ANALISIS VARIASI MORFOLOGI DAN GENETIK UNDUR-UNDUR LAUT Albunea symmysta, Linnaeus 1758 (CRUSTACEA:HIPPOIDEA) DI PERAIRAN SUMATERA DAN JAWA
FEBI AYU PRAMITHASARI
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2016
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA* Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul Analisis Variasi Morfologi dan Genetik Undur-undur Laut, Albunea symmysta, Linnaeus 1758 (Crustacea: Hippoidea) di Perairan Sumatera dan Jawa adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Januari 2016
Febi Ayu Pramithasari NIM C251140236
RINGKASAN FEBI AYU PRAMITHASARI. Analisis Variasi Morfologi dan Genetik Undurundur Laut Albunea symmysta, Linnaeus 1758 (Crustacea: Hippoidea) di Perairan Sumatera dan Jawa. Dibimbing oleh YUSLI WARDIATNO dan NURLISA ALIAS BUTET. Albunea symmysta merupakan salah satu jenis undur-undur laut yang memiliki peranan baik secara ekologi maupun secara ekonomi untuk manusia. A. symmysta di Indonesia dapat ditemukan dibeberapa wilayah seperti di pesisir Sumatera dan pesisir Jawa. Kondisi habitat yang berbeda mengharuskan A. symmysta untuk beradaptasi dengan habitatnya. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis hubungan kekerabatan undur-undur laut (Albunea symmysta) berdasarkan karakter morfologi dan mengidentifikasi jenis undur-undur laut dari pesisir Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta melalui pendekatan molekuler dengan marka gen 16s rRNA. Contoh A. symmysta diambil dari empat wilayah pesisir, yaitu Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta. Karakter morfologi yang dihitung dan diukur mencakup jumlah spine, panjang karapas (PK), lebar karapas (LK), panjang telson (PT), lebar telson (LT), panjang ocular peduncle (POP), lebar ocular peduncle (LOP), panjang merus (PM), panjang carpus (PC), panjang propudus (PP), dan panjang dactylus (PD). Karakter tersebut diukur dengan kaliper ketelitan 0.01 mm. Bobot tubuh ditimbang dengan timbangan digital ketelitian 0.0001 gr. Sedangkan untuk keperluan molekuler, jaringan yang digunakan berasal dari otot kaki. Analisis karakter morofometrik mencakup analisis panjang dan bobot, analisis hubungan panjang dan lebar telson, studi alometrik karakter lebar karapas, panjang propudus, serta panjang dactylus terhadap panjang karapas, dan analisis cluster. Analisis molekuler mencakup analisis situs spesifik, analisis jarak genetik, dan analisis filogeni. Jumlah spine menunjukkan biota kajian adalah jenis A. symmysta, serta menunjukkan adanya perbedaan jumlah spine antara A. symmysta yang berasal dari Sumatera dan yang berasal dari Jawa. Berdasarkan uji Mann Whitney terdapat 2 karakter (POP, LOP) yang berbeda antara Cilacap dan Yogyakarta, 3 karakter (LK, POP, LT) berbeda antara Bengkulu dan Yogyakarta, 4 karakter (LK, LT, M, D) yang berbeda antara Aceh dan Yogyakarta, 5 karakter (LK, POP, LOP, P, D) yang berbeda antara Bengkulu dan Cilacap, serta 7 karakter berbeda antara Aceh dan Bengkulu (POP, PT, LT, M, C , P, D) serta Aceh dan Cilacap (LK, POP, LOP, PT, LT, M, D). Pola pertumbuhan secara keseluruhan berdasarkan hubungan panjang dan bobot untuk A. symmysta adalah isometrik. Analisis cluster menunjukkan individu dari Aceh mengelompok dengan Bengkulu, dan yang berasal dari Cilacap mengelompok dengan Yogyakarta. Identifikasi secara molekuler memastikan bahwa undur-undur laut dari keempat wilayah adalah jenis Albunea symmysta. Terdapat 78 situs nukleotida spesifik yang dapat membedakan A. symmysta dengan jenis Albunea lain. Analisis filogeni menunjukkan undur-undur laut dari Aceh dan Cilacap memiliki hubungan kekerabatan yang dekat. Kata kunci: Albunea symmysta, Hippoidea, Jawa, molekuler, morfologi, Sumatera
SUMMARY FEBI AYU PRAMITHASARI. Analysis of Morphological Variation and Genetic Analysis of Sand Crab Albunea symmysta, Linnaeus 1758 (Crustacea: Hippoidea) in the Coast of Sumatera and Java Island. Supervised by YUSLI WARDIATNO and NURLISA ALIAS BUTET. Albunea symmysta is one of the sand crab playing important roles both ecologically and economically. In Indonesia, it can be found in some areas of intertidal such as the west coast of Sumatera (Aceh, Bengkulu) and the south coast Java (Cilacap, Yogyakarta). Different habitat conditions require A. symmysta to adapt to habitat. The aim of this study has to analyze the kinship of sand crab (Albunea symmysta) based on morphological characters and identify the characteristic of sand crab from the coast of Aceh, Bengkulu, Cilacap, and Yogyakarta through molecular approaches using 16s rRNA gene markers. Samples of Albunea symmysta were collected from four sandy beaches in Sumatera (Aceh and Bengkulu) and Java (Cilacap and Yogyakarta). Collected crabs were measured to obtain 10 morphometric characters, i.e. carapace length (CL), carapace width (CW), length and width of ocular peduncle (LOP,WOP), length and width of telson (LT, WT), and merus length (ML), carpus length (CL), propodus length (PL), and dactylus length (DL). Measurements were made to the nearest 0.1 mm using caliper. Total weight (BT) was measured using digital scales with a precision of 0.0001 grams. Morphometric character analysis includes relationship analysis of the length and the weight, relationship of length and width of telson, allometric study character between carapace length, carapace width, propudus length, dactylus length, and cluster analysis. Tissues from crab legs were taken out about 30 mg for molecular analysis. Bioinformatic analysis compases of BLASTn, genetic distance analyses, and phylogeny analysis. Number of spine showed that the biota was confirmed A. symmysta¸and also showed a difference between the number of spine A. symmysta from Sumatera and from Java. Based on the Mann Whitney test there were 2 characters (POP, LOP) different between Cilacap and Yogyakarta, 3 characters (LK, POP, LT) different between Bengkulu and Yogyakarta, 4 characters (LK, LT, M, D) different between Aceh and Yogyakarta, 5 characters (LK, POP, LOP, P, D) different between Bengkulu and Cilacap, and 7 different characters between Aceh and Bengkulu (POP, PT, LT, M, C, P, D) as well as Aceh and Cilacap (LK, POP, LOP, PT, LT, M, D). Overall growth pattern based on the length and weight relationship for A. symmysta was isometric. Cluster analysis showed Aceh clustered with individuals from Bengkulu, and from Cilacap clustered in Yogyakarta. Identification by molecular method ensures that sand crab from four regions was Albunea symmysta. There are 78 specific nucleotide sites that could distinguish A. symmysta with other types of Albunea. Phylogeny analysis showed sand crab from Aceh and Cilacap have a close genetic relationship.
Keywords: Albunea symmysta, Hippoidea, Java, molecular, morphology, Sumatera
© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2016 Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan IPB Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
ANALISIS VARIASI MORFOLOGI DAN GENETIK UNDUR-UNDUR LAUT Albunea symmysta, Linnaeus 1758 (CRUSTACEA:HIPPOIDEA) DI PERAIRAN SUMATERA DAN JAWA
FEBI AYU PRAMITHASARI
Tesis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada Program Studi Pengelolaan Sumberdaya Perairan
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2016
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis : Dr Ir Isdrajad Setyobudiandi, MSc
PRAKATA Puji syukur kehadirat Allah SWT atas berkat rahmat dan karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan tesis yang berjudul “Analisis Variasi Morfologi dan Genetik Undur-undur Laut, Albunea symmysta, Linnaeus 1758 (Crustacea: Hippoidea) di Perairan Sumatera dan Jawa”. Tesis ini merupakan hasil penelitian yang dilaksanakan di pesisir Pulau Sumatera (Aceh, Bengkulu) dan Jawa (Cilacap, Yogyakarta). Terima kasih penulis ucapkan kepada : 1. Institut Pertanian Bogor yang telah memberikan kesempatan studi kepada penulis 2. Dr Ir Yusli Wardiatno, MSc dan Dr Ir Nurlisa A Butet, MSc selaku dosen pembimbing yang telah banyak memberikan bimbingan, saran, dan arahan selama pelaksanaan penelitian dan penyusunan tesis. 3. Dr. Ir. Isdrajad Setyobudiandi, MSc selaku penguji tamu dan Dr Ir Majariana Krisanti, MSi selaku ketua program studi Pengelolaan Sumberdaya Perairan atas saran dan masukan yang berarti. 4. Keluarga penulis, Bapak Dede Rustandi, Ibu Abay Rosmiati, Adik Yoga Satriabaya, serta keluarga besar penulis yang telah memberikan motivasi moril serta materil untuk menyelesaikan studi. 5. Rekan-rekan di Laboratorium Biomolekuler Akuatik (Agus Alim Hakim, Yuyun Qonita, Lusita Meilana, Dewi Fitriawati, Ka Wahyu Muzzamil, Ka Lalu Panji, Ka Findra, Mbak Lela, Mbak Fajrin, Mbak Yustin, Mbak Lita) atas bantuan dan masukkannya selama di lapangan dan di laboratorium. 6. Irfanudin Rizaki, Anandinta Permatachani, Werdhiningtyas Angraheni, Inggar Kusuma, Rivany K. P. Siagian, Rurisca Puspitasari, Siska Agustina atas semangat dan dukungan moril kepada penulis. 7. Teman-teman Fast track MSP 2014, SDP 2013, serta pihak lain yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan penelitian. Penulis menyadari bahwa tesis ini masih jauh dari kesempurnaan. Namun demikian, penulis berharap agar tesis ini dapat memberikan manfaat bagi ilmu pengetahuan dan pihak-pihak yang membutuhkan.
