"\
|lN lll
?oo.
Ii
ra8&!ll tifltn
foe
PROSIDING
z.,xls'Md . ts ''D o 1l E5'
PERTEMUAN ILMIAH TAHUNAN 2015
PERIIIMPUNAN MIKROBTOLOGI INDONESIA 'Kontribusi Mikroba dalam Meningkatkan Kualitas Hidup Manusia" I{otel Patra Jasa Semarang, 8-9 Oktober 20I5
Penyelenggara cabang Semarang Mikrobiologi Perhimpunan
Sekretariat Jurusan Biologi Fakultas Sains dan Matematika
Universitas DiPonegoro Jl. Prof. Sudharto, SH Tembalang, Semarang 50275
Telp./Fax 02476480923
PROSIDING PERTEMUAN ILMIAH TAHUNAN 2015 PERHIMPUNAN MIKROBIOLOGI INDONESIA
'Kontribusi Mikroba dalam Meningkatkan Kualitas Hidup Manusia"
Penulis I Prof. Johannes F. Imhoff dkk
ISBN: 978-642-73556-0-6
Editor Hermin Pancasakti Kusumaningrum Lindayani Siti Nurjannah MG. Isworo Rukmi Indra Gunawan
Desain Sampul
Teguh Wibowo Ossep Syaifullah
Penerbit Perhimpunan
Mikobiologi
cabang Semarang
Sekretariat Jurusan Biologi Fakultas Sains dan Matematika Universitas Diponegoro Jl. Prof. Sudharto, SH Tembalang, Semarang 50275 Telp./Fax 02476480923
Cetakan Pertama, Oktober 2015 Hak Cipta Dilindungi Undang-undang Dilarang keras memperbanyak karya tulis ini dalam bentuk dan dengan cara apapun Tanpa ijin tertulis dari penerbit
DAFTAR ISI
%=._-tr
{'.2-
Kata Pengantar
x
Sambutan Ketua Panitia.
XI
Sambutan Wakil Ketua I PERMI.
xll
Susunan Panitia....
xlll
Program PIT 2015 Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia..
XV
Daftar Pembicara Tamu....
I
Daftar Pemakalah Oral
-
BIDANG KEDOKTERAN DAN FARMASI Bioaktivitas Ekstlak Teripang Holothuria Impatiens Terhadap Baklreri i.Iulti Drug Resistant (\4DR) Delianis Pringgenies, Krisantika Titianita, Ali Ridho........... Analisis Filogenetik Gen cagA llelicobacter pylori Isolat Lombok dan Hubungannya dengan Keadaan Patologi Lan.rbung Zainul Multaqin, Suharjono, Aulanni'am Aulanni'am, Haris \Vidita...,,........,..... Potensi sebagai Obat dari Propolis yang dihasilkan oleh Trigonas pp yang Ditemukan dan Dipelihara di Kalimantan Tirnur terhadap Pertumbuhan Bakteri Bodhi Dharma, Ester Afriyani, Nofita D. Indanvqti,Resti N. Sari and Syafrizal........-.... Angka Kejadian Klebsiella pneuntoniae Penya,idi Kebs iella pneumoniae Carbapenemase pada Pasien Infeksi di RSUP Dr. Kariadi Lut|tfi Azizatunnisa', Maryani,5ubakir................ Analisis Bioinformatika Amplop (E) Protein Virus Dengue Tipe l-4 yang Diisolasi dari Indonesia : Studi Komprehensif Pengembangan Vaksin Dengue tetravalen Dwi Hilda Putri,Andi Yasmon,Rina Yunita,Novia Rachmayanti,Ungke Anton Jaya, Amelia Hasnida, Fithriyah Sjatha, Beti Erna$,ati Dewi, T Mirav,ati Sudiro......... Upaya Peningkatan Sistem Kekebalan Tubuh Pada Lansia Melalui Program FITT Dan Gizi Seimbang
5uroto......,,....-...
5l
57
6l
66
74
Perlindungan microbiome dalam kesehatan kita Retno Indrawati, Kristanti Studi In Vitro Aktivitas Curcuma longa Sebagai Antivirus Terhadap Virus Dengue Beti E Deu,i, Astari Ridhanya,Mei Riasanti, Hidayati Desti,Dwi Hilda Putri, T. Mi r av, a t i Sndi ro......................... Distribusi Human Papilomavirus (HPV) Pada Sampel Kanker Serviks dari Rumah Sakit M. Djamil Padang dan Rumah Sakit Arifin Ahmad, Pekanbaru, Indonesia Marlina, Andani Eka Putra, Yufri Aldi, Bobby Indra Utamo, Yenita, Maya Safra,
Parisihni..........,......-,.....
,
42
78
Andi Yasmon...... 91, Deteksi Senyawa BioaLlif Jamur l/ypsizigus ulntarius Dan Uji Sitotoksik Pada Sel Kanker Kolon (WiDr) Nuraeni Ekowati, Nuniek Ina Ratnaningtyas, dan Aris Mumpuni.......................... 96
Bioprospeksi BaLteri Yang Berasosiasi Dengan Lamun Enhalus acoroides dan S),ringodium isoetifulinn Sebagai Penghasil Senyarva Antibakteri Luthfy AN, Endang Kusdiyantini, Anto Budihario.......... Perbandingan Efektivitas Ekstrak Daun Pepaya (Carica papaya L.) Sebagai Antibakteri Terhadap Bakteri Staphylococcus axreus dan Salntonella typhi Sccara In Vitro A,fria, Retno Yulianti, Pertiwi 5udonro...,..............
.
tOt
109
BIDANG BIOTEKNOLOGI DAN LINGKUNGAN Formulasi Kompos Azolla sebagai Bahan Pembawa Pupuk Hayati dalam Menjaga Viabilitas Bakteri Penambat Nitrogen dan Pelarut Fosfat I[ieke Rochimi Setiav]ati, Pujavtoti Suryahnana, Diyan Herdiyantoro, Nurlatipah.... Karakteristik Isolat-isolat Biolertilizer yang diproduksi dalam media berbasis Molase dan efek Glysin dalam mempertahankan viabilitas sel Isolat Pujawati Suryatmana, Mieke Rochimi Setiawati, Bety Natali Fitriatin, Diyan Herdiyantoro dan Regintnyanti Hindersah.......... ..................... Hubungan Kekerabatan Rhizobia Berdasarkan Similaritas Gen N1{/ Untuk Analisis Potensinya Sebagai Pupuk Hayati
lli l2l
Hillary.....
Janne .......................... t31 Pcnelusuran Mikoba Indigenous Limbah Organik Cair Potensial Sebagai Penghasil Energi Listrik Terbarukan Sukanto, Ll'inasis dan Agus .......... 136 Karakterisasi dan Identifikasi Molekuler Fusan Hasil Fusi Protoplas Dunaliella salina dan Chlorella pyrenoidosa MenggLrnakan I 8STDNA
Margiwiyatno....
Argianti
lV.
Apsari, Hernin P. Kusunnningmm, Budi Raharjo, Muhammad Zainuri, 145
Perrgembangan Metode Deteksi ,Sa lnronella Typhimuriurn Pada Susu Dengan Real Time PCR Suci Yuliangsih, Eva Nikastri, Noyi Pusparini, Tanti Lanovia, and Tepy Usia.......... 153
Karakterisasi Komunitas Bakteri dari Produk Hasil Biogas Lia Vania Dewi, Rika Fithri Nurani, Andriessa Praneswqre, and Elizabeth Caroline 159 Penggunaan Escherichia coli BL2l dalam Kloning Gen wrt4 Agrng Janika Sitasiwi, IYayan Tunas Arlanta, Agung Budiyanto, Edy Dharmana... 163 Isolasi Dan ldentifikasi Bakteri Pendegradasi Kafein Dhira Sahuika, Gabriella ........................... 169 Aktivitas Inhibitor Alfa Glukosidase Dari Isolat Aktinomiset JP-3
5ihtmorang....................... Anindita....,...................
Sri Pujiyanto, Rejeki Siti Ferniah dan
Sntarno....
............................
