IDENTIFIKASI SPESIES POLEROVIRUS PADA TANAMAN WORTEL MELALUI ANALISIS SEKUEN NUKLEOTIDA GEN COAT PROTEIN INA RUBIATUL HASANAH

IDENTIFIKASI SPESIES POLEROVIRUS PADA TANAMAN WORTEL MELALUI ANALISIS SEKUEN NUKLEOTIDA GEN COAT PROTEIN

INA RUBIATUL HASANAH

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN FAKULTAS PERTANIAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014

ii

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA *

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Identifikasi Spesies Polerovirus pada Tanaman Wortel melalui Analisis Sekuen Nukleotida Gen Coat Protein” adalah benar karya saya dengan arahan dari pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini. Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya pada Institut Pertanian Bogor. Bogor, Mei 2014 Ina Rubiatul Hasanah NIM A34100091

*Pelimpahan hak cipta atas karya tulis dari penelitian kerja sama dengan pihak luar IPB harus didasarkan pada perjanjian kerja sama yang terkait.

c

ABSTRAK INA RUBIATUL HASANAH. Identifikasi Spesies Polerovirus pada Tanaman Wortel melalui Analisis Sekuen Nukleotida Gen Coat Protein. Dibimbing oleh GEDE SUASTIKA. Selama survei di sentra produksi wortel di Jawa Barat, beberapa tanaman ditemukan menunjukkan gejala mirip diinduksi virus. Tanaman yang sakit menunjukkan gejala kemerahan dan kekuningan pada daun, tetapi tanaman tidak tampak kerdil. Gejala ini mirip dengan penyakit yang telah dilaporkan terdapat di negara-negara lain, yang disebut “carrot motley dwarf”, dimana gejala kemerahan, kekuningan, dan pengerdilan sangat jelas. Penyakit ini dilaporkan disebabkan oleh infeksi campuran dari dua virus yang berbeda, yaitu Carrot red leaf virus (CtRLV), anggota dari genus Polerovirus dan Carrot mottle mimic virus (CMoMV), anggota dari genus Umbravirus. Untuk mengetahui agen penyebab penyakit daun merah di Indonesia, RNA total diekstraksi dari daun tanaman wortel bergejala yang diperoleh dari pertanaman wortel di Cipanas, Cianjur, Jawa Barat untuk digunakan dalam proses reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). Deteksi dilakukan dengan menggunakan pasangan primer spesifik untuk CtRLV. Namun virus tersebut gagal dideteksi, kemudian identifikasi lebih lanjut difokuskan pada virus lain dari spesies Polerovirus dengan menggunakan sepasang primer CP-F (5'-AATTAAGGATCCAATACG GGAGGGGTTAGGAGAAAT-3') dan CP-R (5'-AATTAACTGCAGTTTCGG GTTGTGCAATTGCACAGTA-3'). RT-PCR berhasil mengamplifikasi pita DNA berukuran sekitar 650 bp, sesuai dengan estimasi ukuran primer yang dirancang. Produk RT-PCR kemudian disekuen dan 630 nukleotida berhasil dibaca. Analisis BLAST menunjukkan bahwa virus yang menjadi penyebab penyakit daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat adalah Pepper vein yellow virus (PeVYV). PeVYV adalah virus yang sudah ditemukan menginfeksi cabai di Bali. Hal ini merupakan laporan pertama mengenai PeVYV yang menginfeksi tanaman wortel di Indonesia. Kata kunci: Pepper vein yellow virus, penyakit daun merah, reverse-transcription polymerase chain reaction.

ABSTRACT

INA RUBIATUL HASANAH. Identification of Polerovirus Species in Carrot by Analysing The Nucleotide Sequence of Coat Protein Gene. Supervised by GEDE SUASTIKA. During survey on central production of carrot in West Java, some plants were found exhibiting virus-like induced symptoms. The diseased plants showed reddening and yellowing of leaves, but the plants were unlikely to be stunting. The symptom was resemble to the disease reported in other countries as „motley dwarf‟, in which the reddening, yellowing, and stunting is accentuated. The disease was reported to be caused by mixed infection of two different viruses that were Carrot red leaf virus (CtRLV), member of genus Polerovirus and Carrot mottle mimic virus (CMoMV), member of genus Umbravirus. To know the causal agent of the disease present in Indonesia, total RNA extraced from the symptom exhibiting carrot plants obtained from field in Cipanas, Cianjur, West Java was subjected to reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) using primer pair specific to CtRLV. Unfortunately, the virus was failed to be detected and therefore, further identification was focused on other virus. Using primer pair of CP-F (5‟-AATTAAGGATCCAATACGGGAGGGGTTAGGAGAAAT-3‟) and CP-R (5‟-AATTAACTGCAGTTTCGGGTTGTGCAATTGCACAGTA-3‟), that were specific to Polerovirus. RT-PCR was successfully amplified a DNA band of about 650 bp, the size which accordance with the designed primers. The RT-PCR product was then sequenced and the 630 nucleotides were succesfully read. The BLAST analysis of the nucleotide sequence revealed that the virus associated with red leaf disease on carrot in West Java was associated with Pepper vein yellow virus (PeVYV). PeVYV was a virus found previously infected chilli pepper in Bali. This is the first report concerning PeVYV infected carrot in Indonesia. Keywords: Pepper vein yellow virus, red leaf disease, reverse transcriptionpolymerase chain reaction.

IDENTIFIKASI SPESIES POLEROVIRUS PADA TANAMAN WORTEL MELALUI ANALISIS SEKUEN NUKLEOTIDA GEN COAT PROTEIN

INA RUBIATUL HASANAH

Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk melakukan penelitian tugas akhir pada Departemen Proteksi Tanaman

DEPARTEMEN PROTEKSI TANAMAN FAKULTAS PERTANIAN INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2014

Judul Usulan

: Identifikasi Spesies Polerovirus pada Tanaman Wortel melalui Analisis Sekuen Nukleotida Gen Coat Protein Nama Mahasiswa : Ina Rubiatul Hasanah NIM : A34100091

Disetujui oleh

Dr Ir Gede Suastika, MSc Dosen Pembimbing

Diketahui oleh

Dr Ir Abdjad Asih Nawangsih, MSi Ketua Departemen

Tanggal lulus:

