Antoni Györgyi Ari Eszter Bagoly Zsolt, Dr. Balogh Andrea Bencsik Attila Benczúr András, Dr. Tímea

Antoni Györgyi

Ari Eszter

Bagoly Zsolt, Dr.

Balogh Andrea Tímea

Bencsik Attila

Benczúr András, Dr.

Baross Gábor Zsolt

Budavári Anita

Burcsi Péter

Csabai István, Dr.

Czakó Ferenc

Czirók András, Dr.

Darvas Ferenc, Dr.

Derényi Imre, Dr.

Erdei Anna, Dr.

Ézsiás Béla

Farkas Illés, Dr.

Fedor Anna

Frei Zsolt, Dr.

Hérincs Zoltán, Dr.

Horváth Alexandra

Horváth Arnold

Ittzés Péter, Dr.

Jakó Éena, Dr.

Jelencsics Mikolt

Jelinek Balázs

Jokán Anita

Juhász Gábor, Dr.

Kiss Péter

Kolozsvári Mária

Kósa Edina

Kovács Attila, Dr.

Környei Zsuzsanna, Dr.

Lukács András, Dr.

Magyar Anna, Dr.

Málnási-Csizmadia András, Dr.

Misszió Az ELTE Regionális Egyetemi Tudásközpont egy olyan kutatás-szervezési és -menedzselési egység, mely az Eötvös Loránd Tudományegyetem, mint kutatóegyetem új kutatásfejlesztési koncepciója alapján az egész ELTE-n meglevõ tudásbázist felhasználva és kibõvítve a magas szellemi hozzáadott értéket képviselõ kutatás-fejlesztési projektek megvalósítására felállítja a szükséges teameket, megszervezi és felügyeli munkájukat. Tevékenységét változatos együttmûködési formákat kínálva, ipari partnerekkel közösen, külsõ források igénybevételével végzi, és a megszerzett tudást visszacsatolja az oktatásba, valamint segíti az új egyetemi szemléletmód kialakítását.

Tartalomjegyzék Vezetõi összefoglaló . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 Teljesítményindikátorok . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 Felépítés és menedzsment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 Ipari partnerek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 2.

PROGRAM:

BIOINFORMATIKA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

2.1 Biomimetikus neuronális hálózatok evolúciója . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 2.2 Molekuláris kölcsönhatás ujjlenyomata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 2.3 Genom-annotáció . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 2.4 In silico eljárás makromolekulák és osztályozására és tervezésére . . . . . . . . . . . 17 2.5 Phylogeny Café és Genomatics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 3.

PROGRAM:

HÁLÓZATI

INFORMATIKA

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

3.1 Statisztikai módszerek . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 3.2 Szoftvergráfok . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 3.3 Hálózatok dinamikája . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 3.4 Kockázatkezelés hálózatokon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 4.

PROGRAM:

VIRTUÁLIS OBSZERVATÓRIUM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

4.1 Virtuális Obszervatórium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 4.2 Virtuális Obszervatórium fejlesztése . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 4.3 Vizualizáció . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 6.

PROGRAM:

A

SEJTKOMMUNIKÁCIÓ INTERPRETÁCIÓJA ÉS MEGFIGYELÉSE A KOMPLEX

RENDSZEREK VIZSGÁLATÁBAN HASZNÁLT MÓDSZEREK ALKALMAZÁSÁVAL

. . . . . . . . . . . . . . . . . 28

6.1 Videomikroszkópiás berendezés, szoftver és eljárás fejlesztése . . . . . . . . . . . . . . 29 6.2 Sejtkölcsönhatások megfigyelése videomikroszkópiával . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30 6.3 Membránok, membrán nanocsövek dinamikája: a sejtkommunikáció egy új típusa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 6.4 Fehérje-kölcsönhatások és szignálhálózatok bioinformatikai vizsgálata . . . . . . . . 32 7.

PROGRAM:

SEJTKOMMUNIKÁCIÓ

KUTATÁS GYAKORI AUTOIMMUN ÉS DEPRESSZIÓS

BETEGSÉGEKBEN ÚJ, RENDSZERBIOLÓGIAI MEGKÖZELÍTÉSSEL:

ÚJ

TERÁPIÁS CÉLPONTOK

AZONOSÍTÁSA ÉS TECHNOLÓGIÁK FEJLESZTÉSE DIAGNOSZTIKAI CÉLOKRA

. . . . . . . . . . . . . . . . . 33

7.1 Jelátviteli terápiás célpontok azonosítása komplex jelátviteli rendszerekben, sejthalált moduláló molekulák tervezése . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 7.2 Diagnosztikai eljárások fejlesztése autoimmun kórképekben . . . . . . . . . . . . . . . 35 7.3 Immunológiai terhelések neurológiai funkciókra, illetve antidepresszánsok immunsejtekre gyakorolt hatásának, valamint a depresszió és az immunrendszer kapcsolatának proteomikai vizsgálata . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36

4

7.4 Új, neuro-immun kommunikáció vizsgálatára alkalmas fehérjeszeparációs és mikroszkópiás technológiák fejlesztése . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

8.

PROGRAM:

ÚJ

TÍPUSÚ PEPTIDSZINTETIZÁLÓ MÓDSZER FEJLESZTÉSE

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38

Oktatási és képzési program . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 Technológiatranszfer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Együttmûködés az ipari partnerekkel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 Résztvevõk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 Publikációk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 Nyilvános megjelenés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 Finanszírozás . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 Rövidítések . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

5

Vezetõi összefoglaló

6

2008-ban az Eötvös Loránd Tudományegyetem Tudásközpontja két Konzorciumban fejtette ki a tevékenységét. A 2005 óta mûködõ eScience RET – amelynek tagjai az ELTE-n kívül a Delta Informatika Zrt., az econet.hu Nyrt. és a MultiRáció Kft. – fõleg a nagy adatmennyiség okozta kihívásra fejlesztett megoldásokat és alkalmazásokat, míg a 2006-ban alakult CellKom RET az ELTE, a Magyar Tudományos Akadémia Támogatott Kutatóhelyek Irodája, a ThalesNano Zrt., a Diagnosticum Zrt., a BioScience Kft., valamint a SuperTech Kft. részvételével az immun- és idegrendszer sejtkommunikációs zavarain alapuló betegségek sejtszintû mechanizmusait kívánja feltárni, és terápiás, valamint diagnosztikai célra alkalmazható anyagokat és technológiákat fejleszteni. A két Konzorcium egymással is együttmûködik: közös Tudományos Tanácsot hoztak létre, és közös projekteket is indítottak biológiai adatok high throughput elemzésére. Az ELTE RET teljes költségkerete a teljes idõtartamra összesen 1500 millió forint, amelybõl 1100 millió forintot az NKTH biztosít, a további 400 millió forint a konzorciumok által vállalt önrész. A Tudásközpont fõ feladata, hogy az ELTE-n meglévõ tudásbázis alapján, a gyakorlati hasznosulás figyelembevételével kutatás-fejlesztési feladatokat végezzen, akár külsõ megrendelésre, akár partneri alapon, együttes fejlesztés keretében, illetve tanulmányokat készítsen meghatározott célra, vagy tanfolyamokat tartson kompetenciája területén. Az eScience RET célja, hogy összekapcsoljon jelenleg külön kutató tudományterületeket, úgymint biológiát, fizikát, matematikát, valamint informatikát, és ezáltal az említett négy tudományterület eszközeit, módszereit ötvözve új kohéziót hozzon létre. A CellKom RET célja, hogy életminõség javítását célzó, fehérje-hálózatok vizsgálatán alapuló, sejtbiológiai kutatás-fejlesztés gazdasági hasznosítását elõsegítõ kutatási-fejlesztési, illetve képzési szolgáltató centrumot állítson fel az ELTE-n. Az Eötvös Loránd Tudományegyetemen rendelkezésre áll mind a szükséges informatikai, mind a természettudományi háttértudás, amely sikeressé teheti a tervezett projekteket. Az ország egyik legnagyobb egyeteme számos, a nemzetközi élvonalba tartozó kutatóval rendelkezik, amely biztosítja a szükséges tömegû szakember összehozását egy Tudásközpontban. 2008-ban a Tudásközpontban dolgozott hazánk 5, az ISI Highly Cited Indexében szereplõ kutatójából kettõ. A Tudásközpont tevékenysége jelenleg 6 program köré csoportosul: a bioinformatika, a hálózati informatika, a virtuális obszervatórium, a sejtkommunikáció interpretációja, a rendszerbiológia eredményeinek alkalmazása depressziós és autoimmun betegségekben, valamint egy új típusú peptidszintetizáló kifejlesztése. A bioinformatika programban megtörtént három elõrejelzõ szoftver validálása kitûnõ eredménnyel, egy web alapú szolgáltatás beindítása, valamint született két szabadalmi bejelentés is. Kutatóink az adatok elemzésével felfedezték a csontritkulás kétféle típusát, és kidolgozták genetikai meghatározásuk módszerét, melynek segítségével célzottan lehet gyógyszert fejleszteni az adott típusú csontritkulásra. A hálózati informatika program adatbányászati módszereket fejleszt, és alkalmazza azokat a gazdaság számos területén. Az idén befejezõdött a munkaügyi adatfeldolgozás adaptációja európai országokra a KMSR2 termék létrejöttével; megvalósult a tesztelést támogató prototípus a piacon elérhetõ legerõsebb adatfeldolgozó modullal, valamint egy szoftver-karbantarthatóságot támogató prototípus jött létre; összeállt egy, a hálózati kapcsolatokat feltérképezõ eljáráskönyvtár a késõbbi szolgáltatások támogatására; valamint megtörtént a villamos energiahálózat kockázatkezelésére alkalmas szoftvereszközök kifejlesztése, tesztelése és elsõ felhasználása. A virtuális obszervatórium program a nagyméretû, komplex adatfeldolgozás technológiáját fejleszti, melynek révén terabyte-os adathalmazok elemzése valósul meg. Az idén az alkalmazások elkészítése és a szaktudományos adatok feltöltése volt a feladat. Létrejött a virtuális obszervatórium keretrendszer, melybe nagy nemzetközi projektek adatait töltöttük fel, köztük képi információkat is. Ez utóbbiak fel-

dolgozására morfológiai analizátor került kifejlesztése. A létezõ gén-chip adatoknak a keretrendszerbe szervezésével megmutattuk, hogyan lehet az elérhetõ adatokat sokkal hatékonyabban elemezni. A sejtkommunikáció interpretációja program a sejtek közötti kommunikációt vizsgálja a komplex rendszerek módszereivel. Ennek során a cél egy olyan videomikroszkóp kifejlesztése, amely képes érzékelni a sejtek közti kölcsönhatásokat azáltal, hogy a sejtek útvonalát részletesen rögzíti. Idén a feladat az volt, hogy a méréseinket háromdimenziós mintákra (szeletekre) is ki tudjuk terjeszteni. A másik cél a sejtek és az extracelluláris mátrix közti erõátvitel és az asztroglia sejtek retinoid termelését befolyásoló fõ tényezõk feltárása. A sejtet érõ külsõ és belsõ jelek párhuzamos feldolgozásának vizsgálatához kapcsolódóan új típusú hálózatelemzési módszert dolgoztunk ki, és segítségével felépítettük az emberi miRNS – cél RNS kölcsönhatásoknak megfelelõ hálózatokat. A rendszerbiológia eredményeinek alkalmazása depressziós és autoimmun betegségekben program a gyakori autoimmun és depressziós betegségek hatásmechanizmusának feltérképezésére, korai diagnosztizálására és hatékonyabb terápiás beavatkozások kidolgozására alakult. Idén kidolgoztunk és validáltunk egy új költséghatékony módszert autoantitestek detektálására, mely alkalmas lehet a hagyományos anti-CCP ELISA technológia kiváltására. Azonosítottunk egy új gént, melynek mutációja következtében rövidül az élethossz, csökken a stresszhatásokra adott autofág reakció. Sikeresen megoldottuk az „AbC array” protein-chip technológia kifejlesztését és tesztelését klinikai mintákon autoimmun betegségek esetén. A http://proteom.elte.hu honlapon funkcionális protein interakciós hálózatokat tettünk elérhetõvé. Az új típusú peptiidszintetizáló kifejlesztése program idén megoldotta a védõcsoport eltávolítást a HCube® készülékekben; az aminosav-kapcsolás létrehozása X-Cube™ készülékben polimerhez kötött kapcsolószerek felhasználásával;valamint az amid-kapcsolás létrehozása X-Cube™ készülékben kapcsolószerek felhasználásával homogén fázisban. Az ELTE RET fõ feladatának tekinti, hogy kutatási eredményeinek kézzellfogható gyakorlati haszna is legyen a gazdaság és a társadalom számára. Az eddig eltelt idõszakban az ELTE Regionális Egyetemi Tudásközpont a tudományos tevékenység mellett a késõbbi eredmények megalapozására és a megfelelõ kutatási feltételek megteremtésére helyezte a hangsúlyt, kialakítva a késõbbi stabil mûködést megalapozó struktúrát. A Tudásközpont stratégiáját az eddigi tapasztalatok birtokában úgy alakítottuk ki, hogy a késõbbi fenntartást az általa nyújtott szolgáltatások biztosítsák, ne a sokkal kockázatosabb termékek. Ennek megfelelõen a termékek kifejlesztése helyett a szolgáltatásokat megalapozó technológiák és prototípusok kerültek elõtérbe. Az elért eredmények hasznosítását az ELTE Tudás- és Technológiatranszfer Iroda végzi, feltérképezve a folyó kutatási projekteket, majd számukra potenciális ipari partnereket felkutatva. A Technológiatranszfer Iroda nem csak az eredmények hasznosítására koncentrál, hanem kezdeményezõleg lép fel új partnerek bevonására a kutatás-fejlesztésbe. Az Iroda végzi ezen felül a marketingkommunikációs tevékenységet is annak érdekében, hogy megismertesse az ELTE RET mûködését és eredményeit a lehetséges partnerekkel és a nagyközönséggel. A Tudásközpont céljai között szerepel tevékenységi körének kibõvítése, a különbözõ tudományterületek nagy volumenû kutatásainak menedzselése. Ezáltal a pénzügyi és adminisztratív folyamatok egyszerûbbé és átláthatóbbá válnak, a kutatók pedig kizárólag a szakmai tevékenységükre koncentrálhatnak. A Tudásközpont az idén már számos hazai és nemzetközi pályázaton vett részt, jelenleg két EU FP7-es pályázatban is szereplõ. További információ: ww ww.escience.elte.hu Dr. Papp Gábor igazgató

7

Teljesítményindikátorok Eredmények – 2008 Kifejlesztett új termék (db) szolgáltatás (db) technológia (db) alkalmazás (db) prototípus (db) Benyújtott szabadalmak száma hazai (db) PCT (db) külföldi (db) Publikációk (elõadásokat is beleértve) Hazai Nemzetközi (dbximpact faktor) Disszertációk PhD (db) MTA doktora (db) A projektbe bevont egyetemi hallgatók száma (db) PhD hallgatók száma (db) fiatal kutatók száma (db) A projekt révén tudományos fokozatot szerzett kutatók száma (db)

eScience (3 év) Terv Tény 8 6 3 2 9

4 8 14 7 24

1

3 2 2

1 0 3

2

1

16

13

23

80

68 (178,5)

129

120 (171,27)

1

10 2 15 7 1 1 1

1

11

5 1

8 16 3

20 31 16

4 6 10

23 22 14

12

6

0

7

3 6 7

1 5,1 6,1

A projekt révén létrejött munkahelyek száma vállalkozásokban (db) 4 kutatóhelyeken (db) 7,75 Ebbõl kutatói munkahely (db) 6,75

8

CellKom (2 év) Terv Tény

3 11,07 11,07

7

Felépítés és menedzsment FB

eScience KT

TTTI

CellKom KT

Igazgató

ELTE oktatás

TT

Elnökök

Programigazgatók Irodavezetõ

Dr. BENCZÚR András eScience elnök

NÉV Dr. Papp Gábor Dr. Benczúr András Dr. Erdei Anna Jelencsics Mikolt Kolozsvári Mária Antoni Györgyi Dr. Banai Miklós Bencsik Attila Dr. Darvas Ferenc Dr. Hári Péter Dr. Kéri György Dr. Niedetzky Csaba Péterfy Ferenc Dr. Tátrai Ágnes Dr. Horváth Zoltán Dr. Szõnyi Tamás Dr. Jánosi Imre Dr. Gonda János Dr. Szathmáry Eörs Dr. Vattay Gábor Dr. Csabai István Dr. Vicsek Tamás

Ipari partnerek

Dr. ERDEI Anna CellKom elnök

CÉG ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE MultiRáció econet Thales Delta MTA TKI SuperTech Diagnosticum Bio-Science ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE

Projektvezetõk

Dr. PAPP Gábor igazgató

IDÕ (%) 100% 25% 10% 100% 25% 14% 5% 5% 7% 5% 5% 5% 5% 5% 2% 2% 2% 2% 5% 5% 5% 5%

JELENCSICS Mikolt irodavezetõ

KOLOZSVÁRI Mária pénzügyi vezetõ

SZEREP Igazgató eScience elnök CellKom elnök, 7. programigazgató Irodavezetõ Pénzügyi vezetõ TTTI vezetõ KT, TT KT, TT KT, TT, 8. programigazgató KT, TT KT, TT KT, TT KT, TT KT, TT TT TT KT KT 2. programigazgató 3. programigazgató 4. programigazgató 6. programigazgató

9

Ipari partnerek Delta Informatika Zrt. A Delta Elektronik Kft. 1987-ben alakult független, innovatív, magyar tulajdonban álló középvállalkozás, a hazai IT ipar meghatározó szereplõje, 2007-ben alakult át zrt.-vé Delta Informatika néven. Üzletágaink egyben tudáskompetencia-központok is. Másfél évtized alatt folyamatosan növelve a hozzáadott értéket és az eredetiérték-teremtõ képességét 2004-ben létrehoztuk a Delta Research Centert (DrC, ejtsd „Doktor C”). K+F tevékenységünk során a felsõoktatás és a kutatóintézetek kutatóival együttmûködve jelentõs, technikai-technológia „áttörés” ígéretét hordozó témákra koncentrálunk. Ezek ugyan témájuk szerint különböznek (élettudomány, anyagtudomány, környezetvédelem), azonban mind molekulák specifikus képességein, viselkedésén alapul. Kutatóinknak jelentõs kutatási tapasztalata van, tudományos fokozatuk a predoktortól a tudományok doktora fokozatig terjed. Számos publikáció és szabadalom fûzõdik nevükhöz. Mérnökeink sok éves elektronikai fejlesztõi gyakorlattal rendelkeznek adatkommunikációs és átviteltechnika, ipari automatizálás, mikroszámítógépes folyamatirányítás, mérés-automatizálás, egészségügyi diagnosztika, jármûdiagnosztika és biztonságtechnika területén. Fejlesztõink nevéhez több bejegyzett szabadalom is kötõdik a fenti területekhez kapcsolódóan. Szoftverfejlesztõink magasan képzett, felsõfokú végzettséggel és idegennyelv-ismerettel rendelkezõ szakemberek; fejlesztõink többsége OCP, JCP, MCP, MCSE és MCSD nemzetközi minõsítéssel rendelkezik. Egyedi, eredeti értéket képviselõ szoftvereket alkotunk a környezetvédelem, ahírközlés, és agazdaságirányítás területén.

econet.hu Nyrt. Az econet.hu Média, Telekommunikációs és Vagyonkezelõ Nyrt. jogelõdjét, az Eco.Net Hungary Kft.-t 1996 végén alapította három, a gazdasági hír- és adatszolgáltatás, illetve a számítástechnikai szolgáltatások körében jártas szakember. Társaságunk kezdetben on-line pénzügyi információ-szolgáltatással, pénzügyi és tõzsdei adatbázisok létrehozásával, illetve harmadik féltõl származó adattartalmak forgalmazásával foglalkozott. Társaságunk az alapítást követõen gyors ütemben fejlõdött, és a hazai internetes ipar képviselõi közül elsõként lépett a Budapesti Értéktõzsde parkettjére, 2000. december elsején. Az adat- és tartalomszolgáltatást is magába foglaló tartalom-menedzsmenten túl valamennyi, a korszerû webes jelenléthez szükséges feladatot is ellátunk (igényfelmérés, stratégiai tervezés, rendszertervezés, design, adatbázis-tervezés és -karbantartás, egyéb webes alkalmazások – irodai és ügyviteli alkalmazások, projektmenedzsment, CRM, B2B, B2C alkalmazások –, nagy biztonságú üzemeltetés, web-, illetve szerverhosting, hirdetésmenedzsment, on-line kommunikációs stratégia), így ügyfeleink kulcsrakész megoldást kaphatnak. Az elmúlt évek folyamán ügyfeleink igényeinek kielégítésére a klasztertechnológia fejlesztését végezzük partnereinkkel közösen.

MultiRáció Kft.

10

A társaságot magánszemélyek hozták létre 1992-ben pénzügyi, gazdaságinformatikai elemzõ rendszerek adaptálására, tervezésére, fejlesztésére és üzemeltetésére. A cég az elemzõ rendszereken túl olyan feladatok, problémák megoldását is képes elvégezni, amelyek speciális ismereteket, például különleges informatikai, pénzügyi-számviteli vagy akár matematikai, statisztikai felkészültséget, ismeretet igényelnek. Társaságunk rugalmasan, feladatorientáltan mûködik. A kistérségi gazdasági aktivitási adatok évközi (havi, negyedéves) elõállítására társaságunk fejlesztette ki – egy világbanki program keretében – az ún. Kisterületi Munkanélküliségi Statisztikai Rendszert (KMSR). Ez külsõ információk bevonásával, modell alapú becslés és strukturált idõsor elemzõ módszer kombinált alkalmazásával pontosítja a KSH Munkaerõ Felvételének adatait, és így készít megbízható adatokat. A KMSR az USA-ban alkalmazott módszertant valósítja meg Magyarországon, Európában is még egyedülálló módon.

MTA TKI Az MTA Támogatott Kutatóhelyek Irodáját a Magyar Tudományos Akadémia az 1995. évi közgyûlésén elfogadott határozattal alapította. A Magyar Tudományos Akadémia támogatásának célja a felsõfokú oktatási intézményekben, közgyûjteményekben és egyéb nem akadémiai költségvetési kutatóhelyeken kiemelkedõ kutatási eredményeket elérõ tudományos iskolák kialakításának, mûködésének és kutatói utánpótlásának elõsegítése. Az MTA további célja a kutatóintézeti hálózata és az egyetemek közötti kapcsolatok erõsítése, a kutatóintézeti hálózatban hiányzó vagy az ottani profilt kiegészítõ, és a magyar tudományosságban újdonságot jelentõ témák mûvelése, minden tudományágban, elsõsorban az alapkutatások területén. A Tudásközpontban a MTA három kutatócsoportja, az MTA-ELTE Immunológiai Kutatócsoport, az MTA-SE Peptidbiokémiai Kutatócsoport és az MTA-ELTE Biológiai Fizika Kutatócsoport vesz részt.

ThalesNano Zrt. A ThalesNano Nanotechnológia Zrt. 2002-ben alakult a ComGenex Rt. (ma: AMRI Hungary Zrt.) spin-off cégeként. A vállalkozás legfõbb tevékenységei: alapkutatás, alkalmazott kutatás, termékfejlesztés a szerves kémia és a mikro-, ill. nanotechnológia határterületén. Vállalatunk innovatív mérnökei és kutatói több szabadalommal védett készüléket, eljárást fejlesztettek miniatürizált kémiai, biokémiai és biológiai folyamatok területén. A ThalesNano Nanotechnológiai Zrt. profilja a fenti technológiák, a nagy-áteresztõképességû biológiai szûrés és a kombinatorikus kémia kombinálásának eredményeképp létrejövõ technológiák, illetve ezek mellett a mikroelektronika és vezérléstechnika alkalmazásával az ipari kutatásban és fejlesztésben, elsõsorban a kémiai és gyógyszeripari K+F-ben új technológiák és termékek kidolgozása. A ThalesNano technológia-intenzív vállalkozás, mely saját K+F tevékenységére alapozza eredményeit, amelyeket közvetlenül visszaforgatva valósítja meg céljait, újabb és újabb innovációs törekvéseit.

