Ritka Betegségek Világnapja
A genetikai vizsgálatok jelene, jövője a Budapest, 2014. február 22.
Ritka Betegségek vonatkozásában dr. Kósa János PentaCore Laboratórium, Budapest Semmelweis Egyetem I. sz. Belgyógyászati Klinika
Bemutatkozás A PentaCore Laboratórium a Semmelweis Egyetem I. sz Belgyógyászati Klinikáján működik.
www.pentacorelab.eu
Jelenleg több mint 1000 féle vizsgálatot végez.
Kósa JP
Ebből közel 800 genetikai teszt. Elérhető: vizelet, vérkép, rutin kémia, immunkémia, hormonok, panelek.
Genetika:
1. 2. 3. 4.
klasszikus genetika új-generácós NGS genetika
„Rutin” diagnosztika Kutatás-fejlesztés Publikálás Oktatás Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Genetikai betegségek „unigénes” betegségek (akár egy SNP) (1% alatt) „poligénes” betegségek (99+%, CVD, DM, asztma, magas vérnyomás, Alzheimer…) +
KÖRNYEZET NATURE-NURTURE „A devil, a born devil, on whose nature Nurture can never stick” Shakespeare – The Tempest
„Ördög, született ördög, nem ragad rajt az emberséges nevelés, hiába” Shakespeare – A Vihar (Babits Mihály fordítása) Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Ritka betegségek vs. genetikai háttér
http://globalgenes.org/#
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Géndiagnosztika: Új technológiák – Új lehetőségek
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Számítástechnika forradalma
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Számítástechnika forradalma
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Genetika forradalma
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Humán Genom Projekt
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Mukoviszcidózis - Cisztás fibrózis
www.pentacorelab.eu
Klorid ion csatorna a mirigyek kivezetőcsövének hámjában 27 exon, 4443 bp kódoló szakasz Minimum 1937 ismert mutáció
Más mutációra más a gyógyszer
Leggyakrabban előforduló 32 mutáció vizsgálata
Negatív eredmény azt jelenti, hogy a 32 gyakori mutációt nem hordozza a minta Kósa JP
Mit is jelent a negatív genetikai eredmény általában? Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Cisztás fibrózis – Ampliseq panel
www.pentacorelab.eu
CFTR AmpliSeq panel, 58 amplikon
delta[F508]
Kósa JP
R1066C
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Neurofibromatózis Incidencia 1:4000 Autoszómális, domináns öröklődés menet
www.pentacorelab.eu
Jóindulatú neurofibromák keletkezése a bőrön (tejeskávé foltok)
Kósa JP
Esetek 10%-a malignussá válik Környező szöveteket károsíthatja Több típus; genotípus – fenotípus összefüggése nem világos még Esetek felében de novo mutáció áll a háttérben
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
NF1 és NF2 gének a neurofibromatózis hátterében
www.pentacorelab.eu
NF1 (neurofibromin 1), 58 exon, 8661 bp NF2 (neurofibromin 2), 17 exon, 1824 bp
Oncogene. 2007 Jul 12;26(32):4609-16. Epub 2007 Feb 12.
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Neurofibromatózis – Ampliseq panel
www.pentacorelab.eu
NF AmpliSeq panel, 130 amplikon
c.2693T>C, p.Leu898Pro
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Gyakoribb öröklődő betegségek gyors genetikai diagnosztikája Semmelweis Egyetem Gyermekklinikáival együttműködve
www.pentacorelab.eu
Cisztás fibrózis (1:2500) Neurofibromatózis (1:4000) Fenilketonúria (1:10000) Hemokromatózis (1:500) Osteogenesis imperfecta (1:10000) Wilson-kór (1:30.000) … Egyedi panelek Belső és külső minőségbiztosítás Validációs minták – ismert, hagyományosan szekvenált DNS-ek
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Rövid háttér • Első új-generációs szekvenátor (NGS) klinikai alkalmazásban hazánkban • 2012.08- Ion Torrent Personal Genome Machine
www.pentacorelab.eu
• 50+ beállított rutin esszé
• közel 600 egyedi minta (!) • csírasejtes vagy szomatikus DNS mut. (öröklődő illetve tumorgenetika)
• minden patogén esetben „gold-standard” Sanger szekvenálással validálást végzünk • együttműködés hazai és nemzetközi kutató és
diagnosztikai laboratóriumokkal • Life Technologies PGM referencia laboratórium vagyunk • diagnosztikai tesztjeinket hazánkból elsőként
regisztrálta a U.S. NCBI-Genetic Testing Registry Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Ismeretlen vagy bizonytalan eredetű genetikai betegségek azonosítása Genetion™ - 740 öröklődő betegség szűrése egy lépésben
(323 db gén nagy mélységű szekvenálása)
www.pentacorelab.eu
Exom szekvenálás (??) – minden (!) génünk „elolvasása” (~30.000 gén)
Kósa JP
Genom szekvenálás (?????)– 3.000.000.000 bázispár elolvasása
(1 millió oldalas könyv)
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
A nyers adat ma már „könnyen” megvan, de hogyan tovább?
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Bioinformatika kérdése Adatgenerálás, adatkiértékelés és adattárolás
http://blog.goldenhelix.com/?p=822
http://www.ingenuity.com
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
NGS a klinikai gyakorlatban – Kérdések Megfelelő minőségbiztosítás mellett már elfogadott (van?) Genetikai vizsgálat előtt és után felvilágosítás, konzultáció (kivel?)
www.pentacorelab.eu
Pre-implantációs, Pre-natális szűrés lehet? (nem illetve igen?) Etikai, morális és jogi kérdések (interdiszciplináris konzultáció!) Felvilágosítás, oktatás! Páciens, orvos is! (azt sem tudjuk mit kérdezhetünk)
Ö
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
www.pentacorelab.eu
Neurofibromatózis NGS alapú diagnosztika Journal of Molecular Neuroscience cikk 2014.02.20.
Kósa JP
Ritka Betegségek Világnapja - Budapest, 2014. február 22.
Ritka Betegségek Világnapja Budapest, 2014. február 22.
Köszönöm a figyelmüket!
Kósa JP