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan ke khadirat Allah SWT yang telah memberikan segala rahmat dan karunia-Nya sehingga dapat menyelesaikan skripsi ini yang berjudul “Identifikasi Spesies Polerovirus pada Tanaman Wortel melalui Analisis Sekuen Nukleotida Gen Coat Protein”. Penelitian dilakukan di Laboratorium Virologi, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung mulai bulan September 2013 sampai Maret 2014. Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada orang tua serta keluarga yang selalu memberikan doa, dukungan serta motivasi kepada penulis. Terima kasih juga penulis sampaikan kepada Dr Ir Gede Suastika, MSc selaku dosen pembimbing skripsi yang memberikan banyak saran, pengetahuan, dan dukungan, Dr Ir Idham Sakti Harahap, MSi selaku dosen pembimbing akademik sekaligus dosen penguji tamu yang telah memberikan banyak kritik dan saran terhadap penulis. Terima kasih kepada Fitrianingrum Kurniawati, SP, MSi, Sari Nurulita, SP, Pak Heru, Mansyur Tri Widodo, dan teman-teman Laboratorium Virologi yang telah memberikan bimbingan dan membantu selama proses penelitian, serta teman-teman Proteksi Tanaman angkatan 47 dan teman-teman KC yang telah memberikan banyak dukungan dan motivasi selama perkuliahan hingga penelitian. Penulis menyadari masih banyak kekurangan yang perlu diperbaiki dalam skripsi ini, oleh karena itu penulis membutuhkan kritik dan saran yang bersifat membangun untuk mencapai tujuan yang diinginkan. Semoga skripsi ini bermanfaat.

Bogor, Mei 2014 Ina Rubiatul Hasanah

vii

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL DAFTAR GAMBAR DAFTAR LAMPIRAN PENDAHULUAN Latar Belakang Tujuan Manfaat Penelitian BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Penelitian Bahan dan Alat Metode Ekstraksi RNA Total Sintesis Complementary (cDNA) Amplifikasi DNA Visualisasi Hasil RT-PCR Sekuen Nukleotida dan Analisis Filogenetika HASIL DAN PEMBAHASAN Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel Virus yang Berasosiasi dengan Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel Spesies Polerovirus Penyebab Daun Merah pada Tanaman Wortel SIMPULAN DAN SARAN DAFTAR PUSTAKA

vii vii vii 1 2 2 2 3 3 3 3 3 3 4 4 5 6 6 7 8 11 12

1

DAFTAR TABEL 1 Komposisi reaktan Reverse Transcription (RT) untuk satu kali reaksi 2 Komposisi reaktan Polymerase chain reaction (PCR) untuk satu kali reaksi 3 Homologi sekuen nukleotida virus penyebab daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat (PeVYV-WJC) dengan virus-virus yang sudah dilaporkan dapat menginfeksi tanaman wortel 4 Homologi sekuen nukleotida virus penyebab daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat (PeVYV-WJC) dengan PeVYV yang sudah dilaporkan di beberapa negara lain

4 4 8

9

DAFTAR GAMBAR 1 Gejala pada daun wortel (Daucus carota L) yang ditemukan di lapangan (A) gejala penyakit daun merah pada wortel (B) daun-daun semula berwarna kuning, daun-daun atas berubah warna menjadi kemerahan (C) daun-daun yang lebih muda menjadi keunguan 2 Hasil amplifikasi DNA virus dari sampel tanaman wortel bergejala penyakit daun merah. Lajur: (M) marker 1 kb DNA ladder (Promega, US), (K-) kontrol negatif, (P) isolat PeVYV tanaman cabai, (I) isolat PeVYV-WJC tanaman wortel. 3 Pohon filogenetika isolat-isolat Pepper vein yellow virus berdasarkan sekuen nukleotida gen coat protein menggunakan program CLC sequence viewer v 6.7.1 dengan pendekatan UPGMA. No aksesi PeVYV isolat ranti asal India adalah JX427531, PeVYV-ThailandCabai JX427541, PeVYV-Taiwan-Cabai JX427542, PeVYV-JapanCabai AB594828, PeVYV-Israel-Cabai HM439608, PeVYV-ChinaCabai AJ575129, dan PepLCV-Thailand-Cabai AF134484 digunakan sebagai outgroup.

6

7

9

DAFTAR LAMPIRAN 1 Hasil penjajaran sekuen nukleotida isolat Pepper vein yellow virus asal Jawa Barat dengan isolat Pepper vein yellow virus asal China, Israel, Jepang, Taiwan, Thailand, dan India menggunakan program ClustalW Bioedit V.7.0.5.

