Dokumentace k programu
SpreadAnalyst 1.0
Autor programu: Vojtěch Barták, KAGÚP FŽP ČZU Majitel programu: Katedra aplikované geoinformatiky a územního plánování, Fakulta životního prostředí, Česká zemědělská univerzita v Praze, Kamýcká 1176, 165 21, Praha 6 Autor dokumentace: Vojtěch Barták, KAGÚP FŽP ČZU
KAGÚP FŽP ČZU Prosinec 2010
Obsah 1.
Obecné informace .............................................................................................................. 3 1.1 Zaměření programu ...................................................................................................... 3 1.2 Schematizace procesu šíření......................................................................................... 3 1.3 Popis modelu šíření ...................................................................................................... 4 2. Vstupní data........................................................................................................................ 4 2.1 Říční síť........................................................................................................................ 4 2.2 Populace jedinců .......................................................................................................... 5 3. Vytvoření a uložení grafu................................................................................................... 5 3.1 Vytvoření grafu ............................................................................................................ 5 3.2 Uložení a načtení grafu................................................................................................. 5 4. Funkce Shortest Distances ................................................................................................. 6 4.1 Nastavení parametrů..................................................................................................... 6 4.2 Výstupy ........................................................................................................................ 7 5. Funkce Nearest Neighbour Distances ................................................................................ 8 5.1 Vstupy .......................................................................................................................... 8 5.2 Nastavení parametrů..................................................................................................... 8 5.3 Výstupy ........................................................................................................................ 9 6. Funkce Spread Analysis ..................................................................................................... 9 6.1 Vstupy ........................................................................................................................ 10 6.2 Nastavení parametrů................................................................................................... 10 6.3 Výstupy ...................................................................................................................... 10 7. Funkce Separate Populations ........................................................................................... 10 7.1 Vstupy ........................................................................................................................ 11 7.2 Nastavení parametrů................................................................................................... 11 7.3 Výstupy ...................................................................................................................... 12 8. Funkce Extract Lengths.................................................................................................... 12 8.1 Vstupy ........................................................................................................................ 12 8.2 Nastavení parametrů................................................................................................... 12 8.3 Výstupy ...................................................................................................................... 12 9. Simulační model šíření..................................................................................................... 13 9.1 Vstupy ........................................................................................................................ 13 9.2 Nastavení parametrů................................................................................................... 13 9.3 Výstupy ...................................................................................................................... 14 10. Grafické rozhraní.......................................................................................................... 16 10.1. Záložka Graph Info ................................................................................................. 16 10.2. Záložka Vertices...................................................................................................... 16 10.3. Záložka Edges ......................................................................................................... 17 10.4. Záložka Picture........................................................................................................ 17 11. Licenční podmínky....................................................................................................... 18
2
Obecné informace 1.1 Zaměření programu Hlavním účelem programu SpreadAnalyst 1.0 je analýza a modelování prostorového šíření organismů (zvláště zvířat) v říční síti. Program byl původně vytvořen pro analýzu a modelování šíření bobrů evropských (Castor fiber) v České Republice, může být nicméně použit pro jakýkoli jiný druh, mající podobné základní disperzní a demografické charakteristiky. Předpokladem pro analýzu je existence bodových dat reprezentujících prostorové rozmístění šířící se populace v jednotlivých letech. 1.2 Schematizace procesu šíření Program je založen na reprezentaci říční sítě pomocí ohodnoceného grafu (viz Obr. 1), což umožňuje použití některých osvědčených grafových algoritmů. Základními vstupy jsou (1) správně formátovaná říční síť (použitá pro tvorbu grafu) a (2) pozorovaná populace (pozice a čas pozorování jednotlivých jedinců). Vedle několika jednoduchých úloh (nalezení nejkratší spojnice mezi danými dvěma vrcholy grafu, nalezení nejbližších sousedů daného jedince apod.) program umožňuje analyzovat pozorovaný proces šíření pomocí výpočtu: 1. časového růstu velikosti populace, 2. časového vývoje velikosti obsazené oblasti, 3. počtu jedinců migrujících mimo již obsazenou oblast a 4. časového vývoje maximální vzdálenosti mezi dvěma jedinci (tzv. průměru obsazeného grafu). Obsazenou oblastí se rozumí sjednocení všech částí říčních úseků, jež byly použité při migraci. Velikost obsazené oblasti je pak počítána jako celková délka těchto úseků. Migrační cesty jsou odhadnuty jako nejkratší spojnice (podél říční sítě) spojující daného jedince s nejbližším již existujícím jedincem (tj. nejbližším jedincem s nižším časem pozorování).