Diagnosticum Zrt. A Diagnosticumot 1989 novemberében alapították Budapesten. Kezdettõl fogva a cég profilja az orvosi laboratóriumi diagnosztikumok fejlesztése és gyártása, a laboratóriumi reagensek, készülékek és eszközök forgalmazása és szervize. A cég 1993-ban megemelte alaptõkéjét és leányvállalatot alakított Romániában, mely a Diachem diagnosztikai készítményeket gyártja. A fõ tevékenységek közé tartozik továbbá nemzetközi gyártók készítményeinek hazai forgalmazása, készülékek, laboratóriumi eszközök és fogyóanyagok disztribúciója és szervize, valamint termékfejlesztés. A Diagnosticum a hazai vállalatok közül elõször lépte át az évi 20 M USD forgalmat az in vitro diagnosztikai készítményekben. A Diagnosticum K+F részlege fejlesztett ki számos, hazai és nemzetközi piacra bevezetett terméket: Allen-G, Allen-E allergia tesztek, tTG-Test, GliaTest a cöliákia diagnózisához, MyGa Test, My-Sy Test állatgyógyászati alkalmazásra.

Bio -Science Kft. A Bio-Science Kft. a molekuláris biológiai kutatómunkában, illetve a molekuláris diagnosztikában használatos mûszerek, valamint reagensek forgalmazásával foglalkozik. Filozófiánk, hogy kereskedelmi tevékenységünket nem csuB I O - S C I E N C E pán egyszerû árueladásnak tekintjük, hanem az értékesítési folyamat során igyekszünk termékeinkhez kapcsolódva komplex szolgáltatást nyújtani. Kollegáink szakmai felkészültsége lehetõvé teszi a legújabb módszerek, technológiák magyarországi elterjesztését, aktív résztvevõivé válva így a tudás-technológia transzfernek.

b

11

Megalakulásunk óta (1997) támogatjuk a magyarországi tudósok eredményes munkáját: több fiatal, tehetséges kutatót segítettünk hozzá amerikai ösztöndíj elnyeréséhez, évente kétszer írjuk ki a fiatal kutatók, illetve orvosok számára a Bio-Science díj-at. 2003-tól a középiskolásoknak meghirdetett tehetséggondozó nyári programot, a BioGén tábort indítottuk útjára, melyet 2004-tõl a Semmelweis Egyetemmel karöltve közösen szervezünk. Az évente megrendezett egyhetes tudóstábor elméleti és laborgyakorlati oktatást nyújt a molekuláris biológia iránt érdeklõdõknek, megismerteti a diákokat a genetika rejtelmeivel, a legújabb eredményekkel, valamint azok gyógyászati, etikai és jogi konzekvenciáival.

SuperTech Kft. Az 1991-ben alakult SUPERTECH Kft. német-magyar tulajdonú nemzetközi vállalkozás, magyar cégként szorosan együttmûködik a nürnbergi anyacéggel. 1996-ban nyitottuk meg svájci képviseletünket Wetzikonban (Zürich). A SUPERTECH Kft. a gazdaság különbözõ területein fejti ki tevékenységét magas szintû technológiák használatával az európai normákban megszabott követelményeknek megfelelõen. Tevékenységeink között szerepel az Egészségközpont nevû, komplex egészségügyi ellátást nyújtó intézmény, professzionális minõségû személyi számítógépek építése különleges specifikációkra, precíziós finommechanikai kísérleti fejlesztés, speciális elektronikus mérõkészülékek és számítógép vezérlésû mérésadatgyûjtõ berendezések tervezése és gyártása, illetve intelligens, programozható, PC-alapú komplett mérésadatgyûjtõ rendszerek fejlesztése.

12

2. program: Bioinformatika Programigazgató: Dr. Szathmáry Eörs egyetemi tanár, az MTA levelezõ tagja E program bioinformatikai eszközöket fejleszt, több szempontból is innovatív módon. Az analitikus vonulat molekulaszerkezeteket és géneket hasonlít össze, míg a szintetikus megközelítés új molekulák tervezését hivatott segíteni. A biomimetikus neuronális hálózatok evolúciós szintézise a program legkevésbé tradicionális eleme. A Phylogeny Café project keretében magas funkcionalitású szoftvereket implemetálunk Java programozási nyelven, melyek filogenetikai és a priori információk egyesítésével jelez elõre biológiai szerkezeteket. Egy oxfordi kollaboráció keretében elvégeztük a StructureProjector programunk nagyléptékû tesztelését, és megmutattuk, hogy a poszterior illesztési valószínûségek korrelálnak annak a valószínûségével, hogy a másodlagos térszerkezet predikciója helyes a kérdéses pozícióban. Ezenfelül megvalósítottuk a felhasználóbarát grafikus interfészt, valamint modell- és poszteriorelemzõ pluginokat implementáltunk. Genom annotáció. Célunk a génpredikciós módszerekkel rosszul megjósolt gének azonosítása, a helyes génszerkezet predikciója és kísérleti ellenõrzése, továbbá a jelenlegi génpredikciós módszereknél megbízhatóbb eljárás kidolgozása. Legutóbb további hibaazonosítási módszereket dolgoztunk ki és folytattuk a MisPred pipeline fejlesztését. Kijavítottuk a MisPred által hibásként azonosított Swiss-Prot fehérjék szekvenciáit paralóg és ortológ fehérjék szekvenciáinak és az adott faj genomikus és EST szekvenciáinak felhasználásával. Molekuláris kölcsönhatások ujjlenyomata. A módszer kismolekulák és fehérjék közötti kölcsönhatási mintázatok (Molecular Interaction Fingerprint, MIF) összehasonlításán alapul, melyeket számítógépes dokkolások sorozatával állítunk elõ. Elkészítettük a validált fehérje-kismolekula kölcsönhatási ujjlenyomat-adatbázist és véglegesítettük a hatások és mellékhatások adatbázisát. Elvégeztük az internetes szolgáltatás szoftvereinek és hardvereinek összehangolását és végsõ tesztelését. Beindítottuk a teljes körû MIF szolgáltatást. Makromolekulák in silico analízise és tervezése. A módszer és azt alkalmazó szoftver a makromolekulák logikai elemzésén alapul. A szoftverprototípus funkcionalitását 2008-ban jelentõsen bõvítettük. Elkészült a BOOL-AN termékverzió és tesztelési jegyzõkönyv 400 manuális és 8000 automatizált tesztesetre. A szoftvercsomagot alkalmassá tettük tRNS és AARS adatbázisokkal való együttmûködésre, valamint 3D-grafikus rendszerhez való illesztéshez, ami a szekvencia-távolságok alapján generált ponttérképek térbeli és animált megjelenítését teszi lehetõvé. Biomimetikus neuronális hálózatok in silico evolúciója. Ebben az évben a felhasználói felület eredménykiértékelõ funkcióit jelentõsen kibõvítettük. Az eredmények mélyebb analizálhatósága érdekében a szimulációs eredmények matematikai elemzõ szoftverekbe (pl. Matlabba) irányíthatók, szintén a felhasználói felület segítségével. Terveztünk egy olyan, tisztán neurális architektúrát, amely képes mesterséges nyelvtanok tanulására. Sikerült evolúciós módszerekkel is olyan ágenseket létrehozni, amelyek egy egyszerû verem mûködését utánozzák. A bioinformatikai program eddig több szoftver és szolgáltató honlap prototípust hozott létre, és két szabadalmi bejelentés is születetett. A munka a Delta Informatika Zrt.-vel szoros, gyümölcsözõ együttmûködésben valósult meg. A programnak továbbra is célja, hogy a hasznosíthatóság különbözõ fázisaiban levõ projekteket inkubálja, tesztelését és piacosítását elõsegítse, és új, ígéretes projekteket vonjon be a fejlesztésbe.

13

2.1 Biomimetikus neuronális hálózatok evolúciója Projektvezetõ: Dr. Szathmáry Eörs egyetemi tanár, az MTA levelezõ tagja Áttekintés A RET 2.1 projektje meghatározott funkcionalitású biomimetikus neuronális hálózatok in silico evolváltatását célozza meg. Elvégzett feladatok 1.) Felhasználói felület (kliens)

Az elõzõ években folyamatosan fejlesztettünk egy felhasználói felületet, ami az „átlag felhasználó” számára teszi elérhetõvé az ENGA szimulációs motor mûködtetését. Ebben az évben e felhasználói felület eredménykiértékelõ funkcióit jelentõsen kibõvítettük. Ennek része a szimulációs eredményeket – többek között az evolvált neuronális hálózatok gráfját – a felhasználói felületen áttekintõ jelleggel vizualizáló funkcionalitás. Az eredmények mélyebb analizálhatósága érdekében a szimulációs eredmények matematikai elemzõ szoftverekbe (pl. Matlabba) irányíthatók, szintén a felhasználói felület segítségével. Az archiválási funkcionalitás fontossága a kibõvített háttértárkapacitás miatt csökkent az eredeti tervekhez képest, ezért ennek implementálását késõbbre halasztottuk. 2.) Kommunikáció evolúciójának vizsgálata neuroevolúciós szoftver felhasználásával

sikerült olyan ágenseket létrehozni, amelyek megtanulnak és sikeresen felismernek egymásba ágyazott nyelvtani szerkezeteket, illetve felismerik, ha a megtanult szabálynak nem megfelelõ szerkezettel találkoznak. Sikerült evolúciós módszerekkel olyan ágenseket létrehozni, amelyek egy egyszerû stack mûködését utánozzák. A topológiák analízise során fény derült arra, hogy a lehetséges megoldások terében az ágensek igen gyakran találnak meg szuboptimális teljesítményt nyújtó topológiákat. Azonosítottuk a teljesítmény-kiértékelõ algoritmus azon részeit, amelyek módosításával ezek a topológiák elkerülhetõk. További lépések A jelenlegi, absztrakt szimulációk mellett szeretnénk a térben explicit modelleket továbbfejleszteni, például robotszimulátorok alkalmazásával. Az ilyen szimulációk menetközbeni nyomonkövetésére monitoring funkcionalitást szeretnénk beépíteni a kliens felületbe. Tervezzük, hogy a nyelvtani szerkezeteket feldolgozó ágenseket továbbfejlesztjük, további kutatásokat végzünk annak érdekében, hogy az evolúciós módszerekkel hosszabb struktúrákat is értelmezni tudjunk.

Célkitûzéseink között szerepelt, hogy olyan ágenseket hozzunk létre, amelyek szimbolikus mûveletekre képesek. Terveztünk egy olyan, tisztán neurális architektúrát (lásd ábra), amely képes mesterséges nyelvtanok tanulására. A neurális háló egyik legfontosabb eleme egy verem jellegû egység, amely az eddigi megoldásokkal ellentétben a háló többi részéhez hasonló neuronokból áll. A tervezett architektúra mûködését kísérletekkel ellenõriztük. A tervezett ágens mellett evolúciós módszerekkel is hoztunk létre olyan ágens populációkat, amelyek feladata egy verem megvalósítása volt. Az ágensek topológiáját a kifejlesztett szoftverünkkel vizsgáltuk. Eredmények

14

A tervezett neurális architektúra érdekes eredménynek számít, mivel egyszerû mechanizmusok (neurális kapuzás, felügyelt tanulás) segítségével

Mesterséges nyelvtanok tanulására képes, stack struktúrát megvalósító neuronális hálózat.

2.2 Molekuláris kölcsönhatások ujjlenyomata Projektvezetõ: Dr. Málnási-Csizmadia András docens Áttekintés Projektünk célja egy olyan új gyógyszerkutatási szolgáltatás kifejlesztése volt, amely képes egyrészt új gyógyszerjelölt molekulák hatás- és mellékhatásprofiljának predikciójára, másrészt ismert gyógyszerek lehetséges új hatásainak felismerésére. A módszer kismolekulák és fehérjék közötti kölcsönhatási mintázatok (Molecular Interaction Fingerprint, MIF) összehasonlításán alapul, melyeket számítógépes dokkolások sorozatával állítunk elõ. A MIF-ek hasonlósága arra utal, hogy az adott kismolekulák potenciálisan hasonló kölcsönhatási partnerekkel rendelkeznek, ezáltal az ismert gyógyszerek MIF-jét és hatás, ill. mellékhatás profiljait tartalmazó adatbázisok korrelációs elemzésével a várható hatásokra és mellékhatásokra lehet következtetni. Elvégzett feladatok Elkészítettük a validált fehérje-kismolekula kölcsönhatási ujjlenyomat-adatbázist és véglegesítettük a hatások és mellékhatások adatbázisát. A módszert sikeresen validáltuk az ismert gyógyszerek hatásainak „újra-jóslásával”, valamint számos esetben irodalmi adatokkal tudtuk igazolni a módszer által jósolt új hatásokat. Elvégeztük az internetes szolgáltatás szoftvereinek és hardvereinek összehangolását és végsõ tesztelését. Eredmények Konzorciumi partnerünkkel, a Delta Informatika Zrt.-vel közösen beindítottuk a teljes körû MIF szol-

gáltatást, melynek nyilvános próbaverziója már elérhetõ a www.mifdb.com (lásd ábra) címen. A felhasználó által megvizsgálni kívánt molekula szerkezete berajzolható az implementált interaktív (ASP alapú) JChem modul segítségével, továbbá megadható SMILES string formájában, illetve lehetõség van a szerkezeti fájl feltöltésére a legelterjedtebb standard formátumokban. A szerver a dokkolási kérelmet egy párhuzamos környezetvezérlõ szoftveren keresztül kiosztja több számítógépnek, amelyek automatikusan elvégzik a dokkolást az AutoDock3 szoftver segítségével a korábban általunk megadott paraméterek szerint. A dokkolások lefutásáról, a MIF elkészültérõl a rendszer a felhasználónak e-mail üzenetet küld. Ezután az elkészült MIF-nek a forgalomban lévõ szerek MIF-jével való összevetése alapján, a gyógyszerek adatlapjain megtalálható hatás- és mellékhatás-információkat felhasználva predikció készíthetõ a feltöltött molekula várható hatásairól és mellékhatásairól. További lépések A teljes hozzáférést az üzleti modell véglegesítését követõen tesszük lehetõvé. Az elérhetõ szolgáltatásokat két csoportra kívánjuk felosztani: i) ingyenesen hozzáférhetõ szolgáltatások alapvetõen a már létezõ gyógyszermolekulákkal történõ vizsgálatokhoz, valamint ii) PayPal rendszeren keresztül történõ fizetõs, a felhasználó új gyógyszerjelölt molekulájának vizsgálatához kapcsolódó szolgáltatások. Regisztrálást követõen így szinte minden, forgalomban lévõ gyógyszerhatóanyag MIF-je ingyenesen hozzáférhetõ, a dokkolások megrendelését követõen pedig lehetõség van a gyógyszermolekulák és a felhasználó által feltöltött molekula MIF szerinti összehasonlítására. A predikciók megbízhatóságát a jövõben további adatbázisok integrálásával kívánjuk fejleszteni.

A www.mifdb.com szolgáltatás képernyõképe

15

2.3 Genom-annotáció Projektvezetõ: Dr. Patthy László akadémikus Rövid áttekintés

Eredmények

A bioinformatikai módszerekkel azonosított gének jelentõs hányadának a megjósolt génszerkezete téves, ami problémát okoz a (tévesen) megjósolt gének/fehérjék további vizsgálatában. Célunk a génpredikciós módszerekkel rosszul megjósolt gének azonosítása, a helyes génszerkezet predikciója és kísérleti ellenõrzése, továbbá a jelenlegi génpredikciós módszereknél megbízhatóbb eljárás kidolgozása. A projekten együttmûködik az MTA SZBK Enzimológiai Intézetének Funkcionális Genomika és Bioinformatika csoportja és a Delta Informatika Zrt. Az elsõ munkaszakaszban öt módszert dolgoztunk ki a hibásan megjósolt gének azonosítására és elkezdtük ezek automatizálását. A rosszul megjósolt fehérjék annotációinak publikálására létrehoztuk a MisPred adatbázist és a hozzá kapcsolódó weboldalt (http://mispred.enzim.hu). A második munkaszakaszban kidolgoztunk további három hibaazonosítási módszert és folytattuk annak a programnak fejlesztését, amely lehetõvé teszi fehérjeszekvenciák tömeges vizsgálatát és így nagy mennyiségû hiba automatizált azonosítását. Az automatizált módszerek validálása a SwissProt adatbázison történt: a MisPred módszer igen alacsony hibaszázalékkal képes a predikciós módszerek tévedéseit azonosítani. Az összehasonlító vizsgálatok során 11 Metazoa faj fehérjéit vizsgáltuk különbözõ adatbázisokban (UniProtKB, EnsEMBL, NCBI/GNOMON, GENCODE): ennek során a vártnál lényegesen több gyanús szekvenciát azonosítottunk.

1. MisPred: A génpredikciós módszerekkel rosszul megjósolt gének azonosítása

Új hibaazonosítási módszereket dolgoztunk ki: 9–12. Konfliktus a GPI-horgony jelenléte és a szignál peptid hiánya, illetve az intracelluláris vagy nukleáris domének vagy transzmembrán szegmensek jelenléte között. Alapja: A GPI-kötött fehérjék szignál peptidet tartalmaznak, amely a sejtbõl az extracelluláris térbe irányítja õket. A GPI-kötött fehérjék esetén a teljes fehérje az extracelluláris térben helyezkedik el, ezért csak extracelluláris doménnel rendelkezhet, az intracelluláris és nukleáris domén elõfordulása, illetve a transzmembrán szegmens jelenléte tiltott. 2. FixPred: A génpredikciós módszerekkel rosszul megjósolt gének helyes szerkezetének meghatározása

Kijavítottuk a MisPred által hibásként azonosított Swiss-Prot fehérjék szekvenciáit paralóg és ortológ fehérjék szekvenciáinak és az adott faj genomikus és EST szekvenciáinak felhasználásával. A hibajavítás megbízhatóságának ellenõrzése érdekében a hibás gének egy részénél elvégeztük a cDNS szekvenciák kísérletes ellenõrzését és a fehérjetermékek vizsgálatát. Egyes fehérjék funkcionális vizsgálata arra utalt, hogy a fehérjék részt vesznek az izom- és idegfejlõdés szabályozásában. Jellemeztük a fehérjék és az izom- és idegfejlõdést szabályozó növekedési faktorok közötti kölcsönhatást. Elkezdtük a manuális hibajavítási módszer automatizálását. Kidolgoztuk a MisPred 1-es konfliktus által hibásnak talált fehérjék kijavítására szolgáló módszert és elkezdtük ennek automatizálását. 3. Hasznosítás

Elvégzett feladatok

16

A 3. munkaszakaszban további hibaazonosítási módszereket dolgoztunk ki és folytattuk a MisPred pipeline fejlesztését. Az összehasonlító vizsgálatokat kiterjesztettük a RefSeq, CCDS és Wormbase adatbázisokra. A MisPred módszer kritériumai alapján gyanúsnak talált gének egy része esetén bioinformatikai módszerekkel meghatároztuk a gének korrekt szerkezetét és folytattuk a korrigált jóslatok kísérletes ellenõrzését.

A projekt eddigi eredményeit publikációban közöltük, amely jelentõs nemzetközi visszhangot váltott ki. Több nemzetközi kutatóintézet is felvette velünk a kapcsolatot együttmûködés céljából. További lépések Folytatjuk további hibaazonosítási módszerek kidolgozását és automatizálását. Folytatjuk a hibás gének helyes szerkezetének automatikus meghatározására szolgáló módszerek kidolgozását, az automatizált hibajavító program fejlesztését.

2.4 In silico eljárás makromolekulák osztályozására és tervezésére Projektvezetõ: Dr. Jakó Éena tudományos fõmunkatárs Áttekintés A projekt célja korszerû bioinformatikai módszerek és szoftver-prototípus kidolgozása adott biológiai tulajdonságokkal rendelkezõ makromolekulák (DNS/RNS és fehérje) összehasonlító vizsgálatára, valamint bakteriális aminoacil-tRNS szintetázokon (AARS) alapuló új gyógyszercélpontok azonosítására. További jelentõs hasznosítást ígérõ kutatási témaként 2007-tõl az oszteoporózis és regeneráció genetikai hátterének vizsgálatát kezdeményeztük.

Expressziós CHIP adatok elemzése során sikerült kimutatni egy olyan 11 tagú génszettet és kétféle szignáltranszdukciós útvonalat, amely kétféle csontritkulástípust valószínûsít. A csontritkulásban szenvedõ betegek szekvenciái ezen génszett alapján diszkriminanciaanalízissel élesen elkülöníthetõek. Ezek az eredmények reményeink szerint a továbbiakban új orvosdiagnosztikai módszerek kifejlesztéséhez, valamint újabb farmakológiai targetek kijelöléséhez nyújthatnak fontos támpontot. Eredményeinket 13 cikkben publikáltuk (össz. IMF: 35.58), valamint számos hazai és külföldi konferencián ismertettük.

Elvégzett feladatok

Eredmények A BOOL-AN szoftvercsomagot alkalmassá tettük tRNS és AARS adatbázisokkal való együttmûködésre, valamint 3D-grafikus rendszerhez való illesztéshez, ami a szekvencia-távolságok alapján generált ponttérképek térbeli és animált megjelenítését teszi lehetõvé. Fontos eredményünk, hogy a BOOL-AN szoftverrel és ICF-távolságok alapján kapott vizualizációk (ponttérképek, filogenetikai törzsfák, gráfok) az irodalomból ismert és kísérletesen igazolt eredményekkel jó megfeleltetést mutatnak és a futtatások idõigénye a szekvenciák számának és hosszának függvényében jelentõsen csökkent.

1. ábra. tRNS izoakceptorok osztályozása ICF gráf távolságok és fõkoordináta analízis (PCoA) alapján

A szekvenciák hossza

A szoftver prototípus funkcionalitását 2008-ban jelentõsen bõvítettük (tRNS identitás konverziókhoz további kódtáblák, gépi tanító modul, konzolban futtatható szkriptek). A jelenlegi programméretek: 6.8 MB forráskód, 283 osztály, 14 szkript, 21 template, 29 library. Elkészült a BOOL-AN termékverzió és tesztelési jegyzõkönyv 400 manuális és 8000 automatizált tesztesetre. A rendszer tesztelését és minõségbiztosítást a Delta Informatika Zrt. irányította. Gépi tanítás alapján is elvégeztük a velünk együttmûködõ francia tRNS kutatócsoport (Institut de Biologie Moleculaire et Cellulaire, Strasbourg) által specifikált tRNS identitás konverziókat E. coli és élesztõ modellrendszerekben. A csontritkulás témában (Orosz László professzor vezetésével, ELTE Genetikai Tanszék) „génvadászatot” végeztünk részben már saját fejlesztésû molekuláris biológiai és DNS chip eszköztárral. A génexpressziókat kvantitatív Real Time PCR módszerrel és Northern hibridizációval igazoltuk.

10 100 1000 10 000 20 000

10 ~0 0,16 0,407 128,593 816,656

A szekvenciák száma 100 1000 0,016 0,203 0,125 1,547 4,094 ~elõzõ×10 ~elõzõ×10 ~elõzõ×10 ~elõzõ×10 ~elõzõ×10

1. táblázat: BOOL-AN szoftverrel történõ ICF számítások idõigénye a szekvenciák számának és hosszának függvényében

További tervek A kifejlesztett in silico eljárást és BOOL-AN szoftvercsomagot szabadalmaztatás után bakteriális AARS alapú gyógyszercélpontok azonosítására szeretnénk felhasználni. Ebben a témában 2008 szeptemberében Jedlik-pályázatot adtunk be a Szegedi Tudományegyetemmel, valamint a 2009–11 évekre együttmûködési szerzõdést írtunk alá a Freiburgi Egyetemmel.

17

2.5 Phylogeny Café és Genomatics Projektvezetõ: Dr. Miklós István tudományos munkatárs Áttekintés A Phylogeny Café project keretében magas funkcionalitású szoftvereket implementálunk Java programozási nyelven, melyek filogenetikai és a priori információk egyesítésével jeleznek elõre biológiai szerkezeteket. A fejlesztésnél elsõdleges hangsúlyt kap a felhasználóbarátság, a modularitás és a fejleszthetõség. A programcsomag segítségével a biológus felhasználók elemezhetnek genomátredezõdéseket, géntartalomváltozásokat, fehérjeszekvenciák beszúrástörlésekkel történõ változásait. Ilyen elemzések elõsegíthetik, például, hogy megértsük a rákos sejtekben történõ változásokat, hogy patogén baktériumok milyen géntartalom-változásokkal alkalmazkodnak, vagy hogy megtaláljuk a fehérjék minél kevésbé variábilis régióit, amelyekre aztán targetmolekulákat tervezhetünk. A Genomatics project keretében világhálón elérhetõ adatbázisokban található faktuális tudások logikai és statisztikai reprezentációját adtuk meg (1. ábra).

terünk volt nemzetközi konferenciákon, hat elõadás és két szoftverbemutató. További lépések A projektben résztvevõ egyik hallgató, Novák Ádám különeljárással tervez PhD-fokozatot szerezni, mivel az elmúlt évben három, peer-reviewed cikket publikált, amelybõl az egyikben elsõ szerzõ, azonfelül további két kéziratunk van elkészülõben. A PhD-fokozat megszerzése után hároméves posztdoktori kutatást végezhet az oxfordi egyetemen, ahol az elmúlt akadémiai évben fél évet töltött el. Ezen felül is szoros kapcsolatot tervezünk kialakítani az oxfordi egyetemmel. Egy másik fontos kapcsolatot is kialakítottunk az elmúlt évben a wisconsini egyetemmel. Ezzel az egyetemmel egy NSF grantot tervezünk beadni párhuzamos MCMC alkalmazások kidolgozására filogenetikai elemzésekhez.