15

1

PENDAHULUAN Latar Belakang Wortel (Daucus carota L) merupakan salah satu tanaman sayuran dari famili Umbelliferae yang banyak dibudidayakan di Indonesia. Tanaman ini berasal dari Asia Tengah yang beriklim sedang. Di Indonesia tanaman ini ditanam di daerah dataran tinggi (ketinggian 1200-1500 m dpl), terutama di daerah dengan kondisi yang sesuai bagi pertumbuhannya, yaitu suhu optimum sekitar 15 sampai 21oC, pH tanah netral, drainase baik, dan bahan organik yang cukup (BPPP 2012). Jawa Barat merupakan salah satu sentra produksi wortel di Indonesia. Produktivitas wortel daerah ini tercatat pada tahun 2011 hingga 2013 adalah sekitar 17 ton/ha lebih tinggi dari rata-rata produksi secara nasional yang hanya sekitar 15 ton/ha pada tahun yang sama (BPS 2013). Produktivitas tanaman wortel sebesar ini tampaknya masih lebih rendah dari potensi produktivitas varietas yang dibudidayakan yaitu sebesar 20-25 ton/ha (Rukmana 1995). Hal tersebut dapat disebabkan oleh berbagai faktor, seperti kondisi lingkungan biotik dan abiotik yang tidak sesuai. Faktor biotik yang dapat berpengaruh terhadap produksi wortel adalah organisme pengganggu tumbuhan (OPT). Patogen merupakan salah satu OPT yang sulit dikendalikan. Beberapa penyakit pada tanaman wortel di Indonesia yang telah tercatat, antara lain bercak daun cercospora (Cercospora carotae), embung tepung (Oidium sp.), dan busuk daun bakteri (Erwinia carotovora pv. carotovora) (Semangun 1996). Beberapa virus juga telah dilaporkan dapat menginfeksi tanaman wortel di berbagai negara, seperti Carrot latent virus (CtLV), Carrot mosaic virus (CtMV), Carrot mottle mimic virus (CMoMV), Carrot mottle virus (CMoV), Carrot red leaf virus (CtRLV), Carrot temperate virus (CtTV), Carrot thin leaf virus (CTLV), dan Carrot yellow leaf virus (CYLV) (Fauquet et al. 2005). Pada tanaman wortel penyakit yang disebut Carrot motley dwarf banyak dilaporkan di beberapa negara seperti Australia, Eropa, Jepang, Israel, Amerika Utara, Inggris, Belgia, dan di Afrika (Bunwaree et al. 2009). Penyakit ini dilaporkan disebabkan oleh asosiasi antara CtRLV dari genus Polerovirus dan CMoMVdari genus Umbravirus (Murant et al. 1985). Infeksi kedua virus ini secara bersama-sama menyebabkan daun wortel menguning sampai kemerahan, pertumbuhan tanaman terhambat hingga nampak kerdil, dan dapat menyebabkan kehilangan hasil yang cukup signifikan (Bunwaree et al. 2009). Di Indonesia, gejala penyakit seperti di atas sudah banyak ditemukan di beberapa daerah sentra produksi wortel di Jawa Barat (pengamatan penulis), namun laporan mengenai penyebabnya belum pernah ada. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengidentifikasi virus yang menyebabkan gejala kuning kemerahan pada tanaman wortel yang ditemukan di Jawa Barat. Metode molekuler banyak digunakan untuk mengidentifikasi maupun mendiagnosis penyakit yang disebabkan oleh virus. Salah satu metode tersebut adalah polymerase chain reaction (PCR). Teknik ini dapat bekerja secara cepat, spesifik, dan sensitif (Narayanasamy 2011). Teknik lain yaitu reverse transcription (RT)-PCR digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi virus yang memiliki komponen genetik RNA. Hasil amplifikasi DNA kemudian disekuen untuk mengetahui urutan basa nukleotida virus tersebut.

2 Tujuan Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi spesies Polerovirus penyebab penyakit daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat melalui RT-PCR dan sekuen nukleotida. Manfaat Penelitian Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai penyebab penyakit daun merah pada tanaman wortel, sehingga dapat digunakan sebagai dasar dalam menentukan rekomendasi pengendalian di lapangan.

3

BAHAN DAN METODE Tempat dan Waktu Survei dan pengambilan sampel tanaman wortel yang bergejala dilakukan di pertanaman wortel di daerah Cipanas-Cianjur, Lembang-Bandung Barat, dan Cikajang-Garut. Identifikasi virus dilakukan di Laboratorium Virologi Tumbuhan Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini berlangsung mulai bulan September 2013 hingga Maret 2014. Metode Penelitian Ekstraksi RNA Total Ekstraksi RNA total dilakukan dengan menggunakan RNeasy Plant Mini Kits (Phille Korea Technology). Sebanyak 0.1 gram daun wortel bergejala digerus dalam nitrogen cair dengan mortar dan pistil dengan penambahan nitrogen cair, kemudian ditambahkan 500 µL Plant RNA Lysis Solution dan 5 µL (1%) βmerkaptoetanol. Sap dimasukkan ke dalam tabung effendorf (volume 1.5 ml) dan diinkubasi pada suhu 56 oC selama 3 menit, lalu disentrifugasi dengan kecepatan 14 000 rpm (20 000 x g) selama 5 menit. Supernatan dipindahkan ke dalam tabung effendorf baru dan ditambahkan 250 µL etanol 96%. Siapan dipindahkan ke dalam kolom purifikasi dan disentifugasi dengan kecepatan 11 000 rpm (12 000 x g) selama 1 menit. Supernatan dibuang lalu ditambahkan 700 µL Wash buffer 1 pada kolom dan disentrifugasi dengan kecepatan 11 000 rpm (12 000 x g) selama 1 menit. Supernatan dibuang kembali lalu ditambahkan 500 µL Wash buffer 2 pada kolom dan disentrifugasi kembali dengan kecepatan 11 000 rpm (12 000 x g) selama 1 menit. Supernatan dibuang dan diulangi langkah sebelumnya, lalu disentrifugasi dengan kecepatan 14 000 rpm selama 1 menit. Selanjutnya, dipindahkan ke kolom purifikasi pada tabung effendorf baru, kemudian tambahkan 50 µL Nuclease free water pada bagian tengah kolom purifikasi lalu disentrifugasi dengan kecepatan 11 000 rpm (12 000 x g) selama 1 menit. Hasil ekstraksi RNA disimpan di dalam -80 oC sebelum digunakan. Sintesis Complementary (c) DNA Reaksi reverse transcription (RT) atau transkipsi balik merupakan proses yang digunakan untuk merubah RNA menjadi DNA. Hasil dari proses RT berupa DNA komplemen. Adapun komposisi yang digunakan dalam reaksi RT terdapat pada Tabel 1. Proses RT merupakan salah satu tahapan PCR. Komponen genetik berupa RNA harus ditranskripsi balik menjadi DNA komplemen (cDNA) menggunakan enzim reverse transcriptase, kemudian cDNA diamplifikasi menggunakan teknik PCR.

4 Tabel 1 Komposisi reaktan Reverse Transcription (RT) untuk satu kali reaksi (Thermo Scientific, US). Komponen Volume (µL) ddH2O 3.70 Buffer RT 2.00 dNTPS 0.50 dTT 0.35 MMULV 0.35 RNAse inhibitor 0.35 Random hexamer 0.75 RNA 2.00 Total volume 10.00 Amplifikasi DNA Reaksi PCR digunakan untuk memperbanyak pita cDNA yang telah terbentuk dari proses RT. Adapun komposisi bahan yang digunakan dalam PCR terdapat pada Tabel 2. Tabel 2 Komposisi reaktan polymerase chain reaction (PCR) untuk satu kali reaksi (Thermo Scientific, US). Komponen Volume (µL) Dream taq MM 12.50 Primer F 1.00 Primer R 1.00 ddH2O 8.50 cDNA 2.00 Total volume 25.00 Program PCR terdiri atas tahapan pradenaturasi pada suhu 94 oC selama 5 menit, 35 siklus untuk denaturasi (fase pemisahan utas DNA) pada suhu 94 oC selama 30 detik, annealing (pengintegrasian primer) pada suhu 50 oC selama 1 menit untuk, dan elongasi (sintesis untaian DNA baru) pada suhu 72 oC selama 1 menit, tahap pascaelongasi pada72 oC selama 10 menit, dan penyimpanan pada suhu 4 oC. Visualisasi Hasil RT-PCR Visualisasi hasil RT-PCR dilakukan dengan elektroforesis gel agarose 1%. Pembuatan gel dilakukan dengan 0.3 g agarose dicampur dengan 30 ml buffer TBE 10% (Tris boric acid EDTA) dan dipanaskan dengan microwave selama 3 menit. Setelah itu, larutan agarose didinginkan hingga hangat kuku, kemudian larutan tersebut dituangkan ke dalam cetakan dan didiamkan hingga padat. Setelah gel terbentuk, DNA ladder 1 kb (Thermo Scientific, US) sebanyak 5 µL dimasukkan ke dalam sumur gel dan 7 μL DNA hasil PCR ke dalam masingmasing sumur gel. Gel agarose kemudian dimasukkan ke dalan mesin elektroforesis dan dilakukan elektroforesis dengan voltase 100 V selama 30 menit. Hasil elektroforesis kemudian direndam pada larutan ethidium bromide selama 15

