Figure 3-23 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Dělení bílkovin podle jejich funkce stavební a podpůrné
transportní a skladovací
pohyb ochranné a obranné regulační
katalytická
kolageny, elastin, keratiny (fibrilární) bílkoviny cytoskeletu (tubulin, vimentin, též pohyb) nukleoproteiny (histony, ribosomální bílkoviny) hemoglobin a myoglobin (O2) transferrin a ferritin (Fe) sérový albumin (mast. kyseliny, bilirubin, hem...) apolipoproteiny (lipidy, cholesterol) cytochrom c (elektrony) bílkoviny zajišťující membránový transport aktin a myosin (+další) imunoglobuliny fibrinogen hormony receptory (membránové a intracelulární) regulační bílkoviny proteosynthesy enzymy
Proteiny - vazba na jiné molekuly (ligandy) - SPECIFITA - vazebné místo - nekovalentní interakce
Figure 3-36 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Vazebné místo proteinu
Figure 3-37a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Vazebné místo proteinu
Figure 3-37b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Konformace proteinu – určuje chemické vlastnosti - vazebné místo chráněno (H2O) - reaktivita vazebného místa
Figure 3-38 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Interakce protein-protein
Figure 3-40 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 3-41 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Síla vazby (protein –ligand) – rovnovážná konstanta
Figure 3-42 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 3-43a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 3-43b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Enzymy = biokatalyzátory Každá (metabolická) reakce má svůj enzym
Ligand - substrát
Enzymy – biologické katalyzátory
Table 3-1 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Jak dosáhnouti úspěchu aneb Co musí umět enzym? · účinné snížení aktivační energie · specifita účinku (enzym katalyzuje jen jednu z četných
termodynamicky možných přeměn látky - specifitu zprostředkuje bílkovinná část) · specifita substrátová (látka, která se mění účinkem enzymu) · regulovatelnost účinnosti (aktivity)
Figure 3-50a Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 3-46 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
ENZYMOVÁ AKTIVITA Katalytickou aktivitu 1 katalu (1 U) vykazuje enzymový preparát, který za definovaných podmínek (pH, pufr, teplota) při nasycení substrátem přemění 1 mol (1 mol) substrátu za 1 sec (1 min). PŘEVOD:
U=16,67 nkat 60 U=1 µkat Číslo přeměny: počet molekul substrátu, které se přemění za 1 minutu jednou molekulou enzymu
Vazba substrátu – substrate binding site
Indukované přizpůsobení
Indukované přizpůsobení
Změna konformace hexokinasy způsobená vazbou substrátu
Figure 3-52 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
KINETIKA podle Michaelise a Mentenové
Michaelisova konstanta koncentrace substrátu, při níž se dosáhne poloviny maximální rychlosti
Linerární transformace – Lineweaver-Burk
rovnici Michaelise a Mentenové (rovnice hyperboly) lze převést na rovnici přímky
Mechanismus dvousubstrátových reakcí
Uspořádaný o vazba prvního substrátu (A) → změna konformace komplexu (indukované přizpůsobení) → vazba druhého susbtrátu (B) volný enzym má pro něj malou afinitu → vznik komplexu EAB o přeměna komplexu EAB na EPQ (enzym s reakčními produkty) o postupné oddělení jednoho a poté druhého produktu
Neuspořádaný o pokud nezáleží na sledu vazby substrátů na enzym a na pořadí uvolňování produktů o enzym má přibližně stejnou afinitu k oběma substrátům
Ping-pong (double displacement) o vazba prvního substrátu na enzym, reakce, oddělení se prvního produktu o substrát předá skupinu → uvolnění enzymu v pozměněné formě o připojení druhého substrátu, který převezme od enzymu skupinu z prvního substrátu o uvolnění produktu a obnova enzymu
