Lampiran 1 Komposisi Medium PDA (1 liter) 1 Kentang 200 g 2 Dekstrosa 15 g 3 Agar 20 g 4 Air steril 1000 ml

49 Lampiran 1 Komposisi Medium PDA (1 liter) No Bahan

Takaran

1

Kentang

200 g

2

Dekstrosa

15 g

3

Agar

20 g

4

Air steril

1000 ml

200 g kentang yang telah dikupas dan dipotong-potong direbus dalam 1000 ml air steril dan dididihkan sampai empuk. Air hasil rebusan disaring dan ditambahkan air steril lagi hingga volumenya menjadi 1 L, kemudian 15 g dextrosa dan 20 g agar dimasukkan ke dalamnya dan diautoklaf. Dextrosa dapat diganti dengan sukrosa untuk merangsang sporulasi berbagai jenis cendawan.

Lampiran 2 Komposisi Medium V8 Agar (1 liter) No Bahan

Takaran

1

V8 jus

200 ml

2

Agar

20 g

3

CaCO3

3g

4

Air steril

800 ml

Media ini digunakan untuk membantu pertumbuhan merangsang sporulasi berbagai jenis cendawan sebagai pengganti PDA. 200 ml sari V8 jus, 3 g CaCO3, 20 g agar dicampurkan dengan 800 ml air steril. pH-nya diatur 7 – 7.5 dengan cara mengatur banyaknya jus yang dipakai atau diberikan CaCO3. Jika sari mengandung banyak serat, sebaiknya disentrifius dan disaring terlebih dahulu dengan kertas saring.

50 Lampiran

1.

2.

3.

4. 5. 6. 7. 8.

9.

3

Protokol penyiapan (AVRDC Mycology 2000)

inokulum

Phytophthora

Tumbuhkan Phytophthora pada medium V8 jus agar. Pindahlan 7 mm potongan miselial ke bagian tengan cawan petri diameter 9 cm dan inkubasi pada 28 oC dengan lampu yang tetap menyala selama 4 hari. Potong setiap kultur agar menjadi empat bagian dengan ukuran yang sama menggunakan pisau steril; pindahkan setiap potongan pada cawan petri baru yang steril dan potong menjadi beberapa bagian berbentuk kotak berukuran ± 0,5 cm2. Tambahkan air steril sampai menutupi agar block dan inkubasi pada suhu ruang selama 1 jam; tuang airnya dan ganti dengan 18 ml air steril sampai menutupi seluruh permukaan agar block. Inkubasi selama 24 jam pada 28 oC dengan lampu yang tetap menyala untuk pembentukan sporangia. Pindahkan lagi ke incubator (4 oC) selama 2 jam untuk inisiasi pembentukan zoospora. Kembalikan lagi pada incubator yang tetap menyala suhu 28 oC selama 1 jam untuk pelepasan zoospora. Tuang suspensi zoospora dan jika diperlukan cuci agar block untuk mendapatkan zoospora baru yang lebih besar (menggunakan cheese cloth). Pindahkan suspensi sampel yang representatif ke haemocytometer dan panaskan slide pada pemanas (50 oC selama 1 menit) dengan tujuan agar zoospora menjadi tidak bergerak sehingga mudah dihitung. Sediaan suspensi zoospora harus disimpan di tempat yang dingin atau dalam air dingin.

51 Lampiran 4

Cara kalibrasi mikrometer okuler dan objektif pada mikroskop binokuler

1 skala mikrometer objektif = 0,01 mm atau 10 µm;

sedangkan

1 skala okuler = Jarak yang diketahui antara 2 garis pada mikrometer objektif Jarak skala pada mikrometer okuler = 0,01 x skala objektif skala okuler

(dalam mm)