5 menit, gel direndam di dalam air selama 5 menit, divisualisasi dengan UV transiluminator, dan didokumentasikan. Analisis Sekuensing Nukleotida dan Filogenetika Analisis sekuen nukleotida dilakukan dengan pembuatan produk PCR sampel yang positif mengandung virus sebanyak 50 μL. Sampel tersebut kemudian dikirim ke PT Genetika Science Indonesia untuk dilakukan sekuen nukleotida. Hasil sekuen nukleotida kemudian digunakan untuk analisis kesejajaran dengan sikuen nukleotida lain yang telah dipublikasikan di GeneBank dengan program BLAST (Basic Local Alignment Search Tools) (NCBI 2014). Data sekuen nukleotida yang terpilih kemudian dimodifikasi dan analisis spesifisitas nukleotida dilakukan dengan program multiple alignment, ClustalW dengan software Bioedit V7.0.5. Analisis filogenetika dilakukan dengan menggunakan program CLC sequence viewer 6.7.1 berdasarkan pendekatan Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA).

6

HASIL DAN PEMBAHASAN

Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel Survei telah dilakukan di beberapa lokasi pertanaman wortel di CipanasCianjur, Lembang-Bandung Barat, dan Cikajang-Garut. Beberapa tanaman wortel di lahan petani ditemukan gejala yang memperlihatkan seperti terinfeksi virus. Daun-daun tanaman wortel yang sakit berubah warna secara bertahap dari kuning menjadi merah kemudian ungu. Daun-daun yang lebih tua berwarna kuning, kemudian daun-daun yang lebih atas (muda) memperlihatkan perubahan warna menjadi kemerahan, dan daun-daun yang lebih muda lagi menjadi ungu. Daundaun yang paling muda (pucuk) umumnya tetap berwarna hijau. Warna merah keunguan pada tanaman sakit tampak sangat dominan, sehingga pada laporan ini disebut „Penyakit daun merah‟.

A

B

C

Gambar 1 Gejala pada daun wortel (Daucus carota L) yang ditemukan di lapangan (A) gejala penyakit daun merah pada wortel (B) daun-daun semula berwarna kuning, daun-daun atas berubah warna menjadi kemerahan (C) daun-daun yang lebih muda menjadi keunguan. Gejala penyakit daun merah yang terjadi pada tanaman wortel di Jawa Barat ini sangat mirip dengan deskripsi gejala penyakit Carrot motley dwarf (CMD) yang telah dilaporkan di beberapa negara penghasil wortel dunia (Bunwaree et al. 2009). Menurut Murant et al. 1985, CMD dapat disebabkan oleh asosiasi dari CtRLV dari genus Polerovirus dan CMoMV dari genus Umbravirus. Penyakit ini dapat disebabkan oleh infeksi tunggal dari CtRLV maupun kombinasi dengan CMoMV. CtRLV merupakan helper dari CMoMV dalam hal penularannya melalui serangga vektor. Kedua virus ini persisten di dalam tubuh serangga vektornya, yaitu kutu Cavariella aegopodii (Elnagar et al. 2008). Walaupun karakteristik gejala penyakit daun merah dan CMD relatif mirip, namun terdapat perbedaan yang signifikan dalam hal penghambatan pertumbuhan tanaman. Pada CMD karakter dwarf (kerdil) menjadi hal yang dominan, namun pada penyakit daun merah tidak terlihat perbedaan tinggi antara tanaman sakit dan tanaman sehat (data tidak diperlihatkan). Banyak faktor yang mungkin berhubungan dengan perbedaan gejala ini, seperti akibat reaksi varietas tanaman wortel yang berbeda, isolat virus atau mungkin juga jenis virus yang berbeda, dan kondisi lingkungan yang berbeda.

7 Virus yang berasosiasi dengan Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel Berdasarkan simptomatologi, penyakit daun merah pada tanaman wortel yang ditemukan di Jawa Barat diduga sama dengan CMD yang telah dilaporkan terjadi di beberapa negara penghasil wortel dunia. Pada penelitian ini, deteksi virus difokuskan pada deteksi CtRLV dan CMoMV yang telah diketahui berasosiasi dengan penyakit CMD. Deteksi virus telah dilakukan dengan teknik RT-PCR menggunakan primer spesifik untuk CtRLV (Morton et al. 2003) dan CMoMV (Bunwaree et al. 2009). RT-PCR telah dilakukan beberapa kali terhadap RNA total yang diekstraksi dari contoh tanaman wortel sakit yang berbeda. Pita DNA tidak teramplifikasi (data tidak ditampilkan). Banyak faktor yang dapat menyebabkan RT-PCR gagal menghasilkan pita DNA yang diharapkan, salah satunya adalah tidak adanya RNA virus target dalam RNA total yang digunakan sebagai template. Hal ini berarti bahwa CtRLV dan CMoMV tidak ditemukan pada tanaman wortel sampel. Hasil ini mengindikasikan bahwa CtRLV maupun CMoMV mungkin bukan merupakan penyebab penyakit daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat. Spesies Polerovirus yang pernah dilaporkan sudah terdapat di Indonesia adalah Pepper vein yellow virus (PeVYV) yang ditemukan menginfeksi tanaman cabai di daerah Bali (Suastika et al. 2012). Primer yang didesain untuk mengamplifikasi gen coat protein (CP) secara utuh telah tersedia di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, IPB. Primer tersebut adalah CP-F (5‟-AATTAAGGATCCAATACGGGAGGGGTTAGGAGAAAT-3‟) dan CP-R (5‟-AATTAACTGCAGTTTCGGGTTGTGCAATTGCACAGTA-3‟) yang mempunyai prediksi produk PCR sebesar ±650 pb. RT-PCR yang telah dilakukan menggunakan primer ini mengamplifikasi DNA berukuran sesuai dengan prediksi dan sama dengan hasil amplifikasi PeVYV isolat cabai yang digunakan sebagai kontrol positif (Gambar 2). Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa kemungkinan spesies virus yang berasosiasi dengan penyakit klorosis pada tanaman cabai di Bali sama dengan spesies virus yang bersosiasi dengan penyakit daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat. Isolat virus ini untuk selanjutnya disebut PeVYV-WJC. M 75 2 50 5 00 0 pp p bb b

