Programma SNOMED CT McKesson
Mirjam Baltus
– – – – – – – –
Introductie SNOMED CT Historie en organisatie Basisbegrippen Classificatie versus ontologie Normalisatie Mapping Postcoördinatie Afsluiting
Wat is SNOMED CT? SNOMED CT Introductie
• Systematized Nomenclature of Medicine – Clinical Terms • Doel: – Coderen, opzoeken en analyseren – Betekenis correct weergeven
• Praktijk
SNOMED CT distributie • Hoofdbestanden: – 3 tekstdocumenten
• Documentatie • Geen software
Structuur • Concepten, omschrijvingen en relaties • Georganiseerd in hiërarchieën SNOMED CT Concept
Procedure
… …
…
Clinical finding
…
Body structure
…
…
…
root concept
top level hiërarchieën
…
… …
1
Hiërarchieën • Een aantal top-level hiërarchieën: – Body structure – Clinical finding – Organism
• Speciale hiërarchieën
Samenvatting • SNOMED CT is een kennisbank – verzameling definities – onderlinge samenhang
• GEEN software
– Special concept – Linkage concept
Ontstaan SNOMED CT SNOMED CT Historie en organisatie
SNOMED CT naar IHTSDO
IHTSDO organisatie Governing Bodies
• International Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO) • Opgericht in 2007 • Gevestigd in Denemarken
General Assembly (GA)
Harmonisation Boards
User Input
Management Board (MB)
Member Forum (MF) Affiliate Forum (MF)
Standing Committees Content Committee
Quality Committee
Technical Committee
Implementation & Innovation
Working Groups
2
Verspreiding SNOMED CT
Member nations
IHTSDO
National Release Center
National Release Center
Lokale organisatie
National Release Nictiz Center
Lokale organisatie
Concept SNOMED CT Basisbegrippen
Concepten en omschrijvingen
Fully Specified Name
• Concepten – ConceptID – Concept Status
• Descriptions – DescriptionID – Description Type • Fully Specified Name • Preferred Term • Synonyms
3
ConceptID
Concepten en relaties • Relationships ConceptID1
– – – –
Relatietabel
Relationship Type
ConceptID2
RelationshipID twee ConceptIDs RelationshipType (specifiek) CharacteristicType (algemeen)
Soorten relaties • Defining relationships – zijn altijd waar – IS_A – attributen
• Qualifiying relationships • Historical relationships • Additional relationships
IS_A relaties
IS_A relaties
Clinical finding
Disease Drug-related disorder
Mental disorder due to drug
Alcoholic encephalopathy
ConceptID1
Relationship Type
ConceptID2
Korsakoff’s 69482004 psychosis
116680003 IS_A
Drug-induced 191483003 psychosis
Mental disorder
Drug-induced psychosis
Psychotic disorder
Organic mental disorder
Amnestic disorder
Korsakoff's psychosis
4
Attributen
Attribuut relaties
• Attributen om concept verder te definiëren Clinical finding
Substance
Drug-induced psychosis
Drug or medicament
Korsakoff's psychosis
Ingestible alcohol
• Per hiërarchie verschillende attributen
ConceptID1
Relationship Type
ConceptID2
Korsakoff’s psychosis
Causative agent
Ingestible alcohol
Drug-induced psychosis
Causative agent
Drug or medicament
Korsakoff’s psychosis
Finding site
Brain tissue structure
Poly-hiërarchie
Enkelvoudige hiërarchie
verrichting verrichting soort verrichting naar gebied schouder röntgenfoto verrichting schouder röntgenfoto
schouder oefening
elleboog injectie verrichting shoulder injectie
elleboog röntgenfoto
elleboog oefening
knie oefening verrichting knie röntgenfoto
knie oefening
elleboog injectie
knie verrichting
elleboog verrichting
injectie
knie injectie
röntgenfoto
oefening
schouder oefening
knie röntgenfoto
elleboog röntgenfoto
Meer over relaties • Groeperen van relaties
schouder verrichting
elleboog injectie
knie injectie
schouder röntgenfoto
elleboog oefening
shoulder injectie
knie oefening
Soorten relaties • Defining relationships – zijn altijd waar – IS_A – attributen
• Qualifying relationships • Historical relationships • Additional relationships
5
Soorten relaties • Defining relationships • Qualifying relationships – post-coördinatie • clinical course • severity