173
Konrposisi Mikroalga Di Kolam Ikan Desa Beji Dan Potensinya Sebagai Penghasil Bahan Bakar Nabati (Biofuet) Sani Iskandar, Dwi Swtu ltidynylini, ................... 180 Kinctika Pertumbuhan dan Produksi Intrlinase Khamir Pichia ntanshurica DUCC-Y I 5 Pada Berbagai Konsentrasi MgSOa 7H2O
Chri.stiani...........
Wrjanarka...........
;
189
Deteksi Gen ParC Pada lsolat Salmonella Sp Dengan Menggunakan Pasangart Primer BanS Charis Amarantint Dhiro ....................... 195:
Satv,ika.
Peningkatan Listrik Dari Limbah Cair Tempe Dengan Reaktor Tubular Tanpa Membran Microbial Fuel Cell Guruh Mehra Mulyana, Rita Arbianti, Tania Surya Utami......................................... 200 IV
-
BIDANG PERTANIAN, PERIKANAN DAN PANGAN Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Pendekolorisasi Pewarna Rhodamin B dan Wenter/Wantex V. Irene Meitiniarti, Diah A.P.Gandini, Eko Budi Santoso 204 Pengembangan Biofilmed Biofertilizer :Pengaruhnya terhadap p-tersedia dan hasil bawang merah pada tanah Vertisol Sudadi , Sumarno, Hadiwiyono, Aytni Zaffah..... Pertumbuhan dan hasil jagung yang dipengaruhi oleh aplikasi mikoba pelarut fosfat dan pupuk P pada tanah sub optimal Betty Natalie Fitriatin, Aristyo Rahadiyan, Anny Yuniarti dan Tien Turmuktini....... 21t Sebaran Jamur Mikoriza Arbuskula Pada Gradasi Kesuburan Tanah Di Perkebunan Kelapa Sawit Suprih llijayani, Ni Made Titiaryanti, dan Heru Salam. 224 Pengujian Cemaran Bakteri dan Cemaran Kapang/Khamir Pada Produk Minuman Jamur Tiram (Pleurotus ostreatus) Dengan Pemanis Stevia (Stevia rebaudiana) Netty Wdyastuti dan Donor4,ati fioltrokusumo..... 228 Aplikasi pupuk organik dan hormon pertumbuhan untuk mengurangi penggunaan pupuk kimia pada budiCaya cabe (Capsicum onnuum L.) Heru Purwanta, Sih Parmiyatni, Reni Giarni, Diclry Addihayu, Johadi, Hardaning Pranamuda, Arzol, Nopen Srimen..................... ......................-........ 235 Aplikasi Honnon Tumbuh Dari Isolat Bakteri A8 (Agrobocterium sp.) Terhadap Tanaman Bawang lr,Ierah Varietas Tuk-Tuk dan Bima Reni Giarni, Dicky Adihayyu M, Johadi, Fajriyan, Sih Parmiyatni, Ilardaning Pranamuda, Netty Iltidyastuti, Galto Angkoso, Priyo Wahyudi............. Z3g Potensi Isolat Bakteri Microbacterium Sp. SpR3 Dan Mesorhizobium Sp. SpRlT Dalam Mereduksi Cr(VI) Di Tanah Rully Adi Nugroho, V. Irene tr[eitiniarti, Dorys 8atunan...........-......... 245 Perkembangan Oncobasidium Theobromae,Penyebab Penyakit Pembuluh Kai.u Pada Perkebunan Kakao Poliklonal Herry ll/irianata dan Elizabeth Nanik K................... 250 Pemanfaatan Limbah Industri Mocaf Sebagai Bahan Pembawa Inokulum Bakteri Penambat Nitrogen (BPN) Dan Bakteri Pelarut Fosfat (BPF) M.M.A. Retno Rosariastuti, Sumani, Supriyadi, Muhanmad Ardian Nursetyawan and Pramusita Yoga Daniswara ZS5 Inventarisasi Patogen Tanaman Lada (Piper nigrum L.)Di Desa Batuah, Kabupaten Kutai Kartanegara, Indonesia Ni'matuf annah Akhsan, Muhammad Faris Rahman 5e1iawan................ 262 Uji Patogenitas Bakteri Proteolitik Penghasil Enzim Ekstraseluler Pada Larva Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) Sebagai Bioremidiasi Ilrilis Ari Selyati, Muhammad Zainuddin.,.................. Pengaruh Pemberian Em4 Dan Lama Fermentasi Pada Kemampuan Bioekstrak Poms (Palm Oil Mill Sludge) Dan Kompos Janjang Kosong Untuk Menghasilkan Fungistatik Terhadap Pengendalian Jamur Ganoderma boninense lltignyanto, Salcunda Anggarini, Irnia Nurika, Saundra Rosa\ina.............................. 279 Biosorpsi dari Cadmium ( Cd ) Oleh Azotobacter Yang Diisolasi Dari Tanah Pasir Besi
P....................
-
Oedjijono, Dini Ryandini, and R. Rindy Redhita Penapisan dan karakterisasi Azotobacter hasil isolasi dari perakaran berbagai tanaman serta uji aktivitasnya dalam mendukung perkecambahan dan pertumbuhan benih jagung (Zea mays)
287
Dwi
293
Agustiyani..
BIDANGINDUSTRIDANKELAUTAN Isolasi dan Identifikasi Bakteri Asam Laktat dari Asinan Rebung Bambu Betung yang Difermentasi pada Suhu 15oC Laksmi Hartayanie, Lindayani, Monika Palupi Murniati......................,.............................. Pengaruh Waktu Ekstraksi dan Perbandingan Contoh-Solvent Aktivitas Antibakteri dan Jumlah Senyawa Phenol dari Caulerpa lentillifera Dea Nathania Hendryanti, Lindayani and Kartika Efek anti-inflamasi dari Ekstrak Wine Strawbeny dari LPS-yang distimulasi RAW 264,7 Sel Makrofag Lukas Terry Boedianto, Tsung-Yu Tsai, Kualitas Udang Yang Drjual Di Pasar Jakarta Selatan Dari Aspek N{ikrcbiologi Harsojo dan ldrus Kadir Efektivitas Pengenceran Pada PertumbuhanKoloni Bakteri Pada Albumin Telur Ayam ( Gallus gallus ) Supiana Dian Nttrtjahyani, Dian Identifikasi Bakteri Asam Laktat Yang Diisolasi Dari Daging Fermentasi Tradisional Thailand (Nham) Menggunakan Teknik Molekuler
Puspa
Lindayani...
Saringal'a..
Fidia
Fibriana...
300
308
320 329
335
339
Salmonella sp Contarnination In Fish Are Produced In Smoke Smoking Fish City Center Semarang Joang Malrcndra Buana, Ludf Sanloso, Martini, Susiana Punt,ontisari.................. 347 Aktivitas Antibakteri Ekstrak Etanol Rimpang Temu Mangga (C. mangga), Daun Pepaya (C. papaya), dan Daun Sirih (Piper betle)Terhadap Propionibacteriunt acnes Sri Redjeki,A.K. Du,ipayana, Fitria,N. S. Asmarani, Lully H. Endarini,
Elvi Trinovani....
353
Peningkatan Ketahanan Tomat Menggunakan Bakteri Endogenus Rizosfir Untuk Menekan Nematoda Bengkak Akar (Meloidogne spp.) 359 Rika Alfanny, Tati Suryali Syamsudin, and I Nyonxan P Prospek Tapai Kaleng : Pengembangan Dari Pangan Lokal Menjadi Pangan Internasional Ktishna Purnawan Candra, Rudiawan, Suloniyali Agustin.. Seleksi Isolat Aktinomisetes Simbion Rumput Laut Dan Karang Lunak Penghasil Enzim Xilanase Dan Selulase ............................. 369 Dini Ryandini dan Saefuddin Cemaran Escherichia coli Pada Daging Burger Pedagang Keliling
Aryantho...
'A2i2....................