= 10

(dalam µm)

x skala objektif skala okuler

Lampiran 5 Sistem klasifikasi Saccarado (Barnett & Hunter 1998) SPHAEROPSIDALES 1a. Conidia globose to oblong or ellipsoid, not filiform…………………………2 1b. Conidia filiform, at least several times longer than wide, 1-to several-celled (scolecosporous)…………………………………………………………….62 2a. Conidia 1-celled……………………………………………..........................3 2b. Conidia typically 2-celled…………………………………………………..45 2c. Conidia typically 3-to several-celled……………………………………….52 45a. Conidia hyaline……………………………………………………………..46 45b. Conidia with distinct dark pigment………………………………………...51 51a. Pycnidia separate, not in stroma……………………..........................Diplodia 51b. Pycnidia clustered in stroma…………………………………..Botryodiplodia

52 Lampiran 6

Pertumbuhan koloni Diplodia dan atau Botryodiplodia dalam PDA pada suhu kamar (25 – 30 oC)

Asal Isolat Berastagi (3 HSI)

Kampar (3 HSI)

Muaro Jambi (3 HSI)

Tulang Bawang Barat (3 HSI)

Garut (3 HSI)

Jember (4 HSI)

Permukaan atas

Permukaan bawah

53 Lampiran 6 (Lanjutan) Batu - Malang (3 HSI)

Bangli (7 HSI)

TTS (3 HSI)

Banjarbaru (3 HSI)

Banjarmasin(3 HSI)

54 Lampiran 7 Konidia B. theobromae (perbesaran 100x dan 400x pada mikroskop binokuler) Asal Isolat Berastagi

Kampar

Muaro Jambi

Tulang Bawang Barat

Garut

Jember

Hasil Foto Mikroskopis

55 Lampiran 7 (Lanjutan) Batu - Malang

Bangli

TTS

Banjarbaru

Banjarmasin

56 Lampiran 8

Hasil perunutan nukleotida sepuluh isolat B. theobromae (format contiq)

