Základy odborné biologické terminologie

Základy odborné biologické terminologie

Dr. Petr BOGUSCH Univerzita Hradec Králové, katedra biologie [email protected]

Sylabus • dvouhodinovky sudé týdny 1. Základy latinské gramatiky 2. Vědecké názvosloví a jeho pravidla, tvorba vědeckých  názvů 3. Psaní vědecké práce, jeho pravidla, typy vědeckých  publikací, bakalářská práce 4. Vědecká konference, prezentace a přednáška, poster a  abstrakt 5. Vyhledávání a získávání publikací, citace a seznamy  literatury 6. Základy kladistiky a fylogenetiky • na konci semestru zápočet ‐ písemka

Terminologie = (pojmosloví) • nauka o termínech, jejich místě v systému daného  jazyka – lingvistická definice • soubor termínů urč. oboru lidské činnosti, odborné názvosloví • Nomenklatura (názvosloví) – soubor pojmenování,  názvů prvků jako systematických jednotek urč. celku • Př.: ledvina (ren) x babočka paví oko (Inachis io)

Historie terminologie a nomenklatury • od dávnověku (pračlověk určitě nějak nazýval organismy okolo sebe  a dělil je podle různých kritérií: jedlé x nejedlé, nebezpečné x  neškodné atd.) • starověk – filosofové – rozlišovali živé organismy, zavedli  jednoslovné (národní) názvy • zejména antické období – Řecko –řecké názvy, Řím – latinské názvy,  poskytly základ pro terminologii a nomenklaturu dnešní doby řecké názvy:  ELAIA (OLEA) – oliva latinské názvy:  ANEMONE – sasanka

KYPREION (CYPERUS) – šáchor IRIS – kosatec 

• středověk – úpadek pod vlivem křesťanství • Petr Matthioli – herbář rostlin, jednoslovné názvy, jeho  následovníci pojmenovávali další organismy a vznikl v tom chaozz

Historie terminologie a nomenklatury • Carl Linné – základ binomické (dvouslovné) nomenklatury: Cepaea nemoralis – páskovka hajní • rodové + druhové jméno • vytvořil i pravidla tvorby jmen vyšších taxonů • později se upravovalo, vznikla Mezinárodní pravidla  botanické/ zoologické nomenklatury • o nich bude příští přednáška

Pravidla názvosloví vědeckých pracovníků •

tříleté bakalářské obory ukončené soubornou bakalářskou zkouškou a  obhájením bakalářské práce, titul bakalář – Bc. (ve světě B.Sc – bachelor  of science)

•

pětileté magisterské obory ukončené soubornou státní zkouškou a  obhájením diplomové (magisterské) práce, titul magistr – Mgr. (ve světě M.Sc – master of science) v současnosti nejprve studium bakalářského oboru, pak přechod na  dvouletý navazující magisterský obor

• •

• •

tříleté doktorské studium – student (doktorand, dříve aspirant) dostává plat – stipendium od vysoké školy, podmínkou studia vedení vlastního  výzkumu, pomoc při výuce na VŠ (cvičení, praktika, exkurze), povinnosti  (PřF UK Praha): tři zkoušky – nehodnocené, jen prospěl/neprospěl, státní doktorské zkoušky a obhájení doktorské (dizertační) práce – obvykle  soubor několika odborných publikací s úvodem, titul doktor věd – Ph.D dříve se stejný titul nazýval CSc. – kandidát věd píše se za jménem – Mgr. Jan Novák, Ph.D. Mgr. Josef Dvořák, CSc. 

Pravidla názvosloví vědeckých pracovníků habilitační řízení – habilitační práce + další podmínky: určitý počet  mezinárodních publikací, splnění urč. limitu výuky, odborná stáž v zahraničí – titul docent – Doc.  • píše se před jménem – Doc. RNDr. Jiří Tůma, CSc.  • jmenování profesorem – navrhuje komise, splnění určitého limitu  publikační činnosti (40 odborných článků, 1 kniha) a vědecké zásluhy, titul  profesor – Prof.  • píše se před jménem a nahrazuje titul Doc. – Prof. RNDr. Jaroslav Smrž,  CSc.  •

dříve byly udělovány rok až tři roky po vysoké škole ještě tzv. malé doktoráty: • RNDr. – doktor přírodních věd, PhDr. – doktor filosofických věd, JUDr. – doktor práv, PaedDr. – doktor pedagogiky, PhMr. – doktor farmacie •

• •

dnes jen u lékařů: MUDr. – doktor medicíny, MVDr. – doktor zvěrolékařství

Základy latinské gramatiky

Výslovnost

Výslovnost

Podstatná jména

Podstatná jména

Přídavná jména

Přídavná jména

Číslovky

Příklady využití číslovek

Latinské zkratky

2. Vědecké názvosloví

Názvosloví vědeckých disciplín • ve všech oborech podobné • vertikální – podle skupiny kterou se zabývá (např. entomologie, ornitologie) • horizontální – podle oboru zájmu (např. morfologie, fyziologie) • upřesnění specializace: etologie hmyzu, morfologie savců, fyziologie bakterií atd.

morfologie anatomie fyziologie taxonomie etologie ...

HORIZONTÁLNÍ algologie mykologie botanika entomologie ichtyologie ornitologie mammaliologie ...

VERTIKÁLNÍ

Hlavní principy vědeckého názvosloví • národní názvosloví – názvosloví organismů vytvořené určitou etnickou skupinou (nemusí být jen podle zemí) • vědecká nomenklatura – mezinárodně používané názvosloví, v latinském jazyce (ve virologii symbolická • mezinárodní nomenklatorická pravidla – tzv. kodexy, ujednocují principy nomenklatury, mezinárodní nomenklatorické komise, Prof. Pavel Štys • odlišná pravidla v botanice a zoologii

Principy vědeckého názvosloví 1. Princip binominální nomenklatury: • • • • • •

latinská jména taxonů, bez diakritických znamének jména nemusí odpovídat vlastnostem organismů jméno rodu – 1. pád jednotného čísla jméno vyššího taxonu – 1. pád množného čísla jméno druhu – dvouslovné (binomické), tj. rodové + druhové (Musca domestica, Lathyrus sylvestris) jméno poddruhu – trojslovné (trinominání), tj. rodové + druhové + poddruhové (Musca domestica vicina, Lathyrus sylvestris platyphyllos)

Principy vědeckého názvosloví 1. Princip priority – –

platné jméno taxonu = nejstarší řádně uveřejněný název mladší jména jsou synonyma

2. Princip homonymie –

pro různé taxony nesmí existovat stejná jména (v rozsahu působnosti stejného kodexu)

3. Princip názvových typů –

každý druh, rod a čeleď mají svůj nomenklatoricky závazný exemplář – TYP (typová série, kultura), tj. typový druh, rod uložený ve vědecké sbírce

Každý taxon musí mít: • jméno – dvouslovné (binom) – rodové jméno + druhové jméno babočka kopřivová (Aglais urticae) • popis (diagnosa) – soubor určujících znaků, které musí být popsány latinsky a musí doprovázet každý nově popsaný taxon • může obsahovat i podrobný popis (description) – v latině nebo jiném jazyku (angličtina...)

