2006 Sb., o veřejných zakázkách

DODATEČNÉ INFORMACE dle § 49 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách

Zadavatel tímto poskytuje dodavatelům v souladu s § 49 odst. 4 zákona o veřejných zakázkách dodatečné informace k veřejné zakázce s názvem FNUSA - ICRC – Automatický systém pro zobrazování buněk se střední až vyšší propustností, ev. č. ve VVZ 233905 tohoto znění: Zadavatel mění v čl. 4.1 zadávací dokumentace odstavec pojmenovaný „Stručný popis a stanovení účelu použití:“ takto: Sestava dvou plně automatizovaných mikroskopických systémů pro snímání a analýzu velkého objemu obrazových dat pokročilými metodami multiparametrické počítačové analýzy, rekonstrukce a vícerozměrné vizualizace, sestávající ze dvou vzájemně komplementárních jednotek: 1) Plně automatizovaný systém pro snímání a analýzu velkého objemu obrazových dat umožňující skenování vzorků pomocí mnohobarevné laserové konfokální mikroskopie. Přístroj je určen k analýzám a vyhodnocení velkého množství nativních i fixovaných preparátů, tkáňových řezů, buněčných a tkáňových kultur včetně třírozměrných mikrosfér, bead arrays i celých organismů a to jak na mikroskopických sklech, v širokém spektru formátů kultivačních destiček, ale také komůrkách mikrofluidních systémů. Systém bude používán po akvizici 2D, 3D i časosběrných dat. 2) Plně automatizovaný systém pro snímání a analýzu velkého množství obrazových dat v procházejícím světle s fázovým kontrastem a pomocí mnohobarevné fluorescence s nízkou fototoxicitou. Je určen k jednorázové i extrémně dlouhodobé akvizici velkého množství obrazových dat z živých i fixovaných vzorků pomocí transmisní a epifluorescenční mikroskopie. Preparáty budou pozorovány jak na mikroskopických sklech, tak v nejširším spektru formátů kultivačních destiček. Umožňuje automatizované přidávání různých roztoků v rozdílných koncentracích do vzorků během nepřetržitého pozorování okamžité reakce sledovaných vzorků s možností velmi rychlého záznamu mnoha snímků za sekundu při současně udržovaných kultivačních podmínkách (teplota, etc.). Oba systémy budou využívány pro mnohobarevnou kvantitativní i kvalitativní analýzu fluorescence, separaci emise fluorochromů, analýzu kvantitativních, kvalitativních i morfologických parametrů v populaci a subpopulacích buněk (struktur), analýzu ko-lokalizace, translokace, signalizace, morfologickou analýzu, analýzu vnořených struktur a analýzu vzájemných vztahů vnořených struktur ve 2D i 3D a v závislosti na čase. Oba systémy budou propojeny na databázový software umožňující vysokokapacitní vytěžování dat z obou systémů, jejich vzájemnou korelaci a zpětnou kompatibilitu se softwarem pro mnohoparametrickou kvantitativně-kvalitativní statistickou i obrazovou analýzu.

Dodatečné informace Stránka 1 z 13

Zadavatel s ohledem na výše uvedenou změnu účelu použití poptávané technologie mění některé minimální technické požadavky, jež byly přílohou zadávací dokumentace. Nová tabulka s aktuálními minimálními technickými požadavky je uvedena v příloze těchto dodatečných informací a zcela nahrazuje tabulku minimálních technických požadavků, jež byla zveřejněna jako příloha zadávací dokumentace. Zadavatel s ohledem na změny zadávacích podmínek provedené těmito dodatečnými informacemi prodlužuje v souladu s § 40 odst. 3 zákona o veřejných zakázkách lhůtu pro podání nabídek do 30. 7. 2013 do 11:00 h.