Elvégzett feladatok Egy oxfordi kollaboráció keretében elvégeztük a StructureProjector programunk nagyléptékû tesztelését és validálását, melynek során megmutattuk, hogy a poszterior illesztési valószínûségek korrelálnak annak a valószínûségével, hogy a másodlagos térszerkezet predikciója helyes a kérdéses pozícióban. Ezenfelül megvalósítottuk a felhasználóbarát grafikus interfészt, valamint modell- és poszteriorelemzõ pluginokat implementáltunk. A Genomatics projekt keretében kifinomult tranzíciós kerneleket készítettünk párhuzamos Markov-lánc Monte Carlo-módszerekhez, amelyek a genomikai adatok bayesi elemzését jelentõsen gyorsítják. Eredmények

18

A projekt három évében 8 referált, nemzetközi folyóiratban megjelent cikkünk született, az erre kapott független hivatkozások száma 28, a nyolc cikk kumulatív impaktfaktora 26 felett van. 7 posz-

Tudásfúzió az Ingenuity rendszerben

3. program: Hálózati informatika Programigazgató: Dr. Vattay Gábor egyetemi tanár A program harmadik idõszakasza immár a program során megkezdett fejlesztések lezárására, ill. felhasználására koncentrált, és értékelte a hároméves munkát. A munkaügyi adatbázisokon alapuló, területi sajátságokat is figyelembe vevõ, statisztikai számításokon nyugvó, munkaerõ-piaci trendek változásait kezelni képes szoftverfejlesztésnek ebben a fázisban a fõ célja a rendelkezésre álló statisztikai módszerek és a már elkészült pilot rendszer továbbfejlesztése, és egy kereskedelmi szintû szoftvertermék létrehozása volt. A szoftvergráfok területén a feladat olyan prototípus készítése volt, amely a szoftverek architektúrájának, a kódok minõségi mutatóinak feltérképezésével a szoftverrendszerek karbantarthatóságát támogatja, mérhetõvé téve az architektúra változását és a teszteléssel kapcsolatos kockázatokat. A hálózatok dinamikája területén számos, a hálózatok vizsgálatában új módszert dolgoztunk ki, mint pl. gráf stacking, látens Dirichlet allokáció, entity resolution technikák, elosztott gráfok algoritmusai. A hálózati kockázatkezelés keretében megvizsgáltuk a villamos hálózat infrastruktúrájának biztonságát, valamint a szélenergia országos hálózatba történõ betáplálásának kockázatait. A program harmadik szakaszára vállalt részfeladatai teljesültek. A munkaügyi adatok esetén elkészültek a kisterületi és idõsoros becslési eljárás egyes algoritmusainak ‘R’ statisztikai programozási nyelven írt moduljai, valamint az ezeket egy grafikus felülettel rendelkezõ keretrendszerbe foglaló KMSR2-program. A program alapos felhasználói tesztelés után kapta meg végsõ formáját, és része volt a feladatnak a részletes felhasználói dokumentáció elkészítése is. Ugyancsak beüzemeltük a szezonális kiigazítás új, Tramo/Seats módszert használó szoftverét, amelyet sikeresen alkalmaztunk magyarországi és ausztriai munkaügyi adatokra. Ebben az évben befejeztük a tesztelést támogató prototípus fejlesztését és finomhangolását. Az általunk fejlesztett prototípus abban különbözik a kereskedelemben kapható vagy ingyen elérhetõ hasonló termékektõl, hogy egy nagyon erõs adatelemzõ részt tartalmaz. A strukturális elemzést támogató modul a komplex hálózatok elemzéséhez használt matematikai módszereken alapul (lásd a korábbi évek projektjelentéseit). A karbantarthatóságot támogató egyéb idei eredményeink közé sorolható az Object-Process Methodology alapján fejlesztett, a szoftverek követelményelemzését támogató modellezõ prototípusunk, ami egy egyszerû eszköz a természetes nyelvû leírások formális leírhatóságának megkönnyítésére. Új kutatás-fejlesztési irány és eredmény, hogy az objektumok közötti hálózati kapcsolatokat, hiperhivatkozásokat vagy a résztvevõk közötti szociális kapcsolatokat hasznosítottuk a klasszifikáció feladatában. Nagyszámú módszert fejlesztettünk ki, amelyek a gráf stacking módszerén alapulnak, azaz különféle hasonlósági mértékek szerint súlyozott szomszédságok jósolt osztályozási értékeit aggregálva új attribútumokat hoznak létre. Kísérletünket többféle hálózaton végeztük, többek között a Web hiperhivatkozások gráfján Web spamet, illetve szociális hálózaton lemorzsolódást klasszifikáltunk. Létrehoztunk szoftvereszközöket villamosenergia-hálózatok kockázatelemzésére. Az egyik szoftver alkalmas villamos hálózatok stabilitásának vizsgálatára véletlen meghibásodások vagy szándékos támadások esetében. A másik szoftverrel azt vizsgálhatjuk, hogyan befolyásolja az idõben változékony szélenergia termelés a villamos hálózat stabilitását, mekkora az a szélerõmû kapacitás, melynek termelését egy villamos hálózat képes még befogadni a stabilitás veszélyeztetése nélkül. Továbbá az E.ON Hungária Csoport megbízásából elkészítettünk egy adott fogyasztási menetrend lefedésére alkalmas villamosenergia-termékek beszerzését optimalizáló szoftvert.

19

3.1 Statisztikai módszerek Projektvezetõ: Dr. Bagoly Zsolt egyetemi docens Áttekintés A projekt célja egy, az Állami Foglalkoztatási Szolgálatnál már mûködõ rendszer továbbfejlesztése mind a statisztikai eljárások terén, mind pedig a területi adatok kibõvítésével úgy, hogy az már nem csak Magyarországon, hanem az Európai Unióban is alkalmazható legyen. A most lezárult harmadik munkaszakasz fõ célja a rendelkezésre álló statisztikai módszereknek és a már elkészült pilot rendszernek továbbfejlesztése, és egy kereskedelmi szintû szoftvertermék létrehozása. Elvégzett feladatok Elkészültek a kisterületi és idõsoros becslési eljárás egyes algoritmusainak ‘R’ statisztikai programozási nyelven írt moduljai, valamint az ezeket egy grafikus felülettel rendelkezõ keretrendszerbe foglaló KMSR2-program. A program alapos felhasználói tesztelés után kapta meg végsõ formáját, és része volt a feladatnak a részletes felhasználói dokumentáció elkészítése is. Ugyancsak beüzemeltük a szezonális kiigazítás új, Tramo/Seats módszert használó szoftverét, amelyet sikeresen alkalmaztunk magyarországi és ausztriai munkaügyi adatokra. Eredmények

20

A projekt fõ eredménye a kifejlesztett becslési módszereket megvalósító szoftver, a KMSR2 (Kisterületi Munkaügyi Statisztikai Rendszer). A szoftver szabad forráskódú technológiákra épít: a grafikus kezelõi felület Apache+MySQL+PHP alapú webes alkalmazás, az elemzõmodulok pedig az „R” nyílt forráskódú statisztikai programozási nyelven készültek. A rendszer felépítésénél figyelembe vettük a könnyû bõvíthetõséget és lokalizálhatóságot [KMSR2 fejlesztõi dokumentáció]. A program a becslések eredményeit táblázatos és grafikus formában is mutatja, lehetõség van a keletkezett idõsorok mentésére, exportálására, valamint ODF formátumú táblázatkezelõ formában (OpenOffice.ods) való megjelenítésére is. Az így dinamikusan készülõ jelentések az adatokat térképek formájában is ábrázolják. Súgórendszer és

felhasználói kézikönyv segíti a rendszer nem szakember által történõ felhasználását [KMSR2 felhasználói kézikönyv]. A szezonális kiigazítás Tramo/Seats módszerét ausztriai kisterületi munkaügyi adatokra alkalmaztuk sikerrel [Ausztriai kisterületi adatok szezonális kiigazítása, jelentés]. További lépések A továbbiakban a kifejlesztett rendszer és szoftver nemzetközi színtéren való megismertetését, illetve az megvalósított statisztikai eljárások más országokra való alkalmazását tervezzük, nemzetközi kutatási/fejlesztési együttmûködés keretében.

3.2 Szoftvergráfok Projektvezetõ: Dr. Kovács Attila egyetemi docens Áttekintés A szoftverrendszerek életciklusa általában években, esetenként évtizedekben mérhetõ. Ezalatt az idõ alatt a szoftver és mûködési környezete a folyamatosan bõvülõ piaci igények miatt gyakran változik. A projekt célja olyan prototípus készítése volt, ami a szoftverek architektúrájának, a kódok minõségi mutatóinak feltérképezésével a szoftverrendszerek karbantarthatóságát támogatja, mérhetõvé téve az architektúra változását és a teszteléssel kapcsolatos kockázatokat. Elvégzett feladatok Szolgáltatásunk módszertani alapját az ISO/IEC 9126 termékminõség-szabvány biztosítja, ami definiálja a legfontosabb minõségi attribútumokat, és azok mérhetõségre vonatkozó jellemzõit. Mindez a mi megközelítésünkben az alábbiakat jelenti: • Karbantarthatóság: bonyolultság, helyes programnyelvi stílus, helyes programozási technika, kommentezettség, logolás, névkonvenciók, méret, strukturáltság. • Hatékonyság: erõforrás-használat és futási idõ hatékonysága. • Megbízhatóság: bonyolultság, kivétel-kezelés. • Tesztelhetõség: bonyolultság, helyes programnyelvi stílus, logolás, méret, strukturáltság. A kód minõségét mérõ prototípus szerkezete és munkafolyamatai.

Source code

Compiled code

1

1

1

1

Software metrics tool

Quality notice tool

Structural analysis tool

2 2

2 Database Analyzer

Ebben az évben befejeztük a prototípus fejlesztését és finomhangolását. Szerkezetileg a prototípus öt fõ részbõl áll (lásd ábra). Az általunk fejlesztett prototípus abban különbözik a kereskedelemben kapható vagy ingyen elérhetõ hasonló termékektõl, hogy egy nagyon erõs adatelemzõ részt tartalmaz. A strukturális elemzést támogató modul a komplex hálózatok elemzéséhez használt matematikai módszereken alapul (lásd a korábbi évek projektjelentéseit). Az analízis eredménye tartalmazza • az attribútumok minõségi mutatóit, • a legkockázatosabbnak ítélt kódrészeket alrendszer, osztály, és függvény szinten, • a hasonló korábbi projektektõl való eltéréseket, • struktúra-összehasonlítást build, release, vagy termékvonal adatok megléte esetén (ezáltal mindenfajta életciklus-modellt támogat). A karbantarthatóságot támogató egyéb eredményeink közé sorolható az Object-Process Methodology alapján fejlesztett, a szoftverek követelményelemzését támogató modellezõ prototípusunk, ami egy egyszerû eszköz a természetes nyelvû leírások formális leírhatóságának megkönnyítésére. Eredmények Az általunk fejlesztett prototípus • képes Java alkalmazások kódolási szabályainak, a kód metrikus értékeinek és indikátorainak mérésére, • képes a hívási gráfon keresztül a kód struktúrájának mérésére és hatásanalízisre, • teljes minõségi profilt tud mutatni a menedzsment felé, • átláthatóbbá teszi a fejlesztési folyamatokat, • biztosítja a kód elvárt minõségét, • információkkal szolgál a rendszer továbbfejleszthetõségérõl, • segít a fejlesztési projektek kihelyezésekor és átvételekor, • támogatja a kockázat-alapú tesztelést, • csökkenti az implementáció, tesztelés, és karbantartás költségeit.

3 4

További lépések Report generator

Kódanalizáló szolgáltatásunkból terméket szeretnénk fejleszteni.

21

3.3 Hálózatok dinamikája Projektvezetõ: Dr. Lukács András tudományos fõmunkatárs Áttekintés A projekt harmadik évében jelentõs hangsúlyt fektettünk a korábbi eredményeknek a gyakorlati igények alapján történõ továbbfejlesztésére. Ennek során számos, a hálózatok vizsgálatában új módszert dolgoztunk ki, mint pl. gráf stacking, rejtett Dirichlet allokáció, entity resolution technikák, elosztott gráfok algoritmusai. Elvégzett feladatok és eredmények

22

Továbbfejlesztettük a heterogén adattárházak hálózatokkal megvalósított reprezentációjának (kapcsolati adattárház) módszereit. Ennek keretében implementáltunk egy hasonlóságindexet, amit általában szöveges attribútumok hasonlóságának keresésére lehet alkalmazni. Jelen esetben a hasonlóságkeresést rövid sztringekre, tulajdonnevekre alkalmaztuk. A hasonlóságindex képes visszaadni egy adott halmazhoz a hozzá valamilyen küszöb felett hasonló halmazokat. A módszert kiegészítettük azzal, hogy ezen index által visszaadott jelöltek közül az editing distance mérték szerinti leghasonlóbbakat adjuk vissza találatként. Ezen technikákat implementáltuk és hangoltuk a paramétereiket. Eddigi megközelítésünkben a reprezentáció egy hatékony formában tárolt gráf volt. Ez alkalmat adott arra, hogy képesek legyünk bizonyos gráfalgoritmusok futtatására. Mivel a feldolgozott gráf extrém nagy méretû, ezért olyan gráfalgoritmusokat, kereséseket alkalmaztunk, amelyek lokalitása nagy, azaz bizonyos csúcsok környezetében keresnek. Ilyen algoritmus például, hogy adjunk meg két csúcs közötti legfeljebb k hosszú kapcsolatot. Ez kis k mellett tetszõlegesen nagy gráfra is gyorsan lefut. Ennek az algoritmusnak implementáltuk súlyozott változatait. Például természetes feltevés, hogy bizonyos kapcsolatokat fontosabbnak, illetve kevésbé fontosnak tekintsünk. Ez a gráfban élsúlyozást jelent. Az általunk vizsgált alkalmazásokban fontosnak mutatkozott a pontsúlyozások figyelembevétele is, ugyanis a nagyfokú csúcsokon keresztül vezetõ utak kevésbé meglepõek, így kevésbé fontosak. Itt egy, a pontok fokszámával fordítottan arányos pontsúlyozást használtunk. Hasonló alkalmazható technika a diszgráfok halzolása volt.

A szociális hálózatok analízise eddig feltételezte, hogy a hálózatra vonatkozó információk egyetlen adatforrásból kinyerhetõk. Ez a gyakorlatban nincs így, a vizsgálandó hálózat jellemzõen elosztottan áll csak rendelkezésre, azaz több különbözõ (heterogén) adatbázisban tárolt részhálózat összeillesztésére van szükség ahhoz, hogy a vizsgálandó hálózat rendelkezésre álljon. Ez utóbbi helyzet számos vizsgálandó témát vetett fel. Például a részhálózatok összefésüléséhez az egymásnak megfelelõ csomópontok azonosítása lett szükséges. Az elosztottság másrészrõl azt eredményezte, hogy a legegyszerûbb hálózati algoritmusokat sem volt kézenfekvõ megvalósítani. A hálózatok dinamikáját vizsgálva jellegzetes idõbeli mintázatokat kerestünk az úgynevezett látens Dirichlet allokáció nevû statisztikai modell segítségével, valamint periodicitást Fourier-analízissel. Új kutatás-fejlesztési irány és eredmény, hogy az objektumok közötti hálózati kapcsolatokat, hiperhivatkozásokat vagy a résztvevõk közötti szociális kapcsolatokat hasznosítottuk a klasszifikáció feladatában. Nagyszámú módszert fejlesztettünk ki, amelyek a gráf stacking módszerén alapulnak, azaz különféle hasonlósági mértékek szerint súlyozott szomszédságok jósolt osztályozási értékeit aggregálva új attribútumokat hoznak létre. Kísérletünket többféle hálózaton végeztük, többek között a Web hiperhivatkozások gráfján Web spamet, illetve szociális hálózaton lemorzsolódást klasszifikáltunk. További lépések Az eddigi évek tapasztalatait követve eredményeink valós üzleti alkalmazásai által felvetett új problémák, K+F feladatok határozzák meg a lehetséges továbbfejlesztések irányait.

3.4 Kockázatkezelés hálózatokon Projektvezetõ: Dr. Papp Gábor egyetemi tanár Áttekintés A villamosenergia-hálózat stabil mûködése alapvetõ érdeke a társadalomnak és a gazdaságnak. Munkánk során megvizsgáltuk a villamos hálózat infrastruktúrájának biztonságát, valamint a szélenergia országos hálózatba történõ betáplálásának kockázatait. Elvégzett feladatok Létrehoztunk szoftvereszközöket villamosenergia-hálózatok kockázatelemzésére. Az egyik szoftver alkalmas villamos hálózatok stabilitásának vizsgálatára véletlen meghibásodások vagy szándékos támadások esetében. A másik szoftverrel azt vizsgálhatjuk, hogyan befolyásolja az idõben változékony szélenergia-termelés a villamos hálózat stabilitását, mekkora az a szélerõmû kapacitás, amelynek termelését egy villamos hálózat képes még befogadni a stabilitás veszélyeztetése nélkül. Elkészítettünk továbbá az E.ON Hungária Csoport megbízásából egy adott fogyasztási menetrend lefedésére alkalmas villamosenergia-termékek beszerzését optimalizáló szoftvert. Eredmények Az ún. load-flow modell segítségével megvizsgáltuk a hálózat ellenálló képességének függését a hálózati topológiától és a vezeték maximális terhelhetõségétõl, valamint a kaszkádszerû összeomlások bekövetkezésének valószínûségét. A szélenergia villamos hálózatba táplálása témakörben megalkottunk egy diszkrét diffúziós Markov-lánc modellt, amely képes olyan szélsebesség-idõsort generálni, amely mind valószínûségeloszlásában, mind idõbeli korrelációjában – a modell keretein belül – reprodukálja egy adott szélerõmûben mért többéves szélsebességadatsorokat. Ezzel lehetséges lett generált szélerõmû energiatermelési idõsorokat betáplálni a villamosenergia-hálózatot modellezõ szoftverünkbe, és különbözõ idõbeli lefutások esetében elemezni a hálózatra gyakorolt hatását. Felderítettük továbbá, hogy a szélerõmûvek által termelt energia betáplálása szempontjából a villamos távvezetékek szállítási kapacitása mellett legalább olyan fontos figyelembe venni az egyes hagyományos erõmûvek idõbeli ve-

zérelhetõségét, Magyarország ugyanis nem rendelkezik szivattyús víztározóval, amely a technika mai állása szerint az egyetlen, gyakorlatban is alkalmazható eszköz a villamos energia néhány perctõl néhány napig történõ tárolására. Így hazánkban kizárólag forgó gázerõmûvekkel lehetséges kiegyenlíteni a villamos terhelés néhány perctõl egy-két óráig tartó idõskálájú ingadozásait. Mivel a szélerõmûvek termelésében ezen az idõskálán is elõfordulnak több 10%-os ingadozások, egyértelmû, hogy Magyarországon a szélenergia-termelés növelésének egyik legfontosabb szûk keresztmetszete a szabályozási kapacitás. Szoftverünk képes modellezni, hogy a mai hagyományos erõmûvi portfólió mellett mekkora szélerõmûvi kapacitást lehetséges biztonságosan rácsatlakoztatni a hálózatra. Az E.ON Hungária Csoport megbízására létrehoztunk egy szoftvert, amely egy adott villamosenergia-terhelési görbét képes lefedni standard – éves, havi, heti, ill. napi periodicitású zsinór, ill. csúcs – termékekkel oly módon, hogy a kialakított termékportfólió összköltsége a lehetõ legkisebb legyen. Az optimalizációs algoritmus a szimulált hõkezelésen alapul, és a tesztelések során havi több millió forintos megtakarítási lehetõséget tártunk fel a beszerzésben az E.ON-nál addig alkalmazott optimalizációs szoftver eredményeihez képest.

Pillanatkép a magyarországi villamosenergia-hálózat modelljének mûködésébõl

További lépések Tervezzük, hogy a villamoshálózat-stabilitási vizsgálatainkat kiterjesztjük európai szintre. A szélsebesség idõsor-generáló modellünket szeretnénk továbbfejleszteni, hogy alkalmas legyen szélerõmûvek számára valószínûségi termelési elõrejelzéseket készíteni a meteorológiai szélsebesség-elõrejelzések figyelembe vételével. Tervezzük továbbá az E.ON számára kifejlesztett szoftver végfelhasználói változatának elkészítését is.

23

4. program: Virtuális Obszervatórium Programigazgató: Dr. Csabai István egyetemi tanár

24

Míg az elsõ évet elsõsorban a tervek elkészítésére, a lehetséges megoldások áttekintésére és teljesítményanalízisére, majd a második esztendõt a virtuális obszervatórium prototípusainak létrehozására fordítottuk, az idén az alkalmazások elkészítésére és szaktudományos adatok bevitelére fókuszáltunk, valamint annak demonstrálására, hogy a keretrendszer a tudományos diszciplínák határain átívelve több helyen is felhasználható. A program mindhárom, egymással kölcsönható projektjében sikerült a terveknek megfelelõen elõrehaladni. A három modul a nagymennyiségû tudományos adat feldolgozásának három fundamentális aspektusát érinti, az adatok hatékony strukturált tárolását modern adatbázisokban, az adatok feldolgozását, adatbányászatát elosztott GRID rendszereken, valamint az eredmények vizualizációját, mely mind a szaktudósok elemzõ munkája, mind pedig az eredmények disszeminációja során elengedhetetlen. Mindhárom projekt erõsen interdiszciplináris jellegû és informatika-intenzív, hiszen az adatok kezelésében sok szempontból azonos kihívás jelentkezik, függetlenül attól, hogy galaxisok képeirõl, állati vokalizációról, vagy mikrobiológiai mérések eredményeirõl van-e éppen szó. Kialakítottunk egy virtuális obszervatórium keretrendszert, és ebbe több tudományág adatait töltöttük be. A munka során az egyik fontos feladat az volt, hogy az eddigi prototípust úgy fejlesszük tovább, hogy azt minél többen képesek legyenek használni. Ehhez szükség volt egyrészt a rendszer telepítésének egyszerûsítésére, a jogosultságok és felhasználói csoportok konfigurációjának, adminisztrációjának megoldására, valamint arra is, hogy az eredetileg egy platformra készült rendszert minél több környezetben elérhetõvé tegyük. Fontos lépés az adatok formátumainak egységesítése, szabványosítása is, továbbá a szabványos adatformátumok kezelésének hatékonyabbá tétele, amit a strukturális rekurzió módszerével, valamint az indexelési technikák fejlesztésével segítettünk elõ. A funkcionalitások demonstrációjára és egyben a szaktudományos kutatások segítségére több terület adatait töltöttük be a rendszerbe, illetve dolgoztuk fel. Nagy nemzetközi projektekhez kapcsolódva több terabájtnyi csillagászati adatot töltöttünk az év során tovább bõvített adatbázis központunkba, mely jelenleg már nem csak tabuláris, de képi adatokat is tartalmaz. A képek elemzéséhez az adatbázishoz közvetlenül kapcsolódó morfológiai analizátort fejlesztettünk, melynek fejlesztése kapcsolódik egészen más jellegû képek, videomikroszkópiás sejtfelvételek elemzéséhez is. A nemzetközileg elérhetõ, körülményesen kezelhetõ gén-chip adatok relációs adatbázisba rendezésével példát mutattunk arra, hogy már meglévõ rendszereket hogyan tehetünk hatékonyabbá, valamint lépéseket tettünk, hogy megmutassuk, keretrendszerünk alkalmazásával milyen távlatok nyílhatnak meg olyan, eddig kevésbé adatintenzív diszciplína számára, mint például az etológia. Ipari partnerünk, az econet.hu Nyrt. fejlesztõivel olyan további területeket is érintettünk, melyek még közelebb állnak a mindennapi életben elõforduló problémákhoz. Ezek egyike a sajnos egyre többeket érintõ allergiás tünetek egyik kiváltója, a pollenek terjedése, és annak elõrejelzése. Ennek keretében a vezetéknélküli adatgyûjtõ szenzorhálózattól kezdve az adatfeldolgozó-elõrejelzõ desktop GRID rendszer fejlesztéséig egy komplett, gyakorlati problémát megcélzó virtuális obszervatórium rendszer kifejlesztését valósítottuk meg. Harmadik alapkövünk az adatok gyors, részletes vizualizációja. Az elsõ két évben kialakított vizualizációs centrumot továbbfejlesztettük új, gyorsulásérzékelõs mozgáskövetõ rendszer kialakításával, a sztereografikus ábrázolást segítõ hardver és objektumorientált szoftver fejlesztésével. Eredményeinket demonstrálandó, számos hazai és külföldi kutatónak, egyetemistának, középiskolásnak tartottunk bemutatót számos témakörben, a csillagászattól kezdve a kollektív állati viselkedésig. Emellett a rendszer használatával sikeres „intelligens tér”-kísérletet hajtottunk végre a tokiói egyetemmel közösen.

