STUDI TENTANG GENETIKA POPULASI IKAN TUNA MATA BESAR (Thunnus obesus) HASIL TANGKAPAN TUNA LONGLINE YANG DIDARATKAN DI BENOA
BUDI NUGRAHA
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2009
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN SUMBER INFORMASI Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis ”Studi Tentang Genetika Populasi Ikan Tuna Mata Besar (Thunnus obesus) Hasil Tangkapan Tuna Longline yang Didaratkan di Benoa” adalah karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Bogor, Agustus 2009 Budi Nugraha NRP C451070071
ABSTRACT BUDI NUGRAHA. Study of Population Genetic of Bigeye Tuna (Thunnus Obesus) Caught by Tuna Longline Landed at Benoa. Under direction of MULYONO S. BASKORO, ANWAR BEY PANE, and ESTU NUGROHO. Bigeye tuna (Thunnus obesus) is one of Family Scombridae and one of tuna export commodity in Indonesia beside yellowfin tuna (T. albacares) and southern bluefin tuna (T. maccoyii). The utilization of tuna resource, especially bigeye tuna in Indian Ocean from year to year tended to increase, therefore the tuna resources in this ocean have indicated over fishing. It is needed a correctly management concept. This concept will be executed effective if made available by data about population condition of bigeye tuna with the accurate and clear definition. One of the methods can be applied to determine the population condition of fish and structure genetics with the high accuration storey by polymorphism DNA; and mitochondria DNA (mtDNA) which are trusted very relevant to the study. Method of diversity genetics measurement for genotype can be conducted with the DNA analysis. Study on population genetic of bigeye tuna from Indian Ocean in Indonesia have never been done. This is important study topic of genetics population of bigeye tuna caught by tuna longline landed in Benoa. The objectives of this study are to obtain information on genetics diversity among population and population structure of bigeye tuna in Indian Ocean of southern Java and Nusa Tenggara. Data of composite haplotype analyses to get the genetics parameter, population structure and relationship of phylogenetic between populations: level of genetics diversity is measured by haplotype diversity index; population relationship determined by genetics distance parameter; degree of difference of molecular haplotype among population is calculated by using Analysis of Molecular Varian (AMOVA) and Fst test; relationship of phylogenetic among population depicted in the form of dendrogram through the clustering assess the genetics distance according to average thread method. Calculation conducted constructively using software TFPGA (Tools for Population Genetics Analysis). The results showed that the value of haplotype diversity from bigeye tuna population have variation between 0,5578-0,8136. The value of haplotype diversity was relatively high, indicated that the condition of bigeye tuna population was undisturbed. The average of genetic distance among sample group was 0,2572. Distance of closest genetic was between sample group 2 and 5. The sample groups were divided become two population groups, the first group was bigeye tuna from sample group 2, 5 and 1, and the second group was from sample group 3 and 4. Keywords: population genetic, bigeye tuna, tuna longline, Indian Ocean.
RINGKASAN BUDI NUGRAHA. Studi Tentang Genetika Populasi Ikan Tuna Mata Besar (Thunnus Obesus) Hasil Tangkapan Tuna Longline yang Didaratkan di Benoa. Dibimbing oleh MULYONO S. BASKORO, ANWAR BEY PANE, dan ESTU NUGROHO. Tuna mata besar atau bigeye tuna (Thunnus obesus) merupakan salah satu komoditi ekspor perikanan tuna yang paling utama di Indonesia selain tuna sirip kuning (T. albacares) dan tuna sirip biru selatan (T. maccoyii). Seiring dengan meningkatnya permintaan pasar dari tahun ke tahun, maka semakin tinggi pula eksploitasi terhadap jenis tuna mata besar, sehingga di perairan Samudera Hindia, sudah terindikasi lebih tangkap atau mendekati titik jenuh. Oleh karena itu diperlukan suatu konsep manajemen yang tepat, dalam jangka panjang dapat menjamin hasil tangkapan yang menguntungkan tetapi kelestarian sumber daya tetap terjaga. Konsep ini akan terlaksana efektif apabila tersedia data tentang kondisi populasi tuna mata besar dengan definisi yang jelas dan akurat. Salah satu metode yang dapat diterapkan untuk menentukan kondisi populasi ikan dan struktur genetiknya dengan tingkat akurasi yang tinggi adalah didasarkan pada polimorfisme DNA; dan DNA mitokondria dipercaya sangat relevan bagi studi tersebut. Penelitian genetika populasi ikan tuna mata besar di Indonesia dari perairan Samudera Hindia sebelah selatan Jawa dan Nusa Tenggara belum pernah dilakukan. Hal di atas, kiranya yang mendasari perlunya diadakan penelitian mengenai genetika populasi ikan tuna mata besar hasil tangkapan tuna longline yang didaratkan di Benoa. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keragaman genetik dan struktur populasi ikan tuna mata besar dari perairan Samudera Hindia sebelah selatan Jawa dan Nusa Tenggara. Hasil amplifikasi D-Loop mtDNA pada ikan tuna mata besar dengan menggunakan primer Pro-5, dan 12SAR menghasilkan fragmen DNA berukuran sekitar 1.500 bp pada semua sampel ikan tuna mata besar. Keragaman jumlah situs dan ukuran fragmen restriksi yang diperoleh dari hasil restriksi mtDNA dengan empat enzim adalah 18 tipe restriksi yaitu Taq I dan Hin6 I dengan empat tipe restriksi A, B, C dan D, Afa I dan Mbo I dengan lima tipe restriksi A, B, C, D dan E. Berdasarkan tipe restriksi mtDNA tersebut, enzim Afa I dan Mbo I dengan lima tipe restriksi merupakan enzim yang paling sensitif mendeteksi perbedaan panjang fragmen terpotong dibandingkan enzim Taq I dan Hin6 I. Analisis komposit haplotipe menghasilkan 23 komposit haplotipe pada seluruh kelompok sampel. Jumlah terendah yang diamati adalah pada kelompok sampel 5 (7 komposit haplotipe), sedangkan jumlah tertinggi terdapat pada kelompok sampel 1 (12 komposit haplotipe). Nilai keragaman haplotipe bervariasi antara 0,5578 (kelompok sampel 5) hingga 0,8136 (kelompok sampel 4). Komposit haplotipe BBAB tertinggi ditemukan pada kelompok sampel 5 (65%), selanjutnya berurutan adalah kelompok sampel 2 (54%), kelompok sampel 1 (50%) dan kelompok sampel 4 (30%), dan komposit haplotipe ABAB (43%) pada kelompok sampel 3. Berdasarkan uji perbandingan nilai Fst antar kelompok sampel dengan menggunakan program TFPGA tercatat bahwa perbedaan terjadi antara kelompok
sampel 1 dengan kelompok sampel 3 dan 4, kelompok sampel 2 dengan kelompok sampel 3 dan 4, kelompok sampel 3 dengan kelompok sampel 4 dan 5 serta kelompok sampel 4 dengan kelompok sampel 5. Tidak ada perbedaan yang nyata antara kelompok sampel 1 dengan 2 dan 5 serta kelompok sampel 2 dengan kelompok sampel 5. Jarak genetik rata-rata antara kelompok sampel ikan tuna mata besar adalah sekitar 0,2572. Ikan tuna mata besar dari kelompok sampel 1 memiliki jarak genetik yang jauh dengan kelompok sampel 3, tetapi memiliki jarak genetik yang dekat dengan kelompok sampel 2 dan 5. Kelompok sampel 2 memiliki jarak genetik yang jauh dengan kelompok sampel 3, tetapi memiliki jarak genetik yang dekat dengan kelompok sampel 5. Kelompok sampel 3 memiliki jarak genetik yang jauh dengan kelompok sampel 5, tetapi memiliki jarak genetik yang dekat dengan kelompok sampel 4. Dari semua kelompok sampel, ikan tuna mata besar dari kelompok sampel 3 dan 5 memiliki jarak genetik terjauh dengan nilai 0,6621, sedangkan jarak genetik terdekat adalah antara kelompok sampel 2 dan 5 yaitu sebesar 0,0383. Nilai jarak genetik yang rendah antara kelompok sampel 1 dan 2, 1 dan 5, dan 2 dan 5 menunjukkan kedekatan kelompok sampel-kelompok sampel tersebut. Dendrogram yang dibentuk berdasarkan jarak genetik menunjukkan bahwa kelompok sampel ikan tuna mata besar yang diamati dapat dibagi menjadi dua kelompok, yaitu kelompok pertama terdiri dari ikan tuna mata besar yang berasal dari kelompok sampel 2, 5 dan 1, sedangkan kelompok kedua yang berasal dari kelompok sampel 3 dan 4. Analisis terhadap kelima kelompok sampel ikan tuna mata besar di Samudera Hindia menunjukkan bahwa keragaman genetik yang dimiliki relatif tinggi, namun pada kelompok sampel 5 mempunyai keragaman genetik yang rendah. Rendahnya keragaman genetik pada kelompok sampel 5 diduga karena daerah penangkapannya terletak di perairan ZEE Indonesia, dimana daerah tersebut sudah terindikasi lebih tangkap. Berdasarkan temuan tersebut di atas, manajemen perikanan tuna yang dapat dilakukan sebaiknya mencakup tujuan jangka pendek (terkait dengan penangkapan berlebih) dan tujuan jangka panjang dalam program konservasi, sehingga kelangsungan sumber daya dengan hasil tangkapan yang optimal dapat tercapai. Beberapa hal yang perlu dilakukan agar kedua tujuan tersebut dapat tercapai diantaranya adalah dengan menjadikan daerah penangkapan di perairan ZEE Indonesia