cobas® HIV-1 Kvantitativní test nukleových kyselin pro použití na systému cobas® 4800
Pro diagnostické použití in vitro
cobas® HIV-1
120 Tests
P/N: 06979599190
cobas® HBV/HCV/HIV-1 Control Kit
10 Sets
P/N: 06979572190
cobas® 4800 System Sample Preparation 240 Tests Kit 2 960 Tests
P/N: 06979513190 P/N: 06979521190
cobas® 4800 System Wash Buffer Kit
240 Tests 960 Tests
P/N: 05235863190 P/N: 05235871190
cobas® 4800 System Specimen Diluent 2
240 Tests
P/N: 06979556190
cobas® 4800 System Lysis Kit 2
240 Tests 960 Tests
P/N 06979530190 P/N 06979548190
®
cobas HIV-1
OBSAH Účel použití Souhrn a výklad testu Základní informace............................................................................................................................... 4 Důvod pro testování HIV-1 ................................................................................................................... 4 Princip testu ......................................................................................................................................... 5 Principy postupu................................................................................................................................... 5 Materiály a činidla Činidla .................................................................................................................................................. 6 Požadavky na uchovávání činidel a manipulaci s nimi ...................................................................... 11 Další potřebný materiál ...................................................................................................................... 11 Potřebné vybavení a software, které není součástí dodávky ............................................................ 12 Bezpečnostní opatření a požadavky na manipulaci Varování a bezpečnostní opatření ..................................................................................................... 12 Správná laboratorní praxe ................................................................................................................. 13 Manipulace s činidly ........................................................................................................................... 13 Kontaminace ...................................................................................................................................... 13 Integrita .............................................................................................................................................. 14 Likvidace ............................................................................................................................................ 14 Rozlití a čištění ................................................................................................................................... 14 Odběr, přeprava a uchovávání vzorků ............................................................................................... 15 Odběr vzorků ............................................................................................................................ 15 Přeprava, uchovávání a stabilita vzorků ................................................................................... 15 Návod k použití Spuštění testu .................................................................................................................................... 16 Objem pro zpracování vzorku ................................................................................................... 16 Pracovní postup ........................................................................................................................ 16 Velikost cyklu ............................................................................................................................ 16 Pracovní postup ........................................................................................................................ 17 Výsledky Kontrola kvality a platnost výsledků ................................................................................................... 19 Kontrolní značky................................................................................................................................. 19 Vyhodnocení výsledků ....................................................................................................................... 20 Procedurální omezení ........................................................................................................................ 20 Hodnocení neklinických funkčních parametrů Klíčové funkční charakteristiky........................................................................................................... 21 07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
2
®
cobas HIV-1
Mezinárodní standard WHO ..................................................................................................... 21 Lineární rozmezí ....................................................................................................................... 22 Přesnost – v rámci jedné laboratoře ......................................................................................... 24 Verifikace skupiny/podtypu ....................................................................................................... 24 Specificita .................................................................................................................................. 26 Korelace metody ....................................................................................................................... 27 Selhání celého systému ............................................................................................................ 28 Zkřížená kontaminace............................................................................................................... 28 Doplňující informace Hlavní parametry testu ....................................................................................................................... 29 Symboly ............................................................................................................................................. 30 Výrobce a distributoři ......................................................................................................................... 31 Obchodní značky a patenty ............................................................................................................... 31 Autorská práva (Copyright) ................................................................................................................ 31 Literatura ............................................................................................................................................ 32 Revize dokumentu ............................................................................................................................. 33
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
3
®
cobas HIV-1
Účel použití Test cobas® HIV-1 je in vitro amplifikační test pro kvantifikaci viru lidského imunodeficitu typu 1 (HIV-1) v EDTA plazmě osob infikovaných virem HIV-1. Tento test se používá ve spojení s klinickými údaji a dalšími laboratorními markery postupu nemoci k určování klinické terapie pacientů infikovaných virem HIV-1. Pomocí tohoto testu lze potvrdit infekci HIV-1 u osob reagujících na protilátky a posoudit pacientovu prognózu stanovením výchozí hladiny HIV-1 nebo sledovat účinky antiretrovirové terapie stanovením změn koncentrací HIV-1 RNA v průběhu antiretrovirové terapie.
Souhrn a výklad testu Základní informace HIV je etiologickým agens syndromu získané imunodeficience (AIDS). Po sérokonverzi se u infikovaných osob obvykle dostavuje klinicky stabilní relativně asymptomatická fáze, která může trvat i léta. Pro asymptomatické období je charakteristická přetrvávající virémie v plazmě v intervalech, které určuje genetika hostitele, a postupný pokles CD4+ T lymfocytů. Koncentrace virů v periferní krvi je sice během asymptomatické fáze infekce relativně nízká, nicméně replikace a odstraňování viru jsou dynamické procesy, kde je vysoká hodnota produkce viru a infekce buněk CD4+ vyvážena vysokými hodnotami virové clearance, odumírání infikovaných buněk a doplňování lymfocytů CD4+, což vede k poměrně stálým hladinám plazmatické virémie a lymfocytů CD4+ po dobu přibližně 8 let u průměrné osoby žijící s HIV. Kvantitativní měření viremie HIV v plazmě ukázala, že vyšší hladiny viru korelují s rychlejší klinickou progresí onemocnění HIV.1,2 Za téměř dvě desetiletí klinického výzkumu bylo zjištěno, že snížení hladin viru v plazmě pomocí antiretrovirové terapie (ART) významně snižuje riziko klinické progrese včetně úmrtí, vývoje AIDS, oportunistických infekcí a morbidity spojené s HIV.3 Virová zátěž HIV je rovněž prediktivní co do rizika přenosu HIV a v randomizovaných kontrolovaných klinických hodnoceních bylo zjištěno, že časné zahájení ART a redukce virové zátěže snižuje přenos HIV o 96 %.4
Důvod pro testování HIV-1 V současnosti je dostupný velký počet antiretrovirových léčiv, která se zaměřují na virovou proteázu, integrázu, obal a reverzní transkriptázu. Genotypické analýzy virů z různých podtypů (anglicky též „clades“) prokázaly přirozeně se vyskytující a léčivy vyvolané změny v nukleotidech, polymorfismy a sekundární mutace v oblastech genu pol pro reverzní transkriptázu, integrázu a proteázu viru HIV-1. Testování rezistence se stalo důležitým diagnostickým nástrojem pro léčbu infekcí HIV-1; zahajuje se, když virová zátěž pacienta vzroste na hladinu detekovatelnou sekvenačními analýzami. Co je nejdůležitější, ukázalo se, že monitorování virové zátěže snižuje riziko rezistence vůči léčivům a z klinického hlediska se považuje za hlídkový indikátor aktivní virové replikace, který oznamuje vývoj viru u pacientů podstupujících léčbu.5,6 Mnohé národní a mezinárodní pokyny tedy doporučují měření virové zátěže HIV-1.3,7-9 Pokyny po mnoho let uváděly, že klíčovým cílem léčby je potlačení virové zátěže HIV-1 pod limit detekce testu (tj. 50 cp/ml). V roce 2011 začaly pokyny pro léčbu HIV v USA uvádět, že virová zátěž až do 200 cp/ml u pacientů podstupujících ART nemusí znamenat selhání léčby.3 Evropské pokyny nadále doporučují používání 50 cp/ml jako prahové hodnoty pro určení selhání léčby.7 Správná prahová hodnota nebyla určena přísným klinickým hodnocením. Rozdíly na spodní hranici u testů virové zátěže mohou způsobit důležité rozdíly v klinické interpretaci výsledků virové zátěže při monitorování léčebné odpovědi,10,11 protože cílem léčby je potlačení viru na hladinu, pod níž je vznik rezistence vůči léčivům nejméně pravděpodobný. 07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
4
®
cobas HIV-1
Kromě monitorování léčebné odpovědi pokyny doporučují vyhodnocení virové zátěže za účelem zjištění, zda má pacient s počtem CD4+ > 500 buněk/mm3 (virovou zátěží > 100 000 cp/ml) zahájit ART a ujištění, že sekvenování ke zjištění rezistence na léčivo bude úspěšné u vhodných pacientů (pacientů s virovou zátěží > 1000 cp/ml nebo suboptimální odpovědí virové zátěže na ART). Vyhodnocení virové zátěže by mělo být prováděno před narozením dítěte, aby se zjistilo, zda je třeba porod císařským řezem z důvodu prevence přenosu infekce HIV z matky na dítě (u těhotných žen s virovou zátěží > 1000 cp/ml).
Princip testu Test cobas® HIV-1 slouží ke kvantitativnímu stanovení nukleových kyselin pomocí systému cobas® 4800. Test cobas® HIV-1 umožňuje detekci a kvantifikaci RNA viru HIV v EDTA plazmě infikovaných pacientů. K detekci a kvantifikaci se používají dvě sondy, které nerozlišují mezi podtypy skupin M, N a O. Virová zátěž je kvantifikována pomocí kvantifikačního standardu armored RNA (RNA QS) jiného původu, než je HIV, který je do každého vzorku přidán během přípravy. Standard RNA QS funguje jako vnitřní kontrola k monitorování celého procesu přípravy vzorku a PCR amplifikace. Test navíc využívá tři externí kontroly: pozitivní kontrolu s vysokým titrem, pozitivní kontrolu s nízkým titrem a negativní kontrolu.