• Historical relationships • Additional relationships
Soorten relaties
Soorten relaties • Defining relationships • Qualifying relationships • Historical relationships – duplicates – moved concepts – outdated concepts
• Additional relationships
Structure, entire en part Heart structure
• • • •
Defining relationships Qualifying relationships Historical relationships Additional relationships – part_of
Heart part
Entire heart
Right ventricular structure Entire right ventricle
Views • Stated view – hoe modelleurs concepten beschrijven
• Inferred view
Samenvatting • alles is een concept in SNOMED CT • concepten hebben beschrijvingen • relaties verbinden concepten
– gegenereerd – standaard distributie
• Normalized view – voor het maken van vergelijkingen
6
Wat is een classificatie
SNOMED CT
• Gegevens ordenen – naar ziekte – naar verrichting
Classificatie vs. ontologie
• Timing: achteraf, zonder patiënt • Doel: – declaraties – statistieken
Classificatie vervolg • Volledig en wederzijds uitsluitend Dier
Not otherwise specified
Zoogdier
Not elsewhere classified
NOS en NEC • Not Otherwise Specified (NOS)
Myocardial infarction
• Gegevens invoeren – zo specifiek als gewenst
• Timing: waar de patiënt bij is • Doel: – medisch dossier
Kat Vis Overig
Verschil met ontologie
Acute myocardial infarction of unspecified site, episode of care unspecified
• NB: het begrip class/classify wordt ook binnen ontologie gebruikt
NOS en NEC • Not Elsewhere Classified (NEC)
Nail biting
Other and unspecified special symptoms or syndromes, not elsewhere classified
7
SNOMED CT
Conclusie • SNOMED CT geen vervanging • Zowel classificaties als ontologiëen nodig • Mapping nodig tussen beide
Normalisatie
Appels & peren
Appels & peren
fruit
1 appel
1 peer
2 vruchten
Concept
Concept 80891009
387713003
64915003
8
Wat is normalisatie?
Primitive of Fully Defined?
Het weergeven van een concept aan de hand van zijn primitieve componenten ontsteking +
appendicitis
waarom is dat nuttig?
locatie
Vergelijken van concepten Statistiek Equivalenten worden bekend
blinde darm
Primitive of Fully Defined?
Primitive of Fully Defined?
ontsteking +
appendicitis
kat
dier
locatie
blinde darm
Primitive of Fully Defined?
Primitive en Fully Defined kat
kat
primitive
dier +
appendicitis
fully defined
iets.....
9
Het probleem appendicitis
appendectomie
Normaliseren
long tumor excisie
procedure
+
locatie: appendix methode: wegsnijden
1 appendicitis 1 appendectomie 1 long tumor excisie
procedure met locatie
procedure met methode
locatie: appendix
methode: wegsnijden
appendix procedure
excisie
appendectomie
Overigens....
Het resultaat
SNOMED CT Concept
appendicitis
appendectomie
long tumor excisie
aandoening
procedure
procedure
Procedure
+
Procedure by site
1 appendicitis locatie: appendix 1 appendectomie morfologie: ontsteking 1 long tumor excisie
Procedure on body system
locatie: appendix methode: wegsnijden
locatie: long methode: wegsnijden morfologie: tumor
Procedure on digestive system
+
1 aandoening 2 procedures 2 appendix-gerelateerde concepten 2 concepten met methode excisie 2 concepten met morfologie
Surgical removal
Procedure by method
Surgical procedure
Removal
Operative procedure on digestive system
Procedure on digestive tract
Procedure on trunk
Procedure on abdomen
Operation on trunk
Operation on digestive tract
Procedure on digestive organ
Operation on abdominal region
Procedure on gastrointestinal tract
Operative procedure on digestive organ
Procedure on intestine
Abdominal cavity operation
Operation on gastrointestinal tract
Operation on intestine
Lower gastrointestinal procedure
Procedure on large intestine
Excision of intestinal structure
Operative procedure on large intestine
Procedure on appendix
Large intestine excision
Partial excision of large intestine
Operation on appendix
Procedure on organ
Excision
Trunk excision
Abdomen excision
appendectomy
Maar soms...