Enzym = buď jednoduchá bílkovina nebo apoenzym (peptidový řetězec) + kofaktor = holoenzym kofaktor: nepeptidová součást enzymu, která se přímo účastní chemické reakce (bez něj by to nešlo) oprosthetická skupina (př. FAD, PLP, hem) okoenzym (druhý substrát) (př. NAD(P),CoA, ATP) o"nespecifické" organické sloučeniny: - kyselina askorbová (komlex s Fe) - některé další vitaminy okovy přímo se účastnící reakce (metaloenzymy, Zn, Fe, Se, Cu ...) ospecifické kovy, působící "nepřímo" (např. Mg a ATP)
Hem (hemoglobin)
Retinal (rhodopsin)
Figure 3-53 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Table 3-2 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Multienzymové komplexy
Figure 3-55 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Regulace enzymové aktivity:
o„perfect enzyme“??? ona úrovni transkripce a translace (synthesa enzymu) opomocí změn kovalentní struktury (řízeno specifickými enzymy) - nevratné (aktivace stìpením peptidové vazby - proenzymy) - vratné (fosforylace, adenylace...) oAllosterické interakce oefektory (aktivátory a inhibitory) oPřístup k substrátu (koncentrace)
AKTIVACE A INHIBICE FOSFORYLACÍ
ALOSTERICKÉ ENZYMY Zpětná vazba (P, syntéza cholesterolu) Sigmoidní závislost [v] - [S] často složeny z více podjednotek- podjednotky se vzájemně ovlivňují kooperativní efekt: vazba substrátu na podjednotku změny u ostatních podjednotek změna jejich afinity k substrátu
Alosterický aktivátor usnadňuje vazbu substrátu posun saturační křivky k nižším koncentracím substrátu saturační křivka méně sigmoidní, při vysoké koncentraci aktivátoru hyperbola
Alosterický inhibitor znesnadňuje vazbu substrátu posun saturační křivky k vyšším koncentracím substrátu zesílení sigmoidního efektu
Figure 3-67 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
INHIBICE: - nevratná - vratná: a) substrátem b) kompetitivní (competitive) c) akompetitivní (acompetitive) d) nekompetitivní (noncompetitive) e) smíšená
Kompetitivní inhibice (př. chemoterapie)
Nekompetitivní inhibice
„Suicide inhibition“ Ireversibilní vazba inhibitoru (kovalentní) penicilin (G+)
Motor proteins
Figure 3-77 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
pumps
Figure 3-78b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 3-82 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
Figure 3-83 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)
prilohy
Rozdělení enzymů 6 tříd 1. Oxidoreduktázy - biologické oxidace a redukce 2. Transferázy - přenos skupin (z donoru na akceptor) 3. Hydrolázy - hydrolytické štěpení vazeb 4. Lyázy - nehydrolytické nebo neoxidační štěpení (eliminační reakce) často za vzniku dvojných vazeb nebo adici na dvojné vazby 5. Izomerázy - intramolekulární změny (geometrické, strukturní) 6. Ligázy - (syntázy) syntéza molekul na tvorbu vazby energie ATP
Mechanismus katalýzy - Chymotrypsin – serinová proteáza
1
2
3
4
5
Názvosloví enzymů
triviální (pepsin, trypsin, elastasa, invertasa ...) doporučené ("polosystematické") (alkoholdegydrogenasa...)
1. OXIDOREDUKTASY donor + akceptor oxidovaný donor + redukovaný akceptor Systematický název: donor : akceptor-oxidoreduktasa angl .: donor : acceptor oxidoreductase Triviální názvy: dehydrogenasa reduktasa (důležitější redukce substrátu) transhydrogenasa (vzácné, glutathion-cystin-transhyhrogenasa) oxidasa (přenos dvou elektronů na O2, obvykle vznik H2O2) oxygenasa (1 nebo 2 atomy O jsou inkorporovány do substrátu(ů), monooxygenasa: vzniká voda, dioxygenasa: nevzniká) peroxidasa (peroxid vodíku je akceptorem elektronů) katalasa (disproporcionace peroxidu vodíku)
donor
akceptor
CH_OH (alkohol) CHO (aldehyd) CH_CH CH_NH2 CH_NH (sekundární amin) NADH nebo NADPH ostatní dusíkaté donory sloučeniny síry hemová skupina difenoly a příbuzné slouč. peroxid vodíku jako akceptor vodík působící na jeden donor, do něhož se vnáší kyslík (oxygenasy) 1.14. působící na dva donory, které inkorporují kyslík 1.15. superoxidový radikál jako akceptor 1.16. kovové ionty _CH _ (vzniká alkohol) 1.17. 2 1.18. redukovaný ferredoxin 1.19. redukovaný flavodoxin 1.97. ostatní oxidoreduktasy 1.1. 1.2. 1.3. 1.4. 1.5. 1.6. 1.7. 1.8. 1.9. 1.10. 1.11. 1.12. 1.13.