Principy postupu Test cobas® HIV-1 se zakládá na plně automatizované přípravě vzorků (extrakce a purifikace nukleové kyseliny) s následnou PCR amplifikací a detekcí. Systém cobas® 4800 sestává z přístroje pro přípravu vzorků cobas x 480 a analyzátoru PCR v reálném čase cobas z 480. Software systému cobas® 4800 provádí automatizované zpracování dat, při kterém přiřazuje kategorii „Target not detected“ (cílová sekvence nedetekována) výsledkům < LLoQ, lower limit of quantitation (dolní mez kvantifikace) nebo > ULoQ, upper limit of quantitation (horní mez kvantifikace); anebo kategorii „HIV RNA detected“ (detekována RNA viru HIV) s hodnotou v lineárním rozpětí LLoQ ≤ x ≤ ULoQ. Výsledky lze prohlížet přímo na obrazovce systému, exportovat nebo vytisknout jako zprávu. Extrakce nukleových kyselin ze vzorků pacientů, externích kontrol a přidané RNA QS probíhá současně. Souhrnem, dochází k uvolnění virových nukleových kyselin přidáním proteinázy a lytických činidel ke vzorku. Uvolněné nukleové kyseliny se váží na křemičitanový povrch přidaných magnetických skleněných částic. Nenavázané látky a nečistoty, jako například denaturované proteiny, buněčný odpad a případné inhibitory PCR jsou odstraněny během následujících kroků promývacím činidlem; purifikované nukleové kyseliny jsou eluovány z magnetických skleněných částic elučním pufrem při zvýšené teplotě. K selektivní amplifikaci cílových nukleových kyselin ze vzorku dochází pomocí dopředných a zpětných primerů specifických pro cílové virové sekvence vybrané z vysoce chráněných oblastí HIV. Test cobas® HIV-1 amplifikuje sekvence genu gag HIV-1 a oblasti LTR viru HIV-1 (dvojí cíl). K selektivní amplifikaci standardu RNA QS dochází pomocí sekvenčně specifických dopředných a zpětných primerů vybraných tak, že nejsou homologické s genomem HIV. Tepelně stabilní enzym DNA polymeráza se používá jak pro reverzní transkripci, tak pro PCR amplifikaci. Cílové sekvence a sekvence RNA QS jsou amplifikovány současně pomocí univerzálního PCR amplifikačního profilu s předem definovanými teplotami kroků a počtem cyklů. Činidlo Master Mix obsahuje místo deoxythymidin trifosfátu (dTTP) deoxyuridin trifosfát (dUTP), který je zabudováván do nově syntetizované DNA (amplikonu).12-14 Jakékoli kontaminující amplikony z předcházejících cyklů PCR jsou eliminovány enzymem AmpErase přítomným v činidle Master Mix PCR během prvního kroku tepelného cyklování. Žádné nově vytvořené amplikony však eliminovány nejsou, protože enzym AmpErase je inaktivován po vystavení teplotám nad 55 °C. Činidlo Master Mix pro test cobas® HIV-1 obsahuje dvě detekční sondy specifické pro cílové sekvence HIV-1 a jednu pro standard RNA QS. Sondy jsou označeny cílově specifickými fluorescenčními oznamovacími barvivy, která umožňují současnou detekci cílových sekvencí HIV-1 a standardu RNA QS pomocí dvou různých detekčních kanálů.15,16 Fluorescenční signály intaktních sond, které nejsou navázány na cílové 07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
5
®
cobas HIV-1
sekvence, jsou potlačeny tlumícím barvivem. Během kroku PCR amplifikace dochází kvůli hybridizaci sond se specifickým templátem jednořetězcové DNA k štěpení sondy 5'–3' exonukleázovou aktivitou DNA polymerázy, která způsobí oddělení oznamovacího a tlumícího barviva a vznik fluorescenčního signálu. Každý cyklus PCR vytváří větší množství rozštěpených sond a kumulativní signál oznamovacího barviva se současně zvyšuje. Detekce a rozlišení PCR produktů v reálném čase se provádí měřením fluorescence uvolněných oznamovacích barviv pro virové cíle a standard RNA QS.
Materiály a činidla Činidla Veškerá neotevřená činidla a kontroly budou uchovávány podle doporučení v tabulce Uchovávání činidel a manipulace s nimi. Součásti a složky činidel
Souprava
MMX R1 ® (Činidlo Master Mix 1 pro systém cobas ) Octan hořečnatý, hydroxid draselný, < 0,1% azid sodný
Množství v soupravě
®
120 testů (P/N: 06979599190)
a
N/A 10 x 1,75 ml
HIV-1 MMX R2 ® (Činidlo Master Mix 2 pro test cobas HIV-1)
cobas HIV-1
Bezpečnostní symboly a varování
N/A
Tricinový pufr, octan draselný, 18% dimethylsulfoxid, glycerol, < 0,1% Tween 20, EDTA, < 0,12% dATP, dCTP, dGTP, dUTP, < 0,01% HIV primery, < 0,01% dopředné a zpětné primery kvantifikačního standardu, 10 x 0,5 ml < 0,01% fluorescenčně značené oligonukleotidové sondy specifické pro virus HIV a kvantifikační standard, < 0,01% oligonukleotidový aptamer, < 0,01% Z05D DNA polymeráza (mikrobiální), < 0,01% enzym AmpErase (uracil-N-glykosyláza) (mikrobiální), < 0,1% azid sodný RNA QS
N/A
(Kvantifikační standard RNA pro systém ® cobas ) Tris pufr, < 0,05% EDTA, < 0,001% konstrukt 10 x 1,75 ml armored RNA nepříbuzný viru HIV obsahující oblasti sekvencí specifické pro primer a sondu (neinfekční RNA v bakteriofágu MS2), < 0,1% azid sodný
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
6
®
cobas HIV-1
Množství v soupravě
Součásti a složky činidel
Souprava
Bezpečnostní symboly a varování
a
HBV/HCV/HIV-1 L(+)C (Nízce pozitivní kontrola HBV/HCV/HIV-1 pro ® systém cobas ) < 0,001% syntetická (armored) RNA viru HIV-1 skupiny M enkapsulovaná v obalovém proteinu bakteriofágu MS2, < 0,001% syntetická (plazmidová) DNA viru HBV enkapsulovaná v obalovém proteinu 10 x 0,75 ml bakteriofágu Lambda, < 0,001% syntetická (armored) RNA viru HCV enkapsulovaná v obalovém proteinu bakteriofágu MS2, normální lidská plazma nereagující na protilátky proti HIV 1/2 podle licenčních testů, protilátka proti viru HCV, HBsAg, protilátka proti HBc; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA a HBV DNA nedetekovatelné PCR metodami. ® 0,1 % konzervantu ProClin 300 cobas® HBV/HCV/HIV-1 Control Kit (Kontrolní souprava HBV/HCV/HIV-1 pro systém cobas®) 10 souprav (P/N: 06979572190)
HBV/HCV/HIV-1 H(+)C (Vysoce pozitivní kontrola HBV/HCV/HIV-1 ® pro systém cobas ) < 0,001% syntetická (armored) RNA viru HIV-1 skupiny M enkapsulovaná v obalovém proteinu bakteriofágu MS2, < 0,001% syntetická (plazmidová) DNA viru HBV enkapsulovaná v obalovém proteinu 10 x 0,75 ml bakteriofágu Lambda, < 0,001% syntetická (armored) RNA viru HCV enkapsulovaná v obalovém proteinu bakteriofágu MS2, normální lidská plazma nereagující na protilátky proti HIV 1/2 podle licenčních testů, protilátka proti viru HCV, HBsAg, protilátka proti HBc; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA a HBV DNA nedetekovatelné PCR metodami. ® 0,1 % konzervantu ProClin 300
Varování H317 Může vyvolat alergickou kožní reakci. P261 Zamezte vdechování prachu/dýmu/ plynu/mlhy/par/aerosolů. P272 Kontaminovaný pracovní oděv neodnášejte z pracoviště. P280 Používejte ochranné rukavice. P333 + P313 Při podráždění kůže nebo vyrážce: Vyhledejte lékařskou pomoc/ ošetření. P362 + P364 Kontaminovaný oděv svlékněte a před opětovným použitím vyperte. P501 Odstraňte obsah/obal předáním zařízení schválenému pro likvidaci odpadů. 55965-84-9 směs látek: 5-chloro-2-methyl-4isothiazolin-3-on [EC č. 247-500-7] a 2methyl-2H-isothiazol-3-on [EC č. 220-239-6] (3:1)
(–) C ®
(Negativní kontrola 2 pro systém cobas ) Normální lidská plazma, nereaktivní podle licenčních testů na protilátky proti HIV-1/2, protilátky proti HCV, HBsAg; HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA a HBV DNA nedetekovatelné PCR metodami. ® < 0,1 % konzervantu ProClin 300
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
10 x 0,75 ml
7
®
cobas HIV-1
Součásti a složky činidel
Souprava
Množství v soupravě
MGP 2 ®
cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 (Souprava 2 pro přípravu ® vzorků pro systém cobas 4800) 240 testů (P/N: 06979513190)
Bezpečnostní symboly a varování
a
N/A ®
(MGP činidlo 2 pro systém cobas 4800) Magnetické skleněné částice, Tris pufr, 0,1% methyl-4-hydroxybenzoát, < 0,1% azid sodný
10 x 8 ml
EB 2 ®
(Eluční pufr 2 pro systém cobas 4800)
10 x 17 ml
Tris pufr, 0,2% methyl-4-hydroxybenzoát MGP 2 ®
cobas 4800 System Sample Preparation Kit 2 (Souprava 2 pro přípravu ® vzorků pro systém cobas 4800) 960 testů (P/N: 06979521190)
®
(MGP činidlo 2 pro systém cobas 4800) Magnetické skleněné částice, Tris pufr, 0,1% methyl-4-hydroxybenzoát, < 0,1% azid sodný
10 x 16 ml
EB 2 ®
(Eluční pufr 2 pro systém cobas 4800)
10 x 17 ml
Tris pufr, 0,2% methyl-4-hydroxybenzoát ®
cobas 4800 System Wash Buffer Kit (Souprava promývacího ® pufru pro systém cobas 4800) 240 testů (P/N: 05235863190)
N/A WB (Promývací pufr pro systém cobas 4800)
®
10 x 55 ml
Dihydrát citrátu sodného, 0,05% N-methylizothiazolon HCl
®
cobas 4800 System Wash Buffer Kit (Souprava promývacího ® pufru pro systém cobas 4800)
N/A WB Dihydrát citrátu sodného, 0,05% N-methylizothiazolon HCl
10 x 200 ml
960 testů (P/N: 05235871190) ®
cobas 4800 System Specimen Diluent 2 (Roztok 2 pro ředění SD 2 ® vzorků pro systém cobas Tris pufr, 0,1% methyl-4-hydroxybenzoát, 10 x 8 ml 4800) < 0,1% azid sodný 240 Testů (P/N: 06979556190)
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
N/A
8
®
cobas HIV-1
Součásti a složky činidel
Souprava
Množství v soupravě
P2 ®
(Proteáza 2 pro systém cobas 4800) Tris pufr, <0,05% EDTA, chlorid vápenatý, octan vápenatý, 8% (w/v) proteináza
10 x 1,0 ml
®
cobas 4800 System Lysis Kit 2 (Lytická souprava 2 pro ® systém cobas 4800) 240 testů (P/N: 06979530190)
LYS 2 ®
(Lytický pufr 2 pro systém cobas 4800) 10 x 27 ml 42,56% (w/w) guanidinthiokyanát, 5% (w/v) polydokanol, 2% (w/v) dithiothreitol, dihydrát citrátu sodného
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
Bezpečnostní symboly a varování
a
Nebezpečí H302+H332 Zdraví škodlivý při požití. H315 Dráždí kůži. H318 Způsobuje vážné poškození očí. H334 Při vdechování může vyvolat příznaky alergie nebo astmatu nebo dýchací potíže. H412 Škodlivý pro vodní organismy, s dlouhodobými účinky. EUH032 Uvolňuje vysoce toxický plyn při styku s kyselinami. P261 Zamezte vdechování prachu/dýmu/ plynu/mlhy/par/aerosolů. P280 Používejte ochranné rukavice/ ochranné brýle/obličejový štít. P284 Používejte vybavení pro ochranu dýchacích cest. P305 + P351 + P338 + P310 PŘI ZASAŽENÍ OČÍ: Několik minut opatrně vyplachujte vodou. Vyjměte kontaktní čočky, jsou-li nasazeny a pokud je lze vyjmout snadno. Pokračujte ve vyplachování. Okamžitě volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMAČNÍ STŘEDISKO nebo lékaře. P342 + P311 Při dýchacích potížích: Volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMAČNÍ STŘEDISKO nebo lékaře. P362 + P364 Kontaminovaný oděv svlékněte a před opětovným použitím vyperte.