Bogor, Januari 2016
Febi Ayu Pramithasari
DAFTAR ISI DAFTAR TABEL
vii
DAFTAR GAMBAR
vii
DAFTAR LAMPIRAN
vii
1 PENDAHULUAN Latar Belakang Perumusan Masalah Tujuan Penelitian 2 METODE Waktu dan Lokasi Penelitian Alat dan Bahan Pengambilan dan Identifikasi Contoh Analisis Contoh Analisis Data Morfologi Analisis Data Molekuler 3 HASIL DAN PEMBAHASAN Kajian Morfologis Undur-Undur Laut Kajian Molekuler Undur-Undur Laut KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Saran DAFTAR PUSTAKA LAMPIRAN RIWAYAT HIDUP
1 1 2 2 3 3 3 4 5 7 10 11 11 18 21 21 21 22 26 31
vii
DAFTAR TABEL 1 Jumlah spine total Albunea symmysta 2 Perbandingan rasio karakter morfometrik A. symmysta terhadap panjang karapas dari pesisir Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta 3 Hubungan panjang karapas dan bobot Albunea symmysta yang diperoleh dari Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta 4 Hasil analisis uji Mann Whitney rasio panjang dan lebar telson Albunea symmysta jantan dan betina 5 Hubungan lebar karapas, propudus, dan dactylus terhadap panjang karapas Albunea symmysta 6 Hasil BLAST n pada situs NCBI 7 Karakter pembeda antara Albunea symmysta dan Albunea catherinae 8 Matriks jarak genetik gen 16s rRNA pada Albunea symmysta dengan Albunea catherinae dan Albunea gibbesii berdasarkan metode pairwise distance
11 12 13 14 16 18 19
20
DAFTAR GAMBAR 1 Peta lokasi pengambilan contoh Albunea symmysta (Aceh, Bengkulu, Cilacap, Yogyakarta) 2 Undur-undur laut (Albunea symmysta) 3 (A) pola carapace groove, (B) bentuk ocular peduncle, (C) Albunea symmysta tampak bawah, (D) bentuk telson betina, dan (E) bentuk telson jantan Albunea symmysta 4 Karakter morfometrik kepiting pasir (Albunea symmysta) 5 Perbedaan telson Albunea symmysta jantan (a) dan betina (b) 6 Dendogram karakter morfometrik A. symmysta yang berasal dari Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta 7 Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen 16s rRNA pada Albunea symmysta, A. catherinae, dan A. gibbesii
3 4
5 6 14 17 20
DAFTAR LAMPIRAN 1 Pola carapace groove lengkap pada genus Albunea 2 Contoh hasil uji ANOVA dan uji t dari regresi antara panjang dan bobot dari A. symmysta 3 Contoh hasil uji Mann Whitney antara panjang dan lebar telson dari Albunea symmysta 4 Situs nukleotida spesifik gen 16s rRNA Albunea symmysta berdasarkan sekuen 78 pb yang dibandingkan dengan outgroup
27 28 29 30
1
1 PENDAHULUAN Latar Belakang Undur-undur laut (sand crab) merupakan salah satu organisme krustasea akuatik yang menghuni wilayah intertidal (swash zone) hingga subtidal (Wardiatno et al. 2014). Persebaran undur-undur laut di dunia cukup luas. Indonesia merupakan salah satu wilayah persebaran undur-undur laut. Terdapat berbagai jenis undur-undur laut yang dapat ditemukan di wilayah pesisir Indonesia (Boyko dan Mclaughlin 2010), diantaranya adalah undur-undur laut dari genus Hippa, Emerita (Wardiatno et al. 2015a), dan Albunea (Mashar et al. 2015). Undur-undur laut ini dapat ditemukan hampir diseluruh wilayah pantai berpasir Indonesia, terutama untuk jenis Hippa dan Emerita, sedangkan untuk jenis Albunea, dapat ditemukan dibeberapa pantai berpasir Sumatera dan Jawa (Mashar et al. 2015). Secara ekologis undur-undur laut memegang suatu peran penting sebagai komponen komunitas makrofauna di pantai berpasir wilayah tropis maupun subtropis (Lastra et al. 2002). Selain itu undur-undur laut juga berperan dalam produktivitas sekunder biota bentik (Subramoniam dan Gunamalai 2003). Manfaat secara ekonomi, saat ini undur-undur laut dimanfaatkan masyarakat untuk berbagai kepentingan, yaitu untuk bahan makanan sehari-hari dalam bentuk rempeyek atau yutuk goreng, juga sebagai umpan memancing serta pakan hewan. Astriana (2013) menyatakan bahwa undur-undur laut dapat meningkatkan kandungan omega-3 pada telur itik dan burung puyuh. Hal ini disebabkan karena undur-undur merupakan sumber omega 3 dan protein yang baik. Undur-undur laut diduga memiliki kandungan asam lemak omega 3 sebesar 0.29-0.32% (Nettleton 1995) dan protein kasar sebesar 32.5% (Kardaya et al. 2011). Kondisi tersebut menyebabkan permintaan terhadap undur-undur laut di wilayah Cilacap dan Yogyakarta, terus mengalami peningkatan baik dari wilayah sekitar Cilacap dan Yogyakarta maupun dari luar pulau Jawa. Namun, hingga saat ini informasi mengenai undur-undur laut jenis Albunea masih minim, baik informasi biologi, reproduksi, maupun biogeografinya (Boyko dan Harvey 1999). Undur-undur laut yang telah banyak dikaji baik di dunia maupun di Indonesia adalah undur-undur laut jenis Emerita dan Hippa, beberapa diantaranya adalah yang telah dilakukan oleh Wardiatno et al. (2014, 2015a, 2015b); Muzzammil et al. (2015); serta Mashar dan Wardiatno (2013a, 2013b). Sedangkan kajian mengenai jenis Albuneid yang telah tercatat diantaranya adalah yang dilakukan oleh Subramoniam (1984); Boyko dan Harvey (1999); Yeung et al. (2000); Fraaije et al. (2008); Osawa dan Fujita (2010); Kanagalakshmi (2011); Srinivasan et al. (2012); Corsini-Foka dan Kalogirou (2013); Sarong dan Wardiatno (2013); Hakim (2014); serta yang terbaru oleh Mashar et al. (2015) dan Santoso et al. (2015). Kepastian taksonomi (taxonomy certainty) merupakan suatu langkah awal yang perlu diperhatikan dalam suatu kegiatan penelitian. Penggunakan karakter identifikasi berdasarkan karakter morfologi merupakan langkah yang umum dilakukan dalam proses identifikasi jenis. Seringkali penggunaan karakter morfologi ini menimbulkan keraguan ataupun kesalahan, sehingga diperlukan
2
pendekatan lain untuk menghilangkan keraguan dalam proses identifikasi tersebut. Pendekatan secara molekuler merupakan salah satu metode yang dapat digunakan untuk meminimalisir peluang terjadinya kesalahan identifikasi. Hal ini disebabkan karena pada kepiting pasir seringkali terjadi fenomena cryptic species yang seringkali menimbulkan kesalahan identifikasi. Fenomena cryptic species sendiri terjadi pada saat dua atau lebih spesies yang berbeda, terklasifikasi dalam satu spesies akibat karakteristik morfologi yang samar hingga sulit untuk dibedakan. Kelompok gen yang sering digunakan oleh para peneliti adalah gen yang berasal dari mitokondria. Hal ini disebabkan karena gen-gen yang berasal dari mitokondria memiliki sifat yang conserve, salah satunya adalah 16s rRNA. Beberapa peneliti juga telah mengatakan bahwa gen 16s rRNA merupakan penanda genetik yang baik untuk kajian filogeni spesies-spesies krustasea (Maggioni et al. 2001). Informasi yang diperoleh berdasarkan kajian terhadap morfologi dan molekuler ini dapat digunakan sebagai bahan pertimbangan dalam penentuan pengelolaan sumberdaya A. symmysta di Indonesia.
Perumusan Masalah Undur-undur laut yang tersebar di wilayah Indonesia jenisnya cukup beragam, salah satunya adalah jenis Albunea symmysta. Undur-undur laut merupakan salah satu jenis krustasea yang dimanfaatkan masyarakat di beberapa wilayah di Indonesia. Selain digunakan sebagai umpan dan pakan itik, undurundur laut juga dimanfaatkan masyarakat untuk dikonsumsi. Hal tersebut disebabkan karena tingginya kandungan protein pada undur-undur laut. Berdasarkan informasi dari nelayan, permintaan terhadap undur-undur laut kini semakin tinggi. Pantai berpasir di wilayah Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta merupakan beberapa wilayah persebaran A. symmysta di Indonesia. Kondisi wilayah persebaran yang berbeda bahkan terpisah oleh badan air yang cukup luas, menimbulkan peluang adanya perbedaan keragaman morfologi antar wilayah. Selain itu, terdapat pula peluang adanya konektivitas antar wilayah mengingat pada fase larva undur-undur laut bersifat planktonik, sehingga dapat tersebar dengan bantuan arus. Hingga kini kajian mengenai undur-undur laut masih sangat minim terutama mengenai A. symmysta, sehingga diperlukan suatu kajian baik berdasarkan pendekatan morfologi maupun molekuler untuk A. symmysta yang berasal dari wilayah yang berbeda yang dapat dijadikan sebagai data awal dalam upaya pengelolaan sumberdaya undur-undur laut.
Tujuan Penelitian Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis hubungan kekerabatan undurundur laut (Albunea symmysta) berdasarkan karakter morfologi dan mengidentifikasi jenis undur-undur laut yang berasal dari pesisir Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta melalui pendekatan molekuler dengan menggunakan marka gen 16s rRNA sebagai informasi dasar dalam penentuan langkah pengelolaan sumber daya A. symmysta.
3
2 METODE Waktu dan Lokasi Penelitian Contoh biota Albunea symmysta untuk penelitian ini didapatkan dari beberapa pantai di wilayah Indonesia, yaitu Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta (Gambar 1). Kegiatan analisis molekuler dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Departemen Manajemen Sumber Daya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Pengambilan contoh A. symmysta akan dilakukan pada bulan Februari-Maret 2015 dan kegiatan yang berkaitan dengan pengukuran morfologi serta analisis molekuler akan dilakukan pada bulan Maret-Juni 2015.
Gambar 1 Peta lokasi pengambilan contoh Albunea symmysta (Aceh, Bengkulu, Cilacap, Yogyakarta) Alat dan Bahan Alat yang digunakan dalam penelitian ini meliputi kaliper dengan ketelitian 0,01 mm, timbangan digital dengan ketelitian 0.001 gram, alat bedah, tube 1.5 ml, vortex, shaker, mikro tip, mikro pipet, pistil, inkubator, sentrifuse, spin column, mesin elektroforesis, dan mesin ultraviolet. Bahan-bahan yang digunakan adalah contoh undur-undur laut jenis A. symmysta (Gambar 2) dari beberapa pantai berpasir di Indonesia, kit Gene Aid, akuades, EtOH absolut, kit PCR (Kapa Extra Hotstart), agarose 1.2 %, dan buffer TEA.