Di Semarang Yuli Setyatting'um, Martini, Retno Hestiningsih, Susiana Purwantisari....... 374 Pengaruh Lama Penyimparran Dan Konsentrasi Bifdobacterlan BBIV Pada Yoghurt Terhadap Kadar Asam Laktat Hafdh Syaifuddin, Dyah Fitri Kushatyati dan P. Maria Hendratt.......................... 381 Pengaruh Penambahan Bifdobacterium BBIV Dan Lama Inkubasi Pada Soyghurt Terhadap Pertumbuhan Es cher ic hi a co li
Elfra
vi
Betta Ady Gunawan. Dyah Fitri K., dan P. Maria Hendrati. Pembentukan Pigmen Dan Aktivitas Antimikroba Mo nascus purpureus Hasil Fermentasi Padat Dengan Limbah Ampas Kelapa Sebagai Substrat Anna Yuliana, Saeful Amin....... Peningkatan Produksi Monakolin K Dari Monascus purpurer.rs pada Fermentasi Padat Beras Dengan Penambahan Metionin Nunung Yulia, Tutus Gusdinar, Marlia Singgih... Optimasi Suhu Dan Ph Crude Enzim Amilase Yang Dihasilkan Oleh Aspergiltus Pada Media Kulit Pisang Kepok (Mars a parasidiaca var formatypica) Amelia Jtrwana, Tricia Suryahendra, Lindayani, Laksmi Hartayanle........................ Uji Bakteri Dengan Metode Alt Pada Perairan Budidaya Ikan Lele Dumbo (Clarias gariepinus ) Di Pekalongan Hayati Soeprapto, Siska, Metha.
389
397
4r0
417
Daftar Pemakalah Poster
Adaptation Of Chinese Hamster Ovary Kl Producing Human Erlhropoietin To Serum Free Suspension Culture Adi Santoso, Popi Hadi lttisnuwardhani, Arizah Kusumawati, yulaika Romadhani, Yana Rubiyana... 421 Potensi Senyawa Aktif Flavonoid Tanaman Patikan Kebo (Euphorbia Hirta Linn) Sebagai Imunostimulator Berdasarkan Pada Ekspresi CD4+, TLR-2 Dan Sekresi IL-2 Aristika Dinar Yantl Nora Ertanti, Helen Susilottati, Deya Karsarl Set i aw an Koesdarto, Fedik Ab dul Rantont............... Eksplorasi Bakteri Endofit Khitinolitik Dari Tanaman Pangan Budi Raharjo, Sri Pujiyanto, AgungSuprihadi dan Susiana pa-witasari..,...,,,..,,,,..... 434 Efektivitas Metode Pencucian Peralatan Makan Terhadap Penurunan Angka Kuman Brilian Rizlqt Ananda, Laily Khairiyati.................... 443 Pengaruh Prekursor Dan Inhibitor Terhadap Produksi Asam Aminolevulinat Oleh Isolat Bakteri BD-16 Dengan Menggunakan I\,ledia Modifikasi Diona Nurani,Farah, Sheilla Angelina,Mega Ginarsih,Gatyo Angkoso,Ahmad Fauzi 449 Pengaruh Perlakuan Lama Waktu Fermentasi Terhadap Kadar Kafein Kopi Robusta (Coffea canephora) Menggunakan Isolat Bakteri Xilanolitik, Proteolitik dan Selulolitik Dari Feces Luwak (Par adoxurus hermaphroditus\ Doni Usman, Endang Kusdiyantini, Agung 9uprihadi................................................. 453 Respon Imunogenik Protein 32 KDA Leptospira Interrogans serovar Batavia. Dyah lI/idiastuti, Nastiti Wijayantt............................. Studi Viabilitas Dan Produktivitas Kapang Acremonium Chrysogenum Setelah 19 Tahun Penyimpanan Diana Dewi, Dyah Noor Hidayati, Erwahyuni E Prabandari, Sasmito Wulyoadi, Rofq Sunaryanto, and Edy Marwanta...................... Pengaruh Dosis R hizoctonia binukleat (BNR) dan Posfor Terhadap Kadar Protein dan Glukosa pada Benih Vanili (Vanilla planifolla. Andrew). Haryuni , Tyas Soemarah K.D ....................... ....... 466 Flavonoid Dan Ekstrak Patikan Kebo (Euphorbia hirtaL.) Sebagai Imunostimulator Berdasarkan Kadar Titer IgG, Sekesi IL-4 Dan Ekspresi Sel T CD8* Pada Ayam Yang Diimunisasi Dengan V aksin Newcastli Dr'sease Q..lD) Helen Susilowati, Nora Ertanti, Aristika Dinar Yanti, Deya Karsari, Kusnoto,
Fe d i k Ab
472
dul Rantam..............
Seleki Kapang Pendegradasi Dioksin dengan Pendekatan Penghilangan Wama Remazol Brilliant Blue R dan Poly R-478 serta Pengukuran Aktivitas Enzim Ligninolitik Evy llidyaningsih, Nuki Bambang Nugroho, Siti Zulaehe, tflibowo Mangunw ardoyo Penggunaan Kultur
480
Mumi Saccharomyces Cereviseae, Debaryomyces Hansenii, Dan Kultur Campuran Limbah Cair Tempe Pada Teknologi Microbial
Desalination Cell Fachryan Zuhri, Guruh Mehra, Tania Surya Utami, Rita Arbianti........................... Isolasi Bakteri Berpotensi Proteolitik, Selulolitik Dan Xilanolitik Dari Feees Luwak (Poradoxorus hermaphrodhitus) Yang Diberi Pakan Kopi Robusta (Coffea canephora P.) Fatkur Rozi Sulistiyo, Doni Usman, Endang Kusdiyantini, 491 Anto Budiharjo, Agung Suprihadi... Pengaruh Waktu Inkubasi terhadap Jumlah Sel pada Biofilm Escherichia coli yang Diisolasi dari Air Bersih Perpipaan Feldha Fadhila, Aziz Anshori .............................. 497 Kajian Awal Penggunaan Air Cucian Beras Sebagai Komponen Medium
11rohid.................
Pertumbuhan Aspergillus Niger
Handar ini, P akpahan, S. E., Hatimah 1..... Inovasi Material Terbarukan "MYCOTECH" Hasil Pemanfaatan Tandan Kosong Kelapa Sawit dan Onggok Hardaning Pranamuda, Reni Giorni, Fajriyan, Dicky A.M. , Heru Purttanta, Adi Reza Nugroho, M. Arekha Bentangan L., Fitri Kandungan Bakteri Dalam Ayam Bumbu Olahan Harmastini Sukiman, ....................... Identification Of Urinary Tract Infection-Causing Bacteriain Diabetes Mellitus Patient And Their Pattern Of Resistancy Againts Antibiotics Kiki Abdul R., Cepi Priatna, Hendral'ana, Iis Herawati, Sitti Seleksi Kapang Pendegradasi Dioksin Dengan Pendekatan Penghilangan Warna Remazol Brilliant Blue R Dan Poly S-119 Serta Pengukuran Aktivitas Enzim
Ama|ia.....................
Harsojo........
Romlah.......
501
507 511
516
Ligninolitik Husnun Hamidah Abbas, Nuki Bambang Nugroho, Siti Zulaeha, Il'ibolt,o
Mangunwardoyo
.........................520
Jenis Bakteri Kontaminan Di Lingkungan Rsud Ulin Banjarmasin Dan Uji Kepekaannya Terhadap Beberapa Jenis Antibiotik In Vitro
Lia Yulia Budiarti , Danvin Penggono, Rahmiati.................. Identifikasi IsoLat Aspergillus sp. KRM 43 Dari Madura Dan Produksi Enzim Protease Dengan Variasi Ph Dan Waktu lnkubasi Nopvita Windi Astuti, MG Isworo Potensi Imunostimulator Senyawa Flavonoid Euphorbia hirta L. Terhadap Sekresi IFN-y, IL-12 Dan TNF-cr Pada Ayam Yang Divaksin
Rukmi,l(ijanarka
Newcastle Disease QID) Nora Ertanli, Helen Susilou,ati, Aristika Dinaryanti, Deya Karsari, Setiawan Koesdarto, Soelih Estoepangesti, Fedik A Rantam............... Isolasi Mikroba Endofit dari Daun Tanaman Lidah Buaya (AIoe vera (L.) Burm.f) dan Skrining Aktivitas Antimikoba Rahayu Fitriani llangsa Putrie, Harmastini 5ukirnan...........,......,..
