KERAGAMAN TIGA POPULASI IKAN TAMBAKAN (Helostoma temminckii) DENGAN METODE RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) DAN KARAKTER MORFOMETRIK
INTAN PUTRIANA
DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR 2011
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi yang berjudul :
KERAGAMAN TIGA POPULASI IKAN TAMBAKAN (Helostoma temminckii) DENGAN METODE RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) DAN KARAKTER MORFOMETRIK adalah benar merupakan hasil karya yang belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Semua sumber data dan informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Bogor, Desember 2011
INTAN PUTRIANA NIM. C14070024
ABSTRAK INTAN PUTRIANA. Keragaman Tiga Populasi Ikan Tambakan (Helostoma temminckii) dengan Metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dan Karakter Morfometrik. Dibimbing oleh DINAR TRI SOELISTYOWATI dan RUDHY GUSTIANO. Ikan tambakan (Helostoma temminckii) adalah salah satu jenis ikan air tawar yang berasal dari wilayah tropis, tepatnya Asia Tenggara. Di Indonesia ikan tambakan merupakan salah satu ikan bernilai ekonomis. Jumlah produksi budidaya kolam, karamba, maupun sawah ikan tambakan cenderung menurun. Untuk meningkatkan produksi ikan tambakan yang berkelanjutan perlu didukung oleh program pemuliaan bibit unggulan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genetika populasi ikan tambakan yang berasal dari tiga lokasi berbeda (Jawa, Sumatera, dan Kalimantan) menggunakan metode RAPD dan karakter morfometrik. Hasil menunjukkan bahwa polimorfisme dan heterosigositas tertinggi terdapat pada populasi ikan tambakan Kalimantan dibandingkan dengan tambakan Sumatera dan Jawa. Ukuran fragmen DNA teramplifikasi berkisar antara 100-2000 bp. Jarak genetik paling jauh adalah antara populasi tambakan Sumatera dengan Kalimantan (0,2877), sedangkan jarak genetik terendah adalah tambakan Kalimantan dengan Jawa (0,1961). Berdasarkan uji karakter morfometrik diketahui terdapat 9 karakter yang berbeda nyata (P<0,05) dan berdasarkan analisis fungsi kanonikal menunjukkan penyebaran karakter morfologi ketiga populasi ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan tidak saling bersinggungan dengan indeks kemiripan (sharing component) masing-masing populasi 100% Kata kunci: Ikan tambakan, polimorfisme, heterosigositas, jarak genetik, morfometrik
ABSTRACT INTAN PUTRIANA. Variability of Three Tambakan (Helostoma temminckii) Populations Using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) and Morphometric Characters. Supervised by DINAR TRI SOELISTYOWATI and RUDHY GUSTIANO. Tambakan as kissing gouramy (Helostoma temminckii) is well known as freshwater species from Southeast Asia. In Indonesia tambakan is an economic important comodity. At present, total production aquaculture (ponds, cage, and rice field) of tambakan tend to decrease. To increase the sustainable production of tambakan, support is needed from breeding programs. This study objectives are to identify genetic variation of tambakan population from West Java, Jambi, and
South Kalimantan province using RAPD and morphometric characters. The result show that the highest polymorphysm and heterozygosity is Kalimantan population. The three population observed has the fragment size ranged from 1002000 bp. Among population, the highest genetic distance is between Sumatera and Kalimantan (0,2877), while the lowest is between Kalimantan and Java (0,1961). Based on morphometric characters there are 9 characters showed significant different (P<0,05) and canonical function analysis showed morphological characters tambakan Sumatra, Java, and Kalimantan are separate each other indicating they are independent with sharing component indeks 100% each population. Key words: Kissing gouramy, polymorphysm, heterozigosity, genetic distance, morphometric
KERAGAMAN TIGA POPULASI IKAN TAMBAKAN (Helostoma temminckii) DENGAN METODE RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) DAN KARAKTER MORFOMETRIK
INTAN PUTRIANA
SKRIPSI sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan pada Program Studi Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor
DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2011
PENGESAHAN Judul
: Keragaman
Tiga
Populasi
Ikan
Tambakan
(Helostoma
temminckii) dengan Metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dan Karakter Morfometrik Nama
: Intan Putriana
NIM
: C14070024
Departemen
: Budidaya Perairan
Disetujui, Pembimbing I
Pembimbing II
Dr. Dinar Tri Soelistyowati, DEA NIP. 19611016 1984032001
Dr. Rudhy Gustiano, M.Sc. NIP. 196108031989031006
Diketahui, Ketua Departemen Budidaya Perairan
Dr. Odang Carman, M.Sc. NIP. 19591222 198601 1 001
Tanggal Lulus :
KATA PENGANTAR Puji syukur kepada Tuhan Yesus Kristus yang telah melimpahkan segenap rahmat dan karunia-Nya sehingga penyusun dapat menyelesaikan penyusunan skripsi ini yang berjudul “Keragaman Tiga Populasi Ikan Tambakan (Helostoma temminckii) dengan Metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dan Karakter Morfometrik” pada bulan September-Oktober 2011, bertempat di Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar Bogor. Pada kesempatan kali ini penulis mengucapkan terima kasih yang sebesarbesarnya kepada berbagai pihak yang telah memberikan kontribusi dalam penyelesaian skripsi ini, diantaranya : 1.
Kedua orang tua penulis, Eddy Salim dan Windawati tercinta, kakak tersayang Windy Pratama, serta keluarga besar saya atas doa dan dukungan yang sangat berarti bagi perjalanan hidup penulis.
2.
Dr. Dinar Tri Soelistyowati, DEA dan Dr. Rudhy Gustiano, M.Sc. selaku dosen pembimbing yang telah memberikan bimbingan dalam proses pembuatan skripsi ini, juga Ir. Dadang Shafruddin, M.Si. selaku dosen pembimbing akademik dan penguji dalam sidang ujian skripsi.
3.
Ibu Iskandariah, S.Pi., Pak Glen, S.Pi, serta seluruh pegawai BPPBAT Sempur yang telah membantu dalam proses penelitian sehingga dapat selesai dengan baik.
3.
Adi Prima V. Sembiring, S.Pi. atas segenap perhatian dan dukungan sehingga memotivasi penulis untuk menyelesaikan skripsi ini dengan penuh semangat.
4.
Rekan-rekan satu angkatan (COMB44T), kawan-kawan RAPD tim (Nova dan Pembaruan), HIMAKUA, dan PF FPIK. Akhirnya, semoga skripsi ini dapat bermanfaat bagi penulis dan pihak lain
yang membutuhkan. Bogor, Desember 2011 Intan Putriana
DAFTAR RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Bogor, pada tanggal 3 Desember 1990 sebagai anak kedua dari dua bersaudara dari Ayah Eddy Salim dan Ibu Windawati. Pendidikan formal yang telah ditempuh oleh penulis adalah SD Budhi Bhakti pada tahun 2001, SMPN 1 Ciampea pada tahun 2004 dan SMA KORNITA Bogor pada tahun 2007. Dalam tahun yang sama penulis berhasil masuk Institut Pertanian Bogor pada program studi Teknologi dan Manajemen Perikanan Budidaya, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan melalui jalur Undangan Seleksi Masuk (USMI) IPB. Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah magang mandiri di Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Payau (BBPBAP) Jepara. Penulis juga pernah mengikuti Praktik Lapang Akuakultur di Balai Budidaya Laut (BBL) Lombok. Selain itu penulis juga aktif sebagai pengurus Himpunan Mahasiswa Akuakultur (HIMAKUA) periode 2008 s.d 2010. Penulis juga menjadi sekretaris Persekutuan Fakultas (PF) FPIK periode 2009/2010, anggota Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) Komisi Pelayanan Siswa (KPS) Persekutuan Mahasiswa Kristen (PMK). Penulis pernah menjadi pengajar Pendidikan Agama Kristen di SMA KORNITA pada tahun 2008-2009 dan menjadi asiten pada mata kuliah Dasar-Dasar Akuakultur periode 2009/2010. Penulis adalah penerima beasiswa Bantuan Belajar Mahasiswa (BBM) 2009/2010 dan beasiswa Peningkatan Prestasi Akademik (PPA) 2010/2011 dan mendapatkan pendanaan DIKTI pada Program Kreativitas Mahasiswa Artikel Ilmiah (PKM-AI) 2011 dengan judul artikel “Peningkatan Efisiensi Kegiatan Pendederan Ikan Nila Merah (Oreochromis niloticus) Berbasis “Trophic Level Aquaculture” Melalui Pemanfaatan Limbah Ikan Lele (Clarias sp.)”. Tugas akhir dalam pendidikan tinggi diselesaikan dengan menulis skripsi yang berjudul “Keragaman Tiga Populasi Ikan Tambakan (Helostoma temminckii) dengan Metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dan Karakter Morfometrik ”.