P

K-

I

± 6 5 0 p b

±650 pb

Gambar 2 Hasil amplifikasi DNA virus dari sampel tanaman wortel bergejala penyakit daun merah. Lajur: (M) marker 1 kb DNA ladder (Promega, US), (K-) kontrol negatif, (P) isolat PeVYV tanaman cabai, (I) isolat PeVYV-WJC tanaman wortel.

8 Spesies Polerovirus Penyebab Penyakit Daun Merah pada Tanaman Wortel Produk RT-PCR dari sampel tanaman wortel bergejala penyakit daun merah berhasil disekuen di PT Genetika Science, Indonesia. Hasil sekuen nukleotida tersebut (lampiran) terdiri dari pita DNA berukuran sekitar 630 pb sesuai dengan estimasi ukuran pita DNA hasil RT-PCR. Analisis tingkat homologi sekuen nukleotida merupakan cara yang sahih digunakan untuk mengidentifikasi spesies virus (Barton 1998). Pada analisis tersebut sekuen nukleotida PeVYV-WJC dibandingkan dengan sekuen nukleotida padanannya dari spesies virus yang telah dilaporkan dapat menginfeksi tanaman wortel, yaitu CtRLV (Huang et al. 2005), CMoV (Menzel et al. 2008), CMoMV (Gibbs et al. 1996), CTLV (Xu et al. 2012), CYLV (Menzel et al. 2009), danPeVYV dari genus Polerovirus yang menginfeksi tanaman cabai (Murakami et al. 2005). . Tabel 3 Homologi sekuen nukleotida virus penyebab daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat (PeVYV-WJC) dengan virus-virus yang sudah dilaporkan dapat menginfeksi tanaman wortel. No Aksesi AB594828 NC_006265 NC_011515 NC_001726 JX156435 NC_013007

Spesies virus

Homologi (%)

PeVYV CtRLV CMoV CMoMV CTLV CYLV

97.4 59.4 33.3 29.6 37.5 42.0

Hasil perbandingan (Tabel 3) menunjukkan bahwa virus yang berasosiasi dengan penyakit daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat memiliki tingkat kesamaan sekuen nukleotida yang sangat rendah, yaitu kurang dari 60% dengan CtRLV, virus yang semula diduga sebagai penyebab penyakit daun merah. Spesies virus lain yang telah dilaporkan dapat menginfeksi wortel di luar negeri, seperti CMoV, CMoMV, CTLV, dan CYLV masing-masing hanya memiliki homologi kurang dari 50%. Hal tersebut mengindikasikan bahwa virus penyebab penyakit daun merah pada wortel di Jawa Barat bukan salah satu spesies virus yang sudah dilaporkan dapat menginfeksi tanaman wortel di belahan lain dunia. Hasil yang tidak terduga dari penelitian ini adalah bahwa virus yang diteliti ini merupakan salah satu isolat PeVYV yang hanya dilaporkan dapat menginfeksi tanaman cabai karena memiliki tingkat homologi yang sangat tinggi, yaitu 97.4% (Tabel 3). PeVYV merupakan virus famili Luteoviridae dan genus Polerovirus. Virus dari famili ini memiliki genom berupa RNA (ssRNA) dan partikel berbentuk isometrik (Agrios 2005). Virus ini tidak dapat ditularkan secara mekanis melalui sap tanaman, tetapi ditularkan dan disebarkan melalui vektor. Vektor dari virus ini merupakan kutudaun dan virus ini persisten di dalam tubuh serangga (Walkey 1991).

9 Tabel 4 Homologi sekuen nukleotida virus penyebab daun merah pada tanaman wortel di Jawa Barat (PeVYV-WJC) dengan PeVYV yang sudah dilaporkan oleh beberapa negara lain. No 1 2 3 4 5 6 7

Homologi (%) 1 2 3 4 5 PeVYV-WJC-JawaBarat-Wortel ID 91.6 92.5 97.4 97.2 PeVYV-China-Cabai ID 90.9 93.1 93.7 PeVYV-Israel-Cabai ID 94.2 94.2 PeVYV-Japan-Cabai ID 99.4 PeVYV-Taiwan-Cabai ID PeVYV-Thailand-Cabai PeVYV-India-Ranti Nama Isolat

6 97.0 93.7 94.2 98.1 98.3 ID

7 96.4 93.1 93.8 97.9 98.1 99.4 ID

Hasil analisis dengan program BLAST dan BioEdit v 7.05 memastikan bahwa PeVYV-WJC mempunyai tingkat homologi sekuen nukleotida pada daerah CP lebih dari 90% dengan semua PeVYV isolat cabai (Capsicum spp.) yang dilaporkan di Jepang, Israel, Taiwan, Thailand, dan China, serta PeVYV pada tanaman ranti (Solanum nigrum) di India (Knierim et al. 2012) (Tabel 4).

