Fehérjék azonosítása során felmerült nehézség szemléltetése

Melléklet

Fehérjék azonosítása során felmerült nehézség szemléltetése

A minták Streptomyces griseus fajból származó fehérjéket tartalmazták. Ugyanakkor a Streptomyces griseus fehérje adatbázisa nem volt elérhető 2008 tavaszáig, és a rendelkezésre álló adatbázisok pedig nagyon hiányosak voltak az adott fajra nézve. A vizsgált mintáknak sem a PMF analízise, sem pedig a MALDI - ion-trap mérése során kapott CID (fragmentációs) spektrumok adatbázisban történő lekeresése sem vezetett találathoz. Ezt követte a CID spektrumok egyenkénti feldolgozása. A közel 20 CID spektrum adatbázisban történő egyenkénti lekeresése során sem kaptam szignifikáns találatot. Ezt követően a CID spektrumok további vizsgálódása történt, amelyek közül csak egy vezetett a fehérje azonosításához (Streptomyces griseus Alpha-amylase precursor (1,4-alpha-D-glucan glucanohydrolase), NCBI#: gi|231547, LOCUS: P30270, MW: 59,7 kDa). Ugyanakkor erre a fehérjére a MALDI-TOF tömegspektrumban detektált jelei közül is csak három illett. A fenti fehérje Streptomyces griseus adatbázisban végzett BLAST lekeresése határozta meg azt a fehérjét (SGR5280 SGR5280 6213493 6215229 putative alpha-amylase (578 aa)), amely a MALDI-TOF tömegspektrumban detektált jelek nagy részét már megmagyarázta (84%).

Mi volt az oka? Nincs megfelelő homológ fehérje abban az adatbázisban, ahol a mérési adatok lekeresése történik/történhet.

Miért is?

Egy példán keresztül szeretném bemutatni:

Az M - 1. MALDI-TOF tömegspektrumban detektált jelek közül mely jeleket magyarázta meg az NCBI adatbázisban található fehérje, illetve ennek a Streptomyces griseus adatbázisban végzett BLAST lekeresése során kapott protein.

1

M-1. spektrum A putative alpha-amylase-t tartalmazó minta MALDI-TOF tömegspektruma.

Az NCBI adatbázisban lévő fehérje a MALDI-TOF tömegspektrumban detektált jelekből hármat magyarázott meg. A tömegeknek megfeleltethető szekvenciák az M - 1. táblázatban láthatók. Ugyanakkor ennek a fehérjének a Streptomyces griseus adatbázisban végzett BLAST lekeresése során meghatározott fehérje a detektált csúcsok 84%-át értelmezte, de a három jelnek megfeleltethető peptid közül csak egy volt egyértelműen megfeleltethető, azaz a két fehérjében teljesen azonos szekvenciájú. Az m/z = 857.4 tömeget az SGR5280 fehérje 2 szakasza is adhatja. Ezt mutatja a következő két táblázat (M - 1. és M - 2. táblázat), ahol a két fehérje által a fenti három tömegnek megfeleltethető szekvenciák láthatóak. Kék színnel jelöltem azokat a tömegeket, amelyekhez tartozó szekvenciák a két fehérjében teljes mértékben eltérnek, vagy pár aminosavban különböznek (de tömegük azonos), piros színnel azokat, amelyekhez tartozó szekvencia a két fehérjében teljes mértékben azonos.

2

NCBI# 231547 m/z (mi)

módosítások

857.4952 1389.6393 1461.6103

start

end

kihagyott hasítóhely

szekvencia

89 288 275

96 299 287

1 0 0

(K)IAGRLGDR(A) (K)SAVFVDNHDTER(G) (K)NFGEDWGYMASGK(S)

M-1. táblázat SGR5280 m/z (mi)

857.3835 857.4952 1389.6393 1461.6103

módosítások

start

end

kihagyott hasítóhely

szekvencia

1Met-ox

365 95 295 282

370 102 306 294

0 1 0 0

(K)CQHAWR(E) (R)IAGRLGDR(A) (K)SAVFVDNHDTER(G) (K)NFGEGWGFMESGK(S)

M-2. táblázat

Az M - 3. és M - 4. táblázatban találhatók azok a tömegek, amelyek ugyan mindkét fehérje triptikus emésztése során keletkezhetnek és detektálhatóak lehetnének, de az adott tömegekhez rendelhető peptidek szekvenciája a két fehérjében kis (pl., m/z = 1461.6 és m/z = 2832.2), vagy teljes mértékben eltér (m/z = 857.4, m/z = 1863.8, m/z = 3178.7583). Piros színnel jelöltem azokat a peptideket, amelyek szekvenciája (a két fehérjére vonatkozólag) teljes mértékben azonos, kék színnel, amelyek szekvenciájában pár aminosav csere történt (de a tömeg az azonos maradt).

m/z (mi) 857.4952 867.4207 1389.6393 1461.6103 1863.0375 2238.0422 2832.2318 3178.5188

módosítások

sta rt 89 300 288 275 187 288 275 231

en d 96 307 299 287 203 307 299 259

NCBI# 231547 kihagyott szekvencia hasítóhely 1 (K)IAGRLGDR(A) 0 (R)GGDTLNYK(N) 0 (K)SAVFVDNHDTER(G) 0 (K)NFGEDWGYMASGK(S) 0 (R)IAAYLNDLLLLGVDGFR(I) 1 (K)SAVFVDNHDTERGGDTLNYK(N) 1 (K)NFGEDWGYMASGKSAVFVDNHDTER(G) 1 (K)QEAIHGAGEAVQPSEYLGTGDVQEFRYAR(D)

M-3. táblázat

3

SGR5280 m/z (mi) 857.3835 857.4952 867.4207 1389.6393 1461.6103 1863.8741 2238.0422 2832.2318 3178.7583

módosítások

start

end

1Met-ox

365 95 307 295 282 365 295 282 5

370 102 314 306 294 379 314 306 40

1Met-ox

kihagyott hasítóhely 0 1 0 0 0 1 1 1 1

szekvencia (K)CQHAWR(E) (R)IAGRLGDR(A) (R)GGDTLNYK(N) (K)SAVFVDNHDTER(G) (K)NFGEGWGFMESGK(S) (K)CQHAWREISSMVGFR(N) (K)SAVFVDNHDTERGGDTLNYK(N) (K)NFGEGWGFMESGKSAVFVDNHDTER(G) (R)SLSAALALVAAAAAALVVPTGFGAAGTARAAAPGDK(D)