4
Kingdom
: Animalia
Filum
: Arthropoda
Subfilum
: Crustacea
Class
: Malacostraca
Order
: Decapoda
Infraorder
: Anomura
Superfamily : Hippoidea Family
: Albuneidae
Subfamily
: Albuneinae
Genera
: Albunea
Species
: Albunea symmysta (Linnaeus 1758)
Gambar 2 Undur-undur laut (Albunea symmysta) Pengambilan dan Identifikasi Contoh Metode pengambilan contoh Albunea symmysta yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode purposive sampling yang dilakukan dengan bantuan alat tangkap sorok dan dioperasikan di swash zone yang merupakan habitat undurundur laut. Alat tangkap sorok ini memiliki bentuk menyerupai huruf “T” dan terbuat dari bambu. A. symmysta yang diperoleh diawetkan dalam alkohol 96% untuk kemudian diidentifikasi. Proses identifikasi jenis dilakukan berdasarkan karakter morfologi dengan mengacu pada karakteristik A. symmysta yang ditulis oleh Boyko (2002) dan Osawa et al. (2010). Karakter morfologi yang dapat digunakan dalam identifikasi diantaranya adalah jumlah spine berkisar antara 1117, bentuk rostrum tidak mencapai bagian posterior margin dari ocular plate, bentuk ocular peduncle, bentuk telson, serta pola dari carapace groove seperti yang ditunjukkan pada Gambar 3. Carapace groove merupakan garis-garis melintang pada karapas yang dapat digunakan sebagai penciri spesies. Carapace groove yang lengkap pada karapas undur-undur laut Albunea terdiri dari CG1 hingga CG 11, serta post-CG 11 (Lampiran 1), namun yang membedakan jenis Albunea symmysta dengan jenis lain adalah tidak ditemukannya CG 2, CG 10, CG 11, dan post-CG 11.
5
Gambar 3 (A) pola carapace groove, (B) bentuk ocular peduncle, (C) Albunea symmysta tampak bawah, (D) bentuk telson betina, dan (E) bentuk telson jantan Albunea symmysta Analisis Contoh Analisis Karakter Morfometrik Osawa et al. (2010) mengilustrasikan karakter-karakter morfologi pada Albunea yang terdiri dari antennule, antenna, karapas, ocular plate, ocular peduncle, abdomen, maxiliped III, telson, uropod, serta 3 buah pereopod yang masing-masing terdiri dari ruas merus, carpus, propudus, dan dactylus. Beberapa karakter morfometrik yang diukur dalam penelitian ini adalah panjang karapas (PK), lebar karapas (LK), panjang occular peduncle (POP), lebar occular peduncle (LOP), panjang antenul (PA), panjang telson (PT), lebar telson (LT), jumlah spine kanan, jumlah spine kiri, dan panjang merus (PM), carpus (PC), propudus (PP), dan dactylus (PD) dari pereopod I (Gambar 4). Ukuran karapas digunakan dalam penelitian ini karena karapas merupakan karakter yang dapat mencerminkan perjalanan hidup biota. Ocular peduncle, pereopod I, dan telson merupakan karakter yang dapat digunakan sebagai penciri jenis Albunea. Selain karakter-karakter tersebut, turut dihitung pula jumlah spine kanan dan kiri, serta bobot total dari contoh biota.
6
Gambar 4 Karakter morfometrik kepiting pasir (Albunea symmysta) Analisis Molekuler Analisis molekuler untuk memfasilitasi identifikasi dan analisis filogeni spesies telah banyak dilakukan dengan menggunakan berbagai macam marka genetik, seperti CO1, Cyt-b, D-loop, 16s rRNA, dan lainnya. Marka gen yang digunakan dalam penelitian ini adalah gen 16s rRNA. Marka gen 16s rRNA merupakan salah satu gen mitokondria yang memiliki sifat conserve dan stabil. Marka gen 16s rRNA juga telah banyak diaplikasikan untuk kepastian status genetik jenis krustasea lain, seperti pada genus Scylla (Imai et al. 2004) dan genus Brachynotus (Schubart et al. 2001). Analisis molekuler yang dilakukan pada penelitian ini melalui beberapa tahapan seperti isolasi dan ekstraksi DNA, uji integritas DNA, amplifikasi, pembacaan produk PCR, sekuensing, dan bioinformatika. Berikut merupakan prosedur masing-masing tahapan dalam analisis molekuler pada penelitian ini. a.
Isolasi dan ekstraksi DNA Tahapan isolasi dan ekstraksi merupakan tahap awal dalam analisis molekuler. Contoh jaringan yang diambil pada penelitian ini merupakan jaringan otot dari bagian kaki A. symmysta. Jaringan otot yang akan digunakan kurang lebih sebanyak 0.03-0.05 gram. Kemudian dilakukan pencucian dengan merendam jaringan otot menggunakan aquades untuk kemudian divortex selama 3 menit sebanyak 10 kali. Proses ini dilakukan dengan tujuan untuk menghilangkan atau membersihkan alkohol dari contoh jaringan otot yang digunakan. Tahapan selanjutnya adalah ekstraksi DNA yang dilakukan dengan mengikuti prosedur manual kit komersial Gene Aid. Hasil dari proses ini berupa produk DNA total. b.
Uji integritas DNA total DNA yang telah berhasil diisolasi dan diekstrak perlu diuji kualitasnya untuk mengetahui layak atau tidaknya DNA tersebut digunakan sebagai cetakan dalam tahap amplifikasi. Metode yang digunakan untuk menguji kualitas DNA adalah dengan metode elektroforesis. Metode ini menggunakan gel agarosa 1.2% yang direndam dalam larutan buffer TAE 1x dan diwarnai dengan ethidium
7
bromide (EtBr). DNA yang digunakan adalah sebanyak 2.5 μL dan akan dialiri listrik selama 30 menit. Selanjutnya untuk melihat kualitas dari DNA tersebut, maka perlu visualisasi menggunakan mesin UV. c.
Amplifikasi menggunakan PCR Metode amplifikasi yang digunakan yaitu metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan kit komersial Kapa Extra-Hot Start. Penggunaan sesuai prosedur manual pabrik. Sedangkan primer yang digunakan adalah primer universal untuk beberapa biota akuatik yang dirancang oleh Butet (2013, unpublish data). Tahapan amplifikasi yang digunakan, yaitu 1) predenaturasi pada suhu 95 oC selama 3 menit, 2) denaturasi pada suhu 95 oC selama 1 menit, 3) annealing pada suhu 46 oC selama 1 menit, 4) elongasi pada suhu 72 oC selama 1 menit, 5) post physical pada suhu 72 oC selama 5 menit, dan 6) tahap penyimpanan pada suhu 15oC selama 10 menit. Tahapan 2 hingga 4 dilakukan sebanyak 35 siklus. d.
Uji kualitas produk PCR Produk PCR yang telah diperoleh perlu diuji kembali kualitasnya. Metode yang digunakan sama dengan pada saat pengujian kualitas DNA yaitu dengan elektroforesis. Hal yang membedakan tahap ini dengan tahap uji kualitas DNA adalah waktu yang digunakan yang lebih lama, yaitu 60 menit. e.
Sekuensing Sekuensing merupakan tahapan akhir dalam analisis molekuler. Produk PCR yang berkualitas baik dapat dilanjutkan ke tahap sekuensing. Tahap ini dilakukan oleh perusahaan jasa sekuensing. Urutan basa nukleotida yang kemudian diperoleh selanjutnya akan dicocokkan dengan data GeneBank. f.
Bioinformatika Data basa-basa nukleotida yang diperoleh dari hasil sekuensing dimasukkan ke dalam BLASTn, NCBI dengan tujuan untuk memastikan status contoh. Software MEGA digunakan untuk menganalisis jarak genetik dan mengkonstruksi pohon filogenetik. Analisis Data Morfologi Karakteristik Meristik Albunea symmysta Karakteristik meristik yang dihitung dalam penelitian ini adalah jumlah spine kanan dan kiri. Jumlah spine ini dapat digunakan sebagai salah satu karakter dalam proses identifikasi secara morfologi serta untuk melihat ada atau tidaknya variasi pada karakter tersebut. Data dianalisis secara deskriptif dalam bentuk tabel, yang kemudian akan dibandingkan dengan jumlah kisaran spine untuk jenis A. symmysta yang ditulis oleh Boyko (2002), serta dibandingkan antar lokasi untuk melihat ada atau tidaknya variasi.