Gambar 3 Pohon filogenetika isolat-isolat Pepper vein yellow virus berdasarkan sekuen nukleotida gen coat protein menggunakan program CLC sequence viewer v 6.7.1 dengan pendekatan UPGMA. No aksesi PeVYV isolat ranti asal India adalah JX427531, PeVYV-ThailandCabai JX427541, PeVYV-Taiwan-Cabai JX427542, PeVYV-JapanCabai AB594828, PeVYV-Israel-Cabai HM439608, PeVYV-ChinaCabai AJ575129, dan PepLCV-Thailand-Cabai AF134484 digunakan sebagai outgroup. Analisis pohon filogenetika menunjukkan bahwa PeVYV-WJC isolat wortel asal Jawa Barat memiliki kekerabatan yang dekat dengan isolat PeVYV asal India, Thailand, Taiwan, dan Jepang yang berada dalam satu kelompok yang sama. Hasil analisis filogenetika ini mengindikasikan bahwa PeVYV-WJC mungkin merupakan hasil adaptasi virus yang berasal dari negara-negara tersebut yang terbawa melalui bahan tanaman cabai ke Indonesia. Dugaan ini didukung oleh fakta bahwa di Indonesia, tepatnya di daerah Bali, baru-baru ini sudah ditemukan PeVYV pada tanaman cabai (Suastika et al. 2012). Kutudaun yang

10 berperan sebagai serangga vektor PeVYV adalah Aphis gossypii (Murakami et al. 2005). Serangga ini merupakan hama tanaman cabai, namun dapat ditemukan juga pada tanaman wortel (Blackman et al. 1941). Hal tersebut memungkinkan A. gossypii menjadi vektor untuk menularkan virus ini dari tanaman cabai ke tanaman wortel.

11

SIMPULAN DAN SARAN Simpulan Berdasarkan hasil sekuen nukleotida dapat disimpulkan bahwa spesies Polerovirus yang berasosiasi dengan penyakit daun merah pada tanaman wortel adalah Pepper vein yellow virus. Virus ini memiliki kekerabatan paling dekat dengan PeVYV isolat cabai. Saran Perlu dilakukan survei dan pemetaan penyakit daun merah yang disebabkan oleh PeVYV di seluruh pertanaman wortel di Indonesia agar dapat diketahui kejadian penyakit dan akibat dari infeksi virus ini terhadap penurunan produksi wortel.

12

DAFTAR PUSTAKA Agrios GN. 2005. Plant Pathology. 5thed. New York (US): Academic Press. Barton GJ. 1998. Protein sequence alignment techniques. Acta Cryst. D54:1139-1146. Blackman RL, Fastop VF. 1941. Aphids on The World’s Crop. 2nd ed. London (GB): The Natural History Museum. [BPPP] Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian. 2012. Teknologi Budidaya Sayuran. Jakarta (ID): Pusat Perpustakaan dan Penyebaran Teknologi Pertanian, Kementrian Pertanian. [BPS] Badan Pusat Statistik. 2013. Luas panen, produksi, dan produktivitas wortel, 2011-2012 [Internet]. [diunduh 2014 Maret 11]. Tersedia pada: http://www.bps.go.id/tab_sub/view.php?kat=3&tabel=1&daftar=1&id_suby ek=55¬ab=65. Bunwaree AG, Menzel W, Winter S, Vally V, Seewoogoolam R, Madhu SPB. 2009. First report of Carrot red leaf virus and Carrot mottle virus, causal agents of Carrot motley dwarf, in carrot in Mauritius. J APS Net. 93(11):1218. doi: http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-93-11-1218B. Elnagar S, Murant AF. 1978. Relations of carrot red leaf and carrot mottle virus with thei aphid vector, Caveriella aegopodii. Ann Appl Biol. 89(2):237-244. Fauquet CM, Mayo MA, Maniloff J, Desselberger U, Ball LA. 2005. Virus Taxonomy Eight Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego (US): Virology Division International Union of Microbiological Societies. Gibbs MJ, Cooper JI, Waterhouse PM. 1996. The genome organization and affinities of an Australian isolate of carrot mottle umbravirus. J Virol. 224 (1):310-313. Huang LF, Naylor M, Pallet DW, Reeves J, Cooper JI, Wang H. 2005. The complete genome sequence, organization and affinities of Carrot red leaf virus. Arch Virol. 150:1845-1855. doi: 10.1007/s00705-005-0537-6. Knierim D, Tsai WS, Kenyon L. 2012. Analysis of sequences from field samples reveals the presence of the recently described Pepper vein yellows virus (genus Polerovirus) in six additional countries. Arch Virol. 158(6):137-41. doi: 10.007/s00705-012-1598-y. Menzel W, Mais E, Vetten HJ. 2008. Complete nucleoide sequence of a carrot isolate of Carrot mottle virus from Germany. Arch Virol. 153(11):21632165. Menzel W, Goetz R, Lesemann DE, Vetten HJ. 2009. Molecular characterization of a Closterovirus from carrot and its identification as a German isolate of Carrot yellow leaf virus. Arch Virol. 154(8):1343-1347. Morton A, Spence NJ, Boonham N, Barbara DJ. 2003. Carrot red leaf assosiated RNA in carrots in the United Kingdom. Plant Pathology. 52(1):795. Murakami R, Nakshima N, Hinomoto N, Kawano S, Toyosato T. 2011. The genome sequence of Pepper vein yellow virus (family Luteoviridae, genus Polerovirus). Arch Virol. 156(5):921-923. doi: 10.007/s00705-011-0956-5. Murant AF, Waterhouse PM, Raschke JH, Robinson D.J. 1985. Carrot red leaf and Carrot mottle virus: Observations on the composition of the particles in single and mixed infection. J Gen Virol. 66(7):1575-1579.

13 Narayanasamy P. 2011. Microbial Plant Pathogens-Detection and Disease Diagnosis. Edisi ke-3. New York (US): Springer. Rukmana R. 1995. Bertanam Wortel. Yogyakarta (ID): Kanisius. Semangun H. 1996. Penyakit-Penyakit Tanaman Hortikultura. Yogyakarta (ID): Gadjah Mada University Press. Suastika G, Hartono S, Nyana IDN, Natsuaki T. 2012. Laporan Pertama tentang Infeksi Polerovirus pada Tanaman Cabai di Daerah Bali, Indonesia.J FitopatolIndones. 8(5):151-154. Xu D, Liu HY, Li F, Tian T, Li R. 2012. Biological and molecular characterization of Carrot thin leaf virus. [Internet]. [diunduh 24 April 2014]. Tersedia pada: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/465159049. Walkey DGA. 1991. Applied Plant Virology. London (GB): Chapman and Hall.