Citace taxonů • název druhu kursivou a za ním Autor, rok popisu: Helix pomatia Linnaeus, 1758 • pokud byl druh dříve zahrnut do jiného rodu, jméno autora v závorce:

Andrena clarkella (Kirby, 1802) původně Apis clarkella Kirby, 1802 • názvy rodů bez závorek: Andrena Fabricius, 1775 • mezinárodně platné zkratky: L. – Linnaeus, F. – Fabricius, Sc. – Scopoli, Pal. – Pallas, Hb. – Hübner, Rott. – Rottemburg atd.

Popis nového druhu • • • • • • •

•

nález druhu, snaha o determinaci, pokud neúspěšná, konzultace s odborníky (druh nemusí popsat ten kdo jej najde) vytvoření názvu druhu, diagnosa v latině (kratší, stačí 1 odstavec) a description (i několik stránek) vytvoření typové série: holotyp – jedinec, podle nějž byl popis zhotoven, pokud byl popis podle více exemplářů, nazývají se syntypy lektotyp – jedinec ze syntypové série, který je dodatečně deponován jako typový exemplář (není nutné deponovat všechny) alotyp – při dodatečném popisu opačného pohlaví neotyp – pokud se nedochoval žádný typový exemplář druhu (např. u těch popsaných v 18. století), může být designován nový exemplář toho samého druhu (rodu, čeledi) paratyp – ostatní exempláře typové série z níž byl designován holotyp nebo lektotyp

Popis nového druhu • značí se červeně (třeba u hmyzu na štítky) • popis typové lokality • publikace v odborném mezinárodním časopise

Hierarchická klasifikace •

soustava kategorií různé úrovně, do nichž zařazujeme taxony

•

Taxon - jednotka hierarchické klasifikace, nauka o taxonech – systematika (taxonomie) – umělá jednotka vytvořená člověkem podle znaků (character) – větš. morfologické, v současnosti molekulární znaky

Tři etapy taxonomie: • Alfa-taxonomie – charakteristika, pojmenování, vymezení a diagnostika taxonů (nižší t., rody, druhy) • Beta-taxonomie – vytvoření přirozené vyšší klasifikace taxonů na základě jejich příbuznosti • Gama-taxonomie – stadium evoluce a vzniku druhů, jejich variability •

Syntaxon (společenstvo) – jednotka hierarchické klasifikace ve fytocenologii (nauka o rostlinných společenstvech)

Znaky taxonů • taxon nadřazené kategorie obsahuje jeden nebo několik taxonů nejblíže podřazené kategorie • podřazený taxon může patřit pouze do jednoho nejbližšího taxonu nadřazeného • čím nižší taxon, tím příbuznější (větš. i podobnější) organismy navzájem zahrnuje • monotypický taxon – nadřazený taxon, který obsahuje jediný taxon podřazený (jinan dvoulaločný, strakáč březový)

Kategorie taxonů • základní – každý organismus do nich musí být zařazen (druh, rod, třída…) • doplňkové – odvozují se od základních kategorií a mají vždy pevné místo v hierarchii (podčeleď, nadřád…) • dodatečné – nejsou odvozené od žádné základní kategorie a jejich místo v hierarchii může i nemusí být přesně stanoveno • př.: tribus – mezi podčeledí a rodem, kohorta, ostatní často s předponou „infra-„

Základní taxony • botanika a mykologie: – druh (species) – rod (genus) – čeleď (familia) – řád (ordo) – třída (clasis) – oddělení (divisio) – říše (regnum)

• zoologie – druh (species) – rod (genus) – čeleď (familia) – řád (ordo) – třída (clasis) – kmen (phyllum) – říše (regnum)

Názvosloví taxonů v botanice Říše: rostliny (Plantae) Oddělení: krytosemenné (Magnoliophyta) Třída: dvouděložné (Magnoliopsida) Řád: zvonkotvaré (Campanulales) Čeleď: zvonkovité (Campanulaceae) Rod: zvonek (Campanula) Druh: zvonek okrouhlolistý (Campanula rotundifolia)

Názvosloví taxonů v mykologii Říše: houby (Fungi) Oddělení: pravé houby (Eumycota) Třída: stopkovýtrusé (Basidiomycetes) Řád: houby lupenité (Agaricales) Čeleď: muchomůrkovité (Amanitaceae) Rod: muchomůrka (Amanita) Druh: muchomůrka zelená (Amanita phalloides)

Názvosloví taxonů v zoologii Říše: živočichové (Animalia) Kmen: členovci (Arthropoda) Třída: hmyz (Insecta) Řád: brouci (Coleoptera) Čeleď: střevlíkovití (Carabidae) Rod: střevlík (Carabus) Druh: střevlík kožitý (Carabus coriaceus)

Doplníme další taxony… Říše: živočichové (Animalia) Podříše: Ecdysozoa Kmen: členovci (Arthropoda) Podkmen: vzdušnicovci (Atelocerata) Nadtřída: šestinozí (Hexapoda) Třída: hmyz (Insecta) Podtřída: křídlatí (Pterygota) Nadřád: Neoptera Řád: brouci (Coleoptera) Podřád: masožraví (Adephaga) Nadčeleď: střevlíci (Caraboidea) Čeleď: střevlíkovití (Carabidae) Podčeleď: střevlíkovití (Carabinae) Tribus: praví střevlíci (Carabini) Rod: střevlík (Carabus) Druh: střevlík kožitý (Carabus coriaceus)

Nižší taxonomické úrovně • Poddruh (subspecies) – soubor populací více nebo méně zřetelně odlišných od populací jiného poddruhu téhož druhu, ale se společnými druhovými charakteristickými znaky, stejným karyotypem, a proto schopných fertilního křížení s jedinci jiných poddruhů téhož druhu (pokud neexistuje genetická, ekologická či sezonní bariéra) – v zoologii: Meles meles rhodius – jezevec lesní rhodský – v botanice: Campanula rotundifolia subsp. rotundifolia – zvonek okrouhlolistý pravý

• Varieta – ekologicky nebo geograficky vyvolané odchylky v rámci druhu nebo poddruhu, které považujeme za potenciální poddruhy (označujeme „var.“)

Nižší taxonomické úrovně • Forma – v moderní taxonomii již není používána, jedinec odlišný jedním nebo několika málo znaky, bez vazby na určité stanoviště nebo geografické území (nejčastěji vzrůstová, barevná) – Chondrula tridens f. eximia je mnohem větší než Ch. t. tridens, – Argynnis paphia f. valensina se liší zbarvením

•

pro tyto dvě kategorie často používány i neplatné kategorie jako „aberace“, „morpha“ apod.

• Plemeno – uměle vyšlechtěná skupina jedinců některého ze druhů či poddruhů, především rozmanité formy (variety) domácích zvířat (např. psů, koní, ovcí apod.).