Obr. 1. Schematické znázornění reprezentace říční sítě (vlevo) a jedinců (červené kroužky vlevo) pomocí ohodnoceného grafu (uprostřed), v němž vrcholy reprezentují konce říčních úseků a teritoria, zatímco hrany reprezentují samotné říční úseky. Primárním ohodnocením hran je délka příslušného úseku toku, sekundárním ohodnocením jsou Strahlerovy řády vodních toků (vpravo), jež poskytují hrubý odhad velikosti toku. Jejich stanovení probíhá na základě následujících pravidel: úseky začínající pramenem mají řád 1; pokud se stékají dva úseky stejného řádu, má následující úsek řád o 1 vyšší; pokud se stékají dva úseky s odlišnými řády, má následující úsek řád shodný s vyšším z obou těchto řádů.
3
1.3 Popis modelu šíření Implementovaný model šíření je jednoduchý, stochastický simulační model založený na výše uvedené schematizaci procesu šíření. Modeluje pohyb jedinců jako náhodnou procházku, při níž jedincům není dovoleno se vracet (tj. měnit během pohybu směr, ani migrovat po trase, po níž přišli jejich „rodiče“). Do modelu je možné zahrnout preferenci větších (či naopak menších) toků a teritorialitu (tj. noví jedinci mohou obsazovat pouze místa ve stanovené minimální vzdálenosti od již existujících jedinců). Demografické charakteristiky jsou založeno na modelování pouze „úspěšných samic“, tj. jedinců, kteří se úspěšně usadí a budou se dále rozmnožovat. Tím je v modelu implicitně obsažen vliv mortality. Model uvažuje konečnou oblast šíření, jedinci, kteří dosáhnou při migraci okraje sítě, zanikají. Model je možné spustit v zadaném počtu nezávislých simulací, což umožňuje následnou Monte Carlo analýzu výsledků. Porovnání s daty je založeno na následujících třech kritériích: 1. populační růst, 2. růst obsazené oblasti, 3. prostorové rozmístění jedinců.
1. Vstupní data Vstupní data pro veškeré analýzy sestávají jednak z popisu prostoru šíření, tj. typicky říční sítě (obecně jakékoli jiné sítě), a z informace o průběhu šíření studované populace, tj. o poloze jedinců v jednotlivých letech. 2.1 Říční síť Data o říční síti sestávají ze dvou samostatných textových souborů, z nichž jeden popisuje polohu soutoků (tj. vrcholů budoucího grafu) a druhý obsahuje informaci o poloze a délkách jednotlivých říčních úseků. Textové soubory mají předepsané následující formáty (jednotlivé hodnoty mohou být odděleny tabulátorem či mezerou): Soubor s vrcholy: x_coordinate . . .
y_coordinate . . .
Soubor s hranami: length . . .
start_x_coord . . .
start_y_coord . . .
4
end_x_coord . . .
end_y_coord . . .
2.2 Populace jedinců Jedinci jsou v grafu říční sítě reprezentováni pomocí vrcholů, tj. stejně jako soutoky. To znamená, že ve vstupních datech popisujících říční síť musí být již vrcholy, které budou reprezentovat jedince, dopředu obsaženy (tj. příslušné říční úseky, na nichž se jedinci nacházejí, musí být v místě jedinců rozděleny vrcholem). Informace o tom, které vrcholy grafu reprezentují jedince (a nikoli soutoky) programu zprostředkovává další vstupní soubor, obsahující informace o jednotlivých jedincích, tj. o jejich poloze, čase pozorování a informaci, zda byl jedinec „introdukován“ (tj. pochází z externího zdroje) nebo je potomkem nějakého jiného jedince z téže populace („introdukovaných“ je zpravidla zejména prvních několik jedinců, reprezentujících původní zdrojovou populaci, nicméně mohou tak být označeni i libovolní jiní jedinci). Informace o introdukci je ve formátu textového řetězce true („introdukovaný“) a false („neintrodukovaný“). Formát textového souboru je následující: x_coordinate . . .
y_coordinate . . .
time . . .
introduction . . .