Banjarbaru 1 61 121 181 241 301 361 421 481 541

TTGATATGCT TCAGAAGGTT CTTGAGGGCT CCAATTCCAA ACCAAGGGGC TACTTATCGC AGTTTTAGTT CCTTTGGCGG AGCCGGAGCT ACGACTTTTA

TAAGTTCAGC CGTCCGGCGG GAACAGCCAC GCAGAGCTTG GCAATGTGCG ATTTCGCTGC TATTAACTTG CCGGAGCCGC CGAAAACTCG CTTCC

GGGTATCCCT GCGACGCCAA CGCCGAGGTC AGGGTTGTAA TTCAAAGATT GTTCTTCATC TTTATCAGAC CAAAGCAACA GTAATGATCC

ACCTGATCCG CCGCTCCAAA TTTGAGGCGC TGACGCTCGA CGATGATTCA GATGCCAGAA GTCTGCGTTT GAGGTACGTT TTCCGCAGGT

AGGTCAACCT GCGAGGTGTA GTCCGCAGTG ACAGGCATGC CTGAATTCTG CCAAGAGATC ACTGACTGGA CACAAAGGGT TCACCTACGG

TGAGAAAAGT TTCTACTACG AGGACGGTGC CCCCCGGAAT CAATTCACAT CGTTGTTGAA GTTTGAAGGT GGGAGAGTCG AAACCTTGTT

GATATGCTTA AGAAGGTTCG TGAGGGCTGA AATTCCAAGC CAAGGGGCGC CTTATCGCAT TTTTAGTTTA TTTGGCGGCC CCGGAGCTCG GA

AGTTCAGCGG TCCGGCGGGC ACAGCCACCG AGAGCTTGAG AATGTGCGTT TTCGCTGCGT TTAACTTGTT GGAGCCGCCA AAAACTCGGT

GTATCCCTAC GACGCCAACC CCGAGGTCTT GGTTGTAATG CAAAGATTCG TCTTCATCGA TATCAGACGT AAGCAACAGA AATGATCCTT

CTGATCCGAG GCTCCAAAGC TGAGGCGCGT ACGCTCGAAC ATGATTCACT TGCCAGAACC CTGCGTTTAC GGTACGTTCA CCGCAGGTTC

GTCAACCTTG GAGGTGTATT CCGCAGTGAG AGGCATGCCC GAATTCTGCA AAGAGATCCG TGACTGGAGT CAAAGGGTGG ACCTACGGAA

AGAAAAGTTC CTACTACGCT GACGGTGCCC CCCGGAATAC ATTCACATTA TTGTTGAAAG TTGAAGGTCC GAGAGTCGAG ACCTTGTTAC

TTGATATGCT TCAGAAGGTT CTTGAGGGCT CCAATTCCAA ACCAAGGGGC TACTTATCGC AGTTTTAGTT CCTTTGGCGG AGCGTTCACA GCAGGTTCAC

TAAGTTCAGC CGTCCGGCGG GAACAGCCAC GCAGAGCTTG GCAATGTGCG ATTTCGCTGC TATTAACTTG CCGGAGCCGC AAGGGTGGGA CTACGGAAAC

GGGTATCCCT GCGACGCCAA CGCCGAGGTC AGGGTTGTAA TTCAAAGATT GTTCTTCATC TTTATCAGAC CAAAGCAACA GAGTCGAGCC CTTGTTACGA

ACCTGATCCG CCGCTCCAAA TTTGAGGCGC TGACGCTCGA CGATGATTCA GATGCCAGAA GTCTGCGTTT GAGGTACGTT GGAGCTCGAA

AGGTCAACCT GCGAGGTGTA GTCCGCAGTG ACAGGCATGC CTGAATTCTG CCAAGAGATC ACTGACTGGA CACAAAGGGT AACTCGGTAA

TGAGAAAAGT TTCTACTACG AGGACGGTGC CCCCCGGAAT CAATTCACAT CGTTGTTGAA GTTTGAAGGT GGGAGAGTCG TGATCCTTCC

CGAGGTGTAT TCCGCAGTGA CAGGCATGCC TGAATTCTGC CAAGAGATCC CTGACTGGAG ACAAAGGGTG

TCTACTACGC GGACGGTGCC CCCCGGAATA AATTCACATT GTTGTTGAAA TTTGGAGGTC GGAGAGTCGA

TTGAGGGCTG CAATTCCAAG CCAAGGGGCG ACTTATCGCA GTTTTAGTTT CTTTGGCGGC GCCGAAAACT

AACAGCCACC CAGAGCTTGA CAATGTGCGT TTTCGCTGCG ATTAACTTGT CGGAGCCGCC CGGTAATGAT

GCCGAGGTCT GGGTTGTAAT TCAAAGATTC TTCTTCATCG TTATCAGACG AAAGCAACAG CCTTCCGCAG

TTGAGGCGCG GACGCTCGAA GATGATTCAC ATGCCAGAAC TCTGCGTTTA AGGTACGTTC GTTCACCTAC

