelnemers tussen gevoelig en resistent zowel voor RMP als voor EMB, en dit onafhankelijk van de gebruikte techniek. In november en december werden in ons laboratorium de stammen opnieuw getest door verschillende laboranten, en dit met resultaten die even sterk varieerden als vastgesteld tijdens de Belgische EKE. Wij stelden vast dat wanner de stam resistent was tegen rifampicine, dit vaak een borderline resistentie was (maar niet altijd). Om te besluiten, vermelden we dat , ongeacht of de stam als resistent of gevoelig gevonden wordt, de H526L mutatie in rpoB steeds aanwezig is en dat de genotypering met MIRU-VNTR steeds dezelfde zuivere stam aantoont. Het is geen mengsel van 2 verschillende stammen.
Deze stam, die resistent is tegen INH en PZA, maar waarvan slechts een deel van de populatie resistent lijkt te zijn tegen RMP en EMB, is een uitzonderlijke stam die wellicht beter niet verzonden was in de EKE.
5. Besluit De kwaliteitscontrole voor identificatie van Mycobacteriën leverde goede resultaten op: de identificatie van de 3 M. tuberculosis stammen was goed (behalve een gebrek aan nauwkeurigheid met betrekking tot het complex, cfr. supra). Van de atypische stammen werd de M. abscessus correct geïdentificeerd, maar zijn de 5 antwoorden M. chelonae onvoldoende nauwkeurig; voor zover de M. avium stam groeide (cfr. supra), werd ze correct geïdentificeerd. Rapport EKE Mycobacteriën 2009
8
De Belgische kwaliteitscontrole 2009 van de gevoeligheid van Mycobacterium tuberculosis voor INH, RMP en EMB, uitgevoerd door 17 deelnemers (18 testen) op 3 stalen, leverde uitstekende resultaten op (met reserve wegens het probleem met de resistente stam). We stelden 94.4 % concordante resultaten vast voor INH, 100% voor RMP en 100% voor EMB. De vastgestelde afwijkingen waren onafhankelijk van de gebruikte methoden. De sensitiviteit van een resultaat voor resistentie van een stam (aan een antibioticum) bedroeg 91.6 % voor isoniazide; de specificiteit bedroeg 100 % voor elk van de 3 antibiotica. De positief predictieve waarde van een resultaat voor resistentie bedroeg 100 % voor isoniazide. De negatief predictieve waarde bedroeg 94.7 % voor isoniazide, 100 % voor rifampicine en 100 % voor ethambutol. De gevoeligheidstesten voor PZA werden door 8 laboratoria uitgevoerd: ook deze resultaten waren uitstekend: de concordantie bedroeg 95.8%; de specificiteit bedroeg 100%; de sensibiliteit 93.8%, de positieve predictieve waarde 88.9% en de negatieve 100%.
Tabel 1 Gebruikte methoden en technische details Methode
Aantal testen
Aantal testen 100% overeenkomend Bactec MGIT 12 10 Bactec radiometrisch 1 1 MB/BacT 1 1 BBL MGIT man. aflezing 2 1 Canetti op vaste bodem 2 2 Totaal 18 15 (83.3 %) NB Deze 18 testen werden uitgevoerd door 17 laboratoria.