14

LAMPIRAN

15

PeVYV-WJC-Wortel PeVYV-China-Cabai PeVYV-Israel-Cabai PeVYV-Japan-Cabai PeVYV-Taiwan-Cabai PeVYV-Thailand-Cabai PeVYV-India-Ranti Clustal Co

....|....| ....|....| ....|....| ....|....| 5 15 25 35 ATTAAGGATC CAATACGGGA GGGGTTAGGA GAAATAATAA GATCGTTAAT GAATACGGGC GGAGCTAGGA GAAACAACAA GATCGTTAAT GAATACGGAA GGGGTTAGGA GAAATAATAA AATCGTTAAT GAATACGGGA GGGGTTAGGA GAAATAATAA AATCGTTAAT GAATACGGGA GGGGTTAGGA GAAACAATAA GATCGTTAAT GAATACGGGA GGAGTTAGGA GAAACAATAA GATCGTTAAT GAATACGGGA GGAGTTAGGA GAAACAATAA * * ******* ** * ***** **** ** **


....|....| 45 TGGAAATGGT TGGAAATGGT TGGAAATGGT TGGAAATGGT TGGAAATGGT TGGAAATGGT TGGAAATGGT **********

....|....| 55 GGATCACGTA GGATCACGAA GGATCACGCG GGATCACGTA GGATCACGTA GGATCACGTA GGATCACGTA ********

....|....| 65 ACACCCGCCG GCACCCGCCG GCACCCGCCG ACACCCGCCG ACACCCGCCG ACACCCGCCG ACACCCGCCG *********

....|....| 75 TCGTAGACGC TCGCAGACGC TCGTAGACGC TCGTAGACGC TCGTAGACGC TCGTAGACGC TCGTAGACGC *** ******


....|....| 85 CCACGACAGG CCAAGACAGG CCACGACAGG CCACGACAGG CCACGACAGG CCACGACAGG CCACGACAGA *** *****

....|....| 95 TTCGCCCTGT TTCGCCCTGT TTCGCCCTGT TTCGCCCTGT TTCGCCCTGT TTCGCCCTGT TTCGCCCTGT **********

....|....| 105 CGTTGTGGTC CGTTGTGGTC CGTTGTGGTC CGTTGTGGTC CGTTGTGGTC CGTTGTGGTC CGTTGTGGTC **********

....|....| 115 GCACCCCCTG GCACCCTCTG GCACCCCCTG GCACCCCCTG GCACCCCCTG GCACCCCCTG ACACCCCCTG ***** ***


....|....| 125 GGCGCACACG GGACAGCACG GGCGCACACG GGCGCACACG GGCGCACACG GGCGCACACG GGCGCACACG ** ****

....|....| 135 GCGAGGAAAT GCGTGGAGGT GCGGGGAAAT GCGAGGAAAT GCGAGGAAAT GCGCGGAAAT GCGCGGAAAT *** *** *

....|....| 145 CGAAGACGAC CGAAGACGAC CGAAGACGAC CGAAGACGAC CGAAGACGAC CGAAGACGAC CGAAGACGAC **********

....|....| 155 GAAATGGAGG GAAGTGGAGG GAAGTGGAGG GAAATGGAGG GAAATGGAGG GAAATGGAGG GAAATGGAGG *** ******


....|....| 165 CCGGAACCGA CCGGAACCGA CAGGAACCGA CAGGAACCGA CAGGAACCGA CAGGAACCGA CAGGAACCGA * ********

....|....| 175 AGAAGCCGAA AGAAGCCGAG A--------AGAAGCCGAA AGAAGCCGAG AGAAGCCGAA AGAAGCCGAA *

....|....| 185 ATAGAGTTGG ATGGAGTTGG ATAGAGTTGG ATAGAGTTGG ATAGAGTTGG ATGGAGTTGG ATGGAGTTGG ** *******

....|....| 195 AGGAAGGTCG AGGAAGGTCG AGGAAGGTCG AGGAAGGTCG AGGAAGGTCG AGGAAGGTCG AGGAAGGTCG **********

16


....|....| 205 AGCAACAGCG AGCAACAGCG AGCAACAGCG AGCAACAGCG AGCAACAGCG AGCAACAGCG AGCAACAGCG **********

....|....| 215 AAACTTTCGT AGACTTTCAT AAACTTTCAT AAACTTTCAT AAACTTTCAT AAACTTTCGT AAACTTTCGT * ****** *

....|....| 225 CTTCAACAAG CTTCAACAAG CTTCAACAAG CTTCAACAAG CTTCAACAAG CTTCAACAAG CTTCAACAAG **********

....|....| 235 GACTCAATCA GACTCAATCA GACTCAATCA GACTCAATCA GACTCAATCA GACTCAATCA GACTCAATCA **********


....|....| 245 AGGATAGTTC AGGATGGTTC AGGATAGTTC AGGATAGTTC AGGATAGTTC AGGATAGTTC AGGATAGTTC ***** ****

....|....| 255 CTCAGGAGCT CTCAGGAGCT CTCAGGAACT CTCAGGATCT CTCAGGATCT CTCAGGAGCT CTCAGGATCT ******* **

....|....| 265 GTCACCTTCG ATCACCTTCG GTCACCTTCG GTCACCTTCG GTCACCTTCG GTCACCTTCG GTCACCTTCG *********

....|....| 275 GGCCGTCTCT GGCCGTCTCT GGCCGTCTCT GGCCGTCTCT GGCCGTCTCT GGCCGTCTCT GGCCGTCTCT **********


....|....| 285 ATCAGAGAGC ATCAGAGAGC ATCAGAGAGC ATCAGAGAGC ATCAGAGAGC ATCAGAGAGC ATCAGAGAGC **********

....|....| 295 ATCGCGCTTT GTCGCGCTTT ATCGCGCTTT GTCGCGCTTT GTCGCGCTTT ATCGCGCTTT ATCGCGCTTT *********

....|....| 305 CAGGTGGAGT CAGGTGGAGT CAGGTGGAGT CAGGTGGAGT CAGGTGGAGT CAGGTGGAGT CAGGTGGAGT **********

....|....| 315 TCTCAAAGCC TCTCAAAGCC TCTCAAAGCC TCTCAAAGCC TCTCAAAGCC TCTCAAAGCC TCTCAAAGCC **********


....|....| 325 TACCATGAAT TACCATGAGT TACCATGAGT TACCATGAAT TACCATGAAT TACCATGAAT TACCATGAAT ******** *

....|....| 335 ATAAGATCAC ATAAGATCAC ATAAAATCAC ATAAGATCAC ATAAGATCAC ATAAGATCAC ATAAGATCAC **** *****

....|....| 345 AATGGTCAAC AATGGTCAAC AATGGTTAAT AATGGTCAAC AATGGTCAAC AATGGTCAAC AATGGTCAAC ****** **