M-4. táblázat Az M - 5. és M - 6. táblázatban azt szeretném bemutatni, hogy a kapott homológ fehérje [amelyek BLAST során meghatározott paraméterei: Identities = 455/566 (80%), Positives = 497/566 (87%)] triptikus peptidfragmensei milyen nagymértékben eltérnek. Így amennyiben a mérés során kapott tömeglista felhasználásával történik/ne a fehérje meghatározása (PMF), lehetetlenné válik a fehérje azonosítása abban az esetben, ha olyan adatbázisban történik a lekeresés, amiből hiányzik a megfelelő homológ fehérje. Azaz olyan fehérjét sem tudunk meghatározni, amit esetleg BLAST lekeresésre küldhetnénk a Streptomyces griseus adatbázisban.

m/z (mi) 857.4952 867.4207 877.489 989.4799 1011.4894 1067.4752 1159.6146 1167.6191 1183.614 1207.6358 1210.6215 1275.582 1291.5769 1312.7008 1366.7511 1382.746 1389.6393 1431.6975 1461.6103 1468.8019 1471.8308 1477.6053 1514.771 1519.8155 1665.8993 1681.8942

módosítások

1Met-ox

1Met-ox

1Met-ox

1Met-ox

1Met-ox

start

end

89 300 93 540 222 154 507 209 209 35 220 101 101 264 209 209 288 535 275 263 504 275 399 517 204 204

96 307 100 548 230 162 516 219 219 44 230 112 112 274 221 221 299 548 287 274 516 287 412 530 219 219

NCBI# 231547 kihagyott hasítóhely 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 1 1 0 0 0 1 1

4

szekvencia (K)IAGRLGDR(A) (R)GGDTLNYK(N) (R)LGDRAAFK(S) (K)AVWESGANR(T) (K)VGNGSTYWK(Q) (R)SEINDYGNR(A) (K)LDPAAYPVWK(L) (K)HMPAADLTAIK(A) (K)HMPAADLTAIK(A) (K)DVTAVLFEWK(F) (K)AKVGNGSTYWK(Q) (K)SMVDTCHAAGVK(V) (K)SMVDTCHAAGVK(V) (R)VFQNENLAHLK(N) (K)HMPAADLTAIKAK(V) (K)HMPAADLTAIKAK(V) (K)SAVFVDNHDTER(G) (K)DAAGKAVWESGANR(T) (K)NFGEDWGYMASGK(S) (K)RVFQNENLAHLK(N) (R)ALKLDPAAYPVWK(L) (K)NFGEDWGYMASGK(S) (K)AYVAINHEGSALNR(T) (K)LDVPLAAGTPFQYK(Y) (R)IDAAKHMPAADLTAIK(A) (R)IDAAKHMPAADLTAIK(A)

1692.8196 1708.8145 1770.8414 1777.9079 1786.8363 1814.9144 1834.9294 1838.9799 1863.0375 1899.8654 1920.7527 1936.7476 1952.064 2134.1655 2238.0422 2361.3177 2378.1405 2394.1354 2433.1715 2491.1385 2532.3053

97 97 358 549 358 396 549 35 187 413 138 138 517 185 288 187 113 113 163 373 431

112 112 372 565 372 412 566 50 203 430 153 153 533 203 307 208 137 137 184 395 457

1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0

2629.4923

5

34

0

2660.4123 2704.2995 2748.37 2755.2933 2771.2882 2771.2907

507 163 540 264 264 231

530 186 565 287 287 256

1 1 1 1 1 0

2785.5934

4

34

1

2788.3173 2791.2819 2832.2318 2848.2267 2969.2101 2985.205

1Met-ox

231 373 275 275 138 138

256 398 299 299 162 162

0 1 1 1 1 1

pyroGlu

231

259

1

3178.5188

231

259

1

3395.6186

399

430

1

3481.6289

154

184

1

3634.7047

101

137

1

3161.4923

1Met-ox

1Met-ox

1Met-ox

1Met-ox

1Met-ox pyroGlu

1Met-ox

3650.6996

1Met-ox

101

137

1

3666.6945

2Met-ox

101

137

1

3780.7889

222

256

1

3818.1102

5

44

1

(R)AAFKSMVDTCHAAGVK(V) (R)AAFKSMVDTCHAAGVK(V) (K)CQHAWPELSSMVGLR(N) (R)TATVGTTGALTLNDTWR(G) (K)CQHAWPELSSMVGLR(N) (R)GDKAYVAINHEGSALNR(T) (R)TATVGTTGALTLNDTWRG(-) (K)DVTAVLFEWKFASVAR(A) (R)IAAYLNDLLLLGVDGFR(I) (R)TFQSGLPGGAYCDVQSGR(S) (K)YDYPGIWSGADMDDCR(S) (K)YDYPGIWSGADMDDCR(S) (K)LDVPLAAGTPFQYKYLR(K) (R)DRIAAYLNDLLLLGVDGFR(I) (K)SAVFVDNHDTERGGDTLNYK(N) (R)IAAYLNDLLLLGVDGFRIDAAK(H) (K)VVADSVINHMAAGSGTGTGGSAYQK(Y) (K)VVADSVINHMAAGSGTGTGGSAYQK(Y) (R)ANVQNCELVGLADLDTGEPYVR(D) (R)NTASGQPVTNWWDNGGDQIAFGR(G) (R)SVTVGSDGTFTATVAAGTALALHTGAR(T) (R)LATASLAVLAAAATALTAPTPAAAAPPGA K(D) (K)LDPAAYPVWKLDVPLAAGTPFQYK(Y) (R)ANVQNCELVGLADLDTGEPYVRDR(I) (K)AVWESGANRTATVGTTGALTLNDTWR(G) (R)VFQNENLAHLKNFGEDWGYMASGK(S) (R)VFQNENLAHLKNFGEDWGYMASGK(S) (K)QEAIHGAGEAVQPSEYLGTGDVQEFR(Y) (R)RLATASLAVLAAAATALTAPTPAAAAPPG AK(D) (K)QEAIHGAGEAVQPSEYLGTGDVQEFR(Y) (R)NTASGQPVTNWWDNGGDQIAFGRGDK(A) (K)NFGEDWGYMASGKSAVFVDNHDTER(G) (K)NFGEDWGYMASGKSAVFVDNHDTER(G) (K)YDYPGIWSGADMDDCRSEINDYGNR(A) (K)YDYPGIWSGADMDDCRSEINDYGNR(A) (K)QEAIHGAGEAVQPSEYLGTGDVQEFRYAR (D) (K)QEAIHGAGEAVQPSEYLGTGDVQEFRY AR(D) (K)AYVAINHEGSALNRTFQSGLPGGAYCDVQ SGR(S) (R)SEINDYGNRANVQNCELVGLADLDTGEPY VR(D) (K)SMVDTCHAAGVKVVADSVINHMAAGSGT GTGGSAYQK(Y) (K)SMVDTCHAAGVKVVADSVINHMAAGSGT GTGGSAYQK(Y) (K)SMVDTCHAAGVKVVADSVINHMAAGSGT GTGGSAYQK(Y) (K)VGNGSTYWKQEAIHGAGEAVQPSEYLGT GDVQEFR(Y) (R)LATASLAVLAAAATALTAPTPAAAAPPGA KDVTAVLFEWK(F)