4.1 Virtuális Obszervatórium Projektvezetõ: Dr. Csabai István egyetemi tanár Áttekintés A RET támogatásából beszerzett nagy kapacitású számítógépes eszközökön csillagászati, biológiai, etológiai tudományos adatbázisokat építettünk fel. Az adatbázisok tervezésénél figyelembe vettük a hatékonyságot segítõ indexelõ eljárásokat. Kifejlesztettük az adatbázisok kezelését lehetõvé tevõ VO (virtuális obszervatórium) felületet. Készítettünk egy integrált szoftvert az adatok megjelenítéséhez. A kialakított mintarendszer megfelelõ illesztésekkel alkalmas arra, hogy további tudományterületek adatbázisait befogadja, és kutatóközösségek speciális adatfeldolgozási igényeit támogassa. Elvégzett feladatok Tovább folytattuk a tudományos adatbázisok hatékony lekérdezõ módszereinek kifejlesztését. Mivel a nyilvános tudományos adatbázisok adatainak formátuma egyre inkább az XML, ezért olyan módszert dolgoztunk ki, amely strukturális rekurzióval lehetõvé teszi az ilyen adatok gyors elérését. Az adatbázisok elérhetõségét, kezelését szolgáló portál kifejlesztésében a CasJobs mintáját követtük. Elkészítettünk egy könyvtárcsomagot, amely segítségével több adatbázisszervert és adatbázist lehet elérni egy központi webes felület segítségével, melyben a felhasználói csoportok kezelését is megoldottuk. A jelenlegi verzió az Oracle és MSSQL szervereket támogatja, de megvizsgáltuk a portál mûködtetésének lehetõségeit ingyenesen elérhetõ szoftverkörnyezetben (Linux, Mono, Apache, MySQL) is, ezáltal a kifejlesztett e-Science adatbázisrendszert kis költségvetésû intézmények is hasznosítani tudják. A teszteléshez az adatbázisokat különbözõ tudományterületû adathalmazokkal töltöttük fel, ezzel is ösztönözve a természettudományok különbözõ témáit mûvelõ kutatók és informatikusok együttmûködését egy közös informatikai környezeten keresztül. Eredmények Néhány fontosabb alkalmazási terület, ahol a virtuális obszervatóriumon alapuló együttmûködéssel eredményeket értünk el. A CasJobs továbbfejlesztésével a csillagászati mért adatok elemzése korsze-

rûbb környezetben valósulhat meg. Külön foglalkoztunk a galaxisok morfológiai elemzésével. Ehhez olyan programmal egészítettük ki az adatbázist, amellyel lehetõvé válik a galaxisok típusainak, paramétereinek algoritmikus kinyerése a képi, illetve numerikus adathalmazokból. A csillagászati vagy földi objektumok általában nagyon sok jellemzõvel, azaz sokdimenziós tér pontjaiként írhatók le. Készítettünk egy olyan szoftvert, amely képes megjeleníteni a többdimenziós adathalmazok két- vagy háromdimenziós vetületeit, ezáltal segítve a további elemzéseket. Az NCBI GEO nyilvános, de heterogén (különbözõ sémájú, szöveges vagy tömörített fájlokat tartalmazó) génadatbázisához könnyen kezelhetõ relációs adatbázist és hatékony feltöltõ folyamatokat készítettünk, ezáltal lehetõvé téve, hogy egy helyi bioinformatikai adatbázisban sajátos igényeknek megfelelõ, finomabb adatfeldolgozási eljárásokat lehessen futtatni. Biológiai kísérletekbõl származó videók képi adatbázisához olyan alkalmazáscsomagot fejlesztettünk ki, amely adatbányászati, statisztikai elemzéseket tesz lehetõvé. Az etológiai adatok, eredmények eddig nem nagyon kerültek áttekinthetõ, egységes formában közzétételre. A virtuális obszervatórium környezetét ajánlva erre a feladatra, példaképpen kialakítottunk egy kutyaugatási adatbázist, és készítettünk olyan alkalmazásokat, amelyeket használva a hangminták alapján statisztikus Osztályozás elõtti módszerekkel osztályozni lehet a kuképkockák (1–2. csatorna) tyák állapotát, magatartását. További lépések Célunk további funkcionalitások megvalósítása mellett a virtuális obszervatórium ingyenes, nyílt forráskódú változatának elkészítése, mely nyilvánvalóan elõsegítené, hogy más kutatócsoportok is létrehozhassák a saját virtuális obszervatóriumukat, és ennek a technológiának az elterjedésével, illetve az együttmûködés révén hatékonyabbá váljon a kutatómunka.

25

4.2 Virtuális Obszervatórium fejlesztése Projektvezetõ: Bencsik Attila Áttekintés

3. Szenzor-Grid technológia feltérképezése, integrálása a VO rendszerbe

A projekt célja egy általános Virtuális Obszervatórium (VO) erõforrás-kezelõ és felhasználást támogató köztes szoftverrendszer kialakítása. A rendszer egészének célja, hogy a komponensek összehangolt mûködésükkel biztosítsák a kapott kutatási feladatok minél hatékonyabb megoldását. További célunk annak vizsgálata, hogy egy általános igényû VO miként kapcsolható össze inputadatokat szolgáltató szenzorhálózatokkal.

A feladatrészben vezeték nélküli ZigBee szenzorokat integráltunk a VO rendszerébe. A ZigBee egy egyszerûen és sokoldalúan alkalmazható vezetéknélküli technológia, amely kiválóan alkalmazható ad-hoc és szenzor hálózatok kiépítésére. Célunk az volt, hogy a létrehozott hálózatot a korábban kiépített szenzor gateway segítségével egy szabványosított szolgáltatási platformra ültessük, mely által egyszerûen integrálhatóvá válik a grid hálózatba.

Elvégzett feladatok

Eredmények

1. VO keretrendszer kísérleti implementáció – pollen-elõrejelzõ VO fejlesztés

Pollen-elõrejelzõ VO rendszer

A rendszer célja a levegõ pollenszennyezettsége elõrejelzésének támogatása. Az algoritmuskeresés során a meteorológiai változók (hõmérséklet, csapadék, relatív nedvesség, légnyomás, szélsebesség) és a levegõben jelenlévõ pollenkoncentráció közötti kapcsolatot kerestük az idõjárás-elõrejelzésen alapuló pollen-elõrejelzõ rendszer kialakítása céljából. Az algoritmuskeresés során külön vizsgáltuk az egyes meteorológiai változók hatását a pollenkoncentráció alakulására, valamint ezeket súlyoztuk különbözõ idõtávokkal. 2. Desktop Grid és klaszterrendszerek összehangolt használata a Pollen VO üzemeltetése során

26

A nagy tömegû adatfeldolgozás területén számos olyan feladat található, amelynél mind a szükséges összefüggések megkeresése, mind a kapott eredmények felhasználása nagy számítási kapacitást igényel. Jellemzõen az összefüggés-keresés kevésbé válaszidõ-érzékeny, míg a felhasználás jobbára valós idejû válaszidõket igényel. Ennek megfelelõen egy, a feladat elvégzésére alkalmas feldolgozási rendszert hoztunk létre. Az econet.hu Nyrt. által fejlesztett GRID rendszer segítségével klaszter-desktopgrid hibrid rendszert építettünk ki a várható igénybevételeknek megfelelõen. A klaszter frontend számítógépeire a Wise Mind desktopgrid kliens módosított változatát telepítettük. A tároló grid, illetve a valós idejû gridszolgáltatások érdekében, valamint a feladatok optimálisabb párhuzamos futásához elvégeztük a grid virtuális részekre bontását.

Megvalósítottuk a polleneloszlást elõrejelzõ rendszer implementációját, és végrehajtottuk a tesztfuttatásokat. A projekt megvalósításához egy weboldalt hoztunk létre (http://www.ingrid.hu), amelyen a leendõ résztvevõk regisztrálhatják magukat, majd letölthetik a kapcsolódáshoz szükséges programot és a feldolgozandó adatbázisokat. Ezután az internetre csatlakozott számítógépek felhasználatlan kapacitását hasznosítjuk, és algoritmusokat tesztelünk rajtuk. Ezek az algoritmusok keresik a meteorológiai elemek és a levegõben mérhetõ pollenkoncentráció közötti kapcsolatot. Szenzor-Grid technológia implementálása

A folyamat során sikerült létrehoznunk egy rugalmasan használható vezetéknélküli adatgyûjtõ-hálózatot, amely alkalmas a szenzorok adatainak interneten keresztül történõ továbbítására, és azoknak a Szenzor-Grid rendszerben történõ feldolgozására. További lépések Virtuális Obszervatórium

Üzleti lehetõségek vizsgálata a web 2.0 alkalmazások háttér- és számítási kapacitásainak kiszolgálására. Szenzor-Grid technológia

A Szenzor-Grid épületenergetikai felhasználásának további lehetõségei.

4.3 Vizualizáció Projektvezetõ: Dr. Frei Zsolt egyetemi docens

Áttekintés A Vizualizációs Centrumban olyan környezetet hoztunk létre, amely világszínvonalú grafikai fejlesztésekre, valamint háromdimenziós megjelenítésre alkalmas, és amely nem csak Magyarországon, hanem egész Közép-Kelet Európában egyedülálló lehetõségeket kínál a sztereó vizualizáció területén.

Elvégzett feladatok Ismeretterjesztõ és fizikát népszerûsítõ elõadásokat tartottunk a berendezés sztereoszkopikus képességeinek kihasználásával. Középiskolás csoportok rendszeresen érkeztek a Vizualizációs Centrumba, nekik 40 perces elõadásban bemutattuk a sztereó projekciós módszereket és a lehetséges tudományos alkalmazásokból is jó néhányat. Egyetemi hallgatók számára nagyobb technikai és tudományos részletességgel elõadásokat tartottunk. Egyetemi kurzusok keretében az Univerzum szerkezetét mutattuk be. A Centrum többször is lehetõséget nyújtott konferenciák során a vetítõrendszer felhasználására. A Vizualizációs Centrumban használt nagy számításigényû szoftverek zökkenõmentes futtatása érdekében összeállítottunk a régebbi vizualizációs számítógép helyett egy jóval nagyobb teljesítményût. A számítógépen Linux operációs rendszer fut, amivel a legtöbb tudományos, oktató és bemutató szoftvert tudjuk használni. Összetett szoftverek fejlesztésére alkalmas környezetet hoztunk létre az OGRE (Object-Oriented Graphics Rendering Engine) segítségével, elõnye más környezetekkel szemben, hogy objektumorientált, így alkalmas modern és gyors grafikus fej-

lesztésre és van OpenGL alrendszere, amelyet alkalmassá tettünk quad bufferes sztereoszkopikus megjelenítésre. Eredmények Az ultrahangos követõ rendszerhez elkészült egy olyan központi egység, amelyhez 7 vevõ kapcsolható. Egy ilyen rendszerben körülbelül 5m x 3m x 3m-es térfogatban követhetõ a jeladó. Mivel a rendszerben sok a zaj, kiszûrésére nemlineáris Kálmán szûrõt használunk, ezzel egy nagyságrenddel növelhetõ a pontosság, ilyenkor a rendszer néhányszor 10ms késleltetéssel követi a mozgást. Az általunk fejlesztett egéremulátorral a nyomkövetõ rendszert szinte bármilyen grafikus szoftverhez illeszthetjük. Elkészítettünk egy gyorsulásérzékelõs áramkört, amellyel a készülékre ható gyorsulásból következtethetünk annak orientációjára. A kapott értékeket a számítógépben Kálmán-filterrel tisztítjuk, mert ezek az adatok is a fizikai mérések hibájával terheltek. Az így kapott irányértékeket könnyen beilleszthetjük egy másik programmal, ahol az eszköz intuitív bemenõ jeladóként mûködhet. A Biológiai Fizika Tanszéken Vicsek Tamás vezetésével írtak egy szimulációs szoftvert madárrajokról. A szimuláció az egymáshoz közel lévõ madarak egymásra hatásán alapszik, és ezzel rendkívül jól modellezi a valódi madárrajok mozgását. A programot képessé tettük quad bufferes sztereó megjelenítésre, ezzel a mi sztereó projekciós rendszerünkben az egyes madárrajok háromdimenziós szerkezetét, illetve a rajok egymáshoz viszonyított térbeli helyzetét is tökéletesen meg tudjuk jeleníteni. A BMGE-vel és a Tokiói Egyetemmel közremûködve tettünk egy sikeres kísérletet intelligens tér létrehozására. A kísérlet célja az volt, hogy a Tokiói egyetem egyik laborjában lévõ robotot tudjuk irányítani csak és kizárólag a virtuális valóságban létezõ másolat alapján, anélkül, hogy közvetlen kameraképet használnánk. További lépések A továbbiakban a rendszert optikai követõvel és különféle heptikus és erõvisszacsatolásos eszközökkel kívánjuk bõvíteni, amelyek növelni fogják az immerziót.

27

6. program: A sejtkommunikáció interpretációja és megfigyelése a komplex rendszerek vizsgálatában használt módszerek alkalmazásával Programigazgató: Dr. Vicsek Tamás egyetemi tanár, akadémikus

28

Az ELTE-n az évek folyamán számos módszert fejlesztettünk ki az életben megfigyelhetõ különbözõ, olyan jelenségek megragadására, amelyek komplex rendszerek viselkedési mintázataiként értelmezhetõk. Bár fõként elméleti és számítógépes modellekkel dolgozunk, sejtmozgás és sejtek közötti kommunikáció vizsgálatára alkalmas berendezéseket is fejlesztettünk. Az általunk használt statisztikus fizikai módszerek meglepõen jól képesek visszaadni a komplex rendszerek különbözõ aspektusait. Módszereink ezen felül nagyméretû bioinformatikai adatbázisok (mint a fehérje-kölcsönhatások) elemzésében is nagyon hasznosnak bizonyultak a hozzájuk tartozó hálózatok felépítése és ezen hálózatok megfelelõ szerkezeti részleteirõl nyerhetõ lényeges információk megszerzése révén. Egyik jelentõs tevékenységünk egy olyan videomikroszkóp kifejlesztése, amely képes érzékelni a sejtek közti kölcsönhatásokat azáltal, hogy a sejtek útvonalának részletes rögzítését teszi lehetõvé. Jelenleg azon dolgozunk, hogy a méréseinket háromdimenziós mintákra is ki tudjuk terjeszteni. E célból a Canon EOS 40D kamerához kifejlesztettünk egy vezérlõt és egy grafikus felhasználói felületet. Két szoftveresen szabályozható fecskendõt építettünk a rendszerbe. Ezen automatizált fecskendõk mûködése biztosítja a sejteknek a táptalajt annak érdekében, hogy az agyszeleteket napokon át filmezhessük. A mozgó és kölcsönható sejtek vizsgálatához asztrocita sejtrétegen vándorló mikroglia sejteket választottunk tesztrendszerként. Mikroglia sejtek és sérült idegsejtek kölcsönhatásának vizsgálatához mikroglia sejtek és rekombináns, legyengített pseudorabies vírussal fertõzött asztrociták/idegsejtek ko-kultúra rendszerét használtuk. Az egyes mikroglia sejtek útvonalának vizsgálata azt mutatta, hogy a sejtek átlagos sebessége lecsökken a fertõzött sejtek jelenlétében. A videomikroszkóppal végzett kutatások másik célja, hogy feltárjuk a sejtek és az extracelluláris mátrix közti erõátvitelt és az asztroglia sejtek retinoid termelését befolyásoló fõ tényezõket. Arra az eredményre jutottunk, hogy (i) az disztroglikán receptor komplex nem játszik szerepet az összehúzó erõk átvitelében, azonban az erõk nagyságát és a sejtmozgás sebességét meghatározó extracelluláris jelek továbbításában igen, (ii) a sejtszervecskék és a sejtmag intracelluláris mozgásához szükséges erõ létrehozásában legalább két különbözõ molekuláris mechanizmus vesz részt. Ezen mechanizmusokba való beavatkozás jelentõs változásokat eredményez a sejtek alakjában és mozgékonyságában. Nagy sejtsûrûségû, két és háromdimenziós sejtkultúrákban multicelluláris mintázat képzõdése során fellépõ sejtsejt kölcsönhatásokat elemeztük. A képek statisztikus elemzésével megmutattuk, hogy bizonyos sejtfelszínek vonzó vándorlási célpontok. Számítógépes szimulációk azt sugallják, hogy ezek a kölcsönhatások szerepet játszhatnak az érhálózat kialakulásában mind in vivo, mind in vitro körülmények között. A sejtet érõ külsõ és belsõ jelek párhuzamos feldolgozásának vizsgálatához kapcsolódóan új típusú hálózatelemzési módszert dolgoztunk ki. A mikroRNS (miRNS) molekulákról tudjuk, hogy különösen fontos szerepet játszanak a génexpresszió szabályozásában. Felépítettük az emberi miRNS – cél RNS kölcsönhatásoknak megfelelõ hálózatokat. Jól elkülönülõ, a szabályozásban együttesen résztvevõ miRNS csoportokat találtunk. Ez az eredmény kvantitatívan bizonyít korábbi, elsõsorban kvalitatív módon megkapott eredményeket a miRNS-ek specializált szabályozó funkcióját illetõen. A sejtek membrán nanocsöveken keresztüli kölcsönhatásainak leírásához kísérleteket és analitikus számolásokat végeztünk. Megmutattuk, hogy az effektív nanocsövek sztochasztikus effektív életideje exponenciális eloszlást követ. A módszereink konzisztensségét számítógéppel generált adatokon ellenõriztük. Az effektív membrán nanocsövek fogalmának bevezetésén kívül az eredményeink hatékony eszközt szolgáltatnak olyan biológiai jelenségek értelmezéséhez, melyekben a membrán nanocsõkötések szerepet játszanak, ezen felül lehetõvé teszik a membrán nanocsövek közvetítésével kialakuló képzõdmények még rendszerezettebb tanulmányozását (különösen nagy jelentõségû következtetések vonhatóak le a leukocita-közvetített immunválasz vagy akár az arterioscleroticus sebek kifejlõdésére vonatkozóan).

6.1 Videomikroszkópiás berendezés, szoftver és eljárás fejlesztése Projektvezetõ: Dr. Szabó Bálint egyetemi adjunktus Áttekintés Nagy felbontású, idõfüggõ 3D fluoreszcens mikroszkóp kifejlesztését tûztük ki célul, amely alkalmas lesz többek közt egér agyszeletek in vitro vizsgálatára. Meglévõ invertált videomikroszkópos rendszerünket fejlesztjük tovább annak érdekében, hogy vastag, 3dimenziós minták vizsgálatát is lehetõvé tegye. Az optikai szeletelést merõlegesen, illetve 90 fokhoz közeli szögben bejövõ szelektív lézeres gerjesztéssel oldjuk meg, ami azt jelenti, hogy egyszerre csak a minta adott, vékony szeletét világítja meg a lézer, a mikroszkópos képen megjelenõ információ ebbõl a szeletbõl származik. Kék és zöld lézerdióda modult fogunk használni, amely megfelelõ a GFP (zöld fluoreszcens fehérje) és az RFP (piros fluoreszcens fehérje) gerjesztéséhez. A lézerdióda elé diffrakciós optikai vonalgenerátort rögzítünk, ez állítja elõ a vékony, néhány mikrométer vastag lézervonalat. Az optikai szeletelést mikromanipulátor végzi, amely a lézerdiódát mozgatja mikrométeres pontossággal. A rendszer összehangolt vezérléséhez szoftvert fejlesztünk. Elvégzett feladatok Elkészült a Canon EOS 40D kamerát vezérlõ driver és grafikus felhasználói felület, amely lehetõvé teszi a minta nagy érzékenységû és nagy felbontású fényképezését költséges kamera alkalmazása nélkül. Ezt követõen elkészítettük azt a 2-dimenziós pásztázó algoritmus, melynek segítségével a minta nagy területérõl gyûjthetõ fluoreszcens információ automatizált módon. Kimértük a 473 nm-es kék lézerdióda fényerejének hõmérsékletfüggését, és megoldottuk a stabilizálását saját fejlesztésû termosztát elektronika segítségével. A GFP mellett megjelenõ, rohamosan terjedõ fluoreszcens jelzõfehér-

jék kihasználása végett beszereztünk egy, a rendszerünkbe integrálható zöld lézerdiódát, amely alkalmas az RFP gerjesztésére. Beillesztettük az egyszerre két fecskendõpumpa vezérlésére alkalmas szoftvert, amely az agyszeletek hosszú távú életben tartásához szükséges lesz. Eredmények Az általunk fejlesztett komplex mikroszkópos technika mûszeres tesztjei megfelelnek az elvárásoknak, azaz a hardvereszközök egymással összhangban, megfelelõen mûködnek. A lézerek mikroszkópos tesztjét a projekt harmadik évében fogjuk elvégezni. A mûszer fejlesztésével párhuzamosan végeztük Dr. Környei Zsuzsanna együttmûködésével a kísérleti kutatómunkát, melynek eredményeit és igényeit a fejlesztéseknél folyamatosan figyelembe vesszük. A mikrogliasejtek a központi idegrendszer aktív immunvédelmi feladatokat ellátó fagocitáló – törmelékeltakarító sejtjei. Feltehetõen részt vesznek a kevéssé virulens vírusokkal fertõzött idegi sejtek korai felismerésében, izolálásában és eltakarításában, s ezáltal a fertõzés terjedésének megállításában. Kísérleteinkben a mikrogliasejtek és gyengített vírussal fertõzött idegi sejtek kapcsolatát vizsgálatuk. Alacsony titerû fertõzés esetén a 2D sejtrétegekben fokális fertõzési gócok jelentek meg, melyek fejlõdését hagyományos epifluoreszcens mikroszkóppal követtük nyomon. Eddigi tapasztalataink szerint a mikrogliasejtek véletlenszerû orientáció mellett csökkent motilitást mutatnak, mely feltehetõen összefügg a fertõzött sejtek redukált ATP-termelésével és a fokozott extracelluláris ATP-áz aktivitással. In vitro eredményeink tehát nem triviális módon felelnek meg az in vivo kísérletek alapján várható effektusnak, hogy ti. a mikrogliasejtek célzottan megtámadják és bekebelezik a fertõzött sejteket. Az új 3D mikroszkóp várhatóan alkalmas lesz hasonló kísérletek elvégzésre élõ agyszeletekben is, és segítséget nyújt a nem kívánt in vitro effektusok gyengítésében. További lépések Hátravan a mikroszkóp optikai tesztelése és a kísérletek elvégzése fluoreszcens gyöngyök, valamint biológiai minta segítségével a zöld és a kék lézer alkalmazásával. A tesztek elvégzése után egér agyszeleteket fogunk vizsgálni az új mikroszkóp segítségével.

