Z´apoˇctov´a u´loha z pˇredmˇetu KIV/ZSWI
ˇ ´ PR ˇ´IRUCKA ˇ UZIVATELSK A
7. dubna 2013
T´ ym:
Praskolesy Fairytale Team
ˇ Clenov´ e: Michal Kacerovsk´y David Hrb´aˇcek Ondˇrej Kupil´ık Marek Naggy
[email protected] [email protected] [email protected] [email protected]
EEGOrganizer
ˇ ´ PR ˇ´IRUCKA ˇ UZIVATELSK A
verze 1.0
Historie dokumentu Datum 20. dubna 2013
Verze 1.0
Pozn´amka 1. verze dokumentu
Autor Michal Kacerovsk´y
Obsah ´ 1 Uvod 1.1 O aplikaci EEGorganizer . 1.2 Technick´e poˇzadavky . . 1.3 Prvn´ı spuˇstˇen´ı . . . . . . 1.4 Sezn´amen´ı s prostˇred´ım
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
. . . .
4 4 4 4 4
2 Nastaven´ı aplikace
5
3 Karta Organizovat 3.1 Postup pˇri zpracov´an´ı nov´ych mˇeˇren´ı . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6 6
4 Karta Proch´azet
7
A Slovn´ıˇ cek
9
B Konvence jmen soubor˚ u
9
´ Uvod
1 1.1
O aplikaci EEGorganizer
Aplikace EEGorganizer slouˇz´ı k hromadn´emu pˇrejmenov´an´ı soubor˚ u mˇeˇren´ı EEG myˇsi podle dan´ych konvenc´ı a jejich n´asledn´emu zaˇrazen´ı do pˇredpˇripraven´e adres´aˇrov´e struktury. Program tak´e umoˇzn ˇ uje prohl´ıˇzen´ı takto organizovan´ych z´aznam˚ u. Mimo jin´e m´a uˇzivatel k dispozici z´akladn´ı nastaven´ı pro personalizaci aplikace.
1.2
Technick´ e poˇ zadavky
EEGorganizer vyˇzaduje ke sv´emu spuˇstˇen´ı bˇehov´e prostˇred´ı JRE 1.7. Pokud j´ım V´aˇs poˇc´ıtaˇc nedisponuje, nainstalujte jej1 , neˇz se pokus´ıte aplikaci spustit. JRE 1.7 vyˇzaduje minim´alnˇe procesor Pentium 2 266 MHz, 126 MB (32bit OS) / 181 MB (64bit OS) voln´eho diskov´eho prostoru, 128 MB fyzick´e pamˇeti2 .
1.3
Prvn´ı spuˇ stˇ en´ı
Pokud jste provedli instalaci bˇehov´eho prostˇred´ı spr´avnˇe a ˇz´adn´y jin´y program ve Vaˇsem poˇc´ıtaˇci nen´ı asociov´an s JAR soubory, m˚ uˇzete aplikaci spustit standardn´ım dvojklikem. V jin´em pˇr´ıpadˇe vyuˇzijte spouˇstˇec´ıho souboru spustit.bat. Pozn´ amka Jestliˇze pouˇz´ıv´ate operaˇcn´ı syst´em Windows 7 a pˇri manipulaci se z´aznamy bude potˇreba vyuˇz´ıt disk, na nˇemˇz se nach´azej´ı syst´emov´e sloˇzky, aplikaci bude odepˇren pˇr´ıstup. Abyste tomuto pˇredeˇsli, mus´ıte aplikaci spustit jako spr´avce – v kontextov´e nab´ıdce souboru spustit.bat vyberte moˇznost Spustit jako spr´avce.
1.4
Sezn´ amen´ı s prostˇ red´ım
Aplikace pouˇz´ıv´a dvˇe hlavn´ı karty – Organizovat a Proch´azet. Karta Organizovat slouˇz´ı k naˇcten´ı doposud nezpracovan´ych z´aznam˚ u, urˇcen´ı jejich atribut˚ u pomoc´ı tabulky a n´asledn´emu procesu pˇrejmenov´an´ı a zaˇrazen´ı do adres´aˇrov´e struktury. Karta Proch´azet pak umoˇzn ˇ uje takto organizovan´e z´aznamy znovu zobrazit, filtrovat je podle atribut˚ u nebo prohl´ıˇzet obsahy jejich hlaviˇckov´ych a marker soubor˚ u. Pˇri prvn´ım spuˇstˇen´ı vˇenujte pozornost nastaven´ı aplikace.
