1
POZNÁMKY K MANUÁLU PROGRAMU ALPHA Verse 7 Distributor ALPHA Software: AntiVir s.r.o.
Výrobce: Logical Medical Systems
Kostelní 9 170 00 Praha 7
29-30 Newbury Street London EC1 7HU
tel: 242 456 723 fax: 242 456 722 E-mail :
[email protected] Web : www.gennet.cz
0044 207 600 3193 0044 207 606 0506
[email protected] www.lmsalpha.co.uk
Úvod: Program Alpha (aplikační soubor ALPHAW) verse 7 a vyšší pro Windows umožňuje provádění screeningu Downova syndromu a dalších vrozených vad. • v I. trimestru (Kombinovaný test) • ve II. trimestru (Triple, Quadruple test) • jejich integraci (Integrovaný, Sekvenční, Kontingenční test) V ALPHĚ jsou nastaveny parametry těchto screeningových markerů: pro screening v I. trimestru (mezi 10. a 13 týdnem) • pregnancy associated plasma protein A (PAPP-A) • volná podjednotka beta choriového gonadotrophinu (FBhCG) • ultrazvuková nuchální translucence plodu (NT) • přítomnost/absence nosní kosti (NB) pro screening ve II. trimestru (mezi 14. a 22 týdnem) • alpha-fetoprotein (AFP) • nekonjugovaný oestriol (uE3) • totální lidský choriový gonadotrophin (T-hCG) nebo volná podjednotka beta choriového gonadotrophinu (FBhCG) • inhibin-A Výsledky z prvního a druhého trimestru je možno kombinovat do: • Integrovaného testu nebo jeho variant • Sekvenčního testu nebo Kontingenčního testu, při kterém je těhotným s nejvyšším rizikem v I. trimestru nabídnuto invazivní prenatální vyšetření a do druhého trimestru pokračuje jen určitá část těhotných.
2
ALPHA hodnotí výsledky screeningových markerů • klinických (věk a hmotnost těhotné, anamnestická data, okolnosti početí, délku gravidity, ultrazvukové parametry) které jsou uvedeny na žádance o screeningové vyšetření. • laboratorních výsledků hodnot biochemických markerů Výsledkem je výše souhrnného rizika: • Trizomie chromozomu č.21 (Downův syndrom) • Trizomie chromozomu č.18 (Edwardův syndrom) • Smith Lemli Opitz syndromu • Defektů neurální trubice (NTD) Algoritmy výpočtů rizik vycházejí s publikovaných údajů v recenzovaných časopisech a publikacích. Výchozí parametry k určení rizika a jejich publikované zdroje jsou v programu MLIBW (ALPHA MARKER LIBRARY), který je instalován do stejného direktoráře. Kompletní manuál v angličtině je v souboru ALPHAWMANUAL umístěném tamtéž. Výsledky jsou vydávány ve formě zprávy v tištěné i elektronické podobě. Konečný výsledek a jeho interpretaci potvrzuje klinický odpovědný pracovník. ALPHA je program pro centrální zpracování dat v screeningovém centru. Data jsou zpracována v pracovních souborech (Batch files) a po korekci a publikaci jsou uchována v centrální databázi programu. Výsledky uchované v centrální databázi ALPHY lze opakovaně publikovat a korigovat podle obecných zásad klinických informačních systémů.
3
Instalace a základní podmínky provozu: Hardwarový klíč (Dongle) Je nezbytnou součástí pro provoz ALPHY a chrání před neautorizovaným užitím. Paralelní dongle je nasazen na paralelní port počítače a neinterferuje s jinými podobnými zařízeními ani tiskárnami. USB dongle je nasazen na jakýkoliv USB port. Pokud je ALPHA užívána v síti není nutno, aby byl Dongle na serveru. Dongle musí být ale instalován na každé pracovní stanici. Všechny operace s donglem doporučujeme provánět při vypnutém počítači. Dongle registruje počet operací (to je výpočtů rizik), které uživatel s ALPHOU provedl. Maximální počet operací je nastaven při relicenci jako tzv. kredity, které se pří uskutečnění operace spotřebovávají (jejich počet se odečítá). Kredity jsou dvojího druhu: Kredity „A“, které jsou určeny pro výpočet rizika pouze v jednom (buď v prvním nebo druhém) trimestru. Kredity „B“, které jsou určeny ke kombinaci s kredity “A“ při výpočtu rizika při některém z typů testu kombinujícím výsledky z I+II. trimestru. Výpočet rizika u jedné pacientky pouze v jednom trimestru spotřebuje jeden kredit “A“. Výpočet rizika z testu v I. +II. trimestru spotřebuje jeden kredit A a jeden kredit B. Cena kreditu B je přibližně poloviční proti ceně kreditu A. Kredity jsou udělovány podle odhadovaného počtu vyšetření při relicenci minimálně jednou ročně. Pokud nejsou spotřebovány, převádějí se do dalšího roku.