29

6.2 Sejtkölcsönhatások megfigyelése videomikroszkópiával Projektvezetõ: Dr. Czirók András habilitált adjunktus Áttekintés A projekt a sejt-sejt kapcsolatokat és a sejtkommunikációt vizsgálja hosszútávú videomikroszkópiával. A második munkaszakasznak kettõ célja volt: (i) A sejtek és környezetük, az extracelluláris mátrix (ECM) közötti kapcsolatot megvalósító receptorok dinamikájának tanulmányozása, illetve (ii) az asztroglia sejtek neuronok megjelölését elõsegítõ retinoid termelésének vizsgálata. Elvégzett feladatok Mindkét cél elérésében jelentõs haladást sikerült elérnünk. Az ELTE-n már az elõzõ évben kialakítottuk azt a kísérleti berendezést, amely a sejtek által kifejtett erõk okozta deformációkat és azok idõfüggését képes meghatározni. Ezzel a rendszerrel izom és asztroglia jellegû sejtvonalakon vizsgáltuk bizonyos receptortípusok és a sejten belüli erõkifejtõ molekuláris rendszer kapcsolatát. Az MTA KOKI Idegi Sejt és Fejlõdésbiológiai Laboratóriumában asztrogliasejtek retinoid termelését vizsgáltuk. Eredmények Háromdimenziós géldeformációk automatikus kiértékelésével megmutattuk, hogy (i) disztroglikán receptorok nem vesznek részt a sejt-ECM erõk átadásában, ugyanakkor jelátviteli bemenetként szolgálnak a sejtek sebességének és a húzóerõk nagyságának a meghatározásához, (ii) a sejtszervecskék vagy a sejtmag sejten belüli mozgatását legalább két párhuzamos molekuláris erõkifejtõ rendszer eredményezi, és ezek szelektív inaktiválása jelentõs hatást fejt ki a sejtek alakjára és mozgékonyságára. Az erõmérõ rendszer iránt érdeklõdõ kollégákkal (SOTE, DE) közös projekteket indítottunk be, részt veszünk pályázatokban (OTKA, TÁMOP). A sejt-sejt kölcsönhatások mintázatképzõdésben betöltött szerepét nagy sejtsûrûségû, két- és három-

30

A C6 sejtek mozgása jelentõs mértékben megnõ az elnyúlt sejtfelszínekkel kapcsolatba lépve

dimenziós tenyészetekrõl készült videomikroszkópos felvételeken elemeztük. Képelemzõ módszerekkel megmutattuk, hogy bizonyos sejtfelszínek migrációs célpontokként viselkednek. Számítógépes szimulációk alapján ez a kölcsönhatás hozzájárulhat számos többsejtû struktúra, így például az érhálózatok kialakulásához is. Az asztrogliasejtek retinoid termelésének vizsgálatához asztrocita sejteket izoláltunk hGFAP-GFP transzgenikus egértörzsbõl. Megmutattuk, hogy a tenyésztett gliasejtek a folyamatos retinsav produkció során saját, nagy kapacitású retinoid raktáraikat hasznosítják. Egy retinsav-riporter (RAREhsplacZ) transzgenikus egértörzs segítségével kimutattuk az agyhártyák életkorral csökkenõ, ám még felnõtt állatokban is jelentõs retinsav termelését. További lépések Tervezzük a sejtkövetõ algoritmus, valamint a deformációs tér alapján az erõket meghatározó algoritmus publikálását, és a tudományos közösség megfelelõ érdeklõdése esetén ezek termékké alakításának elõkészítését. Eredményeink hozzájárulhatnak fejlõdési rendellenességek kezeléséhez, illetve infrastruktúrát nyújthatnak gyógyszerek sejtszintû hatásmechanizmusának vizsgálatához. Ebbõl a célból kapcsolatokat szándékozunk kiépíteni ipari partnerekkel.

6.3 Membránok, membrán nanocsövek dinamikája: a sejtkommunikáció egy új típusa Projektvezetõ: Dr. Derényi Imre egyetemi docens Áttekintés A véráramból kijutni szándékozó sejtek feltehetõen membrán nanocsövek segítségével lassulnak le. Ezek a képzõdmények az erek falával alkotott nagyszámú elemi kapcsolat segítségével jönnek létre. A lassítás hatékonysága szorosan összefügg a nanocsövek élettartamával, amely végsõ soron az elemi receptor-ligandum (pl. selectin-PSGL1) kötések élettartamától függ. Mivel az elemi kötések száma nem ismeretes, a nanocsövek és az elemi kötések élettartama közötti kapcsolat meszsze nem triviális. Elsõdleges célul tûztük ki, hogy a nagyszámú elemi kötés kollektív viselkedését egyetlen effektív nanocsõkötésként jellemezzük, és leírjuk ennek kinetikai tulajdonságait. Elvégzett feladatok

értékek jelentõsen eltérnek a megfelelõ egymolekulás értékektõl, rávilágítva az effektív kötések komplex mivoltára. A módszerünk megbízhatóságát számítógéppel elõállított szintetikus adatok segítségével ellenõriztük le. Az effektív nanocsõkötés fogalmának bevezetésén túl az eredményeink hasznos eszközt nyújthatnak a membrán nanocsövekkel kapcsolatos biológiai jelenségek vizsgálatában, valamint a nanocsövek tapadásával összefüggõ jelenségek (immunfolyamatok, atherosclerosis stb.) szisztematikus tanulmányozásában. További lépések Mivel a membrán nanocsövek kialakulása és növekedése gyakran vizsgált jelenség, a következõ célunk a nanocsövek kontrollált körülmények közötti visszahúzódásának tanulmányozása.

Együttmûködésben Forgács Gábor csoportjával a University of Missouri, Columbia egyetemen, egyszerre több nanocsövet húztunk ki mikrobolyhokat tartalmazó sejtekbõl különbözõ felületi tulajdonságokkal rendelkezõ atomerõ-mikroszkóp és mágneses csipesz segítségével. Matematikai módszerekkel analizáltuk a nanocsövek leválásakor megfigyelhetõ elszakadási események (az alábbi ábra A, B és C pontjai) statisztikáját. Eredmények Megmutattuk, hogy az effektív nanocsõkötések sztochasztikus élettartama exponenciális eloszlást követ, méghozzá egy megfelelõ módon általánosított Bell modellnek megfelelõen. Meghatároztuk a Bell modell paramétereinek (erõmentes disszociációs állandó és kötéshossz) maximum likelihood becslését. Azt tapasztaltuk, hogy a kapott

31

6.4 Fehérje -kölcsönhatások és szignálhálózatok bioinformatikai vizsgálata Projektvezetõ: Dr. Farkas Illés tudományos fõmunkatárs Áttekintés Az élõ sejtek fehérjéi feladataikat (pl. enzimatikus funkciók, jelátvitel, szelektív áteresztés) általában nem egyedül végzik el, hanem együttmûködnek, és csoportokba (modulokba) rendezõdnek. Egy adott sejttípusban a fehérjék (csúcspontok) és az összes vizsgált kísérleti körülmény során regisztrált fizikai/kémiai kapcsolatok (élek) definiálják a fehérje–fehérje kölcsönhatási hálózatot (gráfot). Ebben a gráfban egy modul egymáshoz sûrûn kapcsolt pontok csoportjaként jelenik meg. Érdekes, hogy a modulok nem függetlenek egymástól. Gyakori, hogy két modul átfed: számos fehérjéjük vagy akár nagyobb alegységük azonos. Minden élõ sejt folyamatosan számos (belsõ és külsõ) jel együttes feldolgozását végzi. A sejt a jelekre adott válaszokat többféle szabályozási kölcsönhatás segítségével alakítja ki. A fehérjék közötti, sejten belüli szabályozási kapcsolatok három speciális típusa a transzkripció-reguláció (TR), a jelátvitel (szignál-transzdukció, ST) és az RNS-interferencia (RNS-„halkítás”, RNAi) Az ST és TR részhálózatokban egy gént és a hozzá tartozó fehérjé(ke)t egyetlen csúcspont jelöli és irányított élek mutatják a szabályozási kapcsolatokat. A TR, ST és RNAi hálózatok moduljai alapján a sejten belüli szabályozás moduláris szervezõdése vizsgálható. Elvégzett feladatok

zati modulkeresõvel hálózati modulokat kerestünk. Annak ellenére, hogy a CFinder megengedi a modulok közötti átfedést, nagyon kevés átfedõ elemet találtunk. Alkalmazás: alapkutatás. 3. Kidolgoztuk jelátviteli útvonalak hálózatában történõ modulok keresésének módszerét és manuális javításokkal frissítettük a jelátviteli kölcsönhatásokat tartalmazó adatbázist. Alkalmazás: gyógyszerkutatás. Eredmények Az egymástól jól elkülönülõ miRNS koregulációs modulok kvantitatív módon alátámasztják azokat a korábbi, nagyrészt kvalitatív eredményeket, melyek szerint a miRNS-ek a transzkripciós faktor fehérjéknél jóval speciálisabb módon szabályozzák egy-egy sejt mûködését. A számítógépes algoritmusokkal jósolt, alacsony megbízhatóságú miRNS-target listákból egy-másfél nagyságrenddel pontosabb adatokat tudtunk kiszûrni a miRNS koregulációs erõsségek és az együtt szabályozási modulok segítségével. További lépések A miRNS-ek eldobhatóságának jóslása: egyenként történõ eltávolításuk után bekövetkezõ fenotípus változások jóslása. A jelátviteli útvonalakban található fehérjék közül lehetséges gyógyszercélpontok kijelölése.

1. Számítógépes algoritmusokkal jósolt RNS-interferencia kölcsönhatási listák minõségét összehasonlítottuk, és azt találtuk, hogy az egyes jóslatok nagyon kevés közös elemet tartalmaznak. A rendelkezésre álló kísérleti (ellenõrzésre használható) adatok mennyisége a valódi kölcsönhatások számának csupán töredéke, ezért a további vizsgálatokhoz az adatsorok kalibrálása és összesítése helyett a mérési adatsorok közül a két legpontosabbat használtuk. Alkalmazás: alapkutatás. 2. Összeállítottuk microRNS (miRNS) molekulák együtt szabályozási (koregulációs) hálózatát, amelyben a korábban kidolgozott CFinder háló-

32

Az emberi miRNS-ek egymástól jól elkülönülõ csoportokba (modulokba) rendezõdnek és így gátolják a fehérjék termelését. A modulok között nagyon kevés átfedés van (sötét színnel jelölve).

7. program: Sejtkommunikáció-kutatás gyakori autoimmun és depressziós betegségekben új, rendszerbiológiai megközelítéssel: új terápiás célpontok azonosítása és technológiák fejlesztése diagnosztikai célokra Programigazgató: Dr. Erdei Anna egyetemi tanár, akadémikus A program elsõ két évében létrejött, és most már összehangoltan mûködik az életminõség javítását célzó, fehérje-hálózatok vizsgálatán alapuló, sejtbiológiai kutatás-fejlesztés gazdasági hasznosítását elõsegítõ kutatási-képzési és szolgáltató centrum. Az elsõ munkaszakaszban beindult kutatási-fejlesztési feladatok területén a második év során mindenütt jelentõs elõrehaladás történt. Autoimmun betegekben a jelátvitel sérülhet, hibás receptor-fehérje párbeszéd eredményeként saját sejteket, molekulákat felismerõ B-sejtek aktiválódhatnak. A különbözõ receptorokból kiinduló jelpályák közötti összefüggéseket elemezve azonosítottunk két fehérjét (Erk, CREB), melyek aktiválása során szinergista együttmûködés valósul meg a Bsejtek különbözõ receptorai által aktivált jelpályák között, így különösen fontosak lehetnek további célzott kutatásaink során. Autoimmun betegek szérummintáit vizsgáltuk tûhegyen szintetizált citrullinált peptidekkel adott reakciójuk alapján, mely citrullinált fehérjék rheumatoid arthritises betegekben autoantigénként jelennek meg. A Multi-pin technológiával szintetizált peptidek alkalmasak autoantitestek detektálására, 50-70szer újrahasználhatók, költséghatékonyság szempontjából lényegesen kedvezõbbek a hagyományos antiCCP ELISA kithez képest, így a technológia alapja lehet új diagnosztikai kit fejlesztésének. Protein kináz D gátló jelölteket szûrtünk B-sejt apoptózis assayben, melyek közül több jelentõs mértékben gátolta a sejthalált. Mivel a PKD szerepet játszik immunsejtek szabályozásában éppúgy, mint tumorsejtek kifejlõdésében, metabolikus és kardiovaszkuláris betegségekben, terápiás célmolekulaként további vizsgálatot igényel. A sejthalál másik fajtája, az autofágia a patológiás sejtvesztések egyik alapvetõ mechanizmusa. Egy új gént azonosítottunk (Drosophila modellben), amely meghatározó az autofágia mechanizmusában, s melynek mutációja következtében rövidül az élethossz, csökken a stresszhatásokra adott autofág reakció (6 jelentõs nemzetközi közlemény). E vizsgálatok is új, jelátviteli terápiában alkalmazható, gyógyszer-célpont molekulák azonosításához vezethetnek. Sikeresen megoldottuk az „AbC array” protein-chip technológia kifejlesztését és tesztelését klinikai mintákon, autoimmun betegségek (RA, SLE) esetén. A módszer – melyet a Diagnosticum Zrt.-vel együttmûködve dolgoztunk ki – újdonságértéke, hogy az ellenanyagoknak nemcsak kötõdését, hanem egyidejûleg mûködésének (pl. komplement aktiváció) meghatározását is lehetõvé teszi. A munkákból több jelentõs nemzetközi publikáció (Mol Cell Proteomics 2007; Proteomics 2008; Journal of Immunology 2008) született, és a szabadalom hasznosítása folyamatban van. A fejlesztés ismertetése nemzetközi honlapon is elérhetõ (http://www.abc-arrays.com). Folytattuk az LPS-sel kiváltott agyi gyulladás proteomikai vizsgálatát, a mérési eredményekbõl készített funkcionális protein-interakciós hálózatok a http://proteom.elte.hu honlapon találhatók. A chlomipraminos depressziómodellben izoláltunk olyan állatokat, melyekben a T-sejtekben érési zavarok figyelhetõk meg. Összegyûlt az év során a proteomikai mérésekhez szükséges depressziós agyakból 6-6 összevethetõ agy, amelyekkel elkezdhetjük a kísérleteket. Hazai és nemzetközi (Sussex, Anglia) megrendelésekkel beindultak a proteomikai szolgáltatások (Proteom Services Kft.) is. Fejlesztettünk nagypontosságú, elektronikai újításon alapuló hõmérsékletszabályozó egységre építve egy terméket (sztereotaxiában alkalmazható állat hõmérséklet-kontroll egység) és egy prototípust (új, légfûtéssel temperált, optikai mikroplate alapú mikroszkópiás kamra). Az idegi és immun jelátvitelben egyaránt kritikus lipid tutajok detektálására két új koleszterin-specifikus monoklonális ellenanyagot (J. Lipid Res. 2007. 48:19-29) fejlesztettünk, melyek biomarkerként és diagnosztikai reagensként történõ hasznosítása már folyamatban van.

33

7.1 Jelátviteli terápiás célpontok azonosítása komplex jelátviteli rendszerekben, sejthalált moduláló molekulák tervezése Projektvezetõ: Dr. Sármay Gabriella egyetemi tanár Áttekintés

Eredmények

A B-sejtek fejlõdését, szaporodását szabályozó receptorok, a B-sejt receptor (BCR), B-sejt aktiváló faktor receptor (BAFFR), és a hipometilált CpG oligonukleotidokat felismerõ Toll-like receptor 9 (TLR9), valamint a sejthalál receptor (Fas) által stimulált jelpályák közötti összefüggéseket elemeztük. Az autofágia a morfogenezis során bekövetkezõ sejtpusztulások, vagy a patológiás sejtvesztések egyik alapvetõ mechanizmusa. Részt vesz a sejtnövekedés, az osztódás, a sejtpusztulás, az élethossz szabályozásában. Az autofágiát szabályozó gének azonosítását, kölcsönhatásaikat Drosophila modellrendszerben tanulmányozzuk.

B sejtekben a BAFF és a CpG stimulus egymagában nem, vagy csak gyenge jelet vált ki, az együttes alkalmazásuk az anti-Ig-vel jelentõs Erk és CREB foszforilációhoz vezet. Az Erk és CREB foszforilációjának nyomonkövetése alkalmas tesztnek látszik jelintegrációs folyamatok összehasonlítására egészséges és autoimmun betegekbõl származó B-sejtekben. Az MTA-SE Pathobiokémiai Kutatócsoport elõállított és karakterizált két, kémiailag különbözõ molekulacsoportot. Az elsõ kismolekulás szerves vegyületekbõl áll, amelyek egy „nested” kináz molekulakönyvtárból származnak. Ezeket a protein kináz D-re szûrtük, melynek enzim szerepe már bizonyított mind T-, mind B-sejtekben, sõt a neutrofil granulocitákban is. Elõszûrésünkben több hitmolekulát azonosítottunk. A fenti molekulákat vizsgáltuk a Fas-közvetített apoptózisra, illetve az DIgG által okozott túlélésre. Egyes PKD inhibitor jelöltek megmentették a sejteket a Fas-indukált sejthaláltól, több esetben az IgG-közvetített túlélést is növelték (lásd ábra). A vegyületek második csoportjában a biológiai vizsgálatok nem találtak hatékony anyagot. Egy új gént azonosítottunk, amely részt vesz az autofágia mechanizmusában (lqf/EPSIN). Megállapítottuk, hogy az Atg7 gén mutációja következtében rövidül az élethossz, csökken a stresszhatásokra adott autofág reakció és a mutáns állatok neuronjaiban felhalmozódnak a ubiquitinált fehérjék aggregátumai. Négy további autofágia gén esetében bizonyítottuk, hogy az élethossz meghatározásában fontos szerepük van. Igazoltuk, hogy a Vps34 gén a TOR szignalizációs útvonaltól függetlenül serkenti az autofágiát és az endocitózist.

140 120

sejthalál (%)

100 80 60 5μM

40

5+IgG

20 0 c,aIgG,JO2,+IgG

1μM 1+IgG 16366

16719

17205

Elvégzett feladatok

34

Izolált emberi B-sejteket stimuláltunk BCR-en, BAFFR-on és TLR9-en keresztül. Nyomon követtük a MAP kinázok, az IkB, valamint a CREB transzkripciós faktor foszforilációját. A halálreceptor (Fas) stimulációját követõen apoptózist mértünk. Optimalizáltuk a módszereket, kiválasztottuk azokat a jelátviteli fehérjéket, amelyeket a továbbiakban vizsgálni fogunk. Folytattuk a P-elem és EP-elem indukált Drosophila mutánsparkok szûrését. Vizsgáltuk egyes élesztõben azonosított gének (Atg7, Vps34) hatását a stressz-indukált és fejlõdési autofágiára, az élethosszra, a neuronok pusztulására, vizsgáltuk az endocitózis és az autofágia szabályozásának esetleges közös pontjait.

További lépések Autoimmun betegekbõl (SLE) származó B-sejteken vizsgáljuk a jelpályák eltéréseit. Tovább vizsgáljuk az apoptózist moduláló szerek hatásmechanizmusát. További, autofágiát szabályozó géneket tervezünk azonosítani. E vizsgálatok a jelátviteli terápiában alkalmazható, gyógyszercélpont molekulák felfedezéséhez vezethetnek.

7.2 Diagnosztikai eljárások fejlesztése autoimmun kórképekben Projektvezetõ: Dr. Prechl József tudományos fõmunkatárs Áttekintés A projekt jelen szakaszának céljai a korábban kifejlesztett technológiák emberi diagnosztikai célra való alkalmazhatóságának fejlesztése és igazolása volt. A multipin technológiával gyártott citrullinált peptideket reumatoid arthritiszes (RA), az összetett autoantigén panelt tartalmazó fehérje microarray lapokat szisztémás lupus erythematosusos (SLE) betegek szérumaival vizsgáltuk. Elvégzett feladatok Öt, az RA-ban szerepet játszó fehérje epitóp szekvenciáit hasonlítottuk össze, szintetikus arginin/citrullin cserét tartalmazó peptidpárokat alkalmazva. Kidolgoztunk egy indirekt ELISA alapú módszert, melynek segítségével RA-s betegekbõl és egészséges kontrollegyénekbõl származó szérumminták peptidfelismerését hasonlítottuk össze a tûhegyeken szintetizált peptidek vizsgálata alapján. 85 antigént, ezek között autoantigéneket hordozó, saját tervezésû és gyártású fehérje microarray lemezeket vizsgáltunk egészséges és autoimmun betegek szérumainak felhasználásával. A szérum ellenanyagok közül a komplementaktiváció elindítására képes mindhárom (IgG, IgA, IgM) osztályt vizsgáltuk; a komplement komponensek közül a C1q, C4 és C3 fehérjéket mértük. Eredmények Vizsgálataink szerint az RA-s betegek széruma a kontrollmintákkal összehasonlítva jelentõsen nagyobb kötõdést mutatott a vimentin N-terminálisának megfelelõ citrullinált peptidhez. A továbbiak-

A citrullinálás hatása a szerkezetre

ban a filaggrin 5 tagú és 19 tagú peptidjének felismerésében tapasztaltunk szignifikáns eltérést az RA-s betegek és a kontrollcsoport értékei között. Az ellenanyagok közül az IgM és IgG kötõdése adta a legerõsebb korrelációt a C3 depozícióval. A komplementdepozíció natív szérumból, illetve különbözõ alvadásgátlók alkalmazásával nyert plazmából is mérhetõ, eltérõ hatékonysággal. Az antigének közül azonosítottuk az autoantitestek komplementaktivációjának mérésére is alkalmasakat. A funkcionalitás és pathogenitás szempontjából kiemelt jelentõségû négy fehérje, az IgM, IgG, C3, C4 mérésére multiplex formában is alkalmas reagenseket meghatároztuk. Oltási kísérleteink alapján az ellenanyagmérés eredményei egy proinflammatorikus-antiinflammatorikus tengelyre vetíthetõk rá, újabb dimenzionalitást adva a humorális immunválasz jellemzésének. További lépések További peptidek vizsgálata folyamatban van. Munkánk alapja lehet a korai stádiumban lévõ RA diagnosztizálására alkalmas kit elõállításának. Az autoantitestek komplementaktiváló képességének és a betegség kialakulásának, illetve lefolyásának öszszefüggéseit tervezzük vizsgálni. Válogatott SLE-s beteganyag elemzésével és idõbeli követésével meghatározzuk a funkcionális ellenanyagprofil-mérés klinikai értékét a prognosztikában és diagnosztikában. A rutin klinikai laboratóriumi alkalmazhatóság érdekében minõségbiztosítási paramétereket vezetünk be a chip gyártási és alkalmazási folyamatába.

35

7.3 Immunológiai terhelések neurológiai funkciókra, illetve antidepresszánsok immunsejtekre gyakorolt hatásának, valamint a depresszió és az immunrendszer kapcsolatának proteomikai vizsgálata Projektvezetõ: Dr. Juhász Gábor tudományos tanácsadó Áttekintés

Eredmények

A neuro-immun kölcsönhatás vizsgálata pszichiátriai betegségekben téma a tervezet szerint folytatódott. Ebben az évben az immunológiai terhelések neurológiai funkciókra, illetve antidepresszánsok immunsejtekre gyakorolt hatásának proteomikai vizsgálata depressziós és normál állatmodelleken volt elõirányozva.

TNFD-kezelés hatása NE-4C neurális õssejtek differenciációjára. (1. ábra) A neuronális szinapszis protein interakciós hálózata. (2. ábra) Sötétsejtek kialakulása epilepszia-modellekben.

Elvégzett feladatok

36

Az ELTE Immunológiai Tanszékkel közösen idegsejt tenyészeteken beállítottuk a mitokondriális membránpotenciál áramlási citometriás mérését, az idegsejtek ischémiás körülményekre, valamint különbözõ neuroprotektív szerekre adott válaszreakcióit. A Cavinton (vinpocetine) neuroprotektív hatásait mértük és publikáltuk. Vizsgáltuk a tumor nekrózis faktor a (TNFD) idegi õssejtek neurális differenciációra gyakorolt hatását. Kimutattuk, hogy az NE-4C neurális õssejtek rendelkeznek TNF receptorokkal és képesek TNF termelésre. Az 1ng/ml dózisú exogén TNFD kezelés serkenti a neuronális és a gliális markerek megjelenését a tenyészetekben (1. ábra). Folytattuk az LPS-sel kiváltott agyi gyulladás proteomikai vizsgálatát, a mérési eredményekbõl készített funkcionális protein interakciós hálózatok a http://proteom.elte.hu honlapon találhatók. A chlomipraminos depressziómodellben izoláltunk olyan állatokat, melyekben a T-sejtek érésében jelentõs csökkenés tapasztalható. Összegyûlt az év során a proteomikai mérésekhez szükséges chlomipraminos depressziós agyakból 6-6 összevethetõ agy (kor, nem, immunológiai státusz) amelyekkel elkezdhetjük a proteomikai kísérleteket. Elkészült a neuronális szinapszis protein interakciós hálózata (2. ábra), elkészült a humán major depressziósok agyának proteomikai összehasonlítása normál agyakkal, a fehérjék azonosítása folyamatban van. A gyors fehérjeszintû változásokat jelzõ sötétsejtes agyterületek kijelölése megtörtént epilepszia- és hipoxia-modellekben. Az eredményeket publikáltuk.

1. ábra

2. ábra. A szinaptikus proteinek hálózata és adatbázisa

További lépések • • • •

Az immundefficiens depressziós állatok proteomikai vizsgálata. A humán öngyilkos depressziósok proteomikai eredményeinek publikálása. A sötétsejtes területek proteomikai analízise. A citokinek neuronális differenciálódásra kifejtett hatásainak további vizsgálata IL1, IL6 stb. irányába.