1
Instalaˇcn´ı bal´ık lze st´ ahnout na str´ank´ ach v´ yrobce. http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/java-se-jre-7-download-432155.html 2 Ud´av´ ano v´ yrobcem. Podrobnˇejˇs´ı informace na http://docs.oracle.com/javase/7/docs/webnotes/install/windows/windows-system-requirements.html
4
2
Nastaven´ı aplikace
V nastaven´ı aplikace m˚ uˇzete urˇcit, odkud se budou nezpracovan´e z´aznamy standardnˇe naˇc´ıtat, kam se budou kop´ırovat apod. Dialog s tˇemito volbami (obr´azek 1) vyvol´ate tlaˇc´ıtkem Nastaven´ı na kartˇe Organizovat. N´asleduj´ıc´ı v´yˇcet uv´ad´ı struˇcn´y popis nab´ızen´ych moˇznost´ı:
Obr´azek 1: Dialog nastaven´ı aplikace
1. Implicitn´ı zdroj. adres´aˇr – definuje, ze kter´e sloˇzky se m´a aplikace pˇri spuˇstˇen´ı pokusit naˇc´ıtat nezpracov´an´e z´aznamy. M˚ uˇze se jednat napˇr. o cestu k flash disku. Tlaˇc´ıtkem Vybrat... vyvol´ate dialog pro v´ybˇer adres´aˇre. 2. C´ılov´y adres´aˇr z´aznam˚ u – urˇcuje cestu ke koˇrenov´emu adres´aˇri s pˇrejmenovan´ymi z´aznamy. V tomto adres´aˇri budou automaticky vytvoˇreny dvˇe podsloˇzky rozliˇsuj´ıc´ı mˇeˇren´ı vidom´ych a nevidom´ych myˇs´ı. Tlaˇc´ıtkem Vybrat... vyvol´ate dialog pro v´ybˇer adres´aˇre. Tuto poloˇzku je nutn´ e nastavit pro u ´ spˇeˇsn´y proces pˇrejmenov´an´ı a kop´ırov´an´ı! 3. Stav ˇc´ıtaˇce mˇeˇren´ı – umoˇzn ˇ uje manipulovat s ˇc´ıtaˇcem mˇeˇren´ı. D˚ uraznˇe vˇsak doporuˇcujeme s touto volbou nemanipulovat. Zmˇenou ˇc´ıtaˇce (pˇredevˇs´ım na niˇzˇs´ı hodnotu neˇz je aktu´aln´ı) m˚ uˇzete zapˇr´ıˇcinit, ˇze dojde k pˇreps´an´ı st´avaj´ıc´ıch z´aznam˚ u. Pokud hodnotu ˇc´ıtaˇce zmˇen´ıte, aplikace V´as na pˇr´ıpadn´e n´asledky upozorn´ı. 4. po dokonˇcen´ı kop´ırov´an´ı odstranit origin´al – zaˇskrtnˇete tuto volbu, pokud si pˇrejete po dokonˇcen´ı procesu pˇrejmenov´an´ı a kop´ırov´an´ı odstranit p˚ uvodn´ı soubor ze zdrojov´eho adres´aˇre. I kdyˇz nech´ate tuto volbu vypnutou, aplikace bude pˇri dalˇs´ım naˇc´ıt´an´ı nezpracovan´ych z´aznam˚ u sama detekovat, zda nˇekter´e z´aznamy ve zdrojov´e sloˇzce nebyly jiˇz dˇr´ıve zpracov´any a pokud ano, vyˇrad´ı je z tabulky. 5. Uloˇzit zmˇeny – zap´ıˇse proveden´e zmˇeny do konfiguraˇcn´ıho souboru.