533
539
544
Aplikasi Hormon Tumbuh Dari Isolat Bakteri A8 (Agrobacterium sp.) Terhadap Tanaman Bawang Merah Varietas Tuk-Tuk Dan Bima Reni Giarni, Dicky Adihalyt M, Johadi, Fajriyan, Sih Parmiyatni, Hardaning Pranamuda, Netty Widyastuti, Gatyo Angkoso, Priyo W'ahyadi............... 553 Biokonversi 6-Aminopenicillanic Acid (6-Apa) Dari Penisilin G Secara Enzimatik Rofq Sunaryanto, Amila Primasandi, Anis Herliyani Mahsunah, Erwahyuni Endang Prabandari, Danang Waluyo, Tat'wadi, Edy Marwanta, Sasmito lIrulyoadi............. 559 Kinetika Biodegradasi Linear AllElbenzene Sufonate Menggunakan Kultur Tunggal Acinetobacter Boumani i SaJira Latifa, Rita Arbianti, Tania Surya Utami..,............... ............ 564 Isolasi Dan Purifikasi Tetrasiklin Dari Kaldu Fermentasi Dengan Menggunakan Metoda Presipitasi Sasmito Wulyoadi, Rofiq Sunaryanto, Eka ..................... Karakterisasi Kapang Selulolitik Yang Diisolasi Dari Seresah Dan Aktivitasnya Pada Beberapa Ph Satria M Mahardika, Ruth H Kurniawati, Vi ................. Profil Bakteri Dekomposer Pada Berbagai Tingkat Kematangan Gambut Di Kawasan Hutan Lindung Kalimantan Barat Siti Khotimah, Riza Linda, Masnur Pengaruh Inokulasi Mizobium, Jamur Mikorisa Dan Bakteri Pelarut Fosfat Terhadap Pertumbuhan Tanaman Kedelai Tivit ,yidoy,ati, Sylvia J. R. Lekatompessy, Harmastini Sukiman............,......,...,..... Pengaruh Penambahan Olive Oil Dan Crude Palm Oil PadaProduksi Lipase
5iska.........
Meitiniarti.
Turnip...
569
573
579
585
Bacillus Licheniformis F 1l.4 Trismilah, Edi Wahjono...... 591 Analisis Ekspresi Gen SAP (4-6) Dan Pembentukan Hifa Isolat Candida Albicans Dari Penderita Candidiasis Oral Hiv Positif I/ita Meyldni, Langkah Sembiring, dan Tri Wibawa............... 593 Pengaruh Pemupukan Ekstrak,Sdviniamolesta Dengan Konsentrasi Berbeda terhadap Kepadatan Danproduksi Gel Mikroalga ,!p irulina platensis Kultur Semi-Massal Wondo Priyanto, Christiani, Dwi Sunu l idyartini, Hexa Apriliana Hidayah.......... 603
IX
KATA PENGANTAR
Prosiding ini merupakan kumpulan makalah lengkap yang diseminarkan pada acara Pertemuan Ilmiah Tahunan Perhimpunan
Mikobiologi Indonesia yang diselenggarakan di
Hotel Patrajasa Semarang pada tanggal 08-09 Oktober 2015
Prosiding Johannes F.
ini
memuat 99 makalah yang terdiri dari pembicara utama yaitu Prof.
Imhoff (GEOMAR, Helmholtz -Zentrum fiir Ozeanforschung, Kiel, Germany),
ProL Dr. Antonius Suwanto, MSc. (lnstitut Pertanian Bogor), Prof. Dr. Hendro Wahjono dr., MScTropMed., DMM., SpMK(K) (Undip) , Prof. Dr. Suyanto Pawiroharsono (BPPT), Dr.
Budiasih Wahluntari (BPPT), Dr. rer.nat. Anto Budihardjo, Mbiotech (Jndip) dan Prof. Fedik A Rantam Ph.D (Unair), serta makalah pendamping dari pemakalah oral dan poster
yang dipresentasikan dalam sidang paralel ruang 1- 4 dengan dibagi dalam bidang A. Kedokteran dan farmasi,
B. Bioteknologi dan lingkungan, C. Pertanian, perikanan
dan
pangan, C. Industri dan kelautan
Akhir kata semoga prosiding ini dapat memberikan kontribusi kepada perkembangan ilmu mikrobiologi di lndonesia
Semarang, 20 Desember 2015
Tim Editor
SAMBUTAN KETUA PANITIA
Puji slukur kehadirat Tuhan yang Maha Esa, karena atas perkenan-Nya kami telah berhasil menerbitkan Prosiding Pertemuan llmiah Tahunan Perhinrpunan Mikrobiologi Indonesia (PERMD 2015, yang diselenggarakan oleh PERMI Cabang Semarang, dengan mengambil tema "Kontribusi mikroba dalam meningka&an kualitas hidup manusia" . Prosiding ini merupakan dokumen ilmiah yang memuat karya ilmiah yang berkaitan dengan Mikobiologi dari para peneliti dari berbagai universitas, lembaga penelitian dan profesi, yang telah dipresentasikan dalam PIT Permi 2015 yang diadakan di Semarang pada 8-9 Oktober 2015. Semoga prosiding
ini dapat menjadi
sarana unfirk memperluas diseminasi karya
telah dipresentasikan pada PIT Permi 2015 kepada para peneliti, dosen,
ilmiah yang
praktisi yang tidak
dapat hadir dalam acara PiT yang lalu. Penerbitan prosiding ini diharapkan pula dapat menjadi sumber inspirasi bagi pengembangan penelitian yang lebih bermanfaat dimasa yang akan datang datang. Terima kasih karni ucapkan kepada semua pihak yang telah membantu dalam penlTrsunan sampai dengan penerbitan prosiding ini.
Semarang, 20 Desember 2015 Dra. MG Isworo Rukmi, MKes. Ketua Panitia
XI
SAMBUTANWAKIL KETUA
1
PER,IIIMPUNAN MIKROBIOLOGI INDONESIA (PERMD
Bapak/lbu, Saudara,/i Kolega PERMI Ysh,
Puji syukur kami panjatkan kepada Allah SWT atas rachmat dan karunianya sehingga pada hari ini kami diberi kesempatan untuk melakukan serangkaian kegiatan Pertemuan Ilmiah Tahunan (PIT) PERMI tahun 2015 di Semarang yang akan berlangsung dari langgal 7-9 Oktober 2015. Selaras dengan tema dari PIT yaitu "Konstribusi Mikoba dalam Meningkatkan Kualitas Hidup Manusia", maka diharapkan dari penyelenggaraan PIT kali ini akan didapatkan
manfaat dari hasil penelitian dalam bidang mikrobiologi ini yang dapat diterapkan dalam industri dalam rangka meningkatkan kualitas hidup manusia.
Tujuan dari PIT adalah sebagai ajang dalam berbagi pengalaman, pengetahuan dan hasil penelitian di perguruan tinggi, lernbaga penelitian dan praktisi serta industri agar dapat diketahui secara luas oleh masyarakat. Rangkaian acara PIT ini telah dimulai dari tanggal 7 Oktober 2015, diawali dengan penyelenggaraan workshop tentang "Pengenalan dan Pengendalian Jamur Kontaminan pada Jamu Tradisional". Meningkatnya peserta PIT PERMI menunjukkan bahwa peran mikrobiologi pada berbagai bidang seperti kesehatan, pertanian, industri dan lingkungan semakin penting dari tahun ke tahun.
Atas nama PERMI saya ingin menyampaikan terimakasih kepada semua pihak yang tidak bisa saya sebutkan satu persatu atas dukungannya terhadap penyelenggaraan PIT ini.
Semarang, 20 Desember 2015
Prof. Dr. Fedik A Rantam
x
SUSUNANPANITIA PERTEMUAN ILIVtrAH TAIIUNAN 2015 PERHIMPUNAN MIKROBIOLOGI INDONESIA Semarang, 8-9 Oktober 2015
PELINDUNG: Prof.Dr. Yos Johan Utama, M.Hum (Rektor Universitas Diponegoro)
PENGARAH: 1. Prof. Fedik A Rantam, PhD. (Wakil KetuaPerhimpunan Mikrobiologi Indonesia)
2. Prof. Dr. Ir. Antonius Suwanto, MSc@enasehat Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia) 3. Prof. Dr. dr. HendroWahjono, SpMK. (Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro)
4. Prof. Dr. Ocky KamaRadjasa, MSc. (Ketua LPPM
-
UniversitasDiponegoro)
5. Diana Nurani, M.Si (Sekretaris Jendral Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia)
PANITIA fEIAKSANAi :Dra. MG IsworoRukni, MKes
Ketua
Wakil Ketua
Dr. Martini, MKes.