7.4 Új, neuroimmun-kommunikáció vizsgálatára alkalmas fehérjeszeparációs és mikroszkópiás technológiák fejlesztése Projektvezetõ: Dr. Matkó János egyetemi tanár Áttekintés Ebben az évben fõ célkitûzésünk a neuro-immun kommunikáció tanulmányozására alkalmas módszertani, technológiai háttér megerõsítése, kidolgozása, valamint az általunk kifejlesztett koleszterin-specifikus antitestek diagnosztikus potenciáljának és biológiai aktivitásának felmérése volt.

lesztett hõmérsékletszabályozó egységre alapozva (2. ábra). A ProteomeLab PF 2D berendezéssel lefolytatott idegi szinaptoszóma vizsgálatok demonstrálták a módszer proteomikai elõnyeit (jelentõs mennyiségû protein szeparálása gyorsan és a minták közötti kis különbségek érzékeny detektálása) (3. ábra), ugyanakkor rámutattak az elsõ (pH-alapján történõ elválasztási) lépés hátrányos tulajdonságaira is.

Elvégzett feladatok Az új, koleszterin-specifikus antitesteket (AC1 and AC8) karakterizáltuk a nemzetközi piaci kondíciók szerint, mint potenciális termékeket a biomarker piacon. Biológiai aktivitásukat a HIV fertõzés kapcsán teszteltük részleteiben. A nagy pontosságú hõmérsékletszabályozó egységre épülve újabb két prototípust/terméket fejlesztettünk: egy levegõ-termosztált, mikroplate alapú mikroszkópiás kamrát és egy elektrofiziológiás méréseknél (pl. stereotaxia) alkalmazható állatmodell-temperáló asztalt. Mindkét fejlesztés eredeti elektronikai és mechanikai megoldásokon alapul és alkalmazható bármilyen típusú mikroszkóphoz. A ProteomeLab PF 2D rendszert teszteltük fehérjeelegyeken és az idegi szinaptoszómák összehasonlító vizsgálatában normál és depressziós patkány állatmodelleken.

2. ábra

3. ábra

További lépések 1. ábra

•

Eredmények Az új, IgG típusú koleszterin-specifikus ellenanyagaink detektálták a lipoproteineket, és a koleszterinben dús frakciókat mind sejt-mentes, mind sejtes rendszerekben, és így biomarkerként és diagnosztikai reagensként egyaránt hasznosíthatónak tekinthetõk. Kommercializálásuk folyamatban van. Ezen antitestek jelentõsen képesek voltak gátolni a humán makrofág és a T-sejtek HIV-fertõzését is (1. ábra). Két új céleszközt fejlesztettünk mikroszkópiás, ill. elektrofiziológiai vizsgálatokhoz, az elõzõ évben fej-

•

•

Az idegi és immun jelátvitelben egyaránt meghatározó szerepet játszó membrán mikrodomének (raftok, caveolák) proteomikai analízisére irányuló módszerek optimalizálása. Egy versatilis mikroszkópiás kamra fejlesztésének komplettálása a hõmérséklet és CO2-kontrollált élõ sejt-képalkotás irányába. A 2D-HPLC módszer széleskörû proteomikai alkalmazásának bevezetése (szolgáltatási tevékenységet is beleértve) neuro- és immunbiológiai területeken (gyógyszerfejlesztés és tesztelés) a pH-alapú elválasztási lépés molekula-tömeg szerinti szeparálásra való lecserélésével.

37

8. program: Új típusú peptidszintetizáló módszer fejlesztése Programigazgató: Dr. Darvas Ferenc

8.1 Peptidszintézis szilárd fázisú hordozón, folyamatos áramoltatású, nagynyomású X-Cube™ rendszerben Projektvezetõ: Dr. Darvas Ferenc elnök, ThalesNano Zrt. Áttekintés A munka az alábbi feladatokkal folytatódott: a. Védõcsoport eltávolítása H-Cube® készülékben b. Aminosav-kapcsolás létrehozása X-Cube™ készülékben polimerhez kötött kapcsolószerek felhasználásával c. Amid-kapcsolás létrehozása X-Cube™ készülékben 1. kapcsolószerek felhasználásával homogén fázisban 2. aminokarbonilezéssel Az itt elért eredmények jónak mondhatók. Elvégzett feladatok és eredmények a. Védõcsoport eltávolítása H-Cube® készülékben

Az irodalomban ismert, hogy a fehérjeszintézis során szükségszerûen alkalmazott védõcsoportok eltávolítása nehéz feladat egyszerû hidrogénezési módszerekkel (lombik, atmoszférikus hidrogén alkalmazásával). Ezért elsõ lépésben a védõcsoportok eltávolíthatóságát vizsgáltuk a ThalesNano Zrt. által kifejlesztett H-Cube® rendszerben. A benziloxi-karbonil (Z) védõcsoport eltávolíthatóságát vizsgáltuk Z-valin, Z-glicin, és Z-triptamin esetén. Vizsgált paraméterek: Katalizátor: 5% és 10% Pd/C; Áramlási sebesség: 1 ml/perc; Oldószer: etanol, dimetilformamid (DMF), etilacetát; Hõmérséklet: 25-60°C; Nyomás: 1 bar (full H2 mode), 10, 30, 50, 70, 100 bar; Koncentráció: c=0,05M

38

Eredmények Elsõ lépésben a Z-triptamin esetén optimalizáltuk a körülményeket. A reakció minden oldószer esetében 90100 %-ban játszódott le, a hõmérséklet növelésével nõtt a termék aránya, amely 60°C-on elérte a 100%-ot. A DMF nem bizonyult megfelelõ oldószernek. A nyomás hatását vizsgálva a legjobb eredményt 1 bar, ún. „full H2 mode” esetén értük el. Full H2 mode esetén az H-Cube készülék által megtermelt összes hidrogén bekerül a folyadékáramba, miközben a rendszerszelep teljesen nyitva van, így az alkalmazott összes nyomás 1 bar. Az eredmény igazolja, hogy a Z csoport eltávolításnak a nagy hidrogénfelesleg kedvez. A többi reakció esetén is a triptamin esetében alkalmazott körülmények optimálisnak bizonyultak. A Z csoport eltávolítása tehát sikeresen elvégezhe-

tõ a következõ körülmények alkalmazásával: 10% Pd/ C töltettel (p=1 bar, „full H2 mode”; T=60°C; v=1 ml/min; oldószer: etanol vagy etil-acetát). b. Aminosav-kapcsolás létrehozása X-Cube™ készülékben polimerhez kötött kapcsolószerek felhasználásával

Alkalmazott gyanták: 1. sz. PL-EDC (1-ethyl-3-(3-dimetylaminopropyl) carbodiimide, polymer-bound) 2. sz. PL-DMAP (Dimethylaminopropyl-ethylcarbodiimide, polymer-bound) 3. sz. PL-CDI (Carbonydilimidazole, polymer-bound) Lombikos összehasonlító kísérletek Elsõ lépésben a polimer alapú gyantákat lombikban, szakaszos körülmények között vizsgáltuk Z-glicin és ciklohexilamin modellreakcióban. Reakciókörülmények: T=25°C, Oldószer: diklórmetán (DKM), etilacetát; Reagensarányok (gyantakapacitáshoz képest): 1:1,1:2, 1:3; Adagolás: 1. gyanta+sav: 40 perc, keverés; 2. gyanta+sav+amin: 20 perc, keverés, szûrés Kitermelés: 1. gyanta(PL-EDC): 36 % termék 2. gyanta (PL-DMAP): 13 % termék 3. gyanta (PL- CDI): 3 % termék Szintézisek X-Cubee™ rendszerben Különbözõ Z-védett aminosavakból és észterezett aminosavakból indultunk ki. A lombikos kísérletekben is alkalmazott gyantákat 70 mm-es CatCartTM-ba töltve alkalmaztuk. A CatCartTM az H-Cube® készülék saválló acéltöltetes reaktorpatrona. Az 1. és a 3. gyanta esetében 75%-osan töltött oszlopot, a 2. esetben pedig kvarchomok és gyanta 1:1 arányú keveréket alkalmaztuk. Z-Ala-Gly-OEt, illetve Z-béta-Ala-Phe-OMe dipeptidek elõállítása: Reakciókörülmények: T=25°C, oldószer: DKM, 70 mm CatCartTM; Reagensek aránya (gyantakapacitáshoz képest): 1:1, 1:2; Lépések: 1. sav (Zaminosav); 2. mosás diklórmetánnal; 3. amin (észterezett aminosav) Kitermelés: 1. gyanta: Z-Ala-Gly-OEt: 2% 2. gyanta: Z-beta-Ala-Phe-OMe 3 % 3. gyanta: : Z-Ala-Gly-OEt 3%

Z-védõcsoport eltávolítása H-Cube® rendszerben A kapott dipeptidrõl (Z-béta-Ala-Phe-OMe) az elõzõ pontban optimálisnak talált körülmények között eltávolítottuk a védõcsoportot (60°C, 30 mm 10% Pd/C, „full H2 mode”, oldószer: DKM). Eredmények Kísérleteinkkel bizonyítottuk, hogy a peptidek szintézise lehetséges áramlásos rendszerben, valamint a kapott, védõcsoporttal rendelkezõ peptid deprotektálása elvégezhetõ. Mindemellett a mérések további optimalizálása szükséges. A kísérleteket a cambridgei egyetemen Steve Ley professzor kutatócsoportja is sikeresen elvégezte azzal a különbséggel, hogy az aminosavak védett N-karboxianhidridjeit használta. A kapcsolás egyedüli mellékterméke itt a CO2, ami eltávozik, valamint a N-karboxianhidrid-felesleget polimer hordozóhoz kötött „scavengerrel” távolította el. A védõcsoport eltávolításra a Thales technológiáját használta, azaz az H-Cube®-ot. Tripeptideket állított elõ 50-95%-os izolált termeléssel. c./1 Amid-kapcsolás létrehozása X-Cube™ készülékben kapcsolószerek felhasználásával homogén fázisban

Célunk modellkísérletek során bizonyítani, hogy az amid-kapcsolás kialakítása lehetséges homogén fázisban is az X-Cube™ készülékben. A benzoesav reakcióját vizsgáltuk benzil-amin, terc-butil-amin és ciklohexilamin vegyületekkel. A kapcsolószer minden esetben karbonil-diimidazol (CDI) volt. A reakció mellékterméke a kapcsolószerrel kapott addukt volt. Reakciókörülmények az alábbiak voltak: Koncentráció: 0,1 M; Oldószer: DKM; Áramlási sebesség: 1 ml /perc; Nyomás: 50 bar; Katalizátor: inert kvarchomok; Hõmérséklet: 25; 50; 75; 100; 125; 150; 175; 200 °C; Analitika: LC-MS Eredmények A benzoesav benzilaminnal már alacsony hõmérsékleten (50 °C) is könnyen kapcsolható, a hõmérséklet növelésének nincs hatása a reakció lefolyására (1. táblázat). 100

T (°C) 25 50 75 100 125 150 175 200

Konverzió, % 89 100 100 100 100 100 100 100

Szelektivitás, % 100 100 89 89 100 100 89 100

A benzoesav és a terc-butilamin kapcsolása során a termék kivált a reakció közben, így a reakciót az XCube™-ban nem lehetett kivitelezni. A lombikban végzett kísérletek azonban igazolták, hogy a kapcsolás szobahõmérsékleten teljes mértékben lejátszódik. A benzoesav és a ciklohexil-amin kapcsolása során a benzoesav minden esetben teljes egészében elfogyott, az erre számított konverzió tehát 100% volt. A kívánt termék szelektivitását a hõmérséklet függvényében a 3. ábra mutatja be. A legjobb körülmény: 50 bar és 200 °C alkalmazásával volt elérhetõ, ekkor az izolált kitermelés 76 % volt (1. ábra). Összegzésképpen megállapítható, hogy a savamid kötés X-Cube™ rendszerben kialakítható. Némely esetekben, mint például a benzoesav-ciklohexil-amin esetén, a termék szelektivitásának a magas hõmérséklet kedvez, amely jóval az oldószer (diklórmetán) forráspontja felett van, így a kötés kialakítása csak nagy nyomás alkalmazásával lehetséges. c./2 Amid-kapcsolás létrehozása X-Cube™ készülékben aminokarbonilezéssel

Az aminokarbonilezés során az amid-kötést egy halogenid, egy szén-monoxid és egy amin reakciójával alakítjuk ki (2. ábra). A reakció nagy hatékonysággal valósítható meg az X-Cube™ készülékben CO gáz bevezetésével. Reakciókörülmények: Koncentráció: 0,01 M; Oldószer: THF; Áramlási sebesség: 0,5 ml /perc; Nyomás: 1-70 bar; Hõmérséklet: 20-100°C; Katalizátorok: Pd(TPP)4 FibreCat1001, FibreCat1007, PdEnCat TPP 30, PdEnCat 30; Bázisok: NMPY, Trietil-amin (TEA), DABCO, DBU, DMAP, EDIPA Eredmények A reakciókörülmények optimumának a következõket kaptuk: Pd(TPP)4; (p=30 bar; T= 100°C; Oldószer: THF; Bázis: TEA). Az optimális körülmények alkalmazásával sikeresen szintetizáltunk egy savamid könyvtárat. Eredményeinket tudományos közleményben foglaltuk össze.

80 Szelektivitás %

1. táblázat. Benzoesav kapcsolása benzil aminnal

60

40

C OOH

+ I, B r

0 0

50

100

150

200

Hőmérséklet (°C)

1. ábra. Benzoesav kapcsolása ciklohexil-aminnal. A benzoesav-ciklohexil-amid szelektivitása a hõmérséklet függvényében

C OOH

R1

20

+

HN

R1

CO N

R2

R2 O

2. ábra Savamidok szintézise aminokarbonilezéssel

39

Oktatási és képzési program Célok A Tudásközpont kiemelt feladatai a megszerzett tudás, valamint az ipari együttmûködés módszertanának, tapasztalatainak átadása az egyetemi hallgatók, doktoranduszok, oktatók és kutatók számára. Ennek érdekében a Tudásközpont intenzíven bevonja a hallgatókat a munkába, alkalmi Név Szakértõk Czirók András Czirók András Czirók András Erdei Anna Erdei Anna Erdei Anna, Sármay Gabriella Farkas Illés Farkas Zénó

Képzés neve Kutatáshasznosítás és Innovációmenedzsment Sejtszignalizációs hálózatok kvantitatív analízise Fejlõdésbiológiai mechanizmusok kvantitatív modelljei Számítógépes videomikroszkópia A fertõzések immunológiája A természetes immunitás Kóros immunfolyamatok Perl programozás és hálózatok a bioinformatikában Megújuló energiaforrások

Képzés fajtája elõadássorozat speciális elõadás speciális elõadás laboratórium elõadás elõadás elõadás speciális elõadás speciális elõadás

Idõtartama 2008 õszi félév 2008 õszi félév 2008 õszi félév 2008 õszi félév 2008 õszi félév 2008 õszi félév 2008 tavaszi félév 2008 õszi félév 2007 õszi félév

Juhász Gábor

Transzgén rendszerek: live imaging, génkiütés, GMO-k és társaik

elõadás

2008 tavaszi félév

Kéri György Koncz Gábor Kovács Attila Kovács Attila Kovács Attila Kun Ádám

Speciális kollégium A TNF receptor család A szoftverfejlesztés minõségi aspektusai A szoftverfejlesztés módszertana Diszkrét matematika 1. Programozás biológusoknak II.

elõadás elõadás elõadás elõadás gyakorlat gyakorlat

2008 2008 2008 2008 2008 2008

Lõw Péter

A fehérjebontás szerepe a génmûködés szabályozásában

elõadás

2008 tavaszi félév

Lukács András Mezõ Gábor Miklós István Orosz László Orosz László Pál Gábor Pál Gábor Pál Gábor Patthy László Podani János Podani János Ponyi Tamás

Adatbányászat Peptidkémia Sztochasztikus modellek a bioinformatikában Géntérképezés Genetika I. Géntechnológia és protein engineering Bevezetés a biokémiába Biokémia és Molekuláris Biológia Bioinformatika Számítógépes módszerek a szünbiológiában Biometria Bioinformatika I.

elõadás 2008 õszi félév elõadás 2008 õszi félév elõadás 2008 tavaszi félév elõadás 2008 tavaszi félév elõadás 2008 õszi félév gyakorlat 2008 tavaszi félév elõadás 2008 õszi félév elõadás és gyak. 2008 õszi félév elõadás 2008 õszi félév gyakorlat 2008 tavaszi félév elõadás és gyak. 2008 õszi félév elõadás és gyak. 2008 tavaszi félév

Ponyi Tamás

A genomevolúció, fehérjeevolúció es funkcionális genomika bioinformatikai aspektusai

elõadás

2008 õszi félév

Prechl József Sármay Gabriella Sármay Gabriella Sármay Gabriella Szabó Bálint

Immunbiotechnológia Receptorok és jelátvitel az immunrendszerben Gyógyszerek szerkezete és hatása 2. B sejtek fejlõdése és a humorális immunválasz Modern képalkotó technikák a biológiában

elõadás elõadás elõadás elõadás elõadás

2008 2008 2008 2008 2008

Szabó Bálint

Atomok és molekulák fizikája és biológiai fizika laboratórium

laboratórium

2008 õszi félév

laboratórium gyakorlat

2008 tavaszi és õszi félév 2008 tavaszi félév

elõadás

2008 tavaszi félév

elõadás

2008 õszi félév

Szabó Bálint Vellai Tibor

40

tanfolyamokat szervez egyes aktuális témakörökben, illetve a rendes egyetemi képzésbe illeszkedõ kurzusokat hirdet meg. A meghirdetendõ kurzusok egyrészt a kutatásszervezéssel: projektmenedzsment, rendszertervezés, pályázatírás, szabadalmi ismeretek, kapcsolatosak, másrészt az elért eredmények a tananyagba emelését tûzik ki célul.

Vellai Tibor Vellai Tibor

Modern fizika laboratórium Molekuláris genetika III. RNS interferencia. Az RNS-alapú szabályozó rendszerek felfedezésétõl az orvosi alkalmazásig Genetics I.

tavaszi félév õszi félév tavaszi félév õszi félév õszi félév õszi félév

õszi félév õszi félév õszi félév tavaszi félév õszi félév

Technológiatranszfer Vezetõ: Antoni Györgyi igazgató, ELTE Tudományszervezési, Pályázati és Innovációs Központ

Az Eötvös Loránd Tudományegyetem Tudás- és Technológiatranszfer Irodájának (TTTI) felállítása után fontos feladat egy olyan rendszer kialakítása, amelyben az Egyetemnek és a kutatóknak is közös érdekük, hogy a keletkezett találmányokat közösen hasznosítsák. A TTTI ebben az évben a bejelentett egyetemi találmányok hasznosítási modelljének kidolgozása mellett az innovációs szemlélet formálására, az innovációs kultúra terjesztésére helyezte a hangsúlyt tevékenysége során. Továbbra is kiemelten kezeltük a Tudásközpont, valamint a TTTI tevékenységének kommunikációját. A TTTI – az ELTE hosszú távú érdekeit szem elõtt tartva – együttmûködési megállapodást kötött a Magyar Szabadalmi Hivatallal (MSzH). Ezzel megalapoztuk a kooperatív, stratégiai együttmûködést a két intézmény között, a napi szintû kapcsolattartást az MSZH illetékeseivel, illetve az ELTE-n létrejött kutatási eredményekkel, találmányokkal kapcsolatos konzultációt, tanácsadást. Az együttmûködés keretében az egyetem munkatársai és hallgatói egy kihelyezett szabadpolcos tulajdonvédelmi kiskönyvtárhoz férhetnek hozzá. Az Eötvös Loránd Tudományegyetem – hangsúlyozva a K+F projektek eredményeként létrejött kutatási eredmények, találmányok megfelelõ kezelését – együttmûködési keretmegállapodást írt alá a Gödölle, Kékes, Mészáros & Szabó Szabadalmi és Védjegy Irodával. Így az egyetemi találmányokkal kapcsolatos szabadalmi bejelentéseket szakképzett szabadalmi ügyvivõk készítik el. A megfelelõen összeállított szabadalmi dokumentáció garanciát jelenthet a késõbbiekben a találmány ipari hasznosíthatóságára. Az intézményen belül elkészítettük a létrejött találmányok hasznosításával kapcsolatos (lehetséges) licenciamegállapodás mintadokumentumát, valamint a feltalálókat illetõ feltalálói díj fizetésére alkalmas szerzõdés mintadokumentumát is. A Tudásközpont PhD-hallgatóinak és fiatal kutatóinak 2007 november–decemberében intenzív innovációmenedzsment kurzust tartottunk elismert külsõ szakértõk bevonásával. A rövid kurzus keretein belül a résztvevõk megismerhették az európai

és hazai K+F adatokat, tendenciákat, pályázati lehetõségeket, az innovációs rendszer jellemzõit, továbbá elsajátíthatták a projektmenedzsment, az iparjogvédelem és az üzletfejlesztés alapvetõ elemeit. A képzést három Tudásközpont (Szent István Egyetem KÖRET Regionális Egyetemi Tudásközpont, Eötvös Loránd Tudományegyetem eScience Regionális Egyetemi Tudásközpont és Budapesti Mûszaki és Gazdaságtudományi Egyetem IT2 Regionális Egyetemi Tudásközpont) együttmûködésével valósítottuk meg. A képzés anyagi hátterét a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal Baross Gábor programján keresztül finanszíroztuk (pályázó: Szent István Egyetem). Külön figyelmet fordítottunk az innováció, a kutatási eredmények hasznosítása iránt érdeklõdõ hallgatók informálására. Szakkollégiumi kereteken belül mutattuk be a Tudásközpont jelentõségét, a keretein belül létrehozott szellemi termékek védelmének fontosságát, a hasznosítás lehetséges módozatait. A TTTI marketing- és kommunikációs tevékenysége során nagy hangsúlyt helyezett mind a Tudásközpont tevékenységének, kutatási területeinek bemutatására, mind a TTTI tevékenységeinek, szolgáltatásainak ismertetésére. Különbözõ rendezvényeink keretein belül a Tudásközpont számára lehetõséget biztosítottunk a bemutatkozásra, szakmai projektek ismertetésére. Az ELTE Innovációs Nap 2008 rendezvényen (2008. február 5.) a Tudásközpont önálló elõadás keretében mutatkozott be a széles közönség elõtt. A TTTI munkatársai különbözõ hazai és nemzetközi konferenciákon képviselték a Tudásközpontot, és a szakmai beszélgetések, eszmecserék keretein belül ismertették a Tudásközpont, ezen belül a TTTI tevékenységét a szakmai közönséggel. A ProTon Europe éves konferenciáján (2008. január 30– február 1.), az ASTP (Association of European Science and Technology Transfer Professionals) éves konferenciáján (2008. május 28–30.), valamint az ISPIM (The International Society Professional Innovation Management) éves konferenciáján (2008. június 15–18.) ismerhették meg tevékenységünket a jelenlévõk, a nemzetközi szakértõk.