DAFTAR ISI
Halaman DAFTAR TABEL .......................................................................................... ii DAFTAR GAMBAR . .................................................................................... iii DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................. iv
I.PENDAHULUAN. ...................................................................... 1 1.1 Latar Belakang....................................................................................... 1 1.2 Tujuan Penelitian. ................................................................................. 3
II.BAHAN DAN METODE. .................................................................. 4 2.1 Waktu dan Tempat. .............................................................................. 2.2 Materi Uji. ............................................................................................ 2.3 Prosedur Penelitian. ............................................................................. 2.3.1 Ekstraksi DNA. ........................................................................... 2.3.2 Amplifikasi DNA dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). ....................................................... 2.3.3 Elektroforesis. ............................................................................. 2.3.4 Karakter Morfometrik. ................................................................ 2.3.5 Analisis Data. ..............................................................................
4 4 4 4 5 5 6 7
III.HASIL DAN PEMBAHASAN. .............................................. 8 3.1 Hasil. .................................................................................................. 3.1.1 Profil RAPD. ............................................................................. 3.1.2 Polimorfisme dan Heterosigositas. ........................................... 3.1.4 Uji Perbandingan Berpasangan Fst ............................................ 3.1.5 Jarak Genetik............................................................................. 3.1.6 Karakter Morfometrik ............................................................... 3.2 Pembahasan .........................................................................................
8 8 9 10 10 11 14
IV.KESIMPULAN DAN SARAN................................................ 18 4.1 Kesimpulan ......................................................................................... 18 4.2 Saran.................................................................................................... 18
DAFTAR PUSTAKA. ................................................................... 19 LAMPIRAN. .................................................................................. 22
DAFTAR TABEL Halaman 1. Deskripsi primer yang digunakan pada analisis RAPD ikan tambakan. ............................................................................................. 5 2. Deskripsi 21 karakter morfologi yang diukur untuk analisis variabilitas intraspesifik. .................................................................. 6 3. Profil DNA tiga populasi ikan tambakan. .................................................... 9 4. Persentase polimorfisme dan heterosigositas tiga populasi ikan tambakan. ............................................................................................. 9 5. Uji perbandingan berpasangan Fst dari rata-rata 3 lokus. ......................................................................................................... 10 6. Jarak genetik antara 3 populasi ikan tambakan. ........................................... 10 7. Rata-rata (±sd) 21 karakter morfometrik ikan tambakan (cm). .................... 11 8. Uji signifikansi pada 21 karakter morfometrik ikan tambakan.................... 12 9. Nilai sharing component intrapopulasi ikan tambakan................................ 14
DAFTAR GAMBAR Halaman 1. Titik-titik Karakter Morfometrik.................................................................. 6 2. Amplifikasi OPA-2 pada tambakan sumatera, tambakan jawa, dan tambakan kalimantan. ............................................................................. 8 3. Amplifikasi OPC-2 pada tambakan sumatera, tambakan jawa, dan tambakan kalimantan. ............................................................................. 8 4. Amplifikasi OPC-5 pada tambakan sumatera, tambakan jawa, dan tambakan kalimantan. ............................................................................. 9 5. Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan tambakan. ............. 11 6. Penyebaran karakter morfometrik ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. ............................................................................................ 13 7. Dendrogram hubungan kekerabatan antara ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan.................................................................................. 14
DAFTAR LAMPIRAN Halaman 1. a. Data Fragmen DNA Ikan Tambakan Sumatera. ...................................... 22 b. Data Fragmen DNA Ikan Tambakan Jawa. ............................................. 23 c. Data Fragmen DNA Ikan Tambakan Kalimantan. ................................... 24 2. Data Pengukuran Karakter Morfometrik. .................................................... 25 3. Koefisien Keragaman (CV) Morfometrik Ikan Tambakan. ......................... 26 4. Canonical Discriminant Function Coefficients. .......................................... 26 5. Data bobot dan panjang standar tiga populasi ikan tambakan ..................... 27
I. PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang Indonesia memiliki potensi sumberdaya genetik (SDG) ikan air tawar yang cukup besar. Kotellat et al., 1993 menyatakan ikan air tawar di Pulau Sumatera terdapat 30 jenis, di Kalimantan terdapat 149 jenis, di Jawa terdapat 12 jenis, dan di Sulawesi 149 jenis. Dengan demikian banyaknya jenis-jenis ikan di Indonesia tentunya menghasilkan keanekaragaman SDG ikan yang dapat dimanfaatkan untuk meningkatkan produksi. Keanekaragaman sumberdaya genetik terbagi menjadi sumberdaya genetik ikan alam liar yang belum dapat diadaptasikan dan sumberdaya genetik ikan yang sudah dapat dibudidayakan. Salah satu sumberdaya genetik ikan liar yang sudah dapat diadaptasikan adalah ikan tambakan (Helostoma temminckii) (Slamat, 2009). Ikan tambakan (Helostoma temminckii) adalah salah satu jenis ikan air tawar yang berasal dari wilayah tropis, tepatnya Asia Tenggara. Ikan tambakan dibudidaya untuk diambil dagingnya di wilayah Asia Tenggara. Di Indonesia ikan tambakan merupakan salah satu ikan bernilai ekonomis dengan harga jual sekitar Rp.12.000/kg (Prianto et al., 2006). Namun dewasa ini, ikan tambakan menjadi salah satu komoditas ikan hias air tawar karena wujud dan perilakunya yang unik karena kebiasaan menempelkan bibir ikan tambakan yang tebal pada benda apapun atau pada bibir pasangannya sehingga disebut juga sebagai kissing gouramy. Sebagai dampak dari popularitasnya sebagai ikan hias, ikan tambakan yang berukuran kecil sekitar 12-15 cm diekspor ke Negara seperti Jepang, Eropa, Amerika Utara, dan Australia (Anonim, 2010a). Diluar negeri, ikan tambakan berukuran 12-15 cm dijual dengan harga USD 3,00-USD 6,00/ekor atau setara dengan Rp.27.000-Rp.54.000 (Anonim, 2010b). Berdasarkan data KKP (2006) jumlah produksi budidaya kolam, karamba, maupun sawah ikan tambakan berfluktuasi dari tahun 1996-2005 dan cenderung menurun. Pada tahun 2004 jumlah produksi budidaya ikan tambakan adalah 8137 ton dan menurun pada tahun 2005 menjadi sebesar 3263 ton, sehingga produksi budidaya ikan tambakan kolam mengalami penurunan produksi sekitar 59,89% (KKP, 2006). Ikan 1