Seketaris I
Dr. Haryono Setiyo Huboyo, ST, MT
Sekretaris
II
Bendahara
I
Dr. Turini Yudiarti, N{Sc
Bendahara
II
Dr. Niknik Nurhayati
Seksi Ilmiah
Dr. Siti Hamina Bintari, MS.
Dr. Hermin Pancasakti K, MSi Ir. Lindayani, MSc. PlrD. Dr.rer. nat. Is Helianti Dr. Sitti Nur Jannah
Seksi sidang /acara
Sugiharto, SPt.MSc. PhD.
Dr. Endang Kusdiyant ini. DEA. Dr. Wi janarka, MSi. Drs. Nuki B Nugroho, M.Si Seksi Konsumsi
Dr. Dra. Sulistiyani, MKes.
Workshop
Ir. Dwi Kusuma Indriani, MP
Dra.Harmastini Sukiman, M.Agr Dr. rar. net. Anto Budihardjo, MBiotech Sponsorship & Pameran
Drs. Agung Suprihadi, MSi.
Dr. Nur Endah Wahyuningsih, MKes. Dokumentasi & Publikasi
Drs. Budi Rahardjo, MSi.
Akomodasi & Transportasi
Sugiyatno, MSi.
Kesekretariatan
Dr. Sri Pujianto, MSi Indra Gunawan, ST
Andriana Hesti Kusuma, SSi Joang Mahendra
xtv
l'ROGRAM Pertemuan Ilmiah Tahunan 2015 I'crhimpunan Mikrobiologi Indoncsia Hotel Patra Jasa, Semarang Rabu, 7 Oktotrer 2015
Kamis, 8 Oktober 2015 ..:it:iYyaKru it::::. .. '
:t:::'.:.t::.'.:.:;..:'.:.i.
r
t:...
Acara'
r
Keterangal ll- .
r
Venue: Ruans Poncowati llotel Patra Jasa 07.00 08.00
-
08.00 08.05
Registrasi
Pernbukaan
08.05 - 08.20
Tari
08.45 -
08.30 08.45
I.aporan Ketua Panitia Sambutan Wakil Ketua I PERMI
09.00
Pembukaan oleh Rcltor IINDTP
Ketua PERMI Cabans S€maranq Prol Fedik A Rantam- Ph-D Prof. Dr. Yos Johan Utama,
Keynote SpEaker
MH.Mhum. Menristekdikli
08.20 08.30
09.00 09.30 . : i::
- 09.30 - 09.45
Wiiktu
Penyambutan
Coffec break Acara Plenary Srrnporium (Vcnuc: Ruang Plncovrati Hotel Palra Jasa)
,i::
l
09.45-11.45
:r:t:::,t:i:ti. .,t,:,rl::::tlrllt::,.Plenary
-
09.45
10.15
Dr'.
:.i:r, 10.15
-
10.45
Lyli Eurwiiaichitr : Biological irlt,i:.::.,i:
- l.l5 1
. :,.':?lbnarv SvmDO
:
-
11.45
SetYal
r:::.:ir:r:rrt:t:itPletarvs\jrltirsinm3
fN
a
Dr. Sisda.Setiiihadi).:. ..:..,:ti. .l:r,l
.,1'
Valuablc source ofMarine Naturalproduct. Di:: Sii rPiiiia'iito- rMsi:)'iljl:riillil:liiai:llll.:,
:
Prof. Dr. Hendlo Wahjono, dr., MSc.TropMed., DMM.,SpMK(K): The Role of Clinical Microbiology in Infectious Diseases Services and Antimicrobial StewardshiF
; . '. . :.' :r Plenary SyniDoiium 4 (Moderatcii: Di:' I1.15
i
Resource Center : The Foundations of Science and Bioeconomy
ProfDr. J.F. Imhoff: Marine Fungi replesent
. 10.45
r
:D
)osium l.l
Sr
Prof. Dr. Antonius Suwanto, MSc. : Pcluang Can Tantangan Produk Bioteknologi Modern Presentasi POSTER (presentasi oral - 1 menit)
11.45
-
12.15
12.15
-
13.15
13.15
-
14.00
Pr-P30 POSTER di tempel Dada temDat yans discdiakan (08.00 * 16.00) Makan sians/ISHOMA imposium Parllel R. Poncowati A R. Poncowati B R- Arimhi R. Penanggungjrvb Penanggung jrvb Penanggung jrvb Srikandi Ruang : Dr. Endang Ruang : Dr. Wijanarka, Penanggurg Ruang : Sugiharto, j rvb Kusdiyantini, DEA MSi SPt, MSc., PhD N{oderator: Prof. Dr. Moderator: Dr. ls Ruang : Dr. Siti X{oderator: Dr. Ir. Ilelianti Frans Gruber ljong, Nurjanah, MSi Agustian MSc
Moderator; Dr.
Delianis Pringgenies (A09) Zainul Muttaoin (Al0)
Baitha Palanggatan Maseadani (B03) Mieke Rochimi
V. Irene Meitiniarti
Laksmi
(co3) Oediiiono (Cl6)
Hartayanie Harsi Dewantad
Setiawati (805) Debi Arivo
(Al5)
Diskusi R. Poncowati B
R. Arirnbi
Diskusi 14.00
-
16.00
R, Poncowati A
Kusum Sudadi (C01) Diskusi
Puiawati
Qurrot Diskusi R.
Srikandi Moderator
l:
Dr. dr, I
Dewa Made Sukrama, MSi, SpMK Nunung Sulistyani
Moderator
1:
Moderator
Dr,
Debbie S Retnoningrum
Dra. Harmastini Sukiman,
Jeane
(c05) Prima Nanda Fauziah
Raden Roro fuka
(804) Alfi Taufik Fathurahman fB06)
Maryani (406)
Lilis Suryani (A07) Sri Darmawati (A08)
Suprih Wijayani (C06)
Lukas
Terry
Nur Hidayat (B I 1)
sukanro (814)
Kartika
Adi Mulyanto (C07) Ardho Rlramdani (C08)
l)
l:
Laksana
Norma Sainstika Pansestu (B26) Argianti Wah1,u Apsari (B08)
Retno Tri Astuti (Bl
I
Dr. Puspita Dea Nathania
Betty Natalie Fitriatin
Hillary (B02)
Hendrayana (A02)
Bodhi Dharma (A05)
Moderator
MAsr
(A0l)
Damayanti (A03) Rizki Dewi (A04)
l:
Harsojo (D05)
Donorvati
Supiana
ljokokusumo (C24) Heru Purwanta (C25)
Dian Nurcahyani Fidia Fibriana (D071
Nining Betawati Prihantini (Cl1) Dicky Adihayyu (C26)
Mahendra Danin
Joang
Yoghiapiscess
Coffee break
Moderator 2. Drs. Asuns Suorivadi. MSi Kristanti Parisihni (Ar 1) Dwi Hilda Putri (Al2) Suroto (A29) Retno lndarwati (A30) Nabila Ukthi (A3l) Triana Hertiani (A32)
Moderator 2. Dr. Hermin PS, MSi Kharis Amarantini
Moderator 2. Dr. Turini Y. MSc
Moderator 2, Dr, Harnina B, MSi
Achyar Achmad (Cl4)
Gabriella
(B l0)
Anindita
Suci Yulianingsih (B 28)
Haliatur Rahma (C15)
Sri Rejeki (D12)
Catur Riani (B30) Mulawarman (B3l)
Nurbailis (Cl7)
Rika Alviani (D30) Yulmira yanti (D31) Rita Khairani (D321
Maimunah Hindun Pulunean (C18)
Ahmad Wibisana (B32) Siswa Setyahadi @33)
Krisna P Candra (D33)
Alucia AA (A33)
Jumat, 9 Oktober 2015 Venue: Ruang Poncowati Hotel Patra Jasa
Poncowati Hotel Patra Jasa XVI
li 08.00
-
08.30
08.30
-
09.00
:
''.
.,.1, .i t,leilary Symposium I (Modemtoi: Drl,Nikiik Nurhateri ) Jimmy Hariantono, Ph.D. (Yakult Indonesia Persada): Immunity and Yakult
*t,,r,t::,,,,'' 09.00
-09.15
09.15
Prof.
lofLc
Dr.
