LMB Verze č.: 6

Veškeré výtisky dokumentu neopatřené podpisy jsou považovány pouze za informativní a jsou určeny pouze pro potřeby daného pracovníka. Za aktuálnost a likvidaci informativních výtisků odpovídá pracovník, který kopii vytiskl.

Laboratorní příručka Laboratoř lékařské genetiky - úsek molekulární biologie

Vypracoval:

RNDr. Richterová Radmila Mgr. Tavandzis Spiros Ing. Cibulková Petra Ing. Bóday Arpád Mgr. Augste Eva Mgr. Radka Sítková Mgr. Magdaléna Dvořáková Mgr. Pavla Vaníčková

Schválil: prof. MUDr. David Stejskal, PhD, MBA

Datum platnosti: 1.10.2014 Označení dokumentu: BLP01/LMB Verze č.: 6


Laboratorní příručka Laboratoře AGEL a.s. Laboratoř lékařské genetiky – úsek molekulární biologie

Strana: 2 Celkem stran: 57 Datum vydání: 1.10.2014

Obsah 1. Úvod 2. Politika kvality laboratoře 3. Identifikační údaje Laboratoře AGEL a.s. 4. Identifikační údaje laboratoře 5. Seznam akreditovaných vyšetření 6. Žádanky (požadavkové listy) 7. Označení vzorků 8. Ústní požadavky na vyšetření 9. Kritéria odmítnutí vzorků 10. Požadavky na odběr primárních vzorků 11. Příjem vzorků 12. Množství odebraných vzorků a jejich uchovávání 13. Zásady práce se vzorky 14. Odběrový materiál 15. Opakovaná a dodatečná vyšetření 16. Formy vydávání výsledků

3 3 4 4 5 5 5 5 6 6 7 7 8 8 8 8

17. Hlášení výsledků telefonicky

8

18. Tisk laboratorních výsledků 19. Způsoby tisku 20. Uvolňování a distribuce výsledků 21. Elektronická distribuce výsledkových zpráv 22. Výdej výsledků přijatých a označených jako STATIM 23. Výdej výsledku pacientovi 24. Hodnocení a vydávání výsledků 25. Změny výsledků a nálezů 26. Smluvní laboratoře 27. Systém kontroly kvality v laboratoři 28. Vyřizování stížností 29. Seznam vyšetření prováděných v laboratoři A) Hereditární trombofilie B) Onkohematologie C) Farmakogenetika D) Onkogenetika E) Geneticky podmíněné choroby F) Ostatní

8 9 9 9 9 9 10 10 10 11 11 11 11 19 22 24 35 44




1. Úvod Hlavním předmětem služeb společnosti Laboratoře AGEL a.s. v oblasti Klinických laboratoří, je provádění analýz biologického materiálu. Je to proces zahrnující preanalytickou, analytickou a postanalytickou fázi. Tento proces je zaměřený na účelnou diagnostiku klinického stavu pacientů v čase odpovídajícím klinickým potřebám. Pracovníci Klinických laboratoří společnosti Laboratoře AGEL a.s. jsou vázáni mlčenlivostí a prospěch pacienta je pro ně vždy na prvním místě.

2. Politika kvality laboratoře Vedení a zaměstnanci klinických laboratoří se zavazují udržovat a zlepšovat systém kvality:  který odpovídá rozsahu činnosti laboratoří prováděných v souladu s platnou legislativou a je v souladu s požadavky zákazníka  technickou způsobilostí, nestranností, věrohodností a dodržováním postupů dokumentovaných v Příručce kvality, která zavazuje vystupovat laboratoř, jako nezávislou Klinickou laboratoř pro provádění zkoušek  osobní angažovaností v laboratoři poskytovat služby na takové úrovni, aby nebyly porušeny zásady správné laboratorní praxe  prací v souladu se stanovenými postupy a veškerou pracovní činnost provádět se snahou maximálně uspokojit požadavky zákazníka za předpokladu, že nedojde k ohrožení zájmů společnosti porušením právních předpisů  poskytováním služeb v souladu s normou ČSN EN ISO 15 189 a ostatními externími dokumenty ZŘ spolu s MK udržují efektivní systém kvality, který je trvale zlepšován. ZŘ spolu Ř se zavazují zabezpečovat zdroje k plnění požadavků mezinárodní normy ČSN ISO 15 189.

Souhrnné cíle vytyčené pro realizaci politiky kvality  trvale zlepšovat kvalitu a rozsah služeb zákazníkům a ostatním zainteresovaným stranám  trvale zvyšovat odbornou způsobilost pracovníků




3. Identifikační údaje společnosti Laboratoře AGEL a.s. Firma

Laboratoře AGEL a.s.

adresa

Revoluční 2214/35, 741 01 Nový Jičín

hospodářsko-právní forma

akciová společnost (viz příloha 2)

Telefon

556 416 111

e-mail

[email protected]

Předseda představenstva

Ing. Luděk Cibulka, MBA

e-mail

[email protected]

IČO

166 28 373

číslo bankovního účtu

183070051/ 0300

web

laboratore.agel.cz

Společnost Laboratoře AGEL a.s. je součástí holdingu Agel a.s. Akreditovaný subjekt: Laboratoře AGEL a.s., Klinické laboratoře Vedoucí klinických Laboratoří

RNDr. Lenka Faldynová Kulíšková

Zástupce vedoucího klinických laboratoří

MUDr. Mgr. Ivo Kasperčík

e-mail

[email protected]

adresa

Revoluční 2214/35, 741 01 Nový Jičín

Manažer kvality

Marta Hýnarová Ing. Dagmar Mrocková marta.hynarova@ lag.agel.cz [email protected] Revoluční 2214/35, 741 01 Nový Jičín

e-mail Adresa

4. Identifikační údaje laboratoře Vedoucí laboratoře: RNDr. Radmila Richterová e-mail: [email protected] Zástupce vedoucího laboratoře: Mgr. Spiros Tavandzis e-mail: [email protected] Adresa pracoviště: Revoluční 2214/35, 741 01 Nový Jičín Telefon: 556 416 230 - 234




Provozní doba: pondělí - pátek: 6:30 - 16:00 hod.

5. Seznam akreditovaných vyšetření Laboratoř je akreditovaná dle normy ČSN EN ISO 15 189:2007. Aktuální seznam akreditovaných vyšetření je uveden na platném Osvědčení o akreditaci, které je umístěno na stránkách http://laboratore.agel.cz.

6. Žádanky (požadavkové listy): Všechny aktuální žádanky jsou umístěny na našich stránkách http:/laboratore.agel.cz. V případě potřeby je možno kontaktovat pracovníky laboratoře, kteří zajistí dodání jednotlivých žádanek.

Laboratoře přijímají materiál doprovázený žádankou, která musí minimálně obsahovat: 1. jednoznačnou identifikaci pacienta (přímení a jméno, rodné číslo) 2. datum narození a pohlaví pacienta v případě, že tato nejsou jednoznačně určena číslem pojištěnce (např. u cizinců) 3. kód pojišťovny pojištěnce 4. diagnózu 5. identifikaci objednatele - jmenovku, adresu, podpis a telefonní číslo lékaře žádajícího vyšetření, IČP, IČZ, odbornost 6. druh primárního vzorku 7. datum a čas odběru vzorku 8. požadovaná vyšetření 9. medikaci - u vyšetření, jejichž výsledky jsou ovlivněny léčbou V případě nečitelných nebo chybějících údajů na žádance, pracovník na příjmu komunikuje se zadavatelem o vyšetření a zjistí chybějící informace, popřípadě požádá o vyplnění nové žádanky. Pokud zadavatele o vyšetření nelze identifikovat, je tento vzorek zpracován a v informačním systému uložen v adresáři neznámý zadavatel. Pokud je dodán materiál bez žádanky a jedná se o nenahraditelný vzorek, laboratoř tento vzorek vyšetří, ale výsledek nebude uvolněn, pokud zadavatel nedoplní identifikační údaje, tedy žádanku.

7. Označení vzorků Na odebraném materiálu musí být souhlasná identifikace pacienta/pojištěnce v následujících údajích: jméno a příjmení pacienta, rodné číslo, případně rok narození.

8. Ústní požadavky na vyšetření




Laboratoř reaguje i na ústní požadavky zákazníků. Zadavatel si může ke vzorku dodanému do laboratoře telefonicky doobjednat další vyšetření. Požadavek je přijímán od lékaře nebo sestry, nikoli od pacientů. Možnost dodatečného vyšetření závisí na množství uchovávaného vzorku, stabilitě daného analytu a délce skladování vzorku. Humánní DNA je skladována v DNA bance minimálně po dobu 5 let. Během této doby mohou být vzorky kdykoliv dovyšetřeny. Poté jsou vzorky likvidovány v souladu s Provozním řádem společnosti Laboratoře AGEL a.s. Zadavatel je vždy povinen dodatečně zaslat novou žádanku řádně vyplněnou s dodatečnými parametry. Bez dodané žádanky nelze vyšetření provést.

9. Kritéria odmítnutí vzorků - nedostatečná identifikace vzorku z hlediska nezaměnitelnosti - zjevné nedodržení postupu při odběru biologického materiálu - nedodržení přepravních podmínek - nedodání informovaného souhlasu pacienta

10. Požadavky na odběr primárních vzorků Stav pacienta, vlastní odběr materiálu, jeho transport do laboratoře, uchovávání a další manipulace se vzorkem před analýzou mohou významnou měrou ovlivnit vlastní konečný výsledek analýzy. Soubor všech postupů a operací, jimiž projde vzorek od požadavku na vyšetření až do samotné analýzy, tvoří preanalytickou fázi vyšetření. Všechny faktory a vlivy je nutno brát v úvahu, jelikož tvoří nedílnou součást analýzy. Odběr venózní nesrážlivé krve Pro genetické analýzy se používá převážně plná krev (cca 2-3 ml) odebraná do zkumavky s K3EDTA, případně citrátem sodným. Odběr není nutno provádět nalačno. Ihned po odběru je vhodné zkumavku několikrát mírně promíchat (pomalým obracením nebo kýváním) a pečlivě označit identifikačními údaji pacienta. Vzorek je možné uchovávat při pokojové teplotě nebo v lednici při 2-8°C a poslat do laboratoře nejlépe v den odběru nebo v následující den. Při vyšetření RNA (detekce fúzního genu BCR/ABL, mutační stav genu IgVH, popř. vzorky pro Fassay analýzu genu TP53) je třeba vzorek nesrážlivé krve v K3EDTA poslat do laboratoře v den odběru do 14:00 hodin. Tento vzorek uchovávat vždy při teplotě 2-8 C, nemrazit. Zkumavky s heparinem nejsou pro genetická vyšetření vhodné. Odběr venózní srážlivé krve Některá vyšetření se provádí ze séra pacienta. Sérum se získává sedimentací nebo centrifugací venózní srážlivé krve. Pro sérum (příp. plazmu) je nezbytné, aby byly odstředěny a odděleny od sraženého krevního koláče nebo krvinek co nejdříve. Lze také zaslat vzorek ve formě séra separovaného centrifugací. Po oddělení séra od krevního koláče je nutno sérum opatrně slít nebo odpipetovat do sterilní zkumavky tak, aby nedošlo ke smísení oddělených složek. Sérum je nutno uchovávat při 4-8°C a poslat do laboratoře do 12 hodin nebo zamrazit na -20°C a poslat v zamraženém stavu na suchém ledu. Množství odebírané krve záleží na počtu prováděných vyšetření - přibližně 5 ml plné krve při




požadavcích na 5 vyšetření.

11. Příjem vzorků Přijímající pracovníci kontrolují u přebíraných vzorků:  množství  neporušenost obalu vzorku  identifikovatelnost (označení)  požadavky na vyšetření (žádanka)  Informovaný souhlas pacienta V případě, že některý z výše uvedených atributů není splněn, je tato okolnost přenesena do výsledkové zprávy, např. v případě nedostatečného množství vzorku je ve výsledkové zprávě poznámka „málo mat.“, v případě rozbité zkumavky je ve výsledkové zprávě v poznámce „rozbito“, v případě chybného odběru je uvedeno „špatný odběr“, v případě nedodaného informovaného souhlasu je uvedeno, že vyšetření nelze provést. V případě nedodržení preanalytických podmínek nemusí laboratoř nutně vzorek odmítnout, může jej zpracovat, ale výsledek uvolní až tehdy, kdy požadující lékař převezme odpovědnost za kvalitu dodávky vzorku.

12. Množství odebraných vzorků a jejich uchovávání Množství vzorku krve úzce souvisí s počtem naordinovaných vyšetření. Doporučené množství vzorku ve zkumavce: Vyšetření Množství vzorku Trombofilní markery - 2 - 3 ml nesrážlivé krve (K3EDTA, příp. citrát sodný) Farmakogenetika - 2 - 3 ml nesrážlivé krve (K3EDTA, příp. citrát sodný) Onkohematologie - 3 - 5 ml nesrážlivé krve (K3EDTA, příp. citrát sodný) - při vyšetření BCR/ABl, IgVH je nutné vzorek uchovávat v lednici 2 – 8 C a poslat v den odběru do 14:00 hodin Onkogenetika - 2 - 3 ml nesrážlivé krve (K3EDTA, příp. citrát sodný) nebo DNA vyizolovanou z periférní krve - parafinový bloček, nativní tkáň, sklíčka - v případě konfirmačního vyšetření zaslat nový odběr nebo se použije DNA z druhé nezávislé izolace Marfanův syndrom - 2 - 3 ml nesrážlivé krve (K3EDTA, příp. citrát sodný) nebo DNA vyizolovanou z periférní krve (DNA - minimální objem 200 l, koncentrace 100 g/ml) - v případě konfirmačního vyšetření zaslat nový odběr nebo se použije DNA z druhé nezávislé izolace Ostatní geneticky - 2 - 3 ml nesrážlivé krve (K3EDTA, příp. citrát sodný) podmíněné choroby - Na genetické vyšetření není nutno provádět odběr nalačno.