tambakan merupakan ikan dengan pertumbuhan yang lambat dan FCR yang cukup tinggi, sehingga menjadi kendala bagi pembudidaya. Oleh karena itu, masyarakat kerap mengandalkan tangkapan dari alam. Penurunan populasi yang diakibatkan oleh eksploitasi yang berlebihan perlu dicegah, diantaranya dengan pengembangan budidaya ikan tambakan dan pencegahan kerusakan lingkungan. Untuk meningkatkan produksi ikan tambakan yang berkelanjutan perlu didukung oleh program pemuliaan atau perbaikan sediaan genetik yang unggul (Mulyasari et al., 2010). Habitat yang kurang memadai dapat menyebabkan perkembangan populasi ikan tertekan dan kemampuan reproduksi menurun. Ikan tambakan merupakan ikan omnivora yang bersifat bentopelagik (hidup di antara permukaan dan wilayah dalam perairan). Ikan ini tidak membuat sarang maupun merawat anaknya seperti Anabantidae lainnya (Anonim, 2010a). Upaya domestikasi merupakan salah satu upaya yang dapat dilakukan untuk menyelamatkan sumberdaya genetik jenis ikan yang saat ini semakin langka seperti ikan tambakan. Upaya domestikasi didahului dengan pengumpulan data dasar genetik ras ikan tambakan yang berada di perairan umum untuk mengetahui variasi genetik serta hubungan antara stok (populasi) terkait dengan lokasi distribusinya. Menurut Dunham (2004) variasi genetik penting untuk sintasan jangka panjang suatu spesies dan juga dapat menjamin fitness suatu spesies atau populasi dengan memberikan kemampuan beradaptasi pada perubahan lingkungan. Identifikasi variasi genetik pada ikan dapat dilakukan berdasarkan karakter genotip dan fenotip. Secara genotip, identifikasi genetik dapat dilakukan dengan pendekatan analisis polimorfisme alozim maupun molekuler (Sugama et al., 1998;Permana et al., 2003) dengan materi DNA inti atau DNA mitokondria (Nugroho et al., 1997), Restriction Fragment Length Polymorphism (RLFP) (Moria et al., 2005), menggunakan penanda Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) (Bartfai et al., 2003), maupun DNA mikrosatelit (Shikano, 2002 dan Ward et al., 2003). RAPD sangat baik digunakan untuk mendeteksi polimorfisme gen dalam jumlah besar karena primer oligonukleotida bisa teramplifikasi pada semua genom yang memiliki situs ikatan dalam reaksi PCR (Mulyasari, 2007). Walaupun demikian teknik pengukuran keragaman genetik dengan metode
2
pengukuran morfologi tetap dibutuhkan karena sifat-sifatnya dapat langsung dilihat, mudah dilakukan, tanpa fasilitas yang rumit, dan lebih murah biayanya dibandingkan dengan pengukuran karakter genotipnya (Arifin dan Kurniasih, 2007). 1.2 Tujuan Penelitian Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genotip dan fenotip ikan tambakan yang berasal dari tiga lokasi berbeda (Jawa, Sumatera, dan Kalimantan) dengan menggunakan metode RAPD dan karakter morfometrik.
3
II. BAHAN DAN METODE
2.1 Waktu dan Tempat Penelitian ini dilakukan pada bulan September-Oktober 2011 di Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar Bogor.
2.2 Materi Uji Ikan tambakan yang dianalisis dikoleksi dari Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Tawar Bogor berasal dari tiga lokasi yang berbeda yaitu Jawa (Jawa Barat) berasal dari kolam budidaya, Sumatera (Jambi) berasal dari kolam budidaya, dan Kalimantan (Kalimantan Selatan) berasal dari alam. Masing-masing populasi diambil 10 ekor.
2.3 Prosedur Penelitian 2.3.1 Ekstraksi DNA Bagian dari tubuh ikan yang diektraksi adalah potongan sirip dengan berat 5-10 mg. Selanjutnya, sirip dibilas dengan akuades sebanyak dua kali kemudian dikeringkan dengan tisu. Sirip dimasukkan ke dalam tabung eppendorf kemudian ditambahkan 500 μl larutan TNES Urea dan kemudian ditambahkan 10 μl protein kinase lalu divortex hingga homogen dan diinkubasi selama 24 jam pada suhu 37ºC. Selanjutnya, campuran tersebut divortex dan ditambahkan dengan larutan Phenolchloroform sebanyak 1000 μl lalu divortex sampai homogen dan disentrifuse dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Supernatan yang terbentuk diambil dan dipindahkan ke tabung yang baru lalu ditambahkan 10 μl natrium asetat dan 1000 μl Etanol. Setelah itu tabung dikocok hingga terlihat benang halus berwarna putih. Selanjutnya tabung disentrifuse dengan kecepatan 10.000 rpm selama 10 menit. Setelah disentrifuse maka akan terbentuk endapan DNA. Endapan DNA dipisahkan dari larutan dan dikering anginkan. Setelah itu, DNA ditambahkan 100 μl Rehydration Solution DNA (Nugroho et al., 1997).
4
2.3.2 Amplifikasi DNA dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) Amplifikasi PCR dilakukan dengan cara 1 unit dry taq produk Promega ditambahkan dengan 1,5 μl DNA dan 2 μl primer. Primer yang digunakan adalah OPA 2, OPC 2, dan OPC 5. Selanjutnya ditambahkan akuades hingga total volume menjadi 25 μl. Setelah itu dimasukkan ke mesin PCR dengan 35 siklus, yaitu pre denaturasi pada 94ºC selama 2 menit, denaturasi pada suhu 94 ºC selama 1 menit, annealing pada suhu 36 ºC selama 1 menit, elongasi pada suhu 72 ºC selama 2,5 menit, elongasi akhir pada suhu 72 ºC selama 7 menit, dan proses penstabilan pada suhu 4 ºC selama 3 menit (Nugroho et al., 1997).. Tabel 1. Deskripsi primer yang digunakan pada analisis RAPD ikan tambakan Primer OPA 2 OPC 2 OPC 5
Urutan Basa (5’-3’) TGCCGAGCTG GTGAGGCGTC GATGACCGCCC
2.3.3 Elektroforesis Gel agarose dibuat terlebih dahulu dengan konsentrasi 2% dengan mencampurkan bubuk Agarose dengan larutan TBE yang diaduk dengan magnetic stirrer dan dipanaskan pada suhu 150°C sampai homogen. Selanjutnya ditambahkan Etidium bromida sebanyak 10 μl. Agarose dituang dalam cetakan yang berlubang. Gel Agarose diletakkan pada alat elektroforesis sampai gel terendam. Sekuen DNA sebanyak 3 μl ditambahkan dengan Loading Dye (50 mM EDTA, 30% gliserol, 0,25% bromophenol biru, dan 0,25% xylene cyanol) sebanyak 3 μl kemudian dimasukkan ke dalam lubang cetakan gel dengan mikrotipe.elektroforesis berlangsung selama 30 menit pada tegangan 100 volt dan suhu ruang. Selanjutnya, gel Agarose diamati di atas lampu ultraviolet dan didokumentasikan dengan kamera polaroid khusus (Nugroho et al., 1997)..
5
2.3.4 Karakter Morfometrik Pengukuran karakter morfometrik dilakukan pada 10 sampel ikan untuk masing-masing populasi meliputi pengukuran titik-titik tanda yang dibuat pada kerangka tubuh (Gambar 1) dan Tabel 2 modifikasi berdasarkan Blezinsky dan Doyle (1988).