8
Perbandingan Karakter Morfometrik Albunea symmysta Analisis Mann-Whitney dilakukan dengan tujuan mengetahui karakter morfometrik dari keempat lokasi yang berbeda secara signifikan. Uji Kruskal Wallis dilakukan untuk menguji lebih lanjut perbedaan ukuran karakter morfometrik antara A. symmysta yang berasal dari dua lokasi (Spivak dan Schubart 2003). Analisis Mann whitney dan Kruskal wallis dilakukan dengan menggunakan software SPSS. Data morfometrik yang dianalisis sebelumnya dirasiokan terhadap panjang karapas terlebih dahulu untuk menghindari adanya bias. Analisis Hubungan Panjang Karapas dan Bobot Analisis hubungan panjang-bobot dilakukan untuk mengetahui pola pertumbuhan dari kepiting pasir A. symmysta. Analisis hubungan panjang bobot menggunakan rumus sebagai berikut (Effendie 1979): W=aLb W adalah bobot (gram), L adalah panjang karapas individu (mm), α dan β adalah koefisien pertumbuhan bobot. Nilai α dan β diduga dari bentuk linier persamaan di atas, yaitu: Log W = log a + b log L Parameter penduga a dan b diperoleh dengan analisis regresi dengan log W sebagai y dan log L sebagai x, sehingga diperoleh persamaan regresi: yi = β0 + β1 xi + εi sebagai model observasi dan yi =b0 +b1 xi Sebagai model dugaan konstanta b1 dan b0 diduga dengan: b1 =
-
1 n
n x2 i=1 i
-
n i=1 xi yi
n i=1 xi 1 n
n i=1 yi n x 2 i=1 i
, dan
b0 = y - b1 x
Sedangkan a dan b diperoleh melalui hubungan b = b1 dan a = antilog b0. Hubungan panjang dan bobot dapat dilihat dari nilai konstanta b (sebagai penduga tingkat kedekatan hubungan kedua parameter) yaitu dengan hipotesis: 1. H0: b = 3, dikatakan memiliki hubungan isometrik (pola pertumbuhan bobot sebanding pola pertumbuhan panjang) 2. H1: b ≠ 3, dikatakan memiliki hubungan allometrik (pola pertumbuhan bobot tidak sebanding pola pertumbuhan panjang) Pola pertumbuhan allometrik ada dua macam yaitu allometrik positif (b>3) yang mengindikasikan bahwa pertumbuhan bobot lebih dominan dibandingkan dengan pertumbuhan panjang dan allometrik negatif (b<3) yang berarti bahwa pertumbuhan panjang lebih dominan dibandingkan dengan pertumbuhan bobotnya. Selanjutnya untuk menguji hipotesis tersebut digunakan statistik uji sebagai berikut:
9
thitung =
b-3 Sb
Sb adalah galat baku dugaan b1 atau b yang diduga dengan: Sb =
s2 n 2 1 i=1 xi - n
n 2 i=1 xi
Selanjutnya, nilai thitung dibandingkan dengan nilai ttabel pada selang kepercayaan 95%. Pengambilan keputusannya, yaitu jika thitung > ttabel, maka tolak hipotesis nol (H0) dengan pola pertumbuhan allometrik dan jika thitung < ttabel, maka gagal tolak atau terima hipotesis nol (H0) dengan pola pertumbuhan isometrik (Walpole 1993). Hubungan Panjang Telson dan Lebar Telson Analisis yang digunakan untuk melihat hubungan antara panjang dan lebar telson Albunea symmysta jantan dan betina dapat menggunakan uji Mann Whitney. Analisis Mann Whitney bertujuan untuk mengetahui perbedaan rasio panjang dan lebar telson antara individu jantan dan betina. Analisis Mann whitney dilakukan dengan menggunakan software SPSS. Hipotesis yang digunakan adalah sebagai berikut. H0 = rasio jantan sama dengan rasio betina H1 = rasio jantan < rasio betina Nilai p-value yang kurang dari 0.05 menunjukkan keputusan Tolak H0, yang menunjukkan rasio telson jantan kurang dari rasio telson betina. Apabila p-value bernilai lebih dari 0.05, maka keputusannya adalah Gagal tolak H0, yang menunjukkan bahwa rasio telson jantan sama dengan rasio telson betina. Hubungan Allometrik Hubungan allometrik dilakukan dengan membandingkan tiga variabel dependent (lebar karapas, panjang propudus, dan panjang dactylus) terhadap variabel independent (panjang karapas). Regresi sederhana dilakukan untuk mendapatkan persamaan antara dua karakter. Selanjutnya untuk mengetahui perbedaan pola pertumbuhan relatif dan perbedaan ukuran dilanjutkan dengan pengujian nilai slope dan intercept. Pengujian nilai slope dan intercept antara dua persamaan dilakukan dengan menggunakan analisis covariance (ANCOVA) dengan software SPSS. Perbedaan nilai slope akan mengindikasikan perbedaan laju pertumbuhan relatif karakter independent yang diuji antar lokasi. Kemudian akan dilanjutkan dengan pengujian nilai intercept pada saat interaksi antara panjang karapas dan lokasi tidak menunjukkan perbedaan yang signifikan. Pengujian nilai intercept ini dilakukan dengan melihat pengaruh lokasi terhadap variabel yang diuji. Jika nilai pengaruh lokasi berbeda signifikan terhadap nol, hal tersebut mengindikasikan adanya perbedaan ukuran pada variabel yang diujikan antar lokasi pada ukuran panjang karapas yang sama. Analisis Cluster Analisis cluster dilakukan dengan menggunakan data karakter morfologi Albunea symmysta yang diperoleh dari keempat lokasi dengan menggunakan
10
software MiniTab 16. Konstruksi dendogram yang diperoleh akan menunjukkan cluster yang terbentuk berdasarkan tingkat kemiripan karakter morfometrik dari Albunea symmysta. Analisis Data Molekuler Penentuan sekuen nukleotida gen 16s rRNA Albunea symmysta Sekuen nukleotida yang didapat dari hasil sekuensing disejajarkan menggunakan metoda ClustaW pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011). Sekuen nukleotida gen 16s rRNA Albunea symmysta diedit dan dianalisis dengan primer forward dan reverse untuk memperoleh sekuen DNA dari gen 16s rRNA tersebut. Pensejajaran sekuen nukleotida gen 16s rRNA genus Albunea Sekuen gen 16s rRNA Albunea symmysta yang diperoleh pada penelitian ini disejajarkan dengan sekuen gen 16s rRNA spesies lain dalam genus Albunea yang diperoleh di GenBank. Spesies yang digunakan dan disejajarkan dengan sekuen gen 16s rRNA Albunea symmysta meliputi A. gibbesii (KF182558.1)dan A. catherinae (KF182559.1). Jarak genetik Jarak genetik antara Albunea symmysta dan dua spesies lain dari genus Albunea berdasarkan sekuen gen 16s rRNA dihitung dengan metode pairwise distance yang terdapat pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011). Hasil perhitungan jarak genetik tersebut akan disajikan dalam bentuk matriks. Analisis filogeni Analisis filogeni dilakukan untuk menganalisis hubungan kekerabatan berdasarkan sekuen 16s rRNA antara Albunea symmysta pada penelitian ini dengan A. gibbesii dan A. catherinae dari GenBank. Metode yang digunakan adalah metode bootstrapped Neighbour-Joinning (NJ) dengan 1000 kali pengulangan yang terdapat pada software MEGA 5.0 (Tamura et al. 2011).
11
3 HASIL DAN PEMBAHASAN Kajian Morfologis Undur-Undur Laut Karakteristik Meristik Albunea symmysta Spine merupakan salah satu karakter meristik yang disertakan pada penelitian ini. Penghitungan jumlah spine dilakukan baik pada bagian kanan maupun kiri. Hasil penghitungan spine pada keseluruhan contoh biota pada penelitian disajikan pada Tabel 1. Tabel 1Jumlah spine total Albunea symmysta Total spine Min Maks
Kanan Kiri Kanan Kiri
Aceh 11 11 13 13
Lokasi Bengkulu Cilacap 11 11 11 11 13 14 13 15
Yogyakarta 11 11 15 14
Jumlah spine pada A. symmysta pada penelitian ini berkisar antara 11-15. Secara deskriptif terlihat adanya perbedaan jumlah spine antara individu yang berasal dari Pulau Sumatera dan Pulau Jawa. Individu yang berasal dari Pulau Sumatera (Aceh dan Bengkulu) memiliki spine yang berkisar antara 11-13. Sedangkan yang berasal dari Pulau Jawa (Cilacap dan Yogyakarta) memiliki spine yang berkisar antara 11-15 buah. Data spine pada Tabel 1 menunjukkan bahwa contoh biota yang digunakan dalam penelitian ini adalah jenis A. symmysta. Hal ini disebabkan karena masingmasing jenis Albunea memiliki kisaran jumlah spine yang berbeda-beda dan dapat menjadi salah satu karakter dalam identifikasi. Boyko (2002) menuliskan bahwa salah satu ciri dari jenis A. symmysta yaitu memiliki masing-masing 11-17 buah spine pada bagian kanan dan kiri. . Perbandingan Karakter Morfometrik Albunea symmysta Data 9 karakter morfometrik yang diperoleh dirasiokan terhadap panjang karapas untuk menghilangkan faktor umur biota. Analisis Kruskal Wallis dan Mann Whitney dilakukan untuk melihat perbedaan ukuran karakter morfometrik pada Albunea symmysta di keempat lokasi penelitian, mengingat perbedaan lokasi yang diduga dapat menyebabkan variasi terhadap ukuran morfologi biota. Analisis Kruskal Wallis data rasio karakter morfometrik terhadap panjang karapas dari keseluruhan lokasi menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan (p<0.05) pada karakter morfometrik antar wilayah. Meskipun demikian, hasil analisis Kruskal Wallis belum dapat menunjukkan secara spesifik karakter yang memiliki perbedaan antar dua lokasi. Sehingga dilakukan analisis Mann Whitney untuk mengetahui perbedaan karakter morometrik antar dua lokasi yang disajikan pada Tabel 2. Uji Mann Whitney menunjukkan bahwa terdapat 2 karakter (POP, LOP) yang berbeda antara Cilacap dan Yogyakarta, 3 karakter (LK, POP, LT) berbeda antara Bengkulu dan Yogyakarta, 4 karakter (LK, LT, M, D) yang berbeda antara
12
Aceh dan Yogyakarta, 5 karakter (LK, POP, LOP, P, D) yang berbeda antara Bengkulu dan Cilacap, serta 7 karakter berbeda antara Aceh dan Bengkulu (POP, PT, LT, M, C, P, D) serta Aceh dan Cilacap (LK, POP, LOP, PT, LT, M, D). Perbedaan karakter morfometrik antara dua wilayah disebabkan karena faktor kondisi lingkungan. Kondisi lingkungan yang berbeda akan menyebabkan bentuk adaptasi yang berbeda pula, salah satunya adalah munculnya karakteristik morfologi yang berbeda (Webster 2007). Tabel 2 Perbandingan rasio karakter morfometrik A. symmysta terhadap panjang karapas dari pesisir Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta Rasio Aceh Bengkulu Cilacap Yogyakarta antara 9 karakter terhadap Mean ± sd Mean ± sd Mean ± sd Mean ± sd PK LK/PK 0.874 ± 0.031a 0.879 ± 0.026ad 1.058 ± 0.113bc 1.116 ± 0.257c POP/PK 0.234 ± 0.017a 0.244 ± 0.013b 0.215 ± 0.038c 0.234 ± 0.021a a a b LOP/ PK 0.119 ± 0.012 0.115 ± 0.008 0.108 ± 0.013 0.114 ± 0.015a a b b PT/ PK 0.297 ± 0.017 0.289 ± 0.019 0.286 ± 0.025 0.293 ± 0.027ab a bc cd LT/ PK 0.242 ± 0.023 0.247 ± 0.024 0.246 ± 0.030 0.239 ± 0.028d a b bc PM/ PK 0.490 ± 0.027 0.499 ± 0.025 0.514 ± 0.054 0.503 ± 0.663bc a b ab PC/ PK 0.457 ± 0.020 0.466 ± 0.019 0.465 ± 0.033 0.469 ± 0.637ab a b a PP/ PK 0.455 ± 0.027 0.474 ± 0.021 0.462 ± 0.031 0.467 ± 0.650ab a b c PD/ PK 0.351 ± 0.025 0.345 ± 0.017 0.335 ± 0.025 0.342 ± 0.478bc a,b,c,d Superskrip yang berbeda pada baris yang sama mengindikasikan perbedaan yang signifikan (p<0.05)
Hubungan Panjang Karapas dan Bobot A. symmysta Jumlah total contoh biota undur-undur laut dalam penelitian ini adalah 174 individu. Ukuran panjang karapas dan bobot menjadi dasar dalam analisis hubungan panjang karapas dan bobot untuk pendugaan pola pertumbuhan undurundur laut. Analisis hubungan panjang karapas dan bobot yang dilakukan dibedakan berdasarkan jenis kelamin dan juga total untuk Albunea symmysta yang memiliki kesamaan regresi antara jantan dan betina (Tabel 3). Contoh perhitungan tabel sidik ragam regresi panjang karapas dan bobot ditunjukkan pada Lampiran 2. Hasil analisis hubungan panjang karapas dan bobot berdasarkan jenis kelamin (Tabel 3) menunjukkan bahwa pola pertumbuhan undur-undur laut jantan yang ditemukan di Aceh, Cilacap, dan Yogyakarta adalah isometrik kecuali pada undur-undur laut jantan Bengkulu (allometrik positif). Pola pertumbuhan isometrik juga ditemukan pada undur-undur laut betina yang berasal dari wilayah Aceh, Bengkulu, dan Yogyakarta. Meskipun demikian, pola pertumbuhan undurundur laut betina dari Cilacap bersifat allometrik negatif. Setelah diuji nilai kesamaan slope dan intercept antara jantan dan betina, diperoleh hasil bahwa Albunea symmysta jantan dan betina yang berasal dari Aceh, Cilacap, dan Yogyakarta memiliki persamaan yang tidak berbeda signifikan, sehingga dilakukan uji hubungan panjang-bobot total. Hasil hubungan panjang dan bobot total menunjukkan bahwa pola pertumbuhan untuk A. symmysta yang berasal dari Aceh dan Yogyakarta adalah isometrik, sedangkan yang berasal dar Cilacap adalah allometrik negatif.