M-5. táblázat

5

m/z (mi) 831.4571 857.3835 857.4952 867.4207 1025.5084 1041.5034 1060.5786 1117.6 1134.5942 1159.6146 1166.5987 1180.5341 1182.5936 1225.5922 1241.5871 1377.7274 1389.6393 1408.7583 1409.7318 1425.7267 1425.7849 1445.6154 1447.656 1461.6103 1467.7373 1483.7322 1501.7758 1509.7948 1575.751 1618.7828 1634.7778 1664.8789 1680.8738 1753.9959 1800.9351 1822.9698 1835.8996 1842.9459 1851.8946 1858.9408 1863.8741 1873.0178 1879.869 1897.7367 1913.7317 1928.0276 1973.8909 2036.0924 2060.0164 2063.9318 2076.0113 2238.0422 2260.0953 2321.25 2363.0912 2397.1351 2413.13 2451.1456 2506.1607

módosítások

1Met-ox

1Met-ox 1Met-ox

pyroGlu 1Met-ox

1Met-ox 1Met-ox

1Met-ox 1Met-ox

1Met-ox 1Met-ox

1Met-ox 1Met-ox

1Met-ox

1Met-ox

start

end

560 365 95 307 371 371 569 569 229 518 216 160 216 41 41 227 295 270 216 216 270 282 546 282 371 371 406 528 545 103 103 211 211 267 403 194 34 41 34 41 365 560 365 144 144 528 420 192 99 384 99 295 546 194 384 119 119 170 380

568 370 102 314 379 379 577 578 237 527 226 169 226 50 50 237 306 281 228 228 281 294 559 294 383 383 419 541 559 118 118 226 226 281 419 210 50 56 50 56 379 577 379 159 159 544 437 210 118 402 118 314 568 215 405 143 143 191 402

SGR5280 kihagyott hasítóhely 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 0 1

6

szekvencia (R)TATVPASGK(V) (K)CQHAWR(E) (R)IAGRLGDR(A) (R)GGDTLNYK(N) (R)EISSMVGFR(N) (R)EISSMVGFR(N) (K)VTLTADVWR(G) (K)VTLTADVWRG(-) (R)LTNPNVYWK(H) (K)LDPAAYPVWK(L) (K)HMPAGDLANIK(S) (R)SQIGNNYNDR(G) (K)HMPAGDLANIK(S) (K)DVTAVMFEWK(F) (K)DVTAVMFEWK(F) (K)SRLTNPNVYWK(H) (K)SAVFVDNHDTER(G) (K)QVFLNENLAHLK(N) (K)HMPAGDLANIKSR(L) (K)HMPAGDLANIKSR(L) (K)QVFLNENLAHLK(N) (K)NFGEGWGFMESGK(S) (K)DAAGNVTWESGANR(T) (K)NFGEGWGFMESGK(S) (R)EISSMVGFRNTAR(G) (R)EISSMVGFRNTAR(G) (K)AYVAINHEGSALTR(T) (K)LDVNLPAGTTFAYK(Y) (R)KDAAGNVTWESGANR(T) (R)AAFAAMVNTCHAAGVK(V) (R)AAFAAMVNTCHAAGVK(V) (R)IDAAKHMPAGDLANIK(S) (R)IDAAKHMPAGDLANIK(S) (R)SLKQVFLNENLAHLK(N) (R)GNKAYVAINHEGSALTR(T) (R)IAGYLNDLLSLGVDGFR(I) (R)AAAPGDKDVTAVMFEWK(F) (K)DVTAVMFEWKFASIAK(A) (R)AAAPGDKDVTAVMFEWK(F) (K)DVTAVMFEWKFASIAK(A) (K)CQHAWREISSMVGFR(N) (R)TATVPASGKVTLTADVWR(G) (K)CQHAWREISSMVGFR(N) (K)YDYPGLYSGADMDDCR(S) (K)YDYPGLYSGADMDDCR(S) (K)LDVNLPAGTTFAYKYVR(K) (R)TFQTSLPAGDYCDVQSGK(G) (R)GRIAGYLNDLLSLGVDGFR(I) (R)LGDRAAFAAMVNTCHAAGVK(V) (R)GQSVGNWWDNGGDQIAFGR(G) (R)LGDRAAFAAMVNTCHAAGVK(V) (K)SAVFVDNHDTERGGDTLNYK(N) (K)DAAGNVTWESGANRTATVPASGK(V) (R)IAGYLNDLLSLGVDGFRIDAAK(H) (R)GQSVGNWWDNGGDQIAFGRGNK(A) (K)VIADSVINHMSAGSGTGTGGSSYTK(Y) (K)VIADSVINHMSAGSGTGTGGSSYTK(Y) (R)GNVQNCELVGLADLDTGEEYVR(G) (R)NTARGQSVGNWWDNGGDQIAFGR(G)

2540.3216 2568.4508 2650.3916 2664.2682 2724.5519 2768.2798 2816.2369 2832.2318 2835.3559