A2
B2
A1
C3 C4
A6
A4
A8
A5
C6
C2
B1
A3
B4 A7
B5
B6
C1
C5
B7 B3
Gambar 1 Titik-titik Karakter Morfometrik Tabel 2. Deskripsi 21 karakter morfologi yang diukur untuk analisis Variabilitas intraspesifik Bidang Karakter Kepala
Badan
Ekor
No 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21
Kode A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 C1 C2 C3 C4 C5 C6
Deskripsi Jarak Atas mulut-atas mata Atas mata-awal sirip punggung Atas mulut-operkulum Atas mulut-awal sirip punggung Operkulum-atas mata Operkulum-awal sirip punggung Operkulum-Awal sirip perut Awal sirip punggung-awal sirip perut Operkulum-akhir sirip punggung Awal sirip punggung-akhir sirip punggung Awal sirip perut-awal sirip anal Awal sirip perut-akhir sirip punggung Awal sirip anal-akhir sirip punggung Akhir sirip perut-akhir sirip anal Awal sirip anal-akhir sirip anal Akhir sirip anal-pangkal sirip ekor bawah Pangkal sirip ekor atas-pangkal sirip ekor bawah Akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor atas Pangkal sirip ekor atas-akhir sirip anal Akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor bawah Akhir sirip punggung-akhir sirip anal
6
2.3.5 Analisis Data Keragaman genetik dianalisis dengan menggunakan program TFPGA (Tools for Population Genetic Analysis) (Nei dan Tajima, 1981). Hubungan kekerabatan interpopulasi dianalisis berdasarkan jarak genetik dengan program UPGMA (Unweight Pair Methods Arithmetic) menurut Wright (1978) yang dimodifikasi oleh Rogers (1972) dalam Arifin et al., (2007) disajikan dalam bentuk dendrogram. Data seluruh karakter morfometrik dikonversi ke dalam rasio karakter dibagi panjang standar. Data rasio ukuran karakter dianalisis menggunakan program SPSS 16.0. Perbandingan besarnya keragaman morfologis antar lokasi dilakukan secara deskriptif dengan membandingkan koefisien keragaman (CV). Untuk melihat penyebaran karakter dilakukan dengan analisis canonical, untuk melihat keeratan korelasi dengan analisis diskriminan, sedangkan untuk melihat jarak genetik dilakukan melalui analisis hierarki cluster.
7
III. HASIL DAN PEMBAHASAN 3.1 Hasil 3.1.1 Profil RAPD Keanekaragaman profil RAPD meliputi jumlah fragmen dan ukuran fragmen DNA. Hasil amplifikasi dengan menggunakan tiga primer (OPA-2, OPC2, dan OPC-5) menunjukkan hasil yang bervariasi (Tabel 3). Amplifikasi DNA pada tiga populasi ikan tambakan dapat dilihat pada Gambar 2-4 (Lampiran 1).
1
2
3
1
2
3
1
2
3
M
3000 bp 1000 bp 500 bp
Tambakan Sumatera
Tambakan Jawa
Tambakan Kalimantan
300 bp
Gambar 2 Amplifikasi OPA-2 pada tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. 1
2
3
1
2
3
1
2
3
M
3000 bp 1000 bp 500 bp 300 bp
Tambakan Sumatera
Tambakan Jawa
Tambakan Kalimantan
Gambar 3 Amplifikasi OPC-2 pada tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan.
8
1
2
3
1
2
3
1
2
3
M
3000 bp 1000 bp 500 bp 300 bp
Tambakan Sumatera
Tambakan Jawa
Tambakan Kalimantan
Gambar 4 Amplifikasi OPC-5 pada tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. Jumlah fragmen ikan tambakan Jawa dan Kalimantan memiliki jumlah yang sama yaitu 13-22, sedangkan jumlah fragmen pada ikan tambakan Sumatera berkisar antara 19-24. Ukuran fragmen pada setiap populasi berkisar antara 1002000 bp. Tabel 3. Profil DNA tiga populasi ikan tambakan Populasi Ikan Tambakan Sumatera Jawa Kalimantan
Jumlah Fragmen 19-24 13-22 13-22
Kisaran Ukuran 100 - 2000 bp 100 - 2000 bp 100 - 2000 bp
3.1.2 Polimorfisme dan Heterosigositas Persentase
polimorfisme
dan
heterosigositas
dianalisis
dengan
menggunakan program TFPGA. Data persentase polimorfisme dan heterosigositas selengkapnya disajikan pada Tabel 4. Tabel 4. Persentase polimorfisme dan heterosigositas tiga populasi ikan tambakan Populasi Ikan Tambakan Sumatera Jawa Kalimantan
Polimorfisme (%) 57.1429 57.1429 60.7143
Heterosigositas 0.2259 0.2324 0.2478
Persentase polimorfisme dari tiga populasi ikan tambakan berkisar antara 57,1429%-60,7143%. Persentase polimorfisme tertinggi terdapat pada ikan tambakan Kalimantan yaitu sebesar 60,7143%, sedangkan polimorfisme terendah terdapat pada ikan tambakan Sumatera dan Jawa dengan nilai yang sama yaitu 57,1429%. Nilai heterosigositas berkisar antara 0,2259 sampai 0,2478. Nilai 9
heterosigositas tertinggi terdapat pada populasi ikan tambakan kalimantan sebesar 0,2478, sedangkan nilai heterosigositas terendah terdapat pada populasi ikan tambakan Sumatera sebesar 0,2259.
3.1.4 Uji Perbandingan Berpasangan Fst Secara statistik dengan menggunakan uji perbandingan berpasangan Fst (Tabel 5) menunjukkan tidak terdapat perbedaan yang nyata antara ketiga populasi ikan tambakan (P>0,05). Tabel 5. Uji perbandingan berpasangan Fst dari rata-rata 3 lokus Populasi Ikan Tambakan Sumatera Jawa Kalimantan
Sumatera ***** 0.9870 0.9154
Jawa
Kalimantan
***** 1.0000
*****
3.1.5 Jarak Genetik Jarak genetik interpopulasi menggambarkan status kekerabatan antar populasi ikan tambakan. Jarak genetik tertinggi adalah antara populasi Sumatera dengan Kalimantan sebesar 0,2877, sedangkan jarak genetik terendah adalah 0,1961 yaitu antara populasi Kalimantan dengan Jawa. Dendrogram pada Gambar 5 memperlihatkan hubungan terdekat adalah antara populasi Jawa dengan Kalimantan, sedangkan hubungan terjauh adalah antara kedua populasi tersebut dengan populasi Sumatera. Tabel 6. Jarak genetik antara 3 populasi ikan tambakan Populasi Ikan Tambakan Sumatera Jawa Kalimantan
Sumatera ***** 0.2717 0.2877
Jawa
Kalimantan
***** 0.1961
*****
10
Jawa
Kalimantan
Sumatera
Gambar 5 Dendrogram hubungan kekerabatan tiga populasi ikan tambakan. 3.1.6 Karakter Morfometrik Pengukuran karakter morfometrik dilakukan terhadap 21 karakter ikan tambakan (Lampiran 2). Rata-rata karakter morfometrik disajikan pada Tabel 7. Tabel 7. Rata-rata (±sd) 21 karakter morfometrik ikan tambakan (cm) Karakter yang diukur Sumatera Jawa Kalimantan A1 0,20±0,122 0,22±0,015 0,25±0,033 A2 0,19±0,037 0,18±0,020 0,13±0,029 A3 0,23±0,021 0,25±0,041 0,22±0,029 A4 0,39±0,014 0,40±0,023 0,37±0,019 A5 0,28±0,026 0,31±0,026 0,31±0,025 A6 0,39±0,024 0,42±0,029 0,39±0,020 A7 0,21±0,014 0,19±0,025 0,21±0,034 A8 0,41±0,031 0,44±0,025 0,42±0,020 B1 0,85±0,019 0,83±0,041 0,85±0,027 B2 0,63±0,022 0,65±0,025 0,66±0,015 B3 0,12±0,019 0,10±0,015 0,07±0,034 B4 0,70±0,011 0,69±0,017 0,69±0,009 B5 0,59±0,014 0,60±0,017 0,64±0,023 B6 0,65±0,018 0,65±0,015 0,65±0,012 B7 0,54±0,018 0,55±0,017 0,59±0,022 C1 0,03±0,008 0,03±0,008 0,03±0,006 C2 0,15±0,007 0,15±0,012 0,15±0,007 C3 0,03±0,011 0,03±0,008 0,03±0,010 C4 0,15±0,004 0,15±0,010 0,15±0,006 C5 0,16±0,003 0,15±0,012 0,15±0,008 C6 0,15±0,004 0,15±0,013 0,15±0,007 Keterangan: A1 (atas mulut-atas mata), A2 (atas mata-awal sirip punggung), A3(atas mulut-operkulum), A4 (atas mulut-awal sirip punggung), A5 (operkulumatas mata), A6 (operkulum-awal sirip punggung), A7 (operkulum-awal sirip perut), A8 (awal sirip punggung-awal sirip perut), B1 (operkulum-akhir sirip punggung ), B2 (awal sirip punggung-akhir sirip punggung), B3 (awal sirip perut-awal sirip anal), B4 (awal sirip perut-akhir sirip punggung), B5 (awal sirip anal-akhir sirip punggung), dan B6 (akhir sirip perut-akhir sirip anal), B7 (awal sirip anal-akhir sirip anal), C1 (akhir sirip anal-pangkal sirip ekor bawah), C2 (pangkal sirip ekor atas-pangkal sirip ekor bawah), C3
11
(akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor atas), C4 (pangkal sirip ekor atasakhir sirip anal), C5 (akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor bawah), dan C6 (akhir sirip punggung-akhir sirip anal).