13
Tabel 3 Hubungan panjang karapas dan bobot Albunea symmysta yang diperoleh dari Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta Lokasi
n
r2
Sb
Alometri
y = -4.2889x
3.739
0.63
0.86
Isometrik
4.235
0.92
0.32
Allometrik positif
0.86
0.19
Isometrik
0.70 Betina
0.57
Isometrik*
Persamaan Jantan
Aceh
13
Bengkulu
16
y = -4.8934x
Cilacap
35
y = -2.8780x2.657
Yogyakarta
10
y = -2.6794x
2.453
Aceh
37
y = -3.8925x3.405
0.89
0.21
Isometrik
Bengkulu
14
y = -3.5740x
3.141
0.86
0.36
Isometrik
Cilacap
27
y = -2.5535x2.405
0.84
0.21
Allometrik negatif
Yogyakarta
22
y = -2.5965x
2.401
0.61 Total
0.43
Isometrik*
Aceh
50
y = -3.9154x3.425
0.86
0.20
Isometrik
Cilacap
62
y = -2.6779x2.498
0.85
0.14
Allometrik negatif
32
2.434
0.64
0.34
Isometrik*
Yogyakarta
y = -2.6434x
Pola pertumbuhan isometrik pada undur-undur laut menunjukkan bahwa pertumbuhan panjang karapas sebanding dengan pertumbuhan bobotnya. Pola pertumbuhan yang cenderung isometrik ini juga ditemukan pada undur-undur laut jenis Hippa adactyla dari wilayah Kebumen yang dilakukan oleh Mashar dan Wardiatno (2013b). Meskipun demikian, Mashar dan Wardiatno (2013a) menemukan adanya perbedaan pola pertumbuhan pada undur-undur jenis Emerita emeritus. Perbedaan pola pertumbuhan yang terdapat pada Albunea symmysta yang dikaji dapat disebabkan oleh berbagai faktor eksternal seperti kompetisi, gangguan parasit, ketersediaan makanan, maupun kepadatan populasi. Dilihat dari nilai b, undur-undur laut yang berasal dari Yogyakarta nampak memiliki pola pertumbuhan allometrik negatif karena nilai b yang jauh lebih kecil dari 3, yaitu sebesar 2.343. Meskipun demikian, berdasarkan hasil uji lanjut nilai b terhadap 3, diperoleh hasil isometrik. Hal ini diduga disebabkan karena nilai koefisien determinasi yang kecil serta nilai standard error nilai b yang cukup besar, yaitu mencapai 0.57 Hubungan Panjang-Lebar Telson Telson pada jenis Albunea dapat digunakan sebagai karakter identifikasi jenis dan juga penciri jenis kelamin. Albunea symmysta jantan memiliki panjang telson yang cenderung sama dengan lebar telsonnya dan berbentuk subtriangular. A. symmysta betina memiliki telson yang memanjang, yaitu panjang telson lebih dari ukuran lebar telson dan berbentuk oval, hal ini sesuai dengan yang dikemukakan Boyko (2002). Berikut merupakan contoh gambar telson dari A. symmysta yang digunakan pada penelitian ini.
14
(a)
(b)
Gambar 5 Perbedaan telson Albunea symmysta jantan (a) dan betina (b) Secara visual pada Gambar 5, terlihat bahwa Albunea symmysta betina memiliki bentuk oval dengan ukuran telson yang lebih panjang dibandingkan telson jantan. Meskipun demikian, telson jantan memiliki ukuran panjang telson yang hampir sama dengan ukuran lebarnya. Analisis uji Mann Whitney ini dilakukan untuk membuktikan bahwa A. symmysta betina memiliki telson yang lebih panjang dibandingkan jantan. Berikut hasil analisis uji Mann Whitney antara panjang dan lebar telson A. symmysta jantan dan betina disajikan pada tabel 4. Contoh perhitungan uji Mann Whitney antara panjang danlebar telson ditunjukkan pada Lampiran 3. Tabel 4 Hasil analisis uji Mann Whitney rasio panjang dan lebar telson Albunea symmysta jantan dan betina rata-rata Lokasi JK p-value Keterangan PT LT Betina 5.0216 3.8649 Aceh <0.05 Rasio jantan< betina Jantan 4.6308 4.3615 Betina 5.3786 4.0786 Bengkulu <0.05 Rasio jantan< betina Jantan 4.4875 4.2500 Betina 5.1833 3.8907 Cilacap <0.05 Rasio jantan< betina Jantan 4.6186 4.4171 Betina 4.8636 3.7591 Yogyakarta <0.05 Rasio jantan< betina Jantan 4.4800 4.1200 Panjang rata-rata dari telson Albunea symmysta yang diperoleh menunjukkan bahwa undur-undur laut betina cenderung memiliki telson yang lebih panjang dibandingkan jantan, yaitu 44-51 mm untuk jantan dan 48-53 mm untuk betina. Disamping itu, hasil analisis uji Mann Whitney pada Tabel 4 diatas
15
menunjukkan p value <0.05, dengan keputusan Tolak H0, yang artinya Albunea symmysta jantan diseluruh lokasi (Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta) memiliki rasio telson yang lebih kecil dibandingkan betina. Hal ini membuktikan secara statistik bahwa Albunea symmysta betina memiliki telson yang lebih panjang dibandingkan dengan telson pada A. symmysta jantan. Perbedaan bentuk telson antara individu betina dan jantan ini diduga sebagai bentuk adaptasi kepiting pasir dalam proses reproduksi, mengingat ukuran telson yang kecil pada jenis Albunea dibandingkan telson pada kepiting pasir jenis Hippa dan Emerita. Hal tersebut didukung dengan pernyataan yang sama oleh Ribeiro et al. (2013) bahwa pada kepiting jantan tidak memerlukan pertumbuhan yang tinggi untuk bagian telson. Telson pada betina merupakan bagian tubuh yang sangat berperan dalam melindungi telur-telur yang menempel pada serabut-serabut halus yang terdapat dibalik telson. Hubungan Allometrik Albunea symmysta Karakter morfometrik yang digunakan dalam kajian hubungan allometrik ini meliputi karakter panjang karapas sebagai variabel independen, dan karakter lebar karapas, panjang propudus, serta dactylus sebagai variabel dependen. Karakter panjang karapas digunakan sebagai variabel independen karena merupakan karakter yang mampu merepresentasikan perubahan psikologikal yang terjadi selama masa hidup biota tersebut (Castiglioni dan Negreiros-Fransozo 2004). Berikut tabel hubungan allometrik antara panjang karapas dengan lebar karapas, panjang propudus, dan panjang dactylus. Hasil regresi hubungan antara panjang karapas (PK) dan lebar karapas (LK) dari keempat lokasi menunjukkan nilai slope yang tidak berbeda signifikan. Hal tersebut mengindikasikan adanya laju pertumbuhan lebar karapas yang sama antar lokasi. Namun pada beberapa persamaan terdapat perbedaan nilai intercept, yaitu antara Aceh dengan Yogyakarta, Bengkulu dengan Yogyakarta, dan Cilacap dengan Yogyakarta. Perbedaan nilai intercept menunjukkan adanya perbedaan ukuran lebar karapas pada panjang karapas yang sama. A. symmysta yang berasal dari Yogyakarta memiliki nilai intercept yang lebih besar dibandingkan wilayah lainnya, sehingga pada ukuran panjang karapas yang sama, individu dari Yogyakarta memiliki ukuran karapas yang lebih lebar dibandingkan wilayah lainnya. Analisis regresi antara panjang karapas dengan panjang propudus menunjukkan adanya laju pertumbuhan propudus yang berbeda antara individu yang berasal dari Aceh dengan Yogyakarta, Bengkulu dengan Yogyakarta, dan Cilacap dengan Yogyakarta. Hasil regresi antara Aceh dengan Bengkulu, Aceh dengan Cilacap, dan Bengkulu dengan Cilacap menunjukkan nilai slope yang sama, yang mengindikasikan laju pertumbuhan propudus yang sama. Namun, pada regresi antara Aceh dan Bengkulu memiliki nilai intercept yang berbeda signifikan, yang menunjukkan adanya perbedaan ukuran propudus pada panjang karapas yang sama. Hubungan antara panjang karapas dan panjang dactylus menunjukkan perbedaan slope yang signifikan pada individu yang berasal dari Aceh dengan individu dari ketiga lokasi lainnya. Nilai slope yang lebih besar menunjukkan bahwa laju pertumbuhan dactylus A. symmysta Aceh pada penelitian ini lebih curam/cepat dibandingkan lainnya. Hubungan antara individu yang berasal dari
16
Bengkulu dengan Yogyakarta, dan Cilacap dengan Yogyakarta menunjukkan nilai slope dan intercept yang sama, kecuali antara Bengkulu dan Cilacap diperoleh nilai intercept yang berbeda. Hal tersebut menunjukkan bahwa pada ukuran panjang karapas yang sama, individu dari Bengkulu dengan Cilacap dengan Yogyakarta memiliki ukuran dactylus yang berbeda. Tabel 5 Hubungan lebar karapas, propudus, dan dactylus terhadap panjang karapas Albunea symmysta Lokasi
Persamaan y = ax + b