4
Nová istalace nebo upgrade minulých verzí: Základní instalace je dodávána ne CD disku, který má označení šarže (Lot), pořadí a verze. ALPHA V7 je kontinuálně upgradována. Na webu jsou vystaveny soubory, kterými se upgrade provádí. Odkaz na novou verzi programu ALPHA Vám zašleme e-mailem. Při každé relicenci je provedena kontrola užívané verze, která by z forensních důvodů měla být nejnovější.
Postup instalace: Při instalaci / prvním upgrade otevřete nabídku START >Spustit a potvrdíte (OK) spuštění programu SETUP.EXE na CD mechanice označené dle nastavení Vašeho stroje.
5
Při zpuštění programu SETUP.EXE je nutno zadat Unlock Code, který Vám sdělíme jako obvykle telefonicky. Je možno si vybrat ze tří způsobů instalace: 1/ Upgrade z minulé verze (minimálně verze 6.0 a výše…) SETUP.EXE vyhledá všechny direktoráře ALPHY, které lze upgradovat a provede operaci na požadovaném direktoráři. 2/ Instalace ALPHY u nového uživatele nebo do nového direktoráře. 3/ Instalace pouze některých komponent na určitou pracovní stanici při provozování ALPHY v síti (hlavní direktorář ALPHY je na serveru).
6
Při instalaci nové ALPHY je možno vybrat nebo změnit direktorář. Standardně je nabídnuto umístění na C:\Program Files\ALPHA
Při pátrání po stávajících direktorářích s ALPHOU starší verse (minimálně však verze 6.0.) je možno omezit rozsah pátrání.
Úspěšné ukončení zvolené procedury programu SETUP.EXE je oznámeno následujícím způsobem.
7
Praktické poznámky k Upgrade/ Instalaci: 1/ Pokud je ALPHA umístěna na serveru, přemístěte celý direktorář na jednu stanici s donglem. Upgrade proběhne rychleji a po ní je možno celý direktorář přemístit zpět na server. Na každou stanici v síti se potom instalují pouze nutné komponenty. 2/ Ignorujte eventuelní chybová hlášení. Někdy se při instalaci nevytvoří ikony na ploše. To se potom musí provést manuálně jako standardní operace Windows „Odeslat zástupce na plochu“. Zpuštění ALPHY: Úvodní obrazovka s oknem pro zadání jména uživatele a hesla. Nastavené jméno uživatele (Username) = SYSALPHA Heslo (Password) =NETADMIN V levém dolním rohu jsou údaje o Versi programu a stavu licence.
Při prvním zpuštění nové verze ALPHY je nutné volat do sídla firmy v Londýně a ohlásit číslo, které se objeví na okně. Získáte dva kódy, které zadáte.
8
Funkční klávesy a tlačítka:
• Esc: ukončení akce v kterémkoli místě. Stejnou funkci má položka menu Close nebo Cancel. • Enter : potvrzení akce, většinou tutéž funkci má kliknutí na položku menu OK. V okně vkládání dat (data entry), Enter potvrzuje vklad a posouvá kurzor na další pole. • Tab: posouvá kurzor na další pole. Shift+ Tab posouvá kurzor zpět. • ↑↓ posouvá kurzor na další pole • PgDn, PgUp listuje mezi záznamy různých pacientek. • F1: otevírá Nápovědu (Help) podle oblastí (Contents) nebo hesel (Index)
9
Základní MENU je podobné jako v minulé verzi: Základní operace lze provádět použitím čtyř následujících položek:
MS Nabídka ručního vkládání nového pracovního souboru MS Nabídka automatického importu (Import data from) do určitého souboru (Import data to) OPEN: Seznam otevřených pracovních souborů - viz další obrázek.