9
®
cobas HIV-1 Součásti a složky činidel
Souprava
Množství v soupravě
Bezpečnostní symboly a varování
a
Nebezpečí P2 ® (Proteáza 2 pro systém cobas 4800)
H302+H332 Zdraví škodlivý při požití. H315 Dráždí kůži. 10 x 1,0 ml
Tris pufr, <0,05% EDTA, chlorid vápenatý, octan vápenatý, 8% (w/v) proteináza
H318 Způsobuje vážné poškození očí. H334 Při vdechování může vyvolat příznaky alergie nebo astmatu nebo dýchací potíže. H412 Škodlivý pro vodní organismy, s dlouhodobými účinky.
®
EUH032 Uvolňuje vysoce toxický plyn při styku s kyselinami.
cobas 4800 System Lysis Kit 2 (Lytická souprava 2 pro ® systém cobas 4800) 960 testů (P/N: 06979548190)
LYS 2 ®
(Lytický pufr 2 pro systém cobas 4800) 42,56% (w/w) guanidinthiokyanát, 5% (w/v) polydokanol, 2% (w/v) dithiothreitol, dihydrát citrátu sodného
a
10 x 84 ml
P261 Zamezte vdechování prachu/dýmu/ plynu/mlhy/par/aerosolů. P280 Používejte ochranné rukavice/ ochranné brýle/obličejový štít. P284 Používejte vybavení pro ochranu dýchacích cest. P305 + P351 + P338 + P310 PŘI ZASAŽENÍ OČÍ: Několik minut opatrně vyplachujte vodou. Vyjměte kontaktní čočky, jsou-li nasazeny a pokud je lze vyjmout snadno. Pokračujte ve vyplachování. Okamžitě volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMAČNÍ STŘEDISKO nebo lékaře. P342 + P311 Při dýchacích potížích: Volejte TOXIKOLOGICKÉ INFORMAČNÍ STŘEDISKO nebo lékaře. P362 + P364 Kontaminovaný oděv svlékněte a před opětovným použitím vyperte.
Bezpečnostní označení produktů vychází primárně z pokynů GHS EU.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
10
®
cobas HIV-1
Požadavky na uchovávání činidel a manipulaci s nimi Teplota uchovávání
Činidlo ®
cobas HIV-1 Kontrolní souprava HBV/HCV/HIV-1 pro systém cobas
®
®
Souprava 2 pro přípravu vzorků pro systém cobas 4800 ®
Souprava promývacího pufru pro systém cobas 4800 ®
Roztok 2 pro ředění vzorků pro systém cobas 4800 ®
Lytická souprava 2 pro systém cobas 4800
Doba uchovávání
2-8 °C
Stabilní do uvedeného data použitelnosti
2-8 °C
Stabilní do uvedeného data použitelnosti
2-8 °C
Stabilní do uvedeného data použitelnosti
15-25 °C
Stabilní do uvedeného data použitelnosti
2-8 °C
Stabilní do uvedeného data použitelnosti
2-8 °C
Stabilní do uvedeného data použitelnosti
Činidla nezmrazujte.
Další potřebný materiál Materiál
P/N
Extrakční destička (s hlubokými jamkami) 2,0 ml pro ® systém cobas 4800
06884008001
Mikrotitrační destička AD 0,3 ml pro systém cobas 4800
®
05232724001
Aplikátor zalepovací fólie
04900383001
Špičky CORE, 1000 µl, stojan s 96 ks
04639642001
Zásobník na činidla 200 ml
05232759001
Zásobník na činidla 50 ml
05232732001
Nosič s 24 pozicemi
04639502001
Nosič s 32 pozicemi
04639529001
Pytel na pevný odpad
05530873001 (malý) nebo 04691989001 (velký)
Plastová skluzavka na odpad Hamilton STAR
04639669001
Rukavice na jedno použití bez pudru
Jakékoliv rukavice na jedno použití bez pudru.
Vortex mixer (pro jednu zkumavku)
Jakýkoliv vířivý mixér.
Centrifuga s kyvnou nádobou rotoru s min. otáčkami 1500
Jakákoliv vhodná centrifuga.
Více informací ohledně samostatně prodávaných materiálů získáte u svého místního zástupce společnosti Roche.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
11
®
cobas HIV-1
Potřebné vybavení a software, které není součástí dodávky Potřebné vybavení a software, které není součástí dodávky ®
Systém cobas 4800 Přístroj cobas x 480 Analyzátor cobas z 480 Řídicí jednotka ®
Aplikační software cobas 4800 (základní) verze 2.1.0 nebo vyšší ®
®
Systém cobas 4800 cobas HIV-1 AP verze 1.0.0 nebo vyšší Dodatečné informace o typech primárních a sekundárních vzorkových zkumavek vhodných pro přístroje najdete v provozní příručce systému ® ® cobas 4800 – verze softwaru 2.1 nebo vyšší pro test cobas HIV-1 pro ® použití se systémem cobas 4800 (dále uváděna jako provozní příručka ® ® systému cobas 4800 pro cobas HIV-1). Pozn.: Kontaktujte místního zástupce společnosti Roche ohledně podrobných seznamů pro objednávky stojanů na vzorky, stojanů pro špičky se sraženinou a stojany, které se vejdou do přístrojů.
Bezpečnostní opatření a požadavky na manipulaci Varování a bezpečnostní opatření Jak je tomu při každém testovacím postupu, je pro správné fungování tohoto testu zásadním požadavkem dodržovat principy správné laboratorní praxe. Vzhledem k vysoké analytické citlivosti testu je třeba dbát opatrnosti, aby mezi činidly, vzorky a amplifikačními směsmi nedošlo ke kontaminaci. ·
Pouze pro účely diagnostiky in vitro.
·
Test cobas® HIV-1 nebyl vyhodnocen k použití jako skríningový test pro přítomnost HIV-1 v krvi nebo krevních produktech.
·
Se všemi vzorky pacientů je nutno zacházet, jako by byly infekční, za použití správných laboratorních postupů, tak jak jsou popsány v publikaci Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories a v dokumentu CLSI číslo M29-A4.17,18 Tento postup smí provádět pouze personál zkušený v zacházení s infekčními vzorky, testem cobas® HIV-1 a systémem cobas® 4800.
·
Veškeré materiály pocházející z lidských zdrojů by měly být považovány za potenciálně infekční a musí se s nimi zacházet dle všeobecných bezpečnostních opatření.
·
Kontrolní souprava HBV/HCV/HIV-1 cobas® obsahuje plazmu z lidské krve. Zdrojový materiál byl analyzován pomocí licenčních testů na protilátky a byl shledán nereaktivním vůči protilátce proti HCV, protilátce proti HIV-1/2, protilátce proti HBsAg a protilátce proti HBc. Testování metodami PCR neprokázala žádné detekovatelné nukleové kyseliny HIV-1 RNA, HIV-2 RNA, HCV RNA, a HBV DNA. Nicméně žádná známá testovací metoda nepředstavuje dokonalou záruku, že se s deriváty z lidské krve nepřenesou nějaká infekční agens.
·
Zamezte expozici MGP vůči zdrojům magnetického pole.
·
Nezmrazujte plnou krev ani žádné vzorky v primárních zkumavkách.
·
Pro zajištění optimální účinnosti testu používejte pouze spotřební materiál, který je součástí dodávky, nebo specifikovaný požadovaný materiál.
·
Bezpečnostní listy (SDS) zašle na vyžádání Váš místní zástupce společnosti Roche.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
12
®
cobas HIV-1 ·
Pečlivě dodržujte uvedené postupy a předpisy, aby se zajistilo správné provedení testů. Jakákoliv odchylka od postupů a předpisů může negativně ovlivnit optimální účinnost testu.
·
Pokud nebude během manipulace a zpracování vzorků patřičně kontrolována kontaminace přenosem, mohou vzniknout falešně pozitivní výsledky.