TCAGCGGGTA GGCGGGCGAC GCCACCGCCG GCTTGAGGGT GTGCGTTCAA GCTGCGTTCT ACTTGTTTAT GCCGCCAAAG ACTCGGTAAT

TCCCTACCTG GCCAACCACT AGGTCTTTGA TGTAATGACG AGATTCGATG TCATCGATGC CAGACGTCTG CAACAGAGGT GATCCTTCCG

ATCCGAGGTC CCAAAGCGAG GGCGCGTCCG CTCGAACAGG ATTCACTGAA CAGAACCAAG CGTTTACTGA ACGTTCACAA CAGGTTCACC

AACCTTGAGA GTGTATTCTA CAGTGAGGAC CATGCCCCCC TTCTGCAATT AGATCCGTTG CTGGAGTTTG AGGGTGGGAG TACGGAAACC

AAAGTTCAGA CTACGCTTGA GGTGCCCAAT GGAATACCAA CACATTACTT TTGAAAGTTT GAGGTCCTTT AGTCGAGCCG TTGTTAC

Berastagi 1 61 121 181 241 301 361 421 481 541

Garut 1 61 121 181 241 301 361 421 481 541

Jember 1 61 121 181 241 301 361

Muaro Jambi 1 61 121 181 241 301 361 421 481

TTGCTTAAGT AGGTTCGTCC GGGCTGAACA TCCAAGCAGA GGGGCGCAAT ATCGCATTTC TAGTTTATTA GGCGGCCGGA AAGCCCGAAA

57 Lampiran 8 (Lanjutan) Bangli 1 61 121 181 241 301 361 421 481 541

TTGATATGCT TCAGAAGGTT CTTGAGGGCT CCAATTCCAA ACCAAGGGGC TACTTATCGC AGTTTTAGTT CCTTTGGCGG AGCCGGAGCT ACGACT

TAAGTTCAGC CGTCCGGCGG GAACAGCCAC GCAGAGCTTG GCAATGTGCG ATTTCGCTGC TATTAACTTG CCGGAGCCGC CGAAAACTCG

GGGTATCCCT GCGACGCCAA CGCCGAGGTC AGGGTTGTAA TTCAAAGATT GTTCTTCATC TTTATCAGAC CAAAGCAACA GTAATGATCC

ACCTGATCCG CCGCTCCAAA TTTGAGGCGC TGACGCTCGA CGATGATTCA GATGCCAGAA GTCTGCGTTT GAGGTACGTT TTCCGCAGGT

AGGTCAACCT GCGAGGTGTA GTCCGCAGTG ACAGGCATGC CTGAATTCTG CCAAGAGATC ACTGACTGGA CACAAAGGGT TCACCTACGG

TGAGAAAAGT TTCTACTACG AGGACGGTGC CCCCCGGAAT CAATTCACAT CGTTGTTGAA GTTTGAAGGT GGGAGAGTCG AAACCTTGTT

TTTGATATTA TGATATGCTT CAGAAGGTTC TTGAGGGCTG CAATTCCAAG CCAAGGGGCG ACTTATCGCA GTTTTAGTTT CTTTGGCGGC GCCGAAGCCC AC

AAAGTCGTAA AAGTTCAGCG GTCCGGCGGG AACAGCCACC CAGAGCTTGA CAATGTGCGT TTTCGCTGCG ATTAACTTGT CGGAGCCGCC GAAAACTCGG

CCAAGGCAAC GGTATCCCTA CGACGCCAAC GCCGAGGTCT GGGTTGTAAT TCAAAGATTC TTCTTCATCG TTATCAGACG AAAGCAACAG TAATGTATCC

CTTCCGACTT CCTGATCCGA CGCTCCAAAG TTGAGGCGCG GACGCTCGAA GATGATTCAC ATGCCAGAAC TCTGCGTTTA AGGTACGTTC TTCCGCAGGT

CGGGATTTTC GGTCAACCTT CGAGGTGTAT TCCGCAGTGA CAGGCATGCC TGAATTCTGC CAAGAGATCC CTGACTGGAG ACAAAGGGTG TCACCTACGG

CACCCTTTTT GAGAAAAGTT TCTACTACGC GGACGGTGCC CCCCGGAATA AATTCACATT GTTGTTGAAA TTTGGAGGTC GGAGAGTCGA AAACCTTGTT

TTCAGCGGGT CGGCGGGCGA AGCCACCGCC AGCTTGAGGG TGTGCGTTCA CGCTGCGTTC AACTTGTTTA AGCCGCCAAA AACTCGGTAA

ATCCCTACCT CGCCAACCGC GAGGTCTTTG TTGTAATGAC AAGATTCGAT TTCATCGATG TCAGACGTCT GCAACAGAGG TGATCCTTCC