Rapport EKE Mycobacteriën 2009
PZA: Aantal testen 6 1 1 8
PZA: Aantal testen 100% overeenkomend 5 1 1 7 (87.5%)
9
Tabel 3 Globale resultaten van de testen, uitgevoerd op de 3 stalen Stam nummer 1 3 4 Concordantie
Ref R R S
Isoniazide S R 1 15 0 18 18 0 51/54 = 94.4 %
* 2 0 0
Ref NE S S
Rifampicine S R 8 8 18 0 18 0 36/36 = 100 %
* 2 0 0
Ethambutol Ref S R NE 11 5 S 18 0 S 18 0 36/36 = 100 %
* 2 0 0
Pyrazinamide Ref S R R 0 8 S 8 0 S 7 1 23/24 = 95.8 %
Sensitiviteit van de Resistentie Waarschijnlijkheid dat een resultaat R overeenkomt met een stam R
33 R vastgest. /36 R verwacht = 91,6 %
-
-
8 R vastgest. / 8 R verwacht = 100 %
Specificiteit van de Resistentie Waarschijnlijkheid dat een resultaat S overeenkomt met een stam S
18 S vastgest. /18 S verwacht = 100 %
36 S vastgest. /36 verwacht = 100 %
36 S vastgest. /36 verwacht = 100 %
15 S vastgest ./16 S verwacht = 93.8 %
PPW van R Waarschijnlijkheid dat een stam R is als hij op AB als R gevonden wordt (in België onafh. van de methode)
33 juiste R vastgest./33 R tot. vastgest. = 100 %
-
-
8 juiste R vastgest./ 9 R tot. vastgest. = 88.9 %
NPW van R Waarschijnlijkheid dat een stam S is als hij op AB als S gevonden wordt (in België onafh. van de methode)
18 juiste S vastgest./19 S tot. vastgest. = 94,7 %
36 juiste S vastgest. / 36 S tot. vastgest. = 100 %
36 juiste S vastgest. / 36 S tot. vastgest. = 100 %
15 juiste S vastgest. / 15 S tot. vastgest. = 100 %
NE: niet geëvalueerd * geen resultaat
Rapport EKE Mycobacteriën 2009
10
Tabel 2a Gedetailleerde tabel voor de resultaten voor elk der 3 stalen bekomen door de deelnemers Labo
RESULTATEN van de DEELNEMERS Rifampicine
Isoniazide
Ethambutol
Stam
1
3
4
1
3
4
1
3
4
Res.Refer.
R
R
S
(R)
S
S
(S)
S
S
A
R
R
S
S
S
S
S
S
S
Bactec MGIT
B
R
R
S
S
S
S
S
S
S
BBL MGIT Man
C
R
R
S
S
S
S
S
S
S
Bactec MGIT
D
NR
R
S
NR
S
S
NR
S
S
Bactec MGIT
E
R
R
S
S
S
S
S
S
S
Bactec MGIT
F
R
R
S
R
S
S
S
S
S
Bactec MGIT
G
R
R
S
R
S
S
R
S
S
Bactec MGIT
H
R
R
S
R
S
S
S
S
S
Bactec MGIT
I
R
R
S
R
S
S
S
S
S
Bactec MGIT
J
R
R
S
R
S
S
R
S
S
Canetti 7H10
K
R
R
S
R
S
S
R
S
S
Canetti 7H10
L
R
R
S
S
S
S
S
S
S
Bactec MGIT
M
NR
R
S
NR
S
S
NR
S
S
Bactec MGIT
N
R
R
S
R
S
S
R
S
S
MB/BacT
Oa
R
R
S
R
S
S
R
S
S
Bactec MGIT
Ob
R
R
S
S
S
S
S
S
S
Bactec radio
P
S
R
S
S
S
S
S
S
S
BBL MGIT Man
Q
R
R
S
S
S
S
S
S
S
Bactec MGIT
Methode
NR: No result Resultaten stam 1 voor RMP en EMB niet in rekening gebracht bij onderliggende tabel Labo
Methode
INH µg/ml
RMP µg/ml
EMB µg/ml
0,1
1
3,5
A Bactec MGIT B BBL MGIT Man
Inoc. ml 0,5
Concordantie INH RMP EMB 100 % Correct % % % 100 100 100 ☺
0,5
100
100
100
0,5
100 100 100
100 100 100
100
100
E Bactec MGIT
0,1
1
5
0,5
100 66.7 100
F Bactec MGIT
0,1
1
5
0,5
100
G Bactec MGIT
0.1 en 0.4
0,1
5 en 7,5
0,5
100
100
100
H Bactec MGIT
0,1
1
5
0,5
100
100
100
C Bactec MGIT D Bactec MGIT
I Bactec MGIT
0,1 en 0.4
1
5
0,5
100
100
100
J Canetti 7H10
0.2
1
5
0,15*
100
100
100
K Canetti 7H10
0.25 + 1
2
6
0,01**
100
100
100
L Bactec MGIT M Bactec MGIT
0.1 0,1 0,2
1 1 1
5 5 5
0.5 0,5 0,5
100 66.7 100
100 100 100
100 100 100
Oa Bactec MGIT