sebagai daerah tertutup bagi penangkapan untuk sementara waktu tertentu, membatasi produksi (kuota) atau jumlah tangkapan yang diperbolehkan, membatasi upaya penangkapan dengan tidak menambah izin dan sekaligus mengurangi jumlah kapal penangkap ikan di perairan tersebut, pengawasan terhadap kapal-kapal tuna longline yang melakukan IUU fishing di perairan ZEE Indonesia, dan melakukan kerjasama dengan organisasi pengelolaan perikanan regional khususnya perikanan tuna di Samudera Hindia yaitu IOTC agar Indonesia dapat berperan lebih aktif dalam mengelola perikanan tuna di Samudera Hindia. Kata kunci: genetika populasi, ikan tuna mata besar, tuna longline, Samudera Hindia.
© Hak Cipta milik IPB, tahun 2009 Hak Cipta dilindungi Undang-Undang Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
STUDI TENTANG GENETIKA POPULASI IKAN TUNA MATA BESAR (Thunnus obesus) HASIL TANGKAPAN TUNA LONGLINE YANG DIDARATKAN DI BENOA
BUDI NUGRAHA
Tesis sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada Mayor Teknologi Perikanan Tangkap
SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2009
Judul Tesis
Nama Lengkap NRP
: Studi Tentang Genetika Populasi Ikan Tuna Mata Besar (Thunnus obesus) Hasil Tangkapan Tuna Longline yang Didaratkan di Benoa : Budi Nugraha : C451070071
Disetujui Komisi Pembimbing
Prof. Dr. Ir. Mulyono S. Baskoro, M.Sc. Ketua
Dr. Ir. Anwar Bey Pane, DEA. Anggota
Dr. Ir. Estu Nugroho, M.Sc. Anggota
Diketahui Koordinator Mayor Teknologi Perikanan Tangkap
Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr. Ir. M. Fedi A. Sondita, M.Sc.
Prof. Dr. Ir. Khairil A. Notodiputro, M.S.
Tanggal Ujian: 20 Agustus 2009
Tanggal Lulus:
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr. Ir. Sudarto, M.Sc.
PRAKATA Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karuniaNya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan sejak bulan Juli 2008 ini ialah genetika populasi, dengan judul “Studi Tentang Genetika Populasi Ikan Tuna Mata Besar (Thunnus Obesus) Hasil Tangkapan Tuna Longline yang Didaratkan di Benoa”. Terima kasih yang sebesar-besarnya penulis sampaikan kepada: 1. Prof. Dr. Ir. Mulyono S. Baskoro, M.Sc., Dr. Ir. Anwar Bey Pane, DEA. dan Dr. Ir. Estu Nugroho, M.Sc. selaku Komisi Pembimbing, yang telah membimbing dan mengarahkan penelitian ini. 2. Kepala Pusat Riset Perikanan Tangkap dan Kepala Balai Riset Perikanan Laut, atas perkenannya untuk tugas belajar dan kesempatan mendapatkan biaya pendidikan. 3. Dr. Ir. M. Fedi A. Sondita, M.Sc. selaku Ketua Koordinator Mayor Teknologi Perikanan Tangkap, atas bimbingan, arahan, dorongan semangat dan bantuannya selama penulis belajar di Mayor Teknologi Perikanan Tangkap. 4. Iskandariah, S.Pi. dari Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar Bogor yang telah membantu melakukan analisis di laboratorium. 5. Teman-teman angkatan 2007 yang telah memberi dorongan dan semangat selama perkuliahan. 6. Istri dan anak-anak tercinta, atas dorongan semangat, kesabaran serta doa yang tulus. 7. Ayah dan ibu, atas segala doa dan kasih sayangnya. 8. Semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu, yang telah memberi dukungan selama tugas belajar. Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Agustus 2009
Budi Nugraha
RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Jakarta pada tanggal 21 Maret 1973 dari Ayah Pepen Suparna dan Ibu Enok Rohaeni. Penulis merupakan putra pertama dari tiga bersaudara. Telah dikaruniai seorang putra, Luthfi Dirsya Nugraha dan seorang putri, Khairani Lathifah Nugraha, buah pernikahan dengan Linda Rakhmawati. Pendidikan sarjana ditempuh pada tahun 1992 pada Jurusan Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan, Fakultas Perikanan, Institut Pertanian Bogor dan lulus pada tahun 1996. Pada tahun 2003 mulai bekerja sebagai staf peneliti pada Balai Riset Perikanan Laut Jakarta. Pada tahun 2007 mendapat kesempatan mengikuti program pendidikan Pascasarjana di Institut Pertanian Bogor pada Mayor Teknologi Perikanan Tangkap, melalui program pendidikan Badan Riset Kelautan dan Perikanan Departemen Kelautan dan Perikanan, yang dibiayai oleh dana APBN. Pelatihan jangka pendek yang pernah diikuti adalah Shipboard Training on Appropriate Fishing Technology for Harvesting of Under-Exploited Resources (Tuna Fishing Technology) (SEAFDEC, Phuket, 2004), Observer Training Program (CSIRO, Benoa, 2005) dan Pendidikan dan Pelatihan Fungsional (LIPI, Depok, 2006); disamping kerjasama penelitian: Capacity Development to Monitor, Analyse and Report on Indonesian Tuna Fisheries (ACIAR Project, 2005-2006) dan West Sumatera Tuna Tagging Project (IOTC, 2006 dan 2007).