Plenary SympoSium 2{Ma!#t0ii:Di.'NikiiikrNirrhi9iii )::","'r,:rl:i*:*at.i Suyanto Prarviroharsono : Fungi EndofitikHutan Mangrove Sebagai Sumber Senvawa
.tr:,
break
''l:1S 09.4s
)r. Budiasih Wahluntari : Enzymc Technology Development: From Laboratory
to lndustry
].1 09.45 -10.15 Dr, rer. Nat. Anto Budiharjo MBiotech. : Form Bench to The Market: Develomelt ofBacillus rmyloliquefaciens FZB42 As Biopesticide and Biofertilizer
10.15
-
10.45
lrof. Fedik A. Rantam, Ph.D: Hybrid of immunoglobulil (Fab
10.45
11.10
-
I l-45
Presentasi POSTER 2 (presentasi oral
-
13.30
\,1akan siang
11.10 11.45
Igcl)
antiDEN-I,2,3,4 to the
racclnepasive and diagnostic prototlpe development. ?rof. Dr. Indrawati Gandjar : Sejarah Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia
-
1
menit)
P31-P57
/ ISHON4A
R. Poncowati A
R. Poncowati B
Penanggung jrvb Ruang : Dr. Endang
R. ArimLri
R.
Pcnanggune lwb
Srikandi
Ruang:Dr. Wijanarka,
Penanggungjwb Ruang : Sugiharto, SPt,
Penanggung
Kusdiyaotini, DtsA lloderator: Dr. drg. Retno lndrarvati, MSi.
MSi
MSc., PhD
jwb
lloderator: Dr. lr.
Moderator: Dr. lr. Nur
Ruang : Dr. Siti
'l rismilah. MSi
Hidayat, MP
Nurjanah, MSi
Betty Emawati Dewi
Lia Vania Dewi (B l2) Agung Janika Sitasirvi
Dwi Agustiyani, Trizelia (C21) Trimurti Habazar
(823)
(c28)
Sidik Marsudi (B27)
Kusliariyah Tarman
Ryandini Inggrid Suryanti
(c33)
Suryono (D29)
13.30 -14.r 5
(Al7) Melliawati Poniman
(Al9) Marlina (A26) Diskusi
Diskusi
Diskusi
R. PoDcowati A
R. Poncolvati B
R, Arimbi
Moderator
l:
X{oderator: Betty Sri Laksmi
Dini
Diskus R.
Srikandi Dr.
Andriansjah
Moderator 1: Ir.
D*i
Kusuma Indriani, MP
Moderator 1: Sri Harjati Suhardi, PhD
Moderator
1:
Prof-
Nuraeni Eka Putri
Dhira Satwika (B 15)
Rully Adi Nugroho
(cl9)
(A 13)
(Bl6)
Ai Karwati (A l4)
Sri Pujiyanto
Luthfy Affan Nur
Shelly Agustina
l
rizelia (C20)
Elvira Yuli S (Dl1 Dyah
Fitri
(Bl7)
(Al6)
14.15
-
16.15
Ricky Mandala Putra
(Al8)
Dwi Sunu Widlartini (Br8) xv
Yeni Liswarni (C23)
P. Maria
Hcny Wirianata (C09)
Hcndrati Anna Yuliana
Retno Yulianti (A21)
Febiana fuma Diputri
MMA Retno
Nunung
(Bl9)
Rosariastuti (Cl0)
Yulia
Ahmad Marasabessy
Agnes Triasih Agustin
(^22)
Rina Hidayati Pratiwi
(820)
(c13)
Nunik lna
Rosa Lelyana (A23)
Mardalisa (B2l )
Yulin Lestari (C27)
(Dl6
Ratnaningtya
Nur Endah
Wahyuningsi
Coffee broak
Moderator 2. Dr. Sri Pujianto, MSi
Moderator 2. Drs. Budi Raharjo MSi
Andani Eka Putra
Tania S. Utami (B22)
Sugiharto, SPt, MSc., PhD It Jamilah (C29)
Sulistiyani (425)
Nur Amalia Rosyada
Ni'inatuljannah Akhsan
Moderator 2.
(824) Mellysa Rahmita
Dyah Wulandari (B25)
(c30) Wilis
tui Set]'ati
(C32)
Moderator
,
Dr. Siti Hamina Ahadiyah A1u Umaiya (D22) Salt Putu Yuni Parr"ti (D23) Lindayani (D24)
(
A27\ Nur Khikmah (A28)
Wijanarka (807)
Alina Akhdiya (C34.)
Amelia Juwana
Isworo Rukmi (829)
Wignyanto (C35) Christiani (C36)
Hayati Suprapti Siti Nur Jannah
16. 15 - 16.30 16.30 - 17.00
Pengumuman Presenter terbaik Oral dan Poster Penutupan oleh Ketua PERMI terpilih hasil Konas
xv
t
I ,uar Biasa
Penemtan Ilmiah Tahuna n Perhimputun Mikrobiologi Indonesia Semarang, 8-9 Ohober 20 1 5
DetectionofparC Geneofsalmonella spby{ New primer pair Deteksi Gen parC pada Isolat onella sp dengan Menggunakan pasangan ^9alzr
Primer Baru
Charis Amarantini*, Dhira Satwika Faculty of Biotechnolo$/, Duta Wacana Christian University Jalan dr. Wahidinsudirohusodo 5-19, yogyakarta 55224, Indoncsia
[email protected];
[email protected]
Abstrak:
Recent reports revealed the importance of QRDR region as molecular marker for separaling sensitive and resistant strains belonging to SalmonellaTyphi, which is better compared to commonly used marker, e.g
165 iDNA Compared to olh€r genes coding for that region as well as for 165 rDNA, gene coding for parL shows as the most consistent and reliable marker for separating member of Silmonella and'other Enterobacteriaceae. It is the objective ofthis report to present a newly designed primer pair covering palc derived from consewed region ofthis gene. Nucleotide sequences retrieved from GenBink and fiomlocat Salnonella isolates were used as materials. A conplete alignments were done by means of Clustalx. and then continued with realignment by using MECA6, and continued by analysis using CeneDoc. The most conserved regions were pick€d, and being use to desiga a primer pair covering the area. The resulting pCR product employing the new primer were then sequenced and analyzed to build a phylogenetic tree. it tum out the new primer pair produce good sensitivity and high resolutionfor sepatuLjng Salmonella sp,
Kata
I
kunci:
Salmonellasp, parC, primer pair, sequencing, phylogenetic tree
makanan dan air yang terkontaminasi (I{othai et a!. 2008). Penemuan penanda berbasis sekuen DNA yang
PENDAI{ULUAN
spesihk dimitiki isolate Salmonella Typhi
asal
Anggota Sqlmonella dikenal jumlahnya sargat Indonesia penting diupayakan oleh sebab diversitas besar oleh sebab keragamamya yang sangat tinggi. genetik yang tinggi diantara anggota Salmonella. Berdasarkan serctipenya, anggota dari kelompok ini Langkah penting yang harus dilakukan adalah dikenat lebih dari 2.500. Dari ribuan lebih anggota mendapatkan strain indigenusS. Tlphi di Indonesia. Salmonella tersebut, terbagi menjadi lima spesies Penggunaan penanda gen gyrB dan QRDR yaitu: Salmonelb arizonae (type strain: A'ICC terbukti mampu meningkatkan resolusi taksonomi 13314); Salmonella choleraesuis cotig. (We
strain..
ATCC 133l2),Salnonella enteritidis(We strain: ATCC 13076),Salmonella typhi(type strain: ATCC |9431)Salmonella typhimurium (type strain ATCC 13311) (Skerman et al., 1980). Kemudian, ditemukan satu spesies baru, yaitu Salmonella subterranea (Shelobolina et al. 2004xshelobolina
al-,2004).
e/
anggota Salmonella, Gen gyrB potensial untuk
digunakan sebagai penanda keragaman genetic intra spesies pada strain-stmin anggotaSalmonella Typhi. Resolusi taksonomi yang dihasilkan lebih tinggi dibandingkan dengan menggunakan penanda gen 165 IRNA, ditandai dengan terbentuknya clade yang lebih banyak dan bewariasi (AmarantinidanSatwika" 2014). Resolusi taksonomi yang lebih tinggi diketahui diperoleh dengan menggunakan empat gen penanda pada wilayah QRDR (yaitu g)rA, g)rB,
Salmonella enterica stbsp. enteicq serctipe 'fyphi (Salmonella Typhi) merupakan satu-satunya dari anggota spesies Salmonella yang bersifat parC, du parE) dengan urutan resolusi taksonomi patogen, menjadi penyebab demam tifoid.
