Aplikovaná bioinformatika Číslo aktivity: 2.V Název klíčové aktivity: Na realizaci se podílí:
Implementace nových předmětů do daného studijního programu doc. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., Mgr. Josef Houser, Mgr. Petra Sýkorová
Aplikovaná bioinformatika Realizace klíčové aktivity: Bude zaveden nový předmět Aplikovaná bioinformatika, jehož náplní bude přiblížení teoretických přístupů při analýze a využití proteinových a DNA sekvencí a praktická realizace získaných dat.
Cíl: Zaměření se na praktické potřeby rekombinantních technologií. Prohloubení znalostí studentů v oblasti efektivního využití bioinformatických přístupů v biochemii a příbuzných oblastech.
Vyhledávání sekvencí zájmu
Analýza sekvencí
Výběr expresního systému, klonování in silico
Postup práce Příprava sylabu předmětu. •Vytvořen s ohledem na hlavní cílovou skupinu (studenti oboru Chemoinformatika a bioinformatika) - menší molekulárně-biologické znalosti. •Rovněž zohledněna další cílová skupina (studenti oboru Molekulární biologie a Biochemie) - přesah do laboratorní praxe.
Příprava studijních materiálů a úloh. •Vytvořeny prezentace a další studijní materiály pro výuku předmětu •Po konzultaci se studenty oboru Chemoinformatika a bioinformatika byly přidány obecnější teoretické úvody. •Do předmětu byly zařazeny exkurze do laboratoří a demonstrace přístrojů.
Postup práce Testovací výuka předmětu. • Předmět vyučován v období Jaro 2013 – C3211 Aplikovaná bioinformatika • Předmět úspěšně dokončilo 10 studentů.
Hodnocení výuky. • Všichni studenti, kteří absolvovali předmět, vyplnili anonymní anketu hodnotící probíranou látku, kvalitu a množství studijních materiálů a předmět celkově.
Úprava studijních materiálů a úloh.
Studijní materiály Základní vlastnosti proteinů: teoretický úvod, predikce základních fyzikálněchemických vlastností proteinů, iniciační methionin a jeho odštěpování, predikce lokalizace proteinu, signální sekvence, zisk informací o známých proteinech, vyhledávání v databázích, sekvenční přiložení. •
• Příprava rekombinantních proteinů: teoretický úvod, predikce posttranslačních modifikací, predikce disulfidových můstků, predikce glykosylace, obsah vzácných kodonů v genu, návrh syntetického genu. • Sekundární struktura a funkce proteinů: predikce sekundární struktury proteinů, predikce CD spektra proteinů, predikce funkce proteinů pomocí sekvenčního přiložení, identifikace a porovnání aktivního místa proteinů, význam aminokyselinových záměn v aktivním místě, identifikace strukturních a funkčních motivů v sekvencích. • Terciární struktura a oligomerizace proteinů: teoretický úvod, vizualizace 3D struktury proteinu, typy zobrazení, porovnání homologních proteinů, analýza aktivního místa proteinu, ukázka predikčních programů, validace struktury, predikce oligomerního stavu proteinů, analýza repetic.
Studijní materiály
Studijní materiály
Studijní materiály
Celkem
465 slidů
Exkurze na experimentální pracoviště • Biochemické a molekulárně biologické laboratoře – tvorba expresních systémů – kultivace buněk – izolace proteinů
• Laboratoře strukturní biologie – CD spektrofotometr – proteinová krystalizace
• Národní NMR centrum Josefa Dadoka – nukleární magnetická rezonance
Název prezentace v zápatí
9
Exkurze do laboratoří – produkce proteinů
Exkurze do laboratoří – CD spektroskopie
Po úspěšném experimentu zde uvidíte spektrum svého proteinu…
Exkurze do laboratoří – NMR a krystalografie
C3211 Aplikovaná bioinformatika – kolokvium
C3211 Aplikovaná bioinformatika program
hodnocení
B-BCH P
obor BCHM
1 1 6
BCHM
2 5
CHI
3
D-BCH4
P
GEPR
1 1 1
D-BI4
P
PARA
1 1 1
N-AP
P
BIO
1 1 1
N-BCH
P
CHI
2 2 2
předměty
hodnocení
C3211
P nehodnoceno
ročník
program
1
B-BCH
1
D-BCH4
1
D-BI4
1
B-BCH
1
N-BCH
2
B-BCH
3
N-AP
1
B-BCH
1
2 3
4
pohlaví 10 1
11
M
5
Ž
6
3
3 4
1
Přítomnost a budoucnost projektu 9 Přednášky a doplňkové studijní materiály byly připraveny a je možno je použít pro běžnou výuku. 9 Testovací výuka proběhla úspěšně a poskytla cennou zpětnou vazbu. 9 Doplňkové exkurze na experimentální pracoviště jsou vítaným zpestřením a budou zařazeny i v budoucnu. 9 Předmět C3211 Aplikovaná bioinformatika bude vyučován rovněž v budoucnu (semestr Jaro 2014) jako volitelný. Název prezentace v zápatí
15
Děkuji za pozornost.
Název prezentace v zápatí
16