·
Další varování, upozornění a postupy pro snížení rizika kontaminace přístroje cobas x 480 nebo analyzátoru cobas z 480 najdete v provozní příručce systému cobas® 4800 pro cobas® HIV-1. Pokud máte podezření na kontaminaci, proveďte čištění a údržbu podle popisu v příslušné provozní příručce systému cobas® 4800 pro cobas® HIV-1 a příručce systému cobas® 4800.
Pozn.: Konkrétní pokyny viz „Odběr, přeprava a uchovávání vzorků“.
Správná laboratorní praxe ·
Nepipetujte ústy.
·
V pracovních laboratorních prostorách nejezte, nepijte a nekuřte.
·
Po manipulaci se vzorky a činidly soupravy si důkladně umyjte ruce, jakož i po svléknutí rukavic.
·
Při práci s jakýmikoliv činidly používejte rukavice na jedno použití, pracovní oděv a ochranné brýle. Dbejte na to, aby se tyto materiály nedostaly do styku s pokožkou, očima nebo sliznicemi. Pokud ke styku dojde, okamžitě postiženou oblast omyjte velkým množstvím vody. Pokud by byla tato opatření zanedbána, může dojít k popáleninám. Pokud dojde k rozlití, zřeďte je před vytřením dosucha vodou.
·
Všechny pracovní plochy důkladně očistěte a vydezinfikujte čerstvě připraveným 0,5% roztokem chlornanu sodného v destilované nebo deionizované vodě (zředěný bělicí prostředek pro domácnosti 1:10). Dále povrch otřete 70% etanolem.
Manipulace s činidly · · · ·
·
Aby nedošlo u vzorků nebo kontrol ke kontaminaci přenosem, zacházejte se všemi činidly, kontrolami a vzorky podle zásad správné laboratorní praxe. Před použitím vizuálně zkontrolujte každou láhev a lahvičku s činidly, zda nejeví žádné známky netěsnosti. Pokud známky netěsnosti vykazuje, nepoužívejte tento materiál k testování. Lytický pufr 2 pro systém cobas® 4800 obsahuje potenciálně nebezpečnou látku guanidinthiokyanát. Vyhněte se kontaktu činidel s pokožkou, očima nebo sliznicemi. Pokud dojde ke kontaktu, okamžitě postiženou oblast omyjte velkým množstvím vody, jinak může dojít k popáleninám. Test cobas® HIV-1, souprava 2 pro přípravu vzorků pro systém cobas® 4800 a roztok 2 pro ředění vzorků pro systém cobas® 4800 obsahují azid sodný jako konzervační látku. Vyhněte se kontaktu činidel s pokožkou, očima nebo sliznicemi. Pokud dojde ke kontaktu, okamžitě postiženou oblast omyjte velkým množstvím vody, jinak může dojít k popáleninám. Pokud se činidlo rozlije, zřeďte ho před vytřením dosucha vodou. Lytický pufr 2 pro systém cobas® 4800, jenž obsahuje guanidinthiokyanát, se nesmí dostat do styku s roztokem chlornanu sodného (bělicím prostředkem). Tato směs vytváří vysoce toxický plyn.
Kontaminace ·
Je nutné nosit rukavice. Aby nedošlo ke kontaminaci, musí se rukavice vyměňovat mezi manipulací se vzorky a manipulací s činidly cobas® HIV-1. Zabraňte kontaminaci rukavic při manipulaci se vzorky a kontrolami. Při práci se vzorky a soupravami činidel používejte laboratorní rukavice, laboratorní pláště a ochranné brýle.
·
Zamezte mikrobiální a ribonukleázové kontaminaci činidel.
·
Pokud se během zacházení se vzorkem nezabrání kontaminaci vzorků, mohou být získány falešně pozitivní výsledky.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
13
®
cobas HIV-1
Integrita ·
Nepoužívejte soupravy po uplynutí data použitelnosti.
·
Činidla nemíchejte.
·
Položky k jednorázovému použití nepoužívejte po uplynutí doby použitelnosti.
·
Všechny položky k jednorázovému použití použijte jen jednou. Pufr znovu nepoužívejte.
·
Veškeré vybavení je nutné řádně udržovat podle pokynů výrobce.
Likvidace ·
Test cobas® HIV-1, souprava 2 pro přípravu vzorků pro systém cobas® 4800 a roztok 2 pro ředění vzorků pro systém cobas® 4800 obsahují azid sodný (viz „Varování a bezpečnostní opatření“). Ten může reagovat s olověným nebo měděným potrubím a vytvářet vysoce explozivní kovové azidy. Při likvidaci roztoků obsahujících azid sodný do laboratorního umyvadla propláchněte odtok velkým množstvím studené vody, abyste tak zabránili vytváření azidů.
·
Nespotřebovaná činidla a odpad likvidujte v souladu s celostátními a místními předpisy.
Pozn.: Likvidace kapalného odpadu viz příslušná příručka systému cobas® 4800.
Rozlití a čištění ·
Lytický pufr 2 pro systém cobas® 4800 obsahuje guanidinthiokyanát. Pokud se kapalina obsahující guanidinthiokyanát rozlije, postižené místo vyčistěte vodou s vhodným laboratorním detergentem. Jestliže rozlitá kapalina obsahuje potenciálně infekční látky, vyčistěte místo NEJPRVE vodou s vhodným laboratorním detergentem a potom 0,5% chlornanem sodným.
·
Pokud dojde k rozlití kapaliny na přístroj cobas x® 480, řiďte se při čištění pokyny v příslušné příručce systému cobas® 4800.
·
K čištění přístroje cobas x 480 nebo analyzátoru cobas z 480 nepoužívejte roztok chlornanu sodného (bělidlo). Vyčistěte přístroj cobas x 480 nebo analyzátor cobas z 480 podle pokynů v příslušné příručce systému cobas® 4800.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
14
®
cobas HIV-1
Odběr, přeprava a uchovávání vzorků Pozn.: Se všemi vzorky je třeba zacházet jako s infekčními. Všechny vzorky uchovávejte při stanovených teplotách. Zvýšené teploty ovlivňují stabilitu vzorků. Pokud používáte vzorky zmrazené v sekundárních zkumavkách, ponechte je při pokojové teplotě (15–30 °C) do úplného roztátí a pak odstředěním shromážděte veškerý objem na dně zkumavky.
Odběr vzorků Krev se odebírá do zkumavek pro přípravu plazmy BD Vacutainer® PPT™ pro molekulární diagnostické testovací metody nebo do sterilních zkumavek za použití EDTA jako antikoagulantu. Pozn.: Uživatel musí dodržovat pokyny výrobce zkumavky pro přípravu séra/plazmy.
Přeprava, uchovávání a stabilita vzorků ·
Krev odebranou do zkumavek pro přípravu plazmy BD Vacutainer® PPT™ pro molekulární diagnostické testovací metody nebo do sterilních zkumavek za použití EDTA jako antikoagulantu lze uchovávat nebo přepravovat po dobu do 24 hodin při teplotě 2 °C až 25 °C před přípravou plazmy a následným testováním.
·
Vzorky plazmy lze uchovávat v sekundárních zkumavkách po dobu do 24 hodin při teplotě 2° C až 30 °C, do 72 hodin při teplotě 2 °C až 8 °C nebo do 6 týdnů při teplotě ≤ -18 °C. Separované vzorky plazmy v sekundárních zkumavkách jsou stabilní až do tří cyklů zmrazení a rozmrazení, pokud jsou uchovávány zmrazené při teplotě ≤ -18 °C.
·
Pokud mají být vzorky přepravovány, musí být zabaleny a označeny dle platných státních anebo mezinárodních předpisů o přepravě vzorků a etiologických agens.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
15
®
cobas HIV-1
Návod k použití Spuštění testu Objem pro zpracování vzorku Výchozí objem pro zpracování vzorku testem cobas® HIV-1 je 400 µl. U vzorků s menším objemem lze zvolit objem pro zpracování vzorku 200 µl. Pouze v tomto případě je třeba do systému nadávkovat roztok 2 pro ředění vzorků pro systém cobas® 4800 jako dodatečné činidlo. Uživatele k tomu pobídne softwarový průvodce, pokud byl při přípravě objednávky zvolen typ vzorku „Diluted plasma“.
Pracovní postup ®
Obrázek1: Pracovní postup cobas HIV-1 1
Spusťte systém.
2
Proveďte údržbu přístroje.
3
Vyjměte vzorky a činidla z místa uchovávání.
4
Spusťte cyklus.
5
Naskenujte karty parametrů
6
Zaveďte vzorky
7
S LIS: potvrďte objednávku. Bez LIS: vytvořte objednávku.
8
Zaveďte spotřební materiál (destičku s hlubokými jamkami, mikrotitrační destičku, stojany na špičky).
9
Zaveďte činidla
10
Spusťte cyklus přípravy vzorku
11
Vyjměte a zalepte mikrotitrační destičku
12
Zaveďte mikrotitrační destičku do analyzátoru
13
Vyjměte vzorky, použitá činidla a destičku s hlubokými jamkami.
14
Zkontrolujte výsledky
15
S LIS: odešlete výsledky do LIS
16
Vyprázdněte analyzátor
Pozn.: Podrobné provozní pokyny pro test cobas® HIV-1 naleznete v uživatelské příručce pro systém cobas® 4800.