bevinding van huidgevoel
Nog een voorbeeld
ongevoeligheid
locatie: huid
ongevoeligheid van de huid
gebroken teen
10
Nog een voorbeeld
Notatie
aandoening
aandoening
lichaamsdeel: teen morfologie: breuk
lichaamsdeel: teen morfologie: breuk
aandoening met locatie
botaandoening
lichaamsdeel: teen
morfologie: breuk
teenaandoening
botbreuk
64572001 | disease | : { 363698007 | finding site | = 89534004 | bone structure of phalanx of foot | , 116676008 | associated morphology | = 72704001 | fracture | }
gebroken teen
Samenvatting
Oefening head ear structure structure laterality: left
• Normalisatie voor vergelijkingen • Terugleiden naar primitieve concepten • Eenvoudig alternatief voor redeneren
structure of left half of body ear structure laterality: left
linkeroor
Nog een oefening
associated morphology : inflammation associated morphology: consolidation finding site: lung structure
longontsteking
(pneumonia)
(left ear)
En de laatste
accidental event
death
dood door ongeval
(accidental death)
11
SNOMED-CT
Waarom postcoördinatie? Zoek op: Gebruik anti-hypertensiva na CVA
Postcoördinatie In SNOMED-CT:
CVA anti-hypertensieve therapie
Waarom postcoördinatie?
Wat is postcoördinatie? appendectomie
• Veel concepten komen (nog) niet voor in SNOMED
=
• Voorkomen van een combinatorische explosie • Hulpmiddel in de user interface • Toevoegen van context aan een concept
procedure methode
locatie
excisie
appendix
Hoe werkt postcoördinatie?
Hoe werkt postcoördinatie?
Concepten
Attributen
procedure clinical finding
body structure
procedure
physical object
evaluation procedure
specimen
event
pharmaceutical/biologic product
procedure site procedure morphology method using substance using energy has focus has intent recipient category revision status direct substance route of administration priority surgical approach access
anatomische locatie vorm en structuur gebruikte methode stof ter uitvoering van de methode energie ter uitvoering van de methode het doel van de procedure het soort intentie (bv. diagnostiek) persoon waarop de procedure is uitgevoerd eerste keer of herhaling stof waarop de procedure werkt toedieningsweg (voor medicatie) prioriteit van de procedure toegangsweg (bij operatie) toegangsvorm (bv. percutaan)
12
Hoe werkt postcoördinatie?
Hoe werkt postcoördinatie? Voorbeeld
Types
“botfractuur van het dijbeen” procedure
action method toediening
botfractuur
finding site
dijbeen
excisie implantatie
Hoe werkt postcoördinatie? Voorbeeld
Context in postcoördinatie Voorbeeld
“Röntgenfoto van het middenvoetsbeentje ter onderbouwing van de diagnose „breuk‟” röntgenfoto
method procedure
procedure
temporele context
bypass
is verricht
persoonscontext
voet
procedure site
bevinding pijn middenvoetsbeentje
has focus
bij de broer context
Context in postcoördinatie Geen context
procedure met context
Notatie van postcoördinatie
Context
Verbijzondering
Extra informatie
Het nieuwe concept is een ‘afgeleide’ van het basisconcept
Het nieuwe concept is géén afgeleide
125605004|fracture of bone|: 363698007|finding site| = 71341001|femur| 71388002|procedure|: 260870009|priority|=25876001|emergency| {260686004|method|=129304002|excision - action|, 405813007|procedure site - Direct|=66754008|appendix structure|}
13
Voorbeeld
Voorbeeld
Linker knieschijf (patella)
patella
Alcoholintoxicatie, veroorzaakt door geestelijke nood
left laterality
64234005|bone structure of patella|:272741003|laterality|=7771000|left|
acute alcohol intoxication
due to
geestelijke nood
25702006|acute alcohol intoxication|:42752001|due to|=271596009|mental distress|
14