Kříženci • druhy vzniklé z pohlavních buněk dvou různých druhů • většinou mezidruhoví, ale existují i mezirodoví • často neplodní, v některých případech ale fertilní a mohou se dále křížit (pak tvoří tzv. hybridní roje, např. Gallium molugo a G. verum) • kříženec se pak označuje symbolem „x“ – Asplenum x adulterinum (kříženec A. trichomanes a A. viride)

• Klepton – kříženec, který předává jen znaky jednoho z rodičovských druhů, skokan zelený (Rana kl. esculenta)

… a nakonec • Agregace – skupina těžko rozpoznatelných druhů nebo poddruhů, označujeme „agg.“, Bythinella austriaca agg. • Kultivar – vyšlechtěná morfologicky odlišná skupina jedinců nebo jedinec (zkratka ‚cv.‘) • Hortulanorum – název druhu používaný zahradníky (najdete v katalozích, na pěstitelských burzách, veletrzích apod.)

4. Psaní vědecké práce

Vědecká práce • něco jiného než kniha nebo článek v ábíčku • prezentuje výsledky vlastního výzkumu • různé typy podle vědních oborů (např.  historické dílo jiné než biomedicínské) • výrazně odlišná od středoškolského referátu  nebo seminárky, veliký důraz na PRAVIDLA, ze  SŠ aktivit jsou blízko SOČ nebo AMAVET práce • mnoho typů

Původní vědecký článek = original article, research article • prezentuje výsledky vlastního výzkumu,  vlastně získané poznatky • pevná stavba – všechny PVČ mají stejnou  strukturu, která se MUSÍ respektovat • obsahuje CITACE (literární prameny, ze  kterých bylo čerpáno a se kterými byly vlastní výsledky srovnány) a ODKAZY NA CITACE v  textu

Původní vědecký článek • Název (Title) ‐ stručný i dlouhý, ale měl by být výstižný,  často ve více jazycích „Střevlíkovití brouci (Coleoptera: Carabidae) PR Peliny u  Chocně a přilehlých lokalit“ „Příspěvek k poznání střevlíků východních Čech“ • Jméno autora (ů) a jejich adresy a kontakty • Abstrakt (Abstract) ‐ krátké sdělení v několika větách  toho nejdůležitějšího, co článek přináší, existují speciální pravidla jak abstrakt psát, odlišná od psaní jiných částí článku • Klíčová slova (Key words) ‐ nejdůležitější termíny v  článku, podle nich pak článek hledají ve vyhledávačích

Původní vědecký článek • Úvod (Introduction) – o čem článek je, co už bylo zjištěno (včetně uvedení zdrojů), co bylo  hlavními cíli výzkumu, co článek přináší důležitého a zajímavého (obecně) • Metodika (Methods) – podrobný popis jak  bylo výsledků dosaženo, jaké přístroje,  determinační pomůcky atd. byly použity,  podle jakých pramenů nomenklatura atd.  • Seznam materiálu (Material) 

Původní vědecký článek • Výsledky (Results) – bez odkazů na citace, jen  napsáno to, co bylo nově objeveno, zjištěno,  tabulky, grafy • Diskuse (Discussion) – zhodnocení zjištěných  výsledků (čím a proč jsou významné, srovnání s jinými publikovanými údaji, možnosti  zlepšení, např. metodiky) • nejdůležitější část článku!!!

Původní vědecký článek • Závěry (Conclusions) – krátce řečeno, co článek  přináší důležitého, může být i v heslech s  odrážkami • Poděkování (Acknowledgement) – lidem  (technická podpora, jazyková pomoc, dodali data,  článek přečetli a opřipomínkovali…), zdrojům  financí (granty, sponzoři) • Literatura (References) – seznam zdrojů,  uvedených v článku, to samé jako „použitá literatura“, složitá pravidla jak citovat, která se  MUSÍ respektovat

Původní vědecký článek • Přílohy: • nejsou nutné, rozhodně špatně je starý způsob z  dob psaní na stroji – v práci jen text a obrázky a  vše ostatní do příloh • do příloh patří: velké, několikastránkové tabulky  (matrice dat pro analýzy, seznamy materiálu),  velké mapy, dílčí tabulky, grafy, mapy, které nejsou nejdůležitější, tabulky a grafy s  nejdůležitějšími výsledky v přílohách být NESMÍ

Tabulky • jednoduché • samovysvětlovací, legenda v textovém editoru  (Word), ne v tabulkovém procesoru (Excel),  musí být vyčerpávající • tučné zvýraznění, ne barvičky ani podtrhávání • pokud možno kratší, nesmí se nic opakovat • nesmí být uvedena tabulka i graf znázorňující úplně to samé (a dělá to spousta lidí)

Tabulka 1: Počty druhů vybraných skupin žahadlových blanokřídlých na Blatensku.  Údaje o včelách – Apiformes (čeledi Colletidae, Andrenidae, Halictidae, Melittidae,  Megachilidae and Apidae) jsou převzaty z publikace BOGUSCH (2003).  Table 1: Number of species of aculeate Hymenoptera in the vicinity of Blatná. Data  about Apiformes (families Colletidae, Andrenidae, Halictidae, Melittidae,  Megachilidae and Apidae) are adopted from BOGUSCH (2003). Čeleď

Počet druhů

Chrysididae - zlatěnkovití

8

Tiphiidae - trněnkovití

1

Mutillidae - kodulkovití

2

Sapygidae - drvenkovití

1

Eumenidae - hrnčířkovití

13

Vespidae - sršňovití

7

Pompilidae - hrabalkovití

16

Sphecidae - kutilkovití

2

Crabronidae - šíronožkovití

42

Colletidae - hedvábnicovití

18

Andrenidae - pískorypkovití

27

Halictidae - ploskočelkovití

30

Melittidae

2

Megachilidae - čalounicovití

28

Apidae - včelovití

25

Celkem

222

Obrázky, grafy • platí to samé jako u tabulek • barvy podle toho, jestli jsou nutné (a jestli je v  časopise otisknou), v čb verzi různě přerušované čáry (čerchované, čárkované…) nebo čáry s  obrazci (čtverce, trojúhelníky, kolečka…) a  odstíny šedé • u fotografií je nutné uvést zdroj a měly by být  autorské (ne skenované z knihy nebo stažené z  internetu, v tomto případě je nutná domluva s  autorem fotky a často jeho potvrzení, že fotku  dovolí uvést)

Fig. 2: Nest structure of some of the nesting species. Orig. P. BOGUSCH. 

Fig. 2. Gender ratio of Epeoloides coecutiens males and females through time based on  same collections used for Fig. 1. The dark line with triangles represents the number of  males; the dashed line with diamonds represents the number of females. The x‐axis  (Time Period) shows ten‐ or eleven‐ day periods of time for the months of May (5)  through August (8).