....|....| 355 ATACGCTTCG ATACGCTTCA ATACGCTTCG ATACGCTTCG ATACGCTTCG ATACGCTTCG ATACGCTTCG *********


....|....| 365 TCAGTGAATC TCAGTGAATC TCAGCGAATC TCAGTGAATC TCAGTGAATC TCAGTGAATC TCAGTGAATC **** *****

....|....| 375 CTCTTCCACA CTCTTCCACA CTCTTCCACA TTCTTCCACA CTCTTCCACA CTCTTCCACA CTCTTCCACA *********

....|....| 385 GCGGAGGGCT GCGGAGGGCT GCGGAAGGCT GCGGAGGGCT GCGGAGGGCT GCGGAGGGCT GCGGAGGGCT ***** ****

....|....| 395 CCATCGCTTA CCATCGCTTA CCATCGCTTA CCATCGCTTA CCATCGCTTA CCATCGCTTA CCATCGCTTA **********

17

PeVYV-WJC-Wortel PeVYV-Chin-Cabai PeVYV-Israel-Cabai PeVYV-Japan-Cabai PeVYV-Taiwan-Cabai PeVYV-Thailand-Cabai PeVYV-India-Ranti Clustal Co

....|....| 405 CGAGCTGGAC CGAGCTGGAC CGAGCTGGAC CGAGCTGGAC CGAGCTGGAC CGAGCTGGAC CGAGCTGGAC **********

....|....| 415 CCCCACTGCA CCCCACTGCA CCCCACTGCA CCCCACTGCA CCCCACTGCA CCCCACTGCA CCCCACTGCA **********

....|....| 425 AGCTTACTAG AGCTTACTAG AGCTTACTAG AGCTTACTAG AGCTTACTAG AGCTTACTAG AGCTTACTAG **********

....|....| 435 TCTCCAATCC CCTCCAATCC TCTCCAATCC TCTCCAATCC TCTCCAATCC TCTCCAATCC TCTCCAATCC *********


....|....| 445 ACCCTGCGTA ACCCTGCGTA ACCCTGCGCA ACCCTGCGTA ACCCTGCGTA ACCCTGCGCA ACCCTGCGCA ******** *

....|....| 455 AATTCCCCGT AGTTCCCCGT AGTTCCCCGT AGTTCCCCGT AGTTCCCCGT AGTTCCCCGT AGTTCCCCGT * ********

....|....| 465 CACCAAAGGC CACCAAAGGC CACCAAAGGC CACCAAAGGC CACCAAAGGC CACCAAAGGC CACCAAAGGC **********

....|....| 475 GGGCAAGCGA GGGCAAGCTA GGGCAAGCGA GGGCAAGCGA GGGCAAGCGA GGGCAAGCGA GGGCAAGCGA ******** *

PeVYV-WJC-Wortel PeVYV-Chin-Cabai PeVYV-Israel-Cabai PeVYV-Japan-Cabai PeVYV-Taiwan-Cabai PeVYV-Thailand-Cabai PeVYV-India-Ranti Clustal Co

....|....| 485 CTTTTCGGGC CGTTCCGGGC CCTTTCGGGC CTTTTCGGGC CTTTTCGGGC CTTTTCGGGC CTTTTCGGGC * ** *****

....|....| 495 TTCGCAGATT TGCGCAGATT TTCGCAGATT TTCGCAGATT TTCGCAGATT TTCGCAGATT TTCGCAGATT * ********

....|....| 505 AACGGGGTAG AATGGGGTAG AATGGGGTAG AACGGGGTAG AACGGGGTAG AACGGGGTAG AACGGGGTAG ** *******

....|....| 515 AGTGGCATGA AGTGGCATGA AGTGGCACGA AGTGGCATGA AGTGGCATGA AGTGGCATGA AGTGGCATGA ******* **


....|....| 525 TACATCCGAA TACAGCTGAA TACATCTGAA TACATCCGAA TACATCCGAA TACATCCGAA TACATCCGAA **** * ***

....|....| 535 GATCAATTTA GATCAATTTA GATCAATTCA GATCAATTTA GATCAATTTA GATCAATTTA GATCAATTTA ******** *

18

RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan di Purwakarta pada tanggal 06 September 1992, anak sulung dari pasangan Bapak Yayat Hidayat dan Ibu Eli Setia Nurul Hilal. Penulis telah menempuh pendidikan di TK Sejahtera pada tahun 1998, SD Negeri 2 Wanayasa pada tahun 2004, SMP Negeri 1 Wanayasa pada tahun 2007, dan SMA Negeri 1 Purwakarta pada tahun 2010, pada tahun yang sama penulis diterima di Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor melalui jalur Ujian talenta mandiri IPB (UTMI). Selama menjadi mahasiswa IPB, pada tahun 2011 penulis menjadi anggota dari Leadership and enterpreneurship school IPB angkatan V dan pada tahun 2012 menjadi anggota dari staf Fundrising LES angkatan VI. Pada tahun 2012 dan 2013 penulis menjadi anggota kepengurusan dari Himpunan mahasiswa Proteksi Tanaman (Himasita) IPB. Penulis juga mengikuti kepanitiaan di beberapa kegiatan IPB, Fakultas Pertanian, dan Departemen Proteksi Tanaman. Penulis pernah menjadi juara 2 lomba lari maraton pada ajang lomba SERI-A 2012. Pada semester ganjil tahun ajaran 2013-2014 penulis menjadi asisten praktikum mata kuliah Hama dan Penyakit Tanaman Pangan dan Hortikultura dan pada semester genap tahun ajaran 2014 penulis menjadi asisten praktikum mata kuliah Hama Gudang dan Pemukiman, Ilmu Penyakit Tumbuhan Dasar, dan Dasar-dasar Proteksi Tanaman.

IDENTIFIKASI SPESIES POLEROVIRUS PADA TANAMAN WORTEL MELALUI ANALISIS SEKUEN NUKLEOTIDA GEN COAT PROTEIN INA RUBIATUL HASANAH

Recommend Documents