1.n.1 NAD+ nebo NADP+ 1.n.2 cytochrom 1.n.3 molekulový kyslík 1.n.4 disulfidová sloučenina 1.n.5 chinon nebo příbuzné látky 1.n.6 dusíkatá skupina 1.n.7 FeS proteiny 1.n.8 flavin
1.13. (14.) 11 až 18 (různé typy oxygenačních reakcí)
1.n.99 různé další akceptory
Oxidoreduktasy - příklady EC 1.14.13.25 Methan,NAD(P)H:kyslík-oxidoreduktasa (hydroxylující) CH4 + NAD(P)H + H+ + O2 CH3OH + NAD(P)+ + H2O
EC 1.11.1.6 H2O2: H2O2-oxidoreduktasa, katalasa (též peroxid vodíku:peroxid vodíku - oxidoreduktasa) H2O2 + H2O2 2 H2O + O2
EC 1.11.1.7 donor: H2O2-oxidoreduktasa, peroxidasa donor + H2O2 oxidovaný donor + 2 H2O
Oxidoreduktasy - příklady EC 1.1.1.1 Alkohol:NAD+-oxidoreduktasa, alkoholdehydrogenasa CH3-CH2-OH + NAD+ CH3-CHO + NADH + H+ EC 1.1.3.4 -D-Glukosa:O2-1-oxidoreduktasa, glukosaoxidasa -D-glukosa + O2 -D-glukono-1,5-lakton + H2O2 EC1.13.11.18 Síra:kyslík-oxidoreduktasa, síradioxygenasa S + O2 SO2
2. TRANSFERASY
donor_SK + akceptor
donor + akceptor_SK
Systematický název: donor : akceptor_skupinatransferasa angl. donor : acceptor grouptransferase Triviální názvy: methyltransferasy, hydroxymethyltransferasy aminotransferasy (dříve transaminasy) kinasy = fosfotransferasy atd.
Kofaktory transferas (koenzym)
Kofaktory transferas (koenzym)
přenos acylových zbytků
2. TRANSFERASY 2.1 Přenášející jednouhlíkatou skupinu 2.1.1 Methyltransferasy 2.1.2 Hydroxymethyltransferasy 2.1.3 Karboxyl_ a karbamoyltransferasy 2.1.4 Amidinotransferasy 2.2 Přenášející aldehydické nebo ketonické skupiny 2.1.1. Transaldolasy a transketolasy 2.3 Acyltransferasy 2.3.1. Acyltransferasy 2.3.2. Aminoacyltransferasy
2. TRANSFERASY 2.4 Glykosyltransferasy 2.4.1. Hexosyltransferasy 2.4.2. Pentosyltransferasy 2.4.3. Přenášející ostatní glykosylové skupiny 2.5 Přenášející akrylové nebo arylové skupiny jiné než methyl 2.5.1. (velmi heterogenní skupina) 2.6 Přenášející dusíkaté skupiny 2.6.1. Aminotransferasy 2.6.3. Oximinotransferasy 2.6.99 Přenášející jiné dusíkaté skupiny
2. TRANSFERASY 2.7. Přenášející skupiny obsahující fosfor 2.7.1. Fosfotransferasy s alkoholem jako akceptorem 2.7.2. Fosfotransferasy s karboxylem jako akceptorem 2.7.3. Fosfotransferasy s dusíkatou skup. jako akcept. 2.7.4. Fosfotransferasy s fosfátovou skup. jako akcept. 2.7.6. Difosfotransferasy 2.7.7. Nukleotidyltransferasy 2.7.8. Transferasy ostatních substituovaných fosf. skup. 2.7.9. Fosfotransferasy se dvěma akceptory 2.8. Přenášející sirné skupiny 2.8.1. Sulfurtransferasy (sirné skupiny kromě 2.8.2. a 2.8.3.) 2.8.2. Sulfotransferasy (přenášející sulfát) 2.8.3. CoA_transferasy
Transferasy - příklady EC 2.4.1.1 fosforylasa
1,4--D-Glukan:orthofosfát--D-glukosyltransferasa,
(1,4--D-glukan)n + Pi (1,4--D-glukan)n-1 + -D-glukosa-1-fosfát EC 2.6.1.2 L-Alanin:2-oxoglutarát-aminotransferasa, alaninaminotransferasa (AAT) O
O
O
C
O
O
+
H3N
+
O
CH2
+
CH
CH2
CH3
C O
L-Ala
C
O C
C
O
O
C
O C
H3N CH
+
CH3
O
CH2 CH2 C
O
+ 2-oxoglutarát pyruvát +
O
L-Glu
Transferasy - příklady