Pokyny pro autory = Instructions for Authors • každý časopis jiné, je nutné se jimi přesně řídit • článek musí být naprosto bez jediné chyby podle  pokynů, opak znamená 100% neúspěch • recenzní řízení: – – – –

odevzdání článku (submission) recenze (acception) korektura (proofs) vydání článku

• dnes elektronicky přes webové stránky časopisu,  dříve na disketách atd. (4x vytištěné + 1x na  disketě /)

Popularizační článek • nepřináší nové výsledky, ale přináší informace o  určitém problému, se kterými seznamuje určitou  skupinu čtenářů (zájemce o biologii, mladé techniky, staré drbů chtivé důchodkyně…) • musí být napsán čtivě, obsahuje fotografie,  obrázky • nemusí obsahovat citace, nanejvýše na konci  seznam další doporučené literatury • Živa, Vesmír a další

Další typy vědeckých publikací • monografie – velká, mnohostránková práce,  většinou v podobě knihy, ale struktura  odborného článku (obsahuje citace, grafy…) • revize – přehledný seznam dosud publikovaných  literárních poznatků k danému tématu, obsahuje  hodně literárních zdrojů • short communication (krátké sdělení) – často ve  stejných časopisech jako PVČ, jen krátké uvedené nějakého hodně zajímavého zjištění, které stačí napsat na 1‐3 stránky

Vysokoškolské studentské práce • bakalářská práce • magisterská (diplomová) práce • doktorská (dizertační) práce • velmi podobná pravidla psaní, liší se obsahem  a způsobem interpretace dat (a hlavně odbornou úrovní)

Pravidla psaní bakalářské práce • měla by splňovat beze zbytku požadavky na  odbornou vědeckou práci a podle toho být  hodnocena!!! • většinou formou review – sepsání dosud  publikovaných fakt k danému problému – důležité jsou i cizojazyčné zdroje – vyhledávání na Web of Science, Current Contents atd. – musí být vyčerpávající, tj. plně obsáhnout danou  problematiku (nestačí stáhnout tři články z internetu a  podle toho to napsat)

Pravidla psaní bakalářské práce Několik drobných rad: • obrázky a tabulky do textu • zvýrazňovat tučným nebo větším písmem,  nepodtrhávat ani nezačerňovat, celkově by měla mít  práce jednoduchou a přehlednou strukturu • psát stručně a výstižně a neopakovat pořád dokola to  samé (co je jednou napsáno by nemělo být opakováno) • velmi pečlivě sepsat diskusi • CITACE musí být naprosto přesně podle stanoveného  formátu, nesmí být mezi nimi rozdíly (velmi  nedoporučuji generátory citací jako citace.com apod.)

4. Vědecká konference

Vědecká konference • akce, kde odborníci prezentují výsledky svého  výzkumu a mohou o nich diskutovat • zároveň je to často nejlepší možnost, jak navázat  odborné kontakty • různé úrovně – v rámci určité společnosti (např. konference  Hymenoptera Research Society, Malakodny) – národní – např. jen v rámci ČR  – mezinárodní – většina, stačí účast odborníků z 2 a více  zemí (tj. i česko‐slovenské konference lze označit jako  mezinárodní)

Před konferencí… • každá konference má vlastní webové stránky s  instrukcemi nebo organizátor posílá účastníkům minulých let pozvánky • zde je nutno se zaregistrovat a uvést formu  příspěvku, zaplatit konferenční poplatek • formy příspěvků – přednáška nebo poster • dále poslat abstrakt příspěvku • a pak už se jede na konferenci

Průběh konference • registrace • zahájení • plenární přednáška(y) – nějaké aktuální,  významné téma nebo významná osobnost • bloky přednášek pod vedením vedoucího sekce  (chairman)  • poster session • večerní akce – zájmové (hospoda, divadlo) nebo  odborné (specializované přednášky) • vícedenní konference – často jeden den zájmový  program (výlet)

Přednáška • krátké sdělení o daném problému – obvykle 10‐ 15 minut + 5 minut diskuse • může přednášet jeden nebo i kolektiv autorů (nebo jeden z více autorů přednášky) • nutná prezentace v MS PowerPoint • mluvit spisovně, jasně, stručně a pochopitelně,  zaměřit se na výsledky a diskusi, neutopit se v  teoretickém základu a metodice • respektovat pokyny vedoucího sekce • při hloupých dotazech se chovat slušně

Prezentace stručná, optimální je 10 – 15 slidů minimum textu, obrázky, grafy, krátké tabulky musí v ní být ty hlavní výsledky na závěr uvést publikace, ve kterých se prezentují výsledky, a granty, které výzkum financují • poslední slide – „Děkuji za pozornost“ (v angl.  „Thank you for your attention“) • písmo min. 18,  menší většina lidí nepřečte • • • •

Poster • plakát, na kterém je uvedeno to samé, co se  uvádí v prezentaci • velikost je dána tabulemi instalovanými  organizátory konference (větš. max. 100x100 cm) • barevný tisk, ne „slovenský poster“ • při poster session autoři stojí u posterů a  odpovídají na dotazy účastníků konference • výhoda – po skončení konference je možné poster vyvěsit např. na pracovišti

Abstrakt • zkrácené sdělení obsahu přednášky nebo  posteru, není rozdělený na části jako článek, a  většinou neobsahuje seznam literatury • většinou max. 1 str. A4 včetně názvu, jmen a  kontaktů na autory • obsahuje především výsledky a jejich srovnání,  metodiku jen zkráceně • vychází ve sborníku abstraktů z konference,  často monografie nebo speciální číslo nějakého  vědeckého časopisu • bere se pak jako odborný článek

Proč je tohle pro vás důležité? • jste budoucí vědci, budete muset publikovat • jste budoucí učitelé, pamatujte na SOČ a celou  řadu podobných soutěží a projektových akcí • a hlavně – budete obhajovat bakalářskou a  diplomovou práci – obhajoba je formou  přednášky na konferenci – 10 min., čtení posudků + 5 min. diskuse – nutná prezentace v MS PowerPoint – prezentace především výsledků a jejich porovnání (diskuse)