2. Vytvoření a uložení grafu 3.1 Vytvoření grafu K vytvoření grafu slouží příkaz Graph –> Create z hlavního menu programu. Po kliknutí na příkaz se otevře standardní formulář pro otevírání souborů, a to dvakrát za sebou, jednou pro výběr vstupního souboru s vrcholy, podruhé pro výběr vstupního souboru s hranami. Po zadání obou souborů se ihned začne vytvářen graf. Po dokončení procedury se v hlavním okně programu pod záložkou Graph Info zobrazí informace o novém vytvoření grafu, počtu vrcholů a počtu hran (viz Obr. 2). 3.2 Uložení a načtení grafu K uložení vytvořeného grafu slouží příkaz Graph –> Save z hlavního menu programu. Po kliknutí na příkaz se otevře standardní formulář pro ukládání souborů, kde je nutné zadat název souboru, pod kterým bude graf uložen. K názvu se automaticky doplní koncovka .gr. Takto uložený soubor je následně možné kdykoli znovu načíst, a to příkazem Graph –> Load z hlavního menu programu. Po kliknutí se otevře standardní okno pro otevírání souborů, kde je třeba vybrat příslušný soubor s koncovkou .gr. Po úspěšném načtení grafu se v hlavním okně programu pod záložkou Graph Info vypíše stená informace jako při vytvoření nového grafu.
5
Obr 2. Vypsání informací o vytvořeném grafu v hlavním okně programu.
3. Funkce Shortest Distances Tato funkce slouží k nalezení nejkratších spojnic spojujících zadaný počáteční vrchol se skupinou zadaných koncových vrcholů. 4.1 Nastavení parametrů Funkce se spouští příkazem Task –> Shortest Distances. Po kliknutí na příkaz se otevře dialogové okno pro zadávání parametrů (Obr. 3). V levé části okna je třeba vybrat ze seznam číslo počátečního vrcholu. V pravé části okna je třeba zadat seznam koncových vrcholů. Po zaškrtnutí volby Use All Vertices se tabulka vyplní čísly všech vrcholů grafu. Při ručním zadávání vrcholů je možné dopředu nastavit počet řádků seznamu (textové pole Number of Lines, stisk klávesy Enter), případně je možné řádky přidávat a ubírat z konce seznamu pomocí tlačítek Add a Remove. Řádky se rovněž přidávají interaktivně při vypisování položek. Před ukončením zadávání je zpravidla třeba umazat poslední automaticky vložený prázdný řádek.
6
Obr 3. Dialogové okno funkce Shortest Distances.
4.2 Výstupy Výsledky výpočtu se vypíší do hlavního okna programu pod záložku Graph Info. Struktura výpisu je následující: na první řádce se vypíše název úlohy a v závorkách číslo počátečního vrcholu. Na dalších řádkách je postupně: číslo koncového vrcholu, délka nejkratší spojnice k tomuto vrcholu od počátečního vrcholu a nakonec samotná tato spojnice, ve formátu číslo vrcholu (číslo hrany) číslo vrcholu (číslo hrany) číslo vrcholu ... (viz Obr. 4).
7
Obr. 4. Výpis výsledků funkce Shortest Distances do hlavního okna programu.
4. Funkce Nearest Neighbour Distances Tato funkce slouží k nalezení nejbližších sousedů mezi dvěma skupinami jedinců, tj. pro každého jedince z výchozí skupiny je nalezen nejbližší jedinec z cílové skupiny a spočítána délka příslušné spojnice. 5.1 Vstupy Vstupem do funkce jsou dva soubory, jeden obsahující souřadnice výchozích jedinců, druhý obsahující souřadnice koncových vrcholů, přičemž může jít o jeden a tentýž soubor (tj. jsou hledáni nejbližší sousedi v rámci dané skupiny jedinců). Oba soubory musí být textové, ve formátu: x_coordinate . . .
y_coordinate . . .