- Nevhodné je odebírat krev do zkumavky s lithium heparinem. - Odběrové soupravy s biologickým materiálem je vhodné zaslat do laboratoře co nejdříve po odběru. U některých vyšetření může docházet ke zkreslení výsledků. Již vyšetřené vzorky jsou v laboratoři skladovány, pokud je to možné v rámci jejich stability, po dobu 7 dnů. Pro případné delší skladování jsou vzorky zamrazovány. Vyizolovaná humánní DNA je skladována v DNA bance po dobu minimálně 5 let. Poté jsou vzorky likvidovány v souladu s Provozním řádem společnosti Laboratoře AGEL a.s. Vzorky uložené v DNA bance mohou být na vyžádání dovyšetřeny.

13. Zásady práce se vzorky Každý vzorek biologického materiálu je považován za potencionálně infekční. Je třeba zamezit možnému kontaktu pacientů i veřejnosti s biologickým materiálem po odběru. Svoz vzorků je zajišťován v uzavřených přepravních boxech tak, aby během transportu nedošlo ke kontaminaci osob nebo dopravních prostředků použitých k přepravě. V případě kontaminace je třeba se řídit platnými zásadami dezinfekce a dekontaminace.

14. Odběrový materiál Pro své zákazníky - lékaře poskytují Klinické laboratoře společnosti Laboratoře AGEL a.s. odběrový materiál a žádanky na základě telefonického požadavku. Materiál je na ordinující pracoviště dodáván pracovníky svozové služby.

15. Opakovaná a dodatečná vyšetření Dojde-li ke znehodnocení vzorku během transportu nebo během jeho zpracování, laboratoř informuje zadávajícího lékaře, popř. s ním telefonicky domluví nový odběr. Pokud se během vyšetření vzorku naskytnou nějaké okolnosti, které by mohly zkreslit výsledek vyšetření nebo pokud by samotný stav vzorku mohl vést ke zkreslení výsledku, je o tomto informován lékař buď telefonicky nebo formou komentáře k výsledku vyšetření. Analýzy, které je nutno opakovat, jsou zopakovány a zkontrolovány pověřeným pracovníkem.

16. Formy vydávání výsledků Klinické laboratoře společnosti Laboratoře AGEL a.s. v současné době využívají 3 způsoby vydávání výsledků a to:  Tisk laboratorních výsledků (běžný je jeho kumulativní tisk) a jejich distribuce  Zasílání nálezů elektronicky - zabezpečenou formou, vlastním softwarem „Datová pumpa“  Hlášení telefonicky. Poté je vždy výsledek dodán v elektronické nebo tištěné podobě. V případě telefonického nahlášení výsledku je pracovník lékařem informován o svém IČZ, jménem a rodném čísle pacienta, teprve na základě těchto údajů pracovník laboratoře smí nahlásit výsledek. Nahlášený výsledek musí být lékařem zopakován. Pracovník poté do OpenLIMSu zapíše jméno a IČZ lékaře, kterému byl výsledek nahlášen.




Za hotovou oficiální Výsledkovou zprávu nebo Protokol o zkoušce se považuje elektronická případně tištěná forma výsledku zkontrolována oprávněným středoškolským pracovníkem a uvolněna pověřeným vysokoškolským pracovníkem.

17. Hlášení výsledků telefonicky - používá se hlavně pro hlášení vysoce patologických výsledků lékařům - výsledky ohrožující zdraví pacienta nahlásí vždy příslušný vysokoškolský pracovník - V případě telefonického nahlášení výsledku je pracovník lékařem informován o svém IČZ, jménem a rodném čísle pacienta, teprve na základě těchto údajů pracovník laboratoře smí nahlásit výsledek. Nahlášený výsledek musí být lékařem zopakován. Pracovník poté do OpenLIMSu zapíše jméno a IČZ lékaře, kterému byl výsledek nahlášen.

18. Tisk laboratorních výsledků Zapsání výsledků probíhá přes laboratorní informační systém fy STAPRO. Před vydáním jsou výsledky v laboratorním informačním systému kontrolovány, odsouhlaseny a uvolněny kvalifikovaným vysokoškolským zdravotnickým.

19. Způsoby tisku - ukončené a úplné výsledkové zprávy - tisk výsledkových zpráv z archívu - stejný formát jako u konečných výsledkových zpráv

20. Uvolňování a distribuce výsledků Uvolňování a tisk výsledků je prováděn průběžně v době od 7.00 hod - 16.30 hod. Vytištěné výsledky jsou distribuovány lékaři v zalepených umělohmotných obálkách svozovou službou. Výsledky jsou lékaři také zasílány poštou v zalepených obálkách a to v případě, že k lékaři nezajíždí svozová služba.

21. Elektronická distribuce výsledkových zpráv Nemocnicím, lékařům a zařízením v terénu se výsledky odesílají automaticky prostřednictvím vlastního SW Datová pumpa.

22. Výdej výsledků přijatých a označených jako STATIM Vyšetření označené STATIM se provádějí přednostně.

23. Výdej výsledku pacientovi Výdej výsledků pacientovi (zákonnému zástupci – rodinnému příslušníkovi) je možný na požádání pouze s předložením průkazu totožnosti: občanský průkaz, cestovní pas, nebo sdělení




na základě objednávajícího lékaře na žádance (zde musí být uvedeno, že výsledková zpráva bude předána do rukou pacienta). Výsledek je vytištěn z laboratorního informačního systému, vložen do obálky, zalepen, označen razítkem přes lepení a předán pacientovi. Pacientovi a nezdravotnickým pracovníkům se výsledky nesdělují!

24. Hodnocení a vydávání výsledků Za technické provedení a výsledky genetického testování je zodpovědný vedoucí laboratoře. Za interpretaci výsledků je zodpovědný výhradně lékař. Výsledková zpráva z OpenLIMS obsahuje: 1) Identifikaci zdravotnického zařízení a laboratoře 2) Druh primárního vzorku, pokud je tato informace pro interpretaci významná 3) Datum a čas přijetí vzorku laboratoří 4) Datum a čas odběru 5) Identifikaci pacienta (jméno, příjmení, rodné číslo, pohlaví u cizinců, zdravotní pojišťovnu) 6) Identifikaci odesílajícího (IČP, odbornost) 7) Diagnózu pacienta 8) Název vyšetření, výsledek, jednotky, referenční interval, hodnocení 9) Identifikaci pracovníka uvolňujícího výsledek 10) Údaj o tom, kdy byl výsledek vytištěn, datum, hodina 11) Slovní komentář, příp. doporučení

25. Změny výsledků a nálezů Lze provádět opravu:  Identifikační části  Výsledkové části Oprava identifikační části výsledků z laboratorního informačního systému fa STAPRO Opravou identifikační části pacienta se rozumí oprava rodného čísla, změna pojišťovny a změna nebo významná oprava příjmení pacienta po odeslání výsledků. Oprava identifikace (rodného čísla, příjmení pacienta) je provedena přepsáním původního zadání. Nová opravená výsledková zpráva a chybná výsledková zpráva se vytiskne a založí do speciální složky v laboratoři. Barevně se označí změna a pracovník, který změnu provedl, ten se identifikuje na obou zprávách. Oprava pojišťovny se provádí po odmítnutí vyúčtování původně uvedenou zdravotní pojišťovnou. Oprava výsledkové části z laboratorního informačního systému fa STAPRO




Tuto opravu laboratoř neprovádí. Doplňuje nebo upřesňuje původní komentář. Chyba ve výsledkové části výsledkové zprávy po odeslání je řešena laboratoří jako neshoda. O chybném výsledku musí být vždy informován zadávající lékař. Je okamžitě domluven systém nápravy např. opakovaná analýza, opravit chybný výsledek. Odpovědnost za nápravu má pouze vedoucí Klinických laboratoří a vedoucí jednotlivých laboratoří. Tato změna musí být vždy evidovaná a dohledatelná.

26. Smluvní laboratoře Úsek molekulární biologie nevyužívá služeb smluvní laboratoře.

27. Systém kontroly kvality v laboratoři V laboratoři jsou uplatňovány zásady správné laboratorní práce včetně systému vnitřní kontroly kvality. Úsek molekulární biologie se pravidelně účastní cyklů externí kontroly kvality, které v ČR organizuje Státní zdravotní ústav Praha a ÚHKT Praha. Laboratoř je dále zapojena do mezinárodního systému kontroly kvality INSTAND e.V. - Düsseldorf, DGKL - Bonn, EMQN Manchester. V případě potřeby je provedeno srovnání s jinou externí laboratoří.

28. Vyřizování stížností Stížnosti ze strany zákazníka na délku zpracování výsledků, vyšetření nesprávných parametrů atd. jsou řešeny s vedoucím laboratoře, popř. manažerem kvality. Pokud je stížnost řešena okamžitou nápravou, tak je toto zapsáno do Knihy stížností. Do knihy stížností se zapisuje datum příjmu stížnosti, popis stížnosti, identifikace stěžovatele, příjemce stížnosti, způsob řešení stížnosti a datum vyřešení stížnosti. Závažná stížnost se eviduje v knize stížností, která je uložena u vedoucího klinických laboratoří.

29. Seznam vyšetření prováděných v laboratoři A) Hereditární trombofilie Název vyšetření: Faktor V Leiden (R506Q) Zkrácený název: FV Leiden R506Q




Popis: Leidenská mutace koagulačního faktoru V je nejčastěji se vyskytující vrozený hemostatický rizikový faktor pro vznik žilní trombózy. Normální koagulační faktor V (FV) slouží jako substrát pro aktivovaný protein C (APC) a je inaktivován proteolytickým štěpením v místě tří různých argininových zbytků. Leidenská mutace (R506Q) je jednonukleotidová záměna G za A na pozici 1691 v nukleotidovém řetězci, která způsobuje záměnu aminokyseliny arginin za glutamin v jednom z inaktivačních míst na pozici 506 v polypeptidovém řetězci. V místě 506 je za normálních podmínek aktivovaný FVa štěpen aktivovaným proteinem C a tím je inaktivován. Mutovaný FVa je proti tomuto enzymatickému štěpení odolnější. Přítomnost FV Leidenské mutace je spojena s vyšším rizikem žilní trombózy a plicní embolie. Riziko žilní trombózy se velmi liší v závislosti na homozygotním nebo heterozygotním nosičství mutace. Pro heterozygoty je riziko zvýšeno 7x, pro homozygoty až 80x. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x týdně Doba odezvy: do 15 pracovních dnů Odbornost: 816

Název vyšetření: Prothrombin (G20210A) Zkrácený název: Prothrombin G20210A, FII Popis: Prothrombinová mutace (G20210A) je záměna nukleotidu G za A na pozici 20210 v genu prothrombinu. Mutace se nachází v nekódující 3´oblasti genu, která se již nepřepisuje do proteinu a proto neexistuje specifické funkční koagulační vyšetření. Mutace ne zcela jasným způsobem zvyšuje hladinu prothrombinu v plasmě, patofyziolgie působení mutace není dosud




úplně vysvětlena. Není prokázáno, že by homozygotní nosiči mutace měli hladinu prothrombinu vyšší než heterozygotní. Mutace G20210A je geneticky podmíněný hemostatický rizikový faktor pro spontánní aborty zvláště v prvním trimestru gravidity a pro vznik žilní trombózy. Riziko se výrazně zvyšuje u žen v graviditě a po porodu a při dalších zátěžových situacích (operace, úrazy a imobilizace, hormonální antikoncepce). Byl prokázán také vztah mutace a ischemické choroby srdeční. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x týdně Doba odezvy: do 15 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Methylentetrahydrofolát reduktáza Zkrácený název: MTHFR C677T MTHFR A1298C Popis: Enzym 5,10-methylentetrahydrofolát reduktáza (MTHFR) katalyzuje konverzi 5,10- methylentetrahydrofolátu na 5-methyl-tetrahydrofolát, který je hlavní formou folátů v lidském organismu. Foláty slouží především jako dárci monokarbonů pro mnohé metabolické reakce včetně methylace homocysteinu a syntézy nukleotidů, neurotransmiterů proteinů a fosfolipidů. Bylo popsáno několik polymorfismů v MTHFR genu snižující aktivitu enzymu MTHFR. Mezi dvě nejčastější mutace patří substituce nukleotidu C za nukleotid T v pozici 677 nukleotidového řetězce (resp. ala222val) a záměna nukleotidu A za nukleotid C v pozici 1298 nukleotidového řetězce (glu429ala). Důsledkem je modifikace molekuly enzymu a vznik její termolabilní varianty se sníženou aktivitou, která má za následek defekt remethylace s následnou vyšší hladinou aminokyseliny homocysteinu v séru. Zvýšená koncentrace homocysteinu v séru o 20% a více je klasifikována jako mírná, střední nebo těžká forma hyperhomocysteinémie (HHCY). HHCY může být rizikovým faktorem pro žilní tromboembolismus, trombotické onemocnění tepenného systému či předčasnou




generalizovanou aterosklerózou, projevující se mozkovou mrtvicí, infarktem myokardu, embolizací do plicnice nebo sklerotickým a trombotickým onemocněním periferních cév. Vysoká hladina homocysteinu je také rizikovým faktorem vzniku defektů neurální trubice během prenatálního vývoje a nadále se diskutuje i jeho možný vliv na kancerogenezi. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x týdně Doba odezvy: do 15 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Destičkový glykoprotein Ia (C807T) Zkrácený název: GPIa C807T Popis: Destičkový glykoproteinový komplex GPIa/IIa je primárním receptorem pro adhezi destiček ke kolagenu a hraje tedy významnou roli v počáteční fázi adheze. GPIa/IIa zodpovídá za zadržení a stabilizaci destiček na povrchu kolagenu a díky tomu může dojít k interakci kolagenu s dalším receptorem (GPVI), který aktivuje trombocyty. V genu kódujícím podjednotku GPIa komplexu GPIa/IIa bylo popsáno několik polymorfismů, z nichž nejznámější je bodová záměna C807T. Destičky homozygotů nebo heterozygotů alely GPIa 807T se vyznačují 2krát vyšší expresí GPIa/IIa na povrchu destiček než je tomu u wild type homozygotů GPIa C807. Přítomnost alely GPIa 807T je úzce spojena s výskytem infarktu myokardu a ischemické cévní mozkové příhody u mladých pacientů. Polymorfismus GPIa je mírným rizikovým faktorem arteriálních trombóz především v koincidenci s ostatními faktory. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu




- odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 15 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Destičkový glykoprotein GPIIIa (L33P) Zkrácený název: GPIIIa L33P Popis: Destičkový glykoproteinový komplex IIb/IIIa je součástí integrinové rodiny adhezivních membránových receptorů, které se podílejí na buněčné interakci. Komplex tvoří na vápníku závislé heterodimery a je hlavní komponentou destičkové membrány. Interakce GPIIb/IIIa s fibrinogenem umožňuje agregaci destiček, tedy adhezi jedné aktivované destičky k druhé a adhezi destiček k povrchům. Gen pro GPIIIa se nachází na 17. chromozomu a skládá se z 15 exonů. Za dvě nejběžnější a klinicky nejdůležitější alely genu jsou považovány alely P1A1 (HPA-1a) a P1A2 (HPA-1b). Varianta P1A2 je charakterizována jednonukleotidovou substitucí T za C v pozici 1565 v exonu 2, která způsobuje záměnu leucinu (Leu) za prolin (Pro) v pozici 33 aminokyselinového řetězce. Polymorfismus P1A1 / P1A2 způsobuje četné rozdíly ve funkci komplexu GPIIb/IIIa. Varianta GPIIIa P1A2 významně zvyšuje agregabilitu trombocytů, je významným rizikovým faktorem při vývoji koronární trombózy a infarktu myokardu, a to především u mladších jedinců bez jiných rizikových faktorů, vede k aspirinové rezistenci. Změna antigenních vlastností molekuly může vést také ke vzniku krvácivých onemocnění, jako je např. posttransfúzní purpura, život ohrožující trombocytopenie, neonatální trombocytopenická purpura či Glazmannova trombastenie. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot = P1A1/P1A1 (negativní)




Heteroz. - heterozygot = P1A1/P1A2 Homozg. - mutovaný homozygot = P1A2/P1A2 Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 15 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Angiotenzin-konvertující enzym Zkrácený název: ACE ins/del Popis: Angiotenzin konvertující enzym (ACE) je karboxyl-terminální dipeptidyl-exopeptidáza obsahující Zn, která hraje důležitou roli v regulaci krevního tlaku jako součást reninangiotenzinového systému (RAS). Umožňuje konverzi angiotenzinu I na vazokonstrikční aldosteron stimulující peptid angiotenzin II (ATII). ACE odstraňuje z dekapeptidu angiotensinu I dvě karboxy-terminální aminokyseliny a tvoří oktapeptid AT II, který bývá označovaný jako prozánětlivý, protože zvyšuje hladinu prozánětlivých cytokinů. Angiotenzin II se podílí na vazokonstrikci a působí při vzniku a rozvoji aterosklerózy, chronického srdečního selhání, cévní mozkové příhody, schizofrenie, demence, Alzheimerovy choroby a dalších akutních nebo chronických zánětlivých onemocnění. ACE je přítomný na endoteliálních buňkách v mnoha tkáních (například děloha, placenta, srdce, mozek, ledviny, leukocyty, alveolární makrofágy, periferní monocyty, neurony). Gen tvoří 26 exonů, je lokalizovaný na chromozomu 17q23, a obsahuje inzerčně(I)/deleční(D) polymorfismus v intronu 16 charakterizovaný přítomností nebo absencí 287 dp dlouhé Alurepetitivní sekvence. Mechanismus účinku inzerčně delečního polymorfismu není přesně znám. Přítomnost alely D je spojována se zvýšenou aktivitou enzymu a vyššími hladinami ACE v plazmě. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: D/I - delece/inzerce (heteroygot) D/D - delece I/I - inzerce Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 15 pracovních dnů




Odbornost: 816 Název vyšetření: Plazminogen aktivátor inhibitor-1 Zkrácený název: PAI-1 4G/5G Popis: Plazminogen aktivátor inhibitor typ 1 (PAI-1) je serinová proteáza, která hraje významnou roli v regulaci fibrinolytického systému. Je hlavním inhibitorem tkáňového a urokinázového aktivátoru plazminogenu a brání přeměně plasminogenu na plasmin, čímž blokuje fibrinolýzu v jejím samém počátku. PAI-1 je glykoprotein, jehož gen je lokalizován na chromosomu 7. V promotorové oblasti genu se vyskytuje inzerčně/deleční polymorfismus. Jedná se o jednonukleotidovou inzerci/deleci guanosinu v pozici -675. Varianta 4G vede ke zvýšené transkripci genu a tím dochází ke zvýšení PAI-1 proteinu v plasmě. Vyšší hladina plazmatického PAI-1 a tím snížená fibrinolytická aktivita je spojována s progresí koronárního syndromu a s až dvojnásobně vyšším rizikem rozvojem infarktu myokardu. Přítomnost 4G varianty v promotoru genu PAI-1 zvyšuje také riziko vzniku trombóz v případě, že jsou přítomny další rizikové faktory, je spojována s vyšším rizikem úmrtí po chirurgickém výkonu a s výskytem komplikací během těhotenství a porodu. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: 5G/5G - negativní = wild type = nemutovaný homozygot 4G/5G - heterozygot 4G/4G - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 15 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Faktor XIII (Val34Leu) Zkrácený název: FXIII (Val34Leu) Popis: Koagulační faktor FXIIIa je specifická transglutaminasa, která se účastní tvorby fibrinu z fibrinových monomerů. Katalyzuje vznik peptidových vazeb mezi -CONH2 skupinou




glutaminu a -NH3 skupinou lysinu a tím stabilizuje fibrinovou sraženinu a zvyšuje její rezistenci k fibrinolýze. FXIIIa je polymorfní protein. V kódujícím genu bylo zjištěno 5 nejčastějších polymorfismů, z nichž jeden, mutace G na T v exonu 2 vede k záměně valinového zbytku za leucinový v pozici 34 aminokyselinového řetězce. Frekvence alely nesoucí variantu Leu34 v indoevropské populaci je okolo 25%. Místo polymorfismu je vzdálené 3 aminokyseliny od místa štěpení trombinu ve směru k „C-konci“ proteinu. Bylo potvrzeno, že štěpení Leu34 varianty a následná aktivace FXIII probíhá signifikantně rychleji než u varianty Val34. Polymorfismus Val34Leu má důležitý vliv na srážení krve a pravděpodobně snižuje riziko infarktu myokardu, žilní trombózy a mozkové mrtvice. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 15 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Faktor VII (Arg353Gln) Zkrácený název: FVII (Agr353Gln) Popis: Venózní i arteriální trombózy jsou multifaktoriální onemocnění, na jejichž vzniku se vedle získaných rizikových faktorů podílejí také vrozené abnormality. Mezi nejvýznamnější genetické faktory ovlivňující riziko trombózy patří relativně často se vyskytující mutace FV Leiden, mutace prothrombinu, deleční polymorfismus promotoru PAI-1, mutace destičkových glykoproteinů, faktoru XIII případně MTHFR. Vyšetření trombofilních stavů může být doplněno o detekci polymorfismu Arg353Gln v genu pro faktor VII. Substituce nukleotidu G za nukleotid A v exonu 8 má za následek záměnu argininového zbytku za glutaminový na pozici 353 aminokyselinového řetězce. Heterozygotní a homozygotní výskyt této mutace vede ke snížení plazmatické hladiny FVII i hladiny aktivovaného cirkulujícího faktoru VII. Paradoxně RR genotyp faktoru VII (Arg353/Arg353) je asociován s vyšším rizikem trombotických komplikací a ischemickou chorobou srdeční.




Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Fibrinogen (-455G>A) Zkrácený název: Fibrinogen -455G>A Popis: Fibrinogen, koagulační faktor I, je 340 kD velký rozpustný glykoprotein, který se běžně vyskytuje v krevní plazmě a v granulích krevních destiček. Patří mezi klíčové proteiny hemokoagulace, účastní se agregace destiček a ovlivňuje viskozitu plazmy. Jednotlivé řetězce fibrinogenu α, β, a γ jsou kódovány třemi různými geny na 4. chromosomu v oblasti q28. Experimentální studie prokázaly, že substituce nukleotidů G za A v pozici -455 v promotorové oblasti -fibrinogen genu má významný efekt na jeho transkripci. Přítomnost A-alely (v populaci rozšířená přibližně ve 20 %) je spojena s výrazně zvýšenou promotorovou aktivitou genu a tím se zvýšenou hladinou fibrinogenu v plazmě. Polymorfismus -455 G>A je tedy významný ve vztahu k hladině fibrinogenu u osob s koronární nemocí i u pacientů po revaskularizaci bypasem, nebyl však prokázán přímý vztah polymorfismu ke koronární nemoci a infarktu myokardu. Je obecně přijímanou skutečností, že zvýšení koncentrace fibrinogenu je ve vztahu k tíži postižení koronárního řečiště, vztah mezi polymorfismem a nemocí však zatím prokázán nebyl. U homozygotů -455 A bylo zjištěno menší riziko srdečních infarktů případně nižší riziko žilních trombóz. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu




- odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 15 pracovních dnů Odbornost: 816

B) Onkohematologie Název vyšetření: Fúzní gen BCR-ABL Zkrácený název: BCR-ABL Popis: Fúzní gen BCR/ABL je molekulárním márkerem pro chronickou myeloidní leukemii (CML). Tento gen je nalézán zhruba u 95% pacientů nemocných CML a dále u 5% dětských a 25% dospělých nemocných s akutní lymfatickou leukemií (ALL), kde přítomnost tohoto genu má




podstatný prognostický význam. Gen BCR/ABL byl rovněž nalezen i u malého procenta nemocných AML a výjimečně byl popsán u lymfomů, mnohočetného myelomu a myelodysplastických syndromů. Fúzní gen BCR/ABL vzniká při reciproké translokaci mezi chromozomy 9 a 22. Gen BCR se může při této translokaci lámat v intronech třech oblastí. V oblasti nazývané major (M) bcr - typické pro CML a 30-50% BCR/ABL pozitivních ALL, minor (m) bcr - typické pro ALL, výjimečné u CML nebo micro (μ) bcr. Ke zlomům v genu ABL dochází v 99% případů na začátku tohoto genu před exonem a2. V naší laboratoři jsme schopni vyšetřit přestavby b2a2 (e13a2) a b3a2 (e14a2) v oblasti major bcr, e1a2 v oblasti minor bcr a c3a2 (e19a2) v oblasti micro bcr. Pokud nebyl nalezen fúzní gen, je možné, že postižené linie buněk jsou přítomny v tak malém množství, kdy unikají citlivosti používané metody (multiplex PCR) nebo se u pacienta jedná o jiný typ onemocnění. V takovém případě není diagnóza potvrzena, ale ani vyvrácena na molekulární úrovni a je vhodné vyšetření fúzního genu BCR/ABL pravidelně opakovat, pokud nebyla stanovena a potvrzena jiná diagnóza. Poznámka: Vzorek poslat do laboratoře v den odběru do 14:00 hodin. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA - nemrazit, uchovávat v chladu - poslat do laboratoře v den odběru do 14:00 hodin - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Negat. - negativní - přítomnost fúzního genu BCR/ABL nebyla potvrzena Pozit. - pozitivní - přítomnost fúzního genu BCR/ABL byla potvrzena Metoda: reverzní transkripce, PCR Provádí se: 1x týdně Doba odezvy: do 14 pracovních dnů Odbornost: 816

Název vyšetření: Janus tyrozin kináza 2 Zkrácený název: JAK-2 V617F Popis:




Polycytemia vera (PV) je chronickým myeloproliferativním stavem charakterizovaným nadbytečnou produkcí nebo dysfunkcí krevních buněk. Zmnožení erytrocytů a krevních destiček je spolu s věkem největším rizikovým faktorem tromboembolických komplikací. Bylo zjištěno, že většina pacientů s PV (74-97%) má v hemopoetických kmenových buňkách v genu tyrozinové kinázy JAK2 mutaci, která má za následek záměnu valinového zbytku za fenylalaninový v pozici 617 aminokyselinového řetězce (V617F). Gen JAK je fyziologicky aktivován cestou EPO-EpoR a umožňuje vznik JAK kinázy stimulující erytropoézu přes kontrolu proliferace, apoptózy a erythroidní diferenciace. Záměna vysoce konzervativního valinu za fenylalanin destabilizuje autoinhibiční doménu tohoto enzymu a způsobuje deregulaci kinázové aktivity a následně nekontrolovanou buněčnou proliferaci a přežívání hematopoetických prekurzorů. Mutace V617F v genu JAK2 je získaná změna, která se vyskytuje v různě velké frakci granulocytů periferní krve a u pacientů s PV je jí přisuzován zásadní význam v patogenezi tohoto onemocnění. Dále je mutace detekována u 30-57% pacientů s esenciální trombocytémií (ET) a u 35-95% pacientů s chronickou idiopatickou myelofibrózou (IMF). Poznámka: V případě negativního výsledku na mutaci V617F je možné provést vyšetření exonu 12. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA minimálně 3 ml - po odběru je možné krev uchovávat v lednici, nemrazit! - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Negat. - mutace nebyla prokázána Pozit. - mutace byla prokázána (heterozygotní příp. homozygotní stav) Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů (mutace exonu 12 - 1x měsíčně) Doba odezvy : do měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Mutační stav variabilní části IgVH genu Zkrácený název: Popis: Mutační status variabilní části těžkého řetězce imunoglobulinového genu (IgVH) je významným prognostickým kritériem pro rozdělení B-CLL do dvou skupin. Na podkladě výsledku přímé nukleotidové sekvenační analýzy imunoglobulinových (Ig) subgenů a kvantifikace zjištěných mutačních změn je možné diferencovat skupinu pacientů, u kterých lze




očekávat indolentní formu onemocnění, od skupiny pacientů, kteří budou vykazovat agresivní průběh nemoci s výrazně kratší dobou přežití. Ig gen se narozdíl od ostatních genů nedědí jako stabilní jednotka. V průběhu B-buněčné diferenciace je u každého jedince Ig gen skládaný rekombinačním mechanismem vždy z jednoho ze 123 variabilních (V), 27 rozlišovacích (D) a 6 spojovacích (J) subgenů, umístěných na chromozomu 14. Část seskupení tvoří funkční gen, který dále podléhá somatickým mutacím. Přítomnost mutací je na základě DNA sekvenace kvantitativně vyjádřena stupněm homologie k nejbližší zárodečné DNA sekvenci, kódované lokusem 14q32.2. Skupina pacientů, která je definovaná přítomností nemutovaných VH segmentů s homologií v rozmezí 100 - 98 % je charakteristická významně kratší dobou přežití a agresivnějším typem nemoci. Druhou skupinu tvoří případy s mutovanými VH segmenty s homologií menší než 98% a s pomalejší progresí onemocnění. Podíl D a J subgenů a délka HCDR3 oblasti na agresivitě onemocnění je zatím předmětem výzkumu. Poznámka: Vzorek poslat do laboratoře v den odběru do 14 hodin. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA - nemrazit, uchovávat v chladu - poslat do laboratoře v den odběru do 14:00 hodin - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Mutovaný / nemutovaný IgVH gen. Metoda: reverzní transkripce, PCR, sekvenace Provádí se: 1x měsíčně Doba odezvy: do 3 měsíců Odbornost: 816