5
Pˇri ukl´ad´an´ı nastaven´ı V´am aplikace v z´avislosti na zmˇen´ach m˚ uˇze formou dotazu nab´ıdnout dodateˇcnou funkcionalitu. Pokud jste zmˇenili hodnotu pole Implicitn´ı zdroj. adres´aˇr, budete dot´az´ani, zda chcete ihned naˇc´ıst data z novˇe urˇcen´e sloˇzky. Pokud se tak rozhodnete, mˇejte na pamˇeti, ˇze poloˇzky z novˇe zvolen´eho adres´aˇre nahrad´ı z´aznamy aktu´alnˇe naˇcten´e v tabulce. Jestliˇze jste zmˇenili hodnotu ˇc´ıtaˇce a tuto akci posl´eze potrvdili, program se V´as zept´a, zda ji chcete aplikovat tak´e na poloˇzky aktu´alnˇe naˇcten´e v tabulce. Pokud budete souhlasit, jednotliv´a nezpracovan´a mˇeˇren´ı obdrˇz´ı nov´e ˇc´ıslo, pˇriˇcemˇz ˇc´ıslo mˇeˇren´ı prvn´ı poloˇzky bude odpov´ıdat novˇe nastaven´e hodnotˇe ˇc´ıtaˇce.
Karta Organizovat
3
Prostˇrednictv´ım rozhran´ı t´eto karty (obr´azek 2) m˚ uˇzete naˇc´ıtat do tabulky nezpracovan´e z´aznamy, mˇenit jejich atributy a nakonec je podle konvenc´ı pˇrejmenovat a zkop´ırovat do c´ılov´eho adres´aˇre.
Obr´azek 2: Rozhran´ı karty Organizovat
3.1
Postup pˇ ri zpracov´ an´ı nov´ ych mˇ eˇ ren´ı
• Pokud nebyly pˇri spuˇstˇen´ı aplikace naˇcteny z´aznamy z V´ami poˇzadovan´e sloˇzky, zvolte pomoc´ı tlaˇc´ıtka Vybrat... adres´aˇr, v nˇemˇz maj´ı b´yt vyhled´any z´aznamy (1). • Aplikace ihned prohled´a zvolenou sloˇzku a nalezen´e, doposud nezpracovan´ e z´aznamy zobraz´ı v tabulce. Pomoc´ı tlaˇc´ıtek v´ybˇeru (2) nebo pˇr´ımo zaˇskrt´avac´ımi poli u jednotliv´ych mˇeˇren´ı (4) vyberte z´aznamy, jeˇz chcete zpracovat. 6
Poloˇzky, kter´e byly naˇcteny s chybov´ym stavem (6), nen´ı moˇzn´e oznaˇcit ke zpracov´an´ı, protoˇze by neskonˇcilo u ´ spˇeˇsnˇe. Zobrazeny jsou jen z toho d˚ uvodu, ˇze se jedn´a o z´aznamy mˇeˇren´ı, avˇsak poˇskozen´e ˇci nekompletn´ı. • U oznaˇcen´ych z´aznam˚ u upravte jejich atributy. Dvojklikem nebo stiskem kl´avesy F2 u vybran´ych bunˇek tabulky (5) pˇrepnete do m´odu editace. Kl´avesou Enter nebo kliknut´ım mimo oblast editovan´e buˇ nky pak u ´ pravy ukonˇc´ıte. Sloupec frekvence lze editovat jen tehdy, kdyˇz se jedn´a o mˇeˇren´ı typu SSVEP. • Ve chv´ıli, kdy dokonˇc´ıte u ´ pravy vlastnost´ı mˇeˇren´ı, m˚ uˇzete zah´ajit proces pˇrejmenov´an´ı a kop´ırov´an´ı stiskem Spustit (3). Bˇehem nˇej mohou nastat n´asleduj´ıc´ı probl´emy: – nepodaˇrilo se vytvoˇrit odkazy mezi soubory – Kaˇzd´e mˇeˇren´ı se skl´ad´a z trojice soubor˚ u EEG, VHDR a VMRK, pˇriˇcemˇz soubory VHDR a VMRK obsahuj´ı referenci na zbyl´e prvky t´eto trojice. Pokud se nepodaˇr´ı tyto odkazy zachovat, mohlo by b´yt mˇeˇren´ı nˇekter´ymi aplikacemi (vˇcetnˇe EEGorganizeru) vyhodnoceno jako neplatn´e. K chybˇe doˇslo zˇrejmˇe kv˚ uli nedostateˇcn´ym pˇr´ıstupov´ym pr´av˚ um. – nepodaˇrilo se pˇrejmenovat soubory – Pravdˇepodobnˇe doˇslo k chybˇe ve chv´ıli, kdy se aplikace pokouˇsela zmˇenit jm´ena soubor˚ u. K t´eto akci doch´az´ı jeˇstˇe ve zdrojov´e sloˇzce a vyˇzaduje urˇcit´a pˇr´ıstupov´a pr´ava, jeˇz nejsou napˇr. pro extern´ı disk ˇci disk se syst´emov´ymi soubory v urˇcit´ych pˇr´ıpadech standardnˇe neposkytnuta (viz kapitola 1.3). – nepodaˇrilo se zkop´ırovat soubory – Zˇrejmˇe doˇslo k obdobn´e chybˇe jako ve v´yˇse zm´ınˇen´em bodu s t´ım rozd´ılem, ˇze aplikace nez´ıskala pˇr´ıstupov´a pr´ava k c´ılov´emu adres´aˇri. O tˇechto pˇr´ıpadn´ych pot´ıˇz´ıch budete informov´ani dialogem nebo zmˇenou hodnoty ve sloupci stav. Pokud byl proces u ´ spˇeˇsnˇe dokonˇcen, zmˇen´ı se stav zpracov´avan´ych poloˇzek na dokonˇceno. Soubory nyn´ı nesou nov´y n´azev stanoven´y dle konvenc´ı (viz dodatek B). • Vˇsechny zpracovan´e poloˇzky nyn´ı nen´ı moˇzn´e oznaˇcit ani editovat. Pokud chcete zpracovat dalˇs´ı adres´aˇr se z´aznamy, opakujte postup.