EC 2.7.1.1 ATP:D-hexosa-6-fosfotransferasa, hexokinasa ATP + D-hexosa ADP + D-hexosa-6-fosfát NH2
O N
N
N
N O O
O
O
O
OH
P O P O P O H2C O
O P O CH2 O H
O
H H HO
H
H H
OH
OH
H H
HO
O
O
OH
3. HYDROLASY
A _ B + H2O AOH + HB Systematický název: substrát (skupina) hydrolasa angl.: substrate (group) hydrolase Triviální název: substrátasa, často zcela nesystematické názvy
3. HYDROLASY 3.1 Esterasy 3.1.1. Estery karboxylových kyselin (lipasy) 3.1.3. Monoestery fosforečné kyseliny (fosfatasy) 3.1.4. Diestery fosforečné kyseliny (fosfodiesterasy,
štěpení c-AMP) 3.1.11
_
30 Endo_ a exo_ (deoxy)nukleasy
3.2 Glykosidasy 3.2.1. Hydrolysující O_glykosidové vazby (amylasy, invertasa=sacharasa, celulasy) 3.2.2. Hydrolysující N-glykosidové vazby 3.3 Působící na etherové vazby
3. HYDROLASY 3.4 Peptidasy 3.4.11._Aminoacylpeptid hydrolasy (aminopeptidasy) 3.4.13. Dipeptid hydrolasy 3.4.14. Dipeptidylpeptid hydrolasy 3.4.15 Peptidyldipeptid hydrolasy 3.4.16 Serinové karboxypeptidasy 3.4.17 Metallo_karboxypeptidasy 3.4.18 Cysteinové karboxypeptidasy 3.4.21 Serinové proteinasy 3.4.22 Cysteinové proteinasy 3.4.23 Aspartátové proteinasy 3.4.24 Metallo_proteinasy 3.4.99 Proteinasy neznámého katalyt. mechanismu 3.5 Působící na C_N vazbu jinou než peptidovou
3. HYDROLASY 3.6 Působící na anhydridy kyselin 3.6.1 Anhydridy fosforečné kyseliny (pyrrofosfatasa, nespec. ATPasy)
3.6.3 a zprostředkující membránový transport (transportní ATPasy) 3.6.4 umožňující pohyb (aktomyosinový komplex, složky cytoskeletu) 3.7 Působící na vazbu C_C 3.8 Působící na vazby halogenů 3.9 Působící na P_N vazby 3.10 Působící na S_N vazbu
3.11 Působící na C_P vazbu
4. LYASY
substrát 1 (+ substrát 2) produkt 1 + produkt 2 (malý)
Systematický název: substrát 1 (substrát 2)- produkt 2lyasa angl: substrate l (substrate 2)- product 2 lyase Triviální název: dekarboxylasa, hydrolyasy (=dehydratasa), ammonialyasa, aldolasa, synthasa (velmi riskantní)
4. LYASY 4.1 C_C lyasy 4.1.1 Karboxylyasy (dekarboxylasy) 4.1.2 Aldehydlyasy (aldolasy) 4.1.3 Oxo_acid lyasy (např. citrátsynthasa) 4.1.99 Ostatní C_C lyasy 4.2 C_O lyasy 4.2.1 Hydrolyasy (např. fumarasa) 4.2.2 Působící na polysacharidy (štěpí za vzniku deoxysacharidů) 4.2.3 Ostatní C _O lyasy 4.3 C_N lyasy 4.3.1 Ammonia_lyasy (např. aspartátamonialyasa) 4.4 C_S lyasy 4.5 C_halogen lyasy 4.6 P_O lyasy 4.99 Ostatní lyasy
4. LYASY Lyasy - příklady: EC 4.1.1.1 pyruvát-karboxylyasa, pyruvátdekarboxylasa
CH3-CO-COOH CH3-CHO + CO2 EC 4.2.1.1 karbonát-hydrolyasa, karbonátanhydrasa,
karbonátdehydratasa H2CO3 CO2 + H2O
4. LYASY EC 4.6.1.1 ATP-pyrrofosfátlyasa (cyklisující), adenylátcyklasa
ATP
cAMP
O
O
P O P O P O H2C O
O
O
CH2
O H
H HO
O
H H OH
N
N
N
N
O
N
N
N
N
O
PPi
NH2
NH2
O
+
O
P O
+ O
H H
P O P O O
H H
O
O
OH
O
O
5. ISOMERASY
Triviální názvy: (různé typy isomerací
_
podobně i
v systematickém názvu) racemasy, cis_trans_isomerasy, ketolisomerasy, mutasy, atd. Systematický název: substráttyp angl.: substrate type