Velikost cyklu Test cobas® HIV-1 lze provádět s minimálními požadovanými objemy vzorků, které jsou popsány v provozní příručce systému cobas® 4800 pro test cobas® HIV-1. Systém cobas® 4800 je navržen tak, že může zpracovávat cykly se smíšenými dávkami. Generická činidla pro přípravu vzorků (souprava 2 pro přípravu vzorků pro systém cobas® 4800, lytická souprava 2 pro systém cobas® 4800 a souprava promývacího pufru pro systém cobas® 4800) jsou k dispozici v soupravách dvou velikostí; každá obsahuje množství činidel dostatečné pro 10 cyklů po 24 nebo 96 vzorcích, které zahrnují kontroly a vzorky pro všechny potřebné testy. Souprava cobas® HIV-1 se dodává v jedné velikosti, která stačí na testování 120 (10×12) vzorků včetně 07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
16
®
cobas HIV-1
kontrol. Pro každou dávku testu je nutno použít jednu nízce pozitivní kontrolu HBV/HCV/HIV-1, jednu vysoce pozitivní kontrolu HBV/HCV/HIV-1 a jednu negativní kontrolu. Pro jeden cyklus testu je povolen maximální počet 93 vzorků a 3 kontroly. Postup testu podrobně popisuje provozní příručka systému cobas® 4800 pro cobas® HIV-1. Obrázek1 uvádí souhrn postupu. Pozn.: Za účelem optimálního využití činidel lze generická činidla pro přípravu vzorků použít pro cyklus obsahující celkem 1–21 vzorků (velikost testovací soupravy 10 ×24) nebo celkem 1–93 vzorků (velikost testovací soupravy 10×96). Různé velikosti soupravy promývacího pufru pro systém cobas® 4800, soupravy 2 pro přípravu vzorků pro systém cobas® 4800 a lytické soupravy 2 pro systém cobas® 4800 však nelze kombinovat. Pokud je například na začátku cyklu nasnímána láhev s promývacím pufrem pro 96 testů, musí být použita také činidla z dalších dvou souprav o velikosti pro 96 testů.
Pracovní postup Test cobas® HIV-1 se provádí s použitím úplného pracovního postupu v softwaru cobas® 4800. Skládá se z přípravy vzorku na přístroji cobas x 480 a poté následuje amplifikace a detekce na analyzátoru cobas z 480. Cyklus může sloužit pouze pro test HIV-1 nebo pro kombinované dávky s testy, které sdílejí stejný automatický proces extrakce a PCR profil amplifikace a detekce. Při kroku výběru testu software zobrazí testy kompatibilní pro zpracování při dávkách kombinovaných s testem cobas® HIV-1. Podrobné informace viz provozní příručka systému cobas® 4800 pro test cobas® HIV-1. 1. Zapněte systém a proveďte jeho údržbu podle pokynů v příručce systému cobas® 4800 pro cobas® HIV-1 v části „Údržba přístroje“. 2. Nachystejte si všechna činidla a potřebný spotřební materiál. Všechna činidla kromě HIV-1 MMX R2 a MMX R1 musí mít před vložením do přístroje cobas x 480 okolní teplotu laboratoře. Činidla HIV-1 MMX R2 a MMX R1 je možné vzít přímo z místa uchovávání o teplotě 2–8 °C, protože se vytemperují na okolní teplotu laboratoře v přístroji cobas x 480 předtím, než budou použity v procesu. Pozn.: Veškerá činidla a zásobníky na činidla jsou označená čárovým kódem a jsou určena pro jedno použití. Software přístroje cobas® 4800 sleduje použití činidel a zásobníků na činidla a zamítne již dříve použitá činidla nebo zásobníky na činidla. 3. Spusťte nový cyklus a definujte objednávku pro cyklus. Existují tři způsoby, jak vytvářet objednávku: ·
Pomocí editoru vzorků před zavedením stojanu na vzorky do zařízení cobas x 480 (tlačítko „Editor“ se nachází na pravé straně hlavní nabídky). Objednávky je možné v případě potřeby uložit, upravit a znovu nahrát.
·
Pomocí softwarového průvodce pro nový cyklus vložením vzorků do přístroje cobas x 480, jakmile je k tomu uživatel vyzván. Čárové kódy budou automaticky nasnímány a musí být definovány požadované výsledky pro každý vzorek.
·
Pomocí systému LIS vašeho zdravotnického zařízení.
Další podrobné informace viz provozní příručka systému cobas® 4800 pro test cobas® HIV-1. Při výběru požadovaných výsledků zatrhněte „HIV-1“. 4. Zaveďte vzorky a definujte/zvolte objednávku nebo použijte LIS dle potřeby. Minimální objem vzorku závisí na typu a velikosti zkumavky. Další podrobné informace viz provozní příručka systému cobas® 4800 pro test cobas® HIV-1. 5. Při vkládání spotřebního materiálu postupujte podle softwarového průvodce. Nedoplňujte jednotlivé špičky do částečně použitého stojanu na špičky, ani je nevytahujte, protože software sleduje počet zbývajících špiček. Pokud zde není dostatek špiček pro uskutečnění cyklu, software vydá varování pro uživatele. 07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
17
®
cobas HIV-1
6. Vložte činidla pro přípravu vzorků do zásobníků na činidla označených čárovým kódem. Zásobníky na činidla jsou k dispozici ve dvou velikostech: 200 ml a 50 ml. Při výběru správné velikosti zásobníku na činidla postupujte podle softwarového průvodce. Čárové kódy zásobníků na činidla musí směřovat na pravou stranu nosiče. Pro činidla pro přípravu vzorků použijte metodu „naskenovat-naskenovat-nalítumístit“: ·
Naskenujte čárový kód lahvičky s činidlem.
·
Naskenujte čárový kód zásobníku na činidla.
·
Nalijte činidlo do zásobníku na činidla.
·
Umístěte naplněný zásobník na činidla na určenou pozici do nosiče na činidla.
Pozn.: Systém cobas® 4800 je vybaven vnitřními hodinami, které monitorují čas, po který jsou činidla umístěná v přístroji. Jakmile jsou LYS 2 nebo WB naskenovány, zbývá 1 hodina na nadávkování vzorků a kliknutí na tlačítko Start. Na záložce „Workplace“ se zobrazí ubíhající čas. Jestliže vyprší čas, po který mohou být činidla umístěná v přístroji, systém nedovolí spuštění cyklu. Pozn.: Aby přenos MGP proběhl správně, bezprostředně před dávkováním do zásobníku na činidla lahvičku s MGP protřepejte na třepačce nebo s ní silně zatřepejte. 7. Vložte lahvičky s činidly (HIV-1 MMX R2, MMX R1 a RNA QS), kontrolní lahvičky [HBV/HCV/HIV-1 L(+)C, HBV/HCV/HIV-1 H(+)C a (–) C] a lahvičky s generickými činidly (P2 a SD2 podle potřeby) přímo do nosiče činidel. Aby nedocházelo ke zbytečnému přerušení cyklů a kontaminaci, je důležité sklepnout dolů obsah lahviček s činidly, aby nevznikaly bubliny / filmy tekutiny; rovněž je nutné vyměnit si rukavice po zacházení s pozitivními kontrolami. 8. Po úspěšném cyklu přípravy vzorků budou k dispozici tlačítka „Sample Preparation results“ a tlačítko „Unload“. Pokud si přejete, zkontrolujte výsledky stisknutím tlačítka „Sample Preparation results“ a pak vyjměte nosiče destiček stisknutím tlačítka „Unload“. Tlačítkem „Unload“ můžete též vyjmout nosiče destiček bez prohlížení výsledků. Viz provozní příručka systému cobas® 4800 pro test cobas® HIV-1. 9. Postupujte podle pokynů v příslušné provozní příručce systému cobas® 4800 pro test cobas® HIV-1 a zalepte mikrotitrační destičku, přeneste destičku do analyzátoru cobas z 480 a spusťte cyklus amplifikace a detekce. Pozn.: Systém cobas® 4800 má vnitřní hodiny, které monitorují čas po přidání připravených vzorků do aktivní směsi Master Mix. Amplifikaci a detekci je nutné spustit co nejdříve, ale ne později než 40 minut po dokončení cyklu přístroje cobas x 480. Na záložce „Workplace“ se zobrazí ubíhající čas. Jestliže vyprší čas, systém přeruší cyklus. 10. Po dokončení cyklu amplifikace a detekce vyjměte mikrotitrační destičku z analyzátoru cobas z 480. 11. Chcete-li prohlédnout a přijmout výsledky, řiďte se pokyny v provozní příručce systému cobas® 4800 pro test cobas® HIV-1.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
18
®
cobas HIV-1
Výsledky Systém cobas® 4800 automaticky stanoví koncentraci HIV-1 RNA ve vzorcích a kontrolách. Koncentrace HIV-1 RNA je vyjádřena v kopiích na mililitr (cp/ml) nebo mezinárodních jednotkách na mililitr (IU/ml). Konverzní faktor pro test cobas® HIV-1 je 0,6 cp/IU.
Kontrola kvality a platnost výsledků · · ·
S každou dávkou je zpracována jedna negativní kontrola (–) C a dvě pozitivní kontroly; nízce pozitivní kontrola HBV/HCV/HIV-1 L(+)C a vysoce pozitivní kontrola HBV/HCV/HIV-1 H(+)C. Zkontrolujte platnost dávky v softwaru cobas® 4800 anebo v příslušné zprávě. Software cobas® 4800 vyhlašuje neplatnost výsledků automaticky na základě selhání negativních a pozitivních kontrol.
Kontrolní značky Tabulka 1:
Kontrolní značky u negativních a pozitivních kontrol
Negativní kontrola
Identifikace značky
Výsledek
Interpretace
(–) C
R4803, R4804 (Selhala kontrolní dávka)
Invalid
Neplatný výsledek nebo vypočtený výsledek titru negativní kontroly není negativní.
Pozitivní kontrola
Identifikace značky
Výsledek
Interpretace
HBV/HCV/HIV-1 L(+)C
R4803, R4804 (Selhala kontrolní dávka)
Invalid
Neplatný výsledek nebo vypočtený výsledek titru nízce pozitivní kontroly není v přiřazeném rozmezí.
HBV/HCV/HIV-1 H(+)C
R4803, R4804 (Selhala kontrolní dávka)
Invalid
Neplatný výsledek nebo vypočtený výsledek titru vysoce pozitivní kontroly není v přiřazeném rozmezí.