Keragaman morfometrik dinyatakan dalam bentuk koefisien keragaman karakter (CV) (Lampiran 3). Koefisien keragaman tertinggi terdapat pada karakter C3 (akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor atas), sedangkan koefisen keragaman terendah terdapat pada karakter B4 (awal sirip perut-akhir sirip punggung). Hasil uji signifikansi yang dilakukan untuk mengetahui karakter-karakter yang dapat digunakan sebagai penciri ikan disajikan pada Tabel 8. Berdasarkan Tabel 8 dapat diketahui terdapat 9 karakter yang berbeda nyata, yaitu A1 (atas mulut-atas mata), A2 (atas mata-awal sirip punggung), A4 (atas mulut-awal sirip punggung), A5 (operkulum-atas mata), A6 (operkulum-awal sirip punggung), B2 (awal sirip punggung-akhir sirip punggung), B3 (awal sirip perut-awal sirip anal), B5 (awal sirip anal-akhir sirip punggung), dan B7 (awal sirip anal-akhir sirip anal). Tabel 8. Uji signifikansi pada 21 karakter morfometrik ikan tambakan A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 C1 C2 C3 C4 C5 C6
Wilks' Lambda
F
df1
df2
Sig.
.481 .500 .869 .714 .721 .763 .829 .818 .962 .658 .497 .957 .395 .961 .393 .961 .912 .989 .926 .914 .993
14.592 13.526 2.031 5.400 5.230 4.197 2.788 3.002 .529 7.025 13.688 .604 20.666 .551 20.893 .552 1.302 .155 1.077 1.265 .094
2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27 27
.000* .000* .151 .011* .012* .026* .079 .066 .595 .003* .000* .554 .000* .583 .000* .582 .289 .857 .355 .298 .910
Keterangan: * menunjukkan berbeda nyata (P<0,05).
12
Hasil analisis fungsi kanonikal menunjukkan karakter morfologi ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan tidak saling bersinggungan (Lampiran 4). Keeratan semua komponen antar populasi ikan tambakan yang diamati lebih nyata dengan menggunakan sharing component atau index kemiripan.
Sumatera Jawa Kalimantan
Gambar 6 Penyebaran karakter morfometrik ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. Pada Gambar 6 dapat diketahui bahwa karakter morfometrik ikan tambakan tidak saling bersinggungan antar populasi ikan. Populasi ikan tambakan menyebar satu sama lain. Pada Tabel 9 menunjukkan tidak terjadi percampuran antar populasi ikan tambakan. Hal ini ditunjukkan dengan nilai 0 pada sharing component. Pada Gambar 7 diketahui populasi tambakan Sumatera memiliki kemiripan karakter yang lebih dekat dengan populasi Jawa, sedangkan populasi Kalimantan memiliki kemiripan yang lebih jauh dibanding dengan populasi lainnya.
13
Tabel 9. Nilai sharing component intrapopulasi ikan tambakan (%) Populasi Ikan Tambakan Sumatera Jawa Kalimantan
25
Sumatera 100.0 .0 .0
20
15
Jawa .0 100.0 .0
10
Kalimantan .0 .0 100.0
5
Total 100.0 100.0 100.0
0
+--------+----------+---------+---------+-----------+ Sumatera
Jawa Kalimantan
Gambar 7. Dendrogram hubungan kekerabatan antara ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. 3.2 Pembahasan Pada profil RAPD dapat diketahui jumlah fragmen ikan tambakan Jawa dan Kalimantan memiliki jumlah yang sama yaitu sebanyak 13-22, sedangkan jumlah fragmen pada ikan tambakan Sumatera lebih banyak yaitu berkisar antara 19-24. Namun, ukuran fragmen pada setiap populasi memiliki nilai yang sama berkisar antara 100-2000 bp. Hasil amplifikasi setiap primer memiliki karakter yang berbeda sehingga jumlah dan ukuran fragmen yang muncul pun berbeda. Pemilihan primer pada RAPD berpengaruh terhadap polimorfisme fragmen yang dihasilkan karena setiap primer memiliki situs penempelan sendiri sehingga fragmen dari DNA yang diamplifikasi oleh primer berbeda menghasilkan polimorfik dengan jumlah fragmen dan berat molekul berbeda (Roslim, 2001). Persentase polimorfik tertinggi diperoleh pada populasi Kalimantan yaitu 60,7143%, sedangkan polimorfik ikan tambakan Sumatera dan Jawa memiliki nilai yang sama yaitu 57,1429%. Nilai heterosigositas tertinggi diperoleh populasi Kalimantan sebesar 0.2478, sedangkan nilai terendah pada populasi Sumatera sebesar 0.2259. Tingginya keragaman genetik ikan tambakan diduga karena ikan
14
tambakan memiliki tingkat migrasi yang lebih tinggi dibandingkan ikan air tawar lainnya sehingga peluang adanya persilangan dengan populasi (stok) yang lainnya semakin besar pula (Nugroho et al., 2005). Ikan tambakan merupakan jenis ikan yang tidak merawat anaknya (Anonim, 2010a) sehingga memungkinkan ikan tambakan untuk melakukan migrasi dengan jarak yang cukup jauh. Imron et al., (1999) menyatakan populasi dengan laju migrasi yang sempit atau jarak yang pendek mempunyai heterosigositas rendah dibandingkan dengan populasi yang mempunyai migrasi luas dan bersifat terbuka. Menurut Sugama et al., (1996) pada lingkungan yang stabil akan lebih sedikit ditemukan variasi alel daripada kondisi lingkungan yang labil karena laju mutasi dan seleksi lingkungan relatif rendah. Secara statistik dengan menggunakan uji perbandingan berpasangan Fst menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan genetik secara nyata antara populasi ikan tambakan yang diuji (P>0,05). Hal ini mengindikasikan bahwa ikan tambakan yang berasal dari Sumatera, Jawa, dan Kalimantan masih sekerabat. Mulyasari et al. (2010) menyatakan populasi yang tidak berbeda nyata mungkin disebabkan banyaknya kesamaan genetik antar populasi-populasi tersebut. Jarak genetik antara populasi Kalimantan dan Jawa relatif rendah yaitu 0,1961. Hal ini menandakan bahwa antara kedua populasi mempunyai hubungan kekerabatan yang cukup dekat. Meningkatnya kemiripan genetik dapat disebabkan oleh proses aliran gen disuatu populasi ke populasi lain (genetic introgression) (Moria et al., 2005). Jarak genetik antara populasi ikan tambakan Sumatera dan Kalimantan lebih tinggi yaitu 0,2877 dibandingkan dengan tambakan dari Jawa menandakan bahwa kedua populasi tersebut memiliki hubungan kekerabatan yang lebih jauh dibanding populasi lainnya. Keragaman morfometrik ikan tambakan relatif tinggi. Karakter yang memiliki nilai koefisien keragaman yang tertinggi adalah C3 (akhir sirip punggung-pangkal sirip ekor atas), sedangkan karakter dengan koefisien keragaman terendah adalah B4 (awal sirip perut-akhir sirip punggung). Uji beda nyata dilakukan untuk mengetahui karakter-karakter yang dapat digunakan sebagai penciri dari suatu jenis ikan. Karakter yang berbeda secara nyata dapat digunakan sebagai penciri ikan tersebut (Iriana et al., 2010). Berdasarkan hasil penelitian, dari 21 karakter yang diuji terdapat 9 karakter yang berbeda nyata,