Manusia
tertinggi secara berturut{urut berdasarkan topologi
merupakan satu-satunya hospes bagi .9. Typhi. struktur filogenetik dan nilai similaritasada pada gen Demam tifoid ditularkan secara fecal-oral melalui pat{, grB, parE, dangtrA (Amarantini dan
t95
Satwikab, 2014). Berdasarkan analisis taksonomi polifasik, diternukan bahrva gen palC berpotensi untuk dikembangkan schagai penanda molekuler (primer). Analisis strukur fi logenetik berdasarkan
sesuai dengan protokol yang tercantum dalam Drean TaqrM Green PCR Mastermix (#K1081
yang
200rxns Fermentas).Alat yang digunakan adalah peqSTAR 2X Gradient Th€rmocycl€. Amplikon yang diperoleh (4l2bp)dapat diketahui berdasarkan
bootstrap volre (1000 replikat)
kenampakan pita tunggal padz 3Yo gel elektroforesis
sebesar 99 dan l0O (Amflrcntini dan Satwikab,20l4: Amarantini dan Satwika, 1015).
dan divisualisasi menggunakan Major Science Wtra slumiflator.DNA produk PCR dimumikan dengan QlAquick gel extmction kit sesuai dengan
genparC menghasilkan konsistensi yang paling baik
di ,- 1i
TgACCgAgTTCgCTTAACAg 3') (Ling et al.2003)
antara ge\
ditunjukkan
dai
glrA, gtrB,
dar.
parE
Berdasarkan pen€muan tersebut dilakukan pengembangan m€tode identifikasi molekuler
petunjuk dari Qiagen, kemudian dilakukan reaksi sekuensing. Sekuensing dilakukan menggunakan
melalui perakitan primer Qttimer designing) berbasis informasi genetic gen potC da1, isolate indigenus
jasa sekuensing di Macrogen, Korea-
Indonesia yang mampu membedakan berbagai anggota Salmonella. Penanda molekuler yang
2.4
diperoleh diharapkan bersifat spesifik dan sensitive sehingga dapat digunakan sebagai mark aidentifikasi Salmonel I a, bermanfaat untuk membedakan anggota
salmonellae dengan mikroorganisme
lain
yang
2007), MEGA5(Tarnura et a\.,2011) dan Cene Doc (www.psc.edr:./biomed/genedoc) dan dilanjutkan
2 BAHAN DAN I\IETODE 2.1 KulturBakteri Empat isolate indigenus S.
dengan BLAST pada website NCBI untuk
menentukan urutan konsensus. Urutan consensus
yang merupakan conset-ved area
Tlphi yang diperoleh
dari hasil penelitian sebelumnya yaitu BPE 122.4 CCA R*, BPE I27.I MC R*, BPE 122.I CCA., dAN RSK 5.1 SSA' digunalan dalam penelitian ini.
(Arnarantini et al. 2009; Amarantini et ql. 2011: Amarantini et al. 2OI2; Amarantini dan Budiarso 2013; Amarantini dan Satwika, 2014). Sebagai control positif digunakanS. Typhi NCTC 786 (PT. Biofarma), S. Tlphi straiu O (BLK Yogyakarta).
baru dilakukan pembuatau produk PCR dan analisis
kemampuan primer dalam mendeteksi anggota Salmonella dengan menggunakan program
BLASTN 2.2.3. Tingkat separasi dan
menggunakanmetodephenol-
alcohol (Sambrooke/
al.
1989).Proses isolasi dike{akan sesuai dengan petunjuk yang tercantum dalam manual kit tersebut.
Hasil berupa DNA mumi diketahui berdasa*an kenampakan pita tunggal di atas 12 kb pada gel elel(roforesis.
PCR danSekucnsing GenparC
DNA bakteri dan kontrol diamplifikasi
menggunakan prinrer ATgAgCgATATggCAgAgCg
dengan 5' pa€R" 5'
(parCF,
3' dan
kemampuan
gen target dalam mengelompokkan anggota Solmonella dianalisis berdasarkan struktur filogenetik yang terbentuk menggunakan MECA5 (Tamura et a1.,2011).
Isolasi DNA
DNA diisolasi
dianalisis
menggunakan Clone Manager untuk menentukan susunan primer baru. Dengan menggunakan primer
2.5
chloroform-isoamyl
2.3
Penentuan primer baru untuk deteksi molekuler Salmonella melalui ra silico study menggunakan hasil sekuensing gen patC asal isolate endigenus
Indonesia. Sekuen gen target yang diperoleh dianalisis menggunakan Custalx2 (I-arkin et al.,
berkerabat dekat.
2.2
Desain Primer Baru Genp4rc
UjiSelektifitas Primer Baru Gen
p4rc
Untuk mengetahui spesifisitas dari primer yang diperoleh dilakuhan reaksi PCR terhadap isolate uji baik untuk isolat yang digunakan sebagai control
positif maupun control negatif. Reaki
PCR
dilakukan menggunakan reagenDreamTaqrM G.een PCR Master Mix dengan total volume 50pl mengandung 251t1 of 2x DreamTaqrM Green PCR Master Mix, I pl of I pM stok primer dan 1 pl of lemplate DNA, Reaksi dilaLrkan sebanyak 4O siLlus dengan kondisi pre-denaturasi pada suhu 92"C selama 10 menit, denaturasi pada suhu 94'C selama I menit, annealing pada suhu 54-64"C for 1 menit, dan ekstensi pada suhu 72'C selama lm€nit, dengan final extension pada suhu 72'C selama l0 menit
195
llnlidh Tahunan Perhimpunan Mikrobiologi Indonesia Scnwrang, 8-9 Oktober 2015
Pertemuan
(Ilebearel a/. 1997; Bebcaret al. 7998; Bebearet al.
1999;
Bebearet
Sebanyak
al.
5 pl dad
2000; Menget
al.
2014).
setiap produk PCR kemudian
dilakukan elektroforesis menggunakan 2o/o gel agarose cat Sybr@ Safe DNA. Berat molekul amplikon diketahui berdasarkan marka 1 kb DNA
iotlgfoup. Hal ini mcnjadi indikasi jika primer yang
digunakan mampu mengidentifikasi memisahkan strain-strain Sqlnonella sp
dan
dengan
baik.
3.2.
Uji in vitro pasangan primer baru
ladder. Suhu annealing divariasi sampai diperoleh
Amplifikasi gen patC menggunakan primer in itro dilakukan dan hasilnya
amplikon tunggal.
baru secara
ditunjukkan pada Gambar 2 di bawah.
3
HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1. Uji in silico primer baruasal strain
Salmonella indigenus DNA dari berbagai isolatSa/monella sp yang digunakan dalarn penelitian digunakan untuk menguji similaritas nukleotida dan menentukan consen'ed area (Gambar 1).
lll.t XIH:r
Gaqtbarl. Consened area gen patc Salmonella sp hasrl
alignment menggunakan M€ga6
dan
divisualisasikan menggunakan GeneDoc; wama hitam menunjukkan semakin tinggi tingkat similaritas
Berdasarkan corsened area tersebut, pasangan
primer baru yang mengamplifikasi daerah itu dirancang dengan menggunakan soltb4,are terterrtru. Pammeter-parameter yang perlu diperhatikan selama pcmbuatan primer antara lain adalah primer spesifik, hanya menenpel pada satu fragmen spesifik, dan
tidak member mispli i
g product. Dari
hasii
tersebut, dihasilkan pasangan primer baru yang
diberi nama parChF dan parChR (data tidak ditunjukkan).
Selanjutnya dilakukan studi iz si,/ico untuk menguji spesifitas amplikon yang dihasilkan untuk mengidentifikasi Salmonella sp atau organisme lain yang a
yang dihasilkan memberihasil Salmonella Tlphi dapat dipisahkan menjadi 2 (dua) clade (data tidak ditunjukkan), sedangkan ,E. coli terdeteksi sebaga
Gambar 2.