Hubungan antara PK vs. LK Aceh LK = 0.890PK – 0.267 Bengkulu LK = 0.899PK – 0.330 Aceh LK = 0.890PK – 0.267 Cilacap LK = 0.817PK + 1.285 Aceh LK = 0.890PK – 0.267 Yogyakarta LK = 0.804PK + 1.395 Bengkulu LK = 0.899PK – 0.330 Cilacap LK = 0.817PK + 1.285 Bengkulu LK = 0.899PK – 0.330 Yogyakarta LK = 0.804PK + 1.395 Cilacap LK = 0.817PK + 1.285 Yogyakarta LK = 0.804PK + 1.395 Hubungan antara PK vs. PP Aceh PP = 0.469PK – 0.226 Bengkulu PP = 0.454PK + 0.327 Aceh PP = 0.469PK – 0.226 Cilacap PP = 0.449PK + 0.199 Aceh PP = 0.469PK – 0.226 Yogyakarta PP = 0.381PK + 1.362 Bengkulu PP = 0.454PK + 0.327 Cilacap PP = 0.449PK + 0.199 Bengkulu PP = 0.454PK + 0.327 Yogyakarta PP = 0.381PK + 1.362 Cilacap PP = 0.449PK + 0.199 Yogyakarta PP = 0.381PK + 1.362 Hubungan antara PK vs. PD Aceh PD = 0.409PK – 0.957 Bengkulu PD = 0.336PK + 0.135 Aceh PD = 0.409PK – 0.957 Cilacap PD = 0.335PK – 0.006 Aceh PD = 0.409PK – 0.957 Yogyakarta PD = 0.318PK + 0.362 Bengkulu PD = 0.336PK + 0.135 Cilacap PD = 0.335PK – 0.006 Bengkulu PD = 0.336PK + 0.135 Yogyakarta PD = 0.318PK + 0.362 Cilacap PD = 0.335PK – 0.006 Yogyakarta PD = 0.318PK + 0.362
R²
(p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001)
0.96 0.95 0.96 0.81 0.96 0.77 0.95 0.81 0.95 0.77 0.81 0.77
(p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001)
0.88 0.88 0.88 0.87 0.88 0.76 0.88 0.87 0.88 0.76 0.87 0.76
(p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001) (p<0.001)
0.88 0.87 0.88 0.86 0.88 0.68 0.87 0.86 0.87 0.68 0.86 0.68
Hasil ANCOVA / Titik Potong a b b1 =b2 b1 =b2 b1 ≠ b2 parallel b1 =b2 b1 ≠ b2 b1 ≠ b2
b1 ≠ b2 parallel b1 =b2 nonparallel
pada 18.045 mm-CL
parallel
b1 =b2
nonparallel
pada 14.178 mm-CL pada 17.103 mm-CL
nonparallel
pada 14.959 mm-CL pada 12.851 mm-CL pada 14.495 mm-CL b1 ≠ b2
parallel
b1 =b2 b1 =b2
17
Kondisi tersebut disebut dengan pertumbuhan allometrik relatif. Pertumbuhan allometrik terjadi pada saat sebagian anggota tubuh biota tumbuh dengan laju pertumbuhan yang berbeda dengan anggota tubuh yang menjadi pembanding atau karakter independen, dan menyebabkan perubahan proporsi tubuh (Costa dan Soares-Gomes 2008). Hal ini dapat disebabkan berbagai macam faktor, diantaranya adalah lokasi geografi (Hepp et al. 2012) seperti kondisi elevasi dan latitude, kondisi lingkungan (Waldman et al. 1988; Hausch et al. 2013; Wahidah et al. 2015), dan juga faktor genetik (Waldman et al. 1988; Bissaro et al. 2012). Qonita et al. (2015) pada penelitiannya juga menunjukkan adanya pengaruh lingkungan terhadap variasi morfologi kerang bulu (Anadara pilula), dan kondisi tersebut memperkuat pernyataan Barria et al. (2011) bahwa variasi pada karakter morfologi terjadi sebagai bentuk respon untuk beradaptasi terhadap kondisi lingkungan.
Similaritas (%)
Analisis Kluster Morfometrik Albunea symmysta Berdasarkan data dari 13 karakter morfologi yang telah diperoleh dapat dilakukan suatu pengelompokkan untuk kepiting pasir dari keempat lokasi penelitian. Dendogram yang berhasil dikonstruksi menunjukkan bahwa kepiting pasir yang berasal dari Aceh membentuk kelompok dengan kepiting pasir Bengkulu, dan kepiting pasir yang berasal dari Cilacap mengelompok dengan kepiting pasir Yogyakarta (Gambar 6). Tingkat kemiripan untuk kedua kelompok tersebut berturut-turut sebesar 82.74% dan 72.86%.
Lokasi
Gambar 6 Dendogram karakter morfometrik A. symmysta yang berasal dari Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta Dendogram yang terkonstruksi membagi A. symmysta pada penelitian ini menjadi dua kelompok yaitu kelompok pertama yang berasal dari Sumatera, yaitu
18
Aceh dan Bengkulu serta kelompok kedua yang berasal dari Jawa, yaitu Cilacap dan Yogyakarta. Pengelompokkan tersebut diduga terjadi akibat adaptasi undurundur laut berdasarkan perbedaan kondisi lingkungan antara kedua pulau tersebut, seperti jenis substrat. Secara visual, terdapat perbedaan yang sangat jelas pada substrat di kedua pulau tersebut. Substrat di wilayah Sumatera memiliki warna yang lebih putih dan lebih halus dibandingkan substrat yang terdapat di wilayah Jawa. Ingole et al. (1998) juga menyebutkan bahwa populasi krustasea yang memiliki sifat hidup mengubur sangat dipengaruhi oleh struktur sedimen habitatnya. Pengaruh subtrat juga ditunjukkan oleh Rosenberg (2002) pada penelitiannya, yaitu adanya perbedaan bentuk capit pada Uca yang hidup di dua habitat yang berbeda (habitat berpasir dan berlumpur).
Kajian Molekuler Undur-Undur Laut Urutan Nukleotida Gen 16S rRNA Albunea symmysta Sekuen nukleotida gen 16s rRNA Albunea symmysta diunggah pada BLAST n (Basic Local Alignment Search Tool-nucleotide) pada situs NCBI (National Center for Biotechnology Information). Hal ini bertujuan untuk memastikan status dan kedekatannya dengan spesies lain. Hasil BLASTn pada situs NCBI disajikan pada Tabel 6. Tabel 6 Hasil BLAST n pada situs NCBI No
1
2
Kode Contoh
Deskripsi
Ident
Kode Akses
AA 1
Albunea catherinae voucher KC6848/ULLZ10315_16S ribosomal RNA gene partial sequence; mitochondrial
87%
KF182559.1
AC 2
Albunea catherinae voucher KC6848/ULLZ10315_16S ribosomal RNA gene partial sequence; mitochondrial
88%
KF182559.1
Keterangan : AA1 = Albunea symmysta dari Aceh, AC2 = Albunea symmysta dari Cilacap
Urutan nukleotida gen 16s rRNA pada contoh AA1 dan AC2 memiliki kemiripan masing-masing sebesar 87% dan 88% dengan Albunea catherinae. Menurut Hebert et al. (2003), kemiripan urutan nukleotida kurang dari 97% menunjukkan kepastian spesies yang berbeda. Dengan demikian, contoh AA1 dan AC2 dari spesies A. symmysta berbeda spesies dengan A. catherinae yang diperoleh dari GenBank. Kedua jenis ini juga dapat dibedakan melalui karakter morfologi seperti jumlah spine dan pola carapace groove. Berikut beberapa perbedaan karakter morfologi antara Albunea symmysta dan Albunea catherinae.
19
Tabel 7 Karakter pembeda antara Albunea symmysta dan Albunea catherinae
1
Karakter pembeda CG2
Tidak ada
2 3
CG3 CG4
Terdiri dari 5-6 bagian pendek Terdiri dari 2 bagian pendek
4
CG8
Terdiri dari 2-4 bagian pendek
5
CG10
Tidak ada
6 7
CG11 ∑spine
Tidak ada 11-17
No
Albunea symmysta
Albunea catherinae Terdiri dari 1 atau 2 bagian pendek Terdiri dari 6-11bagian Terdiri dari 1 bagian panjang dan 2 bagian pendek Terdiri dari 2 bagian panjang dan1 sampai 4 bagian pendek Terdiri dari 1 sampai 2 bagian panjang Ada 8-10
Sekuen nukleotida kedua contoh A. symmsyta disejajarkan dan menunjukkan nilai conserved sebesar 99.38% (485/488), variable sebesar 0.2% (1/488), dan 0% (0/488) singleton. Kedua contoh A. symmysta memiliki kemiripan yang tinggi menunjukkan keduanya berasal dari sumber genetik yang sama, walaupun lokasi tempat hidup berbeda. Persentase conserved nukleotida yang tinggi antara AA1 dan AC2 menunjukkan tingkat kekerabatan yang tinggi. Hal ini lebih lanjut dapat dijelaskan melalui analisis jarak genetik dan konstruksi pohon filogeni. Urutan basa nukleotida gen 16s rRNA dari kedua contoh A. symmysta juga disejajarkan dengan jenis Albunea lain yang diperoleh dari GenBank, yaitu A. catherinae dan A. gibbesii. Pensejajaran tersebut menghasilkan nilai conserved sebesar 84.02% (410/488), variable sebesar 15.98% (78/488), dan singleton sebesar 8.40% (41/488). Terdapat 78 situs nukleotida yang spesifik dari spesies A. symmysta yang menunjukkan adanya evolusi spesifik pada A. symmysta (Lampiran 4). Situs nukelotida spesifik tersebut menjadi penciri untuk membedakan dengan spesies lain dari genus Albunea. Analisis jarak genetik dan filogeni gen 16s rRNA Albunea symmysta Analisis jarak genetik berdasarkan gen 16S rRNA dilakukan antara spesies Albunea symmysta dengan jenis Albunea lain yang diperoleh dari GenBank, yaitu A. catherinae (KF182559.1) dan A. gibbesii (KF182559.1). Jarak genetik dapat menggambarkan hubungan kekerabatan antar spesies, karena dihitung berdasarkan jumlah perbedaan nukleotida pada total nukleotida yang disejajarkan. Sehingga semakin besar persentase jarak genetik maka semakin besar perbedaan susunan basa nukleotida pada contoh mtDNA (Nei dan Kumar 2000). Berikut merupakan matriks jarak genetik yang terbentuk.