xi
DAFTAR ISI Halaman DAFTAR TABEL ............................................................................................. xiii DAFTAR GAMBAR ........................................................................................ xiv DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... xv DAFTAR ISTILAH .......................................................................................... xvi 1 PENDAHULUAN ....................................................................................... 1.1 Latar Belakang ...................................................................................... 1.2 Perumusan Masalah ............................................................................ 1.3 Tujuan Penelitian ................................................................................ 1.4 Manfaat Penelitian .............................................................................. 1.5 Hipotesis .............................................................................................. 1.6 Kerangka Pemikiran ............................................................................
1 1 4 5 5 5 5
2 TINJAUAN PUSTAKA .............................................................................. 2.1 Biologi Ikan Tuna Mata Besar ............................................................ 2.2 Hasil Tangkapan Ikan Tuna Mata Besar Didaratkan di Benoa ............. 2.3 DNA (Deoxyribonucleic Acid) Mitokondria ......................................... 2.4 RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ........................... 2.5 PCR (Polymerase Chain Reaction) ........................................................ 2.6 Keragaman Genetik ............................................................................... 2.7 Pengukuran Jarak Genetik .....................................................................
7 7 9 13 14 15 16 18
3 METODOLOGI ........................................................................................... 3.1 Tempat dan Waktu Penelitian ............................................................... 3.2 Bahan dan Alat ...................................................................................... 3.3 Metode Penelitian .................................................................................. 3.3.1 Penentuan Sampel ....................................................................... 3.3.2 Ekstraksi DNA ............................................................................ 3.3.3 Amplifikasi Daerah mtDNA ....................................................... 3.3.4 Restriksi mtDNA dan Visualisasi Hasil Restriksi ....................... 3.4 Analisis Data .........................................................................................
20 21 21 21 21 22 23 23 24
4 HASIL DAN PEMBAHASAN .................................................................... 4.1 Sampel Ikan Tuna Mata Besar .............................................................. 4.2 Keragaman Genetik Ikan Tuna Mata Besar .......................................... 4.2.1 Amplifikasi dan Pemotongan dengan Enzim Restriksi ................ 4.2.2 Keragaman Haplotipe (Haplotype Diversity) .............................. 4.2.3 Jarak Genetik ............................................................................... 4.3 Struktur Populasi ................................................................................... 4.4 Implikasi Manajemen Perikanan ...........................................................
25 25 27 27 30 33 36 37
xii 5 KESIMPULAN DAN SARAN .................................................................... 42 5.1 Kesimpulan ........................................................................................... 42 5.2 Saran ...................................................................................................... 42 DAFTAR PUSTAKA ....................................................................................... 44 LAMPIRAN ...................................................................................................... 51
xiii
DAFTAR TABEL Halaman 1 Kondisi perikanan tuna periode 1995-2005: berat, hook rate dan CPUE hasil tangkapan tuna didaratkan PT. Perikanan Samodra Besar Benoa Bali .