GATCCGAGGT TCCAAAGCGA AGGCGCGTCC GCTCGAACAG GATTCACTGA CCAGAACCAA GCGTTTACTG TACGTTCACA GCAGGTTCAC

CAACCTTGAG GGTGTATTCT GCAGTGAGGA GCATGCCCCC ATTCTGCAAT GAGATCCGTT ACTGGAGTTT AAGGGTGGGA CTACGGATAC

AAAAGTTCAG ACTACGCTTG CGGTGCCCAA CGGAATACCA TCACATTACT GTTGAAAGTT GAAGGTCCTT GAGTCGAGCC CTTGT

TTCAGCGGGT CGGCGGGCGA AGCCACCGCC AGCTTGAGGG TGTGCGTTCA CGCTGCGTTC AACTTGTTTA AGCCGCCAAA AACTCGGTAA

ATCCCTACCT CGCCAACCGC GAGGTCTTTG TTGTAATGAC AAGATTCGAT TTCATCGATG TCAGACGTCT GCAACAGAGG TGATCCTTCC

GATCCGAGGT TCCAAAGCGA AGGCGCGTCC GCTCGAACAG GATTCACTGA CCAGAACCAA GCGTTTACTG TACGTTCACA GCAGGTTCAC

CAACCTTGAG GGTGTATTCT GCAGTGAGGA GCATGCCCCC ATTCTGCAAT GAGATCCGTT ACTGGAGTTT AAGGGTGGGA CTACGGAAAC

AAAAGTTCAG ACTACGCTTG CGGTGCCCAA CGGAATACCA TCACATTACT GTTGAAAGTT GAAGGTCCTT GAGTCGAGCC CTTGTTA

AAGGTTCGTC AGGGCTGAAC TTCCAAGCAG AGGGGCGCAA TATCGCATTT TTAGTTTATT TGGCGGCCGG GGAGCTCGAA

CTACCTGATC AACCGCTCCA TCTTTGAGGC AATGACGCTC TTCGATGATT TCGATGCCAG ACGTCTGCGT CAGAGGTACG ACCTACGGAA

CGAGGTCAAC AAGCGAGGTG GCGTCCGCAG GAACAGGCAT CACTGAATTC AACCAAGAGA TTACTGACTG TTCACAAAGG ACCTTGTTAC

CTTGAGAAAA TATTCTACTA TGAGGACGGT GCCCCCCGGA TGCAATTCAC TCCGTTGTTG GAGTTTGAAG GTGGGAGAGT GACTTTTACT

GTTCAGAAGG CGCTTGAGGG GCCCAATTCC ATACCAAGGG ATTACTTATC AAAGTTTTAG GTCCTTTGGC CGAGCCGGAG TCC

TTCGTCCGGC CTGAACAGCC AAGCAGAGCT GCGCAATGTG GCATTTCGCT TTTATTAACT GGCCGGAGCC CATGATCCTT

GGGCGACGCC ACCGCCGAGG TGAGGGTTGT CGTTCAAAGA GCGTTCTTCA TGTTTATCAG GCCAAAGCAA CCGCAGGTTC

Kampar 1 61 121 181 241 301 361 421 481 541 601

Tulang Bawang Barat 1 61 121 181 241 301 361 421 481

TATGCTTAAG AAGGTTCGTC AGGGCTGAAC TTCCAAGCAG AGGGGCGCAA TATCGCATTT TTAGTTTATT TGGCGGCCGG GGAGCTCGAA

Batu - Malang 1 61 121 181 241 301 361 421 481

TTS 1 61 121 181 241 301 361 421 481

58 Lampiran 9 Hasil penjajaran nukleotida isolat penelitian dan isolat dari GeneBank Garut Tulang BawangBarat Berastagi Bangli Batu-Malang Muaro Jambi Kampar Jember Banjarbaru TTS L_Malaysia_jeruk BR_China_nangka LT_Malaysia_sirsak B_Malaysia_jeruk LT_Taiwan_mangga LP_Suriname_jeruk L_Kaltim_meranti BP_Australia_jeruk SS_Sumut_pinus PG_Switzerld_gandm

Garut Tulang BawangBarat Berastagi Bangli Batu-Malang Muaro Jambi Kampar Jember Banjarbaru TTS L_Malaysia_jeruk BR_China_nangka LT_Malaysia_sirsak B_Malaysia_jeruk LT_Taiwan_mangga LP_Suriname_jeruk L_Kaltim_meranti BP_Australia_jeruk SS_Sumut_pinus PG_Switzerld_gandm

CCGCTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA CCGCTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA CCGCTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA CCGCTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA CCGCTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA CCACTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA CCGCTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA -----------CGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA CCGCTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA CCGCTCCAAAGCGAGG--------TGTATTCTACTACGCTTGAGGGCTGA TTGCTTTGGCGGCTC-------------------------CGG------TTGCTTTGGCGGCTC-------------------------CGG------TTGCTTTGGCGGCTC-------------------------CGG------TTGCTTTGGCGGCTC-------------------------CGG------TTGCTTTGGCGGCTC-------------------------CGG------TTGCTTTGGCGGCTC-------------------------CGG------TTGCTTTGGCGGCTC-------------------------CGG------TTGCTTTGGCGGGCCGCGGTCCTCCGCACCGGCGCCCTTCGGGGGGCTGG TTGCTTTGGCGGCTC----TTTGCCGCGAGGAGGCCCTCGCGGGCCCCCC GCGTTAATTGGTCTTGGTGCCATGCGAAAAACATGTGGATCGTGGGCTAT *

132 128 130 132 118 127 191 31 132 104 103 101 103 105 93 101 118 109 104 183

ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ACAGC----CACCGCCGAGGTCTTTGAGGCGCGTCCGCAGTGAGGACGGT ----------CCGCCAAAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC ----------CCGCCAAAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC ----------CCGCCAAAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC ----------CCGCCAAAGGACCTCCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC ----------CCGCCAAAGGACCTCCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC ----------CCGCCAAAGGACCTCCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC ----------CCGCCAAAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGCAGAC CCAGCGC---CCGCCAGAGGACCATAAAACTCCAGTCAGTGAACTTCGCA CGCGCGCTTTCCGCCAGAGGACCTTCAAACTCCAGTCAGTAAACGTCGAC GTGACCC--CTCTGTGGGGGGTATTTTGTCGCGAACTTGGAGATTTGGCT * ** * * * *

178 174 176 178 164 173 237 77 178 150 143 141 143 145 133 141 158 156 154 231

59 Lampiran 9 (Lanjutan)


GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GCCCAATTCCAAGCAGAGCTTGAGGGTTGTAATGACGCTCGAACAGGCAT GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GTCTGAAAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GTCTGATAAAC-----AAGTTAA----TAAACTAAAACTTTCAACAACGG GATGGATATATTATATAGATAAA----CAAAATACAACTCTTAGCAATGG * * * * * * * ** *

228 224 226 228 214 223 287 127 228 200 184 182 184 186 174 182 199 197 195 277


GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 278 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 274 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 276 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 278 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 264 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 273 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 337 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 177 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 278 GCCCCCCGGAATACCAAGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCGATGATT 250 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 232 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 230 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 232 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 234 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 222 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 230 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 247 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 245 ATCTCTTGG--TTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGT 243 ATATCTTGG--TTCCCACAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGT 325 * ** * * * * ** * ** **** *



CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC CAC-TGAATTCTGCAATTCACATTACTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTC AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGTGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATT AATGCGAATTGCAGAATTCA-GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCAAGTT * ***** ****** * * * **** ** * ** *

327 323 325 327 313 322 386 226 327 299 281 279 281 283 271 279 296 294 292 374


ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA ATCGATGCCAGAA--CCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTAGTTTATTA GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA GCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA GCGCCCCTTGGTATTCCGAGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTT GCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA-----TTA GCGCTTTCGAGAGCCCTCGGAAGCATGCCTCTCTGAGTATCGGTTT-CTA * * * * * ** * *

375 371 373 375 361 370 434 274 375 347 326 324 326 328 316 324 341 339 337 423



ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGGAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGGAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGGAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT ACTTGTTTATCAGACGTCTGCGTTTACTGACTGGAGTTTGAAGGTCCTTT ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGAATTGGGCACCGTCCTCACTGCG ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGTATTGGGCCCCGTCCTCC--ACG ---CAACCCTCAAGCTC---TGCTTGGTATTGGGCGCCGTCCTCTCTGCG ---TATCTCTCACACTGGTGTGCTGGAGAATGGGAGTTGCTGCACCTCTC *** * * * **