5. ISOMERASY
5.2
Cis_trans_isomerasy
5.3
Intramolekulární oxidoreduktasy
5.3.1 Přeměňující aldehydy na ketony (ketolisomerasy) 5.3.2 Přeměňující ketoskupiny na enoly (keto_enolisomerasy) 5.3.3 Posunující C=C vazbu (n
_
m isomerasy)
5.3.4 Posunující S_S vazbu (proteindisulfid_isomerasa) 5.3.99 Ostatní intramolekulární oxidoreduktasy
5. ISOMERASY 5.4 Intramolekulární transferasy (mutasy) 5.4.1 Přenášející acylovou skupinu (acylmutasy) 5.4.2 Fosfotransferasy (fosfomutasy) 5.4.3 Přesunující aminoskupinu (aminomutasy) 5.5 Intramolekulární lyasy (decyklisující, intramolekulární adice)
5.99 Ostatní isomerasy (např. DNA-topoisomerasy)
Isomerasy - příklady: EC 5.1.1.13 Aspartátracemasa (s poloviční rychlostí působí též na Ala) EC 5.1.2.1 Laktátracemasa EC 5.3.1.1 D-Glyceraldehyd-3-fosfátketolisomerasa, triosafosfátisomerasa H2C OH
HC O HO CH H2C
O O
O C H2C
P O
O P O
O
O
O
D-glyceraldehyd-3-fosfát
dihydroxyacetonfosfát
EC 5.4.2.1 D-Fosfoglycerát-2,3-fosfomutasa, fosfoglycerátmutasa O
O
HO CH H2C
O O
O
O
C
P O
O P O
O
3-fosfo-D-glycerát
O
C O CH H2C
OH
2-fosfo-D-glycerát
6. LIGASY substrát 1 + substrát 2 + A(G) TP substrát 1_substrát 2 + ADP + Pi
nebo substrát 1 + substrát 2 + ATP substrát 1_substrát 2 + AMP + PPi Systematický název: substrát1: substrát 2_ligasa (tvořící ADP, AMP nebo GDP)
angl.: substrate l : substrate 2 ligase (ADP, AMP or GDP _forming) Triviální názvy: pokud možno substrát 1_substrát 2_ligasa (synthetasy jsou možné, často se však vyskytují i synthasy)
6. LIGASY 6.1 Tvořící C_O vazby (aminoacyl_tRNA_ligasy a podobné estery) 6.2 Tvořící C_S vazby (kyselina_thiol_ligasy) 6.3 Tvořící C_N vazby 6.3.1
Acid_ammonia (or amine) ligases (asparaginsynthetasa)
6.3.2
Acid_amino_acid ligases (např. peptidsynthetasy)
6.3.3 Cyklisující ligasy 6.3.4
Ostatní C_N ligasy
6.3.5
C_N ligasy s glutaminem jako donorem dusíku (např. karbamoylfosfátsynthetasa)
6.4 Tvořící C_C vazby (např. karboxylasy) 6.5 Tvořící estery kyseliny fosforečné (např. DNA-ligasa)
Ligasy - příklady EC 6.1.1.1 L-Tyrosin:tRNATyr-ligasa (AMP-tvořící), tyrosin-tRNA-ligasa L-Tyr + tRNATyr + ATP L-Tyr-tRNATyr + AMP + PPi EC 6.2.1.1 Acetát:CoA-ligasa (AMP-tvořící), acetát-CoA ligasa CH3COO- + HSCoA + ATP acetyl-SCoA + AMP + PPi EC 6.3.1.4 L-Aspartát:amoniak-ligasa (ADP-tvořící), asparaginsynthetasa L-Asp + NH3 + ATP L-Asn + ADP + Pi (EC 6.3.1.1.. AMP-tvořící)
EC 6.4.1.1 Pyruvát:oxid uhličitý-ligasa (ADP-tvořící), pyruvátkarboxylasa CH3-CO-COO- + HCO3- +ATP -OOC-CH2-CO-COO- + ADP + Pi EC 6.5.1.1 Poly(deoxyribonukleotid): poly(deoxyribonukleotid)-ligasa (AMP-tvořící), DNA-ligasa ATP + (deoxyribonukleotid)n + (deoxyribonukleotid)m (deoxyribonukleotid)n+m + AMP + PPi
Svinování (folding)
Příklady posttranslačních modifikací Fosforylace vratná modifikace (kinasy / fosfatasy) obvykle na –OH skupinách zbytků serinu, threoninu, tyrosinu
významný regulační prvek: aktivita řady enzymů aktivita glykogen fosforylasy je regulována fosforylací na zbytku serinu v pozici 14