Pokud je dávka neplatná, opakujte testování celé dávky včetně vzorků a kontrol.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
19
®
cobas HIV-1
Vyhodnocení výsledků Pozn.: Veškerou validaci testů a dávek provádí software cobas® 4800. Pozn.: Platná dávka může zahrnovat jak platné tak i neplatné výsledky vzorků. Interpretace výsledků vzorků platné dávky viz Tabulka 2. Tabulka 2:
Cílové výsledky pro individuální interpretaci ®
cobas HIV-1 Target Not Detected
< Titer Min
Titr
Výsledkový protokol a interpretace HIV RNA nedetekována. Výsledky nahlaste jako „HIV nedetekována“. Vypočtený titr je pod spodním limitem kvantifikace (LLoQ) analýzy. Výsledky nahlaste jako „HIV detekován, méně než (min. titr)“. Min. titr = 2,00E+01 cp/ml a 3,33E+01 IU/ml (400 µl) Min. titr = 6,00E+01 cp/ml a 1,00E+02 IU/ml (200 µl) Vypočtený titr leží v lineárním rozmezí analýzy – větší nebo roven min. titru a menší nebo roven max. titru. Výsledky nahlaste jako „(Titr) HIV-1 detekován“.
> Titer Maxa a
Vypočtený titr je nad horním limitem kvantifikace (ULoQ) analýzy. Výsledky nahlaste jako „HIV detekován, více než (max. titr)“. Max. titr = 1,00E+07 cp/ml a 1,67E+07 IU/ml (400 µl a 200 µl)
Výsledek vzorku > „Titer Max“ (max. titr) představuje detekované HIV-1 pozitivní vzorky s titrem nad horním limitem kvantifikace (ULoQ). Je-li žádán kvantitativní výsledek, měl by být originální vzorek rozředěn HIV-1 negativní EDTA plazmou a test by měl být zopakován. Vynásobte uváděný výsledek faktorem ředění.
Procedurální omezení 1. Test cobas® HIV-1 byl vyhodnocen pouze pro použití v kombinaci s kontrolní soupravou HBV/HCV/HIV-1 pro systém cobas®, soupravou 2 pro přípravu vzorku pro systém cobas® 4800, lytickou soupravou 2 pro systém cobas® 4800, soupravou promývacího pufru pro systém cobas® 4800 a roztokem 2 pro ředění vzorků pro systém cobas® 4800. 2. K získání spolehlivých výsledků je třeba dodržovat příslušné postupy odběru, transportu, uchovávání a zpracování vzorků. Řiďte se postupy v tomto návodu k použití (také je označován jako příbalová informace) a příslušné příručce systému cobas® 4800 pro test cobas® HIV-1. 3. Tento test je validován pouze pro vyšetřování EDTA plazmy. Testování jiných typů vzorků může vést k nepřesným výsledkům. 4. Kvantifikace HIV-1 RNA závisí na tom, kolik virových částic je ve vzorku přítomno, na což mají vliv metody odběru vzorku, faktory pacienta (tj. věk, příznaky) anebo stádium infekce. 5. I když se vyskytují vzácně, mutace ve vysoce konzervovaných oblastech virového genomu pokryté testem cobas® HIV-1 mohou ovlivnit vázání primerů anebo sond, a tak vést k podhodnocení množství nebo selhání detekce viru. 6. Prediktivní hodnota testu závisí na prevalenci onemocnění v určité populaci. 7. Přidání enzymu AmpErase k činidlu cobas® HIV-1 Master Mix umožňuje selektivní amplifikaci cílové nukleové kyseliny. Aby se však předešlo kontaminaci činidel a amplifikačních směsí, je třeba uplatňovat zásady správné laboratorní praxe a důsledně dodržovat postupy uvedené v tomto návodu k použití.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
20
®
cobas HIV-1
8. Tento produkt smí používat pouze personál vyškolený v technikách PCR a v používání systému cobas® 4800. 9. Pouze přístroj cobas x 480 a analyzátor cobas z 480 byl validován pro použití s tímto produktem. S tímto produktem se nesmí používat žádný jiný přístroj na přípravu vzorků nebo jiný systém PCR. 10. Vzhledem k rozdílům mezi technologiemi se doporučuje, aby uživatelé před přechodem od jedné technologie k druhé provedli ve své laboratoři studie pro stanovení rozdílů mezi těmito technologiemi. Uživatelé by měli dodržovat své vlastní zásady/postupy. 11. Křížová kontaminace může způsobit falešně pozitivní výsledky. V neklinické studii byla zjištěna křížová kontaminace mezi vzorky v testu cobas® HIV-1 ve výši 0,0 %. Křížová kontaminace mezi cykly nebyla pozorována. 12. Test cobas® HIV-1 nebyl vyhodnocen k použití jako skríningový test pro přítomnost HIV-1 v krvi nebo krevních produktech.
Hodnocení neklinických funkčních parametrů Klíčové funkční charakteristiky Mez detekce (Limit of Detection, LoD) Mezinárodní standard WHO Mez detekce testu cobas® HIV-1 byla zjištěna analýzou sériových ředění mezinárodního standardu WHO HIV-1 RNA skupiny M podtypu B pro analýzy s použitím amplifikační technologie (2. mezinárodního standardu WHO) získaného od NIBSC v HIV-negativní EDTA plazmě při objemu zpracování vzorků 400 µl a 200 µl. Panely šesti hladin koncentrace plus negativní vzorek byly testovány na třech šaržích činidel testu cobas® HIV-1 při větším počtu cyklů v různých dnech s různou obsluhou a přístroji. Výsledky pro EDTA plazmu při obou objemech zpracovávání vzorku viz Tabulka 3 a Tabulka 4. Studie ukazuje, že test cobas® HIV-1 detekoval HIV-1 RNA s úspěšností ≥ 95% podle analýzy PROBIT při koncentraci 14,2 cp/ml (23,7 IU/ml) při objemu zpracování vzorků 400 µl a při koncentraci 43,9 cp/ml (73,4 IU/ml) při objemu zpracování vzorků 200 µl. Tabulka 3:
Mez detekce v EDTA plazmě (400 µl)
Vstupní titr koncentrace (HIV-1 RNA cp/ml)
Vstupní titr koncentrace (HIV-1 RNA IU/ml)
Počet platných replikátů
Počet pozitivních výsledků
Míra detekce
60,0
100,0
252
252
100,0 %
30,0
50,0
251
251
100,0 %
20,0
33,3
252
247
98,0 %
10,0
16,7
252
227
90,1 %
5,0
8,3
252
160
63,5 %
2,0
3,3
252
86
34,1 %
0,0
0,0
71
0
0,0 %
LoD podle analýzy PROBIT při 95% úspěšnosti detekce 07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
14,2 cp/ml; 95% interval spolehlivosti: 12,5–16,6 cp/ml 23,7 IU/ml; 95% interval spolehlivosti: 20,8-27,7 IU/ml
21
®
cobas HIV-1 Tabulka 4:
Mez detekce v EDTA plazmě (200 µl)
Vstupní titr koncentrace (HIV-1 RNA cp/ml)
Vstupní titr koncentrace (HIV-1 RNA IU/ml)
100,0
166,7
251
251
100,0 %
60,0
100,0
251
249
99,2 %
30,0
50,0
251
227
90,4 %
15,0
25,0
250
172
68,8 %
7,0
11,7
250
110
44,0 %
3,5
5,8
250
83
33,2 %
0,0
0,0
68
0
0,0 %
LoD podle analýzy PROBIT při 95% úspěšnosti detekce
Počet platných replikátů
Počet pozitivních výsledků
Míra detekce
43,9 cp/ml; 95% interval spolehlivosti: 37,7-52,7 cp/ml 73,4 IU/ml; 95% interval spolehlivosti: 62,9-88,1 IU/ml
Lineární rozmezí Linearita testu cobas® HIV-1 byla zjištěna analýzou panelu se 12 položkami (objem zpracování vzorku 400 µl) a 11 položkami (objem zpracování vzorku 200 µl) převažujícího podtypu B skupiny M viru HIV-1, které pokrývají lineární rozmezí testu. Položky panelu byly připraveny ze vzorku supernatantu HIV-1 pozitivní buněčné kultury s vysokým titrem RNA. Při objemu zpracování vzorku 400 µl byl test cobas® HIV-1 lineární od 20,0 cp/ml do 1,00E+07 cp/ml (33,3 IU/ml do 1,67E+07 IU/ml) a vykazoval maximální odchylku od lépe se hodící nelineární regrese nižší než ±0,07 log10 (viz Obrázek 2). V lineárním rozmezí testu byla přesnost testu ±0,18 log10. Při objemu zpracování vzorku 200 µl byl test cobas® HIV-1 lineární od 60,0 cp/ml do 1,00E+07 cp/ml (100,0 IU/ml do 1,67E+07 IU/ml) a vykazoval maximální odchylku od lépe se hodící nelineární regrese nižší než ±0,08 log10 (viz Obrázek 3). V lineárním rozmezí testu byla přesnost testu ±0,19 log10.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
22
®
cobas HIV-1
Pozorovaný logaritmus titru [jednotky koncentrace]
Obrázek 2:
Lineární rozmezí stanovení v EDTA plazmě (400 µl) pozorování v daném rozmezí regresní přímka horní mez odchylky dolní mez odchylky
Přiřazený logaritmus titru [jednotky koncentrace]
Pozorovaný logaritmus titru [jednotky koncentrace]
Obrázek 3:
Lineární rozmezí stanovení v EDTA plazmě (200 µl) pozorování v daném rozmezí regresní přímka kvadratický model horní mez odchylky dolní mez odchylky
Přiřazený logaritmus titru [jednotky koncentrace]
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
23
®
cobas HIV-1
Přesnost – v rámci jedné laboratoře Přesnost testu cobas® HIV-1 byla zjištěna analýzou sériových ředění vysoce pozitivních vzorků HIV-1 (skupina M podtyp B; kultivovaný virus) v HIV negativní EDTA plazmě. Bylo testováno sedm hladin ředění (objem zpracování vzorku 400 µl) a pět hladin ředění (objem zpracování vzorku 200 µl) v 16 pro každou hladinu a objem zpracování vzorku u tří šarží činidel cobas® HIV-1 při použití tří přístrojů a čtyř obsluh v intervalu 12 dní. Výsledky viz Tabulka 5 a Tabulka 6. Test cobas® HIV-1 ukázal vynikající přesnost u tří šarží činidel v rozmezí koncentrace 60,0 cp/ml až 2,00E+07 cp/ml při objemu zpracování vzorku 400 µl a 1,00E+04 cp/ml až 2,00E+07 cp/ml při objemu zpracování vzorku 200 µl. Tabulka 5:
®
Přesnost testu cobas HIV-1 v rámci jedné laboratoře (vzorky EDTA plazmy – objem zpracování vzorku 400 µl)*
Nominální koncentrace (cp/ml) 2,0E+07 1,0E+06 1,0E+05 1,0E+04 1,0E+03 4,0E+02 6,0E+01
Přiřazená koncentrace (cp/ml) 1,54E+07 7,70E+05 7,70E+04 7,70E+03 7,70E+02 3,08E+02 7,70E+01
Zdrojový materiál Buněčná kultura Buněčná kultura Buněčná kultura Buněčná kultura Buněčná kultura Buněčná kultura Buněčná kultura
Šarže 1 Směrod. odch. 0,05 0,05 0,05 0,04 0,09 0,08 0,18
EDTA plazma Šarže 2 Šarže 3 Směrod. Směrod. odch. odch. 0,05 0,04 0,05 0,05 0,05 0,05 0,06 0,07 0,10 0,07 0,10 0,09 0,24 0,15
Všechny šarže Směrod. odch. směsi 0,05 0,05 0,05 0,06 0,09 0,09 0,19
* Distribuce logaritmu titrů je pokládána za normální; data jsou analyzována po logaritmické (log10) transformaci. Sloupce směrodatné odchylky (SD) uvádějí souhrnný logaritmický titr pro každou ze tří šarží činidel. Tabulka 6:
®
Přesnost testu cobas HIV-1 v rámci jedné laboratoře (vzorky EDTA plazmy – objem zpracování vzorku 200 µl)*
Nominální koncentrace (cp/ml) 2,0E+07 1,0E+07 1,0E+06 1,0E+05 1,0E+04
Přiřazená koncentrace (cp/ml) 1,54E+07 7,70E+06 7,70E+05 7,70E+04 7,70E+03
Zdrojový materiál Kultivovaný virus Kultivovaný virus Kultivovaný virus Kultivovaný virus Kultivovaný virus
Šarže 1 Směrod. odch. 0,04 0,04 0,03 0,04 0,05
Šarže 2 Směrod. odch. 0,04 0,04 0,04 0,05 0,04
EDTA plazma Šarže 3 Směrod. odch. 0,04 0,04 0,05 0,03 0,04
Všechny šarže Směrod. odch. směsi 0,04 0,04 0,04 0,04 0,04
* Distribuce logaritmu titrů je pokládána za normální; data jsou analyzována po logaritmické (log10) transformaci. Sloupce směrodatné odchylky (SD) uvádějí souhrnný logaritmický titr pro každou ze tří šarží činidel.