Za souřadnicemi mohou přitom být na každém řádku libovolné další informace, které nicméně do výpočtu nevstupují. Tím je zajištěno, že vstupní jako soubory je možné použít soubory formátované po vzoru vstupních souborů populací (viz kapitolu „2. Vstupní data“). 5.2 Nastavení parametrů Funkce se spouští příkazem Task –> Nearest Neighbour Distances, po kliknutí se otevře dialogové okno se zadáváním parametrů (Obr. 5). V něm je třeba zadat adresy obou vstupních souborů a adresu výstupního souboru.
8
Obr. 5. Dialogové okno funkce Nearest Neighbour Distances.
5.3 Výstupy Výstupem je textový soubor s informacemi o výchozích jedincích, cílových jedincích a nalezených nejkratších cestách k nejbližším sousedům výchozích jedinců. Po skončení výpočtu se adresy vstupních souborů a výstupního soubory vypíšou do hlavního okna programu pod záložku Graph Info. Výstupní soubor je organizován následovně: nejprve se vypíše seznam výchozích jedinců, uvozený řádkem „Start Vertices:“ a následovaný jednotlivými vrcholy, jimiž jsou výchozí jedinci reprezentováni. Formát seznamu je následující: x_coordinate . . .
y_coordinate . . .
vertex_number . . .
Následuje obdobně formátovaný seznam cílových jedinců uvozený řádkem „Target Vertices:“ a za ním rovněž obdobně formátovaný seznam nejbližších sousedů. Ten je uvozen řádkem „Nearest Neighbours:“, přičemž pořadí jedinců odpovídá pořadí výchozích jedinců (tj. první jedince je nejbližším sousedem prvního výchozího jedince atd.). Na konec je v souboru zapsán seznam nalezených nejkratších spojnic k nejbližším sousedům, rovněž seřazený stejně jako seznam výchozích jedinců. Formát tohoto seznamu, uvozeného řádkem „Paths“, je stejný jako při výpisu nejkratších vzdáleností (viz kapitolu „4. Funkce Shortest Distances“).
5. Funkce Spread Analysis Jedná se o základní funkci programu, umožňující analýzu procesu šíření jedinců v síti. Vstupem je soubor s pozorovanou populací, výstupem textový soubor časových řad, popisujících proces šíření (viz kapitolu „1. Obecné informace“).
9
6.1 Vstupy Jediným vstupem do analýzy je soubor s pozorovanou populací, formátovaný způsobem popsaným v kapitole „2. Vstupní data“. 6.2 Nastavení parametrů Funkce je zpřístupněna pod příkazem Task –> Spread Analysis. Po kliknutí se otevře standardní dialogové okno pro otevírání souborů, v němž je třeba vybrat soubor se vstupní pozorovanou populací. Poté se automaticky otevře standardní dialogové okno pro ukládání souborů, v němž je třeba vybrat umístění a název výstupního souboru. Funkce nemá žádné další parametry, po ukončení analýzy se v hlavním okně programu pod záložkou Graph Info vypíše informace o použité funkci a adresách vstupního a výstupního souboru (Obr. 6).
Obr. 6. Výpis informací po ukončení výpočtu funkce Spread Analysis.
6.3 Výstupy Výstupem funkce je textový soubor s časovými řadami (1) počtu jedinců, (2) počtu jedinců, kteří v daném časovém období migrovali dovnitř již obsazené oblasti, (3) velikosti kolonizovaného území a (4) největší vzdálenosti mezi dvěma jedinci (tj. průměru obsazeného grafu). Formát textového souboru je následující (jednotlivé hodnoty jsou odděleny tabulátorem): time . . .
number_of_individuals . . .
number_inside . . .
total_length . . .
graph_diameter . . .