C) Farmakogenetika Název vyšetření: Stanovení mutací v genu Cyp2C9 a VKORC1 – Warfarinová senzitivita Zkrácený název: CYP450 2C9*2, CYP450 2C9*3, VKORC1 -1639G>A Popis: gen Cyp2C9: Metabolismus celé řady léčiv je v mikrozomech jaterních buněk uskutečňován cytochromovým systémem P 450, jehož enzymy katalyzují příslušné hydroxylační reakce. Polymorfismy cytochromálního izoenzymu CyP2C9 ovlivňují významně biotransformaci Swarfarinu, a proto mezi osobami léčenými warfarinem existují výrazné rozdíly ve velikosti dávky potřebné k dosažení optimálního léčebného účinku. U bělochů bylo zatím identifikováno celkem 132 polymorfismů, z nichž většina nemá významnější vliv na účinnost warfarinu. Podstatný význam mají varianty CyP 2C9*2 a*3, polymorfismus CyP 2C9*2 (C430T) v kodónu 144 vede k záměně argininu za cystein a CYP 2C9*3 (A1075C) v kodónu 359 k záměně isoleucinu za leucin. Frekvence alely Cyp2C9*2 se pohybuje v rozmezí 8 - 12,5% a frekvence alely Cyp2C9*3 v rozmezí 3 - 8,5%. Nižší dávkování warfarinu se uplatňuje u nositelů jedné (2,71 mg/den) nebo dvou polymorfních (1,64 mg/den) alel než u nositelů Cyp2C9*1 (4,88 mg/den). Požadavek menších dávek warfarinu ve vztahu k polymorfizmu v Cyp2C9 se projevuje již čtvrtý den léčby, při prvním měření INR.U nositelů variantních alel se tak doporučuje časté monitorování INR vzhledem k optimální dávce warfarinu během prvních tří týdnů léčby, aby se předešlo přílišnému antikoagulačnímu efektu a riziku krvácení. Gen VKORC1, který je lokalizován na chromozomu 16p12-q21, kóduje hlavní podjednotku transmembránového proteinu - vitamin K epoxid reduktázu (VKOR) o velikosti 163 aminokyselin. Komplex VKOR recykluje vitamin K 2,3-epoxid na vitamin K hydrochinon, který je esenciálním kofaktorem posttranslační γ-karboxylace koagulačních faktorů FII, FVII, FIX, FX a proteinů C, S a Z. V genu VKORC1 byly zjištěny dva nejčastější polymorfismy, 1173 C>T lokalizovaný v intronu 1 a -1639 G>A nacházející se v promotorové oblasti. U těchto dvou polymorfismů byla prokázána těsná vazba, a proto je zcela dostačující detekce jedné mutace, v tomto případě mutace -1639 G>A. Poslední výsledky studií poukazují na to, že pacientům s 1639 GA genotypem hrozí 2,3 krát a pacientům s 1639 AA genotypem 10,5 krát vyšší riziko předávkování warfarinem. Poznámka: Kromě výše uvedených změn byla popsány i vzácné mutace genu VKORC1, způsobující rezistenci k warfarinu. V indikovaných případech lze provést mutační analýzu genu VKORC. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno




Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 21 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Thiopurin S-methyltransferáza Zkrácený název: TPMT G238C TPMT G460A TPMT A719G Popis: Thiopurin S-metyltransferáza je enzym cytosolu, který katalyzuje S-metylaci aromatických a heterocyklických sulfhydrilových komponent včetně 6-merkaptopurinu, 6-thioguaninu a azatioprinu. Tyto látky jsou v medicíně používány jako protinádorová léčiva a imunosupresiva při léčbě pacientů s neopláziemi, autoimunitní chorobou a u transplantací. Aktivita TPMT je klíčová při jejich metabolismu a snížená aktivita má toxický efekt na krevotvorbu, vyvolává hepatotoxicitu, neurotoxicitu a záněty sliznic u pacientů léčených zmíněnými preparáty. Bylo zjištěno, že snížená aktivita TPMT je důsledkem polymorfizmů v genu TPMT. V indoevropské populaci do dnešní doby bylo popsáno devět funkčních polymorfizmů a mezi nejčastější patří TPMT*3A, TPMT*3C a TPMT*2 a méně častá TPMT*3B. Alela TPMT*2 obsahuje jednu nukleotidovou záměnu v exonu 5 (G238C), TPMT*3C záměnu v exonu 10 (A719G). U TPMT*3A byly popsány dva polymorfizmy, v exonu 7 G460A a v exonu 10 již výše popsaná A719G. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Negat. - negativní = wild type = nemutovaný homozygot Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot




Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 21 pracovních dnů Odbornost: 816

D) Onkogenetika Název vyšetření: Mutační screening predispozičních genů pro vznik karcinomu prsu a vaječníků - BRCA1, BRCA2 Zkrácený název: Popis: Karcinom prsu patří celosvětově k nejčastějším nádorovým onemocněním u žen. V naší populaci je v průběhu svého života tímto onemocněním postižena přibližně každá desátá žena. Drtivá většina případů karcinomu prsu vzniká sporadicky. Přibližně u 5-10 % případů jsou za vznik zodpovědné zárodečné mutace v nádorově supresorových genech BRCA1 a BRCA2. Tyto mutace celoživotně predisponují jedince ke vzniku nádorového onemocnění prsu a vaječníků. Kumulativní riziko pro vznik nádoru prsu u nosiček zárodečné mutace v genech BRCA je odhadováno zhruba na 85 % do věku 70 let. Celoživotní riziko onemocnění nádorem vaječníků se u nosiček mutace v genu BRCA1 odhaduje na cca 40-60 % a u nosiček mutace v genu BRCA2 dosahuje toto riziko cca 27 %. K mutačnímu screeningu těchto genů jsou indikovány ženy pocházející z vysoce rizikových rodin, v jejichž genealogii lze zaznamenat opakovaný výskyt karcinomu prsu nebo vaječníků, dále ženy u nichž byl diagnostikován bilaterální karcinom prsu/vaječníků před padesátým rokem života a ženy z nepostižených rodin, u nichž došlo ke vzniku karcinomu prsu/vaječníků do čtyřiceti let věku. Mutace genů BRCA1 a BRCA2 je nutné testovat také u mužů, kteří byli postiženi karcinomem prsu v jakémkoliv věku. Každý jedinec (muž či žena) s podezřením na hereditární formu onemocnění musí být před zařazením do screenigu vždy konzultován s klinickým genetikem. Mutační screening genů umožňuje potvrzení genetického pozadí vzniku nádorového onemocnění u postižených jedinců a následné prediktivní testování jejich biologických příbuzných. Asymptomatičtí nosiči mutace jsou zařazeni do dispenzarizačního programu, který slouží k včasnému záchytu možného nádorového onemocnění. Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno




Jednotky: Referenční hodnoty: Patogenní mutace nalezena / nenalezena. Metoda: PCR, dHPLC, MLPA, přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 4 měsíce Doba odezvy: do 12 měsíců Odbornost: 816

Název vyšetření: Detekce mutací v onkogenech - onkogen K-ras (OMIM*190070) Zkrácený název: Popis: Onkogen K-ras patří do rodiny ras (of retrovirus-associated DNA sequences) původně izolovaných z Harvey (H-ras), Kirsten (K-ras, Ki-ras, rasK) myšího sarkoma virů. Sekvence všech ras genů jsou vysoce konzervovány a mají podobnou exon-intronovou strukturu. K-ras je lokalizován na 12p chromozómu v oblasti 12p12.1. Obsahuje 4 kódující a 2 nekódující exony. Proteinovým produktem je p21 protein s vnitřní GTPázovou aktivitou. Je součástí signálních buněčných kaskád, které zprostředkovávají přenos signálů z aktivovaných receptorů do buněčného jádra a tak stimulují buněčnou proliferaci a diferenciaci. Bylo pozorováno, že mutace v K-ras onkogenu se objevují během karcinogeneze a tyto mutace se vyskytují s různou frekvencí v jednotlivých tumorech: pankreatických 80-90%, kolonu a rekta 25-60%, plic 2560%, prostaty 0-25%, kůže 0-25%, štítné žlázy 0-60%, jater 10-25%, vaječníku 0-50%, endometria 10-40%, ledvin 0-50%, hlavy a krku 10%, prsou 10%, mozku 0-15%, seminoma 10-45%, močový měchýř 5%. Obecně se mutace nejčastěji vyskytují v kodonech 12, 13, 61. Bodové mutace v uvedených kodonech mohou být jedním z faktorů, které inhibicí GTPázové aktivity proteinu p21 přispívají k nekontrolované proliferaci a maligní transformaci buněk. Detekce mutací má velký význam při upřesnění nejednoznačných výsledků histologických vyšetření a při léčbě anti-EGFR preparáty. Předpokladem aplikace těchto léku je K-ras negativita v nádorech. Jak již bylo zmíněno, K-ras hraje významnou roli v regulaci buněčného růstu. Na povrchu buněk se nacházejí kromě jiných i receptory epidermálního růstového faktoru (EGFR), které přenášejí růstové signály prostřednictvím kaskády nitrobuněčných proteinů až k buněčnému jádru. V jádře potom tyto signály spouštějí buněčnou reprodukci, a tedy i nádorové bujení. Inhibitory EGFR receptorů (anti-EGFR) zabraňují jejich aktivaci, a tím i malignímu procesu za předpokladu, že onkogen K-ras není mutovaný. Pokud je ale K-ras mutovaný, jeho proteinový produkt udržuje signální dráhu v aktivním stavu přestože receptory pro EGF jsou inhibovány anti-EGFR preparáty. Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik, onkolog, radioterapeut. LMB provádí mutační analýzu dalších onkogenů: N-ras (OMIM+164790) patří do rodiny ras (of retrovirus-associated DNA sequences) H-ras (OMIM*190020) patří do rodiny ras (of retrovirus-associated DNA sequences)




BRAF (OMIM*164757) (V-RAF Murine Sarcoma Viral Oncogene Homolog B1) c-kit (OMIM*164920) (Hardy-Zuckerman feline sarcoma viral oncogene homolog) Biologický materiál: Odběr: - biologickým materiálem je nádor v jakékoliv formě (zmražený, konzervovaný). Velikost nádoru cca 3x3x3 mm nebo 10 až 30 řezů z parafínového bločku - z hlediska výsledkové zprávy je užitečné mít k dispozici histologickou zprávu, která specifikuje i řezy, jestli vzorek obsahuje i normální, nenádorovou tkáň. Jednotky: Referenční hodnoty: Patogenní mutace nalezena / nenalezena. Metoda: real-time PCR, enriched PCR, SSCP, RFLP Provádí se: analýza trvá 1 až 4 týdny Doba odezvy: do 2 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Hereditární nepolypózní kolorektální karcinom– gen MLH1, MSH2, MSH6 Zkrácený název: HNPCC, Lynchův syndrom Popis: HNPCC je spojeno se 28-75% celoživotním rizikem kolorektálního karcinomu u mužů a 2452% rizikem u žen; může být přítomno určité množství polypů tlustého střeva (počet nepřesahuje 100 polypů). Jedná se o nejčastější formu dědičného kolorektálního karcinomu. Dědičnost je u tohoto onemocnění autozomálně dominantní. Příčinou vzniku karcinomu je zárodečná mutace v některém z genů zodpovědných za opravy replikačních chyb v DNA (mismatch repair genes-MMR geny), což má za následek vznik nádorů charakteristických vysokým stupněm nestability v krátkých tandemových repeticích molekuly DNA (mikrosatelitech). Tyto tumory jsou proto označovány jako MSI-H (microsatellite instabilityhigh). Gen MLH1 je lokalizován na chromozomu 3 v oblasti p21.3 a má 19 exonů. Na chromozomu 2 je v oblasti p21 – 22 lokalizován gen MSH2, obsahující 16 exonů, a v oblasti p16 gen MSH6, skládající se z 10 exonů. Poznámka: Genetické testování indikuje klinický genetik. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným




- při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Mutace v genech MLH1, MSH2, MSH6 prokázany / neprokázány. Metoda: PCR, MLPA, přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 3 měsíce Doba odezvy: do 6 měsíců Odbornost: 816