438 5 518 170 4 238 282 282 270

464 33 541 193 33 263 306 306 294

0 0 1 1 1 0 1 1 1

(K)GVTVNGSGQFTATVPAGTAVALHTGAR(T) (R)SLSAALALVAAAAAALVVPTGFGAAGTAR(A) (K)LDPAAYPVWKLDVNLPAGTTFAYK(Y) (R)GNVQNCELVGLADLDTGEEYVRGR(I) (R)RSLSAALALVAAAAAALVVPTGFGAAGTAR(A) (K)HEAIYGAGEAVSPSEYLGSGDVQEFR(Y) (K)NFGEGWGFMESGKSAVFVDNHDTER(G) (K)NFGEGWGFMESGKSAVFVDNHDTER(G) (K)QVFLNENLAHLKNFGEGWGFMESGK(S)

270

294

1

(K)QVFLNENLAHLKNFGEGWGFMESGK(S)

270 270 144 144 238

294 294 169 169 266

1 1 1 1 1

3178.7583

5

40

1

3456.6489

406

437

1

3612.6619

160

191

1

3883.8562

229

263

1

3996.9001

103

143

1

(K)QVFLNENLAHLKNFGEGWGFMESGK(S) (K)QVFLNENLAHLKNFGEGWGFMESGK(S) (K)YDYPGLYSGADMDDCRSQIGNNYNDR(G) (K)YDYPGLYSGADMDDCRSQIGNNYNDR(G) (K)HEAIYGAGEAVSPSEYLGSGDVQEFRYGR(S) (R)SLSAALALVAAAAAALVVPTGFGAAGTARAA APGDK(D) (K)AYVAINHEGSALTRTFQTSLPAGDYCDVQSGK( G) (R)SQIGNNYNDRGNVQNCELVGLADLDTGEEYVR (G) (R)LTNPNVYWKHEAIYGAGEAVSPSEYLGSGDVQ EFR(Y) (R)AAFAAMVNTCHAAGVKVIADSVINHMSAGSGT GTGGSSYTK(Y)

2851.3508 2852.3825 2868.3774 3059.253 3075.248 3144.4657

1Met-ox pyroGlu pyroGlu 1Met-ox 1Met-ox 1Met-ox

M-6. táblázat

7

Ugyanakkor meg kell jegyezni, hogy ennél a mintánál még szerencsénk is volt, mivel 

MALDI - ion-trap mérések is rendelkezésre álltak, ami azt jelenti, hogy nem 1-2 MALDI-TOF PSD (fragmentációs) spektrum állt rendelkezésre, hanem kb. 20. Ugyanakkor ezek közül is csak egy fragmentációs spektrum alapos megvizsgálása (az is nagy munka árán) vezetett eredményre.



Volt olyan homológ fehérje, aminek megjósolt triptikus darabjai és a vizsgált fehérje hasítási termékei között volt átfedés és készült ilyen peptidről fragmentációs spektrum.

Amennyiben a minta analízise csak MALDI-TOF mérésekkel történt: 

A pusztán tömeg-alapú lekeresés során történő fehérjeazonosítást a homológ fehérje hiánya az adatbázisból megnehezíti, legtöbb esetben szinte lehetetlenné teszi. Ezért is szorgalmaztuk a munka elkezdése elején a magának a Streptomyces griseus protein adatbázisnak a megszerzését, hogy a mérésekből kapott tömeglisták lekeresése azon történhessen. Ugyanakkor a fehérje adatbázist akkor még nem tették publikussá.



A fragmentációs (PSD) spektrumok száma csekély (1-2, esetleg 3). Így nagy esély van arra, hogy nem arról a peptidről készül/t fragmentációs spektrum, ami teljes mértékben átfed egy ismert fehérjével, hanem olyanról, aminek megfelelő peptidszakaszt nem tartalmazza az adatbázisban lévő fehérje.



A PSD spektrumok felvételekor figyelembe kell venni, hogy az adott csúcs nagy intenzitású legyen, és lehetőleg ne legyen a közelében másik jel, mivel ebben az esetben keverék (két, vagy több peptid) fragmentációs spektrumához vezet a mérés megnehezítve, illetve lehetetlenné téve a peptid szekvenciájának meghatározását.



A PSD spektrumok sok esetben nem eléggé jó minőségűek “de novo” szekvenálásra.

Ezzel szemben az LC-MS/MS mérések során (amelyet a régi mintákon még nem végeztünk) több száz, esetleg ezer fragmentációs spektrum készül, amelyek közül természetesen több a selejtes is, de a fehérje azonosítását eredményező CID spektrumok száma is sokkal-sokkal nagyobb. Ugyanakkor ezen CID spektrumok közül a jó minőségűek „de novo” szekvenálást is lehetővé tesznek, ami szintén elvezethet a fehérje azonosításához.

8

Az ubiquitinált minták szintézise és tisztítása

A cDNS megfelelő plazmidba történő beklónozását követően a fehérjéket E. coli baktériumban, illetve élesztőben (S. cerevisiae) fejeztették ki. A vizsgált fehérjék kinyerése és tisztítása glutation-gyöngyöt tartalmazó oszlopon történt. Az ubiquitinált fehérjék in vitro szintézise: A vizsgált fehérje standard ubiquitinálási reakciója 100 µl P0 pufferben (40 mM Tris_HCl, pH 7.5 8 mM MgCl2 100 µg/ml BSA_10% glycerol_100 µM ATP) történt 200 µg Rad6/18 (E2/E3), 500 ng Uba1 (ubiquitin-aktiváló enzim 1, ubiquitin-típusú módosító aktiváló enzim 1), 100 µg Ub (ubiquitin) és 15 µg vizsgált fehérje jelenlétében.

9

MALDI-TOF kvantitatív jellegének a vizsgálatához kapcsolódó ábrák

M-1. ábrák A szintetikus peptid relatív intenzitásának ábrázolása a fetuin adott triptikus peptidjére vonatkoztatott koncentráció arány függvényében. A minta adott mennyiségű Arg-peptid és 100 fmol fetuin emésztmény keveréke. A szaggatott vonalak az adott peptid mért relatív intenzitásainak a 95%-os konfidencia határait szemléltetik.