41

Együttmûködés az ipari partnerekkel Az eScience Regionális Egyetemi Tudásközpont mûködése során szoros kapcsolatot tart fent ipari partnereivel. Az együttmûködés kiterjed mind kutatás-fejlesztési, mind oktatási tevékenységre is. Az alapító tagok aktívan részt vettek a Tudásközpont összes jelenleg futó kutatási programjában, valamint ezzel párhuzamosan új együttmûködéseket is kezdeményeztek. A Delta Informatika Zrt. – amellett, hogy a Bioinformatika programban együttmûködött a Konzorciumvezetõvel – több hazai és nemzetközi K+F pályázatot is közösen nyújtott be az ELTE kutatóival, hallgatói ösztöndíjakkal támogatja a tehetséges fiatalokat. Az econet.hu Nyrt. két programnak is aktív szereplõje volt, mind a Hálózati Informatika, mind a Virtuális Obszervatórium program megvalósításában közremûködtek munkatársai az adatbányászati technológia, illetve a párhuzamos rendszerek területén. A MultiRáció Gazdaság- és Pénzügyinformatikai Fejlesztõ és Szolgáltató Kft. a Hálózati Informatika program két projektjén folytatott közös fejlesztést a Konzorciumvezetõvel, a Statisztikai Módszerek és a Kockázatkezelés hálózatokban projektekben, mind a technológiafejlesztésben, mind szoftverfejlesztésben. A Diagnosticum Gyártó és Forgalmazó Zrt. a CellKom konzorcium keretein belül dolgozik együtt a Konzorciumvezetõvel és a Magyar Tudományos Akadémia Támogatott Kutatóhelyek Irodájának kollegáival az autoimmun diagnosztikai eljárások fejlesztésén. A Bio-Science Kft. és a SuperTech Kft. a neuroimmun kommunikáció vizsgálati technológiáinak fejlesztésén dolgozik együtt a Konzorciumvezetõvel, a ThalesNano Zrt. pedig új típusú peptidszintetizátor fejlesztését végzi. A Tudásközpont intenzív tevékenységet fejt ki újabb kapcsolatok kiépítésére, egyrészt az ELTE-n feltárt innovatív ötletek ipari megvalósítására, másrészt az ipar által felvetett problémák K+F programba illesztésére. A Tudásközpont létrehozása és napi mûködése hozzájárult ahhoz, hogy az ELTE és az ipari szektor szereplõinek kapcsolata bõvüljön, elterjedjen az intézményen belül az ipari partnerekkel való együttmûködés elõnyeinek ismerete. Új típusú együttmûködések jelentek meg az ELTE-n belül, erre kiváló példa a WESSLING európai laboratóriumi hálózatának hazai képviselõje és az ELTE együttmûködése. A WESSLING Nemzetközi Kutató és Oktató Központ Kht. (WIREC) elsõ kutató laboratóriuma a WESSLING Kht., a Kromat Kft. és az ELTE közti háromoldalú együttmûködésben létrehozott Elválasztástechnikai Kutatási-Oktatási Laboratórium (EKOL). A gyors, kisebb volumenû fejlesztések, valamint egyedi analitikák megvalósítására pedig 2008. januárjában alakult meg az Analitikai Fejlesztõ Laboratórium (AFL). Az ipari együttmûködések pozitív hatása a konkrét együttmûködési, K+F megállapodások megkötésén kívül más területen is érezteti hatását. Az együttmûködések által, s a szerzett pozitív tapasztalatok alapján lassan az ELTE tehetséges kutatói közt is kezd megjelenni a vállalkozási hajlam, vállalkozási kedv. A Tudásközpont mûködésének kezdete óta az ELTE-n a kutatók öszszesen három hasznosító vállalkozást hoztak létre saját találmányuk továbbfejlesztésére és késõbbi piaci megjelenésük elõsegítésére.

42

Résztvevõk NÉV Szathmáry Eörs, Dr. Fedor Anna Ittzés Péter, Dr. Pethes Róbert Szathmáry Eörs, Dr. Szatmáry Zoltán Varga Máté Balázs Zachár István Zimber Szilvia Jelinek Balázs Kintses Bálint Málnási-Csizmadia András, Dr. Ozorócyiné Szász Ilona Simon Zoltán Zahoránszky Gergely Zhenhui Yang Várkuti Boglárka Bányai László Gulyás Ferenc Kondás Katalin Kozma Evelin Máris József Molnár Sándor Molnár Zoltán Nagy Alinda Oláh Zoltán Patthy László, Dr. Rákóczi Béla Seffer Tamás Szentgyörgyi Andor Szoboszlai Lajos Sztopen Erzsébet Szláma György Szûcs Norbert Trexler Mária Ari Eszter Borsy Adrienn Horváth Arnold Ittzés Péter Jakó Éena, Dr. Kovács Attila Kun Ádám, Dr. Mezey Pál, Dr. Orosz László, Dr. Pál Gábor, Dr. Ponyi Tamás, Dr. Podani János, Dr. Simon Éva Szenes Áron Vellai Tibor Aaron Darling Miklós István, Dr. Novák Ádám Vattay Gábor, Dr. Bagoly Zsolt, Dr. Banai Miklós, Dr. Bozsó Edit Brenner Tibor Gyõri Zsuzsanna Helesfai Gábor Hevesi Éva Koleszár Kázmér

TAG ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE

IDÕ (nap) 13 98 100 220 2 110 22 88 8 252 74 190

ELTE ELTE!Delta ELTE/Delta ELTE ELTE ELTE Delta ELTE ELTE Delta Delta Delta ELTE Delta ELTE Delta Delta Delta Delta Delta ELTE Delta ELTE ELTE ELTE ELTE. ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE MR MR MR MR MR MR MR

132 220 220 220 44 35 155 100 40 116 155 136 180 97 45 155 174 136 150 136 252 58 35 252 132 124 37 252 15 77 10 10 68 10 15 8 15 66 94 10 198 13 92 76 118 76 40 220 114 160

SZEREP 2. PRI 2.1 PhD 2.1 IK 2.1 FP 2.1 PV 2.1 FP 2.1 PhD 2.1 PhD 2.1 A 2.2 IK 2.2 PhD 2.2 PV 2.2 T 2.2 PhD 2.2 PhD 2.2 PhD 2.2 PhD 2.3 K 2.3 FP 2.3 PhD 2.3 K 2.3 FP 2.3 FP 2.3 FP 2.3 K 2.3 FP 2.3 PV 2.3 FP 2.3 FP 2.3 FP 2.3 FP 2.3 FP 2.3 PhD 2.3 FP 2.4 K 2.4 IK 2.4 IK 2.4 IK 2.4 IK 2.4 PV 2.4 K 2.4 IK 2.4 K 2.4 K 2.4 K 2.4 K 2.4 K 2.4 PhD 2.4 PhD 2.4 K 2.5 K 2.5 PV 2.5 EH 3. PRI 3.1 PV 3.1 K 3.1 K 3.1 K 3.1 A 3.1 PhD 3.1 T 3.1 K

NÉV Kovács A. János Nagy Imre Papp Gábor, Dr. Pócs Roland Szente László, Dr. Virág Imre Bakó Dániel Bese Antal Burcsi Péter Ézsiás Béla Gibizer Balázs Kovács Attila, Dr. Szabó Szilárd Tóth Zoltán Bakos Bálint Ifj. Benczúr András, Dr. Bíró Júlia Csalogány Károly Csizsek Péter Daróczy Bálint Fekete Zsolt Kurucz Miklós Lovász László, Dr. Lukács András, Dr. Nagy István Ruzicska Péter Sidló Csaba István Siklósi Dávid Szabó Jácint, Dr. Tóth Richárd Weiner Zsuzsa Boja Áron Farkas Zénó Kiss Péter Papp Gábor, Dr. Szenes Márk Szõcs Dániel Emánuel Csabai István, Dr. Ács Zoltán Budavári Anita Csabai István, Dr. Egri Tamás Imre István Kiss Attila, Dr. Le Anh Vu Purger Norbert Sipos József Szüle János Vincellér Zoltán Závodszky Gábor Bagi Henriett Bencsik Attila Kellner Tibor Kis Andor Leskó Nóra Liebig Zsolt Magyar Viktória Marosán Péter Frei Zsolt, Dr. Gelencsér Gábor Szeifert Gábor Vicsek Tamás, Dr. Czirók András, Dr.

TAG MR ELTE ELTE MR MR MR ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE econet ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE econet ELTE ELTE ELTE econet ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE econet econet econet econet econet econet econet econet ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE

IDÕ (nap) 118 75 11 38 118 15 15 30 20 176 40 66 30 30 55 99 44 21 44 48 15 48 31 99 21 4 15 15 15 3 11 20 252 44 53 63 40 13 110 121 40 48 10 231 6 88 132 121 110 121 65 65 24 47 42 10 33 168 54 145 145 13 12

SZEREP 3.1 K 3.1 PhD 3.1 K 3.1 K 3.1 K 3.1 IK 3.2 EH 3.2 EH 3.2 PhD 3.2 EH 3.2 EH 3.2 PV 3.2 EH 3.2 EH 3.3 FP 3.3 K 3.3 EH 3.3 PhD 3.3 EH 3.3 EH 3.3 K 3.3 PhD 3.3 K 3.3 PV 3.3 PhD 3.3 FP 3.3 PhD 3.3 EH 3.3 K 3.3 FP 3.3 K 3.4 EH 3.4 K 3.4 PhD 3.4 PV 3.4 PhD 3.4 EH 4. PRI 4.1 PhD 4.1 EH 4.1 PV 4.1 EH 4.1 FP 4.1 K 4.1 PhD 4.1 K 4.1 EH 4.1 EH 4.1 FP 4.1 EH 4.2 A 4.2 PV 4.2 A 4.2 A 4.2 A 4.2 FP 4.2 A 4.2 FP 4.3 PV 4.3 EH 4.3 EH 6. PRI 6.1 K

43

NÉV Gönci Balázs Környei Zsuzsanna, Dr. Méhes Elõd, Dr. Németh Valéria Szabó Bálint, Dr. Vicsek Tamás, Dr. Czirók András Harangozó József Méhes Elõd, Dr. Kósa Edina Környei Zsuzsanna, Dr. Németh Valéria Szabó András Szabó Bálint Ünnep Renáta Vicsek Tamás, Dr. Derényi Imre, Dr. Szöllõsi Gergely Czövek András Boross Gábor Zoltán Farkas Illés, Dr. Korcsmáros Tamás Orosz Katalin Vicsek Tamás, Dr. Erdei Anna, Dr. Bánréti Ágnes Bökönyi Györgyi Csikós György Érdi Balázs Hancz Anikó Hérincs Zoltán, Dr. Juhász Gábor, Dr. Kéri György, Dr. Kertész Ákos Koncz Gábor, Dr. Lippai Mónika, Dr. Lõrincz Péter Lõw Péter Dr. Maruzs Tamás Maus Máté Nagy Péter Neer Zsuzsa Pircs Karolina Sármay Gabriella, Dr. Sass Miklós Dr. Simon Melinda Vántus Tibor, Dr. Varga András Varga Attila Csala Irén Erdei Anna, Dr. Magyar Anna, Dr. Metzler Béláné Mezõ Gábor, Dr. Neer Zsuzsa

44

TAG IDÕ (nap) ELTE 100 ELTE 50 ELTE 12 ELTE 252 ELTE 50 ELTE/MTA 24 ELTE 50 ELTE/MTA 50 ELTE 100 ELTE/MTA 100 ELTE 12 ELTE 12 ELTE/MTA 100 ELTE 12 ELTE/MTA 50 ELTE/MTA 12 ELTE 30 ELTE 30 ELTE 30 ELTE 176 ELTE/MTA 84 MTA 100 ELTE 154 ELTE/MTA 6 ELTE 13 ELTE 146 MTA-TKI 120 ELTE 73 ELTE 73 ELTE 70 ELTE 187 ELTE 73 MTA-TKI 6 ELTE 88 ELTE 47 ELTE 73 ELTE 46 ELTE 73 ELTE 46 ELTE 59 ELTE 46 ELTE 23 ELTE 46 ELTE 49 ELTE 49 ELTE 94 MTA-TKI 10 MTA-TKI 20 MTA-TKI 20 Diag 36 ELTE 50 ELTE 120 Diag 63 ELTE 110 ELTE 100

SZEREP 6.1 PhD 6.1 K 6.1 K 6.1 K 6.1 PV 6.1 K 6.2 PV 6.2 EH 6.2 K 6.2 IK 6.2 K 6.2 IK 6.2 PhD 6.2 K 6.2 EH 6.2 K 6.3 K 6.3 PhD 6.3 PhD 6.4 EH 6.4 PV 6.4 T 6.4 EH 6.4 K 7. PRI 7.1 PhD 7.1 FP 7.1 K 7.1 K 7.1 EH 7.1 K 7.1 K 7.1 K 7.1 PhD 7.1 K 7.1 K 7.1 EH 7.1 K 7.1 EH 7.1 PhD 7.1 EH 7.1 IK 7.1 EH 7.1 PV 7.1 K 7.1 EH 7.1 K 7.1 PhD 7.1 PhD 7.2 T 7.2 PhD 7.2K 7.2 T 7.2K 7.2 K

NÉV Nyilas Anita Orbán Erika Papp Krisztián Péterfy Ferenc Péterfy Ferencné Prechl József, Dr. Sánta Gergely Sármay Gabriella, Dr. Szabó Ildikó Szarka Eszter Szekeres Zsuzsanna Terényi Nóra Uray Katalin Balog Júlia Baracskai Péter Czurkó András, Dr. Juhász Gábor, Dr. Kékesi Katalin, Dr. Orbán Gergely Szegõ Éva, Dr. Szepesi Zsuzsa Babocsai Olga Holló Róbert Somlai Zsolt Süle Andrea Tátrai Ágnes, Dr. Balogh Andrea Banó Ferenc Horváth Tamás Izsépi Emese Kékesi Katalin, Dr. Kiss Endre Matkó János, Dr. Niedetzky Csaba, Dr. Bajkó Zoltán, Dr. Boncz Ferenc Borcsek Bernadett Csajági Csaba Darvas Ferenc, Dr. Darvas Benedek Mikó József Pinizsi András Székelyhidi Zsolt, Dr. Antoni Györgyi Benczúr András, Dr. Faragóné Szombathelyi Katalin Gáborné Csõke Ildikó Horváth Alexandra Jelencsics Mikolt Kolozsvári Mária Papp Gábor, Dr.

TAG IDÕ (nap) Diag 49 ELTE 83 MTA-TKI 200 Diag 16 Diag 65 MTA 150 Diag 63 ELTE 84 ELTE 97 ELTE 100 ELTE 10 ELTE 10 ELTE 56 ELTE 232 ELTE 232 ELTE 252 ELTE 232 ELTE 200 ELTE 210 ELTE 232 ELTE 232 BioScience 232 BioScience 232 BioScience 232 BioScience 232 BioScience 232 ELTE 196 SuperTech 144 SuperTech 162 ELTE 78 ELTE 24 ELTE 106 ELTE 74 SuperTech 68 Thales 38 Thales 27 Thales 1 Thales 30 Thales 5 Thales 5 Thales 52 Thales 52 Thales 42 ELTE 4 ELTE 66

SZEREP 7.2 T 7.2 PhD 7.2 PhD 7.2 K 7.2 K 7.2 PV 7.2 K 7.2 K 7.2 PhD 7.2 EK 7.2 PhD 7.2 PhD 7.2 K 7.3 PhD 7.3 PhD 7.3 K 7.3 PV 7.3 K 7.3 PhD 7.3 K 7.3 K 7.3 K 7.3 K 7.3 K 7.3 K 7.3 K 7.4 K 7.4 T 7.4 T 7.4 PhD 7.4 K 7.4 K 7.4 PV 7.4 K 8,1 K 8,1 K 8,1 K 8,1 K 8,1 PV, PRI 8,1 A 8,1 K 8,1 K 8,1 K TPIK vezetõ Elnök

ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE ELTE

A A TTTI A A Igazgató

55 55 252 252 66 242

1 év = 252 nap Rövidítések magyarázata a RÖVIDITÉSEK fejezetben található

Publikációk F2.1.4 Santos M., Szathmary E.: Genetic hitchhiking can promote the initial spread of strong altruism., BMC Evol Biol 8(1):281, 2008 Oct 10 F2.1.5 Konnyu B, Czaran T, Szathmary E.: Prebiotic replicase evolution in a surface-bound metabolic system: parasites as a source of adaptive evolution., BMC Evol Biol; 8(1):267, 2008 Sep 30 F2.1.6 Kun A., Papp B., Szathmáry E.: Computational identification of obligatorily autocatalytic replicators embedded in metabolic networks. , Genome Biol; 9(3):R51, 2008 F2.1.7 Szathmáry, E.: The genetic code and natural language: their nature, origins and relation., In: P. Walde, F. Kraus (eds): An den Grenzen des Wissens. Vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich. Pp. 185-207., 2008 F2.1.8 Szathmáry, E.: Language in cognitive tangled web., Nature, accepted 2008 F2.1.9 Zachar, I.: The Feasibility of Segmentation of Protolanguage., PloS Computational Biology, submitted, F2.1.10 Fedor, A., Ittzés, P., and Szathmáry, E.: What Chomsky should have known about biology but was afraid to ask…, Bickerton, D., and E. Szathmáry, eds. Biological foundations and origin of syntax. Strüngmann Forum Reports, vol. 3. Cambridge, MA: MIT Press., in press F2.1.11 Orbán G, Fiser J, Aslin RN, Lengyel M.: Bayesian learning of visual chunks by human observers., Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 105:2745-2750, 2008 12 Lengyel M, Dayan P.: Hippocampal contributions to conF2.1.1 trol: the third way., Advances in Neural Information Processing Systems 20, in press F2.1.13 Számadó, Sz., Szalai,F., & Scheuring, I.: The effect of dispersal and neighbourhood in games of cooperation., Journal of Theoretical Biology, accepted 2008 F2.1.14 Számadó, Sz.: Pre-hunt communication provides ecological context to the evolution of early human language., Journal of Human Behaviour, submitted F2.1.15 Számadó, Sz.: How threat displays work?, Animal Behaviour, submitted F2.1.16 Szalai,F. & Számadó, Sz.: Honest and cheating strategies in a simple game of aggressive communication, Animal Behaviour., submitted E2.1.7 Szatmáry Z.: A replicative model of the origin of lexical and grammatical elements, ECAgents Evaluation Meeting, Berlin, Germany, 07 December, 2007 E2.1.8 Szatmáry Z.: Demonstration of the ENGA software, 5th ECAgents project meeting, Humbold University, Bernstein Center for Computational Neuroscience, Berlin-Mitte, Philippstr. 13, Haus 6, Berlin, Germany, 07 December, 2007 P2.1.5 Zachar, I., Szathmáry, E. & Steels, L.: An evolutionary approach on lexicon alignment, 7th Evolang (Evolution of Language Conference), Barcelona, Spain, 2008 March 11th – 15th P2.1.6 Zachar, I., Szathmáry, E. & Steels, L.: An evolutionary approach on the origin of lexicon and grammar, Third European PhD Complexity School (Evolution in biological systems: from molecules to life and language), Turin, Italy (Organized by ISI Foundation)., 2008 February 4th – 8th P2.1.7 Anna Fedor, Péter Ittzés, Eörs Szathmáry: Artificial neural network parsing grammatical sentences, Third European PhD Complexity School (Evolution in biological systems: from molecules to life and language), Turin, Italy (Organized by ISI Foundation), 4–8, February, 2008. K2.1.5 Anna Fedor, Jens Brauer, David Caplan, Angela D. Friederici, Balázs Gulyás, Peter Hagoort, Tatjana Nazir, Csaba Pléh and Wolf Singer: What are the brain mechanisms underlying syntactic operations?, Bickerton, D., and E. Szathmáry, eds. Biological foundations and origin of syntax. Strüngmann Forum Reports, vol. 3. Cambridge, MA: MIT Press., in press K2.1.6 Kun, Á., Pongor, S., Jordán, F. & Szathmáry, E.: Catalytic Propensity of Amino Acids and the Origins of the Genetic Code

and Proteins, In. M. Barbieri (ed.) Codes of Life, Springer-Verlag, pp. 39-58., 2008 K2.1.7 Szathmáry, E.: Towards and understanding of language origins, In. M. Barbieri (ed.) Codes of Life, Springer-Verlag, pp. 283-313. F2.2.10 Gombos L, Kardos J, Patthy A, Medveczky P, Szilagyi L, Malnasi-Csizmadia A, Graf L.: Probing conformational plasticity of the activation domain of trypsin: the role of glycine, Biochemistry. 2008 Feb 12;47(6):1675-84. Epub 2008 Jan 15., 2008 F2.2.11 Gyimesi M, Kintses B, Bodor A, Perczel A, Fischer S, Bagshaw CR, Málnási-Csizmadia A: The mechanism of the reverse recovery-step, phosphate release, and actin activation of Dictyostelium myosin II., J Biol Chem. 2008 Mar 28; 283 (13):8153-63. Epub 2008 Jan 21. F2.2.12 Balint Kintses, Zhenhui Yang, Andras Malnasi-Csizmadia: Experimental Investigation of the Seesaw Mechanism of the Relay Region That Moves the Myosin Lever-arm, J Biol Chem, 2008 C2.2.1 Zahoránszky Gergely, Simon Zoltán, Zhenhui Yang, Hári Péter, Málnási-Csizmadia András: MIF: a gyógyszerkutatás új korszakának hírnöke, Biokémia, megjelenés alatt, 2008 F2.3.2 Kondás K, Szláma G, Trexler M, Patthy L.: Both WFIKKN1 and WFIKKN2 have high affinity for growth and differentiation factors 8 and 11., J Biol Chem. 283(35):23677-84. Epub 2008 Jul 1, 2008 Aug 29 F2.3.3 Nagy A, Hegyi H, Farkas K, Tordai H, Kozma E, Bányai L, Patthy L.: Identification and correction of abnormal, incomplete and mispredicted proteins in public databases., BMC Bioinformatics. 9:353, 2008 Aug 27 F2.3.4 Harrow J, Nagy A, Reymond A, Alioto T, Patthy L, Antonarakis SE and Guigó R: Identifying Protein-Coding Genes in Genomic Sequences., BMC Genome Biology, in press, 2008 K2.3.2 Nagy A, Hegyi H, Farkas K, Tordai H, Kozma E, Bányai L and Patthy L: Quality control of gene predictions, Modern Genome Annotation., Frishman, Dmitrij; Valencia, Alfonso (Eds.), Springer, 2008 F2.4.4 Gáspári Z., Pál G., Perczel A.: A redesigned genetic code for selective labeling in protein NMR, Bioessays. 11; 30(8):772780., 2008 Jul F2.4.5 Ari E., Ittzés P., Podani J. Jakó, É.: Testing a New Discrete Mathematical Method, Boolean analysis for Phylogenetic Reconstruction using the mitochondrial tRNA genes of great apes , Molecular Phylogenetics and Evolution, in press F2.4.6 Jakó É., Ari E., Ittzés P., Horváth A., Podani J.: Boolean analysis: A New Discrete Mathematical Method for Comparative Sequence Analysis and Phylogenetic Reconstruction, Molecular Phylogenetics and Evolution, einpress F2.4.7 Vellai T.: Autophagy genes and ageing, Cell Death & Differentiation, advance online publication, September 12, 2008, in press 2.4.8 Kosa J.P., Balla B., Kiss J., Borsy A., Podani J., Takács I., F2 Lazáry Á., Nagy Zs., Bácsi K., Speer G., Orosz L., Lakatos P.: Effect of menopause on gene expression pattern in bone tissue of non-osteoporotic women, Menopause - The Journal of The North American Menopause Society, in press F2.4.9 Borsy A., Podani J., Stéger V., Balla B., Horváth A, Kósa J.P., Gyurján I. Jr, Molnár A., Szabolcsi Z., Szabó L., Jakó E, Zomborszky Z., Nagy J., Semsey Sz., Vellai T., Lakatos P., Orosz L.: Identifying novel genes involved in both deer physiological and human pathological osteoporosis, Molecular Genetics and Genomics, in press F2.4.10 Villányi Z., Gyurján I., Stéger V., Orosz L.: Plaque-based competitive hybridization, Journal of Biomolecular Screening 13(1):80-84, F2.4.11 Balla B., Kósa J.P., Kiss J., Borsy A., Podani J., Takács I., Lazáry A., Nagy Z., Bácsi K., Speer G., Orosz L., Lakatos P.: Different Gene Expression Patterns in the Bone Tissue of Aging Postmenopausal Osteoporotic and Non-osteoporotic Women, Calcified Tissue International 82(1):12-26.,