Název vyšetření: Mikrosatelitová instabilita Zkrácený název: MSI Popis: Mikrosatelitová instabilita (MSI) je stav charakteristický pro určité nádorové buňky, kde během DNA replikace náhodně vznikají neopravené opakované kopie mikrosatelitů Mikrosatelity (MS) jsou krátké nekodující mono- až vícenukleidové repetitivní sekvence rozeseté v celém lidském genomu. Při replikaci často v nich dochází k mutacím kvůli nepřesnostem způsobenými DNA-dependentní DNA polymerázou. Ve zdravé buňce tento typ chyb je okamžitě opraven reparačním systémem „mismatch-repair“ (MMR). V případě přítomnosti mutací v genech MLH1, MSH2, MSH6, PMS1 a PMS2 kódujících tento systém dochází k mikrosatelitové instabilitě, ke kumulaci neopravených chyb v genomu a ke vzniku HNPCC (hereditární nonpolypózní kolorektální karcinom, Lynchův syndrom). MSI je nepřímím diagnostickým ukazatelem poškození „mismatch-repair“ (MMR) systému na úrovni dědičného materiálu. MSI se nachází u 90% pacientů s Lynchovým syndromem a je typická pro hereditární nepolypózní kolorektální karcinom. U sporadických forem kolorektálního karcinomu MSI lze najít v cca 10 až 15% případech. Analýza mikrosatelitů je součástí Bethesda kritérií a provádí se v pěti lokusech: BAT25, BAT26, D2S123, D5S346 a D17S250. Literatura: L.R. Lipton, V. Johnson, C. Cummings, S. Fisher, P. Risby, A.T. Eftekhar Sadat, T. Cranston, L. Izatt, P. Sasieni, S.V. Hodgson, H.J.W. Thomas, and I.P.M. Tomlinson: Refining the Amsterdam Criteria and Bethesda Guidelines: Testing Algorithms for the Prediction of Mismatch Repair Mutation Status in the Familial Cancer Cloníc. JCO, 2004, 22 (24), 4934-4943. Lynch et al.: Towards a consensus in molecular diagnosis of hereditary non-polyposis colorectal cancer (Lynch Syndrome). JNCI, 2007, 99 (4), 261-263. Vasen et al.: Guidelines for the clinical management of Lynch syndrome (Hereditary nonpolyposis




colorectal cancer). J. Med. Genet., 2007, 44, 353-362. Eduardo Vilar and Stephen B. Gruber: Microsatellite instability in colorectal cancer—the stable evidence. Nat. Rew. Clin. Oncol., 2010, 1-10

Biologický materiál: - nádorová a - nenádorová tkáň (nenádorovou tkáň lze nahradit s nesrážlivou krví s K3EDTA) Odběr: - nádorová tkáň (15 řezů z nádoru nebo histologický preparát označeným ložiskem nádoru nebo zmražený tumor) - nenádorová tkáň (15 řezů z nenádorové tkáně nebo histologický preparát neobsahující nádor nebo zmražená normální tkáň) nebo nesrážlivá krev v K3EDTA V případě, že nenádorová tkáň bude nahrazena nesrážlivou krví - odebrat pacienta do zkumavky s protisrážlivou látkou K3EDTA (např.:odběrová souprava na krevní obraz) - při 4°C stabilní 7 dní, - při -20°C 6 měsíců - odběr není nutno provádět nalačno Referenční hodnoty: MSS - mikrosatelitová instabilita neprokázána MSI - mikrosatelitová instabilita prokázána MSI-L (instabilita byla nalezena v jednom z pěti vyšetřených lokusů) MSI-H (instabilita byla nalezena ve dvou a více z pěti vyšetřených lokusů) Metoda: PCR, fragmentová analýza Provádí se: 1-2x měsíčně - analýza probíhá 2 týdny Doba odezvy: do 1 měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Familiární adenomatózní polypóza (FAP) – gen APC a MYH Zkrácený název: FAP Popis: U genu APC se jedná o autozomálně dominantní typ dědičnosti – avšak ve 20% vznikají mutace de novo nebo je přítomen somatický mozaicismus. U rodin s FAP bylo doposud identifikováno více než 800 různých mutací genu APC. Většina těchto mutací vede k produkci zkráceného - nefunkčního proteinu. Tento nefunkční protein nemůže tlumit aktivitu B-cateninu, dochází k poruchám buněčného cyklu a tvorbě polypů, ze kterých mohou, po kaskádě dalších genetických změn, vznikat nádory. Polypy a nádory se nejčastěji objevují v tlustém střevě, ale mohou se vyvinout i na jiných místech, např. v horním trávicím traktu, mozku, nebo štítné žláze. Gen APC je lokalizován na dlouhém raménku chromozomu 5 v oblasti 5q21-q22. APC plní významnou roli v kontrole buněčného cyklu, v mezibuněčné komunikaci, podílí se na formování mezibuněčných spojů. Je součástí Wnt/Wingless signální dráhy, kde reguluje aktivitu proteinu B-catenin. APC protein tvoří komplex s GSK3β a axinem, tento komplex se




váže na cytoplazmatický B-catenin a usnadňuje jeho inaktivaci pomocí proteolytických enzymů. Gen MYH patří mezi Base Excision Repair (BER) geny, tedy geny, jejichž proteinové produkty jsou zodpovědné za opravy mutací způsobených reaktivními produkty kyslíku tvořenými během aerobního metabolizmu. Zárodečné mutace genu MYH jsou asociované s autozomálně recesivním typem dědičnosti. Bylo však prokázáno, že i mutace jedné alely může zvýšit riziko vzniku kolorektálního karcinomu. Všechny polypózy spojené s mutacemi v genu MYH byly zařazeny do skupiny MYH-asociovaných polypóz (MAP). Jiné než střevní manifestace jsou u MAP málo časté. Velmi zřídka se může jednat o endometriální karcinom. MYH je lokalizován na chromozomu 1 v oblasti 1p34.1 a má 16 exonů. Poznámka: Genetické testování indikuje klinický genetik. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Mutace v genu APC prokázany / neprokázány. Mutace v genu MUTYH prokázany / neprokázány. Metoda: PCR, MLPA u genu APC, přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 2 měsíce Doba odezvy: do 4 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Detekce mutací v genu c-KIT u gastrointestinálních stromálních tumorů Zkrácený název: c-KIT Popis: Gastrointestinální stromální tumor (GIST) je nejčastějším mezenchymálním nádorem trávicího traktu. Nejčastěji postihuje žaludek (65 %), tenké střevo (25 %), tlusté střevo a konečník (5–10 %), vzácně se vyskytuje také v jícnu. Incidence GIST v České republice je kolem 300 případů ročně. Původ nádoru je přisuzován kmenovým buňkám, které se diferencují směrem k intersticiálním Cajalovým buňkám ovlivňujícím peristaltiku.




Více než 80% GISTu je způsobeno mutací v genu c-KIT akumulovaných v hotspot exonech 8, 11, 13 a 17. Gen c-KIT je lokalizován na dlouhém raménku 4. chromozomu a kóduje tyrozinkinázový receptor (RTK) pro růstový faktor SCF. RTK jsou transmembránové proteiny, které se skládají z extracelulární, transmembránové a intracelulární části. Extracelulární část tvoří receptor a část intracelulární nese tyrozinkinázovou doménu, která se po vazbě specifického ligandu na receptor aktivuje. Aktivace způsobí dimerizaci RTK a autofosforylaci tyrozinových zbytků, což způsobí stabilizaci vazebného místa pro ligand. Mutace v genu c-KIT u GISTu způsobují nepřiměřenou aktivaci TK domény nezávislou na vazbě SCF, což vede ke zvýšené buněčné proliferaci a genomové instabilitě. U GISTu je terapie zaměřena na biologickou léčbu pomocí protein kinázového inhibitoru imatinib mesylátu (STI 571, Glivec). Detekce mutací v c-KITu slouží jako prediktivní faktor terapeutické odpovědi. Vysokou citlivost na léčbu vykazují nádory s mutací v exonu 11, naopak primárně rezistentní jsou nádory bez mutace či nádory s mutací v exonu 18. Biologický materiál: histologický materiál ve formě řezů z parafinových bločků nebo preparát na sklíčku s označeným nádorovým ložiskem Odběr: - vyšetření může indikovat gastroenterolog, onkolog, radioterapeut, patolog, klin. genetik - z hlediska výsledkové zprávy je užitečné mít k dispozici histologickou zprávu, která specifikuje řezy, jestli vzorek obsahuje normální i nenádorovou tkáň. Referenční hodnoty: Mutace v c-KIT detekována/ nedetekována Metoda: PCR, sekvenování Provádí se: 1x měsíčně- analýza probíhá 1-4 týdny Doba odezvy: do 2 měsíců Odbornost: 816

Název vyšetření: Familiární nádory žaludku – gen CDH1 Zkrácený název: HDGC Popis: Hereditární difuzní karcinom žaludku je autozomálně dominantně dědičný nádorový syndrom s vysokým celoživotním rizikem karcinomu žaludku difuzního typu, zvýšené je významně i riziko nádorů prsu, především lobulárního typu. Hereditární difuzní karcinom žaludku (HDGC) je charakterizován pozdní diagnózou a špatnou prognózou. Průměrný věk manifestace HDGC je 38 let, s rozpětím 14–69 let. Odhadované celoživotní riziko rozvoje karcinomu žaludku do 80 let je u mužů 67 % a u žen 83 %. Mnoho rodin s HDGC má prokázanou germinální mutaci v genu pro E-cadherin (CDH1). Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik.




Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Mutace v genu CDH1 prokázany / neprokázány. Metoda: PCR, přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 1 měsíc Doba odezvy: do 3 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Li-Fraumeni syndrom Zkrácený název: TP53 Popis: Tumor-supresorový gen TP53 je lokalizován na chromozómu 17 v oblasti 17p13.1. Kóduje protein p53 o velikosti 393 aminokyselin. Klíčovou roli hraje v regulaci řady genů ovlivňujících proliferaci, apoptózu, senescenci, reparaci DNA nebo angiogenezi. Mutace v tomto genu vedou k narušení rovnováhy těchto procesů. Většina mutací, které deaktivují p53 způsobují ztrátu schopnosti proteinu vázat se k jeho cílovým DNA sekvencím, a zabrání tak transkripční aktivaci příslušných genů. TP53 vyhledává poškozená místa na DNA a pokud takové najde, spustí transkripci genu p21, který zastaví buněčnou proliferaci, dokud není poškozené místo reparováno. Pokud je neopravitelné, zahájí apoptózu buňky. Germinální mutace TP53 genu jsou asociovány s familiárním výskytem Li-Fraumeni syndromu charakteristického autozomálně dominantně přenášenou predispozicí k širokému spektru nádorů, např. sarkomům měkkých tkání a kostí, nádorům prsu, mozkovým nádorům, adrenokortikálním karcinomům a dalším. Literatura: Vogelstein B, Lane D, Levine AJ.: Surfing the p53 network. Nature, 2000, 408, 307-310. YU Zeyang, FAN Wo, et al.: Inhibitory effect of recombinant adenovirus encoding human p53 tumor suppressor gene rAd-p53 combined with radiation therapy on human lymphoma cells lines growth. J Radiat Res Radiat Proces. 2008, 26(3):183-186. Xue, W., Zender, L., Miething, C., Dickins, R. A., Hernando, E., Krizhanovsky, V., Cordon-Cardo, C., Lowe, S. W.: Senescence and tumour clearance is triggered by p53 restoration in murine liver carcinomas. Nature, 2007, 445, 656-660. Bourdon, J.-C.: p53 and its isoforms in cancer. Brit. J. Cancor, 2007, 97, 277-282.

Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik.




Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Referenční hodnoty: Kauzální mutace v genu TP53 prokázána. Kauzální mutace v genu TP53 neprokazána. Metoda: PCR, přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 1x měsíčně Doba odezvy: do 3 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: p16 Zkrácený název: p16 Popis: Gen p16 (CDKN2A, CDKN2, INK4a, MTS1) je tumorsupresor a kóduje proteiny, které regulují dvě důležité dráhy buněčného dělení: p53 signální a RB signální dráhu. Je lokalizován na chromozomu 9p21. Produktem genu je několik transkriptů, které se liší v prvním exonu, v alternativním sestřihu a v alternativním čtecím rámci. Transkript p16INK4a je cyklindependentní kináza inhibitor a transkript p16ARF se váže k MDM2 proteinu stabilizující p53. Gen je často inaktivován v mnoha nádorech – LOH, hypermetylace. Germinální mutace v tomto genu způsobují familiární maligní melanom a často se nacházejí u karcinomu pankreatu. Literatura: M. T. Landi, A. M. Goldstein, S. Tsang, D. Munroe, W. Modi, M. Ter-Minassian, R. Steighner, M. Dean, N. Metheny, B. Staats, R. Agatep, D. Hogg, D. Calista: Genetic susceptibility in familial melanoma from northeastern Italy., J Med Genet 2004, 41, 557–566. Y. Chudnovsky, P. A. Khavari, and A. E. Adams: Melanoma genetics and the development of rational therapeutics. J. of Clin. Incest. 2005, 115, 4. 813-824. A. F. Hezel, A. C. Kimmelman, B. Z. Stanger, N. Bardeesy, and R. A. DePinho: Genetics and biology of pancreatic ductal adenocarcinoma. Genes and dev., 2006, 20, 1218-1249

Biologický materiál: nesrážlivá krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu




- odběr není nutno provádět nalačno Referenční hodnoty: - byla nalezena kauzální mutace - nebyla nalezena kauzální mutace Metoda: PCR, přímé sekvenování Provádí se: 1x měsíčně Doba odezvy: do 3 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Cowden syndrom – gen PTEN Zkrácený název: PTEN Popis: Zárodečná mutace v PTEN genu způsobuje autosomálně dominantně dědičné riziko intestinálních hamartomů a kožních změn jako faciální trichilemomy, papilomatozní papuly a akrální keratózy. Asi u 50% případů může být přítomna makrocefalie a mentální subnormalita. Syndrom se manifestuje do konce 2. dekády života u více než 90% jedinců, během 3. dekády se u 99% jedinců vyvíjejí kožní léze. Riziko některých nádorů může být zvýšené, nádorů prsu, štítnice, především folikulárního typu, pravděpodobně i nádorů kolorekta, ledvin, ovaria, endometria a melanomu. Gen PTEN je lokalizován na chromozomu 10 v oblasti q23 a má 9 exonů PTEN působí jako tumor supresorový gen prostřednictvím svého proteinového produktu. Tato fosfatáza se účastní regulace buněčného cyklu a inhibuje růst a dělení buněk. Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Mutace v genu PTEN prokázany / neprokázány. Metoda: PCR, přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 4 měsíce Doba odezvy: do 4 měsíců Odbornost: 816