2
2 Estimasi hasil tangkapan tuna yang didaratkan di Benoa tahun 2000-2003.. 10 3 Produksi tuna segar dan beku kapal tuna longline di Benoa ....................... 10 4 Jumlah dan nilai ekspor tuna dari Benoa tahun 2000-2005 ......................... 11 5 Jumlah kapal tuna longline di Indonesia pada tahun 2000-2003 ................ 11 6 Jumlah kapal tuna longline di Benoa tahun 1997-2005 ................................ 12 7 Daerah penangkapan tuna longline di perairan Indonesia ........................... 13 8 Komposisi sampel ikan tuna mata besar pada setiap kelompok sampel ...... 20 9 Posisi dan ukuran panjang kelompok sampel ikan tuna mata besar ............ 25 10 Distribusi tipe restriksi pada lima kelompok sampel ikan tuna mata besar . 29 11 Distribusi frekuensi menurut komposit haplotipe pada lima kelompok sampel ikan tuna mata besar ........................................................................ 31 12 Keragaman lima kelompok sampel ikan tuna mata besar berdasarkan metode jarak berpasangan (Fst) ................................................................... 34 13 Jarak genetik antara ikan tuna mata besar .................................................... 34
xiv
DAFTAR GAMBAR Halaman 1 Kerangka pemikiran penelitian genetika populasi ikan tuna mata besar .....
6
2 Ikan tuna mata besar (Thunnus obesus) .......................................................
8
3 Peta penyebaran ikan tuna mata besar di dunia ...........................................
9
4 Lokasi pengambilan sampel ikan tuna mata besar ....................................... 20 5 Pemotongan sirip ekor untuk sampel genetik .............................................. 22 6 Sebaran ukuran panjang ikan sampel tuna mata besar ................................. 26 7 Fragmen tunggal mtDNA hasil amplifikasi PCR ikan tuna mata besar ....... 27 8 Tipe restriksi dengan enzim Taq I: A B C D ............................................... 28 9 Tipe restriksi dengan enzim Hin6 I: A B C D .............................................. 28 10 Tipe restriksi dengan enzim Afa I: A B C D E ............................................ 28 11 Tipe restriksi dengan enzim Mbo I: A B C D E ........................................... 29 12 Dendrogram hubungan kekerabatan (filogeni) lima kelompok sampel ikan tuna mata besar ..................................................................................... 35 13 Struktur populasi ikan tuna mata besar di perairan Samudera Hindia sebelah selatan Jawa dan Nusa Tenggara berdasarkan jarak genetik ........... 36
xv
DAFTAR LAMPIRAN Halaman 1 Analisis deskriptif pada lima kelompok sampel ikan tuna mata besar ........ 51 2 Analisis jarak genetik pada lima kelompok sampel ikan tuna mata besar ... 56 3 Analisis keragaman lima kelompok sampel ikan tuna mata besar ............... 57 4 Distribusi haplotipe pada kelima kelompok sampel ikan tuna mata besar .. 58
xvi
DAFTAR ISTILAH Amplifikasi acak polimorfisme DNA atau Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD)
: Merupakan satu jenis penanda molekular yang banyak dipakai dalam penelitian dan diagnostik biologi molekular.
Asam deoksiribonukleat atau Deoxyribonucleic Acid (DNA)
: Sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme.
Daerah penangkapan atau fishing ground
: Suatu daerah perairan tempat ikan berkumpul dimana penangkapan ikan telah dilakukan.
Elektroforesis
: Merupakan suatu teknik pemisahan senyawa yang bermuatan dengan meletakkannya pada suatu medan listrik.
Endonuklease
: Enzim yang memotong ikatan fosfodiester di dalam molekul asam nukleat.
Enzim
: Suatu protein pengkatalis reaksi kimia tertentu.
Enzim restriksi
: Enzim yang dihasilkan oleh bakteri pembelah molekul DNA asing pada situs rekognisi oligonukleotida tertentu. Enzim restriksi digunakan secara luas dalam teknologi DNA rekombinan.
Fenotif atau fenotipe
: Sifat yang tampak dalam makhluk hidup.
Fitness
: Ukuran kemampuan makhluk hidup untuk bertahan terhadap kondisi lingkungan. Semakin besar fitness semakin mampu bertahan. Fitness dalam genetik dinyatakan dalam keragaman genetik.