Sceliphron curvatum – biologie a rozšíření introdukované kutilky v České republice Bogusch P. Katedra filosofie a dějin přírodních věd, Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Viničná 7, 128 48 Praha 2, e-mail: [email protected] Druh Sceliphron curvatum (Smith, 1870) patří mezi kutilky se štíhlým tělem, dlouhýma nohama a dlouhou zadečkovou stopkou. Je dlouhý okolo 2 cm (15 – 25 mm), černě zbarvený s žlutou a rezavou kresbou. Druhý druh, Sceliphron destillatorium (Illiger, 1807), který se stabilně se vyskytuje ve střední Evropě, je dlouhý 2 – 3 cm a zbarvený pouze černo-žlutě. Tento druh je z publikací typu červených knih známý jako podušťák jižní – naše největší kutilka, a žije na střední a jižní Moravě a v teplejších oblastech Slovenska. Sceliphron curvatum je synantropní druh, který si staví hliněná hnízda na budovách, nejčastěji ve velkých výškách přímo pod střechou. Hnízda však můžou být umístěna i uvnitř místností na obrazech, oděvech, knihách apod., což dokazuje, že se lidí opravdu nebojí. Samice sbírají hlínu na vlhkých místech a hnětou z ní asi 7 mm velké kuličky, z nichž staví hnízda. Ta jsou umístěna ve skupinkách po 5 – 22, nejvíce, 60 hnízd, bylo nalezeno na polystyrénové desce v Rakousku. V každém z hnízd je několik paralyzovaných stromových pavouků, kteří slouží jako potrava jediné larvě. Druh má ve střední Evropě jednu generaci. Biologii druhu zpracovali Gepp a Bregant (1986). Druh se původně vyskytoval v podhůří nejvyšších pohoří světa (Himaláj, Pamír, Ťan-Šan) na území Indie, Nepálu, Afghánistánu, Kazachstánu a Tádžikistánu. Jak už to u synantropních druhů bývá, původně hnízdil na skalách. Na území Evropy byl poprvé nalezen v roce 1979, a to poblíž města Graz v Rakousku (Van der Vecht 1984). Od té doby se rozšířil do dalších evropských zemí – Maďarska, Itálie (a Sardinie), Slovinska, Chorvatska, Francie, Švýcarska, Německa, Srbska a České republiky. Druh byl do Evropy zřejmě zavlečen člověkem, po území Evropy se však šíří sám. Na území Rakouska je dnes v některých oblastech hojný a v některých časopisech se o něm píše jako o příchozí kalamitě. Z České republiky je Sceliphron curvatum znám již skoro deset let; nejstarší zmínky o velké exoticky vypadající kutilce pocházejí z roku 1995. První lokalitou je Botanická zahrada Univerzity Karlovy v Praze Na Slupi, kde je druh pravidelně sbírán od roku 1999 v současné době tam žije již docela početná populace. V Čechách přibyly v posledních třech letech lokality na území Prahy, kde se jedná většinou o nálezy hnízd v bytech nebo na domech, druh byl odchycen i v Českých Budějovicích. Pražské lokality představují nejsevernější výskyt druhu na světě. Dále byl druh nalezen na Moravě v okolí Přerova, Moravského Krumlova,

Uherského Hradiště a na několika místech v Brně. České nálezy zpracovali Straka et al. (2004), vyšel i populární článek v časopisu Živa (Bogusch et al. 2004). Ze Slovenska je potrvzená jedna lokalita z let 2002-2004, článek vyjde jako faunistický rekord v Biológii (Bogusch & Dudich 2005). Druh na Slovensku určitě žije na více lokalitách a jen větší pozornost přírodovědců bude jistě stačit k objevení několika prvních lokalit během roku 2005. Zejména velkoměstské prostředí Bratislavy se jeví jako vhodný biotop pro tuto nápadnou kutilku. Literatura Bogusch, P. & Dudich, A. (2005) Sceliphron curvatum (Smith, 1870): first record for Slovakia (Hymenoptera: Sphecidae). Biologia 60: in press. Bogusch, P., Straka, J. & Srba, M. (2004) O kutilce z Botanické zahrady Na Slupi v Praze. Živa 51 (3): 121-122. Gepp, J. &Bregant, E. (1986) Zur Biologie der synantropen, in Europa eingeschleppten orientalischen Mauerwespe Sceliphron curvatum (SMITH, 1870) (Hymenoptera: Sphecidae). Mitt. naturwiss. Ver. Steiermark 116: 221-240. Straka J., Bogusch P., Tyrner P. & Vepřek D. (2004) New Hymenoptera (Hym.: Apoidea, Vespoidea) from the Czech Republic. Klapalekiana 11 (4): in press. Vecht J. van der (1984) Die orientalische Mauerwespe Sceliphron curvatum (Smith, 1870) in der Steirmark, Österreich (Hymenoptera, Sphecidae). Entomofauna 5: 213-219.

Sceliphron curvatum – nový druh kutilky pro Evropu, Českou Republiku, Slovensko

Petr BOGUSCH Katedra filosofie a dějin přírodních věd Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta e-mail: [email protected]

Samice u hnízda

Sceliphron curvatum (Smith, 1870)

Sceliphron destillatorium (Illiger, 1807)

Sceliphron curvatum (Smith, 1870) • synantropní druh, vyskytuje se ve městech a v okolí lidských sídel, na stejných místech i hnízdí • ve velkých výškách - pod střechou vysokých budov, i uvnitř místností – na obrazech, oděvech, knihách, skříních… • hnízda z hlíny, samice hnětou hliněné kuličky, ze kterých staví hnízdo • hnízda ve skupinách i jednotlivě, nejvíce 60

Sceliphron curvatum (Smith, 1870) • hnízda ve skupinách i jednotlivě, nejvíce 60 • potrava larev – pavouci, hl. čeledi Araneidae, Salticidae, Agelenidae, literární údaje o Opiliones • fenologie – červen až srpen, nebyly prokázány dvě generace, i když pozorování tomu nasvědčují, nejvíce jedinců – 2. pol. června • biologie zpracována Gepp, J. et Bregant, E. (1986) Zur Biologie der synantropen, in Europa eingeschleppten orientalischen Mauerwespe Sceliphron curvatum (SMITH, 1870) (Hymenoptera: Sphecidae). Mitt. naturwiss. Ver. Steiermark 116: 221-240.

Rozšíření druhu • podhůří Himaláje a dalších pohoří – území Indie, Afghánistánu, Nepálu, Kazachstánu… • 1979 – první nález v Evropě u Grazu – Rakousko, publikoval Van der Vecht (1984) • od té doby se druh rozšířil (zřejmě bez pomoci člověka) do dalších evropských zemí

Rozšíření v České republice

několik lokalit na území Prahy

více lokalit na Moravě České Budějovice

Slovensko

Bardejov

Banská Štiavnica

bude publikováno v Biologii v roce 2005

Publikace Bogusch, P., Straka, J. et Srba, M. (2004) O kutilce z botanické zahrady. Živa 51(3): 121-122. Straka, J., Bogusch, P., Tyrner, P. et Vepřek, D. (2004) New Hymenoptera (Hym.: Apoidea, Vespoidea) from Czech Republic. Klapalekiana 11 (4): in press. Bogusch, P. et Dudich, A. (2005) Sceliphron curvatum – new sphecid wasp for Slovakia. Biologia 60: in press.

Děkuji vám za pozornost.

LADISLAVA NETÍKOVÁ

Význam včely medonosné € Opylovač € Bionidikátor € Producent

včelích produktů

Výzkum ¾ Včelí

produkty a výrobky s včelími produkty

¾ Antibiotika

Výzkum ¾ Druhy

mikroorganismů:

y Candida albicans y Escherichia coli y Enteroccocus faecalis y Pseudomonas aeruginosa y Staphylococcus aureus y Aspergillus niger y Penicillium citrinum

Typ a průběh testu

Účinek jednotlivých látek € Antibiotika € Včelí

produkty

€ Výrobky

s včelími produkty

Závěrečné shrnutí € Zdokonalení € Přínos

metodiky

praktické části bakalářské

práce € Celkový

význam včelích produktů

Děkuji Vám za pozornost. Ladislava Netíková

3. Vyhledávání publikací a práce  s nimi, citace a jejich pravidla

Publikace • v tomto případě myslíme odborné vědecké publikace, tj. zdroje, které jsme si přiblížili v  minulé přednášce + internetové zdroje – ale  pozor na ně!!! • při psaní review – nutné sehnat všechny důležité publikace, především v cizích jazycích, naprosto  nepřípustné je zaměřit se jen na česky psané publikace • slušná bakalářská práce by měla obsahovat aspoň 30 literárních zdrojů, odborný článek typu review  minimálně 100