Z obrazovky OPEN je možno volat 1/ jedním klikem na tlačítka v levé části a spodní čadě obrazovky nebo 2/ dvojklikem na položku v seznamu základní procedury ALPHY:
10
Otevřít pracovní soubor (Open file) nebo jen záznam určité pacientky, Extra vkládání, Print seznamu vložených dat, Mediány ve vybraném pracovním souboru, Testovací a Finální report. SEARCH Vyhledávání a correct /update výsledků v ALPHĚ nebo tlačítko Search v panelu nástrojů
Možnosti vyhledávání:
Global (vše – trvá dlouho) Batches (bez finálního reportu) Reports (jednotlivé zprávy)
11
Je možné zvolit časový interval hledání: Recent reports (posledních 13 týdnů) All reports (vše) Dated from (od –do)
po vyhledání výsledku je nad tabulkou ikona Correct and Update, kliknutím se zobrazí výsledky, kde je možno upravovat hodnoty
12
Vymazání reportu Použijte tlačítko Delete report series
zadejte vyhledávací kritéria
poté se zobrazí seznam zpráv odpovídající zadaným kritériím
13
vyberte zprávy, které budou smazány stiskněte tlačítko pro potvrzení odstranění
14
Tabulace a regrese regrese je možné provést pomocí tlačítka na panelu nástrojů, není již nutné okno zavírat
15
Test report a final report Testovací a finální reporty jsou nyní pod jedním tlačítkem. Pokud potřebujete znovu provést testovací report, vyberte tlačítko test report ze seznamu na liště.
Další funkce programu se otevírají z horního menu.
Vkládání dat: Konfiguraci okna pro manuální vkládání dat vyvoláte z menu SYSTEM->Screens and formats->Materna serum->Screen design. Položky z česko - anglické nabídky v levé části obrazovky se přidávají do levého či pravého sloupce finální obrazovky (Add left, right). Obrazovku je možno přehlédnout (Preview). Výběr je potvrzen (Save ) a ukončen (Close).
16
Obrazovka pro ruční vkládání dat nakonfigurovaná pro Integrovaný test ale tak aby byl zároveň zachován dosavadní způsob zadávání dat pouze ve II. trimestru. Je možno provádět i sekvenční test a do jedné obrazovky zadat i Free beta hCG v I. trimestru a totální hCG ve II. trimestru.
17
Mezi poli se pohybujeme pomocí ENTER, šipek nebo mezerníkem. Adresu zprávy a Sonografistu vybíráme ze seznamu tak, že zadáme část jejich příjmení nebo kodu do daného pole. Program vyhledá a nabídne v seznamu kandidáty pomocí aktuálně vloženého řetězce. Tlačítka na pravém okraji spouští editační procedury pracovního souboru: Vlož nový záznam (Insert), Vymaž nebo Přesuň záznam nebo celý soubor (Delete), Orientační přehled výsledku (Preview), Hledej podle toho, na kterém poli je kurzor (Search) nebo Přejmenuj celý pracovní soubor (Rename). Editaci nutno Uzavřít a Potvrdit (Close +Save) Po potvrzení editace se vrátíme do seznamu otevřených pracovních souborů a provedeme Testovací a Finální report Na stavovém řádku je možno sledovat gestační stáří při odběru v prvním a druhém trimestru (GA1, GA2) a nyní (GA now) a termín (EDD).
Vkládání dat při integrovaném testu: Při integrovaném testu jsou dva biochemické odběry a jeden ultrazvuk. Je možno 1/ vkládat do jednoho pracovního souboru v první fázi jen ID pacientky a PAPP-A a v okamžiku získání dat z II.trimestru vyhledat pacientku v pracovním souboru pomocí funkce SEARCH, doplnit data výsledky ultrazvukového vyšetření z žádanky a výsledky biochemického vyšetření z LISu, přesunout tuto pacientku pomocí funkce DELETE do jiného souboru a po kompletaci všech výsledků tento soubor zpracovat. ALPHA má funkci File-> Integrated test list, která vytvoří seznam záznamů připravených k reportu a Check integrated test ready to report, která tyto záznamy automaticky převede do nového pracovního souboru.
18
2/ Druhou možností je shromaždovat data z I. a II. trimestru v LISu a transferovat je společně. Při integrovaném testu se rozlišuje datum prvního a druhého odběru. Pokud používáte jednu instalaci ALPHY pro Integrovaný test a Triple test zároveň, je datum triple testu datem prvního odběru. Obrazovka Integrovaného testu musí obsahovat pole „Integrovaný test“. Pokud je měřena NT jer také nutno zadat ID sonografisty.