Genetika
: Ilmu yang mempelajari sifat-sifat keturunan (hereditas) serta segala seluk beluknya secara ilmiah.
Genetika populasi
: Cabang genetika yang membahas transmisi bahan genetik pada ranah populasi. Dari objek bahasannya, genetika populasi dapat dikelompokkan sebagai cabang genetika yang berfokus pada pewarisan genetik.
xvii Hasil tangkapan per satuan unit upaya (catch per unit effort-CPUE)
: Jumlah hasil tangkapan yang diambil per unit alat tangkap.
Jumlah tangkapan yang diperbolehkan
: Jumlah maksimum sumber daya ikan yang boleh ditangkap di wilayah pengelolaan perikanan Republik Indonesia dengan memperhatikan kelestarian sumber daya ikan.
Keragaman genetik
: Merupakan variasi genetik di dalam setiap spesies yang mencakup aspek biokimia, struktur, dan sifat organisme yang diturunkan secara fisik dari induknya dan dibentuk dari DNA.
Komisi Tuna Samudera Hindia atau Indian Ocean Tuna Commission (IOTC)
: Merupakan salah satu organisasi perikanan regional di bawah naungan FAO PBB dengan area kewenangan mencakup keseluruhan Samudera Hindia dan bagian utara Laut Antartika.
Mitokondria DNA (mtDNA)
: Merupakan rantai DNA yang terletak di bagian sel yang bernama mitokondria.
Monomorfik
: Keadaan suatu lokus dengan alel yang paling umum dijumpai mencapai frekuensi lebih dari 0,95 sehingga lokus tersebut seakan-akan hanya mempunyai sebuah alel.
Pasangan basa atau base pairs (bp)
: Dua nukleotida dalam RNA atau DNA yang saling komplementer yang terhubung oleh ikatan hidrogen.
Pengelolaan perikanan
: Semua upaya, termasuk proses yang terintegrasi dalam pengumpulan informasi, analisis, perencanaan, konsultasi, pembuatan keputusan, alokasi sumber daya ikan, dan implementasi serta penegakan hukum dari peraturan perundangundangan di bidang perikanan, yang dilakukan oleh pemerintah atau otoritas lain yang diarahkan untuk mencapai kelangsungan produktivitas sumber daya hayati perairan dan tujuan yang telah disepakati.
Perikanan
: Semua kegiatan yang berhubungan dengan pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya ikan dan lingkungannya mulai dari praproduksi, produksi, pengolahan sampai dengan pemasaran, yang dilaksanakan dalam suatu sistem bisnis perikanan .
xviii Polimorfisme Panjang Berkas Restriksi atau Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
: Merupakan penanda molekul yang pertama kali ditemukan dan digunakan. Penggunaannya dimungkinkan semenjak orang menemukan enzim endonuklease restriksi (RE), suatu kelas enzim yang mampu mengenal dan memotong seurutan pendek basa DNA (biasanya 4-6 urutan basa).
Populasi
: Sekumpulan makhluk hidup sejenis yang menempati tempat yang sama dalam waktu yang sama.
Rawai tuna atau tuna longline
: Rawai yang khusus untuk menangkap ikan-ikan tuna. Alat tangkap ini merupakan pengembangan teknik pada perikanan pancing (line fishing) dimana satu unitnya terdiri atas pelampung (float) dan tali pelampung (float line), tali utama (main line) dengan sejumlah tali cabang yang berpancing (branch line).
Reaksi berantai polimerase atau Polymerase Chain Reaction (PCR)
: Merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme.
Struktur populasi
: Pengelompokkan hewan dalam sebuah populasi yang didasarkan atas jenis kelamin, umur dan lain-lain.
Wilayah Pengelolaan Perikanan Republik Indonesia (WPP-RI)
: Perairan Indonesia, Zona Ekonomi Eksklusif Indonesia, dan sungai, danau, waduk, rawa, dan genangan air lainnya yang dapat diusahakan serta lahan pembudidayaan ikan yang potensial di wilayah RI.
Zona ekonomi eksklusif Indonesia (ZEEI)
: Jalur di luar dan berbatasan dengan laut teritorial Indonesia sebagaimana ditetapkan berdasarkan undang-undang yang berlaku tentang perairan Indonesia yang meliputi dasar laut, tanah di bawahnya, dan air di atasnya dengan batas terluar 200 (dua ratus) mil laut yang diukur dari garis pangkal laut teritorial Indonesia.
