Vytvoření genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využití pro udržitelný rozvoj dopravy
Tomáš Libosvár
TA02031259 Vytvoření genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využití pro udržitelný rozvoj dopravy
Projekt výzkumu podporovaný Technologickou agenturou ČR Program Alfa Doba řešení: 01/2012 – 12/2015 Řešitelé:
HBH Projekt spol. s r.o. Ateliér ekologie Mgr. Tomáš Šikula Ing. Tomáš Libosvár 1/12
Mendelova univerzita v Brně Ústav ochrany lesů a myslivosti (LDF) Ing. Martin Ernst Ph.D.
TA02031259 Vytvoření genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využití pro udržitelný rozvoj dopravy
Cíle projektu: • vyhodnocení vlivu fragmentace na genetickou variabilitu populací ve vybraných oblastech ČR • vytvoření genetické databanky vybraných druhů savců (návrh, zkušební provoz, otevření pro veřejnost) Etapy řešení: 2012 – analýza současného stavu, rešerše české a zahraniční literatury 2013 – sběr dat pro návrh databáze, doplňující průzkumy 2014 – analýza dat, návrh databáze 2015 – ověření navržené genetické databáze a tvorba metodik
2/12
TA02031259 Vytvoření genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využití pro udržitelný rozvoj dopravy
Cíle projektu pro rok 2012: • analýza současného stavu problematiky • rešerše české a zahraniční literatury
Úkoly nad rámec plánu: • vytipování lokalit s výraznou migrační bariérou • zahájení sběru a analýzy genetických vzorků • zahájení prací na tvorbě softwaru databáze
3/12
DÍLČÍ CÍL 1: Hodnocení vlivu fragmentace krajiny dopravou na genetickou variabilitu ve vybraných oblastech ČR
4/12
DÍLČÍ CÍL 1: Hodnocení vlivu fragmentace krajiny dopravou na genetickou variabilitu ve vybraných oblastech ČR Živočichové (zvěř): • los evropský • jelen evropský • sika japonský • srnec obecný • prase divoké • zajíc evropský • jezevec lesní • liška obecná • šakal obecný Uskladnění a analýza biologických vzorků: • hlubokomrazící box • izolace DNA • analýza mikrosatelitů
5/12
DÍLČÍ CÍL 2: Genetická databanka ÚČEL • • • • •
centrální uchování informací jednotná struktura dat dálkový přístup k sdíleným datů jiných uživatelů ověřený zdroj informací (verifikace) zdroj dat pro hodnocení fragmentace krajiny, managementu chráněných druhů živočichů, analýzu změn krajiny a stavu ŽP, studium populační dynamiky
• •
open source, databázový systém MySQL umístění v úvodní fázi na cizím serveru (webhosting - pronájem prostoru pro webové stránky) v případě nárůstu přístupů do databáze – vlastní server
•
6/12
DÍLČÍ CÍL 2: Genetická databanka PŘÍSTUP • •
přes webové rozhraní uživatelské účty s různými právy • • • • • •
7/12
prohlížení vkládání a export vlastních dat vkládání vlastních dat, export cizích přístupných dat kontrola a editace cizích dat (verifikace) správa uživatelských účtů, přidělování a odebírání práv správce hardwaru
DÍLČÍ CÍL 2: Genetická databanka STRUKTURA – identifikace jedince • ID pro jednoznačnou identifikaci jedince a jeho vzorku • druh živočicha • druh vzorku • zdroj vzorku • pohlaví • věk • hmotnost • kvalita zvěře (trofejová hodnota) • zdravotní stav • morfologické odchylky • barevné odchylky • datum získání vzorku • lokalizace vzorku • příbuzenské vztahy • místo uložení genetického vzorku • další poznámky (textové pole) • fotografie a další přílohy • datum vložení záznamu • historie editace záznamů 8/12
DÍLČÍ CÍL 2: Genetická databanka STRUKTURA – genetické informace • tabulka s názvy mikrosatelitů a čísly alel • zjištěné ukazatele genetické variability: - koeficient inbreedingu - genetická diverzita - heterozygotnost - polymorfní informační obsah
9/12
DÍLČÍ CÍL 2: Genetická databanka FUNKCE • prohlížení dat • výpočet ukazatelů genetické variability • vyhledávání a filtrování podle zadaných parametrů • geografické zobrazení záznamů dle jejich lokalizace • výběr záznamů z určitého území • import většího počtu dat • export dat do nejčastěji používaných formátů (XML, XLS, TXT) • propojení s podobnými databázemi
10/12
TA02031259 Vytvoření genetické databanky vybraných druhů savců ČR k využití pro udržitelný rozvoj dopravy
Cíle projektu pro rok 2013: DC 1: Hodnocení vlivu fragmentace krajiny dopravou na genetickou variabilitu ve vybraných oblastech ČR • upřesnění lokalit • oslovení mysliveckých sdružení, sběr vzorků a jejich analýza • hodnocení migrační prostupnosti těchto lokalit DC 2: Genetická databáze • doladění struktury, funkcí, vzhledu …
11/12
Děkuji za pozornost.
12/12