425 421 423 425 411 420 484 324 425 397 370 368 370 372 360 368 385 381 381 470


GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGGGA GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GGCG-GCCGGAGCCGCCAAAGCAACAGAGGTACGTTCACAAAGGGTGG-GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA GACGCGCCTCAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA GACGCGCCTTGAAGACCTCGGCGGTGGCGTCTTG--CCTCAAGCGTAGTA GACGCGCCTTAAAGACCTCGGCGGTGGCTGTTCAGCCCTCAAGCGTAGTA TGCATCTCCTGAAGTCAACGTCGGCCGAAGTCCA----TCGGGT-----* * * * * *

474 468 470 472 458 467 531 371 472 444 420 418 420 422 410 418 435 429 431 510



GAGTCGAGCGTTCACAAAGGGTGGGAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGAAGCCCGAAAACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGAAGCCCGAAAACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGAA-------AACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGGAGCTCGAAAACT ------------------------GAGAGTCGAGCCGGAGC--------GAATA-------CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG GAATA-------CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG GAATA-------CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG GAATA-------CACCTCGCTTTGGAGTGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG GAATA-------CACCTCGCTTTGGAGTGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG GAATA-------CACCTCGCTTTGGAGTGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG GAATA-------CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG GAAAA-------CACCTCGCTTTGGAGCGCACGGCGTCGCCCGCCGGACG GAATA-------CACCTCGCTTTGGAGCGGTTGGCGTCGCCCGCCGGACG -------------------TCTTGGAACG------ATAATCCGTC--ATG ** *

524 494 496 498 484 493 557 390 498 461 463 461 463 465 453 461 478 472 474 533

Garut Tulang BawangBarat Berastagi Bangli Batu-Malang Muaro Jambi Kampar Jember Banjarbaru TTS L_Malaysia_jeruk BR_China_nangka LT_Malaysia_sirsak B_Malaysia_jeruk LT_Taiwan_mangga LP_Suriname_jeruk L_Kaltim_merant BP_Australia_jeruk SS_Sumut_pinus PG_Switzerld_gandm

CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGA--CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGATACCTTGT-------CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGA--CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTCGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTA-----CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTAC----CGGTAATGTATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTAC----CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTAC------------------CGGTAATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTT -----ATG-ATCCTTCCGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTT AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC AACCTTCTGAACTTT-CTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCC AACCTTTGAATTATTTCTCAAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGG------AACCTTCTGAACTTTTCTCAAGGTTGACCT-------------------G--CGCCCAAACCATACACACAA--GATCTCAGATGAGGTAAGACTACCC * * * **

570 535 542 546 527 537 602 420 547 505 513 511 513 515 502 511 528 515 504 579

63 Lampiran 9 (Lanjutan) Garut Tulang BawangBarat Berastagi Bangli Batu-Malang Muaro Jambi Kampar Jember Banjarbaru TTS L_Malaysia_jeruk BR_China_nangka LT_Malaysia_sirsak B_Malaysia_jeruk LT_Taiwan_mangga LP_Suriname_jeruk L_Kaltim_meranti BP_Australia_jeruk SS_Sumut_pinus PG_Switzerland_gandum

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTACTTCC------------------------TTACTTCC------------------------GCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGAA GCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGAGCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGAA GCTGAACTTAAGCATATCAATAAGGCGGAGGAA GCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGAGCTGAACTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGAGCTGAACTTAA-------------------------------------------------------------------------------------GCCGAATTTAAGCATATCAATAAG-CGGAGGA-

555 513 545 542 545 548 533 542 539 610

Lampiran 1 Komposisi Medium PDA (1 liter) 1 Kentang 200 g 2 Dekstrosa 15 g 3 Agar 20 g 4 Air steril 1000 ml

Recommend Documents