6. Funkce Separate Populations Funkce slouží k oddělení populací příslušejících k různým „introdukovaným“ jedincům (viz Obr. 7). Oddělení je založeno na postupném hledání migračních cest jednotlivých jedinců (pro odhad migračních cest viz kapitolu „1. Obecné informace“). Migrační cesta spojuje každého jedince s jeho „rodičem“, tj. nejbližším již existujícím jedincem. Takto je možné pomocí migračních cest určit jednotlivé skupiny jedinců, které mají „společného předka“, tj. jejichž společným „prarodičem“ je tentýž „introdukovaný“ jedinec.
10
7.1 Vstupy Jediným vstupem do této funkce je textový soubor s danou populací, jež má být rozdělena. Formát vstupního souboru je popsán v kapitole „2. Vstupní data“, přičemž u této funkce je především nutné, aby na každém řádku jako čtvrtý údaj byla informace o tom, zda je daný jedinec „introdukovaný“ (true) či nikoli (false).
Obr. 7. Ukázka oddělení populací příslušejících různým zdrojovým „introdukovaným“ jedincům. Nahoře: Původní celá populace s vyznačením „introdukovaných“ jedinců (pozn.: „introdukovaní“ jedinci mají různé časy pozorování). Dole: barevně odlišené oddělené populace.
7.2 Nastavení parametrů Funkce nemá žádné parametry. Její spuštění se provádí příkazem Task –> Separate Populations. Po kliknutí na příkaz se otevře standardní dialogové okno pro otevírání souborů, v němž je třeba vybrat soubor se vstupní populací. Uložení výstupních souborů již proběhne automaticky (viz dále). Po ukončení procedury se v hlavním okně programu pod záložkou
11
Graph Info vypíšou informace o použité funkce a adresách vstupního a výstupních souborů (Obr. 8). 7.3 Výstupy Výstupem funkce jsou textové soubory s jednotlivými oddělenými populacemi, formátované opět standardně, tj. stejně jako soubor se vstupní populací. Výstupní soubory se po skončení výpočtu uloží do stejného adresáře, odkud byl otevřen soubor se vstupní populací. Základ názvů výstupních souborů tvoří název vstupního souboru, za něj je pak připojeno číslo populace (populace jsou číslovány od jedné, chronologicky podle pořadí jednotlivých „introdukovaných“ zdrojových jedinců).
Obr. 8. Výpis informací o průběhu funkce Separate Populations v hlavním okně programu.
7. Funkce Extract Lengths Funkce slouží k extrahování délek migračních cest dané populace. Migrační cesty jsou odhadnuty metodou popsanou v kapitole „1. Obecné informace“. Extrahované migrační délky mohou dále sloužit např. k výpočtu empirického rozdělení četností, jež může být základem pro odhad skutečného rozdělení migračních délek. 8.1 Vstupy Jediným vstupem do funkce je soubor s pozorovanou populací, formátovaný standardně (viz kapitolu „2. Vstupní data“). 8.2 Nastavení parametrů Funkce se volá příkazem Model –> Extract Lengths. Po kliknutí na příkaz se otevře standardní dialogové okno pro otevírání souborů, v něm je třeba vybrat vstupní soubor s pozorovanou populací. Poté se automaticky otevře standardní dialogové okno pro ukládání souborů, v němž je třeba vybrat umístění a název výstupního souboru. Po ukončení procedury se do hlavního okna programu pod záložku Graph Info vypíše informace o použité funkci a adresách vstupního a výstupního souboru (Obr. 9). 8.3 Výstupy Výstupem funkce je textový soubor s extrahovanými migračními délkami. Jednotlivé hodnoty jsou na zvláštních řádcích. 12
Obr. 9. Výpis informací o průběhu funkce Extract Lengths v hlavním okně programu.