15
yaitu A1 (atas mulut-atas mata), A2 (atas mata-awal sirip punggung), A4 (atas mulut-awal sirip punggung), A5 (operkulum-atas mata), A6 (operkulum-awal sirip punggung), B2 (awal sirip punggung-akhir sirip punggung), B3 (awal sirip perut-awal sirip anal), B5 (awal sirip anal-akhir sirip punggung), dan B7 (awal sirip anal-akhir sirip anal). Pada gambar diagram diskriminan kanonikal (Gambar 6.) terlihat bahwa pola penyebaran karakter masing-masing populasi terpisah satu sama lain namun masih mendekati sumbu. Pemisahan ketiga populasi ikan tambakan diduga disebabkan oleh karakter A8 (awal sirip punggung-awal sirip perut) pada fungsi-1 dengan nilai koefisien kanonikal tertinggi yang membedakan populasi tambakan Kalimantan dengan populasi tambakan Sumatera dan Jawa (Lampiran 4). Pada fungsi-2 terdapat karakter C6 (akhir sirip punggung-akhir sirip anal) yang membedakan populasi tambakan Jawa dengan tambakan Sumatera dan Kalimantan. Pemisahan yang terjadi antara ketiga populasi juga ditunjukkan pada fungsi-1 yang menjelaskan terdapat perbedaan ukuran pada sampel ikan yang diuji (Lampiran 5), sedangkan pada fungsi-2 menunjukkan terdapat perbedaan karakter morfometrik yaitu perbedaan dibagian kepala dan badan yang didukung dengan terdapatnya 9 karakter yang berbeda nyata. Kombinasi dari karakter-karakter yang dominan pada fungsi-1 dan fungsi-2 yang menyebabkan pemisahan karakter masingmasing populasi, sedangkan karakter-karakter yang berbeda nyata dapat dijadikan sebagai penciri masing-masing populasi ikan tambakan secara individu. Hasil analisis fungsi kanonikal menunjukkan bahwa karakter morfologi ikan tambakan tidak saling bersinggungan. Pola penyebaran yang tidak saling bersinggungan menunjukkan tidak terjadinya pencampuran populasi ikan tambakan dan tidak menunjukkan adanya kemiripan karakter morfologi ikan tambakan. Hasil ini sesuai dengan nilai sharing component dimana antar populasi ikan tambakan tidak menunjukkan adanya kemiripan karakter dengan populasi lainnya (nilai 0). Pada Gambar 7 diketahui populasi tambakan Sumatera memiliki kemiripan karakter yang lebih dekat dengan populasi Jawa, sedangkan populasi Kalimantan memiliki kemiripan yang lebih jauh dibanding dengan populasi lainnya. Jika dibandingkan dengan hasil analisa genetik diperoleh hasil populasi
16
Jawa memiliki kekerabatan yang lebih dekat dengan Kalimantan, sedangkan populasi Sumatera memiliki hubungan kekerabatan yang lebih jauh. Hal ini diduga karena variasi fenotip yang diamati secara kuantitatif adalah gabungan dari variasi genetik, variasi lingkungan, dan variasi interaksi genetik dengan lingkungan (Tave, 1999). Perbedaan karakter morfometrik menunjukkan adanya faktor lingkungan yang membentuk morfologi yang berbeda walaupun secara genetik tidak berbeda nyata antar populasi. Sampel populasi ikan tambakan Jawa dan Sumatera diperoleh melalui kegiatan budidaya sehingga karena lingkungan budidaya yang cenderung sama menghasilkan kemiripan secara morfometrik dibandingkan dengan sampel populasi ikan tambakan yang berasal dari alam yang berbeda lingkungannya dengan budidaya sehingga kemiripan morfometriknya lebih jauh dibanding populasi lainnya. Potensi genetik tidak dapat terealisasi dengan baik tanpa dukungan lingkungan (Dunham, 2004). Semua fenotip dikontrol oleh lingkungan (nutrisi, kualitas fisik/biologi/kimia, dan penyakit) tetapi lingkungan memiliki peranan penting dalam memunculkan fenotipe kuantitatif (Tave, 1999). Pengaruh lingkungan terhadap setiap individu berbeda. Potensi genetik yang baik tidak akan bisa mendapatkan hasil yang optimal jika tidak didukung oleh lingkungan yang sesuai. Pada umumnya pertumbuhan ikan air tawar akan optimal apabila didukung dengan lingkungan yang optimal, seperti kisaran pH 7-8,5, kadar oksigen terlarut >5 ppm, kesadahan >20 mg/l CaCO3, dan nilai TAN < 1 mg/l (Effendi, 2000). Pada kondisi yang optimal kemampuan metabolisme tubuh akan berjalan secara optimum sehingga pertumbuhan dan respon stres akan berjalan baik. Namun, jika kondisi yang tidak optimal akan terjadi sebaliknya (Mahardika, 2010).
17
IV. KESIMPULAN DAN SARAN
4.1 Kesimpulan Polimorfisme dan heterosigositas tertinggi terdapat pada populasi ikan tambakan Kalimantan. Ukuran fragmen pada setiap populasi berkisar antara 1002000 bp. Jarak genetik tertinggi adalah antara populasi Jawa dengan Kalimantan sebesar 0,2877, sedangkan jarak genetik terendah adalah 0,1961 yaitu antara populasi Kalimantan dengan Sumatera. Berdasarkan uji karakter morfometrik diketahui terdapat 9 karakter yang berbeda nyata, yaitu A1, A2, A4, A5, A6, B2, B3, B5, dan B7. Hasil analisis fungsi kanonikal menunjukkan karakter morfologi ikan tambakan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan tidak saling bersinggungan dengan indeks kemiripan karakter (sharing component) setiap populasi 100%.
4.2 Saran Untuk penelitian selanjutnya disarankan untuk meningkatkan jumlah sampel ikan untuk pengukuran karakter morfometrik dengan ukuran yang lebih beragam dan penggunaan primer yang ditingkatkan.