Amplikonpdrc nenggunakan p.imer batuyang menunjukkan amplikon sebesar 315 bp seperti yang diharapkan.
Seperti yang terlihat pada gambar terscbut, primer baru yang dihasilkan dapat mcngamplifikasi gen targ€t sesuai harapan, baik pada strain r€sisten (122.4R) maupun sensitif (122.1 CCAS) quinolon, dan juga tJpe strains.'l:lfttt NCTC 786. Terlihat amplikon pada organisme non target, yait:u E. coli ATCC 25922 yang digunakan sebagai kontrol negatif. Namun dapat dilihat bahwa spesifitas primer
dapat ditingkatkan dengan mengubah
suhu
anncaling. yritu pada suhu 60-62'C. Berdasar hal tersebut. dapat dinyatakan bahwa pasangan primer baru secam spesifik mengamplifikasi gen target parC pada Salmonella sp, dan membcdakannya dengan species lain yang berkerabat dekat seperd e coli-
4
KESII\IPULAN
Primer baru asal isolate indigenus Salmonella terbukti spesifik untuk anggota Salmonella. Pada slhl annealing di atas 58'C, spesifisitas zovel primer tersebut teruji pada organisme non target. Hasil penelitian ini perlu dilanjutkan sampai pada
t97
! I
tahap sekuensing untuk mengkaji
konsistensi
struktur filogenetik yang dihasilkan.
5
Amarantini C., Satwika D. (2014b). Phylogenetic relationship ofsalmonellae based on gyrA and gyrB genes "Proceeding 7th [t erualional
Seminar Indoresian Societ! llicrobiologt", Padang, West
UCAPAN TERIMA KASIH
.for
Sumatora.
October, l6-17.
Penelitian ini didanai dari Hibah Fundamental Kemenristekdikti tahun 2015 dengan nomor kontrak
Amarantini C., Satwika D.(201s).Molecular phylogeny of salmonellae: relationships among Sa.lmonella spesies determined fiom
009/I1B-LITlllV20l5. Penulis
gyrA, gyrB, parC, and
mengucapkan terimakasih atas terlaksananya kegiatan penelitian
ini.
genes.Mic ro b io lo g)) Indones ia,
parE
(l),1 -8.
9
Bdbdar C.M., Bove J.M., Bebear C., Renaudin J.
(1997). Characterization 6. REFERENSI
DAN SITASI
Tutik R, Atmanto T, Nurohman S
Chemother, 4l , 269-273
and grouping of Salmonella t-yp&i strains in the Southwest Sumba Regency East Nusa Tenggara based on phenotypic characteristics. J Biol Res,14,19l-196.
Asmara
L., Kushadiwijaya
W. (2011).
charact€rization
of
Sa
Identificalion
lmonella
rlpri
A
in
topoisomerase
IV
A.
(1998).
timicrobAgents Chenother, 42, 2304-231
B€b€ar
M.,
Renaudin
J.,
L
ChanonA.
(1999). Mutations in the gyrA, parC, anci parE genes associated rvith fl uoroquinolone resistance in
clinical isolates A
of
Mycoplasma hominis.
ntimicro bAge nt C h emo t her, 43
:9 54 -9
56.
Bdbear C.M., Grau O., CharronA., Renaudin H., Gruson D., B€b€arC. (2000). Cloning and nucleotide sequence of the DNA g)Tase (gyrA) gene from Mycoplasma hominis and
characterization of qdinolon€-resistant mutants selected in vitro with trovafloxacin.
H.,
Antimicrob Agent Chemother, 41:2719 -2727
and
isolates
.
and DNA gyrase in quinolone-resistant mutants of Mycoplasma hominis obtained in vitro. Alterations
and Sciences", Government State University, Yogyakarta, May 16.
Amarantini C., Sembiring L., Kushadiwijaya H., Asmara W. (2009). Isolation, characte zation
Mycoplasma
Bib€ar C.M., Renaudin H., Chanon
(eds)
Research, education, and application of Mathematics and Science "Proceeding of Notional Seminqr on Faculty of Malhetnatics
in
resislance to Antinicrobal Agent
fluoroquinolones. Amarantini C., Sembiring L., Kushadiwijaya H., Asmara W. (2009). Selection of Samonella tlphi bacteria from the blood culture of typhoid patients. ln: Wijaya A, Darmawan D,
Amarantini C., Sembiring
of
hominis mutations involved
.
Meng D.Y., Sun C.J., Yu J.B., Ma J., Xue, W.C.
fiom Southwest Sumba District East Nusa
2014. Molecular mechanism of
Tenggara based
fluoroquinolones resistance
sequences.
on 165 rRNA
Brbdiveffitas, 12,
gene
Amarantini C.,Budiarso T.Y. (2012). Molecular Phylogenetics Classification of Indig€nous
phi Sljains in Southwest Sumba District, East Nusa Tenggar4 Indonesia
Salmonella t
"Proceedings the 5th Inlernalional Seminar
of
Indonesian Society for Microbiology Resources: Diversity qnd Global Impact" Sam Ratulangi University, Manado, September 20-22.
Amarantid C., Budiarso
T.Y. (2013).
165
rDNATyping of .9alzrozellcTyphi Strains from Differant Geographical I-ocations in Sumba
Island East Nusa Tenggara
Microbiology Indones ia, 7(l),
Amarantini C.,
17
Indonesja. -23.
Satwika D.
(2O14a).
AnalisisTaksonomilsolatSa lmone I laT yphiBer dasarurutan Gen gyrB"Prosiding Seminar
NasionalMikrobiologi", Jwi24.9'7
8-9'7
UKSW,
in
Mycoplasma
honinbclinical isolates. B razi lian Micro bio I o gt, 4 5(l), 239 -242.
l-6.
Jou
rnal
of
KothariA., Pruthi A., Chugh T.D.(2008). The burden of enteric fever. Journal of Infectionin Developing Counties ,2(4), 253-259
-
Ling J.M., Chan E.W., Lam A.W., Cheng A.F. (2003). Mutations in Topoisomerase genes of fluoroquinolone-resistant Salmonellae in Hongkong. Antimicrobial Agents and C hernotherapy, 47 (l l), 356'7 -3 573 . Larkin M.A., Blackshields G., Brown N.P. (2007).
Clustal
W and Clustal X
version 2.0.
-29 48. Shelobotina E.S,, Suliltn SA, O'Nel] K,R. Nevin KX,, Ioriey D,R (2004). Isolaior! Clureterizatiog and Uft{}Redrcing Potedial of a Frctiltaiwly Anaoobig Acid-R€sidart Bacterium fiom law?I! NiHoardu$/D{onfaminaled Subs,rl}ce Sedirnent and B i o i nfo rm ati c s,
Salatiga,
23,
29 4'7
Dwription of Salmonella stien-anea +. Nov. l,pft E mi rcn A Iictohio 1., 7 Ar5), 2959-296 5.
9-l5062-l -2.
198
Pertewnn ll.mish Tahunan Perhimpanan Mihrobiologi Indotesia Saxarang, 8-9 Olader 2015
Vicki Mc.,Sn€ath P.H.A.(1980). Approved Lists of Bacte{ial Namos. Intemational Joumal of Systematic B aat erio log, 30,225 420. Sambrook I., Fritsch 8.F., Maniatis T. 0989). SkermanV.B"D.,
A Laboratory Manual, Cold Spring Harbour I-ab. CSH, New York. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Itumar S. (2011). MEGAS: molecular evolutionary genetics analysis using maximum Mole.culer Cloning.
likelihood, evolutionary distancg
and
maximum parsimony mcthods. MolBiolEwl. 28(10), 2731-2739
.
199
ffi
Diberikan Kepada
Dr. Charis Armarantinfr, M,Si atas partisipasinya sebagai
Pemakalah Sral dalam acara
P0plem[an llmian Ianunan 2015, Pennimlunan miIrobi0logi lnd0nG$ia
tffIt-Itr*T-l
r 1;Tl-:-l Holel Potlo Joso, Semorong 8-9 Oktober 2015
Wakil Ketua
,-
'lMGJsworo Rukmi, ,roc.r'r{lra. !,/F rlr!.J., a' Y' 4'6g..s
*'i:
M. Kes
