Biologie Autorské řešení kvalifikační úlohy
Přepis sekvence ze sekvenátoru A C G
T
5' C G T T C T A T A G A T A C G C G A T G A C G G T A T A C C A T C C G C A A A G T 3'
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ (nebo i BLAST na Uniprot)
BLAST vše vyřeší za nás • Buď jste mohli zadat rovnou DNA sekvenci ze sekvenátoru • blastx – „search protein database using a translated nucleotide query“
BLAST vše vyřeší za nás • Nebo jste mohli zadat až přeloženou sekvenci aminokyselin (správná: FYRYAMTVYHPQS) • protein blast (blastp) – search protein database using a protein query VŽDY DOJDETE KE STEJNÉMU VÝSLEDKU:
pullulanase
Komplementární vlákno 5' C G T T C T A T A G A T A C G C G A T G A C G G T A T A C C A T C C G C A A A G T 3'
C–G A–T 5' C G T T C T A T A G A T A C G C G A T G A C G G T A T A C C A T C C G C A A A G T 3' 3' G C A A G A T A T C T A T G C G C T A C T G C C A T A T G G T A G G C G T T T C A 5'
C–G A–U mRNA sekvence (2×)
TRANSKRIPCE
Překlad do proteinu (translace) Překlad po trojicích nukleotidů (triplety) jeden triplet -> jedna aminokyselina
6 MOŽNÝCH ČTECÍCH RÁMCŮ: 3 pro jedno vlákno, 3 pro druhé vlákno DNA je dvouřetězcová! Bioinformatické nástroje: ExPASy, Transeq...
3' G C A A G A T A T C T A T G C G C T A C T G C C A T A T G G T A G G C G T T T C A 5'
Jedna mRNA sekvence 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3'
Překlad do proteinu (translace) 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3' 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3' 5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3'
5' C G T T C T A T A G A T A C G C G A T G A C G G T A T A C C A T C C G C A A A G T 3'
Druhá mRNA sekvence 3' G C A A G A U A U C U A U G C G C U A C U G C C A U A U G G U A G G C G U U U C A 5'
Překlad do proteinu (translace) 3' G C A A G A U A U C U A U G C G C U A C U G C C A U A U G G U A G G C G U U U C A 5'
3' G C A A G A U A U C U A U G C G C U A C U G C C A U A U G G U A G G C G U U U C A 5'
3' G C A A G A U A U C U A U G C G C U A C U G C C A U A U G G U A G G C G U U U C A 5'
Správná sekvence aminokyselin je jen jedna (bioinf. databáze) mRNA sekvence
5' C G U U C U A U A G A U A C G C G A U G A C G G U A U A C C A U C C G C A A A G U 3'
F
Y
R Y A M T V Y H P Q S SEKVENCE AMINOKYSELIN (část sekvence hledaného proteinu)
Časté chyby • „hodili jsme sekvenci do BLASTU a šmitec“ • zapomínání na komplementární vlákno • podivná translace (vezmeme DNA a rovnou ji přeložíme do proteinu, na mRNA kašleme) • neuvažování více čtecích rámců • wikipedické definice translace a transkripce
Perličky • „Po zadání řetězce DNA, jsme zjistili, že se jedná o protein pollunasa.“ • „Stručnost popisu je volena záměrně, náš tým je v problematice zběhlý a popis výše odpovídá našemu veškerému uvažování.“
Perličky • „Soubor jsme alespoň odeslali, abychom ukázali, jak jsme šikovní, že jsme bez pomocí profesorů, ale pouze s pomocí atlasu proteinů tento protein po několika hodinách našli. A doufali jsme, že jsme výjimeční a že dostaneme stovky bodů aspoň za ten protein.“
Testování na přítomnost amylázy Pomůcky: - škrob - roztok jódu - želatina
Testování na přítomnost amylázy Princip: Škrob + jód výrazné modrofialové zbarvení Jednoduché cukry + jód nic se neděje (důkaz přítomnosti amylázy)
Důležité • Citlivost metody (používat ředěnější roztoky, ať je důkaz dobře vidět) • Nerozložit si škrob při zahřívání • Nechat nějakou dobu působit
Časté chyby • Zahřátí vzorků nad teplotní optimum amylázy (a její rozklad) • Zahřátí roztoků se škrobem na teplotu, kdy se škrob rozkládá -> amyláza pak „jakoby“ ve všem (vše rozloženo) • Chybějící fotky – důkaz!
Proč jsme chtěli fotky... amyláza
ANO
NE
% ANO
Banánová slupka
47
7
87,04
ANO
Kukuřice
22
32
40,74
Spíš NE
Dětský piškot
21
33
38,89
Spíš NE
Kečup
28
26
51,85
Sušený banán
23
31
42,59
Rajče
39
14
73,58
ANO
Chleba
17
37
31,48
Spíš NE
Sliny
53
1
98,15
ANO
Bramborová slupka
29
25
53,70
Mléko
37
17
68,52
Spíš ANO
Perličky • „Nakonec si 1 člen skupiny 5 minut vyplachoval trochou destilované vody ústní dutinu, tímto jsme dostali vzorek slin.“ • „Fotku týmu při provádění úkolu bohužel nemáme, člen, jež jej nakonec prováděl, měl horečky, vypadal velice bídně (jistě ze stresu z neodevzdání úloh) a nepřál si být focen.“
Perličky • „Třeba když jsme zalévali Petriho misky želatinou a poté netrpelivě vyčkávali u ledničky, vypadali jsme jako starostliví rodiče, koukající na své děťátko v inkubátoru. To jste nás měli vidět!“ • „Na fotkách nie je velmi vidiet skutočná farba z dôvodu blbého foťáku a tabulka je robená na poslednu chvílu tak vypadá tak ako vypadá.“