Elektronicky podepsal(a) Martin Ondroušek Datum: 2013.05.21 13:51:31 CEST

Martin Ondroušek za zadavatele

Dodatečné informace Stránka 2 z 13

Minimální technické požadavky Systém pro snímání a analýzu velkého množství obrazů buněčných kultur pomocí konfokální mikroskopie: Popis parametru

Zadavatelem hodnota

požadovaná Uchazečem nabízená hodnota

Dodavatel Výrobce Typ/model Excitace fluorochromů (DAPI, Hoechst, FITC, eGFP, TxRed, RPE, APC, Alexa 640, Rhodamine/TRITC, TxRed, Cy5 ) sadou vysoce výkonných pevnolátkových laserů na 4 vlnových délkách tak, aby účinnost excitace dosahovala minimálně 80% maxima fluorochromu, tedy například 405, 488, 561 a 640 nm o dosažitelném výkonu alespoň 150mW pro UV/near-UV oblast excitace, 120mW pro modrou oblast excitace, 275mW pro zelenou oblast excitace a 80mW pro červenou/oranžovou oblast excitace Simultánní detekce emise alespoň 4 fluorochromů zahrnující (DAPI, Hoechst) + (FITC, eGFP) + (TxRed, R-PE, Rhodamine, TRITC) + (Alexa 640, APC, Cy5) Možnost snadné výměny filtrů a objektivů uživatelem Soustavu detektorů představují 4 fotonásobiče, s 16-bitovou digitalizací dat

x x x Ano - min. 4 vlnové délky pro excitaci fluorochromu zahrnující (DAPI, Hoechst) + (FITC, eGFP) + (TxRed, R-PE, Rhodamine, TRITC) + (Alexa 640, APC, Cy5)

Závaznost

Podmínka

- výkony alespoň 150mW pro UV/near-UV oblast excitace, 120mW pro modrou oblast excitace, 275mW pro zelenou oblast excitace a 80mW pro červenou/oranžovou oblast excitace

Ano Filtry pro detekci fluorochromů (DAPI, Hoechst) + (FITC, eGFP) + (TxRed, R-PE, Rhodamine, TRITC) + (Alexa 640, APC, Cy5) Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Podmínka

- alespoň 4 fotonásobiče s alespoň 16-bitovou digitalizací dat

Dodatečné informace Stránka 3 z 13

Systém umožňuje jak simultánní tak sekvenční skenování jednotlivých barevných kanálů Plně softwarem kontrolovaný systém, včetně softwarového nastavení průměru konfokální apertury, softwarového řízení měniče objektivů a filtrů Pravý plně konfokální point-to point skener s možností nastavení min. 2.000 skenovacích řádků pro jedno pole a rozlišením alespoň 0,2 um/pixel nebo lepším při použití 40x objektivu Automatizované procesy kontroly a optimalizace nastavení zaměření laserového paprsku ve skeneru (alingment laseru) před spuštěním akvizice dat na každém jednotlivém kultivačním plastu, resp. skle Objektivy typu planfluoritové, plan apochromatové či lepší alespoň 3 pro daná zvětšení s uvedenou minimální numerickou aperturou a pracovní vzdáleností o 10x NA ≥ 0,5, WD > 1mm o 20x NA ≥ 0,75 o 40x NA ≥ 0,95 Systém umožňuje rozšíření o další objektivy v rozsahu zvětšení 1x až 100x Systém vybavený držákem pro formát vícejamkových destiček v rozsahu alespoň 6-24-96-3841536 jamek, umožňující provádět analýzu přímo z těchto destiček Systém vybavený držákem pro standardní mikroskopická skla (umožní vložení 1-3 skel současně), umožňující provádět analýzu nativních i fixovaných preparátů přímo na sklech

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano min. 2.000 skenovacích řádků - rozlišení min. 0,2 um/pixel nebo lepší při použití 40x objektivu

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano - uveďte požadované parametry objektivů: o 10x NA ≥ 0,5, WD > 1mm o 20x NA ≥ 0,75 o 40x NA ≥ 0,95

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Dodatečné informace Stránka 4 z 13