Fetuin (m/z=1385.5) és Arg-peptid y = 1.4074x - 0.4959 2 R = 0.7711

Irel[Arg-peptid/fetuin]

20 15 10 5 0 0

2

4

-5

6

8

10

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-1.a ábra

Fetuin (m/z=1474.8) és Arg-peptid 30


25

y = 1.2135x - 0.7139 2 R = 0.6095

20 15 10 5 0 -5 -10

0

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-1.b ábra

10



30

y = 1.9915x - 0.466 2 R = 0.6812

25 20 15 10 5 0 -5

0

2

4

-10

6

8

10

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-1.c ábra

Fetuin (m/z=2008.9) és Arg-peptid


15

y = 0.427x + 0.4464 2 R = 0.3237

10

5

0 0 -5

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-1.d ábra

M-2. ábrák A szintetikus peptid relatív intenzitásának ábrázolása a fetuin adott triptikus peptidjére vonatkoztatott koncentráció arány függvényében. A minta adott mennyiségű Arg-peptid és 100 fmol fetuin emésztmény keveréke. 2×106 cfu Escherichia coli volt jelen minden egyes minta/spot esetében. A szaggatott vonalak az adott peptid mért relatív intenzitásainak a 95%-os konfidencia határait szemléltetik.

11


E. Coli ,Fetuin (m/z=1252.6) és Arg-peptid 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 0 -20 -30

y = 2.4462x + 1.3999 2 R = 0.2763

2

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-2.a ábra


E. Coli, Fetuin (m/z=1385.5) és Arg-peptid 110 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -10 0 -20

y = 1.9182x - 1.3405 2 R = 0.2688

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-2.b ábra

12

8

10

E. Coli, Fetuin (m/z=1474.8) és Arg-peptid 18

Irel [Arg-peptid/fetuin]

16

y = 1.1276x + 0.2837

14

R2 = 0.7926

12 10 8 6 4 2 0 -2 0

2

4

-4

6

8

10

cArg-peptid /cfetuin

M-2.c ábra

E. Coli, Fetuin (m/z=1513.6) és Arg-peptid


25 y = 1.7272x - 0.879 2 R = 0.868

20 15 10 5 0 0 -5

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-2.d ábra

13

8

10

E. Coli,F etuin (m/z=2008.9) és Arg-peptid


20 y = 0.5667x + 0.1903 2 R = 0.2523

15 10 5 0 0

2

4

6

8

10

-5

cArg-peptid/cfetuin

-10

M-2.e ábra

M-3. ábrák A szintetikus peptid relatív intenzitásának ábrázolása a fetuin adott triptikus peptidjére vonatkoztatott koncentráció arány függvényében. A minta adott mennyiségű Arg- és Leu-peptid peptid és 100 fmol fetuin emésztmény keveréke. A szaggatott vonalak az adott peptid mért relatív intenzitásainak a 95%-os konfidencia határait szemléltetik.

Fetuin (m/z=1252.6) és Arg- és Leu-peptid 120


100 y = 2.0698x - 0.672 2 R = 0.2444

80 60 40 20 0 -20 -40

0

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-3.a

14

8

10



20

y = 1.2376x - 0.4687 2 R = 0.6943

15 10 5 0 0

2

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

-5

M-3.b

Fetuin (m/z=1474.8) és Arg- és Leu-peptid


100 y = 1.8642x - 1.6485 2 R = 0.2441

75 50 25 0 0 -25

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-3.c

15

8

10



30

y = 1.6471x - 0.4417 R2 = 0.6451

25 20 15 10 5 0 -5 0

2

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

-10

M-3.d



10

y = 0.3669x + 0.2999 R2 = 0.2735

8 6 4 2 0 -2 -4

0

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-3.e

16

8

10


Irel [Leu-peptid/fetuin]

y = 0.0784x - 0.0256 R 2 = 0.4721

1.5

1

0.5

0 0

2

-0.5

4

6

8

10

c Leu-peptid /cfetuin

M-3.f

Fetuin (m/z=1385.5) és Arg- és Leu-peptid 1.2

y = 0.06x - 0.0355 2 R = 0.6682

Irel[Leu-peptid/fetuin]

1 0.8 0.6 0.4 0.2 0 -0.2 -0.4

0.0

2.0

4.0

6.0

cLeu-peptid/cfetuin

M-3.g

17

8.0

10.0

Fetuin (m/z=1474.8) és Arg- és Leu-peptid 2 y = 0.0743x - 0.062 2


1.5

R = 0.5046

1

0.5

0 0

2

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

-0.5

M-3.h



1.25

y = 0.0779x - 0.0343 2 R = 0.666

1

0.75 0.5

0.25 0

-0.25 -0.5

0

2

4

6

cLeu-peptid/cfetuin

M-3.i

18

8

10

Fetuin (m/z=2008.9) és Arg- és Leu-peptid 0.5 y = 0.0168x + 0.0024 2 R = 0.3956


0.4 0.3 0.2 0.1 0 0

2

4

6

8

10

-0.1 -0.2

cLeu-peptid/cfetuin

M-3.j

M-4. ábrák A szintetikus peptid relatív intenzitásának ábrázolása a fetuin adott triptikus peptidjére vonatkoztatott koncentráció arány függvényében. A minta adott mennyiségű Leu-peptid peptid és 100 fmol Arg-peptid és fetuin emésztmény keveréke. A szaggatott vonalak az adott peptid mért relatív intenzitásainak a 95%-os konfidencia határait szemléltetik. Fetuin és Arg-peptid, és Leu-peptid

Irel[Leu-peptid/Argpeptid]

1 0.9 y = 0.0843x - 0.0725 2 0.8 R = 0.866 0.7 0.6 0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 0 -0.1 0 2 4 6 -0.2 -0.3 cLeu-peptid/cArg-peptid

M-4.a

19

8

10

Fetuin (m/z=1252.6) és Arg-peptid, és Leu-peptid

Irel[Leu-peptid/Ifetuin]