4
Karta Proch´azet
Karta Proch´azet (obr´azek 3, str. 8) umoˇzn ˇ uje zobrazit veˇsker´a zpracovan´a mˇeˇren´ı a filtrovat je podle jejich vlastnost´ı. Obsah tabulky prohl´ıˇzeˇce naˇcte aplikace automaticky ihned po jej´ım spuˇstˇen´ı (pokud nastaven´ı definuje cestu k c´ılov´emu adres´aˇri, viz kapitola 2).
7
Obr´azek 3: Rozhran´ı karty Proch´azet
1. ovl´adac´ı prvky filtru – Aby bylo proch´azen´ı z´aznam˚ u mˇeˇren´ı pohodlnˇejˇs´ı, nab´ız´ı aplikace sadu prvk˚ u pro filtraci. Pˇri zmˇenˇe hodnoty nˇekter´eho pole se ihned ˇr´adky tabulky profiltruj´ı a zobraz´ı se pouze poˇzadovan´e z´aznamy. Pokud chcete filtr zruˇsit, m˚ uˇzete tak snadno uˇcinit stiskem Zobrazit vˇse. 2. Otevˇr´ıt adres´aˇr mˇeˇren´ı – Zobraz´ı obsah c´ılov´e sloˇzky ve v´ychoz´ı aplikaci pro proch´azen´ı syst´emu soubor˚ u. 3. VHDR soubor a VMRK soubor – Karty, kter´e poskytuj´ı n´ahled tˇechto dvou soubor˚ u. 4. tabulka z´aznam˚ u mˇeˇren´ı – Podobnˇe jako tabulka nezpracovan´ych z´aznam˚ u zobrazuje vlastnosti mˇeˇren´ı, jen je nedovoluje editovat.
8
A
Slovn´ıˇ cek • EEG – popˇr. elektroencefalogram je z´aznam zmˇeny elektrick´eho potenci´alu zp˚ usoben´eho mozkovou aktivitou za ˇcasovou jednotku. • VMRK soubor – soubor s popisem konc˚ u a zaˇc´atk˚ u stimul˚ u v namˇeˇren´ych datech. • VHDR soubor – hlaviˇckov´y soubor popisuj´ıc´ı namˇeˇren´a data. • EEG soubor – soubor obsahuj´ıc´ı vlastn´ı namˇeˇren´a data. • JRE (Java Runtime Envinronment) – bˇehov´e prostˇred´ı pro aplikace vytvoˇren´e v jazyce Java.
B
Konvence jmen soubor˚ u
m{barva}{cislo_mysi}-{typ_mereni}{cislo_mereni}[-f{frekvence}] • barva – barva mˇeˇren´e myˇsi – G (ˇsed´a), W (b´ıl´a) • cislo mysi – trojcifern´e ˇc´ıslo mˇeˇren´e myˇsi • typ mereni – typ mˇeˇren´ı – S (SSVEP), V (VEP), K (klidov´e) • cislo mereni – trojcifern´e ˇc´ıslo mˇeˇren´ı • frekvence – pouze u mˇeˇren´ı typu S (SSVEP) – hodnota v Hz
9
