TUTORIAL HYPERCHEM CARA MEMBUAT BENTUK MOLEKUL DENGAN HYPERCHEM Hyperchem adalah salah satu aplikasi kimia komputasi yang relatif mudah untuk digunakan karena sifatnya yang langsung bisa menunjukkan tampilan dari apa yang hendak kita buat. Meskipun demikian ini hanyalah sekelumit tentang kemampuan Hyperchem yang bisa dimanfaatkan dalam pembuatan media belajar yang sederhana namun secara komputasi kimia dibenarkan. Tentu saja kalau semua kita lakukan dengan benar, tidak asal gambar, seperti sebelum menggunakan software layaknya Hyperchem ini. Saya akan praktikkan menggambar molekul PCl5 menggunakan Software Hyperchem 8. 1. Dengan menggunakan Windows, kita mulai dari klik Start, All
Program,
2. Selanjutnya
Hyperchem
ikuti
Release
langkah
pada
x,
Hyperchem.
gambar
berikut.
3. Ini hasilnya setelah dipilih Atom P dan di-klik-kan pada area
kerja.
4. Berikutnya add hidrogen dari menu Build kemudian klik Add hidrogen untuk memunculkan atom H, meskipun atom H tampilannya bertumpuk kita bisa memutar dengan klik tool rotate out of plane sesuai langkah yang terterah pada gambar. Cara menyeleksi atom H yang akan diganti dengan Cl adalah dengan klik tool select hingga
berubah warna. 5. Selanjutnya ubah atom H dengan atom Cl hingga atom H menjadi Cl, caranya klik menu Build, Default Element (akan muncul semacam tabel periodik dan pilih Cl), klik-kan tepat di tengah bulatan seleksi atom H tadi, kalau sudah berubah menjadi Cl artinya sudah terganti H menjadi Cl. Lakukan pada semua H sebagaimana
yang diinginkan. 6. Lakukan optimasi geometri agar bentuk molekulnya menjadi benar secara kimia komputasi dengan standar hitungan dengan menggunakan salah satu metode, misalnya di sini saya gunakan metode Molecular Mechanic. Klik menu Setup pada menu bar. Klik Molecular Mechanic hingga tercentang terus klik Ok. 7. Selanjutnya kita lakukan optimasi geomteri terhadap bentuk molekul yang kita buat. Klik menu Compute, KlikGeometry Optimation… dan klik Ok saja begitu menu pop-up muncul. Selanjutnya tunggu hingga proses optimasi selesai yang ditandai dengan Converged = YES. (ini ada pada bagian status bar, terletak dibagian bawah layar kerja Hyperchem.
8. Berikut kalau kita ingin menampilkan hasil dalam berbagai model, seperti yang ditawarkan pada menuDisplay, Rendering, pilih metode rendering yang kita
inginkan. 9. Berikut tampilan beberapa hasil rendering:
TUTORIAL APLIKASI BKChem BKChem (Edit Chemical Structures and reactions)BKChem adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur. Mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.
Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul , definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna). BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset).
ChemTool, Pengkonversi Mol dan Massa Zat dari ChemPup ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini. Ini adalah bentuk aslinya.
Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.
TUTORIAL APLIKASI KALZIUM Kalzium adalah aplikasi kimia yang digunakan dalam linux yang berisi informasi tentang karakteristik dari unsur-unsur kimia dalam tabel periodik seperti nomor massa, nomor atom, energi, model atom, energy ionisasi, dan semua yang menjadi karakteristik dari suatu unsur tersebut. Tampilannya :
Bagaimana cara membuatnya?mudah saja… Kalzium dapat menampilakn berbagai bentuk dari Periodic Table, caranya tinggal memilih icon yang berisikan pilihan Classic, Short, Long, Transition, atau juga DZ Periodik Table. Disini saya memilih tampilan Long Periodic Table, selain itu
kita juga bisa menggunakan fitur Scheme untuk memilih tampilan dari periodic table, seperti pilihan Icon yang disertai dengan gambar contoh dalam kehidupan.
Selain itu kita juga dapat memilih fitur Gradient yang dapat menampilkan gradiasi warna dari Periodic Table tersebut.
Bagi anda yang ingin mengetahui melting point, boiling point, dll dapat melihatnya dengan mengklik salah satu unsur yang dikehendaki. Disini saya mencoba untuk melihat karakteristik dari unsur Li :
Untuk melihat model atomnya dengan cara klik atom model, seperti berikut :
Kita bisa melihat unsur-unsur lain hanya dengan cara klik icon pilihan Previous :
Jika anda mengetahui manfaat lebih dari aplikasi kimia ini kita bisa memilih fitur tool Plot Data. Untuk menuju tool Plot Data, klik menu Tool dan pilih Plot Data. Pada tool ini dapat dilakukan pem-plot-an antara sumbu X dan Y (dalam sebuah grafik) beberapa sifat periodik unsur untuk melihat kecenderungan suatu unsur.
Bagian sumbu X dan Y terdapat nomor atom (Atomic Number), massa atom (Mass), elektronegatifitas (Electronegativity), titik lebur (Melting Point), titik didih (Boiling Point), jari-jari atom (Atomic Radius), dan jari-jari kovalen (Covalent Radius). Sebelum melakukan pem-plot-an tentukan terlebih dahulu First element dan Last element dengan mengetikan angka atau menekan tanda panah atas-bawah. Atur juga bagianDisplay (Tampilan), apakah kita ingin menampilkan label (nama unsur atau simbol unsur) pada titik-titik plot atau dibiarkan kosong tanpa label. Pokok bahasan yang bisa memanfaatkan Plot Data ini antara lain: Sistem periodik unsur (sifat periodik unsur). Di sini kita bisa mempelajari tentang berbagai kecenderungan unsur dengan naiknya nomor atom, atau dalam jenis unsur tertentu (logam-non logam, masing-masing blok, golongan) Ikatan kimia (ikatan ion, ikatan kovalen, ikatan logam). Bahasan ikatan kimia bisa memanfaatkan data elektronegativitas untuk menentukan kemungkinan suatu unsur membentuk ikatan dengan unsur lainnya. Apakah mereka akan membentuk ikatan ion, ikatan kovalen, atau ikatan logam. Kimia unsur (kelimpahan unsur). Beberapa karakteristik unsur juga bisa dipelajari dengan menggunakan plot data Kalzium ini. Pokok bahasan lain yang memerlukan plot data unsurunsur.