Automatická hardwarová fokusace, například pomocí IR laseru, udržující nastavenou požadovanou vzdálenost preparátu a objektivu bez ohledu na zaostření objektu Automatická softwarová fokusace pomocí analýzy obrazu na základě optimálního doostření obrazu Polohování a relokalizace stolku ve všech třech osách X, Y, Z s přesností min. 100 nm Pracovní stanice (min. požadavky: vícejádrový procesor, 4GB RAM, 1TB HDD, OS Win7, dva monitory 24" LCD) Funkce pro automatické naskenování preparátu s nízkým zvětšením, nalezení objektů zájmu, reskenování objektů s vysokým zvětšením Skenování předvoleného počtu objektů 3D rekonstrukce obrazů, 4D prohlížení (závislost v čase) 3D dekonvoluce Vícerozměrná (2D + čas) analýza pohybu objektů (buněk, jader, organel) Automatizované softwarové moduly umožňující automatizovanou 2D/3D/4D analýzu: počtu, životaschopnosti a morfologie buněk nebo subcelulárních struktur charakterizace kolonií buněk buněčného cyklu a mitózy angiogeneze/formování endoteliální trubice aktivace/inhibice signálních drah a fosforylace proteinů diferenciace buněk granularity v jádře a cytoplazmě,

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano přesnost min. 100 nm

Podmínka

Ano Min. požadavky: vícejádrový procesor, 4GB RAM, 1TB HDD, OS Win7, dva monitory 24" LCD) Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano Ano

Podmínka Podmínka Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Podmínka

Dodatečné informace Stránka 5 z 13

analýza jadérek cytotoxicity, apoptózy/nekrózy lokalizace a kolokalizace proteinů s rozlišením oblastí nukleární, perinukleární, v cytoplasmě a na membránách efektivita a dynamika internalizace povrchových struktur efektivity transfekce migrace buněk a analýza pohybu objektů růstu axonů detekce monopolárního vřeténka akumulace mastných kyselin a adipogeneze lokalizace, kvantifikace mitochondrií v buňce Softwarové i hardwarové vybavení umožňující uložit, archivovat a přesunovat data v databázi na serveru Databázový software pro vytváření a zpracování databáze obrazů a metainformací, umožňující zpracování dat na víceprocesorovém serveru (ukládání/správa/analýza) a to včetně všech licencí pro nezbytný podpůrný software Softwarové vybavení pro vytěžování a statistické zpracování dat z databáze experimentů s přímým propojením na software pro obrazovou analýzu umožňující: Hierarchické klastrování a klastrovou analýzu Seskupovací heat-mapy 3D scatter ploty Curve-fitting K-Meany a K-Mediány Tvorbu dendrogramů

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Ano Ano Ano

Podmínka Podmínka Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano Ano Ano Ano

Podmínka Podmínka Podmínka Podmínka Podmínka

Dodatečné informace Stránka 6 z 13

Skriptování např. pomocí VBScript, JavaScript, nebo ActiveX objektů Obousměrné interaktivní propojení výsledků analýz databáze (hodnot v tabulkach, hodnot v bodových grafech) s původním obrazem a objektem v obrazové analýze Možnost vyznačení/zobrazení objektu nebo knihoven objektů v původním obraze zpětně z analyzovaných dat Možnost offline analýzy Multilicence pro min. 3 uživatele k ovládání serveru ze vzdáleného počítače Zaškolení pro obsluhu systému Možnost rozšíření systému o funkční spojeni a synchronizaci s robotizovaným podavačem kultivačního plastu

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Rozměry přístroje (V x Š x H)

Uveďte: rozměry

Hmotnost přístroje

Uveďte: hmotnost

Požadavky na napájení

Uveďte: - napětí [V] - příkon [W]

Informativní položka Informativní položka Informativní položka

Další požadavky V dodávce budou obsaženy Ano přístroje, příslušenství i spotřební materiál (který je součástí dodávky) ve verzi, která je pro daný typ výrobku aktuální (poslední) Předvedení přístroje a ověření Na vyžádání parametrů u objednavatele na vyžádání