Jak a kde publikace hledat? • školitel – má přehled o publikacích, ty základní má nebo poradí • v seznamu literatury základních článků lze najít  další • řada zdrojů lze najít na internetu, ale pozor na  důvěryhodnost internetových stránek – řada z  nich vzniká jen jako zájmová činnost jednotlivců a  nemá potřebnou odbornost a obsahuje chyby • internetové zdroje by měly sloužit jen jako  doplňkové, NE jako hlavní

Jak a kde publikace hledat? • vyhledávače – seznamy vědeckých publikací k danému  tématu (třeba zoologické, biomedicínské, geologické)  ze všech světových časopisů, vyhledává se podle  abstraktu a klíčových slov • Current Contents – naprosto základní zdroj pro  vědeckou práci, obsahuje databázi biologických článků (Biological Abstracts) od roku 1992, zoologických  (Zoological Record) od r. 1978, biomedicínských,  geologických a řady dalších • Medline – vyhledávač medicínských článků • Web of Science – vyhledávač jen článků s IF (Impact  Factor) z různých oborů

Jak publikace sehnat? Když si najdete publikace, lze je sehnat několika způsoby: • stáhnout články online v PDF formátu – jen nové, z  lepších časopisů, a většinou je to placené (buď předplacené nebo cena za článek) • sehnat v knihovně – buď v HK nebo v jiné knihovně v  ČR nebo ve světě přes meziknihovní výpůjční službu,  fyzickou přítomnost článku zjistíte na stránkách  souborného katalogu ČR (www.caslin.cz), tam najdete  siglu knihovny (např. ABA001) a objednáte článek – pošlou buď přímo článek k okopírování nebo rovnou  kopii článku

Jak publikace sehnat? • přímo od autora – pokud nejde článek sehnat jinak,  napíšete přímo autorovi – e‐mailem (je uveden na  Current Contents anebo si ho najdete na netu) nebo  dopisem na adresu autora • existují speciální žádanky o článek, dříve měla každá instituce předtištěnou vlastní žádanku • je nutné zachovat určitou formu dopisu a vhodné napsat tam co studujete, že ten článek jiným  způsobem neseženete, a že by Vám strašně moc  pomohlo, když autor ten článek pošle • samozřejmě je nutné uvést adresu kam to má poslat – v angličtině a nejlépe na univerzitu a katedru (ne  domů)

Department of Biology University of Hradec Kralove Rokitanskeho 62 CZ‐500 03 Hradec Kralove Czech Republic

Dear Sir, I would be very much appreciate receiving a reprint of your articles

Resin‐collecting bees (Apidae) on Clusia palmicida (Clusiaceae) in a riparian forest in  Brazil in Journal‐of‐Tropical‐Ecology 17 (1): 149‐153. And Social bees (Hymenoptera: Apidae) and their floral resources in a secondary forest  region, Alcantara, Ma, Brazil in Acta‐Amazonica 26 (1‐2): 55‐68. I study cleptoparasitic and solitary bees and their relations to flowers. Your articles  would help me very much, I am unable to get them in any other way than from  you. Yours faithfully, Dr. Petr Bogusch e‐mail: [email protected]

Vyhledávat lze i jiné věci • sekvence DNA určitých genů, druhů • sekvence aminokyselin v proteinech

Jak pracovat s publikacemi? • menší články je nutné přečíst celé (nemusí se příliš číst  poděkování) • nejprve přečíst abstrakt, z toho zjistíte, jestli článek  obsahuje to, co potřebujete (abstrakty jsou u  zpoplatněných článků běžně uvedené zdarma na  internetu) • důležité jsou výsledky a diskuse, v případě metodologické práce metodika • v úvodu lze zjistit, o čem jsou články uvedené v  seznamu literatury, a zda je důležité si je sehnat • větší monografie nečíst celé, ale jen příslušné pasáže

Citace • informace o publikacích použitých k sepsání práce, uvedená podle mezinárodně daných  pravidel • uvádějí se v seznamu literatury (česky tzv.  Použitá literatura nebo jen Literatura,  anglicky References) • uvádějí se jen použité publikace, na které jsou  v textu článku tzv. odkazy

Citace ODKAZ: (SKALICKÝ 1984) CITACE:  SKALICKÝ V.  1984: Okolím Lnář, průvodce naučnou  stezkou. Odbor kultury ONV Strakonice, Strakonice, 48 pp. V TEXTU: Entomofauna Blatenska je dosud velmi málo prozkoumaná;  existují studie o broucích (Coleoptera), např. FELBÁB et al.  (1988), další údaje o hmyzu jsou v průvodci naučnou  stezkou okolím Lnář (SKALICKÝ 1984); tzv. „denních  motýlů“ se dotýká práce HAVLA (1988) – jde však spíše o  populární přiblížení motýlí fauny různých biotopů okresu. 

Odkazy Jak používáme: • Vyhledává staré stromy, v jejichž dutinách hnízdí (Hanel 1995) • Hanel (1995) uvádí, že vyhledává staré stromy, v jejichž dutinách hnízdí Publikace řadíme chronologicky, tj, od nejstarší po nejnovější, v případě stejného roku podle abecedy: • Oba dva druhy byly v minulosti nalezeny i na území Čech (Klapálek  1892, Baťa 1933, Hoffer 1933, Hanel 1995) • Klapálek (1892), Baťa (1933), Hoffer (1933) a Hanel (1995) uvádějí,  že.... Jsou‐li dva autoři, používáme „&“: • Dvořák & Smetana (2004) zjistili... • V NP Poloniny bylo zjištěno 9 druhů vos (Dvořák & Smetana 2004) • lze i Dvořák a Smetana (2004) nebo Dvořák et Smetana (2004), ale  dnes se prakticky neužívá (v angličtině and)

Odkazy Je‐li autorů více než dva, používáme „et al.“, většinou  píšeme kursivou: • Straka et al. (1999) našli .... • 5 druhů střevlíků (Straka et al. 1999) Často se cituje v KAPITÁLKÁCH (TYRNER & VEPŘEK 2002) nebo VERZÁLKÁCH (LUKÁŠ et al. 2003), záleží na pokynech  pro autory ‐ úpravě časopisu, sborníku... Je‐li více publikací od jednoho autora z jednoho roku: • označujeme podle pořadí použití v textu malými písmeny ‐ Alfken (1912a), Alfken (1912b)

Citace Citace Různě se citují různé typy publikací: 1) články v odborných časopisech: • PETERSEN B. 1988: The Palearctic Mutillidae of I. C. Fabricius and  some related material (Insecta, Hymenoptera Aculeata).  Steenstrupia 14: 129‐224.  • HANEL L. 1995: Nález drvodělky Xylocopa valga v CHKO Blaník  (Finding of Xylocopa valga in the landscape protected area /PLA/  Blaník). Bohemia centralis 24(5): 208‐210. 2) články v nesvětovém jazyce v cizím časopise • BALTHASAR V. 1941:  Příspěvek k poznání Hymenopter východní Moravy. [Contribution to the knowledge of Hymenoptera of  eastern Moravia]. Časopis České společnosti entomologické 38: 104‐ 114 (in Czech)