8. Simulační model šíření Model je stručně popsán v kapitole „1. Obecné informace“. Do modelu vedle jeho parametrů vstupuje především pozorovaná populace, která může jednak sloužit k odhadu některých parametrů modelu, jednak slouží pro výsledné porovnání výsledků modelu. 9.1 Vstupy Jediným vstupem do modelu je soubor s pozorovanou populací, formátovaný způsobem popsaným v kapitole „2. Vstupní data“. Dále do modelu vstupuje řada parametrů (viz níže). 9.2 Nastavení parametrů Model se spouští příkazem Models -> Model1. Po kliknutí na příkaz se otevře dialogové okno pro zadávání parametrů (viz Obr. 10). V horní části je třeba zadat adresu vstupního souboru s pozorovanou populací a počet simulací, který má být realizován. Dále je třeba zadat parametry populační dynamiky (Demography Parameters), kterými jsou: 1. Reprodukční doba (Reproductive Time), tj. počet časových intervalů, během nichž je jedince schopen rozmnožování (přirozené číslo). 2. Doba od narození do první reprodukce (Generation Time, počet časových intervalů tj. přirozené číslo). Je možné zadat více možných hodnot a k nim pravděpodobnosti, tj. zadat celé pravděpodobnostní rozdělení, přičemž je třeba, aby součet zadaných pravděpodobností byl roven jedné. 3. Fertilita (Fertility) tj. počet potomků při jedné reprodukci (opět je třeba zadat celé pravděpodobnostní rozdělení). Dále je třeba zadat parametry disperze (Dispersal Parameters): 1. Preference větších/menších toků (Stream Size Preference). Jedná se o reálné číslo, které má význam exponentu, jímž se umocňují Strahlerovy řády vodních toků. Na soutocích si pak jedinec vybírá pro další cestu daný tok s pravděpodobností přímo úměrnou takto umocněnému Strahlerově řádu tohoto toku. 2. Rozdělení migračních délek (Migration Length Distribution), tj. rozdělení, z něhož jsou v modelu generovány migrační délky. Na výběr jsou gama rozdělení a lognormální rozdělení. Obě rozdělení mají dva parametry, které je možné buď zadat ručně, nebo nechat odhadnout modelem (metodou maximální věrohodnosti) z migračních délek odhadnutých z pozorované populace (metodou popsanou 13
v kapitole „1. Obecné informace“). V případě gama rozdělení má první parametr význam tvaru (shape parameter) a druhý měřítka (scale parameter). U log-normálního rozdělění má první parametr význam µ a druhý σ.
Obr. 10. Dialogové okno pro zadávání parametrů simulačního modelu šíření.
9.3 Výstupy Po ukončení simulací se zobrazí informační dialogové okno s nápisem „done“. Do zadaného adresáře pro výstupní soubory (viz Obr. 10 dole, Output Folder) se vždy uloží následující textové soubory: 1. Časová řada velikosti populace, a to pro pozorovanou populaci, minimum ze simulací, průměr ze simulací, maximum ze simulací a dolní a horní 95% limity spolehlivosti ze simulací (maximum, průměr, minimum a limity ze simulací jsou vždy počítány zvlášť pro každý časový interval, stejně tak i níže).
14
2. Časová řada velikosti obsazeného území, a to pro pozorovanou populaci, minimum ze simulací, průměr ze simulací, maximum ze simulací a dolní a horní 95% limity spolehlivosti ze simulací. 3. Diggleova G-funkce, tj. empirická distribuční funkce vzdáleností od jedince k nejbližšímu sousedu (měřeno podél říční sítě, a to pro pozorovanou populaci, minimum ze simulací, průměr ze simulací, maximum ze simulací a dolní a horní 95% limity spolehlivosti ze simulací. Vedle těchto tří výstupů je možné ještě nechat uložit další, volitelné výstupy, a to: 1. Textové soubory s jednotlivými simulovanými populacemi. 2. Soubory s grafy (textové soubory s příponou .gr), příslušejícími k jednotlivým simulovaným populacím (vzhledem k tomu, že při simulací šíření dochází ke vzniku nových vrcholů v grafu v místě nových jedinců, a tedy i ke štěpení hran, je pro pozdější zobrazení simulované populace nutné načíst příslušný graf). 3. Obrázky jednotlivých simulovaných populací (ve formátu .bmp). Po ukončení běhu funkce se v hlavním okně programu pod záložkou Graph Info vypíše informace o použité funkci, adresách vstupního a výstupních souborů a všech použitých parametrech (viz Obr. 11).
Obr. 11. Výpis parametrů použitých ve funkci Model1 (simulační model šíření).