Název vyšetření: Fúzní gen TMPRSS2/ERG Zkrácený název: TMPRSS2/ERG Popis: TMPRSS2-ERG fúze je častým jevem u karcinomu prostaty. Frekvence je popisovaná v rozmezí 40-80%. TMPRSS2 gen (androgen-regulated trans-membrane protease, serine 2) je lokalizován na chromozomu 21 v oblasti 21q22.23-q22.22, má 14 exonů a kóduje serin proteázu, která je sekretována epiteliálními buňkami v prostatě za přítomnosti androgenů. Fúze TMPRSS2 s ERG, ETV1 a ETV4 byla popsána u karcinomu prostaty. ERG, ETV1 a ETV4 patří do rodiny ETS (E-twenty six) transkripčních faktorů. Nalezení fúzního genu potvrzuje přítomnost karcinomu, ale nepredikuje průběh onemocnění.Tyto fúzní geny jsou detekovatelné metodou FISH z karcinomu prostaty a fúzní transkripty se dají odhalit po přepisu do cDNA pomocí polymerázové řetězové reakce z karcinomu prostaty nebo z moče. Literatura K. G. Hermans, R. van Marion, H. van Dekken, G. Jenster, W. M. van Weerden and J. Trapman: TMPRSS2:ERG Fusion by Translocation or Interstitial Deletion Is Highly Relevant in Androgen-Dependent Prostate Cancer, But Is Bypassed in Late-Stage Androgen Receptor-Negative Prostate Cancer., Cancer. Res., 2006, 66, 10658-10663. S. A. Narod, A Seth and R. Nam: Fusion in the ETS gene family and prostate cancer., Br. J. of Cancer., 2008, 99, 847-851 J. Clark, S. Merson, S. Jhavar, P. Flohr, S. Edwards, C. S. Foster, R. Eeles, F. L. Martin, D. H. Phillips, M. Crundwell, T. Christmas, A. Thompson, C. Fisher, G. Kovacs and C. S. Cooper: Diversity of TMPRSS2-ERG fusion transcripts in the human prostate., Oncogene, 2007, 26, 2667-2673 Diesel M FitzGerald et al.: Association of TMPRSS2-ERG gene vision with clinical characteristics and outcomes: results from a population-based study of prostate cancer., BMC Cancer 2008,8:230

Biologický materiál: ranní moč Odběr: - ranní moč 50-100 ml - skladování: při +4°C/24 hodin při -20°C/týden - transport: v chlazeném boxu Referenční hodnoty: Fúze byla prokázána Fúze nebyla prokázána Metoda: RT-PCR, PCR/elfo, real-time PCR Provádí se: analýza probíhá 1x měsíčně Doba odezvy: do 1 měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Mnohočetná endokrinní neoplazie typ 1 (syndrom MEN1)




Zkrácený název: Popis: Syndrom MEN1 zahrnuje různé kombinace více než 20 typů endokrinních a neendokrinních nádorů. Onemocnění vzniká v důsledku mutací v tumor supresorovém genu MEN1 kódující protein menin. Mutace v genu způsobují zkrácení či absenci meninu. Mutace MEN1 genu jsou detekovány u 80-90% probandů s familiárním syndromem MEN1, asi u 65% jedinců s prvozáchytem MEN1 v rodině, až u 20% jedinců s familiární izolovanou hyperparatyreózou a často u pacientů se ZollingerovýmEllisonovým syndromem.

Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Syndrom MEN1 prokázán/ neprokázán. Metoda: PCR, přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 1x měsíčně Doba odezvy: do 3 měsíců Odbornost: 816

E) Geneticky podmíněné choroby Název vyšetření: Hemochromatóza Zkrácený název: Hemochromat C282Y Hemochromat H63D Hemochromat S65C Popis: Hereditární hemochromatóza (HHC) je dědičná autosomálně recesivní porucha metabolismu železa, projevující se střádáním železa v játrech, pankreatu, varlatech, srdci, kloubech a hypofyse. Produkt HFE genu - HFE protein - je transmembránový protein asociovaný s beta2mikroglobulinem. Normální HFE protein se váže s transferinovým receptorem a 5-10x redukuje jeho afinitu k transferinu, hlavnímu transportéru železa. V bělošské populaci nejrozšířenější mutace C282Y mění strukturu HFE proteinu a jeho asociaci s beta2mikroglobulinem. Konsekvence H63D mutace nejsou tak zřejmé. HFE protein svou asociací s transferinem reguluje vstřebávání železa. Gen pro HFE, byl lokalizován na krátkém raménku




chromosomu 6 (6p21.3). Z dosud poznaných 37 alelických variant HFE genu jsou s hemochromatózou významně asociovány dvě mutace: C282Y (845G>A) vedoucí k záměně cysteinového zbytku za tyrozinový na pozici 282 aminokyselinového řetězce a H63D (187C>G), tj. záměna histidinu za asparagovou kyselinu v pozici 63 aminokyselinového řetězce. V poslední době byla u pacientů s hemochromatózou identifikována další mutace S65C, ale její význam není zatím zcela objasněn. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Gilbertův syndrom Zkrácený název: Gilbert Popis: Gilbertův syndrom (GS) je geneticky podmíněné onemocnění charakterizované mírnou chronickou nekonjugovanou hyperbilirubinémií (17 - 100 mol/l) bez přítomnosti jaterního onemocnění či zjevné hemolýzy. Podstatou GS je mutace specifické uridindifosfát glukuronosyltransferázy katalyzující glukuronidaci nekonjugovaného bilirubinu, která má za následek snížení aktivity enzymu. Jedná se o autozomálně recesivní onemocnění s 15% frekvencí v ČR populaci. Nejčastější kauzální mutací je inzerce TA sekvence v promotoru UGT 1A1 genu. Promotor nemutovaného genu obsahuje 6 TA sekvenci na obou alelách UGT 1A1 (genotyp 6TA/6TA). Postižení jedinci s GS mají na obou alelách 7 TA (genotyp 7TA/7TA). Přenašeči mají genotyp 6TA/7TA (heterozygoti). U GS pacientů genotyp 7TA/7TA se vyskytuje v 98%. Zbylí pacienti jsou tzv. „compound“ (složení) heterozygoti, kteří na jedné alele UGT 1A1 genu nesou inzerci TA sekvence a na druhé jinou mutaci (genotyp: 7TA/jiná mutace)*. Klinicky jde o benigní syndrom nevyžadující žádnou terapeutickou intervenci. Tím důležitější je ovšem jeho správná diagnostika a odlišení od závažných onemocnění jaterního parenchymu. Dalším důležitým momentem může být léčba irinotecanem u onkologických




pacientů. Jedinci s genotypem 7TA/7TA mohou mít závažné toxické reakce na terapii (diarrhea, leukopenie, neutropenie atd). Poznámka: * V těchto speciálních případech kontaktujte laboratoř. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: 6TA/6TA - negativní = wild type = nemutovaný homozygot 6TA/7TA - heterozygot 7TA/7TA - mutovaný homozygot 7TA/jiná mutace - „compound“ hetrozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Crigler-Najjar syndrom I, II Zkrácený název: Popis: Crigler-Najjar syndrom (CNS) je velmi vzácná porucha metabolismu bilirubinu s předpokládanou incidencí 1/milion. Jedná se o dědičnou nehemolytickou žloutenku vedoucí ke kernikteru. Jsou rozlišovány dvě formy: CNS I s dědičností autozomálně recesivní (AR) a CNS II s dědičností autozomálně dominantní (AD). (Klinické a laboratorní rozdíly viz tab.) CNS I je charakterizován hladinou celkového bilirubinu kolem 345 μmol/l (310 - 755 μmol/l). Neléčené formy onemocnění mají fatální konec kolem 1.-2. roku života. U CNS II se hladina bilirubinu většinou pohybuje pod 345 μmol/l a afekce je mnohdy detekována v pozdějším věku. Kernikterus je méně častý. Etiologickou příčinou obou syndromů jsou mutace lokalizované různě v UGT 1A1 genu. Na rozdíl od Gilbertova syndromu se tyto mutace nacházejí v kódující oblasti genu.

Celkový sérový bilirubin [mg/dL] Celkový sérový bilirubin [μmol/l]

CNS (Crigler-Najjar syndrom) Typ I Typ II 18 - 45 (kolem >20) 6 - 25 (kolem < 20) Nad 345 μmol/l (310 - 755 μmol/l)

Pod 345 μmol/l (100 - 430 μmol/l)

Gilbert syndrom Kolem 4 mg/dL Kolem 25 μmol/l (17 - 100 μmol/l)




Rutinní test jater Odpověď na fenobarbital Kernikterus Histologie jater

Normální Ne Obvykle Normální

Normální Snížení hladiny bilirubinu na >25% Vzácně Normální

Barva moči Frakce bilirubinu v žluči

Bledá nebo bezbarvá >90% nekonjugovaný

Pigmentovaná Větší frakce (průměr: 57%) monokonjugáty

Aktivita UGT 1A1

Chybí; stopově v některých případech

Dědičnost autozomálně

Recesivní

Markantně redukovaný: 0 - 10% normálu Dominantní

Normální Snížení hladiny bilirubinu na normal Ne Obvykle normální; v některých případech pigment lipofuscin Normální Hlavně dikonjugáty monokonjugáty zvýšené (průměr 23 %) Redukovaný: typicky na 10-33% normálu Recesivní

Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik nebo pediatr. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Crigler-Najjar syndrom (I/II) byl/nebyl potvrzen.

Metoda: PCR, sekvenace Provádí se: analýza probíhá 4 měsíce Doba odezvy: do 6 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Marfanův syndrom Zkrácený název: Popis:




Marfanův syndrom je multisystémové, autozomálnědominantní onemocnění pojivové tkáněs incidencí kolem 1 z 5-10 000. Přibližně25% případů je sporadických. Klinicky se MFS vyznačuje velkou variabilitou. Diagnostika se řídí Gentskými kritérii. Mezi hlavní příznaky patří poruchy kardiovaskulárního, očního a kostního systému. Etiologií onemocnění jsou v 90% případů mutace v genu FBN1 lokalizovaném na chromozomu 15, lokus 15q15-q21.1. O zbylých 10% se dělí mutace v genu FBN2 lokalizovaném na chromozomu 5 (lokus 5q23- q31) a také v genech TGFBR2 - Transforming Growth Factor- Beta Receptor 2 (lokus 3p22) a v genu TGFBR1 - Transforming Growth Factor- Beta Receptor 1, lokalizovaném na chromozomu 9q22. V lidském genomu patří FBN1 mezi velké geny (235 kb). Je složen z 65 exonů, který kóduje 2871 aminokyselinových zbytků. Produktem genu FBN1 je extracelulární protein fibrillin 1, který je součástí elastických i non-elastických mikrofibril pojivových tkání. Odtud pramení postižení více orgánových systémů. Do dnešní doby bylo publikováno více než 2000 nalezených mutací roztroušených nepravidelně po celé délce kódující sekvence.

Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Marfanův syndrom byl/nebyl potvrzen. Metoda: PCR, SSCP, sekvenace Provádí se: analýza probíhá 4 měsíce Doba odezvy: do 7 měsíců Odbornost: 816

Název vyšetření: Marfanův syndrom typu II, Loeys-Dietz syndrom, familiární aortické aneurysma, thorakální aortické aneurysma Zkrácený název: Popis: Přibližně u 8-10% pacientů s marfanoidním habitem nebyla nalezena mutace v genu FBN1. Příčinou onemocnění označovaného jako Marfanův syndrom typu II. jsou mutace v genu TGFBR2 – Transforming Growth Factor-Beta Receptor 2 - lokus 3p22. Mutace v genu TGFBR2 jsou rovněž spojeny anerysmem hrudní aorty. Do souvislosti s MFS typu II. Je dáván i gen TGFBR1 – Transforming Growth Factor-Beta Receptor 1 – lokus 9q22. Mutace v tomto genu jsou především spojeny s Loeys-Dietz syndromem (LDS) - autozomálně dominantní onemocnění s klinickou manifestací více než jednoho systému – a s familiárním aotickým aneurysmatem.




Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Marfanův syndrom typuII/LDS/torakální aortické aneurysma byl/nebyl potvrzen. Metoda: PCR, sekvenace Provádí se: analýza probíhá 2 měsíce Doba odezvy: do 7 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Beals syndrom Zkrácený název: Popis: Beals syndrom (Congenital contractural arachnodactyly, CCA, MIM #121050) je dědičné autozomálně dominantní onemocnění pojivové tkáně. Klinické příznaky jsou velmi podobné Marfanovu syndromu, se kterým je často zaměňován, a proto je z tohoto důvodu těžké stanovit prevalenci onemocnění. Hlavními charakteristickými znaky jsou kloubní kontraktury (lokty, kolena, prsty na rukou), arachnodaktylie, svalová hypoplázie, osteopenie, skolióza, někdy kyfoskolióza, vpáčný či vypouklý hrudník, atypicky deformované ušní boltce. Kardiovaskulární a oční komplikace nejsou na rozdíl od Marfanova syndromu příliš typické. Příčinou Beals syndromu jsou mutace v genu FBN2, který leží na dlouhém raménku 5. chromozómu (5q23). Produktem genu FBN2 je glykoprotein fibrillin-2, který pravděpodobně reguluje během časné embryogeneze tvorbu elastických vláken pojivových tkání. Poznámka: vyšetření může indikovat pouze klinický genetik Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu Jednotky: Referenční hodnoty: Beals syndrom byl/nebyl potvrzen na molekulární úrovni. Metoda: PCR, SSCP, heteroduplexová analýza, sekvenování




Doba odezvy: 6 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Kardiomyopatie (TNNT2, MYH7, MyBPC3) Zkrácený název: Popis: Hypertrofická kardiomyopatie (HCM) je charakterizována progresivní hypertrofií levé (někdy i pravé) komory, diastolickou dysfunkcí, palpitací, synkopami, arytmiemi, srdečním selháním a předčasnou smrtí. HCM je autozomálně dominantní onemocnění s frekvencí výskytu 1/500. HCM je heterogenní s neúplnou penetrancí a variabilní expresivitou. Často se objevuje u mladých jedinců a mnohdy se manifestuje náhlým úmrtím. V současné době je známých 19 genů spojených se vznikem HCM. Nejčastější mutace, které způsobují familiární výskyt tohoto onemocnění se vyskytují u genů kódujících těžký řetězec myozinu (MYH7-lokalizace 14q12), myozinový vazebný protein C (MyBPC3- lokalizace 11p11.2), troponin T (TNNT2 -lokalizace 1q32) a troponin I (TNNI3 lokalizace 19q13.42). Poznámka: Vyšetření může indikovat pouze klinický genetik. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Kardiomyopatie byla/nebyla potvrzena. Metoda: PCR, DGGE, SSCP, HD a přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 3 měsíce Doba odezvy: do 7 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Prelinguální hluchota, AR (autozomálně recesivní) - kauzální mutace v genech GJB2 a GJB6 Zkrácený název: Popis:




Nejčastější smyslovou vadou, kterou nalézáme v lidské populaci je těžká porucha až ztráta sluchu. Vrozená ztráta sluchu postihuje každého tisícího novorozence a více než polovina případů má genetickou příčinu. Zhruba 80% geneticky podmíněných nesyndromových ztrát sluchu je způsobeno autozomálně recesivní formou (AR) onemocnění. Je známo více než deset genů, které mohou být zodpovědné za AR nesyndromovou ztrátu sluchu. U více než poloviny případů onemocnění lze prokázat mutace v genu GJB2 a/nebo také v genu GJB6. Tyto geny gap junction genes jsou lokalizovány na chromozomu 13. GJB geny kódují proteiny connexiny, které jsou stavebními kameny transmembránových kanálů vnitřního ucha. Původ hluchoty může být rovněž digenický. V evropské populaci se u postižených jedinců v převážné většině nalézá mutace 35delG a to ve 40 - 80%. Mutace s nejčastějším výskytem v romské populaci je W24X. Diagnóza je potvrzena na molekulární úrovni v případě, že jsou v nalezeny dvě mutace. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR, sekvenace Provádí se: 1x měsíčně Doba odezvy: do 2 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Wilsonova choroba - kauzální mutace v genu ATP7B Zkrácený název: Popis: Wilsonova choroba je autozomálně recesivní onemocnění, které je charakteristické akumulací mědi v organismu. Tato metabolická porucha je podmíněna na molekulární úrovni mutacemi – změnami v sekvenci kodující oblasti genu pro měď transportující ATPázu (ATP7B – chromozom 13q14.3q21.1). Defektní ATP7B (Copper-transporting ATPase 2) způsobuje, že měď přijatá potravou nemůže být inkorporována do ceruloplazminu ani se nemůže vyloučit z organizmu exkrecí do žluči a ukládá se v játrech, mozku a tkáních dalších orgánů, které nevratně poškozuje. V tomto genu bylo popsáno více než 200 mutací. Vliv jednotlivých mutací na průběh onemocnění je rozdílný a je dán polohou mutace v genu. Za nejzávažnější jsou pokládány mutace v exonech, které kodují Cu a ATP doménu a jsou zodpovědné za vazbu ATP a mědi na transportní protein. Základní vyšetření zahrnuje kauzální mutaci p.H1069Q,




frekvence u nemocných WD se pohybuje okolo 57%. Dalšími vyšetřovanými mutacemi rozšířenými ve Střední Evropě jsou p.T737R, p.R778G, p.W779X, p.T977M, p.A1018V, p.T1033S, p.G1111D, p.D1271N, c.3402delC, c.1340del4, c.1518_1522del5, c.3140delA, c.3794_3803del10, jejichž výskyt u nemocných WD v České republice nepřesahuje 5%. Metodou sekvenování jsme schopni vyloučit všechny bodové mutace, menší delece, duplikace a inzerce ve vyšetřovaných exonech 3, 8, 13, 14 , 15, 18 a 19. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot, Wilsonova choroba potvrzena na molekulární úrovni Metoda: PCR, sekvenace Provádí se: 1 x měsíčně Doba odezvy: do 2 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Prader-Willi a Angelman syndrom Zkrácený název: PWS/AS Popis: Prader-Willi (PWS) a Angelman (AS) syndromy jsou fenotypově zcela odlišná multisystémová onemocnění, které ale spojuje chromozomální oblast 15q11-q13. Incidence obou syndromů je udávána v indoevropské populaci 1/15 000 - 20 000. Většina případů PWS a AS jsou sporadické. Klinické charakteristiky Prader-Willi syndromu (MIM176270) jsou nápadné a mění se s věkem. Pohyby plodu během těhotenství jsou snížené. Po narození se objeví poruchy sání, hypotonie, nízké váhové přírůstky a neprospívání. Později, ve věku mezi 1.- 6. rokem dochází k nadměrnému přibývání na váze. Charakteristickými obličejovými rysy jsou dolichocefalie, úzký obličej, mandlový tvar očí, svěšené koutky úst, dále hypogonadismus, hypopigmentace, malá postava, malé ruce a nohy, mírná až střední mentální retardace, problémy v chování. Klinické příznaky Angelman syndromu (MIM105830) jsou výrazné, ale ne zcela specifické. Během prvních měsíců až let života je diagnóza z klinického obrazu obtížná a většinou je stanovena až mezi 3.-7. rokem věku, kdy se již manifestuje většina z typických symptomů. Mezi klinické charakteristiky patří opoždění psychomotorického vývoje, porucha vývoje řeči,




porucha koordinace pohybů, ataky neadekvátního smíchu („happy puppet“), mikrocefalie, epileptické záchvaty (u více než 90 % pacientů). Hypopigmentace se objeví asi u 60 % dětí. Etiologií PWS a AS je absence dědičného materiálu chromozomální oblasti 15q11-q13, který je pod vlivem genomového imprintingu. U PWS chybí oblast 15q11-q13 paternálního, u AS materiálního původu. PWS vzniká cca v 70% delecí zmíněné oblasti patnáctého chromozomu pocházejícího od otce (v 99% se jedná o de novo delece), v 20-25% uniparentální materiální dizómií (heterodizómie nebo izodizómie) a asi v 5% chybami v imprintingovém centru. AS vzniká cca v 70% delecí oblasti 15q11-q13 patnáctého chromozomu pocházejícího od matky (v 99% se jedná o de novo delece). Uniparentální paternální dizómie (heterodizomie nebo izodizómie) patnáctého chromozomu se u AS objevuje s frekvencí asi 5 %. Asi 5% případů je způsobeno mutacemi v genu UBE3A. U této formy AS je rekurentní riziko v rodině probanda 50 %. Přítomnost balancované translokace u rodičů PWS i AS dětí může být predispozicí k abnormální segregaci, a v tomto případě je riziko rekurence 25 %. Molekulárně genetická diagnostika PWS a AS je prováděna sledováním segregace vysoce polymorfních lokusů (standardně 3 a v případě neinformativity v rodině až 7) v oblasti 15q11q13. Toto vyšetření na rozdíl od FISH analýzy detekuje nejenom delece, ale i uniparentální dizómie. Vyšetření může být doplněno metylační analýzou bicistronické oblasti SNRPNSNURF. Literatura: Semanová E.: Mikrodeleční syndromy. ČLČ, 2002, 141, 12: 363-370. Gunay-Aygun M, Schwartz S, Heeger S, O'Riordan MA, Cassidy SB.: The changing purpose of Prader-Willi syndrome clinical diagnostic criteria and proposed revised criteria. Pediatrics. 2001, 108, 5: E92. Bóday Á, Matoška V: Genomový imprinting. Ces-Slov. Pediatr 2000; 55: 33-40. Bóday Á, Matoška V, Seemanová E, et al.: Detekce delecí a uniparentálních disomií u Praderova- Williho a Angelmanova syndromu. Ces-slov Pediat 2000; 55, 1: 3-8. Calounová G, Bóday A, Havlovicová M,et al.: Diagnostické možnosti syndromu PWS a AS. Ces a slov Neurol Neurochir 2005; 68/101, 284-293.

Biologický materiál: nesrážlivá krev (K3EDTA) Odběr: - vyšetření může indikovat klinický genetik event. neurolog a pediatr - je nutno odebrat nejen pacienta, ale i jeho rodiče Referenční hodnoty: absence 15q11-q13 prokázána (specifikace: delece, uniparentální heterodizomie nebo izodizomie paternálního nebo materiálního původu) absence 15q11-q13 neprokázána Metoda: PCR, fragmentová analýza Provádí se: analýza 1x měsíčně Doba odezvy: do 3 měsíců Odbornost: 816




F) Ostatní Název vyšetření: 1-antitrypsin Zkrácený název: Antitrypsin Popis: Protein α1-antitrypsin chrání tělo před působením výkonného enzymu nazývaného neutrofilní elastáza. Neutrofilní elastáza je uvolňována buňkami bílé krevní řady při boji s infekci, pokud však tento enzym není pevně řízený alfa-1-antitrypsinem může napadat také normální tkáně (zvláště plíce). Mutace v genu SERPINA1 vedou k nedostatku alpha-1 antitrypsinu nebo vzniku abnormální formy proteinu, která není schopna regulovat neutrofilní elastázu. Bez dostatečně funkčního 1-AT ničí neutrofilní elastáza alveoli a způsobuje tak plícní onemocnění. Abnormální 1-AT se může také akumulovat v játrech poškozovat je. Deficit 1-AT je důležité autozomálně recesivně dědičné onemocnění, které tedy vede k chronické obstrukční chorobě plic a jaterních cirhóze. U genu SERPINA1 byla zjištěna značná genetická variabilita s více než 80 nalezenými genetickými variantami. Klinicky důležité jsou varianty odpovědné za sníženou hladinu α1 - AT v plazmě. Nejčastější a nejdůležitější z nich je alela Z, která se v bělošských populacích vyskytuje s frekvencí 1-2% (v populacích černošských nebo asijských je vzácný). Mutace v Z alele (Glu342Lys) zpomaluje rychlost inhibice elastázy 1-antitrypsinem. ZZ pacienti mají jen asi 1015% normální plazmatické koncentrace 1-AT. Asi 17% homozygotů ZZ se projeví novorozeneckou žloutenkou a asi u 25% této skupiny se následně vyvine cirhóza. U heterozygotů ZM je v plazmě 50-60% u ZS méně než 40% koncentrace 1-AT. Mutace v S alele (Glu264Val) se vyskytuje mnohem častěji než v Z alele (frekvence 2-4% v bělošské populaci). Mutace v S alele vyvolá degradaci 1-AT proteinu ještě před samotnou sekrecí. Protože deficit 1-AT je poměrně mírný, homozygotní nosiči SS vykazují 50% normální koncentrace a heterozygoti MS asi 80% koncentrace 1-AT. Význam polymorfismů genu SERPINA1 pro lékařství tkví v alelách, jejichž produkty jsou zodpovědné za sníženou sérovou aktivitu 1-AT. Důsledkem genetického polymorfismu v lokusu pro 1-AT je několikanásobné kolísání hodnot aktivity 1-AT u na pohled „normálních“ osob. Část tohoto spektra může mít velký význam z hlediska zdraví populace, neboť jsou náznaky, že predispozice k řadě nemocí, jako jsou onemocnění plic (zvlášť u kuřáků), astma a revmatoidní artritida (i další autoimunní choroby) je dána heterozygotním nosičstvím alely Z nebo S (přibližně u 3-5 % jedinců v bělošských populacích). Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno




Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) MS nebo MZ - heterozygot S-typu nebo Z-typu SS nebo ZZ - mutovaný homozygot S-typu nebo Z-typu Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 14 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: HLA-B 27 konfirmace Zkrácený název: HLAB-27 konfirmace Popis: Exprese antigenu HLA-B27 je spojována s řadou nespecifických zánětlivých onemocnění, jako jsou záněty kloubů, vnitřních struktur oka, krátkých kostí rukou, nohou a šlach. S antigenem HLA-B27 je také velmi silně asociována ankylózující spondylitida (ASBechtěrevova nemoc). AS je zánětlivé systémové onemocnění, které zasahuje převážně klouby páteře a pánve, avšak v řadě případů bývají zasaženy i jiné části těla. V selektované skupině osob s AS je HLA-B27 exprimován u více než 90% případů. V běžné bělošské populaci se vyskytuje u cca 8% jedinců, avšak pouze u malého počtu z nich (cca 3%) dojde k rozvoji některé formy této choroby. Z těchto důvodů se testování HLA-B27 využívá jen pro vyloučení diagnózy AS. Riziko postižení některou z forem tohoto onemocnění se trojnásobně zvyšuje v případech, kdy chorobou trpí některý přímý příbuzný HLA-B27 pozitivní osoby. Přítomnost antigenu HLA-B27 je primárně stanovována imunologicky pomocí průtokové cytometrie. Molekulárně genetická detekce přítomnosti alely HLA-B27 (konfirmace) je indikována pouze u pacientů s nejednoznačným výsledkem průtokové cytometrie (výsledek je označen jako reaktivní nikoliv pozitivní). K tomuto dochází v případě zkřížené reakce monoklonálních protilátek s dalším přítomným antigenem HLA-B7 (viz. imunologie). Detekce rizikové alely B27 může významně přispět k diferenciální diagnostice a včasné a cílené terapii u rizikových pacientů. Poznámka: Vyšetření je konfirmací imunologické analýzy. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: -




Referenční hodnoty: Negat. - negativní - nepřítomnost alely HLA-B27 Pozit. - pozitivní - přítomnost alely HLA-B27 Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 14 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Familïární hypercholestérolemie (FH) Zkrácený název: LDLR Popis: Familiární hypercholesterolémie (FH) je dědičné onemocnění charakterizováno vysokou hladinou LDL (low density lipoproteins) cholesterolu v krevní plazmě. Nejčastější příčinou FH je poškození LDL receptoru, který má za úkol vychytávat LDL částice z krevního oběhu. Důsledkem tohoto stavu je kumulace celkového a LDL cholesterolu v krevní plazmě a jeho následné ukládání do stěny tepen. Onemocnění se vyznačuje vysokým rizikem předčasných kardiovaskulárních komplikací.