18
DAFTAR PUSTAKA Anonim. 2010a. Ikan Tambakan. http://id.m.wikipedia.org. [Terhubung berkala]. [19 Agustus 2011]. Anonim. 2010b. Kissing Gourami.http://animal-world.com. [Terhubung berkala]. [19 Agustus 2011]. Arifin, O.Z., T. Kurniasih. 2007. Karakterisasi morfologi keturunan pertama ikan nila (Oreochromis niloticus) GRT dan GIFT berdasarkan metode truss morfometrik. Jurnal Riset Akuakultur. 2(3): 377-387. Arifin, O.Z., E. Nugroho, R. Gustiano. 2007. Keragaman genetik populasi ikan nila (Oreochromis niloticus) dalam program seleksi berdasarkan RAPD. Berita Biologi. 8(6): 465-471. Bartfai, R., S. Egedi., G.H. Yue., B.Kovacs, B.Urbanyi, G.Tamas, L. Hovath, and L. Orban. 2003. Genetic analysis of two common carp broodstock by RAPD and microsatellite markers. Aquaculture (219):157-168. Blezinsky, V.J. and R.W. Doyle. 1987. A morphometrics criterion for sex discrimination in tilapia. In R.S.V.Pullin, T.Bhukaswan, K.Tonguthai and J.L.Maclan. (Eds). The Second International Symposium on Tilapia in Aquaculture. ICLARM Conference Proceeding. Dunham, R.A. 2004. Aquaculture and fisheries biotechnology: Genetic Approach. CABI publishing, Cambridge, USA. P. 85-99. Effendi, H. 2000. Telaah Kualitas Air. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan IPB. Bogor. Iriana, I., R.Gustiano, Mulyasari. 2010. Karakterisasi morfometrik ikan tengadak (Barbonymus schwanenfeldii) asal Kalimantan Barat dengan ikan tengadak albino dan ikan tawes asal jawa barat. Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur. Imron, K. Sugama, K. Sumantadinata, K. Soewardi. 1999. Genetic variation in cultured stocks of tiger shrimp (Penaeus monodon) in Indonesia. IFR Journal, V (1):10-18 KKP. 2006. Statistik Perikanan Budidaya Indonesia 2005. Jakarta: Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya Kotellat, M., J.A. Witthen, S. Wiryoatmojo. 1993. Freshwater Fishes of Western Indonesia and Sulawesi. Periplus edition and EMDI project Indonesia, Jakarta, Indonesia. 221 pp
19
Mahardika, P. 2010. Keragaan hibrida hasil persilangan intraspesifik empat populasi ikan nila Oreochromis niloticus di karamba jaring apung, danau LIDO. Bogor. [Skripsi]. Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Institut Pertanian Bogor. Bogor. Moria, S.B., Haryanti, G.N. Permana, B. Susanto. 2005. Karakteristik genetik induk rajungan, Portunus pelagicus dari beberapa perairan melalui analisis RFLP mt-DNA. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia. 11(5): 57-61. Mulyasari. 2007. Karakteristik fenotipe morfomeristik dan keragaman genotipe RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) ikan nilem (Osteochilus hasselti) di Jawa Barat. [Tesis]. Pasca Sarjana. Institut Pertanian Bogor. Mulyasari, D.T. Soelistyowati, A.H.Kristanto, I.I. Kusmini. 2010. Karakteristik genetik enam populasi ikan nilem (Osteochilus hasselti) di Jawa Barat. Jurnal Riset Akuakultur (5)2: 175-182. Nei, M and F. Tajima. 1981. DNA Polymorphism detectable by resctriction endonuclease. Genetics (97): 146-163. Nugroho, E., M. Takagi, N. Taniguchi. 1997. Practical manual on detection of DNA polymorphysm in fish population study. Bulletin of Marine Sciences and Fisheries. Kochi University. 17:109-129. Nugroho, E., W. Hadie, J. Subagja, T. Kurniasih. 2005. Keragaman genetik dan morfometrik pada ikan baung Mystus nemurus dari Jambi, Wonogiri, dan Jatiluhur. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia (11)7. Permana, I.G.N., S.B. Moria, Haryanti, dan K. Sugama. 2003. Genetics identification and variation of red snapper Lutjanus sp. through allozyme electrophoretic analysis. Indonesian Fisheries Research Journal. 9(1):3340. Prianto, E., Husnah, S.Nurdawaty, Asyari. 2006. Kebiasaan makan ikan biawan (Helostoma temminckii) di danau Sababila DAS Barito Kalimantan Tengah. Jurnal PROTEIN (14):2. Roslim, D.I. 2001. Kemiripan genetik tiga populasi kelapa dalam dari tiga pulau dengan penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). [Tesis]. Program Pasca Sarjana. Institut Pertanian Bogor. Shikano, T. and N. Taniguchi. 2002. Using microsatellite and RAPD markers to estimate the amount of heterosis in various strain combination in the Guppy (Poecilia reticulata). Aquaculture (204):271-282.
20
Slamat. 2009. Keanekaragaman genetik ikan betok (Anabas testudineus Bloch) pada tiga tipe ekosistem perairan rawa di Provinsi Kalimantan Selatan. [Tesis]. Sekolah Pascasarjana. Institut Pertanian Bogor. Bogor. Sugama, K., and A. Prijona. 1998. Biochemical genetic differentiation among wild population of milkfish (Chanos chanos) in Indonesia. Indonesian Fisheries Research Journal 4(1):11-18. Sugama, K., Haryanti, S. Tsumura, N. Tamaguchi. 1996. Genetic variation and population structure of Penaeus monodon in Indonesia. SEAFDEC. Simp. 16 pp. Tave. 1999. Inbreeding and Brood Stock Management. FAO Fish Technical Paper. No. No. 392. Rome, FAO. 1999. 122p. Ward, R.D., K.E. Jorstrad, and G.B. Maguire. 2003. Microsatellite diversity in rainbow trout. Aquaculture (219):169-180.
21
LAMPIRAN Lampiran 1a. Data fragmen DNA ikan tambakan Sumatera Ukuran
TS-1
TS-2
TS-3
TS-4
TS-5
TS-6
TS-7
TS-8
TS-9
TS-10
2000 1750 1500 1350 1200 1100 1000 900 850 800 700 650 600 550 500 475 450 425 400 375 350 325 300 275 250 225 200 100
1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 2 2 2
2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2
2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 2 2 2
2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 2 2
2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 2
2 2 1 1 1 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 2 1 1 2 1 2
2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1
1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1
1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1
1 2 1 1 1 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 2 2
22
Lampiran 1b. Data fragmen DNA ikan tambakan Jawa Ukuran
TJ-1
TJ-2
TJ-3
TJ-4
TJ-5
TJ-6
TJ-7
TJ-8
TJ-9
TJ-10
2000 1750 1500 1350 1200 1100 1000 900 850 800 700 650 600 550 500 475 450 425 400 375 350 325 300 275 250 225 200 100
1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 2 2 2
1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 2 2 2
1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 2 2 2 2
2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 2 2 1 1
1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 2 2 1 1
1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 1 1
1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 2 2 1 2 2 1 2 1 1 2 2 1 1 1
2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 2 1 2 1 2 2 1 2 2 1 2 1 1 2 2 2 1 1