2

y = 0.0833x - 0.0545 2 R = 0.6166

1.5

1 0.5

0 0

2

-0.5

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

M-4.b



2 y = 0.0817x - 0.0625 2 R = 0.6756

1.5

1

0.5

0 0

-0.5

2

4

6

cLeu-peptid/cfetuin

M-4.c

20

8

10

Fetuin (1474.8) és Arg-peptid, és Leu-peptid


2 y = 0.0962x - 0.0765 2 R = 0.7043

1.5 1 0.5 0 0

2

-0.5

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

M-4.d

Fetuin (m/z=1513.6) és Arg-peptid, és Leu-peptid 3


2.5

y = 0.1117x - 0.0834 2 R = 0.6252

2 1.5 1 0.5 0

-0.5 -1

0

2

4

6

cLeu-peptid/cfetuin

M-4.e

21

8

10

Fetuin (m/z=2008.9) és Arg-peptid, és Leu-peptid 0.7


0.6

y = 0.0227x - 0.011 R2 = 0.4003

0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 0 -0.1 0

2

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

-0.2

M-4.f

M-5. ábrák A szintetikus peptid relatív intenzitásának ábrázolása a fetuin adott riptikus peptidjére vonatkoztatott koncentráció arány függvényében. A relatív intenzitások középértékének ábrázolása a peptidek koncentráció arányának függvényében. A standard deviációt a hibavonalak reprezentálják. A minta adott mennyiségű Arg-peptid és 100 fmol fetuin emésztmény keveréke.


Fetuin (m/z=1385.5) és Arg-peptid 20 18 16 14 12 10 8 6 4 2 0

y = 1.4074x - 0.4959 2 R = 0.9793

0

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-5.a

22

8

10



18

y = 1.2135x - 0.7139 R2 = 0.9885

16 14 12 10 8 6 4 2 0 -2 0

2

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-5.b



30 y = 1.9915x - 0.466 2 R = 0.9726

25 20 15 10 5 0 -5

0

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-5.c

23

8

10



10 y = 0.427x + 0.4464 2 R = 0.845

8 6 4 2 0 0

2

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

-2

M-5.d

M-6. ábrák A szintetikus peptid relatív intenzitásának ábrázolása a fetuin adott riptikus peptidjére vonatkoztatott koncentráció arány függvényében. A relatív intenzitások középértékének ábrázolása a peptidek koncentráció arányának függvényében. A standard deviációt a hibavonalak reprezentálják. A minta adott mennyiségű Arg-peptid és 100 fmol fetuin emésztmény keveréke. 2×106 cfu Escherichia coli volt jelen minden minta/spot esetében.


E. Coli, Fetuin (m/z=1252.6) és Arg-peptid 55 50 45 40 35 30 25 20 15 10 5 0 -5 0

y = 2.4462x + 1.3999 2 R = 0.9809

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-6.a

24

8

10

E. Coli, Fetuin (m/z=1385.5) és Arg-peptid 50


40

y = 1.9182x - 1.3405 2 R = 0.8476

30 20 10 0 0

2

-10

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-6.b



18 16

y = 1.1276x + 0.2837

14

R = 0.975

2

12 10 8 6 4 2 0 0

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-6.c

25

8

10



25

y = 1.7272x - 0.879 20

2

R = 0.9868

15 10 5 0 0

2

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-6.d E. Coli, Fetuin (m/z=2008.9) és Arg-peptid 14


12

y = 0.5667x + 0.1903 2 R = 0.9532

10 8 6 4 2 0 -2

0

2

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-6.e

M-7. ábrák A szintetikus peptid relatív intenzitásának ábrázolása a fetuin adott riptikus peptidjére vonatkoztatott koncentráció arány függvényében. A relatív intenzitások középértékének ábrázolása a peptidek koncentráció arányának függvényében. A standard deviációt a hibavonalak reprezentálják. A minta adott és azonos mennyiségű Arg- és Leupeptid és 100 fmol fetuin emésztmény keveréke.

26



50

y = 2.0698x - 0.672 2

R = 0.9735

40 30 20 10 0 0

2

4

-10

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-7.a



16

y = 1.2376x - 0.4687 2 R = 0.9703

14 12 10 8 6 4 2 0 0

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-7.b

27

8

10



50 y = 1.8642x - 1.6485 2 R = 0.876

40 30 20 10 0 0

2

-10

4

6

8

10

cArg-peptie/cfetuin

M-7.c



25 y = 1.6471x - 0.4417 R2 = 0.9597

20 15 10 5 0 0

2

4

6

cArg-peptid/cfetuin

M-7.d

28

8

10



6

y = 0.3669x + 0.2999 2 R = 0.8903

5 4 3 2 1 0 -1

0

2

4

6

8

10

cArg-peptid/cfetuin

M-7.e


Fetuin (m/z=1252.6) és Arg- és Leu-peptid 1.3 1.2 1.1 1 0.9 0.8 0.7 0.6 0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 0 -0.1 0

y = 0.0784x - 0.0256 R2 = 0.9671

2

4

6

cLeu-peptid/cfetuin

M-7.f

29

8

10



0.7 0.6

y = 0.06x - 0.0355 2 R = 0.9862

0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 0 -0.1 0

2

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

M-7.g



1.2

y = 0.0743x - 0.062 R2 = 0.9498

1 0.8 0.6 0.4 0.2 0 -0.2

0

2

4

6

cLeu-peptid/cfetuin

M-7.h

30

8

10



1

y = 0.0779x - 0.0343 2 R = 0.9832

0.8 0.6 0.4 0.2 0 0

2

-0.2

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

M-7.i



0.3

y = 0.0168x + 0.0024 2 R = 0.9443

0.25 0.2 0.15 0.1 0.05 0 -0.05

0

2

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

M-7.j

M-8. ábrák A szintetikus peptid relatív intenzitásának ábrázolása a fetuin adott riptikus peptidjére vonatkoztatott koncentráció arány függvényében. A relatív intenzitások középértékének ábrázolása a peptidek koncentráció arányának függvényében. A standard deviációt a hibavonalak reprezentálják. A minta adott mennyiségű Leu-peptid és 100 fmol Arg-peptid és fetuin emésztmény keveréke.