Podmínka

Podmínka

Dodatečné informace Stránka 7 z 13

Systém pro snímání živých buněk a analýzu velkého objemu obrazů - High Content Screening (Automatizovaný mikroskop): Popis parametru Dodavatel Výrobce Typ/model Pevnolátkový (polovodičový) zdroj světla pokrývajícím spektrálním rozsah excitací od 400 do 640 nm s délkou provozu min. 10 000 hodin s možností nastavení intenzity světla Automatizovaný měnič kostek s min. 5 filtry pro pozorování DAPI, eGFP, Rhodamine/TRITC, TxRed, Cy5 Možnost výměny objektivů a kostek s filtry uživatelem Vybavení pro skenování preparátů v procházejícím světle i s fázovým kontrastem Kondenzor pro pozorování preparátů v procházejícím světle s fázovým kontrastem Systém umožňuje rozšíření o další objektivy v rozsahu zvětšení 1x až 100x Objektivy planfluoritové, nebo planapochromátové či lepší s definovanými nebo vyššími hodnotami pro NA a WD: o 10x NA ≥ 0,3 o 20x NA ≥ 0,45, WD > 6 mm o 40x NA ≥ 0,6, WD > 2 mm

Zadavatelem požadovaná Uchazečem nabízená hodnota hodnota x x x Ano Uveďte: dobu provozu (min. 10 000 hodin) - spektrální rozsah excitací min. od 400 do 640 nm

Závaznost

Ano Uveďte: počet filtrů (min. 5 filtrů pro pozorování DAPI, eGFP, Rhodamine/TRITC, TxRed, Cy5.) Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Uveďte: rozsah zvětšení (min. 1x-100x) Ano - uveďte parametry objektivů: o 10x NA ≥ 0,3 o 20x NA ≥ 0,45, WD > 6 mm 40x NA ≥ 0,6, WD > 2 mm

Podmínka

Podmínka

Podmínka

Podmínka

Dodatečné informace Stránka 8 z 13

Vysoce citlivá digitální kamera s rozlišením alespoň 4,5 MPix, velikostí chipu 6,45um, rychlostí záznamu alespoň 100 snímků za sekundu, 16 bitovým A/D převodníkem signálu, dynamickým rozsahem alespoň 1:20 000, nízkou hladinou šumu alespoň 1.4 elektronu/pixel

Systém vybavený držákem pro formát vícejamkových destiček v rozsahu 6-1536 jamek, umožňující provádět analýzu přímo z těchto destiček Systém vybavený držákem pro standartní mikroskopická skla (umožní vložení 1-3 skel současně), umožňující provádět analýzu nativních i fixovaných preparátů přímo na sklech Automatická hardwarová fokusace například pomocí IR laseru udržující nastavenou požadovanou vzdálenost preparátu a objektivu bez ohledu na zaostření objektu Automatická softwarová fokusace pomocí analýzy obrazu na základě optimálního doostření obrazu Udržení optimálních podmínek pro pozorování živých buněk po dobu alespoň 7 dní Automatizované řízení teploty do 40°C s max. odchylkou

Ano Uveďte: - rozlišení (min. 4,5 MPx, 6,45 μm) - rychlostí záznamu alespoň 100 snímků za sekundu, - alespon 16 bitový A/D převodník signálu, - dynamickým rozsahem alespoň 1:20 000, - hladinou šumu alespoň 1.4 elektronu/pixel Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Uveďte: počet dní (min. 7 dní)

Podmínka

Ano

Podmínka -

Podmínka

nastavení teploty

Dodatečné informace Stránka 9 z 13

±0,5°C Udržování vlhkosti v okolí kultivační misky pro minimalizaci odpařování média v průběhu kultivace Inkubační jednotka s uživatelem nastavitelnou koncentrací CO2 (tj. 0-10 % CO2), nebo alespoň možností připojení předmíchaného CO2 Robotizovaný pipetor umožňující přidávání roztoků a výměnu média v jednotlivých jamkách kultivačních misek o objemech v rozsahu alespoň 3-200 μl, bez nutnosti vyjmutí kultivačního plastu z mikroskopu a přerušení měření. Možnost přidávaní různých roztoků v počtu min. 96. Polohování stolku v osách X, Y, Z s přesností min. 100 nm Pracovní stanice (počítač) (min. požadavky: vícejádrový procesor, 4GB RAM, 1TB HDD, OS Win7, dva monitory 24" LCD) Funkce pro automatické naskenování preparátu s nízkým zvětšením, nalezení objektů zájmu, reskenování objektů s vysokým zvětšením Skenování předvoleného počtu objektů Analýza pohybu objektů v čase 3D dekonvoluce Vícerozměrná (3D) analýza