0,1
1
5
0.5
100
100
100
Ob Bactec radio P BBL MGIT Man
0,1 0.1 0,1
2 1 1
7.5 3.5 5
0,1 0.5 0,5
100 66.7 100
100 100 100
100 100 100
N MB/BacT
Q Bactec MGIT 0,1* 10-2-10-4 van 1 McF 0,01** 10-8-10-6 van een suspensie die 1 kolonie / ml bevat
Rapport EKE Mycobacteriën 2009
☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ 11
Tabel 2b Gedetailleerde tabel voor de resultaten voor pyrazinamide voor elk der 3 stalen bekomen door de deelnemers die de gevoeligheid voor dit antibioticum bepaald hebben Labo Stam Res.Refer. A D E G I J Oa Ob
Labo
1 R R R R R R R R R
Methode
RESULTATEN van de DEELNEMERS Pyrazinamide 3 4 Methode S S S S Bactec MGIT S S Bactec MGIT S S Bactec MGIT S S Bactec MGIT S S Bactec MGIT S S Canetti 7H10 S R Bactec MGIT S S Bactec radio
PZA µg/ml
A Bactec MGIT
Inoc. ml 0.5
Concordantie PZA % 100 100
D Bactec MGIT E Bactec MGIT
100
0,5
100
G Bactec MGIT
100
0,5
100
I Bactec MGIT
100
0,5
100
J Canetti 7H10
*
0,15**
100
Oa Bactec MGIT
100
0,5
66.7
Ob Bactec radio
100
0.1
100
100 % Correct
☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺ ☺
* 900 µg/tablet 0,15** 10-2-10-4 de 1 Mc F
Rapport EKE Mycobacteriën 2009
12
Tabel 4 Gedetailleerde tabel voor de resultaten van de identificaties Labo
A
Methode GenProbe Sonde
+
Resultaten stammen 1, 3 en 4
Resultaat stam 2
Resultaat stam 5
M. tuberculosis
M. massiliense
M. avium
M. tuberculosis
M. chelonae complex (gr. III, M. abcessus)
M. avium
M. tuberculosis complex
M. chelonae
M. avium
Sequencing (target HSP 65) B
GenProbe Sonde
+
Inno-Lipa-Rif-TB
+
Inno-Lipa Mycobacteria + Biochemische testen C
In house PCR (target 16S DNA)
+
Sequencing (target 16S DNA) D
In house PCR (target 23S ribosomaal gen)
M. tuberculosis
Mycobacterium species
Mycobacterium species
E
Cobas Taq Man MTB Test
M. tuberculosis
M.non- tuberculosis
Geen groei
G
GenProbe Sonde
+
M. tuberculosis hominis
M. chelonae abscessus
M. avium
In house PCR (target 16S DNA) Sequencing (target 16S DNA)
+ M. tuberculosis
M. abscessus
M. avium
M. tuberculosis complex
M. abscessus
M. avium
M. tuberculosis
M. chelonae abscessus complex
M. avium-intracellulare complex
M. tuberculosis
M. chelonae complex
M. avium
M. tuberculosis
M. chelonae
M. avium
H
GenProbe Sonde
+
Sequencing (target 16S DNA)
+
Biochemische testen I
GenoType Mycobacterium (Hain) + In house PCR (target el. IS6110)
+
Sequencing (target 16S DNA) J
Biochemische testen
K
In house PCR (target 16S DNA)
+
Biochemische testen L
GenProbe Sonde
+
Biochemische testen M
Inno-Lipa Mycobacteria
M. tuberculosis
M. chelonae
M. avium
N
GenProbe Sonde
M. tuberculosis
Noch MAC, noch M. gordonae
M. avium complex
O
Inno-Lipa Mycobacteria
M. tuberculosis complex
M. chelonae complex (gr. III, M. abcessus)
M. avium complex (M. avium, M. paratuberculosis, M. silvaticus)
P
Inno-Lipa Mycobacteria (atyp.) +
M. tuberculosis complex
M. chelonae
M. avium complex
M. tuberculosis complex
M. chelonae
Geen groei
Pathofinder RT-PCR (M.tbc) Q
GenProbe Sonde
+
Inno-Lipa Mycobacteria Onvoldoende nauwkeurige resultaten
Rapport EKE Mycobacteriën 2009
13