31

Fetuin és Arg-peptid, és Leu-peptid 1.2 y = 0.0843x - 0.0725 2 R = 0.9858

Irel[Leu-peptid/Arg-peptid]

1 0.8 0.6 0.4 0.2 0 0

2

4

6

8

10

cLeu-peptid/cArg-peptid

-0.2

M-8.a

Fetuin (m/z=1252.6) és Arg-peptid, és Leu-peptid 1.4


1.2

y = 0.0833x - 0.0545 2 R = 0.9644

1 0.8 0.6 0.4 0.2 0 -0.2

0

2

4

6

cLeu-peptid/cfetuin

M-8.b

32

8

10



1.4 y = 0.0817x - 0.0625 2 R = 0.9775

1.2 1 0.8 0.6 0.4 0.2 0 -0.2

0

2

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

M-8.c

Fetuin (m/z=1474,8) és Arg-peptid, és Leu-peptid


1.4

y = 0.0962x - 0.0765 2 R = 0.9825

1.2 1 0.8 0.6 0.4 0.2 0 -0.2

0

2

4

6

cLeu-peptid/cfetuin

M-8.d

33

8

10



2 y = 0.1117x - 0.0834 2 R = 0.9681

1.5 1 0.5 0 0

2

-0.5

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

M-8.e



0.45 0.40

y = 0.0227x - 0.011

0.35

R = 0.8956

2

0.30 0.25 0.20 0.15 0.10 0.05 0.00 -0.05 0 -0.10

2

4

6

8

10

cLeu-peptid/cfetuin

S-8.f

M-9. ábrák Az Arg- and triptikus fetuin peptid (m/z=1385.56) relatív intenzitásai közötti korreláció vizsgálata adott mintán belül (100 fmol mindegyik). A Leu-peptid minden egyes mintánál feltüntetett értéknek megfelelő mennyiségben volt jelen. A korrelációs egyenes szigorúan az origon átmenő egyesen, mivel lineáris arányosság feltételezett a jelintenzitások között.

34

a, cLeu-peptid/cfetuin=0.5 60

Irel[fetuin]

50

y = 1.0159x 2 R = 0.6262

40 30 20 10 0 0

10

20

30

40

50

60

Irel[Arg-peptid]

b, cLeu-peptid/cfetuin=1 70

y = 0.63x 2 R = -0.5042

Irel[fetuin]

60 50 40 30 20 10 0 0

10

20

30

40

50

60

Irel[Arg-peptid]

70

80

90

100

c, cLeu-peptid/cfetuin=1.5 60 y = 1.0491x 2 R = 0.7179

Irel[fetuin]

50 40 30 20 10 0 0

10

20

30

Irel[Arg-peptid]

35

40

50

60

d,cLeu-peptid/cfetuin=2 60 y = 0.4853x R2 = -0.2206

Irel[fetuin]

50 40 30 20 10 0 0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

70

80

90

100

Irel[Arg-peptid] e, cLeu-peptid/cfetuin=4 70

y = 0.6575x 2 R = -0.1564

Irel[fetuin]

60 50 40 30 20 10 0 0

10

20

30

40

50

60

Irel[Arg-peptid] f, cLeu-peptid/cfetuin=5 30 y = 1.1594x R2 = -0.0152

Irel[fetuin]

25 20 15 10 5 0 0

5

10

15

Irel[Arg-peptid]

36

20

25

g, cLeu-peptid/cfetuin=7.5 60

y = 1.0422x 2 R = 0.4314

Irel[fetuin]

50 40 30 20 10 0

0

10

20

30

Irel[Arg-peptid]

40

50

60

h, cLeu-peptid/cfetuin=10 60 y = 0.6252x

Irel[fetuin]

50

2

R = -1.9358

40 30 20 10 0 0

20

40

60

80

100

Irel[Arg-peptid]

M-10. ábrák A P és P* peptid relatív intenzitásának (Irel) ábrázolása a koncentráció arányuk függvényében. M-10.a, Minden egyes mért relatív intenzitás ábrázolása. A szaggatott vonalak az adott peptid mért relatív intenzitásainak a 95%-os konfidencia határait szemléltetik. M-10.b, A relatív intenzitások középértékének ábrázolása a peptidek megfelelő koncentráció arányának függvényében. A standard deviációt a hibavonalak reprzentálják. A minták adott mennyiségű P-peptid és 100-100 fmol P* peptid és fetuin emésztmény keverékei. 2×106 cfu Escherichia coli volt jelen minden minta esetében. A koncentráció tartomány a 0.5-10.0 intervallumba esett.

37

40 35 30

y = 2.955x - 2.408 2 R = 0.9247

Irel[P/P*]

25 20 15 10 5 0 -5 0

2

4

-10

6

8

10

6

8

10

crel[P/P*]

M-10.a

40 35

y = 2.955x - 2.408 2 R = 0.9464

30

Irel[P/P*]

25 20 15 10 5 0 -5 0

2

4

crel[P/P*]

M-10.b

M-11. ábrák A P és P* peptid relatív intenzitásának (Irel) ábrázolása a koncentráció arányuk függvényében. M-11.a, Minden egyes mért relatív intenzitás ábrázolása. A szaggatott vonalak az adott peptid mért relatív intenzitásainak a 95%-os konfidencia határait szemléltetik. M-11.b, A relatív intenzitások középértékének ábrázolása a peptidek megfelelő koncentráció arányának függvényében. A standard deviációt a hibavonalak reprezentálják. A minták adott mennyiségű P-peptid és 100-100 fmol P* peptid és fetuin emésztmény keverékei. 2×106 cfu Escherichia coli volt jelen minden minta esetében. A koncentráció tartomány a 0.5-5.0 intervallumba esett.

38

12 10

y = 1.9365x - 0.1197 2 R = 0.9871

Irel[P/P*]

8 6 4 2 0 0

1

2

3

4

5

4

5

crel[P/P*]

M-11.a

10

y = 1.9365x - 0.1197 2 R = 0.9952

Irel[P/P*]

8

6

4

2

0

0

1

2 c [P/P*] 3 rel

M-11.b

M-12. ábrák A P és P* peptidek intenzitásai közötti korreláció vizsgálata adott mintán belül, ahol a két peptid koncentráció aránya minden egyes ábrán feltüntetett értéknek felelt meg. 100 fmol fetuin triptikus emésztmény volt még jelen minden egyes mintában. A korrelációs egyenes szigorúan az origon átmenő egyes, mivel lineáris arányosság feltételezett a jelintenzitások között.