Verifikace skupiny/podtypu Fungování testu cobas® HIV-1 u podtypů skupiny M, skupiny O a skupiny N viru HIV-1 bylo vyhodnoceno pomocí: • Verifikace limitu detekce pro podtypy skupiny M, skupinu O a skupinu N • Verifikace linearity pro podtypy skupiny M, skupinu O a skupinu N • Přiřazení titru bylo provedeno pomocí testu cobas® HIV-1.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
24
®
cobas HIV-1
Verifikace limitu detekce pro podtypy skupiny M, skupinu O a skupinu N
Kultivované vzorky HIV-1 M (A, C, D, F, G, H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1O a HIV-1N byly zředěny EDTA plazmou na LoD koncentraci převažující skupiny/podtypu (HIV-1 M podtyp B) na základě 95% úspěšnosti analýzy LoD (20,0 cp/ml). Analýza úspěšnosti byla provedena se 42 replikáty pro každou skupinu/podtyp. Tyto výsledky potvrzují, že test cobas® HIV-1 detekoval HIV u genotypů HIV-1M (A, C, D, F, G, H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1 O a HIV-1N při koncentraci 20 cp/ml s horním jednostranným 95% intervalem spolehlivosti větším než očekávaná 95% úspěšnost. Tabulka 7: Verifikace LoD pro podtypy skupiny M, skupinu O a skupinu N viru HIV-1 ve 400 µl EDTA plazmy Testovaná koncentrace: 20,0 cp/ml Úspěšnost detekce v % Počet platných (horní jednostranný 95% replikátů interval spolehlivosti)
Skupina
Podtyp
M
A
39
42
92,86 % (98,02 %)
C
42
42
100 % (100 %)
D
41
42
97,62 % (99,88 %)
F
39
42
92,86 % (98,02 %)
G
38
42
90,48 % (96,68 %)
H
41
42
97,62 % (99,88 %)
CRF01_AE
40
42
95,24 % (99,15 %)
CRF02_AG
41
42
97,62 % (99,88 %)
O
39
42
92,86 % (98,02 %)
N
41
42
97,62 % (99,88 %)
Počet pozitivních replikátů
Verifikace lineárního rozmezí pro podtypy skupiny M, skupinu O a skupinu N
Sériové ředění použité ve studii verifikace linearity testu cobas® HIV-1 pro různé podtypy sestává ze sedmi položek panelu pokrývajících rozsah linearity. Položky panelu byly připraveny ze supernatantu HIV-1 pozitivní buněčné kultury příslušné skupiny/podtypu s vysokým titrem RNA. Lineární rozmezí testu cobas® HIV-1 sahá od LLoQ (20,0 cp/ml pro objem zpracování vzorku 400 µl) do ULoQ (1,0E+07 cp/ml) a zahrnuje nejméně dva body pro lékařská rozhodnutí. U EDTA plazmy bylo testováno dvanáct replikátů na každé hladině. Lineární rozsah testu cobas® HIV-1 byl verifikován pro podtypy skupiny M, skupinu O a skupinu N. Maximální odchylka mezi lineární regresí a lépe se hodící nelineární regresí byla menší než 0,12 log10.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
25
®
cobas HIV-1
Specificita Specificita testu cobas® HIV-1 byla zjištěna analýzou vzorků HIV negativní EDTA plazmy od individuálních dárců. Bylo testováno 614 individuálních vzorků EDTA plazmy se třemi šaržemi činidel cobas® HIV-1. Všechny vzorky vyšly negativně pro HIV-1 RNA. V testovaném panelu byla specificita testu cobas® HIV-1 100,0 % [dolní mez 95% jednostranného intervalu spolehlivosti (Clopper Pearson) byla 99,5 %]. Analytická specificita
Analytická specificita testu cobas® HIV-1 byla vyhodnocena zředěním panelu patogenů EDTA plazmou pozitivní na HIV RNA a negativní na HIV RNA (Tabulka 8). Patogeny byly přidány do negativní EDTA plazmy a testovány s HIV RNA i bez ní. Žádné patogeny jiné než HIV nepůsobily interferenci s fungováním testu. Test cobas® HIV-1 poskytl negativní výsledky u všech vzorků patogenů bez cílové sekvence HIV-1 a pozitivní výsledky u všech vzorků patogenů s cílovou sekvencí HIV-1. Navíc byl průměrný log10 titr každého z HIV-1 pozitivních vzorků obsahujících potenciálně zkříženě reagující organismy v rozmezí ± 0,32 log10 průměrného log10 titru odpovídající přidané pozitivní kontroly. Tabulka 8:
Patogeny testované pro zkříženou reaktivitu Viry
Baktérie
Kvasinky Candida albicans
Adenovirus typ 5
Virus Herpes simplex typ 1 a 2
Propionibacterium acnes
Cytomegalovirus
Lidský papillomavirus
Staphylococcus aureus
Virus Dengue typ 1, 2, 3 a 4
Virus chřipky A
Virus Epstein-Barrové
Virus encefalitidy Murray Valley
Virus FSME (kmen HYPR)
Virus St. Louiské encefalitidy
Virus hepatitidy A
Virus Varicella zoster
Virus hepatitidy B
Virus Západního Nilu
Virus hepatitidy C
Virus žluté zimnice
Lidský T-buněčný lymfotropní virus typ 1 a 2
Zika virus
Lidský herpes virus typ 6
Analytická specificita – interferenční látky
Zvýšené hladiny triglyceridů (27,9–29,0 g/l), konjugovaný bilirubin (0,18–0,22 g/l), nekonjugovaný bilirubin (0,19–0,2 g/l), albumin (57,8–60,6 g/l), hemoglobin (1,8–2,3 g/l) a lidská DNA (2 mg/l) ve vzorcích byly testovány v přítomnosti i nepřítomnosti HIV RNA. Ukázalo se, že u testovaných látek nedochází k interferenci s fungováním testu cobas® HIV-1. Navíc byly provedeny testy na přítomnost markerů autoimunních onemocnění systémový lupus erythematodes, revmatoidní artritida a antinukleární protilátky. Navíc byly testovány látky léčiv, které uvádí Tabulka 9, při hodnotách trojnásobku Cmax v přítomnosti i nepřítomnosti HIV RNA. Ukázalo se, že u žádné z potenciálně interferujících látek nedochází k interferenci s účinností testu. Test cobas® HIV-1 poskytl negativní výsledky u všech vzorků bez cílové sekvence HIV a pozitivní výsledky u všech vzorků s cílovou sekvencí HIV-1. Navíc byl průměrný log10 titr každého z HIV-1 pozitivních vzorků obsahujících potenciálně interferující látky v rozmezí ± 0,20 log10 průměrného log10 titru odpovídající přidané pozitivní kontroly.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
26
®
cobas HIV-1
Tabulka 9:
®
Látky léčiv testované na interferenci s kvantifikací HIV RNA pomocí testu cobas HIV-1
Třída léčiva
Generický název léčiva
Imunomodulátory
Peginterferon a-2a
Inhibitory vstupu HIV
Peginterferon a-2b Maraviroc
Inhibitory HIV integrázy
Elvitegravir/Cobicistat
Raltegravir
Nenukleozidové inhibitory HIV reverzní transkriptázy
Efavirenz
Nevirapin
Etravirin
Rilpivirin
Inhibitory HIV proteázy
Atazanavir
Nelfinavir
Darunavir
Ritonavir
Fosamprenavir
Saquinavir
Lopinavir
Tipranavir
Boceprevir
Telaprevir
Inhibitory HCV proteázy
Ribavirin
Simeprevir Inhibitory reverzní transkriptázy nebo DNA polymerázy
Látky pro léčbu oportunních infekcí
Abacavir
Gancyklovir
Acyklovir
Lamivudin
Adefovir dipivoxil
Sofosbuvir
Cidofovir
Telbivudin
Emtricitabin
Tenofovir
Entekavir
Valgancyklovir
Foscarnet
Zidovudin
Azitromycin
Pyrazinamid
Klaritromycin
Rifabutin
Ethambutol
Rifampicin
Fluconazole
Sulfamethoxazol
Isoniazid
Trimethoprim
Korelace metody ®
®
®
®
Vyhodnocení fungování testu cobas HIV-1 ve srovnání s testem COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HIV-1, v2.0
Fungování testu cobas® HIV-1 a testu COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1, v2.0 (TaqMan® HIV-1, v2.0) bylo porovnáno analýzou 243 vzorků EDTA plazmy od pacientů infikovaných HIV-1. Vzorky sestávající z HIV-1 M (A–D, F–H, F/B, CRF01_AE, CRF02_AG) a HIV-1 O byly testovány v duplikátu na externím pracovišti. Regrese dle Deminga byla provedena s logaritmy titrů. Výsledky regrese dle Deminga uvádí Obrázek 4. Symbol * v číslech znamená jedno stanovení. Barva označuje podtyp.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
27
®
cobas HIV-1 Obrázek 4:
®
®
Regresní analýza testu cobas HIV-1 ve srovnání s testem TaqMan HIV-1, v2.0 se vzorky EDTA plazmy Subtyp
y = 1,06 x + 0,05
Průměrný log10 titr test cobas® HIV-1
R2 = 0,98
Průměrný log10 titr test COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1, v2.0
Selhání celého systému Míra selhání celého systému testu cobas® HIV-1 byla zjištěna testováním 100 replikátů EDTA plazmy s přidanou cílovou sekvencí podtypu B skupiny M viru HIV-1. Tyto vzorky byly testovány při přibližné koncentraci 3 x LoD. Z této studie vyplynulo, že všechny replikáty byly platné a pozitivní na cílovou sekvenci HIV-1, což znamená výslednou míru selhání celého systému ve výši 0,0 %. Dvoustranný 95% přesný interval spolehlivosti byl 0,0 % pro dolní mez a 3,6 % pro horní mez [0%: 3,6%].