20
Tabel 8 Matriks jarak genetik gen 16s rRNA pada Albunea symmysta dengan Albunea catherinae dan Albunea gibbesii berdasarkan metode pairwise distance 1 2 3 4 AA1 AC2 0.002 Albunea catherinae (KF182559.1) 0.118 0.120 Albunea gibbesii(KF182558.1) 0.131 0.133 0.080 Keterangan : AA1 = Albunea symmysta dari Aceh, AC2 = Albunea symmysta dari Cilacap
Jarak genetik yang lebih dari 3% antara A. symmysta dengan A. catherinae dan A. gibbesii menunjukkan kekerabatan yang jauh dan spesies yang berbeda. Analisis jarak genetik AA1 dan AC2 sebesar 0.2% menunjukkan tingkat kekerabatan yang tinggi. Jarak geografis yang jauh antara Aceh dan Cilacap dan terjadinya fragmentasi habitat antara keduanya tidak menghambat transportasi larva Albunea yang bersifat planktonik untuk melakukan repopulasi antar kedua lokasi. Adapun keragaman karakter morfometrik yang telah dijelaskan sebelumnya pada Albunea symmysta hingga terbentuk menjadi dua kelompok merupakan fenomena pengembangan variasi fenotip dari sumber genetik yang sama. Data jarak genetik tersebut digunakan untuk merekonstruksi pohon filogeni yang dapat menggambarkan hubungan kekerabatan antarspesies. Konstruksi pohon filogeni dilakukan dengan menggunakan jarak genetik pairwise distance dari basa-basa nukleotida 16s rRNA antar spesies. Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen 16s rRNA pada genus Albunea (Gambar 7) memperlihatkan adanya pengelompokan spesies, yaitu spesies A. symmysta yang terpisah dari kedua spesies lainnya (A. catherinae dan A. gibbesii). Albunea symmysta (AA1) Albunea symmysta (AC2) Albunea catherinae (KF1825559.1) Albunea gibbesii (KF182558.1)
Gambar 7 Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen 16s rRNA pada Albunea symmysta, A. catherinae, dan A. gibbesii Pengelolaan Sumberdaya Albunea symmysta Informasi variasi morfologi dan genetik yang telah diperoleh dala penelitian ini dapat digunakan dalam proses penentuan strategi pengelolaan untuk sumberdaya undur-undur laut. Hasil secara morfologi menunjukkan adanya variasi pada karakter morfologi yang merupakan adaptasi terhadap perbedaan kondisi lingkungan. Meskipun demikian, secara genetik, undur-undur laut yang berasal dari Sumatera dan Jawa memiliki hubungan kekerabatan yang erat. Berdasarkan hal tersebut, dapat disarankan dalam penentuan pengelolaan sumberdaya undur-undur laut dari Sumatera dan Jawa diperlakukan sebagai satu populasi yang sama.
21
KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Analisis secara molekuler dengan mengunakan marka gen 16s rRNA membuktikan bahwa undur-undur laut yang dikaji adalah spesies Albunea symmysta. Terdapat variasi antara individu yang terdapat di Pulau Sumatera dan Jawa baik secara morfologi. Kemiripan urutan nukleotida gen 16s rRNA pada Albunea symmysta Sumatera dan Jawa menunjukkan kekerabatan yang tinggi, walaupun terjadi variasi fenotip akibat dari pengaruh faktor lingkungan. Dengan demikian, kedua populasi Albunea symmysta Sumatera dan Jawa dapat diperlakukan sebagai satu populasi yang sama.
Saran Kajian yang berkaitan dengan karakteristik habitat A. symmysta di keempat lokasi perlu dilakukan untuk mengetahui kondisi lingkungan yang mempengaruhi keragaman morfologi yang ditemukan di penelitian ini. Selain itu, keragaman genetik juga perlu dikaji lebih lanjut untuk mendukung informasi yang telah diperoleh.
22
DAFTAR PUSTAKA Astriana Y. 2013. Peningkatan intensitas warna kuning telur dan kadar Omega-3 pada burung puyuh yang diberi pakan undur-undur laut (Emerita sp.). [skripsi]. Semarang (ID): Universitas Negeri Semarang. Barría EM, Sepúlveda RD, Jara CG. 2011. Morphologic variation in Aegla Leach (Decapada: Reptantia: Aeglidae) from central-southern Chile: interspecific, sexual dimorphism, and spatial segregation. Journal of Crustacean Biology. 31: 231-239. Bissaro FG, Gomes-JR JL, Di Benedito APM. 2012. Morphometric variation in the shape of the cephalothorax of shrimp Xiphopenaeus kroyeri on the east coast of Brazil. Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom. 1-9 pg. Boyko CB. 2002. A Worldwide Revision of the Recent and Fossil Sand Crabs of the Albuneidae Stimpson and Blepharipodidae, New Family (Crustacea: Decapoda: Anomura: Hippoidea). Bulletin of the American Museum of Natural History, No 272. Boyko CB, Harvey AW. 1999. Crustacea Decapoda: Albuneidae and Hippoidea of the Tropical Indo-West Pacific Region. Resultats des Campagnes MUSORSTOM. Volume 20. Boyko CB, Mclaughlin PA. 2010. Annotated checklist of Anomuran Decapod crustaceans of the world (Exclusive of the Kiwaoidea and Families Chirostylidae, and Galatheidae of the Galatheoidea) Part IV-Hippoidea. The Raffles Bulletin of Zoology. 23: 139-151. Castiglioni DS, Negreiros-Fransozo ML. 2004. Comparative analysis of the ralative growth of Uca rapax (Smith) (Crustacea, Ocypodidae) from two mangroves in Sao Paulo, Brazil. Revista Brasileira Revista Brasileira de Zoologia. 21(1): 137-144. Corsini-Foka M, Kalogirou S. 2013. First record of Albunea carabus (Linnaeus, 1758) (Decapoda: Anomura: Hippoidea) in the Aegean Sea. Cah. Biol. Mar 54: 297-299. Costa T, Soares-Gomes A. 2008. Relative growth of the fiddler crab Uca rapax (Smith) (Crustacea: Decapoda: Ocypodidae) in a tropical lagoon. PanAmerican Journal of Aquatic Sciences. 3(2): 94-100. Effendie MI. 1979. Biologi Perikanan. Yayasan Pustaka Nusatama. Yogyakarta. Fraaije RHB, Van Bakel BWM, Jagt JWM. 2008. Albunea turritellacola, a new sand crab (Anomura, Albuneidae) from the lower Miocene of southwest France. Bulletin of the Mizunami Fossil Museum.34: 17-22. Hakim AA. 2014. Identifikasi molekuler undur-undur laut dari perairan Pantai Cilacap berdasarkan marka gen Cytochrome Oxydase subunit 1 (CO1). [skripsi]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. 31hal. Hausch S, Shurin JB, Matthews B. 2013.Variation in body shape across species and populations in a radiation of Diaptomid Copepods. PloS ONE. 8(6): e68272. doi:10.1371/journal.pone.0068272. Hebert PDN, Ratnasingham S, De Waard JR. 2003. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proc R Soc. 270: 96-99.
23
Hepp LU, Fornel R, Restello RM, Trevis A, Santos S. 2012. Intraspecific morphological variation in a freshwater crustacean Aegla Plana in Southern Brazil: Effects of geographical isolation on carapace shape. Journal of Crustacean Biology. 32(4): 511-518. Imai H, Cheng JH, Hamasaki K, Numachi KI. 2004. Identification of four mud crab species (genus Scylla) using ITS-1 and 16s rRNA markers. Aquatic Living Resources. 17: 31-34. Ingole BS, Sreepada RA, Ansari ZA, Parulekar AH. 1998. Population characteristics of the mole crab, Hippa adactyla Fabricius, in the intertidal sediment at Kavaratti atoll, Lakshadweep islands. Bulletin of Marine Science. 63: 11-20. Kanagalakshmi K. 2011. Growth of potentially edible crab, Albunea symysta (Decapoda: Anomura) with reference to its reproduction. Bioresearch Bulletin. 1: 099-103. Kardaya D, Ralahalu TN, Zubir, Purba M, Parakkasi A. 2011. Pengujian undurundur laut (Emerita analoga) sebagai bahan penurun kolesterol pada mencit (mus musculus balb/c). Jurnal Industri dan Teknologi Pangan. 1 (2):75-87. Lastra M, Dugan JE, Hubbard DM. 2002. Burrowing and swash behavior of the pacific mole crab Hippa Pacifica (Anomura, Hippidae) in tropical sandy beaches. Journal of Crustacean Biology. 22(1): 53-58.doi:10.1651/0278-0372 Maggioni R, Rogers AD, Maclean N, D’Incao F. 2001. Molecular Phylogeny of Western Atlantic Farfantepenaeus and Litopenaeus Shrimp Based on Mitochondrial 16S Partial Sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution. 18(1): 66-73. Mashar A, Wardiatno Y. 2013a. Aspek pertumbuhan undur-undur laut, Emerita emeritus dari pantai berpasir Kabupaten Kebumen. Jurnal Biologi Tropis.13(1): 29-38. Mashar A, Wardiatno Y. 2013b. Aspek pertumbuhan undur-undur laut, Hippa adctyla dari pantai berpasir Kabupaten Kebumen. Jurnal Biologi Tropis. 13(2): 119-127. Mashar A, Wardiatno Y, Boer M, Butet NA, Farajallah A, Ardika PU. 2015. First record of Albunea symmysta (Crustacea: Decapoda: Albuneidae) from Sumatera and Java, Indonesia. AACL Bioflux. 8(4): 611-615. Muzammil W, Wardiatno Y, Butet NA. 2015. Rasio panjang-lebar karapas, pola pertumbuhan, faktor kondisi, dan faktor kondisi relatif kepiting pasir (Hippa adactyla) di pantai berpasir Cilacap dan Kebumen. Jurnal Ilmu Pertanian Indonesia. 20(1): 78-84. Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York (US): Oxford University Pr. Nettleton JA. 1995. Omega-3 Fatty Acids End Healt. Washington: Chapman and Hall. Osawa M, Fujita Y. 2007. Sand crabs of the genus Albunea (Crustacea: Decapoda: Anomura: Albuneidae) from the Ryukyu Islands, Southwestern Japan, with the description of a new species. Species Diversity. 12: 127-140. Osawa M, Boyko CB and Chan T-Y. 2010. Part I. Hiipoidea (Mole crabs). In A Chan T-Y (ed.). Crustacean fauna of Taiwan: Crab-Like Anomurans (Hippoidea, Lithodoidea, and Porcellanidae). Keelung (Taiwan): National Taiwan Ocean University. 1-40.