2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 2 2 1 2 2 1 2 1 1 2 2 2 2 2
1 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 1 1 1 2 2 2 2 2
23
Lampiran 1c. Data fragmen DNA ikan tambakan Kalimantan Ukura n 2000 1750 1500 1350 1200 1100 1000 900 850 800 700 650 600 550 500 475 450 425 400 375 350 325 300 275 250 225 200 100
TK1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 2 2 1 2 2 2
TK2 2 2 1 1 1 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2 1 2 1 2 1 2 2 2 2
TK3 2 2 2 1 1 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2 1 2 1 2 1 2 2 2 2
TK4 1 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 1 2 2 2 1 1
TK5 1 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 2 2 1 1
TK6 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 2 2 1 1
TK7 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1
TK8 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 2 1 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1
TK9 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 2 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1
TK10 1 2 1 1 1 2 1 1 2 2 2 1 1 1 1 2 1 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 2
24
25
Lampiran 2. Data pengukuran karakter morfometrik Populasi
A1
A2
A3
A4
A5
A6
A7
A8
B1
B2
B3
B4
B5
B6
B7
C1
C2
C3
C4
C5
C6
1
0,190
0,182
0,240
0,380
0,281
0,397
0,207
0,430
0,843
0,669
0,124
0,686
0,579
0,653
0,529
0,025
0,157
0,025
0,149
0,157
0,157
1
0,213
0,172
0,238
0,393
0,287
0,385
0,189
0,385
0,836
0,623
0,082
0,689
0,607
0,631
0,541
0,033
0,164
0,033
0,156
0,156
0,148
1
0,183
0,176
0,229
0,366
0,282
0,389
0,214
0,397
0,870
0,656
0,115
0,702
0,603
0,664
0,557
0,023
0,160
0,023
0,160
0,160
0,153
1
0,200
0,192
0,248
0,400
0,320
0,440
0,240
0,464
0,880
0,632
0,112
0,712
0,608
0,648
0,552
0,024
0,144
0,016
0,152
0,152
0,152
1
0,211
0,154
0,228
0,366
0,285
0,374
0,203
0,415
0,813
0,618
0,130
0,675
0,569
0,650
0,528
0,033
0,146
0,033
0,154
0,154
0,146
1
0,187
0,203
0,220
0,390
0,276
0,390
0,220
0,407
0,837
0,602
0,122
0,691
0,577
0,667
0,553
0,041
0,146
0,049
0,146
0,154
0,154
1
0,157
0,240
0,190
0,388
0,240
0,372
0,207
0,380
0,851
0,628
0,116
0,694
0,579
0,636
0,521
0,041
0,149
0,025
0,149
0,157
0,149
1
0,237
0,118
0,247
0,409
0,312
0,430
0,215
0,462
0,839
0,602
0,161
0,710
0,591
0,677
0,516
0,043
0,151
0,032
0,151
0,161
0,151
1
0,198
0,207
0,223
0,397
0,281
0,397
0,223
0,397
0,835
0,612
0,124
0,702
0,587
0,678
0,562
0,041
0,149
0,050
0,149
0,157
0,157
1
0,174
0,240
0,190
0,388
0,240
0,364
0,215
0,380
0,860
0,628
0,116
0,694
0,579
0,628
0,512
0,033
0,149
0,025
0,149
0,157
0,149
2
0,231
0,197
0,197
0,419
0,299
0,427
0,214
0,427
0,855
0,650
0,111
0,692
0,598
0,650
0,590
0,043
0,154
0,034
0,137
0,162
0,137
2
0,206
0,206
0,155
0,412
0,258
0,392
0,216
0,412
0,876
0,649
0,113
0,701
0,619
0,660
0,557
0,031
0,155
0,031
0,155
0,155
0,155
2
0,197
0,204
0,243
0,401
0,309
0,434
0,197
0,454
0,855
0,625
0,105
0,704
0,625
0,658
0,559
0,033
0,145
0,033
0,151
0,158
0,158
2
0,220
0,151
0,258
0,365
0,314
0,390
0,189
0,428
0,824
0,667
0,088
0,686
0,623
0,648
0,572
0,019
0,132
0,025
0,132
0,138
0,145
2
0,232
0,165
0,274
0,421
0,311
0,390
0,140
0,427
0,750
0,652
0,104
0,677
0,591
0,646
0,549
0,024
0,152
0,030
0,146
0,159
0,152
2
0,243
0,204
0,252
0,437
0,359
0,485
0,214
0,495
0,874
0,602
0,126
0,718
0,612
0,670
0,553
0,029
0,165
0,049
0,155
0,175
0,175
2
0,206
0,196
0,299
0,412
0,320
0,412
0,155
0,423
0,784
0,619
0,072
0,660
0,577
0,619
0,536
0,021
0,134
0,021
0,144
0,144
0,134
2
0,215
0,161
0,262
0,376
0,329
0,423
0,188
0,463
0,839
0,691
0,101
0,698
0,597
0,638
0,537
0,027
0,128
0,020
0,134
0,134
0,134
2
0,206
0,174
0,265
0,381
0,335
0,439
0,187
0,445
0,865
0,652
0,103
0,710
0,613
0,665
0,561
0,039
0,155
0,026
0,161
0,161
0,161
2
0,199
0,193
0,248
0,385
0,311
0,404
0,174
0,422
0,820
0,646
0,118
0,683
0,584
0,646
0,534
0,037
0,149
0,031
0,155
0,155
0,155
3
0,216
0,151
0,252
0,360
0,324
0,403
0,194
0,432
0,827
0,662
0,079
0,676
0,612
0,619
0,547
0,036
0,151
0,050
0,151
0,165
0,158
3
0,281
0,133
0,193
0,370
0,304
0,400
0,237
0,437
0,874
0,681
0,037
0,696
0,667
0,652
0,607
0,030
0,141
0,030
0,148
0,148
0,156
3
0,266
0,105
0,224
0,364
0,322
0,385
0,217
0,434
0,860
0,685
0,049
0,692
0,650
0,643
0,587
0,021
0,140
0,021
0,140
0,140
0,140
3
0,225
0,145
0,225
0,370
0,304
0,391
0,203
0,420
0,841
0,667
0,065
0,681
0,623
0,645
0,587
0,036
0,138
0,036
0,145
0,145
0,145
3
0,222
0,133
0,215
0,380
0,285
0,405
0,222
0,437
0,861
0,658
0,076
0,703
0,639
0,665
0,589
0,032
0,158
0,019
0,158
0,165
0,158
3
0,246
0,112
0,194
0,343
0,276
0,343
0,224
0,388
0,858
0,664
0,142
0,701
0,604
0,649
0,582
0,037
0,149
0,037
0,142
0,149
0,142
3
0,316
0,074
0,279
0,382
0,368
0,397
0,118
0,397
0,779
0,647
0,037
0,684
0,654
0,654
0,625
0,037
0,140
0,037
0,147
0,147
0,147
3
0,267
0,148
0,207
0,415
0,311
0,407
0,207
0,437
0,852
0,637
0,074
0,689
0,637
0,652
0,600
0,022
0,148
0,022
0,148
0,148
0,156
3
0,222
0,170
0,207
0,378
0,296
0,400
0,230
0,437
0,852
0,652
0,074
0,689
0,630
0,644
0,578
0,037
0,148
0,037
0,148
0,148
0,148
3
0,277
0,099
0,184
0,369
0,312
0,369
0,220
0,397
0,858
0,667
0,021
0,681
0,674
0,638
0,617
0,035
0,142
0,035
0,156
0,149
0,149
26
Lampiran 3. Koefisien keragaman (CV) morfometrik ikan tambakan Karakter yang diukur A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 C1 C2 C3 C4 C5 C6
Sumatera 11.45 19.68 9.24 3.54 9.17 6.20 6.37 7.59 2.30 3.48 16.23 1.63 2.36 2.76 3.38 23.11 4.38 35.34 2.80 1.75 2.51
Jawa 7.13 11.02 16.74 5.80 8.34 7.02 13.55 5.70 4.91 3.90 14.70 2.48 2.75 2.26 3.14 25.94 8.19 27.20 6.86 7.86 8.75
Kalimantan 13.05 22.94 13.30 4.97 8.11 5.13 16.36 4.69 3.15 2.21 51.27 1.30 3.55 1.87 3.74 19.12 4.49 29.60 3.84 5.42 4.49
Lampiran 4. Canonical discriminant function coefficients Function A1 A2 A3 A4 A5 A6 A7 A8 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 C1 C2 C3 C4 C5 C6 (Constant)
1 7.772 -27.237 31.909 19.207 -76.960 -110.257 -72.395 151.856 68.134 -1.569 -24.949 23.141 -48.957 -110.805 113.266 94.521 -17.455 85.191 51.942 2.499 57.440 -45.828
2 19.014 101.585 46.590 45.731 34.731 -135.777 -90.547 105.253 79.693 46.376 85.568 -143.610 135.485 78.281 2.982 47.065 -45.676 61.384 85.848 112.813 -248.310 -162.305
27
Lampiran 5. Data bobot dan panjang standar tiga populasi ikan tambakan Populasi 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
Bobot (gram) 65,9 67 87,3 75,9 55,2 80 63,9 58,3 28,7 85,2 44,6 32,7 121,6 140,8 129,8 151,1 133 142,5 60,4 35,9 94,31 88,92 91,79 79,41 163,14 100,28 107,85 99,86 100,2 99,59
Panjang standar (cm) 12,1 12,2 13,1 12,5 12,3 12,3 12,1 9,3 12,1 12,1 11,7 9,7 15,2 15,9 16,4 10,3 9,7 14,9 15,5 16,1 13,9 13,5 14,3 13,8 15,8 13,4 13,6 13,5 13,5 14,1
28