Citace 3) více autorů • SCHMID‐EGGER CH. & PETERSEN B. 1993: Taxonomie, Verbreitung,  Bestandssituation und Bestimmungsschlüssel für die deutschen Arten der Gattung  Smicromyrme Thomson, 1860. Nachrichtenbl. Bayer. Entomol. 42: 46‐57. • SCHWARZ M., GUSENLEITNER F., WESTRICH P., DATHE H.H. 1996: Katalog der  Bienen Österreichs, Deutschlands und der Schweiz (Hymenoptera, Apidae).  Entomofauna 8: 1‐398.  4) knihy a monografie • ZAHRADNÍK J. 1987. Blanokřídlí. Artia, Praha, 192 pp.  • O’NEILL K. 2000: Solitary Wasps: Behavior and Natural History. Cornell University  Press, Ithaca and New York, xiv + 406 pp.  • LELEJ A. S. 1985: Osy – nemki fauny SSSR i sopredeľnykh stran. [Mutillidae  (Hymenoptera) of the USSR and neighboring countries]. Leningrad: Nauka, 268 pp.  (in Russian)  5) kapitoly, části monografií • HOFFER A. 1938: Myrmosidae, Mutillidae, pp. 176‐195. In: BAŤA L. (ed.):  Prodromus hmyzu Republiky Česko‐Slovenské. Pars 2 – Vespoidea,  Psammocharidae. Sborník entomologického oddělení Zemského musea v Praze 16:  166‐223 

Citace 6) internetové zdroje • SCHMID‐EGGER CH. & BURGER F. 2005: Kritisches Verzeichnis der  deutschen Arten der Mutillidae, Sapygidae, Scoliidae und Tiphiidae  (Hymenoptera). Web sites: http://www.bembix.de/ • PSCHORN‐WALCHER H. & HEITLAND W. 2005: Parasitoide online, Fam.  Mutillidae, Ameisenwespen [Hymenoptera , Scolioidea]. Web sites: http://www.faunistik.net/PONLINE/HYMENOPTERA/SCOLIOIDEA/MUTILLI DAE/mutillidae.html 7) diplomové a jiné práce • HEŘMAN P. 1999: Rozšíření druhu Leptidea reali Reisinger, 1989 a L.  sinapis Linnaeus, 1758 v Čechách. Katedra biologie, Univerzita Hradec  Králové, diplomová práce, 124 pp. (nepublikovaný manuskript) 8) sborníky z konferencí • BOGUSCH P. 2004. Sceliphron curvatum – biologie a rozšíření introdukované kutilky v České republice. pp. 62‐63. In: BRYJA J. & ZUKAL J.  (eds.): Zoologické dny Brno 2004, Sborník abstraktů z konference 12.– 13.února 2004, 232 pp.

Další pravidla u autora se dvěma příjmeními se uvádí obě: SCHMID‐EGGER C. ,  DAVIDOVÁ‐VILÍMOVÁ J. • v mezinárodních časopisech uvádíme autory s příjmením od “CH” v “C” • není‐li uveden autor práce, použijeme “Anonymus” ‐ ANONYMUS 2001:  ..., stejně i citujeme • řazení podle abecedy a pak chronologicky: •

– – – – – – – –

•

Hadač A. 1890 Hejný S. 1965 Hejný S. 1967a Hejný S. 1967b Hudec K. 1981 Hudec K. & Šťastný K. 1970 Hudec K. & Veselý J. & Černý W. 1974 Hudec K. & Zemánek C. 1950

není‐li znám rok publikace, uvádíme “(s.a)” ‐ sine anno, nevíme‐li přesně,  do hranatých závorek: Kubátová S. [1984], vychází‐li publikace po částech,  pak: Dostál J. et al. (1948‐1950): Květena ČSR 

Číselné citace •

používají se např. v chemii, v biologii ne Thiamin  pyrophosphate  (11,  vitamin  B1)  is  an  important  cofactor  in  all  living  systems.  It  is  involved  primarily  in  carbohydrate  and  branched  chain  amino  acid  metabolism, where it stabilizes acyl carbanion intermediates (1). Vitamin B1 is an  essential  nutrient  in  humans,  and  the  thiamin  deficiency  diseases  beriberi  and  Wernike‐Korsakoff  syndrome  have  been  extensively  studied  (2,  3).  The  thiamin  biosynthetic pathway in Escherichia coli is outlined in Scheme 1 (4, 5).

REFERENCES 1. Jordan, F. (2003) Current mechanistic understanding of thiamin diphosphate‐ dependent enzymatic reactions, Nat. Prod. Rep. 20, 184‐201. 2. Martin, P. R., Singleton, C. K., and Hiller‐Sturmhofel, S. (2003) The role of thiamine  deficiency in alcoholic brain disease, Alcohol Res. Health 27, 134‐142. 3. Butterworth, R. F. (2003) Thiamin deficiency and brain disorders, Nutr. Res. ReV. 16,  277‐283. 4. Settembre, E., Begley, T. P., and Ealick, S. E. (2003) Structural biology of enzymes of  the thiamin biosynthesis pathway, Curr. Opin. Struct. Biol. 13, 739‐747. 5. Begley, T. P., and Ealick, S. E. (2004) Mechanistic and structural studies on thiamine  biosynthetic enzymes, Oxid. Stress Dis. 11, 15‐28.

6. Základy kladistiky a fylogenetiky

Co je to fylogenetika? • systematika (taxonomie) – řazení organismů do systému, dříve podle morfologie, v současnosti snaha o třídění dle příbuznosti • fylogenetika – snaha o třídění organismů do systému a objasnění vzájemné příbuznosti druhů • fenetika – metodologická věda o třídění organismů dle podobnosti fenotypu, výsledkem fenogram • kladistika – metodologická věda o třídění organismů dle fylogenetické příbuznosti, výsledkem kladogram

PŘEDEK!!!

Fylogenetika •

znaky příbuznosti – primární – sekvence nukleotidů v jaderné DNA, sekundární – morfologické a anatomické znaky, sekvence proteinů, RNA, plazmidů apod.