Vkládání dat při sekvenčním testu: Nastavit práh pozitivity v I. fázi sekvenčního testu mezi 1/10-1/60
Nastavte obrazovku na všechny markery kombinovaného testu i triple testu. Do pole „Integrovaný test“ se vyplňujte 2-Sequential a po zadání všech hodnot proveďte Testovací report. Pozitivní výsledky uložte do zvláštního pracovního souboru a proveďte Final Report. Negativní výsledky zůstanou v pracovním souboru a jsou doplněny daty triple testu.
19
Typy na usnadnění vkládání dat, které lze nastavit v SYSTEM ->Preference. 1/ Data entry – zde se nastaví CAPS a NUM lock a pohyb kurzoru.
20
2/ Default values – nastavení pravděpodobných údajů ( CRL, počet plodů atd)
3/ Import dat z Laboratorního systému. V SYSTEM->Screens and formats->Materna serum->Import data otevřete standardní obrazovku výběru polí k importu. Je také možno vybrat formát (fixed length, comma seprated). Pokud není jasný formát, doporučuji nastavit identický automatický export (Export data) a srovnat oba (export a import) formáty.
21
Konfigurace ALPHY pro I. trimestr + Integrovaný test Při skríningu v I.trimestru a integrovaném testu jsou používána nová pole (Datum UZ, UZ přístroj, Počet plodů, UZ parametr, Sonografista, NT, PAPP-A, FβhCG , nosní kost atd.) a ALPHU je nutno nakonfigurovat. Hodnota nejvýznamnějšího nového skríningového markeru - Nuchální translucence (NT) se vyjadřuje v násobcích medianu (MoM) pro naměřenou CRL (ultrazvuková vzdálenost temeno-kostrč). Tento rozměr též určuje gestační stáří a užívá se pro stanovení mediánů biochemických markerů v I. (ale i II) trimestru. Pro regresi CRL/ gestační stáří doporučuji použít kvadratickou regresi dle Robinsona. Nastavení regrese CRL/ gestační stáří provedete v systémové položce System>Coefficients. Tam zvolíte Ultrasound machine 1 a prostřední z nabízených možností regrese (Quadratic nebo Cubic). Koeficienty A,B,C,D vložíte jak patrno z následující tabulky a potvrdíte datum vložení (Starting date). Zadání a výsledky (Evaluate coefficients) jsou v následujících tabulkách: Quadratic:
¦GA(days) = A + B*x(mm) + C*x*x ¦Cubic
: GA(days) = A + B*x(mm) + C*x*x + D*x*x*x
¦A=
38,0381000
¦B=
1,1585700
¦C=
-0,0052400
Cubic:
¦GA(days) = A + B*x(mm) + C*x*x + D*x*x*x ¦A=
38,59628
¦B=
1,307924
¦C=
-0,0111987
¦D=
0,0000517
22
Tomu odpovídá dle quadratické (kubické) regrese: Crown-rump length (mm)
Gestation(days)
(weeks+days)
40
76
10+5 (6)
50
83
11+5
60
89
12+4 (3)
70
93
13+2
80
97
13+6 (14+0)
Spíše pro kontrolu je možno nastavit i kubickou regresi pro výpočet gestačního stáří z Biparietálního diametru (BPD) dle Hadlocka. Nastavení regrese BPD/ gestační stáří provedete v systémové položce System->Coefficients Biparietal diameter. Tam opět zvolíte Ultrasound machine 1 a poslední z nabízených možností regrese (Cubic). Koeficienty A,B,C,D vložíte jak patrno z následující tabulky a potvrdíte datum vložení (Starting date). Pro nastavení této regrese je ještě nutné stanovit podmínky měření v systémové položce System->Parameters -> BBD correction factors. Zde zvolte poslední možnost: (>1540 m/s outer-inner (1.00)), pokud u Vás sonografisté měří BPD mezi vnějším a vnitřním okrajem kalvy. Pokud měří BPD po „německu“ mezi zevními okraji volte položku první (1600 m/s outer-outer (0.93)) Zadání a výsledky (Evaluate coefficients) jsou v následujících tabulkách:
BPD/GA (machine 1 ¦ GA(days) = A + B*x(mm) + C*x*x + D*x*x*x ¦A=
48,2678000
¦B=
1,8441500
¦C=
0,0000000
¦D=
0,0000614
23
Biparietal diameter (mm)
Gestation(days)
(weeks+days)
10
67
9+4
15
76
10+6
20
86
12+2
25
95
13+4
30
105
15+0
35
115
16+3
40
126
18+0
45
137
19+4
50
148
21+1
Pro všechny sonografisty, kteří se účastní skríningu v I. trimestru by měla platit stejná metodika měření CRL a Nuchální translucence (NT) dle Nicolaidese. Laboratoř provádějící stanovení PAPP-A a FB hCG bude používat pro výpočet hodnot v MoM údaje od více sonografistů. To jsou další důvody pro sjednocení přepočtu CRL/gestační stáří a proto je možno používat v ALFĚ data jediného (virtuálního) ultrazvukového přístroje (UZ pracoviště) i když ALPHA umožňuje nastavení různých regresí až pro 10 přístrojů. Do pole UZ pracoviště tedy vždy vkládejte pouze kód = 1. UZ parametr: Nejpravděpodobněji budete vkládat kód = 2 (CRL). Hodnota 1. plod, 2. plod: vložte hodnoty UZ parametrů (2. plod = u dvojčat)
24
Sonografista: Databáze sonografistů se otevírá stiskem nové položky Sonographer codes v Doctors hlavního menu. Databáze sonografistů se ošetřuje jako ostatní databáze v Doctors.
NT: Hodnotu NT v milimetrech ALPHA převádí na hodnotu v MoM dle CRL. Každý sonografista by měl mít individuální regresi NT/CRL. Zpočátku doporučuji nastavit regresi NT /CRL nespecificky podle anglické studie Snijdersové et al. (1998) v položce systemového menu System -> Coefficients->NT &CRL (overall) . Zadejte koeficienty regresních rovnic a zkontrolujte výsledek podle následujícího příkladu. Povšimněte si, že Sonographer není specifikován.
NT/CRL ¦ Median NT = A * B**CRL(mm) ¦ Sonographer : ¦A=
0,9586309
¦B=
1,0082240
25
Crown-rump length (mm)
Median NT
45
1.39
50
1.44
55
1.50
60
1.57
65
1.63
70
1.70
75
1.77
80
1.85
85
1.92
III. Nastavení regrese PAPP-A ( a FBhCG) Zde vzor regrese mediánů PAPP-A + FBhCG. Laboratorní a kontrolní kod jsou potřebné pouze pro uživatele programu OSG.
Regresní rovnice korekce hodnot markerů v MoM na hmotnost těhotné: A*B**(hmotnost v kg) PAPP-A:
A= 2.7380850 B= 0,9845068
Fβ hCG :
A=1,9946930 B=0,9897930
26
Statistika: Po provedené tabulaci a regresi je možno regresní koeficienty přímo vkládat tlačítkem Add coefficients.
Příslušná skupina se označí a nové koeficienty se vloží (Add)
27
Formát paketované zprávy Při této formě exportu je zpráva rozdělena do součástí. Každá součást má unikátní kód začínající symbolem $. Po něm následuje označení části zprávy a výsledek, pokud ho určitá část zprávy obsahuje Na příkladu níže jsou tři položky paketované zprávy a jejich kódy: Kod $N $005 $010 $190
Označení
Výsledek
SCREENING DOWNOVA SYNDROMU A NTD Toto je korigovaná verze zprávy ze dne : MS-AFP
Datum zprávy Hodnota analytu
Každá položka zprávy je charakterizovaná jednak • Úvodním kódem ($N) a jednak třemi číselnými kódy oddělenými čárkou • n1 (počet řádků označení, které je limitováno z obou stran otazníkem (?) • n2 (počet řádků výsledku, který je limitován lomítkem (/) • n3 (celkový počet řádků dané položky zprávy) Formát označení položky je tedy $N,n1,n2,n3 Příklad exportu položky č.190 (MSAFP) paketované zprávy : $N, n1,n2,n3 $190,01,01,02 ?MS-AFP level? /23 iu/mL ; 0.92 MoM/ Znamená položka č. 190 jeden řádek označení ( n1=01), jeden řádek výsledku (n2=01), dohromady 2 řádky (n3=02)