Gen pro LDL receptor se nachází na krátkém raménku 19. chromozómu a je složen z 18 exonů. Tento gen kóduje vysoce konzervativní protein. V genu se vyskytuje nesčetné množství polymorfizmů. Mutace v genu pro LDLR jsou rozprostřeny po celém úseku genu a představují velmi heterogenní soubor. Mutace nacházející se v kódující oblasti genu LDLR mají vliv na strukturu a funkci vzniklého proteinu a zapříčiňují FH. Nejfrekventovanější typy mutací v české populaci se nacházejí v 5. a 12. exonu genu LDLR. A největší počet mutací se objevuje ve 4. exonu genu. Poznámka: Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Patogenní mutace v genu LDLR nalezeny / nenalezeny. Metoda: PCR, MLPA, přímé sekvenování Provádí se: analýza probíhá 4 měsíce Doba odezvy: do 6 měsíců Odbornost: 816




Název vyšetření: Apolipoprotein E Zkrácený název: Apo E Popis: Apolipoprotein E (ApoE) je hlavní sérový lipoprotein zapojený do transportu a metabolismu cholesterolu. ApoE je vylučován řadou buněk, zejména makrofágy a nadledvinkami, ale hlavně je produkován játrami. Gen pro apolipoprotein E se běžně vyskytuje ve třech alelách označovaných e2, e3 a e4, které kódují odpovídající izoformy proteinu označované E2, E3 a E4. Izoformy se navzájem odlišují aminokyselinovým složením v pozicích 112 a 158. Nejčastější genotyp E3 isoforma se vyznačuje cysteinem v pozici 112 a argininem v pozici 158. Izoforma E2 má protektivní efekt před vznikem Alzheimerovy choroby a je spojována s dlouhověkostí a to i když pacienti s hyperlipoproteinemií typu III jsou homozygotní nosiči alely e2. Isoforma E4 je spojena se zvýšenou hladinou cholesterolu a tím s vyšším rizikem srdečních nemocí. Homozygoti E4/E4 mají vyšší riziko vzniku Alzheimerovy nemoci. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: E3/E3 - přirozeně se vyskytující genotyp E2/E3, E2/E4, E3/E4 - heterozygot E4/E4 - potencionálně patogenní Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 14 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Familiární defekt apolipoproteinu B100 (R3500Q) Zkrácený název: Apo B100 R3500Q Popis: Familiární defekt apolipoproteinu B-100 (FDB) je autozomálně kodominantní onemocnění, spojené s hypercholesterolemií a zvýšeným rizikem onemocnění koronárních arterií. Příčinou je defekt ligandu pro LDL receptor - apolipoproteinu B100. V genu ApoB (lokalizace 2p24) se zjistila řada mutací, které mění konfiguraci apo B-100, a tak znemožní jeho vazbu na LDL receptor. Z nichž nejrozšířenější a nejlépe prostudovaná je mutace R3500Q. V typické




heterozygotní formě jsou v krvi pacienta přítomny 2 subpopulace LDL částic: jedna s funkčním apoB100, druhá s vadným. Částice LDL s vadným apoB100 nejsou dostatečně rychle odstraňovány z krve a tím se enormně zvyšuje hladina LDL cholesterolu. Frekvence heterozygotů je 1:500, frekvence mutovaných homozygotů 1:1 000 000. Koncentrace cholesterolu u heterozygotů se pohybuje 8-12 mmol/l, u homozygotů je větší než 15 mmol/l. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: wild type = nemutovaný homozygot (negativní) Heteroz. - heterozygot Homozg. - mutovaný homozygot Metoda: PCR Provádí se: 1 x za 14 dnů Doba odezvy: do 14 pracovních dnů Odbornost: 816 Název vyšetření: Krevní skupiny systému AB0 Zkrácený název: Popis: Jednotlivé skupiny krevního systému AB0 jsou geneticky determinovány třemi běžnými a několika vzácněji se vyskytujícími alelami genu, který je lokalizován na chromozomu 9. Tvorba skupinového receptoru však není přímo a jedině ovlivněna tímto lokusem. Jedná se o komplexní a složitý proces, za který jsou zodpovědné enzymy transferázy. Také ty jsou tvořeny na podkladě informací příslušných genů, které se však vyskytují na jiných lokusech. Sérologické vyšetření krevní skupiny systému AB0 pacienta nemusí být vzhledem k podstatě vyšetřovací metody mnohdy zcela spolehlivé (zkřížené reakce, nedostatek vzácných diagnostických sér). Hlavním důvodem molekulárně genetického vyšetření je snaha překonat úskalí daná sérologickými metodami a určit u pacienta krevní skupinu systému AB0 co možná nejpřesněji na úrovni genotypu. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců




- neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Genotyp krevní skupiny: 0101, 0102, 01B, 01A1, 01A2, 0202, 02B,02A1, 02A2, BB, A1B, A2B, A1A1, A1A2, A2A2 Metoda: PCR Provádí se: 1x měsíčně Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816

Název vyšetření: Slabé a variantní formy antigenu D Zkrácený název: Popis: Rh systém představuje soubor celé řady antigenů lokalizovaných na RhD a RhCcEc proteinech Rh komplexu erytrocytové membrány. Exprese Rh antigenů může být změněna kvantitativně slabé antigeny nebo kvalitativně - variantní antigeny. U slabých antigenů je nižší počet kopií příslušného proteinu na červené krvince, avšak sérologická a imunologická tvářnost je nezměněna. Naproti tomu variantní antigeny mají odlišnosti v epitopové mozaice. Podkladem D slabých antigenů jsou RHD (weak) geny s bodovými mutacemi, které se promítají do intramembránové a intracelulární části proteinu a mají za následek poruchu jeho zabudovávání do struktury Rh komplexu. D varianty jsou takové změny RHD genu, které se promítají do rozdílného uspořádání extramembránové části RhD proteinu. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Mutace prokázána / neprokázána. Metoda: PCR




Provádí se: 1x měsíčně Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Rh systém Zkrácený název: Popis: Stanovení exprese Rh antigenů na povrchu erytrocytů má klinický význam z důvodů významné role při hemolytické nemoci novorozenců, autoimunní hemolytické anémii a transfúzních inkompatibilitách. Správné určení Rh antigenů je proto důležité pro detekci, monitorování, léčbu a prevenci těchto stavů. Rh systém je kódován ve třech velmi blízko sebe ležících lokusech na krátkém raménku chromozomu 1. Antigeny C, D, E, c, d, e jsou exprimovány vždy ve trojici a počet možných genových kombinací je 8: cde, Cde, cDe, cdE, Cde, cDE, CdE, CDE. Pokud je exprimován antigen Rh-D, který má největší antigenitu, jde o jedince Rhpozitivního. Není-li přítomen tento antigen, je jedinec Rh-negativní, což je obvykle způsobeno homozygozitou pro nefunkční alelu Rh-D genu. Frekvence výskytu Rhnegativních jedinců se mezi etnickými skupinami značně liší, v Evropě se pohybuje okolo 15%. Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Rh(D) - pozitivní Rh(D) - negativní Metoda: PCR Provádí se: 1x měsíčně Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Sclerodermie Zkrácený název: Popis: Systémová skleróza (scleroderma) je onemocnění s častým postižením kůže, které se projevuje v časné fázi jejím prosáknutím, následně vede zvýšená produkce kolagenu k ztuhnutí kůže a nakonec se vyvíjejí atrofické změny kůže a jejich adnex. Kožní projevy jsou obvykle




doprovázeny různým stupněm fibrózy a zánětlivé infiltrace orgánů, cévními vazospastickými projevy a nálezy orgánově specifických autoprotilátek. Na základě populační studie bylo zjištěno (Fonseca C., N Engl J Med. 2007), že polymorfismus G-945C v promotorové oblasti genu CTGF (connective-tissue growth factor) je významně asociován s tímto onemocněním. Genotyp GG se vyskytuje mnohem častěji u pacientů se skleredermii než u zdravých jedinců. Poznámka: Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Metoda: PCR Provádí se: analýza probíhá 1měsíčně Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Celiakie Zkrácený název: Popis: Celiakální sprue je multifaktoriální onemocnění, které je způsobeno trvalou nesnášenlivostí lepku. Onemocnění má genetický podklad a je podmíněno přítomnosti specifických glykoproteinů HLA systému II. třídy na povrchu imunokompetentních buněk. Asi u 95 % pacientů se vyskytují molekuly HLA-DQ2 a u 5 - 10 % pacientů HLA-DQ8. Po úpravě transglutaminázou se na tyto molekuly váží metabolity lepku (gliadin), které ve sliznici tenkého střeva spouštějí imunitní reakci namířenou proti buňkám vlastního organismu. Přítomnost těchto molekul ovšem znamená pouze možnost onemocnět celiakií, onemocnění se rozvíjí až za přispění dalších známých i neznámých faktorů. HLA-DQ2 nebo HLA-DQ8 pozitivita se vyskytuje u 20-25% zdravé bělošské populace. Nepřítomnost HLA-DQ2 nebo HLA-DQ8 vylučuje celiakii z 99%. Poznámka: Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným




- při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: DQ2 typ – přítomnost HLA-DQ2 alely DQ8 typ - přítomnost HLA-DQ8 alely DQ2/DQ8 typ - přítomnost HLA-DQ2 a zároveň HLA-DQ8 alely negativní - nepřítomnost HLA-DQ2 a HLA-DQ8 alely Metoda: PCR Provádí se: analýza probíhá 1x měsíčně Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816 Název vyšetření: Autozomálně dominantní spinocerebelární ataxie (AD SCA) Zkrácený název: SCA1, SCA2, SCA3, SCA6, SCA7 Popis: Autozomálně dominantní spinocerebelární ataxie (AD SCA) jsou heterogenní skupinou neurodegenerativních chorob začínajících v dětském i dospělém věku. Jejichž základním příznakem je progresivní zhoršování funkce mozečku a jeho dostředivých a odstředivých drah. Přesná klasifikace onemocnění je obtížná, protože existují velké inter- a intrafamiliární rozdíly při nástupu onemocnění, v závažnosti průběhu choroby a v klinickém neurologickém obrazu. V historickém vývoji se řada klinických klasifikací snažila se střídavým úspěchem postihnout šíři spektra těchto chorob. Diferenciální diagnostika AD SCA je také velice široká a zahrnuje ve skutečnosti skupinu více než 200 dědičných i nedědičných nozologických jednotek. Na úrovni dědičného materiálu bylo zatím odhaleno 29 různých lokusů souvisejících s AD SCA. Mezi nejfrekventovanější typy AD SCA patří SCA 1, SCA 2, SCA 3, SCA 6 a SCA7. Tato onemocnění jsou způsobena téměř stoprocentně amplifikací CAG triplet repetitivních sekvencí v jednotlivých genech. Literatura: A. Zumrová, M. Kopečková, Z. Mušová, A. Křepelová, L. Apltová, K. Maděrová: Autosomálně dominantní spinocerebelární ataxie. Neurol. prax, 2007, 5: 272-276. Harding A. E.: Clinical features and classification of inherited ataxias. Adv Neurol, 1993, 61, p. 1-14 Bauer P.O., Matoska V., Zumrova A., Bóday A., Doi H., Marikova T., Goetz P.: Genotype/phenotype correlation in a SCA1 family: anticipation without CAG expansion. J. Appl. Genetics, 2005. 46, 3, 325-328. Bauer P.O., Zumrova A., Matoska V., Marikova T., Krilova S., Boday A., Singh B., Goetz P.: Absence of spinocerebellar ataxia type 3/Machado-Joseph disease within ataxic patients in the Czech population. Eur. J. Neurology, 2005, 12, 11, 851-857. Bóday A.: Podstata repeatových chorob způsobených amplifikací triplet repetitivních sekvencií . Neurologie 2005, Vyd. 1, Triton, Praha, 2005, Kapitola: Choroby repeatové s. 110-112, ISBN 80-7254-613-9. Stevanin G., Durr A., Brice A.: Clinical and molecular advances in autosomal dominant cerebellar ataxias: from genotype to phenotype and physiopathology. Eur J Hum Genet, 2000, 8, 4-18.




Schols L., Bauer P., Schmidt T., et al.: Autosomal dominant cerebellar ataxias: clinical features, genetics, and pathogenesis. Lancet Neurol, 2004, 3, 291-304.

Poznámka: Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: nalezena amplifikace CAG tripletů - daný typ AD SCA je potvrzen nenalezena amplifikace CAG tripletů - daný typ AD SCA je téměř 100% vyloučen Metoda: PCR, fragmentová analýza Provádí se: 2x měsíčně Doba odezvy: do 2 měsíců Odbornost: 816 Název vyšetření: Narkolepsie Zkrácený název: Popis: Narkolepsie, též známá jako DMS (Syndrom Daniela Merricka) je spánková porucha. Jde o jeden z typů hypersomnie, zvýšené spavosti. Postižený člověk (narkoleptik) upadá během dne náhle do spánku. Tato ospalost se nedá vůlí potlačit, takže člověku velmi komplikuje běžný život. Rizikové faktory narkolepsie představují genetické změny na šestém chromozomu v oblasti tzv. HLA komplexu. Tyto změny způsobí snížení hladiny neurotransmiteru hypokretinu a následnou autoimunní reakci a degeneraci buněk, které tento neurotransmiter obsahují. Prevalence v populaci je okolo 0,03 až 0,16%. Nemoc často začíná v období dospívání a zřídka po 35 letech. Muži i ženy jsou postiženy stejně. Byla popsána vysoká asociace onemocnění narkolepsie s HLA DQB1*06 (cca 85-95% pacientů s narkolepsii má HLA haplotyp DRB1*1501-DQA1*0102-DQB1*0602, ve srovnání s 30% běžné populace), což je vysoce specifický marker u všech etnických skupin. U 98% pacientů s narkolepsii bylo zaznamenáno nosičství subytypu DQB1*0602. Význam HLA typizace u narkolepsie spočívá ve vyloučení nebo nízkou pravděpodobnost existence u pacienta. V případě neprokázání DQB1*0602 může být u




pacienta s největší pravděpodobností narkolepsie vyloučena. V případě pozitivního DQB1*0602 nelze narkolepsii vyloučit, neboť frekvence DQB1*0602 je v populaci 11-22%. Poznámka: Biologický materiál: nesrážlivá periferní krev Odběr: - nesrážlivá periferní krev, zkumavka s protisrážlivou látkou K3EDTA nebo citrátem sodným - při 4°C stabilní 7 dní, při -20°C 6 měsíců - neodebírat do lithium heparinu - odběr není nutno provádět nalačno Jednotky: Referenční hodnoty: Pozitivní – narkolepsie prokázana (haplotyp DRB1*1501-DQA1*0102-DQB1*0602) Negativní - narkolepsie neprokázana (haplotyp DRB1*1501-DQA1*0102-DQB1*0602) Metoda: PCR Provádí se: analýza probíhá 1x měsíčně Doba odezvy: do měsíce Odbornost: 816

LMB Verze č.: 6

Recommend Documents