alespoň do 40°C odchylka ±0,5°C

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Uveďte: přesnost (min. 100 nm) Ano Uveďte: parametry pracovní stanice

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Podmínka

Dodatečné informace Stránka 10 z 13

pohybu objektů Automatizované softwarové moduly umožňující automatizovanou 2D/3D/4D analýzu: počtu, životaschopnosti a morfologie buněk nebo subcelulárních struktur charakterizace kolonií buněk buněčného cyklu a mitózy angiogeneze/formování endoteliální trubice aktivace/inhibice signálních drah a fosforylace proteinů diferenciace buněk granularity v jádře a cytoplazmě, analýza jadérek cytotoxicity, apoptózy/nekrózy lokalizace a kolokalizace proteinů s rozlišením oblastí nukleární, perinukleární, v cytoplasmě a na membránách efektivita a dynamika internalizace povrchových struktur efektivity transfekce migrace buněk a analýza pohybu objektů růstu axonů detekce monopolárního vřeténka akumulace mastných kyselin a adipogeneze lokalizace, kvantifikace mitochondrií v buňce Softwarové i hardwarové vybavení umožňující uložit, archivovat a přesunovat data v databázi na serveru

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Ano Ano

Podmínka Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Dodatečné informace Stránka 11 z 13

Databázový software pro vytváření a zpracování databáze obrazů a metainformací, umožňující zpracování dat na víceprocesorovém serveru (ukládání/správa/analýza) a to včetně všech licencí pro nezbytný podpůrný software Softwarové vybavení pro vytěžování a statistické zpracování dat z databáze experimentů s přímým propojením na software pro obrazovou analýzu umožňující: Hierarchické klastrování a klastrovou analýzu Seskupovací heat-mapy 3D scatter ploty Curve-fitting K-Meany a K-Mediány Tvorbu dendrogramů Skriptování např. pomocí VBScript, JavaScript, nebo ActiveX objektů Obousměrné interaktivní propojení výsledků analýz databáze (hodnot v tabulkach, hodnot v bodových grafech) s původním obrazem a objektem v obrazové analýze Možnost vyznačení/zobrazení objektu nebo knihoven objektů v původním obraze zpětně z analyzovaných dat Možnost offline analýzy Multi-licence pro min. 3 uživatele k ovládání serveru ze vzdáleného počítače Možnost rozšíření systému o funkční spojení a

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano Ano Ano Ano Ano

Podmínka Podmínka Podmínka Podmínka Podmínka Podmínka

Ano

Podmínka

Ano

Podmínka

Ano Ano Uveďte: počet uživatelů (min. 3) Ano

Podmínka Podmínka Podmínka

Dodatečné informace Stránka 12 z 13

synchronizaci s robotizovaným podavačem kultivačního plastu Rozměry přístroje (V x Š x H) Hmotnost přístroje Požadavky na napájení

Uveďte: rozměry Uveďte: hmotnost Uveďte: požadované napětí (V) a příkon (W)

Další požadavky V dodávce budou obsaženy Ano přístroje, příslušenství i spotřební materiál (který je součástí dodávky) ve verzi, která je pro daný typ výrobku aktuální (poslední) Předvedení přístroje a ověření Na vyžádání parametrů u objednavatele na vyžádání

Informativní položka Informativní položka Informativní položka

Podmínka

Podmínka

Datum: ………………….. Jméno, příjmení a funkce osoby oprávněné za dodavatele jednat: …………………………………… Podpis osoby oprávněné za dodavatele jednat: ……………………………………

Dodatečné informace Stránka 13 z 13