•

Willi Hennig – vyvinul metodický přístup umožňující vytvoření testovatelné fylogenetické hypotézy → fylogenetika – metodické principy jak definovat zákonistosti evoluce, interpretace historické příbuznosti taxonů

• •

fylogenetické stromy – grafické znázornění příbuznosti organismů dendrogram – strom získaný na základě jiných znaků než znaků fylogenetické příbuznosti fenogram – podle znaků fenotypu kladogram – podle znaků fylogenetické příbuznosti

• •

Třítaxonové stanovisko • třítaxonové stanovisko (three taxon statement) – systém hodnocení genealogické příbuznosti druhů, taxony A a B jsou si příbuznější než A a C, že A a B jsou si příbuzné lze říci o jakýchkoliv dvou taxonech

A

B

C

Znaky • rozlišovací jednotky mezi taxony • stav znaku – 2, 3, 4 článková tykadla, výchozí stav – ten, který je u společného předka, transformační série 2 → 3 → 4 nebo 2 ← 3 → 4 • zdroje znaků – zejména morfologie, anatomie, ale i mnoho dalších věd, existují např. behaviorální (etologické) znaky

Typy znaků 1. • • o o

kvalitativní – lze vyjádřit slovně (rohy x parohy) kvantitativní – lze vyjádřit číslem meristické – celým číslem – článků tykadla (u včel 12 nebo 13) kontinuitní – spojité, jejich jednotlivé fáze lze uměle vytvořit (hmotnost)

2. • homologie – znaky zděděné od společného předka (křídlo hmyzu je homologické dýchacímu přívěsku končetiny korýšů) • homoplasie – znaky vzniklé nezávisle (konvergence, analogie, náhodná podobnost – žlutá barva žluťásků a kanárků)

Př. bezkřídlý hmyz konvergence

rybenky brouci stav 0

stav 1

blechy stav 2

Podobnosti ve znacích • apomorfní – ve stavu odvozeném, evoluční novinky, společný znak pro dvě příbuzné skupiny – synapomorfie • plesiomorfní – v primitivním stavu znaku, zděděné od předka v málo pozměněné podobě • Př. transformační série 1 → 2 → 3 → 4 → 5 → 6, 3 je plesiomorfní vůči 4, 5, a 6, ale apomorfní vůči 1 a 2

Podobnosti ve znacích • synplesiomorfie – primitivní znak sdílený více skupinami, neinformativní • synapomorfie – spojují dvě skupiny dohromady, umožňují konstruovat fylogenetickou hypotézu • autapomorfie – výlučně pro jednu skupinu, jen indikace o monofylii skupiny, neinformativní vzhledem k fylogenetické hypotéze

králík

pišťucha

autapomorfie

zajíc synplesiomorfie

králík

zajíc

synapomorfie pišťucha

Reverze • situace, kdy se znovu objeví plesiomorfní stav 0 → 1 → 0 (bezkřídlý hmyz) • pozitivní reverze – znovuobjevení znaku 1 → 0 → 1

Taxony • přirozené - monofyletické, kladistická analýza pracuje jen s přirozenými taxony • nepřirozené – parafyletické a polyfyletické • ‘incerte sedis’ – nejasného zařazení (nevíme co s nimi) • společný předek – vždy členem monofyla i parafyla, ale nikdy polyfyla, u monofyla – všichni potomci daného předka, předek je výlučný pro monofylum

Monofylum

P

K

z

Parafylum

P

K

z

Polyfylum

P

K

z

Plazi a ptáci krokodyli savci ptaci dinosauri supinati

zelvy

Metataxon A

B

C

D

E

F

Kladogram

terminální vetev (branch) uzel (nodus) vetev (internodus) koren (root)

Typy kladogramů větvený (dichotomický) a hřebenitý (pektinátní)

nezakořeněný

a

zakořeněný

Typy kladogramů • rozřešený

a

Grafické znázornění kladogramu

nerozřešený

Kladistická analýza stanovíme taxony, které srovnáváme (např. 20 druhů středoevropských střevlíků nebo třídy obratlovců – ryby, obojživelníky, plazy, ptáky, savce) stanovíme pro všechny taxony stejné znaky a jejich možné stavy (př. končetiny – ploutve (stav 0), nohy (stav 1), polarizace 0 ® 1 určíme polarizaci znaků u těch, u nichž to je možné (můžeme hned – a priorně nebo v průběhu analýzy – a posteriorně) určíme stavy znaků u jednotlivých taxonů a sepíšeme do tabulky: matrici znaků exportujeme z Microsoft Excelu do programu pro tvoření matric, např. Nexus© matrici znaků exportujeme z Microsoft Excelu do programu pro tvoření matric např Nexus©

Kladistická analýza • stanovíme taxony, které srovnáváme (např. 20 druhů středoevropských střevlíků nebo třídy obratlovců – ryby, obojživelníky, plazy, ptáky, savce) • stanovíme pro všechny taxony stejné znaky a jejich možné stavy (př. končetiny – ploutve (stav 0), nohy (stav 1), polarizace 0 ® 1 • určíme polarizaci znaků u těch, u nichž to je možné (můžeme hned – a priorně nebo v průběhu analýzy – a posteriorně)

Kladistická analýza • určíme stavy znaků u jednotlivých taxonů a sepíšeme do tabulky:

Kladistická analýza • matrici znaků exportujeme z Microsoft Excelu do programu pro tvoření matric, např. Nexus© • matrici znaků exportujeme z Microsoft Excelu do programu pro tvoření matric, např. Nexus© • soubor s matricí znaků připravený pro analýzu zpracujeme ve fylogenetickém programu, např. P.A.U.P.©, Hennig83 a další • program na základě podobností vytvoří kladogram – znázorňuje příbuznost taxonů podle znaků, můžeme si vybrat metodu, kterou kladogram vznikne, často je stejně pravěpodobných stromů více • v programu pro prohlížení a editaci stromů můžeme kladogram dotvořit (délky větví, typ stromu, hodnoty pravděpodobností apod.), např. TreeView

Jak pracuje kladistický program? Počet možností:

( 2n − 3)! N = n−2 2 ( n − 2)!

n = počet taxonů, pro n = 4, N = 15, n = 10, N = hodně velké (34 459 425) → musíme vybrat co nejméně stromů, abychom dostali výsledek • •

exhaustive search – vygenerování všech možných existujících kladogramů, následuje hledání polarizace znaků - logický proces určování, které znaky jsou plesiomorfní a které apomorfní, je založena na a priori argumentech deduktivní povahy optimalizace znaků – vzhledem k topologii výsledku se určuje polarita znaků až po získání výsledku, a posteriorní metoda

Konsensuální kladogram • strom, který vznikne spojením všech původních stromů, shrnutí několika kladogramů do jednoho – striktní – jako rozřešené bereme jen to, co se shoduje u všech kladogramů (tedy pst 100%) – semistriktní – dovoluje přijmout i nerozřešené, obráceně, všechny větve rozřešené – majority rule (pravidlo většiny) – to, co se většinou shoduje, bereme jako rozřešené (nad určitou % hladinu (většinou 50%)

krokodyli savci ptaci dinosauri supinati 48 25 50

zelvy

87 100

Vytvořte striktní konsenzuální kladogram!

S

P

D

K

Š

Ž

krokodyli savci ptaci dinosauri supinati 48 25 50

zelvy

87 100

Vytvořte semistriktní konsenzuální kladogram! P S D

K

Š

Ž

krokodyli savci ptaci dinosauri supinati 48 25 50

zelvy

87 100

Vytvořte konsenzuální kladogram dle pravidla majority rule! S

P

D

K

Š

Ž

krokodyli savci ptaci dinosauri supinati 48 25 50

zelvy

87 100

Vytvořte konsenzuální kladogram, kde jako rozřešené bereme jen shodu ve více než 70%

???

krokodyli savci ptaci dinosauri supinati 48 25 50

87 100

zelvy