45

46

F2.4.14 Warburton P. L., Wang J. L., Mezey P. G.: On the Balance of Simplification and Reality in Molecular Modeling of the Electron Density, Journal of Chemical Theory and Computation 4, 1627–1636, F2.4.15 Mezey P.G.: QSAR and the Ultimate Molecular Descriptor: the Shape of Electron Density Clouds , Journal of Mathematical Chemistry, in press F2.4.16 Mezey P.G.: Molecular Symmetry Deficiency and Shape Deviation Measures, l’Actualité Chimique, 320–321, 56–60 E2.4.9 Mezey P.G.: Shape and Similarity in Mathematics, Theoretical Chemistry, and Molecular Modeling, Odyssey of Mathematical and Computational Aspects of Theoretical Chemistry, University of Alberta, Edmonton, Canada, June 2-5 E2.4.10 Mezey P.G.: T-Hulls, Discretization, and Partially Ordered Sets in Molecular Shape Analysis, ICCMSE 2008, Mathematical Chemistry Symposium, Crete, Greece, September 25-30 E2.4.11 Mezey P.G.: Discrete and Continuous Similarity Measures and Shape Analysis, IMI Distinguished Lectures Series, Industrial Mathematics Institute, Department of Mathematics, University of South Carolina, Columbia, South Carolina, USA, April 17 E2.4.12 Mezey P. G.: Fundamental Constraints on Linear Scaling Methods: Relations Between the Parts and the Whole in Molecules, ICCMSE 2008, Linear Scaling Quantum Chemistry Symposium, Crete, Greece, September 25-30 E2.4.13 Mezey P.G.: Molecular Shape Modeling and Similarity Analysis, Babes-Bolyai University, Department of Biochemistry and Biochemical Engineering, Cluj-Napoca, Roumania, April 7-11 E2.4.14 Mezey P.G.: Molecular Similarity Search Strategies in Electron Density Databanks, Molecular Informatics and Bioinformatics 2008, International Symposium Collegium Budapest, Institute for Advanced Study, Budapest, Hungary, March 27-29 E2.4.15 Jakó É., Horváth A.: Distances between molecular descriptors by using bipartite graph matching, Molecular Informatics and Bioinformatics 2008, International Symposium Collegium Budapest, Institute for Advanced Study, Budapest, Hungary, March 27-29 C2.4.1 Ari E., Ittzés P., Podani J., Jakó É.: Törzsfa-rekonstrukció diszkrét matematikai módszer segítségével, Kitaibelia, XIII. évf. 1. szám, 2008 Február C2.4.5 Balla B., Kósa J., Takács I., Kiss J., Podani J., Borsy A., Lázáry Á., Bácsi K., Nagy Zs., Speer G., Orosz L., Lakatos P.: A menopauza hatása a csontszöveti génkifejezõdésre posztmenopauzás és premenopauzás korú nem oszteoporotikus nõkben , Magyar Belorv Arch 61:208-219. , F2.5.5 Miklós, I., Novák, Á., Dombai, B., Hein, J.: How reliably can we predict the reliability of protein structure predictions?, BMC Bioinformatics, 2008, http://www.biomedcentral.com/1471-2105/ 9/137/abstract F2.5.6 Darling, A., Miklós, I., Ragan, M.: Dynamics of genome rearrangement in bacterial populations., PLoS Genetics, 2008 http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2 Fjournal.pgen.1000128 F2.5.7 Novák, Á., Miklós, I., Lyngsoe, R., Hein, J.: StatAlign: An Extendable Software Package for Joint Bayesian Estimation of Alignments and Evolutionary Trees., Bioinformatics, 2008 http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btn 457?ijkey=XGL01G3Al0sKby3&keytype=ref 8 Miklós, I., Novák, Á., Satija, R., Lyngsoe, R., Hein, J.: F2.5.8 Stochastic Models of Sequence Evolution including InsertionDeletion events, Statistical Methods in Medical Research, 2009 http://ramet.elte.hu/~miklosi/StatAlignReview2008.pdf F3.3.5 Miklós Kurucz, András A. Benczúr, Attila Pereszlényi: LargeScale Principal Component Analysis on LiveJournal Friends Network, Proc. SNAKDD Workshop 2008 in conjunction with KDD 2008, 2008 F3.3.6 András Benczúr, Dávid Siklósi, Jácint Szabó, István Biró, Zsolt Fekete, Miklós Kurucz, Attila Pereszlényi, Simon Rácz, Adrienn Szabó: Web Spam: a Survey with Vision for the Archivist, 8th

International Web Archiving Workshop Aaarhus, Denmark, 18th & 19th September 2008, in conjunction with ECDL 2008, 2008 T3.3.1 Tamás Kiss, Miklós Kurucz, István Nagy: Large-scale recommenders based on Association Rule Mining, 2008 K3.3.1 András A. Benczúr, Károly Csalogány, Miklós Kurucz, András Lukács, László Lukács, Dávid Siklósi: Telephone Call Network Data Mining: A Survey with Experiments, Handbook of Large-Scale Random Networks, 2008 T4.1.6 A. Benczúr, A. Kiss, B. Kósa, : An efficient implementation of an expressive fragment of XPath using extended structural recursions, sent to International Conference on Database Theory (ICDT) 2009, 2008 T4.1.7 A. Benczúr, A. Kiss, B. Kósa: An efficient implementation of an expressive fragment of XSLT using extended structural recursions, sent to Database Systems for Advanced Applications (DASFAA) 2009, 2008 F6.3.1 Staiculescu M.C., Sun M., Derényi I., Forgács G.: Effective lifetime of membrane tethers formed by multiple contacts obeys a generalized Bell model, Biophysical Journal, F6.4.2 Pollner P, Palla G, Ábel D, Vicsek A, Farkas I J, Derényi I, Vicsek T: Centrality properties of directed module members in social networks, Physica A, 2008, http://dx.doi.org/10.1016/ j.physa.2008.04.025 E6.4.3 Abel D, Palla G, Farkas I J, Derenyi I, Pollner P, Vicsek T.: CFinder: Efficient Module Finder in Directed, Undirected and Weighted Networks, International Workshop and Conference on Network Science (NetSci’08), 2008 http://www.ifr.ac.uk/netsci08/ P6.4.1 Gabor Boross, Katalin Orosz, Illes J. Farkas: Silencing by microRNAs is strongly modular in human, RECOMB Regulatory Genomics and Systems Biology 2008, 2008, http://compbio. mit.edu/ recombsat F7.1.1.4 Hancz,A.; Herincs,Z.; Neer,Z.; Sarmay,G.; Koncz, G.: Integration of signals mediated by B-cell receptor, B-cell activating factor of the tumor necrosis factor family (BAFF) and Fas (CD95), Immunology Letters 116: 211-217., 2008 F7.1.1.5 Anna Miyazaki, Yuko Tsuda Shoji Fukushima, Toshio Yokoi, Tibor Vántus, Gyöngyi Bökönyi, Edit Szabó, Anikó Horváth, György Kéri, and Yoshio Okada.: Synthesis of Somatostatin Analogues Containing C-Terminal Adamantane and Their Antiproliferative Properties., J. Med. Chem. 51, 5121-5124, 2008 F7.1.1.6 Maus Mate, David Medgyesi, Dorottya Kovesdi, Dorotytya Csuka, Gabor Koncz, Gabriella Sarmay: GRB2 associated binder 2 couples B-cell receptor to cell survival, Cellular Signaling, accepted for publication, 2008 F7.1.1.7 Katalin Eder, Hongtao Guan, Hye Y. Sung, Jon Ward, Adrienn Angyal, Michelle Janas, Gabriella Sarmay, Erno Duda, Martin Turner, Steven K. Dower, Sheila E. Francis, David C. Crossman and Endre Kiss-Toth: Tribbles-2 Is A Novel Regulator of Inflammatory Activation of Monocytes, International Immunology, accepted for publications, 2008 E7.1.1.6 Zsuzsa Neer, Eszter Szarka, Adrienn Angyal, Endre Kiss, Peter Balogh, Jozsef Prechl, Janos Gergely+, Gabriella Sarmay: Fc gamma receptors as therapeutic targets in Rheumatoid Arthritis, 28th European Workshop for Rheumatology Research, 2008. 02. 29. http://www.ewrr2008.org/ E7.1.1.7 Sármay Gabriella, Maus Máté, Kertész Ákos, Koncz Gábor, Kövesdi Dorottya, Angyal Adrienn, Váradi Györgyi, Tóth Gábor: The function of Gab1 and Gab2 in B cells, British Society of Immunology, Sheffield Regional Group Meeting, 2008. 06. 04. E7.1.1.9 Ádori Mónika, Barad Zsuzsanna, Kiss Endre, Kiszely Edda, Schneider Andrea, Barabás Klaudia, Kövesdi Dorottya, Matkó János, Ábrahám István, Sármay Gabriella: Az ösztrogén fokozza a T-dependens humorális immunválaszt: a B- és T-sejtekre gyakorolt gyors, nem-genomiális hatások, 38. Membrán-Transzport Konferencia, Sümeg, 2008. 05 20-23. http://www.remedicon.hu E7.1.1.10 Maus Máté, Kiss Endre, Matkó János, Szilágyi Nóra, Sármay Gabriella: A kalcium felszabadulás szerepe a B-sejt-mor-

fológia és jelátvitel szabályozásában, 38. Membrán-Transzport Konferencia, Sümeg, 2008. 05. 14–16. http://www.remedicon.hu E7.1.1.11 Gabriella Sarmay, Zsuzsa Neer, Adrienn Angyal, József Prechl, Endre Kiss, Peter Balogh: Regulation of collagen induced arthritis by complexes composed of an arthritogenic epitope of collagen and FcgRII/III-specific scFv, 6th International Congress on Autoimmunity, Porto, Portugal, September 10-14, 2008, www.kenes.com/autoimmunity/ P7.1.1.6 Katalin Uray, Anna Magyar, Ádám Bartos, Gabriella Sármay, Ferenc Hudecz: Fc gamma receptor binding peptide chimeras and conjugates against autoimmune diseases, XXth International Symposium on Medical Chemistry, Vienna, Austria, August 31 - September 4, 2008, http://www.ldorganisation.com/ P7.1.1.11 Anna Magyar, Zsuzsa Neer , Eszter Szarka, Ferenc Hudecz, Gabriella Sármay : The role of deiminated protein antigens in the diagnosis of Rheumatoid Arthritis, 30th European Peptide Symposium Helsinki, Finland , 31 August - 5 September 2008, http://www.30eps.fi/ P7.1.1.12 András Varga, Anikó Horváth, János Seprõdi, Tibor Vántus, Henriette Tanai, János Szolcsányi, Erika Pintér, Yoshio Okada, Anna Miyazaki and György Kéri.: Effect of Somatostatin Derived Peptides and Peptidomimetics on Neurogenic Inflammation., 30th European Peptide Symposium, Helsinki, 30 August-5 September, 2008 P7.1.1.12 Guan,H.; Eder,K.; Sung,H.Y.; Sheridan,P.J.; Ward,J.; Morton,A.; Angyal,A.; Sarmay,G.; Duda,E.; Turner, M.; Dower,S.K.; Francis,S.E.; Crossman,D.C.; Kiss-Toth,E.: Low-density lipoprotein controls IL-8 production in monocytes via tribbles-2, HEART, 94: pp A44-A44 Suppl. 2, JUL 2008 P7.1.1.13 Anna Miyazaki, Yuko Tsuda, Yohei Myawaki, Shoji Fukushima, Toshio Yokoi, Tibor Vántus, Györgyi Bökönyi, Edit Szabó, Anikó Horváth, György Kéri, and Yoshio Okada.: The potent antiproliferative activity of small hydrophobic peptides containing adamantly group., 30th European Peptide Symposium, Helsinki, 30 August-5 September, 2008 7.1.1.1 Varga András: A protein kináz D, és kismolekulás gátlószeD7 reinek vizsgálata, Szakdolgozat, ELTE TTK Biokémiai Tanszék, 2008 F7.1.2.3 Gábor Juhász, Jahda H. Hill, Yin Yang, Miklós Sass, Eric H. Baehrecke, Jonathan M. Backer, Thomas P. Neufeld: The class III PI(3)K Vps34 promotes autophagy and endocytosis but not TOR signaling in Drosophila, J. Cell Biol., Accepted, 04. 02. 2008 F7.1.2.4 Sass, Miklós: Editor’s Corner: Autophagy research on insects , Autophagy, 4:3, 265-267, 2008 F7.1.2.5 Lippai M., Csikós G., Maróy P., Lukácsovich T., Juhász G. and Miklós Sass: SNF4A?, the Drosophila AMPK? subunit is required for regulation of developmental and stress-induced autophagy, Autophagy, 4:4, 1-11, 2008 F7.1.2.6 Tóth ML, Sigmond T, Borsos E., Barna J, Erdélyi P., Takács-Vellai K, Kovács AL., Csikós G, Sass M and Vellai T: Longevity Pathways Converge on Autophagy Genes to Regulate Lifespan in Caenorhabditis elegans, Autophagy, 4:3 330-8, 2008 F7.1.2.7 Daniel J. Klionsky, Hagai Abeliovich, Patrizia Agostinis, Devendra K. Agrawal,….Miklós Sass,… Xiongwei Zhu and Russell L. Deter : Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy in higher eukaryotes. Review, Autophagy 4:2, 151-175, 2008 E7.1.2.4 Sass, M., Lippai, M., Csikós, Gy., Komonyi, O. and Maróy, P.: Identification and analysis of genes involved in the regulation autophagy in Drosophila, Gordon Research Conference: Cell Death, Il Ciocco, Italy 2008 P7.1.2.1 Bánréti Ágnes Regina, Csikós György, Sass Miklós: A Protein foszfatáz-2A szerepe az autofágia szabályozásában, 38. Membrán-Transzport konferencia, Sümeg, 2008. P7.1.2.2 Ágnes Bánréti, György Csikós, Miklós Sass: The role of PP2A (Protein Phosphatase 2A) in the regulation of autophagy, 2nd International Conference on Molecular Perspectives on ProteinProtein Interactions, Dubrovnik, Croatia 2008

F7.2.1.3 Papp K, Szekeres Z, Erdei A, Prechl J.: Two-dimensional immune profiles improve antigen microarray-based characterization, Proteomics. 8(14):2840-8., 2008 Jul. F7.2.1.4 Voynova E, Tchorbanov A, Prechl J, Nikolova M, Baleva M, Erdei A, Vassilev T.: An antibody-based construct carrying DNA-mimotope and targeting CR1(CD35), Immunol Lett. 15;116(2):168-73., 2008 Mar. F7.2.1.5 Isaák A, Gergely P Jr, Szekeres Z, Prechl J, Poór G, Erdei A, Gergely J.: Physiological up-regulation of inhibitory receptors Fc gamma RII and CR1 on, Int Immunol. 20(2):185-92., 2008Feb http://intimm.oxfordjournals.org/content/vol20/ issue2/ index.dtl F7.2.1.6 Papp K., Vegh P., Miklos K., Nemeth J., Rasky K., Peterfy F., Erdei A., Prechl J.: Detection of complement activation on antigen microarrays generates functional antibody profiles and helps characterization of disease associated changes of the antibody repertoire, Journal of Immunology, 2008 in press E7.2.2.3 Sarmay G., Neer Zs, Angyal A., Prechl J., Kiss E., Balogh P.: Regulation of collagen induced arthritis by complexes composed of an arthritogenic epitope of collagen and FcgRII/ III-specific scFv, 6th International Congress on Autoimmunity, Porto, Portugal, September 10-14, 2008 http://www.kenes.com/ autoimmunity/ E7.2.2.4 Neer Zs., Szarka E., Angyal A., Kiss E., Balogh P., Prechl J., Gergely J., Sarmay G.: Fc gamma receptors as therapeutic targets in Rheumatoid Arthritis, 28th European Workshop for Rheumatology Research, 29. 02. 2008. http://www.ewrr2008.org/ P7.2.2.4 Szabó I., Bõsze Sz., Orbán E., Vincze B., Gaál D., Csuka O., Hudecz F., Mezõ G.: In vitro and in vivo antitumor effect of symmetric GnRH-III dimer derivatives, 30th European Peptide Symposium, Helsinki, Finland, 31. 08. – 05. 09. 2008, http:// www.30eps.fi/ P7.2.2.5 Magyar A., Neer Zs., Szarka E., Hudecz F., Sármay G.: The role of deiminated protein antigens in the diagnosis of Rheumatoid Arthritis, 30th European Peptide Symposium, Helsinki, Finland , 31. 08.- 04. 09. 2008, http://www.30eps.fi/ P7.2.2.6 Uray K., Magyar A., Bartos Á., Sármay G., Hudecz F.: Fcgamma receptor binding peptide chimeras and conjugates against autoimmune diseases, XXth International Symposium on Medicinal Chemistry, 31. 08.-04. 09. 2008, http://www.ldorganisation.com/ produits.php?langue=english&cle_menus=1141650332 F7.3.1 Tárnok K, Kiss E, Luiten PG, Nyakas C, Tihanyi K, Schlett K, Eisel UL: Effects of Vinpocetine on mitochondrial function and neuroprotection in primary cortical neurons., Neurochem Int. 2008.08.28. (Epub ahead of print) F7.4.2 Imre Gombos, Gabor Steinbach, Istvan Pomozi, Andrea Balogh, Gyorgy Vamosi, Alexander Gansen, Gloria Laszlo , Gyozo Garab, Janos Matko: Some New Faces of Membrane Microdomains: A Complex Confocal Fluorescence, Differential Polarization, and FCS Imaging Study on Live Immune Cells, Cytometry 73A: 220-229., 2008www.interscience.wiley.com F7.4.3 Endre Kiss, Peter Nagy, Andrea Balogh, Janos Szollosi, Janos Matko: Cytometry of Raft and Caveola Membrane Microdomains: From Flow and Imaging Techniques to High Throughput Screening Assays, Cytometry 73A: 599-614., 2008www.interscience.wiley.com F7.4.4 Beck Z.,Balogh A., Kis A., Biro A., Laszlo G., Cervenak L., Mocsar G., Vamosi G., Fust G., Matko J.: New cholesterol-specific antibodies remodel target cells surface and inhibit in vitro HIV production, J Cell Sci, 2008, submitted E7.4.1 Matkó J: Class I MHC function and the membrane microdomains: an intimate but still unclear relationship, EMBO Course: MHC Class I Molecules at the interface between Biology & Medicine, 2008 July 4-8, Porto, Portugal www. ibmc.up.pt P7.4.1 Andrea Balogh, András Lõrincz, Glória László, János Matkó: Anti-Cholesterol IgG Antibodies: Novel Probes and Modulators of Cholesterol-Rich Membrane Microdomains, XXIV International Congress of ISAC, Budapest, May 2008, 2008, http://www.isac-net.org

47

Nyilvános megjelenés

• Innovációs Nap, ELTE, 2008.02.05. „eScience Regionális Egyetemi Tudásközpont kutatási tevékenysége, eredményei”, „Vizualizációs Centrum az ELTE-n”, „Innováció a gyakorlatban: az ELTE és a Delta együttmûködése”. • „Miért veszélyes a kalcium hiánya?” hvg.hu, 2008.02.21. http://hvg.hu/print/20080220_ csontritkulas_kalcium.aspx • „Az ELTE Regionális Egyetemi Tudásközpontja”, Dr. Papp Gábor elõadása az Ortvay Kollégiumon, ELTE, 2008.03.10. • „Egyelõre hiányzik a ’kritikus tömeg’”, Gazdasági Tükörkép Magazin, interjú Antoni Györgyivel, Dr. Papp Gáborral és Dr. Benczúr Andrással, 2008. április. • „Jó példák kellenek” InnoVal, az értékteremtõk lapja, interjú Antoni Györgyivel, 2008. május. • „A tudás új központjai”, Metro, interjú Dr. Csabai Istvánnal, 2008.05.22. • Bio1nf0rm (Vol. 12, Nr. 37), interjú Dr. Patthy Lászlóval a MisPred projektrõl, 2008.09.19., http://209.85.135.104/search?q=cache:3rg 3bs2XBY0J:www.bioinform.com/issues/12_37 /expression_profile/149511-1.html+mispred+fixpred&hl=hu&ct=clnk&cd=1&gl=hu &client=firefox-a • ELTE Tudományos Sajtóklub, ELTE TTK Kari Tanácsterem, Málnási-Csizmadia András a MIF projektrõl, 2008.10.02.

48

• A csodaszarvas agancsa, 2008.10.15., http://index.hu/video/search/?s=szarvas • Sajtótájékoztató, ELTE és Multiráció, ELTE TTK Kari Tanácsterem, 2008.10.20. http://escience. elte.hu/Sajtoanyagok/2008_10_20_ELTEMR_meghivo.pdf • Kutatás vállalkozói partnerekkel az ELTE-n, Medical Tribune Online, 2008.10.20, http://www.medicalonline.hu/cikk.php?id=1856 • eScience Regionális Tudásközpont az ELTE-n, EduCafe.hu, 2008.10.20. http://www.educafe.hu/index.php?cikk=10431 • Az ELTE eScience központja beszámolt eredményeirõl, EuroAstra Internet Magazin, 2008. 10.23. http://www.euroastra.info/node/19022 • A Tudásközpont biológiai kutatásai, INiTS, Bécs, 2008.10.28. • „Egyetemeken a ThalesNano H-Cube készüléke”, Napi Gazdaság, 2008.10.31 • Novum, A jövõ záloga, a Hálózat TV forgatása a CellKom RET kutatásairól, 2008. november elsõ hete, http://www.halozattv.hu/page/cikk/ k/4/2571/1 • „A Tudásközpontok bemutatása, MTV forgatása a CellKom Központról, 2008. november elsõ hete • A Tudásközpontok bemutatása, MTV forgatása az eScience Központról, 2008. november második hete • „Innováció és Kutatás az ELTE-n”, Fiatal Vállalkozók Hete, 2008.11.18. • Spin-off cég bemutatkozása (ThalesNano), Fiatal Vállalkozók Találkozója, 2008.11.19. • EU-ASEAN BI-Regional Policy Dialogue – SEAEU-NET, Policy Dialogue Platform, Paris, 2008.11.19–20.

Finanszírozás

ELTE RET Költségvetés 2008 (programbontás) 5%

Menedzsment

10%

18%

2. program

4%

3. program

33%

4. program 6.program

11% 19%

7.program 8.program

Program költségvetések 2008

0

50

100

150

Menedzsment 2. program

Támogatás

3. program Önrész 4. program 6.program 7.program 8.program

Önerõ megoszlása (3 év, MFt) 25

5

Delta

30 160

30

MultiRáció econet ThalesNano Bio-Science

65

Diagnosticum SuperTech 75

49

Rövidítések A .............. Bio-Science . . . . . . . Delta . . . . . . . . . . . Diag . . . . . . . . . . . . econet . . . . . . . . . . EH . . . . . . . . . . . . . ELTE . . . . . . . . . . . . FB . . . . . . . . . . . . . FP . . . . . . . . . . . . . IK . . . . . . . . . . . . . . K .............. KT . . . . . . . . . . . . . MR . . . . . . . . . . . . . MultiRáció . . . . . . . . MTA . . . . . . . . . . . . MTA KOKI . . . . . . . MTA TKI . . . . . . . . . PhD . . . . . . . . . . . . PRI . . . . . . . . . . . . . PV . . . . . . . . . . . . . RET . . . . . . . . . . . . SE . . . . . . . . . . . . . SuperTech . . . . . . . . SZBK . . . . . . . . . . . T .............. Thales . . . . . . . . . . . TPIK . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . TTTI . . . . . . . . . . . .

adminisztráció Bio-Science Kereskedelmi és Szolgáltató Kft. Delta Informatika Zrt. Diagnosticum Gyártó és Forgalmazó Zrt. econet.hu Média, Telekommunikációs és Vagyonkezelõ Nyrt. egyetemi hallgató Eötvös Loránd Tudományegyetem Felügyelõ Bizottság fejlesztõ-programozó ifjú kutató kutató Konzorciumi Tanács ld. MultiRáció MultiRáció Gazdaság- és Pénzügyinformatikai Fejlesztõ és Szolgáltató Kft. Magyar Tudományos Akadémia Magyar Tudományos Akadémia Kísérleti Orvostudományi Kutatóintézet Magyar Tudományos Akadémia Támogatott Kutatóhelyek Irodája PhD hallgató Programigazgató Programvezetõ Regionális Egyetemi Tudásközpont Semmelweis Egyetem SuperTech Kft. International GmbH. Szegedi Biológiai Központ technikus ThalesNano Nanotechnológiai Zrt. Tudományszervezési, Pályázati és Innovációs Központ Tudományos Tanács Tudás- és Technológiatranszfer Iroda

Publikációk rövidítései F D E B K P Sz T W

.............. .............. .............. .............. .............. .............. .............. .............. ..............

folyóirat dokumentáció elõadás könyv(részlet) konferencia poszter szabadalom tanulmány webes publikálás

Kiadja az Eötvös Loránd Tudományegyetem Tudásközpontja Felelõs kiadó: Dr. Papp Gábor Nyomdai kivitelezés: mondAt Kft., Budapest, www.mondat.hu Ez a kiadvány az illetékes kuratórium döntése alapján a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal támogatásával, a Kutatás-fejlesztési Pályázati és Kutatáshasznosítási Iroda által lebonyolított Pázmány Péter Program (Regionális Egyetemi Tudásközpontok) keretében jelent meg. © ELTE RET, 2008

50

ISSN 1789-4603

Matkó János, Dr.

Méhes Elõd, Dr.

Mezey Pál, Dr.

Mezõ Gábor, Dr.

Miklós István, Dr.

Németh Valéria

Novák Ádám

Orbán Erika

Orosz Katalin

Pál Gábor, Dr.

Papp Gábor, Dr.

Papp Krisztián

Patthy László, Dr.

Prechl József, Dr.

Sármay Gabriella, Dr.

Simon Éva

Simon Zoltán

Szabó Bálint, Dr.

Szabó Ildikó

Szabó Rita, Dr.

Szathmáry Eörs, Dr.

Szatmári-Bán Zoltán

Szenes Áron

Tátray Ágnes, Dr.

Terényi Nóra Rita

Vattay Gábor, Dr.

Veres Péter

Vicsek Tamás, Dr.

Zahoránszky Gergely

Zhenhui Yang

ELTE Regionális Egyetemi Tudásközpont 1117 Budapest, Pázmány Péter sétány 1/A. Telefon: (1) 372-2895 E-mail: [email protected] http://escience.elte.hu