Zkřížená kontaminace Míra zkřížené kontaminace byla u testu cobas® HIV-1 zjištěna analýzou 230 replikátů HIV negativních vzorků EDTA plazmy a 235 replikátů vzorku s vysokým titrem HIV-1 1,9E+07 cp/ml. Celkem bylo provedeno pět cyklů s pozitivními a negativními vzorky uspořádanými do šachovnice. Všech 230 replikátů negativních vzorků bylo negativních s výslednou mírou zkřížené kontaminace 0,0 % s jednostranným 95% intervalem spolehlivosti 1,3 %.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
28
®
cobas HIV-1
Doplňující informace Hlavní parametry testu Typ vzorku Požadované minimální množství vzorku
EDTA plazma ® ® Viz provozní příručka systému cobas 4800 pro test cobas HIV-1.
Objem pro zpracování vzorku
400 µl nebo 200 µl
Analytická citlivost
14,2 cp/ml (400 µl) 43,9 cp/ml (200 µl)
Lineární rozmezí
400 µl: 20,0 cp/ml – 1,0E+07 cp/ml 200 µl: 60,0 cp/ml – 1,0E+07 cp/ml
Specificita
100 % (jednostranný 95% interval spolehlivosti: 99,5 %)
Detekované genotypy
HIV-1M (A–D, F–H, CRF01_AE, CRF02_AG), HIV-1O, HIV-1N
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
29
®
cobas HIV-1
Symboly V označování diagnostických produktů společnosti Roche PCR se používají následující symboly. Tabulka 10:
Symboly použité při označování diagnostických produktů PCR společnosti Roche
Pomocný software
Diagnostický zdravotnický prostředek in vitro
Zplnomocněný zástupce pro evropské společenství
Dolní mez přiřazeného rozmezí
Datový list s čárovými kódy
Výrobce
Číslo šarže
Uchovávejte v temnu
Biologická rizika
Obsah vystačí pro
testů
Katalogové číslo
Omezení teploty
Čtěte návod k použití
Definiční soubor testu
Obsah soupravy
Horní mez přiřazeného rozmezí
Distribuce
Datum expirace
Pouze pro vyhodnocení účinnosti IVD
Globální číslo obchodní položky
Tento výrobek odpovídá požadavkům Evropské směrnice 98/79/ES o diagnostických zdravotnických prostředcích in vitro.
Technická podpora pro zákazníky v USA 1-800-526-1247
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
30
®
cobas HIV-1
Výrobce a distributoři Tabulka 11:
Výrobce a distributoři
Vyrobeno ve Spojených státech Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim, Germany Roche Diagnostics (Schweiz) AG Industriestrasse 7 6343 Rotkreuz, Switzerland Roche Diagnostics GmbH Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim, Germany Roche Diagnostics, SL Avda. Generalitat, 171-173 E-08174 Sant Cugat del Vallès Barcelona, Spain Roche Diagnostica Brasil Ltda. Av. Engenheiro Billings, 1729 Jaguaré, Building 10 05321-010 São Paulo, SP Brazil
Roche Diagnostics 201, Boulevard Armand-Frappier H7V 4A2 Laval, Québec, Canada (For Technical Assistance call: Pour toute assistance technique, appeler le: 1-877-273-3433) Roche Diagnostics 2, Avenue du Vercors 38240 Meylan, France Distributore in Italia: Roche Diagnostics S.p.A. Viale G. B. Stucchi 110 20052 Monza, Milano, Italy Distribuidor em Portugal: Roche Sistemas de Diagnósticos Lda. Estrada Nacional, 249-1 2720-413 Amadora, Portugal
Obchodní značky a patenty Viz http://www.roche-diagnostics.us/patents
Autorská práva (Copyright) ©2015 Roche Molecular Systems, Inc.
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
31
®
cobas HIV-1
Literatura 1. Mellors JW, Munoz A, Giorgi JV, et al. Plasma viral load and CD4+ lymphocytes as prognostic markers of HIV-1 infection. Ann Intern Med. 1997;126(12):946-954. 2. Mellors JW, Margolick JB, Phair JP, et al. Prognostic value of HIV-1 RNA, CD4 cell count, and CD4 Cell count slope for progression to AIDS and death in untreated HIV-1 infection. JAMA. 2007;297(21):23492350. 3. Guidelines for the use of antiviral agents in HIV-1-infected adults and adolescents. Department of Health and Human Services (DHHS); 2015. 4. Cohen MS, Chen YQ, McCauley M, et al. Prevention of HIV-1 infection with early antiretroviral therapy. N Engl J Med. 2011;365(6):493-505. 5. Phillips AN, Pillay D, Garnett G, et al. Effect on transmission of HIV-1 resistance of timing of implementation of viral load monitoring to determine switches from first to second-line antiretroviral regimens in resource-limited settings. AIDS. 2011;25(6):843-850. 6. Sigaloff KC, Hamers RL, Wallis CL, et al. Unnecessary antiretroviral treatment switches and accumulation of HIV resistance mutations; two arguments for viral load monitoring in Africa. J Acquir Immune Defic Syndr. 2011;58(1):23-31. 7. European AIDS Clinical Society 2013 Guidelines. http://www.eacsociety.org/Guidelines.aspx. 8. Consolidated guidelines on the use of antiretroviral drugs for treating and preventing HIV infection – Recommendations for a public health approach. World Health Organization HIV/AIDS Programme, Geneva. June 2013. 9. Günthard HF, Aberg JA, Eron JJ, et al.; Antiretroviral treatment of adult HIV infection: 2014 recommendations of the International Antiviral Society – USA panel. JAMA. 2014;312:410-25. 10. Do T, Duncan J, Butcher A, Liegler T. Comparative frequencies of HIV low-level viremia between real-time viral load assays at clinically relevant thresholds. J Clin Virol. 2011;52 Suppl 1:S83-S89. 11. Paba P, Fabeni L, Ciccozzi M, Perno CF, Ciotti M. Performance evaluation of the COBAS/TaqMan HIV-1 v2.0 in HIV-1 positive patients with low viral load: a comparative study. J Virol Methods. 2011;173(2):399402. 12. Longo MC, Berninger MS, Hartley JL. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions. Gene. 1990;93:125-128. 13. Savva R, McAuley-Hecht K, Brown T, Pearl L. The structural basis of specific base-excision repair by uracil-DNA glycosylase. Nature. 1995;373:487-493. 14. Mol CD, Arvai AS, Slupphaug G, et al. Crystal structure and mutational analysis of human uracil-DNA glycosylase: structural basis for specificity and catalysis. Cell. 1995;80:869-878. 15. Higuchi R, Dollinger G, Walsh PS, Griffith R. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. Biotechnology (NY). 1992;10:413-417. 16. Heid CA, Stevens J, Livak JK, Williams PM. Real time quantitative PCR. Genome Res. 1996;6:986-994. 17. Center for Disease Control and Prevention. Biosafety in microbiological and biomedical laboratories, 5th ed. U.S. Department of Health and Human Services, Public Health Service, Centers for Disease Control and Prevention, National Institutes of Health HHS Publication No. (CDC) 21-1112, revised December 2009. 18. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Protection of laboratory workers from occupationally acquired infections. Approved Guideline-Fourth Edition. CLSI Document M29-A4:Wayne, PA;CLSI, 2014. 07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
32
®
cobas HIV-1
Revize dokumentu Informace k revizi dokumentu Doc Rev. 1.0 08/2015
07529708001-01CS Doc. Rev. 1.0
První publikace.
33