39

a, cP/cP*=0.5

25000

I[P*]

20000

y = 1.2629x R2 = 0.9957

15000 10000 5000 0 0

2000

4000

6000

8000

10000

12000

14000

16000

18000

20000

I[P]

b, cP/cP*=1 25000 y = 0.473x R2 = 0.999

I[P*]

20000 15000 10000 5000 0 0

5000

10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000 45000 50000 55000

I[P]

c, cP/cP*=2 16000 14000

I[P*]

12000

y = 0.2256x R2 = 0.9821

10000 8000 6000 4000 2000 0 0

5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000 45000 50000 55000 60000 65000

I[P]

40

I[P*]

d, cP/cP*=3 9000 8000 7000 6000 5000 4000 3000 2000 1000 0

y = 0.141x R2 = 0.9791

0

10000

20000

30000

40000

50000

I[P]

e,cP/cP*=4 7000 6000

y = 0.087x R2 = 0.9029

I[P*]

5000 4000 3000 2000 1000 0 0

10000

20000

30000

I[P]

40000

50000

60000

70000

f,cP/cP*=5 7000 6000

y = 0.0676x 2 R = 0.8846

I[P*]

5000 4000 3000 2000 1000 0 0

10000

20000

30000

40000

41

I[P]

50000

60000

70000

80000

90000

I[P*]

g, cP/cP*=10 1600 1400 1200 1000 800 600 400 200 0

y = 0.0136x R2 = 0.635

0

10000

20000

30000

40000

50000

60000

70000

80000

90000

I[P]

M-13. A P és P* peptidek intenzitásai közötti korreláció vizsgálata adott mintán belül, ahol a két peptid koncentráció aránya minden egyes ábrán feltüntetett értéknek felelt meg. 100 fmol fetuin triptikus emésztmény és 2×106 cfu Escherichia coli volt még jelen minden egyes minta esetében. A korrelációs egyenes szigorúan az origon átmenő egyes, mivel lineáris arányosság feltételezett a jelintenzitások között. a, cP/cP*=0.5 30000 25000

y = 1.203x R2 = 0.987

I[P*]

20000 15000 10000 5000 0 0

5000

10000

15000

I[P]

42

20000

b, cP/cP*=1 25000

I[P*]

20000

y = 0.4874x R2 = 0.9848

15000 10000 5000 0 0

5000

10000

15000

20000

25000

30000

35000

40000

45000

I[P]

c, cP/cP*=1.5 12000 10000

y = 0.3638x R2 = 0.9877

I[P*]

8000 6000 4000 2000 0 0

5000

10000

15000

I[P]

43

20000

25000

30000

d, cP/cP*=2 24000 y = 0.2579x R2 = 0.9861

20000

I[P*]

16000 12000 8000 4000 0 0

10000

20000

30000

I[P]

50000

60000

70000

80000

90000

e, cP/cP*=3

12000 10000

y = 0.1843x R2 = 0.9922

8000

I[P*]

40000

6000 4000 2000 0 0

5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000 45000 50000 55000 60000 65000

I[P]

I[P*]

f, cP/cP*=4 16000 14000 12000 10000 8000 6000 4000 2000 0

y = 0.125x R2 = 0.9912

0

20000

40000

60000

I[P]

44

80000

100000

120000

g, cP/cP*=5 16000 14000

y = 0.1065x R2 = 0.9972

12000 I[P*]

10000 8000 6000 4000 2000 0 0

20000

40000

60000

I[P]

80000

100000

120000

140000

h, cP/cP*=7.5 6000 y = 0.057x R2 = 0.9823

5000

I[P*]

4000 3000 2000 1000 0 0

10000 20000 30000 40000 50000 60000 70000 80000 90000 100000 110000

I[P]

i,cP/cP*=10 5000 y = 0.0329x R2 = 0.9567

I[P*]

4000 3000 2000 1000 0 0

25000

50000

75000

100000

125000

150000

I[P]

M-14. ábrák A P és P* peptid relatív intenzitásának ábrázolása a koncentráció arányuk függvényében. M-14.a, Minden egyes mért relatív intenzitás ábrázolása. A szaggatott vonalak az adott peptid mért relatív intenzitásainak a 95%-os konfidencia határait szemléltetik. M-14.b, A relatív intenzitások középértékének ábrázolása a peptidek megfelelő

45

koncentráció arányának függvényében. A standard deviációt a hibavonalak reprezentálják. A minták adott mennyiségű P-peptid és 100-100 fmol P* peptid és fetuin emésztmény

Irel[P/P*]

keverékei.

110 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 0

2

4

6

8

10

crel[P/P*]

M-14.a

120 100

Irel[P/P*]

80 60 40 20 0 0

2

4

6

8

10

crel[P/P*]

M-14.b

M-15. ábrák A P és P* peptid relatív intenzitásának ábrázolása a koncentráció arányuk függvényében. M-15.a, Minden egyes mért relatív intenzitás ábrázolása. A szaggatott vonalak az adott peptid mért relatív intenzitásainak a 95%-os konfidencia határait szemléltetik. M-15.b, A relatív intenzitások középértékének ábrázolása a peptidek megfelelő

46

koncentráció arányának függvényében. A standard deviációt a hibavonalak reprezentálják. A minták adott mennyiségű P-peptid és 100-100 fmol P* peptid és fetuin emésztmény keverékei. 2×106 cfu Escherichia coli volt jelen.

35 30

Irel[P/P*]

25 20 15 10 5 0 0

1

2

3

4

5

crel[P/P*]

6

7

8

9

10

M-15.a

35 30

Irel[P/P*]

25 20 15 10 5 0 0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

crel[P/P*]

M-15.b

M-16. ábrák A háttérzaj és a jel/zaj viszony szemléltetésére random kiválasztott spektrumok. M-16.a, 200 fmol Arg-peptid és 100 fmol triptikus fetuin emésztmény keveréke. M-16.b, 400 fmol Leu-peptid és 100 fmol Arg-peptid és triptikus fetuin emésztmény keveréke. c, 100 fmol P* peptid, és triptikus fetuin emésztmény és 400 fmol P

47

peptid keveréke. 2×106 cfu Escherichia coli volt jelen minden egyes minta esetében. "X": fetuin peptid; "a": fetuin peptidek nátrium adduktja.

M-16.a

48

M-16.b

M-16.c

49

Fehérjék azonosítása során felmerült nehézség szemléltetése

Recommend Documents