regulace transkripce role při přenosu signálu
Regulace transkripce fosforylací CREB (cAMP - responsive element binding protein) – transkripční faktor fosforylace na serin 133 → asociace s CBP; (CREB binding protein) → CREB –CBP komplex aktivuje CREB dependentní transkripci mj. i remodelací chromatinu acetylací histonů
Glykosylace připojení sacharidů na proteiny - typické pro extracelulární a membránové proteiny role glykosylace: často nutná pro správné svinutí proteinu stabilizace proteinu regulace rozpoznávání molekulové mezibuněčné
obrovská variabilita – řada míst glykosylace a každé z nich může být glykosylováno mnoha způsoby
Mechanismus glykosylace na asparagin
dolichol
Regulace transkripce glykosylací glykosylace CREBu „brzda“ transkripce - působí opačně než fosforylace modifikován serin a threonin N- acetylglukosaminem
Lipidace - usnadňuje připojení proteinů na membrány, vzájemné interakce proteinů
Prenylace - připojení farnesyl, dolichol nebo geranylgeranyl zbytků; farnesylace u některých G proteinů
Acylace – připojení mastných kyselin (myristová, palmitová) přes ester, thioester nebo amid; rhodopsin palmitoylovaný na zbytku cysteinu
farnesylace
Modifikace proteinu jiným proteinem - proteiny mohou být navázány (např. přes svůj C-konec) ke zbytkům lysinu jiného proteinu Ubiquitinylace - nejznámější modifikací tohoto typu signál pro degradaci proteinu (např. chybně svinutý protein)
SUMOylace (SUMO: Small Ubiquitin-like Modifier) - role v řadě buněčných procesů: transport mezi jádrem a cytosolem, regulace transkripce, apoptosa, stabilizace proteinu, odpověď na stres
Acetylace - obvyklá na N – koncích některých proteinů nebo zbytcích lysinu; N-terminální serin histonu H4 acetylován
Hydroxylace - konverze prolinu na hydroxyprolin v kolagenu katalyzovaná prolyl-4-hydroxylasou
acetylace
Jodace - thyroglobulin jodován (na Tyr) při syntéze thyroxinu Karboxylace - karboxylace prothrombinu (srážení krve) na zbytek Glu (účast vitaminu K)
Methylace - methylací mohou být modifikovány například histony; lysine 20 histonu H4 může být mono- nebo di- methylován
methylace
Nukleotidylace - připojení mononukleotidu reguluje aktivitu některých enzymů; utilizace dusíku v E. coli: glutamin synthetasa specificky adenylována (kovalentní připojení AMP) na zbytku tyrosinu; adenylovaná forma je inaktivní; stupeň adenylace je řízen regulačním proteinem PII schopnost proteinu PII regulovat adenylaci glutamin synthetasy je řízena jeho uridinylací (kovalentní připojení UMP) na zbytku
Sulfatace – různé typy (O-, S-, N-); na Tyr (protein – protein interakce) Připojení prostetických skupin - hem (globin a cytochrom), FAD, biotin
Vytvoření disulfidových vazeb
- typické pro extracelulární proteiny; formace disulfidových můstků - po svinutí proteinu do (téměř) finální podoby
Aktivace zymogenů - odštěpením sekvence, která kryje jejich aktivní centrum - proteasy (chymotrypsin, trypsin, trombin)