24
Qonita Y, Wardiatno Y, Butet NA. 2015. Morphological variation in three populations of the pill ark cockle, Anadara pilula (Mollusca: Bivalve) of Java, Indonesia. AACL Bioflux. 8(4): 556-564. Ribeiro FB, Cascon HM, Bezerra LEA. 2013. Morphometric sexual maturity and allometric growth of the crab Sesarma rectum Randal, 1840 (Crustacea: Sesarmidae) in an impacted tropical mangrove in northeast brazil. Latin American Journal of Aquatic Research. 41(2): 361-368. Rosenberg MS. 2002. Fiddler crab claw shape variation: a geometric morphometric analysis across the genus Uca (Crustacea: Brachyura: Ocypodidae). Biological Journal of the Linnean Society. 75: 147–162. Santoso J, Hanifa YN, Indariani S, Wardiatno Y, Mashar A.2015. Nutritional values of the Indonesian mole crab, Emerita emeritus: are they affected by processing methods?. AACL Bioflux. 8(4): 579-587. Sarong MA, Wardiatno Y. 2013. Habitat and morphological characteristics gratus nest sea (Albunea) in the Leupung littoral coastal zone, Great Aceh District. Jurnal EduBio Tropika. 1(1): 1-60. Schubart CD, Cuesta JA, Rodriguez A. 2001. Molecular phylogeny of the crab genus Brachyonotus (Brachyura: Varunidae) based on the 16s rRNA gene. Hydrobiologia. 449: 41-46. Spivak ED, Schubart CD. 2003. Species status in question: a morphometric and molecular comparison of Cyrtograpsus affinis and C. Altimanus (Decapoda, Brachyura, Varunidae). Journal of Crustacean Biology. 23(1): 212–222. Srinivasan P, Rameshthangam P, Prabhu NM, Arulvasu C. 2012. Variation in Lipid Classes and Fatty Acid Content Duringn Ovarian Maturation of Albunea symmysta. Journal of Advanced Scientific Research. 3(2): 60-64. Subramoniam T. 1984. Spermatophore formation in two intertidal anomuran crabs Albunea symmysta and Emerita asiatica (Decapoda: Anomuran). Biological bulletin. 166: 78-95. Subramoniam T, Gunamalai V. 2003. Breeding biology of the intertidal sandcrab Emerita (Decapoda: Anomura). Advances in Marine Biology.46: 91-182. doi:10.1016/S0065-2881(03)46003-3 Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2011. Mega 5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution. 28(10): 2731-2739. Wahidah, Shariffudin Bin Andy Omar, Trijuno DD, Nugroho E. 2015. Morphometric variance of South Sulawesi’s Freshwater Prawn Macrobrachium rosenbergii and Macrobrachiumidae. International Journal of Scientific and Research Publications. 5(4): 1-5. Waldman JR, Grossfield J, Wrigin I. 1988. Review of stock discrimination techniques for striped bass. North American Journal of Fisheries Management. 8: 410-425.doi:10.1577/1548-8675 Walpole RE. 1993. Pengantar Statistika. PT Gramedia Pustaka Umum. Jakarta. 515 hlm Wardiatno Y, Nurjaya IW, Mashar A. 2014. Habitat characteristics of the mole crabs (Family Hippidae) in sandy coast, Cilacap District. Jurnal Biologi Tropis. 14(1):1-8.
25
Wardiatno Y, Ardika PU, Farajallah A, Butet NA, Mashar A, Kamal MM, Renjaan EA, Sarong MA. 2015a. Biodiversity of Indonesian sand crabs (Crustacea, Anomura, Hippidae) and assessment of their phylogenetic relationships. AACL Bioflux. 8(2): 224-235. Wardiatno Y, Ardika PU, Farajallah A, Mashar A, Ismail. 2015b. The mole crab Hippa marmorata (Hombron et Jacquinot, 1846) (Crustacea Anomura Hippidae): a first record from Indonesian waters. Biodiversity Journal. 6(2): 517-520. Webster M. 2007. A cambrian peak in morphological variation within trilobite species. Science. 317(5837): 499-502. Yeung C, Criales MM, Lee TN. 2000. Unusual larval abundance of Scyllariades nodifer and Albunea sp. during an intrusion of low-salinity Mississippi flood water in the Florida Keys in September 1993: Insight into larval transport from upstream. Journal of Geophysical Research. 105(C12): 28741-28758.
26
LAMPIRAN
27
Lampiran 1 Pola carapace groove lengkap pada genus Albunea
Sumber: Boyko (2002)
28
Lampiran 2 Contoh hasil uji ANOVA dan uji t dari regresi antara panjang dan bobot dari A. symmysta Statistik Regresi R R2 Adjusted R2 Galat baku Observasi
0.9234 0.8527 0.8482 0.0576 35
ANOVA Jumlah Kuadrat
db Regresi Sisa Total
Intercept Slope
1 33 34
0.6343 0.1096 0.7438
Kuadrat Tengah
F Hitung
0.6343 191.046 0.0033
F Signifikan 2.7977E-15
Galat Koefisien baku t Hitung P-value -2.626 0.2165 -12.1309 1E-13 2.5693 0.1859 13.8219 2.8E-15
Uji t nilai b terhadap 3 Hipotesis : H0 H1
: b=3 (isometrik) : b≠3 (alometrik)
thit = (b-3) / Sb =(2.569-3)/0.1859 =-2.3167│-2.3167 │2.3167 ttab (0.025;33) =2.3483 Keputusan : thit < ttab , Gagal tolak H0 Kesimpulan : Pola pertumbuhan A. symmysta adalah isometrik (pertumbuhan panjang karapas sama dengan pertumbuhan bobot)
29
Lampiran 3 Contoh hasil uji Mann Whitney antara panjang dan lebar telson dari Albunea symmysta Test Statisticsa rasio 0.000
Mann-Whitney U 91.000 Wilcoxon W -5.320 Z Asymp. Sig. (2.000 tailed) a. Grouping Variable: JK
Hipotesis : H0 H1
: Rasio telson jantan sama dengan rasio telson betina : Rasio telson jantan < rasio telson betina
Keputusan: p-value<0.05= Tolak H0, artinya Rasio telson jantan< rasio telson betina
30
Lampiran 4 Situs nukleotida spesifik gen 16s rRNA Albunea symmysta berdasarkan sekuen 78 pb yang dibandingkan dengan outgroup
AA1 AC2 Albunea catherinae Albunea gibbesii
AA1 AC2 Albunea catherinae Albunea gibbesii
AA1 AC2 Albunea catherinae Albunea gibbesii
AA1 AC2 Albunea catherinae Albunea gibbesii
AA1 AC2 Albunea catherinae Albunea gibbesii
AA1 AC2 Albunea catherinae Albunea gibbesii
Situs Ke18 20 G A . .
5 C .
6 T .
7 G .
12 G .
13 A .
14 A .
16 T .
.
C
A
T
.
G
C
T
T
-
-
T
G
G
A
C
112 A .
137 G .
138 A G
141 A .
142 A .
143 G .
G
A
.
.
.
A
A
.
G
A
.
G
T
A
T
T
189 C .
192 A .
233 T .
235 A .
237 C .
240 G .
.
.
C
G
.
A
T
C
T
G
.
G
T
A
T
.
271 C .
278 T .
280 G .
283 A .
284 A .
292 G .
A
A
A
G
T
.
T
T
A
A
A
.
G
T
.
-
351 T .
354 A .
358 A .
359 A .
362 A .
369 G .
A
.
G
.
G
A
C
G
A
G
.
G
G
T
C
.
Situs Ke474 475 476 C A C . . . A
C
A
G
G
G
22 T .
25 A .
46 G .
54 A .
70 T .
96 C .
G
.
G
T
G
C
T
.
C
.
T
G
C
T
156 G .
157 G .
158 A .
159 A .
167 C .
175 T .
A
A
A
G
G
T
.
A
.
A
G
G
T
C
256 A .
263 G .
266 G .
267 T .
269 C .
270 A .
C
.
T
A
.
A
G
.
G
T
A
C
A
G
315 G .
328 A .
331 G .
333 T .
340 T .
343 G .
G
A
.
A
A
.
T
.
A
G
A
A
A
T
385 T .
414 C .
440 G .
468 G .
471 C .
473 C .
A
G
T
A
A
T
T
.
A
T
A
A
T
.
Situs Ke153 154 155 C G G . . .
Situs Ke242 245 247 C A A . . .
Situs Ke302 306 314 C G A . . .
Situs Ke379 380 383 A A T . . .
31
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Garut pada tanggal 2 Februari 1993 dari Ayah Dede Rustandi dan Ibu Abay Rosmiati. Penulis merupakan putri pertama dari dua bersaudara. Penulis mulai mengikuti pendidikan SMA di SMAN 1 Cigombong dan lulus pada tahun 2010. Penulis lulus seleksi menjadi mahasiswa di Institut Pertanian Bogor melalui jalur Ujian Seleksi Masuk IPB (USMI) pada tahun 2010 sebagai mahasiswa Departemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Penulis menyelesaikan pendidikan sarjana di Departemen Manajemen Sumber daya Perairan, Institut Pertanian Bogor pada tahun 2014. Penulis melanjutkan pendidikan pascasarjana melalui program akselerasi (fast track) pada Program Studi Pengelolaan Sumber daya Perairan, Institut Pertanian Bogor. Selama mengikuti perkuliahan penulis aktif menjadi asisten mata kuliah Ekologi Perairan tahun 20122013, Fisiologi Hewan Air tahun 2012-2013 dan 2013-2014, Avertebrata Air 20132014, Ikhtiologi Fungsional (2014/2015), dan asisten mata kuliah Pengelolaan Sumber daya Perikanan (2015/2016).