15
9. Grafické rozhraní Hlavní okno programu je organizováno do čtyř záložek, a to Graph Info, Vertices, Edges a Picture. 10.1. Záložka Graph Info Tato záložka slouží k výpisu informací o použitých funkcích, včetně vytvoření či načtení grafu. 10.2. Záložka Vertices Tato záložka slouží k zobrazení informací o jednotlivých vrcholech grafu (viz Obr. 12). Obsahuje tabulku se seznamem všech vrcholů, s údaji o čísle vrcholu, x-ové a y-ové souřadnici. V seznamu lze daný vrchol vyhledat pomocí tlačítka Search v panelu Search Vertex. Nad tlačítkem je třeba specifikovat, zda se má hledat podle některé souřadnice či podle čísla vrcholu. Dále je možné danou množinu vrcholů exportovat do textového souboru pomocí tlačítka Export v panelu Export Vertices.
Obr. 12. Záložka Vertices hlavního okna programu.
16
10.3. Záložka Edges Tato záložka obsahuje pouze seznam všech hran grafu, s údaji o čísle hrany, číslech počátečního a koncového vrcholu hrany, Strahlerově řádu příslušného úseku toku a jeho délce (viz Obr. 13).
Obr. 13. Záložka Edges hlavního okna programu.
10.4. Záložka Picture Tato záložka slouží k zobrazení grafu (viz Obr. 14). Graf se zobrazí po kliknutí na tlačítko Draw, přičemž se zobrazují pouze hrany. Při současném zaškrtnutí volby St. Orders se navíc velikost toků (vyjádřená Strahlerovými řády) projeví v tloušťce jednotlivých hran. V grafu je možné zobrazit vybranou skupinu vrcholů (typicky např.. populaci jedinců), a to načtením textového souboru, v němž je tato skupina vrcholů uložena (ve formátu pro ukládání populací, viz kapitolu „2. Vstupní data“). Vrcholy je možné zobrazit ve zvolené barvě (červené, modré, zelené, žluté nebo černé), což umožňuje přehledné zobrazování více skupin vrcholů zároveň. Dále je možné zobrazit skupinu hran reprezentující nějakou cestu v grafu, a to ve formátu,
17
v jakém se vypisuje do hlavního okna pod záložku Graph Info nalezená nejkratší spojnice ve funkci Shortest Distance. Typické použití je takové, že se takto vypsaná cesta zkopíruje pomocí Ctrl+C a následně vloží v záložce Picture do okna pod nápisem Show Path. Následně při stisknutí tlačítka Draw se daná cesta zobrazí. Zobrazování funguje kumulativně, tj. při každém stisknutí tlačítka Draw se zvolené objekty nakreslí přes dosavadní obrázek. K vyčištění kreslícího plátna slouží příkaz Clear, přístupný po kliknutí do plátna pravým tlačítkem myši. Libovolný aktuálně zobrazovaný obrázek je možné uložit ve formátu .bmp, a to pomocí příkazu Save, který je přístupný po kliknutí do kreslícího plátna pravým tlačítkem myši.
Obr. 14. Záložka Picture hlavního okna programu, se zobrazením grafu (s vyznačením Strahlerových řádů) a populace jedinců (červeně).
10. Licenční podmínky Autorem programu SpreadAnalyst 1.0 (dále jen „program“) je Ing. Vojtěch Barták (KAGÚP FŽP ČZU). Majitelem programu je Katedra aplikované geoinformatiky a územního plánování, FŽP ČZU v Praze. Veškeré (komerční i nekomerční) použití programu, jakož i publikování výsledků dosažených pomocí programu, je striktně vázáno písemným souhlasem majitele, který stanoví podmínky konkrétního použití. Program je možné zdarma stáhnout na adrese http://fzp.czu.cz/~bartakv/spreadanalyst a zdarma vyzkoušet (výsledky vzniklé při zkoušení programu však nesmí být jakýmkoli způsobem publikovány bez souhlasu majitele). Jakékoli další šíření programu (včetně vytváření jeho dalších kopií) je rovněž vázáno souhlasem majitele programu.
18
